4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermotoga maritima
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
2PYJA 3HL8A 3QLHA 3LAMA 4DSKA 1S1TA 3ZCMA 1SKSA 4CJ4A 3V1OA 5KRSA 5E41A 3RRHA 1UOCA 4DSIA 2X6SA 1VSKA 4CJRA 3NBPA 3EYZA 5I42A 4NCBA 3E01A 1HRHA 3LPUA 1HNIA 1CZBA 1EXQA 4CHQA 3OS1A 4K8ZA 3QEPA 1GOCA 1NOZA 1ZBLA 1NK5A 3OYCA 2O4GA 3NF7A 4JRQA 3HP9A 4PY5A 5SZTA 2X6NA 1NKEA 4F2RA 3SZ2A 1Q9XA 4KI4A 4CGFA 4FW1A 5J2NA 1WLJA 4ELTA 3F9KA 5T7BA 2RKIA 3VA3A 4OPKA 4CEOA 2YNHA 3NCIA 1KVAA 2B5JA 3KTQA 4M3TA 1GOBA 1HQEA 4CJTA 3VQBA 3RMAA 1J9AA 1KCFA 1LAVA 2G8VA 1S5JA 3AV9A 4Y1CA 4B9TA 2ZD1A 3AVBA 1VSHA 2WONA 5K14A 4KHYA 3PUFA 3PO4A 2ITGA 3UIQA 3OYAA 4I9LA 4KHNA 2KQ2A 1HMVA 4AHVA 1XC9A 1XI1A 4DTPA 4FJ5A 2QKKA 1A5XA 1UA1A 3VA0A 3L2WA 1BIUA 3OYHA 4BE0A 2E6MA 4N47A 2DFEA 2DY4A 3ASMA 4M3UA 3H08A 2YHBA 1QSSA 4KHWA 3RRGA 1JXEA 4DLGA 5D3GA 3SI6A 1ZBUA 1SL1A 4FLUA 1SV5A 4AHCA 4W5NA 2QXFA 3HT3A 1EP4A 1U47A 4CFDA 3QEVA 2XY5A 1VSFA 1NK4A 4CEDA 3CFRA 4FJMA 4FJ8A 4YFUA 1QS4A 1WSJA 1YVUA 3BDPA 4BDPA 1VSLA 4FZZA 2HNDA 3NFAA 3L2QA 1S1WA 3OYFA 4DTSA 3S3MA 4FJXA 3KIOA 3TAFA 4FLZA 1QSYA 4KPYA 3I0RA 3KK1A 4HUFA 4NYFA 3VQEA 4CEFA 3L3VA 4DSEA 1FKOA 3L2VA 1HNVA 1JLAA 1Z25A 4W5RA 3EZ5A 1RTDA 3QEWA 3OS0A 1VSDA 4FVMA 4LH4A 4DTOA 3HVTA 1SL2A 3V9XA 3LP1A 4BDZA 4CGGA 3B6OA 1WSHA 2FBTA 3K58A 3KD5E 2YKNA 3EY1A 4DLEA 3TAEA 4KHSA 1TKXA 4R5PA 3SPYA 4FZYA 4GW6A 4KB1A 1BQMA 4MFBA 2YV0X 3KLGA 2VWJA 4QCLA 3IG1A 4DQRA 4AHTA 3HXMA 4FLYA 4DFPA 2XY7A 1KFDA 4DF4A 3C95A 4RG8A 3CYMA 3PO5A 1WSGA 1D5AA 3D45A 3JYTA 4CHPA 4O0JA 1TKDA 4FJGA 4DTUA 3S3NA 4FYDA 1WSIA 4HHTA 4CHOA 1CXQA 4CF1A 1TKTA 3OYEA 5C25A 4CJSA 3ZSVA 1C6VA 3KK3A 4O4GA 4I7FA 1K6YA 2YHAA 4B3OA 2G8FA 2D0AA 4IG3A 2FC0A 2NUBA 3QIOA 4ZTFA 3P5JA 4IFYA 2FBYA 4GVMA 3LAKA 1WAFA 3AVNA 5KGXA 4DS4A 3QEXA 1IH7A 4ZTJA 1ZYQA 4PWDA 3K57A 1NJZA 2F96A 4BDYA 3ISNC 3QINA 1CXUA 3C94A 4IDKA 4Z4HA 3QERA 5HRPA 2HHUA 4NYNA 2HMIA 4DQQA 3TAMA 4QOZB 1F21A 2OA8A 3K5LA 2F8SA 1L3TA 1EX4A 4M41A 3KKRA 4KREA 4TSXA 3S9HA 4DU1A 2RF2A 3TANA 1LAWA 3VQ8A 4B9UA 3HJFA 1RT3A 3QO9A 3TAPA 2P5OA 2A1SA 3CFOA 4CJPA 4HCBA 3K59A 1J54A 4BE1A 1JL2A 2P5GA 1T8EA 2KTQA 5JS2A 4UQGA 4CEBA 4B9LA 3HPOA 3K2PA 4AHRA 4FLVA 4F4KA 4J2BA 2DFFA 4KHUA 2Y1IA 4FK0A 5CZ1A 3F73A 4CIEA 4CGIA 4FM2A 3O3FA 3AO5A 2Y1JA 3PV8A 4PUOA 3SPZA 4Y1DA 1NJYA 2X78A 1C0UA 2YNGA 4J2AA 1BCOA 3TWHA 2OYQA 4KI6A 1UA0A 4E0DA 1RTJA 3SUNA 1YTAA 4FJ7A 2LSNA 2VG5A 3ZSQA 4KFBA 3D0PA 4DTXA 1TAUA 1RCHA 4H4MA 5DK5A 1J53A 1RBTA 4M3ZA 2B6AA 3V9SA 3TAGA 3SQ1A 5C42A 4KRFA 1RT4A 3ALYA 3DLEA 3VQ9A 3TARA 5HP1A 2OPRA 4CJUA 2G8UA 4DTJA 3U3YA 1TKZA 3LP0A 4I2PA 2IC3A 1VRUA 4CIGA 4FLWA 4DQSA 4F2SA 1EKEA 4M45A 3VQ6A 4RW8A 3NGZA 5I3UA 2G8KA 1NK9A 4J2DA 2O4IA 3OJSA 3QESA 2P1JA 1IKYA 1RTIA 3MECA 3AA4A 3SUPA 3V4IA 4O0IA 4JS5A 3HK2A 2RPIA 1B9DA 1L3VA 3AO1A 1W9HA 4CERA 1LV5A 1TAQA 5KI6A 2IDOA 3QETA 3MXJA 1TL1A 2OZMA 3LPTA 3DLRA 1JLBA 1LWCA 2GV9A 3AA5X 3DOLA 5HRRA 4W5QA 1U04A 3AVAA 3HP6A 3LWLA 4B9NA 1C1BA 3VQ7A 2HW3A 3K5NA 4B8CA 4KHQA 3OY9A 1KTQA 3TR8A 4CHZA 3LDSA 1RDDA 4DSFA 4FJNA 1VSJA 4HUGA 5DMRA 1T7PA 1NOYA 4N5SA 2DFHA 1FXXA 4CCHA 5HRNA 3SQ4A 3RTVA 3IS9A 4W5TA 3VQQA 3OVNA 1IKWA 1SUQA 4E7KA 4PQUA 2XO7A 4H8KA 4HVJA 4CK3A 1QHTA 1RTHA 4J2EA 5KRTA 4OLBA 4E1MA 2G8IA 3DRRA 4CEZA 2G8HA 3AVGA 2IS3A 4G1QA 3ZSXA 3KLHA 3T3FA 4LSLA 4QAGA 2FBVA 1HJRA 4CJ3A 2Z1IA 2VWKA 1C1CA 1FKPA 2FBXA 4FJ9A 4LH5A 4DFJA 3ZT3A 4E7IA 4CEEA 4YNQA 1WAJA 1YTUA 4LD0A 1VRTA 4NCAA 3P1GA 1HYSA 3ZT1A 4AHSA 1LW0A 4W5OA 3K5MA 1Q9YA 4O5BA 3DRSA 3ZSWA 2GBZA 2P51A 1C1AA 3ITHA 4CFCA 5HLFA 4ZHRA 1NKBA 1QSLA 4LSNA 2EX3A 2ATQA 3HYFA 4KB0A 4H4OA 5CZ2A 3KKSA 1TK5A 3ZSZA 4XIUA 1D9FA 1SKRA 4FLTA 3DLHA 2HHTA 1FK9A 1RT7A 2IGIA 3M8PA 2JGUA 4CFBA 3OYKA 3NHGA 4FM0A 4E7JA 2HNZA 1UAXA 4DSJA 4Z4IA 4L8RB 2DTUA 4CF2A 4K8XA 1X9SA 1LWFA 3HO1A 1UWBA 2XY6A 4DSLA 3LANA 3HM9A 1B92A 1C0TA 3V1QA 4B9VA 3NH0A 3LZIA 2XRIA 4OGCA 1ASWA 1N6QA 4FJKA 4N41A 4HCCA 1CZ9A 3DLBA 4OPJA 2EHGA 3BGRA 1X9WA 4DQIA 4IBNA 3AVKA 1BHLA 1I3AA 4B8AB 3AVMA 3SUQA 3MAQA 2HHSA 3VQ4A 3PX6A 4FCYA 1WSEA 1L3SA 4LY7A 4DFKA 3HSTB 1BISA 4OJRA 3NGIA 1T03A 1RBUA 3S3OA 4M3WA 4CF9A 4CJ5A 5KGWA 4EZ6A 2E4LA 3HPGA 1ASVA 1BIZA 2IAJA 4CESA 1NJXA 2KFNA 4JLHA 1KLMA 3DLKA 3LALA 3VQ5A 4HTUA 4FJJA 4OGEA 1X9MA 4FJHA 1BI4B 4KAZA 3LWMA 1XHZA 3AA3A 3NF9A 2BGGA 3O4QA 3ZT4A 4FJLA 3M8QA 3MEGA 1Y97A 1BL3A 3WNHA 4CK1A 3FFIA 3TAQA 3V9ZA 1WN7A 4AH9A 3KLEA 2AJQA 3NH1A 2BANA 3SV3A 5CYMA 3MXIA 4FJIA 3AVFA 1NK8A 3O4NA 4CGDA 1YT3A 4OKKA 1ZBIA 1RILA 2Q3SA 4PA1A 4KV8A 2YNIA 5HROA 2BDPA 2PY5A 1RNHA 5CYQA 1BGXT 3DOKA 3TABA 2PYLA 4EP4A 4ID1A 4CJLA 3OYDA 2OZSA 4KTWA 1RT2A 1S1XA 3RR7A 4FK4A 1L3UA 3QEIA 1NK0A 1REVA 4OVLA 4DF8A 2HVIA 3C6TA 1JLCA 1GOAA 3C6UA 1BQNA 4KO0A 5J2MA 3PX4A 4M3YA 3V81A 3NH2A 2HB5A 5FRNA 3VQAA 1IKXA 1KFSA 1ZBHA 4FXDA 4AILC 3V9UA 3SCXA 1KVBA 3G0ZA 4NCGA 4RW4A 3RR8A 1RT6A 2ZQBA 4IFVA 3THVA 3KLIA 1IG9A 4Z4FA 1DLOA 3V6DA 3T19A 3NDKA 3CG7A 1TGOA 4DU4A 4CJQA 1W0HA 5SWMA 3SNNA 4CGHA 3AVLA 2E6LA 3NF8A 4IG0A 3WNFA 4Z4CA 1RDCA 1JL1A 3RMBA 2HHVA 4ID5A 4BACA 4DTMA 3AVHA 1RDAA 2GUIA 1KSPA 5FDLA 4DWIA 3MEDA 5FROA 3OYMA 1IO2A 1LWEA 2VG6A 3OS2A 1QTMA 1KLNA 1RT1A 4CGJA 5J2PA 3CQ8A 2KFZA 1S9EA 2W42A 2WOMA 3VQCA 5KTQA 4DFMA 4DU3A 4E3SA 4FLXA 2VG7A 4CF0A 1S6PA 4EP5A 4ELUA 4GMJB 4CF8A 3CM6A 1L5UA 4CHYA 3DM2A 1D9DA 4Z4EA 4B08A 3OYLA 1U45A 3DMJA 4DTNA 1WNSA 3TI0A 2I5JA 4CEQA 4CK2A 3RMCA 4M3RA 4OLAA 1TVRA 4C8MA 2HHQA 4CECA 4M42A 1A5WA 1A5VA 3AA2A 4CJKA 4E89A 1VSEA 3PY8A 3QNNA 3RMDA 1NJWA 1NKCA 1I39A 1SKWA 1LW2A 2ZE2A 1RBRA 1KVCA 1QE1A 2B4JA 4FM1A 4F3OA 2PZSA 1QQCA 3M8SA 1JLGA 3ZSOA 2RN2A 3U3GA 1J5OA 1TK0A 2QK9A 3A2FA 3WNEA 4ELVA 2IOCA 2KW4A 1X1PA 4O55A 1DTQA 2BE2A 4O44A 1B9FA 4JS4A 3DI6A 1RBSA 3WNGA 2D0CA 4EZ9A 4CJWA 2KZZA 3KLFA 4OKEA 5J2QA 1Q8IA 3PX0A 1ITGA 1JLQA 2OPPA 1KRPA 3M8RA 2Z1JA 3G10A 3NE6A 1HPZA 4CE9A 4B9SA 1IKVA 1S6QA 2YNFA 2R7YA 4KTQA 2A1RA 2QKBA 3K5OA 3OJUA 3ZSRA 4HUEA 4Q0BA 1T05A 4E1NA 3SYZA 3AO4A 5HRSA 1VK0A 4N76A 4RW9A 1VSMA 1XHXA 3T1AA 4RW6A 1U49A 4I9QA 1U48A 2HVHA 4KKOA 3VQPA 1S1UA 4BWJA 3AO3A 1JLEA 1O1WA 3NF6A 4DTRA 4I2QA 4FZXC 1C0MA 4C8NA 3U6FA 3HPHA 2HNYA 4Z0UA 4CEAA 3LP2A 4RW7A 4KTZA 4C8KA 4F8RA 2OPSA 5HBMA 3ZSYA 3RWUA 4CJVA 1JXBA 1VSIA 1JLFA 3SQ2A 4DG1A 3OYNA 4FW2A 3V1RA 4C8LA 3HVRA 3KD1E 3AO2A 5JS1A 3AVIA 4CJEA 4M3XA 1DTTA 1G15A 3O3HA 4DS5A 3QNOA 3SJJA 5FRMA 3IAYA 4WE1A 1S9GA 1RDBA 3MEEA 5C24A 4DMNA 2XHBA 3OYJA 4BE2A 1N5YA 3V9WA 3B6PA 3P83D 4N56A 4E7LA 1ASUA 3I0SA 1U4BA 3L2UA 3NGYA 5J1EA 4MQ3A 2X74A 4CFAA 4E19A 4CJFA 3CFPA 4JRPA 4BWMA 2ETJA 4B9MA 1CLQA 3SUOA 2JLEA 3DLGA 3AVCA 3OYIA 2Z1GA 1TL3A 4AHUA 3L8BA 3LZJA 3VN5A 1HYZA 4CIFA 1TK8A 3KK2A 2HHXA 2Z1HA 5CY4A 3CM5A 1D8YA 3O3GA 1NK6A 3IRXA 3MXMA 1RBVA 4DQPA 1XWLA 2XY8A 3L3UA 3SV4A 1RT5A 1WSFA 1HYVA 3JSMA 2HHWA 4E7HA 3L2RA 1HQUA 4CHNA 2D5RA 3AVJA 1S1VA 4OKJA 1BCMA 4ICLA 3LP3A 3ZT0A 2OPQA 1JKHA 1BI4A 1ZBFA 1TV6A 1EETA 3VQDA 3SQ0A 4C8OA 3QIPA 3ZT2A 3ULDA 2F8TA 2G8WA 3OYBA 4FK2A 3OYGA 1MU2A 5EU7A 3I8DA 2KZMA 4IKFA 1NK7A 3DRPA 4Q5VA 4Z4GA 1SL0A 1Z26A 2D0BA 3DYAA 3KJVA 3NAEA 2YKMA 4F3TA 1R0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFNL 1XC3A 1IBMK 3LAMA 1S1TA 5AQGA 3ZCMA 1SKSA 4CJ4A 3V1OA 5E41A 3RRHA 3T69A 3EYZA 1NGGA 3E01A 4MO5A 3BF1A 5AZJA 4KI4A 4BG9A 4ELTA 1HKBA 5T7BA 2RKIA 1XNRK 4BR0A 2B5JA 1SZ2A 4CJTA 1J9AA 1R59O 1WB9A 3K0SA 2ZD1A 5K14A 5BN8A 3FZMA 3HZ6A 4BRIA 4KHYA 4MDAA 2Q2RA 3O9RA 4CZIA 1P90A 2NRRA 1NGCA 2HF3A 3SJHA 3VA0A 4PKGA 4JK8A 1FJGK 2O8DA 2KLAA 3RRGA 1JXEA 1CZAN 1N8RO 2CGLA 3M1FA 4F9OA 4W5NA 2O8FA 2XY5A 1VSFA 4FJMA 4JI2K 1QS4A 1YVUA 4BDPA 3N4PA 1NGBA 4JHDA 4FZZA 4DTSA 3TAFA 4KPYA 3N4QA 1KAXA 3MWPA 4CEFA 5JICA 5LMNK 1HNVA 1Z25A 1E4GT 3QEWA 3CCSN 3HVTA 3LP1A 1WSHA 3KD5E 4JAXA 4KHSA 2YKNA 4IDHA 1TKXA 4FZYA 1KAZA 2W6KA 4DF4A 3C95A 3JYTA 1TKDA 3HBTA 4XH4A 4EIAA 3OYEA 3EO3A 3KK3A 1Y64A 1YI2N 2QWNA 1VQMN 3CQYA 4BC4A 3VPZA 4ZTFA 4PWDA 4XEIA 1IH7A 4B1VA 2GTDA 1NJZA 1BUPA 1VQ8N 3ISNC 3QINA 4IDKA 4NYNA 4BR5A 1GLBG 3TAMA 1NGJA 4DR1K 3K5LA 4BRHA 2QTDA 4A57A 4WFBL 3VQ8A 2NRTA 3VTIA 3K59A 4BE1A 4A61A 5EVZA 3ULEB 4AHRA 2HBJA 1Z05A 2DFFA 5CZ1A 3AO5A 4J2AA 2X78A 2RE2A 3MCAB 4BRAA 2LSNA 1ILYA 4KFBA 1TAUA 3G6EN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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