1JJ2M

Fully refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1jj2M00
3CCUN 3I56N 1VQ8N 1Q82O 3J7ZO 3CCLN 2QA4N 2OTLN 3CCEN 2ZJRL 1Q7YO 5GAHP 3CC7N 3G4SN 4WF9L 2ZJQL 1KQSM 1QVFM 4WCEL 3CXCM 3OW2M 2OTJN 4IOCL 5JVHL 1K8AO 3CCJN 3CCMN 3DLLL 5DM7L 1YIJN 3CD6N 4IOAL 1VQLN 1VQ6N 1M1KO 5JVGL 1Q81O 5GAGP 1KD1O 3G71N 2ZJPL 5DM6L 1W2BM 3G6EN 1VQ4N 1VQNN 1YHQN 1VQ5N 5H1SQ 1N8RO 3CMEN 1YITN 3PIPL 2QEXN 1VQKN 4WFAL 3CC4N 4UY8O 1QVGM 1Q86O 3CC2N 1OVYA 1YJ9N 5GADP 3CCVN 1VQMN 1JJ2M 1YI2N 3I55N 4U67L 1M90O 1KC8O 4WFBL 1VQ9N 3CPWM 3CCSN 1ILYA 1K73O 4IO9L 3CF5L 1NJIO 1VQ7N 4WFNL 1YJWN 3PIOL 5MLCQ 3CMAN 3CCRN 1VQON 5GAEP 3CCQN 1VQPN 1YJNN 5HL7L 1K9MO 1S72N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BO5O 1S1UA 3QFUA 5CE3A 1DKGD 4C23A 3SK3A 2ZF5O 3QETA 2F96A 3SYZA 1FKPA 3VQ9A 1ZBIA 4CEDA 4FJNA 4BR7A 2V7YA 1XNRK 4CF2A 3ULEA 4BG9A 3IKMA 4F3OA 3LDLA 3A5OC 2UUAK 3FFIA 4NXNK 1P90A 3GBTA 2F8TA 5I3UA 4GV6A 1NLVA 2FBTA 4MFBA 3PO4A 3ZX2A 4JKFA 5HRRA 2NNWA 2E8AA 3FZKA 3D2EB 3N4PA 4Q0BA 4XH4A 3MDQA 1BDGA 3O9UA 4BRGA 1YIJN 4CZGA 5AZJB 3TAMA 4OLAA 1XHZA 1TUUA 1HNIA 5J2QA 3DI6A 4DSLA 2YCHA 3PX4A 1LW2A 1NMDA 2B6AA 3RR7A 1BI4A 1X9SA 3AY9A 4LF9K 4K42A 4LD0A 5M1KA 1VQNN 2EHGA 1VQ5N 2P9LB 3TWHA 3PSFA 2V7ZA 4FLZA 5EU7A 1K6YA 5LMUK 3QINA 3RRHA 4BGAA 5DMRA 3VQ7A 2Q36A 1WN7A 1OVYA 3NF7A 3N4QA 5AQMA 4JRQA 2HF3A 4H4MA 1U6ZA 3BP8A 3AVBA 1J5EK 1KAZA 4ILJA 1B92A 1J6ZA 4FM0A 1HNZK 3VOVA 2P9IA 4YOTA 1FXXA 2ITMA 3DRSA 4BRKA 2JGUA 4AILC 4Z4CA 3K9JA 2FC0A 4ILHA 1N36K 1JCEA 4CGGA 1BA0A 4I2QA 1X1PA 4KHUA 4O5BA 3C6AA 3CCRN 1QHTA 4ISFA 4KB0A 3QEWA 4BRPA 4RG8A 3MK6A 1REVA 5KI6A 3C6HA 1I3AA 1VQ8N 5AQZA 5KQ8A 4M42A 3NAEA 4AHRA 5HBMA 5AFUA 4JK9A 4NCBA 2X6SA 4M7XA 2RPIA 3L4QA 1HLUA 1KLNA 3O6WA 3K59A 2QTDA 3NF6A 3MCPA 4WYBA 1D9FA 4BRHA 3SMSA 3CXCM 4CCHA 2KHOA 2E6MA 3SBGA 3D2FB 1GLAG 2IVPA 4AQYK 3S3MA 2YNIA 1RDDA 1D5AA 4WE1A 1BWFO 3C95A 1HMVA 1JLAA 3P39A 3VQ6A 3NBPA 4ZHRA 4LF5K 4JKHA 4H0PA 1NNEA 3HPOA 3VQ8A 2HF4A 1H1VA 1WLJA 3I0RA 1WB9A 4Z4GA 1U4BA 4NB4A 3AGRA 3F2KA 5ADXH 1C0UA 3V1RA 4IJAA 3SQ4A 2VQFK 1LWFA 3NE6A 3HPGA 4CJ5A 1J5OA 2P51A 1NGGA 1NK6A 2QWLA 4CD3A 4I2PA 4DWIA 4FK0A 3FR0A 1XC9A 4UY8O 1MWMA 4GNIA 4R5PA 2NUBA 3CERA 3KZBA 2YKMA 1R0AA 5AQKA 4YORA 3Q7BA 3AAPA 3IS9A 2HBJA 1GLJO 1QZ5A 1TUYA 4DTXA 2F4VK 4MDAA 2PY5A 2A42A 4KHSA 4CGDA 4FJJA 4NCGA 2CH5A 3EN9A 3V1OA 4OPJA 5CHIA 3WXMB 2HHSA 5HOOA 1IBKK 4HVJA 4KAZA 3UKRB 3NDKA 3UKUA 1ESVA 3K5MA 1WNSA 4IBNA 1HR0K 2VWKA 5HL7L 4KTZA 4CZHA 4EFHA 4FPBA 1RT2A 2UXDK 3VERA 1WSFA 3VQEA 1HKCA 3AVKA 2YNGA 3KTQA 3IAYA 1OVQA 2I7NA 1I94K 3S41A 3QIPA 5C15A 1QQOA 1RDWX 2ZJRL 2YNHA 5E26A 4AM7A 3SQ0A 4FJIA 4HWIA 2JWLA 3ZX0A 4WCEL 1QHAA 4B9QA 3OYDA 3AA3A 2BTFA 2ITGA 3ZSQA 3KJVA 2GV9A 4N56A 3GDQA 3TSUA 1QSLA 4BR9A 1JLFA 2F8SA 4CHOA 4FWLA 3AVJA 4YOXA 4JKAA 4JRPA 4G9ZA 5IT9O 2HMIA 3O08A 4DQSA 2OCEA 4RCHA 2OZMA 1JLBA 4FVUA 3KK1A 1EWRA 1IJJA 1C0FA 3ZSOA 1YTUA 3CQ8A 2E2QA 1XC3A 2F7TA 2BUPA 4JI2K 3ZYYX 1SL1A 1VQ4N 1TKTA 3NFAA 1DTQA 3THXA 3SAHA 2QW9A 3LM2A 3VF2A 4M41A 2D5RA 3CMEN 2XHBA 3AVAA 4ID5A 3MXIA 2VWBA 3IUCA 4CEAA 3E01A 1SS6A 1WSJA 2Y1JA 3CC2N 2HNDA 1QSSA 4FZZA 1TK0A 1RILA 2NRWA 3OYJA 4X66K 3BF3A 3VF4A 4DS5A 4H4OA 4BRAA 4CJFA 3SV3A 2ASMA 1BISA 3HYFA 1HJRA 3AVHA 2A41A 5J2NA 1T8EA 3NMUA 3QFPA 4WFBL 1K73O 1L3VA 3WXLA 3A0IX 3MN6A 4CIGA 2HNZA 3ZETA 3V9SA 3MECA 3K57A 4DV2K 3L0QA 1VQPN 3FFKB 2Q0RA 4GKKK 4O0IA 4BE1A 2BDPA 3LDQA 1Q9XA 2A3ZA 4KTQA 3HM8A 1X3MA 1NG9A 1BCMA 3O4WA 1T3VA 3OYMA 3HJFA 2Y1IA 3TAQA 3TSPA 1LCUA 5HP1A 1WSEA 3M8QA 3VESA 2XY7A 1U04A 4CHPA 4KHQA 4KHYA 4IOXA 3A5LC 1FW6A 4HCBA 1NJXA 3DMJA 1ATSA 3QEIA 2VG7A 4CHNA 2RKIA 4W5NA 3RVCA 3CCMN 3ZSWA 4E7LA 3MAQA 3HM9A 1J9AA 3WNHA 3H3OB 5FPMA 1KXPA 3EY1A 3CD6N 4PKHA 1ZBFA 4CGIA 1LW0A 3K58A 3QEXA 4MO4A 4HCCA 2YJFA 1SKRA 2D0AA 1E4GT 3RTVA 1LAVA 3DJCA 3QBXA 1HNVA 4M3ZA 1MA9B 2IDOA 5GAGP 3ZCMA 2GUPA 2CGJA 1SL2A 3WUHA 4JYAK 5AQXA 2Z1GA 2O8EB 2HNYA 3DXMA 2JWKA 4CF9A 2P9KB 2RHKA 3ZT0A 3NH0A 1BUPA 1XQSC 3DLKA 2GELA 5AZIB 2F9WA 2F9TA 4JI6K 3C65A 5AQIA 3SBTA 4NYFA 2G8HA 3CJBA 3WT0A 3RMDA 3TTFA 3VENA 4OGEA 3EZ5A 3GOIA 4J2BA 3M8PA 2HBLA 4PKIA 5TKYA 2IIRA 4LF4K 4DR5K 3EKUA 2PBDA 3OHRA 4CK1A 3OJUA 1GOCA 4FJLA 1C6VA 1UA0A 3SLCA 2Q3SA 2I5JA 2P9PB 1OKJA 4IFVA 3L2QA 1IKVA 4E1MA 3PX6A 2KFNA 4F2RA 5KTQA 3QDKA 4OX9K 3CJ7A 4CZIA 3R9PA 4JKGB 4BC2A 5MLCQ 4DU4A 4KRFA 2GX9A 1ATNA 3MEGA 2XO7A 2ZE2A 3KK2A 2VQEK 3TSQA 5IWAK 3OA9A 1CZ9A 1IKXA 4ZTFA 4BQZA 4A61A 2QWNA 3KWIA 4B9VA 4NYNA 3ZT2A 5AR0A 4BACA 3DAWA 4BG8A 2A6AA 4AM6A 3ASMA 3G4SN 4WF9L 3VGLA 1JCFA 4FWSA 2PYJA 1NJZA 4CJVA 1HNXK 2ZQBA 1ASWA 3PV8A 4KB1A 4X65K 3SZ2A 1JCGA 3A5MC 3NCIA 4FJMA 2CGLA 4MO5A 3L6QA 1RBVA 4CEOA 4PL7A 3ZT1A 3OYNA 1VHXA 2P9UA 4LSNA 3T1HK 1BG3A 2DFHA 3DLLL 1RT4A 3ZEUA 1WBDA 3MX2A 5KQDA 4BRQA 1NWKA 3ZSYA 4FCYA 5AFUH 3FZLA 3QEPA 1DLOA 1QS4A 3QB0A 4B8CA 3ZSZA 4H0XB 3TTCA 1S6QA 2FLOA 2HVHA 4K8ZA 2OA8A 3AO5A 2E1ZA 3MWTA 3JYTA 4HUGA 2QWOA 5JS1A 3PIPL 1YUWA 3WXJA 1VQKN 2QWRA 3SUNA 1GLDG 3AVMA 3RRGA 4QCLA 1GLFO 1QE1A 2FF3B 4ILGB 5KGWA 3CFOA 4DR1K 3LP3A 3MCAB 4OKJA 4M3WA 2OPQA 5M1FA 2VYPA 3DLEA 3NVKA 4BY9C 4BRCA 3M8RA 3KKRA 3O9TA 3O4QA 1IG9A 3HSTB 4FZYA 3WEEA 4CZKA 2BANA 4DR2K 3QESA 2QXFA 4IG3A 4Z4HA 3THVA 4O55A 4Y1CA 4QS9A 3QICA 4DUZK 3H1VX 5E41A 4BRNA 3MXMA 1K9MO 3CJAA 4BREA 4DSEA 4YHHK 1TKXA 4H03B 3AGKA 3AA5X 3CCEN 5D3GA 1XNQK 3AVLA 1BOTO 2HHUA 2PAVA 4FZXC 4IJNA 3WNEA 1RDBA 3O5BA 4CBXA 1QVFM 4B1XB 5BRDA 4B3RK 3R8EA 1JKHA 3VA0A 1GLCG 4FWMA 4F3TA 3MN9A 5LMNK 2YKNA 2FF6A 4IOCL 2EX3A 3VEYA 4DQPA 3UIQA 3AVIA 4DV1K 4DR7K 1Z05A 3CI5A 3MN5A 1A5VA 5J2PA 3K9KA 4I6MA 4CFCA 4RW4A 1NK5A 2UUCK 3G71N 4Y1DA 1D4XA 3CYMA 4ELVA 3O80A 2O8BB 1TYQA 1BQNA 1FK9A 2OPSA 3G10A 3AAQA 4WFAL 5GINA 4BGBA 1DEJA 1QVGM 4L8RB 4NLBA 1X3NA 3OYFA 2QWMA 3FZHA 3HOSA 3LWLA 4B3TK 2W40A 3EYZA 1YJ9N 4KKOA 1ASUA 2FSKA 4PUOA 4FJXA 1HJOA 4Z4EA 2O4IA 2E88A 1V4TA 1UWBA 1M90O 4CHYA 3OYHA 3BZKA 3C6UA 4IXCA 1MU2A 3CF5L 1NJIO 5AQTA 3L3UA 4BRLA 3H3NO 3AVFA 3QO9A 4W5TA 1BQMA 4BDPA 1RTJA 5CY4A 3CPEA 4PQUA 2X6NA 3LAKA 4ELTA 2X74A 4DR6K 3WQTA 3CCUN 2QWPA 2PYLA 4XH5A 3TARA 3OYEA 4E1NA 2FSNA 4OLBA 3D45A 3SJJA 2D1KA 1ZBHA 5GAHP 5FDLA 5LJVA 4FM1A 2G8FA 4Z4IA 4F8RA 4MLHA 4JI7K 3HVTA 2G8WA 3VETA 5BREA 3L8BA 3AO1A 4HHTA 4FLWA 3V6DA 3HXMA 4JNEA 5FPDA 2GEMA 4PHTX 2I7PA 4PA1A 3K5NA 1L3SA 4WQ4C 2UYTA 4IZ9A 4DU3A 1SZ2A 3L2UA 2ZD1A 3AARA 3H46O 3LP2A 3VQQA 3LANA 4A62A 1C1BA 3OYIA 4E89A 4DQRA 3U9DA 5JVGL 2GBZA 4IFEA 3OJSA 2NRRA 3A2FA 1Q81O 1KCFA 5LY3A 3O8MA 4MQ3A 3OS2A 1IKWA 3SPZA 1VSMA 3D2EA 3BZCA 4JI5K 4KHWA 3O9QA 1N8RO 2O8CB 4M3XA 1CXUA 2Q0UA 3IDHA 1YITN 5AZJA 1NGBA 4BR2A 1SKSA 1O1WA 4JI1K 2GTDA 1HKBA 2Z1HA 1HUXA 3UE5A 1Q86O 4KTWA 4EHUA 2KLAA 1NKCA 1Q18A 3VQPA 4DSFA 1U45A 4OVLA 1WSGA 2W6LA 4O0JA 1Y97A 1WOQA 3LDPA 3DOLA 4FSVA 1L5UA 1ZXOA 2P9LA 3SUQA 1WAFA 1T03A 5AQLA 2O8FB 4DTOA 4LH5A 5CYMA 4JV5K 1VQ9N 2Z1IA 4JLHA 2WOMA 4CJQA 1NGJA 4DQ8A 5M1OA 4JAXA 3KHYA 1KVBA 1YJWN 1QQNA 3EZWA 2G8VA 4DUYK 4B1UB 2NLXA 3CMAN 4B9UA 3HTVA 2Z1JA 4PKGA 4A2AA 3HL8A 2UXCK 1SUQA 3CFRA 1YJNN 3ISNC 4LFCK 3SPYA 1XMOK 4WQ5A 4JD2B 5KPTA 3I56N 4EZ9A 3WXIA 1KVCA 4DTNA 3EO3A 1RBTA 4CK3A 1RT7A 4XEIA 2P5OA 4FWPA 2QA4N 3HO1A 3MWPA 4QS8A 3M8SA 5C42A 1U49A 1U2VB 4WQ5C 4H5NA 3R6MA 1IKYA 1RT1A 2Q1NA 3H1QA 4CI6A 2Q31A 3OW2M 3VGKA 4QAGA 1A5XA 1NK9A 3FZFA 3HOTA 1NK8A 3NH1A 3OYCA 4O8KA 1JLQA 2VGMA 2ZGYA 3P1GA 3D6RA 5LJWA 4N47A 2QXLA 3EE9A 3PSIA 4C8KA 5CZ2A 1M1KO 4C1NI 3HP6A 4DV6K 4E7JA 1U47A 2ZJPL 5DK5A 3TANA 3NF8A 3E66A 4IEIA 3L2RA 3D2FA 4YOUA 4KH5A 3BEXA 1Z26A 3C94A 3C6TA 4AHTA 4CFDA 1NGFA 1S9GA 4EIAA 4YDUC 4K8XA 4DQIA 4CVNE 1BA1A 4A57A 2BGGA 4B9MA 2D0BA 4DQQA 2DTUA 4DFKA 3THWB 4LF7K 1LWEA 1MDUB 2AP1A 2XY6A 2P9NB 3VEZA 3ID8A 3U8XA 3U4LA 1C1AA 1HPMA 1OH8A 4M3UA 1JXBA 1QQMA 1TK5A 3S9HA 1SL0A 4JI4K 4JKCA 4JK7A 4K25A 4FPAA 4DTMA 3C7NB 1VSLA 1BIUA 2WBNA 3M5RA 5HRPA 1HYVA 3V9ZA 4JD2A 4W5OA 1N34K 4CF1A 4PWDA 1N33K 4A5AA 5F2RA 4KPYA 2KFZA 1ASVA 3ZX3A 4AHSA 1CZBA 2OTLN 4FWKA 1E3MA 4CEQA 3EEQA 4J2AA 2QKBA 4BC5A 2E20A 2GWKA 1RTHA 3WNFA 5KPRA 3BGRA 3VPZA 3OS0A 3UKRA 4RW7A 1S1WA 2A1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCU N;  3I56 N;  1VQ8 N;  1Q82 O;  3J7Z O;  3CCL N;  2QA4 N;  2OTL N;  3CCE N;  2ZJR L;  1Q7Y O;  5GAH P;  3CC7 N;  3G4S N;  4WF9 L;  2ZJQ L;  1KQS M;  1QVF M;  4WCE L;  3CXC M;  3OW2 M;  2OTJ N;  4IOC L;  5JVH L;  1K8A O;  3CCJ N;  3CCM N;  3DLL L;  5DM7 L;  1YIJ N;  3CD6 N;  4IOA L;  1VQL N;  1VQ6 N;  1M1K O;  5JVG L;  1Q81 O;  5GAG P;  1KD1 O;  3G71 N;  2ZJP L;  5DM6 L;  1W2B M;  3G6E N;  1VQ4 N;  1VQN N;  1YHQ N;  1VQ5 N;  5H1S Q;  1N8R O;  3CME N;  1YIT N;  3PIP L;  2QEX N;  1VQK N;  4WFA L;  3CC4 N;  4UY8 O;  1QVG M;  1Q86 O;  3CC2 N;  1OVY A;  1YJ9 N;  5GAD P;  3CCV N;  1VQM N;  1JJ2 M;  1YI2 N;  3I55 N;  4U67 L;  1M90 O;  1KC8 O;  4WFB L;  1VQ9 N;  3CPW M;  3CCS N;  1ILY A;  1K73 O;  4IO9 L;  3CF5 L;  1NJI O;  1VQ7 N;  4WFN L;  1YJW N;  3PIO L;  5MLC Q;  3CMA N;  3CCR N;  1VQO N;  5GAE P;  3CCQ N;  1VQP N;  1YJN N;  5HL7 L;  1K9M O;  1S72 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BO5 O;  1S1U A;  3QFU A;  5CE3 A;  1DKG D;  4C23 A;  3SK3 A;  2ZF5 O;  3QET A;  2F96 A;  3SYZ A;  1FKP A;  3VQ9 A;  1ZBI A;  4CED A;  4FJN A;  4BR7 A;  2V7Y A;  1XNR K;  4CF2 A;  3ULE A;  4BG9 A;  3IKM A;  4F3O A;  3LDL A;  3A5O C;  2UUA K;  3FFI A;  4NXN K;  1P90 A;  3GBT A;  2F8T A;  5I3U A;  4GV6 A;  1NLV A;  2FBT A;  4MFB A;  3PO4 A;  3ZX2 A;  4JKF A;  5HRR A;  2NNW A;  2E8A A;  3FZK A;  3D2E B;  3N4P A;  4Q0B A;  4XH4 A;  3MDQ A;  1BDG A;  3O9U A;  4BRG A;  1YIJ N;  4CZG A;  5AZJ B;  3TAM A;  4OLA A;  1XHZ A;  1TUU A;  1HNI A;  5J2Q A;  3DI6 A;  4DSL A;  2YCH A;  3PX4 A;  1LW2 A;  1NMD A;  2B6A A;  3RR7 A;  1BI4 A;  1X9S A;  3AY9 A;  4LF9 K;  4K42 A;  4LD0 A;  5M1K A;  1VQN N;  2EHG A;  1VQ5 N;  2P9L B;  3TWH A;  3PSF A;  2V7Z A;  4FLZ A;  5EU7 A;  1K6Y A;  5LMU K;  3QIN A;  3RRH A;  4BGA A;  5DMR A;  3VQ7 A;  2Q36 A;  1WN7 A;  1OVY A;  3NF7 A;  3N4Q A;  5AQM A;  4JRQ A;  2HF3 A;  4H4M A;  1U6Z A;  3BP8 A;  3AVB A;  1J5E K;  1KAZ A;  4ILJ A;  1B92 A;  1J6Z A;  4FM0 A;  1HNZ K;  3VOV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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