1JJ2M

Fully refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1jj2M00
3CCVN 1KC8O 1VQKN 1W2BM 1KD1O 2QA4N 5JVHL 5DM7L 3G6EN 4WFAL 1Q7YO 3CMAN 3CCRN 2ZJPL 3PIPL 3CMEN 3G71N 4UY8O 1YHQN 1VQ6N 3CXCM 1VQ8N 3CF5L 1KQSM 1VQ4N 1YJ9N 1YITN 3CCJN 1YJNN 5GAEP 1VQ7N 5JVGL 5H1SQ 1M1KO 1VQNN 3CC7N 4WFNL 5HL7L 3CC2N 1VQMN 4WFBL 1N8RO 1VQON 3OW2M 2OTJN 3CD6N 1K8AO 1VQPN 2OTLN 5DM6L 3I56N 1JJ2M 4IOAL 1Q82O 2QEXN 1YI2N 3CCLN 5GADP 1VQ9N 3CCSN 1K73O 1VQ5N 4WF9L 3CCUN 3J7ZO 1QVGM 3G4SN 1OVYA 1S72N 5GAHP 3CC4N 1Q81O 3CCMN 3CCEN 1M90O 3PIOL 3I55N 4IO9L 4IOCL 2ZJRL 2ZJQL 1NJIO 5MLCQ 3CPWM 1K9MO 4WCEL 1QVFM 5GAGP 1YJWN 1YIJN 4U67L 1Q86O 1ILYA 3DLLL 3CCQN 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5RA 4KBOA 2A6AA 3KLIA 3CFRA 3CETA 1WUAA 1SAZA 3CMAN 3OBYA 4CEFA 1WBBA 1XHXA 4CGIA 3AVHA 4H0OA 3VF6A 1FW6A 4PUOA 3AVNA 4IEIA 4KV8A 3THXA 4W5TA 3BDPA 3DWLA 3KD5E 2YHWA 4PKIA 4YOYA 1YJNN 2OCEA 3DOLA 3LDQA 4H0YB 4J8FA 2P51A 3K0SA 3LZIA 4DR4K 1GLFO 4QCLA 4BG8A 3OBWA 4MLEA 5KTQA 1BWFO 4K8ZA 3NVKA 1U2VB 2YI1A 2YJEA 3CM5A 1HX1A 5DMRA 5C12A 5J2QA 4HTLA 2JGUA 4JHDB 2KZZA 2A5XA 4X65K 2KZMA 4I2PA 1JCFA 3V4IA 1CZ9A 1CZBA 3EZ5A 2QWPA 4DQRA 2V52B 4DQPA 4NLBA 1NGJA 1OVQA 3AO2A 4I9LA 1C1CA 4FOEA 1EETA 1FKPA 1CXQA 3LDLA 4OVLA 3SUOA 5T7BA 5KGWA 1J5OA 4KFBA 3LALA 5HRRA 4CJ4A 4IBNA 4DTNA 3RRHA 4N56A 2EX3A 1S72N 1D5AA 3CCMN 1WSEA 3SQ0A 1HYZA 3QEWA 4CFAA 5I3UA 1M90O 1NK0A 4H0PA 1C0TA 2IS3A 4OPAA 4IG3A 4AQYK 1VSLA 3EKSA 4DTSA 3LANA 2D0BA 1BGXT 3NDKA 4BVPA 4CK1A 1HKCA 4JI2K 4FJIA 1FXXA 4BACA 1J9AA 3L2VA 4KH6A 5AZJB 2FSNA 4CZLA 5AQQA 5AQTA 4DQQA 3H46O 2P9KB 3UKRA 2DY4A 1FKOA 3LP0A 3AV9A 1QHTA 3U3YA 1RTHA 3RR8A 3U3GA 2D0AA 5BREA 1P90A 1YVNA 3VTIA 5C25A 4BY9C 4I9QA 4CF9A 4KI4A 4CBWA 1M1KO 1ATSA 4FVUA 3RVCA 4H5NA 1TYQA 4FOIA 2E2PA 3EZWA 4CEQA 2NRZA 4C8MA 1IG9A 5BN8A 3AA3A 1N8RO 1T7PA 3HPGA 3KLFA 4E1NA 3OW2M 3I8BA 2QWOA 2ZM6K 2OZMA 4M45A 4FWLA 3VF4A 4FJ7A 5J1EA 1ZYQA 3AVFA 1VHXA 4ZTFA 3NH1A 4NB4A 1BA1A 4CJ5A 2GWJA 4CZIA 3F5TA 5TKYA 4A5BA 1KRPA 4DFPA 3G4SN 3SPZA 4YFUA 3O08A 4KREA 2KLAA 4JAXA 4BVOA 3CFOA 2E88A 3C7NA 4OJRA 1ASVA 4C23A 2HBKA 4B9UA 3HPHA 1WOQA 3DYAA 3G25A 3I55N 4MDAA 3KLEA 3VQ9A 1GOBA 1NLVA 2JLEA 2V51B 4CIFA 3U4LA 1XMQK 4WCEL 4W5QA 1SQKA 3ZT1A 3NFAA 5AQZA 3K9JA 1SS6A 4LY7A 3RMCA 2P9IB 5BN9A 4BROA 4LSLA 2P9UA 4JI5K 3F9MA 3FZLA 2G8HA 4HUGA 3C6HA 4CERA 1WAFA 3SV3A 3VA0A 3WEEB 1KTQA 1HR0K 4DR7K 3ZT4A 4FZZA 4NO7A 4W5OA 4HTUA 5BRFA 3MEEA 2Q3SA 2A3ZA 5CYMA 4WFAL 4E7LA 1TAUA 4C1NI 1BCMA 1VSHA 1RBRA 4FLVA 3L0QA 4FL9A 4J2BA 4YOXA 2HNZA 3AO4A 3PUFA 3WXMB 3TABA 3ZETB 3TAQA 2G8FA 3CYMA 1T6DA 1KQSM 5ADXH 4OLAA 4CI6A 3MN5A 3K5OA 2WC9A 1KVCA 4BRDA 2KFNA 2UYTA 3ATVA 4DV0K 4FK4A 4CESA 1NJZA 3MXJA 5AQOA 2KHOA 3ZSZA 4CHZA 3UB5A 4E19A 4OX9K 3PY8A 1NGDA 3VQAA 4QS8A 4DB3A 1BHLA 4F9OA 3VQ6A 3O9QA 2HF3A 4I6MB 4A57A 3VQDA 4HVJA 4JKBA 2ZGZA 3P5JA 3V9WA 1S1TA 3KHYA 5FPEA 4IG0A 1VQ9N 3WT0A 4IFYA 1NM1A 4CF8A 1UA0A 1NJYA 1U6ZA 3T1YK 3FFKB 3GBTA 5C24A 3DLBA 3PV8A 2IVOA 4ID1A 4Y1CA 3MDQA 2E2NA 4B3MK 4FXDA 2YKNA 1WLJA 3G0ZA 4DTXA 3UKUA 4Z4GA 2HB5A 2QWMA 1ZXOA 3J81O 2X6SA 3H45C 3RRGA 4IOCL 3QDKA 4CJVA 3TARA 3LZJA 3SYZA 2Q36A 1TKTA 3S3NA 2Z1JA 3PO4A 2P9PA 3LDNA 3OYJA 3CFPA 4X64K 4IZ9A 4U67L 4DR1K 2KKZA 3T7ZA 3L2WA 2PFUA 3BUZB 2BUPA 1KAYA 1OH6A 3QESA 1YUWA 1HUXA 1Y64A 3TANA 1L3VA 5AZIA 1S1XA 3ZSRA 4LFBK 4H8KA 4BC4A 4CVNE 2OZSA 2XY5A 4CFCA 5FDLA 4DTUA 5F2RA 3KK7A 3V6DA 3SAGA 3L3VA 3LP3A 4L8RB 1A5XA 3ZSWA 3NF6A 1BU6O 1K8KB 4RCHA 1LOTB 4CF0A 3KTQA 2QTDA 1IKVA 1GLCG 2GELA 2O8BB 4CECA 4EP4A 1JLQA 4LF7K 1NKBA 1IBMK 5C42A 4PL7A 3C95A 4AH9A 4B9VA 1RTDA 4O55A 3SUNA 1C1AA 4H4OA 2W41A 3K59A 1EKEA 4BRIA 4OPKA 4KH4A 4DSIA 1ZBFA 4NCGA 1MA9B 3SBGA 4FWMA 5GADP 1XI1A 1N34K 3R1XA 3SPYA 1VQ5N 1RDBA 3P1GA 4JI6K 4DV3K 1ZC6A 1BQMA 3SJHA 1HLUA 4H03B 3DOKA 4CJUA 2NZTA 3MWTA 3FGUA 2WTUA 4AHRA 4FJMA 3JYTA 2R7YA 2QI2A 3M5RA 3T1AA 1RBSA 2HVHA 4RW9A 2IAJA 1RT1A 4IJAA 5JICA 1LW2A 3DLGA 2WFBA 4BGBA 2B5JA 3FZFA 2ZGYA 5AQPA 1HYVA 3OYMA 3KKRA 4BRCA 4CJ7A 1NJWA 4V19S 3UIQA 1VSIA 5JVHL 3WNFA 1WAJA 3VQ4A 5M1KA 1VRTA 1DKGD 3JS6A 1IBLK 3IRXA 1UAXA 5AQVA 3O5BA 3I33A 1IG8A 1X3NA 4EHUA 1HPZA 1HKGA 3NAEA 3FLCO 4XH1A 3ATUA 1T3VA 4C8OA 3VQ8A 4DR5K 3TAPA 1NG9A 1QQCA 2WBNA 1L5UA 1Z25A 3ZSQA 3NE6A 1RT7A 4KKOA 1D9DA 1WSGA 2GTDA 4JKHA 1N32K 3NMUA 4NYFA 3VEWA 5CHIA 3HVTA 4BR2A 3SJJA 1R59O 4CJLA 1QSYA 2P9NB 4FM2A 2O8CA 4OKEA 1Q9YA 1HJRA 1J5EK 2OPPA 4IEEA 3BF3A 2O8EB 4LF6K 4DCHA 1NBWA 4DG1A 4DV4K 4O8KA 2DFEA 4KB0A 1S1WA 1LCUA 3H1QA 3FZMA 2O8DA 2UUCK 4AM7A 3ALYA 4IOAL 5AQXA 1KAXA 2E5LK 1F21A 1C1BA 4AF1A 3FR0A 2HHWA 3ZYYX 1W97L 3OYHA 4DSEA 4EFHA 3VEXA 4OLBA 3OYNA 4CHPA 5J2PA 3KK1A 5GAHP 5JS2A 4CZEA 3LWMA 5FPDA 2E8AA 2P5GA 3HXMA 3IMXA 1HMVA 4W5NA 3PIOL 3QEIA 4FWKA 3KLHA 1DT9A 5AQLA 1ASUA 3MN7A 4YORA 2ZJQL 1S22A 4FLZA 4MQ3A 5MLCQ 4CBXA 1NJXA 1TV6A 4BR9A 4GV3A 5KGXA 3H1VX 1JLCA 4GKJK 2YX6A 2AJQA 1NOZA 3VN5A 2BTFA 2QWNA 3TI0A 3AAPA 4BRLA 1W2BM 2YHAA 5AQJA 4XH4A 3DXMA 3LL3A 3ZSYA 3TU5A 1NK8A 5EOYA 3WQUA 4JK7A 3D2EB 4B1ZA 4DLEA 1S5JA 4M3UA 3TSUA 3ZEUA 3MAQA 3DXKB 3QNNA 4CJ3A 2ASMA 4PHTX 4CZJA 3QO9A 4JKGB 4DUYK 4HCBA 2QM1A 5M1NA 3C65A 2KFZA 3PX0A 3KK2A 1S6QA 5AFUA 2H3GX 1VQ7N 4ILJA 3D45A 4FK0A 4B9NA 1VQNN 3NH0A 3NBPA 1IH7A 3LPUA 4Z4IA 3ID8A 2QKBA 2X6NA 2PYLA 3O4NA 5HL7L 4CHQA 2YHYA 3HYFA 4DTPA 4CEZA 4FJ8A 3S3OA 1HNWK 1VSMA 1HYSA 1U2VA 1RBVA 4CEBA 4BQZA 4RW6A 4DTJA 1RDAA 4RW4A 4JHDA 3TPQA 1TL1A 3BF1A 3TWHA 2GX9A 4RTFD 3SAHA 1KAZA 3IAYA 1TK0A 3TSPA 3ZLJA 4Q0BA 4DSKA 1BIUA 1GOAA 4IDHA 3MXIA 4JS5A 3SBTA 2D0CA 3TSQA 3L2QA 3OTOK 4DFMA 4M3YA 4R5PA 3DI6A 3ZSXA 1ZBUA 1IBKK 1X9WA 1HPMA 4DSJA 1HNZK 4B1UB 1S3XA 3AVBA 2D4WA 1BCOA 4XEIA 3U6FA 3VGKA 1TKZA 1MWMA 5GIOA 3V1QA 4A61A 4JLHA 1K9MO 4QAGA 3KZBA 5BR9A 5LL6Z 4BWMA 4JS4A 1YVUA 5FPMA 4HUEA 4CEEA 4DS5A 2YHXA 2HHQA 1VSDA 3CCQN 1X3MA 4B9MA 3MX2A 4CZKA 4X66K 1S9EA 3ULEB 2QA4N 4IFEA 1D8YA 3Q7BA 4PKGA 3M8RA 4FLXA 2ETJA 2QWLA 5C10A 3A5LC 2PY5A 5FROA 3DRRA 5M1QA 2FXUA 3KLGA 2ZJPL 1MDUB 4N76A 2NRTA 3KKSA 2HNYA 4DHYA 3HPOA 4BR4A 1E4GT 4O0JA 3A2FA 4PA1A 5AZJA 3VQBA 4BDPA 4DWIA 1NGIA 2P9KA 2YCHA 3MEDA 3S9HA 5M1FA 4DU3A 1U04A 4MFBA 3K5MA 4FM0A 4BG9A 4DF4A 4FWRA 4A2BA 1EWQA 3DLHA 5GIPA 1VQMN 1U48A 1DGKN 4BE2A 3MWPA 4CF1A 3B6PA 2W40A 4RWTA 3GOIA 2O8FB 4FJGA 3VMFB 1K8AO 3H3NO 4ILHA 3UE5A 4IFVA 4WQ5A 5BR8K 4FZYA 3J7YP 2AA4A 4KHWA 5F0XA 5IT9O 3CCSN 1K73O 3B8AX 3O3FA 5HRSA 2NRRA 2X78A 4CJFA 4CJKA 1Z6RA 4E7JA 1LW0A 4GNIA 5FPNA 2E6LA 3NH2A 1LV5A 1NMNA 5LMUK 2EWSA 2X74A 5C2FA 3HOSA 5KPRA 2RE2A 4BRAA 5EXWA 3KK3A 4AHCA 4JKFA 1Q18A 4BC3A 5FRMA 4H0VB 1GOCA 4JKDA 1N6QA 3H3OB 3AGRA 3AO3A 1NGEA 2IC3A 1YAGA 3OYDA 3L2RA 3VOVA 3AY9A 1S1UA 3IS9A 2XHBA 3SCXA 4DFKA 4YOVA 1ILYA 1NK4A 5JS1A 3O9TA 4FJHA 1YXQA 4GVEA 1B92A 1NGBA 4OO1J 4MDBA 4IXCA 4JNEA 5KI6A 2I7NA 5AQFA 2EHGA 3DLRA 2JWLA 4EZ6A 5AQMA 1ATRA 2KTQA 2Q2RA 5LY3A 3WEEA 5E41A 1ZBIA 3G71N 4UY8O 3Q7CA 2P5OA 3R6MA 4EAHD 3PX4A 1U49A 3CIPA 4NXMK 3L6QA 3QFPA 3EY1A 2ZWHA 3LM9A 5FLXO 3U9DA 3LDSA 1T8EA 2PAVA 2HMPA 3L4IA 1QE1A 1RT6A 3VQ7A 2GWKA 1YTAA 4B9TA 3BP8A 1WNSA 3T69A 2HMIA 2P9LB 4FLTA 3ENHA 4FJJA 3ZT3A 5HRNA 4YDUC 4F2SA 2G8IA 3CC7N 4WFNL 2NRWA 1SL0A 4BRMA 4BE1A 1FJGK 1VQON 5J2NA 2AP1A 1WSIA 4GV6A 4CJSA 3O4QA 1YTUA 4CF2A 3SQ1A 4DS4A 3AVMA 5ELZA 3EO3A 1J6ZA 4F3TA 2CGKA 1Q82O 2IDOA 4QS7A 3E9OA 2P9UB 4GV9A 2NUBA 1NGHA 4FK2A 1J54A 1ASWA 3BY5A 4GMJB 1JCGA 3M6GA 2O4GA 4B8AB 1C0FA 2HF4A 1BDGA 1EQYA 4Z4FA 3SZ2A 1Q81O 4WE1A 4FM1A 4CK3A 2DFHA 3QB0A 4CJQA 1X9JA 3A5OC 1HRHA 4B9LA 4FWNA 1BQNA 1WSJA 4DU1A 1GLEG 1HNIA 2FSJA 4CHYA 1BL3A 1RBTA 1HNVA 4OGEA 3D2FB 2HBLA 3VETA 2XY8A 1SL2A 3HJFA 1YJWN 3LAMA 2G8KA 3F73A 1NGAA 2LSNA 3M1FA 1Q86O 3QFUA 3V9ZA 4FJNA 4CZMA 5HBMA 2ZD1A 3M8QA 3WQTA 3EN9A 4DTOA 4BR7A 2VGMA 3WNGA 1KD1O 4CIEA 3V9XA 3A5MC 3BGRA 3SI6A 3HRGA 3QEXA 1BI4B 1SV5A 4GVMA 3JSMA 1LWFA 3WNEA 3OYCA 3JAMO 5EX5A 3TTFA 3DLKA 4CIGA 1TAQA 4AHTA 4OKKA 3TTDA 3ZCMA 1RBUA 4FLYA 1GLJO 3OYLA 1L3SA 1KXPA 1LAVA 3ITHA 1JL2A 3KWIA 2I7PA 3MCPA 2VG5A 4M3RA 3HT3A 3VQQA 3M3ZA 2GUPA 3T19A 4CE9A 5H1SQ 1K8KA 3E9PA 3LP2A 3AA4A 4H0TB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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