5LJVA

Mamk double helical filament
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
NRLFLGVDLGTSHTAVMSSRGKKFLLKSVVGYPKDVIGLKLLGRPYVVGDEAFEMRSYLDIRYPLQDGVLSEISDRDIEVARHLLTHVVKSAEPGPNDEICAVIGVPARASAANKALLLKMAQEVVHTALVVSEPFMVGYGLDKLINTIIVDIGAGTTDICALKGTVPGPEDQVTLTKAGNYVDERLQNAILERHPELQMNVNVACAVKEQFSFVGTPTEVASFEFRAAGKPVRADVTEPVKIACEALMPDIIESIETLLRSFQPEYQATVLQNIVFAGGGSRIRGLAAYVKEKLRPFGDANVTCVKDPTFDGCRGALRLAEELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray and cryo-EM structures of monomeric and filamentous actin-like protein MamK reveal changes associated with polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like ATPase
molecule tags Structural protein
source organism Magnetospirillum magneticum amb-1
total genus 90
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06723 MreB_Mbl MreB/Mbl protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA02
2NRHA 5AQVA 4FPAA 1HPMA 3GDQA 4A2AA 4FWRA 3H3OB 3IUCA 4DQ8A 3GOIA 5ELZA 4FSVA 3H3NO 3BP8A 2P9LB 3P4IA 3DAWA 5F1XA 1NBWA 2D0PA 2J4RA 3SLCA 4FO0A 2Q1NA 5E26A 2FF3B 1BO5O 1KAXA 3ID8A 1BWFO 4EAHD 5JLFA 3LDOA 4XH1A 4BR7A 4O8KA 1GLBG 4H0PA 5AQIA 3CJBA 2E8AA 5AR0A 4BRDA 2EWSA 1NGAA 2YI1A 4A2BA 5CE3A 5AZJB 3UKUA 5BPMA 4BRMA 5BRFA 1D4XA 1ZC6A 3IMXA 2VYPA 1V4TA 3QBXA 5ADXA 2Q0UA 3VOVA 4EFHA 3GE1A 3WEEB 5KPRA 3D2EB 5FPEA 3L4IA 4AM6A 1IJJA 2GWKA 2A5XA 3FGUA 3FZHA 3HZ6A 2FSKA 3O5BA 1E4GT 2GELA 4FWOA 5AFUA 4RCHA 2GWJA 4MLHA 2GUPA 1U2VB 3ATUA 4BQLA 5AQQA 5BN8A 2QWMA 4BC4A 3FZLA 3ZX3A 1KXPA 1Z6RA 4H0OA 4CI6A 4BR0A 3FZFA 1BA0A 2ASPA 4JNEA 4BG8A 2F9WA 1GLJO 1NMDA 3H46O 4GY2B 4B1ZA 5LJVA 3WQTA 4A62A 2FSJA 1WOQA 5AQRA 1TYQA 1NGGA 5AQSA 3EO3A 1QQOA 2H3GX 3LL3A 1SQKA 3A8YA 4H5RA 4I6MA 3CHWA 1GLDG 3DXKA 3VENA 1T6DA 4BRGA 4BR5A 1GLAG 3LM2A 3C7NA 4FWNA 3W3DA 4B1UB 4FWLA 4PKGA 3AY9A 3D2FA 3HBTA 3M1FA 1NLVA 4CJ7A 3IFRA 3MDQA 5BN9A 1H1VA 4M7YA 4IXCA 4BVOA 4CZJA 3CERA 3W0LA 1QZ5A 1WUAA 4FWPA 3LDNA 3A0IX 1E4FT 1XQSC 4BG9A 1RFQA 3FZMA 3A5NC 1X9JA 1MDUB 2CGKA 4WQ4C 1JCFA 3S41A 3UKUB 2UYTA 3CQYA 4WQ5C 2QWLA 1HLUA 3EN9A 1S3XA 1HKCA 1MA9B 2I7PA 4B1WB 4XH4A 4FWMA 4HWIA 3H1VX 3LDPA 2P9NB 4FWKA 3WXJA 1ATSA 3KVGA 1R59O 4QS7A 2NLXA 3CETA 3U4LA 2CGLA 4BRNA 3I8BA 5AZIA 2WUSA 2YHYA 3QDKA 3R8EA 4NO7A 1Z05A 1RDWX 2IIRA 1OKJA 3GBTA 3M6GA 2QXLA 2D1KA 3D7EO 1KAYA 4IJNA 3QB0A 3VESA 3WXIA 3CJ1A 3CJCA 4B1XB 1DKGD 4PKHA 1GLCG 1QQNA 4AM7A 1CZAN 3WXLA 3O80A 1TYQB 4PKIA 2NZTA 3O6WA 2ITMA 1GLFO 2HF3A 1ATRA 4I6MB 4B1VA 4BRKA 1T6CA 3TPQA 4FPBA 1BDGA 3DXKB 3EL2A 3VEOA 4CZMA 3DXMA 3ENOA 4BQZA 3C7NB 3FZKA 4F9OA 4WQ4A 4H0XB 3D2FB 2Q31A 4H0YB 3MCPA 3EKSA 4WQ5A 4A61A 3LDQA 2P9UA 5AQGA 2A6AA 5AQFA 3G25A 4O5FA 2IVOA 2FF6A 2E1YA 2Q0RA 1LOTB 3UE5A 2IVPA 3HI0A 5F0XA 4Y0WA 1HUXA 2PAVA 3ZETA 2P9SA 5B8HA 5AQPA 5TKYA 3A5OC 1SZ2A 2HOEA 5FPNA 4BVPA 1XC3A 1KAZA 4MO5A 1QQMA 4JD2A 5FPDA 3ZEUA 3WQUA 2IVNA 3CJ7A 3MN7A 4H03B 3A5MC 4FOEA 4J8FA 3FFKB 4CD1A 5KQDA 3ENHA 2P9PA 3M3ZA 1EQYA 1QHAA 1NGBA 3VGMA 4BGBA 2FXUA 1NM1A 5AZIB 3IDHA 5AQTA 4BRHA 1MWMA 2P9KA 1Y64A 2I7NA 3LDLA 1DGKN 4FWQA 5EY4A 3I33A 4ISEA 4RTFD 1K8KA 2QM1A 3MN6A 3O1BA 3AAPA 3O08A 4WYBA 3O1WA 2AP1A 2QWRA 5AQJA 4K25A 2BUPA 4H5NA 2CGJA 4BGAA 2E1ZA 4CZFA 5AQXA 3VEXA 2A41A 3VPZA 1ESVA 3GG4A 3CJ9A 2E2NA 2W40A 4CBWA 4DCHA 3QFUA 3BF1A 3SJHA 3JS6A 3DXMB 1YUWA 3EKUA 3LM9A 4JAXA 2VCPA 4BR9A 2V7ZA 3VF4A 1NGHA 3UKRA 3VEVA 4DB3A 2YJFA 4BC5A 5BR9A 4BRCA 1HX1A 3GL1A 4HTLA 4JHDA 4FL9A 2E2OA 1SAZA 3ZX0A 5EXWA 3CQXA 4GNIA 4CBXA 5BRHA 5KPZA 3VGLA 3VGKA 5BRDA 4H0VB 4CZGA 3KHYA 4PL7A 1BOTO 4H5TA 2DPNA 4BRIA 3UB5A 3ATVA 3U9ZA 1NGFA 3HM8A 2HF4A 2P9SB 1V4SA 5AQKA 3CI5A 4CZLA 4IJAA 5EOYA 2KHOA 1YAGA 3ULEA 3F9MA 1TUYA 4JD2B 2D4WA 1HJOA 3ZEUB 2E20A 2Q2RA 2HMPA 1C0FA 4CZEA 1JCEA 3QBWA 3MMVA 5LJWA 4FWSA 2A3ZA 3DWLA 5BPLA 4K41A 5AQHA 1JCGA 5BREA 3MK6A 3O8MA 3QMLA 1NGEA 2ASMA 3L6QA 3H6EA 3QFPA 5JLHA 3RSEA 1LCUA 2VWBA 4IWVA 2P9KB 3L0QA 1BA1A 5LY3A 4ISFA 1K8KB 5AQWA 4B1YB 1BG3A 2P9IA 4CZKA 1BU6O 4BREA 1RGIA 2FLOA 3C0BA 4YDUC 2PBDA 2QWNA 4M7XA 2V7YA 3DJCA 3WT0A 2Q97A 3SMPA 4CD3A 1X3NA 1ZXOA 1C0GA 2V51B 1QZ6A 4XEIA 5AQYA 1TUUA 3HSCA 3SMSA 4ISGA 5KPTA 5AQMA 2F9TA 3VEWA 4BROA 4EHTA 3WUHA 2YCHA 3FLCO 1ATNA 2A40A 2E2PA 3SK3A 5E84A 3VEYA 3UKRB 5BPNA 4MO4A 4IO8A 4RWTA 5AQOA 2QW9A 3A5LC 2P9NA 3B8AX 2FSNA 4JHDB 4B9QA 2BTFA 3FE1A 5JICA 3H1QA 4CZIA 2GTDA 5AQUA 3WXKA 4QS9A 3VERA 3VETA 2Q36A 4Z94A 2GEMA 2AA4A 5JMVA 5AQNA 3JXUA 1J6ZA 4CBUA 4K42A 4BRAA 4BC2A 2YHWA 2P9LA 1BUPA 3ULEB 5KQ8A 3QICA 4LC9B 3MN9A 4BC3A 4H5VA 3KZBA 4MLEA 2D0OA 1ZBSA 4H5WA 4PL8A 1GLEG 1NGIA 1XUPO 2CH6A 1NWKA 4IZ9A 2ZGYA 3J8AA 1HKBA 4E1JA 1NGDA 3VF6A 3TU5A 5AQLA 1X3MA 4C23A 3OHRA 4YDUA 3H45C 3O4WA 2YHXA 5AQZA 3MN5A 1IG8A 3U8XA 2YJEA 5AZJA 3ZX2A 2ASOA 3RSEB 3EZWA 2ZF5O 4H0TB 5EVZA 4FOIA 1GLLO 4M63C 4K43A 3WEEA 1MWKA 3D2EA 3R9PA 2P9IB 1Q18A 2P9UB 3VEZA 4DHYA 5EX5A 1NGJA 2A42A 4BRPA 1T44A 1U2VA 2CH5A 2ZWHA 4QS8A 4EIAA 2E2QA 4BR2A 4BRQA 2QWOA 3R6MA 2W41A 3ZETB 4BRFA 5I9EB 3BUZB 1YXQA 2ZGZA 4BRLA 3AAQA 4L3QA 1S22A 4JN4A 2V52B 4EHUA 1HKGA 3FR0A 3HTVA 5FPMA 1YVNA 3VF2A 4XH5A 2QWPA 2QWQA 3BF3A 4NB4A 1P8ZA 5ADXH 1NGCA 5F2RA 3CIPA 3BEXA 2E88A 4CZHA 4BR4A 1U6ZA 2OANA 1G99A 3AARA 1DEJA 4KBOA 3U9DA 2P9PB 3CJAA 5AFUH
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQVA 3HM9A 4FPAA 1HPMA 3GDQA 3IUCA 3G0ZA 4FVUA 4DLEA 3GOIA 4YOXA 3DLEA 4FSVA 1S72N 3Q7BA 3P4IA 1JL1A 2D0PA 3CMAN 2J4RA 3SLCA 4FO0A 4Z4IA 5E26A 2FF3B 4QAGA 4CJ5A 3ID8A 3AVMA 3CFRA 3O3FA 3HL8A 3LDOA 4XH1A 3AVIA 1B9DA 3LAKA 3CM5A 2E8AA 4CVNE 4DV5K 3SBGA 4BRDA 1NGAA 1U48A 4LD0A 3PIPL 4FK4A 5AZJB 4KH6A 1N33K 3R3LA 2OPQA 5BRFA 4DLGA 1VSHA 3IMXA 1KRPA 3QBXA 2Q0UA 4EFHA 3GE1A 3L8BA 2HW3A 5FPEA 1S9GA 3FGUA 4OVLA 2GELA 4FWOA 3PO4A 1WB9A 2GWJA 4MLHA 2GUPA 3QERA 3CCQN 2PFUA 5AQQA 4OLBA 3QEWA 2F7TA 5BN8A 1NJXA 3F73A 4BC4A 4B8CA 1KXPA 1IBLK 4MQ3A 4BR0A 1BL3A 3DRSA 1TK0A 3THWA 4DR2K 3H46O 4DSIA 3WQTA 1W2BM 4A62A 1IKWA 3LP3A 1RT2A 4E1NA 2F4VK 4CIGA 3SAHA 1IO2A 5AQRA 1TYQA 4NXNK 3KWGA 4F2RA 1QQOA 2H3GX 1SQKA 4H5RA 4E7JA 4I6MA 3CHWA 1VSLA 5M1QA 2QA4N 1GLDG 3DXKA 3VENA 1T6DA 1QVFM 1I39A 2QKBA 3U3YA 3C7NA 4RW9A 3ZSOA 3HXMA 1ZYQA 5AJ3K 5BR8K 4FW2A 5BN9A 1DLOA 3LDSA 2O8BA 4BVOA 1J5EK 3TAPA 3VQ6A 1VQKN 4HTUA 4Z4CA 4JS5A 1S5JA 2JWKA 2FC0A 3A5NC 4DG1A 3UKUB 4WQ5C 3OW2M 1KCFA 1HKCA 3AVJA 2Z1IA 1T05A 3H1VX 4ID5A 4YNQA 3WXJA 4B9UA 2JWLA 1C6VA 4DR3K 1S6QA 1R59O 2KTQA 4KFBA 4AHSA 3CETA 3NF9A 1TL1A 1JLFA 4NCGA 1OH8A 1NOZA 3R8EA 3KLEA 1RDWX 1EKEA 3NF8A 4E3SA 1OKJA 3M6GA 1BIZA 4IEEA 3D7EO 3AVLA 2P5OA 2RPIA 2YNGA 4IJNA 3VESA 3WXIA 1LWFA 4G1QA 3AVFA 3T3FA 1GLCG 1CZAN 1Q9YA 3ZSQA 4DQPA 4B08A 3CYMA 2NRTA 2NZTA 2HF3A 4MDAA 4CJWA 3PLAA 2RE2A 3TPQA 3NH1A 4IO9L 1BDGA 3EL2A 3OYEA 5GINA 1OH7A 4M3WA 4ZTJA 3ZT3A 1C1AA 2FBYA 3FZKA 4DTRA 4JKFA 3MCPA 1C1BA 1KFSA 5AQFA 3G25A 1K9MO 4ZTFA 1FW6A 4DSLA 3TSQA 1LOTB 3UE5A 2FBXA 4CIEA 1BQNA 5F0XA 4CEAA 1OVYA 4FZXC 1VSDA 2UXDK 2G8VA 2P9SA 4JKGB 4OPKA 1SZ2A 1VQ7N 3KK2A 1IKXA 3O3GA 2VGMA 1FKOA 1SKSA 4H03B 4FOEA 4U7BA 2W6LA 3FFKB 4J8FA 1U45A 3CCEN 1U04A 1GOCA 4CF9A 3ENBA 4DR6K 1QHAA 3VGMA 5FLXO 4CF1A 4BGBA 1QE1A 2FXUA 1NM1A 3MEDA 5AZIB 3BDPA 3EE8A 3ZLJA 5M1OA 5DM7L 3QNNA 1X9SA 1KLNA 1RT6A 1Y64A 2I7NA 4CIFA 2D0BA 1QHTA 1M1KO 2HBLA 5C2DA 1TL3A 4CFCA 5HL7L 3NH0A 3NGYA 4C1NK 3O1BA 1XC9A 4WYBA 3DOKA 2AP1A 4HUGA 2VG5A 3U3GA 4K25A 5CR4A 4FXDA 3VEXA 4B9VA 4I2PA 3JSMA 1I3AA 5KI6A 4QCLA 4A5AA 1YTAA 2DY4A 4CEDA 3C6TA 4RW8A 1ILYA 3ZSWA 3O9QA 2KFNA 1KD1O 5DMRA 4HCCA 2RKIA 5JVHL 4CFDA 3QO9A 3VQ4A 3SPZA 4Y1DA 3PUFA 2YJFA 3MWPA 4BRCA 3GL1A 5M1PA 1SKRA 4FL9A 1SAZA 3ZX0A 4CHNA 3LANA 4DS4A 1NG9A 3VGLA 3IRXA 1L3SA 4CZGA 1S1TA 4DSKA 3LZJA 4BRIA 1NK8A 3U9ZA 3CI5A 3HT3A 3F9MA 1NKEA 1BCOA 3CG7A 4JD2B 4JK7A 1VHXA 2XHBA 3O4QA 3QBWA 3C95A 1TAQA 5DK5A 4A59A 4IDKA 4NLCA 4CE9A 2O8EA 5BREA 1YHQN 1HNWK 1BCMA 3J80O 3QFPA 4IOCL 3RSEA 1C0UA 4OKEA 3SV4A 4JI5K 3VA0A 4CFBA 1X1PA 3ID6A 5LY3A 5FRNA 1K8KB 2HNDA 4CZKA 1BU6O 2UU9K 3AO2A 2RHKA 3NHGA 4DFKA 1XMOK 4W5OA 2B5JA 3SMPA 1X3NA 1ZXOA 4CD3A 4XEIA 4J2AA 1NNEA 3HSCA 2GUIA 4JKEA 1NJZA 1ATNA 3EZ5A 3VEYA 3SK3A 1VQ6N 4OGEA 4CGGA 2AJQA 2O8DB 4H8KA 1BI4B 5HROA 3FE1A 2XY5A 5JICA 4YOUA 3LWLA 2GTDA 3SBTA 1B9FA 4I9LA 3LWMA 2GEMA 4CGJA 1XHZA 4IOXA 1TKDA 3TAEA 2P9LA 2O4IA 4E89A 3V1OA 3AVGA 1LV5A 2ZD1A 3I0RA 1S1UA 3MN9A 3SPYA 4BC3A 4FJ7A 5DM6L 4H5VA 1ZBSA 1J5OA 4PL8A 1XUPO 3KKRA 5GAGP 1NWKA 4FK0A 4JI1K 3SJJA 1NK9A 4N56A 5A2QO 4W5NA 4YHHK 3CCJN 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QS9 A;  4E7L A;  3VET A;  4YOY A;  3OYH A;  2WON A;  3JXU A;  1J6Z A;  3V9W A;  3SZ2 A;  3ULE B;  4ID1 A;  5KQ8 A;  3TAB A;  4BWJ A;  1HNZ K;  4B8A B;  1R0A A;  4H5W A;  3AO1 A;  4KI6 A;  2ZGY A;  2E5L K;  5GIP A;  1NGD A;  4JKC A;  3TU5 A;  5AQL A;  4Q5V A;  3OHR A;  3L2R A;  4QOZ B;  1N36 K;  4YDU A;  4FJX A;  3AVH A;  4CHZ A;  2YJE A;  2DTU A;  4CHO A;  4GKK K;  3CCV N;  2GX9 A;  4BDY A;  5EVZ A;  4JK9 A;  3RMC A;  3OYK A;  4K43 A;  4B9N A;  4C8M A;  2BH1 A;  2A1S A;  4LSN A;  1Q18 A;  3VEZ A;  1KC8 O;  5EX5 A;  1NGJ A;  3DLR A;  1T44 A;  3N4Q A;  4BR2 A;  5GAH P;  1T3V A;  3NF7 A;  1HQE A;  3TWH A;  2QWO A;  2W41 A;  4JRP A;  1YXQ A;  4BRL A;  4CF0 A;  1S22 A;  4IFV A;  4EHU A;  3QES A;  3FR0 A;  2YHA A;  3DM2 A;  2QWP A;  1ZBI A;  3BF3 A;  4E1M A;  4JKA A;  2Y1I A;  3F9K A;  4DTU A;  2NRR A;  1W97 L;  1G99 A;  2X6S A;  3AAR A;  5J2Q A;  3WXM B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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