1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
1RDBA 2EX3A 3QETA 1SL2A 4KHQA 4FZZA 2KZMA 3VQQA 5T7BA 3SYZA 3HJFA 5J2PA 1JXBA 1D9FA 1IKYA 4DG1A 4LY7A 5HP1A 4E3SA 4CJEA 2I5JA 1KTQA 3K5OA 4Z4FA 1KCFA 1CZ9A 2YNGA 3IG1A 3KD5E 4DTNA 3RR7A 1RBTA 4CFAA 4OKKA 1BHLA 4DLEA 1D8YA 3V9ZA 3AO5A 4M45A 3PX6A 4W5RA 3LAKA 1S6QA 4CECA 4DFMA 4TSXA 1NK6A 1S9GA 2ITGA 4IG0A 4BWMA 3SCXA 1TK8A 4HUEA 4FLYA 3SPYA 1C0UA 3SJJA 4M3UA 4CJ5A 3RMAA 2P1JA 4CHNA 4J2EA 4CERA 4CHOA 4FJXA 4KV8A 4KKOA 3AA4A 4DFKA 4KHSA 1B92A 4OJRA 5C25A 4MFBA 4RW8A 3K58A 1ASUA 3S3NA 1BQNA 2HHVA 3AVJA 2BE2A 4PUOA 3NAEA 1VSFA 4O0JA 2BGGA 3M8QA 4OLBA 1NJYA 1GOAA 1UA0A 4FJJA 1RILA 4CF2A 4DU4A 3QEVA 4Y1CA 3OS2A 3CQ8A 2KFNA 4RW7A 4H4OA 2E4LA 4CJ4A 4IKFA 1WSJA 4CJSA 4N5SA 1T8EA 1J5OA 1YTUA 1CZBA 2Y1IA 3CG7A 3V9UA 4FM1A 2YHBA 1N5YA 3AVKA 2G8HA 1HNIA 3LP0A 3LWLA 3VQ9A 4BE0A 4FLVA 4IFYA 4CHQA 2KTQA 1ASVA 3AO2A 4CJTA 5HRSA 1A5VA 3P5JA 3NH2A 1S1UA 1S9EA 2RN2A 4XIUA 3QESA 2PYLA 4FJ8A 4HCBA 2D0AA 1VSMA 1G15A 1L3SA 2HHXA 3PO5A 3AO1A 1HYZA 3RMCA 4IG3A 5J2NA 2B6AA 4IBNA 4KHYA 3OJUA 3DLHA 4HTUA 3WNFA 2HVIA 1I3AA 1R0AA 1JLGA 3RWUA 4E7IA 3DRSA 2ATQA 3TAEA 3VQ5A 4I2QA 4OGCA 4FJIA 3H08A 4LSNA 4FJMA 2QK9A 4F2RA 4DSJA 1HQEA 4E7HA 2XRIA 4Z4CA 3TAGA 3SQ0A 2DY4A 4AHTA 4HHTA 2A1SA 4K8ZA 4Q0BA 4CEDA 3KK3A 4GW6A 4FLUA 3ITHA 4N41A 1WSIA 2ZQBA 4DS4A 2KW4A 3L2UA 3ZSQA 5JS1A 5FDLA 4EZ6A 4FYDA 1RT7A 3C95A 1VRTA 4CGGA 4PWDA 3BDPA 1RT6A 1FK9A 1J53A 4J2AA 1SUQA 1BCMA 4W5OA 3SNNA 4FLTA 2YNFA 1LAVA 4DMNA 1J54A 1SKWA 2QXFA 4FK4A 4KREA 3OS0A 5I3UA 3NF7A 4E1MA 1QE1A 1NK0A 3KKSA 2Z1HA 2G8WA 4B9LA 1KLMA 3SPZA 3VA0A 1L5UA 3LDSA 3LANA 2FBXA 1BIZA 3OYCA 2BDPA 4E0DA 3DLEA 2QKKA 3V9SA 1BI4A 1QSSA 4C8KA 4FJGA 3NH0A 2P51A 2X6SA 3SV4A 1JL1A 4RW9A 3DLBA 1WAJA 1X9WA 4DSFA 1RT3A 5KGXA 1U04A 1RBSA 2XY5A 3LALA 3V4IA 3VQCA 3MEEA 4CF0A 1Q9XA 1KRPA 4CJ3A 2Y1JA 2D0CA 4PA1A 3KD1E 3K2PA 5K14A 1JLQA 4NYFA 2HNZA 3DLRA 4C8NA 3OJSA 4LH5A 1RT5A 4E19A 4DF8A 4DWIA 2GUIA 2VWKA 1QHTA 2DFEA 4CJKA 3OYHA 3ULDA 4DTOA 3QEXA 3K59A 1IO2A 1B9DA 1I39A 4CIFA 3P1GA 4DS5A 4CEZA 4O0IA 4DQSA 5DK5A 1NJZA 3TAFA 4KPYA 4B9MA 1RTDA 3G10A 2KFZA 3JYTA 4FLXA 3PX0A 1NKCA 2G8KA 2X6NA 2HNYA 4EP4A 1Z26A 4IDKA 3VN5A 4KI6A 2HHTA 3AO4A 1RDAA 3SZ2A 2JGUA 1BI4B 3NH1A 3ZT2A 3A2FA 4FK2A 2G8UA 4GVMA 3AA3A 3CFPA 2F96A 4FCYA 4C8OA 3HPOA 1T7PA 2DFFA 4RG8A 3PY8A 3QIPA 3B6PA 2XY6A 2AJQA 2PY5A 3HPGA 4CJFA 4DTSA 3O4NA 1LWCA 1C6VA 1NOZA 3JSMA 4Z4GA 2VWJA 5KI6A 3U3YA 4FJ7A 1HYSA 1RDCA 2KZZA 1YTAA 4WE1A 4H4MA 1TKZA 3VQEA 3L2QA 4CF9A 5FROA 1D9DA 1DTQA 2OA8A 2IGIA 4KHUA 3IRXA 4C8MA 2PZSA 3THVA 5HLFA 3KLHA 3TI0A 1WAFA 4EZ9A 3HK2A 3TAQA 2FC0A 4LH4A 1U4BA 3ZSOA 1N6QA 1EKEA 4BE2A 4HUGA 3VQ4A 4CESA 3SUNA 5C42A 1S6PA 4L8RB 1VSDA 4PY5A 1VK0A 3SV3A 1FXXA 1RTHA 3QO9A 1T03A 3KK2A 2B4JA 4LSLA 3MXMA 1HPZA 3O3GA 4PQUA 1CXQA 3SQ4A 3K5LA 3DRPA 3HVRA 4DTXA 1C0TA 3HSTB 1BIUA 3D45A 2ETJA 3VQ8A 1WLJA 3I0SA 1TL3A 4O44A 2P5GA 3LP3A 4O5BA 4FJNA 3O3FA 3HP9A 5J1EA 1XHZA 2HB5A 3E01A 4JRPA 1F21A 4FZXC 3QERA 2XHBA 3LP1A 1W0HA 4B8CA 3OYLA 4DFPA 3RRGA 3EYZA 2NUBA 4W5QA 1UA1A 2W42A 4BDZA 1LWEA 1T05A 4M3ZA 1WSEA 4I9LA 3AVIA 3ISNC 3NGIA 1IH7A 4DTUA 3CM5A 1X9MA 4AHUA 4CHYA 3SUQA 1S1XA 1BQMA 1U45A 3ZCMA 3MECA 3NHGA 1XI1A 4NCBA 3TANA 1TGOA 1JLEA 1YVUA 3PO4A 3WNEA 1NOYA 1TKXA 5KGWA 2FBYA 1KVCA 4M41A 4CIEA 1KLNA 5C24A 1NJXA 4CJLA 2VG7A 3F9KA 2IDOA 2YNHA 3MXJA 4M3TA 4B9NA 3T19A 3AV9A 4YFUA 4CIGA 2G8IA 5J2MA 1KVAA 3NGZA 4CF1A 1TAQA 5KRSA 1JLAA 4AHCA 4FJ5A 4CF8A 1SL0A 3S3MA 1C1BA 1L3VA 1ZYQA 4CJUA 2YKMA 4E1NA 4FXDA 4KI4A 4FJLA 3AVFA 1JLCA 3G0ZA 2YHAA 1VRUA 2R7YA 4FLZA 4CHPA 3SUOA 4C8LA 3LAMA 1QTMA 3L2WA 3V9WA 5J2QA 1RBUA 3PUFA 2FBTA 1IKWA 1KFDA 2E6LA 4CFCA 4DSIA 4FVMA 4NCAA 3LPTA 1CXUA 3WNHA 3ZSVA 4KFBA 1SKSA 2HHWA 1LV5A 3OS1A 3TWHA 2X74A 5CY4A 4OPKA 4DSKA 4KO0A 1JLBA 4CCHA 2WOMA 2P5OA 3QIOA 4ZHRA 1BCOA 1L3TA 3VA3A 4H8KA 2O4GA 3L2RA 1QSLA 2IAJA 5KRTA 1Z25A 4BE1A 3DI6A 3HP6A 1DTTA 2OPSA 1HJRA 1RT4A 3NGYA 4KTWA 1KFSA 2YV0X 3HYFA 5CYQA 4M42A 4OLAA 1HNVA 3PX4A 1C1CA 3VQBA 1S5JA 1GOCA 1RTIA 4FJ9A 4F3OA 3UIQA 1NK4A 2G8VA 4E7KA 3ZSXA 3NCIA 1SV5A 1NK7A 1WSGA 4ID5A 1ZBLA 2ZE2A 1WN7A 3RR8A 4W5NA 4CK3A 1EXQA 4OGEA 3F73A 1J9AA 4Q5VA 3RRHA 3L8BA 1WSFA 3O4QA 5HRRA 4DQQA 3PV8A 3QEPA 4O55A 1BL3A 4HCCA 3BGRA 3TABA 3V1QA 2RKIA 1JKHA 4E89A 3KLGA 3EZ5A 4ICLA 4CJRA 4CEOA 4JS5A 1QS4A 1RCHA 3AVHA 4KB1A 4J2BA 2HVHA 1HRHA 3CYMA 4FJKA 1FKPA 4Y1DA 1C0MA 3DLGA 1TVRA 3KLIA 3RMBA 4DU3A 4QCLA 4FM2A 1RT1A 4FW1A 3OYJA 2Z1JA 1U47A 3NDKA 2OPPA 2Z1IA 4M3RA 1LAWA 1LWFA 4DTMA 4AHVA 4DQPA 1Q9YA 4R5PA 3ZT4A 2X78A 1NKBA 2HMIA 4W5TA 3OYGA 3OYDA 1MU2A 4M3YA 3ZT0A 2D0BA 4NCGA 5CZ1A 3HT3A 1VSLA 1ZBHA 3OYFA 1TV6A 1L3UA 3AVNA 3V1RA 2PYJA 1W9HA 3OYAA 3DYAA 1JL2A 3CFRA 1O1WA 3CFOA 3I0RA 3DLKA 3P83D 4IFVA 4FW2A 2BANA 3SUPA 1TAUA 3OY9A 4GMJB 3M8RA 3LZJA 1JXEA 4JS4A 4DSLA 1GOBA 2IOCA 3FFIA 2GBZA 1NK5A 1XHXA 4YNQA 1ZBFA 3AVBA 4DTRA 1NK8A 3M8PA 3L3VA 1RT2A 1TKDA 2FBVA 4CFDA 2IC3A 4ID1A 4I2PA 1KSPA 2A1RA 4ELUA 3RTVA 1TL1A 3LWMA 4KRFA 3D0PA 3EY1A 2DFHA 2HHUA 1JLFA 3LZIA 3SQ1A 1RBVA 4EP5A 3O3HA 3VQPA 3S9HA 3AO3A 1ZBIA 2O4IA 3NFAA 1HQUA 2LSNA 1EP4A 1XC9A 4QOZB 1FKOA 4N47A 2WONA 5HRNA 4I9QA 3DOLA 3L2VA 2Q3SA 4BDPA 2HHQA 4I7FA 1WSHA 2HNDA 3KJVA 3LP2A 3VQ6A 4FM0A 4OPJA 1A5WA 2EHGA 5SWMA 4F3TA 1NK9A 4ELVA 1CLQA 3QNNA 1Y97A 3TAMA 1Q8IA 3OYIA 2IS3A 3C94A 1ITGA 4HUFA 4AILC 4CK1A 4Z0UA 1UWBA 3AVAA 5DMRA 4ZTJA 4MQ3A 3K5MA 2OZSA 4FK0A 1BISA 3QEWA 4B9SA 1X9SA 1KVBA 5HROA 1TKTA 1REVA 1RDDA 1HMVA 3CM6A 4Z4HA 4DF4A 1IG9A 3ZSZA 2Z1GA 4AH9A 1DLOA 3K5NA 3MAQA 3TAPA 3AVLA 4N76A 3C6UA 5FRMA 4CEQA 3ALYA 1VSIA 3IAYA 1LW2A 1IKXA 3DMJA 4G1QA 4KTZA 3QEIA 3NE6A 2F8SA 4Z4IA 3C6TA 4B9TA 1U49A 1VSKA 5I42A 4OVLA 1NKEA 3L3UA 2YKNA 3M8SA 2VG6A 5KTQA 1S1WA 2YNIA 3ZSWA 4AHRA 4CGHA 2KQ2A 4AHSA 4UQGA 4FJHA 4CJQA 3HVTA 4J2DA 3VQAA 3AA2A 3V9XA 1UAXA 5HRPA 4DSEA 3DM2A 2OZMA 4KB0A 1QQCA 3AA5X 4F2SA 3HPHA 4DTPA 4DFJA 1IKVA 4DQRA 4F8RA 3WNGA 4CEBA 4CGFA 4ZTFA 4KTQA 5CYMA 3ASMA 4FZYA 2HW3A 4DLGA 1VSJA 2B5JA 4BWJA 4FLWA 3KTQA 1UOCA 4ELTA 2G8FA 3B6OA 4O4GA 4QAGA 4CJVA 5E41A 4CFBA 1VSEA 4Z4EA 4B08A 3QNOA 2HHSA 1EETA 2DTUA 1X1PA 5CZ2A 1BGXT 2F8TA 3HXMA 3AVGA 5JS2A 1HYVA 3AVMA 4DTJA 4RW6A 4B3OA 1YT3A 3AVCA 3NBPA 3HM9A 2E6MA 2OPRA 3OYEA 3KIOA 3U6FA 3MEGA 3SI6A 5D3GA 3ZSRA 4CGJA 3KLEA 3V6DA 1SL1A 5HBMA 4CEEA 1SKRA 2ZD1A 4E7LA 4DU1A 1TK5A 1QSYA 4M3XA 1XWLA 3T3FA 3MEDA 4B8AB 1RTJA 4B9UA 2OYQA 3KK1A 4BACA 3RMDA 3I8DA 4KHNA 1RNHA 2XY8A 4CEFA 3DOKA 1ZBUA 3OYMA 3IS9A 2XO7A 3HL8A 3U3GA 1U48A 3DRRA 3QINA 1VSHA 4B9VA 2JLEA 3OYBA 2XY7A 4CK2A 3OVNA 2VG5A 3ZT1A 4CEAA 3V81A 1C1AA 3S3OA 4CGIA 4LD0A 3TARA 3NF6A 3OYNA 4M3WA 3HO1A 4KHWA 1S1VA 3V1OA 4JRQA 1A5XA 1EX4A 5EU7A 4E7JA 4N56A 1S1TA 2RPIA 3LPUA 2GV9A 3NF9A 4CJWA 4NYNA 3QLHA 2QKBA 1B9FA 2D5RA 2RF2A 3K57A 4BDYA 3KLFA 4JLHA 3NF8A 3OYKA 1TK0A 1D5AA 1K6YA 4CHZA 3KKRA 3T1AA 4CJPA 4DQIA 4F4KA 4RW4A 3SQ2A 1WNSA 1NJWA 3TR8A 3ZT3A 5SZTA 4K8XA 2OPQA 4OKEA 3VQ7A 4OKJA 1LW0A 3MXIA 5FRNA 3ZSYA 1RBRA 4HVJA 4CE9A 3VQDA 4KAZA 1ASWA 4CGDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDBA 5KPRA 4KHQA 3C6HA 5T7BA 1OH6A 2CGKA 4DG1A 4WCEL 3A5NC 2I5JA 4IO9L 2O8EA 4Z4FA 1KCFA 1CZ9A 2NRTA 3KD5E 3GG4A 1ZC6A 3V9ZA 4G9ZA 4IXCA 3CCLN 3LAKA 3SK3A 1NK6A 1S9GA 4IG0A 2UUAK 4IOAL 2EWSA 4FLYA 2AP1A 1YIJN 3SJJA 4CJ5A 3VEOA 3RMAA 4CERA 4CHOA 1K8KB 3MK6A 3CPEA 5AQRA 4H5WA 5C25A 2NRWA 4RW8A 1ASUA 3S3NA 1BQNA 3ZYYX 2HHVA 3AVJA 3MX5A 4K43A 3VEZA 1NWKA 1XMOK 3M8QA 4C23A 2BGGA 1GOAA 4IO8A 1YITN 1RILA 2P9UB 2VGMA 4KH5A 3SAHA 4CJ4A 1XC3A 1WSJA 1VQ5N 2QWRA 5C2FA 3SBGA 4B1XB 3QFPA 5BRFA 1ASVA 5HRSA 1A5VA 3NH2A 3T7ZA 3QESA 4FPBA 4HCBA 1L3SA 1IBKK 4KHYA 4IBNA 2HVIA 3BY5A 1FW6A 3RWUA 3RVCA 3J7YP 3VQ5A 4FJIA 4FJMA 4LSNA 4CZIA 1T3VA 4WFAL 4F2RA 2DY4A 3SQ0A 2OTLN 1OKJA 1X3MA 4DS4A 3L2UA 3K0SA 1QQMA 5FDLA 5BR9A 4YOWA 1VRTA 4IEIA 4PWDA 3BDPA 4J2AA 3I55N 4FK4A 3HM8A 1J5EK 4E1MA 1NK0A 3CF5L 3KKSA 2Z1HA 2P9NB 2BDPA 4A2AA 1LCUA 3Q7BA 4E0DA 3V9SA 1SQKA 4FJGA 3CCEN 1S3XA 1JL1A 3BEXA 4OPHA 3CD6N 1R59O 3T1HK 4LF9K 2O8BB 3D2FB 3WEEB 2XY5A 3V4IA 4LF5K 2Y1JA 2D0CA 2E2QA 4A57A 3K2PA 5K14A 4U67L 3OJSA 3EO3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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