2Q3SA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
b'SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Protein At5g06450
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 61
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2q3sA00
1S9GA 3AA3A 4ZTJA 2PYLA 1ZBHA 4F3TA 4OGEA 2YHAA 1JL1A 3V9WA 3C95A 1HNVA 2E6LA 3O3HA 3AVMA 4OGCA 1EX4A 3TAGA 3OS2A 3QO9A 4FJMA 4IG3A 1FKOA 1VSJA 2O4GA 2HNZA 1RDAA 1TK0A 2OZSA 1U4BA 4B9UA 2HVHA 1SL1A 1S1TA 3ASMA 1JLBA 5CY4A 4R5PA 2RKIA 3NE6A 1RT5A 1WSFA 3ZT0A 3F73A 5HRRA 1HYVA 1N5YA 1CXUA 4DQSA 1RTDA 4DU1A 2QKBA 4KI4A 3OYMA 3SJJA 3LAMA 4CEBA 4CHYA 1K6YA 1SL0A 1UA1A 3AVCA 2HHVA 1WSHA 2ZE2A 4B8CA 4KHWA 3RTVA 1U49A 3LWLA 4K8XA 3RR8A 4JRQA 1RT4A 4NYFA 3BGRA 3KK3A 3ULDA 2IS3A 4C8LA 3QEWA 4FZZA 4KRFA 2XY8A 2XO7A 1WSEA 2HVIA 4B8AB 3VQ7A 5HP1A 2HHXA 2G8UA 3ITHA 3ZSWA 5HRNA 3TAEA 3SNNA 3LANA 1NOYA 1JXBA 3TANA 4L8RB 4LH5A 4LY7A 4DFKA 3SQ2A 3TABA 2G8VA 4M3UA 3AA2A 1VSIA 5T7BA 3M8RA 1T03A 1L3VA 3ZCMA 3SV4A 2Z1GA 1NK8A 3LZIA 1RBUA 4CJVA 4W5OA 3EYZA 1T7PA 4HUGA 5E41A 1W9HA 4FJHA 2WONA 3C6TA 4M3XA 3ZSXA 4CEAA 4LH4A 4ID1A 4YNQA 4FJIA 4M3TA 1IG9A 3VQ4A 4Q0BA 3QEIA 4E0DA 2XRIA 1ASUA 3CQ8A 3DYAA 3S3MA 1S6QA 3TAMA 4KFBA 4FM1A 2P5OA 4EZ9A 3AO1A 2HNDA 1JLEA 4W5TA 4Q5VA 3DRPA 4DFJA 1C6VA 1ITGA 3CG7A 3KD5E 3L3VA 2B6AA 4NYNA 5KGXA 4CK2A 2WOMA 3V1QA 4DTXA 4FYDA 2BDPA 4AHTA 4OKEA 3TI0A 4DTRA 5FRNA 4OLAA 1XHXA 1KVBA 3JSMA 3O3GA 3LWMA 4BDZA 4GMJB 4J2BA 3THVA 1QSLA 1BIUA 4CJ5A 3O4NA 3RMAA 1TKTA 4KV8A 1A5WA 5D3GA 2OPRA 4YFUA 1QQCA 1VSMA 5FDLA 3LPUA 3OJUA 1IO2A 1S5JA 3NGIA 1QS4A 4CHOA 2W42A 4DLEA 2A1RA 1JLFA 3KKRA 4FK4A 4F2SA 4E7IA 4FZYA 1LW2A 4KAZA 3B6OA 1TGOA 3AO5A 3IS9A 4BE1A 1VSHA 2HB5A 3DLKA 3U3GA 4RG8A 4QCLA 4KHNA 2F8SA 4H4OA 4KTQA 4AHRA 3NAEA 1TKXA 2YV0X 3L2VA 3H08A 4M3ZA 1L3SA 3OYFA 4CIGA 2X78A 4FLXA 4CF0A 3C6UA 5J2PA 3WNFA 4E1NA 2DFFA 3SUOA 2P1JA 1I39A 1YT3A 2ZQBA 3WNGA 4EZ6A 3NF6A 1L5UA 4JS5A 3AA5X 4H4MA 3V6DA 3DRSA 2YNHA 4Z4HA 1VRTA 4C8NA 1C0MA 4GVMA 4KTZA 4CGJA 1SUQA 4DQRA 2B5JA 1CZ9A 1GOCA 1S6PA 4DG1A 3VQAA 1SKSA 1KSPA 4CGDA 1TVRA 3ALYA 3NH1A 1RILA 2PZSA 4B9SA 1S1VA 2YNGA 3NBPA 1KTQA 2JLEA 4CJ3A 3OYCA 3SV3A 4HTUA 4CK3A 4CFDA 4Z4IA 2F96A 3ZSQA 1J9AA 4E7JA 4H8KA 1LW0A 1HNIA 1RT1A 4FVMA 1YTUA 3L2WA 3PY8A 1RTIA 1TKZA 2OPQA 3V4IA 1QSYA 2PY5A 4I9QA 1CXQA 4CJKA 4LSNA 2HHWA 4FK0A 4DSIA 3HJFA 1HYZA 4OJRA 4CJQA 4NCBA 3DI6A 4KO0A 3VQQA 3ZT4A 3AVKA 4PA1A 2XY6A 1WN7A 4OKJA 3HPOA 3KTQA 1Q9YA 2ETJA 4Z4EA 3AA4A 4I2PA 4CJ4A 3F9KA 3HL8A 4JS4A 2GUIA 3ZT2A 4N47A 1D9DA 4KI6A 1JLQA 4CHZA 4ZHRA 4IKFA 3ISNC 4CERA 3NHGA 4FLZA 3U3YA 1XC9A 2DFHA 4DFMA 3U6FA 1I3AA 1YTAA 4E1MA 3KJVA 1C1CA 4ELUA 4IFVA 1BQNA 1XWLA 1TL1A 4CE9A 5FROA 3KLGA 3QERA 3S9HA 4DFPA 1FXXA 2FBYA 1J53A 2BE2A 4FJNA 1NKCA 3PX0A 2NUBA 5KTQA 1IKXA 5HBMA 4HCBA 2KQ2A 3DLRA 3KIOA 3S3OA 4FK2A 3O4QA 1Z25A 4G1QA 4DU3A 2YNFA 3K5LA 2ITGA 5J2QA 3QESA 3QEPA 1BCOA 1EKEA 4C8MA 3V1RA 3KLEA 4CF8A 4DTUA 3KKSA 4O0JA 4DQIA 5KRSA 4FJKA 2KFZA 2JGUA 3NF7A 3ZT1A 2VG6A 4CFCA 1X1PA 4W5NA 3OYIA 4Y1DA 4ZTFA 1BHLA 2HHQA 2OPSA 1BISA 4CHPA 1FK9A 3VQ8A 3OYAA 2FBVA 1RCHA 3CYMA 3QLHA 4OPKA 4RW6A 5CZ1A 3V9XA 2QK9A 4M45A 4FJXA 3QEXA 3OYKA 4B9MA 1C0UA 1T8EA 4CK1A 4DSLA 4FM0A 3LDSA 2VWKA 3T3FA 3OYJA 3L8BA 3V81A 4OLBA 3DLGA 4B08A 3NGYA 3OYHA 1NKEA 4AHCA 3PX4A 2Z1HA 4CGHA 4CFBA 3AO3A 3OJSA 3UIQA 4Z4GA 4IBNA 2X6SA 3TAQA 5J1EA 3OY9A 3K59A 3LP1A 4CCHA 4JLHA 4UQGA 4AILC 5HLFA 2AJQA 4FLTA 4DQPA 5DMRA 2OYQA 4IFYA 1VSKA 4XIUA 1YVUA 4E19A 3OS0A 1VK0A 4DTJA 1DLOA 2QKKA 4CEEA 3LP3A 1UWBA 5DK5A 4FLWA 4FLUA 3SUNA 1L3TA 3D45A 4BDPA 2RN2A 2XY5A 3IAYA 4DTMA 3WNEA 4Z0UA 3OS1A 1QHTA 3IRXA 3VN5A 4CHNA 3HO1A 4E89A 3OYDA 2VG7A 3K5OA 4O55A 2DY4A 1VSEA 1IKYA 3C94A 1IKVA 4ELTA 1B9FA 3I8DA 1BI4B 3CFPA 1C1BA 4E7LA 3L2UA 3OYNA 3ZSYA 4HHTA 4E3SA 1WSJA 1D8YA 1SL2A 1B9DA 3QIOA 1FKPA 4AH9A 1NKBA 3P83D 4I2QA 1LWCA 3KLIA 3NFAA 3LPTA 4CESA 4CGFA 1U04A 3M8PA 3QETA 3MXIA 2HW3A 4BWMA 4O44A 2D5RA 3HPGA 4CJTA 3NH2A 2OZMA 1BQMA 2KFNA 1LWEA 4BDYA 4CEZA 4C8OA 4FJ5A 4CJRA 3CM5A 1JKHA 3B6PA 4BE0A 4CFAA 3AVIA 3KLFA 4CGIA 2Z1IA 3SI6A 3E01A 2X74A 1LAVA 4E7HA 2P51A 3DOLA 2KZMA 1J54A 1LV5A 3RRGA 4C8KA 3DMJA 1B92A 3SCXA 3G10A 2PYJA 2KW4A 3D0PA 2LSNA 3AO2A 4M3WA 2F8TA 3AVHA 1Z26A 2FBXA 3I0RA 4CIEA 5HRSA 1A5XA 5KRTA 3SQ4A 4F8RA 5I3UA 3OYEA 4FW2A 3LALA 3LP2A 4Y1CA 3PO5A 4M3RA 3I0SA 4DLGA 3BDPA 4F4KA 1BGXT 4MFBA 4CJPA 1NJZA 1NK4A 4ELVA 4J2EA 4CGGA 4B9NA 2HHSA 3L3UA 3VQEA 3EY1A 3ZSVA 3NDKA 3HP9A 3TR8A 4DSFA 4J2AA 1C0TA 1BCMA 3VQDA 4CEOA 4BACA 2I5JA 1Q9XA 4O5BA 3HXMA 1Q8IA 3A2FA 1HMVA 4NCGA 1RTJA 1KVAA 2YKMA 1Y97A 3LP0A 4GW6A 3VA0A 3V9SA 1HYSA 4KHYA 4WE1A 3HYFA 3LZJA 4QOZB 3AVAA 2XHBA 2FC0A 1RBRA 5JS2A 1U45A 3MEDA 3QEVA 1BI4A 1VSLA 5EU7A 4B9VA 2Q3SA 3MEGA 3PX6A 1TAQA 3KK1A 3L2QA 2BANA 4K8ZA 4FLVA 3M8QA 4DTSA 1SV5A 4OVLA 4HUEA 1KCFA 2DFEA 1S9EA 4CEDA 4CF1A 1S1UA 2YNIA 1X9MA 3PUFA 5HRPA 3VQ5A 3ZSRA 3V9UA 2DTUA 1U48A 1CZBA 4N41A 3ZT3A 4DSJA 2OA8A 1EP4A 5FRMA 4QAGA 1D5AA 1S1WA 3VQ9A 2KZZA 1G15A 2RPIA 1KRPA 4KB1A 1BL3A 4TSXA 1ZBUA 2HNYA 4HVJA 5C42A 2HMIA 5CYMA 5J2MA 2G8IA 4B3OA 2D0BA 1QSSA 1GOBA 3HT3A 3ZSZA 1XI1A 1RT2A 4CJSA 4AHVA 4DU4A 3DM2A 2YHBA 1WNSA 1W0HA 4RW9A 1QE1A 4ID5A 1BIZA 1WSIA 3EZ5A 3SPZA 1NK5A 1ZBFA 4CEFA 3WNHA 4W5RA 4KB0A 4FJ7A 2B4JA 4FZXC 1NK0A 3NCIA 3KK2A 3TARA 4KTWA 4M3YA 4FXDA 3V9ZA 4F3OA 4CF9A 3SYZA 3SQ0A 4NCAA 4HCCA 1UOCA 3K58A 3KD1E 3VA3A 3OYLA 4DTPA 4KHQA 3MXMA 3VQCA 4LSLA 1ZYQA 3IG1A 3LAKA 3K2PA 4DSKA 2ATQA 4FJGA 2BGGA 4PY5A 2O4IA 2GBZA 3JYTA 1ZBIA 3SQ1A 2EX3A 2HHTA 1A5VA 3M8SA 3AV9A 3CFOA 4FJ8A 4KHSA 1REVA 2IGIA 1KFSA 3RMCA 1KLMA 4BE2A 2YKNA 4W5QA 2D0CA 4DQQA 2G8WA 5CYQA 1KFDA 4ICLA 3S3NA 3AO4A 3MECA 3FFIA 1NK9A 2E6MA 4M41A 1TAUA 1ASWA 4DF8A 3L2RA 1RT6A 1F21A 3AVFA 2X6NA 4AHUA 4EP4A 1TV6A 2G8FA 4I9LA 4FJJA 4J2DA 3RR7A 1IKWA 1DTQA 3AVLA 4FJ9A 2P5GA 2IDOA 1RBSA 3P5JA 5CZ2A 4EP5A 3QIPA 1EETA 4N56A 1RDBA 4CF2A 1LAWA 3SPYA 3MEEA 1WLJA 3VQ6A 2FBTA 1KLNA 2VG5A 4OPJA 1CLQA 1RT3A 5C25A 3DOKA 1DTTA 3HP6A 1HRHA 3AVNA 3CM6A 1SKWA 2HHUA 1IH7A 3AVBA 4I7FA 2OPPA 3QNOA 3NH0A 3K57A 2IOCA 4DMNA 1U47A 1VSFA 5HROA 2R7YA 1RT7A 1NK7A 4DSEA 3MAQA 5KGWA 3QINA 3HPHA 3VQPA 5C24A 4KHUA 5K14A 2D0AA 4FCYA 1ZBLA 1RBTA 1RDDA 1X9SA 3CFRA 4CJFA 1ASVA 4KKOA 4FLYA 5SWMA 3TAPA 1TK5A 1NJXA 1RDCA 5JS1A 3O3FA 4JRPA 4N76A 3OYBA 1HQEA 3KLHA 3HVRA 1HJRA 1J5OA 4KREA 4CJEA 4DF4A 4FM2A 2KTQA 2RF2A 1NJWA 4Z4CA 3PV8A 3RRHA 4M42A 4F2RA 1NOZA 3NF9A 3T19A 4PWDA 4MQ3A 2E4LA 4CJLA 3AVGA 1SKRA 4RW8A 1T05A 2GV9A 4HUFA 1JXEA 1RNHA 1HQUA 1WAJA 1TL3A 4BWJA 1R0AA 1EXQA 4PUOA 1C1AA 1VSDA 3V1OA 4CECA 4DS4A 4PQUA 1X9WA 3VQBA 1TKDA 2Y1IA 3DLHA 3SUQA 4E7KA 3MXJA 4N5SA 1S1XA 3TAFA 1MU2A 4IDKA 4DS5A 4CJWA 4B9TA 1GOAA 1O1WA 2IC3A 3T1AA 3QNNA 4FW1A 1L3UA 1HPZA 2EHGA 3TWHA 1LWFA 1XHZA 2XY7A 1UAXA 2IAJA 4DWIA 1VRUA 3DRRA 3DLBA 1KVCA 2A1SA 1WAFA 4IG0A 3HM9A 3OYGA 5KI6A 5J2NA 1NJYA 3PO4A 1JLCA 3RWUA 2G8KA 3ZSOA 4CJUA 3K5MA 1D9FA 2Y1JA 5I42A 4CHQA 3OVNA 4B9LA 1JLGA 3DLEA 4KPYA 4OKKA 1TK8A 1UA0A 4RW7A 1QTMA 3AVJA 1JLAA 1N6QA 3RMBA 4LD0A 1RBVA 2QXFA 3HVTA 4O4GA 3NGZA 3HSTB 4CEQA 3SUPA 2Z1JA 4DTOA 3G0ZA 4CIFA 2ZD1A 2VWJA 1JL2A 4Z4FA 4O0IA 5SZTA 4DTNA 3RMDA 3HK2A 3NF8A 1RTHA 4AHSA 3K5NA 3P1GA 4RW4A 1WSGA 3SZ2A 2G8HA 1NK6A 4FJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA3A 2GX9A 3AVMA 3OS2A 3A8YA 3QO9A 4FWMA 4BRGA 4EIAA 1FKOA 1RDAA 2A40A 4JI3K 1NGJA 5H1SQ 3WXMB 4EHUA 4BR4A 1SL1A 2O8CA 3ASMA 4R5PA 2RKIA 1RT5A 1WSFA 3ZT0A 2YCHA 1WB9A 2BH1A 3HOTA 1CXUA 4A62A 2F9WA 1NGIA 4C23A 1Q82O 3LAMA 4H0OA 3C6HA 3O9SA 4WQ4A 3BF3A 4B8CA 4X62K 4KHWA 1RT4A 4E1JA 1QZ6A 3BGRA 4B1VA 2NRTA 4FZZA 4I6MB 4KRFA 4B8AB 3E66A 4H5WA 2HHXA 3ITHA 2E8AA 1JXBA 4L8RB 4LH5A 5T7BA 4JKBA 3WXJA 1NK8A 4LF7K 2D1KA 4H0YB 3LZIA 1ESVA 3EYZA 2QWMA 4BC3A 4M3XA 2WONA 4CEAA 4LH4A 4ID1A 4YDUA 1IG9A 2P9UA 5EXWA 1BA1A 2W6KA 3ZETB 3G25A 4EAHD 4WQ5A 1KD1O 3ATVA 4C1NI 3CG7A 5KGXA 2W6LA 4CK2A 3VEXA 2E1YA 1YHQN 4OLAA 5AFUA 1E4FT 3O4NA 4PHTX 3CCVN 1A5WA 4A2AA 4YFUA 1VSMA 3LPUA 1IO2A 2UYTA 2A1RA 1JLFA 2GWJA 4F2SA 4FZYA 3QB0A 3T1HK 2YHXA 1VSHA 3DLKA 4AQYK 4KTQA 2QWOA 4DB3A 3H08A 3L2VA 4OO1J 3OYFA 1G99A 1BDGA 4DR6K 2YNHA 2E2PA 4H5VA 4C8NA 3A0IX 1SKSA 1CZ9A 1GOCA 5BN9A 3ALYA 4LF6K 3MCAB 2YNGA 4CJ3A 3HZ6A 1KQSM 4CK3A 3WEEA 1HNIA 2DPNA 5BRFA 1YTUA 3L2WA 3CERA 2HHWA 4FK0A 2VGMA 3TSUA 4CJQA 4FOEA 3AVKA 1WN7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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