4BROA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iv (part-open)
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
358
structure length
351
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 110
structure length 351
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4broA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4broA02
2GWKA 3QMLA 4DCHA 1HJOA 5LJWA 1BWFO 2VCPA 3AAPA 3FE1A 2A3ZA 5AQQA 3WXLA 2GUPA 2I7NA 2W41A 1RGIA 2ZGYA 4CZKA 4CZHA 3CHWA 3WQTA 3IMXA 1K8KA 3C7NB 3R9PA 3AY9A 3D2EB 3WXKA 3QBXA 5BRDA 3UKRB 3BF3A 4FWMA 4BRQA 1GLJO 1HKCA 3FZMA 4MO4A 4F9OA 1MWKA 3A5LC 4YDUA 3BP8A 4I6MA 5AZIA 1V4SA 3QBWA 3KZBA 1GLCG 3DAWA 4BRKA 2QWMA 1S3XA 4CZMA 3SMPA 2Q2RA 4EHUA 4B1XB 1BG3A 4WQ5C 2ASMA 4K41A 4BC5A 3EN9A 5LY3A 2CH6A 4BG8A 1ZC6A 2GEMA 2YHYA 3D2FA 3L4IA 3H1QA 4JHDB 3HTVA 1S22A 2FXUA 3GG4A 3C0BA 3MDQA 4HTLA 4FWLA 3EZWA 4O5FA 3H46O 5AZJA 4BRMA 2FF6A 3CIPA 3O1BA 4ISFA 2QWQA 4CZLA 3B8AX 3DXKA 3DWLA 1GLLO 5EOYA 4CZIA 4B9QA 3VEVA 1LOTB 4GNIA 1U2VB 2AA4A 1TYQB 5AQLA 2GTDA 3BUZB 4JNEA 2CGJA 1NGFA 3L0QA 4JD2A 5AQZA 1QQMA 4CBXA 1IG8A 5JICA 3ZEUA 2E1YA 1NMDA 3A0IX 2EWSA 3TPQA 3R8EA 4FO0A 2P9PB 1Z6RA 1U6ZA 1WOQA 5AQTA 4IXCA 4BQLA 1BUPA 2QXLA 2A6AA 2ZGZA 1T6DA 4BRCA 1HKGA 3RSEB 3O1WA 5LJVA 3GE1A 4YDUC 1BA0A 2F9WA 3LDQA 4IJNA 4FL9A 3CQXA 3VEXA 4EIAA 2NLXA 4BVOA 4NO7A 4EFHA 2PAVA 3VPZA 3HI0A 2Q97A 2IIRA 1EQYA 5E84A 3LM2A 2A42A 5F1XA 4B1YB 4FWPA 1DGKN 4B1UB 4K42A 5AQHA 3W0LA 2CGLA 2E2PA 5EVZA 1GLEG 3ID8A 3GOIA 2FF3B 2W40A 3MN7A 5AQGA 3VEWA 1HUXA 1JCGA 1NGDA 1SAZA 4JAXA 1MA9B 5AQPA 5BRFA 4H0VB 2P9NB 4FWRA 4LC9B 3U9ZA 2J4RA 1E4FT 3FFKB 3WQUA 3EO3A 4HWIA 3MMVA 2OANA 3QFUA 5BREA 2P9SB 3LL3A 2NZTA 4CZFA 5JLHA 2E1ZA 3LDPA 1C0GA 4O8KA 2VYPA 3ATUA 3JS6A 1GLBG 4H0TB 2NRHA 3AAQA 4PKHA 3O4WA 1JCEA 1ZBSA 4FOEA 3QB0A 3FZFA 1NGGA 4Z94A 2QW9A 4IJAA 2D0OA 1TUUA 4MLEA 2Q0RA 3MN6A 4J8FA 4IZ9A 3S41A 5FPNA 1Z05A 4H5TA 3FLCO 2YCHA 3MK6A 3P4IA 2CGKA 5AQUA 1MWMA 5ADXH 1Y64A 4WYBA 4H5VA 3UKUB 1RFQA 1T44A 4PL8A 4CZEA 2IVOA 1X9JA 2Q1NA 3I8BA 2P9LB 3WEEA 3I33A 2D0PA 2ASPA 4K43A 3A5MC 2ASOA 2ZWHA 4PKGA 3HBTA 5ADXA 2P9IA 5F0XA 5KQDA 2D4WA 4B1ZA 4DHYA 2CH5A 5JLFA 5AQFA 5AQSA 3ULEA 4BRLA 3WT0A 3SK3A 3VGLA 3U4LA 2HF3A 3ZX0A 2P9UB 3A5NC 3SLCA 2WUSA 1NBWA 3DXMB 3GL1A 2FSNA 5B8HA 3CI5A 3WUHA 1BO5O 2VWBA 4DQ8A 3CQYA 4BRIA 4GY2B 3VEZA 5AQKA 1NGHA 4M7YA 3W3DA 4H5NA 5BPLA 1X3MA 4BR7A 1C0FA 5AQIA 2I7PA 3ZX2A 4EHTA 3HSCA 5BPNA 3FZLA 4BR5A 3C7NA 4JN4A 3D2EA 2P9KB 1NM1A 3UB5A 3UKRA 5TKYA 1J6ZA 3ENOA 5KPZA 4FWQA 1QHAA 2HMPA 3O08A 3QICA 4M63C 5KPRA 4KBOA 1NGJA 3CJ1A 3BEXA 5I9EB 4BQZA 1X3NA 1RDWX 3J8AA 4BGBA 3GBTA 2QWNA 4A2AA 1ATSA 3VGKA 2BUPA 5BPMA 4CZGA 1HLUA 1SQKA 1K8KB 3KVGA 2IVNA 3SMSA 3O80A 4L3QA 1ATNA 3HM8A 4BR2A 3M3ZA 4CBUA 4BREA 2A41A 2V51B 1SZ2A 3A8YA 5KQ8A 3VGMA 1GLAG 1ESVA 4BC2A 1NGEA 4JHDA 1NGAA 2E2OA 5BN8A 4BG9A 4RCHA 3LDNA 2ITMA 3G25A 2V7YA 4RWTA 1KXPA 2E2NA 4I6MB 3VOVA 3GDQA 4A62A 5AZIB 2IVPA 3EL2A 2Q31A 3CJ9A 5JMVA 3F9MA 3U9DA 5AFUH 4FWSA 1OKJA 3TU5A 3CJ7A 4H0PA 1KAZA 1DKGD 5AR0A 3O6WA 2YI1A 5AQYA 2A5XA 1BOTO 4QS8A 3ENHA 1TUYA 2AP1A 4XH5A 4H5WA 3VERA 4CI6A 3D2FB 2V7ZA 3IUCA 5AQRA 4CD1A 2QM1A 1U2VA 4FPAA 5FPEA 1TYQA 4A61A 4BVPA 3H45C 5AFUA 5EX5A 2E8AA 2QWRA 5BN9A 3VEOA 2D1KA 2DPNA 1QQNA 2FLOA 1QZ6A 2QWLA 2E20A 2V52B 3FZHA 3LM9A 4EAHD 3L6QA 5AZJB 2P9PA 2F9TA 4QS7A 5AQJA 4BR0A 3LDLA 4CBWA 1XUPO 2Q36A 1ZXOA 4C23A 4RTFD 4MLHA 2UYTA 2KHOA 3RSEA 3DXKB 3VESA 1YAGA 3H1VX 5FPMA 3VF4A 3CJBA 5AQWA 4H0OA 3ATVA 4Y0WA 2E88A 1QQOA 1YVNA 4JD2B 4E1JA 4FWNA 4BR4A 4WQ4A 2QWOA 1CZAN 5AQNA 4BRPA 5BR9A 3QDKA 4BRDA 4BC4A 3DJCA 3ZEUB 4FOIA 5E26A 4BGAA 5FPDA 3ZETA 4XH4A 4MO5A 4FWKA 2FSJA 5BRHA 3M6GA 3VETA 4CD3A 2GWJA 4BRNA 4K25A 3FR0A 3O5BA 1NWKA 3R6MA 3MN5A 4BC3A 2P9NA 3EKUA 4CJ7A 3ZX3A 4AM6A 1NGIA 1D4XA 2P9SA 4BROA 4BRGA 1DEJA 3VENA 1BU6O 2YHWA 3FZKA 2ZF5O 3UE5A 3O8MA 5AQVA 1E4GT 4IWVA 5AQXA 5KPTA 1V4TA 1YUWA 3CJAA 3MN9A 4FPBA 4ISGA 3BF1A 2E2QA 1G99A 3M1FA 3WXIA 4B1WB 3H3OB 3U8XA 1BDGA 4NB4A 2H3GX 3MCPA 1YXQA 5ELZA 3UKUA 2A40A 2HF4A 4FWOA 4H03B 1NGBA 2GELA 3FGUA 4IO8A 1KAYA 1HX1A 2P9LA 2QWPA 2YHXA 3H3NO 3VF6A 4AM7A 4DB3A 3QFPA 3LDOA 4XEIA 4H0YB 4H5RA 4A2BA 1LCUA 4XH1A 4BRAA 1BA1A 4WQ4C 1JCFA 4CZJA 3WXJA 3SJHA 3VF2A 1NLVA 2HOEA 3OHRA 4BR9A 3KHYA 3AARA 2P9UA 4QS9A 4PL7A 2YJEA 1ATRA 1HPMA 3DXMA 3IDHA 3JXUA 5AQMA 4WQ5A 2Q0UA 2BTFA 2PBDA 5EY4A 1QZ5A 3EKSA 1GLFO 3WEEB 3IFRA 4PKIA 3H6EA 1IJJA 1H1VA 1MDUB 3CJCA 2P9IB 4ISEA 3ZETB 5CE3A 4M7XA 1WUAA 1XQSC 5EXWA 2P9KA 1Q18A 3ULEB 1GLDG 1NGCA 1R59O 4H0XB 3VEYA 5AQOA 5F2RA 1XC3A 4BRHA 2FSKA 3CERA 4B1VA 2YJFA 3CETA 1KAXA 4BRFA 4FSVA 1P8ZA 3D7EO 3HZ6A 1T6CA 3A5OC 1HKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KD1O 5IT9O 3OYEA 1F21A 4UQGA 1N8RO 4W5NA 1QHTA 2YNIA 3WXLA 2I7NA 2W41A 2ZGYA 2X74A 1DTQA 3IMXA 1K8KA 3NF8A 3HK2A 3D2EB 3VQQA 3QBXA 4FJJA 3CYMA 3UKRB 2XY5A 1LV5A 4IDHA 1IKYA 1HKCA 3AO4A 3VQAA 3SV4A 3CCMN 3ID6A 5J2PA 1T7PA 4B08A 4JRQA 4BACA 2XY7A 1NJWA 4I7FA 3LDSA 1C0TA 4FK4A 4CF1A 4JEPA 1GLCG 4CGHA 1X9WA 1S3XA 4NLBA 4CZMA 3EN9A 4YOTA 4BG8A 3L4IA 4KI4A 3NF7A 1A5VA 1XMQK 1KVBA 2JLEA 3P39A 4IOAL 3MEGA 4CEQA 4LSLA 3KD5E 3M8PA 3RVCA 4A59A 3K5LA 3C65A 2Y1JA 2F8SA 2BGGA 5CZ1A 2KLAA 1EX4A 1BCMA 4ISFA 3B8AX 1YJNN 2D5RA 3DWLA 1GLLO 2Z1IA 3VEVA 1LOTB 1VSHA 4GNIA 4CJWA 2AA4A 3AA2A 1TYQB 2OZMA 4JNEA 1TKXA 3L0QA 1WBBA 5FDLA 4M3ZA 3P1GA 3OBWA 2VG7A 4FO0A 1X9MA 4BQLA 1U6ZA 1WOQA 5AQTA 4IXCA 2QXLA 2Z1HA 4DR1K 2A6AA 2ZGZA 4HUGA 4E1MA 3GE1A 4YDUC 1XMOK 2F9WA 3C94A 4M3XA 3OYMA 3VEXA 4EIAA 4W5TA 1VSDA 2IIRA 2Q97A 3HOSA 2QTDA 5E84A 2A42A 4BE2A 3I8DA 5HRSA 3V9ZA 1TL1A 2UU9K 4K42A 2UXCK 3NFAA 3VQ9A 1W97L 5JS2A 1GLEG 3S3OA 3HM9A 2W40A 4B9LA 4B3TK 1NGDA 4E7LA 3CQ8A 3QNOA 4LC9B 2J4RA 2OPPA 4FLXA 1LWFA 2HHQA 1E3MA 4M3UA 4CEOA 3CFRA 4RG8A 3T69A 4HHTA 1RBSA 2E1ZA 3LDPA 4LH5A 1C0GA 4CFDA 1XHZA 2VYPA 3ATUA 4ELVA 3AAQA 3O4WA 1JCEA 4O4GA 4DTPA 3F9KA 3QB0A 3PO5A 3EE8A 1KLNA 4IJAA 3MN6A 4DQPA 4J2BA 3MX5A 5FPNA 2QKKA 1BQMA 1A5WA 4WYBA 4H5VA 4CGFA 1T44A 3ALYA 1HNZK 4CZEA 4HCCA 3WNHA 2IVOA 3HOTA 4F3OA 2Q1NA 3I8BA 4NXMK 1LW0A 2G8FA 3V1QA 1NJYA 1CXUA 3KWIA 2ASPA 3TAMA 4PKGA 5KQDA 2P9IA 2HNZA 4M3WA 1VQ8N 3P38A 1N6QA 4DHYA 1S1UA 3SK3A 3ZX0A 3QLHA 2WUSA 4OVLA 1VSIA 1Y97A 5SWMA 4X62K 2NRVA 4O55A 2OA8A 4NXNK 3I0RA 4NCAA 4CFAA 5AQKA 5GINA 4J2DA 3JAMO 3VQ6A 1X3MA 3TANA 1ZBLA 1C0FA 5AQIA 3HSCA 3K5OA 3D2EA 3OS0A 4KHUA 3UKRA 5TKYA 1JLBA 1QHAA 3MEDA 3O08A 5KPRA 3L2RA 5D3GA 4DF4A 2B6AA 3ASMA 4G1QA 5I9EB 4BQZA 1IKVA 3K5NA 1P90A 1ATSA 1KFDA 3VGKA 4JKFA 5BPMA 3NF9A 1HLUA 3SMSA 1N36K 4F8RA 1DTTA 2G8HA 2WONA 4BREA 2A41A 2V51B 1SZ2A 3A8YA 5KGWA 4CJLA 1GLAG 3DLRA 4CEZA 4BG9A 3KLFA 2V7YA 4RWTA 5C2DA 5AZIB 1Q8IA 2DY4A 3CJ9A 1C6VA 4JK8A 1KAZA 5AR0A 1TKDA 3O6WA 4KV8A 4FJMA 2YI1A 4CGIA 1S5JA 4CHQA 2O8EB 3F2KA 1TUYA 1RDDA 3O9QA 4H5WA 3OW2M 3VERA 4IOCL 4F2SA 4NLCA 4PA1A 3SV3A 4KB1A 2O8DB 3RR7A 3V1RA 3OYCA 1TYQA 1KC8O 3H45C 2HNDA 3NGYA 4IKFA 4JI0K 2NRWA 2QWRA 5A2QO 1CZ9A 2FLOA 3HYFA 2E20A 3E9OA 3AVNA 4DV0K 1EETA 4CGJA 3LM9A 4CGGA 3L6QA 5AZJB 4JKGB 1HMVA 2F9TA 4CBWA 3EEQA 3DOKA 4OX9K 4MLHA 4J2AA 3QEPA 4IOXA 1C1BA 3T7ZA 3VESA 4HVJA 4CK3A 4B9NA 3VF4A 3S3NA 3CJBA 3DLKA 5AQWA 2X78A 3ATVA 2HBLA 2E88A 1YVNA 2B4JA 2Z1JA 3IRXA 3RR8A 1I3AA 5BR9A 3ZLJA 4BC4A 4FOIA 5FPDA 4C8MA 1B92A 4XH4A 3O9RA 4XIUA 2FSJA 5AJ3K 4DR7K 4JKEA 5I42A 1ASVA 3TWHA 5CY4A 4FZYA 4CEAA 2GWJA 4CD3A 2F8TA 3KD1E 3O5BA 1NWKA 3R6MA 1ZBFA 3HP6A 3MN5A 5FROA 4ZTFA 1HRHA 3EKUA 5GAHP 3ZX3A 1VQNN 5LMUK 1BHLA 4RW4A 4QOZB 4BROA 4Z4IA 5CR4A 3Q7BA 3VENA 1BU6O 3KLGA 3TAQA 4JI2K 3V9SA 5GADP 1QSLA 4DFMA 5IWAK 3QEVA 3V1OA 4IWVA 2LSNA 5AQXA 1QVFM 3E9LA 3CJAA 4DMNA 1Q86O 4YFUA 3M1FA 3U3YA 4CE9A 4HCBA 1SUQA 4CF9A 3HJFA 3U8XA 3MCPA 1S6QA 3TTCA 4IFVA 1UOCA 3N4PA 1S9EA 4C8KA 1EXQA 3C6AA 4FLUA 4DFPA 2YNHA 1NGBA 4CJ4A 2KFNA 1KAYA 3JSMA 3OY9A 3T19A 3PIOL 4AHRA 4ZTJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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