4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
3LWMA 3HPHA 2XRIA 4IG3A 4N47A 5HLFA 4B8AB 4FCYA 3U6FA 4F2RA 2VG6A 4RG8A 2Z1IA 3HVTA 3LAKA 4CGDA 3DYAA 3AO2A 1RTHA 4FVMA 1L5UA 4CEBA 4BWMA 2DY4A 4DTJA 3V9SA 2D0BA 3K2PA 4KTWA 3MAQA 1KFDA 1VSEA 3DRSA 2HHXA 3DRPA 3ZSQA 3HJFA 2WOMA 4DWIA 3OJUA 2IGIA 3E01A 1RT5A 4O4GA 4Q5VA 3U3YA 1Q9YA 4J2EA 1NJZA 3I0RA 4ELVA 2WONA 2G8HA 4IG0A 1RBRA 3KLIA 4HCBA 2Y1JA 3V1RA 3DRRA 4FM1A 3AVIA 1A5VA 4HHTA 1RT1A 1S9EA 2OPRA 2X74A 3M8PA 4CJLA 3I8DA 5J2PA 2Y1IA 4AILC 2KQ2A 3TI0A 1NK0A 4I7FA 3AVKA 1LV5A 1D9FA 1U49A 4CEOA 1IKYA 3DLEA 1HYZA 4DF4A 3LPUA 4FLVA 1VSKA 2FBVA 3I0SA 3S9HA 2XHBA 4F2SA 3EYZA 3M8SA 1JLEA 2XY6A 3OYFA 2F8SA 3KLGA 3K59A 3QNOA 3AVBA 1U04A 1HQEA 1RTJA 5HRSA 4DG1A 3MXIA 1RNHA 1F21A 3VQPA 3L3VA 5E41A 4L8RB 3AA4A 3ZT1A 4DSEA 1D9DA 4W5TA 4FJMA 2YHBA 1TAUA 3B6OA 2OPPA 1DLOA 4AHRA 3ZSXA 3ALYA 2HB5A 3AA5X 4GVMA 3VQ8A 4JRQA 3PX0A 4KI6A 4FLYA 4CEQA 4CGJA 1XWLA 4FJ7A 3H08A 4E1MA 2OPQA 1T7PA 3PY8A 4CGIA 2O4IA 2HHQA 2OZSA 4HCCA 3HK2A 2IC3A 2DFHA 4DQPA 5EU7A 3CM6A 3EY1A 1KFSA 4O44A 5CZ2A 1SKWA 1IKXA 1BI4A 1HMVA 1BCOA 1LWFA 1WSJA 4E3SA 3D45A 2A1RA 1TL1A 2PYJA 1BQNA 4B9UA 1D5AA 4B3OA 3LAMA 1NK5A 4DS4A 4HUEA 1HYSA 3NCIA 3SNNA 4XIUA 4OGCA 3OYCA 1HNIA 5KI6A 3NH2A 1JXBA 3NDKA 1JLBA 1GOCA 1B92A 1W9HA 1KTQA 1CZ9A 4GW6A 3OYMA 2ITGA 4ZTFA 3UIQA 4M3UA 1SL0A 1NKBA 4ELUA 1C0MA 1HNVA 3ZSWA 1ASWA 2ZQBA 3MEDA 4ID1A 3VQ7A 1XI1A 4FJGA 5KRSA 3OYKA 2D5RA 3AVLA 1RBUA 1TV6A 1FK9A 3VQ9A 4EP4A 3CM5A 4DTPA 4QAGA 2IS3A 1JLCA 3AV9A 3K5NA 4CJWA 1HJRA 4K8ZA 3CFOA 4J2AA 3HPOA 3O4QA 4RW6A 2HW3A 5DK5A 4DTOA 3BGRA 4B9MA 5HRRA 4JS5A 1SL2A 2HVHA 1ASUA 3PX4A 2G8UA 4AHCA 3V9ZA 1VSMA 4Q0BA 1G15A 3L3UA 1JL1A 3AO1A 1Q8IA 4B08A 2GV9A 1WLJA 4KO0A 4Y1DA 3SV3A 4KTQA 4M42A 4JRPA 1RT2A 3G0ZA 4PA1A 2EHGA 1EETA 3SQ1A 1RDBA 1L3SA 1HQUA 5T7BA 1KSPA 4N41A 3P5JA 3L2QA 3QEVA 4BACA 4DTUA 1C6VA 3DM2A 3NF7A 2G8WA 3NGIA 3SV4A 4AHVA 4FLTA 3QO9A 3RR8A 1O1WA 2R7YA 4DF8A 3OYNA 1J53A 4CE9A 3LZIA 3TARA 1NJYA 1T05A 1DTTA 2RKIA 2YV0X 3KK1A 2AJQA 4C8MA 4CFAA 4DLEA 1IH7A 4DSIA 5FDLA 3HXMA 4BDZA 3V9WA 4YNQA 4OPJA 1JLFA 3NF6A 5SZTA 3OS0A 1L3UA 2HNYA 1XHXA 3C95A 3MEEA 1BHLA 4ELTA 1MU2A 1NK7A 1YTAA 4DQRA 1RDCA 4CJVA 4C8KA 2BANA 3QERA 3QINA 4IKFA 4DLGA 3KIOA 3RMAA 4E19A 4CK1A 1N6QA 4B9VA 4LH5A 4Z4IA 3VQEA 2Z1JA 3C6UA 5FROA 1A5WA 1FXXA 3WNGA 4B9NA 3WNHA 3V1QA 3DLBA 1QQCA 3L2UA 3V4IA 1BIZA 1SUQA 1QTMA 4FJ9A 2E6LA 2B6AA 3SQ4A 1CXUA 4DMNA 4PQUA 3OYJA 3S3OA 3KJVA 3O3FA 4FJIA 3SZ2A 3D0PA 4O0IA 3RTVA 1YVUA 1U48A 4CJ3A 4DFPA 3ULDA 1Z25A 3AO3A 4FJNA 1S1XA 3MXJA 4CEDA 1NK4A 5C24A 1TKDA 3F73A 4DU3A 3AA3A 3HO1A 1C0UA 1EX4A 4DTMA 4DFKA 1JXEA 5JS1A 4FK0A 3LP1A 1Z26A 1VSFA 1X1PA 3TAEA 4CCHA 4CHOA 4CJ5A 2YKNA 3K5OA 1C1CA 4CHQA 2XO7A 4HUFA 1TGOA 3OYAA 2ZE2A 1VSLA 3V81A 4DSFA 4QOZB 3ZT0A 2DFEA 3AVAA 4CEZA 4Z4EA 1IKWA 2P51A 1FKPA 3T3FA 1KRPA 1VSDA 3NAEA 1KLNA 2OYQA 2KTQA 3M8RA 1VRUA 3NHGA 2P5OA 1UWBA 1LAWA 2XY5A 3TAGA 3LP2A 4B9LA 1RTIA 3QEWA 1NKCA 1IO2A 3T19A 4CJKA 3L2RA 2YNHA 2ETJA 4ID5A 3VA3A 3SUQA 4W5OA 3OYHA 3DOLA 1X9WA 1RBTA 2VG7A 2KZZA 1RT6A 5CY4A 1FKOA 1ASVA 3NFAA 4CK2A 4CIGA 2YNFA 4Z4HA 4KTZA 3L2WA 1T03A 3AVMA 4I2PA 1J9AA 1NOZA 4OVLA 4RW4A 4OLBA 4DTSA 4AH9A 1NK9A 2F96A 3OY9A 3TAPA 1EKEA 3P83D 3VQ4A 2HHUA 5CYQA 1I3AA 4JS4A 3K57A 1U4BA 3O3HA 4ZHRA 1TK8A 2HVIA 5SWMA 1WAFA 2FC0A 3HP9A 4BDYA 5FRNA 4FLZA 3VQBA 2QXFA 2IDOA 2OZMA 1CZBA 3KLEA 4FZXC 1KVBA 3OYIA 1ITGA 1RT3A 4C8LA 3FFIA 4I9LA 2P1JA 4CF0A 4LSLA 4I2QA 1Q9XA 4CECA 2DTUA 4IDKA 4CEAA 3OYGA 1BL3A 3WNEA 4DQQA 4CGFA 4EZ9A 1C0TA 4KAZA 4B8CA 4M41A 1KVAA 4CHPA 4CFCA 1B9DA 1NJXA 4NCGA 2RF2A 2E6MA 3NE6A 3SJJA 2HMIA 4M3WA 1D8YA 1GOBA 1ZYQA 4CJPA 1TL3A 4CJEA 3S3NA 4BE2A 2X6SA 4KFBA 2F8TA 4FJ5A 4FW1A 2QK9A 4E7JA 4FM2A 3VQDA 3KK3A 1N5YA 2IAJA 3BDPA 4CIEA 1ZBFA 4G1QA 4ICLA 2HNDA 2G8KA 2HHTA 3AO4A 1YTUA 4W5RA 4DTRA 3A2FA 4M3RA 3HVRA 3SCXA 3HYFA 1XHZA 3HSTB 2XY8A 1SL1A 1A5XA 1LW0A 1S1WA 4HTUA 4H8KA 4E7LA 5I42A 4PUOA 5K14A 4KHWA 1VK0A 1VRTA 1CXQA 4M3ZA 2BE2A 5HP1A 1UA0A 3LALA 4H4OA 3K5LA 1RTDA 3PO4A 1WAJA 3NGYA 4H4MA 3SUNA 4FJLA 4N5SA 5C42A 1UOCA 3TWHA 3KTQA 4E7IA 1L3TA 1SV5A 1YT3A 1ZBUA 3RRHA 1S6QA 4OKJA 3T1AA 1SKRA 4F3TA 2B5JA 3AO5A 3OYLA 4DTXA 3QETA 2ZD1A 2HHVA 1JLQA 1TK5A 4CHZA 4CHNA 4CJ4A 2KZMA 1SKSA 4ZTJA 3K58A 1R0AA 3KLFA 1LW2A 1DTQA 3QLHA 4CJSA 3NH0A 3LDSA 1QHTA 4FJ8A 2HHWA 4AHSA 1RBVA 4LD0A 1UA1A 3TAMA 3ASMA 3G10A 4OGEA 4CJQA 4M3XA 4CHYA 1QSLA 1NK6A 2NUBA 1IG9A 2BDPA 1RDAA 1EXQA 4KI4A 3NF8A 3RMCA 2IOCA 2O4GA 4HUGA 5HRPA 3AA2A 5JS2A 4FK2A 1T8EA 4DSLA 1B9FA 4KB1A 3U3GA 4CF9A 3HP6A 5J2QA 3RMDA 1JKHA 1LAVA 3RMBA 5HBMA 4NYNA 3CQ8A 3DOKA 3CFPA 4FW2A 1ZBIA 1WN7A 3V1OA 3AVCA 3C94A 3VQAA 5J1EA 1S9GA 1VSHA 2FBYA 3LP0A 3VA0A 1TKTA 3S3MA 4Z4GA 1EP4A 2D0AA 3VQCA 4CJUA 4JLHA 2PZSA 4CF8A 4KHYA 4FK4A 1HRHA 2XY7A 3DLKA 1J54A 4KKOA 3WNFA 4Z0UA 3QIOA 1U47A 4MFBA 3ZSRA 2LSNA 1WNSA 4R5PA 1S1TA 3DMJA 3OVNA 4CF2A 4DU1A 3AVHA 3MXMA 1WSIA 1RT4A 1Y97A 4TSXA 2Q3SA 4CJFA 3OYBA 3OYDA 4BE1A 3TABA 5D3GA 5CZ1A 5HROA 3O4NA 1JLGA 4YFUA 3TR8A 5J2NA 3OJSA 4LY7A 4DFJA 4N76A 3ZT3A 4DTNA 5HRNA 2HHSA 4CJTA 3ISNC 3P1GA 3ZSYA 4QCLA 4CFDA 1NK8A 4Z4FA 4F3OA 3KKRA 3AVJA 4M3YA 2EX3A 1KVCA 4KB0A 4KHNA 3QESA 2VWKA 3SQ2A 4FYDA 4CK3A 1RCHA 3ZSZA 4AHTA 2P5GA 5FRMA 2FBXA 1RT7A 1XC9A 3QEPA 2JLEA 2I5JA 1HYVA 4C8OA 3RR7A 3O3GA 3DLRA 1J5OA 4OKKA 4NCBA 4FJHA 3IG1A 5J2MA 5CYMA 4Y1CA 2QKBA 1UAXA 3AVNA 1REVA 1VSIA 1RILA 5KGXA 4B9TA 4F8RA 3NF9A 3JSMA 3L2VA 3EZ5A 2VWJA 4MQ3A 3MECA 3TANA 3TAQA 4HVJA 4KV8A 4WE1A 1S1UA 2DFFA 3B6PA 3C6TA 4CGHA 3ITHA 1L3VA 4DSJA 2Z1HA 3ZSOA 3MEGA 1NKEA 2YNIA 4LSNA 2BGGA 3THVA 3L8BA 4IBNA 2HNZA 1ZBLA 4DSKA 1NJWA 2X6NA 2E4LA 3KD5E 1WSEA 1LWEA 3CFRA 4FLXA 4BWJA 4OLAA 4UQGA 1WSFA 4FZYA 3KD1E 3AVGA 4M45A 4KHSA 4BDPA 1RDDA 1RBSA 4CJRA 3SI6A 2G8IA 4DFMA 1IKVA 4RW9A 1S1VA 3KLHA 2GBZA 3SPZA 1HPZA 4NYFA 3F9KA 1WSGA 4M3TA 3NH1A 1BISA 3RRGA 3NGZA 1TKXA 4W5NA 4CERA 5KGWA 1LWCA 3ZCMA 3OS1A 3LANA 1QE1A 2RN2A 4BE0A 4IFVA 3PUFA 4FM0A 1U45A 1W0HA 4AHUA 2FBTA 3LPTA 4W5QA 2QKKA 3RWUA 2KFNA 3M8QA 2ATQA 3DI6A 4KHUA 3AVFA 4NCAA 4FXDA 4CEFA 4RW8A 1C1AA 4OJRA 2YHAA 3ZT4A 3OS2A 3LP3A 2OA8A 1JLAA 2PYLA 1BGXT 3QEIA 4O5BA 4FLUA 1BCMA 3QEXA 2YNGA 4CFBA 2D0CA 4E7HA 4CEEA 1KLMA 2B4JA 1WSHA 3CYMA 3VQ6A 2PY5A 1BI4B 3KKSA 4RW7A 4GMJB 4CIFA 4OPKA 2YKMA 3VN5A 4O55A 3PV8A 1QSYA 4E89A 3ZT2A 1ZBHA 4E1NA 4DU4A 1BIUA 3V9UA 3DLGA 3NBPA 3HL8A 1VSJA 3VQ5A 3JYTA 1S6PA 3SYZA 4J2DA 3DLHA 1TVRA 2G8FA 1I39A 3ZSVA 2RPIA 3LWLA 1S5JA 1JL2A 3SQ0A 2KW4A 3SPYA 3VQQA 3QNNA 4N56A 4J2BA 5DMRA 2Z1GA 4LH4A 2X78A 1QSSA 3IS9A 3IAYA 4KHQA 3QIPA 4C8NA 1BQMA 2GUIA 4DQSA 4FLWA 3V6DA 4PY5A 4KRFA 3HPGA 4F4KA 3K5MA 4FJKA 4O0JA 1TKZA 4CESA 1CLQA 1KCFA 4EZ6A 4OKEA 4KPYA 2G8VA 4I9QA 3IRXA 1GOAA 1QS4A 4KREA 2JGUA 3V9XA 4DS5A 3OYEA 2KFZA 4EP5A 2VG5A 4K8XA 4E0DA 3PX6A 3SUPA 1TK0A 2OPSA 4CGGA 1NOYA 4B9SA 4IFYA 4FJXA 1K6YA 1TAQA 3HT3A 3KK2A 3LZJA 1C1BA 5KRTA 3PO5A 3TAFA 4DQIA 2W42A 3CG7A 4CF1A 5KTQA 4FJJA 1X9SA 5I3UA 4Z4CA 4FZZA 3SUOA 4E7KA 2A1SA 3HM9A 5C25A 4PWDA 1X9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LWMA 4F2RA 3LDQA 3DYAA 3AO2A 1RTHA 1V4TA 2DY4A 1N36K 2D0BA 3TU5A 4JKBA 1VSEA 3BF3A 1D4XA 5LJVA 3DRPA 2WOMA 5FPNA 2IGIA 1RT5A 3U3YA 4Q5VA 4J2EA 4F9OA 3CCEN 1RBRA 2FF3B 3AVIA 1RT1A 2X74A 3M8PA 4AILC 2KQ2A 4CEOA 2WTUA 4DF4A 3F2KA 4BC4A 4FLVA 2XHBA 1NGDA 3M8SA 1JLEA 3OYFA 2W40A 1JCGA 1KXPA 3CCSN 3QNOA 3QFUA 1K8AO 1RTJA 4A2AA 1RNHA 1F21A 3VQPA 3VENA 4FJMA 3B6OA 4BRFA 4IFEA 4BREA 3HOTA 3VQ8A 3AA5X 3MX2A 3WQTA 4BRGA 4CZEA 3PY8A 4B3RK 2DFHA 2P9PB 5CHIA 4C1NK 1NGJA 4O44A 5TKYA 3AARA 4BQZA 4KH5A 4CZFA 4E3SA 3D45A 1TL1A 2OCEA 1D5AA 1LCUA 4CZIA 4U7BA 3HM8A 4HUEA 3SNNA 3FLCO 3NH2A 4BG9A 2HF3A 3TTCA 1K9MO 1W9HA 4M3UA 1NKBA 2ZQBA 4ID1A 3OYKA 2D5RA 3PSIA 2QWLA 1TV6A 3VQ9A 4QAGA 1JCFA 2IS3A 1JLCA 3AV9A 4BRNA 4RW6A 1P8ZA 2NRXA 2HW3A 5AQHA 4JS5A 5BRFA 2G8UA 1U2VA 1G15A 3L3UA 2ASPA 3AO1A 2HBKA 2GV9A 1WLJA 4CD3A 3SV3A 4JRPA 2EHGA 4DR6K 1S3XA 3AGKA 1KSPA 5AQIA 3P5JA 3QEVA 4FWLA 3DM2A 3KZBA 3SK3A 1O1WA 2R7YA 3D2FB 3D2EA 4JI5K 4JKGB 3I55N 2RKIA 1OVYA 2YV0X 3O8MA 4IZ9A 3TTFA 4YNQA 4OPJA 1JLFA 3G25A 5SZTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1RDA A;  1EXQ A;  3E9L A;  2WFB A;  1OKJ A;  4X66 K;  3R1X A;  3GL1 A;  1DT9 A;  2V52 B;  4IWV A;  4CF9 A;  3THX A;  1JKH A;  1LAV A;  1ZBI A;  4YOR A;  1IBK K;  4MO5 A;  3VA0 A;  3VQC A;  4JLH A;  4Y0W A;  4KKO A;  4Z0U A;  2LSN A;  1NU0 A;  1MDU B;  2O8E B;  1S1T A;  3OVN A;  2KKZ A;  4CF2 A;  1HNW K;  1IBM K;  4TSX A;  2Q3S A;  4BE1 A;  5D3G A;  3C7N B;  5J2N A;  1HJO A;  3IKM A;  4N76 A;  3ZT3 A;  4DTN A;  4B1X B;  4CJT A;  3ISN C;  3ZSY A;  4QCL A;  3P38 A;  1NK8 A;  3C65 A;  2VWK A;  3O5B A;  2E2N A;  3EE8 A;  3SQ2 A;  3CCJ N;  2JLE A;  4C8O A;  3O3G A;  4H0Y B;  4FJH A;  5B8H A;  3C7N A;  1ESV A;  3L2V A;  4PL7 A;  3IMX A;  3W3D A;  2QWN A;  4MQ3 A;  3MEC A;  5BRH A;  2DFF A;  3MMV A;  3C6T A;  4DSJ A;  4LF9 K;  3MWT A;  3SLC A;  1XUP O;  2HNZ A;  2W41 A;  1NJW A;  2E4L A;  5EY4 A;  3KD5 E;  3MDQ A;  1LWE A;  3CET A;  3O9T A;  2P9P A;  4BRI A;  1WSF A;  4M45 A;  1RDD A;  1RBS A;  2GX9 A;  1BA1 A;  1HPZ A;  1R59 O;  1BIS A;  3LAN A;  3PUF A;  2E1Z A;  3RWU A;  1W0H A;  4AHU A;  3HZ6 A;  3LPT A;  4W5Q A;  2QKK A;  1SS6 A;  4EHU A;  3ULE A;  4NCA A;  4CEF A;  4RW8 A;  1C1A A;  3T1Y K;  4G9Z A;  4QS9 A;  3OS2 A;  1N33 K;  4O5B A;  4CEE A;  2A40 A;  2B4J A;  1WSH A;  4BR7 A;  2J4R A;  3KKS A;  4O5F A;  5C10 A;  4GMJ B;  2YKM A;  4O55 A;  3CI5 A;  4A5A A;  1QSY A;  3ZT2 A;  2CGK A;  3GE1 A;  3JYT A;  1VSJ A;  3VQ5 A;  5KQD A;  1S6P A;  1TVR A;  2G8F A;  4NXM K;  3ZSV A;  3JAM O;  1S5J A;  4JI8 K;  3SPY A;  1QZ5 A;  2IVP A;  3IS9 A;  4H5T A;  4JNE A;  5GAG P;  3CMA N;  4DQS A;  4FLW A;  1T6D A;  3K5M A;  4FJK A;  1QQM A;  3MN7 A;  1TKZ A;  5AQL A;  4EZ6 A;  1ZBS A;  3VET A;  4I9Q A;  3AAQ A;  3MCP A;  2QWP A;  3BEX A;  2YI1 A;  2VG5 A;  4IJA A;  2YHW A;  3PX6 A;  4E0D A;  2UXC K;  5AQQ A;  4B9S A;  1NOY A;  2QWO A;  1N8R O;  4FSV A;  4EAH D;  3PO5 A;  3D2F A;  3TAF A;  4CF1 A;  5KPT A;  4DR5 K;  4Z4C A;  2A1S A;  1NGB A;  3ZX0 A;  1X9M A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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