2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
4O0JA 4CJEA 4CJSA 3QEPA 5C24A 1BIZA 3O4NA 1LWFA 3DLHA 4FJ8A 3QINA 1UA1A 4M3YA 4KFBA 3AVNA 3NH2A 5T7BA 3RRHA 3L8BA 1IH7A 4CGHA 4DQRA 3AVAA 4E7JA 3AVGA 5KTQA 4GVMA 4B9LA 3VQ4A 2P51A 3KD5E 5HRRA 4Z4GA 2BANA 4QAGA 1VRUA 3OJSA 1HMVA 3OYGA 2IS3A 3ZT0A 3HPHA 1HRHA 4OVLA 1JKHA 4DTSA 4KHQA 1SL1A 4F2RA 3L2WA 1Q9YA 2HNYA 3AO1A 1NK0A 2W42A 2HHTA 2NUBA 4DTXA 4JS4A 2IC3A 3OYNA 1QHTA 3CQ8A 3V9ZA 1JXBA 4CCHA 4FJHA 3CYMA 1F21A 1WAFA 1LW2A 2DY4A 3ZT4A 3DLRA 1JLGA 1L3VA 2OZSA 1XHXA 5HP1A 2Z1JA 3CFRA 2XY5A 4OGEA 1L3TA 1RT4A 4RG8A 1NK8A 2HW3A 5J2QA 1QS4A 4FJMA 3M8PA 2Z1HA 4DQSA 1ZBLA 3SQ0A 4O4GA 3ZSXA 3MEGA 3AVHA 4Q5VA 2PYJA 5DK5A 3TAMA 4CJPA 3RMDA 2P5OA 1RNHA 3F9KA 4HUFA 3NHGA 1RBRA 1ITGA 1HQUA 4CJTA 3V9UA 1IKWA 3V1OA 3RR7A 3V81A 4CJVA 4E7LA 1IO2A 3HL8A 1TKDA 4R5PA 4CEZA 2YHAA 4O0IA 4FK4A 3B6PA 4B9SA 1S6PA 1VK0A 4HUGA 3LZJA 4CFCA 4I2PA 4CJ4A 3AV9A 4FM1A 3C6TA 1VSDA 3MEDA 3LWLA 3AA4A 2HB5A 4E3SA 1X9MA 4CGIA 3DOKA 4ELTA 1YTUA 4NYNA 3VN5A 4H4MA 4DTUA 4KPYA 1LAWA 1TL3A 2B6AA 3RR8A 2D0CA 3VQDA 2BGGA 3ASMA 2FBTA 4OJRA 3KKSA 1ZBHA 2GV9A 3KLEA 1WLJA 5DMRA 4CEDA 3TABA 4FJKA 1EETA 1Q9XA 2G8UA 1GOBA 2E6MA 4DS5A 1DTTA 1LW0A 1SKRA 4KKOA 3WNFA 1TVRA 3DYAA 4H8KA 3ZSZA 4UQGA 4OLBA 3LDSA 2RF2A 2HHVA 4H4OA 2G8KA 3KKRA 1SL0A 4ZHRA 4CF8A 3QEXA 2X78A 3DMJA 3EYZA 1G15A 4JRPA 1XI1A 2Z1IA 4FVMA 4CEAA 1S5JA 4CF2A 3NE6A 1JLAA 4CF9A 4E7HA 4DU4A 3SUNA 4FXDA 1C1BA 4EZ9A 1L3UA 2HHXA 2YKMA 2OPRA 1KLNA 1Q8IA 1NK4A 1HNVA 2ATQA 3RMBA 3T19A 2X74A 3K5LA 3M8QA 4CK1A 1L3SA 4CHYA 3HT3A 2OZMA 1J53A 4FZYA 1X9SA 2R7YA 2KTQA 3LP2A 3OYBA 3NAEA 4J2BA 3B6OA 1NJWA 3DRRA 1BQNA 5SWMA 3KIOA 3FFIA 1NKCA 4CEEA 3HO1A 4KB0A 2G8IA 1LWEA 1J9AA 3AVJA 2JGUA 3WNHA 3TAEA 1N6QA 3NH1A 2XY6A 4E0DA 3K5OA 4CHNA 3HP9A 1BIUA 1RBUA 3SPZA 4RW6A 5HRSA 4O5BA 3OYLA 4OKJA 3RMCA 4QCLA 2KW4A 3CG7A 1NKBA 3T1AA 2G8HA 1D5AA 1RT3A 3KTQA 3P83D 2ZD1A 1SV5A 4IFVA 4PA1A 4CIGA 4F3OA 3KK2A 3NH0A 4Z4FA 4Q0BA 1NK5A 2F8TA 3ISNC 3SQ2A 4FW1A 1XC9A 4PUOA 3LAKA 1BCOA 1JLEA 3PUFA 5FDLA 4E1MA 1NOYA 3HSTB 3QESA 1C0MA 2JLEA 3NF7A 1KVBA 1O1WA 1QE1A 4IKFA 1JLBA 4I9QA 4PY5A 4IDKA 4N5SA 4AHVA 2OPSA 3K59A 1VSIA 4KB1A 1N5YA 4OLAA 5FRNA 4J2DA 3G0ZA 4Y1DA 4E19A 4B9VA 3OYJA 1LAVA 3BDPA 2PZSA 3SPYA 1HPZA 4I2QA 1NK9A 3PO5A 1I3AA 3M8SA 4LY7A 4CK2A 4DF8A 1VSEA 2YNFA 3ZSOA 1BHLA 1CXQA 3C94A 1JL1A 2ZQBA 1U48A 3OYFA 1ZBIA 3HK2A 1NK6A 1UOCA 3CM6A 4B08A 2IDOA 1RT7A 4CGGA 1QTMA 1J54A 4DMNA 1T03A 1WSIA 5SZTA 1QQCA 3PV8A 2VG7A 4AH9A 4DSFA 3TARA 1U45A 1YT3A 5CYMA 4CJ5A 4DFKA 4DSLA 2PY5A 3RWUA 4PQUA 4I7FA 4BDPA 4L8RB 1S6QA 1KTQA 4YFUA 4KHWA 5FRMA 2D5RA 1EP4A 1A5WA 1S9EA 4XIUA 3LWMA 4CEQA 4ICLA 3K57A 3TI0A 4DFMA 1R0AA 2DTUA 2HNZA 4CJKA 1BISA 1RTJA 3QEVA 4CHOA 3OYDA 3U3YA 4EP5A 3AVBA 4NYFA 2XO7A 3L2RA 1BCMA 1KLMA 4GW6A 3VQCA 5KRTA 1RBTA 4MQ3A 3V9WA 4DQPA 1KVCA 4F2SA 2E4LA 2IAJA 4CHPA 3VA3A 1S1WA 3RTVA 1RILA 3KLGA 3AO3A 3AVKA 3MAQA 1ZBFA 3SV4A 3LPUA 4CFBA 4FJXA 4I9LA 1Z26A 4DSJA 1BQMA 1HYZA 1WN7A 2IOCA 3VQ7A 3KLHA 4DSIA 1WSJA 1SL2A 3ITHA 3QEWA 2Y1IA 3TAQA 4RW9A 3KJVA 3AO4A 2A1SA 1HJRA 4FLVA 2KQ2A 4BE1A 4FJNA 3SQ1A 1C0UA 1VRTA 1BGXT 2XRIA 3JSMA 3AO2A 3VA0A 4DU1A 3SNNA 2KFZA 3NF9A 3U3GA 5K14A 3V1RA 4G1QA 3HPOA 3QERA 4M3TA 3CM5A 3WNGA 3OYHA 3C95A 2KZMA 4Z4CA 4LSNA 4B9NA 4CJRA 4W5NA 1IKVA 1B9DA 3AO5A 3DRSA 3SUQA 3PO4A 4KHYA 4LSLA 4CFAA 2RPIA 4Z4HA 5E41A 2GBZA 1FXXA 4FLWA 1RT1A 4K8XA 1HYSA 3ZT2A 4DSEA 2DFFA 5JS2A 4FLYA 5CY4A 2XY8A 1RT6A 4AHTA 3ULDA 2ITGA 2LSNA 3NBPA 4EP4A 1REVA 1S1XA 2YNGA 4CEBA 4N56A 3K5MA 1QSYA 4K8ZA 1FKOA 3VQQA 5J1EA 3ZSVA 3RMAA 4FJJA 4ZTFA 4FZZA 5HLFA 1QSSA 4C8MA 2D0BA 4AHSA 5KRSA 4DLGA 2VWJA 4PWDA 4FJIA 1WSEA 1VSLA 4Z0UA 1HYVA 1RCHA 1RDDA 2FBYA 2YNIA 5HBMA 4CIFA 3TAPA 3QEIA 1TK0A 1JL2A 4E89A 1IKYA 3L2VA 3E01A 4E1NA 3I8DA 4NCGA 3A2FA 3V9SA 4AHRA 4OKKA 1WSFA 1C6VA 4AHCA 4DFPA 1NJXA 1JLQA 3QLHA 3VQ5A 4DG1A 4OPJA 4KV8A 1EX4A 5D3GA 3ZT1A 1B92A 1XWLA 4KREA 1MU2A 4KRFA 3UIQA 4DTNA 3K5NA 1YVUA 4FYDA 1SUQA 2GUIA 1FKPA 1S1TA 5HRNA 3KLFA 4DTPA 4FJ7A 3ZCMA 4B8CA 5C42A 4CERA 1TK8A 3K2PA 1IG9A 2FC0A 4FJ5A 4ELVA 4DTMA 2QK9A 4CIEA 2DFHA 4FK0A 1UWBA 3HXMA 3AA3A 4FM2A 1NOZA 1SKWA 2HVHA 3PX4A 1IKXA 5I3UA 1TKTA 2VG5A 3KK3A 1TL1A 3EZ5A 3S3NA 5EU7A 3LALA 4CGJA 2PYLA 3G10A 4KTZA 5J2NA 1RTHA 2ETJA 5CYQA 3VQAA 4DU3A 3BGRA 3L3VA 3OVNA 5KGWA 4CK3A 3HP6A 3SI6A 2P5GA 4W5TA 4FJGA 4ID5A 4FK2A 2KFNA 2Z1GA 3S9HA 4OKEA 3VQBA 3VQ6A 3TR8A 2BE2A 3L2UA 2B5JA 3NF6A 1XHZA 4B9UA 3O3FA 4BDYA 1TK5A 1DLOA 4CEFA 4IBNA 3HJFA 3ZT3A 4DQQA 1VSJA 3AVLA 1CXUA 3O3GA 2XHBA 2KZZA 4HCCA 3V6DA 3D45A 4DF4A 3VQPA 4B9MA 1WSHA 1S9GA 1UA0A 4KO0A 3THVA 1WNSA 3OYIA 3CFPA 3V9XA 1T8EA 2X6SA 3KD1E 1D9FA 1RTIA 4JS5A 1LV5A 4B9TA 4CJQA 4CF0A 2FBXA 3OYAA 1ZBUA 3U6FA 4M3XA 4M3UA 4O44A 1ASUA 3KLIA 4BACA 4B3OA 3DLEA 4M3ZA 1DTQA 1RBVA 2DFEA 4CHQA 3SUPA 2B4JA 3AVFA 3HYFA 1Z25A 3LP0A 1RTDA 1QSLA 4Y1CA 1KVAA 3SZ2A 2ZE2A 2YHBA 1D9DA 1TKZA 3NFAA 2I5JA 5CZ1A 1KSPA 3JYTA 4FW2A 1J5OA 4QOZB 1TAUA 3T3FA 5HRPA 1SKSA 1C1AA 3MECA 3O3HA 1RDCA 3PX0A 2X6NA 3I0RA 4F3TA 1C0TA 4BWMA 2YKNA 4CJ3A 2D0AA 4M3RA 3OY9A 5KGXA 2FBVA 2WONA 2QKKA 3OYCA 1L5UA 4ELUA 2EHGA 1TAQA 3LP3A 4DS4A 1W0HA 1U4BA 4BE2A 5C25A 3LP1A 3HPGA 3ZSQA 3OS0A 3DLGA 4O55A 3AA5X 2HMIA 1LWCA 1KRPA 2F96A 4FLTA 4HUEA 2OA8A 3C6UA 3S3MA 4J2EA 2O4IA 4JRQA 3K58A 4M3WA 2QKBA 1TKXA 3LANA 5KI6A 4M41A 5JS1A 4HVJA 3QETA 4CHZA 4ZTJA 3DLBA 5HROA 4CE9A 1JLCA 1WSGA 1KFDA 1BI4B 1B9FA 1RBSA 1NJZA 4KAZA 1KFSA 4FZXC 4TSXA 4CFDA 3TAFA 1JLFA 4CESA 4RW7A 1Y97A 1EKEA 2BDPA 4J2AA 3NGIA 4FCYA 4C8OA 3IAYA 3AA2A 2G8VA 1UAXA 1W9HA 1HQEA 3NCIA 3OS1A 1K6YA 4MFBA 2QXFA 3NGZA 2G8WA 3NGYA 1JXEA 2HHQA 3OYEA 2XY7A 4N76A 3VQ9A 3TWHA 2Y1JA 4CJFA 3ZSWA 3OJUA 2VG6A 3O4QA 3D0PA 3IRXA 3QO9A 1VSKA 3SCXA 1U49A 1GOCA 4OPKA 4M45A 2HHUA 1GOAA 1A5XA 1RDAA 3HVTA 3OS2A 3SV3A 3PX6A 1ASVA 3NDKA 1ASWA 2P1JA 4DLEA 3SUOA 1BL3A 4W5RA 3DI6A 4KHSA 3MXJA 4RW4A 1ZYQA 3SYZA 3AVMA 2O4GA 4IFYA 1S1UA 4F8RA 3PY8A 4FLXA 1I39A 3EY1A 1RT5A 2HHSA 4AILC 3LPTA 1U04A 4ID1A 3RRGA 4AHUA 2OYQA 4E7IA 1CLQA 1EXQA 1NKEA 4CF1A 3QNOA 3H08A 3IS9A 3AVCA 2EX3A 4CGFA 1C1CA 4KTWA 4BE0A 4FLUA 3MXIA 2AJQA 1U47A 4CEOA 1YTAA 1TV6A 4KTQA 3V4IA 4KHNA 1S1VA 4HTUA 4DSKA 4Z4EA 5J2PA 4IG3A 4IG0A 3WNEA 1CZ9A 3L2QA 4DQIA 2WOMA 1VSMA 1FK9A 2HNDA 4BWJA 4FM0A 3DLKA 2YV0X 1T7PA 1VSFA 4DTRA 4DWIA 3QIOA 4CJLA 4N47A 4BDZA 3I0SA 4CECA 2Q3SA 3L3UA 4DTJA 2A1RA 4HHTA 4CJWA 4FJ9A 3AVIA 4WE1A 4CGDA 3OYMA 4DTOA 4RW8A 4KI4A 4EZ6A 4KI6A 3TANA 3DOLA 3QIPA 4GMJB 3VQEA 3SQ4A 1NJYA 4B8AB 3TAGA 4N41A 1KCFA 4NCAA 4LH5A 1RDBA 4NCBA 3ALYA 1RT2A 2VWKA 4LD0A 3MEEA 5FROA 4OGCA 3ZSRA 5J2MA 3MXMA 4W5QA 3P1GA 2HVIA 3ZSYA 3DRPA 4LH4A 4YNQA 3F73A 1X9WA 3KK1A 4FJLA 4M42A 4JLHA 1D8YA 4C8NA 4Z4IA 1HNIA 2YNHA 3NF8A 1T05A 3V1QA 3P5JA 5CZ2A 1BI4A 4HCBA 2OPQA 1NK7A 3LZIA 3LAMA 4C8KA 1TGOA 3M8RA 1CZBA 3DM2A 4F4KA 1A5VA 1WAJA 2HHWA 4E7KA 2RN2A 4KHUA 1VSHA 2IGIA 2OPPA 3VQ8A 4DFJA 3S3OA 3HM9A 1X1PA 4FLZA 3SJJA 4C8LA 3HVRA 2E6LA 3CFOA 3QNNA 4CJUA 3IG1A 2G8FA 2F8SA 5I42A 4W5OA 2RKIA 3OYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K8KB 4CJSA 4GY2B 1LWFA 4JI3K 4KFBA 3GDQA 5T7BA 3U4LA 3RRHA 2IVPA 4CGHA 3L6QA 4E7JA 1YXQA 5KTQA 1KAYA 4FPBA 4JKDA 2NRRA 2IS3A 3HPHA 2CGKA 4DTSA 1FJGK 3L2WA 3AO1A 3MX5A 3CHWA 2HHTA 4DTXA 2IC3A 1OH8A 3EZWA 4Z94A 3CYMA 1F21A 1JLGA 1L3VA 4OGEA 4AQYK 4OPHA 2IVNA 1NK8A 4FJMA 4KHPK 1ZBLA 3O9SA 4BRPA 3ZSXA 4BRMA 3I56N 2PYJA 1SAZA 1RNHA 5F1XA 4CJTA 1IKWA 3V1OA 4CJVA 4E7LA 1IO2A 3HL8A 1XC3A 1D4XA 1KAXA 4YOYA 3B8AX 4O0IA 2YHYA 4FK4A 4MO4A 2BTFA 4JHDA 4B9SA 1V4SA 2NLXA 2QWQA 3LZJA 4FM1A 4EAHD 4JI5K 1HKBA 4DHYA 1X9MA 4CGIA 2GTDA 3DOKA 3ZYYX 4DTUA 4KPYA 3VPZA 2B6AA 1YHQN 1HNZK 4L3QA 1ZBHA 4FJKA 5BPNA 2V51B 1SKRA 3H3OB 4YORA 1TVRA 1NGCA 2HHVA 2VWBA 3P39A 1G15A 3GL1A 4JRPA 4LF4K 2PFUA 1G99A 3A8YA 1E4GT 5AZJA 5CE3A 2YKMA 1Z05A 1KLNA 1Q8IA 2CH6A 2ATQA 1NK4A 1WOQA 2X74A 3T19A 4DV5K 3HT3A 1X9SA 5AFUA 2R7YA 3M6GA 3OYBA 2UXCK 4J2BA 5MLCQ 2KKZA 3KIOA 3VEZA 2GX9A 2GWKA 5IWAK 1LWEA 2ZGYA 2QA4N 2JGUA 3K5OA 1VQON 3A0IX 2PBDA 4NB4A 4BC5A 5BPMA 4DV4K 2KW4A 3KTQA 3T1AA 2A41A 4XH4A 1RT3A 3TSPA 4XEIA 2G8HA 2ZD1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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