2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
1S72N 2OTLN 1JJ2M 1KC8O 1Q86O 3I56N 3CD6N 1Q81O 1ILYA 3CC4N 1YITN 1YJWN 3CCUN 4WF9L 5HL7L 4WFBL 1KQSM 1M1KO 1QVFM 3OW2M 3I55N 1VQ4N 3J7ZO 3PIOL 3CCEN 5JVHL 3CCLN 1NJIO 2QA4N 1W2BM 3DLLL 2ZJQL 1N8RO 3CMEN 1KD1O 3CC2N 1YJNN 1K73O 1YJ9N 1VQMN 1QVGM 5JVGL 1VQLN 5DM7L 3CPWM 1YIJN 4IOAL 1VQ5N 1VQ7N 3CCSN 5DM6L 1K8AO 2QEXN 1VQ6N 3CCMN 1VQPN 1VQ9N 3G4SN 1YHQN 2ZJPL 3G6EN 1VQNN 3CMAN 4WFNL 5MLCQ 5GAEP 1K9MO 3CCJN 4UY8O 5GAHP 1Q82O 1VQ8N 2OTJN 1YI2N 3CF5L 3PIPL 5GADP 1VQKN 5H1SQ 4IOCL 4U67L 1OVYA 3CXCM 4WFAL 3CCRN 1M90O 3CCVN 2ZJRL 3CCQN 1Q7YO 4IO9L 3G71N 5GAGP 4WCEL 1VQON 3CC7N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B8AB 3KD1E 4DV5K 3KIOA 2Z1HA 3P31A 4CF9A 2D4WA 3OYEA 4Y1CA 5AQLA 2OZSA 4FLWA 4H0VB 5BN9A 4A2BA 4DWIA 1RDUA 4W5OA 3ATUA 4CK2A 3ZT2A 4LF7K 2ETJA 1VRTA 4QS8A 3HI0A 2DFFA 3SV3A 5AQHA 3TWHA 4E1MA 2GX9A 3NH0A 5AZIA 4KPYA 1TAQA 1HYSA 3PIOL 3CJCA 2HHWA 4AHSA 3FLCO 2KZMA 4CEQA 3B6PA 3D2FA 2AP1A 1R59O 1W2BM 3K5MA 1IKYA 3PSIA 4I2PA 3B8AX 2P9SA 3CMEN 3AA5X 4DS5A 1XNQK 4DR7K 4BRAA 4M3YA 4H03B 4DV7K 4EP4A 3H08A 4B9SA 3SBGA 4JI8K 2HBJA 2XRIA 1O13A 3KLHA 1GOCA 4E19A 3DOKA 2QI2A 3MN9A 3AO1A 4R5PA 5EOYA 4EFHA 1VQPN 1J54A 2YJFA 5HBMA 1VQ9N 1ZBLA 4FJJA 3EO3A 2E2NA 1BL3A 1Z05A 1CZ9A 1K9MO 4DFKA 1YTAA 3O1BA 3LP2A 3ALYA 5AQTA 3IKMA 5H1SQ 2KQ2A 4DR2K 4JS5A 3ZSWA 1QSSA 4K42A 4LSNA 1FW6A 2IC3A 3AVIA 3NH2A 2NRHA 3ITHA 3ISNC 4JKGA 3MEDA 1HPZA 4CFBA 4FJGA 2A1RA 4EP5A 4Z94A 3FFIA 4F2RA 1QQMA 2HNZA 2YNIA 1NK6A 4IO8A 4JI7K 4WCEL 3AY9A 3T1HK 4YOVA 4C8OA 4FLTA 5TKWA 3V9UA 1NOYA 4DR6K 5LMUK 3NVMA 4WQ5A 4IKFA 4OKKA 3VQ6A 1C0GA 4BE1A 4YDUC 1WSFA 1NK5A 3ZX3A 4I6MB 5F1XA 4GKJK 4C1NI 1Q81O 4BC5A 2YHWA 2D0PA 4RW6A 4WQ4A 1OH7A 3HVRA 3S41A 4FZXC 4OPJA 4BRDA 1BWFO 4CK3A 4CZKA 3O4WA 3NGZA 4IJAA 5HL7L 4RW8A 4CEOA 3U9DA 4QS9A 2D0CA 3JAMO 4DF8A 1CXQA 1QZ6A 1S6PA 2P1JA 2BUPA 2E20A 1UAXA 1RT7A 4JKGB 3AVNA 4B3OA 3CJAA 4MDBA 4RCHA 1TGOA 3G25A 1K6YA 1REVA 4XIUA 4HCCA 3T19A 1RBRA 1N6QA 5FDLA 1VRUA 3H3OB 3O5BA 4K25A 4HCBA 3P5JA 2DTUA 3L2WA 1YJ9N 2Q36A 4O55A 4DV2K 2VG5A 4CJRA 3EY1A 1BO5O 4FPAA 3O9RA 2VQFK 1VAZA 1S9GA 4BRCA 4DKWA 1YIJN 1SL2A 4B8CA 2AJQA 4BRNA 1VQ7N 3O9TA 3CCSN 3O4NA 3CPEA 2QEXN 3CCMN 3RMBA 2JGUA 1LAVA 2YNFA 4LF6K 1XC9A 3CMAN 3BUZB 1RGIA 3L2QA 4JV5K 2RN2A 4CZJA 3SJHA 3OYJA 3CCJN 4FXDA 5BRFA 5AQIA 3SPZA 3DXKB 2Y1JA 3V1OA 3OY9A 2IVOA 4XH5A 4KV8A 3VEOA 4B9TA 5BPMA 1VSEA 1NGFA 2X6SA 4Z4CA 3M8PA 1EQYA 1WAFA 3IUCA 3QERA 1NGDA 4AM7A 1VSLA 2ASOA 3DLGA 1DTTA 3W3DA 4RW7A 4FJ8A 5SZTA 2P51A 3ZSRA 3SI6A 1Z25A 1C6VA 5JLFA 4FK4A 1RT2A 4CEFA 3B6OA 3AGKA 3AVBA 3V1RA 5KPRA 1J6ZA 4RG8A 4B1VA 4FWOA 3FZMA 3HL8A 4E89A 2UUCK 3C7NA 5CYMA 5TKYA 3VEWA 4ILJA 4CEBA 1ASVA 1HNZK 1XI1A 2WUSA 2G8WA 1XUPO 4CD3A 4FJLA 1S1XA 4Z4HA 3A5LC 4EZ6A 3HPGA 3DJCA 4N47A 2E5LK 4B1XB 4JK7A 4AM6A 1GOBA 2B5JA 2UUBK 2FC0A 2E4LA 3DM2A 3LDNA 4FVMA 5JICA 4FM2A 3ZX2A 4JAXA 4B3SK 3NMUA 4LF9K 5AJ3K 4YORA 4LF4K 4CBWA 2ITMA 5FRNA 1QQCA 4GKKK 1HYVA 3KLEA 3OYGA 1P90A 3CHWA 1HLUA 4O0JA 1SL1A 2IVPA 3F73A 1EP4A 5JLHA 3OVNA 2UU9K 3S3NA 3D45A 4CJ4A 3VN5A 5GINA 4OKJA 1QSLA 4BDPA 2OPPA 2P9NA 3AA2A 2O8CB 3ULEA 4FWSA 4DR3K 4A2AA 1RT4A 3AVJA 3KLFA 1U47A 3Q7CA 1VQ8N 3NF9A 2OTJN 1X9JA 3HZ6A 2VGNA 4Z0UA 4OO1J 3SQ2A 4E1JA 4ISEA 4FZZA 3K5NA 2UXCK 2FXUA 2D0AA 3FZKA 4FWPA 4AILC 4K8XA 4PA1A 4B3MK 1RBVA 2HNDA 3HM8A 2HNYA 3L4QA 4IO9L 4PUOA 4KHSA 3THXA 1CZBA 3FZLA 3VA0A 3L3VA 5T7BA 2UXBK 1VK0A 1HKBA 4CJWA 3QETA 5FROA 4IEIA 5FRMA 3LAKA 4O4GA 3F9KA 1XWLA 3N4PA 3TAMA 3TSQA 2GELA 3VGLA 4FYDA 3JSMA 2CGKA 2FSJA 4M3TA 5HRRA 3MN6A 4BRIA 2ASMA 2IOCA 4M7XA 1U45A 4DR1K 1NWKA 2BE2A 4WFBL 3VEVA 2P9PA 1X3NA 3C6UA 3J7ZO 3TAPA 1V4TA 3CJ1A 1XHXA 4M45A 5BPLA 5C12A 2P9LB 3NH1A 1XC3A 2PYLA 4CECA 4YOWA 2YHYA 1LW0A 5AQYA 4ZTFA 2Q97A 1FJGK 4XH4A 1QHAA 1NLVA 4KH5A 5ELZA 1SZ2A 5HRSA 2WOMA 1IBKK 5C25A 2FSKA 5E26A 3BF3A 1RDWX 1ASWA 3OYCA 1K8KA 1BGXT 3V4IA 4JKEA 3VQ9A 4FJIA 1VQ6N 3G0ZA 1NJYA 3O3HA 3VTIA 2P9PB 2FBVA 1WSHA 1MWKA 4CHQA 1XMOK 4HVJA 1BU6O 1IG9A 4KFBA 1JLEA 1J53A 4QS7A 3QNOA 3I0RA 1VSIA 1U2VA 3BZCA 4O5FA 3I33A 5GAHP 3QFPA 4WQ5C 3CF5L 3A8YA 2OANA 1TAUA 4FK2A 3H1VX 3TAQA 2D0OA 4WQ4C 4ID5A 1BISA 1GLAG 5KPZA 4B3RK 3QMLA 3IS9A 4B9NA 1HRHA 1LWFA 4IEEA 3MX2A 3AA3A 5C24A 1DEJA 1NGJA 4LFAK 4FW1A 3ZT3A 2EWSA 3AVGA 2NLXA 4BRQA 1JCEA 3OYAA 3VEZA 4Y0WA 3RMCA 4KB1A 2GWJA 3I0SA 4DU3A 3SAHA 4W5TA 4JRPA 3O9QA 4BR0A 2W6KA 3THYB 3M6GA 4E7HA 1U2VB 4H8KA 3THWA 2A41A 3CJBA 5KGWA 5HRNA 3UKUA 1TKXA 3GBTA 4LH5A 4M41A 1KVBA 3TTDA 1JL1A 1GLLO 4ELUA 3MX5A 2XO7A 5M1NA 3LM9A 1KFSA 1KRPA 3DRSA 3PX6A 4YNQA 4KI6A 4DSFA 3O6WA 1BOTO 2QK9A 3O80A 4Z4IA 4IG3A 1YVUA 3VEYA 2IGIA 3KZBA 3O9UA 1WBDA 4GW6A 3SBTA 4MO4A 1RCHA 3H6EA 1GLBG 1S1UA 1TKZA 3VESA 3O3GA 5E84A 3RVCA 5AQUA 4CJTA 2F9WA 3IFRA 4CEEA 2O8DA 4E3SA 5J2MA 4KBOA 2OCEA 4Q0BA 4DMNA 1T3VA 3UKUB 1NGGA 3HVTA 3LZJA 2GEMA 5A2QO 3LALA 1VHXA 3DI6A 1JLAA 3BZKA 1NKEA 5BRHA 4JI0K 4XH1A 1GOAA 4KHPK 1GLEG 4NLCA 4CERA 2Q3SA 2LSNA 4BACA 3R1XA 5J1EA 2X74A 3UE5A 1ZYQA 4IOCL 4DTRA 1F21A 3AV9A 1E3MA 3AVCA 4K8ZA 4CFDA 4YOYA 1RNHA 3J81O 4DU1A 1EETA 2P9UB 1S1WA 4C23A 3NBPA 4ELVA 3AVAA 4B1ZA 1NJZA 1CLQA 4X66K 3QBXA 1JLCA 1L5UA 3L0QA 1DKGD 1BCOA 3ZCMA 4FO0A 3SZ2A 4LFCK 4GV3A 3HTVA 1TK8A 2WONA 3OBWA 3S3OA 3NDKA 4CZFA 3M1FA 2VG6A 1TKTA 3TARA 3BGRA 3I56N 1T03A 4FZYA 3VMFB 3R3LA 3WXIA 4GV6A 2D5RA 2ZWHA 4KHYA 3KKRA 4Y1DA 4FCYA 2O8EB 3OYHA 4PL7A 3K58A 2KHOA 1JXBA 3FR0A 2Q31A 1NGBA 1SS6A 3MCPA 3I55N 2NRXA 1IJJA 3KLIA 2F4VK 3NF8A 4CHPA 1YVNA 1LW2A 1FKOA 3EKUA 4KH6A 3O3FA 3E01A 1IO2A 4OX9K 4AHTA 1TK0A 3I8BA 2NRVA 4CCHA 4JKCA 3TABA 4O5BA 4J2AA 3ENBA 4PY5A 2ZGZA 4CJFA 3L4IA 3ID8A 3PX0A 4BY9C 4OLBA 2YKMA 4JN4A 2H3GX 3CFOA 4PKIA 1NK7A 3R8EA 3L3UA 4JI3K 1E4GT 3R6MA 1NKBA 5HP1A 4DQPA 2Z1GA 4FJHA 4L8RB 3WXLA 2R7YA 4CGDA 1D9FA 2Z1JA 1NKCA 3G6EN 4IXCA 4MDAA 1RBUA 5IT9O 4FJMA 5AQGA 2ZF5O 3SQ1A 1QQOA 1W7AA 3MECA 3SQ0A 1W97L 4I9LA 1BIUA 1Q9YA 2V7ZA 3VOVA 3AAPA 1D9DA 3QESA 4F9OA 1WSIA 3VQBA 1NK9A 3GOIA 3HT3A 2V51B 3BP8A 2KFZA 5EU7A 4Z4EA 4I6MA 2D0BA 3G71N 4B1WB 1S9EA 4FWKA 5KTQA 3PUFA 3CIPA 3JS6A 2NZTA 1BA1A 3WQUA 3ZX0A 2QTDA 5AQWA 3LPTA 4WYBA 3DLRA 4BRMA 4DB3A 1JJ2M 2Q0RA 4GVEA 4DR5K 4BVOA 1HNXK 4DTSA 1E4FT 1ATRA 3HSTB 4BE0A 1BHLA 3K5OA 3QINA 4WF9L 5HLFA 2QWMA 4FLUA 4BVPA 4AH9A 3LANA 4PKHA 3SLCA 4ICLA 4MFBA 4JK9A 1I3AA 3HP9A 3VQPA 3VETA 4A57A 2HHSA 3AARA 2E6MA 1HR0K 1WSEA 2HOEA 4YHHK 1C0FA 4CJUA 4K43A 3V81A 3VQAA 2RKIA 2P9IB 3MCAB 2ZJQL 2HF4A 5GIOA 1KD1O 1SKSA 4L3QA 1YJNN 2QWQA 3CJ7A 1GLDG 4BC3A 2DPNA 5CZ1A 1T7PA 1QVGM 5JVGL 4DHYA 3DWLA 2ATQA 3PV8A 1X9MA 3ATVA 3JXUA 4DQQA 2F8SA 3WEEB 3LDSA 2OZMA 4BR7A 2KLAA 1Q18A 3KVGA 3DXKA 4DFMA 1FK9A 4MLHA 3U3YA 2O8FB 3EZ5A 2IVNA 4N76A 1TL1A 5C2DA 4ILGB 4KI4A 1HX1A 2YJEA 1VSHA 3HSCA 1FXXA 3K57A 4R79A 3ZSYA 3FZHA 3TSUA 2QWLA 2GTDA 4E1NA 5CE3A 1QHTA 2Q1NA 5AQFA 3ZETB 1VSJA 3NGYA 3C6AA 1IKVA 1MDUB 1NOZA 4U67L 1UA0A 1C1AA 3CXCM 3CFRA 5AR0A 2QM1A 1C1BA 3MWPA 3ZYYX 3HJFA 2RE2A 4DSEA 1GLJO 2PY5A 1U4BA 1HPMA 5AZJB 3RMAA 4NXNK 2P5GA 1YXQA 1ITGA 3AO4A 1Q86O 1JLBA 1N33K 1WB9A 1SL0A 4GNIA 3CC4N 3SUNA 2CH6A 3AVMA 4OGCA 3OTOK 3NCIA 3BF1A 3ENHA 1RTJA 4G9ZA 1TYQB 4FJ7A 1BQNA 4J8FA 1KFDA 1UOCA 2A42A 4CHZA 4F2SA 1GLCG 3LDLA 3J7YP 3PX4A 3PY8A 3U6FA 3T1YK 1HQUA 1NMDA 3ID6A 3OYFA 2F9TA 3TANA 3EZWA 2Y1IA 4CF1A 1S6QA 3WXKA 1ZXOA 1JLFA 1IH7A 3P83D 4FJ9A 3SCXA 1ZBHA 3P38A 1WSGA 1HJOA 2O8CA 2FBTA 3VQQA 1RT6A 4LSLA 3NGIA 4BRFA 2QWNA 4IDKA 3AO3A 4AHCA 3KK2A 5M1FA 4CF0A 1JCFA 3A2FA 5FPMA 1KCFA 3WXJA 4CI6A 4BC4A 1W0HA 4KO0A 1DLOA 4AHUA 3BY5A 3HXMA 4KKOA 4Q5VA 5AQRA 4CJEA 4DFJA 1OH8A 3TU5A 5BRDA 5CY4A 1BCMA 1D5AA 2GUIA 3VQ5A 2NRWA 3TR8A 4BRLA 4F3OA 4B9VA 3AGRA 5AQNA 1IKWA 3DXMB 5AQXA 3CQXA 2G8VA 1U04A 2E1YA 4K0KK 5JS1A 3AAQA 4M3RA 2HHHK 3MN5A 1T6CA 5F2RA 2A6AA 1VQON 1W9HA 2ZGYA 1RDDA 2FSNA 4NCAA 4BWJA 4I9QA 2QKKA 2HW3A 5M1KA 3VQ4A 3BDPA 3VQCA 4BGAA 4CJVA 2A40A 4JK8A 1S1VA 1YTUA 4O8UA 3VA3A 4DTPA 2BANA 3FFKB 4CEZA 1TUYA 1ILYA 1H1VA 3SAGA 1WNSA 2O4GA 2E6LA 2YI1A 3C6TA 3EN9A 5B8HA 4FOEA 2P9LA 2VYPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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