3ZT0A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt0A00
3VQ9A 3ZT2A 4CJ5A 1NK7A 1TL1A 1Q8IA 3RMCA 4NYNA 3HYFA 3M8SA 3RMBA 4B3OA 3DLBA 2KW4A 2HHUA 3CFRA 1VSHA 4OGCA 1RT7A 3ZSZA 3S3NA 3L8BA 4KHNA 3U3GA 3ZT0A 3NF6A 5FDLA 3ZCMA 2IC3A 4H8KA 3IAYA 3ZSWA 5DK5A 4E0DA 4HCBA 4WE1A 3VQEA 4CJKA 3TAEA 4BDZA 1RDAA 3NHGA 4E1NA 5KGXA 4W5TA 3MEEA 3ITHA 4DQSA 1VSFA 3KKSA 4E7IA 3K58A 2XY6A 3U6FA 1Z25A 2X78A 1T05A 3MAQA 4M41A 1C1AA 3CM6A 3CQ8A 3CFPA 2HVIA 4FLUA 2P5GA 3UIQA 1I3AA 3O3GA 2HW3A 1ASVA 1HJRA 3L3UA 4IG3A 1EXQA 3QINA 4EP5A 3V9UA 1XI1A 3QETA 3P5JA 1NK8A 3PY8A 2P51A 2E6MA 3ZSXA 3V9WA 4BE0A 1HPZA 2EX3A 3ISNC 2BE2A 4KO0A 4BE1A 3U3YA 4KTQA 3HO1A 4FZYA 5HP1A 1TKTA 4Q5VA 3VA3A 4DQRA 4CEFA 2F96A 1RT3A 1KCFA 3AO3A 1B9DA 3PUFA 4O44A 4CEBA 4Q0BA 3K2PA 4OPKA 5T7BA 3AVJA 4BACA 5FRMA 3A2FA 1JLAA 2JGUA 4BDYA 2BDPA 4O0JA 1JKHA 3AVIA 3NH1A 3RR8A 1KSPA 4ZTJA 4FK4A 4DFJA 4HUFA 3OS2A 4CHPA 4E19A 4Y1DA 3ZSRA 4F4KA 3ZSYA 2XY8A 3DLKA 3MECA 1Q9YA 4FM0A 1LWFA 1CZ9A 3V9ZA 3RR7A 4NYFA 2W42A 2FBYA 4KHSA 4E7KA 3SNNA 1GOBA 2D5RA 3T19A 3DOLA 4OKJA 2DFFA 3SCXA 4IDKA 2HNZA 4KAZA 1NOZA 1S1WA 1TK8A 4EZ9A 3AO5A 1UA0A 5FRNA 1C0UA 3RWUA 3BDPA 4KB0A 3DLEA 2G8VA 4CEEA 4HHTA 2HNDA 1NK0A 1NJZA 4OJRA 4CF0A 4AHCA 3V4IA 3DMJA 2OYQA 1S9EA 1VSJA 3OYIA 3LAKA 5C42A 1RBTA 4AHVA 4E7LA 3L2UA 3PX0A 2G8KA 3OS0A 1JLQA 3NBPA 4HVJA 4JRQA 4RW4A 3QEIA 4W5RA 2PYJA 3H08A 4J2DA 1KVAA 4M3XA 5I42A 3L3VA 1ZBUA 3LZJA 1TK0A 1KLNA 1F21A 4C8MA 4FJGA 1VSDA 3T1AA 2QKKA 4KI4A 4CIFA 4CEDA 3OYLA 1WAJA 4AHTA 4FLVA 1VSLA 3TWHA 3QESA 4M3YA 1BIUA 4KHWA 3OVNA 2FBXA 3OY9A 3PX4A 1L5UA 1ZBHA 3SV4A 4B9VA 1UAXA 1S6PA 3C6UA 4JLHA 4KV8A 1WN7A 4LH5A 4NCAA 1FK9A 3B6PA 1QS4A 1W0HA 3QLHA 3OYEA 3LWLA 2YV0X 1VSEA 1TAUA 1XHXA 3LP1A 1REVA 3C6TA 3KLGA 3LP0A 2XO7A 4FM1A 4EP4A 3EY1A 1TL3A 3S3MA 4CHNA 4M45A 4CJVA 4W5QA 1RBUA 3KD1E 3AVFA 4Z4HA 4YFUA 4CJ4A 3NH0A 3MEDA 3MEGA 4LSLA 3L2WA 3K5LA 3V9XA 1FXXA 4DSEA 4AHRA 4CK3A 3LPTA 2D0BA 3RMAA 2Z1IA 4G1QA 4ICLA 2FBVA 4E3SA 4K8XA 2KTQA 1MU2A 3LP3A 1RT2A 1KTQA 1YTAA 4KTWA 1J54A 1ZBFA 3DLRA 3DM2A 3M8QA 4DTNA 1BISA 3LWMA 4DFPA 3VQAA 1KVCA 4DSLA 3SQ2A 2YHBA 3SV3A 3FFIA 4JS4A 3BGRA 1S6QA 4E7JA 1S1VA 2OZMA 1NKBA 1DTQA 3IG1A 5HRRA 3OYBA 1Y97A 4B9LA 4XIUA 2Z1HA 4HUEA 3ALYA 1BQMA 3TR8A 1NK6A 3E01A 2IDOA 3QEXA 4Z4IA 4DSJA 2G8FA 4B9UA 2OPSA 3DI6A 3HM9A 4H4MA 4E89A 3NF7A 4DS4A 3TABA 1NK9A 1J53A 4J2AA 1LW0A 3AO2A 4CFDA 2XY5A 1D5AA 3CG7A 5KI6A 3KK1A 3ZT1A 4QAGA 4YNQA 4DQQA 3OYFA 5J2QA 3AVKA 5C24A 4FVMA 4CESA 4I2PA 3L2VA 1WSJA 3SPZA 1JXBA 4CF1A 4L8RB 1JLEA 3O3FA 5SWMA 1YTUA 4J2EA 2VG5A 3V1QA 1NKCA 3SPYA 5CZ1A 1D9FA 1QE1A 1RBVA 3VQCA 4FJ5A 4B9SA 3EYZA 4BDPA 1BHLA 1EP4A 3KLIA 1SV5A 2X6NA 4CJUA 4O4GA 4OGEA 4LY7A 1SKWA 3F73A 1XWLA 4FM2A 2QK9A 1LV5A 4N41A 1WSHA 4GVMA 4F3TA 5FROA 2YKNA 4FLWA 3HT3A 3HXMA 4I2QA 3KLEA 1G15A 4DLGA 1NK5A 1ITGA 3NH2A 3K59A 1T03A 3NGIA 3RRGA 2VG6A 4PUOA 2Q3SA 1CXUA 1BIZA 2GV9A 4ELVA 1VK0A 5JS2A 1BL3A 2ETJA 5KRTA 3G0ZA 3O4QA 3TANA 1QSYA 4PQUA 1U47A 4AHUA 3OYAA 4KKOA 4FZXC 3QEVA 1HYSA 1Q9XA 4FJNA 1SL0A 1X9MA 3NFAA 3QNNA 4I9QA 4PA1A 3AVBA 4AH9A 2IS3A 4B08A 1JLBA 4GW6A 4OKKA 1KVBA 2ATQA 1C1CA 4TSXA 3V1OA 2B6AA 4CE9A 1RTJA 2YNIA 4E7HA 3QERA 2A1RA 3QEPA 3THVA 1IG9A 1CZBA 2KZMA 4KTZA 2G8UA 2A1SA 2HHSA 4FJ9A 1NKEA 3LDSA 4EZ6A 1CXQA 3VQPA 3OS1A 2B5JA 5CYMA 1IO2A 2VWJA 4C8OA 4FYDA 1UA1A 2G8IA 4CERA 3NDKA 4ZHRA 1A5WA 4CJTA 2WOMA 4CFBA 3O3HA 2HNYA 4FJKA 3V81A 4I9LA 1RTIA 4LD0A 1RTDA 4FW1A 3M8PA 2F8TA 4E1MA 4RW8A 4FJXA 3SUOA 4FJLA 1TKDA 3DLHA 4NCBA 5I3UA 3ULDA 1XC9A 4JRPA 1RT4A 4FJMA 4FJIA 2P5OA 3AO1A 3EZ5A 4DS5A 3ZT4A 1RBRA 2OA8A 4B9MA 1HQUA 2HHXA 2E6LA 3HK2A 4O0IA 1L3TA 4CGDA 4N47A 4OKEA 4DSFA 4CJFA 4F2RA 1O1WA 3HPOA 3SQ4A 1VSIA 3AA4A 3AVAA 4KB1A 4CECA 4FJ7A 4KHQA 3SYZA 1ZBLA 3WNHA 1TKXA 3OJSA 5KRSA 1C0TA 4CEQA 1IKWA 3MXJA 3OYHA 5EU7A 3SUNA 3SQ1A 1X9WA 1KLMA 1EETA 1N5YA 4M3RA 1D9DA 4HCCA 1VSKA 4HTUA 1S1UA 2BGGA 3VQBA 3AVHA 1WSFA 1NJWA 4DQPA 4FK2A 3SUQA 2WONA 1JLCA 3QIOA 2O4IA 1HYZA 4CGJA 4CFAA 4F8RA 2RPIA 4FLTA 4O55A 2DFEA 3VQQA 2HHVA 1IKYA 4DU1A 1DLOA 4DWIA 2XHBA 3PX6A 2O4GA 5J2PA 3LPUA 1TV6A 4DU4A 2KZZA 4M42A 4CEAA 5J2MA 4CF9A 3SQ0A 1B9FA 1SL1A 1U04A 3CYMA 4IFYA 1L3UA 4DTSA 3B6OA 3HP6A 2IOCA 1HRHA 4CJWA 4CJSA 1BCOA 2VWKA 1T8EA 1I39A 4Z0UA 4LSNA 4J2BA 1S5JA 4AILC 1TK5A 1A5XA 1ASWA 5CZ2A 4BWMA 1C0MA 1RTHA 3SZ2A 1QSLA 1VRUA 3D0PA 4DFMA 3AA2A 3DRRA 3DYAA 1WAFA 3L2QA 4DFKA 4Z4GA 1WSEA 3NE6A 4RW7A 1S9GA 3G10A 1HQEA 3V1RA 2Z1GA 2HB5A 4MQ3A 1IKXA 5J1EA 3RRHA 1BI4A 2HVHA 4Y1CA 5HRNA 1JXEA 3LP2A 2BANA 1KFSA 4KFBA 3KLHA 1R0AA 4Z4EA 4FXDA 3HVTA 2PZSA 1U4BA 2Y1JA 3P1GA 2G8WA 3KK3A 3VQ4A 1IKVA 3AVGA 2QXFA 3TAFA 4GMJB 1GOCA 1SUQA 3OYMA 3TAMA 1IH7A 4IKFA 5E41A 4CJLA 1ZYQA 1WNSA 1L3SA 2YKMA 3HSTB 1HNVA 1WSIA 3P83D 4ID5A 3DLGA 2XY7A 3SJJA 2RN2A 4BE2A 4MFBA 2E4LA 3KKRA 4CEZA 3OJUA 2YNFA 2D0AA 4IG0A 3IS9A 2RF2A 3F9KA 2OZSA 3QO9A 3L2RA 4QOZB 3VN5A 3VA0A 4FW2A 3AO4A 3AVNA 1NOYA 1Z26A 3S9HA 2OPQA 1HMVA 2IAJA 2P1JA 2ZD1A 1NJYA 1EKEA 1YVUA 1RCHA 3MXIA 1BGXT 3D45A 4DTMA 4Z4CA 4RG8A 3SI6A 4CHZA 2D0CA 2KFZA 3CFOA 3WNGA 2DFHA 4CGIA 3KJVA 4CJEA 4B8AB 4DQIA 2PYLA 2X74A 4CHQA 2OPRA 3AVCA 4DMNA 4JS5A 3MXMA 1U49A 4OPJA 3T3FA 2OPPA 3NF8A 5KGWA 1C1BA 3K5OA 4AHSA 3JYTA 4DTXA 2PY5A 2Z1JA 3WNFA 3TARA 4CFCA 1K6YA 2QKBA 3WNEA 3KK2A 1RT5A 1ASUA 4CGGA 4M3ZA 4B8CA 2YNGA 2RKIA 3HP9A 1WSGA 4M3UA 4CK1A 4BWJA 3QNOA 3DOKA 5C25A 2Y1IA 3AVLA 2YNHA 1XHZA 3NGYA 1N6QA 2XRIA 4ZTFA 1J5OA 4FJJA 3DRPA 4KRFA 4DLEA 4CIGA 3PO5A 2GUIA 3QIPA 2R7YA 4ELUA 1LWCA 2LSNA 3I0RA 4N76A 1JL1A 3NF9A 1YT3A 1JLGA 4F2SA 4FLXA 4CJ3A 2FC0A 1DTTA 3TI0A 4DSIA 4IBNA 1WLJA 2DY4A 1U45A 1KRPA 4UQGA 1RDDA 2ZE2A 2DTUA 4ELTA 4HUGA 4KHYA 3OYCA 1GOAA 3S3OA 3PO4A 3OYNA 3ZT3A 3VQDA 2EHGA 3DRSA 3V9SA 4ID1A 5D3GA 4W5OA 1C6VA 1UOCA 1RILA 3AA3A 1LAWA 1ZBIA 3QEWA 4B9NA 4M3TA 4Z4FA 5J2NA 3OYDA 1BCMA 1RT6A 3C95A 4DF4A 2GBZA 1JL2A 1FKOA 2VG7A 3VQ8A 5HRSA 4CIEA 4C8LA 2HHTA 2HHQA 3O4NA 3AA5X 3I8DA 2HMIA 3I0SA 4C8KA 3ZSVA 4DSKA 4R5PA 4FJHA 5CYQA 3K5NA 1KFDA 5CY4A 1QTMA 1QHTA 4PY5A 4N56A 3OYGA 5DMRA 3TAQA 4OVLA 1SKRA 2G8HA 3LALA 3LAMA 1X9SA 5HLFA 3VQ5A 3HVRA 1EX4A 1NK4A 1B92A 4CJPA 2I5JA 1SKSA 1QQCA 4FK0A 1T7PA 4DTPA 2X6SA 4N5SA 5SZTA 4K8ZA 1LW2A 4RW6A 3M8RA 4CK2A 1RT1A 1TAQA 1FKPA 1VSMA 4CJQA 4W5NA 3KTQA 4F3OA 3K57A 3AV9A 1HYVA 1HNIA 4OLBA 5K14A 2FBTA 4IFVA 3PV8A 3AVMA 3TAGA 3K5MA 3V6DA 1RDCA 2ITGA 1S1XA 3HPGA 3ZSOA 3OYKA 4DTJA 1L3VA 4KPYA 4CHYA 2F8SA 1CLQA 1BQNA 1VRTA 3NGZA 1BI4B 5HRPA 3LZIA 4QCLA 4OLAA 4DG1A 4FJ8A 1U48A 4DU3A 3ASMA 4NCGA 4FLYA 3IRXA 1RBSA 4DTOA 1RNHA 4O5BA 2NUBA 3OYJA 3HL8A 4KI6A 1W9HA 1JLFA 3JSMA 3NCIA 3SUPA 4FLZA 1SL2A 3KIOA 2IGIA 4C8NA 3VQ7A 3HJFA 4LH4A 3VQ6A 2AJQA 3CM5A 4RW9A 2KFNA 5JS1A 4FZZA 3RMDA 2YHAA 4FCYA 2ZQBA 3KLFA 1TKZA 2B4JA 4CHOA 1NJXA 1D8YA 5HROA 2HHWA 1UWBA 3HPHA 4DF8A 1LWEA 3ZSQA 5KTQA 4B9TA 4KREA 3KD5E 4CGFA 4CF2A 1TVRA 1J9AA 3C94A 4KHUA 4M3WA 1X1PA 4CF8A 1RDBA 3TAPA 2KQ2A 4CGHA 4CEOA 1LAVA 1TGOA 4CJRA 4DTUA 4H4OA 1A5VA 3RTVA 4PWDA 3LANA 4I7FA 3NAEA 4CCHA 1S1TA 1QSSA 4DTRA 2JLEA 5HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WCEL 3VQ9A 3ZT2A 1JCFA 3HI0A 1Q8IA 2W6KA 5GAEP 4YOXA 3M8SA 1VSHA 4OGCA 1RT7A 3QDKA 3S3NA 3VEXA 1BA1A 3MN6A 2IC3A 3IAYA 3MX2A 4E0DA 4JKCA 4I6MB 3MEEA 3L0QA 3ITHA 3SAFA 4DQSA 5LMUK 5M1PA 3ZX3A 1NGEA 2HVIA 3CFPA 4FLUA 2P5GA 3UIQA 1XI1A 1EXQA 3QINA 1HUXA 4EP5A 3V9UA 3QETA 4B3MK 3PY8A 2P51A 2E6MA 3HO1A 2BE2A 3CMAN 3TTDA 3AO3A 4CEBA 4Q0BA 1FW6A 1XNRK 4OO1J 4BACA 3A2FA 2JGUA 3RR8A 1JKHA 1HLUA 4JKAA 4ZTJA 3PSIA 1RFQA 3F9MA 1SQKA 3MECA 1Q9YA 1X3MA 1LWFA 5FPDA 3MWTA 5FPEA 4JI5K 1GOBA 3CQYA 3LM2A 3D2EB 3RWUA 2H3GX 3BP8A 1NK0A 4OJRA 3V4IA 3DMJA 1E4GT 1VSJA 5C42A 4AHVA 2GTDA 3NBPA 3FZLA 2PYJA 3T7ZA 4J2DA 1KVAA 1ZBUA 1VSDA 3TWHA 4M3YA 3EKUA 2YX6A 5EXWA 3GDQA 4B9VA 1S6PA 4KV8A 3P31A 4NCAA 1EQYA 1W0HA 3M3ZA 2HSTA 4DR5K 4FM1A 2XO7A 3VOVA 1H1VA 3EY1A 5GAHP 4CJVA 1RBUA 3KD1E 3SBTA 4FPAA 5GIPA 5AZIB 4CJ4A 1NGCA 4LSLA 4IJNA 3L2WA 4AHRA 3LPTA 3EEQA 4JI4K 3DM2A 3M8QA 3SK3A 4FPBA 3LWMA 3VQAA 3O80A 2YHBA 3SV3A 4JS4A 3BGRA 4IXCA 2F7TA 1YXQA 1VQON 1NKBA 3IG1A 2P9KA 3KVGA 3LDLA 2Q36A 1BQMA 4FWQA 3QEXA 5AZJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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