4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
5CYMA 4E7IA 2OPPA 1WAJA 3BDPA 1WSIA 3V4IA 4PUOA 1G15A 5DK5A 3K5MA 2QKBA 3NF6A 3QNOA 1S6PA 4E3SA 3T3FA 1YT3A 4DFPA 3CFRA 1KLNA 3LP3A 5CYQA 3KK3A 4Z4GA 3OS2A 1FK9A 1HQUA 1RDBA 1D5AA 3P83D 3L3UA 3OYCA 1NJYA 3AVHA 4M3XA 4EP5A 3AO1A 5SZTA 1WSFA 4CK1A 3OYHA 3MAQA 4C8LA 2HVIA 3EYZA 3T19A 2X74A 5HRNA 3E01A 3HK2A 3PO4A 4B08A 4B9UA 3LP0A 3CFPA 4F3TA 4FLZA 2OA8A 3TANA 2G8WA 4J2EA 1R0AA 3AO5A 3KKSA 3V9ZA 3HVRA 1NJZA 3MXJA 2HHXA 3KK1A 1UA1A 4KO0A 1RTDA 3RRGA 1T05A 1O1WA 1QTMA 4L8RB 4FCYA 1VRUA 2ETJA 5T7BA 3SPZA 4M3YA 3ISNC 3RMAA 4I7FA 3P1GA 4NYNA 5FROA 1I3AA 3DLRA 2QK9A 3T1AA 2GBZA 3V9XA 3V81A 4KI6A 3LANA 4ELVA 4R5PA 1BL3A 1C6VA 3O3HA 1NOZA 4AHUA 4O0JA 5J2MA 4KREA 4ELUA 1B92A 4E19A 3V6DA 3LAMA 1L3VA 4OVLA 1HYZA 1QSSA 1IH7A 2HHSA 1SL1A 4CEBA 1HRHA 4JS5A 3LAKA 1S1TA 5CZ1A 3VQ7A 1TK8A 2HMIA 4B8CA 4CJUA 1DLOA 2G8UA 1WSHA 4IFYA 4CJ4A 4KTWA 3TAFA 4N76A 2Z1IA 1LW0A 2YNGA 1IKWA 1HNVA 3V1RA 1WSGA 1ITGA 3DRSA 3KJVA 1RNHA 3V1OA 1ZYQA 3KLHA 1CLQA 2EX3A 3MEDA 4Q5VA 1JLBA 1RBUA 1S1UA 4DS5A 3QEPA 4B9NA 4DFJA 1Q9YA 2FBTA 4W5TA 2X78A 4B9MA 3O3GA 3QLHA 1WAFA 3KLGA 1FKOA 4BE2A 2HNDA 3AO4A 4CK3A 4DTUA 4AHCA 4FJLA 1L3UA 2OZSA 4DSFA 4DLGA 1A5WA 4AH9A 3VQDA 4CHNA 4OLBA 4CJFA 3AVBA 3PY8A 3HSTB 4WE1A 3QIOA 4DTSA 1L3TA 4DQSA 4E1NA 1J53A 1VSJA 2PZSA 1BI4A 4CEOA 4CJPA 1IKVA 1C1AA 4AHSA 1SKWA 3TI0A 2A1RA 3SI6A 1U49A 2NUBA 3DRPA 4KTQA 3AV9A 1W9HA 4RW4A 4CCHA 1YVUA 3TARA 2IDOA 5HRPA 3HT3A 4O4GA 1KLMA 4ELTA 3OYMA 1S9EA 3F9KA 3SUNA 4KB0A 2YKMA 2O4GA 4LY7A 3M8SA 3L2VA 3KD5E 4E7LA 4CJLA 4QAGA 4YFUA 3VA0A 1JLAA 2FBXA 4CF1A 1X9WA 1B9FA 1VRTA 4HUEA 4Q0BA 3OYAA 3VQ8A 2D5RA 4FJGA 3VN5A 4JS4A 2HHWA 4FLWA 4F3OA 3TAPA 4CEEA 3DI6A 3VQ6A 1LAVA 3IAYA 1XHXA 5DMRA 4IBNA 3RRHA 4E7JA 4JLHA 3LWMA 4K8ZA 1ZBIA 1S1WA 1QE1A 4PY5A 3HL8A 4CHOA 3B6PA 3RTVA 1RBTA 3RR7A 2XY5A 3QEIA 4NCGA 4DQRA 4O44A 4MFBA 4DLEA 4QOZB 3TAMA 1U45A 2XY8A 3NGYA 3SUPA 3ITHA 4C8OA 3LPTA 1TK0A 4W5OA 1NK5A 3SZ2A 3VA3A 1RT3A 1Z25A 2KZMA 3NF8A 1JXBA 3ZSRA 4CEAA 5CZ2A 3KKRA 4XIUA 3I0RA 4FJ7A 3VQBA 4BWJA 1Q8IA 2ZE2A 3QIPA 4FK0A 3AVFA 4DTOA 3RR8A 4O5BA 1HYVA 1T03A 2YHBA 2HHQA 3OYGA 3AO2A 3PV8A 4FJNA 4ID5A 3HO1A 4E7KA 4CJRA 1TKZA 1CZ9A 4LH4A 4CJTA 1X1PA 2Q3SA 2HNYA 2KQ2A 3OYIA 4F2RA 3VQQA 4Y1DA 3NGZA 4FZXC 4FXDA 3HPHA 1NK7A 3HYFA 1SKRA 4OPKA 4W5NA 4F8RA 5KI6A 1D9DA 4IDKA 3AO3A 1UAXA 4OKEA 4G1QA 2DFHA 4O55A 1N6QA 2D0BA 2OPQA 2G8HA 2PY5A 2QKKA 3DLEA 3AVGA 1BQMA 1LV5A 4OGCA 4H4MA 3ASMA 4GW6A 5JS1A 4DWIA 5C24A 2DTUA 1SKSA 3C6UA 5I3UA 2XO7A 4OJRA 3C94A 3ZSOA 2IOCA 3LP2A 3ZSYA 3I0SA 4BE0A 1XC9A 2WOMA 3HP9A 4KTZA 1LWEA 4CIFA 1TK5A 2ATQA 1IKXA 1VSIA 4E0DA 4IKFA 1MU2A 4H8KA 4B3OA 5KRSA 4CE9A 3OY9A 4F4KA 4HUGA 1HMVA 3MECA 3ZSXA 1TL1A 4HUFA 3SV4A 2Z1JA 5HLFA 3H08A 1T8EA 4OGEA 1RDCA 4FVMA 2G8VA 2F8SA 4LH5A 3NH2A 1WN7A 1XHZA 4CFBA 3ZT0A 4FJKA 1WSJA 1NKBA 3PUFA 3K57A 3DOLA 4HTUA 4N47A 4CHPA 4FLYA 1RT1A 3B6OA 3OJSA 3VQ4A 3OYFA 3L2UA 3WNEA 4DQQA 4Z4CA 3K5NA 4FLVA 2G8KA 4DF8A 1JLCA 2E6LA 3NHGA 1GOBA 1GOCA 4DTXA 1JL2A 3EZ5A 3ZCMA 3KLFA 1Q9XA 4RW9A 4DTJA 2VWKA 1RT2A 1K6YA 1TAQA 3NFAA 3L2WA 4C8KA 3DMJA 4CEFA 3HM9A 3OYJA 3VQCA 1U48A 2WONA 4IG0A 1NJXA 4LSLA 4FJMA 1TV6A 1Y97A 2OPSA 3ZSZA 3QEXA 4RG8A 3SJJA 4DQIA 1J54A 4F2SA 1RBRA 4K8XA 4M42A 2RN2A 1X9SA 4FJ8A 2IC3A 5E41A 1JLQA 3AA3A 3ALYA 3DLKA 3NH0A 3NGIA 4BACA 2RKIA 1U4BA 2F96A 3CFOA 3DLGA 1U47A 1A5VA 1LWCA 4M3TA 5FRMA 1TAUA 2E6MA 3OYBA 4Z4HA 4I2PA 3VQAA 3LZJA 1QQCA 2KFNA 1S1VA 4Z0UA 4N56A 1N5YA 1KSPA 4M3UA 3WNGA 1HYSA 4DS4A 1U04A 2GUIA 2KFZA 1KRPA 3D45A 1TVRA 4CHQA 2ITGA 4B9SA 4CEZA 2AJQA 4JRQA 2KZZA 1LAWA 3L3VA 3ZT2A 3DLBA 1C0UA 4ID1A 1UOCA 3OS0A 3OYDA 1HJRA 4DU3A 1ZBFA 2HNZA 2B4JA 4DF4A 4FK2A 4NCAA 3SPYA 4FM1A 1GOAA 1KVBA 3DRRA 3NH1A 2HW3A 3PX0A 4DTMA 3TAEA 2B5JA 3L2RA 3NE6A 3S3MA 1YTAA 5C25A 3F73A 1JXEA 2P5OA 4CGHA 3UIQA 1CXUA 4KHSA 1JLGA 1RTJA 4KPYA 1VK0A 1DTTA 4CFCA 2DY4A 4J2AA 4J2DA 1WSEA 3D0PA 3V9UA 1ZBLA 1F21A 1BIUA 3HXMA 2E4LA 2P1JA 2XY7A 1NK8A 4EZ9A 5HRRA 3IG1A 3FFIA 3LALA 2FC0A 3TABA 4FW1A 4M45A 4CFDA 3KIOA 4B8AB 1RT7A 4I2QA 3TAGA 3KTQA 1X9MA 1J9AA 5JS2A 1VSKA 3AVJA 3RWUA 2VWJA 2IGIA 1S9GA 2KW4A 1RT6A 4DMNA 2BDPA 4FLTA 4M41A 5KGWA 4ZHRA 4DSKA 4M3ZA 4ZTJA 4Z4EA 4B9TA 1BGXT 3NF9A 4OKKA 3SCXA 4I9QA 5K14A 3P5JA 4W5QA 3QEWA 3LWLA 4H4OA 3O4QA 3K5LA 4FM0A 1VSFA 1SL2A 1LWFA 1ASVA 3ZSQA 4CF8A 3PX6A 5HP1A 2B6AA 4W5RA 4DFKA 3EY1A 4OPJA 5EU7A 4KAZA 3MEGA 4FLUA 4HCCA 1JLEA 3TWHA 4FLXA 2VG5A 2HHUA 1NKEA 4CGGA 4FK4A 1EETA 3AVCA 3HVTA 3DM2A 4CF2A 3U6FA 1KVAA 3QINA 3K59A 3HPOA 2XRIA 4CHZA 2OZMA 3VQPA 3OJUA 5CY4A 4CJ3A 4E1MA 1WNSA 1BI4B 3CG7A 4IG3A 3WNHA 2GV9A 4DFMA 3MXMA 2PYJA 3PO5A 4KHWA 3K58A 4YNQA 3ULDA 4CJEA 1SL0A 4CGDA 4GVMA 4OKJA 4CGFA 3LDSA 3LPUA 4O0IA 4ZTFA 4KFBA 2FBVA 4FJIA 4HCBA 4Z4FA 3IRXA 3S3NA 1NKCA 3AA4A 2XY6A 4CGJA 2G8FA 1BCMA 3OYEA 1EXQA 4AHRA 4AHVA 3L2QA 3C6TA 1WLJA 2YKNA 3AVMA 4KRFA 1HQEA 4QCLA 1KFDA 2VG6A 1KCFA 4GMJB 4CGIA 1TKDA 3ZT4A 1JKHA 4CJWA 1L5UA 4FJ9A 4CJKA 4KHNA 3ZT3A 1D9FA 4N41A 1EP4A 1C0TA 4I9LA 1XWLA 4FJJA 2BANA 2YV0X 4FZZA 3SQ4A 4CEDA 1NJWA 1NK0A 2HB5A 3JYTA 4CEQA 3PX4A 1A5XA 3OYNA 5HRSA 3THVA 1C0MA 4B9LA 3MEEA 4KHUA 3KD1E 4DTNA 2X6SA 4M3WA 4UQGA 1RTHA 1UWBA 4DSJA 3VQ9A 3OYKA 3ZSWA 4CHYA 2P5GA 2RF2A 2HVHA 1S5JA 3AVNA 1NOYA 1VSMA 3G0ZA 2DFEA 3V9SA 4IFVA 4DG1A 1IO2A 1BISA 5HBMA 4NCBA 2JLEA 4MQ3A 5I42A 2Y1IA 4B9VA 4C8MA 3SUQA 1ASUA 4AHTA 3ZT1A 3SNNA 1I39A 2D0CA 4CESA 1C1CA 4FJHA 1UA0A 3SV3A 1BCOA 4DSIA 3I8DA 1VSLA 3OYLA 5FRNA 4KI4A 4E89A 1CXQA 4LSNA 1IG9A 3HPGA 5C42A 1RCHA 3KK2A 3NDKA 2HHTA 1VSDA 1EKEA 5HROA 1ZBHA 1T7PA 3SQ2A 4CERA 4CJVA 4KKOA 3KLIA 1CZBA 3O3FA 1NK4A 1J5OA 1VSEA 1KVCA 3LP1A 1QHTA 1RBVA 2IAJA 4FW2A 3RMCA 3RMDA 2HHVA 3G10A 4CF0A 4LD0A 4DSEA 3CM6A 2IS3A 3TR8A 4BWMA 3ZSVA 3S9HA 3AA5X 1YTUA 3NBPA 2YHAA 1JLFA 3JSMA 4BDYA 3U3GA 3KLEA 1LW2A 2R7YA 2PYLA 2OYQA 4KHQA 3DOKA 2O4IA 4CF9A 2YNIA 1QS4A 4PWDA 2Y1JA 4C8NA 3DYAA 2JGUA 1S1XA 3A2FA 4HHTA 3CYMA 4KV8A 3M8RA 1RTIA 1TKTA 2EHGA 2YNHA 1RILA 3K2PA 5KGXA 2RPIA 4DTPA 4BDPA 1ASWA 3V9WA 1W0HA 2XHBA 4KHYA 2ZD1A 4FM2A 5J2NA 3S3OA 4FJ5A 3CQ8A 3SQ1A 1RT4A 3O4NA 4CFAA 2Z1HA 2YNFA 4FZYA 1BIZA 1QSYA 1RDDA 3SYZA 3HP6A 2OPRA 1KFSA 3CM5A 2P51A 4EP4A 3BGRA 1S6QA 4FJXA 4PQUA 1TL3A 3SQ0A 1NK6A 3LZIA 1HPZA 3VQ5A 1D8YA 3VQEA 3NAEA 2F8TA 1QSLA 3OVNA 2BE2A 3AVKA 3M8QA 3QEVA 3AVAA 1REVA 4CK2A 1L3SA 4OLAA 1HNIA 4E7HA 4TSXA 5J1EA 3OS1A 4EZ6A 5J2PA 4FYDA 4RW7A 1ZBUA 4HVJA 3NCIA 1B9DA 4AILC 1Z26A 5FDLA 1RDAA 4CECA 3AA2A 4CIGA 4RW6A 4JRPA 1C1BA 2DFFA 4ICLA 4NYFA 3QESA 2Z1GA 1RBSA 2W42A 4DSLA 2A1SA 3IS9A 1DTQA 2G8IA 2I5JA 1RT5A 3QETA 1NK9A 1FKPA 3WNFA 4CJ5A 4CJQA 3DLHA 2ZQBA 3K5OA 4PA1A 4Z4IA 3QNNA 1EX4A 1TGOA 5D3GA 4CIEA 3RMBA 1BHLA 1XI1A 2QXFA 3MXIA 5KRTA 3AVLA 3HJFA 2X6NA 3QO9A 4RW8A 3V1QA 1SV5A 1SUQA 3C95A 1VSHA 4KB1A 3U3YA 3TAQA 3L8BA 1TKXA 3QERA 4N5SA 4DU1A 3SUOA 2BGGA 2KTQA 4CJSA 3AVIA 4BE1A 2VG7A 4Y1CA 3M8PA 1FXXA 5SWMA 4DQPA 5KTQA 4DTRA 1JL1A 2LSNA 1IKYA 4BDZA 5J2QA 2D0AA 3NF7A 4J2BA 1BQNA 4M3RA 2FBYA 4DU4A 1KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PBDA 4E7IA 3O1WA 4B3TK 2UYTA 1QVGM 5M1QA 1WSIA 3VOVA 3V4IA 4PUOA 3K5MA 4BVPA 2QWPA 3T3FA 4DFPA 3CFRA 3LP3A 1Z6RA 4Z4GA 3L3UA 3AVHA 4EP5A 4C23A 3E01A 3HTVA 3LP0A 4F3TA 4LFAK 3TANA 3KKSA 2CH5A 2P9SB 3KK1A 1UA1A 3C0BA 4BREA 4FCYA 5T7BA 3WUHA 3P1GA 5FROA 3VENA 4CZEA 4EHTA 2QI2A 1K73O 4WFAL 2QK9A 3FZHA 3V81A 3ID6A 1BL3A 1NOZA 4O0JA 2ZM6K 4KREA 1S3XA 3VF6A 4JK9A 4B1ZA 1HYZA 1NU0A 2HHSA 4WCEL 5GIOA 1HRHA 1BA1A 4LF6K 3VQ7A 4AM6A 1TK8A 4B8CA 2G8UA 4IFYA 4CJ4A 2FSNA 2YNGA 3R9PA 4JKBA 2NRTA 4B1WB 2HHHK 1CLQA 1JLBA 1RBUA 1S1UA 4DFJA 3ZETB 2FLOA 2X78A 4H5NA 1BUPA 1XMQK 4DTUA 4BRIA 3VF4A 5GAHP 4CHNA 3VQDA 2O8EA 3M1FA 3HSTB 2V52B 3QIOA 4WE1A 4WQ4C 1L3TA 5JLFA 4DQSA 4E1NA 1J53A 1VSJA 2CGLA 4CEOA 1C1AA 4AHSA 3ID8A 3SMPA 1U49A 4KTQA 3AV9A 1YVUA 3TARA 2IDOA 3ENBA 4O4GA 1KLMA 4ELTA 1C0GA 3H6EA 3TSPA 3M8SA 3L2VA 5AQIA 1HNXK 3AAQA 4FWLA 5A2QO 2E2NA 4YFUA 3ENOA 4CF1A 1NGAA 2FBXA 1X9WA 4Q0BA 3IKMA 3ZLJA 4F3OA 3TAPA 3O4WA 1LAVA 3IAYA 4IBNA 5LL6Z 4JLHA 3LWMA 1ZBIA 1S1WA 3RR7A 3P4IA 4GV3A 4O44A 4MFBA 4DLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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