1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
3AVMA 3HT3A 1L3UA 3RMDA 3VQPA 3LPUA 4CESA 2B6AA 4OJRA 1T8EA 1ZBIA 3KLEA 3AA5X 2HHQA 4CJTA 4OVLA 5HP1A 4HCCA 3NE6A 1N5YA 3SUQA 4BE0A 4KHNA 4DFJA 3OS2A 4LH5A 4CF1A 3IRXA 4KV8A 4E7HA 2G8HA 4C8KA 1GOCA 1IO2A 1S1XA 1WN7A 4GW6A 1LAWA 3LPTA 4CEDA 3LANA 5CYQA 3KLHA 2KFNA 3O4NA 1XI1A 2PZSA 4MQ3A 3S3NA 2FBXA 2IGIA 3SQ0A 1L3TA 3KD5E 4FJJA 2QKBA 2DY4A 1HYZA 4CF9A 1KTQA 3D45A 2A1SA 3DYAA 3HPGA 4DQPA 1BISA 1NOZA 3KK3A 4FM0A 4DU4A 3TAGA 3ALYA 3DLGA 3C95A 4CF8A 5SWMA 1WAFA 3VQ4A 2FBTA 3L2UA 4E19A 3V9ZA 3SQ1A 1XHZA 2LSNA 4DTOA 1ZYQA 4BDZA 4OGCA 4RW7A 1U49A 2HVHA 3NAEA 3HYFA 3F73A 5FRMA 2KZMA 1BIZA 1UA1A 4I2PA 4Z0UA 4CJUA 4CF2A 1HNVA 4IG3A 3QO9A 1WSIA 4FJNA 4ICLA 3LP0A 2OA8A 4ZTJA 2ETJA 1RILA 4DTUA 2DTUA 3V1RA 3NBPA 4PA1A 3ZT4A 1REVA 3AVKA 3O3HA 1SKWA 3AVJA 4DMNA 4IKFA 3SYZA 4AHRA 3MEEA 4FZYA 3OYGA 4IBNA 1L3VA 4K8ZA 4FJMA 4KI6A 4CHQA 3AA2A 3M8RA 4KREA 1JLAA 3K58A 3T1AA 4YNQA 4B3OA 3LP3A 1IKVA 4AH9A 4W5RA 1HPZA 4DQQA 3U3YA 4B8AB 4FJ8A 2P51A 4Z4GA 4IFYA 2XO7A 1HQUA 4KKOA 1D5AA 1RDAA 2RKIA 1RTIA 1RTJA 4OKEA 4OPKA 4M3UA 4KAZA 3BDPA 4K8XA 1S9GA 4QCLA 3PX6A 1LW2A 3IS9A 4BWJA 2PY5A 3HVRA 4Y1DA 4E7KA 1QE1A 3WNFA 2XRIA 1HMVA 1I39A 3SUNA 2ZQBA 3AO3A 3OS0A 3SZ2A 3DLBA 3VQDA 3M8QA 1J9AA 5T7BA 3ZT3A 3ZSYA 4DSLA 1FK9A 3L2WA 4F2RA 5HBMA 1IKWA 1C0UA 3CG7A 1C1CA 2OPSA 3AA4A 2IS3A 3CFRA 1CZBA 4JLHA 4KI4A 3SJJA 1TVRA 3NF6A 3VA3A 1NK7A 2GV9A 5HRNA 2XY6A 1VRUA 3OJSA 5FROA 4DWIA 2P5OA 3NGIA 3C6TA 3IAYA 1WSEA 3OJUA 1S1VA 1L5UA 1TL1A 1ZBHA 2OPRA 1WNSA 2HVIA 1NKEA 3HVTA 2PYLA 4E7LA 3NH0A 4KHSA 4CHYA 1WAJA 2YNIA 1RCHA 3NF9A 1TK0A 4DQSA 5KRTA 3M8PA 1NK5A 2HHWA 3VQ7A 4E1MA 4JRQA 4CJSA 4NYFA 3ZT1A 1QHTA 1EX4A 2E4LA 1KRPA 3K5NA 1RT2A 4KTZA 2G8WA 4KHYA 1VSMA 5KGXA 2Y1JA 4F3TA 2O4GA 3QEXA 4M3ZA 3OYKA 3AO1A 3PX0A 3HO1A 1BQNA 2ITGA 3KLIA 4CGHA 4C8MA 4B9VA 1T7PA 4M3WA 3NGYA 1KLMA 3B6PA 2ZE2A 4OLBA 4I7FA 2G8FA 3MEGA 3OVNA 3ZCMA 3V4IA 4KRFA 3ITHA 4LSNA 2W42A 3V9WA 4DTJA 4CGFA 5CYMA 5C24A 2BGGA 2RPIA 4CFBA 1EP4A 3KLGA 3CFPA 4J2EA 1G15A 3KJVA 1TK5A 3DRPA 3KLFA 4DTXA 2BANA 4PUOA 4ELVA 3CM6A 4CEBA 1KVCA 4CEQA 4E0DA 4DSEA 2OYQA 3V1QA 3SPYA 1BI4B 2WOMA 4DLGA 1Q9YA 1TAQA 1WSJA 2Z1HA 3DLEA 1SL2A 3LWMA 5CZ2A 4CF0A 1J54A 4CJFA 3AVCA 4FJIA 3AVLA 4O0JA 2AJQA 4CK1A 1TV6A 2YHAA 1O1WA 1RBRA 1NKBA 1X9MA 5J2QA 3LZIA 4W5QA 5HLFA 3VQEA 4O0IA 4DFPA 1TKZA 3K59A 3QEIA 5I3UA 4KHQA 2IDOA 1C6VA 2HHTA 1S1TA 1S6QA 4DSKA 5J2PA 4FJ9A 4M45A 1NK9A 5HROA 1HQEA 2VWJA 3NH1A 4GVMA 3OYMA 3SV3A 4B9TA 4N76A 4CGGA 1U48A 1FXXA 3ASMA 4CEFA 1IG9A 4YFUA 4FXDA 4DSIA 1SKRA 3QIOA 1EKEA 4CJLA 1JL2A 3DOKA 4NCBA 1BQMA 4BE2A 1NK8A 1FKOA 4CJ4A 3E01A 1X9SA 4KPYA 2XY8A 4CERA 3D0PA 4DU1A 2Z1IA 1RT7A 2ATQA 1RBVA 3MECA 4AHTA 1F21A 3OYDA 4FM2A 3TI0A 1Y97A 3KK1A 4E3SA 1UOCA 4OKKA 1MU2A 2JLEA 3AVBA 3DLKA 3ZSVA 3DLHA 4Z4IA 1NJXA 2G8UA 4FK0A 2YV0X 4O4GA 1U45A 1XHXA 1UAXA 4CGDA 4B9MA 3ZT2A 4CJRA 3L8BA 3L2QA 3CQ8A 1C0MA 4CK2A 4DTRA 4EZ9A 1JLEA 3HL8A 3DM2A 3HP9A 4J2BA 4EP4A 3PV8A 1JLQA 1VK0A 3VQBA 2D5RA 2EHGA 3LWLA 2BDPA 4J2DA 1HRHA 1W9HA 4KO0A 4AHVA 3EY1A 2RF2A 1XC9A 3HXMA 3HK2A 5EU7A 4CHNA 3VQ6A 4B9LA 5HRRA 4Z4CA 3SI6A 3AV9A 4BDYA 1QTMA 4H4MA 3L2VA 3ZT0A 4M3TA 2F8SA 3QEWA 1LV5A 4CFAA 1JLGA 3NFAA 2FBVA 3CYMA 1S1UA 1TKTA 3HPHA 5J2NA 3KIOA 2KZZA 1WSFA 2HHSA 4CJKA 1KLNA 4DTNA 2X78A 1YVUA 4FJ7A 5E41A 3DRRA 3QLHA 2KFZA 1TKDA 1I3AA 4HUGA 1K6YA 3TARA 4DTPA 1IH7A 1C1BA 4DU3A 1SKSA 1U4BA 1LAVA 5JS1A 2YNGA 3MXIA 4ZHRA 1VSFA 3RWUA 1QQCA 5KRSA 4RW9A 4WE1A 3QNNA 3JSMA 1ZBLA 4CIEA 3T3FA 4NYNA 4NCGA 5CY4A 3QERA 3LAMA 1VRTA 2Y1IA 4QOZB 3K2PA 3AVGA 3QEPA 1EETA 3V9XA 5JS2A 1J53A 3AA3A 3MAQA 1VSKA 4HTUA 3TAFA 4BWMA 4HHTA 3OY9A 1R0AA 4M3XA 4FK4A 4M41A 4JRPA 1NJYA 1BHLA 2Q3SA 1RDCA 3A2FA 3LAKA 3K5LA 2HMIA 3SV4A 1HNIA 1S1WA 4LSLA 3C94A 1RDBA 1JLFA 2KW4A 3VN5A 2R7YA 4CEAA 3LDSA 4FLYA 4FLXA 2XY7A 4CHOA 3DMJA 2YKNA 4ID1A 2XY5A 4BE1A 3TAQA 4AHCA 4J2AA 4HUFA 1DLOA 2B5JA 2IC3A 4C8NA 3NDKA 4IG0A 4DTSA 3VQAA 2IAJA 1T03A 4ELTA 3O3FA 3ULDA 3B6OA 3QIPA 3S9HA 1QSSA 4FJLA 4CEZA 4RG8A 2D0CA 3AVNA 5DK5A 1HJRA 4FZZA 1SUQA 3DLRA 1JLCA 3AO2A 3MXMA 4CEEA 2XHBA 4E1NA 3V9UA 3SPZA 3RTVA 1TAUA 3AO5A 4H8KA 3KTQA 4DFMA 1U47A 4OKJA 4FJ5A 4I9QA 3OS1A 1KVBA 4IDKA 4FLWA 1X9WA 1J5OA 1FKPA 4E89A 1LWEA 5HRPA 4F2SA 1Z25A 4B9SA 4CECA 1UA0A 4L8RB 1WSHA 1DTQA 3P1GA 4Y1CA 1BL3A 1GOAA 4RW6A 3KD1E 3IG1A 3G10A 1JKHA 3G0ZA 3DOLA 4RW8A 1B92A 2G8VA 3HP6A 1JXBA 2ZD1A 4CJQA 3VA0A 3FFIA 2G8IA 2YKMA 3K5OA 2FBYA 4W5TA 1NOYA 3HJFA 3PY8A 1LWCA 3SUPA 4FW2A 1NJWA 4ID5A 1T05A 4DQRA 3O3GA 1CZ9A 1VSEA 2X74A 4JS4A 4BACA 3SQ2A 2D0BA 4B9UA 4C8OA 4R5PA 1QSYA 4F4KA 2P1JA 3AVAA 2G8KA 2YNFA 3NCIA 1SL0A 4FM1A 5FDLA 4KHUA 4B08A 4AILC 4FJXA 1NJZA 3CM5A 3DRSA 4DS5A 4FVMA 3NGZA 4PQUA 3DI6A 4OGEA 3F9KA 3WNHA 3JYTA 2BE2A 5I42A 3K5MA 4KHWA 2FC0A 3U6FA 4DG1A 3TABA 4CCHA 3P83D 2GBZA 3OYNA 2HHXA 4FLTA 4I2QA 4OLAA 1BCOA 3RMBA 1VSDA 3V1OA 1SV5A 3T19A 1RT5A 4CJWA 1KVAA 1BGXT 1RBUA 3KKSA 2PYJA 4CE9A 3AVHA 1RT4A 4KB1A 3PO4A 1TKXA 3EZ5A 1KCFA 2RN2A 5FRNA 4AHUA 4FZXC 1NK6A 1ASVA 4FK2A 1U04A 5SZTA 4DTMA 2D0AA 3TWHA 4CIFA 3V6DA 2VG5A 5K14A 4Q5VA 3SUOA 4O55A 4NCAA 4CJ3A 3VQ5A 4DLEA 4Q0BA 1YTAA 1WSGA 1A5XA 3ZSZA 3RMAA 3H08A 4GMJB 1VSJA 3AVIA 2JGUA 1ZBUA 2DFEA 1TGOA 1B9FA 1EXQA 3LALA 3U3GA 4DS4A 1IKXA 1ZBFA 1ASWA 3KK2A 4F3OA 3RR8A 4HVJA 2HHVA 3KKRA 1NK0A 4UQGA 4Z4FA 1HYSA 3OYIA 4E7IA 5J2MA 5KI6A 4Z4HA 4CJEA 3TAMA 4CIGA 1XWLA 1RTDA 5KGWA 2KQ2A 4DSJA 2HB5A 4JS5A 4CGJA 4M3YA 4I9LA 4B8CA 1JXEA 1DTTA 1ITGA 3HPOA 4LY7A 3ZSRA 3NF7A 3I0SA 3QETA 3TAEA 2I5JA 3MEDA 2Z1JA 1Z26A 3V81A 4LH4A 4FYDA 3V9SA 1RNHA 3HSTB 3I8DA 4ZTFA 2HW3A 1LWFA 1Q9XA 4MFBA 1KSPA 3ZSQA 2EX3A 3VQ8A 4CJVA 4OPJA 3UIQA 1S6PA 2DFHA 1IKYA 3SNNA 3S3MA 1L3SA 4KTQA 3ZSOA 4G1QA 4EZ6A 2P5GA 3OYJA 2OPPA 2YHBA 4FLVA 3EYZA 1NK4A 3LP1A 2VG6A 4O44A 3VQ9A 1SL1A 3RMCA 3PO5A 1D8YA 1LW0A 4E7JA 3PX4A 3LP2A 5HRSA 1RT6A 1S5JA 1GOBA 4N5SA 4W5OA 3OYCA 4PY5A 4LD0A 4CK3A 4FW1A 3LZJA 4QAGA 1RT3A 1N6QA 2QKKA 5C42A 1RTHA 4TSXA 2HNZA 1WLJA 3L3UA 3QEVA 5D3GA 3P5JA 1BCMA 4HUEA 1B9DA 2X6SA 3OYFA 3SCXA 3OYAA 1HYVA 3QINA 4KFBA 3WNEA 4CFCA 1CLQA 1ASUA 3C6UA 4CHZA 1RBTA 1JLBA 2B4JA 3QESA 2IOCA 1BIUA 2F96A 2GUIA 1TL3A 3AVFA 3M8SA 3K57A 4FCYA 2NUBA 2A1RA 1D9DA 2F8TA 3NHGA 3AO4A 4ELUA 1A5VA 5DMRA 3TR8A 4N56A 3QNOA 2DFFA 1D9FA 4H4OA 4FLZA 4FJGA 3NH2A 5J1EA 2HNYA 3VQQA 4BDPA 3MXJA 4FJKA 1CXQA 1QS4A 3SQ4A 2HHUA 3I0RA 3HM9A 4CFDA 3WNGA 4KB0A 1KFDA 1UWBA 1BI4A 1C0TA 4N41A 1S9EA 4F8RA 3ISNC 1W0HA 3PUFA 5C25A 3VQCA 3OYHA 3BGRA 4IFVA 3TAPA 3RRGA 3CFOA 1C1AA 4KTWA 4CGIA 3RRHA 3O4QA 4CHPA 4DSFA 2OZMA 3L3VA 1JL1A 1VSHA 1RT1A 1YTUA 1RBSA 4Z4EA 1VSLA 4DF8A 2O4IA 2VWKA 4CEOA 4O5BA 4DF4A 1CXUA 2OZSA 2Z1GA 2X6NA 1NKCA 1X1PA 3L2RA 4C8LA 1KFSA 4AHSA 4FLUA 1RDDA 4RW4A 1VSIA 1YT3A 2E6LA 3TANA 4M42A 4CJ5A 4W5NA 2WONA 1Q8IA 2YNHA 4DQIA 3NF8A 4PWDA 4EP5A 2HNDA 3S3OA 3OYBA 3ZSWA 3ZSXA 4B9NA 2QXFA 4HCBA 4N47A 1A5WA 4M3RA 4DFKA 5CZ1A 3OYLA 1QSLA 3RR7A 2QK9A 2KTQA 3OYEA 1TK8A 4CJPA 4FJHA 2OPQA 2E6MA 3THVA 4XIUA 5KTQA 2VG7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HT3A 3VTIA 4NXMK 3VQPA 2NRVA 3N4QA 4CESA 2B6AA 3MWPA 3UKRA 2NZTA 3P31A 2P9UA 1N5YA 2WBNA 1BG3A 4CF1A 3IRXA 4GW6A 2HSTA 3Q7BA 2PZSA 4MQ3A 1BDGA 2FBXA 2IGIA 3SQ0A 1L3TA 3KD5E 2QKBA 4FWMA 3ZETA 2A1SA 4DQPA 3TAGA 4F8RA 3NVMA 4E1JA 3DLGA 3V9ZA 5SWMA 4CD1A 4LFCK 1W7AA 2HVHA 1Q82O 4FWNA 3ZYYX 3MDQA 1BA1A 4I2PA 1HNVA 1OVQA 3UKUB 2OA8A 4BVPA 3V1RA 3AVKA 1BU6O 2E8AA 4AHRA 3J7YP 4FZYA 4K8ZA 1EO1A 5F1XA 3M8RA 1JLAA 3KK7A 3K58A 1IKVA 3VMFB 4FJ8A 2P51A 1RTJA 1S9GA 2IVPA 4BRFA 3GBTA 2PY5A 3PLAA 2AA4A 4JI0K 3AO3A 4B1XB 3WEEB 2EWSA 5HBMA 1M90O 1C0UA 3AA4A 4F9OA 4JLHA 4JHDA 4B1ZA 3NF6A 3VA3A 4EHUA 4DWIA 2P5OA 3NGIA 3OJUA 1DGKN 2PAVA 3W0LA 1TL1A 2OPRA 2O8FA 3E66A 5JVGL 2PYLA 3CXCM 5AQYA 4DQ8A 4KHSA 1RCHA 2Q97A 2HBKA 3VQ7A 2QTDA 4JKGA 1EX4A 2E4LA 1VSMA 4F3TA 1NGGA 1VQLN 3HO1A 2ITGA 3LL3A 4CGHA 5AZIA 4A2BA 2VYPA 3NGYA 2ZE2A 1BO5O 1HNWK 3CD6N 3ZCMA 4DR7K 3MN5A 5C24A 3WT0A 2BGGA 1NWKA 1HLUA 4U67L 4DR1K 4J2EA 3E9PA 3S41A 4CEBA 3OW2M 3U4LA 1JCEA 4FPBA 3SPYA 1BI4B 1ZBSA 4BRIA 4DLGA 1VHXA 2Z1HA 3WQTA 2P9SB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HT3 A;  3VTI A;  4NXM K;  3VQP A;  2NRV A;  3N4Q A;  4CES A;  2B6A A;  3MWP A;  3UKR A;  2NZT A;  3P31 A;  2P9U A;  1N5Y A;  2WBN A;  1BG3 A;  4CF1 A;  3IRX A;  4GW6 A;  2HST A;  3Q7B A;  2PZS A;  4MQ3 A;  1BDG A;  2FBX A;  2IGI A;  3SQ0 A;  1L3T A;  3KD5 E;  2QKB A;  4FWM A;  3ZET A;  2A1S A;  4DQP A;  3TAG A;  4F8R A;  3NVM A;  4E1J A;  3DLG A;  3V9Z A;  5SWM A;  4CD1 A;  4LFC K;  1W7A A;  2HVH A;  1Q82 O;  4FWN A;  3ZYY X;  3MDQ A;  1BA1 A;  4I2P A;  1HNV A;  1OVQ A;  3UKU B;  2OA8 A;  4BVP A;  3V1R A;  3AVK A;  1BU6 O;  2E8A A;  4AHR A;  3J7Y P;  4FZY A;  4K8Z A;  1EO1 A;  5F1X A;  3M8R A;  1JLA A;  3KK7 A;  3K58 A;  1IKV A;  3VMF B;  4FJ8 A;  2P51 A;  1RTJ A;  1S9G A;  2IVP A;  4BRF A;  3GBT A;  2PY5 A;  3PLA A;  2AA4 A;  4JI0 K;  3AO3 A;  4B1X B;  3WEE B;  2EWS A;  5HBM A;  1M90 O;  1C0U A;  3AA4 A;  4F9O A;  4JLH A;  4JHD A;  4B1Z A;  3NF6 A;  3VA3 A;  4EHU A;  4DWI A;  2P5O A;  3NGI A;  3OJU A;  1DGK N;  2PAV A;  3W0L A;  1TL1 A;  2OPR A;  2O8F A;  3E66 A;  5JVG L;  2PYL A;  3CXC M; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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