2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
2ZJRL 3CCUN 2ZJQL 5JVGL 3CC2N 3G4SN 5JVHL 1VQ9N 5DM7L 5GAEP 3I56N 3CF5L 3CCSN 1VQMN 5MLCQ 2QEXN 1QVGM 3CMAN 1VQPN 3J7ZO 1Q86O 5GADP 1VQ7N 4U67L 1VQKN 3I55N 2OTJN 1KQSM 3CMEN 4WFAL 1Q82O 1VQ5N 3G6EN 1VQON 3CCVN 1Q81O 3CCRN 1M90O 1K73O 3CCEN 5GAHP 4WF9L 5DM6L 3CXCM 3DLLL 3OW2M 3CPWM 1ILYA 1VQ6N 4IOCL 2OTLN 4WCEL 1KC8O 4IO9L 1VQNN 1YJNN 3CC4N 1JJ2M 3CCJN 1YIJN 1YJ9N 1KD1O 3PIOL 3PIPL 2ZJPL 1N8RO 2QA4N 1M1KO 1VQ8N 4IOAL 4UY8O 1YHQN 1K8AO 1Q7YO 1VQ4N 1K9MO 5HL7L 1YITN 1OVYA 5H1SQ 1W2BM 4WFNL 1QVFM 3CCLN 5GAGP 1YI2N 3G71N 3CCQN 1NJIO 3CC7N 4WFBL 1S72N 1YJWN 3CCMN 3CD6N 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OBWA 2O8FA 2ZJQL 5JVGL 3CHWA 2J4RA 1BIZA 3B6OA 4Z0UA 2AJQA 5CZ1A 3HO1A 4XH4A 3KK1A 1HYSA 1SL1A 2YNGA 1G15A 1S9GA 1DGKN 3C65A 4X65K 3NGZA 4FLUA 3KLIA 4NXMK 1Q86O 4AM6A 1VQKN 1Q18A 2GELA 1QE1A 4HCCA 1KQSM 4FJLA 5C25A 1HKCA 4CZLA 3MX5A 1XC3A 2OZSA 3CQYA 1J5EK 1HX1A 1VSIA 2JGUA 1L3VA 5AQZA 3CCEN 3AVJA 1LW2A 3V1RA 3F9KA 3EKUA 3MN7A 4DQIA 4DS4A 4R79A 1NJZA 4DR2K 2VGMA 4JKCA 2E5LK 1EX4A 4CW7B 5CR4A 4LF4K 1NGAA 4OGCA 4FJ9A 5J2NA 3HVTA 1TKXA 4CBUA 4AF1A 4CEQA 4CZEA 3MEEA 2XO7A 3EE9A 3SAGA 3AVGA 3CCJN 1NK6A 3PIOL 2P9LA 3VENA 4CFDA 3WNEA 3BF1A 4E89A 3DLRA 3GL1A 2FC0A 1RT1A 2P9KB 3RMAA 2E20A 2RPIA 4CVNE 2VYPA 2O8EB 1YVUA 2HSTA 5H1SQ 4CF1A 4DFJA 3RMDA 3R9PA 4JS4A 3PX6A 3OYBA 2D4WA 3BF3A 2A5XA 2D1KA 1IKYA 2BDPA 4BR5A 1S72N 1T7PA 3AA4A 3MDQA 4H5TA 3QICA 2D0AA 4BGAA 4CERA 4FJ7A 4KHPK 4GKJK 4DSIA 4N56A 5JVHL 3KK3A 5KGWA 4CF9A 3WT0A 1XWLA 3L4QA 1JLCA 3AVMA 3VQAA 3WXMB 4KAZA 2PYJA 2WC9A 5HRSA 4F2RA 3UKUB 1GLAG 4IJAA 1OH6A 3LZJA 3QNNA 4FZYA 1IG8A 3THWB 2X74A 1TAUA 4AHCA 4YOTA 2F96A 5LY3A 2P51A 3B8AX 4KH5A 2OTJN 3K0SA 1ZBFA 3O1BA 2P9IB 4DS5A 1NNEA 2YNFA 4GVEA 4PKHA 4JKAA 5HBMA 1HYVA 4PHTX 1D5AA 4IOXA 3BP8A 1J9AA 3BUZB 4HVJA 1BQMA 1RT4A 5CYMA 5HLFA 4B9NA 2PBDA 2VWJA 4DFMA 3EE8A 2D0BA 1ASWA 4KPYA 1CZBA 3LM2A 4OPHA 4Y1DA 3S9HA 1XMOK 1B9FA 1VHXA 3DRPA 3NAEA 2XY6A 1JCFA 3J7YP 3NVKA 3NE6A 3HPGA 4UY8O 3HTVA 3THXB 4AHUA 3I33A 2BH1A 4Z4IA 3QEWA 5AQKA 2V51B 3H45C 5HL7L 5J1EA 1YITN 2HMPA 1EETA 1DT9A 3PUFA 1BUPA 2GWKA 5JS2A 3K57A 3LL3A 4KBOA 1QVFM 3AVIA 1A5VA 1JKHA 3AO2A 3F2KA 3CCQN 1C1AA 3FE1A 3ZETB 3C7NB 1Q9XA 4IZ9A 4CZKA 2GUIA 5FRNA 4C8KA 3G4SN 2O8BA 2KKZA 4NLCA 4Z4HA 3NDKA 4F2SA 1Y97A 4CBXA 4O8UA 4RCHA 3DYAA 1GLDG 1R59O 4EZ9A 4IBNA 1CXQA 1NJYA 3IMXA 2QWPA 2G8HA 4JRPA 4B3OA 3ZSRA 4J2AA 2YI1A 1VQ5N 3M6GA 3MECA 4AH9A 4F3OA 3R8EA 2UXDK 5AZIB 1FXXA 4CJLA 1K8KB 3QBXA 3QFUA 3VF2A 4R5PA 2ASPA 4B3MK 5BRHA 3AGRA 2ZE2A 4H4MA 4B08A 4H5RA 4FK4A 3WNHA 2QWQA 4FJNA 3O5BA 4FWQA 4WYBA 5IT9O 3SQ1A 2A1RA 1CXUA 3U9DA 4M63C 1NK5A 4RTFD 1EQYA 3CPEA 3SPZA 4YOWA 3FZKA 2IC3A 3O08A 5C10A 5CY4A 4BY9C 4F4KA 2HHQA 1HQEA 1NG9A 1IBKK 2QXFA 4LF9K 4E7HA 4H5NA 3MCPA 4H0TB 4GV6A 2ASOA 4F8RA 1BHLA 4IXCA 5M1QA 4E7LA 5FRMA 4BVPA 4I2PA 4BR0A 1S1TA 4YOVA 2F4VK 4I2QA 4A61A 2QM1A 3H3OB 4FCYA 4CK2A 3L2VA 1OH5A 1HKBA 4YORA 1UOCA 3SAFA 1S1XA 2I7PA 3M3ZA 4E7KA 4E3SA 1ATRA 4M7YA 4WQ4A 3OYJA 3LDQA 2A41A 1TV6A 1N32K 5BRFA 2B5JA 2A6AA 3IFRA 1NLVA 3ZT4A 3F73A 3O9QA 1L5UA 3TU5A 3Q7BA 4O44A 3SYZA 3LANA 2P9KA 4CE9A 4DR1K 4BE2A 3NGIA 1YVNA 3ZSWA 4O0JA 1IO2A 3VEXA 2O8DA 4K25A 2O8FB 1RBSA 3IDHA 3WEEB 2A1SA 1TKZA 1VSFA 4CEEA 2RF2A 3OYKA 4FPAA 3ZSVA 1TKDA 1L3UA 4B1WB 3OYGA 3V9WA 3SMSA 4LSLA 3AA5X 1WUAA 3ZT2A 3C94A 5KQDA 2IS3A 4GW6A 2KZMA 2WFBA 4IFEA 4EP5A 4CECA 5M1OA 1FJGK 3NF7A 1NGIA 4KKOA 2BTFA 2NRZA 4JK9A 1IKWA 3P83D 2ITGA 1E3MA 4A59A 2NRWA 2QW9A 3TAGA 4ILHA 3VQ6A 5M1PA 2P9UB 1LV5A 1HUXA 1RGIA 2XY5A 3NH2A 3LDSA 3LP0A 2IIRA 5LJWA 2EHGA 4U7BA 4CGGA 1NMDA 4LH5A 4CZMA 4BREA 3J8AA 4AHSA 4BRDA 2HHVA 3DI6A 1W97L 3L8BA 3QNOA 3VQ9A 2P9LB 3KTQA 1TK8A 4Q0BA 4LH4A 4PWDA 4KTZA 5I3UA 1QSSA 2OPRA 4CJQA 4BVOA 3KKRA 3CETA 2BE2A 4N47A 1GLEG 2QWMA 4FXDA 4QCLA 4CZJA 4DCHA 3V4IA 3KLGA 5FROA 3LAMA 4O8KA 2E6MA 3D0PA 2FLOA 2FBYA 4AILC 3DXKA 3OYNA 2E1YA 3HOSA 1XNQK 1MDUB 1A5WA 1QQCA 5E41A 4DF4A 4H0OA 1IH7A 1EP4A 3THXA 1SKRA 4BWJA 3K5NA 3THVA 3SUOA 3AO4A 5J2QA 1X9WA 4O5BA 3HSTB 3WUHA 4KHWA 2VQEK 2YNIA 4K8ZA 3C6TA 4EZ6A 2ZGYA 4IJNA 3DLHA 3KLHA 5KPRA 1RT2A 2VGNA 5BPMA 3QEXA 1B92A 3ATVA 3K5OA 4CIFA 2UUCK 2HNDA 4G9ZA 3P31A 4OKEA 4DTOA 2QK9A 4B1UB 4CJTA 2A3ZA 5HRRA 3CFOA 1UA1A 4OKJA 3QBWA 4G1QA 4FYDA 3DWLA 3HPHA 1SV5A 3M8QA 5FPMA 4BRNA 3QEIA 2IVPA 5T7BA 3R1XA 3R3LA 4NCAA 3U9ZA 4B9VA 4MLEA 4NO7A 3MXMA 2YKNA 1NGBA 3L4IA 4LY7A 2HHWA 1HJRA 4KHYA 1YTUA 4J2BA 1HPMA 5ELZA 4EHUA 4H8KA 4Y1CA 3OJSA 3TR8A 4LFCK 5AZIA 2D0OA 1NGCA 4I7FA 3Q7CA 4CHOA 2PAVA 2Z1JA 5D3GA 1ZBUA 3AVAA 1QQNA 4A5BA 4NB4A 4BACA 3CJCA 4CJFA 3RVCA 1VQ4N 4J2EA 2G8KA 4BWMA 4IDHA 2IVNA 2AP1A 4FM0A 1S6PA 4JNEA 3CJAA 3FLCO 3DXMB 1YF5L 2HHXA 1RBVA 3ISNC 4KHUA 1U47A 5AQOA 3O9UA 3PX4A 3H08A 3P1GA 2PFUA 3K9KA 3BZKA 5E84A 2GBZA 1BO5O 2W42A 2G8FA 2Q3SA 3CD6N 5FLXO 2ZWHA 3UE5A 4DG1A 1BIUA 3VMFB 2DFFA 3LDLA 1JXBA 3VTHA 1ZYQA 3TTCA 4E1NA 5KPTA 2PYLA 1C6VA 4FVMA 1BISA 3O4WA 3WXJA 1EWQA 2O8BB 4H03B 1RFQA 3F9MA 1EWRA 3AVBA 2QEXN 1QVGM 1Q8IA 3TAEA 4M45A 4NCBA 1UAXA 1WSFA 3LPTA 3I8BA 3P5JA 4I6MA 3J7ZO 3C95A 1WSJA 3HP9A 4H0XB 2WBNA 1BGXT 4YOYA 3LDPA 3HXMA 3WEEA 4OLBA 2P5OA 1K6YA 2OPQA 2VWKA 1J5OA 4M3UA 3CM5A 4JKHA 4B3RK 4Z4EA 3EZ5A 4H0VB 3AV9A 4W5QA 4KH6A 4EHTA 2E8AA 1C1CA 1NJXA 1TGOA 2UUAK 1BOTO 4E7IA 3ZX2A 3NVMA 1NGDA 3HM8A 2UUBK 3CC4N 1WAJA 1C0TA 1SL2A 5AZJB 1T05A 3TSPA 1YJ9N 3QETA 3GBTA 3K5LA 1M1KO 3L0QA 2RN2A 1IV0A 2P9UA 3L2WA 1LOTB 1RBUA 1X1PA 4J8FA 1VK0A 3VGLA 1KVCA 3VERA 1MA9B 3L2QA 4FJKA 2Q31A 4FLVA 4HHTA 4BRMA 3IG1A 1GLBG 3O9TA 4JYAK 1GOBA 2FSNA 1LAVA 2YX6A 4OKKA 3RR7A 4CEOA 4XH1A 5JMVA 3C6HA 3TAQA 4B1ZA 5C2DA 1Z25A 2UU9K 2FXUA 4CHQA 3ZEUA 3VA0A 3ZLJA 4DU3A 3THYA 3O6WA 4LD0A 3O3HA 3M1FA 2VWBA 4CJ7A 4BR7A 4CEFA 4CEAA 1S1WA 4FJHA 2FBVA 2O8DB 3BDPA 4FZXC 3B6PA 4CF2A 4WQ4C 3HSCA 1O1WA 4JI8K 3T1AA 5ADXA 1D4XA 1VSMA 1ATNA 3TTFA 4U67L 2E88A 4FJGA 5AFUA 3SI6A 4BDZA 3LALA 4AM7A 4DU1A 1U6ZA 4CZFA 2D5RA 4PUOA 3ULEA 1MU2A 1I39A 1OVQA 4GV3A 4CGDA 5BN8A 3V1QA 3KK2A 2B4JA 1WSGA 1ASUA 2E2OA 3K58A 2OZMA 1N6QA 3NH1A 4DR7K 3W3DA 4IO8A 5F1XA 3V9XA 1NK0A 4BRGA 2DY4A 3AO3A 1BI4A 3HZ6A 2V7YA 2O4GA 2Q0RA 4DSLA 2VG6A 1JLEA 1TYQA 3AARA 1XNRK 4WCEL 3AY9A 5I42A 4DR6K 2Y1JA 4CCHA 5TKYA 3HVRA 3MK6A 2OYQA 3A5OC 3HP6A 1BCOA 1RCHA 2BUPA 1LAWA 2QWLA 1IKVA 4PL8A 4MLHA 3MMVA 4DSKA 4L8RB 2WONA 3A2FA 4CIEA 1VQ8N 1QSYA 1NBWA 1ESVA 2E4LA 3H6EA 4KRFA 5AQVA 2FF6A 2VG7A 1NK4A 1OVYA 4JI5K 3S3MA 4KFBA 3OA9A 3TTDA 3RRGA 1XC9A 3DXKB 2VG5A 2YV0X 3ENOA 1WSIA 4FWOA 2G8IA 3DLEA 3KKSA 4DV3K 4CIGA 3BGRA 4RWTA 5AQUA 2IDOA 3DXMA 4MDAA 3ALYA 4DR3K 1WAFA 5DMRA 3C6AA 4PA1A 1HNXK 3G10A 2NLXA 3VEYA 5AQHA 1XQSC 1ZXOA 1BU6O 3CERA 4FZZA 4ID1A 2IAJA 4BDPA 4CZIA 2E2NA 4K43A 5HOOA 4MQ3A 1SQKA 2WUSA 3CCSN 5C15A 4ELUA 2F8TA 3QDKA 4NXNK 1P90A 1RTIA 4DV2K 4HTLA 3FGUA 4C8OA 2OPSA 1KTQA 3E9LA 4YHHK 3I55N 4BC4A 2Y1IA 2DFEA 4MDBA 1S1VA 4JKDA 4FJJA 4CHPA 4DHYA 4BC2A 1QHAA 3J81O 2HHTA 4YFUA 1TL3A 1J54A 1VSEA 3DOLA 3LP3A 1GOAA 1VSJA 3O9RA 4X66K 4FVUA 3DLLL 4C1NI 4BQZA 4JI1K 3GDQA 4DQPA 3SQ2A 3FZFA 2BANA 4EAHD 4ZTJA 4BRCA 2HHSA 3BEXA 1OKJA 3T1HK 3PLAA 1J53A 3SPYA 3NFAA 5BPNA 4EP4A 3SUNA 2XRIA 4OLAA 4B9SA 1KCFA 1RILA 3A5LC 1JJ2M 1KFSA 4ISFA 2ETJA 4CJRA 2Z1GA 4B9MA 3PIPL 3OYEA 1HNWK 4BR4A 3BY5A 4JKGB 2V52B 3EN9A 4C23A 4LSNA 3D2EB 1YHQN 3TANA 1SZ2A 4Z4FA 4AHVA 3UB5A 2GWJA 4LFBK 1DLOA 3IKMA 4Z94A 4UQGA 5AQXA 4E7JA 3AVFA 3WXIA 3VQPA 3EY1A 2QI2A 5AZJA 3L3UA 4DQRA 1YTAA 5KGXA 2W41A 1VSKA 1VSLA 1I3AA 5AQWA 1NM1A 3CG7A 4KHSA 1C0MA 2QWRA 2CGLA 2WOMA 3NMUA 3TARA 2Q97A 3O4QA 4KTWA 2OA8A 4DLEA 4Z4GA 1BWFO 3OS0A 3ZSQA 1UA0A 2HMIA 4YOUA 2YHAA 1N34K 4OO1J 2Q2RA 4GVMA 1HQUA 1S3XA 2W40A 3H3NO 5DM7L 1RTHA 3SZ2A 1SL0A 1KXPA 4JKEA 4C8MA 3ZSOA 4BE1A 3VA3A 3MXIA 3M8SA 3L2RA 4FL9A 1WB9A 4I6MB 3SK3A 1ZBHA 3FZMA 3QEVA 1BDGA 5JICA 1D9FA 3G6EN 5KRTA 3CCVN 1NK8A 1HNIA 2CGJA 3LPUA 1QS4A 3T69A 4M3XA 3EEQA 4JI4K 3V1OA 4CJ5A 2X78A 2NRTA 4FJIA 4FWMA 5GIPA 2KZZA 3KWGA 4YY3K 3CIPA 4DQQA 1NGGA 2OTLN 3HYFA 4H5WA 4Z4CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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