4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HII
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
3V9UA 1IKVA 1NOZA 4BE2A 4Q5VA 4DLEA 1RDBA 3SNNA 2G8VA 4DG1A 2A1RA 3PY8A 4IFYA 4DU4A 4M42A 1RT1A 4AHSA 4W5RA 4OPJA 3CM6A 3AA3A 3CFOA 1RT6A 1D8YA 4DQIA 4R5PA 4CJWA 4N41A 4JLHA 3PX6A 2XHBA 4CJUA 3VQBA 1RCHA 1WNSA 1BIZA 2HNZA 3SZ2A 3SPYA 2G8WA 4IKFA 2X6SA 4IFVA 1BISA 5K14A 2YNGA 4Z4GA 2DFFA 4Z4CA 3MXIA 2F8SA 4KB1A 4E1NA 2YNIA 4H4OA 4ZHRA 1TVRA 3AVKA 2BE2A 1W0HA 2PYLA 3SQ2A 4DSEA 3DM2A 1BQNA 2VG7A 4CFAA 3I8DA 3L2RA 3V9ZA 3TAEA 1ZBIA 3ZSOA 3L2WA 3K2PA 1XI1A 3OYDA 3U3YA 3LAKA 4KHWA 4B9TA 1QQCA 1NK0A 1L3TA 4CEFA 2HHXA 3RMCA 3LPUA 4DQQA 1IH7A 3AVBA 2IS3A 2B4JA 3NFAA 4DFMA 1KFDA 3HL8A 4W5TA 4DF4A 4FJ5A 4DTJA 1T05A 1DLOA 3DRPA 1N6QA 3ITHA 1BQMA 3LP3A 3VQ9A 3HJFA 1C1CA 4KRFA 1S9GA 2Z1GA 1VSHA 3L2VA 1WSIA 1TK0A 2KFZA 4E3SA 3QIOA 4FXDA 1X9MA 5FROA 3M8RA 3QEXA 1BCMA 1C1AA 3IS9A 4OPKA 3SI6A 4JS5A 3OYCA 2XY5A 3QEPA 1IKWA 3SQ0A 1T8EA 4CGJA 1TKDA 1ZYQA 4FJXA 5JS1A 1I3AA 1BI4B 5KTQA 4CJFA 4OLBA 3G10A 4Y1DA 4HUFA 3KD1E 4DTMA 5FRNA 3DLRA 3RR7A 1QSYA 2IC3A 5T7BA 2R7YA 1XC9A 4KPYA 4N76A 1S5JA 2Z1JA 1TL3A 1JLFA 4AH9A 4CF0A 2KFNA 3PX4A 3OYHA 1KLMA 4GMJB 1REVA 1DTTA 1BL3A 3VQ8A 3U6FA 3E01A 3RRGA 1HRHA 2P5GA 3HVRA 4CF1A 3O4QA 4DTUA 5J1EA 4FJLA 2VWKA 2ZD1A 3ZT0A 2O4GA 2OZMA 4M3XA 3A2FA 5HRPA 4CEAA 3DLEA 4KHSA 4NYFA 4FZXC 1RT2A 2WONA 3C95A 3AVJA 3QESA 3AVMA 3KKRA 3M8QA 1XWLA 3MEDA 4CHQA 3VQCA 3AVIA 3VQ6A 2LSNA 2G8HA 4HUEA 3RMAA 3HO1A 3V6DA 4B08A 3RMDA 1YTAA 5J2QA 1T7PA 2HNDA 3ZSXA 3K5OA 5HBMA 1D9DA 3ZT3A 3AVHA 4CGHA 2HB5A 2D0CA 2ATQA 2BGGA 2ITGA 3SUNA 4QOZB 1B9DA 1RTHA 1X9WA 1NK4A 4CK3A 5KI6A 4C8OA 4CF2A 2XO7A 4FZYA 4CEBA 2ETJA 4OKJA 4FJ9A 3I0SA 5EU7A 2XY6A 4F3TA 4CJLA 1EP4A 2FC0A 4FJ7A 1NK6A 4CJ3A 1HQEA 1VSIA 4M41A 3F9KA 3AO4A 2RPIA 3RRHA 3SCXA 1C0UA 1A5XA 4M3RA 4AHVA 3KK1A 2Y1IA 3BGRA 5I3UA 4I2PA 1LWCA 4FJMA 2QKBA 2FBYA 3NE6A 3ALYA 5SZTA 3ZSWA 3NGIA 4KHYA 2FBVA 3DI6A 1JXEA 3G0ZA 3TI0A 3RTVA 4J2EA 1ZBFA 4YNQA 4E89A 3TARA 1GOAA 1BCOA 4FVMA 4FLYA 2DY4A 2VG6A 4CGIA 3NH2A 3OS2A 3K57A 3VQPA 4Z4HA 5C42A 4M3ZA 1NKCA 3V81A 2OZSA 4BWMA 3IG1A 3QNNA 1IG9A 4FLWA 4CHNA 1ZBLA 3P83D 3WNFA 1W9HA 4FM0A 1UOCA 1S6QA 4BDZA 1Z25A 4CJVA 3V9XA 4CGDA 1HYZA 1SL0A 4CHPA 3C6TA 1XHZA 1S9EA 1SL1A 4I9QA 2JLEA 3D0PA 3S3OA 4DQPA 1NJZA 1U45A 2G8FA 1KSPA 3KD5E 4W5OA 1L3UA 2GBZA 3VQAA 3NCIA 4E7HA 1U47A 3U3GA 1SL2A 4BDPA 2HMIA 4FJJA 4PQUA 4KREA 5CZ1A 5FRMA 4M45A 3RMBA 4ID1A 3NF7A 3L8BA 3SPZA 2B5JA 4N56A 4FJ8A 3OYJA 5E41A 4CEDA 3L3VA 4ICLA 1C1BA 3DOKA 1JLGA 1Z26A 4E0DA 4KV8A 1SKWA 3AA4A 3MEGA 1NK8A 4LH4A 2RKIA 3AVGA 3M8SA 1J5OA 4KKOA 4KFBA 2YKMA 4OJRA 1HQUA 1RT3A 4J2BA 3OYLA 3LDSA 4FJGA 4HCCA 3ISNC 4MFBA 2HHTA 1HNIA 1S1TA 3HSTB 2FBTA 4DSJA 3FFIA 4IBNA 2EHGA 2D0AA 1Q8IA 1NK9A 4FJIA 4DTXA 2A1SA 1RDAA 3S3MA 1RDDA 4HCBA 5HROA 1L3SA 2HHSA 3AA2A 4MQ3A 1LW0A 4GVMA 4RG8A 4N5SA 5KGWA 4OGCA 4XIUA 1EETA 3T19A 3EYZA 3OYMA 1VSJA 1FKOA 4JRQA 3TANA 4KHUA 3OYEA 4DTNA 4FLVA 1U49A 2BANA 4CEQA 1WSGA 3ZSQA 1Y97A 4BDYA 4NCBA 2DFHA 3ZSVA 3KLIA 4FLZA 3VA0A 1B92A 3SQ4A 2JGUA 3MAQA 3SUQA 1JXBA 3KK2A 3IAYA 3JSMA 4DWIA 1RBSA 1UWBA 3MEEA 3WNGA 3LAMA 4KI6A 4DU3A 3OJUA 1RILA 1ITGA 2KW4A 4FZZA 4FK0A 4ELTA 1JLQA 1X9SA 1BI4A 5HRSA 1VRUA 4E7KA 4B8AB 3THVA 4G1QA 1KTQA 3KLHA 4C8LA 4ID5A 2W42A 3SJJA 1B9FA 2P5OA 1C0MA 4FJKA 4IG3A 1SUQA 3H08A 4AHRA 2P1JA 3JYTA 4LY7A 3DLBA 4FJHA 3HT3A 4KTQA 4DS4A 3LZJA 4N47A 1JKHA 3IRXA 3SV4A 1UA1A 2EX3A 4ZTFA 3DOLA 4O4GA 1XHXA 4HVJA 1DTQA 3EY1A 2B6AA 1S1UA 3OYAA 4DTSA 4PWDA 3PV8A 4CCHA 3QEWA 4EZ6A 4KHNA 3NH0A 1QTMA 3TR8A 2ZQBA 3NF8A 3L2UA 3HPGA 1SV5A 3TAFA 4F8RA 2YV0X 3HYFA 1RT5A 4CK2A 2G8UA 1C6VA 1J54A 2IDOA 2HHWA 4O0JA 3SQ1A 4CEOA 2OPRA 5J2PA 1QHTA 1WSJA 3B6OA 3OYIA 2OPQA 2OYQA 4FJNA 4CGFA 3O3HA 1TAUA 1Q9XA 1CXQA 4CGGA 3LWLA 4Y1CA 1S1WA 1TL1A 3AV9A 4DF8A 3S3NA 1CZBA 5HRRA 2IGIA 3VQ7A 3NDKA 4F3OA 2G8IA 3DMJA 2RN2A 2WOMA 1QSLA 4EZ9A 4F2SA 2GUIA 3BDPA 1RDCA 3C94A 3V9SA 4NCGA 1VRTA 1J9AA 3NHGA 2E6MA 3RR8A 3AA5X 3MECA 3AO3A 2F8TA 3HP9A 1ASWA 4CFCA 4CJTA 1FKPA 2E6LA 2NUBA 5FDLA 3SYZA 4KAZA 4M3YA 1HPZA 1KLNA 4KHQA 1WAFA 4B9UA 1S6PA 5HRNA 4BWJA 1LWEA 4H8KA 4HHTA 4O55A 3VQEA 1HMVA 1NJYA 2YHAA 4ELUA 4F4KA 3VA3A 3QLHA 1K6YA 1HYVA 3LWMA 3EZ5A 4IG0A 4WE1A 4CERA 4DSFA 2XRIA 1TGOA 5C24A 4O44A 3QERA 1NJWA 2P51A 3SV3A 3PO5A 4CJKA 1D5AA 3LPTA 3OVNA 1SKSA 1KVCA 4NYNA 5C25A 1LAVA 2G8KA 3LALA 2Z1IA 3TWHA 4HTUA 1LW2A 4I9LA 3VQQA 1SKRA 2X74A 1UA0A 1ZBHA 1S1VA 4C8NA 3OS1A 5J2MA 2OPSA 4DQSA 3OS0A 2VWJA 2YNHA 3L2QA 2KQ2A 1N5YA 4H4MA 4Z4EA 4AHCA 3HVTA 3TAMA 2D0BA 4LSLA 2X78A 3DRRA 4Z0UA 4AHTA 1NKBA 1Q9YA 2PYJA 3NGZA 2OPPA 1GOCA 2HW3A 5DK5A 4KO0A 2GV9A 4DU1A 4CEZA 3S9HA 3CYMA 3VQ5A 3QNOA 4CIFA 1WSHA 1D9FA 4PUOA 4C8MA 3QEIA 3AO1A 4E19A 3V1RA 2XY7A 3TAQA 1TK5A 4FM1A 4B9MA 4DSIA 2Q3SA 4EP4A 3P5JA 1JLCA 5DMRA 3DLHA 4Z4FA 3VN5A 4CESA 1A5VA 5CYMA 1RBTA 1X1PA 5CZ2A 1JL2A 3KIOA 4ZTJA 4IDKA 3M8PA 1WSEA 3O3GA 3DLGA 1RBRA 3ZT1A 4B9LA 1TAQA 4DQRA 1L5UA 4K8XA 1IKYA 3WNHA 3CG7A 4E7IA 5KRSA 4W5QA 3ULDA 3HPHA 5JS2A 4DLGA 1VSLA 1BGXT 1CLQA 4CJ5A 4CFBA 3QETA 5D3GA 3ZSRA 2I5JA 1L3VA 3K5MA 3WNEA 3CFPA 3CQ8A 1YTUA 4F2RA 3ZSYA 1WLJA 3LANA 4Z4IA 1VSDA 4BACA 3LP1A 2HHVA 1VK0A 5HP1A 2ZE2A 4PY5A 1HJRA 3B6PA 1MU2A 3QIPA 1TKXA 4FYDA 4B9VA 4M3WA 5KRTA 3T3FA 3HK2A 1EX4A 1RBUA 2HNYA 3O4NA 1LWFA 4O5BA 4B9SA 3MXMA 3LZIA 3F73A 3TABA 2O4IA 3I0RA 2HHUA 4B3OA 1TK8A 4OKKA 3KLEA 4CECA 4FLTA 3ZT4A 1NOYA 4W5NA 5I42A 1BHLA 1RNHA 3NF9A 4QCLA 4JS4A 4E7JA 4FLUA 1F21A 4CEEA 1WN7A 2F96A 3ZSZA 2BDPA 2RF2A 3MXJA 1ASUA 1QSSA 1NK5A 4M3TA 5J2NA 3C6UA 4DMNA 3OYGA 3RWUA 4TSXA 3SUPA 1HNVA 3K59A 5SWMA 4FLXA 1YVUA 1HYSA 4DSLA 1EXQA 4J2DA 4CJSA 4RW4A 3V1OA 4CJPA 2QK9A 3AO2A 1EKEA 1TKZA 1TKTA 3QO9A 4NCAA 4FW2A 1VSEA 1C0TA 3HPOA 3LP2A 4EP5A 4DSKA 2IOCA 3AVNA 3DYAA 4RW7A 1QS4A 4CJQA 4E1MA 3NBPA 1U4BA 4HUGA 1U48A 4CHOA 4ELVA 1KVBA 1RT4A 1KVAA 4KI4A 1UAXA 4BE0A 3HM9A 1J53A 4OLAA 1G15A 1JLBA 1RBVA 2Z1HA 3ZT2A 2IAJA 5KGXA 1IKXA 2XY8A 4FW1A 3K5LA 3OYKA 3DRSA 3NGYA 2DTUA 2YKNA 3P1GA 2QXFA 1QE1A 4RW8A 4CIEA 4LSNA 4RW9A 4OKEA 5CY4A 4DS5A 3TAPA 1KFSA 3PO4A 1JLEA 1CXUA 2HVIA 3TAGA 3PX0A 1U04A 4DFJA 4CFDA 2QKKA 3V9WA 4L8RB 4FK2A 4GW6A 1FXXA 4I7FA 3KLGA 3KLFA 4DTOA 3AVAA 4CJEA 3OYBA 3OYFA 4CF9A 2KTQA 2E4LA 4KTZA 4LD0A 4CIGA 4CK1A 3NH1A 3KJVA 1R0AA 4C8KA 4LH5A 1GOBA 4J2AA 3HP6A 3VQDA 2OA8A 1VSKA 1LAWA 1O1WA 3LP0A 3ZCMA 1RTJA 4AHUA 3K58A 1RTDA 3NF6A 1A5WA 4AILC 2KZZA 2YNFA 4FCYA 5HLFA 1NKEA 3AVLA 4E7LA 2DFEA 3V1QA 4CJ4A 3ASMA 4FM2A 3O3FA 2Y1JA 1YT3A 1LV5A 1KCFA 3CFRA 3OJSA 4KB0A 3QINA 4O0IA 3L3UA 3PUFA 4CJRA 1BIUA 4DFPA 2D5RA 2PY5A 2AJQA 3QEVA 2HHQA 3AO5A 1JL1A 5CYQA 4DTRA 4FK4A 2YHBA 3KTQA 3NAEA 4B9NA 1FK9A 4CF8A 1WAJA 2VG5A 1T03A 1JLAA 3D45A 4YFUA 3T1AA 1CZ9A 3VQ4A 3OY9A 4Q0BA 1RTIA 1ZBUA 4PA1A 3K5NA 3OYNA 1NJXA 4B8CA 4DFKA 3KKSA 1KRPA 3HXMA 2X6NA 2FBXA 4DTPA 1I39A 3UIQA 1VSMA 4UQGA 1S1XA 1TV6A 1WSFA 1RT7A 3AVCA 3AVFA 4OVLA 4OGEA 4QAGA 3KK3A 4JRPA 4BE1A 1NK7A 4K8ZA 2HVHA 1IO2A 4M3UA 3CM5A 4CE9A 2KZMA 3V4IA 3SUOA 4KTWA 4I2QA 4CHYA 1VSFA 2PZSA 3DLKA 1ASVA 4RW6A 4CHZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OANA 3SMSA 4BRKA 3SNNA 4DLEA 1H1VA 1RDBA 4JD2A 1SZ2A 3QDKA 2CGJA 4OPJA 3MN9A 3CFOA 4FOEA 5LMNK 1RT6A 4R5PA 4BRNA 4JLHA 3SPYA 1GLFO 1OH5A 4MO4A 3SZ2A 4IKFA 2QM1A 2YNGA 4YDUA 4Z4CA 4E1NA 1OH6A 1TVRA 2BE2A 1OH8A 3DM2A 4DV1K 4CFAA 1KXPA 3I8DA 4LF5K 1ZBIA 3L2WA 3K2PA 3VF6A 1QVGM 3OYDA 3LAKA 1Y64A 4KHWA 3FZFA 2HHXA 1GLJO 1HNXK 3AVBA 4DFMA 5C2FA 4DF4A 4DTJA 3MMVA 3WEEB 1N6QA 3ITHA 4CZLA 1WSIA 3IS9A 4ISGA 4BVPA 3SI6A 3CI5A 2XY5A 1OVYA 4JKEA 4CGJA 1TKDA 1BI4B 5KTQA 1T3VA 2NRHA 4OLBA 2QWLA 3DLRA 1I94K 4BG9A 1N32K 4E1JA 3MDQA 1NGBA 1XC9A 4KPYA 4AH9A 3R9PA 3WXJA 4BRCA 1KLMA 4GMJB 2O8DA 3U6FA 2P5GA 4NB4A 3HVRA 1NU0A 5KPZA 2VWKA 4B1YB 4PL8A 5GAEP 2OZMA 4X64K 3CCRN 5HRPA 2QWNA 1TUUA 5IT9O 2PAVA 3MEDA 4IZ9A 1U2VB 1WUAA 4B08A 3RMDA 1T7PA 3EO3A 2GELA 2BGGA 5FLXO 1B9DA 1RTHA 3O4WA 1NK4A 2VCPA 4C8OA 4CJ7A 4CEBA 2JWKA 4OKJA 4FJ9A 5KQDA 4CJLA 1NGHA 3CETA 4CZIA 3TSUA 4FOIA 3SCXA 2RPIA 4A2BA 4IOAL 1C0UA 3KK1A 1GLEG 1LWCA 2QKBA 2FBYA 4KHYA 5SZTA 3VTHA 1JXEA 3RTVA 1MWKA 2HOEA 3CJ7A 3KWGA 3KHYA 2DY4A 3OS2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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