The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 K; 4DR1 K; 3J7A P; 1FJG K; 3J7Y P; 1IBL K; 4JI4 K; 1HNZ K; 1XMQ K; 2UXB K; 3J80 O; 4JI7 K; 4YHH K; 5FLX O; 4DV3 K; 4JI2 K; 5AJ3 K; 4DV0 K; 4YY3 K; 2HHH K; 4LF5 K; 5LL6 Z; 1XNQ K; 4DR5 K; 4DUZ K; 2E5L K; 4K0K K; 1N33 K; 1IBM K; 4LF4 K; 4LF7 K; 5IT9 O; 4V19 S; 4DV5 K; 4X65 K; 4NXM K; 2UUA K; 4JI5 K; 4DR3 K; 4B3R K; 4LF6 K; 4GKJ K; 5IWA K; 3T1Y K; 2UUB K; 5A2Q O; 4JI3 K; 4LFA K; 4NXN K; 4DV4 K; 4B3T K; 4DV2 K; 4DUY K; 4JI0 K; 4JYA K; 4DV7 K; 4AQY K; 2F4V K; 3JAM O; 4JV5 K; 2UXC K; 4JI1 K; 1I94 K; 2UUC K; 4KHP K; 1N34 K; 4CW7 B; 4B3M K; 4LFB K; 2UU9 K; 4X62 K; 4LF9 K; 4X64 K; 4B3S K; 4DR6 K; 4LFC K; 1HR0 K; 1IBK K; 4JI8 K; 4DR2 K; 4JI6 K; 4GKK K; 4DR7 K; 2UXD K; 3OTO K; 2VQE K; 1HNW K; 1N32 K; 3T1H K; 2VQF K; 1J5E K; 5BR8 K; 1N36 K; 1XNR K; 4DV6 K; 2ZM6 K; 5LMN K; 5LMU K; 1HNX K; 4X66 K; 4DV1 K; 1XMO K; 3J81 O; 4CVN E; 4DR4 K; 4OX9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZT3 A; 1DEJ A; 1RBU A; 4FLY A; 2FSJ A; 3NH0 A; 1FJG K; 3J7Y P; 1S9E A; 4KH6 A; 4FJK A; 4CJQ A; 3KIO A; 3KZB A; 4WFB L; 4DTJ A; 3CF5 L; 3V9W A; 4CZL A; 3DXK B; 1GOC A; 3A5N C; 5AQN A; 3RMC A; 1VQN N; 1OH8 A; 2YCH A; 4BRH A; 1QS4 A; 4DV0 K; 2QWO A; 5M1F A; 3S3O A; 2YNG A; 1UA0 A; 3VMF B; 3DWL A; 3OVN A; 3V1O A; 1NKB A; 2HST A; 5GIP A; 3CC2 N; 3HRG A; 4EIA A; 5HLF A; 2NZT A; 3MX2 A; 4FM0 A; 2NRX A; 3QIO A; 1HRH A; 2VYP A; 3OBY A; 2DFE A; 3RWU A; 4DMN A; 3H45 C; 4XH5 A; 4BQL A; 2P5G A; 1VQM N; 5JIC A; 1RT6 A; 4LFA K; 2WON A; 1VSL A; 1QSY A; 1L3U A; 3O1B A; 4GVM A; 4K8X A; 4K42 A; 4HCC A; 3VQ9 A; 4CJR A; 3RSE A; 3L4I A; 3C94 A; 3CC7 N; 1TKZ A; 4X62 K; 3SQ2 A; 2A41 A; 4NYN A; 4LSN A; 4OKE A; 4DTO A; 4DTP A; 1JXB A; 4RCH A; 3QEV A; 4FLV A; 5KQD A; 1L3T A; 1ATS A; 5M1P A; 4E7L A; 2E88 A; 4AHC A; 1RT2 A; 1VSJ A; 3QIN A; 3KLI A; 3P31 A; 3R3L A; 4BRF A; 4CBW A; 3VEV A; 1P90 A; 5CZ2 A; 3THW A; 2ATQ A; 5BR8 K; 1IG9 A; 2I7P A; 3GG4 A; 4BE2 A; 3RTV A; 1GLC G; 4FM2 A; 4CHY A; 4QS8 A; 4CZK A; 2FC0 A; 3VEO A; 1WSJ A; 3SUO A; 4I6M A; 4IDH A; 4FJN A; 4JKD A; 4O0J A; 4FJL A; 5KI6 A; 3LDO A; 3UB5 A; 4E1N A; 2VWK A; 4CZG A; 2NRR A; 3AO3 A; 3K2P A; 3ZSR A; 3E9O A; 3RMA A; 3WXL A; 4F4K A; 3G4S N; 3VGK A; 4U7B A; 2XY6 A; 4FXD A; 5FPD A; 3ENO A; 4CJT A; 4LY7 A; 2WC9 A; 1VQO N; 1TKT A; 3NVM A; 4YHH K; 1Q9Y A; 4Z4C A; 5FLX O; 3D0P A; 2I7N A; 3VEW A; 3V81 A; 1KFD A; 3QFU A; 3OW2 M; 2EHG A; 1RNH A; 2KLA A; 3WXI A; 5BRF A; 3QET A; 1HJO A; 4I2P A; 1TUY A; 3FLC O; 3TU5 A; 1W97 L; 3O1W A; 3CM5 A; 5IT9 O; 2KKZ A; 4HTU A; 4M3Z A; 1QZ5 A; 4B1U B; 1B9F A; 2IAJ A; 1MWK A; 4H4M A; 4DFJ A; 2IVO A; 4O55 A; 5CR4 A; 3THV A; 4ELU A; 4CJ7 A; 4IO9 L; 3CCL N; 4GKJ K; 2IDO A; 1RBR A; 2ZWH A; 3QEW A; 2VWB A; 5J2M A; 3GOI A; 1Q7Y O; 4J8F A; 4DTU A; 4B3T K; 4GW6 A; 3QEP A; 4H5T A; 1NGF A; 2VG5 A; 1L3V A; 4G9Z A; 2UXC K; 3B6P A; 3CCU N; 2QM1 A; 2UUC K; 3C6H A; 3DI6 A; 1CXU A; 4CEA A; 3NDK A; 1OKJ A; 3ATU A; 1KXP A; 4WE1 A; 1E4F T; 5E84 A; 4FZZ A; 4DU4 A; 1T3V A; 5EU7 A; 4FOE A; 4CGD A; 4DR6 K; 1HMV A; 5ADX H; 5AQF A; 5BRH A; 1IBK K; 3CG7 A; 4C8O A; 4KB0 A; 3RR8 A; 1YVN A; 3QFP A; 2LSN A; 5CYM A; 4FWL A; 3RSE B; 1YVU A; 4CZH A; 3CFR A; 3AV9 A; 3NGY A; 4A62 A; 2GWJ A; 1JLQ A; 4BC5 A; 3T1H K; 5T7B A; 2W42 A; 3LZI A; 3HVR A; 2Z1I A; 4FLX A; 1Q82 O; 2ZM6 K; 3L8B A; 2X74 A; 2KFN A; 4WQ4 A; 5LMN K; 2NRH A; 4DV1 K; 2BGG A; 3WNH A; 3ASM A; 3THW B; 3OYA A; 4CEB A; 3NAE A; 4IO8 A; 2QWR A; 4FLW A; 4DLE A; 3M6G A; 4FK2 A; 4JI4 K; 2E2Q A; 4A2B A; 3K0S A; 4I6M B; 3AAR A; 3C6A A; 4JAX A; 2O4G A; 1BI4 A; 3VQD A; 4H0T B; 1N8R O; 5BRD A; 3ID8 A; 4BR4 A; 1GLD G; 2NRV A; 4ELV A; 5E41 A; 4MO4 A; 3KLG A; 3PX0 A; 5CE3 A; 2B5J A; 2E4L A; 3S3M A; 4JN4 A; 3P4I A; 1TKX A; 2YI1 A; 5AQM A; 4CE9 A; 1NMN A; 3QDK A; 1BDG A; 4M3R A; 3AVM A; 4FWR A; 4E3S A; 4EZ9 A; 5JLF A; 3MWP A; 2A6A A; 2HBJ A; 4FW1 A; 5HRR A; 4B1Z A; 1NK0 A; 3V9U A; 1KTQ A; 3WNF A; 4E1M A; 1E4G T; 3HST B; 3FZL A; 5AQK A; 5KPZ A; 4CZI A; 1W7A A; 1N5Y A; 2CH6 A; 4Z0U A; 1X3M A; 2XY5 A; 4PKG A; 4FJJ A; 4BWJ A; 2PYL A; 1WBD A; 1U47 A; 1TL3 A; 5AQT A; 4YDU C; 3QIC A; 3ZSQ A; 1MU2 A; 2QWM A; 4DSK A; 3KHY A; 4JK9 A; 3OTO K; 1LCU A; 3SQ0 A; 1HYV A; 5H1S Q; 1KD1 O; 4CJ3 A; 4CGF A; 3H1V X; 4GV9 A; 3VPZ A; 3V9S A; 3CPE A; 3EE8 A; 1BL3 A; 4OPK A; 4DG1 A; 4BGB A; 3AVI A; 1YAG A; 1XHZ A; 1QSS A; 2YJF A; 5CHI A; 3TSU A; 4CK2 A; 3E9P A; 3O9R A; 4IOC L; 2W40 A; 3MK6 A; 3OYE A; 4CEF A; 4FZY A; 3ZX2 A; 2Y1I A; 2D0A A; 4RTF D; 4BRI A; 1JLA A; 4CJU A; 4FJ8 A; 4KTQ A; 3F2K A; 3K5O A; 3VEZ A; 5ELZ A; 2BAN A; 4QAG A; 4FWN A; 3NF6 A; 4CEZ A; 2UXB K; 4JI7 K; 4KAZ A; 3EN9 A; 4BDP A; 1QHT A; 1SL1 A; 4KTZ A; 4AH9 A; 2F9W A; 3DLK A; 2IVP A; 4YY3 K; 4PA1 A; 4WFA L; 3ENH A; 4IKF A; 4F8R A; 1T7P A; 2J4R A; 4M7Y A; 1V4S A; 1MA9 B; 3HP9 A; 1SUQ A; 4FJ9 A; 1ITG A; 4IOX A; 4B1W B; 4CBU A; 5GAD P; 3U4L A; 3HP6 A; 4H5W A; 3L2W A; 1IJJ A; 3OYF A; 2G8U A; 2HF4 A; 3EE9 A; 4NXN K; 1J6Z A; 3MEG A; 2NRW A; 4ISF A; 4CK3 A; 1ASV A; 1VQL N; 2Q0R A; 2GEM A; 4IDK A; 4C8N A; 4R5P A; 3VET A; 4A5B A; 3AA2 A; 1WAJ A; 2O8B B; 1NOY A; 5HBM A; 2E2O A; 1SQK A; 1NU0 A; 5C24 A; 3VTH A; 1J9A A; 4DB3 A; 3KWI A; 5CZ1 A; 3P5J A; 2V52 B; 2ASO A; 2GUI A; 2O8E A; 3QNN A; 3AVH A; 1XC3 A; 4LF9 K; 4AHS A; 3SCX A; 3HI0 A; 1U49 A; 2KZZ A; 1XC9 A; 1VQ4 N; 1SKS A; 3HK2 A; 3CCM N; 3K9K A; 3L6Q A; 3VEN A; 1F21 A; 3FZF A; 3CCE N; 1KAY A; 4XIU A; 4U67 L; 1N32 K; 5AQX A; 4BRL A; 1BWF O; 4DFM A; 1N36 K; 1J5E K; 3VER A; 2HVH A; 1WSI A; 3S41 A; 4XH4 A; 2FBY A; 3LAM A; 4FO0 A; 3KJV A; 3T7Z A; 3CCV N; 4AHR A; 2EX3 A; 4KFB A; 1NGC A; 1YTU A; 1D5A A; 4XEI A; 1J54 A; 2P51 A; 4EZ6 A; 4FYD A; 1WSH A; 3R9P A; 3HPH A; 4HUF A; 4E0D A; 5JS1 A; 3V9Z A; 2YNI A; 2YNF A; 3ZSZ A; 2FF6 A; 1RBT A; 1FXX A; 4JK7 A; 2V51 B; 2OPQ A; 2OTJ N; 3MWT A; 5AQI A; 4HUE A; 1OH6 A; 1KSP A; 3QES A; 1K6Y A; 1RTJ A; 4BWM A; 2BH1 A; 4CHQ A; 1VQ8 N; 3QBX A; 1XNQ K; 3VQ7 A; 3KKS A; 1Z26 A; 4OPH A; 3CIP A; 1O1W A; 4OKK A; 3WQT A; 3WT0 A; 1HPZ A; 1IBM K; 4JLH A; 2OTL N; 4LF7 K; 5JVH L; 4B8A B; 4H0X B; 2E2P A; 4PKI A; 3ZSV A; 4DR3 K; 3MN9 A; 4B3R K; 4J2E A; 1E3M A; 3AO4 A; 1ZC6 A; 3AA4 A; 2UUB K; 2P9P A; 3CJ9 A; 2ZGY A; 4PKH A; 1DGK N; 3DLH A; 3HTV A; 4CF9 A; 5KQ8 A; 3LM9 A; 3NE6 A; 4IEI A; 3SAG A; 4JI1 K; 4B08 A; 3SJH A; 3CM6 A; 2QKK A; 2PZS A; 3T3F A; 3NGZ A; 2WBN A; 4DTS A; 4CIF A; 4FWM A; 4KHY A; 2A3Z A; 5LJW A; 1Y64 A; 2BUP A; 3VQ4 A; 2O8D A; 3QML A; 3PIO L; 4FWP A; 4FVM A; 1HR0 K; 4H0O A; 3VF6 A; 3I0S A; 4CHP A; 1ATN A; 1V4T A; 3RMD A; 4HUG A; 4B9V A; 4BAC A; 1BA0 A; 3UKR A; 1X9W A; 2O8E B; 1HPM A; 1QQO A; 4IJA A; 1EQY A; 1LW0 A; 1U6Z A; 1KLN A; 1NJX A; 1X9S A; 4M42 A; 4AM7 A; 3C95 A; 3NF9 A; 4JEP A; 4BR9 A; 4YNQ A; 5CY4 A; 2FF3 B; 1NJW A; 2GV9 A; 1C0M A; 1M90 O; 4M45 A; 1SL2 A; 1RGI A; 2GX9 A; 4H03 B; 3VOV A; 3E01 A; 4KKO A; 4BRC A; 4Y0W A; 4BR5 A; 4WQ4 C; 3TTF A; 4CEQ A; 4CIE A; 3I55 N; 4E7J A; 1WOQ A; 3E66 A; 3WNE A; 3GDQ A; 2QW9 A; 1MDU B; 1RTI A; 3VGM A; 1IKW A; 2ZD1 A; 4DV3 K; 4FLZ A; 1T6C A; 3OY9 A; 1NGB A; 4ID1 A; 1HLU A; 3TAM A; 3RRH A; 1KVA A; 1LW2 A; 2HND A; 4DUZ K; 4K0K K; 2O8F A; 1S5J A; 4TSX A; 4BR0 A; 1XUP O; 3HPO A; 4FPB A; 3UKU A; 1EX4 A; 1YHQ N; 1L3S A; 3ZLJ A; 5FRN A; 4NXM K; 3K5M A; 2CGK A; 1FK9 A; 3G6E N; 2G8I A; 5IWA K; 3VQE A; 1VRU A; 4E19 A; 2KQ2 A; 2V7Y A; 3C65 A; 4DV2 K; 3FGU A; 1U48 A; 3QO9 A; 1LAV A; 4H0Y B; 3O4W A; 4WCE L; 3NMU A; 3H6E A; 2F4V K; 1C1A A; 3OYK A; 5I42 A; 4CIG A; 1WLJ A; 3KK1 A; 3NF7 A; 1BOT O; 3AVL A; 3R8E A; 1N34 K; 3LDS A; 2P9P B; 4LFB K; 3WQU A; 3OYC A; 5J1E A; 3EL2 A; 4KV8 A; 1C1B A; 4RW4 A; 2BDP A; 1SV5 A; 4K8Z A; 4DR2 K; 4OPJ A; 4JI6 K; 3AY9 A; 4H0V B; 5J2Q A; 1OVY A; 4OPA A; 1DTT A; 2XO7 A; 3OBW A; 4KI4 A; 3IUC A; 2O8D B; 4GMJ B; 2E20 A; 4W5Q A; 1K8K A; 4DQQ A; 4YOW A; 3WEE B; 3M8P A; 1BQM A; 4ILG B; 1T6D A; 1J53 A; 3CMA N; 1HNX K; 5BN8 A; 1HKG A; 2KW4 A; 3UKR B; 1YTA A; 4A5A A; 3AVF A; 4Z94 A; 1VSK A; 1BUP A; 3O9U A; 1SKR A; 3A8Y A; 3NHG A; 1HYS A; 5BR9 A; 1IO2 A; 3VES A; 2VWJ A; 3LP3 A; 1NJZ A; 5M1O A; 3CFO A; 1QQM A; 3PUF A; 4DR1 K; 5SZT A; 1NJI O; 4KHN A; 1KC8 O; 3P1G A; 2Y1J A; 1J5O A; 2E6M A; 3VQ8 A; 4CJF A; 1TL1 A; 1ZBI A; 3AO5 A; 4JKH A; 4BC2 A; 2F7T A; 2Z1J A; 5AQO A; 2RN2 A; 2GEL A; 3ZX0 A; 1ZYQ A; 4IFY A; 3VEX A; 1S1W A; 3HXM A; 3VEY A; 4B8C A; 1KFS A; 2PYJ A; 1X3N A; 4MLE A; 2ZQB A; 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3E9L A; 3AAP A; 3RR7 A; 2OPS A; 4ID5 A; 5LY3 A; 4IFE A; 4F9O A; 4L3Q A; 3OYI A; 4BGA A; 3FZM A; 1HNI A; 1NNE A; 1JLF A; 4IEE A; 5C42 A; 2H3G X; 4KI6 A; 2P9U A; 3IRX A; 3ZX3 A; 3ZET A; 2F8S A; 3LAK A; 4CHO A; 4FJX A; 2YHW A; 1R59 O; 3VQ6 A; 1ZBS A; 4DQ8 A; 1H1V A; 4BY9 C; 2Q0U A; 2ZJP L; 1K73 O; 1YXQ A; 2HMP A; 4LC9 B; 1C1C A; 1RDW X; 4E1J A; 1EXQ A; 1YJN N; 2D4W A; 2WUS A; 2GTD A; 3WXJ A; 3C7N A; 2HBM A; 4H5N A; 3TAG A; 1KVB A; 3TWH A; 5F0X A; 3ZSW A; 2G8W A; 5BN9 A; 4K41 A; 4O0I A; 3RVC A; 1UWB A; 4CJP A; 5D3G A; 3L2Q A; 4KBO A; 4N56 A; 2F8T A; 3PLA A; 4M41 A; 4FW2 A; 1NKC A; 2NUB A; 1BIZ A; 3MN6 A; 1XWL A; 3MED A; 5KRS A; 2WOM A; 2WFB A; 3LPT A; 3BEX A; 4CF0 A; 2O8B A; 4NLC A; 1QSL A; 3BF3 A; 3CYM A; 1HUX A; 2UYT A; 4GV6 A; 4M3Y A; 4FLT A; 4FOI A; 1RDB A; 4JS5 A; 3EO3 A; 4OVL A; 4BRD A; 3AVB A; 4W5O A; 1JL1 A; 3K59 A; 4JKA A; 1NK8 A; 2HMI A; 2R7Y A; 3O9S A; 4ISG A; 3TAB A; 3CQ8 A; 3DRR A; 2QWL A; 3F9K A; 3O3H A; 4DTM A; 4PY5 A; 4CJE A; 4JKG B; 1DT9 A; 3BP8 A; 1RBV A; 3G25 A; 3AVJ A; 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