4BROA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iv (part-open)
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
358
structure length
351
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 110
structure length 351
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4broA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4broA02
4JD2B 1EQYA 4BGBA 1NGJA 2QWQA 3UKUA 1U2VA 3DWLA 3R6MA 1ZC6A 1DEJA 1GLBG 5FPNA 3D2EA 5AQPA 3UKRA 2QWNA 1OKJA 4DQ8A 3AARA 4CZKA 3FFKB 3A5NC 2QXLA 4BVOA 5EY4A 4CZMA 3CIPA 3CJAA 4BR5A 1S3XA 5BN8A 1JCEA 2F9WA 3SJHA 3CI5A 1SZ2A 2FSKA 3AY9A 3O4WA 4B1XB 3M1FA 2ITMA 3GBTA 2P9IB 3WT0A 3WXJA 3P4IA 3D2FB 3QBWA 4BRNA 4A2AA 1BWFO 4WYBA 3VEYA 2PBDA 2A42A 4BR2A 3HSCA 3EKSA 4IZ9A 2AP1A 4BRQA 2E1ZA 2YHXA 3GOIA 2QWOA 4EHUA 1Y64A 2NLXA 3ULEA 4BRMA 2AA4A 5BRFA 2I7PA 4EIAA 3CJCA 2D0PA 4E1JA 3U9DA 5AQOA 3KHYA 1LCUA 2V7ZA 1KXPA 3MN9A 1ATRA 1NGDA 2E2NA 3UE5A 3VEWA 4BR7A 2P9UB 5AQGA 1HPMA 2Q2RA 1KAYA 1NGAA 3LDLA 5BPLA 1XQSC 5AQIA 4K42A 1V4SA 4IJAA 4B1YB 3FZMA 3SLCA 4CI6A 1MDUB 4BC5A 2P9PB 5AQRA 3FZFA 2PAVA 4FWOA 3CHWA 1NGBA 4A61A 3LDNA 4PL7A 4BRGA 4BGAA 3ZEUB 3D7EO 3DXKB 4NO7A 2GTDA 5E26A 2GUPA 4O5FA 1X9JA 4L3QA 4FWKA 4MLHA 1MWMA 3BEXA 3ZETB 3IDHA 3SMPA 3VF2A 1SAZA 1NGHA 1H1VA 5BN9A 4H5WA 5F0XA 3FZKA 2H3GX 4CD3A 1GLDG 1WOQA 1YUWA 2P9NB 3W0LA 4CZFA 2DPNA 5F1XA 4K25A 3CJ7A 4M7XA 5BPNA 2P9LA 5EX5A 5FPMA 4H0OA 3HZ6A 2P9KB 4H0XB 3L4IA 1E4FT 4M63C 1K8KA 1HX1A 3FLCO 4FWRA 1P8ZA 1JCGA 2ASMA 2ASOA 3ENOA 4IXCA 3UKUB 5JLFA 1RGIA 5AQTA 3UKRB 4IO8A 5AZJB 1U6ZA 1KAZA 3GG4A 2QW9A 3WXLA 4K43A 4WQ4C 1X3MA 3EN9A 4BRHA 4KBOA 1NGGA 4BR9A 5FPEA 5F2RA 4YDUA 1X3NA 4Y0WA 5BRHA 3TU5A 3GDQA 5TKYA 2CGKA 4BRFA 4J8FA 4BC2A 2FLOA 3VESA 5BR9A 5KQ8A 5LY3A 5FPDA 3DJCA 3CJ9A 4FWMA 1NGFA 3VEOA 5ELZA 3FZLA 3EL2A 2GWJA 1G99A 2YHWA 3ULEB 2IIRA 3EO3A 3FGUA 3BF3A 2GWKA 1S22A 3WXIA 1T6DA 3EZWA 4H0YB 4WQ4A 5KPRA 3VENA 3A5MC 5BRDA 3LDPA 2HOEA 4H5NA 4PKHA 3GE1A 2I7NA 4I6MA 4H0VB 3HI0A 5AQXA 3CETA 3A5LC 3VOVA 1XC3A 3H1VX 4QS9A 3VGLA 5AQLA 4JAXA 4XH5A 3MN7A 2W41A 2EWSA 1TUUA 3QFUA 3H3NO 4A62A 4BRDA 1ZBSA 4JHDB 3LM2A 4ISFA 2ZGYA 4DCHA 2W40A 2KHOA 4H0TB 4FWNA 4PKGA 3WXKA 1RFQA 5AQUA 4AM6A 4B1UB 3M3ZA 1BUPA 5BPMA 1GLFO 3BP8A 4FWPA 4WQ5C 5JLHA 3SK3A 1QQOA 4GY2B 3H45C 4NB4A 3WQUA 2D0OA 3QDKA 2E1YA 4M7YA 2NRHA 4IJNA 3AAQA 2GEMA 3C0BA 2YI1A 2ZF5O 4FSVA 5ADXH 5KQDA 1LOTB 5EXWA 5AQWA 3DXMA 3QBXA 3A5OC 4CBUA 5AQHA 3VPZA 5KPTA 1SQKA 5AQKA 4B1WB 4H5RA 4BQZA 4RCHA 3UB5A 1BO5O 1D4XA 1HKGA 1IG8A 3FR0A 5AQSA 5AZIA 1DGKN 3D2FA 1GLAG 4BRIA 4CJ7A 1NGEA 3HTVA 3ID8A 2A3ZA 1YVNA 2A41A 5CE3A 1RDWX 2E8AA 1TYQA 3VF4A 3WEEA 1GLLO 4GNIA 2ASPA 4BRKA 3VEXA 4AM7A 2D4WA 4CZLA 2Q97A 4RTFD 4EAHD 3WUHA 3H6EA 1E4GT 3RSEA 3DAWA 4MO5A 3J8AA 4JNEA 2QWPA 1U2VB 4XEIA 4CZHA 4C23A 3MN6A 3ZX2A 1BA0A 1ATNA 5AQVA 5AFUH 4FPAA 3D2EB 3S41A 2GELA 3B8AX 4B1VA 3G25A 4BG9A 3O1WA 4B9QA 3O5BA 3VGKA 1NGIA 2E20A 3CJ1A 4HTLA 4EHTA 2FSNA 1GLEG 1ATSA 2E2PA 1QZ5A 1C0GA 2UYTA 3FZHA 4BRCA 3ZEUA 3VGMA 3DXKA 1HLUA 3IFRA 2WUSA 3L6QA 1ZXOA 1NGCA 1QQMA 3HM8A 3U8XA 3WQTA 4BC4A 4QS8A 5I9EB 2P9SA 1QHAA 4ISGA 3TPQA 2HMPA 3VEZA 3C7NA 3ZETA 3SMSA 3MDQA 3MK6A 1BDGA 4F9OA 3O1BA 3O6WA 4FWQA 3R8EA 2FXUA 5EOYA 3JS6A 4BQLA 4RWTA 3GL1A 4FO0A 4FWLA 4QS7A 1NLVA 3BUZB 4H5TA 3CQYA 1TUYA 5AQJA 4BREA 3LDOA 1YXQA 2P9KA 3VERA 4CBWA 1T6CA 1BU6O 5BREA 3IMXA 2QWMA 2Q36A 4BVPA 3BF1A 3I33A 1HKBA 1DKGD 2ZWHA 4BRAA 4BC3A 5AR0A 1XUPO 2A5XA 1HUXA 3MCPA 2YJEA 3ZX0A 2F9TA 3DXMB 5AZJA 5ADXA 1T44A 3OHRA 1BG3A 1BOTO 3ATVA 4FOIA 1NWKA 2Q31A 3O80A 3QICA 1Z05A 2VCPA 3FE1A 2IVOA 3HBTA 2YJFA 3VETA 5KPZA 3LL3A 3CERA 5AZIB 3LDQA 3ENHA 3QFPA 3U9ZA 4DB3A 3KZBA 1YAGA 4DHYA 4EFHA 1IJJA 4IWVA 4CZJA 3VF6A 4JD2A 1TYQB 3CQXA 3WEEB 2P9LB 3QB0A 4FWSA 2D1KA 3M6GA 5JICA 4BRPA 2IVPA 4BG8A 3MMVA 1K8KB 2J4RA 4BROA 3RSEB 5LJVA 1MWKA 4CD1A 2NZTA 1MA9B 2CH5A 4A2BA 2IVNA 1JCFA 2HF3A 5AQQA 4O8KA 5AFUA 4XH1A 5B8HA 4PL8A 2BUPA 2QM1A 2OANA 4WQ5A 2P9IA 4Z94A 4K41A 2E2QA 3H3OB 4H0PA 4MO4A 1ESVA 1J6ZA 1R59O 4FOEA 1NM1A 2A6AA 4CZEA 4JHDA 3KVGA 2V7YA 3A8YA 3EKUA 2P9SB 2FF6A 4CZGA 2FSJA 2V52B 2YHYA 3C7NB 3QMLA 1WUAA 4XH4A 2QWLA 2CGJA 2FF3B 1GLCG 1HJOA 4CZIA 1CZAN 2VWBA 3ATUA 1QZ6A 2CGLA 2P9UA 5JMVA 3L0QA 4HWIA 2Q0RA 2E88A 4MLEA 4JN4A 3AAPA 5EVZA 4YDUC 4H03B 2BTFA 4BR4A 1KAXA 2P9PA 4ISEA 2Q1NA 4I6MB 4H5VA 4BRLA 4LC9B 1NMDA 1QQNA 3MN5A 4B1ZA 1C0FA 4FL9A 2QWRA 5AQZA 3I8BA 2A40A 1V4TA 3A0IX 4BR0A 3LM9A 5AQMA 1NBWA 2HF4A 1HKCA 5E84A 1BA1A 2V51B 5AQFA 2ZGZA 2CH6A 3CJBA 5AQNA 5LJWA 3JXUA 2Q0UA 3IUCA 3VEVA 3O8MA 3U4LA 3R9PA 3ZX3A 4CBXA 4FPBA 4PKIA 2P9NA 1Q18A 2VYPA 1GLJO 3W3DA 3O08A 2YCHA 3F9MA 2E2OA 3H46O 5AQYA 1Z6RA 3H1QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJKA 1TGOA 2QWQA 3UKUA 3R6MA 1T3VA 2KZMA 5C12A 3KTQA 1DEJA 3U3GA 3UKRA 1JL1A 2O8FA 3FFKB 4CIEA 2QXLA 3VQ7A 5EY4A 2VGMA 4JKEA 4Q0BA 3O9UA 3SAFA 1U47A 2IC3A 1SZ2A 3AY9A 4CEDA 4LF5K 2FBYA 1XHXA 3WXJA 3B6PA 3P4IA 3RMDA 4BRNA 4DR4K 4WYBA 2WC9A 2D0CA 4FM1A 3EKSA 3OYGA 3B6OA 4HUEA 4B3MK 2E1ZA 4OPHA 3N4PA 3VN5A 4BRMA 3PUFA 5BRFA 2I7PA 4OGCA 3SUNA 1YT3A 3SUOA 3CJCA 2V7ZA 1FJGK 2WBNA 1K6YA 3MN9A 5GAGP 1IBMK 1ATRA 1NGDA 4BR7A 2FBVA 1HPMA 2HMIA 1KAYA 3MCAB 5BPLA 1FXXA 4IJAA 1RT4A 3FZMA 4JKCA 2ZD1A 3I56N 2P9PB 4FWOA 4KB1A 1UA1A 4B3SK 3EE8A 4FM2A 4BRGA 4DTPA 1QSLA 3K5MA 3V6DA 3RR7A 3DXKB 5M1NA 1J9AA 4NCAA 4J2AA 4Y1CA 4L3QA 3T7ZA 1NJWA 2FBXA 1U48A 3I8DA 1C1BA 4UQGA 1SAZA 2VQEK 3THXA 5HBMA 1HNIA 1NGHA 4I9LA 3CPEA 4A57A 1SS6A 4KREA 2H3GX 3AGKA 5F1XA 1YHQN 2GUIA 3CJ7A 1RNHA 4M7XA 4DTMA 4H0OA 4DQRA 3QO9A 1K8KA 1HX1A 3FLCO 4O0JA 1QE1A 4IXCA 4NXNK 5J2PA 2NRRA 2HHSA 1KVAA 4U7BA 3AA3A 2VWJA 4F2SA 1C0UA 3GG4A 1EWQA 3NF9A 3LP2A 4WQ4C 3T1AA 3EN9A 1NGGA 4BR9A 4HHTA 4IDHA 3N4QA 1X3NA 5BRHA 4EP5A 4JRQA 4BC2A 5FROA 1U49A 3G6EN 3V9UA 1YF5L 4KH6A 4E0DA 4CJUA 5KQ8A 4BE2A 3NHGA 5FPDA 3CJ9A 3QNOA 3U6FA 3EL2A 2YHWA 3ULEB 1ASUA 2GWKA 1S22A 1T6DA 2AJQA 5KPRA 4WQ4A 3VENA 1C0TA 4N47A 1NJZA 1OH7A 3QESA 4DS4A 5I42A 1NK8A 1N33K 4NXMK 3OTOK 5HOOA 4KB0A 1UOCA 5AQLA 2OTJN 3RR8A 4XH5A 4ID5A 4XIUA 2A1RA 3MN7A 1WBBA 4A62A 4BRDA 3QEVA 2DTUA 2IDOA 3TTDA 1Q82O 1LAVA 4X64K 4W5RA 3OYJA 3M8SA 1S9EA 1P90A 4IEIA 5AQUA 4AM6A 3V9XA 2KW4A 4YOTA 3CM5A 1G15A 4CECA 4CGHA 1XC9A 5JLHA 1QQOA 4B8CA 4DR6K 1HJRA 1BQMA 4Z4IA 3L2RA 1GOCA 3WQUA 1NK4A 2NRHA 3CC7N 1TK5A 1WSHA 4B9SA 4CESA 3OS2A 3AAQA 1NNEA 3OYMA 3MXJA 3C0BA 5ADXH 5KQDA 2G8VA 4JKGB 1WBDA 3E9PA 1ZBIA 1JLGA 3T1YK 1SQKA 3NF7A 4B1WB 5KI6A 4BQZA 3OA9A 5AJ3K 1RDUA 3EEQA 1IG8A 4MFBA 5AQSA 3C6AA 4CJ7A 1EX4A 3LWLA 2UUAK 3ZSXA 2Y1IA 3WNEA 3WEEA 2EX3A 4ICLA 4CF0A 4GNIA 2ASPA 3VEXA 4DTXA 4GMJB 4KI4A 3WUHA 4DMNA 1JKHA 3AVFA 4BDPA 1D9DA 4LH5A 4JKBA 4PY5A 4XEIA 1OVYA 4CJ5A 1REVA 2P1JA 4O8UA 5CR4A 4FPAA 3D2EB 3ITHA 1WN7A 3S41A 2GELA 3HT3A 3G25A 4BG9A 4B9QA 5H1SQ 4WCEL 3VQ9A 2E20A 1TKTA 4BWJA 1ATSA 1JLBA 1QZ5A 2RHKA 2UYTA 3K9JA 2A1SA 4DR7K 3H08A 3R1XA 1YJ9N 3DXKA 4JI3K 4X62K 5KRSA 3L3UA 3HM8A 1QQMA 4QS8A 3ID6A 1QHAA 3AO3A 4ISGA 3VEZA 3C7NA 1YITN 3LZIA 1HYSA 1BDGA 4KHYA 2RKIA 3O6WA 4YFUA 1IKVA 1D5AA 5M1OA 2O8DA 3OYNA 4RWTA 4ZHRA 3GL1A 4FO0A 4DLEA 4QAGA 4QS7A 2O8BB 4E7KA 3CQYA 3OVNA 1I3AA 5AQJA 1YXQA 4F3OA 2O4IA 4MQ3A 1SL2A 1BU6O 3T69A 3WNFA 2IAJA 2QWMA 2PY5A 3BF1A 3I33A 4IG3A 4DF8A 1HKBA 1DKGD 2G8WA 4JI1K 1DT9A 2HSTA 3THYB 1J5OA 1HUXA 3J81O 2F9TA 3DXMB 3OS0A 3Q7BA 2IOCA 2Q31A 1JXBA 4AHSA 1SKSA 4B9VA 4KHWA 4JI5K 3PO5A 2YJFA 3CMAN 3CERA 3ENHA 3S3NA 1YVUA 3HRGA 1HNXK 1BHLA 1IJJA 4JD2A 4LF4K 2P9LB 3QB0A 4FWSA 3AO1A 1X9SA 1ZYQA 1VSHA 4BRPA 2IVPA 3VQAA 2J4RA 3RSEB 4FJ8A 1D9FA 2CH5A 1JCFA 2G8IA 5FLXO 4M3YA 3DLGA 4O8KA 5AFUA 4XH1A 5B8HA 4FVUA 2QM1A 4RG8A 1L5UA 3E9OA 4L8RB 3MEDA 3H3OB 1ESVA 3OYHA 4FOEA 1KRPA 3KVGA 4DU1A 3PSIA 5EU7A 2FSJA 2V52B 3CQ8A 2QXFA 4ELVA 3ASMA 2FF3B 3LP0A 4CZIA 4C8MA 1VQ9N 1QZ6A 1IBKK 5M1PA 2P9UA 3AVJA 3RMAA 3F5TA 2Q0RA 3ZT0A 3KLIA 1RTIA 5EVZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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