2Q3SA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein At5g06450
total genus 61
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2q3sA00
3DYAA 1IH7A 4DTJA 5I3UA 4OVLA 1RILA 5K14A 3I8DA 3AV9A 2LSNA 4LH5A 3ZSWA 4CHQA 4DQRA 2XY6A 3MEGA 3SYZA 4DSKA 4Z4FA 5HRRA 4KAZA 1VK0A 4CJLA 1HNVA 3JYTA 1WSEA 3KK3A 3L8BA 4CJQA 4GMJB 4CFBA 3OYNA 3SPZA 3HVTA 4F3OA 5D3GA 3CM5A 3SJJA 2HNZA 1KVAA 1S1VA 2KQ2A 3AO3A 4IDKA 1VSLA 4DTXA 1TL1A 4DG1A 4QOZB 1NOYA 3VA0A 1NK5A 1LWCA 1VSKA 1IKVA 4GVMA 3OYHA 4RW6A 4N41A 4KHUA 1BIZA 3LP1A 2Q3SA 2XY7A 4E1MA 1VSIA 2KZMA 5CYQA 2ZE2A 2HNDA 4H4MA 4CCHA 1VRUA 1LV5A 3IG1A 4DF8A 1X9SA 2D0CA 2GBZA 1ASVA 2IGIA 4AHUA 4AHRA 1NK9A 1JLBA 2G8UA 2HVHA 1TK0A 4FZZA 4RW8A 2DY4A 3V9WA 4CF8A 4DMNA 3RRHA 3KTQA 3TAPA 4IG3A 4CHNA 1JXBA 1LW2A 4FLZA 2KFNA 1NJXA 4F4KA 4CHZA 2IAJA 1UA1A 1X9WA 4B9UA 1WSJA 3IS9A 2EX3A 5SWMA 5J1EA 2R7YA 2G8VA 3PX6A 3NBPA 4W5NA 4CEZA 4ICLA 3BGRA 4CIGA 4FLYA 1RBSA 3TR8A 1JL2A 4EP5A 1C1CA 3QO9A 5T7BA 1SUQA 3L3VA 1MU2A 4CIFA 3HJFA 1DTTA 1KLMA 2VWKA 1KVCA 1TL3A 4CK2A 4EP4A 4HVJA 1RBTA 1CXQA 3KD5E 3KK2A 3K59A 2E6LA 3KLHA 4O55A 3AVIA 3SQ1A 2OA8A 2HHTA 1FKOA 3B6PA 4DWIA 4KREA 3MXJA 2ETJA 2DTUA 4DTMA 2YV0X 4CF1A 1RDCA 4CIEA 3VQBA 3QIOA 4AILC 4F8RA 1WSFA 4CJPA 1WAFA 3HPHA 4C8OA 1CXUA 3ALYA 3HYFA 4CEOA 2B6AA 3SCXA 4KB0A 2DFEA 2B5JA 3F9KA 3KD1E 4KPYA 4HCBA 3AO4A 3QLHA 4M3RA 1TAQA 4DFPA 3C6TA 3L3UA 4W5RA 1R0AA 3UIQA 4R5PA 2QXFA 3O4QA 4PY5A 5HROA 1YTAA 1U47A 3RWUA 4M42A 3KJVA 1Z25A 3AA5X 2VG5A 4FK2A 4F3TA 3JSMA 2HNYA 1VSHA 4MFBA 3NCIA 4DTNA 4M3WA 4E7KA 4BDZA 1ASUA 4M3ZA 4FLUA 4FW1A 1L3VA 3OYMA 1RDDA 4W5QA 4DQSA 1U4BA 1J54A 4E19A 4DTSA 4FJ7A 1EKEA 3PO5A 3DM2A 4HHTA 4NCBA 4FK0A 1RDBA 4M41A 4B9SA 1QHTA 4LSLA 2G8IA 1VSDA 1I39A 4Z0UA 4E7JA 4Q5VA 1L3SA 4E89A 4CGJA 5SZTA 4CHOA 4KTQA 3CFPA 3OS0A 3B6OA 3LPUA 1WSHA 3AVLA 1RNHA 2FBVA 3DLRA 2XRIA 3ZT0A 4FLTA 3AVMA 1KTQA 4J2DA 3OYJA 4RW9A 4CK3A 1KRPA 4O5BA 1RT4A 4YNQA 3AVFA 1YTUA 2HHXA 2WOMA 3QETA 4CJFA 1BCOA 4K8XA 2QK9A 4KO0A 5FROA 4DS5A 5J2MA 1S5JA 2B4JA 3QIPA 1A5XA 5CZ1A 3HPOA 4BE0A 1N6QA 1HJRA 1LWEA 1Q9XA 1CLQA 3KLGA 4CERA 1ZBFA 4UQGA 1NJWA 3OYIA 4O4GA 2G8KA 4KHNA 3K2PA 5CZ2A 2G8WA 1J53A 2OPPA 1WSIA 2HHWA 4H4OA 1TKTA 3L2WA 3SUQA 4BDPA 4W5TA 2YNIA 4AH9A 5E41A 3NAEA 1S1XA 5KRTA 4M3XA 1B9DA 1O1WA 4FJLA 4FJNA 1Q8IA 4DSLA 2D0BA 1RTHA 4IKFA 1BL3A 3LANA 4LD0A 3S3MA 1S6PA 4RG8A 1FKPA 4KKOA 3E01A 4HCCA 4CJVA 3AVAA 3DLHA 3K5LA 4Y1CA 4PQUA 3VQCA 4AHSA 2BE2A 4DU1A 3KLIA 4OGEA 3WNEA 1J9AA 4CGIA 2Y1IA 5KTQA 3PO4A 4EZ9A 2VWJA 2D0AA 3AA2A 3NGYA 1BGXT 1JLQA 4YFUA 4DQQA 3TAFA 1RTDA 3RR8A 4M3UA 1BISA 1ASWA 4FJKA 4PWDA 3KKSA 1JLCA 3K5OA 2PY5A 3SV4A 4B9LA 1EX4A 3RRGA 3MEDA 1TV6A 3TAMA 1B92A 1BQMA 4G1QA 3M8RA 1SKWA 4XIUA 4ZTFA 3HP6A 1S9GA 1TKZA 1WNSA 1XWLA 2X6NA 4F2SA 4AHTA 4DU3A 3VQ4A 5I42A 3DLBA 1A5WA 3OVNA 2ZQBA 3CYMA 1C0MA 1U04A 3LDSA 4DTRA 4GW6A 4RW7A 3O3HA 1IO2A 1EETA 1JLAA 2P5OA 2A1SA 3M8QA 3ZT1A 4B9NA 3HVRA 3RR7A 4B9MA 1HQUA 1RBVA 1T03A 3VQ8A 1YVUA 3PV8A 4KFBA 2RKIA 3ZT3A 5DK5A 1S9EA 2HB5A 4FJGA 2WONA 3S3OA 4C8NA 3TARA 1SKRA 2FBYA 4BWMA 3NH2A 3RMAA 4IG0A 4Z4EA 1WN7A 1D5AA 3VQDA 4BACA 2A1RA 3SQ2A 3AVKA 1S1WA 3LZIA 3K5NA 3HO1A 4E3SA 3VQPA 2EHGA 4I9LA 4BWJA 3FFIA 1NKEA 3SI6A 1KLNA 2YKNA 1JLGA 2I5JA 3NF6A 2VG7A 3SNNA 4N76A 4FM2A 3ZT4A 3OY9A 2IC3A 4E7HA 4FJIA 5C25A 4OKJA 4DF4A 1K6YA 1KVBA 1NK4A 3DRSA 1L3TA 1XI1A 2P5GA 4OLBA 2FC0A 4DFMA 3PUFA 4KV8A 1ZBUA 4KTWA 1GOAA 1UWBA 4CJSA 1BIUA 4N56A 4CEEA 2ZD1A 3HP9A 3MEEA 4EZ6A 1ZBHA 4O44A 4FLXA 1S6QA 3V9UA 3CM6A 3TI0A 1YT3A 4DS4A 4DQIA 3QERA 1KFDA 1L3UA 3RMDA 3ASMA 3SUOA 4FXDA 1VSFA 4FCYA 5KRSA 1RT3A 1QE1A 4C8LA 4J2EA 4FVMA 1RT1A 5FRMA 3ZSXA 1W0HA 4ELTA 1NK0A 3OJSA 5HLFA 4C8MA 4WE1A 4CK1A 1ZYQA 3K58A 1VSMA 4B9VA 4OLAA 3M8SA 5KGWA 4DLGA 3AO2A 4CEBA 5KI6A 1LAWA 1CZBA 1S1UA 3NGIA 3DLEA 4CE9A 4JRPA 2VG6A 4PA1A 5CY4A 1HRHA 3LP0A 3KLEA 1I3AA 4BDYA 2JLEA 1U48A 3S3NA 4CEFA 3K57A 1TK8A 2HHSA 3OYLA 2OPSA 2O4GA 4OPJA 4CEAA 1XHZA 4FJ9A 4CJEA 4KI6A 2ATQA 1W9HA 4CJTA 4JRQA 1TK5A 4KHSA 4CESA 2E6MA 1BI4B 4CJRA 1KCFA 1RBUA 5FRNA 1TKXA 2DFHA 4N47A 2XO7A 1G15A 1IKYA 4FW2A 3QESA 3H08A 4CEQA 1X9MA 2G8HA 3V1OA 3P5JA 1FXXA 1HMVA 4DLEA 2Z1HA 4CGFA 3NH1A 3TAEA 2KFZA 1SL0A 1EP4A 1RT6A 1QSLA 3SUNA 2G8FA 1ZBIA 4B8AB 4BE2A 4DFKA 4DSIA 3P1GA 3PX0A 4OGCA 4CFDA 3VQ7A 3U3GA 3KLFA 3AA4A 3MXIA 1JLEA 4HTUA 1LAVA 3EZ5A 3AVCA 1SKSA 2JGUA 3LAMA 2F8SA 2XY8A 3MAQA 3RMCA 4RW4A 3S9HA 4CF9A 2HHVA 3NE6A 3DOLA 4KHWA 1A5VA 1HQEA 2ITGA 4ELVA 1TAUA 1GOBA 1D8YA 1F21A 5C42A 4N5SA 3HK2A 3CFRA 1C0UA 2XY5A 2IS3A 3V9ZA 4W5OA 3NHGA 3G0ZA 4AHCA 3P83D 3OYCA 3NDKA 4FZYA 1XC9A 4O0IA 2F96A 4O0JA 4I2PA 4CGHA 3G10A 3ZSQA 3QEVA 4ZTJA 3WNGA 4CECA 3TABA 4LSNA 4B8CA 2P51A 4FZXC 1Y97A 4FLVA 3VQQA 1UAXA 2OZSA 1NJZA 3DI6A 5JS2A 2HMIA 2KZZA 3I0SA 3QEPA 3ZSVA 4B9TA 3TANA 3V1RA 4IBNA 1KFSA 4KHYA 3ZSZA 2Z1JA 4CJ5A 5HRPA 1QS4A 3K5MA 4DSEA 4DU4A 3TAGA 4FJJA 1XHXA 3TWHA 1TKDA 4TSXA 4CFCA 1IG9A 1QSYA 4BE1A 2HVIA 4KI4A 2BGGA 4CFAA 4CJKA 4OJRA 1JKHA 2X6SA 4ID5A 1LWFA 3PY8A 1C1BA 4CJ3A 4M3YA 1RT7A 4CJ4A 4H8KA 3SV3A 4NYFA 3OYEA 3MECA 3T1AA 3F73A 3ZCMA 4F2RA 3RTVA 4JLHA 3DRRA 1SV5A 2F8TA 1C0TA 3BDPA 3SZ2A 4OKKA 3VQ9A 1BQNA 3LWLA 1LW0A 4E0DA 3OYFA 3T19A 4I9QA 3L2UA 2BANA 2RPIA 2YHBA 2X78A 1JLFA 2D5RA 4CF0A 3OYBA 3L2QA 1UA0A 1NK7A 1NKCA 3IAYA 1QTMA 2QKKA 3SQ4A 3OS1A 4E7LA 2DFFA 4KTZA 3M8PA 3RMBA 2Z1IA 3ZSYA 2E4LA 3HL8A 3NH0A 3VQAA 5KGXA 2YHAA 2PYJA 3AVJA 3HM9A 2OZMA 4CHYA 3ZT2A 3HSTB 4FJHA 1ZBLA 4M3TA 3AO5A 2HHQA 1N5YA 4CF2A 1BCMA 1RT2A 3A2FA 1X1PA 3CFOA 4JS5A 3ISNC 3PX4A 1HNIA 2X74A 5CYMA 4MQ3A 4KRFA 1HYVA 2FBTA 1T8EA 4FJ5A 4DQPA 1T7PA 3OS2A 3LALA 3EYZA 3O3FA 3AVBA 3V81A 4HUEA 2YNFA 3AO1A 4CGDA 5HRNA 3IRXA 3VQ5A 3I0RA 2QKBA 1TVRA 3LAKA 5FDLA 4ELUA 3DLGA 3VN5A 5J2QA 1IKWA 4DTUA 1NKBA 2HHUA 4Z4CA 1VSEA 1QSSA 4J2BA 3NGZA 3LP2A 2W42A 4FM1A 4LY7A 4NCAA 3OYKA 4OPKA 3QEXA 1DTQA 3QINA 3ZSRA 1WSGA 3NF8A 3AVNA 3AA3A 1REVA 4CHPA 3VQEA 5J2NA 1T05A 1BI4A 3CG7A 4FLWA 3V4IA 4CJWA 1D9DA 3QNNA 2O4IA 4E7IA 2XHBA 3T3FA 1HYSA 3ITHA 4M45A 4C8KA 4QAGA 1VSJA 2Y1JA 4FM0A 3NFAA 1S1TA 3DLKA 3KKRA 3O4NA 3O3GA 3OYDA 3TAQA 3VQ6A 4Z4IA 1GOCA 2OPRA 4HUGA 3KIOA 1HYZA 1D9FA 1TGOA 1ITGA 3C94A 2KTQA 3D45A 1SL2A 4FYDA 3D0PA 1RTIA 3EY1A 5EU7A 3VA3A 3WNFA 3KK1A 3C6UA 1RTJA 3AVHA 1IKXA 2KW4A 4AHVA 3U6FA 4K8ZA 3OYAA 1BHLA 1NK6A 3LZJA 2P1JA 4HUFA 2OPQA 2FBXA 3AVGA 3NF7A 4CEDA 4B08A 3V9XA 3HT3A 4DTOA 3SPYA 3HPGA 1C6VA 4Y1DA 1NJYA 4DSFA 4DSJA 1J5OA 1U45A 4OKEA 2YNGA 1B9FA 1HPZA 4ZHRA 3THVA 1SL1A 3ULDA 3HXMA 3V9SA 2OYQA 3QEIA 1RBRA 1CZ9A 1JXEA 3QEWA 2YKMA 2YNHA 2BDPA 2RF2A 4I7FA 3OYGA 4E1NA 2GUIA 2PYLA 4ID1A 1UOCA 4J2AA 1WAJA 3V6DA 4FJMA 3LP3A 2GV9A 4JS4A 3SQ0A 1Z26A 4DTPA 3C95A 3L2VA 4KB1A 1JL1A 2RN2A 3LPTA 5HRSA 4PUOA 4IFVA 5JS1A 2IDOA 1QQCA 3OJUA 4L8RB 5J2PA 3V1QA 5DMRA 4FK4A 3LWMA 4QCLA 5C24A 1WLJA 4IFYA 2AJQA 3QNOA 1DLOA 3DOKA 4NCGA 5HP1A 3U3YA 3DMJA 4DFJA 2PZSA 1NOZA 1RT5A 5HBMA 4Z4HA 4B3OA 4Q0BA 4CGGA 2HW3A 1VRTA 3MXMA 1L5UA 3SUPA 1EXQA 1C1AA 4NYNA 3WNHA 1Q9YA 1NK8A 1U49A 2Z1GA 1RDAA 3DRPA 1KSPA 1FK9A 4CJUA 3L2RA 2IOCA 2NUBA 1RCHA 3CQ8A 3ZSOA 4LH4A 4FJXA 4FJ8A 4Z4GA 3NF9A 4KHQA 4I2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DYAA 1IH7A 1X3MA 1IV0A 3ZSWA 4DQRA 1GLCG 3SYZA 5HRRA 4IJAA 1HUXA 1BG3A 2KHOA 3SAFA 3OYNA 1E4FT 3CM5A 1KVAA 3AO3A 2RE2A 3A0IX 3U4LA 4DTXA 4H0TB 4DG1A 4QOZB 1NOYA 5I9EB 1VSKA 1IKVA 2CH5A 4JAXA 2ZE2A 4JI7K 1K8KA 4CCHA 2ZF5O 4JKHA 2OTJN 1JCFA 1ASVA 1NGBA 2IGIA 3PLAA 4AHRA 1NK9A 2HVHA 2G8UA 3I8BA 1TK0A 4JI0K 1NGIA 2DY4A 3V9WA 3M6GA 3KTQA 3CC7N 3MX5A 1BUPA 4IG3A 1VHXA 1LW2A 2KFNA 2VWBA 4CHZA 4FWOA 4DUYK 4CIGA 3CC4N 1RBSA 3TR8A 3QO9A 4LFBK 1MU2A 1JCEA 1KLMA 4A2AA 3G6EN 1TL3A 2UUCK 3KD5E 3GL1A 3P31A 4O55A 2HHTA 2QWMA 2ETJA 4DTMA 3U9DA 2YV0X 3QIOA 1KAYA 4H5TA 4F8RA 1WSFA 4A57A 4DR1K 1OVQA 2B6AA 2WC9A 3SCXA 1Q86O 4KB0A 2DFEA 4QS8A 4KPYA 3AO4A 4M3RA 1TAQA 5M1OA 1U47A 4CZHA 4FK2A 3JSMA 2HNYA 5BREA 1RGIA 4CW7B 5JVGL 4FLUA 1RFQA 1U4BA 3MN7A 4E19A 3DM2A 3U8XA 4B9SA 5IWAK 4E7JA 1I39A 4A5BA 4FWRA 5AQKA 4CGJA 4CHOA 2W40A 1RNHA 3DLRA 3SK3A 5C2FA 4CK3A 2O8DA 3AVFA 2HHXA 1YJ9N 4K8XA 2QK9A 4DS5A 2B4JA 1A5XA 3CERA 1HNZK 1CLQA 4UQGA 1ATNA 4O4GA 2G8KA 5JLHA 5CZ2A 2P9NB 2P9IB 1SZ2A 4BRIA 3ID6A 4W5TA 2YNIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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