1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
2ZD1A 4M41A 2YNIA 4CJ4A 1R0AA 1T8EA 4FZZA 5FRNA 3RR8A 4RG8A 4Z4HA 3SQ0A 4FM2A 4CHZA 1A5XA 4KHQA 4FK4A 4IDKA 4CJWA 2OYQA 4FJLA 4DS4A 1NJZA 4BE0A 2BDPA 3KLHA 3PY8A 4I9LA 2E6MA 4DLEA 4E7HA 3RWUA 1ZBIA 1TV6A 2IC3A 3HPGA 3SUQA 4CFCA 4FJGA 3DLEA 3K58A 3EY1A 1WLJA 4NYFA 1VSLA 4F3OA 2WOMA 3QEWA 1JL1A 4CEDA 3TR8A 3OS1A 4FJKA 4FCYA 4E3SA 3ALYA 3SUNA 4CEBA 4EP5A 3VA0A 3SYZA 1N5YA 3NGIA 2QK9A 1HRHA 1HPZA 1VK0A 3HYFA 4CECA 1J53A 3K5LA 1TAUA 1LW2A 2HVHA 3TAFA 4EZ9A 2EHGA 3NH2A 3QINA 1SL0A 2HHVA 4DF8A 4MFBA 3OYFA 3DLHA 4CIEA 3ZT2A 1C1CA 3KK1A 3PX4A 3AVFA 3M8QA 1HQEA 3LP2A 1S9GA 3VQ8A 3RRHA 1JL2A 3S3NA 4CEQA 3S3MA 3OYNA 3AA3A 4L8RB 1S1VA 1HQUA 2OZSA 4AHTA 1S5JA 3OYMA 1Q9YA 5HRRA 4OKKA 4FJ8A 4OPKA 4KRFA 1JLEA 1UA1A 5CYQA 4DU3A 4N76A 2VWKA 3NE6A 4E19A 4I9QA 3CYMA 1BQMA 1WAFA 3DRPA 4M45A 3SV4A 2G8WA 4CJ3A 4JS5A 1TL3A 4GMJB 3ZSZA 4DSLA 1XHXA 1C1AA 4YFUA 1I39A 3OYLA 3DRRA 4CJTA 3P83D 1REVA 1DTQA 4OLBA 1VSIA 3DRSA 4CF8A 4CJ5A 1NJYA 1KLNA 4M3XA 1B9FA 3ZT0A 1J9AA 3KD1E 3A2FA 1S6QA 1U4BA 2EX3A 3LPTA 4NCGA 4FJMA 5D3GA 4CJKA 4ID5A 3TAQA 4E0DA 4CIGA 3DLKA 4KHSA 4WE1A 3AA4A 2HMIA 3SQ4A 2W42A 4AHVA 3ZT3A 1RT6A 3VA3A 4DSEA 3L3VA 1C6VA 3HVRA 3LAMA 3RR7A 5KRSA 5J2MA 3E01A 2HHXA 4FJ9A 3QIPA 4DTPA 4CHQA 4B8AB 1S6PA 3MAQA 4C8OA 4W5NA 1BI4B 4C8LA 4FJNA 4HUGA 3LDSA 1Y97A 3AO4A 4IFYA 1JLAA 2HVIA 3VQ5A 2HNDA 4JS4A 3O3FA 1A5VA 2NUBA 4CGDA 5SWMA 2BANA 2X74A 3MXJA 4CIFA 2QXFA 4IBNA 3K5MA 4KFBA 3SUPA 4C8NA 3TI0A 1F21A 4FXDA 4FM0A 2BE2A 4HUFA 5HRPA 1TKDA 2O4IA 4BDZA 3VQ4A 4O5BA 3MEGA 3HT3A 3QETA 3IAYA 4FZYA 1ZBUA 4PA1A 3EZ5A 4DSJA 3OYJA 4FLVA 3KKRA 3B6PA 2RKIA 2KTQA 1K6YA 2IS3A 3TABA 1J5OA 4NYNA 3LP1A 1SUQA 3T1AA 2VG7A 4J2EA 3V6DA 1RDBA 1RDAA 1X1PA 4BE1A 2R7YA 5HP1A 4B9MA 2HNZA 1IKYA 4E1NA 3NGZA 3K2PA 1L5UA 2OPSA 1BQNA 3AVNA 4DQQA 4E7LA 3NGYA 4KKOA 2PYJA 1QHTA 1NK0A 1JXEA 3K5OA 1XWLA 4W5OA 4OLAA 4J2AA 2PYLA 1LWEA 1KLMA 4O55A 4FLUA 3QEXA 1XHZA 1SL2A 2D0CA 5E41A 1KSPA 2P5OA 4O0IA 1WSFA 4CHNA 3L2RA 2P1JA 4FJIA 4KREA 1IKVA 1TK8A 4OKEA 4KI6A 4N41A 3VQ9A 4PWDA 4QCLA 3DLGA 3LP0A 2OPRA 2DFHA 3D45A 3WNFA 3WNEA 4CGHA 1W0HA 3OJSA 2JGUA 4F4KA 4CJQA 4PQUA 2B5JA 4DFKA 1TK0A 5HROA 3ISNC 2HHTA 2XY7A 3OYAA 4H8KA 4FLZA 3PV8A 4JRQA 1TKXA 2Y1JA 2HHUA 1L3UA 2PZSA 2YV0X 3IS9A 4XIUA 1WNSA 3PX0A 1EKEA 2OZMA 4CK3A 3AO2A 3AVBA 3IG1A 3HP6A 4ELUA 4FLWA 1BISA 4CHOA 2HW3A 1U04A 4CFBA 5J1EA 5KGWA 1FKOA 2G8KA 4KO0A 3QNNA 1HYZA 3ASMA 3PUFA 1LWCA 1WSGA 4KTZA 3QNOA 5J2QA 1T7PA 2B4JA 3I0SA 2DFFA 4Z0UA 4BDYA 1RBUA 1RT4A 4BE2A 2KFNA 3QEPA 3AVAA 3VQ6A 2GBZA 4H4OA 1LWFA 4OKJA 4Z4EA 4CF0A 3F73A 4HCBA 4CEEA 4HVJA 2XRIA 3C94A 2JLEA 3LAKA 1GOAA 1VSMA 4BWMA 4FM1A 2A1RA 3O4NA 3DI6A 4FLTA 1IO2A 1RBSA 4JLHA 5C25A 1NOYA 3AA5X 3IRXA 1TK5A 3F9KA 4CJEA 1KRPA 4R5PA 1EP4A 4FVMA 4EZ6A 1KVCA 2ITGA 4B9TA 4NCAA 2FBXA 3QEVA 1UA0A 1BCOA 1CZBA 5EU7A 4H4MA 4I2PA 3O4QA 1GOCA 1IH7A 1WSIA 2A1SA 2OPQA 4RW9A 3HP9A 3VQQA 4CF1A 3KK2A 1ASVA 2F96A 4CE9A 3SZ2A 1U48A 3S9HA 4FLYA 1HJRA 3RMDA 3TAGA 1JLCA 2OA8A 3DMJA 4OJRA 4CESA 2Z1HA 4DSIA 2XY8A 3AV9A 1A5WA 1EX4A 1B92A 1BI4A 2LSNA 3KKSA 4QAGA 2VG5A 1B9DA 4KV8A 1TKZA 4CJPA 1XI1A 1SKWA 1BGXT 3PO4A 3KLEA 4M3RA 1HNVA 3L2VA 1RDDA 3SI6A 2X6SA 5HRSA 3HM9A 3RMCA 3HXMA 4DTSA 4K8XA 2HHWA 3LP3A 3AVCA 3MECA 4OVLA 4E7KA 4Q5VA 3QEIA 4F8RA 3SV3A 3RTVA 3TAEA 1Q8IA 3DOKA 3ZSWA 4F3TA 3HVTA 4CERA 2Q3SA 4CCHA 1HNIA 3T3FA 4J2BA 3LWMA 4CGFA 3ULDA 4DTNA 1KFDA 1HYVA 3VQPA 1RTDA 4ICLA 1QSSA 2DY4A 2GV9A 3VQBA 4FJJA 4LD0A 4DFMA 3U6FA 3AA2A 3JYTA 4CFDA 3NF8A 4KPYA 4PY5A 1RBTA 3V9SA 3THVA 4BDPA 5HRNA 2G8HA 1YTAA 4HCCA 3G10A 4CJUA 1SKRA 3QERA 2FC0A 3C95A 1KVAA 3LWLA 4MQ3A 1DLOA 1D9FA 1YTUA 4FYDA 2X6NA 4AH9A 1JLGA 4DU4A 3V1QA 3KTQA 1KCFA 3I8DA 4AILC 4AHUA 5CZ1A 4BWJA 1U47A 1UAXA 3HL8A 1LW0A 1S1UA 1CXUA 3ZSQA 3KIOA 1VRUA 3SPZA 4B9UA 4B9LA 3KD5E 4NCBA 1JLQA 2G8IA 1ITGA 1NK4A 3TANA 3K57A 4FJ5A 1S1TA 2WONA 2X78A 3AVLA 3SQ2A 1VRTA 1C0UA 3VQAA 4DQSA 2QKBA 4E1MA 4CJRA 5KTQA 1U49A 1L3TA 2YNFA 1CLQA 2Z1JA 2E6LA 2FBYA 1HMVA 4CEZA 3G0ZA 1RTIA 4O0JA 2IDOA 3SNNA 4KHWA 3AVGA 3NDKA 1D8YA 1JLFA 3OYCA 1NJXA 3V81A 4KTWA 5CY4A 4M3UA 3MEEA 4LSLA 4CF9A 1IG9A 1UOCA 3CM6A 3ZSRA 1ZBFA 3HPHA 1SL1A 4CJVA 3JSMA 4E89A 2XY5A 1NK7A 1RT1A 3AVHA 3RMBA 3PX6A 4I7FA 1YVUA 5T7BA 3TARA 4B8CA 2QKKA 4FJXA 1WSHA 4DSFA 4F2SA 1IKWA 3ZSXA 2YHAA 1GOBA 1BIUA 1ZYQA 1ASWA 2D5RA 4GVMA 4DQRA 3QIOA 3RMAA 3V1OA 1JXBA 5SZTA 4DU1A 4F2RA 2RPIA 4KHNA 1S1XA 4HUEA 5J2PA 2G8VA 2OPPA 3NF7A 4DTMA 1RBRA 4CF2A 1BHLA 1TKTA 5HBMA 3OVNA 1W9HA 3PO5A 4CK2A 4M42A 4N5SA 3CQ8A 3P1GA 3DLBA 2ETJA 3ITHA 3SJJA 2O4GA 1VSKA 2XY6A 1Z26A 1RCHA 4CJFA 4DMNA 3V9UA 3MXMA 3AVKA 3TWHA 1NKEA 1L3SA 4IKFA 2AJQA 1CXQA 1CZ9A 2IAJA 3L2QA 4ID1A 1Z25A 3L2WA 1D5AA 4FJHA 4N47A 1X9WA 4O4GA 4RW8A 5J2NA 5FDLA 1T03A 3K59A 1UWBA 3AVIA 4QOZB 4CHPA 4B9NA 1KTQA 1NKBA 2YNGA 1NK6A 2YNHA 3O3GA 4DTJA 2HB5A 4DS5A 3VQCA 3DM2A 1BL3A 1ASUA 1DTTA 1KVBA 3CFRA 3LZJA 3M8RA 4CJLA 3SQ1A 1NK5A 2KW4A 4GW6A 4ELVA 1JLBA 2D0BA 2XO7A 5JS2A 3V9XA 1QSLA 3LALA 4G1QA 1RT5A 5JS1A 4DG1A 1KFSA 1TGOA 4CGGA 4Z4CA 5FRMA 4KTQA 2XHBA 4DQIA 4KB0A 2HHQA 4EP4A 2Y1IA 4CEAA 4AHRA 3ZSOA 1C0MA 3SPYA 3OS0A 1RBVA 1VSHA 4Y1CA 4M3WA 5I42A 1RTJA 3DLRA 1QS4A 1TVRA 1C0TA 5DMRA 4ZHRA 4YNQA 5I3UA 2P5GA 4ELTA 3CM5A 4M3TA 1WSEA 3O3HA 3DOLA 3K5NA 4Z4GA 1YT3A 3C6TA 3OYDA 3OYGA 3S3OA 2P51A 3BDPA 2D0AA 1QE1A 1I3AA 4AHCA 3RRGA 4Z4FA 3HSTB 1HYSA 4IFVA 4OGEA 5KGXA 3NF9A 3NHGA 4N56A 1BCMA 3FFIA 4C8KA 1S9EA 4DTXA 3NAEA 2PY5A 4Z4IA 2KQ2A 4UQGA 1EXQA 4W5TA 4DF4A 3AVJA 1RTHA 3M8SA 5K14A 4C8MA 4OPJA 2B6AA 2DTUA 3OYBA 1C1BA 3MXIA 1WAJA 4KAZA 3NH1A 1EETA 4OGCA 1FK9A 3OJUA 3T19A 3WNGA 3C6UA 1RT7A 4DFPA 2IOCA 4J2DA 1TL1A 2ZQBA 3VQDA 4KHYA 4HHTA 4DFJA 1LV5A 4IG3A 1TAQA 5CYMA 1N6QA 1LAVA 2RN2A 1X9SA 4B9SA 4DQPA 4DSKA 4ZTJA 3CFOA 3ZT1A 4B9VA 1T05A 1NJWA 4DTRA 1G15A 3V4IA 3B6OA 3NBPA 3U3GA 4W5RA 2YHBA 4CEOA 4DWIA 3SUOA 1SKSA 3WNHA 4M3ZA 4LY7A 3CG7A 1WSJA 1Q9XA 4FK2A 2HNYA 1IKXA 4CGIA 4CJSA 1RNHA 4O44A 3KK3A 4DLGA 4B3OA 1NK8A 1D9DA 4KI4A 4FW2A 5DK5A 3LZIA 4TSXA 1ZBLA 4E7IA 2KFZA 3AO5A 3HJFA 1O1WA 4E7JA 3D0PA 2RF2A 4HTUA 4PUOA 2VG6A 2Z1GA 4Y1DA 4CFAA 4KHUA 2ZE2A 1FXXA 4CHYA 2F8TA 2G8FA 1WN7A 1QSYA 1LAWA 3NFAA 4K8ZA 3QO9A 4FLXA 1QQCA 1MU2A 3ZT4A 3H08A 3NF6A 3AO3A 3ZCMA 2ATQA 2G8UA 5C24A 2F8SA 3HK2A 4DTUA 3L2UA 1RILA 3VQEA 1RT2A 3V9WA 1QTMA 3DYAA 3KLFA 3UIQA 3I0RA 2E4LA 1NOZA 4CK1A 3OYIA 4ZTFA 4FJ7A 4M3YA 4LSNA 5C42A 3AVMA 4CEFA 3KJVA 4DTOA 3LANA 3OY9A 1VSJA 3LPUA 1X9MA 1NK9A 3QESA 1ZBHA 4FK0A 1U45A 2I5JA 3VQ7A 3P5JA 2DFEA 3TAMA 3OYKA 3KLGA 3EYZA 2GUIA 3U3YA 1JKHA 1S1WA 3HO1A 3ZSYA 4Q0BA 3M8PA 2HHSA 3NCIA 5CZ2A 1VSFA 3V9ZA 1BIZA 1VSEA 1XC9A 4RW7A 4W5QA 3L3UA 3SCXA 4JRPA 1RDCA 5FROA 1SV5A 4AHSA 3OS2A 3ZSVA 3BGRA 2KZZA 5HLFA 3V1RA 4LH5A 3OYEA 3CFPA 4RW4A 1NKCA 1J54A 2FBTA 4LH4A 4CGJA 3HPOA 3L8BA 4BACA 3KLIA 1L3VA 2YKMA 2KZMA 2BGGA 3AO1A 4KB1A 3MEDA 3QLHA 5KRTA 3NH0A 3TAPA 4FZXC 4FW1A 5KI6A 4I2QA 1VSDA 4IG0A 4B08A 2VWJA 4RW6A 1RT3A 1FKPA 2FBVA 2YKNA 3VN5A 2Z1IA 3OYHA 2IGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZD1A 3RR8A 4FK4A 4FM2A 2D0OA 4FJLA 4GKKK 4B1XB 1XMOK 4L3QA 4DV7K 3D2EA 3VPZA 4BRDA 3G6EN 2YJEA 1YXQA 2A40A 1HNZK 2P9UA 1WLJA 4NYFA 4YOTA 3QEWA 1OKJA 2CGJA 4CEBA 3VA0A 2CGLA 3TSQA 5DM6L 1NGDA 1N5YA 2OANA 4K41A 4LF6K 1VK0A 4IO8A 1K8AO 2EHGA 3NH2A 2UUBK 1VQON 2CGKA 3MWTA 3OYFA 4DF8A 3DLHA 1C1CA 3PX4A 1FJGK 3RRHA 2P9NA 3T69A 4YOVA 1S1VA 2OZSA 1S5JA 4DHYA 2QM1A 2IVPA 2VWKA 4DR5K 3SV4A 1WAFA 4JS5A 3ZSZA 3OYLA 5BRHA 4I6MA 1IJJA 1VSIA 4CF8A 5BPLA 3SBTA 1KLNA 4M3XA 1B9FA 3CQYA 3KD1E 3O4WA 3ATVA 3EO3A 3ATUA 4NCGA 4KHSA 5EY4A 4WE1A 2HMIA 2W42A 3ZT3A 3HBTA 3VA3A 3THWB 1C6VA 5AZIA 3LAMA 5J2MA 3E01A 2HBJA 3VEZA 4DTPA 1NM1A 3E1YA 2NRRA 4B8AB 4FJNA 3LDSA 3I8BA 1Y97A 4M7XA 4B3SK 2P9SA 4IFYA 3MX2A 1YUWA 3VQ5A 4H5VA 2UU9K 3D6RA 4C8NA 1BA1A 4GVEA 3O9RA 2NRXA 4O8UA 3BZKA 4BDZA 5E26A 5ADXA 3HT3A 2ZM6K 3IAYA 4FZYA 2QI2A 3EZ5A 2Q1NA 3B6PA 5F1XA 2QWMA 2KTQA 1K6YA 1J5OA 1N34K 4X66K 1RDAA 4U67L 4E1NA 3NGZA 4MLHA 2UYTA 4BRHA 3IUCA 3C65A 4W5OA 1NG9A 4B1ZA 4OLAA 4CVNE 5AQOA 3VEOA 3UKUA 5AZJA 4H03B 5E41A 1KSPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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