2Q3SA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Protein At5g06450
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 61
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2q3sA00
1JLEA 3PX0A 2HNZA 3ZT1A 4G1QA 2X74A 3DRPA 3OS0A 1C1AA 4O0JA 4FJ5A 1RT7A 3O4NA 2KZMA 5CY4A 5CYMA 5EU7A 4KB0A 3VQCA 3DYAA 3NF9A 4RW4A 4KHNA 3TAPA 2X6NA 1EKEA 1RTIA 1S1UA 2OYQA 4Y1DA 4DS4A 4DTMA 3CG7A 3NDKA 1ASVA 1HRHA 1U04A 3TARA 2YNFA 3C95A 4BE2A 3U3YA 5I3UA 4W5QA 1SL1A 3AA3A 3LWMA 3CYMA 4KB1A 1KRPA 4C8KA 3AVHA 2OA8A 3V6DA 4CJFA 3CQ8A 4DFMA 1IKXA 3LZIA 4KHUA 3TR8A 3V9UA 2E6LA 4ZTFA 2DFHA 3QESA 4PY5A 3KLHA 3KD1E 4M3WA 3V9WA 4CGHA 3P1GA 1T05A 3QO9A 2LSNA 1JKHA 4CIFA 3V9ZA 3QIOA 4OPKA 1Q9XA 2YHAA 3NGYA 4M41A 1SV5A 4W5OA 2OZMA 1Z25A 4N76A 1YTUA 4QAGA 4CEOA 3TAFA 4W5TA 5JS2A 4O55A 5SWMA 4NCAA 1HMVA 3L3UA 4MQ3A 1JLFA 1NK4A 1IKWA 2G8WA 1X9SA 1NKBA 4FLTA 2Z1JA 1L3SA 3V1OA 1KLNA 4AHSA 4Z0UA 4FJNA 2YKNA 4NYNA 4M42A 4B3OA 3VQAA 3QEPA 4CEBA 3DOLA 4FJGA 2FBVA 4DTRA 1WSIA 2XY5A 1KFDA 4DU3A 2IOCA 1J53A 4CGIA 1RCHA 4KI4A 3HM9A 4CESA 1ZBHA 2HB5A 1UA0A 1N5YA 1W0HA 3C94A 4OKJA 3ZCMA 3BGRA 3OYIA 4DQRA 3O3FA 5CYQA 3RR7A 3H08A 2G8IA 4KKOA 4OLAA 4E7JA 3MEEA 3OVNA 1WSFA 2KW4A 4FZYA 4YNQA 3O3HA 1LWCA 4OKEA 3HVTA 4CEZA 4ELUA 4FVMA 1A5WA 3DMJA 1RTJA 4CECA 3S3MA 1G15A 2D0BA 3SQ4A 1S9GA 2I5JA 3FFIA 5HBMA 3SV3A 3DLGA 1SUQA 1XI1A 1EX4A 3QLHA 3KD5E 1RT2A 1WN7A 4CGGA 3L2RA 4OLBA 1JL1A 1TAQA 3T3FA 3DOKA 2VWKA 2G8UA 1VSDA 1HYSA 4DQPA 2XRIA 4FK4A 4Z4HA 1HJRA 2ITGA 2NUBA 3D0PA 3DLEA 4PA1A 1WNSA 3OYEA 2FC0A 2HHTA 3KTQA 4M3YA 3DM2A 3AVNA 2A1SA 5HRPA 2QXFA 3ZT2A 3L3VA 2IS3A 3VQDA 4CJWA 3KK2A 4BACA 1ZYQA 4CEFA 3RWUA 1REVA 4H4MA 4M3ZA 4DTNA 4W5NA 2EX3A 1HNVA 3ZSXA 1D8YA 4I2PA 1TGOA 1RDBA 2KZZA 1RBTA 3K59A 1T7PA 1NJXA 2HNDA 3VQEA 1NOYA 5D3GA 1LWEA 3LP3A 1NOZA 2FBTA 1RTDA 1QHTA 1RBSA 2D0CA 1EP4A 1LAVA 1S1WA 2ZQBA 3AO3A 3PO5A 1L3UA 5HP1A 4GW6A 2B6AA 3KLIA 2OPPA 5C25A 4NCGA 4AILC 2Y1IA 1QSSA 1D9FA 1ZBUA 3VQQA 1NK5A 4O0IA 2HW3A 3ZSVA 4AHCA 2G8KA 1VSLA 3ZT3A 1D5AA 4O44A 3OYJA 1TK8A 4DSKA 1GOBA 4E1NA 4HVJA 4NYFA 2HHUA 2KTQA 5C42A 1BI4A 1TL3A 1J54A 1S5JA 3EY1A 3TABA 4CJLA 2HVIA 3AA4A 5C24A 4AHRA 1HYVA 3RRHA 2KFZA 3AVMA 3LP1A 1IKYA 2XO7A 3RRGA 4BWMA 4B8CA 2D0AA 2WONA 4IG3A 1NK0A 3OYHA 3MXMA 3DRSA 4CE9A 2RKIA 4HUFA 4FYDA 1BL3A 1Y97A 3ZSRA 4CHQA 2VWJA 4FW2A 3JYTA 2YHBA 2HMIA 1NJYA 1CZBA 1I39A 1IH7A 4DLEA 2Q3SA 1BIUA 4NCBA 4IFVA 4E19A 3AV9A 3LDSA 1TK0A 4FJMA 1YTAA 4L8RB 1L5UA 4W5RA 3HK2A 2YNIA 3U3GA 2PYLA 4CJRA 1NKCA 4CJ3A 1S6QA 3CM5A 1R0AA 4EP5A 4DWIA 3AVLA 3LANA 4DSEA 2E4LA 4E7KA 3NGIA 1RBUA 4E1MA 4EZ9A 2R7YA 4JS5A 4DFKA 3V4IA 3S3NA 2G8VA 3SV4A 3AO4A 4FJHA 4FJLA 3AVIA 3WNGA 5DMRA 3U6FA 1CLQA 2HVHA 2YKMA 3V81A 3RMBA 1XWLA 1RDDA 3LALA 1RTHA 3LAKA 3NGZA 4DFPA 4DTXA 3IRXA 4BDYA 2YNHA 5J2PA 5KGXA 1FK9A 4CFAA 1NJWA 3LPUA 1NK6A 4CJTA 1HPZA 4M3TA 1EETA 4CJSA 1D9DA 3I8DA 4C8OA 3M8RA 4K8ZA 4J2EA 3D45A 4CF9A 4CHZA 3OYGA 4FM1A 5J2QA 4PWDA 1S1VA 4Q0BA 1FKOA 1B9FA 1JL2A 4M45A 3BDPA 3KIOA 2BDPA 3SUPA 4F8RA 4N5SA 5JS1A 2P51A 3DI6A 1LWFA 4ICLA 3VQPA 1DLOA 4AH9A 1U49A 4CEDA 4RW9A 4FK0A 5K14A 1J5OA 3SQ2A 1JLCA 3SJJA 4CHYA 3L2QA 2ZD1A 3KLFA 2PY5A 1ZBFA 4I7FA 1SKSA 3HJFA 3WNEA 4B9NA 4CHOA 5KGWA 4F3OA 4DU1A 3QNOA 4QCLA 1DTQA 1KVAA 5FRNA 4B9UA 3AVCA 3RMDA 4ZTJA 4KHWA 4CF0A 1VRTA 4EZ6A 2ATQA 4JRQA 1B92A 3ZSOA 5FDLA 4B9TA 4DS5A 1NKEA 1TKZA 3M8PA 5J1EA 1BQMA 1XHZA 1IG9A 1CXQA 3NHGA 4E89A 3EYZA 4IBNA 2BANA 1C0TA 4DSLA 3AO2A 4CHPA 4FLZA 2JGUA 3K5NA 1HYZA 4BDZA 1VSIA 4CF8A 1F21A 3G0ZA 4JLHA 4RG8A 2P1JA 3T19A 1IKVA 4CCHA 1GOAA 4LD0A 1B9DA 1BGXT 1KCFA 3NAEA 3OYCA 2A1RA 4OGCA 3ZSWA 3MEDA 1S6PA 3M8QA 3WNFA 4ZHRA 3L2UA 4K8XA 1S1TA 1JLQA 3TAMA 4KPYA 2EHGA 1LW0A 1ZBIA 4F2SA 4FLUA 4DSFA 4I9QA 1U47A 3SZ2A 3OJSA 4ELTA 1RT4A 4M3UA 3B6PA 3CFOA 3ISNC 3F9KA 1QQCA 4KFBA 3NH1A 2W42A 4I2QA 4KO0A 4CJEA 1IO2A 3SUNA 1LAWA 4CHNA 2OZSA 2JLEA 3NBPA 3ZT0A 3TANA 4I9LA 2HNYA 3IS9A 1T03A 3AA5X 1WLJA 4FZXC 4B8AB 4CFCA 1NK8A 3TAQA 1RT6A 1RT3A 3NH0A 1X9MA 4CJ4A 2IAJA 3HYFA 1WAFA 3QEVA 4FJ8A 3JSMA 2B5JA 4CEEA 4BWJA 3AVGA 2IDOA 4FJJA 4WE1A 1BISA 4IKFA 1VSKA 5KRSA 3DLBA 3OJUA 3DLRA 4KHYA 1TKDA 1TAUA 3AO5A 4KV8A 4OJRA 4DTUA 1RNHA 3QEXA 4KRFA 3RR8A 4FCYA 1X9WA 4CERA 4KREA 3OYFA 2QKKA 2XHBA 4N47A 2FBXA 4RW6A 3MXIA 4LSNA 4TSXA 2AJQA 1NK7A 4FZZA 2RPIA 3AVBA 4FJKA 2RF2A 3SI6A 5KI6A 3K5LA 1QTMA 3OYMA 4E7LA 4J2AA 1SKWA 4Z4FA 2QKBA 1A5XA 4FJ7A 3K5MA 1JLBA 1I3AA 1UWBA 3VQ7A 4CFDA 1RT5A 3VQ6A 4DMNA 4CJKA 4XIUA 4DF8A 4J2DA 1VSJA 3DLKA 3V1RA 3RMAA 3VN5A 4DSIA 3ZT4A 3PUFA 4N41A 5J2NA 2PZSA 4FXDA 1C1CA 1FXXA 1VSEA 2GBZA 2ZE2A 1QS4A 3NF8A 3SPYA 3OS2A 2Z1HA 1C0UA 3LWLA 1QSYA 3OYNA 2OPQA 3VA0A 1KSPA 4CF2A 4HCCA 2BGGA 3CFPA 1BIZA 1VSMA 4FW1A 3HP6A 4FJ9A 4KTWA 2HHWA 1Q9YA 5CZ1A 4N56A 2OPSA 4CGFA 4DQQA 3VQ4A 3QERA 3K2PA 5CZ2A 3PX4A 1VRUA 3MEGA 4CGJA 4DG1A 3RTVA 2KQ2A 3SUOA 1SL2A 3NCIA 1C1BA 3SQ0A 4H8KA 4F4KA 2X78A 3NFAA 4M3RA 4J2BA 3O4QA 4CEAA 3SNNA 3A2FA 1Z26A 2WOMA 3HPOA 4DTSA 2HHVA 4RW7A 5T7BA 1CXUA 1EXQA 2B4JA 1TL1A 4CJPA 4KAZA 2P5OA 1SKRA 3F73A 1BQNA 4MFBA 2P5GA 3P5JA 4LH4A 4GVMA 3QIPA 1FKPA 4M3XA 1K6YA 3AA2A 1WSGA 1W9HA 3SPZA 4HUEA 2HHQA 4JRPA 2IGIA 1L3VA 4B9LA 1YT3A 1BHLA 1RDCA 4DTPA 3KKRA 3THVA 1DTTA 4CJQA 2KFNA 4EP4A 4BDPA 4ELVA 4LH5A 2F8SA 3HP9A 2O4GA 3OY9A 2E6MA 1TVRA 3AVJA 3OYKA 1X1PA 3OYBA 5DK5A 3AVKA 3HSTB 3LP2A 3SQ1A 4DQIA 3K57A 1HQEA 4OPJA 4E3SA 3PV8A 1HQUA 3CFRA 3TI0A 3KKSA 4FJIA 3HPGA 1S9EA 4CK3A 1C0MA 3LP0A 1ASWA 3B6OA 4Z4EA 2Z1IA 3ZSYA 4HHTA 3HO1A 4BE0A 2DY4A 3NF6A 5J2MA 4E0DA 4LSLA 4DTOA 3O3GA 5FROA 1O1WA 1U48A 5HRNA 3UIQA 3AVAA 4CIEA 3DRRA 4FJXA 2G8HA 4YFUA 1RDAA 3MAQA 2X6SA 3L2WA 4KTZA 3RMCA 3IAYA 2DFFA 3VQBA 3KLEA 4OGEA 3OYDA 3NF7A 1VSHA 3ULDA 2GUIA 4PQUA 4UQGA 1NK9A 4CEQA 1QE1A 1GOCA 4DQSA 4JS4A 2QK9A 1JLAA 4DTJA 2F8TA 1JXEA 1MU2A 3ZSQA 4CK2A 4KHSA 3PX6A 4FK2A 1YVUA 3TAEA 3PO4A 1RBRA 1TKXA 3ASMA 5HLFA 3SUQA 1VSFA 3OYLA 2OPRA 1A5VA 4Y1CA 3V9SA 3HPHA 1UA1A 4Z4GA 3E01A 4IFYA 1WSHA 1ZBLA 3DLHA 3VQ8A 5E41A 5SZTA 4DFJA 4CGDA 1ASUA 4GMJB 4C8LA 1KLMA 3I0SA 4Z4IA 3PY8A 4E7HA 4FLWA 3ZSZA 2D5RA 3HVRA 4FM0A 4DF4A 4AHUA 3HXMA 4IDKA 4F2RA 3S9HA 2YNGA 1KTQA 3WNHA 4Q5VA 3LZJA 3VA3A 1XC9A 1JXBA 2G8FA 1KVCA 4CIGA 2IC3A 4CF1A 1TKTA 5HRSA 1LW2A 4FM2A 3NH2A 3S3OA 4DSJA 4B9VA 4HCBA 4CK1A 3AO1A 3C6UA 4RW8A 4FLXA 3G10A 2HHSA 3OYAA 1RILA 1ITGA 2BE2A 1CZ9A 4IG0A 4B08A 4B9MA 4R5PA 3KJVA 2VG6A 3QINA 3OS1A 1BCMA 2VG7A 3V1QA 5KRTA 3K58A 4HTUA 1RT1A 3I0RA 3T1AA 1J9AA 1WSEA 1U45A 3ALYA 3SYZA 4HUGA 1RBVA 1NJZA 4KTQA 1Q8IA 2XY8A 3C6TA 3SCXA 4CJVA 3HT3A 4CJUA 3ITHA 1XHXA 1WAJA 3QETA 3K5OA 3KLGA 2XY7A 4CJ5A 4AHTA 1KVBA 4QOZB 4O4GA 4OKKA 4FLVA 2XY6A 1S1XA 1UOCA 5HRRA 1UAXA 3QEWA 4ID5A 3L2VA 1LV5A 3TWHA 4KI6A 4DLGA 4ID1A 2Y1JA 5HROA 4DU4A 2FBYA 3CM6A 2HHXA 4KHQA 3VQ5A 1WSJA 3IG1A 3LAMA 3V9XA 4C8MA 4BE1A 2GV9A 3QEIA 2DTUA 1KFSA 3P83D 2O4IA 4AHVA 3QNNA 4C8NA 4O5BA 3MECA 2RN2A 1QSLA 2VG5A 3VQ9A 2ETJA 3MXJA 4PUOA 4H4OA 1TV6A 5KTQA 3AVFA 1T8EA 2F96A 4OVLA 4Z4CA 5I42A 1SL0A 1N6QA 5FRMA 3EZ5A 4E7IA 1BI4B 3HL8A 3M8SA 4LY7A 3KK1A 3L8BA 1L3TA 3KK3A 1TK5A 2PYJA 1U4BA 1HNIA 4FLYA 1JLGA 2DFEA 3TAGA 1BCOA 3LPTA 2Z1GA 3NE6A 4B9SA 1C6VA 1VK0A 4CFBA 4F3TA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLEA 4IJAA 4G1QA 2X74A 3VTHA 1C1AA 5CYMA 3O5BA 3NF9A 3TAPA 5M1FA 1EKEA 4FVUA 4DS4A 3CG7A 1U04A 3DXMA 5I3UA 3I56N 1SL1A 4KB1A 1KRPA 4C8KA 1GLDG 3V6DA 3LZIA 4GKJK 1VQ9N 4LFAK 2O8EA 3KD1E 3SAFA 4CIFA 1Q9XA 4M41A 1ATNA 5C0YA 2NRWA 4QAGA 3TAFA 4DR2K 2Q0UA 5SWMA 2HSTA 1W97L 1NKBA 4FL9A 1ATSA 2YKNA 1KQSM 5ELZA 2P9PB 1JJ2M 2XY5A 1KFDA 3GE1A 1J53A 4KI4A 1VHXA 1W0HA 3C94A 5BR9A 3OYIA 4DQRA 3RR7A 4OLAA 4KKOA 4MO5A 4E7JA 3O3HA 4YOXA 1RTJA 3MK6A 2D0BA 1OVQA 2E88A 4MLEA 4H0OA 1S9GA 3WXKA 2GWJA 1SUQA 1S22A 5AQGA 3KD5E 5AFUH 3E66A 4CGGA 3L4QA 4OLBA 3DOKA 3SJHA 2XRIA 5F1XA 3DLEA 3OYEA 2FC0A 2P9SB 4PKIA 2W41A 4A62A 4H4MA 2A5XA 4X64K 1TGOA 4CZFA 1D8YA 1RBTA 3AAQA 3F9MA 3VEZA 2QI2A 1NOYA 1T7PA 1KD1O 1QHTA 1RBSA 2OYQA 4GW6A 3G71N 2B6AA 3WXJA 3WQTA 5C25A 4A61A 2Y1IA 4O0IA 2G8KA 3QBXA 4B1WB 4AQYK 3U9DA 1M1KO 4M7XA 3R9PA 1TL3A 4CJLA 4NXNK 4H0YB 4AHRA 3RRHA 2KFZA 2HF4A 3RRGA 4B8CA 3SBTA 2D0AA 2WONA 3QDKA 4IG3A 3DRSA 3ID8A 4CE9A 1BL3A 1Y97A 1GLJO 2E2OA 2PBDA 4DR1K 2Q3SA 1BIUA 4IFVA 4W5RA 3HK2A 2NRRA 3O9TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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