3NH2A

Crystal structure of rnase t in complex with a stem dna with a 3' overhang
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
207
structure length
202
Chain Sequence
GLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for RNA trimming by RNase T in stable RNA 3'-end maturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 62
structure length 202
sequence length 207
chains with identical sequence B, E, F
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nh2A00
4EZ9A 2IAJA 4C8LA 4K8ZA 2XY5A 1QSSA 2YKNA 3JYTA 1LWFA 3E01A 1SKWA 2WONA 1J53A 1LWCA 4AHCA 4Z4CA 3KK3A 4B9LA 3BDPA 4J2BA 4HHTA 1LWEA 4IDKA 1WSHA 1Q9YA 3L3UA 3AO2A 3VQ7A 1JKHA 5CYMA 1J54A 4B8AB 3NCIA 4N41A 4IFVA 3VQQA 1C0MA 4OLBA 1C0TA 2HHVA 2E4LA 5DMRA 2F96A 4Z4IA 1WSEA 5K14A 4AHSA 2KFZA 4DF4A 3G10A 4DLEA 5KRSA 2BANA 5HRPA 2VG5A 2ZD1A 4B9UA 3LP1A 4C8MA 3QNNA 3OYHA 3M8PA 3F73A 4FVMA 2WOMA 2YHAA 3AO1A 4OPJA 4CJ3A 3P5JA 1FKOA 3SZ2A 1R0AA 3TWHA 1NKCA 4O55A 4CGHA 1XC9A 2RN2A 1KVAA 2XY8A 2OPQA 2ZE2A 1TVRA 4AHTA 3KKSA 4CIGA 3OY9A 4KHSA 3OYNA 2DY4A 2G8KA 2G8IA 4FW1A 1JL2A 3AVIA 2W42A 1KLNA 3L8BA 1U04A 4M41A 1MU2A 1IKXA 3ZSXA 4DS5A 3ZT4A 4FCYA 1IKYA 3KD1E 3D45A 3O4QA 3S9HA 3TARA 4KTQA 1JLBA 4C8NA 4DQPA 2RF2A 3WNEA 3DRSA 3RMAA 1WSGA 1NK5A 4B9SA 1SV5A 2JGUA 4LH5A 3ZSQA 4GW6A 1S1WA 3AO3A 4DQSA 1SL1A 1D9DA 2R7YA 5FROA 2DTUA 3QLHA 5HRRA 4FJ9A 3MXIA 1D5AA 4CEQA 2X74A 1NJYA 2PYJA 4M3WA 3B6OA 5J2QA 3ZSRA 4DTXA 1NK6A 4DFPA 4FJ5A 5KTQA 4KKOA 1ASVA 4H8KA 3TAEA 4EZ6A 3SQ2A 1HNIA 1CZBA 4B9NA 3OYIA 2Z1JA 3HPHA 4CK2A 3V9ZA 3LZJA 4DS4A 4M3RA 3VQ5A 1SKSA 2RPIA 4FK2A 4B9MA 4NCGA 4DQRA 4Z4FA 2P51A 4Q0BA 1A5XA 4DQQA 5CZ2A 3I0RA 3AVLA 1IO2A 4FJKA 4RW9A 4AHUA 5HRNA 3NHGA 1JLGA 5C25A 2XO7A 3PX4A 4CGJA 3ZSOA 1L3SA 4CJ4A 3SPYA 2PY5A 3NH1A 3V9XA 3QERA 3SUPA 1TKDA 2OZSA 2VWKA 3VQ4A 4DSJA 3MECA 4E3SA 4I2PA 1VRTA 1A5WA 3TAMA 3VQPA 4CCHA 1TGOA 1W9HA 3G0ZA 2EHGA 4CHQA 1RT2A 4B9VA 3NH0A 4KHYA 1I39A 3ULDA 3OS0A 4C8OA 4KREA 2BDPA 2HHSA 3WNFA 4E19A 4PQUA 3RWUA 2HMIA 5J2PA 3AVJA 5I3UA 3LP0A 4CF2A 2G8WA 1S6QA 2I5JA 4CHNA 2HHTA 2XHBA 4M3XA 3P1GA 3I8DA 1K6YA 1T05A 2QKKA 2YV0X 4BE1A 1ASWA 1VSLA 2HB5A 5SZTA 2PZSA 1RDCA 4DG1A 1KVCA 4CIFA 4KHNA 1J5OA 2HHQA 3O3FA 1RDDA 2DFHA 1NK9A 4YFUA 2DFFA 1FXXA 3OYJA 3CFRA 2GV9A 1QTMA 3HO1A 1C0UA 4CFAA 4FJMA 1I3AA 4E1MA 1RILA 4F3OA 3OYMA 4M42A 3V9WA 1S1VA 2XRIA 4CJUA 2ETJA 1BI4B 3KK1A 2PYLA 2HHUA 1KCFA 1LW2A 1JLQA 4KHWA 2OPPA 5CY4A 3HVRA 3L3VA 4BDZA 2G8UA 1RDBA 3DLHA 3CM6A 2Z1HA 3LANA 4KO0A 2Z1GA 1ZBIA 4Z4GA 4KRFA 4H4OA 3RRHA 3T19A 1WNSA 4CESA 4CHOA 4DFKA 3MEEA 4FXDA 4E7JA 3AA4A 3ZSVA 3MXMA 1RT7A 3SV3A 5JS2A 4DTOA 3VQBA 3TAGA 3AVNA 3QEIA 3SPZA 4CJKA 3MXJA 3S3MA 1WSFA 1ASUA 3DLRA 4N5SA 1VSFA 3DRRA 1NKBA 2QKBA 3RR7A 4NYFA 1BCOA 1HPZA 2Z1IA 4WE1A 1SL0A 1B9DA 4BE0A 2D0BA 1T7PA 3MAQA 3NH2A 3MEDA 3PY8A 1TKTA 1T8EA 1HNVA 4FM1A 5FRMA 1N6QA 3NF9A 1RT5A 2YNGA 1GOAA 4OPKA 4CGDA 4FZZA 1QSLA 4FLTA 4CJFA 3CQ8A 3QIOA 4AHRA 2ZQBA 4CFCA 4CGIA 4FLVA 1U4BA 1C1BA 4E7LA 1TK5A 2YKMA 4FJGA 4RW4A 4I2QA 1CXUA 4JRPA 3QEXA 3SQ1A 3KIOA 2FBVA 2OPRA 2Y1JA 1ZYQA 1KTQA 1C6VA 4AH9A 3NGIA 1EXQA 3TAFA 4RW8A 4ID1A 1ZBUA 2D0AA 4ICLA 1EKEA 4CFBA 2HW3A 4LD0A 3KK2A 1VSDA 4K8XA 2QXFA 1BL3A 1ITGA 2XY7A 4PUOA 2E6MA 4DF8A 4OKKA 4Q5VA 3ZT0A 4FK4A 3LAMA 1REVA 3K5MA 4MQ3A 4CF0A 4CF8A 1EETA 1JXBA 2E6LA 4O44A 4CJRA 5HLFA 1NK0A 1KSPA 2EX3A 3F9KA 1CLQA 3U6FA 3SCXA 2D0CA 1BQNA 1NOYA 3HP9A 1KFSA 1S1XA 4I9QA 2D5RA 1XWLA 4KB0A 1Q8IA 1KVBA 4O0JA 4Z0UA 4CFDA 1TL1A 3NF7A 3SQ4A 3QESA 1UA1A 1S1TA 4BWJA 1ZBHA 1C1CA 3OYAA 1JXEA 4CK3A 1RT3A 1NK8A 3DOLA 1X1PA 4C8KA 4BWMA 3OJSA 4CJEA 3TAPA 4DSKA 1DTQA 3A2FA 3ZSWA 1QHTA 3VQ6A 3M8SA 3K59A 4FLZA 1XHXA 3CG7A 3WNHA 1D9FA 2KTQA 5E41A 3AVFA 5KI6A 1VSJA 3LWMA 1S6PA 1SL2A 3PO5A 2P5OA 4CHPA 3O4NA 4DQIA 3OYFA 1RDAA 4NYNA 3DYAA 2Y1IA 5SWMA 1BCMA 2KQ2A 4FLYA 3VA3A 4HCCA 4GMJB 5J1EA 4QAGA 1YTUA 3DLEA 4CJVA 3C6TA 3OYGA 5T7BA 3QETA 3TI0A 3IS9A 3HJFA 3DLGA 2IC3A 3AO5A 3NAEA 4KV8A 4PWDA 4J2EA 3NGZA 3DOKA 1L3TA 4Y1DA 4DTSA 3V6DA 4TSXA 2O4GA 3LALA 3O3GA 4CEAA 4KHQA 4CF1A 3V1RA 1J9AA 4CJPA 1FKPA 1YT3A 1LAVA 3PUFA 3L2VA 4O4GA 4B08A 3V4IA 3TANA 1U48A 1RBSA 1VSKA 3TR8A 4FLXA 4FLUA 4DTMA 4FJXA 1KFDA 4DFJA 3HPGA 4ZTJA 2HNZA 1U47A 1TAUA 4FJ7A 1WSJA 5JS1A 1GOCA 4R5PA 1LAWA 4DTPA 3HVTA 1RNHA 3QINA 3ZT1A 4DTUA 3RRGA 3OYDA 3VN5A 1CZ9A 2IOCA 3HPOA 3AA2A 4RW7A 1X9MA 1EP4A 4UQGA 3SUOA 4FK0A 1TK0A 2FBXA 3D0PA 4FZXC 4M3UA 3H08A 1HYZA 2VWJA 3RTVA 1RBRA 2FC0A 3OJUA 4O5BA 1BISA 5KGWA 4DTNA 4CE9A 2VG6A 1HYSA 5HROA 4IG3A 3KLEA 1TKZA 3EZ5A 4CEDA 4W5TA 3HK2A 3K57A 4ELTA 4CJWA 3LDSA 4E7HA 2A1SA 1DLOA 1CXQA 3FFIA 4OGEA 3THVA 3OYCA 4FYDA 2ATQA 3ZSZA 3V1QA 1XHZA 3K2PA 3B6PA 4AHVA 4FJ8A 3I0SA 4FM0A 4JLHA 4HCBA 1F21A 1QS4A 4KTZA 3QEVA 3S3OA 3LZIA 5FDLA 3AV9A 1U49A 4NCAA 4DWIA 1NKEA 2OYQA 2JLEA 4FJIA 4OVLA 5CZ1A 1Z25A 2YNFA 1RT6A 3SI6A 3AVKA 4B8CA 3CM5A 4DSEA 2HNDA 1NJXA 1G15A 2X6NA 4OGCA 1ZBLA 3ITHA 1RCHA 2GBZA 4J2DA 4I7FA 4BDYA 4HVJA 4FJLA 2FBYA 5KRTA 1B9FA 4W5RA 4DLGA 3KLIA 3OYKA 4GVMA 3KLGA 1JL1A 5HBMA 4EP4A 1TAQA 4B9TA 4Z4EA 4Z4HA 3IAYA 4M3ZA 2BE2A 4IG0A 1U45A 3NBPA 3VQAA 4FJHA 3NE6A 3HP6A 3RMBA 4F2RA 3SQ0A 1RTIA 4E0DA 2IS3A 3CYMA 1X9WA 4KHUA 3ISNC 3HXMA 1KRPA 2KFNA 3ZT2A 4J2AA 3LAKA 3PX0A 4CIEA 2B6AA 2P1JA 3LPUA 3OS2A 1QSYA 1DTTA 4CHYA 2OA8A 1BI4A 3KKRA 3VQEA 4B3OA 3T3FA 1TK8A 4L8RB 1RBUA 5HP1A 5I42A 3SYZA 4BE2A 4OKEA 2HVHA 4LSNA 1S1UA 1WSIA 1HQUA 1S9GA 3K5LA 3PV8A 4I9LA 4Y1CA 1IH7A 3LP3A 2FBTA 4KTWA 3O3HA 3DI6A 3V81A 4YNQA 3K5OA 1IKWA 4KI4A 3CFOA 3NFAA 5DK5A 5KGXA 1Y97A 1EX4A 2YNHA 1L3VA 3EY1A 1D8YA 2G8VA 1RTJA 3WNGA 4CJLA 4EP5A 3HSTB 1HQEA 4FZYA 1VSEA 2A1RA 4M3YA 4AILC 2B4JA 4LY7A 4KPYA 3AVMA 1JLFA 4N47A 4CEFA 4CJ5A 3C95A 4QCLA 4ID5A 3NDKA 1WAJA 2HVIA 3ZT3A 4DFMA 1HJRA 1HMVA 4CEZA 5J2NA 2NUBA 1O1WA 5EU7A 4HUEA 4DSFA 3K5NA 2RKIA 1FK9A 4PA1A 4CK1A 4IKFA 3SJJA 3M8QA 1N5YA 3IG1A 4ZTFA 1LW0A 1SUQA 2B5JA 3AA3A 4M3TA 2F8TA 3C6UA 1NK7A 3EYZA 3KLHA 4QOZB 2LSNA 4CGFA 3SUNA 4DSIA 2ITGA 1JLAA 4F3TA 4XIUA 4M45A 3SV4A 3L2RA 3AVHA 1RBTA 2XY6A 4OKJA 3U3GA 1BIUA 3KLFA 1NK4A 1VK0A 5D3GA 3ZSYA 4W5OA 5HRSA 1T03A 4KB1A 3NF6A 2IDOA 2DFEA 3T1AA 1W0HA 2OPSA 1L5UA 2VG7A 2YHBA 4IFYA 4LH4A 4O0IA 3L2QA 3TABA 3RMDA 4ELVA 1S9EA 1JLCA 4FW2A 2BGGA 1Z26A 3C94A 3AVAA 4CJQA 4NCBA 2KZMA 1WLJA 4CHZA 2Q3SA 3HT3A 3LP2A 5CYQA 3VQ8A 3OYEA 4DU4A 1WAFA 4ZHRA 1RTHA 4MFBA 3OS1A 4N76A 3JSMA 2X6SA 3IRXA 1RT4A 3V1OA 3LWLA 1B92A 4RG8A 4F8RA 4OLAA 1BGXT 5FRNA 3RMCA 5C42A 3DMJA 4DU3A 3SNNA 2P5GA 4E1NA 3HM9A 3AVBA 4BDPA 4DU1A 3AVCA 3UIQA 4DMNA 3CFPA 3KTQA 1RT1A 1IG9A 1BHLA 1JLEA 2QK9A 1HRHA 1GOBA 1QE1A 4H4MA 4JS5A 3SUQA 2HHXA 1L3UA 4FLWA 1TKXA 3L2UA 1NJZA 3V9UA 4CGGA 2OZMA 1TV6A 1RTDA 3AVGA 4HUGA 1VSIA 1RBVA 1UOCA 3P83D 4CECA 1SKRA 1Q9XA 3AO4A 2O4IA 4G1QA 4BACA 5C24A 3NGYA 4DTJA 3KD5E 1NOZA 4F4KA 4IBNA 4CJSA 4CJTA 4KAZA 3HL8A 4F2SA 4LSLA 4PY5A 1A5VA 1YTAA 1HYVA 3QIPA 4FM2A 2IGIA 4JS4A 3PX6A 3U3YA 3L2WA 3ALYA 4FJNA 2G8FA 3QEWA 1BQMA 3HYFA 3DRPA 3VQ9A 4HTUA 3KJVA 2HNYA 2HHWA 4W5NA 1S5JA 3PO4A 3QO9A 2AJQA 4OJRA 4E7KA 2KZZA 3ASMA 3NF8A 1BIZA 3VQDA 3ZCMA 3QEPA 1LV5A 1C1AA 2F8SA 3QNOA 4JRQA 1VRUA 1YVUA 1ZBFA 3K58A 4CEOA 2YNIA 4DSLA 3V9SA 4E7IA 3MEGA 1QQCA 2KW4A 3DM2A 3OYBA 4KFBA 4W5QA 3VQCA 1UA0A 1VSMA 1UWBA 2GUIA 5J2MA 3DLBA 4CEEA 3DLKA 1NJWA 4CEBA 2G8HA 4E89A 3BGRA 1WN7A 2X78A 4HUFA 1IKVA 4CF9A 3AA5X 3VA0A 3S3NA 1TL3A 1XI1A 1KLMA 3M8RA 4RW6A 1X9SA 4N56A 3TAQA 3LPTA 3OYLA 4DTRA 4CERA 3OVNA 1UAXA 3RR8A 1VSHA 4ELUA 4KI6A 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8LA 4K8ZA 1SZ2A 2PAVA 3E01A 3WEEA 4Z4CA 5JVGL 4KH6A 5GIOA 1LWEA 2AP1A 1JKHA 4N41A 4IFVA 3VQQA 4H5RA 3O4WA 3GBTA 3VTHA 4DF4A 4JKBA 3G10A 3VEXA 2BANA 2OANA 5BRHA 3HSCA 1KQSM 2VG5A 2P9UB 4C8MA 3QNNA 4PHTX 4FVMA 2WOMA 4NO7A 3O9QA 4O55A 1XC9A 1KVAA 2ZE2A 2OPQA 3KKSA 1LCUA 2G8KA 4DHYA 1U04A 4M41A 1IKXA 1RFQA 4KTQA 3O4QA 3S9HA 4JD2A 2CGKA 3CERA 1NK5A 1WSGA 4JKHA 4B1YB 4CZHA 1SV5A 4LH5A 3ZSQA 1S1WA 4DQSA 4RCHA 3QLHA 5HRRA 3ID8A 5F2RA 4FJ9A 4YY3K 4M3WA 2BH1A 3B6OA 3ZX2A 5KTQA 4H8KA 3VENA 3HPHA 4CK2A 3V9ZA 1SKSA 4FK2A 1HPMA 2IIRA 4R79A 5JVHL 4Z4FA 2GUPA 1A5XA 3SAHA 1NGHA 3I0RA 3WXLA 4RW9A 4JK7A 3D7EO 3VTIA 3PX4A 1L3SA 3LDOA 3NH1A 2CH6A 4DSJA 4K0KK 4QS7A 4I2PA 3VEVA 3L4IA 3TAMA 1TGOA 3VEWA 3G0ZA 1HUXA 4B9VA 2I7PA 3NH0A 2QTDA 2OTLN 2HHSA 3WNFA 3CETA 4PQUA 3R6MA 1BUPA 1S3XA 4K25A 3FZKA 2HHTA 1OH8A 3P1GA 3I8DA 1NWKA 3VEOA 1T05A 3QBXA 4BE1A 2QKKA 4CIFA 4DG1A 2HHQA 4EAHD 3O3FA 3SAGA 3EL2A 4BRFA 3HRGA 1C0UA 2E5LK 1I3AA 4E1MA 3OYMA 4M42A 4DV3K 1J5EK 2ETJA 3F9MA 2PYLA 4DV4K 1KCFA 3EO3A 1JLQA 2HBJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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