3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
1YJWN 2OTJN 1YIJN 1YHQN 1Q82O 1N8RO 4U67L 1VQMN 3CC2N 3CCLN 1NJIO 1M1KO 1VQ8N 4WCEL 1QVFM 3G4SN 3CF5L 1K73O 4UY8O 3I55N 3J7ZO 5DM6L 5GADP 1VQ6N 5HL7L 3CC4N 1VQNN 5JVGL 3OW2M 5JVHL 4WFBL 5MLCQ 1VQ7N 4WFAL 1YJNN 2ZJRL 3CCVN 1QVGM 3G71N 1VQLN 2ZJQL 1M90O 4IO9L 3CCQN 1VQPN 3CC7N 1KQSM 5DM7L 3CD6N 1YITN 3CXCM 1KD1O 3PIPL 1VQ9N 1YJ9N 3CCJN 4WF9L 2QEXN 1Q7YO 1OVYA 1VQKN 1Q86O 4IOAL 1ILYA 3CCRN 1S72N 3CMAN 2OTLN 1VQON 1KC8O 5GAGP 4WFNL 1YI2N 3CCSN 3I56N 3DLLL 5H1SQ 1VQ5N 3CCMN 3CPWM 1Q81O 3CCEN 5GAHP 1K8AO 1VQ4N 3G6EN 3PIOL 1W2BM 1K9MO 4IOCL 3CCUN 5GAEP 2QA4N 1JJ2M 2ZJPL 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9FA 4J8FA 3THXA 3LANA 4CEFA 1YHQN 4BG8A 1Q9XA 1XUPO 2QXLA 1NKBA 4KRFA 3H3NO 5E41A 4YNQA 3QFPA 3KLEA 4FWRA 3G4SN 3CF5L 4GKKK 2VGNA 2Q31A 4CIEA 5SZTA 1IKWA 1NWKA 5AZIA 3DLKA 5AZJB 3MX5A 4H5NA 2NZTA 3SUPA 3E9OA 5BR9A 4N41A 1RT7A 2XY8A 4X64K 5FLXO 3THYA 2YJEA 4BC3A 3THVA 3O9QA 2VQFK 3JSMA 5ELZA 3DLRA 1X1PA 3HOSA 1ASUA 4O44A 1RILA 1NLVA 4YOVA 5HLFA 2HW3A 3O9SA 1F21A 5BN9A 3A5MC 3ULDA 5F2RA 3J80O 3CG7A 3VQ5A 4H5TA 3V1RA 4Y1CA 3TAQA 3CCJN 1XHXA 2NLXA 4FJNA 3MN6A 4YOTA 1NU0A 5C0YA 3BY5A 4BQZA 4HTUA 2HHTA 3ZSWA 1ZBIA 4M63C 4BVPA 1ILYA 4BE1A 1B9FA 3ENOA 4CF2A 4DV6K 4DTXA 1NKEA 4CHOA 1SS6A 1VQON 1YAGA 1ASVA 4AHVA 3WNEA 4RTFD 2VWBA 1BO5O 4JAXA 1QE1A 4JI2K 1TV6A 5AQYA 4IFYA 3ULEA 4JLHA 3LDSA 5I3UA 2GWJA 5HRRA 1NJZA 4PA1A 3CM5A 5BREA 3QETA 3SBGA 3O1BA 3WXMB 3OTOK 4V19S 3OYGA 3AA5X 4C1NI 4CJLA 3THWA 3TTCA 4AHRA 2CH6A 3M1FA 3NVMA 4YFUA 4FWKA 3AVKA 2ZJPL 4NXMK 4BRHA 3VGKA 1Q82O 3VF4A 2P9NA 1WSIA 1NGGA 3KLHA 1L5UA 5LJWA 4CJPA 4FJMA 1NGCA 4FJLA 2HBMA 5AQFA 4DFMA 1BA1A 3OYIA 5AQLA 3N4PA 3QICA 2FLOA 3LDPA 4KHNA 3PUFA 4BR0A 1UAXA 1RBVA 1KVAA 4DTMA 2X6NA 4MLEA 4ZTJA 1EWQA 1K8KA 1VRTA 4JI8K 2KZZA 3BEXA 1GLAG 4O0JA 4HVJA 3TU5A 5AQXA 5C12A 4DS4A 4E7LA 4C8OA 2YV0X 1TKXA 3PSIA 3O4WA 4CGJA 2O8BA 1HMVA 4CJEA 4CFBA 1QSYA 1N32K 4YOWA 4BE0A 4DB3A 1KD1O 2O8CB 4E0DA 2F96A 3LP0A 1VSFA 3SPZA 3KLIA 3BUZB 2D0CA 2HHHK 2XY7A 4FK0A 2V52B 1MWKA 4KPYA 1VSMA 2YHWA 3CCRN 1NGHA 1LAVA 4DV5K 1SL1A 4CZMA 3TAMA 2DFFA 4BRAA 3VA3A 3AO3A 1B92A 1BOTO 3G25A 2PBDA 3ZT2A 3AVNA 3HP9A 3AVMA 1ZBLA 2E6LA 5JLFA 3KKRA 2YHXA 4XEIA 4FJ8A 1ITGA 2FF3B 2NRZA 3CPEA 5AQTA 3O9UA 3OYNA 4K8ZA 2D0PA 4ZHRA 4EAHD 1WLJA 4CZLA 5F1XA 4B9UA 3FZKA 1QZ6A 4ID1A 4WYBA 5LMNK 4IFEA 3KHYA 3TPQA 1D8YA 3VERA 4CIGA 2HB5A 4DV4K 4BC4A 4RWTA 4U7BA 3HBTA 1QVFM 2IC3A 4DTPA 5HRPA 4DTUA 5BR8K 4FWMA 2NNWA 1ESVA 3M8SA 4B1WB 3DXKB 4JEPA 1TVRA 4W5QA 2QTDA 4JKEA 1HYZA 2Q36A 3QBXA 4CJRA 4ISGA 2FSKA 3CHWA 3T1YK 1I3AA 2BE2A 1WB9A 1VQ7N 3LPUA 1RTDA 1BI4B 4DWIA 3DYAA 3THXB 1G15A 4GVEA 4CHYA 3RTVA 1BUPA 2Z1GA 1VQPN 4LSNA 2GTDA 5M1PA 2W40A 4B8AB 1JXEA 3CXCM 3HP6A 1RDAA 2Q0UA 4CJKA 2G8HA 2P9UA 4M3TA 2WFBA 3KKSA 4CECA 1YJ9N 1JCEA 4BRMA 1DEJA 1WBBA 3U8XA 1C1CA 3QEWA 3RVCA 1Q7YO 4YOUA 5JS2A 3CERA 3OA9A 4IG0A 3M5RA 5AQJA 5EX5A 3KJVA 1EKEA 3DRSA 1S1VA 1UWBA 1S1TA 4FK2A 1VRUA 4A61A 3NGYA 2ATQA 1FK9A 1Y64A 3LAKA 1HNZK 5EXWA 4JN4A 4BVOA 4KHSA 2E2PA 5KQDA 2KTQA 3L6QA 3V9ZA 4NO7A 5C15A 3I33A 2HHWA 5AQMA 3K5OA 5AQRA 4E19A 4FZXC 3NHGA 3WEEA 4KHYA 4DR1K 2QWNA 2YKNA 4JD2A 1ZBHA 3K9KA 4DSKA 2E8AA 2HBLA 1YJWN 4W5OA 3IMXA 5HRNA 4E3SA 4JK8A 1NK4A 4U67L 1XMQK 2VYPA 3KK3A 2FSNA 4CK3A 1RBSA 1CZBA 4X66K 3RWUA 3WXJA 1SQKA 4HTLA 5AJ3K 3SAHA 4OKKA 1BU6O 3C0BA 3MN7A 1RDCA 4CW7B 4K25A 1U45A 5FRMA 2NRRA 3SMSA 3BZKA 4DV7K 4DHYA 2HNYA 2P9KA 2BANA 2BH1A 4BC5A 3RRGA 5TKWA 5FROA 1HX1A 1VQ6N 3CC4N 3THWB 3NBPA 3AVBA 4CJ7A 3PO4A 4B9LA 4M42A 1EXQA 3KWGA 4DTOA 1BCOA 3ZT3A 1JCGA 4QS9A 4KHQA 3PV8A 1D5AA 2ITMA 3G71N 1YTUA 4ISEA 2YNIA 2RF2A 1VQLN 3ATUA 3B8AX 3DJCA 4FW1A 2P9NB 4F8RA 3QIPA 5JICA 1MA9B 4BRDA 4DSEA 3I0RA 3OYEA 3MX2A 2UUCK 3ATVA 1BIZA 4A5AA 1UA0A 3KD5E 4CZIA 2HHVA 2I7PA 4ILHA 3HPGA 3O9RA 3L2QA 4XH4A 2QEXN 4B3TK 3DOKA 2Y1IA 5HROA 2QI2A 1U48A 4HUFA 1VSJA 3SNNA 3GE1A 4C23A 3ZSOA 3CMAN 3A8YA 2UU9K 1K8KB 3P83D 4PWDA 3CJ7A 3TWHA 4QOZB 3I56N 3PX6A 3BZCA 3H6EA 2UXBK 3R9PA 3PSFA 3L2WA 2YNFA 4DFJA 4IEIA 5HP1A 1BHLA 2O8BB 1IBLK 1ZC6A 3PIOL 4JRQA 1XMOK 2AJQA 1BL3A 4DV1K 2Z1HA 2HSTA 4BRCA 1WOQA 4KV8A 4L8RB 1N36K 3TAFA 3FZHA 4BRLA 1HKCA 3AAQA 4KHUA 3A0IX 3HXMA 1SKRA 1VSLA 4N5SA 4IOXA 4YDUA 4JKDA 1TAQA 4FJ5A 3EN9A 2ASMA 1TK5A 3VENA 4F4KA 3AGRA 4I2QA 2ZE2A 2QWLA 2JWKA 3V4IA 1RBUA 1HQUA 4Z4EA 4NXNK 5AQIA 1JL2A 2X6SA 4MO5A 5BPLA 1KVBA 1TK8A 3V9WA 3SJJA 3FR0A 4EHUA 3VEVA 4EHTA 4BR7A 3OYHA 3VA0A 1NBWA 1BIUA 2PYLA 3AO2A 4WFBL 3HI0A 4CERA 3EEQA 5AQGA 1EQYA 1J6ZA 4KH4A 4OJRA 1OH8A 1S5JA 2KKZA 3J7YP 5J2QA 3KLGA 3SQ4A 1NGIA 3ZT4A 4B8CA 4E7HA 1JLFA 5EU7A 5AQQA 4B1XB 4H0VB 3VEWA 3IKMA 2R7YA 1U2VB 1C0GA 1C1BA 1OVYA 1ZXOA 4J2AA 3O3HA 4LC9B 1BWFO 3OYCA 4J2BA 4CEEA 4BR2A 2WOMA 4I9QA 1S72N 3VQEA 3EY1A 3C7NA 1T6CA 1NJWA 1BDGA 5KTQA 2Q3SA 3ZSRA 1ATNA 3KK1A 3DLLL 1B9DA 4J2EA 3F2KA 3MWTA 4IFVA 4FWLA 4F2SA 5JLHA 3L2UA 3CCMN 1BISA 2P9LA 4B1VA 3CCEN 4FLTA 4C8LA 1EETA 3FGUA 3CYMA 3DLEA 2E2QA 3CFPA 5FPNA 3SCXA 4QS7A 3BF1A 4JK7A 4K0KK 1KAYA 4HUGA 3NGIA 1X9MA 1S6QA 1S1WA 3SBTA 4IWVA 3RRHA 4YOXA 1RT5A 1KFDA 3U9DA 1IG8A 1RTJA 2E2NA 3S9HA 2O8EA 2P9SA 1N8RO 3WNHA 3TAPA 4JI1K 4CFAA 1BG3A 4E89A 3LALA 3DLBA 4YY3K 3LL3A 4CHQA 2G8FA 3DWLA 1TK0A 3HOTA 5HL7L 1TGOA 3AV9A 3RMCA 4DQRA 1J9AA 2D0OA 2RKIA 2ZM6K 2QWRA 3K5NA 3HVRA 3WEEB 4BR5A 1KRPA 4H5VA 4WFAL 4JI0K 3DAWA 3VF2A 4FCYA 5C2DA 1L3UA 3S3OA 5C25A 3LP3A 4DSLA 3DRRA 5KRTA 2VG7A 4Z4FA 4CF8A 4AHCA 4KTZA 3G10A 3P39A 4CI6A 3M8RA 1D9DA 1SUQA 2EHGA 4CFDA 3CJAA 1LOTB 2NRVA 3PIPL 3HZ6A 2FF6A 2G8KA 3NAEA 4CZKA 1YT3A 3K59A 3R8EA 4BDYA 3HL8A 1QZ5A 1MU2A 2P9KB 4F2RA 2W42A 3VEXA 4H0XB 3VGLA 4IBNA 2XHBA 4DFKA 4IEEA 2YNGA 3NFAA 3HPOA 5JS1A 4O55A 3L3VA 3LM2A 3AVFA 5GAHP 4FLWA 4E1JA 4CEBA 3KTQA 4M45A 1FW6A 3K58A 4GV3A 1N6QA 4B9SA 1L3SA 3JAMO 1N5YA 4CZJA 1T3VA 3VOVA 3VESA 4FO0A 1C1AA 3KK7A 1JJ2M 2W6LA 4KHPK 3PX0A 1HNIA 2A6AA 3T1AA 2F8TA 5TKYA 1CXQA 3SQ1A 1V4SA 4CEAA 1CXUA 3I0SA 5BPNA 2KFZA 3RR8A 4DTNA 1QSLA 3VGMA 1SKWA 2VWKA 1NJYA 3ZX2A 3NF8A 3J7ZO 3P5JA 4LF7K 3ENHA 1UA1A 2P9IB 2QXFA 3OS2A 2PZSA 3NH1A 1EX4A 1RBTA 3HJFA 2HBJA 2A1RA 1SL2A 2WONA 3V6DA 4GVMA 2VQEK 3TAEA 2HNDA 1BGXT 5GINA 3K2PA 1EP4A 3S3MA 3CIPA 3CJCA 2CH5A 4B9NA 3HK2A 1M90O 3D2EA 4ILGB 5FPDA 4CVNE 3HVTA 4CEQA 3SLCA 3AGKA 2ASPA 4XIUA 3MK6A 4DSFA 4BWMA 4GV9A 5E84A 5J1EA 4K42A 5FPEA 4O4GA 1LCUA 4M3WA 5FPMA 3O4QA 4CHNA 2A5XA 4OPJA 1SAZA 2IOCA 4BY9C 2OPSA 4AHSA 4NB4A 4B9VA 4IJAA 1A5XA 1S3XA 4FWPA 1KLNA 5IT9O 3SUOA 4K41A 1TUUA 4LD0A 4IO8A 3DM2A 1NK5A 3VTHA 1D4XA 4FJKA 3HPHA 1ATSA 4FJXA 1HNWK 4Y1DA 5EY4A 1W7AA 4FL9A 5C42A 4O5FA 4FLYA 4BG9A 4DFPA 3VEOA 4B3OA 2QWMA 3QO9A 3O3GA 3L2VA 3LWMA 1ATRA 1XWLA 4O0IA 3LM9A 4IOCL 2HNZA 3VETA 4PUOA 3NGZA 3MMVA 4LY7A 4OKEA 4Z4GA 1XC9A 4CJFA 3IG1A 3CQXA 4FLVA 3OS0A 2P51A 4YORA 4KAZA 3FZLA 3H45C 2VGMA 3VN5A 3ZT1A 1OH5A 3VQ6A 4OPKA 4PQUA 3C7NB 1GOCA 4F9OA 1HRHA 3WUHA 5GIOA 4F3TA 4DF4A 1T8EA 3AVLA 4ID5A 4ICLA 4NYNA 5T7BA 2W6KA 2QWPA 3QNNA 2VG6A 3HO1A 2ZGYA 5F0XA 4FLUA 4DQQA 2O4GA 1RFQA 3CQ8A 4RW8A 2A3ZA 3MDQA 2GX9A 4X65K 1S22A 2HMPA 4BREA 2O8EB 4JKBA 3E66A 2DPNA 3FFKB 1HQEA 2X78A 2GWKA 2P9SB 3DOLA 3VQ4A 2KQ2A 3CCQN 1HPMA 1IBKK 4XH1A 3NVKA 2KW4A 2OCEA 3C6AA 3WXIA 2BUPA 3T7ZA 3VTIA 3ZSYA 1OH7A 4M7XA 3U3GA 4KB0A 1TL1A 3AO4A 2OPRA 3EZ5A 3V1OA 4PKHA 3ZT0A 5FDLA 3G0ZA 3QNOA 3T19A 2NUBA 3ID6A 3FE1A 3WQTA 3U4LA 2EX3A 4WQ5C 3IRXA 1RT2A 3P38A 3UB5A 4O8KA 4UQGA 4I2PA 5AQKA 1E4GT 5AZIB 2IAJA 4FWOA 1O1WA 4EP4A 3CFOA 3THYB 1K9MO 1WAFA 4GKJK 4FK4A 2E2OA 2HBKA 5CZ2A 2BGGA 4NLBA 3FZMA 1NGAA 3RMBA 1RDWX 2E6MA 2HF3A 4OKJA 3CCLN 4J2DA 4G1QA 3OYLA 3KK2A 5AQNA 1NK0A 2IVOA 1VSDA 3K9JA 2A40A 4WCEL 3WT0A 1GOAA 3O4NA 4B1ZA 3QMLA 3K57A 4DQSA 2IVNA 4A57A 4DV3K 2CGKA 3I55N 3KLFA 3O6WA 1QQNA 3AVAA 4A5BA 4EP5A 3WXKA 3SV3A 4JK9A 2V51B 5J2MA 3E01A 3SAFA 3AARA 4CGFA 1NK7A 2G8IA 1J5EK 1C6VA 3OW2M 5C10A 1WAJA 4LFAK 4FPAA 3PO5A 4NYFA 1GLFO 2PFUA 1HJRA 4DR7K 2HHSA 3QEIA 2FC0A 3KD1E 4IXCA 1QVGM 3HM9A 3RR7A 1NKCA 4JKHA 4H0PA 4PHTX 3ULEB 2KZMA 4O5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW N;  2OTJ N;  1YIJ N;  1YHQ N;  1Q82 O;  1N8R O;  4U67 L;  1VQM N;  3CC2 N;  3CCL N;  1NJI O;  1M1K O;  1VQ8 N;  4WCE L;  1QVF M;  3G4S N;  3CF5 L;  1K73 O;  4UY8 O;  3I55 N;  3J7Z O;  5DM6 L;  5GAD P;  1VQ6 N;  5HL7 L;  3CC4 N;  1VQN N;  5JVG L;  3OW2 M;  5JVH L;  4WFB L;  5MLC Q;  1VQ7 N;  4WFA L;  1YJN N;  2ZJR L;  3CCV N;  1QVG M;  3G71 N;  1VQL N;  2ZJQ L;  1M90 O;  4IO9 L;  3CCQ N;  1VQP N;  3CC7 N;  1KQS M;  5DM7 L;  3CD6 N;  1YIT N;  3CXC M;  1KD1 O;  3PIP L;  1VQ9 N;  1YJ9 N;  3CCJ N;  4WF9 L;  2QEX N;  1Q7Y O;  1OVY A;  1VQK N;  1Q86 O;  4IOA L;  1ILY A;  3CCR N;  1S72 N;  3CMA N;  2OTL N;  1VQO N;  1KC8 O;  5GAG P;  4WFN L;  1YI2 N;  3CCS N;  3I56 N;  3DLL L;  5H1S Q;  1VQ5 N;  3CCM N;  3CPW M;  1Q81 O;  3CCE N;  5GAH P;  1K8A O;  1VQ4 N;  3G6E N;  3PIO L;  1W2B M;  1K9M O;  4IOC L;  3CCU N;  5GAE P;  2QA4 N;  1JJ2 M;  2ZJP L;  3CME N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D9F A;  4J8F A;  3THX A;  3LAN A;  4CEF A;  1YHQ N;  4BG8 A;  1Q9X A;  1XUP O;  2QXL A;  1NKB A;  4KRF A;  3H3N O;  5E41 A;  4YNQ A;  3QFP A;  3KLE A;  4FWR A;  3G4S N;  3CF5 L;  4GKK K;  2VGN A;  2Q31 A;  4CIE A;  5SZT A;  1IKW A;  1NWK A;  5AZI A;  3DLK A;  5AZJ B;  3MX5 A;  4H5N A;  2NZT A;  3SUP A;  3E9O A;  5BR9 A;  4N41 A;  1RT7 A;  2XY8 A;  4X64 K;  5FLX O;  3THY A;  2YJE A;  4BC3 A;  3THV A;  3O9Q A;  2VQF K;  3JSM A;  5ELZ A;  3DLR A;  1X1P A;  3HOS A;  1ASU A;  4O44 A;  1RIL A;  1NLV A;  4YOV A;  5HLF A;  2HW3 A;  3O9S A;  1F21 A;  5BN9 A;  3A5M C;  3ULD A;  5F2R A;  3J80 O;  3CG7 A;  3VQ5 A;  4H5T A;  3V1R A;  4Y1C A;  3TAQ A;  3CCJ N;  1XHX A;  2NLX A;  4FJN A;  3MN6 A;  4YOT A;  1NU0 A;  5C0Y A;  3BY5 A;  4BQZ A;  4HTU A;  2HHT A;  3ZSW A;  1ZBI A;  4M63 C;  4BVP A;  1ILY A;  4BE1 A;  1B9F A;  3ENO A;  4CF2 A;  4DV6 K;  4DTX A;  1NKE A;  4CHO A;  1SS6 A;  1VQO N;  1YAG A;  1ASV A;  4AHV A;  3WNE A;  4RTF D;  2VWB A;  1BO5 O;  4JAX A;  1QE1 A;  4JI2 K;  1TV6 A;  5AQY A;  4IFY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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