3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
4WFNL 5DM6L 5H1SQ 1K73O 3CD6N 3CCMN 5GADP 3CC7N 2ZJPL 4IOAL 3CCRN 1QVGM 1VQ8N 5GAEP 5JVGL 1VQ6N 1K9MO 1S72N 1ILYA 3CCUN 1VQ5N 1VQON 3CC2N 1N8RO 3OW2M 3PIOL 1Q81O 1KC8O 1Q82O 3J7ZO 4IOCL 1VQ4N 1VQPN 1W2BM 3I55N 3CC4N 4U67L 1VQ9N 1YJWN 1VQ7N 2OTJN 1JJ2M 3G71N 1Q86O 1YITN 4UY8O 4WF9L 1QVFM 1VQLN 1YI2N 1M1KO 3CXCM 4WFAL 1VQMN 1M90O 5JVHL 3CCSN 3CMEN 3DLLL 1VQNN 3CMAN 2ZJQL 3CPWM 2OTLN 2QA4N 1YJNN 1YHQN 1Q7YO 1YJ9N 3I56N 3CCJN 1YIJN 1VQKN 1KQSM 2ZJRL 2QEXN 3G6EN 5DM7L 1OVYA 1KD1O 3CF5L 5GAGP 3G4SN 5GAHP 5MLCQ 3CCQN 4WFBL 4IO9L 1NJIO 3CCLN 1K8AO 3PIPL 3CCVN 4WCEL 3CCEN 5HL7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P5GA 4Z4FA 5FLXO 3RRHA 1WSJA 1QSSA 4N47A 4CJ7A 1YF5L 4FW2A 4YOVA 4CFCA 4YOWA 4N76A 4JK8A 2QWMA 4JI8K 4Y1DA 1RDAA 1RT5A 1N5YA 3EE8A 2ASPA 1QQMA 2W40A 3VGMA 5FRNA 2ITMA 3V9WA 4DR5K 3OYHA 2W42A 5FPDA 1RT3A 4CEZA 4M3XA 4EP5A 3HBTA 4IOXA 3A5MC 4EAHD 3VQ6A 1G15A 2Z1GA 2RKIA 1Q18A 3LDSA 3MEGA 4DR2K 1YTUA 2WONA 1N34K 4CJ5A 2OPRA 2PZSA 5C15A 2GX9A 4Z4GA 2ZGZA 1MA9B 4KHQA 3SUQA 3T1AA 4E89A 2GELA 3I0RA 5B8HA 3KK1A 1WSEA 4J2BA 3NAEA 1MWMA 4FJ8A 2KHOA 5AQOA 1FKPA 4CE9A 1HR0K 3O3HA 4JK9A 2FC0A 3AO2A 3OJUA 1YVNA 1VK0A 4PL7A 1GLBG 4ISGA 3V1RA 1T05A 3WT0A 4BWMA 1YHQN 4H5NA 3MXJA 3KLIA 4YNQA 4EFHA 3AARA 3WXJA 3EO3A 3SAGA 4GV3A 1TUYA 2FBTA 3R9PA 1D9FA 3OBWA 4LF9K 3QETA 2OCEA 1XWLA 3KLEA 3F73A 4DTPA 3VQ7A 1NGGA 4JRPA 4DF8A 5AFUA 1HPMA 3SQ4A 4OJRA 1QTMA 3QNNA 3H46O 2XRIA 2PYLA 4BC3A 2HHXA 1JXBA 4YOTA 3ULEB 3SAFA 2VQFK 3ZT0A 4MO4A 4CCHA 2NNWA 1NGJA 2IVPA 4FJGA 3VQPA 3ZT3A 3TAFA 4DSEA 3HTVA 4LSNA 2HF4A 5HROA 3C94A 4ISFA 4PWDA 4ID1A 4LSLA 4FJIA 5LY3A 3TI0A 2NRXA 1T03A 1MDUB 3VQ5A 4FLWA 3HO1A 1ILYA 2E2OA 2IAJA 5J2PA 1DGKN 5C25A 3IG1A 1IKYA 1U2VA 4IOCL 1HJRA 3MXMA 1O13A 3OYIA 4DV3K 3KHYA 4U67L 4KBOA 3O3GA 5A2QO 4M42A 3DXKA 3KVGA 1S5JA 4TSXA 4BY9C 2HOEA 1UA0A 2KZZA 4JHDA 3SUOA 5BPMA 5EX5A 4K41A 2IVOA 3BZKA 4CJWA 5D3GA 2FBVA 4DV4K 3IS9A 2A3ZA 3EEQA 2E6LA 1HNZK 1YI2N 3EL2A 1W9HA 4LF5K 2GUPA 4DLGA 1NG9A 1RTDA 4BRCA 2P9LB 1I39A 2GWJA 3L8BA 4BRQA 5AFUH 4DTSA 2HMPA 3AVFA 1U2VB 4WYBA 1Z26A 4JLHA 3TU5A 3HSCA 2E2NA 5AQIA 3F5TA 3QERA 3OS2A 4F2RA 3PLAA 4JKDA 1TKXA 4WQ5A 3FR0A 3RSEB 3EY1A 4DB3A 3ZSWA 3ZLJA 3AA2A 4LFCK 3TABA 2CH6A 1NKEA 3NF6A 1K8AO 2P9LA 1Z25A 2VCPA 3AAQA 4BDYA 2UXDK 2GBZA 4Q5VA 1S6QA 2YNFA 5H1SQ 1ZC6A 2IDOA 5CE3A 4H4OA 4Q0BA 3O5BA 4JN4A 2HMIA 4NCBA 4Z94A 3QBWA 3MX2A 4CJRA 3GL1A 1QQNA 3AA3A 3OVNA 1RBVA 2HW3A 1NJZA 1UWBA 3O1WA 3E9LA 3CC2N 3DOKA 3AVLA 3K9KA 2CGKA 3A0IX 1KAXA 1RBRA 4FSVA 4E7KA 3QFPA 5EU7A 4DQ8A 2A1RA 4CHYA 3J7ZO 1DKGD 1DTTA 4FLTA 3K5OA 3AVAA 4NYFA 4HUGA 3HP9A 4O8UA 3B6PA 4LF4K 3CIPA 3HK2A 1KSPA 3NF9A 1RT1A 2D4WA 2XY7A 4IFEA 4DQQA 1HNWK 4H8KA 3C6TA 5AZJB 3RTVA 2VWBA 4R79A 2Y1JA 3THXB 4B3OA 3Q7BA 2D0PA 3VEOA 4CK3A 3NVKA 2YHAA 4O5FA 2BE2A 1JLFA 4QAGA 5M1NA 3E9PA 3CMAN 3SCXA 4FM0A 4BRNA 1MWKA 4QS9A 1BWFO 1P8ZA 1BOTO 1WSFA 1OH6A 1S1UA 1VQKN 1KQSM 1Y64A 5KPTA 2BDPA 4DR7K 5BRFA 3C0BA 1SL1A 4IEIA 3OY9A 3L4IA 5GAHP 4ICLA 4PQUA 4J8FA 3FZLA 4KKOA 2E1YA 1QS4A 4WFBL 3JXUA 4JK7A 4CK2A 4IFYA 1CXUA 4PUOA 1EWRA 1BQMA 1HKGA 2P1JA 3OYDA 1NGAA 1S9GA 2XY6A 4IFVA 3WUHA 1RFQA 4CZGA 4AF1A 2O8EB 2DFEA 4A59A 3EN9A 4OPAA 3CCRN 3V1OA 5JVGL 1TK8A 3EKSA 4CK1A 4DSFA 1KVCA 3VN5A 4B1VA 4BDZA 4DUZK 1XQSC 4CJFA 3O80A 4BR0A 4DCHA 4E3SA 2VWKA 3KLGA 3ATUA 1LW2A 4H5VA 4E19A 1E4FT 3QEIA 2O8DB 1VQPN 1X1PA 2FBXA 5J2NA 4JI4K 4CW7B 3AVIA 2LSNA 2NUBA 2YKMA 3C7NA 4NYNA 1U49A 4BR9A 4B08A 2F96A 3GOIA 1SKSA 2VG7A 4BRPA 3DI6A 3T1HK 4CJEA 4IXCA 3G71N 4QOZB 3UKUA 4JYAK 3E66A 4H0OA 4KH5A 4JHDB 3VQEA 4E1NA 1QVFM 5I9EB 2FLOA 4I6MA 1RDDA 2H3GX 1FK9A 3G10A 4H5TA 3K0SA 2AJQA 2O8EA 3FGUA 1NMDA 5HRRA 1TUUA 1KFSA 4BR2A 2OTLN 3CJ7A 5CZ1A 1JLCA 1YJNN 2IS3A 1O1WA 2Z1IA 3ENHA 5AZIA 3I56N 2BUPA 1XNQK 3VF2A 4C1NK 5GIPA 2CH5A 2D5RA 4LC9B 2P9PA 1FXXA 2YNGA 3ISNC 1C6VA 2JWLA 3CFRA 4DFKA 4CF2A 4YHHK 3AO3A 4K0KK 3QO9A 3ZSVA 1HNIA 3K57A 5C2FA 4CGDA 4CZHA 3IAYA 5TKWA 4EP4A 3ULEA 1NK6A 4C8KA 3VQAA 4CEAA 2NLXA 3IFRA 3AA4A 1R0AA 3VQ4A 1J53A 3A5NC 3FZMA 3ZSQA 3DLGA 3AY9A 3ZX3A 5HL7L 3ZEUA 5KGXA 2VG5A 1KFDA 2O8FB 1TYQA 5ADXA 1BI4B 2Z1JA 3U9ZA 4Z4CA 5GIOA 2YJFA 1SKRA 2HBMA 4LH4A 1NK8A 1A5VA 2E1ZA 4GVMA 2HHWA 3VENA 4MLEA 1NGHA 1J6ZA 5KI6A 2XHBA 4HUFA 4LFBK 1UOCA 2W6LA 1TK0A 1ASWA 3JSMA 1Q81O 4H5WA 2UUAK 3E1YA 1HYZA 4I9LA 4B3MK 4ZTJA 3LALA 4DQPA 3VPZA 3CC4N 4OPKA 2D0BA 1Y97A 5AQVA 3BZCA 1S1VA 3T1YK 2YHWA 3ZSXA 3QEXA 1YITN 4B3TK 1X9SA 1NBWA 3O9RA 3OYLA 1JLQA 2XY5A 5BREA 2Q31A 3IUCA 1TL1A 2OZMA 4BRLA 2OPSA 3I33A 1N32K 3D2FB 5CY4A 3OA9A 4CIGA 1GLCG 3NH0A 4CGFA 3MN9A 1VQNN 2Q36A 5J2MA 4A61A 3TARA 3F9KA 3MEDA 5KGWA 4MLHA 4CECA 3HL8A 4ZHRA 1YVUA 5AQGA 3ZX0A 4K8XA 2P9UB 1X9JA 1NK0A 3TTCA 5C2DA 4OKKA 3L3VA 3KWIA 2ZJRL 1RTIA 3TSQA 4FM2A 1QZ5A 3TPQA 3FZHA 1LAVA 1VAZA 4OPJA 3HPGA 3TANA 3L2WA 3TAQA 4W5QA 3G4SN 1K6YA 1KLNA 1GLDG 1CXQA 1GLFO 4F3OA 3KKSA 3SV4A 5C42A 4H0YB 3ZT2A 1QHTA 1Q9XA 4FM1A 3OYEA 3PIPL 3D2EA 2KQ2A 2IIRA 4DTMA 3KLHA 3DM2A 1BL3A 1UAXA 1L3TA 1V4SA 4ELVA 3U4LA 5GADP 2ZJPL 1LWFA 4CGHA 4FWLA 3P38A 1REVA 3OYBA 1SQKA 4BRKA 1HKCA 5FPMA 1QHAA 1BA0A 1VHXA 2HF3A 2P9UA 1XHXA 1ZBFA 3OW2M 5KTQA 2FSKA 1C0MA 1RDUA 4R5PA 4AHRA 1BCOA 1NJXA 4H0VB 3BUZB 5I42A 4DLEA 3MK6A 3TAGA 3AVGA 1VQ9N 5LL6Z 3DXMA 1SL2A 3PY8A 3MEEA 2ITGA 5AQRA 3ZSRA 1TV6A 1XUPO 3K5MA 3O4WA 4FWKA 3C95A 4LF6K 2FXUA 1QSYA 2O8CA 3PSIA 4AHCA 1NGBA 3CXCM 4CJVA 1VQMN 3RMCA 2QWQA 4FVUA 4DSJA 1EQYA 1HLUA 1K8KA 3DLLL 2O8BB 4B8CA 1TGOA 3AO1A 4Y1CA 2KW4A 1WB9A 3AO4A 4B1WB 4QCLA 2A1SA 3V9ZA 4GKJK 2FSNA 3J8AA 1TK5A 1KVBA 4BVOA 4LY7A 4JRQA 3PO4A 2QEXN 3KIOA 1HQUA 5BRDA 3O9TA 4MFBA 5T7BA 2ZQBA 3QEWA 3N4QA 4DTNA 3NGYA 3PUFA 1NKBA 4CVNE 5FRMA 5LMNK 1NJIO 3S3MA 4H0TB 5F2RA 3CCVN 3NH2A 1S9EA 4DTJA 4LD0A 4FK2A 1SS6A 3LDPA 1L5UA 1NKCA 1ASUA 3P83D 4Z0UA 3CD6N 3NMUA 3UKRB 4BQZA 3O4NA 1EX4A 4DTUA 3TSUA 1ATNA 3D7EO 3L0QA 4GVEA 5C12A 1I3AA 1U6ZA 5KPRA 3J80O 3HXMA 1IBKK 1RDBA 2QXLA 4XH4A 1S1XA 5AQWA 1K9MO 1ZBIA 3CCUN 4FJHA 4FOEA 2V52B 5E41A 1C0FA 3AVJA 2GTDA 2QWLA 3O6WA 4X64K 4M41A 2P9IA 3A8YA 3U3GA 3HP6A 1RT6A 3RSEA 1C0TA 4HCCA 4B1UB 3CERA 3VQDA 4BGAA 5F0XA 4J2AA 3TSPA 4K25A 2UUBK 4JEPA 4I6MB 2QW9A 1KAZA 5M1OA 5JMVA 3V6DA 2P9NA 1JCEA 1EKEA 1ESVA 4B9SA 4FWRA 1LV5A 3NGZA 3KTQA 2KKZA 3I8BA 4KRFA 3PX6A 5HRPA 2P9IB 1HNVA 1RGIA 1S6PA 2YJEA 1E4GT 4F9OA 4WQ4A 2YNIA 3HPHA 3HSTB 1YUWA 4DS4A 4ELUA 3CCJN 2NRTA 2A41A 3N4PA 3J7AP 3OYNA 1U45A 4G1QA 2QWPA 3WNHA 4IG0A 1RT7A 4OKEA 1S1WA 3BP8A 2BANA 5AQPA 3OYGA 4B3SK 5CHIA 5GINA 5SWMA 4GNIA 3CYMA 1NM1A 1RT2A 3C6AA 1LWCA 2YV0X 4YORA 4FJ5A 3AVMA 2F9WA 3O9UA 4C8NA 4BG9A 3CETA 4BRFA 3AV9A 1NGIA 1G99A 2X6NA 1NGFA 2EX3A 5AR0A 4DUYK 4ZTFA 1BI4A 3VQBA 1VSKA 3R6MA 4JI2K 1S3XA 3UB5A 1I94K 1T44A 4OLAA 2VQEK 4X62K 4AM6A 4JI3K 1NGDA 2A6AA 3NF7A 3HRGA 3MECA 1HJOA 1S72N 4CHOA 2HNYA 4CD3A 4NXMK 4IDHA 3WXMB 1VQON 3S3NA 1HYSA 4IZ9A 3ID6A 1ZBHA 1IG8A 1KC8O 4FK4A 1B92A 3J7YP 3MN5A 5F1XA 2O4GA 1H1VA 1SUQA 4KTZA 4OX9K 3I55N 4JKGA 2BTFA 2P9PB 4OLBA 3VQCA 1C1CA 3P31A 4E1MA 5E26A 1JLAA 3OYMA 4L8RB 3IKMA 3ZCMA 4O44A 1JJ2M 1U4BA 2YCHA 2AA4A 4H5RA 3R8EA 3K5NA 1KTQA 3DLKA 4JKHA 1M1KO 1L3SA 4F8RA 5HP1A 4LF7K 3NHGA 4KHSA 1CZ9A 5K14A 3ASMA 4O4GA 3OYKA 3LP2A 2G8KA 1RNHA 1ITGA 4DV0K 2E5LK 1CZAN 2KFZA 1LW0A 3FLCO 1WAFA 3SQ1A 4JKCA 2QA4N 3P1GA 3SJJA 2RE2A 5ELZA 3F2KA 4O55A 2Y1IA 3C7NB 3K9JA 1JXEA 4IJAA 4DV7K 1KD1O 4QS7A 4K43A 2O4IA 3VEWA 3CF5L 3AVCA 2B5JA 1HUXA 2HHSA 5AQKA 3KWGA 4FXDA 2V51B 4N56A 4AM7A 3SPZA 1CZBA 2E8AA 3EKUA 1TAUA 2DFFA 2HHUA 4KV8A 4A2BA 1NOZA 4MDAA 3CM6A 4BWJA 1U47A 2NRVA 1QZ6A 5CYMA 3VA0A 3LWLA 3ZX2A 4CZKA 4NCAA 1BU6O 3IRXA 2FF6A 4OKJA 2I7NA 2FBYA 1RDWX 1C1BA 4DQSA 4AHUA 4DFPA 3CPEA 1KAYA 1VRTA 4FYDA 1WBDA 3ZETB 1VQ6N 5IT9O 4JI6K 1C0GA 4CGGA 4KB0A 3VF6A 4A5AA 4YFUA 3VEZA 1L3UA 1VQ5N 3P5JA 4I2PA 3SJHA 1KCFA 5BPLA 3PIOL 3IMXA 3M8RA 3BEXA 4CFAA 2Q2RA 1EWQA 5JICA 3DXKB 1HNXK 4GY2B 4M3UA 4BDPA 1X3NA 1IV0A 1XNRK 4E1JA 2KFNA 1W0HA 2YI1A 1WUAA 2FF3B 2P9NB 4DTOA 4FWSA 4FZXC 3MWTA 4CEQA 3VTHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P5G A;  4Z4F A;  5FLX O;  3RRH A;  1WSJ A;  1QSS A;  4N47 A;  4CJ7 A;  1YF5 L;  4FW2 A;  4YOV A;  4CFC A;  4YOW A;  4N76 A;  4JK8 A;  2QWM A;  4JI8 K;  4Y1D A;  1RDA A;  1RT5 A;  1N5Y A;  3EE8 A;  2ASP A;  1QQM A;  2W40 A;  3VGM A;  5FRN A;  2ITM A;  3V9W A;  4DR5 K;  3OYH A;  2W42 A;  5FPD A;  1RT3 A;  4CEZ A;  4M3X A;  4EP5 A;  3HBT A;  4IOX A;  3A5M C;  4EAH D;  3VQ6 A;  1G15 A;  2Z1G A;  2RKI A;  1Q18 A;  3LDS A;  3MEG A;  4DR2 K;  1YTU A;  2WON A;  1N34 K;  4CJ5 A;  2OPR A;  2PZS A;  5C15 A;  2GX9 A;  4Z4G A;  2ZGZ A;  1MA9 B;  4KHQ A;  3SUQ A;  3T1A A;  4E89 A;  2GEL A;  3I0R A;  5B8H A;  3KK1 A;  1WSE A;  4J2B A;  3NAE A;  1MWM A;  4FJ8 A;  2KHO A;  5AQO A;  1FKP A;  4CE9 A;  1HR0 K;  3O3H A;  4JK9 A;  2FC0 A;  3AO2 A;  3OJU A;  1YVN A;  1VK0 A;  4PL7 A;  1GLB G;  4ISG A;  3V1R A;  1T05 A;  3WT0 A;  4BWM A;  1YHQ N;  4H5N A;  3MXJ A;  3KLI A;  4YNQ A;  4EFH A;  3AAR A;  3WXJ A;  3EO3 A;  3SAG A;  4GV3 A;  1TUY A;  2FBT A;  3R9P A;  1D9F A;  3OBW A;  4LF9 K;  3QET A;  2OCE A;  1XWL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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