5LJVA

Mamk double helical filament
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
NRLFLGVDLGTSHTAVMSSRGKKFLLKSVVGYPKDVIGLKLLGRPYVVGDEAFEMRSYLDIRYPLQDGVLSEISDRDIEVARHLLTHVVKSAEPGPNDEICAVIGVPARASAANKALLLKMAQEVVHTALVVSEPFMVGYGLDKLINTIIVDIGAGTTDICALKGTVPGPEDQVTLTKAGNYVDERLQNAILERHPELQMNVNVACAVKEQFSFVGTPTEVASFEFRAAGKPVRADVTEPVKIACEALMPDIIESIETLLRSFQPEYQATVLQNIVFAGGGSRIRGLAAYVKEKLRPFGDANVTCVKDPTFDGCRGALRLAEELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray and cryo-EM structures of monomeric and filamentous actin-like protein MamK reveal changes associated with polymerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-like ATPase
molecule tags Structural protein
source organism Magnetospirillum magneticum amb-1
total genus 90
structure length 325
sequence length 325
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06723 MreB_Mbl MreB/Mbl protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ljvA02
5AR0A 1S3XA 1BU6O 3ENHA 3KZBA 5TKYA 2CH5A 2QW9A 3M1FA 3O8MA 3MCPA 1NBWA 4FWMA 4HWIA 5EOYA 3QDKA 4BRFA 4WQ5C 5EVZA 5EX5A 1Z6RA 1RFQA 4C23A 1T6DA 3MDQA 4YDUC 3SMPA 1EQYA 4ISGA 4E1JA 1NGGA 5AQXA 5AZJB 2HF4A 4JD2B 3ATUA 3D2FB 4JAXA 3MN6A 3H3NO 2P9SB 5LJWA 2P9UA 2Q0UA 4RWTA 4IO8A 3VF6A 1GLFO 2YHXA 3H1VX 2ZGYA 3H46O 3ID8A 3D7EO 4IJNA 3GDQA 3R6MA 4GY2B 3SMSA 5AFUA 1Q18A 5AQGA 1JCGA 4EHUA 2HOEA 4NO7A 3QBXA 4K25A 4XH1A 3TU5A 1JCEA 5KQDA 1U2VA 2FF3B 2NLXA 2PBDA 4FWRA 4O8KA 5AQLA 1MWMA 2AP1A 5I9EB 5AQJA 3IFRA 2P9KB 1QQNA 3VF2A 3WT0A 5AQNA 3O08A 3MK6A 5AZIB 1HPMA 2QWMA 5ELZA 4BR9A 4FPAA 3QFPA 2YJFA 4B1UB 3IDHA 1QHAA 3IUCA 4XH5A 3FE1A 1SAZA 4BGBA 3FLCO 3M6GA 5AQSA 5AQHA 3FZFA 4DHYA 3DJCA 3UB5A 5EY4A 4CZJA 3HZ6A 3UKUB 5BN8A 1YXQA 2A3ZA 3SJHA 1J6ZA 2GELA 3H45C 4BRKA 5AQOA 3H3OB 1E4FT 3ULEA 3I33A 4XEIA 1QQMA 2W41A 2QM1A 3VETA 5AZJA 4FWOA 1HKCA 3D2FA 1NGCA 2CGKA 4JNEA 2P9SA 1YVNA 4PL8A 4F9OA 3VERA 3W0LA 1LCUA 1MDUB 3CJBA 3VGLA 1K8KB 2Q31A 4B9QA 3BEXA 5AQVA 2ITMA 3VOVA 3C7NB 3U4LA 1Z05A 4BVOA 3VEZA 4CBXA 3HSCA 3EKSA 4IXCA 1NGJA 3ZEUB 5FPEA 2F9TA 3AAPA 2P9KA 4BRDA 3DXKB 5AZIA 2ZF5O 5BRHA 2VCPA 3VGKA 4JHDB 3QMLA 4H0OA 2P9PB 5AQKA 2ASPA 4BR4A 1ZBSA 2A42A 4IJAA 3UKRB 4QS7A 3QFUA 4B1ZA 1MWKA 4MLEA 1KAZA 3GOIA 3LDQA 2CGJA 2YHWA 3QBWA 4BR7A 3CQXA 3UKUA 4H5TA 4PKGA 3QICA 3HTVA 3FR0A 4CZHA 1NGEA 1NGDA 1CZAN 3W3DA 5JLHA 3S41A 2P9LA 3CJAA 2UYTA 4MO4A 5AQFA 2BUPA 3L0QA 2IVOA 5ADXH 5FPMA 4BREA 1GLLO 4FWLA 2PAVA 3U9ZA 1TYQB 3TPQA 2A5XA 2GEMA 1BOTO 1WOQA 3SLCA 1HX1A 1K8KA 4BRHA 4PKIA 4WQ4A 4KBOA 4BR0A 5KQ8A 3A8YA 3WQUA 3U9DA 4CZLA 2E2QA 2ZGZA 3C7NA 2GWKA 2Q36A 3LM9A 4H0TB 1T6CA 4CZIA 2Q97A 3ZEUA 4BC3A 4B1VA 3A5NC 2DPNA 4J8FA 2CH6A 4EAHD 3B8AX 3DXKA 1JCFA 1GLAG 2P9NB 4FOEA 4CZEA 4H5WA 4JHDA 2QXLA 1KAXA 4Z94A 4H0XB 2QWQA 2FSNA 3FZLA 4QS8A 1TUUA 3U8XA 4CBWA 1GLCG 5KPRA 3UKRA 2QWOA 4FOIA 4A2BA 1X3NA 5JICA 1NWKA 2I7PA 1ZXOA 3VGMA 4BC5A 4EFHA 2FSKA 1HKBA 1BUPA 2QWLA 1GLJO 2F9WA 3EZWA 3H6EA 1V4TA 4H5VA 1ATSA 4CZMA 1BWFO 3HM8A 1IJJA 1V4SA 5JLFA 2ASOA 1BA0A 2Q0RA 5F0XA 5KPZA 1HLUA 3CIPA 4BQZA 2AA4A 1G99A 2E2NA 1NGBA 2P9IB 5ADXA 4H5RA 4WQ5A 4H03B 2HMPA 2D1KA 4MLHA 1MA9B 3VEOA 4BRMA 4BRQA 4BRPA 3KHYA 2YI1A 4BC2A 1BDGA 4PKHA 4YDUA 4BG8A 3CERA 4JD2A 5AQIA 5B8HA 4CI6A 1QQOA 3BF1A 2E1ZA 3WXIA 2GUPA 4LC9B 5FPDA 3FFKB 3FZKA 4B1YB 3D2EB 4BRAA 2YJEA 2IIRA 3JS6A 4FWKA 5AQQA 3M3ZA 2A40A 3C0BA 1LOTB 1C0GA 2VYPA 1HUXA 2P9NA 3ATVA 4A62A 4EHTA 4BROA 5F1XA 2WUSA 4EIAA 1QZ5A 5AQUA 1OKJA 5BPNA 1C0FA 4FWSA 4HTLA 5E26A 3O1WA 3OHRA 4BR2A 5BRDA 5BN9A 3BP8A 3LDPA 1BA1A 1NM1A 3LDLA 1NGFA 3LL3A 2HF3A 2GWJA 3ENOA 2J4RA 4M7XA 4GNIA 1GLDG 3MN7A 5AQRA 4H0YB 4CZFA 1RDWX 3IMXA 4I6MB 3P4IA 3BUZB 1ESVA 5CE3A 2FXUA 2NZTA 1DKGD 2EWSA 3WQTA 2P9IA 3SK3A 3DXMB 3VEVA 4DCHA 1NMDA 4BRGA 4B1WB 1WUAA 2Q1NA 3CJ1A 3GE1A 1XC3A 3O1BA 3EL2A 2ASMA 3AAQA 3LDOA 3ZX3A 2VWBA 4K42A 5BR9A 5E84A 1Y64A 1KXPA 3D2EA 4FWNA 3CJCA 5JMVA 3MMVA 3AY9A 4WYBA 4ISFA 4O5FA 2E2OA 3O4WA 2FSJA 3BF3A 1ATRA 3AARA 4QS9A 4B1XB 3CI5A 3R8EA 1X9JA 3EKUA 2D4WA 3HBTA 5F2RA 2E88A 4MO5A 4PL7A 2YCHA 3O5BA 2V52B 1D4XA 5AQWA 4CZKA 1NGIA 3FZHA 4H0VB 1P8ZA 2E8AA 3ULEB 2P9PA 1ATNA 5FPNA 2ZWHA 3CETA 3WXLA 3GL1A 4BGAA 1BO5O 1SQKA 4BR5A 4I6MA 5BRFA 1S22A 4IWVA 4M63C 4DB3A 2BTFA 1NGAA 1RGIA 3A0IX 4BG9A 3DXMA 4A61A 2I7NA 2V7ZA 3ZETB 4ISEA 2QWPA 4FSVA 3VENA 1YAGA 3O6WA 3VF4A 4CBUA 4BC4A 4IZ9A 2H3GX 1ZC6A 2E20A 3VPZA 1TUYA 4CD3A 3ZX2A 3WXKA 1TYQA 5LY3A 5AQPA 1BG3A 2FLOA 3RSEB 3R9PA 1H1VA 2CGLA 4RCHA 4AM6A 4BRLA 2NRHA 3A5LC 4BVPA 1GLEG 3WEEB 2W40A 3VEXA 4XH4A 1T44A 2QWRA 3DAWA 3FZMA 4Y0WA 3ZX0A 2E2PA 3O80A 5LJVA 2YHYA 2V7YA 4FO0A 3CHWA 3A5OC 1NGHA 1DGKN 1HKGA 5KPTA 2P9LB 5AQMA 4CZGA 2A41A 4FWQA 2Q2RA 3FGUA 4BQLA 3UE5A 4K43A 3EO3A 3I8BA 4NB4A 1HJOA 4BRCA 2E1YA 3QB0A 4CJ7A 4DQ8A 2FF6A 1E4GT 1KAYA 5AQZA 5BREA 2IVNA 2GTDA 3H1QA 4L3QA 4WQ4C 4JN4A 3L6QA 1X3MA 3WUHA 2A6AA 5BPMA 3CQYA 4H0PA 1YUWA 3ZETA 1NLVA 2P9UB 3VEWA 3DWLA 3J8AA 3VEYA 4BRIA 2IVPA 3G25A 4H5NA 5AFUH 4K41A 1XQSC 1U6ZA 3HI0A 5AQYA 1XUPO 3EN9A 3MN9A 2QWNA 3JXUA 1U2VB 4A2AA 2D0OA 3RSEA 3GBTA 2D0PA 1GLBG 2OANA 3WXJA 4FPBA 4RTFD 2V51B 1SZ2A 3MN5A 5BPLA 3WEEA 3GG4A 2KHOA 1QZ6A 1R59O 3KVGA 5EXWA 1IG8A 1DEJA 3A5MC 3CJ9A 4M7YA 5AQTA 4AM7A 4BRNA 3VESA 4FWPA 3F9MA 3CJ7A 3L4IA 3LDNA 4FL9A 3LM2A 4CD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BU6O 3ENHA 2QW9A 1HQEA 3O8MA 3MCPA 1NBWA 3QDKA 4BRFA 2P5OA 3RMBA 4CEBA 1YTAA 4FVMA 1Z6RA 3VQPA 1VSFA 3RR7A 4I7FA 4N5SA 3QEXA 4KHYA 5HRRA 3MDQA 4JKEA 3V1QA 4ISGA 2BANA 2D5RA 5CYQA 4JRQA 4KHUA 3PIOL 2O8EB 1TK0A 2HF4A 3AA3A 3ZT0A 1SL1A 3AVAA 4F2RA 5LJWA 2Y1JA 2GBZA 5HRNA 1S1XA 1GLFO 2YHXA 4GY2B 1E3MA 1JCGA 3AVNA 1JCEA 4YOTA 5KQDA 5KRTA 2QI2A 3HOSA 5KGXA 3PSFA 5AQJA 3CD6N 5KTQA 3O08A 5AZIB 1HPMA 2HHSA 3DI6A 1QHAA 4CGJA 3FE1A 1SAZA 2VWKA 4JI4K 4JI8K 2D0AA 3SYZA 3FZFA 3THXA 1QSLA 3M8SA 1J6ZA 2GELA 4BRKA 4OPHA 3L3VA 4OKJA 1E4FT 4FJXA 3VQ5A 4Y1DA 3VETA 4Z4IA 1T7PA 4C8NA 4X66K 4JNEA 1KFDA 2P9SA 1YVNA 4PL8A 4F9OA 1VRUA 1UAXA 1VQMN 4DSEA 3PY8A 3J81O 4YOVA 2Z1HA 3AO2A 3VGLA 3BEXA 1N32K 3C7NB 4Y1CA 4NXMK 1HRHA 5T7BA 2PYJA 4BVOA 4NLBA 2GUIA 3VEZA 4DU4A 4CJPA 1NGJA 3SUOA 3ZEUB 4CJUA 1CZ9A 5FPEA 1NKBA 3VQCA 1W2BM 2P9KA 2VG6A 4KFBA 4BRDA 1LW0A 1S1VA 1LWEA 1M1KO 4KTWA 4FZYA 4H0OA 4U67L 5AQKA 1WLJA 1ZBSA 1VQLN 4CF8A 3UKRB 4B1ZA 5HLFA 3GOIA 3LDQA 5A2QO 3UKUA 4H5TA 1YTUA 4QCLA 3G6EN 3MX5A 4F3TA 3MWPA 1WN7A 2X74A 4JI6K 1CZAN 3G71N 3C6AA 2PYLA 1Q81O 2UYTA 2BE2A 5CZ1A 4B9NA 4FJLA 1VQON 4DSJA 2IVOA 5ADXH 3R3LA 4DV5K 3U3GA 3VQBA 2HNZA 4AHRA 3OYAA 3OYFA 3PV8A 1HNZK 1Q8IA 3KTQA 1VHXA 4EZ9A 3AVCA 2EHGA 2G8HA 1JKHA 1IKYA 1HNVA 4KBOA 4IOCL 1IV0A 1TKZA 3I0SA 4KREA 1T6CA 3NH1A 2Q97A 4YY3K 3DLLL 4B1VA 3DLKA 4LSNA 2O8CA 4J8FA 3B8AX 3DXKA 1D8YA 5JS1A 3CMEN 2KZZA 4H5WA 4JHDA 1YITN 3DLHA 4Z94A 2NRWA 1U4BA 1KC8O 1TUUA 2QWOA 4ID5A 5M1FA 1ZXOA 3VGMA 4Z4CA 1RTJA 4JLHA 1HKBA 3AVMA 1V4TA 1WAFA 1IG9A 1ATSA 3DLGA 3HM8A 1L3SA 4DFKA 1V4SA 2NRRA 1ZBIA 4KH4A 5F0XA 4CJSA 1HLUA 4DR7K 4HCCA 2AA4A 3AVKA 5ADXA 4WQ5A 4LH5A 1MA9B 4BRPA 1YI2N 4R79A 3F2KA 3BDPA 2YI1A 4OKEA 3QIPA 4C8OA 4FK2A 5AQIA 2XY5A 4GV6A 1RT1A 3BF1A 2OTLN 3BGRA 5FPDA 3FFKB 4BRAA 3D2EB 2YJEA 1WAJA 4QOZB 1BHLA 3TWHA 3OA9A 4Q0BA 4YORA 4AHCA 4FJGA 3AVFA 4CIGA 1NK8A 3VMFB 2P9NA 3C94A 4A62A 4EHTA 1RBVA 4BROA 1K6YA 5J2MA 1TL1A 1C0FA 3T1HK 4JKGA 1WSJA 3O1WA 4CJFA 5J2NA 4BWJA 3S3OA 3LDPA 3RMCA 1NM1A 3KK3A 2GWJA 3NGYA 2J4RA 4M7XA 4CEEA 4CK1A 2FBYA 4DQRA 2KFNA 1C0UA 4AHSA 1JXBA 3E9OA 4H0YB 1G15A 1FXXA 1VSKA 2QK9A 4FXDA 3CC7N 3EE8A 4CJVA 1VQKN 2NZTA 4L8RB 5LMUK 3WQTA 5C24A 2IC3A 3SK3A 4DCHA 4JK9A 2HHUA 1NMDA 4B1WB 4B3SK 4M45A 3GE1A 1C1AA 4JRPA 1P90A 3EL2A 3AAQA 4EZ6A 1VQ6N 3HL8A 3S3NA 5E84A 3CM5A 4E7HA 3CJCA 4DMNA 1CXQA 3JYTA 4ISFA 2OZMA 1RDUA 4KO0A 3N4QA 1NK4A 1NKCA 5JVGL 1HR0K 3R8EA 1W9HA 3EKUA 5HBMA 3HBTA 3V1RA 3SCXA 3E01A 1ASWA 4PL7A 3QO9A 3C6HA 3O5BA 5C2FA 1TKXA 1D4XA 5IWAK 1HNXK 4CZKA 4FLUA 3LWLA 4DWIA 3OY9A 2G8KA 4U7BA 2E8AA 3IG1A 1ATNA 4J2AA 2UXCK 4JKDA 3CETA 1JLQA 1KLMA 4LF5K 2B6AA 3V9UA 4BGAA 4A57A 4NYNA 4GV3A 5BRFA 1TK5A 4IOAL 1S22A 5DK5A 2BTFA 4OX9K 4M41A 3TSQA 2YNIA 4A61A 3HVRA 3MXMA 4Z4FA 2QWPA 1BI4A 3VF4A 3HYFA 1L5UA 4BC4A 1QE1A 1T3VA 1VK0A 1ZC6A 2E20A 3VPZA 1TUYA 4CD3A 1S6PA 1ILYA 5AQPA 2FLOA 3K57A 1S1UA 4FJNA 4OLBA 4RCHA 4CE9A 1KTQA 3DM2A 4PA1A 2E5LK 3FZMA 4ILHA 2W6LA 4DSLA 2YHYA 3TTFA 1TGOA 4FO0A 3T1AA 3SQ2A 3A5OC 3OYJA 1HKGA 3AGRA 4DV1K 2HHTA 2P9LB 5AQMA 1X1PA 5H1SQ 4YOWA 1X9WA 1DTQA 1VSDA 4E1MA 4CJRA 1KLNA 1S1TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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