2Q3SA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Protein At5g06450
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 61
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2q3sA00
4PUOA 2HNDA 4KV8A 4B9UA 4B9TA 4RW4A 4DWIA 2WONA 1Y97A 1JLEA 3SZ2A 2HNYA 3NF7A 4DTXA 1UA0A 5J2NA 2F8SA 4DFJA 2YNIA 4O5BA 4ID5A 3K59A 5KRSA 3OYLA 3VA3A 4M3YA 1GOBA 4GMJB 1C0TA 3PX6A 1NK6A 1ZBHA 4O4GA 1TL3A 4FLYA 4CEBA 4CIFA 4F3OA 4J2AA 5I3UA 4GVMA 4RW8A 4ID1A 3V4IA 4K8XA 3OYHA 3AVIA 4AHSA 1NKBA 3HPHA 2B6AA 1KLMA 1ZBLA 4IBNA 3V1QA 3V6DA 3QEIA 3S3NA 1U49A 1J5OA 1HYSA 1RCHA 3ZSWA 4NYFA 1DTQA 2LSNA 3SQ0A 2HMIA 2PZSA 4F3TA 1C1AA 2O4GA 2XY8A 4N56A 4CJWA 4FJKA 1WSIA 4JRQA 1ZYQA 1IKXA 4ZTJA 5D3GA 3RRGA 1LW0A 2RPIA 3SUOA 4HVJA 1CXQA 3FFIA 1I3AA 1S1UA 4HCBA 4F4KA 2BANA 3SQ4A 3SQ2A 3NGYA 4IFYA 3VQ5A 3QIOA 3V9XA 4ZTFA 1YTUA 3AVHA 1ASVA 4IDKA 1N6QA 4BWMA 1LV5A 2OPSA 4ELVA 4CJTA 4CK1A 1BCOA 3HT3A 4FLXA 3M8PA 2YNGA 2YV0X 3L2RA 3SPZA 5FRNA 3OYFA 3RMCA 4FYDA 1YTAA 3AVLA 1SKSA 4CEOA 3NHGA 3DLRA 3BDPA 2HHSA 3CQ8A 3QETA 4DQPA 1WLJA 3PO4A 4FLUA 1Q9YA 4Z0UA 4M3ZA 3CG7A 2O4IA 1WNSA 3LZJA 4FW1A 4N5SA 1RT2A 3MXMA 2QK9A 3OJUA 3OVNA 3AV9A 4CEAA 4DFKA 3QERA 4CJ5A 3AA2A 4FJ5A 4AILC 2IS3A 4CJRA 1JLAA 1VSLA 1LAVA 4M3UA 1JLFA 3ALYA 1NOYA 1FXXA 2GBZA 3MEEA 3PY8A 4EZ9A 3DRSA 2W42A 2JLEA 4KPYA 4W5RA 4CJSA 4KFBA 3U3YA 2HVIA 4QAGA 1XI1A 1RDDA 5SWMA 3AO5A 1HNIA 5I42A 3THVA 3DLBA 3AVKA 4DTNA 1BCMA 1A5WA 2ITGA 1WAFA 4F8RA 3UIQA 3NF8A 4FJXA 3U6FA 1IKYA 4B3OA 4CJ3A 2IDOA 2QXFA 3NGZA 4FJIA 1CLQA 2DFFA 3CFRA 2X74A 3DRRA 3AA4A 2HVHA 4DTOA 3ASMA 3RR8A 1WSJA 1IKWA 4CGGA 1KCFA 4E19A 2A1RA 4KHNA 4UQGA 3B6PA 3CYMA 1ZBIA 2F8TA 3ITHA 5DMRA 3P5JA 2Z1IA 1QS4A 4CF8A 4OPJA 3VQBA 4CJEA 1ASWA 5C25A 1F21A 3LP2A 1CZBA 5HLFA 3HM9A 2VWKA 3T1AA 4E7JA 1S9EA 3LANA 2JGUA 4DQIA 4KAZA 1FK9A 1ITGA 4W5NA 2DFEA 3LWLA 2P1JA 1JL2A 1UAXA 1BL3A 1WSHA 4DSKA 3AVAA 2D0AA 3P1GA 3C6UA 4FK0A 1RDCA 3SCXA 4LH4A 1HMVA 2ETJA 3JSMA 3AO3A 4Z4EA 3RMAA 4CFCA 4FJ7A 3QINA 4BWJA 3QEWA 1RT5A 3VN5A 3ZSZA 3KJVA 1NK5A 3TAFA 3C6TA 4JS4A 2RKIA 3V81A 3RMDA 3ZSXA 3F73A 3HP6A 5KI6A 4DF8A 3H08A 4OJRA 1U4BA 3HPGA 2QKBA 1D5AA 5HBMA 1D8YA 1S1XA 2WOMA 4CJLA 3NDKA 4DU4A 1QTMA 1LWEA 4B08A 3KLHA 4FLZA 3KIOA 3VQ6A 4AHRA 3ZSOA 1RDBA 1NJXA 4B9MA 4FJ8A 3V9SA 4DU3A 1S9GA 4AH9A 4BE2A 1WSGA 3OYGA 5DK5A 1X1PA 3PUFA 4LSNA 2OPRA 3SNNA 4G1QA 3QEXA 4FCYA 4B9SA 4BE1A 4XIUA 3O3FA 2HW3A 1XWLA 1CXUA 4C8NA 4JS5A 3K5MA 3WNEA 2X78A 5JS2A 3ZT0A 3NE6A 1VK0A 1HNVA 2IAJA 1BI4B 3K58A 1VSMA 4LY7A 4FZXC 4DFMA 4E7KA 2OZSA 4CJVA 4N76A 1RILA 2Y1IA 1YVUA 3QLHA 2VG5A 4CGIA 4OGEA 3KK2A 5HROA 4AHVA 1T05A 4NCBA 3V9UA 3DLEA 3S3OA 4O0IA 1WN7A 4CHPA 1YT3A 4CJFA 4B9VA 1NK0A 1TGOA 5SZTA 3HP9A 4CGFA 4DQRA 4CJQA 1UA1A 3DRPA 3NCIA 1L3TA 1T7PA 3KKRA 2EX3A 1KLNA 1W9HA 3EZ5A 4DTPA 1RNHA 3I0SA 1SKRA 3NAEA 1I39A 3LP0A 4IG3A 3OS2A 2F96A 1RBTA 4I9QA 4W5TA 2KFZA 3HK2A 2HHUA 4CF9A 3AVNA 1B9DA 1JLQA 2B5JA 3OYKA 1XHXA 4KKOA 3MAQA 5KGWA 5CYMA 4ZHRA 1XC9A 5HRNA 4Q5VA 4HUFA 4M3TA 3LAMA 1Q9XA 2P51A 4W5OA 4FXDA 3TAEA 4OKEA 4DSIA 2ZE2A 3TAMA 5C42A 1KTQA 4CEZA 4I2QA 4CFBA 1QQCA 1J53A 1RT3A 3SUPA 5JS1A 3E01A 1BIZA 3VQ4A 3AVCA 4ICLA 4EZ6A 4LH5A 3K5LA 3ZSRA 2IC3A 3V1RA 4FJGA 1U04A 4KTWA 1VSKA 1QE1A 1RT1A 1REVA 4CGDA 1NK7A 2BGGA 3AVBA 2D0BA 2D0CA 4I7FA 2Z1HA 3ZT3A 3HPOA 4Y1DA 2XY7A 1BISA 3AO2A 1NK4A 1L3SA 1S5JA 3DOLA 1QSLA 1N5YA 4CIEA 3LZIA 1B9FA 2HHWA 5J2QA 1TKZA 4CEQA 4RW9A 4DLEA 4FLWA 3NGIA 1QHTA 2D5RA 1TKDA 2VG7A 4M42A 1C6VA 3KD5E 1RBSA 3KLGA 2FBYA 2EHGA 4AHUA 1GOAA 3AVMA 3KLFA 3RRHA 3QNOA 3VQDA 1DLOA 3B6OA 4H4OA 2G8VA 3S3MA 4E1MA 2FBTA 2YNFA 2RN2A 3SUNA 1SL0A 4J2DA 3T19A 3G10A 3LP1A 4YNQA 2Q3SA 4B9NA 1RBRA 2VG6A 2Z1JA 4OVLA 4RW6A 4L8RB 1C0UA 3VA0A 4KTQA 2XO7A 1VSIA 4HHTA 2FC0A 5FROA 3TAPA 3HVTA 4CFAA 3TABA 4EP5A 4DTRA 2XY5A 1HQUA 3LDSA 3RR7A 3KKSA 3O4QA 2KFNA 5KRTA 3K2PA 3ZT1A 4M3WA 3TR8A 4AHTA 3KD1E 3SI6A 1JLCA 3KK1A 5J1EA 1S1WA 2G8HA 1VSHA 3OYEA 3DLKA 1LAWA 1U48A 2GUIA 3VQPA 1HJRA 3L2QA 4FJMA 1KRPA 2PYJA 3D0PA 4BDZA 1WAJA 4QCLA 4O0JA 4CHYA 4CEFA 4B8CA 4CK3A 3IRXA 3OYCA 3HVRA 3SV3A 2G8UA 5FRMA 3D45A 1BGXT 5KTQA 3RWUA 1RBUA 1RT4A 4JLHA 1C0MA 2DY4A 1K6YA 3HXMA 3HYFA 3TAGA 4QOZB 2HHTA 1ZBUA 1HYZA 3NH0A 1WSEA 1KVAA 4EP4A 1HYVA 3C95A 3CFPA 4CFDA 4FJJA 4OKJA 3OYMA 4KI4A 3JYTA 4N47A 1CZ9A 2ZQBA 3O4NA 4KHUA 3HL8A 2YKMA 4CEDA 3MECA 4H4MA 1J9AA 3PV8A 3NF6A 4BDYA 4E7HA 1RTJA 2XRIA 2HHQA 3VQEA 1RDAA 1LW2A 1SV5A 3AO4A 5KGXA 1U47A 2ZD1A 5E41A 3K5NA 4I2PA 5HRPA 4FZZA 3HJFA 4CJUA 4E7LA 3PO5A 4FVMA 5C24A 3OJSA 3O3GA 3S9HA 4HTUA 1GOCA 1A5XA 1L3UA 2KW4A 4FJHA 4Z4CA 1JLGA 4Z4HA 3OYNA 4J2EA 3G0ZA 1VRUA 1Z26A 1NJWA 1KFSA 1EX4A 4M3RA 3MXIA 1KFDA 1S1VA 1BHLA 3ZSQA 1RTIA 1IO2A 4Z4FA 1TL1A 4OKKA 2P5OA 3NBPA 4RG8A 1DTTA 2FBVA 3L8BA 2G8FA 5FDLA 3QNNA 4DTSA 4CEEA 4PQUA 4F2SA 1W0HA 2ATQA 4KHWA 4CF2A 4DTJA 4O55A 3SUQA 1NKCA 1HPZA 3IAYA 1JKHA 2BE2A 4C8MA 4KHYA 5CY4A 3TI0A 1IKVA 4JRPA 4LD0A 3NFAA 3EYZA 1A5VA 3K57A 1R0AA 1IG9A 3OS1A 3MEGA 5CZ2A 3KLEA 1NK9A 1JXEA 4BDPA 4DSFA 1VSJA 3AA5X 3VQ8A 3L2VA 1ASUA 4YFUA 3O3HA 4DQSA 1X9SA 4CCHA 4DF4A 3F9KA 1Z25A 1NJYA 3KK3A 2RF2A 3M8QA 5CYQA 4CE9A 5T7BA 4MQ3A 3EY1A 1VRTA 1SL1A 4CK2A 4KHQA 1SUQA 4W5QA 1NKEA 3DM2A 2GV9A 3NH1A 3NF9A 4K8ZA 3QIPA 3L3VA 4FM0A 3LPTA 3VQQA 2KZMA 3K5OA 3TWHA 2YNHA 5HRSA 4DTMA 4FM1A 1SKWA 1Q8IA 1VSFA 3DI6A 3IG1A 4KO0A 4BE0A 3CM5A 4NYNA 3TARA 4NCAA 1HQEA 4C8OA 1RT7A 4M45A 4CHOA 3A2FA 1O1WA 4DG1A 1J54A 2BDPA 4E3SA 4CJKA 4Z4GA 2B4JA 1BIUA 4DSEA 3SPYA 4WE1A 3I0RA 3IS9A 4FJLA 2DFHA 4FLTA 1EP4A 1L3VA 2A1SA 2I5JA 3ULDA 2E6LA 4OLAA 1TKTA 1EKEA 3CM6A 3ZT2A 3QEPA 3M8RA 2OYQA 3KLIA 3SQ1A 4CGHA 1RT6A 3SYZA 2Y1JA 1RTHA 3OYIA 3KTQA 1UOCA 1ZBFA 4IG0A 1C1CA 1XHZA 1S1TA 4IFVA 1LWFA 4CHZA 4DTUA 1X9WA 3OYAA 4DMNA 3LAKA 2P5GA 4FK2A 1S6QA 4E0DA 2IOCA 3AVGA 5EU7A 4FW2A 2VWJA 4KRFA 3DYAA 4DLGA 4C8KA 3LPUA 3DMJA 3BGRA 4E7IA 3L2UA 3ZSVA 3T3FA 3VQ9A 1HRHA 1U45A 4DSLA 4Z4IA 4OGCA 4DS5A 4KTZA 4BACA 3C94A 3L3UA 3LALA 3QEVA 4KB1A 1EETA 2G8WA 3LP3A 3LWMA 1T8EA 2G8IA 3L2WA 4DFPA 3V1OA 2QKKA 1JXBA 4F2RA 4CJPA 1X9MA 2DTUA 1JL1A 4OPKA 5J2MA 2X6NA 3HO1A 4CECA 4HUGA 4FM2A 3RTVA 1TKXA 3AO1A 4FJ9A 4AHCA 2XHBA 4FJNA 3I8DA 4J2BA 1BI4A 4CIGA 2XY6A 1FKOA 4PA1A 2HHXA 4PY5A 4I9LA 4LSLA 2E6MA 1VSEA 4GW6A 1QSYA 1L5UA 2OPQA 1VSDA 4KREA 1MU2A 4KB0A 1TAQA 1JLBA 1TV6A 3VQCA 3ISNC 3ZCMA 4KI6A 1NJZA 2NUBA 3ZT4A 5K14A 5J2PA 1D9DA 3DOKA 4N41A 4FZYA 4Y1CA 2YKNA 1C1BA 4B9LA 1BQNA 1WSFA 1TK5A 1NOZA 4DSJA 3QO9A 3WNHA 4FK4A 2HB5A 2OPPA 3DLGA 3M8SA 4RW7A 3SJJA 4CHQA 3OYDA 4CHNA 1RTDA 4Q0BA 3VQAA 4CJ4A 3AVJA 3RMBA 4OLBA 3QESA 2AJQA 2R7YA 1KVCA 2PY5A 3DLHA 4O44A 2OA8A 1TAUA 1T03A 2KQ2A 2E4LA 3CFOA 3VQ7A 3V9WA 4DU1A 4FLVA 2IGIA 5CZ1A 3AA3A 1TK0A 2G8KA 4KHSA 4ELTA 3OS0A 2YHAA 1KSPA 4HCCA 2HNZA 3HSTB 1NK8A 2KZZA 4CESA 3ZSYA 3P83D 3MXJA 1EXQA 1TK8A 1QSSA 1D9FA 4ELUA 3U3GA 3WNFA 4H8KA 2YHBA 3V9ZA 3MEDA 4CF1A 4R5PA 2FBXA 4IKFA 4MFBA 1IH7A 3PX0A 2OZMA 4B8AB 3AVFA 4TSXA 5HRRA 1RBVA 3NH2A 1B92A 5HP1A 4M41A 1FKPA 4HUEA 2Z1GA 4CERA 2PYLA 4DQQA 2HHVA 4M3XA 1TVRA 4E89A 2KTQA 4CF0A 4C8LA 3OY9A 2X6SA 4NCGA 3PX4A 1LWCA 3TANA 1SL2A 4CGJA 3SV4A 1KVBA 3OYBA 1UWBA 3WNGA 1G15A 3OYJA 4DS4A 4PWDA 1S6PA 1BQMA 4E1NA 3TAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HNDA 1JLEA 3NF7A 3HZ6A 2AA4A 5KRSA 3VA3A 3TSUA 1HUXA 4GVMA 1KLMA 2P9LB 4IBNA 3QEIA 3S3NA 1J5OA 4KH4A 1HYSA 4FWNA 3WQUA 2P9PA 2VCPA 5JVGL 1DTQA 4N56A 1SQKA 4CJWA 1OVYA 1IBLK 3RRGA 3BP8A 3ZX0A 4HVJA 1CXQA 3FFIA 4JK7A 2BANA 3SQ4A 3SQ2A 5KQ8A 4IFYA 3QIOA 4LF9K 1BO5O 4BWMA 1LV5A 5FRNA 3RMCA 1HJOA 4DKWA 5I9EB 3DLRA 3JXUA 3H46O 3CG7A 4JD2A 1WNSA 3LZJA 1RT2A 3MXMA 2QK9A 5F1XA 2P9KB 4XH1A 3U9DA 4BQZA 3LDNA 3BZCA 3L0QA 3MWTA 1W7AA 1VSLA 2D4WA 3ALYA 1NOYA 3PY8A 3MEEA 1T6CA 3DRSA 2W42A 4W5RA 4CJSA 2NRTA 4QAGA 1XI1A 1RDDA 3DLBA 3AVKA 2O8EA 1BCMA 1A5WA 4F8RA 3Q7CA 2BH1A 2IDOA 3SBGA 3SBTA 4IZ9A 3AA4A 2HVHA 4DTOA 1WSJA 4KHNA 3CERA 4OPHA 4XH5A 4CJEA 3JAMO 4JI2K 2F4VK 3T1AA 1S9EA 4BRNA 1X3MA 2O8FA 2DFEA 5AQSA 1BL3A 1QHAA 3C6UA 1RDCA 4YOXA 2ETJA 5AJ3K 4FJ7A 4FSVA 1KAYA 2PAVA 4DV6K 3C6TA 2VGNA 3P39A 3ZSXA 3RSEB 5KI6A 1J6ZA 3HPGA 1D5AA 5HBMA 1D8YA 2WOMA 3CJCA 4CJLA 3IKMA 1BUPA 4ILGB 4FPBA 3TTCA 4AHRA 3V9SA 1NGEA 4BRHA 1ILYA 3DXKB 1X1PA 3PUFA 3U8XA 3QEXA 1NGCA 4B9SA 2HW3A 1CXUA 4KH5A 3EEQA 5JS2A 3ZT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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