3FFIA

Hiv-1 rt with pyridone non-nucleoside inhibitor
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
553
structure length
549
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Pyridone Diaryl Ether Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase
rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 151
structure length 549
sequence length 553
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 3ffiA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 3ffiA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ffiA05
5KGWA 1QSYA 3CM6A 3GIIA 1NOZA 3M9OB 3TI0A 3MEEA 1JX4A 3KLVA 4ZTFA 3S9HA 1IKWB 1SL1A 3EPIA 4J9LA 2QXFA 3KK3A 1NKEA 2BQUA 1S10A 1HYVA 4DSEA 4WYWA 2C28A 3DYAA 4J2BA 2BR0A 3NGYA 3BQ0A 1TK0A 1ZBUA 2P5OA 4CF1A 3KMQA 3QEXA 3OYAA 4GMJB 4Y2CA 2PZSA 2W7PA 2KFNA 2F8SA 4IG0A 4JV0A 4KB1A 4PQUB 4O44A 2YKMB 5DGBA 2DFEA 4B3OA 1JIHA 2RDJA 1RTDB 4BWMA 1RBTA 1TGOA 1GX6A 1XR6A 4C8MA 4IH7A 3M9NB 1KVBA 5EWEA 3OYEA 2WOMA 1QAJA 3EZUA 4J9RA 3ISNC 4ZVFA 4J9QA 4H4MA 3TAPA 2JC1A 4L8RB 1SL0A 3FQLA 3O4NA 4FLYA 5J2QA 5KT7A 4MIAA 4PUOB 5KT5A 2E4LA 4OPKA 2IBKA 1UOCA 2D0CA 3GIMA 3FFIB 3DI6A 3KOAA 3WNEA 1VSIA 1RILA 2W9CB 3NH0A 4CF0A 1JXEA 3KKSA 2WK4A 4DTNA 4CEBA 3LAKA 3IGNA 4CK2A 4M95A 3M9MB 4F2SA 3V9UA 4KB7A 3QZ7A 3CDUA 1Z26A 4QCLA 3SPYA 1S1TB 1D9DA 3RWUA 1HYSA 1C0UA 2BANB 4DQPA 1REVA 3ZT0A 1C6VA 1J5OB 3NH1A 4I2QB 3I0RA 1EETA 3H5XA 3TAGA 1RT3A 3NAIA 1VSDA 2ITGA 2HMIB 2GIRA 4OKJA 1TL1A 4E7LA 2XY5A 3ZSRA 1JXBA 2XY8A 5KFDA 5FRMA 5DG7A 4AHTA 4NYNA 3MTKA 4DG1B 1BL3A 1WSEA 1JLAA 4KB0A 2Z1HA 3QEPA 3AA2A 2UUWA 4CFBA 3HT3A 5K14B 3KJVA 2AJQA 4KKOB 3OHAA 1B9DA 3QETA 2RF2A 3RR7A 4ECXA 3MEGA 4ECUA 3QO9A 3KHGA 3VQ5A 1TAQA 1S6QA 4RW4A 4NRUA 4CIEA 3DMJB 4KREA 4J9MA 1RT5B 3H40A 3P83D 5F9LA 3VA0A 2XI2A 4BE0A 3PW5A 1LWEB 2WONA 4J9PA 4JRPA 4H54A 4Q45A 3AVHA 2OPQB 2OPPA 2UVRA 3NF8A 3V4IB 5HP1A 4RW6B 1S6PA 2AWZA 4RW7B 4MKBA 3AVMA 3V1OA 4N41A 5JS1A 2XRIA 5L1IA 5E41A 1NJXA 4RNOA 3NH2A 2ZKUA 5KG5A 3CG7A 4NLDA 1SH0A 1K1SA 4KHMA 2R2RA 4CEAA 3OYFA 3SQ1A 1FK9A 4M3XA 3CFOA 4B9VA 4LQ9A 3QZ8A 2V4RA 4FJLA 4NLPA 4NCGA 4CFAA 3SNNA 2Q3SA 4CHYA 4DFKA 2RN2A 2A1SA 3WNHA 3SFUA 2HNZB 4AILC 3T19A 1N6QA 3NDKA 1WN7A 3QLHA 2AGPA 5KG2A 3HVTA 1L3TA 1D8YA 4WZMA 2ZD1A 2HHSA 4IFVB 3KHHA 2XWYA 4YQWA 5JS2A 1NK7A 4MQ3A 2R8IA 3H2LA 1SL2A 2JEFA 3KK2A 2VA3A 5C42A 4Q8EA 1BQMB 1RTJB 1NOYA 1RA6A 4ECSA 1S5JA 4DFJA 3RB0A 4ZVHA 3OYKA 3QESA 5F8GA 1XWLA 4CHPA 4EP5A 4H4OB 2G8FA 4AHRA 2IM0A 1D0EA 5FDLA 3MR6A 3HXMA 4CGGA 2YNHA 1ASUA 5EU7A 1J54A 1C0MA 2R7YA 5J2PB 1TV6A 3V1RA 2IM1A 1KVCA 4IKAA 2P1JA 3DRRA 2XY7A 4AH9A 2ETJA 4E7HA 5CYMB 1JL1A 2HNYA 3H08A 2KTQA 3KTQA 1VSJA 2CJQA 1CLQA 1S9EB 1WAJA 3TVKA 4KPYA 3OYGA 3L2WA 3D0PA 2RF2B 4K4UA 5FRNA 3ZSXA 4RW4B 1S1XA 3EY1A 1QS4A 4K4ZA 2GUIA 4FZYA 1TKTA 3L3UA 1TKXA 1BGXT 4KTZA 3EPGA 4FBTA 3D45A 2YNIA 3HPGA 4N76A 3FDSA 4URGA 3K59A 2VA2A 1RT2B 1HNIB 4YR0A 1NKCA 4ED6A 4CFCA 1HPZB 4HUEA 1S1VB 3PW2A 4KV8B 3TQ1A 1LAWA 4AHSA 1NK4A 2WTFA 2Z1JA 4CECA 3OYMA 4BDYA 4ZHRA 3KLIA 4FLTA 3MAQA 2W8LA 3I5AA 4MKAA 4CJUA 3QGIA 2ALZA 3OYHA 3HK2A 1RNHA 2HWHA 3CJ5A 4IDKA 2AU0A 3TABA 4JRQA 3HO1A 2B6AA 1RDDA 3NFAA 4W5NA 3VQSA 3PY8A 4NLTA 3CJ2A 5C24A 4EBEA 1WSJA 5CZ1A 4JV1A 4BE1A 4CIGA 1KHWA 4WFYA 5KFGA 1WSIA 3KLFA 4EBCA 4CGHA 4CJ3A 3DRPA 4RNHA 3V9WA 4M3UA 4CJFA 3CO9A 1DLOB 1IG9A 3LP1B 1S9GB 1NHVA 3K58A 2XCAA 2ZD1B 4FJHA 4ID1A 3O4QA 4FJ7A 4CIFA 3CVKA 5KFAA 4FLZA 4FVMA 3OYCA 3MXIA 3K2PA 3ITHA 3G86A 2IAJA 3SJJA 3I5CA 4KO0B 4DMNA 3DLKB 1X1PA 1RTIB 4HYKA 2R2SA 1VSEA 3UR0A 5KFQA 3VQAA 3BGRB 1C1AA 3BQ1A 1C1BA 3PVXA 1RTHA 1XHZA 3AVBA 4ED7A 2BE2B 4KTQA 3M8QA 3ZSVA 4MFBB 2HNYB 1T05B 4TLRA 4TXSA 1N48A 1RAJA 4R8UB 1EX4A 4NLQA 3DM2B 1TKZA 1JKHB 4Q0BB 2CKWA 2YNFB 1TAUA 3AVCA 1RT4B 1DTTB 3HVAA 3U6FA 5HLFB 2KZZA 4ECYA 3IS9A 3QGHA 4K50A 5F8HA 4FK2A 4QW9A 1A5VA 4CJ4A 1KLNA 4MK7A 1JLFB 4ELTA 3L2VA 1RDBA 4DTJA 4OPJA 3TAQA 3VQEA 1S0OA 3M8PB 3V6DB 3LP2A 1IKXB 3PW4A 2FJVA 2QK9A 1BQNB 1VRTA 3NBPB 3V9ZA 1NJYA 5KG4A 1U45A 5KFSA 2X6NA 4HUGA 2RKIA 5CYQB 4KHNA 1RT1A 3DOLA 4PWDA 1QE1A 4F50A 3BQ2A 4IOBA 1SV5B 1VRUB 4G1QA 3VQ8A 2G8WA 1S1WB 4CJRA 3MFIA 1NJWA 2D3ZA 2AX1A 3U3YA 1Z4UA 2FVCA 4GC7A 1F21A 4C8KA 2DY4A 4EBDA 4ZVEA 5F8IA 4M41A 3D5MA 4DQRA 1I6JA 2OZMA 3S3NA 1IKYB 3KLEA 2YKNB 3S3OA 4DL5A 2VWKA 1LAVA 2RDIA 4R0EA 4O4GA 3OYDA 4IQXA 5KFLA 3UQSA 3AVLA 4HVJA 3NF7A 2FLPA 2P51A 3AA5X 5KG1A 2XCPA 4KHUA 3E01B 3I0SA 4FLUA 4YR2A 4RW8A 4KTWA 4OVLA 4YNQA 1NK0A 1IO2A 3DLGB 3KHLA 3CIZA 4O55A 3MR2A 2HHTA 1GOBA 3H4DA 1I3AA 2E6LA 1HQEA 3UDLA 4EZ9A 4WXOA 1EXQA 4Y1CA 3NGDA 1L3VA 2F8TA 3T5HA 1L3SA 1CXUA 2YNGB 1C2PA 1CSJA 4DSJA 4ICLA 1LWCB 3KK1A 3PHEA 5J1EB 3BREA 4O3PA 2EC0A 4TYAA 3ZT1A 4JS5A 4CJ5A 4YMEA 3PW7A 1NK5A 4OLAA 4CJKA 4FZZA 2OH2A 5HRNA 4EZ6A 1QAIA 3LP3A 2OPRA 4LY7A 3VQ7A 5DG9A 3MFHA 3BJYA 4K4TA 4IH5A 1QTMA 2HVIA 4I7FB 1EKEA 1X9MA 4F4ZA 3C6TB 5D3GB 2Y1IA 3OYLA 4NLXA 3V6JA 2ILZA 3MEDA 4O0IA 1NHUA 2DTUA 2W8KA 4CCHA 1BISA 4I2PA 3V1QA 1ZTWA 5CY4A 1KFDA 2D5RA 1KLMA 3H4BA 4PWDB 4Q44A 1VSKA 1JLEA 1GX5A 3NHGA 3PR4A 3QIPB 4CF2A 3H5SA 2B5JB 3OJUA 3CFPA 4RU9A 2IC3A 3RAXA 3L2QA 2ILYA 3G10A 3GILA 4NYZA 3IAYA 5KFVA 2B4JA 4HKQA 4NLWA 1KHVA 1QSSA 3GV7B 5KFNA 3KLGA 5HRPA 5J2NA 3LWMA 3AVNA 3H5UA 3DLEB 4E1MA 5SZTA 4F4XA 1X9WA 1Q9XA 5KFYA 4W5RA 1YVUA 4FJ9A 1TL3B 3AVAA 1ZBHA 4O5BA 3DOKB 1HMVB 5JXSA 3MECB 3H98A 3VQ9A 1C1CB 1T3NA 3MXMA 1BI4B 3JYTA 2DPJA 5HRRA 1XI1A 3SQ4A 3NCIA 1T03B 3THVA 5I3UA 3T5KA 2HVHA 4M3WA 2A1RA 4CHZA 4FJ5A 1JLGA 3MEEB 3Q8SB 4ZVGA 2V4QA 4TQSA 1OS5A 4DTSA 3IN5A 1HYZA 3OLAA 3KK3B 3Q8PB 3AO1A 3RBEA 4KAZA 1HQEB 2XC9A 1I39A 4FK4A 2KW4A 1IKVA 3NAEA 3ICLA 4HTUA 3DYAB 3WNGA 5KRSA 4HCBA 2XI3A 4M3ZA 1JLCA 4DSKA 4DTOA 5DQIA 2VG5A 2HNDA 2OPSA 5T14A 3NKYA 5L1LA 3HM9A 2FVPA 4ECQA 3OL6A 4CGIA 3O3GA 1T7PA 4K8ZA 3K57A 3RMAA 2I5JA 4IG0B 4RUAA 4IG3A 4O44B 3AVKA 3VQBA 3P1GA 3OYBA 2O4IA 4FM1A 5KFWA 4B3OB 3G0ZA 4Z4FA 1QSLA 4ELVA 1ITGA 4C8NA 1S97A 3LZJA 4CGFA 4B9NA 5KFPA 3KNAA 4TY9A 2XO7A 1XC9A 2KQ2A 3SUPA 1VSMA 1RT7A 4DL7A 3DRSA 1KLMB 1C0TA 2WOMB 2HW3A 1WSGA 4O3QA 4H4MB 3SCXA 1DTQA 3Q8RB 4QWCA 5J2QB 4Y34A 4LH4A 4WE1A 3KMSA 4DFMA 4B08A 2VG6A 4CHOA 4JUZA 3ZT4A 4KHYA 3P5JA 2HWIA 1D9FA 3QEWA 3HHKA 3DI6B 1RT6A 2UVVA 3IGVA 4CEZA 1BCOA 5C25A 3LAMA 5DK5A 5KT3A 2FVRA 3RMBA 2QE5A 1WSHA 4OJRA 3N6LA 2BQ3A 1RA7A 5J2MA 4KHQA 3CM5A 4CERA 1SKWA 5I42A 1HYSB 1C0UB 3B6PA 1REVB 4CF8A 3SFGA 3I0RB 1EETB 1JLBA 1RT3B 4PY5A 3OS0A 1T8EA 2G8IA 3NGIA 2P5GA 1TL1B 2XGPA 4ECRA 3IG1A 4TY8A 4KI6A 4KFBA 5EWFA 4IFYA 3OJSA 4ZTJA 3DLBA 4CEQA 3AO2A 2ZQBA 2DFFA 3ALYA 4DS5A 1FKOA 4M3RA 3PX4A 4LSLA 1JLAB 1R0AA 1Y97A 1YTAA 3QERA 3KJVB 4FLWA 1JL2A 4OGCA 1SUQA 4CK1A 2AGQA 2C2DA 3OHBA 2HAIA 2DFHA 1NNDA 3MEGB 3QO9B 1S0NA 3TAFA 1S6QB 4CJEA 3QGGA 3MR5A 4EO6A 4MH8A 4ZP6A 2J6SA 2BDPA 2JLEA 4R5PA 2ASDA 4QWAA 3RMDA 4F4KA 2QKKA 2WONB 2JGUA 2BRKA 1JLQA 4AHVA 2C2RA 4N56A 1FKPA 2IM2A 2NUBA 4OL8A 2IJNA 1U47A 1U48A 2OPPB 4E19A 1LW2A 5HP1B 3DLHA 3RRGA 1S6PB 3VQDA 4M3YA 4J9SA 2W42A 3V6HA 3KIOA 4FM0A 4GC6A 3RB6A 4RW9A 4F2RA 1L3UA 4FJNA 1RDRA 5HROA 4FJKA 1UA1A 2E9RX 1KRPA 4QWBA 1HQUA 1CXQA 4ID5A 3AVIA 2X6SA 2W9BA 4NZ0A 2WRMA 4E1NA 1A5WA 4CEDA 2GC8A 4LSNA 1FK9B 4QWDA 3JSMA 3HVRA 3IRXA 4NCGB 5KRTA 4Z4HA 1WAFA 4CJVA 1VK0A 3PV8A 1N6QB 4J2DA 2C2EA 4F3TA 2HB5A 3QLHB 2LSNA 3HVTB 1XHXA 2E9ZA 3ZT2A 3K5MA 3RB4A 4DU1A 3AVFA 5J2MB 3HVWA 4DSFA 5DLGA 1ZBFA 5KFOA 5KG3A 2C22A 5HBMA 4ZPCA 1HNVA 3KK2B 3C6UA 2B43A 2IDOA 5C42B 2ZE2A 1MU2A 1TVRA 1N5YA 3NF9A 4LQ3A 4CJPA 3SQ2A 1UWBA 5SWMA 3IG1B 4CHNA 2KZMA 3UPFA 5FDLB 2IMWP 2AQ4A 4Y3CA 2YNHB 4J9NA 3DLRA 3V81A 4W5OA 3TARA 1S1UA 4FJJA 1RDAA 1TV6B 1LW0A 3G6VA 4FW2A 3DRRB 3T1AA 4ZPAA 4LH5A 1EP4A 4CGJA 4ED8A 3LP0A 4DS4A 4J2AA 3BSOA 4NLGA 4CHQA 2IGIA 3SUOA 1FXXA 1S1XB 4FBUA 3NGZA 4KE5A 3CDWA 4O3OA 1TKTB 1GOAA 2BQRA 3AO5A 4E89A 4ECWA 3KHRA 2X74A 3DDKA 5JUMA 1TKXB 4FCYA 2YNIB 1SH3A 1BCMA 5F8JA 4ED3A 3LZIA 3HP6A 2GBZA 1UAXA 1IKWA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KG6 A;  1LW0 B;  4EO8 A;  5KT6 A;  3DOK A;  1HMV A;  4LD0 A;  3CJ3 A;  4KHS A;  2R8K A;  2UVU A;  1EP4 B;  1K1Q A;  3MEC A;  3RB3 A;  1VSH A;  1C1C A;  3LP0 B;  3ZT3 A;  3PX6 A;  1S4F A;  3GIJ A;  4CGD A;  1BI4 A;  3SUN A;  1IH7 A;  4E0D A;  2HHQ A;  4BE2 A;  3NAH A;  4DQI A;  2W7O A;  1T03 A;  3TWH A;  2IM3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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