2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
1YJ9N 3CMAN 4WF9L 3I55N 1YIJN 1VQ8N 1VQPN 2ZJRL 1YI2N 1VQMN 2OTJN 4U67L 5JVGL 1QVGM 3CCQN 1M1KO 1K9MO 2ZJPL 1Q7YO 5GAEP 5GAHP 1K73O 2ZJQL 3CF5L 1Q86O 1K8AO 1Q81O 3CCEN 3I56N 1YJWN 5H1SQ 5DM6L 1VQKN 1VQ6N 2QEXN 5GAGP 1VQ9N 3CCSN 1VQ5N 3CCMN 1VQ7N 1VQ4N 4UY8O 1N8RO 2OTLN 3CPWM 1YHQN 1NJIO 1OVYA 3CC7N 3CCUN 5DM7L 4WFNL 1QVFM 1Q82O 3CXCM 1KD1O 3DLLL 1JJ2M 1S72N 4IO9L 4IOCL 3OW2M 4WFBL 1W2BM 3G6EN 3CC4N 3CCLN 1VQNN 1M90O 5HL7L 5MLCQ 5JVHL 1VQLN 3CC2N 1ILYA 3CMEN 4IOAL 1KQSM 3CCVN 3PIOL 3G71N 4WFAL 3CCJN 2QA4N 1YITN 5GADP 4WCEL 1YJNN 3CCRN 3G4SN 3CD6N 3J7ZO 1VQON 3PIPL 1KC8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SV5A 4O5BA 1YXQA 2FBTA 1VSKA 3DI6A 1WUAA 1SUQA 3HP9A 1VSMA 4JHDB 3DOKA 4DFPA 2W40A 1BG3A 4JK9A 1F21A 1NLVA 5BRFA 1QQNA 4FOIA 3AA5X 3FZLA 2Z1GA 3TU5A 1K9MO 3PSIA 2ZWHA 4ILGB 3PY8A 3CF5L 3RSEA 3PV8A 1XHZA 5JS1A 5EVZA 4DS4A 3HVTA 3QFUA 4Z4EA 1H1VA 1WN7A 3CQYA 1HQEA 4AHTA 1VQKN 1SKSA 4JI6K 3MXMA 2HVIA 4FO0A 5LMNK 3C95A 3WXKA 2P9SB 2P9LA 4CGIA 4E7IA 1VQ5N 4H8KA 3QEIA 1BCOA 2G8IA 4KHNA 2OTLN 2GX9A 4DQIA 3U9ZA 4RWTA 3O3HA 1Q82O 5AQTA 1KLNA 4A5AA 2HBLA 2O8DB 4DUZK 4H4OA 4CESA 1NKCA 1LCUA 1C6VA 4RG8A 1RTJA 4FWOA 4F4KA 1RT1A 2ASOA 4KFBA 1UWBA 1I94K 3CM6A 1YUWA 1S1VA 1HLUA 4K41A 3ISNC 3MEDA 4JKGB 3AVCA 4BC2A 5CE3A 3QDKA 4H0VB 2Y1IA 3VQDA 5KTQA 2BH1A 3P39A 5FRMA 4C8KA 1KQSM 1BI4B 4HUFA 4IBNA 4JK7A 2O8FB 4BR0A 3AO3A 3CFOA 3WQTA 4DTJA 4ZTJA 1KLMA 1BA0A 1RT7A 4PWDA 4DU3A 2RE2A 3QMLA 1QTMA 4NB4A 2OPSA 3I8DA 4WE1A 1TL3A 1TYQB 1NGAA 1SL2A 4CCHA 1X9WA 3LP2A 4I9LA 2B5JA 1D5AA 3E9PA 4DHYA 3O9QA 2VQFK 3WXIA 1SQKA 3TAPA 5J2MA 2PY5A 4JI1K 1HPMA 1RDBA 4W5OA 1WSEA 2YJEA 4H5NA 4JKAA 1M1KO 1U04A 2E1ZA 4BRFA 4YOWA 1S5JA 4B9SA 1HR0K 2O8BA 2YHAA 3QFPA 1EWRA 2QWRA 3AO4A 5GINA 3THYA 1GLAG 4JKDA 5C42A 3F73A 3HOSA 4BRAA 4NLBA 3QBWA 4Y0WA 3VEZA 5T7BA 4DF4A 5AZIA 2YNHA 3H1QA 2HSTA 4QCLA 2FBVA 4EAHD 3L4QA 2A41A 4FJXA 3DJCA 1W0HA 4MDBA 5AFUH 4ICLA 3NF9A 2AA4A 3D2FA 3QIPA 3AVHA 3CXCM 3LDPA 1Q8IA 3C6TA 1TUYA 1EP4A 4B8CA 1ATNA 3QEWA 4EHTA 3AARA 3TAQA 4KPYA 4CF8A 3CJ7A 4CFBA 3QERA 3OYJA 2OPPA 3O6WA 5AQFA 4CERA 3SV4A 4CECA 3RWUA 4FLWA 2E2QA 2GELA 1VSFA 4KHQA 1JLQA 2D0CA 2ITGA 2ZF5O 3NCIA 1WSGA 3WEEB 4EIAA 1JLEA 2D1KA 1HYSA 1NGDA 2NUBA 3NFAA 1T3VA 3RMDA 3NVMA 3O80A 3L2RA 1HKCA 1UOCA 3EE8A 3OBYA 1VQON 3L3VA 2EWSA 2HHVA 4FWKA 3ZSZA 4A2AA 1TV6A 2FLOA 3RRHA 3AVBA 1NK4A 3HOTA 3LANA 4AF1A 1NK7A 4DR1K 1NK6A 1VQ8N 4FJGA 1KXPA 3THXB 1S1TA 2B4JA 3SAHA 4QS9A 5JVGL 4E7JA 1QVGM 4DV7K 4CVNE 4BE1A 1RT4A 3A5NC 4CZMA 4FPAA 4Z4HA 3A2FA 3ASMA 4I6MB 2A1SA 1K8AO 3ZT3A 1ZBUA 4DSIA 4Z4GA 4JKHA 4CJEA 3FR0A 4CD1A 2P5OA 4CEFA 1S1UA 4DQQA 3UIQA 1S1WA 3QB0A 4RTFD 2P1JA 4KO0A 1LWFA 2E5LK 4IEEA 2HHQA 4JD2B 5C25A 2P9UB 5M1NA 2E6MA 3AVIA 4O5FA 3V4IA 2CH6A 5FPMA 3TAMA 3VN5A 1ZBSA 2YKMA 1LWEA 3AVJA 3M8PA 3UKUB 3UE5A 3FGUA 5AZJA 4WFBL 3OY9A 4FZXC 3CJCA 5KRSA 3ITHA 3TSPA 4KHYA 4CJ3A 3G6EN 3CC4N 3L2VA 3AVLA 3OYDA 3TTFA 4Y1DA 3NH0A 4M3YA 1V4SA 1HMVA 4ID1A 3UKRB 1WSIA 1U48A 3O1BA 3SQ1A 3CI5A 1N34K 4JKEA 5JMVA 4NCBA 4IOAL 3RR8A 3NF6A 1TGOA 5BRHA 4FK0A 4BRNA 4C8NA 1NGBA 4NCAA 3HVRA 1D8YA 3LP1A 4B9MA 2NNWA 2RPIA 3I33A 1BWFO 3SNNA 3QEVA 2ASMA 3AVNA 4DSLA 3ULEB 4B3SK 4BRGA 3O4QA 2PBDA 5AQIA 4BE2A 1C0UA 3MWPA 3MECA 4FJLA 4RW9A 4HWIA 3AA2A 2W42A 1HPZA 2FBYA 1GLDG 4AH9A 1VQMN 4C8LA 3VQQA 3IS9A 4DF8A 3L6QA 4PL8A 2F9TA 4DMNA 4BRPA 3TABA 3TARA 2B6AA 2GWJA 4CJVA 3B6OA 1YAGA 4HUGA 2F8TA 4AHVA 3CG7A 3KVGA 3CFPA 3I56N 3OYMA 5J1EA 4BDYA 1IG8A 3HPHA 1JLAA 2GUIA 1HRHA 1HNIA 4CGHA 5AQUA 4FLZA 3U6FA 5M1OA 5I9EB 3M8SA 4YDUC 3BF3A 3KWIA 3ZSRA 4W5NA 1YHQN 2JWKA 4JAXA 1J54A 1X9MA 2QI2A 5DM7L 1J9AA 3O3GA 3OYGA 3DLGA 3LAKA 5AQWA 3RRGA 1U2VA 4CJTA 1V4TA 3KWGA 5CYMA 5J2PA 4BY9C 2X78A 5AFUA 5EXWA 3E9OA 4W5QA 3IDHA 3K5MA 5HBMA 2EHGA 4IJNA 4C8MA 3SBGA 3CCLN 1NGCA 4FJ9A 2YHWA 5HL7L 3RSEB 4CEBA 3H3NO 3M5RA 2KZZA 3AGKA 3K5LA 2ETJA 1C1AA 3E9LA 1S22A 5CYQA 1XI1A 1EKEA 4CZJA 1FW6A 2X6NA 4DFJA 3DLRA 2YJFA 2P9LB 3BGRA 3OYNA 4FJIA 5FPDA 1NKBA 2E20A 4FK4A 1QZ6A 1VSEA 1TKZA 1QSYA 4L3QA 3THWB 1NGJA 4OPKA 3EKUA 3VEYA 4CK2A 5GIOA 3TWHA 1XC9A 4N47A 5I3UA 1L3SA 1QHAA 4IEIA 1ASVA 1OKJA 1C1BA 1YTUA 2O4GA 4CJFA 3JYTA 4BE0A 4IZ9A 2OZMA 4CEDA 3IAYA 4HCCA 1JLFA 3KK3A 1X9SA 1X9JA 4B9NA 3CPEA 2V7ZA 3MWTA 4R79A 4B1WB 1NK9A 4A57A 4CF1A 3ZSVA 1LW2A 4WQ4A 2QXFA 3M6GA 1GLEG 4AM7A 3AY9A 3EO3A 3OYEA 5H1SQ 1VRUA 4AHRA 1UA1A 4DV1K 2YKNA 4MQ3A 4M3ZA 1MWMA 1MU2A 3RMBA 3J80O 4DWIA 4FJJA 4L8RB 2D5RA 4PL7A 1RDCA 1VQ7N 2X74A 1MWKA 4BWMA 1HNZK 4H0TB 4IFVA 3JAMO 4GKJK 4DS5A 3DLEA 5AQLA 1FKOA 4N76A 1BCMA 3HM8A 3BDPA 3DLLL 5C2FA 4QOZB 1JJ2M 3OW2M 2D0OA 2HHSA 3HM9A 2VGNA 4CF9A 3L0QA 1VRTA 1REVA 4KHSA 4CZIA 4EFHA 4DU1A 1Q18A 2O8BB 2HMIA 1R0AA 4NXNK 4V19S 1WBBA 4QS8A 3M8QA 1S9EA 2P5GA 1IBKK 3THYB 3FFKB 3R6MA 3TR8A 1O13A 4JV5K 2VGMA 3K0SA 4MFBA 3V1OA 2JWLA 3TTDA 3CCVN 1NMNA 2D4WA 4EP4A 4FXDA 4CW7B 5AQSA 3QICA 4DSKA 3PLAA 4ID5A 2QWLA 3KJVA 2YNGA 2ZD1A 3DXKA 4BG8A 1CZBA 4ILJA 4IG3A 1CLQA 4JKCA 2Q1NA 3D2FB 4MLEA 3OBWA 4I2QA 3QLHA 3P38A 4H5TA 1RTHA 3HK2A 3WXLA 2KW4A 3V1RA 5IWAK 1C0TA 3BZCA 3NF8A 1XNRK 2RKIA 5E26A 4ZTFA 1C0GA 1J6ZA 1RBUA 4GY2B 4G9ZA 4CBXA 1Z25A 3T7ZA 4JKFA 1IBMK 3D2EA 3SJHA 3EZWA 4CI6A 2F96A 1JCEA 4KTQA 1YVNA 4M3WA 2NRZA 5DM6L 4KH5A 5JLHA 2UUAK 4ILHA 3A5MC 1WAFA 2WONA 2XY5A 4BRMA 2VG6A 3P31A 4BRKA 2OA8A 4LSLA 4RW8A 4CGFA 1L3VA 3WT0A 2KFZA 3SCXA 3U3YA 5JICA 2HHXA 3DRRA 1Z05A 4CE9A 4FZZA 4YFUA 4KHUA 4LF7K 3P83D 3DYAA 3VQCA 3LDLA 1JXBA 1RT2A 4DQSA 2NZTA 3AO2A 3FZMA 4DQPA 1U4BA 5FRNA 4DU4A 2F8SA 4B3OA 4FOEA 2CH5A 4LF8K 3BUZB 3KTQA 1UA0A 4OLAA 4F3OA 2UXCK 5ADXA 3AVAA 4JYAK 3BZKA 3CYMA 4OO1J 4WCEL 1S9GA 4X62K 4YOVA 3VQEA 4B3RK 4Y1CA 4CFDA 1ESVA 1BO5O 3R1XA 2F7TA 4DTSA 1MDUB 1QE1A 3ZSQA 2E1YA 4KB0A 2WOMA 4DLEA 5CR4A 4X65K 4FCYA 4M41A 2YHBA 4LC9B 4CJQA 3L4IA 2P9IA 3HL8A 3TAFA 1KFDA 4BREA 3SAFA 1WNSA 2RHKA 3M1FA 2ZM6K 4OKKA 1U45A 3MAQA 4RCHA 4BDPA 1B92A 4GV9A 4PKGA 1N32K 4Z4FA 5M1KA 5M1FA 4FVUA 2WBNA 4CJPA 1C0FA 4B9TA 3CJ1A 2HHTA 4NCGA 3G10A 5CZ1A 2YHYA 2O8EA 3D7EO 3DLBA 3IRXA 4M45A 4GVMA 5C2DA 3CCEN 1KAXA 3VGMA 3LP0A 3MXJA 3ALYA 3KK1A 4CIGA 2HOEA 3C7NB 3O8MA 3VQ8A 3NMUA 4KRFA 3MMVA 4MLHA 1GOCA 3THVA 5HOOA 3VENA 4LFBK 1I3AA 3SQ4A 3C6AA 3C6HA 3QESA 4ELUA 4YHHK 3J7YP 5JLFA 3LPUA 3CERA 2HVHA 3VGLA 4QAGA 4B8AB 1K8KB 4ISGA 4CK3A 4BVPA 3ZETA 1HKGA 4YOUA 4FM2A 2V51B 3TSUA 3E01A 1G99A 1KCFA 4BC3A 1VQNN 4FM0A 3N4PA 3AVFA 1NGHA 5K14A 2G8WA 3KZBA 3W3DA 1XC3A 1ASWA 4CHOA 1IO2A 3HYFA 3VQPA 3CQ8A 4IWVA 4OGCA 2HBJA 4KTZA 4DTPA 1XUPO 1E4FT 1RGIA 3LP3A 4OPAA 1ZXOA 4IOXA 3VGKA 3RVCA 4JKBA 4R5PA 3GOIA 4A62A 3O9RA 3I0RA 1IKVA 1XHXA 3AGRA 3IUCA 4ZHRA 3J7ZO 5J2QA 1S1XA 3WNFA 3R3LA 1NU0A 1U2VB 1W97L 4OPHA 1DKGD 2P9PA 1WSHA 1G15A 2HNDA 2QXLA 1RTIA 4JLHA 4BGAA 2FBXA 4A59A 1ITGA 3H08A 1RNHA 2V7YA 3MCPA 4FWPA 3KIOA 4AQYK 2P9NB 4CEOA 2G8HA 4CZFA 1X3NA 4DUYK 4JS5A 4JI3K 4OX9K 1YT3A 2GBZA 4MDAA 5GAHP 3H6EA 2ZJQL 4K43A 3VQ9A 2HMPA 1Q81O 4IKFA 1W7AA 4BRHA 4DR6K 3PO5A 3VMFB 2PYJA 1T7PA 3DRPA 4RW7A 4NYNA 1BA1A 3ZX2A 2VG5A 1I39A 4FLUA 4O4GA 2F9WA 1HKBA 3CCSN 3H46O 4GW6A 1XMOK 4FJKA 5AQMA 1T8EA 4BRLA 4UY8O 3VEVA 2I7PA 1RDDA 1QVFM 2JLEA 1YTAA 1RT5A 5KPRA 4BC5A 4B9UA 1LV5A 4DLGA 3HP6A 2DTUA 2PYLA 3SUOA 3V81A 3A0IX 4K25A 2VWBA 2OPQA 2QWQA 3NGZA 3KD5E 3DOLA 1W2BM 4Q0BA 1IKYA 1VSDA 3K9KA 3IFRA 1NBWA 1VSHA 4I9QA 4LF4K 3EL2A 2HNZA 3VOVA 1HNWK 1SZ2A 3QBXA 3S9HA 3HZ6A 4XH4A 3MEGA 3LDNA 3VEOA 3RR7A 3ENHA 3C6UA 3FE1A 2HF4A 5KGXA 4X64K 2P51A 4H5WA 4OVLA 3SQ0A 1NOYA 3O4WA 2DFFA 2VWJA 3QETA 1ZBLA 4BWJA 2NRHA 4PKIA 3J81O 4KHWA 1IBLK 3V6DA 5AQHA 3LDQA 5C24A 1SKRA 4KI6A 5BR8K 4FWSA 2XHBA 3ZX3A 1BI4A 4LFAK 2ZJRL 2IIRA 4BVOA 4LY7A 3TAGA 3AAQA 3I8BA 1WAJA 1XMQK 3OTOK 1JXEA 3OYIA 3SYZA 4KAZA 3MXIA 3FFIA 4KTWA 4FWLA 4BGBA 1VSLA 1C1CA 2ZJPL 4JI2K 1TKDA 3VERA 1NK8A 2IVPA 4CIEA 3SJJA 3DWLA 5D3GA 1TYQA 1BGXT 4FJHA 1NK5A 3DXKB 2Q2RA 3ZT1A 2HBMA 1EQYA 1BUPA 3LZJA 1BQNA 5JS2A 3SLCA 4CJLA 1NG9A 2FXUA 2BDPA 1BL3A 1U6ZA 3ZT0A 4DSJA 1ZBIA 2W6KA 3OYKA 2VG7A 2WTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJ9 N;  3CMA N;  4WF9 L;  3I55 N;  1YIJ N;  1VQ8 N;  1VQP N;  2ZJR L;  1YI2 N;  1VQM N;  2OTJ N;  4U67 L;  5JVG L;  1QVG M;  3CCQ N;  1M1K O;  1K9M O;  2ZJP L;  1Q7Y O;  5GAE P;  5GAH P;  1K73 O;  2ZJQ L;  3CF5 L;  1Q86 O;  1K8A O;  1Q81 O;  3CCE N;  3I56 N;  1YJW N;  5H1S Q;  5DM6 L;  1VQK N;  1VQ6 N;  2QEX N;  5GAG P;  1VQ9 N;  3CCS N;  1VQ5 N;  3CCM N;  1VQ7 N;  1VQ4 N;  4UY8 O;  1N8R O;  2OTL N;  3CPW M;  1YHQ N;  1NJI O;  1OVY A;  3CC7 N;  3CCU N;  5DM7 L;  4WFN L;  1QVF M;  1Q82 O;  3CXC M;  1KD1 O;  3DLL L;  1JJ2 M;  1S72 N;  4IO9 L;  4IOC L;  3OW2 M;  4WFB L;  1W2B M;  3G6E N;  3CC4 N;  3CCL N;  1VQN N;  1M90 O;  5HL7 L;  5MLC Q;  5JVH L;  1VQL N;  3CC2 N;  1ILY A;  3CME N;  4IOA L;  1KQS M;  3CCV N;  3PIO L;  3G71 N;  4WFA L;  3CCJ N;  2QA4 N;  1YIT N;  5GAD P;  4WCE L;  1YJN N;  3CCR N;  3G4S N;  3CD6 N;  3J7Z O;  1VQO N;  3PIP L;  1KC8 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SV5 A;  4O5B A;  1YXQ A;  2FBT A;  1VSK A;  3DI6 A;  1WUA A;  1SUQ A;  3HP9 A;  1VSM A;  4JHD B;  3DOK A;  4DFP A;  2W40 A;  1BG3 A;  4JK9 A;  1F21 A;  1NLV A;  5BRF A;  1QQN A;  4FOI A;  3AA5 X;  3FZL A;  2Z1G A;  3TU5 A;  1K9M O;  3PSI A;  2ZWH A;  4ILG B;  3PY8 A;  3CF5 L;  3RSE A;  3PV8 A;  1XHZ A;  5JS1 A;  5EVZ A;  4DS4 A;  3HVT A;  3QFU A;  4Z4E A;  1H1V A;  1WN7 A;  3CQY A;  1HQE A;  4AHT A;  1VQK N;  1SKS A;  4JI6 K;  3MXM A;  2HVI A;  4FO0 A;  5LMN K;  3C95 A;  3WXK A;  2P9S B;  2P9L A;  4CGI A;  4E7I A;  1VQ5 N;  4H8K A;  3QEI A;  1BCO A;  2G8I A;  4KHN A;  2OTL N;  2GX9 A;  4DQI A;  3U9Z A;  4RWT A;  3O3H A;  1Q82 O;  5AQT A;  1KLN A;  4A5A A;  2HBL A;  2O8D B;  4DUZ K;  4H4O A;  4CES A;  1NKC A;  1LCU A;  1C6V A;  4RG8 A;  1RTJ A;  4FWO A;  4F4K A;  1RT1 A;  2ASO A;  4KFB A;  1UWB A;  1I94 K;  3CM6 A;  1YUW A;  1S1V A;  1HLU A;  4K41 A;  3ISN C;  3MED A;  4JKG B;  3AVC A;  4BC2 A;  5CE3 A;  3QDK A;  4H0V B;  2Y1I A;  3VQD A;  5KTQ A;  2BH1 A;  3P39 A;  5FRM A;  4C8K A;  1KQS M; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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