1JJ2M

Fully refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1jj2M00
4WF9L 1VQLN 1M1KO 3CC7N 5MLCQ 1VQ6N 2OTLN 1QVGM 1KQSM 3CCSN 1YJNN 3G71N 5DM6L 1JJ2M 2ZJQL 3CCLN 1Q86O 1YITN 1KC8O 1K73O 3CC4N 4WFNL 3G4SN 1Q81O 3J7ZO 5GAHP 3CPWM 3CCUN 4UY8O 1VQ4N 3PIPL 5GAEP 1VQON 3CXCM 1YIJN 4WCEL 3CCEN 1W2BM 3OW2M 1VQMN 4IO9L 1VQPN 3CMAN 3CF5L 3CCQN 3I55N 2ZJPL 2QA4N 2QEXN 1VQ8N 1VQNN 1ILYA 1KD1O 1K9MO 1NJIO 1OVYA 2ZJRL 5JVHL 3PIOL 5GADP 3CCJN 1VQ9N 5H1SQ 4U67L 1VQ5N 1QVFM 3CCRN 3CCMN 5GAGP 1Q7YO 4IOAL 5DM7L 1S72N 3G6EN 3CD6N 1N8RO 3CC2N 5JVGL 1VQKN 4WFAL 3DLLL 1YI2N 1VQ7N 4WFBL 1YJ9N 1K8AO 3CCVN 1Q82O 3CMEN 1YJWN 2OTJN 5HL7L 3I56N 1YHQN 4IOCL 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVPA 3SK3A 3R6MA 3R1XA 4ELVA 1RT7A 3QINA 4C8KA 1JLCA 3FE1A 4FK4A 3BGRA 4J2BA 1MWKA 4FM1A 1R0AA 4DTRA 4GW6A 3AA5X 3ZT3A 4FJ5A 2DFFA 2P1JA 3DRPA 3I8BA 3NMUA 4OO1J 3NVMA 4B3RK 2QWOA 2HB5A 4O5BA 3IAYA 4Y1DA 1XC3A 1BDGA 4AHRA 3O9SA 2HHHK 1T05A 3UKRA 3VEVA 2YNHA 3B8AX 1J5OA 5FPDA 1BGXT 4QCLA 3EZWA 1XMQK 1RT5A 1X3MA 2OPPA 1S6PA 3VQEA 5BRFA 3DXMA 3JSMA 4HHTA 4JKAA 4WQ4A 1QS4A 3AVBA 5KGWA 1EKEA 3OYNA 3BZCA 4NLBA 4BE1A 2UXBK 4AHUA 1IBKK 3P4IA 3H46O 3LL3A 1NK0A 3CFOA 4M7YA 3ZCMA 3ZYYX 1NGEA 4IG0A 5I42A 4FZXC 2Q36A 2Q1NA 1NLVA 2Q31A 4KV8A 3V9SA 5GAGP 4OVLA 1NJWA 4IOAL 4OX9K 4FCYA 3VQQA 3ALYA 4DTXA 1X9SA 1BQNA 2O8EB 5AZIB 5F0XA 3U9ZA 1HKGA 3DYAA 2E4LA 3AVHA 4WQ4C 1O13A 3J81O 5GINA 2E88A 3VF6A 4LF5K 1KVCA 1UA1A 1T3VA 3IS9A 4RW9A 5BPLA 5C0YA 1GLEG 1DKGD 5KRSA 1RDAA 1C1CA 3E9LA 4DFJA 4CZGA 4DTJA 3MMVA 2P9IB 4KTZA 4YOVA 4A5BA 1TGOA 3HSTB 2FXUA 3O3HA 1JJ2M 1N32K 4FLXA 2VYPA 4JI2K 2Z1HA 4B08A 4CW7B 4JI4K 3HI0A 4U7BA 3AO1A 5AQPA 4O0JA 3HBTA 3IRXA 5AQNA 3QB0A 2HHXA 3VEYA 3V81A 4PQUA 3HP9A 4BRAA 1G15A 4LH5A 1XWLA 5BR8K 3SJJA 3VF2A 4F2SA 4AH9A 2O8DA 4XIUA 1P8ZA 2E6MA 3ZT0A 5HBMA 1NJXA 4DSKA 2D0PA 3MCPA 5K14A 3HO1A 1EQYA 3THXB 3ZETB 3MCAB 2QWPA 4FL9A 3SBGA 3SUQA 4AQYK 4ID5A 2P9SA 3HRGA 2BGGA 3OYEA 2RF2A 1NK9A 2IGIA 3QBXA 4DQ8A 1S9EA 2XY6A 4CEDA 3SPYA 2AP1A 1EWQA 3LPTA 4E7LA 3CETA 2YNIA 1T6CA 2X6SA 4PHTX 1KAYA 3HVTA 3U9DA 4BY9C 4OJRA 2D0AA 3KJVA 1Z6RA 3OY9A 4KBOA 1WAFA 1SZ2A 2KHOA 1UWBA 3LP2A 3U6FA 5J2QA 1BG3A 4FLUA 3O3FA 1BL3A 1U49A 2V51B 2VG5A 3L2WA 4M3RA 4JD2B 4KHNA 4RTFD 1KFDA 3CHWA 3QMLA 4ISEA 4B1UB 2QWNA 3L0QA 2CGKA 1Q82O 4I6MA 1ZXOA 1MU2A 4Z94A 4DTSA 1IKXA 4CECA 3VENA 1NGJA 3VF4A 5J1EA 2PFUA 2G8WA 4DLEA 4JKGB 1QHAA 1ZC6A 2I5JA 4CJUA 4CJWA 4B9VA 3LDOA 4PKGA 5D3GA 4DTUA 2KLAA 4DF4A 3OYBA 3DXKA 4KREA 2GUIA 1HNWK 3G71N 2ZWHA 4Z4GA 4JK7A 1J9AA 5E41A 1I94K 3TAEA 5C2DA 3EL2A 3TI0A 1Q81O 1NKBA 3MXMA 3WXKA 3LM2A 4QAGA 5JLHA 4JN4A 3VQBA 3TTFA 2W41A 3DM2A 3OBWA 4NYFA 3A5LC 3NHGA 4AM7A 1HKCA 3L6QA 3DRRA 3SCXA 3EY1A 4JI7K 1TK8A 3F2KA 1S1XA 1UAXA 4BRMA 4B3TK 1C1BA 1IO2A 3CCEN 3B6PA 5C42A 1KVAA 1QE1A 3M1FA 5C15A 4O8KA 4L8RB 2ZJPL 2IOCA 2E2NA 4LC9B 3KLIA 1GLBG 3FZFA 3G0ZA 1S6QA 4E89A 4DU1A 4CEAA 4FWRA 1TV6A 2NRTA 3LANA 4B1XB 1NK6A 4DTPA 3CCJN 1W9HA 5AFUA 3NF8A 4ISGA 4A62A 4PUOA 4EHTA 5KI6A 3NGIA 3MX5A 2FF3B 2D1KA 4E1NA 2YHWA 4E19A 3TR8A 3VQCA 2FSJA 3MN7A 1U6ZA 4BRHA 3I8DA 2HBLA 1ZYQA 3WNEA 4BRGA 3G6EN 1BIZA 5C25A 4K42A 5ADXA 4DFMA 2GBZA 1TKZA 1HR0K 3ATVA 2Y1JA 1HYSA 3T1YK 3AO2A 2OZMA 2HMIA 2CGLA 4BVPA 4CFDA 4A2AA 2WUSA 3VQAA 4IBNA 4FK2A 3HOTA 1NKCA 3L8BA 4DSLA 4PWDA 1S22A 1L5UA 4A2BA 5CY4A 4WYBA 4MLHA 4G1QA 1ZBUA 2P9PB 1KQSM 3SYZA 1YJNN 4FJHA 3GL1A 4BVOA 2KKZA 5C10A 3F9KA 1NG9A 1OVQA 4B8AB 4N76A 4BC5A 3AVKA 3CQXA 5KPRA 1TK5A 3OJUA 4KTWA 3AA4A 4Z4EA 2V7YA 4YOYA 3HT3A 4FLZA 4BDZA 1XNRK 4CHZA 4PY5A 3MX2A 2JWLA 3TAMA 3A0IX 2O8EA 2KTQA 1QTMA 3OJSA 4DLGA 4E3SA 5AZIA 3KHYA 3QLHA 3THVA 4F8RA 5AQHA 1BHLA 1QSSA 3I0RA 2PY5A 4OPHA 4CI6A 4BRLA 4BRPA 1F21A 2ETJA 1QQNA 3FZLA 5FPEA 1QQMA 1SL0A 3DMJA 2CH6A 1WSHA 3PY8A 1LOTB 3U3GA 4O8UA 3T69A 4EP5A 4DV7K 3O5BA 3P5JA 1HLUA 3EZ5A 4O0IA 5AQUA 2P9IA 3OHRA 1NGFA 4CEFA 3DRSA 1J5EK 1TKTA 4CGGA 1VQ5N 2QXLA 1SL2A 4EHUA 4B3SK 4H5VA 4GMJB 4A59A 3WEEB 1Q7YO 1VSFA 3V9UA 4FWKA 2NNWA 3VQDA 2RPIA 4HCCA 4DFKA 4CZMA 5AQGA 1RDWX 5LL6Z 4CK2A 5HRNA 1N8RO 3ID8A 4N56A 3TANA 3WNFA 1W7AA 3CC2N 4WFAL 1Q18A 3AVAA 1TYQB 4B1VA 3CCVN 1RTIA 4BC3A 4DUYK 4OPJA 3N4PA 1KXPA 3LWLA 3ZT1A 4DHYA 4X65K 4FJ9A 3TSUA 4IFYA 5HRPA 1REVA 2HF4A 4C8LA 3QDKA 4WF9L 1BQMA 3BY5A 4CERA 1FK9A 1RILA 1VSEA 1M1KO 1Q9XA 2Q0UA 1D9FA 1SL1A 4C1NI 3VQ6A 4AILC 3AGKA 2NRHA 1QZ5A 1P90A 3ZETA 3THXA 3HM9A 2YKMA 1EX4A 2PZSA 3HPGA 1XHXA 5AQQA 2AJQA 1RDCA 3AVGA 3D0PA 5E84A 4BGBA 3PO5A 2OA8A 2ZQBA 4Y0WA 1G99A 4LF8K 4CJKA 4H0OA 3SQ0A 1S3XA 1RDBA 2HBMA 4HWIA 2P9SB 3R8EA 2YHXA 1JLGA 4JHDB 1RT6A 2B6AA 4PL7A 1H1VA 3MN6A 4X66K 3LP0A 4J2EA 3DLHA 3EKUA 2F96A 4JD2A 3A5NC 3NGYA 3DI6A 3MK6A 1RBTA 4TSXA 3KK3A 4K8ZA 5FLXO 1HQUA 2FSKA 2P9UB 1ATNA 1D4XA 1HQEA 4H0VB 3AO4A 2F9WA 4J2DA 4JKCA 2ASOA 4JKGA 3TAFA 3OTOK 3RTVA 1IBMK 4N41A 3QICA 3OYFA 3SV4A 4L3QA 3WT0A 4DTMA 5JVHL 4DB3A 1HUXA 5HOOA 3U8XA 4H0PA 5GIPA 3O9QA 3AVJA 4BACA 5KRTA 4KB0A 4BRNA 4CJPA 3S3NA 4LSNA 3JAMO 3ASMA 1RGIA 4FWMA 2HHVA 3D45A 3H1QA 3SUPA 4OLAA 1IKWA 4BE0A 2XY8A 4FO0A 4HTUA 1HJOA 2W40A 3ULDA 4BRQA 1WSIA 3T1HK 2ZD1A 1DGKN 4C1NK 3QERA 4ELUA 4FZYA 4B8CA 2GELA 2E1ZA 4DSEA 3P83D 3QNNA 2UXDK 4RCHA 1MWMA 3CQYA 2O8FB 3MEEA 1EWRA 3QBWA 4FLYA 2D5RA 2FBYA 1JKHA 3AARA 1GLJO 3OYDA 4KH4A 1SQKA 5AQWA 4A61A 3SZ2A 2F7TA 4M3TA 1VRUA 2YI1A 1C1AA 1S1WA 3BDPA 3LPUA 4HTLA 1LV5A 4QOZB 2E6LA 1NK7A 1NK4A 4KB1A 3OYIA 4CF1A 1L3TA 4V19S 4H03B 2BDPA 3KLEA 4E7HA 4BROA 1N36K 1U47A 2UXCK 3LDQA 5AQTA 3LZIA 4WCEL 3ZX2A 3KZBA 4M3UA 2KFZA 1W2BM 5AQKA 4CJ7A 4DR7K 4ZHRA 5AQIA 2R7YA 4FOEA 2Q2RA 3CCQN 3KWIA 4QS9A 3NFAA 2JGUA 3HPOA 1KD1O 4BRIA 3C6UA 3PIOL 5AQFA 1B9FA 1ZBHA 5GADP 5A2QO 1SUQA 3AVMA 4EAHD 2P9PA 4BRKA 4KHYA 2PYJA 3C95A 1JCFA 1D9DA 3CCMN 3CJ9A 1TAUA 4GV9A 1GLDG 3ZSYA 1GLLO 3BUZB 4OKKA 4CHNA 2ZM6K 5C24A 4ZTFA 1NM1A 1Y97A 4JRPA 1DTTA 1Q8IA 1W0HA 3A2FA 3KWGA 4QS8A 4DTOA 3TAPA 2HNYA 4JAXA 3CMEN 2D4WA 3S9HA 1DT9A 1RBSA 2FF6A 4YY3K 4FLTA 1U2VB 3M8SA 4JI1K 3E66A 4LFAK 1JLAA 5MLCQ 3OVNA 2XRIA 4CJ5A 3H3OB 3SV3A 1TKDA 3NAEA 2IDOA 3NE6A 3OYLA 1FXXA 1NKEA 3L3UA 2EX3A 2A40A 1Q86O 4ILGB 3O6WA 4C8NA 4B1WB 5E26A 2QKBA 3VQ5A 4BDYA 3I0SA 2HVHA 5GAHP 3WEEA 4JKFA 2YHYA 4CF0A 3LDNA 4CGDA 3K5OA 2HBKA 2QM1A 1XMOK 1YUWA 5IWAK 5AQXA 4DQIA 3LAMA 4JEPA 2QXFA 3VQPA 1W97L 5KTQA 3RMDA 2FSNA 1YIJN 4OKEA 3HM8A 3SMSA 3K59A 1WAJA 4PL8A 4PKHA 1TYQA 4CHQA 4CZLA 3EE9A 2BH1A 1V4TA 1J54A 3CMAN 5FROA 3HJFA 3CF5L 1HX1A 4JS4A 4FM2A 4C23A 4LF4K 5M1PA 1D5AA 5LJWA 1N33K 2ZJRL 2GUPA 2G8IA 4GVEA 3W0LA 1N5YA 4HVJA 3M8PA 4PA1A 1CZBA 1BI4B 3VN5A 4FVUA 4M3XA 3UB5A 4FK0A 1BO5O 3CM6A 3TSPA 2E5LK 3S41A 2WBNA 4RG8A 4B3MK 3L3VA 5ELZA 4CK1A 5J2MA 4B9UA 1ZBIA 4JYAK 2IAJA 4A5AA 4K25A 4CBXA 5JVGL 2DFEA 4M41A 3RMAA 4OKJA 3HZ6A 2P5OA 1VAZA 3ENHA 4CD1A 4JHDA 1OH7A 3I56N 1IG8A 1IG9A 4IFEA 3DOLA 4YORA 3ENOA 4DV2K 5J2PA 3DLGA 3J80O 3SAGA 3V9ZA 3C6AA 3HYFA 1L3UA 1J53A 2IS3A 2P9UA 3T7ZA 1S1UA 5AQLA 4CIGA 4OPAA 1MDUB 3CC7N 1KAZA 4FLVA 4BG8A 5CHIA 1RT2A 4JK9A 4BR4A 3CCSN 1N6QA 3R9PA 1WUAA 3P38A 4FPBA 5M1QA 1N34K 1T6DA 3T19A 3CCLN 3NH2A 2XHBA 2IIRA 3WQUA 3O9TA 1K73O 1LWCA 1KRPA 4B9NA 2GX9A 3BP8A 3MN5A 1XNQK 4DR3K 3CCUN 1NGDA 4DQQA 1WN7A 4M3YA 4I2QA 4DWIA 4CJVA 4BR7A 4HCBA 4JKBA 3WNGA 4H8KA 5CE3A 3CERA 5FPMA 1XC9A 3L2RA 5KPZA 4E1MA 3ENBA 3L2QA 2E2QA 4JKEA 2OCEA 4CZEA 4Z4CA 4DQPA 4DV0K 2A6AA 3O1WA 1RCHA 2OANA 3TSQA 3VEZA 4FYDA 1Z25A 3C7NB 2ITMA 2QWRA 4BC2A 5DK5A 3OYCA 3ISNC 3L4IA 2WONA 2RKIA 1NGHA 3ZX0A 4BREA 3LZJA 2G8UA 2O8FA 5CYQA 4OGEA 3OYJA 3LDPA 4F4KA 1B9DA 5BRHA 1VSJA 4NCAA 2A1RA 4BE2A 4YOXA 1SKSA 3LP3A 2F8SA 3H6EA 4DV1K 3PUFA 4DUZK 4DG1A 2ITGA 5DMRA 4JKHA 3O4WA 3V9XA 5BPMA 2WFBA 3LP1A 2KFNA 4JS5A 1YJ9N 3EE8A 4F2RA 3EN9A 4LFBK 1C0TA 1HRHA 2HHQA 4ILJA 2BTFA 4IOCL 2YHAA 2O4IA 4BR5A 4M45A 3WXMB 1K6YA 2ZGZA 3QEWA 3TARA 2QWQA 3CFPA 3KKRA 1VQ6N 2OTLN 4F9OA 2I7NA 1VSKA 2P51A 4H5NA 4X64K 1U04A 4LH4A 5HROA 4FWPA 4O4GA 5M1FA 3SMPA 1X9JA 4CBWA 4JI0K 2V52B 1X1PA 2VG6A 3IKMA 1NK5A 3A8YA 5AQSA 4B3OA 2E1YA 4JNEA 3MEGA 3SUOA 1VSMA 4OLBA 4CEOA 1UOCA 2UUAK 3KVGA 1BCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WF9 L;  1VQL N;  1M1K O;  3CC7 N;  5MLC Q;  1VQ6 N;  2OTL N;  1QVG M;  1KQS M;  3CCS N;  1YJN N;  3G71 N;  5DM6 L;  1JJ2 M;  2ZJQ L;  3CCL N;  1Q86 O;  1YIT N;  1KC8 O;  1K73 O;  3CC4 N;  4WFN L;  3G4S N;  1Q81 O;  3J7Z O;  5GAH P;  3CPW M;  3CCU N;  4UY8 O;  1VQ4 N;  3PIP L;  5GAE P;  1VQO N;  3CXC M;  1YIJ N;  4WCE L;  3CCE N;  1W2B M;  3OW2 M;  1VQM N;  4IO9 L;  1VQP N;  3CMA N;  3CF5 L;  3CCQ N;  3I55 N;  2ZJP L;  2QA4 N;  2QEX N;  1VQ8 N;  1VQN N;  1ILY A;  1KD1 O;  1K9M O;  1NJI O;  1OVY A;  2ZJR L;  5JVH L;  3PIO L;  5GAD P;  3CCJ N;  1VQ9 N;  5H1S Q;  4U67 L;  1VQ5 N;  1QVF M;  3CCR N;  3CCM N;  5GAG P;  1Q7Y O;  4IOA L;  5DM7 L;  1S72 N;  3G6E N;  3CD6 N;  1N8R O;  3CC2 N;  5JVG L;  1VQK N;  4WFA L;  3DLL L;  1YI2 N;  1VQ7 N;  4WFB L;  1YJ9 N;  1K8A O;  3CCV N;  1Q82 O;  3CME N;  1YJW N;  2OTJ N;  5HL7 L;  3I56 N;  1YHQ N;  4IOC L;  1M90 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IVP A;  3SK3 A;  3R6M A;  3R1X A;  4ELV A;  1RT7 A;  3QIN A;  4C8K A;  1JLC A;  3FE1 A;  4FK4 A;  3BGR A;  4J2B A;  1MWK A;  4FM1 A;  1R0A A;  4DTR A;  4GW6 A;  3AA5 X;  3ZT3 A;  4FJ5 A;  2DFF A;  2P1J A;  3DRP A;  3I8B A;  3NMU A;  4OO1 J;  3NVM A;  4B3R K;  2QWO A;  2HB5 A;  4O5B A;  3IAY A;  4Y1D A;  1XC3 A;  1BDG A;  4AHR A;  3O9S A;  2HHH K;  1T05 A;  3UKR A;  3VEV A;  2YNH A;  3B8A X;  1J5O A;  5FPD A;  1BGX T;  4QCL A;  3EZW A;  1XMQ K;  1RT5 A;  1X3M A;  2OPP A;  1S6P A;  3VQE A;  5BRF A;  3DXM A;  3JSM A;  4HHT A;  4JKA A;  4WQ4 A;  1QS4 A;  3AVB A;  5KGW A;  1EKE A;  3OYN A;  3BZC A;  4NLB A;  4BE1 A;  2UXB K;  4AHU A;  1IBK K;  3P4I A;  3H46 O;  3LL3 A;  1NK0 A;  3CFO A;  4M7Y A;  3ZCM A;  3ZYY X;  1NGE A;  4IG0 A;  5I42 A;  4FZX C;  2Q36 A;  2Q1N A;  1NLV A;  2Q31 A;  4KV8 A;  3V9S A;  5GAG P;  4OVL A;  1NJW A;  4IOA L;  4OX9 K;  4FCY A;  3VQQ A;  3ALY A;  4DTX A;  1X9S A;  1BQN A;  2O8E B;  5AZI B;  5F0X A;  3U9Z A;  1HKG A;  3DYA A;  2E4L A;  3AVH A;  4WQ4 C;  1O13 A;  3J81 O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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