5LJVA

Mamk double helical filament
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
NRLFLGVDLGTSHTAVMSSRGKKFLLKSVVGYPKDVIGLKLLGRPYVVGDEAFEMRSYLDIRYPLQDGVLSEISDRDIEVARHLLTHVVKSAEPGPNDEICAVIGVPARASAANKALLLKMAQEVVHTALVVSEPFMVGYGLDKLINTIIVDIGAGTTDICALKGTVPGPEDQVTLTKAGNYVDERLQNAILERHPELQMNVNVACAVKEQFSFVGTPTEVASFEFRAAGKPVRADVTEPVKIACEALMPDIIESIETLLRSFQPEYQATVLQNIVFAGGGSRIRGLAAYVKEKLRPFGDANVTCVKDPTFDGCRGALRLAEELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-like ATPase
publication title X-ray and cryo-EM structures of monomeric and filamentous actin-like protein MamK reveal changes associated with polymerization.
pubmed doi rcsb
source organism Magnetospirillum magneticum amb-1
total genus 90
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06723 MreB_Mbl MreB/Mbl protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA02
4BRQA 4BR7A 2P9IB 4BROA 1SQKA 5EXWA 4EHTA 2QW9A 3C7NB 3DWLA 3UKRA 4BRNA 4K43A 3A5MC 3DJCA 4Y0WA 5FPMA 2E2NA 1RGIA 2PBDA 3VERA 3CJAA 5AZJB 2IVNA 2I7PA 1NGFA 1GLCG 5AQVA 3ULEA 4BRLA 4A2AA 1BUPA 5AFUA 2NRHA 1ATRA 4PL8A 1WOQA 5AQFA 1HKGA 3AARA 2CGLA 3J8AA 4BC3A 4H5NA 4BR5A 5AQNA 4ISFA 2J4RA 3LL3A 5F2RA 3VGMA 3FE1A 1U6ZA 1HUXA 4BRMA 3M1FA 2P9PA 3QICA 1CZAN 2EWSA 2P9UB 3CQYA 5AQJA 4JAXA 3MK6A 2P9IA 1JCFA 4K25A 2W40A 4FWNA 5BPMA 3F9MA 4A61A 1SAZA 2A6AA 3O1WA 1X3NA 2I7NA 2V7YA 5KPZA 4B1WB 5AQOA 3LDPA 1IG8A 4GNIA 3VF6A 3DXMB 3ID8A 3R9PA 4DQ8A 4CZFA 3SK3A 3ZX3A 4H0YB 3CJBA 3A8YA 4M7XA 4MLEA 3SMPA 3SMSA 1S22A 1Z6RA 2A41A 2WUSA 2UYTA 4BC5A 4CI6A 4RWTA 3IMXA 5LY3A 4EHUA 4CD3A 1QZ5A 4IO8A 3EKSA 5BPNA 5AQSA 3HTVA 1MDUB 1V4TA 1NGJA 3EKUA 3IUCA 2P9UA 1RDWX 3GE1A 5BRHA 3MMVA 3CJ7A 3B8AX 1Q18A 3H1VX 4O8KA 5AFUH 3O08A 3BF1A 3WEEB 4BR4A 5AQLA 3UKUB 1HX1A 1NM1A 2QWRA 3FZKA 2YHWA 3O8MA 5AZIB 4CZGA 1QQOA 1X9JA 2AP1A 1HLUA 5BN9A 4H5WA 5KQ8A 3HZ6A 3DXMA 2GEMA 3R8EA 4DB3A 3L4IA 4H5RA 1T6CA 1LCUA 2ASOA 3CHWA 5JLHA 2VYPA 3IFRA 5BR9A 3D2EB 3VENA 4L3QA 5AQMA 2CGKA 4HTLA 2IVPA 1YUWA 1S3XA 1BOTO 4EFHA 3LDLA 3ZETB 4A2BA 4FL9A 3MN7A 3W3DA 3O4WA 1NLVA 4WQ4C 2P9KB 1BA1A 4WQ4A 1Z05A 1DGKN 1NGIA 2Q36A 1GLJO 1T6DA 2FSJA 4NB4A 4BRHA 1IJJA 2Q1NA 5B8HA 2YHYA 3FFKB 1LOTB 1HKBA 3EL2A 2YHXA 4EIAA 2BTFA 3VEZA 3JS6A 3S41A 2D0PA 3W0LA 2P9PB 2F9WA 1RFQA 3ENHA 4JHDB 4CZHA 4BC2A 3M6GA 2ZWHA 5AR0A 2Q0RA 3D2EA 5EVZA 2V51B 4CJ7A 4XH1A 4C23A 5E84A 3MN5A 3FGUA 3VEWA 4FWKA 4DCHA 4BR2A 4A62A 4FOEA 3ZETA 4M63C 3TU5A 4E1JA 3MN9A 2NLXA 2P9KA 4PKIA 2D0OA 4H5VA 4FO0A 5FPEA 1NMDA 1EQYA 3CJ1A 1G99A 2A42A 3R6MA 3M3ZA 4BVOA 5AQGA 3GL1A 1U2VB 1QZ6A 4FWRA 1NGHA 2FF3B 1BA0A 1JCGA 4KBOA 1C0FA 4PKHA 4PL7A 2A5XA 3SJHA 2BUPA 4CBUA 5AQTA 3LDQA 1NBWA 4RCHA 2QM1A 5EX5A 4JHDA 3ATVA 4RTFD 5AQPA 3BP8A 1H1VA 2Q31A 3QDKA 2FXUA 1SZ2A 4CZEA 3WXJA 4XH4A 1E4GT 2OANA 2GWJA 3CQXA 2V52B 1NGAA 1X3MA 4GY2B 1NGDA 1V4SA 3MN6A 3WXLA 1GLBG 5KQDA 3HI0A 1ZC6A 5AQUA 1R59O 3EO3A 4YDUC 3VEXA 4YDUA 1U2VA 2GTDA 1JCEA 2P9SB 3BF3A 3H46O 2QWQA 3HBTA 5JMVA 2AA4A 1K8KA 4FOIA 1MWMA 2QXLA 3EN9A 1YAGA 3WUHA 1MWKA 3CJ9A 4NO7A 5AQYA 1WUAA 5AQWA 2DPNA 2E2PA 3I8BA 1QQMA 1QQNA 3JXUA 2YI1A 4O5FA 2QWMA 2YJFA 1OKJA 4H03B 4CZJA 4J8FA 4BRAA 3OHRA 4IJAA 1E4FT 1TYQA 4CZMA 3VEVA 3GDQA 2P9SA 1GLLO 3DAWA 1HJOA 4IWVA 5FPNA 4B9QA 1KXPA 4K42A 1ZXOA 4IJNA 1XUPO 1TUUA 3A0IX 3BUZB 1NGBA 5AQXA 5CE3A 3ZX2A 4XEIA 3VF4A 4BRGA 1P8ZA 5JICA 1BDGA 4B1UB 2D1KA 2E88A 2QWLA 3LM9A 5F1XA 5EOYA 2ASMA 4BG8A 1KAYA 5ADXA 4BG9A 1YXQA 3VEYA 4JD2B 4BRKA 4AM7A 1XQSC 4JNEA 4XH5A 4DHYA 2IIRA 5I9EB 1DEJA 1DKGD 3DXKA 4BR9A 3QB0A 3ENOA 5F0XA 4I6MA 3LDNA 4MLHA 3U8XA 3VF2A 2CH5A 3C0BA 3FZFA 3KHYA 2HF4A 2YJEA 4ISEA 5LJVA 4Z94A 2HF3A 1ESVA 4K41A 3QFUA 3SLCA 3A5LC 4BC4A 4FWPA 5ELZA 1HPMA 3BEXA 3FZLA 4H0VB 3A5NC 1D4XA 2ZGZA 1BO5O 1ATNA 3MDQA 2GWKA 5AQQA 3G25A 1Y64A 5LJWA 1GLEG 2V7ZA 4PKGA 4BRFA 4JD2A 4FSVA 3I33A 3U9ZA 1KAXA 2YCHA 1K8KB 5KPRA 4B1XB 3CIPA 3UB5A 4QS9A 3H3NO 3QFPA 1TUYA 3WQUA 3D2FA 3WT0A 3FLCO 2FF6A 3WXKA 4FWOA 5KPTA 3ZX0A 3H45C 5ADXH 3ATUA 2H3GX 3VPZA 1NGEA 3UE5A 2PAVA 4FWMA 2IVOA 5AQKA 3VGKA 2P9NB 3CERA 4H0OA 4BRDA 3GG4A 4BRCA 2D4WA 5AQHA 3TPQA 3LM2A 2ZGYA 3H6EA 3AY9A 3CETA 4CBWA 3FZHA 3RSEB 3O5BA 1T44A 2VWBA 3O6WA 1TYQB 4QS8A 3H3OB 4IZ9A 3CI5A 4FWLA 4FWQA 5AQIA 1BU6O 3AAPA 3C7NA 3A5OC 4HWIA 2HOEA 4BREA 4FPAA 4FWSA 4BGBA 3KVGA 3VOVA 3WXIA 4MO5A 4M7YA 5FPDA 5AZJA 2E20A 2P9LB 2E2QA 3ZEUB 4CZIA 3GBTA 4FPBA 3O80A 1C0GA 1J6ZA 2QWPA 2Q97A 2CGJA 3QBXA 2QWNA 3L0QA 3H1QA 4BRPA 3AAQA 2QWOA 5BPLA 2E8AA 2VCPA 2W41A 1NGCA 4CD1A 2P9NA 4BRIA 1XC3A 2E2OA 1KAZA 1YVNA 1QHAA 2E1ZA 3L6QA 5BRDA 3DXKB 2GELA 3VETA 4I6MB 4CZLA 4MO4A 3RSEA 3FZMA 5AQZA 4ISGA 4B1VA 1NWKA 2Q0UA 3KZBA 4F9OA 4BGAA 4B1YB 1MA9B 3O1BA 2FSNA 3QMLA 5BRFA 4WQ5C 4BR0A 4H5TA 2P9LA 2ZF5O 4WQ5A 3ZEUA 1ATSA 5E26A 4BQZA 2ASPA 4CBXA 5AQRA 4IXCA 3FR0A 4AM6A 3EZWA 4QS7A 2E1YA 3WQTA 2HMPA 5EY4A 2F9TA 3CJCA 4LC9B 1GLAG 3UKRB 4B1ZA 1BG3A 1BWFO 5BN8A 3IDHA 2KHOA 2CH6A 1GLDG 3VESA 4WYBA 3U9DA 1HKCA 3D2FB 3GOIA 4H0PA 2GUPA 5JLFA 4H0TB 2Q2RA 2ITMA 3P4IA 3ULEB 4BVPA 3U4LA 4BQLA 2A3ZA 3WEEA 1NGGA 5TKYA 4JN4A 3UKUA 4CZKA 3LDOA 5AZIA 2NZTA 4H0XB 2A40A 3D7EO 3MCPA 3VGLA 1ZBSA 5BREA 4EAHD 3QBWA 3HM8A 3VEOA 1GLFO 2FLOA 2FSKA 3HSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KLIA 2HHUA 4BR7A 2P9IB 4BROA 4EHTA 1N34K 2B4JA 3C7NB 4RG8A 4FLVA 3DJCA 4Z4GA 2ETJA 5SZTA 2KW4A 3CJAA 1VQLN 2WFBA 5AZJB 1ZYQA 1LW2A 1M90O 1NGFA 4WFBL 5AQVA 4BRLA 4A2AA 1XNRK 1DTTA 1KCFA 3THXB 3MECA 2CGLA 4BC3A 1ASVA 5AQNA 2J4RA 3HPGA 3TANA 1HUXA 2P9UB 1NJYA 4JAXA 4CIFA 3MK6A 1K8AO 4WE1A 5I42A 2IDOA 4ZHRA 4FWNA 3ISNC 2FC0A 3KK3A 3AVHA 1X3NA 5KPZA 2IC3A 2GV9A 3ID8A 2E6LA 5C15A 4M3TA 4CZFA 4CK3A 4JYAK 3A8YA 4M7XA 3KLFA 3SMSA 3CC4N 2A41A 4Q0BA 4CI6A 5LY3A 4CD3A 4OKEA 4IO8A 3EKSA 5AQSA 4FLUA 3HTVA 1SKRA 2QEXN 4JKGA 3CJ7A 4IBNA 3B8AX 1NK6A 4AHTA 3M8RA 3I56N 4BR4A 3UKUB 2QWRA 1LWEA 3MEDA 1NKEA 2O8DB 4E7KA 1HLUA 1S1WA 3RWUA 3WNHA 4CJKA 5KQ8A 1C1BA 4DMNA 3R8EA 5FROA 3NVKA 1KSPA 4DTJA 3IFRA 4DF4A 1REVA 4E1NA 1YF5L 4L3QA 3CCJN 2CGKA 3QEXA 3T3FA 3R3LA 4OX9K 3H08A 3ZETB 1QTMA 4FL9A 3SV4A 3NGIA 4WQ4C 1BA1A 3SBTA 3L2RA 5M1FA 3ZT0A 5M1KA 4KHPK 1DGKN 4LF4K 3CC7N 4FYDA 1GLJO 1T6DA 2IS3A 4BRHA 3OYGA 4FJ8A 1IG9A 2G8KA 3FFKB 4IO9L 1LOTB 4CJUA 1HKBA 3I0SA 3KKRA 3LZJA 3VEZA 5CYQA 4BWJA 3KLHA 3NF7A 3VQEA 4BC2A 2O8BB 3ALYA 3KLEA 4QOZB 3NH1A 4J2AA 2Q0RA 1B9FA 4CJ7A 2W6LA 3CCVN 4DCHA 4BR2A 4O44A 4W5TA 1XHZA 3VQBA 2P9KA 3CFPA 2RF2A 1QZ6A 3L3VA 1SV5A 4B3MK 1BA0A 1JCGA 4KBOA 4DQQA 4FJKA 4PL7A 3ZSXA 2A5XA 1FKOA 3SJHA 3RRHA 3ZSQA 1X9SA 2JWKA 5EX5A 4JHDA 3CMEN 4I9LA 4JKGB 5SWMA 1BISA 1TL3A 3WXJA 2OTLN 3QNOA 5KI6A 3ITHA 3V6DA 4BWMA 1NGDA 1OH5A 3WXLA 1GLBG 3AVMA 3E9OA 3HI0A 3VA0A 1R59O 3EO3A 4B9TA 3VEXA 4WFAL 4YY3K 3QESA 3BGRA 2GTDA 1JCEA 3JSMA 1K8KA 4FOIA 2HHQA 3V1OA 3P83D 4K8ZA 2NRVA 3EN9A 3J7ZO 3CFOA 2FBVA 3OYIA 3QIPA 3KIOA 4O4GA 4OGCA 3I8BA 3L2QA 4JI5K 1QQNA 5M1NA 2KKZA 3OW2M 2YI1A 1FW6A 1VQKN 2D0AA 3ZT3A 4DFMA 4ICLA 4BRAA 3OHRA 3DLRA 4G1QA 2HBKA 1TYQA 4CZMA 4LF8K 3IKMA 1ZBIA 3DAWA 4IWVA 4X65K 2PFUA 4R5PA 4B9QA 2G8FA 5GAHP 1KXPA 1ZXOA 1XUPO 1TUUA 3A0IX 3DRPA 4HUGA 2RKIA 3VF4A 4A5AA 4B9MA 4BRGA 2KTQA 1SL2A 4DSIA 1BDGA 1XNQK 4KRFA 2E88A 4DSFA 3TSUA 4BG8A 3V9ZA 2X6NA 4CGFA 2O8CB 2XY6A 3VEYA 5HLFA 2WBNA 1Q8IA 1N33K 3DRRA 3J81O 3EEQA 4ELVA 2IIRA 4EZ6A 4KH6A 3AA4A 1RDCA 3DXKA 3QB0A 5F0XA 4I6MA 2HHHK 3U8XA 5J2NA 1VQ5N 3FZFA 3SI6A 1A5XA 2YJEA 4JI2K 3KD1E 4Z94A 3K58A 1VSMA 4FCYA 4E0DA 3V1RA 4K41A 1U48A 1J5EK 3QFUA 3A5LC 1HYZA 4OPAA 3FZLA 4H0VB 2LSNA 1D4XA 3MAQA 2ZGZA 3V9XA 3CG7A 3LWLA 3HP9A 1NKCA 3IS9A 3G6EN 4FM2A 3G25A 2RE2A 3QETA 1O1WA 1Y64A 3TTDA 2V7ZA 4PKGA 3OJUA 1KVAA 4JD2A 2QK9A 3U9ZA 1JJ2M 2YCHA 1B9DA 1K8KB 5KPRA 3K9JA 1D9FA 3CIPA 4GKJK 3PSFA 4FJIA 4CEBA 4F2RA 2YHAA 3QFPA 3AGKA 4U67L 4CF1A 3ZX0A 3H45C 3VQAA 1KFDA 4M3YA 4FWMA 2IVOA 2DFEA 1TK5A 4IG3A 1RBUA 3CETA 3O9TA 3RSEB 2IAJA 5J1EA 2VWBA 3O6WA 1TYQB 3VQ6A 2QI2A 1TKZA 1KLMA 4FWLA 5AQIA 1KVCA 4CGGA 3A5OC 3BZKA 3TSQA 3ZLJA 4M45A 3KVGA 3WXIA 5CYMA 3VQPA 4DLEA 4FJHA 1VQPN 4CF9A 4QAGA 3M8QA 1J6ZA 4FLYA 3N4QA 5I3UA 1HNIA 4LSNA 3QBXA 1E3MA 5BPLA 2E8AA 3HO1A 2VCPA 4CD1A 4BE0A 4B3OA 1C1AA 3VN5A 3O9RA 4NCBA 3LAKA 1VQ4N 3DOKA 3DXKB 4OPHA 4FK2A 3RR8A 4I6MB 4MO4A 1WAJA 1EXQA 3DLHA 1IV0A 4N56A 3THWB 2ITGA 1M1KO 1MA9B 3O1BA 2O8FB 2FSNA 3PUFA 4CF8A 3RTVA 1JL1A 1WSHA 4CJFA 1RT2A 1IKYA 2ZF5O 3VQ9A 2ASPA 1Q82O 4H4MA 3NBPA 4CEFA 3EZWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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