4H0OA

Crystal structure of acetate kinase from entamoeba histolytica
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
391
structure length
383
Chain Sequence
SNVLIFNVGSSSLTYKVFCSDNIVCSGKSNKPFIEHHLNGQIIKIETPILNHPQAAKLIIQFLKENHISIAFVGHRFVHGGSYFKKSAVIDEVVLKELKECLPLAPIHNPSSFGVIEISMKELPTTRQYVAIDTAFHSTISQAERTYAIPQPYQSQYLKFGFHGLSYEYVINSLKNVIDVSHSKIIACHLGTGGSSCCGIVNGKSFDTSMGNSTLAGLVMSTRCGDIDPTIPIDMIQQVGIEKVVDILNKKSGLLGVSELSSDMRDILHEIETRGPKAKTCQLAFDVYIKQLAKTIGGLMVEIGGLDLLVFTDQMGLEVWQVRKAICDKMKFLGIELDDSLNEKSMGKKIEFLTMPSSKVQVCVAPNDEELVILQKGKELFQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Entamoeba histolytica
publication title Crystal structures of acetate kinases from the eukaryotic pathogens Entamoeba histolytica and Cryptococcus neoformans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
total genus 126
structure length 383
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.12: Acetate kinase (diphosphate).
pdb deposition date 2012-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA02
4C23A 4BRLA 1U6ZA 5BRDA 3D2EA 3CQYA 1TYQB 3ID8A 4BRCA 2F9TA 3CETA 2FF3B 2OANA 3QBXA 4XEIA 3SLCA 4A61A 5E26A 1G99A 2FLOA 1NGCA 3DAWA 4JN4A 4H0YB 4CJ7A 2QWOA 2A41A 4FWNA 3DJCA 5AQRA 5B8HA 5KPRA 2E88A 2KHOA 2D1KA 2DPNA 5EXWA 1Q18A 3WXLA 3M1FA 3MK6A 2V7ZA 4QS7A 2IVNA 2YCHA 4IXCA 2QWRA 2P9LB 3W0LA 3LM9A 4FOIA 3DXKA 1P8ZA 2UYTA 5ELZA 4FWQA 4ISFA 3VPZA 3W3DA 3A5MC 1MWKA 5AQGA 4L3QA 1DKGD 5BRFA 1NGJA 2AP1A 2P9SA 1S22A 3IDHA 5FPNA 3LL3A 1HUXA 1ZXOA 3EO3A 5AQVA 4H03B 2ZWHA 4FOEA 2QW9A 1GLCG 3OHRA 3BF1A 2A42A 1BO5O 4Z94A 5AQSA 4DB3A 3ZETA 3QDKA 4PKHA 1R59O 5LY3A 1J6ZA 1RGIA 4FPBA 2CGJA 4H5NA 5AZJB 3BUZB 4BVPA 2A40A 2FSJA 3H46O 4M7XA 4K25A 2HOEA 4DHYA 4RCHA 3ULEA 5FPEA 1HPMA 2V51B 5AQYA 5ADXA 1WOQA 4HWIA 3VF6A 3TPQA 4JNEA 3VETA 5AQIA 4BRKA 5BRHA 5JICA 2QWQA 1DEJA 5FPDA 1SAZA 5BPMA 3S41A 4BC4A 4BREA 4JHDB 4FWSA 4I6MB 2P9PA 1DGKN 3JS6A 1X3MA 2VCPA 3MN9A 3H1QA 3LDPA 4FPAA 2HMPA 3UE5A 1HX1A 2J4RA 3UKRA 2P9IB 5F0XA 3VESA 2QXLA 3LDQA 1HKCA 3ENHA 5BPNA 1YXQA 4DQ8A 3O1BA 4H5VA 3O1WA 4KBOA 3L0QA 1GLFO 2FSNA 4BRAA 4J8FA 3LDLA 3I8BA 3FZKA 1E4GT 3A5NC 1K8KA 4BRQA 3B8AX 3GG4A 4WYBA 3HI0A 5AZIB 4JHDA 2A3ZA 5FPMA 5BR9A 5AQPA 2FXUA 3FZMA 3HM8A 4IO8A 2QM1A 3C7NB 4H0OA 4HTLA 4K42A 4BR0A 1V4SA 4CZJA 3FR0A 4XH4A 4FWKA 4NO7A 1KAZA 3VEOA 5AQUA 3EN9A 3VEVA 1NGIA 2W40A 4H5WA 2GEMA 3DXMA 5JLFA 1HKGA 5KPZA 5AQQA 4NB4A 1LOTB 4CZGA 3ZX0A 3QICA 4BG8A 3H6EA 2E1ZA 3ZEUB 2GTDA 4CZFA 1Z6RA 3CQXA 4CBXA 3A0IX 3CJAA 1H1VA 3U9ZA 5BN9A 2W41A 2ASPA 4B1UB 4M7YA 2ZGZA 3CJ9A 1GLEG 4FSVA 3C7NA 2CGKA 3EZWA 4MO5A 4WQ5C 4B1YB 4JD2B 4CBUA 3U9DA 2ZF5O 3M6GA 2P9UB 5I9EB 1D4XA 1HLUA 3WEEA 1YAGA 3EKUA 3AARA 3EL2A 1NGBA 1QQOA 1NM1A 4A2AA 1NGDA 4DCHA 2Q0UA 4AM6A 3AY9A 3VOVA 4FWMA 4A2BA 4BRDA 2E2NA 4CZMA 5CE3A 2E2QA 3VENA 3R8EA 4BRGA 3IFRA 1IG8A 5E84A 4H0TB 1YUWA 2P9NB 1TYQA 2EWSA 2GWJA 1TUYA 3GE1A 2GWKA 2BTFA 1LCUA 2ITMA 1NLVA 3MN5A 2QWMA 3H3NO 4BGBA 3KZBA 2BUPA 4BGAA 5AQZA 4EFHA 3VGKA 4CZHA 3RSEB 2AA4A 3A5LC 4CZKA 3FFKB 5AQJA 3HBTA 1NGHA 1RFQA 2P9LA 4BRHA 1GLDG 4WQ4C 4BC2A 3FZLA 1QZ6A 3WQTA 5AR0A 3QB0A 3MDQA 1ESVA 4EHTA 1ATNA 5LJVA 3ATUA 4BRNA 2D0OA 5AQOA 1NGGA 4EHUA 5BPLA 3AAQA 1BWFO 1IJJA 2E1YA 3WXJA 3SMPA 2ZGYA 4CZEA 3UKUB 4BC5A 3U4LA 1NGAA 4PKGA 4BG9A 3UB5A 5AZJA 1HJOA 2FSKA 3O5BA 4CI6A 5F1XA 1XUPO 4QS9A 5AFUA 4M63C 4O8KA 4LC9B 3R9PA 1BDGA 1GLLO 3F9MA 3GOIA 1GLJO 4BC3A 1T44A 3HTVA 3WQUA 4RWTA 1V4TA 4H5TA 2E2OA 3ZX3A 3VERA 2P9KB 3VF4A 4WQ5A 5F2RA 1JCFA 1RDWX 4BRPA 1KAXA 3L4IA 1KAYA 2D0PA 2E20A 4I6MA 3LDNA 3QMLA 3MN6A 3WXIA 3DWLA 4FO0A 4CZLA 1GLAG 1KXPA 1U2VB 1C0GA 3A8YA 1T6CA 2YI1A 4CZIA 2Q1NA 2P9IA 2GELA 1QQMA 2PAVA 2V7YA 3ATVA 2IIRA 2E8AA 5ADXH 4H0VB 3KVGA 3JXUA 1QHAA 4BRFA 2YHYA 3D2EB 1Y64A 2NRHA 2P9KA 4MLHA 3QBWA 4H0PA 4BQZA 4JAXA 2FF6A 3FLCO 5AZIA 4BR7A 4B9QA 1ZBSA 1ZC6A 3CI5A 3MN7A 4FWLA 4BRIA 5AQTA 1XQSC 2QWNA 4XH5A 4CD3A 2IVOA 2VWBA 1MWMA 3WT0A 3VEYA 3VGMA 3I33A 1JCEA 5AQLA 4BR2A 3BP8A 3FE1A 3QFUA 2YHXA 1X9JA 3IUCA 4WQ4A 1NGEA 3DXKB 4K41A 4YDUA 3ZEUA 3LM2A 4O5FA 4BR4A 1QZ5A 4ISEA 1T6DA 3O08A 2CGLA 4IJAA 3L6QA 4PL7A 5EX5A 2WUSA 2P9SB 1BUPA 1Z05A 2F9WA 4B1WB 2HF3A 5AQNA 3CERA 4FL9A 2YJFA 4H0XB 4GY2B 1S3XA 1CZAN 3IMXA 4JD2A 4F9OA 2QWLA 3ZETB 2P9UA 3AAPA 4BROA 1BG3A 3WXKA 4B1ZA 4ISGA 4EIAA 1YVNA 3ULEB 1BOTO 2PBDA 1SZ2A 1MDUB 5KQ8A 5BREA 1NMDA 2H3GX 1TUUA 3KHYA 1NWKA 3H3OB 4YDUC 3WUHA 1MA9B 2P9NA 3ZX2A 2IVPA 3EKSA 4QS8A 2Q97A 3M3ZA 5EVZA 3LDOA 1C0FA 3FGUA 3VEZA 2V52B 4XH1A 4B1XB 5TKYA 2QWPA 3P4IA 3FZFA 4H5RA 3H45C 3SJHA 3D7EO 1GLBG 3MMVA 2I7PA 2P9PB 4K43A 3A5OC 4E1JA 4BRMA 1BU6O 1EQYA 2VYPA 3RSEA 3BF3A 5AQXA 3O8MA 2A5XA 3UKRB 4IWVA 3CJBA 3MCPA 3HZ6A 3VEXA 4MO4A 4BR9A 5JLHA 3ENOA 1QQNA 1ATRA 3CJ1A 4CBWA 2YJEA 4CD1A 1BA0A 1JCGA 5AQHA 1WUAA 3U8XA 2CH6A 3VF2A 2NLXA 3H1VX 1K8KB 2Q0RA 4EAHD 4FWOA 3O6WA 3GDQA 5BN8A 2Q36A 4IJNA 1NGFA 4FWPA 5KQDA 3O4WA 2YHWA 5EY4A 5LJWA 3GBTA 3UKUA 1SQKA 2HF4A 3SMSA 3TU5A 3O80A 2ASOA 3GL1A 4IZ9A 3D2FB 3CJ7A 4MLEA 3J8AA 3SK3A 2GUPA 3DXMB 4Y0WA 1X3NA 2I7NA 4PL8A 5AQFA 1ATSA 4BQLA 5EOYA 1XC3A 4BVOA 3CHWA 1E4FT 1OKJA 5AQKA 3FZHA 3G25A 4A62A 2A6AA 5JMVA 3VEWA 5AQWA 1HKBA 3R6MA 2E2PA 4RTFD 1NBWA 5AQMA 3HSCA 3D2FA 3C0BA 2ASMA 1BA1A 3WEEB 4FWRA 3BEXA 2CH5A 4B1VA 1U2VA 4BR5A 3CJCA 2Q31A 2Q2RA 5KPTA 2NZTA 4GNIA 4AM7A 3QFPA 3VGLA 5AFUH 4PKIA 3CIPA 2D4WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA9A 1UAXA 4FLYA 3NVKA 3D2EA 2IS3A 1TYQB 2F9TA 2FF3B 1RBSA 3OYAA 3SLCA 1WAFA 4IFYA 1TK5A 4H0YB 3HM9A 4Z4FA 1SKRA 2E5LK 4DR2K 2E88A 5HBMA 3V9UA 3VQ5A 4CJWA 1Q18A 5C42A 1FKOA 4BE1A 2V7ZA 2KW4A 4UQGA 3KLIA 1JL1A 3DRRA 2RN2A 3AVIA 1VSIA 4Y1DA 4E1NA 4YORA 3DXKA 1T3VA 2E4LA 2VGMA 4ISFA 3VPZA 3HXMA 4E89A 3IS9A 1MWKA 1QQCA 1DKGD 4CGHA 2P9SA 2X74A 1ZXOA 1EETA 1Q8IA 3CCJN 3DLEA 4O5BA 1BO5O 3OS2A 4Z94A 5AQSA 4M3ZA 3HRGA 3CCEN 3SUNA 4DWIA 1SL2A 1RGIA 4CGJA 2CGJA 1VQ5N 3VQ7A 3EE8A 3QLHA 3QEVA 2FSJA 3H46O 4M7XA 4YY3K 2HOEA 4YOUA 4DFMA 5FPEA 3PSFA 4J2EA 1GOBA 3T1AA 3VMFB 3WXMB 1RT6A 3SYZA 1HNVA 4JNEA 3F5TA 3NE6A 3P83D 1Q7YO 4DUZK 4PQUA 1C1BA 1HQEA 1IKXA 3THYB 3DLGA 3AVBA 4JHDB 3KWIA 4Z0UA 1G15A 1DGKN 3JS6A 1X3MA 5KI6A 4BDYA 3LDPA 3IG1A 4CK1A 1XMOK 1U4BA 3UE5A 3OBYA 3O4QA 5C15A 1IV0A 2JGUA 4FJIA 3U6FA 3O1BA 4KBOA 2FSNA 1YITN 4GV6A 1HPZA 1JKHA 2WONA 1E4GT 4N47A 2BANA 4CJUA 3B8AX 3GG4A 2VG5A 3HI0A 4JHDA 3FZMA 4IO8A 2OZMA 3NCIA 2Z1GA 2KQ2A 5T7BA 4MFBA 1YTAA 1KFSA 1GOCA 4FWKA 1KAZA 4R79A 1VHXA 1NGIA 5JLFA 3DXMA 4IBNA 3PIPL 1LOTB 3ZX0A 4AHVA 3LWLA 3DLHA 1Z6RA 3CQXA 4CBXA 1JXBA 1QE1A 4KAZA 4FJJA 1H1VA 1WSFA 5BN9A 1EX4A 2W41A 1CZ9A 3KK7A 3NVMA 5KGWA 1K9MO 4M7YA 1ASUA 4JV5K 4OKJA 2ZGZA 3CJ9A 4ELVA 1GLEG 3KWGA 1EWQA 4B1YB 1HYSA 4DU1A 4CBUA 1VRTA 4H4MA 4DV7K 3OYEA 1YAGA 3EKUA 3AARA 3AVCA 1RTHA 5C12A 3KKSA 1RDCA 2QA4N 2YNGA 4N76A 3HPGA 3QEPA 3SAFA 3AGKA 4C1NK 1RTDA 4A2BA 1REVA 3Q7BA 4AHCA 4CZMA 4K8XA 2D5RA 4CJSA 3L2UA 4LF8K 1IG8A 1YUWA 3CMEN 2GWJA 2GWKA 3AA4A 1F21A 3U3YA 2BUPA 1LV5A 4FVUA 3RMCA 4IO9L 5C24A 1XMQK 3KIOA 4CZHA 1NJYA 4M3YA 1SUQA 2HHSA 3FFKB 3E01A 1RFQA 2P9LA 3T19A 1YI2N 1WN7A 4M42A 1QZ6A 3WNEA 5AR0A 3J7ZO 1ATNA 3ATUA 1JLQA 4CW7B 5GIPA 1HMVA 5AQOA 1NGGA 5M1NA 5BPLA 3AAQA 3E66A 1W7AA 2E1YA 3WXJA 5DM6L 3K5NA 1WNSA 2NRWA 3MEEA 2ZGYA 3UKUB 3CFPA 1C1AA 1OH8A 2WOMA 4DR1K 1TVRA 4O55A 5JVHL 1BIUA 4KH4A 2O8DB 5TKWA 4CI6A 1VQ7N 3K2PA 4DR7K 2QKKA 5AFUA 3L2QA 4CJLA 1N6QA 4CGDA 4LC9B 3R9PA 1BDGA 3JYTA 1I3AA 3S3OA 4CVNE 4J2AA 1GOAA 1WLJA 1K8AO 1HNWK 2O8FB 4IOCL 3CCVN 3L4IA 4KHNA 1KAYA 4M41A 4I6MA 3OYGA 3QIPA 3WXIA 3DWLA 4CZLA 1GLAG 2O8DA 4ELTA 4F4KA 2OCEA 3VQAA 4CZIA 3TTDA 1QSYA 2PAVA 3ZSYA 4M3RA 2BE2A 4DG1A 4JS5A 2V7YA 5ADXH 2QK9A 5HP1A 1HRHA 3PUFA 3I56N 2NRHA 3MEDA 3QBWA 3TAQA 5AZIA 3F2KA 5AJ3K 4CHQA 3TTCA 3QEWA 4GV9A 1ZBSA 3CI5A 3MN7A 5AQTA 1Q82O 1XQSC 4H4OA 1ITGA 3T7ZA 1NJIO 1S6PA 2P5OA 4GVEA 1JCEA 5AQLA 1NK7A 4FJGA 4LFCK 3L4QA 1VSFA 3AV9A 4BR4A 1RTJA 3CFRA 4JS4A 1VSEA 3M8RA 5EX5A 2Z1JA 4JYAK 2QEXN 1BCOA 2RPIA 2HB5A 4YOXA 3CERA 3KLGA 2WTUA 4DV1K 2QWLA 3ZETB 2FBXA 3AVMA 3I0RA 1ZBHA 1BG3A 4QAGA 2VG7A 3D6RA 4EIAA 3J7AP 1RDUA 4B08A 3AVJA 4DMNA 1JLFA 1BOTO 1SZ2A 4CF0A 1ZBLA 4FJKA 4DLEA 2HMIA 1TUUA 1JL2A 1FJGK 3KHYA 1NWKA 4YDUC 2FBTA 1NOYA 3EKSA 3MWPA 3LDOA 2O8BB 4CGFA 3OBWA 3V1QA 4XH1A 4B1XB 3SAHA 4UY8O 3OS0A 1UA0A 3QEIA 1VQPN 1GLBG 4B3RK 2P9PB 3ZT1A 4IG3A 4K43A 4A5BA 3AVKA 2IOCA 4O4GA 1S1TA 2G8FA 3CJBA 4I7FA 3VEXA 1NMNA 4LH4A 3AO3A 2WBNA 5JLHA 3K5MA 3NF8A 2ATQA 4CBWA 4LF9K 2QI2A 5DM7L 2IDOA 5AQHA 2OYQA 3VF2A 3H1VX 4ILGB 1SS6A 4OGEA 3PLAA 3UIQA 2IAJA 3NFAA 4IJNA 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1HQUA 5FRMA 3SQ4A 2G8UA 1Y97A 4IFEA 2VCPA 3DM2A 4V19S 3ISNC 1D5AA 4JI1K 1SKSA 2HMPA 1TK8A 3NGYA 2J4RA 4DSIA 3PX0A 5F0XA 5M1KA 2ZM6K 1HKCA 3HT3A 1YXQA 3O1WA 3EZ5A 3L0QA 4JKGA 3I8BA 3CPEA 3J80O 1S1XA 5BR9A 2A3ZA 5FPMA 4KH5A 2FXUA 4FM1A 3ZSQA 3J7YP 4CZJA 3FR0A 3K59A 4DV4K 4LH5A 2OPPA 1XC9A 2W40A 4JKCA 2GEMA 3LALA 5KPZA 1HKGA 1NU0A 4NB4A 4OLBA 2OPRA 4LD0A 4BG8A 4CZFA 3ZEUB 2GTDA 3CJAA 1Q9YA 3AO2A 3VQCA 4A5AA 2OTJN 3DYAA 1C1CA 3NGIA 4GVMA 3THVA 1S1VA 3EZWA 4WQ5C 4JD2B 1W9HA 3OJUA 3U9DA 3OYFA 1D4XA 4FW2A 3V81A 3B6PA 1NGBA 3IAYA 1CZBA 3ZSVA 1NGDA 4DCHA 4AM6A 2GV9A 3CYMA 4FWMA 1S9GA 1RBVA 3OTOK 5CE3A 4BRGA 4ILHA 1TYQA 3AGRA 3V9XA 1TUYA 1XHXA 3GE1A 2OZSA 1KSPA 2HW3A 4CEZA 2ITMA 1NLVA 3MN5A 2QWMA 3H3NO 3DLBA 4BGBA 3MWTA 3KZBA 4G1QA 4CHOA 4DFPA 5AQZA 3OW2M 3PX4A 3CMAN 3HO1A 3VGKA 3RSEB 3SPYA 2AA4A 3A5LC 2GUIA 3SBGA 4KI4A 3DMJA 3HBTA 1NGHA 3IKMA 3TSPA 4BRHA 1GLDG 3AVLA 4WQ4C 1KRPA 4FCYA 3WQTA 1VSJA 3DLRA 5IWAK 3QB0A 3MDQA 3G71N 5M1QA 1WSJA 5J2NA 4EHTA 4J2BA 1LW0A 4BRNA 2D0OA 4O0JA 3RTVA 3TANA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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