3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
1W2BM 3CCRN 4U67L 4WFNL 2QA4N 1YJ9N 1YI2N 1QVGM 3DLLL 1JJ2M 3CF5L 1YIJN 5GADP 3CC4N 1YHQN 2ZJRL 3G4SN 1YJNN 2ZJQL 1VQ7N 4UY8O 4WFBL 5JVGL 4WFAL 1VQMN 1K8AO 1M1KO 1N8RO 5H1SQ 2OTLN 3CMEN 3CCVN 1M90O 2ZJPL 5MLCQ 1VQ8N 2QEXN 1K9MO 3PIPL 3CCMN 1KC8O 4IO9L 5JVHL 3CC7N 1QVFM 5GAEP 1VQ4N 3CCEN 3I56N 4WCEL 1YITN 1VQON 3CPWM 1NJIO 5HL7L 1VQ6N 1Q7YO 1VQNN 1VQPN 1VQ5N 1YJWN 3CCLN 3G71N 1VQKN 1Q82O 3PIOL 3CCJN 3J7ZO 3I55N 5DM6L 3CCSN 3CC2N 1Q86O 1KQSM 1VQ9N 5GAGP 3CXCM 3CD6N 3CCUN 5DM7L 1OVYA 4WF9L 1Q81O 3G6EN 2OTJN 3CCQN 4IOCL 3OW2M 1VQLN 5GAHP 4IOAL 1KD1O 1S72N 1ILYA 3CMAN 1K73O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C10A 1VRTA 2P9LA 1SUQA 3ENHA 4X66K 2E1ZA 4LFCK 2H3GX 5AJ3K 4I6MB 3S3OA 1O13A 3BF3A 4KHQA 2E6MA 3DRRA 2KFZA 1EWQA 4CJ4A 1N6QA 4WQ5A 3BF1A 4B8AB 4DR2K 5CR4A 3SBTA 1YJNN 1MDUB 4JLHA 3LAKA 4JAXA 3WNFA 4Z4GA 3D0PA 2VWJA 3O9SA 1SS6A 2O8BB 3SLCA 3VENA 3DRPA 2RPIA 4DTUA 3IDHA 3QMLA 3MEGA 3FE1A 5CYMA 1XQSC 3UE5A 4Q0BA 2O8EA 4LY7A 4CJKA 3JSMA 1LW0A 1VSMA 3WXJA 4DSEA 3AVJA 5CZ2A 3E66A 3H6EA 3M8PA 3O8MA 3HXMA 3O08A 4CIFA 4OX9K 3ZT1A 5AQJA 1HQUA 1I3AA 4FSVA 5AQXA 2QTDA 1C1CA 3NH2A 4OO1J 3B8AX 3F5TA 3SV3A 4CJUA 3MXMA 4B9TA 3P4IA 4BRHA 4LSLA 2YKMA 3MX5A 3THYA 1RBUA 4BVOA 3RR8A 1HJOA 1VHXA 4DTSA 3CCLN 1OVQA 3PSFA 1S3XA 3FZKA 3T7ZA 4J2BA 1Q86O 1U2VA 4JKGA 5J2QA 1KQSM 3DLGA 4ILJA 3K57A 1JLCA 1EKEA 1SKWA 3CD6N 2DPNA 3O9RA 4YOVA 4KB1A 3LP3A 1QZ6A 3HVTA 1Q9YA 3CCQN 3T1YK 3O3GA 2BUPA 4DQPA 3CMAN 3DAWA 1BA0A 2VG7A 1UOCA 3QFPA 1KXPA 2E8AA 1VSDA 3TI0A 4CZLA 3AA5X 4B9SA 1I39A 1RTDA 4DWIA 1RDWX 4BE1A 2VGNA 3SBGA 3OS1A 1FJGK 1S9EA 2HW3A 4NCGA 1U48A 4FZZA 3OA9A 1HLUA 1XC9A 4DSFA 4E1JA 4JKEA 4C23A 3ZSOA 1Q8IA 3TABA 1X9SA 2UUCK 2F4VK 1C6VA 4CFBA 1NJXA 2GTDA 3RMDA 1GLLO 2HHUA 4DLGA 4XH4A 3OBYA 4M63C 4FL9A 3VEXA 3O3HA 4EAHD 2E5LK 2OCEA 3UKRA 2BDPA 3TAEA 3ZSQA 4Z4EA 3OYBA 4CIGA 2O4IA 4AILC 3L4QA 1ZBIA 2Q2RA 4PKIA 4NXNK 3TAQA 3TTFA 1V4TA 4CJ5A 5FPMA 4LH4A 5IWAK 3VF2A 4BRCA 3MN9A 4A5BA 4FJLA 3BEXA 1K9MO 4BQZA 4ZTFA 3OYIA 2BGGA 4CJ7A 3DWLA 5LJWA 1A5VA 1QZ5A 3ITHA 4AHCA 4JI5K 5AQQA 3I56N 1X9MA 3ZT2A 1GOAA 5KQ8A 3C7NA 3E01A 1KCFA 1HPMA 3BZCA 3HP9A 1FK9A 3D2EB 2D0CA 4BDZA 1VSEA 2EWSA 1RDUA 2IC3A 5AQIA 3O5BA 4JS4A 5BR9A 1UA1A 4XH1A 2Z1JA 3P83D 1L3SA 3NMUA 3LPUA 2WUSA 2P9UB 3TTDA 3ID8A 3KIOA 2GUIA 3H3OB 4W5RA 1YXQA 3IKMA 3DXKA 4JD2A 3VQCA 2D0OA 2HHWA 3P31A 4IOXA 5AFUH 4AHTA 1IBMK 3N4PA 4WF9L 1LAVA 1U47A 5IT9O 3U4LA 2QWOA 3BUZB 3QEIA 4LF9K 1E3MA 4CK1A 4IO8A 4CEQA 4B3MK 5GAHP 1KSPA 4Y0WA 4B1UB 1L3UA 5AQMA 5AQZA 3LDQA 4BRPA 4JK9A 2WOMA 3QEXA 4F4KA 3M5RA 3VQ8A 3BP8A 4JI0K 3ZSXA 3CCRN 5D3GA 3NAEA 5F1XA 2NRWA 5AQLA 3UB5A 2ZGZA 3WNHA 4H8KA 4JN4A 4NO7A 4DTJA 1JLFA 4Z4IA 3UKUB 4CECA 1IBKK 4HTUA 2KZZA 2W41A 2YX6A 4GNIA 5BRHA 1MA9B 3MWTA 1E4GT 3ASMA 4FLUA 1RT1A 3VA3A 2O8DB 4J8FA 4M45A 5C15A 2KZMA 1UA0A 2YHWA 4DSJA 1T8EA 1T44A 1TL1A 1LWCA 4L8RB 1XUPO 1K8AO 4LD0A 4CEFA 3L8BA 4KHWA 3NF8A 4LFBK 4X65K 4B1YB 4I2PA 5FRMA 5KQDA 1IG8A 4J2AA 4IEEA 2I7PA 4H0OA 5M1FA 3CETA 4RW8A 4A2AA 1SL1A 1IG9A 2ZQBA 5EXWA 4L3QA 4M3UA 3H1QA 4HHTA 3AVBA 1NGEA 4WCEL 1IH7A 1D5AA 1VSLA 3PLAA 1NJIO 2O8CB 3MCAB 3EE8A 1QTMA 3VQ7A 3N4QA 4O8UA 3SAHA 2HHXA 3ULDA 3J8AA 4IFVA 3O4QA 1HRHA 2KLAA 2P9PA 2YNHA 3PX4A 4RWTA 3I55N 2A40A 4MO4A 4QOZB 4CGGA 3NGYA 4CJ3A 4ZTJA 3MCPA 4B9MA 3OYGA 4KH4A 3D2FB 2Q0RA 4ILGB 2IVNA 2Z1IA 3C6TA 3QNOA 3M3ZA 4B3OA 1R59O 3R8EA 4BC2A 2GELA 4QS7A 4AF1A 3EKSA 4CBWA 1NK5A 3V6DA 1J5EK 4BDPA 2I5JA 4B1WB 4N47A 4AHVA 3R3LA 2HBKA 4CBXA 2AP1A 4PWDA 4CW7B 4ISFA 1JKHA 1BWFO 3VTHA 1RTIA 3CHWA 3HPHA 1WSGA 3A2FA 3ZT0A 2B6AA 2QK9A 4AH9A 4BG9A 2V7YA 1SZ2A 3SCXA 2O4GA 3W0LA 1BIZA 2NLXA 3SAFA 2P9SA 1VQ7N 3NH1A 2GUPA 2OPQA 1RT2A 2NNWA 3WUHA 4CGFA 3VQAA 4JKBA 4FWQA 4RCHA 4DQRA 2WBNA 4BR5A 1HNZK 1BU6O 3BZKA 4JV5K 5M1NA 3KHYA 4FM1A 1RDCA 1SV5A 2GEMA 1NK0A 4CERA 2GBZA 1ZBUA 2ZF5O 2QM1A 3S41A 3CM6A 3OY9A 4M42A 4ID1A 3D7EO 4NYFA 5CYQA 2GWKA 3ZX2A 4H5NA 4N5SA 3FGUA 3IMXA 3K59A 3AVCA 2QWNA 5JICA 5KPTA 2Z1HA 3MX2A 2IGIA 4F2SA 4LF5K 1NGJA 2VWKA 4XH5A 4MO5A 3C65A 4BR0A 3SQ0A 3AVKA 3TPQA 1NLVA 4X62K 4DR1K 4BACA 1Q7YO 3NGZA 2V51B 1ZBHA 1X3NA 2HBLA 1VQKN 5AZJA 2E4LA 4RTFD 4YDUC 2F96A 5AQTA 1FXXA 3CCSN 5FPEA 3DM2A 3O1BA 3LM9A 4O0JA 4AM6A 2QXFA 4JNEA 1VSFA 3ZEUB 1HNXK 3IG1A 5HROA 3L2VA 3DLEA 2NRXA 4YOWA 2YHXA 3MN5A 4BREA 3V9WA 1QQMA 4HCCA 5LY3A 5CHIA 4JI7K 3TANA 4DUZK 4YOTA 2ITGA 1YI2N 2O8FB 1QVGM 3KLEA 1O1WA 3P1GA 1XNRK 2YNIA 2HHHK 4BROA 3ISNC 4DHYA 3VQ6A 3LALA 4B3SK 1HMVA 3G4SN 5LMUK 3OYMA 2ZD1A 4OGCA 4DU1A 4BC5A 3NH0A 1CLQA 5BPNA 3THVA 4CJVA 1WSJA 1HQEA 1JLAA 1RBTA 1RNHA 3L2WA 2XO7A 2CGLA 2FC0A 1KLNA 3JYTA 4JRPA 4DR4K 3EKUA 1T7PA 2EHGA 3IAYA 3ZYYX 4EP4A 2F8SA 1TYQB 1X3MA 4XIUA 1Q18A 2CH6A 2QWRA 3CIPA 4DV0K 1NGHA 4FJ7A 4BGAA 4JKFA 1ATSA 4B9VA 3HRGA 3CFRA 1U6ZA 4BRMA 3B6OA 2D0PA 5SZTA 4O5FA 1S6PA 3GOIA 4FLTA 4E7HA 5AQWA 1HX1A 4JI2K 4GV9A 3GL1A 3HL8A 4CGJA 2V7ZA 4N76A 3NVKA 3D45A 4B1ZA 1HYZA 5AQKA 3LDLA 3G71N 3PO5A 3KWGA 2PFUA 3CJ1A 4B08A 3TWHA 3LL3A 4KI6A 4FZXC 1RILA 3WEEA 4BQLA 3VEVA 4NXMK 4DU3A 3H08A 2AA4A 5KTQA 3JXUA 1TGOA 2VGMA 5AQFA 3EO3A 3WNEA 1RDAA 5GIOA 2P9IA 2A5XA 5HLFA 2QWPA 3AA4A 1J53A 4I7FA 3K9KA 4KH5A 3V1RA 1E4FT 4FO0A 1GLEG 1VQLN 3SUPA 1ATRA 2YI1A 1ILYA 3LAMA 3BGRA 5AQPA 4IG0A 1RGIA 4U67L 1YJ9N 3ENOA 3TR8A 2NRTA 1D8YA 4JI4K 1NBWA 3VOVA 4CZHA 3AVIA 1J9AA 1YIJN 1JCEA 1P90A 2G8WA 5JS1A 3K0SA 4CZIA 2QI2A 3S3NA 4E3SA 1ASVA 4NYNA 4YOXA 5M1OA 1MU2A 2J4RA 4J2EA 1WSHA 4JHDB 4CD1A 3U3GA 2ZJQL 2UXCK 4A57A 4RW4A 1RDDA 1YVNA 3QB0A 5BPLA 3SAGA 3H45C 4WFAL 2F7TA 1S1TA 3MMVA 1NGIA 1IO2A 1NNEA 3KD1E 1HNWK 3L3VA 2O8BA 3TAFA 4NB4A 3ZSZA 3CERA 3WXMB 4M3YA 3V4IA 1F21A 1JLQA 3CMEN 4KHUA 2QKKA 2FBXA 1U04A 4F2RA 1VQ8N 3M1FA 4DS4A 3T69A 5BREA 4I2QA 4Y1CA 4BRFA 3T3FA 4CFDA 1YVUA 4RW7A 3HOTA 1Z05A 4X64K 4B9QA 4B9UA 2P51A 4LSNA 1QSLA 4R79A 1N32K 1S1UA 3HT3A 4ISEA 4DCHA 1VAZA 4FXDA 1TKXA 1BQMA 3G25A 3HOSA 4FLZA 1X9JA 3AVFA 4DR5K 3F9MA 5GAGP 2E6LA 3QBXA 3W3DA 3AV9A 4DQ8A 1BI4A 4NLCA 5K14A 4A2BA 3M8RA 3E9LA 3KLGA 2JGUA 5FDLA 4CGDA 2Q36A 3L2RA 3OW2M 2FSKA 4OPJA 2P5GA 4OKEA 4H0XB 3H3NO 1QS4A 3VMFB 4Z94A 4B1XB 1NJWA 1TVRA 4CEOA 4K41A 4DKWA 1RBRA 3KTQA 1S1WA 3V9UA 2ZWHA 4Q5VA 1J6ZA 3AAPA 3P5JA 4E7KA 3A5MC 3JS6A 5AR0A 5I3UA 3V81A 1OKJA 2VQEK 2OA8A 1QSYA 2ZJRL 4CJLA 5EX5A 4FM0A 4FYDA 3HBTA 2BH1A 1MWMA 4M3WA 4WE1A 1TAQA 1NK7A 3AA2A 1NMNA 4AHRA 4BG8A 1BGXT 1D9DA 4CF1A 4FLVA 3I0SA 3CQYA 3NVMA 4BRQA 2UXBK 1OH5A 1Z6RA 4FJ5A 5AQUA 3T1HK 3K58A 1IBLK 2YKNA 3CM5A 4DR6K 2NRRA 3R9PA 4DG1A 4M7XA 3FFKB 1RT5A 4BWJA 5CY4A 2HVIA 3C95A 4FLXA 3VTIA 5BRDA 1WB9A 4H4MA 3LP0A 3KKSA 4OPHA 3QO9A 3ZSRA 3THWA 1RBVA 5BPMA 4PQUA 1OH7A 1BDGA 3KZBA 3AO4A 3NFAA 1RT4A 1LCUA 5AQSA 5AQOA 2B4JA 5FPNA 3NF6A 4CEBA 3EZWA 3MDQA 3VQPA 4GV3A 2GWJA 1HUXA 3HJFA 4H0YB 4IG3A 2A3ZA 3D2EA 3GBTA 4CGHA 5F2RA 4ELUA 4KRFA 3Q7BA 5AFUA 2QW9A 3OS2A 3HSCA 3CFPA 2RF2A 1N5YA 2HMPA 3UIQA 3LPTA 5B8HA 4JI1K 2DFFA 4A59A 3SPZA 3RSEB 1DKGD 1KD1O 1S72N 1VSIA 3RR7A 2E2QA 3DJCA 4FVMA 5GINA 3CJ7A 4JI3K 5F0XA 4I9LA 4WFNL 2IVOA 4K25A 3VN5A 2GV9A 1BUPA 3F73A 3OYEA 1CXUA 4B3RK 1TUUA 4BE0A 5J2NA 1QQCA 4AHUA 2E2PA 3KK1A 4ISGA 3AO3A 1HYVA 1HNVA 3NF7A 3C7NB 3UKUA 5JS2A 4M3ZA 1QQOA 2FBVA 4FWOA 5JVGL 4BRDA 2DFHA 4KREA 2FF3B 3QBWA 3CJAA 2WONA 4LF8K 2O8DA 3ZT3A 2E2NA 3H1VX 5H1SQ 4LF4K 2X74A 3DXKB 4JD2B 4JKHA 3O3FA 5KRTA 5DK5A 4CD3A 4WYBA 3O80A 4OKKA 1BISA 2D0AA 4DV1K 3DOKA 4CHYA 2YV0X 3RMAA 2HMIA 2QEXN 2W6LA 1B92A 1HNIA 1ZC6A 4ID5A 3CC7N 5BRFA 2Z1GA 2HNDA 1IKWA 2FSNA 3LM2A 4TSXA 3CPWM 3LZJA 1IKVA 3ZSWA 3T19A 3LDPA 3TAGA 2A1SA 1IJJA 4BRLA 2HB5A 2HF3A 4GVEA 4BWMA 4IEIA 4CJWA 2FBYA 1YJWN 4C8NA 1QHAA 1ASUA 1HPZA 4AQYK 3IS9A 3V1QA 4CJPA 3ZLJA 2O8CA 1ITGA 3NCIA 4FPAA 4B9NA 1RBSA 1WBDA 2KFNA 1YTUA 2P9KA 5JMVA 4H0TB 2QWQA 4MDAA 3ALYA 4OPKA 4JEPA 1HYSA 4IDKA 1NJZA 4DQSA 4BRAA 2IS3A 3DXMA 4IOAL 3D2FA 4QS8A 5HRRA 2Q0UA 4DFMA 1WSIA 2HBMA 1CXQA 1TK0A 1EWRA 3SI6A 2V52B 3I8BA 1N36K 5BN9A 1GLFO 3KK7A 1NKEA 4DSKA 1QSSA 4FWMA 2Q97A 5C24A 5C42A 3FLCO 1ZBFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W2B M;  3CCR N;  4U67 L;  4WFN L;  2QA4 N;  1YJ9 N;  1YI2 N;  1QVG M;  3DLL L;  1JJ2 M;  3CF5 L;  1YIJ N;  5GAD P;  3CC4 N;  1YHQ N;  2ZJR L;  3G4S N;  1YJN N;  2ZJQ L;  1VQ7 N;  4UY8 O;  4WFB L;  5JVG L;  4WFA L;  1VQM N;  1K8A O;  1M1K O;  1N8R O;  5H1S Q;  2OTL N;  3CME N;  3CCV N;  1M90 O;  2ZJP L;  5MLC Q;  1VQ8 N;  2QEX N;  1K9M O;  3PIP L;  3CCM N;  1KC8 O;  4IO9 L;  5JVH L;  3CC7 N;  1QVF M;  5GAE P;  1VQ4 N;  3CCE N;  3I56 N;  4WCE L;  1YIT N;  1VQO N;  3CPW M;  1NJI O;  5HL7 L;  1VQ6 N;  1Q7Y O;  1VQN N;  1VQP N;  1VQ5 N;  1YJW N;  3CCL N;  3G71 N;  1VQK N;  1Q82 O;  3PIO L;  3CCJ N;  3J7Z O;  3I55 N;  5DM6 L;  3CCS N;  3CC2 N;  1Q86 O;  1KQS M;  1VQ9 N;  5GAG P;  3CXC M;  3CD6 N;  3CCU N;  5DM7 L;  1OVY A;  4WF9 L;  1Q81 O;  3G6E N;  2OTJ N;  3CCQ N;  4IOC L;  3OW2 M;  1VQL N;  5GAH P;  4IOA L;  1KD1 O;  1S72 N;  1ILY A;  3CMA N;  1K73 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C10 A;  1VRT A;  2P9L A;  1SUQ A;  3ENH A;  4X66 K;  2E1Z A;  4LFC K;  2H3G X;  5AJ3 K;  4I6M B;  3S3O A;  1O13 A;  3BF3 A;  4KHQ A;  2E6M A;  3DRR A;  2KFZ A;  1EWQ A;  4CJ4 A;  1N6Q A;  4WQ5 A;  3BF1 A;  4B8A B;  4DR2 K;  5CR4 A;  3SBT A;  1YJN N;  1MDU B;  4JLH A;  3LAK A;  4JAX A;  3WNF A;  4Z4G A;  3D0P A;  2VWJ A;  3O9S A;  1SS6 A;  2O8B B;  3SLC A;  3VEN A;  3DRP A;  2RPI A;  4DTU A;  3IDH A;  3QML A;  3MEG A;  3FE1 A;  5CYM A;  1XQS C;  3UE5 A;  4Q0B A;  2O8E A;  4LY7 A;  4CJK A;  3JSM A;  1LW0 A;  1VSM A;  3WXJ A;  4DSE A;  3AVJ A;  5CZ2 A;  3E66 A;  3H6E A;  3M8P A;  3O8M A;  3HXM A;  3O08 A;  4CIF A;  4OX9 K;  3ZT1 A;  5AQJ A;  1HQU A;  1I3A A;  4FSV A;  5AQX A;  2QTD A;  1C1C A;  3NH2 A;  4OO1 J;  3B8A X;  3F5T A;  3SV3 A;  4CJU A;  3MXM A;  4B9T A;  3P4I A;  4BRH A;  4LSL A;  2YKM A;  3MX5 A;  3THY A;  1RBU A;  4BVO A;  3RR8 A;  1HJO A;  1VHX A;  4DTS A;  3CCL N;  1OVQ A;  3PSF A;  1S3X A;  3FZK A;  3T7Z A;  4J2B A;  1Q86 O;  1U2V A;  4JKG A;  5J2Q A;  1KQS M;  3DLG A;  4ILJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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