1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
4KFBA 3K5MA 3MEGA 4M3YA 1UA0A 4QCLA 4M3ZA 1RCHA 1TGOA 3AVBA 2VG5A 4I2QA 3DLBA 2R7YA 2XY8A 1ITGA 2YNHA 3V1OA 3AVLA 3QO9A 4FXDA 2RKIA 2PY5A 2KZMA 4KI6A 4IKFA 4M3WA 4EZ6A 3P5JA 4BWJA 1D5AA 4M3UA 1TL1A 2B4JA 3THVA 3RWUA 4KHNA 4OKJA 3O3FA 4GVMA 3KD5E 4TSXA 1BCOA 2ETJA 2FBYA 1S1XA 5KI6A 4CJ5A 3TAQA 3ZSVA 1RTJA 3CFOA 1RTIA 3AO1A 2KQ2A 4E1NA 3G0ZA 4CEEA 2HNYA 3OY9A 4OJRA 4CJVA 3LPTA 1RDBA 4M41A 3RMAA 4HHTA 3RR7A 3DLRA 1VSDA 4CJLA 4OPKA 4HUFA 1XI1A 3CM6A 4CGGA 3M8RA 2OPPA 1RBUA 4FLXA 4E7LA 1VRTA 4DLGA 2VG6A 1TKDA 3TR8A 3S3OA 4OLBA 2EHGA 2YNIA 1KCFA 1T8EA 3T19A 2OZMA 2HHTA 2E6MA 3CYMA 3I0SA 2PZSA 4CHYA 3PX6A 4CFDA 1HYZA 4W5TA 3PO4A 1A5XA 4CECA 4J2DA 2HNZA 4CK2A 5HRNA 4R5PA 3QEPA 4LH4A 3NDKA 1SUQA 2Z1IA 4CEFA 4CJQA 3VA0A 3VQEA 4B9NA 4DU3A 3DM2A 4KO0A 2QXFA 4FLVA 1U4BA 4KPYA 1JLAA 1BIUA 1K6YA 3LPUA 3AA4A 1S9GA 3D0PA 1FXXA 3O4QA 3V9WA 3ZT0A 2YHBA 1EX4A 4ID1A 3CQ8A 1KSPA 1IKXA 1X9WA 1ZYQA 2E6LA 4DTNA 4FJHA 2OPSA 1TK5A 3SUNA 3QIOA 3SJJA 5CZ2A 1RT1A 1WSIA 3NF8A 3QNNA 2DFHA 1NJWA 1BL3A 4B9UA 4B9MA 1Q9XA 1D9DA 1RT3A 5I42A 2JGUA 1RDDA 1X1PA 4AHRA 4CEAA 4RW4A 4M42A 3KK2A 1RBSA 2RN2A 1MU2A 3NGZA 1ASWA 4E7IA 1SL1A 3D45A 4M3RA 4FJ9A 1NKBA 4CHOA 4OGCA 1G15A 3DI6A 1KTQA 1VSJA 3RMCA 4FJ5A 3LWMA 4I9QA 1VSMA 3HXMA 4W5QA 1C1AA 2Z1JA 3KIOA 5KGWA 4ZTFA 1L3SA 1ZBUA 3MXJA 3OYGA 1B9DA 1Q8IA 3P1GA 4E7KA 3KTQA 2VG7A 1S5JA 4HVJA 3VQDA 3SQ1A 3C95A 4IDKA 1SV5A 4CIEA 4DSEA 4DTUA 1VSLA 2GBZA 4DQIA 4NCBA 1HYSA 2ZQBA 4FCYA 5D3GA 3SZ2A 3HYFA 2D0AA 2HB5A 3HPGA 3AO4A 3G10A 5DMRA 2G8WA 4DFPA 4FJLA 5JS1A 1CZBA 3F9KA 2QKKA 3PV8A 3AVGA 4FJKA 1N5YA 4AHTA 4KB0A 1DLOA 1S1UA 3DLKA 3ISNC 4DSFA 2PYLA 4EZ9A 2OPQA 3VQ7A 4KTQA 5FRNA 3SUPA 3PX0A 3SPYA 3VQQA 3EY1A 2NUBA 1C1BA 4FVMA 4C8KA 4KAZA 1ZBFA 1S1VA 2ATQA 3TI0A 4DTSA 4Z4IA 3AVKA 2IC3A 4FLTA 1NK0A 3DYAA 1TL3A 3MAQA 2E4LA 1U45A 1HYVA 3L8BA 1QSLA 4C8LA 1RT6A 5FRMA 4J2BA 4CF2A 3KLFA 4DF4A 3HO1A 3NCIA 3S9HA 5JS2A 3DOKA 1XHXA 4JS4A 4RW9A 4CHZA 4IFVA 1NKCA 1WNSA 4RW6A 4FM1A 3V6DA 2B5JA 3KLEA 3MXMA 4F3OA 4HCBA 1LWCA 3EZ5A 4DU1A 3HL8A 3TAMA 1Q9YA 1VSFA 2X74A 1U49A 4Y1DA 3IAYA 5J2QA 1HQUA 3LZJA 3E01A 1D9FA 4KHSA 1JLBA 4Z4GA 1WAFA 4CK1A 2HVHA 4OVLA 4HUGA 4RG8A 1FKPA 3K5NA 1TAUA 4N56A 3NHGA 1CXQA 1JLEA 3NF9A 2DFFA 4WE1A 2F8TA 1LW2A 4FZXC 3I8DA 3HVTA 3IRXA 4CERA 3AVFA 3DRPA 3VQ6A 4GW6A 1LW0A 2YKNA 4CIFA 5SZTA 1KFDA 4NYNA 3QEXA 3ZSOA 3HT3A 1RNHA 3OYBA 3KK1A 3CFRA 3HPHA 3ZT2A 2HMIA 3RMDA 1X9MA 3ZSWA 3BDPA 4AH9A 3SNNA 1GOCA 3HSTB 3LANA 4DS4A 3P83D 4XIUA 3SQ4A 2VWKA 4JRQA 3V9XA 3VQ5A 4CJUA 4DTXA 1QSSA 1D8YA 3A2FA 4Y1CA 3RRGA 2W42A 3TAGA 3RMBA 4BE2A 1TKZA 4CHPA 2Y1JA 2P51A 3OS0A 3AO3A 4N47A 4FJJA 1T05A 4DG1A 2DTUA 3VQBA 3ZT1A 3T3FA 3SI6A 3O4NA 4KV8A 1SL0A 1LAWA 4K8XA 5HP1A 4GMJB 4CJ4A 4ZHRA 1N6QA 3NH1A 3HM9A 1TVRA 1JL2A 1JLFA 2QK9A 3WNGA 4CF0A 2KFNA 1I39A 1I3AA 2YKMA 3V9UA 1YT3A 4DTJA 2DY4A 3JYTA 3WNHA 3MEEA 2OPRA 3C94A 1CXUA 1NK4A 3C6TA 3FFIA 3LP2A 1KVCA 4FJIA 4KREA 4M45A 3L2VA 4CESA 1L3VA 3LZIA 4O0JA 3SUOA 4KB1A 3TABA 3B6OA 1U04A 2XY7A 4DSLA 1ZBHA 4W5OA 4PY5A 2BDPA 4FJXA 2HHUA 1HPZA 4IG0A 3VA3A 3LWLA 2G8VA 4DFJA 1KVBA 4CJKA 4G1QA 4HTUA 2XO7A 1WSHA 4CEBA 3F73A 1RBTA 3VQPA 3O3HA 4CCHA 3LALA 4ID5A 4E89A 4LSNA 1RTHA 4FZZA 4H4MA 3OYKA 1SKSA 2G8IA 1KVAA 4RW7A 3U6FA 1YVUA 4OGEA 3V81A 1W9HA 1L3UA 1EKEA 2IAJA 3LDSA 4C8OA 4FJGA 4DTPA 5CYQA 3HK2A 3K5OA 4CJEA 1RTDA 4JRPA 3AVAA 3LAKA 4DFMA 4PQUA 3OYLA 1S1WA 4DF8A 1VRUA 2YNGA 4ICLA 2KTQA 2HHSA 3KD1E 2X78A 5DK5A 2XHBA 4DQQA 1J5OA 4F2RA 4KI4A 1S6QA 3C6UA 3K59A 4ELUA 4FLYA 3OYFA 1HJRA 1C0UA 3ALYA 3IS9A 4HCCA 4FK0A 3LP1A 4OLAA 5EU7A 2Z1HA 3ZT4A 2FBVA 4M3XA 1JXEA 1NOYA 1TK0A 1XC9A 3T1AA 3L2QA 1RDCA 2GUIA 1KRPA 2D5RA 4Z4FA 4FJMA 3AA5X 4AHSA 2QKBA 1TKTA 1DTTA 3M8PA 1BQMA 3QIPA 4FW1A 5HRRA 4FLUA 4ELVA 1ZBIA 4B3OA 3V1RA 4JLHA 2ITGA 4I9LA 1FKOA 4MQ3A 3LP0A 3OYCA 2X6SA 2I5JA 3DLEA 2HHXA 4O5BA 1J9AA 1RT4A 3VQ4A 3VQ8A 3NE6A 1L3TA 1NK6A 3KLIA 1HNIA 2XY6A 4DTMA 3QESA 4AHVA 4J2AA 1ASUA 4OPJA 3QEVA 3PO5A 4Z4EA 2DFEA 1IKYA 1S6PA 4OKEA 1X9SA 1LV5A 2WONA 5KTQA 3DOLA 1CZ9A 4DSJA 4KHQA 4LH5A 3NFAA 1SKWA 1NOZA 4BWMA 4UQGA 4Q0BA 5KRTA 4HUEA 1SL2A 3QNOA 1ZBLA 3AV9A 1TAQA 1RBVA 2BANA 5FROA 3QEWA 5FDLA 1EP4A 3DLGA 3ZSXA 4FJ8A 4PA1A 1BI4B 4LD0A 1QS4A 1NJYA 2O4GA 4F3TA 4Q5VA 1EETA 4CGFA 3PUFA 3MEDA 3CM5A 4H4OA 1LAVA 4CHNA 1C6VA 4FJ7A 2FBXA 3PX4A 2IDOA 1NK5A 2GV9A 1JLGA 3BGRA 1S1TA 3KLHA 2AJQA 3AVIA 1BGXT 5T7BA 1W0HA 3I0RA 1R0AA 4B9TA 2KFZA 3OYEA 4KHYA 1CLQA 1BISA 4O4GA 5KGXA 4CEQA 4YFUA 3NH2A 3NGYA 2KZZA 4CJSA 1NK7A 3ZSZA 3ZCMA 3TAPA 3TARA 1UWBA 3DMJA 5KRSA 3V9SA 1WLJA 1O1WA 4RW8A 4QOZB 1WSGA 3NH0A 2RF2A 2P5OA 1HNVA 4KTWA 1J53A 1XWLA 2ZE2A 4CIGA 4BDYA 2HW3A 1T7PA 3OYHA 4CJRA 4CEDA 1Y97A 4ZTJA 3VQ9A 3NF6A 4CGDA 2G8KA 2PYJA 4I7FA 1IG9A 1JLQA 1A5WA 3H08A 3LP3A 5J1EA 3VQCA 3AA2A 4B8AB 3OJSA 3VQAA 1C0TA 1J54A 1GOBA 1WSFA 4CJWA 2HNDA 3U3GA 2X6NA 3SYZA 4L8RB 2YV0X 3OYNA 5HBMA 4DQRA 3L2UA 2XRIA 4FYDA 2BGGA 5HRSA 3CFPA 4DLEA 3KLGA 3TWHA 5E41A 1HQEA 2XY5A 3MXIA 1JLCA 3WNFA 4N5SA 3DLHA 3AVHA 4CFAA 3S3NA 4B8CA 2VWJA 3M8QA 2B6AA 3K2PA 3OS1A 2HHWA 3ULDA 1RT5A 1WSJA 4CF1A 1TV6A 2EX3A 4FJNA 4W5NA 1QQCA 1BI4A 1VK0A 3SUQA 2OYQA 4KHWA 4NYFA 1S9EA 3PY8A 2FC0A 4F2SA 2HHQA 3KKSA 2LSNA 3OVNA 3ZSQA 4CGIA 3AVNA 4DMNA 3SV3A 4KTZA 3L3UA 3NBPA 1FK9A 2O4IA 1DTQA 4CJ3A 3QERA 3O3GA 4JS5A 1U48A 2Q3SA 3ASMA 4I2PA 3KK3A 2IOCA 3ZSYA 4BDPA 4J2EA 2G8HA 1LWEA 3M8SA 3NGIA 3AVCA 4W5RA 4EP5A 3OJUA 4B9VA 1F21A 3AVMA 4BE1A 1IH7A 4CGJA 1BIZA 4DTOA 1UAXA 2FBTA 4AILC 1VSEA 2D0CA 4PUOA 1WAJA 3IG1A 3V9ZA 4FZYA 3U3YA 1KFSA 2RPIA 2A1RA 5C42A 5CY4A 4CFCA 3LAMA 4N76A 3SCXA 3QEIA 5HLFA 5K14A 4FM0A 1KLNA 2F8SA 4YNQA 4E1MA 4PWDA 3ZSRA 4DSIA 5C25A 1YTUA 2HVIA 3TANA 4Z4HA 3ZT3A 2KW4A 1T03A 4KRFA 3QINA 3K57A 2WOMA 3EYZA 1A5VA 3QLHA 4O55A 3DRSA 2P1JA 3JSMA 1VSHA 4DU4A 3HJFA 4E7HA 4IFYA 4BDZA 1EXQA 5C24A 1HMVA 4KHUA 1B9FA 1QTMA 4DFKA 1RT7A 1BHLA 1QSYA 2ZD1A 3NAEA 1NKEA 3V4IA 3RRHA 1NK8A 1JKHA 3AVJA 4KKOA 3OYMA 3HPOA 2Y1IA 4N41A 1C0MA 4CF8A 4FLZA 1NJZA 4B9SA 3DRRA 3HVRA 1ASVA 2YNFA 4FLWA 4E7JA 1U47A 2JLEA 4AHCA 1NK9A 4FK2A 4DSKA 1QE1A 2G8FA 5HRPA 4M3TA 1UOCA 1LWFA 4CEOA 1HRHA 1Z25A 1TKXA 1B92A 4FM2A 1IKVA 1C1CA 3S3MA 4CJPA 4CK3A 3OYJA 3SPZA 4K8ZA 4QAGA 1WN7A 3B6PA 1IKWA 1RDAA 4EP4A 4BACA 4E3SA 1RT2A 2HHVA 4H8KA 3UIQA 1XHZA 4MFBA 1JL1A 4NCAA 3TAFA 1RILA 4CFBA 1QHTA 4C8MA 3OYDA 4DWIA 1GOAA 4Z4CA 3K58A 4O44A 4CF9A 3SQ0A 4O0IA 2OZSA 4AHUA 1IO2A 5CZ1A 4Z0UA 3AO2A 2YHAA 4ELTA 4LY7A 5HROA 3KKRA 1JXBA 1VSKA 3CG7A 3VN5A 4CJTA 5SWMA 4DS5A 1TK8A 2G8UA 3SV4A 1WSEA 3OYIA 1VSIA 3HP9A 1Z26A 3ITHA 3L2RA 3K5LA 1NJXA 3L2WA 3RTVA 4F8RA 4IG3A 4DQSA 2P5GA 4BE0A 2D0BA 2OA8A 3KJVA 3HP6A 1UA1A 5CYMA 5J2MA 1BCMA 2IS3A 5I3UA 1KLMA 5J2PA 1L5UA 3AO5A 4LSLA 4NCGA 5J2NA 1SKRA 1RBRA 3WNEA 1YTAA 3NF7A 3TAEA 2Z1GA 4DTRA 3RR8A 3SQ2A 1BQNA 4E0DA 3V1QA 4FK4A 3OS2A 4CJFA 3OYAA 3MECA 4B9LA 3AA3A 3L3VA 4B08A 4CE9A 4CGHA 4FW2A 4CEZA 4C8NA 4OKKA 4E19A 3QETA 2F96A 2IGIA 4DQPA 2A1SA 2BE2A 4IBNA 4CHQA 1REVA 4F4KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CPEA 4FOIA 3K5MA 4M3ZA 3M1FA 5AJ3K 4B3TK 2R7YA 3AVLA 3QO9A 2UUCK 4KI6A 4M7XA 5E26A 5BPMA 4JI2K 2W6KA 3VEVA 4M3UA 3PIOL 4Y0WA 3TAQA 2ETJA 3MWPA 1S1XA 4BR2A 4CJ5A 3ZSVA 1OH8A 1E4GT 4OJRA 4M41A 1RDBA 4CJVA 4HHTA 2NLXA 3DLRA 4CJLA 3SAFA 2QTDA 1RBUA 4MO5A 4DHYA 4DLGA 1TKDA 1T8EA 4AM7A 2AA4A 3G71N 3I0SA 3CYMA 5BPNA 5MLCQ 3PX6A 3WXIA 4I6MB 1A5XA 4FWSA 4CK2A 4DR6K 4R5PA 3QEPA 2PBDA 4LH4A 4BVPA 3VA0A 3VQEA 1YUWA 3DM2A 4KO0A 4FLVA 3A5NC 1QVFM 2Q36A 3AA4A 4BRDA 1FXXA 3O4QA 3V9WA 4M7YA 2YHBA 3ZT0A 5LJWA 3CQ8A 1ZYQA 2E6LA 1KAYA 1TK5A 3VERA 1RT1A 1NJWA 2DFHA 1NGCA 3VF4A 1Q9XA 3EE8A 1RDDA 4CEAA 4RW4A 2UYTA 4M42A 1RBSA 4PKGA 1MU2A 3NGZA 1ASWA 2UU9K 4DV5K 2UXCK 1NKBA 4OGCA 4YHHK 2PFUA 1XMOK 5ADXH 3SBTA 1VSMA 2P9KA 1ZBUA 1B9DA 5DM7L 1SZ2A 5EX5A 3KTQA 3CJ7A 4B1VA 1GLAG 3SQ1A 4DTUA 5IWAK 2ZQBA 3IKMA 4FCYA 2G8WA 4JI5K 3G10A 5JLFA 3PV8A 4AHTA 3DLKA 1W2BM 2PYLA 4EZ9A 2OPQA 1K8KB 1JJ2M 2E88A 1I94K 4B1YB 3EY1A 2NUBA 4KAZA 1ZBFA 3PSIA 1S1VA 4Z4IA 5AQRA 4FLTA 2P9PB 3DYAA 3KZBA 2E4LA 2NRWA 1U45A 1N8RO 4C8LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CPE A;  4FOI A;  3K5M A;  4M3Z A;  3M1F A;  5AJ3 K;  4B3T K;  2R7Y A;  3AVL A;  3QO9 A;  2UUC K;  4KI6 A;  4M7X A;  5E26 A;  5BPM A;  4JI2 K;  2W6K A;  3VEV A;  4M3U A;  3PIO L;  4Y0W A;  3TAQ A;  2ETJ A;  3MWP A;  1S1X A;  4BR2 A;  4CJ5 A;  3ZSV A;  1OH8 A;  1E4G T;  4OJR A;  4M41 A;  1RDB A;  4CJV A;  4HHT A;  2NLX A;  3DLR A;  4CJL A;  3SAF A;  2QTD A;  1RBU A;  4MO5 A;  4DHY A;  4DLG A;  1TKD A;  1T8E A;  4AM7 A;  2AA4 A;  3G71 N;  3I0S A;  3CYM A;  5BPN A;  5MLC Q;  3PX6 A;  3WXI A;  4I6M B;  1A5X A;  4FWS A;  4CK2 A;  4DR6 K;  4R5P A;  3QEP A;  2PBD A;  4LH4 A;  4BVP A;  3VA0 A;  3VQE A;  1YUW A;  3DM2 A;  4KO0 A;  4FLV A;  3A5N C;  1QVF M;  2Q36 A;  3AA4 A;  4BRD A;  1FXX A;  3O4Q A;  3V9W A;  4M7Y A;  2YHB A;  3ZT0 A;  5LJW A;  3CQ8 A;  1ZYQ A;  2E6L A;  1KAY A;  1TK5 A;  3VER A;  1RT1 A;  1NJW A;  2DFH A;  1NGC A;  3VF4 A;  1Q9X A;  3EE8 A;  1RDD A;  4CEA A;  4RW4 A;  2UYT A;  4M42 A;  1RBS A;  4PKG A;  1MU2 A;  3NGZ A;  1ASW A;  2UU9 K;  4DV5 K;  2UXC K;  1NKB A;  4OGC A;  4YHH K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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