1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Dna integration
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
1RDDA 1TKDA 4OGEA 3PUFA 2XY6A 4EP4A 1YT3A 3SZ2A 3NAEA 2YKNA 4I9LA 5CY4A 1T03A 3O4NA 4KFBA 1NKCA 3PX4A 3LP1A 3NF7A 1JL1A 4E19A 2AJQA 1I39A 4KO0A 1RCHA 2OPPA 3O3GA 4FZXC 1TVRA 3QEXA 4CESA 2LSNA 1XC9A 5FDLA 3AVFA 4ZTJA 4FJNA 2X6NA 1HJRA 2EX3A 4FLTA 1B9FA 1SKWA 4CEDA 3THVA 4CEAA 3K2PA 1C1BA 2BANA 3WNGA 4CF9A 3S3OA 3AVLA 1CXQA 3VQ7A 3DM2A 1IKYA 1BIUA 4Q5VA 4DS5A 1C0UA 4I7FA 2G8WA 3KKRA 4DFJA 1JLBA 2X6SA 3TARA 1BCMA 5D3GA 4FJXA 2IS3A 2Z1GA 3LWMA 1LWCA 3DOLA 4OVLA 2HVIA 4AH9A 3OYGA 3QEPA 5J2QA 1RT6A 1WN7A 2PYLA 1WAFA 5HRPA 4ELUA 3D45A 3QIOA 4FCYA 3ZT4A 3AVGA 4W5OA 3F9KA 4CEEA 3B6OA 1ITGA 4O0IA 3NHGA 2Q3SA 4H8KA 4CEOA 1VSJA 3L2RA 4DTOA 4FJGA 1UAXA 3HL8A 3IRXA 1REVA 3WNHA 1KCFA 4B08A 4HUFA 2OPQA 3AA4A 1K6YA 3V1QA 4CGFA 1ASVA 1X9SA 3VQ9A 1U48A 1ZBHA 4Z4GA 1RT4A 4RW8A 2JLEA 4R5PA 3KD1E 4FZZA 2RF2A 1HPZA 2E6MA 2WOMA 3ZSOA 3OYJA 1RDAA 3K57A 4E7JA 4QCLA 5KGXA 1XHXA 5HRSA 4FW2A 1JLQA 1LWEA 1RT5A 3LPUA 2OPSA 4Z4HA 3KK1A 4DTXA 2BGGA 2EHGA 3QO9A 2E4LA 4I9QA 4BE2A 3CM5A 1JKHA 3V9ZA 3NF9A 2O4IA 2KQ2A 2HHVA 3RMBA 1TK0A 2QK9A 4FLXA 3LAKA 3MEDA 3NF8A 2KTQA 4FLZA 1NK9A 3LANA 2GV9A 1VRUA 1VSKA 4B9NA 2OPRA 3DRRA 3HXMA 2VWKA 2B6AA 4ID1A 3KK2A 5CZ2A 1VSDA 3G10A 3SUPA 4M3YA 1RT7A 3DI6A 3HPHA 1HRHA 4CF1A 2R7YA 1JXEA 4NCBA 1TKZA 4RW4A 1RTDA 3DYAA 3HK2A 3ZSYA 1LW0A 3DOKA 1D9DA 4F2RA 3OYKA 1BQNA 1RBTA 4HTUA 3MXIA 4CJ4A 3V1RA 3HPGA 1TAQA 4E89A 4N56A 4H4MA 1JLEA 1I3AA 1XWLA 4I2PA 4CIFA 1CZBA 3NDKA 3SYZA 3K5MA 3NH0A 1EKEA 4DG1A 4HVJA 4B9LA 1RDBA 3OYCA 1CLQA 1S1UA 1QSLA 4XIUA 4W5NA 3HVTA 4CJKA 3AO1A 3CQ8A 3QETA 4KI4A 2QKKA 1S6QA 2YNHA 1C0MA 1DLOA 4CHZA 4CIEA 4CEFA 3QEVA 4DWIA 3F73A 5T7BA 4KAZA 4J2EA 4AHCA 4M3ZA 4J2AA 3AVIA 4FLWA 2Y1JA 4M45A 1U47A 3IS9A 5E41A 2DTUA 3ZSWA 2QXFA 4LH5A 1S1WA 3ZT2A 3T3FA 1KSPA 3HVRA 1VK0A 1QQCA 1B9DA 4I2QA 1WSIA 2XO7A 3LAMA 4E7HA 3OYHA 2NUBA 1HMVA 5DK5A 4DQSA 4KB0A 1C6VA 3ISNC 4FW1A 5CYQA 3I0RA 4Z4FA 2HHXA 4O4GA 1UWBA 2G8FA 4KRFA 3KLGA 3ULDA 3CYMA 3OYNA 4KI6A 4C8NA 2ZD1A 4KTZA 4CIGA 4PY5A 3QEIA 2G8KA 2I5JA 4C8OA 3SQ2A 4DTRA 4CJWA 3SUOA 1KRPA 3MEGA 1TKTA 3V9WA 3V9XA 4CFBA 2D0BA 4CFCA 3SUNA 3IAYA 4J2DA 3L3VA 1WLJA 2OA8A 5KRSA 3KLEA 4N5SA 4CHPA 5C25A 4KHQA 4F3TA 1TK5A 3HSTB 1ZBIA 2P1JA 4Z4EA 4G1QA 3KLFA 3K5NA 3QNOA 1VSFA 4CFDA 3SPYA 4BDYA 3DLEA 5EU7A 4N47A 3L2WA 3AVKA 4RW6A 4CHNA 3VQAA 4O44A 2KFZA 4LH4A 4TSXA 1BHLA 3KTQA 3PX6A 2DFEA 1FK9A 2ETJA 4Y1CA 3K58A 4YNQA 5KI6A 2PY5A 2FBXA 3O3HA 3SI6A 3SQ0A 2D0AA 4KTQA 1LWFA 1C0TA 1N6QA 4DU3A 3AVAA 3ALYA 1L3TA 3EY1A 4M41A 3U6FA 4CGHA 1SL1A 3ZSRA 4E1NA 2OZSA 1HYZA 2YHBA 4JS4A 4BACA 3NGIA 3AO3A 3TWHA 3RR7A 3O4QA 3H08A 4OKEA 1S5JA 3LP0A 4CEBA 3RMCA 2ATQA 3KJVA 3NCIA 3CFOA 4CFAA 1NOZA 5KTQA 1CXUA 2G8UA 2GBZA 1X9WA 1KFSA 3ZT3A 1WSHA 3C6UA 1ZYQA 2Z1IA 2Y1IA 4O55A 4FK0A 3NH2A 4KHSA 2YKMA 5FRMA 1NJZA 4JLHA 4B9VA 4M42A 4NCGA 3C6TA 1JLCA 3L3UA 3ZSZA 1RBVA 1VSEA 4GVMA 4CHQA 4PWDA 3TR8A 1LAWA 1SUQA 3DLGA 3PV8A 1RNHA 4BDPA 2FBVA 3SV4A 4Y1DA 1L3VA 1TAUA 4F2SA 2DY4A 3TI0A 1HNVA 3AVJA 1RT1A 1NJXA 4M3UA 4OKJA 4O0JA 1L3SA 2IC3A 1A5VA 3HP9A 3S3MA 4ZTFA 1JL2A 4CJFA 3M8SA 3BDPA 1KVBA 4IDKA 2DFFA 1QSSA 4CJ3A 2KZMA 3MEEA 1D9FA 1ASWA 1XI1A 1JLGA 3AO5A 2P5GA 4C8MA 4RG8A 2FC0A 3K5OA 4CGDA 1HQUA 1YTAA 2FBTA 2ITGA 2X78A 3OS2A 3EYZA 2Z1JA 3V1OA 4KB1A 4DLEA 1TL1A 3U3YA 1F21A 4LY7A 4CJVA 3V4IA 5HLFA 1L3UA 1RILA 4CK1A 4F3OA 4Z4CA 1R0AA 3TAGA 3T19A 5J1EA 1S1TA 1WSFA 2P5OA 4OKKA 4W5TA 3OYMA 4JS5A 1ZBUA 3PY8A 3L8BA 3D0PA 3QLHA 3NFAA 4CGJA 3T1AA 1RBUA 3VQCA 1BQMA 4PUOA 4M3WA 2ZQBA 5JS2A 1RDCA 4DU4A 1IKXA 3HM9A 4K8ZA 1YTUA 2XHBA 1BIZA 4FYDA 5FRNA 2PZSA 4FJJA 1RBSA 1QHTA 1S6PA 2IOCA 3AA2A 4OGCA 4KTWA 1SKRA 1S9EA 3I0SA 5J2NA 1U4BA 4GW6A 5CYMA 3KLHA 4DF4A 4YFUA 3TANA 3AVCA 4ELVA 3VQQA 1GOAA 4IKFA 4NYNA 3OS1A 2G8VA 4FK2A 2QKBA 3MECA 4DQPA 3NF6A 4CJUA 2YNIA 4IFVA 4JRQA 2W42A 3KKSA 3P83D 3VQDA 1UA0A 2E6LA 3OYFA 4C8LA 1LW2A 1IH7A 4FLYA 4N41A 1NK5A 1L5UA 1U04A 3P1GA 1IKVA 1ZBLA 1EP4A 1J54A 3S9HA 4CJLA 3WNFA 3V81A 4CE9A 4ICLA 3PO4A 1VSHA 4IG3A 2KW4A 3OYAA 1JLFA 4CERA 3JSMA 1KLNA 4DSIA 4PQUA 2G8IA 3TABA 4DU1A 4FK4A 1RTHA 3V9SA 5J2MA 3JYTA 1WAJA 1VSIA 4FLUA 3AVNA 4GMJB 5J2PA 4QAGA 3L2QA 2HVHA 4HHTA 1QE1A 3QIPA 4WE1A 2VG5A 3KD5E 2RKIA 4AHVA 1KLMA 3HT3A 3LZJA 3SJJA 3SPZA 4DSKA 4E7KA 4FJHA 1T05A 3VQPA 4ZHRA 4DSJA 1VSMA 4AHTA 1DTQA 4CHYA 4M3TA 2VWJA 1GOBA 4Q0BA 1TL3A 2IGIA 1FKPA 4BWJA 4BE1A 3SV3A 4E7LA 1W0HA 4DTSA 1NK8A 2BDPA 3ZT0A 3ITHA 4NYFA 2KZZA 3BGRA 3VN5A 4C8KA 1SL2A 2YNFA 4JRPA 1S9GA 3DRSA 4DQRA 4EP5A 1TGOA 3O3FA 5I42A 2YNGA 1A5XA 1CZ9A 3SQ4A 3QERA 3LZIA 4UQGA 3TAMA 4OLBA 3NBPA 4EZ6A 4K8XA 3L2VA 1HYSA 4IG0A 3SUQA 3LP3A 1HQEA 2ZE2A 2HNYA 4CK2A 2IDOA 2A1SA 4H4OA 1MU2A 1NOYA 1QTMA 1BGXT 4F4KA 4MQ3A 4FM1A 4E3SA 4ELTA 1C1CA 3VQ5A 2HW3A 2XY8A 4DQIA 1KVCA 3LALA 1X1PA 2X74A 3QNNA 4CJEA 2XRIA 3KK3A 1NK6A 4HUEA 4CHOA 3RRHA 5HROA 1LV5A 4L8RB 2KFNA 1T8EA 2HHSA 1LAVA 1IKWA 3DLKA 3CG7A 3LPTA 3KIOA 3OJUA 3M8RA 3PX0A 2IAJA 2BE2A 3ZSXA 1D8YA 2HMIA 3RR8A 1WSGA 1KTQA 4DLGA 4CJPA 1VSLA 4E1MA 4AHRA 3WNEA 3IG1A 4CCHA 4J2BA 1GOCA 4FJIA 4CECA 4B8AB 4E0DA 3ZT1A 4CF8A 1U45A 1X9MA 3AVHA 4IBNA 3NH1A 1SV5A 3MXMA 2A1RA 3OS0A 3HO1A 4M3XA 1KFDA 3QESA 2FBYA 3TAFA 4CK3A 4DFKA 5K14A 1D5AA 1QS4A 3AO2A 4DS4A 5HRNA 3E01A 5CZ1A 1WSJA 4OPKA 4KHNA 1NK4A 3VQ8A 2WONA 4RW9A 2YHAA 4HCCA 3CM6A 2XY5A 1EETA 5HP1A 1S1XA 3FFIA 1G15A 3VA0A 4RW7A 4KHYA 4EZ9A 4IFYA 1TV6A 4CEQA 1UA1A 4LSLA 4DTNA 4E7IA 3RMDA 3HYFA 3HPOA 2DFHA 4KKOA 4BWMA 1KVAA 3B6PA 2HHWA 3RTVA 4DTMA 1ZBFA 1NKEA 5DMRA 5JS1A 1RTJA 3LP2A 4OJRA 3TAEA 4FJMA 2HNZA 2B5JA 3SQ1A 3G0ZA 3AVMA 1WSEA 4B9TA 3OY9A 3VQEA 4M3RA 3SNNA 4DTUA 2VG6A 4CF2A 3AV9A 3ZSQA 1BI4B 4AHUA 3NGZA 1UOCA 2Z1HA 3NE6A 4AILC 3AVBA 3S3NA 3HP6A 2PYJA 3AA3A 3CFPA 1ASUA 3P5JA 2HHQA 1YVUA 3MAQA 3ZSVA 3RRGA 3UIQA 3AA5X 3VQBA 4OLAA 4CJ5A 3OYLA 4FJ5A 1J53A 2RPIA 4FLVA 3DLRA 2O4GA 1FXXA 4LD0A 3L2UA 2B4JA 4PA1A 4CGGA 5C24A 1J5OA 4DFMA 4KREA 1C1AA 1EXQA 4CEZA 1Z26A 2HNDA 3ASMA 3I8DA 4LSNA 4HUGA 2P51A 3C95A 1Y97A 2D0CA 4CJRA 1RT3A 1Z25A 4CJQA 4W5QA 3PO5A 3TAQA 4KHUA 4B9UA 2HB5A 5HBMA 5C42A 1NJYA 1NJWA 4HCBA 1DTTA 1JXBA 3DLBA 4FJ7A 1RBRA 1RTIA 5HRRA 4BDZA 3OYIA 3C94A 4O5BA 3SCXA 1BL3A 1J9AA 3TAPA 1BI4A 4F8RA 2YV0X 3OYDA 4DTJA 3M8PA 1RT2A 1W9HA 3OJSA 3DLHA 4B9SA 2GUIA 3VQ4A 4OPJA 3VA3A 2D5RA 3QEWA 4FJ8A 1EX4A 3CFRA 1S1VA 1SKSA 2HHTA 3NGYA 3A2FA 4FVMA 3VQ6A 2F8TA 1FKOA 3DMJA 1NK7A 4W5RA 5SZTA 1NKBA 2F8SA 2VG7A 3KLIA 1IG9A 5KGWA 4MFBA 4KV8A 3EZ5A 4FXDA 4Z0UA 3V6DA 5KRTA 1Q9YA 1BISA 4DTPA 4N76A 3LWLA 5SWMA 3K5LA 2F96A 4DSEA 4Z4IA 4AHSA 1SL0A 2HHUA 3AO4A 1VRTA 2G8HA 3K59A 3DRPA 1N5YA 3QINA 4FJ9A 2RN2A 3M8QA 1TKXA 1NK0A 1U49A 3RMAA 2JGUA 2OYQA 1TK8A 1B92A 1Q8IA 3OYBA 4FZYA 3HJFA 4CGIA 3OVNA 2XY7A 4FJKA 4B3OA 4CJSA 1HNIA 4DFPA 4FM0A 3V9UA 4DF8A 4CJTA 4DSFA 3U3GA 5I3UA 1QSYA 1WNSA 3MXJA 1XHZA 1A5WA 3RWUA 4DMNA 1T7PA 4KPYA 4DQQA 1IO2A 1Q9XA 4DSLA 4FM2A 4NCAA 5FROA 4KHWA 4FJLA 4ID5A 4B8CA 3LDSA 1O1WA 3ZCMA 3OYEA 4CF0A 2OZMA 1HYVA 1JLAA 4B9MA 4BE0A 1BCOA 4QOZB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q7CA 1RDDA 4K25A 1K8KB 4OGEA 3O9SA 2XY6A 5IWAK 5CY4A 3FLCO 4C1NI 4JI5K 2E2NA 4KFBA 4JEPA 4BRPA 3HRGA 3AVFA 4ZTJA 2EX3A 1SKWA 3THVA 1C1BA 2VCPA 1TYQA 3S3OA 2ZF5O 3AVLA 1GLFO 1CXQA 1RGIA 2G8WA 4I7FA 2HF4A 1BCMA 1FW6A 5D3GA 1LWCA 1HNWK 4AH9A 3OYGA 2PYLA 3GE1A 1K8KA 3GOIA 4DV5K 3CC2N 2OTJN 4CEEA 4DTOA 2BTFA 3AAQA 1KCFA 5AQMA 3WT0A 2JLEA 3KD1E 5E84A 2A5XA 1RDAA 2P9UB 2QXLA 1LWEA 4DTXA 3QO9A 4I9QA 4BE2A 2IVNA 3CM5A 4BR4A 4EHUA 1IBKK 3NF9A 5HOOA 1TK0A 3DJCA 3LAKA 4BGAA 4XH4A 4M3YA 3BF1A 4CZGA 2YX6A 1GLDG 1Z05A 2ZWHA 4CF1A 5TKYA 1TKZA 1JCFA 3DYAA 1QZ6A 2AA4A 2FF6A 3N4PA 4DV0K 4O5FA 3V1RA 1TAQA 3P38A 4N56A 2P9UA 3SYZA 3QDKA 4PKHA 4B9LA 4FWPA 1CLQA 4XIUA 4W5NA 4HWIA 4CJKA 3CQ8A 3QETA 2UXCK 1S6QA 2Q1NA 5BR9A 1C0MA 3WEEB 3VEVA 4CEFA 1NNEA 5T7BA 4M45A 1VQNN 4DQ8A 1ATNA 2QXFA 3FZMA 3GDQA 1WSIA 4GNIA 4DQSA 4FW1A 4JKHA 5CYQA 3I0RA 4O4GA 4IO8A 3SLCA 2WTUA 2ZD1A 4PY5A 4IEIA 3QEIA 2I5JA 4C8OA 1NMDA 2E1ZA 1IV0A 4DTRA 3MEGA 3J7AP 3RSEB 3C6HA 3IAYA 3SUNA 4J2DA 5ELZA 5AQKA 4N5SA 3KLEA 3P31A 5C25A 1K9MO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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