The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HR0 K; 4DR1 K; 2VQE K; 2UXC K; 4DR3 K; 4DV5 K; 4DR7 K; 1J5E K; 4AQY K; 4JI2 K; 4LF6 K; 4LF9 K; 1FJG K; 3T1Y K; 5LL6 Z; 3JAM O; 4KHP K; 4DV2 K; 5AJ3 K; 4YHH K; 5IWA K; 4NXN K; 4OX9 K; 1HNW K; 4NXM K; 4B3M K; 4JI7 K; 4LFC K; 4GKK K; 4DV6 K; 4JI3 K; 2F4V K; 4LF5 K; 4DR2 K; 2UU9 K; 4YY3 K; 3J81 O; 1IBM K; 4CVN E; 4DR5 K; 2UXB K; 1XMO K; 1N32 K; 4X64 K; 1N33 K; 5A2Q O; 2UXD K; 4DV0 K; 1IBL K; 2ZM6 K; 4DR6 K; 4DV1 K; 4B3T K; 4DR4 K; 4JI8 K; 4X65 K; 5FLX O; 1N34 K; 5LMN K; 1IBK K; 1XNR K; 4LF8 K; 4GKJ K; 1I94 K; 4DV7 K; 5IT9 O; 4V19 S; 2UUB K; 2VQF K; 1XNQ K; 4DUY K; 3J7Y P; 1HNX K; 3J7A P; 4X62 K; 4JI4 K; 5BR8 K; 1N36 K; 3J80 O; 1XMQ K; 4JV5 K; 4CW7 B; 4K0K K; 3T1H K; 4DV3 K; 4JI5 K; 4B3S K; 2UUA K; 4JYA K; 2HHH K; 3OTO K; 4X66 K; 4JI0 K; 4LFA K; 4LF7 K; 4DUZ K; 1HNZ K; 5LMU K; 2E5L K; 4B3R K; 4LFB K; 4LF4 K; 4JI1 K; 4JI6 K; 2UUC K; 4DV4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OHR A; 4EP4 A; 2QWN A; 1SZ2 A; 3ZSW A; 2YNF A; 3ZT0 A; 5BR9 A; 3H6E A; 1Q9X A; 2OZM A; 4IOX A; 5EU7 A; 3SQ4 A; 3DRR A; 1ZBI A; 2BGG A; 4G9Z A; 4AF1 A; 2O8C B; 3NH1 A; 1BHL A; 1G15 A; 2WFB A; 3SV4 A; 5IWA K; 1C1B A; 1EP4 A; 3HXM A; 1DEJ A; 3AVH A; 1TGO A; 4IWV A; 1EX4 A; 4CES A; 1LAW A; 4DSE A; 1EET A; 3OYC A; 2X6S A; 4CHO A; 2GUP A; 5AQJ A; 3DRP A; 1KLN A; 3LP0 A; 3ZSV A; 3FGU A; 4CZH A; 3EZ5 A; 1CZB A; 1ZXO A; 3CHW A; 4LFC K; 2NRH A; 2P9K A; 1KQS M; 4UY8 O; 1TUY A; 4LF5 K; 1YTA A; 2VGM A; 3MXJ A; 2D0B A; 2UU9 K; 4JK8 A; 3LP3 A; 2DFE A; 4BRA A; 2X6N A; 3VEX A; 1TL3 A; 3LZJ A; 5FRO A; 2VG5 A; 3DLK A; 4DR6 K; 2NZT A; 3NF8 A; 1LWE A; 4NYN A; 1ZBS A; 3AVL A; 3HBT A; 5EOY A; 2XY8 A; 1EWQ A; 3EYZ A; 3CG7 A; 5M1O A; 5HOO A; 3CD6 N; 1IBK K; 4AHR A; 4FLZ A; 3HK2 A; 4FZX C; 1ZBF A; 4TSX A; 3EZW A; 4GV6 A; 1D9F A; 1XWL A; 5CY4 A; 5AQH A; 4DFK A; 4DUY K; 3LAK A; 4OPK A; 3QIN A; 1YXQ A; 3IS9 A; 4DSJ A; 1Y97 A; 3ZX2 A; 4CHZ A; 3THY B; 5KPZ A; 2HBJ A; 3FZL A; 3THW A; 2DFH A; 3V9Z A; 3A2F A; 1F21 A; 4LD0 A; 3CME N; 1GLF O; 4CF9 A; 4CGG A; 1KVB A; 1KFD A; 2WBN A; 3EY1 A; 1T05 A; 1I39 A; 1HNZ K; 3BZC A; 2NRW A; 5HBM A; 1NNE A; 3C7N A; 1YJW N; 4B3R K; 4LSN A; 2Z1I A; 4QS8 A; 4CJ5 A; 1SL0 A; 2Z1H A; 4DU3 A; 3IUC A; 2A42 A; 2HMI A; 4F4K A; 4BC5 A; 4DR1 K; 4B9N A; 3TWH A; 3AO5 A; 2O8F A; 5FPM A; 3OYJ A; 4MQ3 A; 4M3Y A; 2QKK A; 2HVH A; 3UKU A; 2CH5 A; 2G8V A; 1BI4 A; 1GLB G; 1RBT A; 4WQ5 A; 2NRZ A; 3G25 A; 4PL8 A; 3O80 A; 3SMP A; 1EWR A; 4JHD B; 3SYZ A; 4C8N A; 3SCX A; 1E4F T; 4CZF A; 3ZCM A; 4CHP A; 2KTQ A; 3E9L A; 3H46 O; 2YHW A; 4BWJ A; 3NE6 A; 1KCF A; 1Q86 O; 3T69 A; 2F9W A; 4RTF D; 3CF5 L; 1FKP A; 5AQN A; 4FW1 A; 2E6L A; 1JKH A; 2Z1G A; 3QLH A; 2ZJQ L; 3QDK A; 1SAZ A; 1WSI A; 1NKC A; 3LDS A; 4YY3 K; 4RW9 A; 3S3O A; 4PQU A; 1NGA A; 4BE2 A; 1YVU A; 4AIL C; 4KI6 A; 4AHS A; 1ZBU A; 4CK3 A; 3U8X A; 1X9S A; 1VQ8 N; 2YNH A; 3JXU A; 5T7B A; 3LDQ A; 1Q9Y A; 4X65 K; 2HMP A; 3VEO A; 4H0P A; 2YJF A; 3NAE A; 1C0U A; 4O8K A; 1GLD G; 3AAR A; 3V9S A; 2ZWH A; 4J2B A; 4KHW A; 1YTU A; 4MFB A; 4KPY A; 5GIN A; 3VQ4 A; 1XNQ K; 1BU6 O; 4FWO A; 3DOL A; 4DTX A; 3C6U A; 4JRQ A; 2HNY A; 3FFI A; 4BVO A; 3WXM B; 4K0K K; 3TPQ A; 4CEC A; 4B9M A; 1LCU A; 3HPG A; 4E1M A; 2QWR A; 1RDU A; 3B6P A; 4CZJ A; 1IG8 A; 4K8X A; 1NK7 A; 3ZSR A; 5JIC A; 4DSF A; 1RDW X; 4DU4 A; 1QSS A; 1T03 A; 4DU1 A; 3NF7 A; 5AQU A; 2ETJ A; 3V1Q A; 3HP6 A; 2I7N A; 4LFB K; 3OYK A; 2CGK A; 4ICL A; 3DM2 A; 4DSK A; 3QNO A; 3I8B A; 5KQ8 A; 3AVB A; 4BQL A; 3D2F A; 3CFP A; 2VQE K; 2ZGZ A; 1NJZ A; 3A8Y A; 3E66 A; 4DR3 K; 2HW3 A; 4RW4 A; 4B8A B; 4DV5 K; 1C0G A; 1QTM A; 4DR7 K; 4K43 A; 4AQY K; 4DS5 A; 2UYT A; 3I33 A; 4H03 B; 5D3G A; 3VA0 A; 2O8E A; 1DTT A; 3RVC A; 3SPZ A; 4J2E A; 4AM6 A; 4CFC A; 3MWT A; 1KAX A; 4N76 A; 1SUQ A; 3RWU A; 3NVM A; 1EXQ A; 1IKY A; 5AZJ B; 2OPQ A; 2YI1 A; 4Z4E A; 2P9L A; 3OS0 A; 1CXU A; 1DGK N; 3CM6 A; 4GVM A; 4GKK K; 5BPL A; 1KD1 O; 3DLH A; 1K9M O; 2QW9 A; 2IVN A; 4DTS A; 1J53 A; 4N47 A; 4M3W A; 2B6A A; 1GOB A; 3MEG A; 4BRN A; 1KTQ A; 3IFR A; 2UXB K; 1VQ6 N; 1XHX A; 3OYG A; 4E7K A; 1N33 K; 3O3H A; 4FK4 A; 5A2Q O; 4M45 A; 4O5B A; 4BR7 A; 1S1W A; 3CCV N; 4B3T K; 2IVP A; 3HL8 A; 4OPJ A; 3SLC A; 4DTP A; 1RCH A; 3SJJ A; 1NJW A; 2I7P A; 1XC9 A; 3QFP A; 2OPS A; 3VF4 A; 4GMJ B; 3CPW M; 1BUP A; 1BGX T; 4DV7 K; 1U45 A; 5HP1 A; 1JLG A; 2UUB K; 4CF2 A; 3SK3 A; 3O4N A; 2G8U A; 4JKF A; 3HP9 A; 4BGB A; 1XQS C; 3OJU A; 1GLE G; 1DT9 A; 5CZ2 A; 5JLH A; 1M90 O; 2VWB A; 2YNI A; 5FPD A; 3V9U A; 3OY9 A; 3G0Z A; 1Z05 A; 4CBX A; 1DKG D; 4DKW A; 3MCA B; 4K8Z A; 2D0O A; 4JD2 B; 3RMC A; 4CJ3 A; 2AP1 A; 3R6M A; 4I6M A; 3M3Z A; 4RW8 A; 3VQ9 A; 3PIO L; 3CMA N; 5B8H A; 4A2B A; 1VQK N; 5C15 A; 4AHV A; 3Q7B A; 3ZET A; 2R7Y A; 3LPU A; 1BL3 A; 4E19 A; 4DG1 A; 4BRP A; 2HHX A; 3ASM A; 3CJ9 A; 4JKD A; 3V1R A; 4O0J A; 4FJN A; 4JN4 A; 3BF1 A; 1RTI A; 3U9Z A; 5AQO A; 5J2Q A; 4YFU A; 4GVE A; 3BEX A; 2P9K B; 2QTD A; 4JI2 K; 1TAQ A; 2CH6 A; 4LH4 A; 3OYB A; 1KLM A; 5AFU H; 2WTU A; 4C8O A; 3MXM A; 4FLY A; 4BRK A; 1C0F A; 4B1Z A; 5LJV A; 1YI2 N; 5JLF A; 3HSC A; 4KFB A; 4WQ4 C; 3RMB A; 1SKW A; 1DTQ A; 3QBW A; 4J2A A; 3AGR A; 4B9V A; 4PL7 A; 3CJ1 A; 3A5O C; 3IRX A; 4E7H A; 1QHA A; 2KQ2 A; 1TKX A; 4JK7 A; 3VQD A; 4WE1 A; 3FR0 A; 5C24 A; 3L2V A; 3ZX0 A; 5JVH L; 1HNW K; 4WFN L; 2XY7 A; 4FJH A; 3PSF A; 3EO3 A; 2WUS A; 3C6H A; 4KH4 A; 4OO1 J; 3K58 A; 3ZT2 A; 2ZJR L; 3QES A; 1YIJ N; 4FJ9 A; 1NMD A; 3ZSX A; 1IBM K; 4DB3 A; 4FK0 A; 3IG1 A; 3QNN A; 3S9H A; 4CED A; 1N32 K; 3FZF A; 5C42 A; 2P5G A; 4CHQ A; 3MAQ A; 4FXD A; 4ZTF A; 2KLA A; 3THW B; 1SQK A; 2E8A A; 3F2K A; 1NK8 A; 1TK8 A; 1WLJ A; 3BZK A; 1IKW A; 4JKB A; 3HPO A; 1XNR K; 1RBV A; 4NB4 A; 4H4M A; 3THX A; 4FW2 A; 4LSL A; 2YKM A; 4V19 S; 3AVG A; 2V7Z A; 4FM0 A; 4HHT A; 4GV9 A; 4M3Z A; 4BC4 A; 4HTL A; 4NCG A; 2EHG A; 3C7N B; 3TSP A; 3SQ1 A; 4A5A A; 3DLE A; 5C12 A; 3QEV A; 4CD3 A; 1MWM A; 4OPH A; 4YOU A; 1VSJ A; 4EP5 A; 4FJK A; 2HHH K; 3AVN A; 4KKO A; 1BO5 O; 1E4G T; 2VWK A; 2GV9 A; 3M6G A; 2O8F B; 4Z4H A; 3D0P A; 4NCA A; 4FJI A; 5FPE A; 2F8T A; 3O5B A; 3UKU B; 5HLF A; 3KJV A; 2E2P A; 3DWL A; 3G10 A; 4IXC A; 3HST B; 4KTW A; 2RHK A; 2D0C A; 1TVR A; 1WSE A; 2NUB A; 4QS7 A; 3LP2 A; 1JLA A; 3SUP A; 3ALY A; 5KI6 A; 3EE8 A; 1VSL A; 3UIQ A; 3LDP A; 3N4Q A; 1HR0 K; 3CJA A; 3WNF A; 1WAJ A; 4HUE A; 3MN9 A; 1NK5 A; 4FWR A; 1C6V A; 2YX6 A; 4JKG A; 3TTC A; 1K6Y A; 3ZT4 A; 3ENB A; 2Q3S A; 4CER A; 4W5T A; 2HHU A; 5J1E A; 3T19 A; 1YJN N; 3NFA A; 5ADX H; 4GV3 A; 4OX9 K; 3AY9 A; 5M1P A; 4B3O A; 4OLB A; 4CGD A; 1TAU A; 3MX5 A; 3TTF A; 4CIF A; 4BE1 A; 1CZ9 A; 3L2W A; 4UQG A; 4DV6 K; 3KIO A; 4FOE A; 4XH5 A; 1J54 A; 3VTH A; 4NCB A; 4JKA A; 2QXL A; 3K2P A; 4H5T A; 3U6F A; 1S9G A; 2V7Y A; 3H1V X; 1HX1 A; 3K9J A; 3ITH A; 4FOI A; 4KH5 A; 3O3G A; 4FO0 A; 5HRR A; 2A41 A; 3F73 A; 2CGJ A; 2QWP A; 3MMV A; 4EIA A; 5KGX A; 5LMN K; 3SBG A; 3VEW A; 5F0X A; 3HVT A; 4DQP A; 5IT9 O; 4H5W A; 5M1Q A; 1TKT A; 4BRO A; 2Y1J A; 1IG9 A; 3OYN A; 1X3N A; 3V9X A; 3QB0 A; 4Z4F A; 3AVA A; 5TKY A; 5JS2 A; 4CGH A; 1VAZ A; 3J80 O; 2E6M A; 1XMQ K; 3P31 A; 1ATR A; 1VQ5 N; 1WAF A; 1S6Q A; 3MCP A; 5I3U A; 3HJF A; 3D2F B; 1JCG A; 4CF1 A; 4O44 A; 1NU0 A; 4YNQ A; 3DLB A; 4DUZ K; 1K8K A; 1NKE A; 1HLU A; 3SBT A; 2O8E B; 1JCE A; 4ELT A; 1NGG A; 2Q31 A; 3VQ8 A; 4CJE A; 4CJ4 A; 5JS1 A; 3TU5 A; 1IO2 A; 4U67 L; 4JKH A; 3WXJ A; 3NH0 A; 4DV4 K; 4CD1 A; 1P8Z A; 4BRH A; 3CER A; 2A3Z A; 2P9L B; 2VYP A; 4PA1 A; 1GLC G; 3KK2 A; 5AQT A; 1U6Z A; 2KFN A; 5KPT A; 5EXW A; 3EL2 A; 2D0A A; 1FJG K; 1T7P A; 1WBB A; 3KZB A; 4DV2 K; 5EX5 A; 3OJS A; 4CEO A; 1K8A O; 3NGZ A; 3L3U A; 4XH4 A; 1W0H A; 4IFY A; 4DQI A; 3AO1 A; 3R9P A; 2O8D A; 2W40 A; 1OH8 A; 4KRF A; 3I0R A; 1C0T A; 4FWP A; 4KH6 A; 4CZK A; 5TKW A; 1S6P A; 3C95 A; 4H5R A; 4OPA A; 4DMN A; 2XY5 A; 4DFP A; 5AQP A; 4M7X A; 3DYA A; 5BRF A; 1RT7 A; 3Q7C A; 4JD2 A; 1VSI A; 4IDH A; 4B8C A; 3C65 A; 4DR2 K; 1Y64 A; 1NGH A; 1NOZ A; 4DR5 K; 5GAD P; 3VQP A; 4O8U A; 3SAH A; 1HYS A; 4CEE A; 4XIU A; 3RR8 A; 1Z25 A; 4M3X A; 5F2R A; 1LOT B; 1MWK A; 2HB5 A; 4HWI A; 1W9H A; 3SAF A; 3L4Q A; 2A6A A; 2HBK A; 3WQT A; 5BRE A; 4I6M B; 4ELU A; 4IO8 A; 5AQX A; 1JXE A; 2X78 A; 4E1N A; 3ZET B; 4PKI A; 4JS5 A; 4N5S A; 4FWN A; 1OVY A; 4CI6 A; 1Q7Y O; 4O4G A; 2P9P A; 4C8L A; 4JV5 K; 2G8K A; 4CZI A; 3QIC A; 2CGL A; 1U48 A; 3QER A; 3OTO K; 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2FBX A; 5FDL A; 4CGJ A; 4DQR A; 3MK6 A; 3NF9 A; 3VQE A; 4DTN A; 2Z1J A; 4B1V A; 1T3V A; 4Z4I A; 1ITG A; 2F96 A; 2YHB A; 4IO9 L; 3P39 A; 3VGK A; 3VEN A; 1QSL A; 4JKG B; 4MDA A; 3HZ6 A; 4PKG A; 4BRM A; 1O1W A; 2P9N A; 2NRX A; 2E5L K; 1RT6 A; 3CFR A; 1OH7 A; 4I7F A; 3RMD A; 2FBY A; 1SKS A; 4KHY A; 2ZJP L; 1JLF A; 1KAZ A; 4IFV A; 2P9S B; 5GAE P; 2UUC K; 2O8B A; 1C1C A; 4K41 A; 1ASV A; 3AV9 A; 3SUQ A; 2IS3 A; 4ISG A; 5GIO A; 4XH1 A; 3KLF A; 4JS4 A; 3AVF A; 4FWS A; 1Z6R A; 1J5E K; 4LF6 K; 2Q1N A; 4CJT A; 1VQM N; 1JCF A; 4A57 A; 4CIE A; 3DXK A; 3VQQ A; 1VQO N; 3T1A A; 3VQA A; 3TAM A; 1VQP N; 4FZZ A; 1L5U A; 4JRP A; 4N56 A; 5BRH A; 3VOV A; 4Z0U A; 3H45 C; 1V4S A; 2XHB A; 3BDP A; 4FWM A; 1VSD A; 4FL9 A; 1R59 O; 1ILY A; 4HUG A; 4E7L A; 3PX0 A; 3L3V A; 2F4V K; 1NGE A; 2PFU A; 3TSU A; 4CVN E; 3V4I A; 3HTV A; 3QIO A; 4F3T A; 4DV0 K; 1IBL K; 1B92 A; 3GL1 A; 2ZM6 K; 1TK0 A; 3QML A; 1VHX A; 4JI8 K; 4E0D A; 3ULE A; 1NGB A; 4MO5 A; 4ILG B; 3BF3 A; 1JLC A; 1K8K B; 4CJU A; 4F8R A; 3AVI A; 3DMJ A; 2XY6 A; 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