2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
2RF2A 4FLTA 1ITGA 4CJ4A 2DY4A 4CJ5A 2OPQA 3OS2A 1KVBA 1IH7A 2XRIA 3ISNC 2HMIA 1LWEA 2B6AA 1HPZA 1IKXA 3OYDA 2Y1JA 2Z1JA 1C1BA 2OA8A 1X9WA 2WONA 2HHVA 4ID1A 1D5AA 4CHNA 3WNEA 4N5SA 3OYCA 3I8DA 1A5WA 1F21A 4CEOA 3C6UA 4FYDA 5HRNA 5CYMA 1L3UA 3RMBA 1NKCA 3HO1A 2ITGA 3OYEA 3AV9A 3MECA 3SPYA 3SI6A 3S3OA 1T7PA 2O4IA 3T19A 4Q5VA 5J2NA 4E7JA 3HVTA 4ELTA 1VSLA 4E1MA 3TARA 4N56A 1JLEA 4I2QA 3K57A 4B9SA 1T03A 2E6MA 2QXFA 3QNNA 4CJKA 3AO2A 1IKYA 3QIPA 1NJYA 3CQ8A 3VQ4A 1SL0A 3OYAA 4BDPA 2OZSA 1W9HA 3V9WA 1LWCA 4DFMA 2G8FA 4IKFA 4O5BA 4DQQA 3NF8A 4G1QA 2XO7A 3EYZA 1U47A 4AH9A 2XY5A 2WOMA 4CJVA 4CF1A 4KTWA 3SQ0A 3SZ2A 4DG1A 4J2EA 3KTQA 1KVAA 4L8RB 4CHYA 3L3VA 3OYIA 3U6FA 3HJFA 4M3RA 4XIUA 3ZSZA 3OYBA 2EX3A 3HP6A 1EETA 3T1AA 3VQ7A 2PYJA 1HYSA 5C24A 1U45A 2F8SA 1IO2A 1Q9XA 3AVKA 2Z1GA 3DM2A 4CEFA 1WSJA 4CJWA 3IAYA 1O1WA 4KHNA 2DFFA 3HP9A 3O3HA 4KB0A 4OJRA 1W0HA 1WLJA 1BI4B 4DTUA 1I3AA 3MEEA 4FJNA 1SUQA 1LW0A 2FC0A 4CGGA 1SL1A 4DS4A 5KRSA 1C6VA 2FBTA 3BGRA 1VSJA 4FW2A 1CLQA 3OYLA 2HW3A 4PUOA 5KI6A 5E41A 3KLIA 1RTJA 4OLBA 2P1JA 2XY8A 3OVNA 3QERA 1RT7A 3L2VA 1N5YA 1HJRA 4DFJA 3AA5X 2E6LA 1FKOA 4B9LA 4Z4FA 4F3TA 3CM5A 1U48A 3ZSYA 4DU3A 1RT5A 3S3NA 3ZSWA 4RW6A 3SUQA 1HMVA 4W5OA 4DF4A 3SQ1A 1RTHA 1RTDA 4J2BA 1U04A 4FZXC 4AILC 4FJIA 4FW1A 3VQ5A 1BCMA 4OVLA 1A5XA 1JXEA 3DLKA 4DSEA 3OYNA 3NH0A 4F4KA 4K8ZA 4KI6A 3K2PA 4FJMA 4OKKA 5KGXA 1JXBA 3F9KA 4DLEA 2B5JA 3LWLA 2G8UA 3SQ4A 1ASWA 1XHXA 1B9FA 1VSFA 1KVCA 4IFVA 3KLFA 5J2MA 1R0AA 1L3TA 4ELUA 2QKBA 3M8RA 1TVRA 3AVJA 4LY7A 5DMRA 1ZBLA 3M8QA 1WSGA 3OYKA 3LPUA 1VSDA 2A1SA 3V1OA 3WNHA 2QKKA 4FVMA 4PY5A 3V9XA 4M41A 1RCHA 1X9MA 3AVIA 4JS5A 1IG9A 3H08A 1LW2A 1WAJA 1GOAA 3AVLA 3ZCMA 3QLHA 4CEZA 5J1EA 3KLGA 3K58A 4DTSA 1IKWA 2IC3A 4Z4EA 3OS0A 1T05A 3JSMA 1TL1A 4AHVA 4EP5A 4HCCA 1RDAA 5JS1A 2ZD1A 4DLGA 4CJ3A 1C0MA 3LP2A 3TANA 3SNNA 4M3ZA 3P5JA 3SUPA 2G8VA 4I2PA 4CHZA 2HHQA 4LSNA 5FRMA 3VQ8A 3NFAA 1C0TA 4QOZB 2YHBA 2W42A 4OGEA 4DTRA 1Y97A 4O0JA 3AA2A 4AHTA 3ALYA 5CZ2A 1XWLA 2HNYA 4IG0A 3LALA 3ZSOA 3L2UA 3V9ZA 4FLWA 4FK2A 3IS9A 4FJHA 2DTUA 3M8SA 4YFUA 3KIOA 3FFIA 5SZTA 1NJZA 5HRPA 4DQSA 5EU7A 3SQ2A 4C8KA 1JLFA 1VSIA 1LV5A 1BIUA 3AA4A 3NF7A 4M3TA 4B3OA 3HPHA 2HHWA 1YVUA 1LAVA 3LP3A 3P83D 3L8BA 4FCYA 1TKZA 1VRUA 2ZE2A 3KJVA 3RR7A 3AO5A 1S1XA 4FK4A 1NOZA 2OPRA 4DTJA 1S6QA 2JGUA 1RBRA 5FRNA 4B9UA 3LP0A 3ZSVA 4DTNA 1QSYA 2RPIA 2HNZA 3SV4A 2YNGA 4C8NA 4C8MA 2GBZA 2R7YA 1VSHA 4ZTJA 3HVRA 3ZT0A 3QNOA 1KRPA 1VSEA 1RT2A 3ZT4A 4E19A 4KREA 3DOLA 4DU1A 3CFOA 5HRRA 2G8WA 1WN7A 2F96A 5JS2A 4CGHA 4FM0A 1L3VA 4DFKA 4PQUA 4DWIA 4B08A 4M42A 4KTQA 3VA0A 3HL8A 3S9HA 4KO0A 5KGWA 4FXDA 1WSFA 3IG1A 4CCHA 1ZBIA 1BIZA 1B92A 2FBXA 3DI6A 3C95A 1QHTA 4QAGA 1TL3A 4BDYA 2B4JA 4E7IA 3VQPA 5FDLA 2X6SA 3V9SA 4DS5A 2NUBA 4DF8A 1RT4A 3O3GA 1D9DA 4B8CA 3PX4A 3A2FA 4JRPA 3TAPA 3QEIA 3SV3A 1KLMA 3ZT2A 4O55A 4DFPA 1D8YA 2GV9A 4Z4HA 4ELVA 4CGIA 3OYMA 2X6NA 3U3YA 4DSIA 2HHXA 4I7FA 1VK0A 1I39A 1C1AA 4I9QA 1RDDA 4M3YA 3NGZA 1JLCA 3AO4A 3NE6A 3C94A 3NHGA 1EP4A 3DRPA 4B9NA 4F2RA 3AA3A 4N76A 4KPYA 5DK5A 4KFBA 1QSLA 3MEDA 1KSPA 4E0DA 5HRSA 2Z1HA 1QS4A 4M3WA 2KQ2A 3ZT1A 3HYFA 3O4QA 1UOCA 4KTZA 1WAFA 1XI1A 4Z4GA 2OZMA 3O3FA 3QETA 3ZSQA 3RMCA 3K5LA 1BI4A 3QIOA 2JLEA 1RBTA 5C25A 4E7LA 1NOYA 4M3XA 3AVHA 4B8AB 4CJEA 4UQGA 5HBMA 2IOCA 4CE9A 3TR8A 1TKXA 4KHWA 3PY8A 3KK1A 1NKEA 4W5QA 4GVMA 1BQMA 5CY4A 3T3FA 3DRSA 3L2RA 4FLYA 4DQRA 2XY6A 1VSMA 4W5TA 1YT3A 2XY7A 3SUNA 3QO9A 4M3UA 4BWMA 3K5NA 5SWMA 4HUFA 5CZ1A 3ZSRA 3DYAA 1NKBA 1RBUA 2G8KA 4F8RA 1Q8IA 1S5JA 4EZ6A 3VQ6A 1CXUA 1B9DA 3ZSXA 4YNQA 4CJRA 2D0BA 4FLZA 1JLAA 3L3UA 3LAMA 3AVNA 1NK8A 3QEVA 3PO4A 4FZZA 1S9EA 4Z4CA 4JRQA 3ZT3A 1YTUA 4CEBA 1CXQA 3D0PA 3SPZA 2PY5A 5I3UA 4IBNA 1RBVA 4OLAA 2BDPA 1X9SA 4JS4A 4FLXA 4MFBA 1HYVA 3TAGA 3VQEA 4Z0UA 3VQCA 3NCIA 1NK7A 3G0ZA 1HRHA 1VSKA 3VN5A 4CIEA 4FJ9A 3SCXA 1QTMA 4J2DA 2P5GA 3TABA 3LDSA 2HHSA 4H8KA 4LD0A 4CF2A 2Z1IA 3TAFA 1JLGA 1KCFA 2YV0X 2RN2A 1HYZA 3HPGA 4O44A 4PA1A 2YNFA 1UWBA 3ULDA 2IAJA 4Y1DA 4ZHRA 3VA3A 4CEEA 1TAUA 2VG6A 2X78A 3M8PA 1U4BA 4DSLA 1LWFA 2HHTA 2YNHA 4NCGA 3QEWA 2BGGA 2HB5A 4I9LA 4RW7A 4DU4A 3RR8A 4AHRA 2D0CA 3CG7A 4GW6A 2YKMA 3NF6A 4EZ9A 3MXIA 3O4NA 3IRXA 4FJLA 2F8TA 4RW4A 2AJQA 1RBSA 3AVCA 1IKVA 4AHUA 2KZMA 3HSTB 1KLNA 1J54A 1MU2A 3HXMA 1XC9A 3QINA 3VQDA 4CFCA 1JLBA 3AO3A 3LANA 2BE2A 1DTQA 1KTQA 4KKOA 1HQUA 4LSLA 4NYNA 4CEDA 1DTTA 4CHPA 4CJPA 3NGIA 5HLFA 4TSXA 3KD5E 4C8LA 4H4OA 1Z26A 2HNDA 1XHZA 4CF0A 1RTIA 3KLEA 3HM9A 2I5JA 5I42A 4FLUA 4FJJA 3MXMA 3TAMA 1JL1A 1KFDA 4FM2A 3D45A 4DTOA 1BCOA 2OPSA 4KV8A 4NCBA 4HCBA 1JL2A 4CGDA 3F73A 2D5RA 3S3MA 4CIGA 2DFHA 4KHSA 3SJJA 3RMAA 2O4GA 1SV5A 3DLEA 1KFSA 4CJFA 4B9VA 1YTAA 4Q0BA 3K5MA 2ATQA 3V6DA 3BDPA 2Q3SA 1A5VA 4E89A 2P5OA 4CFBA 3HK2A 2VG7A 3RTVA 3K59A 2YNIA 3DOKA 4ZTFA 3HT3A 4Z4IA 2KFZA 1UAXA 1EXQA 1SKSA 4HUGA 4BE1A 4W5RA 3CFPA 3DMJA 3ASMA 3WNGA 1SKWA 5HROA 2ETJA 1C1CA 4CHOA 2D0AA 2XHBA 3LWMA 4DTMA 2X74A 4KHYA 1VRTA 2P51A 3EY1A 3RRGA 2OYQA 3JYTA 3DLRA 1TK8A 1K6YA 4DMNA 4FZYA 3OS1A 4OKEA 4BDZA 1JKHA 2RKIA 4IFYA 3OY9A 4BACA 5HP1A 1BHLA 1RDBA 1NK5A 3QEPA 1NK0A 3U3GA 3P1GA 3UIQA 4DSKA 4MQ3A 1RDCA 1WNSA 2IDOA 3VQ9A 3TAQA 1TK0A 3AVBA 2PZSA 2VWJA 3QESA 1TK5A 4RG8A 1RT1A 4O0IA 3LP1A 1Q9YA 4FLVA 4B9MA 4C8OA 4FJ5A 3B6OA 3OYFA 3DLGA 3NDKA 4CEAA 4HTUA 4DSFA 4BE0A 4FK0A 2G8IA 5CYQA 4IG3A 2YHAA 3V1RA 5T7BA 4F2SA 1Z25A 4KB1A 2DFEA 4CIFA 1ASVA 1WSEA 3VQQA 3OJUA 3NGYA 1TV6A 3LZIA 1RT6A 4CK1A 1ZBFA 4CJUA 1CZ9A 3EZ5A 4DSJA 3NH2A 1QQCA 2KW4A 1WSIA 4CGJA 4OGCA 4CECA 3V81A 3VQAA 4PWDA 2LSNA 4HHTA 3THVA 5C42A 3RRHA 1HNIA 1LAWA 4E1NA 1S9GA 1NJWA 3HPOA 1BISA 1QE1A 4KRFA 1EX4A 3V4IA 1ASUA 3PO5A 4DTPA 3DLHA 1J9AA 5KTQA 3NBPA 2KTQA 4CJTA 1WSHA 4DTXA 3VQBA 1S1TA 1NK9A 3AVMA 3NF9A 4CFDA 2FBVA 1RILA 1REVA 2G8HA 1S1VA 3MXJA 1RT3A 4ID5A 1S6PA 4CESA 4IDKA 1FKPA 4OPJA 3KLHA 1UA0A 3MEGA 1ZBHA 4E7KA 2HVHA 3KKSA 1SL2A 4AHSA 1TKTA 1FK9A 4NYFA 1FXXA 2HVIA 1N6QA 2IGIA 3I0RA 3TI0A 3I0SA 3NH1A 1RNHA 1X1PA 3E01A 3OJSA 2EHGA 3RMDA 1BL3A 3TAEA 4M45A 3SYZA 2KZZA 4OKJA 4W5NA 4FJ7A 1JLQA 2QK9A 1CZBA 3L2WA 4KHQA 4KHUA 1C0UA 1L3SA 3AO1A 3LAKA 1J5OA 3PUFA 4EP4A 1T8EA 4O4GA 4DQIA 4GMJB 3AVGA 3DLBA 1S1WA 1BGXT 4JLHA 5KRTA 3OYHA 1DLOA 4FM1A 2A1RA 3V9UA 2PYLA 4BE2A 2HHUA 1G15A 3MAQA 4E7HA 4K8XA 2VG5A 4LH4A 3LPTA 4LH5A 3C6TA 4N47A 4CFAA 1NJXA 3KD1E 4FJGA 2E4LA 2YKNA 1EKEA 3AVAA 3CYMA 1HNVA 4ICLA 1ZYQA 3V1QA 1U49A 2OPPA 3K5OA 3PX0A 4CJLA 3NAEA 1TGOA 4CEQA 1NK6A 5FROA 4J2AA 2VWKA 3G10A 4FJ8A 1BQNA 1TAQA 4NCAA 4Y1CA 3L2QA 3WNFA 3KKRA 5J2PA 1J53A 1ZBUA 4E3SA 1S1UA 4FJXA 1HQEA 1TKDA 4QCLA 4CGFA 4KAZA 3CM6A 4WE1A 2KFNA 3SUOA 4N41A 3AVFA 3PV8A 4KI4A 2Y1IA 1UA1A 4CERA 4CJSA 1GOBA 2FBYA 4BWJA 3TWHA 3LZJA 1GOCA 5K14A 4OPKA 2BANA 2ZQBA 4CHQA 4RW9A 3CFRA 1D9FA 1SKRA 1NK4A 3RWUA 4HUEA 4CF8A 3KK2A 3ITHA 3KK3A 5J2QA 3PX6A 4R5PA 4B9TA 4CK2A 4RW8A 4CK3A 4AHCA 3OYJA 5D3GA 4HVJA 4DQPA 3B6PA 3QEXA 3DRRA 1QSSA 4H4MA 4F3OA 2GUIA 2IS3A 4CJQA 4CF9A 1L5UA 4FJKA 3OYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEOA 1ITGA 5BN9A 3O4WA 3VEXA 2XRIA 2Y1JA 1VQ5N 4DR5K 3FLCO 3WNEA 1YJNN 4FYDA 3WXJA 1L3UA 4BVOA 3HO1A 3ULEB 3OYEA 3SPYA 3MECA 4GV6A 2D0PA 5M1QA 5A2QO 4Q5VA 5J2NA 4BRMA 4CZLA 4IOCL 1OVYA 4I2QA 4H0YB 3AO2A 1IKYA 3CQ8A 3EKUA 2OZSA 4BRHA 3J7AP 2ZJRL 4DFMA 1GLAG 2G8FA 2BUPA 1X3NA 2WOMA 1KVAA 2VYPA 1NGGA 2QWNA 2WTUA 4JKEA 4XIUA 3ZSZA 3HP6A 2F8SA 3AVKA 3IAYA 4CJWA 3GDQA 2DFFA 3HP9A 4AQYK 4KB0A 4FJNA 1SUQA 2FC0A 4DS4A 5KRSA 4FW2A 1CLQA 5BPMA 4PUOA 3KLIA 3QB0A 1U2VA 2A40A 4MO5A 5JVHL 4B9LA 1FKOA 3QBWA 3JAMO 4F9OA 3IUCA 1HMVA 2P9SA 4W5OA 1U04A 3DLLL 4FW1A 1ATNA 3DXMB 3DLKA 3OYNA 4KI6A 4FJMA 4L3QA 1M90O 3F9KA 4JD2A 3LWLA 4IFVA 1KVCA 4NXNK 1GLJO 3MK6A 3AVJA 3MN9A 3M8QA 1WSGA 3LPUA 3HRGA 5AQQA 1X9MA 1ILYA 4JS5A 3H08A 1LW2A 1WAJA 1GOAA 3AVLA 1VQ9N 5HL7L 4Z4EA 2IC3A 3OS0A 1T05A 5JS1A 4AHVA 1XMQK 4DLGA 4CJ3A 1N36K 3LP2A 4M3ZA 4GKJK 2P9UB 3P5JA 3SUPA 3UB5A 1WBDA 3E1YA 3CI5A 4JAXA 4JN4A 3QDKA 4XH1A 3MDQA 2WBNA 4H0OA 2YI1A 3HOSA 3AA2A 4AHTA 5CZ2A 1XWLA 5LJWA 3ZSOA 5AQLA 4A57A 5KPTA 3V9ZA 4FLWA 3FFKB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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