2Z1IA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k/q113r/q115k)
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1iA00
1DLOA 4CHYA 3V4IA 3THVA 3BDPA 4Z4IA 1SV5A 4B9SA 2E4LA 3WNEA 4B9UA 3IRXA 3L2VA 2EHGA 2HNZA 4FJJA 1U48A 1YTAA 4DFPA 3BGRA 3MEDA 1VRUA 4CEAA 5J2MA 1EETA 4FW1A 4CEEA 1NJYA 2ETJA 4KHNA 3KK3A 1RTJA 3HP6A 3HVTA 4ID5A 2YHAA 3AO4A 4I9LA 3RMDA 2IGIA 4Z4EA 2IDOA 3L3VA 2F8TA 1RT3A 5DK5A 4FLZA 4AHVA 3QERA 4E7KA 3CM5A 1S6PA 5C24A 1S5JA 3LANA 4CF9A 1KFDA 4MQ3A 2A1RA 2KTQA 3QEVA 4GVMA 3VQQA 5J2QA 4H4MA 5JS1A 2OPRA 3ZCMA 4YFUA 4M3UA 4CJKA 3ZT1A 4B8AB 4R5PA 4FLUA 4DU1A 2HB5A 3KD5E 4NCAA 4Z4GA 2ITGA 4AHRA 3OYGA 3JSMA 1XWLA 2YNIA 1KTQA 3L8BA 3V9WA 4F3OA 1HQUA 3AVFA 4M3RA 3UIQA 2GV9A 3SQ1A 1BCOA 1FKPA 1D9DA 4KI6A 4OLAA 1RDAA 1RTDA 1SUQA 4E19A 3PUFA 3U3YA 4HUGA 1NJZA 1QHTA 1TKDA 1B9FA 3VQCA 5T7BA 4F2RA 4B9VA 2G8IA 4KREA 3G0ZA 4BE0A 3WNFA 4FJ8A 4FJ5A 2ZQBA 1WAJA 3PX0A 1Y97A 1C1CA 3L2QA 5HROA 1YTUA 2HHTA 2G8WA 4QCLA 2HNDA 2D0CA 1RT5A 3TR8A 1XHZA 4E7JA 3LDSA 1K6YA 2BDPA 4PUOA 2F8SA 1EXQA 4KRFA 1I39A 3DLGA 1RDBA 1A5XA 4ELVA 4FZXC 3O3FA 3OS2A 3MEEA 3ZSQA 1UOCA 3NE6A 1WAFA 2OZSA 3S3NA 3NBPA 1JLCA 4CEDA 4OKJA 3K58A 1T8EA 4FYDA 4HCBA 3AVIA 5D3GA 1NK4A 1WSEA 2A1SA 3V1RA 4PA1A 1X9WA 1VSKA 3VA3A 5I42A 3TWHA 4E0DA 3P1GA 1C1AA 3ZSWA 1QSLA 4ICLA 4CJEA 4CJ4A 5KGWA 3ZSXA 1A5WA 2EX3A 2W42A 3QO9A 5EU7A 2DFHA 4CF0A 3QEXA 3OYIA 3TAMA 3PV8A 1IG9A 3DOLA 3MXJA 1J54A 4W5QA 3VQ5A 3DRPA 5HRPA 1SL0A 4RW4A 4DQPA 2XY8A 3ZT0A 3P83D 2X6SA 3VQ9A 2FBTA 2HW3A 1QQCA 3M8SA 4DLGA 2RN2A 4DLEA 4CK1A 1GOBA 4FJIA 4J2BA 3D45A 4DQQA 3K5OA 2VG7A 3S3OA 2KZZA 3C6TA 4BDZA 4Z4HA 2G8FA 1U45A 4JRPA 1NK5A 4L8RB 3OS1A 3TAQA 5KI6A 4N47A 3SQ2A 4C8NA 3MAQA 4ZTFA 4DG1A 3PX4A 2YKMA 3DM2A 1RT6A 3SV3A 4CJSA 3QEPA 4C8KA 3OJUA 2HHQA 1CXQA 1BIUA 4OVLA 4CIGA 3ZSZA 4UQGA 2FC0A 2KZMA 4DFKA 4M45A 5HBMA 2B4JA 2Q3SA 1JLGA 3T1AA 3NF8A 3LZJA 3VQ4A 1S1XA 2XRIA 4CHOA 4I9QA 1J53A 1BISA 1HRHA 4HCCA 1L5UA 2D0AA 3AA4A 3OJSA 4FM0A 2PY5A 4FW2A 2RPIA 4O0JA 4DQRA 3SNNA 1KLNA 2QK9A 4CHQA 3LAKA 3NF7A 4O0IA 4NCGA 3FFIA 3I0RA 4CGJA 1RBRA 2KFZA 4FK0A 5FRMA 4F3TA 5KTQA 3QIOA 1C6VA 3RR7A 4IFYA 4AHSA 4BACA 2OPPA 1O1WA 4CECA 4ZHRA 4DSJA 3LP1A 3OYNA 2WOMA 2VWJA 1UA1A 3OYEA 4ELUA 4IKFA 4FJKA 4M3XA 2OPSA 2FBXA 2I5JA 4H4OA 4M3ZA 1ZBFA 1QE1A 3K2PA 4DTPA 5CZ2A 2VG6A 4CK2A 3MECA 5I3UA 1VSFA 3HJFA 4CEQA 3V6DA 4DQIA 4H8KA 1U04A 5C25A 3SUOA 3OYAA 4FLXA 4DWIA 1WSIA 1LV5A 3PX6A 2HMIA 2FBVA 5HLFA 4DSKA 1BGXT 3I8DA 4TSXA 3OYDA 1I3AA 5E41A 3HSTB 3LALA 3SZ2A 1J5OA 3U6FA 4RG8A 1VSJA 3AVNA 3VQPA 2IAJA 4CFDA 1Q9XA 4J2DA 2YKNA 1VSDA 4CIFA 4OLBA 2HHWA 4FJMA 2KFNA 4F4KA 3HL8A 4IG0A 3D0PA 3AVAA 3WNGA 3RMBA 1BCMA 1HQEA 4FK4A 3RRGA 1QS4A 2G8UA 1HYSA 3SUNA 3WNHA 4DTRA 1RDCA 4CHZA 1JLBA 3K5NA 1U49A 4N41A 3ZSVA 2VG5A 1WSHA 3IG1A 1RT1A 4M3WA 3NH1A 3NAEA 2DFEA 3O4QA 2XY5A 1ZBLA 1ASVA 3LWMA 3ZT4A 4FZYA 4J2AA 1XI1A 3QNOA 4OKEA 5J2PA 3F9KA 2RF2A 3A2FA 1JKHA 5CYQA 4G1QA 3ZSRA 1ZBIA 3HM9A 3V1QA 4CGGA 3V9SA 3HPOA 4EP5A 2YHBA 3CYMA 5CZ1A 1UA0A 1NKEA 4FXDA 3OYMA 3E01A 3L3UA 4CGHA 1TGOA 1TK8A 5FRNA 3ASMA 3HO1A 1U4BA 2Y1IA 3OYHA 4ZTJA 4W5RA 1TKZA 1F21A 4FVMA 4E89A 1HJRA 1VSIA 5SZTA 3NF9A 4NYFA 3V81A 3KLFA 1VSEA 4BE2A 4KI4A 4DFMA 4B9TA 3RR8A 3P5JA 4O44A 4PY5A 3VQBA 3VQ7A 3CFPA 1CXUA 4JS5A 4B3OA 3OYLA 3F73A 1NOZA 2Z1JA 3KKSA 2KW4A 3CFRA 3SV4A 4E7LA 3ZT3A 1NKCA 3KLGA 1SKRA 3EY1A 1SL1A 3OYCA 2G8HA 2GUIA 4KAZA 1S1UA 3DLRA 4CFAA 4DF4A 1HYZA 4HTUA 3QESA 4CJUA 1Q9YA 3TANA 2OPQA 3AVLA 3VN5A 1Z26A 4Y1CA 3JYTA 3TAPA 1NK9A 3PO5A 1ZYQA 3O3GA 4PWDA 2DFFA 1S1WA 1ASUA 3ALYA 4CJFA 4CERA 4DQSA 4FCYA 4KB1A 4FJ7A 4NYNA 5KRSA 1HYVA 3HT3A 4DSIA 4I2QA 4DSFA 4CJ3A 3SPZA 1N6QA 1L3UA 1LAVA 2YNGA 2Y1JA 4FJHA 3AVHA 4KFBA 4DTXA 3SCXA 1G15A 4E7IA 1TV6A 1BIZA 3AO2A 2PYLA 5KGXA 4DTMA 5HRNA 4FZZA 1REVA 4ID1A 4M3YA 4OJRA 4HHTA 4Q0BA 4HUFA 4KPYA 1RBVA 3AVKA 3LP2A 3SYZA 2OZMA 3OYJA 2Z1GA 1HNVA 4CEOA 3O3HA 3DRSA 2X74A 1D8YA 1UAXA 1TK5A 1YT3A 4C8LA 3NFAA 4LSLA 4B9NA 1BI4A 3LPUA 3TABA 5C42A 4DS4A 1W9HA 3SUQA 3S3MA 1B92A 3EZ5A 3QIPA 1JXBA 2F96A 3QINA 4OPJA 1RTIA 4K8ZA 2VWKA 4RW7A 4BWJA 1KSPA 4KHWA 1TAUA 2BANA 2XHBA 3K5MA 3VQ8A 5FROA 3ZSOA 1IH7A 1WLJA 3NHGA 1RBTA 1XHXA 5CYMA 3SI6A 1KFSA 2HNYA 1TAQA 3V9ZA 3V1OA 1FXXA 2XY7A 3VQEA 2O4GA 3NCIA 3KTQA 4C8OA 3HK2A 4E1NA 1D5AA 2PYJA 3AO1A 1RCHA 4O55A 4LH4A 4O4GA 3SQ0A 1NK8A 2O4IA 3QNNA 3IS9A 1WSGA 4QAGA 1SL2A 3RTVA 1N5YA 4CJTA 4B9LA 4Z0UA 1JLEA 4FJLA 1T03A 3NF6A 1QTMA 4DF8A 1IO2A 3ITHA 1GOCA 4FM1A 2P5OA 4M42A 1EX4A 3QETA 1JLQA 3B6OA 1SKWA 4LY7A 4KHUA 4RW9A 1LW2A 4KV8A 2Z1IA 3DMJA 3RRHA 3C94A 4AILC 3SUPA 1TVRA 4CJVA 1NJWA 1JLFA 4FJ9A 3QLHA 4OKKA 3AVBA 5K14A 4CJLA 2QKBA 3NH2A 1RDDA 3DRRA 4KKOA 4XIUA 1JXEA 2YNFA 4FK2A 2P1JA 3K59A 2OYQA 4N5SA 1WSJA 3M8PA 4F2SA 2QKKA 4IG3A 3DI6A 2DY4A 1S1TA 2XO7A 4MFBA 3K57A 4FJGA 1CZBA 3MXMA 3AO3A 1JLAA 2RKIA 1S6QA 4N56A 3DYAA 3NDKA 1EP4A 3RWUA 2QXFA 4YNQA 1C1BA 3HPGA 1RT2A 4W5NA 2IC3A 4CJQA 4CK3A 1KCFA 4W5OA 1QSYA 3AV9A 3V9XA 1U47A 4CF2A 3L2RA 1RT4A 3AVGA 4CGDA 5HRSA 3LWLA 4CESA 3VA0A 3OS0A 1T05A 3G10A 4E7HA 1NOYA 4BDPA 1S1VA 4RW6A 1D9FA 2HVIA 4BDYA 3ULDA 4NCBA 1KVCA 4CEFA 1S9GA 3NGYA 1VSHA 1S9EA 1CZ9A 2JGUA 2X6NA 4KHQA 5SWMA 1LWFA 4KO0A 1WN7A 4CGFA 3SPYA 4FM2A 1TL3A 4FJNA 2E6MA 1A5VA 3OVNA 4DFJA 4Z4FA 2BGGA 4BWMA 3KKRA 4DU4A 2E6LA 3DLKA 2G8VA 4KTZA 4CF1A 3CFOA 4IDKA 4CIEA 3NGZA 1TL1A 5KRTA 4FLWA 3QEWA 3RMAA 1BL3A 3PO4A 4KHYA 1GOAA 4AHCA 4HUEA 4CJRA 3HP9A 4KB0A 3ISNC 2P51A 2LSNA 3VQDA 4AHTA 4EZ9A 4DMNA 1ZBHA 3TAFA 3MXIA 1NK6A 4DU3A 4CJ5A 4E1MA 4AH9A 4DSEA 1QSSA 4OGEA 4HVJA 3ZT2A 2ZE2A 1R0AA 1NK7A 1L3VA 4KHSA 3LPTA 3LAMA 4Z4CA 4CEZA 2OA8A 2KQ2A 3QEIA 4KTQA 4I2PA 1KVBA 4LD0A 1C0TA 3RMCA 2P5GA 3T3FA 3V9UA 3KIOA 5HP1A 3KLIA 1X1PA 1KVAA 3L2WA 4JLHA 1LW0A 4LSNA 4CF8A 1RBSA 1B9DA 2R7YA 4M3TA 3NGIA 3NH0A 4CGIA 1UWBA 3K5LA 2BE2A 4ELTA 1RT7A 1LWCA 1RBUA 3KK1A 3VQAA 4EP4A 1DTQA 4CJPA 3CM6A 1C0MA 1RTHA 1EKEA 2D0BA 3AVMA 3KK2A 1RNHA 3CG7A 1NKBA 1ASWA 1JL2A 4C8MA 2IOCA 4PQUA 5DMRA 4CE9A 4IFVA 3TAEA 1RILA 1CLQA 5J1EA 3ZSYA 4GMJB 1Q8IA 1KRPA 1KLMA 4DTNA 2XY6A 2HHXA 3I0SA 1LAWA 1WSFA 4AHUA 4CJWA 2WONA 4O5BA 3DLEA 5CY4A 4OPKA 1TK0A 3O4NA 4DSLA 3AVJA 4EZ6A 2AJQA 4F8RA 4J2EA 1HPZA 3PY8A 3HVRA 2B5JA 3HYFA 1VSMA 2YV0X 4CEBA 3M8RA 3TARA 3HPHA 3EYZA 1VRTA 3AA3A 3H08A 1BI4B 3SJJA 3LZIA 2B6AA 1LWEA 4CCHA 3LP3A 2YNHA 3KD1E 2FBYA 1BQNA 4LH5A 5JS2A 4W5TA 3LP0A 1VSLA 2DTUA 2X78A 1NK0A 3VQ6A 1ZBUA 2IS3A 1FKOA 4E3SA 4BE1A 1YVUA 2HHSA 1HNIA 1WNSA 4CFBA 1XC9A 4GW6A 4Q5VA 4DTUA 1BHLA 4RW8A 1T7PA 2PZSA 1VK0A 1L3SA 2ZD1A 3U3GA 1ITGA 4DTOA 3DOKA 2Z1HA 1W0HA 3TI0A 1L3TA 5HRRA 2JLEA 3KLHA 4M41A 5J2NA 3TAGA 3L2UA 3B6PA 3M8QA 3OY9A 4DS5A 3DLBA 2HVHA 1C0UA 2HHUA 3S9HA 3OYKA 3MEGA 2G8KA 4N76A 4IBNA 3C6UA 4QOZB 4JS4A 4FJXA 1X9SA 1BQMA 4B8CA 3KLEA 4FLYA 1NJXA 2NUBA 1JL1A 1FK9A 1Z25A 3AA2A 1IKYA 3OYFA 3IAYA 5FDLA 1J9AA 1DTTA 1HMVA 4KTWA 4FLVA 3OYBA 4K8XA 2GBZA 4I7FA 3HXMA 4DTSA 4DTJA 4Y1DA 2HHVA 3AVCA 4FLTA 1TKTA 3AA5X 1X9MA 1MU2A 1IKXA 2D5RA 4B9MA 1IKWA 1SKSA 3DLHA 4CHNA 1TKXA 4CHPA 4OGCA 4JRQA 3C95A 4WE1A 3T19A 4B08A 3CQ8A 4CFCA 3KJVA 3AO5A 1IKVA 2ATQA 3SQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YITN 3THVA 1RGIA 3O6WA 1QHAA 1Q81O 4B9UA 3VESA 3IRXA 3L2VA 2EHGA 4DFPA 3BEXA 3BGRA 1EETA 3SAFA 4BRCA 3DXMB 3HVTA 4ID5A 2O8FA 1K9MO 4Z4EA 2F8TA 3L3VA 3DLLL 4ISFA 2QI2A 4I6MA 1KFDA 3VQQA 5J2QA 4H4MA 5DM7L 5JS1A 5KQDA 4YFUA 4M3UA 1C0GA 4JNEA 4CJKA 3ZT1A 2CGKA 4GV6A 4F3OA 3A5NC 4DUZK 2GV9A 4JK8A 3SQ1A 1FKPA 1SUQA 3PUFA 4HUGA 1XMQK 4B9VA 4KREA 5M1NA 3IDHA 3L2QA 5HROA 5FPNA 1YTUA 3R8EA 2G8WA 4QCLA 4MLEA 2ASOA 2BDPA 4PUOA 2YI1A 3O3FA 3OS2A 3NE6A 4EIAA 3S3NA 4JI3K 3FZKA 1JLCA 1W97L 2OANA 4HCBA 4FWRA 3SJHA 2A1SA 2KKZA 4PA1A 1X9WA 1VSKA 4CBWA 3VA3A 5I42A 3GOIA 3SMPA 3ZSWA 1C1AA 1R59O 1HPMA 4V19S 2EX3A 4FJJA 4H0TB 2W42A 4FK0A 4KHNA 3OYIA 3MXJA 5HRPA 1SL0A 4DV5K 2XY8A 1M90O 3P83D 3SBTA 3VQ9A 1QQCA 5AQSA 3D45A 1IV0A 4DQQA 2A6AA 3C6TA 2G8FA 4JRPA 1NK5A 4L8RB 1HX1A 5BRHA 3DAWA 1W2BM 3SV3A 4CJSA 3QEPA 4OVLA 4UQGA 4M45A 2Q3SA 2XRIA 4I9QA 2AP1A 4C1NI 4HCCA 2A41A 5E26A 3H6EA 1NBWA 4YDUC 4MDAA 2NLXA 4JEPA 4O0JA 3SNNA 2QK9A 4Z94A 4A2AA 3LAKA 2QWLA 4CGJA 5E84A 3O9UA 5KTQA 1C6VA 3C7NB 2OPPA 1JCEA 3J7ZO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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