2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
1VQ7N 3CPWM 2ZJQL 3CCVN 5GADP 1JJ2M 1VQ9N 3CC2N 1VQPN 1ILYA 1VQKN 3CF5L 4WF9L 5DM6L 3CCSN 3CXCM 5HL7L 1M1KO 3CMEN 4UY8O 2ZJPL 5MLCQ 1Q7YO 1S72N 1VQLN 3PIOL 3DLLL 4IO9L 2QEXN 5DM7L 5GAHP 3CC4N 3G71N 1VQON 3CCEN 3CCMN 3CCRN 1YI2N 1KQSM 4IOCL 3CCJN 1VQ5N 1W2BM 1Q82O 1QVFM 1K8AO 1YHQN 3CMAN 2QA4N 1M90O 1VQNN 1YJWN 1YIJN 3J7ZO 4WFBL 1K73O 5GAGP 2ZJRL 1YJNN 2OTLN 1NJIO 1K9MO 4IOAL 4WFAL 4WCEL 1KD1O 3G4SN 1VQ8N 1OVYA 3OW2M 1Q81O 1KC8O 1Q86O 5H1SQ 3CCQN 1VQMN 1N8RO 3I56N 3CCLN 1QVGM 3I55N 1VQ4N 5GAEP 5JVHL 1YJ9N 4WFNL 1YITN 3G6EN 3CC7N 3CD6N 1VQ6N 4U67L 3CCUN 3PIPL 5JVGL 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J81O 3TTFA 3P4IA 3VQ4A 1QZ5A 2YHXA 4E7KA 3NH0A 3OYCA 5LMUK 3CQ8A 1T44A 3EKUA 1EO1A 4FK2A 3CM5A 2X78A 2VQFK 1HNIA 4Z4HA 4CI6A 1S72N 2HF4A 1FW6A 3PIOL 4F3OA 2XY5A 3C94A 5FPEA 3O3FA 4FLXA 4DV0K 2RKIA 3SK3A 1HYZA 2QXFA 4N47A 2O8FA 1BGXT 3VQ9A 4NCAA 5BRHA 3FFKB 3TAEA 1RTHA 4FPBA 2ASPA 4CVNE 3RTVA 3ALYA 1BU6O 4C8LA 3U6FA 4B9LA 1JLFA 1BA0A 4DSIA 4A61A 4KHYA 1I94K 4CHQA 3RSEA 1TUYA 2G8FA 2P9SA 5B8HA 4DTXA 4DUZK 3OYBA 4QOZB 4H0OA 1VRTA 5BREA 1ZBLA 2A3ZA 3NHGA 4LFCK 1RBTA 3OW2M 3ZEUB 1NWKA 2YNGA 3LALA 4CHZA 1UWBA 2F96A 1N32K 4B3MK 4KTZA 3SAGA 4DTJA 4OO1J 2ZF5O 4B3RK 2OANA 4DU4A 4K0KK 3I55N 3DAWA 1REVA 1BWFO 4CGIA 4OX9K 3PO5A 1G15A 3TAGA 4KB0A 3VQQA 4J2EA 4BRCA 1BG3A 1RILA 4EP4A 5FPNA 3HVTA 3TSPA 2HHSA 3DLHA 2RN2A 3OJUA 3MEEA 2Y1IA 4LF6K 1WSEA 3SQ4A 2ZE2A 3OA9A 1JJ2M 2G8IA 4JS5A 2HF3A 3GL1A 4NB4A 4OJRA 2VG6A 1U6ZA 1WAFA 4KH5A 1IKVA 1U2VB 4BR2A 2IOCA 4RCHA 4CF0A 2JGUA 4FWPA 3CMEN 1ZBHA 2P9IB 4BG8A 4RW9A 3I8DA 4Y1CA 3PO4A 4JI7K 1RBSA 3SBGA 2HBJA 2D4WA 1IKYA 3I33A 3EY1A 2H3GX 1LCUA 1C0TA 1IKWA 3L2VA 2HVHA 5AQSA 3PX0A 3KJVA 3SJHA 2E4LA 5HROA 4M3TA 3UKUA 3S3NA 1RDAA 4B8AB 2WBNA 3L3VA 1VSLA 2DPNA 4HCBA 1YJNN 4OKKA 5ELZA 4FWRA 4OPJA 4CD3A 1NKBA 1BCMA 4HTLA 1BDGA 4RW6A 2FSNA 3JS6A 4CFBA 1BI4B 4LF7K 4DTNA 1VSDA 4LSLA 5LMNK 4DU1A 4KHWA 4H0TB 3PSIA 3F73A 3V9WA 4PKGA 2A40A 4R5PA 5FRNA 5JVHL 4QS8A 3TSUA 1YAGA 3MN9A 4EP5A 4CEFA 1S3XA 4U67L 3Q7BA 3CCUN 4CIEA 3AVIA 3CG7A 3FZLA 4FWNA 1MDUB 4PHTX 1E4GT 1VQ7N 1IBLK 5HRPA 2WFBA 3W3DA 1BUPA 5GADP 2FBXA 4RW8A 2O8DB 4NCBA 2FBVA 4DHYA 1ILYA 3TAMA 4DUYK 3CHWA 5I42A 4F4KA 3KIOA 2IVNA 2E8AA 1R0AA 4DV6K 3CXCM 3OYHA 3V1QA 4DSEA 2X6SA 1KRPA 3QDKA 1VK0A 2YV0X 4BRKA 3QETA 3KD1E 3L2QA 4IO8A 4IFEA 4ISGA 4NCGA 3ENOA 4QS7A 4HUEA 4CFDA 3ITHA 3SPYA 3TI0A 3HRGA 3M6GA 5DM7L 2A5XA 1RCHA 3EE8A 1O1WA 4CK3A 3ID8A 3AY9A 4EHUA 2AA4A 1NGDA 3QESA 1S1UA 3MK6A 1X9MA 4K42A 1ASWA 4CZLA 4DF4A 3V81A 4KO0A 4CEZA 5GAGP 4G1QA 3DRSA 3ZX3A 4H5WA 4CEAA 5CZ2A 4QS9A 1HMVA 1QQCA 3WNGA 3SMSA 3MN7A 2WC9A 2ATQA 3WXJA 1MU2A 1BIZA 4GKJK 4KFBA 1WB9A 4O0IA 1XHXA 3WNEA 4ILGB 3NH1A 3CCQN 1NGBA 3VQ8A 1WUAA 3BY5A 1N8RO 1W7AA 4RG8A 4JKDA 4CEOA 5F1XA 3A5LC 3NVKA 2VCPA 5KPRA 2EWSA 4DFKA 3KLIA 4JI4K 3EZWA 4A5AA 2UYTA 2YKNA 1UA0A 2UU9K 4KHQA 2UUAK 1RT3A 1BO5O 1CZ9A 3OYGA 4GKKK 4LC9B 1NJWA 4ELUA 1RT2A 4B08A 3H08A 3QEVA 3WXKA 1MA9B 1K8KA 2IGIA 1DGKN 3A5OC 1XNRK 4PL8A 3EYZA 2ZJQL 3CCVN 3DWLA 3SUNA 4Z94A 3M1FA 1ZBUA 3FGUA 4R79A 4DQPA 1EXQA 3H3OB 2YNHA 4Q5VA 4AHVA 1MWMA 3LL3A 3UE5A 3P31A 4BRGA 5IWAK 5DM6L 5AQXA 2NRZA 5CZ1A 1LOTB 3UKRA 4Z4FA 3S9HA 2ZJPL 4FM2A 5AQGA 1Q7YO 1VQLN 2GEMA 5HBMA 2HHQA 3OYDA 1T6CA 3NGZA 3AVJA 1GLJO 3LP3A 3CFPA 4IO9L 2FSJA 3VA0A 3S3MA 2D0AA 4AHTA 1SZ2A 4AHCA 4M3YA 2P5GA 4B9QA 3WEEB 3HXMA 2YI1A 2HSTA 4CGDA 3RMCA 4NYFA 3NGYA 3K58A 4GW6A 3LDQA 4DV4K 2F7TA 2CH6A 3DXMB 1DT9A 4I6MB 3LZIA 1XC9A 3L2WA 2QWLA 4EFHA 1C0GA 1HKBA 5D3GA 4Q0BA 3PY8A 5KPZA 5M1FA 1T6DA 3K5LA 1D9FA 3DI6A 3GBTA 2G8VA 2O8CB 3RR8A 2IVPA 4BRHA 5C42A 5FDLA 4WQ5C 3C6TA 4FM0A 3AGKA 4OLAA 2A1RA 3S41A 3RMDA 4LY7A 3BF3A 3UIQA 4YHHK 5DK5A 2ITGA 5AJ3K 4B1ZA 4JN4A 3MMVA 5M1KA 1V4SA 3JAMO 3PLAA 1SUQA 1GLDG 3DLEA 1YXQA 3AA5X 1RDUA 3SUOA 1B9DA 1SAZA 4AF1A 1ASVA 1HR0K 3KHYA 1S1XA 5J2NA 2E88A 3ZETB 4JRQA 3O1WA 3TWHA 2QKBA 2Z1IA 1YTUA 4X65K 1RDBA 3L2RA 2Z1HA 1KVAA 1HRHA 1SL2A 3H1QA 3SAHA 3OJSA 2EX3A 4DV2K 3T69A 4BR5A 2ASMA 5J1EA 3CPWM 2P1JA 3E9OA 2HHXA 4H0YB 4OLBA 4JLHA 4CHPA 5IT9O 4GY2B 4EZ6A 1NGJA 3IS9A 2XHBA 3AVGA 1BIUA 2QI2A 3DYAA 4CEEA 3E9PA 3ZSWA 5BPMA 4DF8A 3RR7A 4JKGA 2NUBA 3THXA 4B9MA 4KI4A 3A8YA 5GIPA 2QWNA 4MO4A 3ZT3A 3T1HK 4KH4A 1A5WA 3BF1A 3VMFB 1E4FT 2B5JA 1NOYA 3PX4A 4O0JA 1Q82O 2V52B 4MDAA 3MX2A 3CQXA 4C23A 4MFBA 2E2PA 1VAZA 1YJWN 1Z25A 1ASUA 3DXKB 2A42A 1K6YA 3LM9A 2KW4A 5JLFA 1YVNA 1NMNA 4BG9A 3KTQA 3LDLA 3DOLA 1GOAA 3THWB 2BANA 4HUGA 4GNIA 4HVJA 1NLVA 4RW4A 4BRFA 1NM1A 2HBKA 4DFMA 4DQSA 1KCFA 3BZKA 4B1XB 3ZSOA 2YJEA 2VG7A 4FVMA 1KSPA 3FE1A 4MLHA 3J80O 1VQMN 4CBUA 1NNEA 3CCLN 4YOTA 4BVOA 4CK2A 4DR1K 3VQAA 1J9AA 1I3AA 1TK5A 3LP2A 2PFUA 3VGMA 2YNIA 4I2PA 4DSJA 5TKWA 5FPDA 4K8XA 4DQIA 4JV5K 3G6EN 1JLGA 1IBMK 2O4GA 4DSLA 4CJ5A 4EHTA 3VQDA 3SAFA 3V9XA 4GV6A 1RT1A 3BEXA 2NRTA 4JHDB 1RDDA 3F9KA 3TAPA 3NMUA 3NH2A 3OS2A 2P9SB 4CJTA 2D5RA 5KQ8A 3QEIA 1VHXA 4DFPA 4B9VA 4KHSA 2E20A 4IFVA 4FW1A 1LWCA 3K0SA 1BQMA 5TKYA 4CJRA 4O55A 4UY8O 1C6VA 2WUSA 2DFEA 1KLNA 2W6KA 1N33K 4I9LA 3CJ7A 5FRMA 1UA1A 1NJZA 3U9DA 2YKMA 2WOMA 2UUBK 4JNEA 1Y64A 3OBYA 1ZBFA 2CH5A 4HHTA 3THVA 3O6WA 5JMVA 3BGRA 5C12A 3A0IX 5AR0A 1D8YA 4FO0A 3AGRA 5BN9A 3IFRA 1WLJA 1R59O 4DR6K 1C0UA 3D45A 4LH4A 3E9LA 3KLEA 4FPAA 4WQ5A 3ID6A 3LWMA 2E6MA 2ASOA 2E6LA 4LD0A 2O8BA 4J2BA 1D5AA 3MXMA 1HPZA 4E7IA 1V4TA 3AVAA 4BDZA 3AV9A 2V51B 4BRNA 4OPKA 4F8RA 1RT7A 4OKEA 3BDPA 4J2DA 2O8EA 4CJKA 3I56N 1Z26A 2VWJA 3SUQA 1X9JA 4CBWA 1P8ZA 2NNWA 3KLHA 3VQ7A 5JS1A 4FJJA 2DY4A 3MEDA 3RMBA 1TUUA 5KPTA 1Q18A 1TKXA 3VEYA 2DTUA 5E84A 3TANA 2I7PA 3UKUB 5AZJA 4E7LA 2KFZA 4CZMA 2KHOA 4IZ9A 1VSKA 1DEJA 2O4IA 3ZSQA 4V19S 4HCCA 3OTOK 5AQMA 1VRUA 5BRFA 3CI5A 2YHAA 3B8AX 1KAZA 1C1AA 3SCXA 4FLZA 4ILJA 3WXMB 3OBWA 1YF5L 3ULEA 4XH1A 5C2FA 4FWQA 3HBTA 4B1WB 3F9MA 2GWJA 3QINA 1SQKA 3V6DA 4B9UA 1M1KO 4DV7K 3IG1A 1NGFA 4FWOA 4CHOA 3VQCA 2RE2A 1TYQB 4CGJA 4FJ7A 5C0YA 4IDHA 1BL3A 5GAHP 4IEIA 2VGNA 3L0QA 1NK0A 3QLHA 1G99A 3VERA 3AVMA 1IO2A 2OZSA 4ZTJA 2FLOA 3G10A 4XH4A 4CFAA 3HYFA 2QWMA 5HRRA 4F2RA 1ITGA 4IXCA 3M3ZA 3ZT1A 4CHNA 4CIGA 4LF8K 1W9HA 4E19A 4CF9A 3J7ZO 1NGGA 1GLCG 4EAHD 4DR4K 4FJHA 3N4PA 2YX6A 2OTLN 4I7FA 4M3WA 4JD2A 3CIPA 3D7EO 1NOZA 4E3SA 1RT5A 1IKXA 4BR4A 2CGKA 2HBLA 1XNQK 3LP0A 4LSNA 3KLGA 1O13A 1EP4A 4JI6K 2P9LA 1LV5A 3LPUA 4NLCA 1LAWA 4C8KA 3HM8A 1TGOA 5BPLA 2VYPA 3TAQA 4KTWA 3D2FB 5AZIA 3VQBA 4E89A 1SL1A 1KTQA 4YDUC 3L3UA 1VSMA 4AM7A 3L2UA 2OYQA 4JI8K 3PX6A 3O4NA 3ZEUA 3NCIA 2F4VK 1SKSA 2JLEA 2IVOA 4JYAK 1FXXA 4IJAA 5C2DA 3HVRA 4K8ZA 3QFUA 1RBRA 3LDNA 3CJ9A 3V9ZA 3QICA 3M8RA 5EY4A 2FC0A 3M8SA 4M63C 1WSFA 3R6MA 3AO4A 4X64K 4B3SK 4O8UA 2P9UB 4CJLA 3W0LA 2RF2A 2QTDA 4DR3K 4KBOA 3OYKA 2Q3SA 3NF6A 3CM6A 1IV0A 4B3TK 4BRPA 2Z1JA 3CERA 3HSTB 3DLLL 4Z4EA 3G0ZA 4PKIA 5AQHA 3CETA 4AILC 2P9PB 4X62K 5GINA 2FXUA 5AQRA 1U48A 5EX5A 4DSKA 3VGKA 3JSMA 3CCEN 5FROA 4A62A 3P39A 4Z4GA 3T7ZA 1ZBIA 3KWIA 3CCMN 3NVMA 4FW2A 4M7XA 3V4IA 1H1VA 3TR8A 1L5UA 3ZX0A 4BRAA 3CMAN 1T05A 2P9IA 3EEQA 4JRPA 3ULDA 3CFRA 2ZQBA 5HRNA 3SMPA 3I0SA 4CFCA 4CZEA 1QSSA 4WFBL 1IBKK 2AJQA 3ENHA 1BISA 3OYJA 1NK7A 2F9WA 4AHSA 4FJXA 3AO2A 4BROA 3OYMA 1QHAA 3UB5A 4EIAA 3VTIA 4JS4A 4BE1A 1HYVA 3NGIA 3O4WA 3IAYA 4LFAK 3FLCO 5GIOA 1MWKA 3ZLJA 3AAPA 2AP1A 4M3RA 1HPMA 3QEPA 1NGEA 4YNQA 3PUFA 4LFBK 2HHUA 4CD1A 4IOXA 2YNFA 1QVGM 5AQZA 4DFJA 2D0OA 1CZBA 1VSHA 3DLBA 4OPHA 3OY9A 4KB1A 1EX4A 4FZYA 1JCEA 4M3UA 4Y0WA 4K43A 4CJWA 3WUHA 4FJ5A 5AQYA 3DOKA 4DQQA 2PYLA 4I2QA 4KKOA 4NYNA 5HLFA 2NRWA 4BQZA 2ZWHA 4FLYA 3CJAA 1RGIA 4BQLA 3KVGA 4H5RA 4JI3K 2A1SA 2Z1GA 4DLEA 4IG0A 2PYJA 3SQ0A 3L8BA 4WF9L 2QK9A 1WSJA 4FJ8A 4FJLA 1SS6A 4YOVA 4N56A 3R1XA 4CF2A 4FWSA 4M41A 2P51A 4O44A 3LDSA 1HX1A 1KXPA 1KFDA 1IH7A 2ZD1A 3THYA 4AHRA 3AARA 3QB0A 3ZT2A 4UQGA 3OVNA 2O8DA 1JLCA 4YORA 5JS2A 4Z4IA 4ELVA 4IOCL 2YHYA 3CCJN 1OH5A 5CY4A 1VQ5N 2HHHK 1TV6A 3O9QA 5HRSA 3C7NA 4OGCA 4DU3A 4ISEA 1S5JA 5BRDA 3SBTA 4KHPK 1QE1A 1ZYQA 4LF5K 2HHWA 1GLFO 2A6AA 4A59A 1K73O 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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