3A5OC

Crystal structure of a dictyostelium p109i ca2+-actin in complex with human gelsolin segment 1
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
370
structure length
366
Chain Sequence
QALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAILNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYMMKILTERGYSFTTTAAAAIVRDIKEKLAYVALDFEAEMQTAASSSALEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESAGIHETTYNSIMKCDVDIRKDLYGNVVLSGGTTMFPGIADRMNKELTALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for actin assembly, activation of ATP hydrolysis, and delayed phosphate release
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Gelsolin
total genus 114
structure length 366
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5oC01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3a5oC02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3a5oC03
3EZWA 2CGKA 2GWKA 3AY9A 4XEIA 5AQQA 2E20A 2V51B 3VGKA 2F9WA 3UKRB 3ID8A 4BRIA 2ZGYA 5JICA 1S3XA 2IVPA 3O08A 5AZJA 4CZLA 2E2OA 2CGLA 1KAXA 5ELZA 2QWOA 1NBWA 2ITMA 5AQLA 1HJOA 2CH6A 2FSJA 3G25A 3LDLA 4BVPA 2W41A 3FZKA 4IXCA 3TU5A 1TUYA 3HM8A 4JHDB 3UE5A 1HKBA 5AQGA 4WQ5A 2E2NA 1T44A 3H1VX 5F2RA 4ISGA 4M7XA 3BP8A 5AQWA 1ZBSA 3CJCA 3VEWA 2FXUA 2DPNA 4DHYA 3SJHA 5AQJA 3VEXA 1C0GA 5LJWA 2P9SA 1V4TA 2I7NA 5AQIA 3L0QA 4BR2A 4RCHA 3H6EA 4K41A 4JAXA 3CJBA 4CD1A 3H45C 5KPRA 1NGEA 2A5XA 3CJAA 3WEEA 2P9UA 4FWSA 4MLHA 3H3NO 4PKIA 1QZ6A 4H0VB 3UB5A 3QFPA 4HTLA 1LCUA 5AZIB 2P9PB 2AA4A 5AQNA 5CE3A 3BF3A 1X9JA 2P9KB 4FWOA 1WUAA 2HF4A 3B8AX 1ESVA 2YI1A 4I6MB 1KXPA 4WQ4C 2ASOA 3WUHA 4CZKA 4BRNA 4EHTA 4YDUA 4CBWA 2PBDA 4BRHA 4K43A 5AQKA 1NWKA 3ATUA 3QB0A 1SAZA 3WXJA 3MK6A 4BRKA 4H0XB 3P4IA 4FWKA 4DCHA 2IVOA 4DB3A 1DGKN 4B1XB 2P9NA 3ENOA 4BR4A 1U2VB 2P9LB 5BN8A 1BU6O 3VGLA 3DXKB 4CZIA 2A41A 3BF1A 3C7NB 3QBWA 3ZETB 2FLOA 4BQLA 3UKUB 1JCGA 2HMPA 2P9IA 3IFRA 3L6QA 4AM6A 2IIRA 3TPQA 4JNEA 3LM9A 1BA0A 3O1BA 5AFUA 4FWQA 3EO3A 2NLXA 3VESA 1NMDA 4CD3A 3MN7A 1NGIA 3I8BA 3A5OC 3F9MA 5AQFA 2FF6A 3WXLA 5LY3A 3U9ZA 4BRDA 1ZXOA 1GLFO 1IG8A 3MMVA 4PKGA 3WXIA 2Q2RA 1BA1A 5AQHA 4CJ7A 1NGCA 3AAPA 4CZGA 1SZ2A 4PL7A 1J6ZA 1H1VA 5KPZA 5BPLA 4BC2A 3VEVA 4H0YB 5E84A 1XUPO 4BRAA 3EN9A 4FL9A 2ZGZA 2YCHA 2V7YA 3QDKA 4K42A 3VEZA 3VPZA 1IJJA 3D2EA 3ULEB 2E2QA 1BO5O 3AARA 3O80A 3D2FB 5B8HA 1CZAN 1NGJA 3VGMA 3KHYA 1T6CA 3M1FA 3M3ZA 4NO7A 4QS8A 1QQOA 4MLEA 1HPMA 2A6AA 2E1YA 4BC4A 3CIPA 4BR0A 2P9UB 1HKCA 3ZX3A 2VYPA 3MN6A 5AQZA 4H5TA 4E1JA 1KAZA 1HKGA 1RFQA 4Y0WA 4RWTA 3SK3A 3VERA 5BREA 3CHWA 3IDHA 1V4SA 1LOTB 1NGHA 4F9OA 4JHDA 3DAWA 5F1XA 2QWLA 2Q36A 3VEOA 4GY2B 3L4IA 3ZEUA 3GG4A 1G99A 3M6GA 4BG8A 1YVNA 4H5VA 4CZMA 2QWRA 3EKSA 3VEYA 2GTDA 4BR7A 2W40A 3H3OB 5EXWA 3FR0A 5AQVA 4JD2A 1GLDG 1T6DA 5EY4A 1JCEA 2ZWHA 3EL2A 3WEEB 4J8FA 1S22A 4FO0A 1ATRA 3C0BA 3MDQA 3WT0A 3ATVA 3JXUA 4BQZA 3OHRA 4H5WA 3VF4A 2EWSA 4CBXA 1GLAG 4H0TB 4IO8A 4KBOA 3A5NC 2YHYA 2A42A 4CZFA 1K8KB 2P9KA 1HUXA 4BRMA 1QQMA 1GLEG 3RSEB 3FE1A 1MA9B 3GBTA 4BRQA 3HSCA 2UYTA 1TYQA 1MWMA 5BN9A 3FZMA 2ASMA 4XH5A 3QBXA 3FLCO 1GLJO 2CH5A 3GE1A 4JN4A 5JLFA 1TUUA 3ZX2A 1U2VA 4A2AA 2P9LA 3FZHA 3WQUA 3AAQA 3DXKA 5EVZA 2QXLA 2YHXA 3SMSA 2J4RA 2BUPA 4FWMA 4HWIA 3UKUA 4BROA 2D4WA 2YJFA 2A3ZA 2D1KA 3WQTA 4A61A 4EAHD 5E26A 3QICA 3DJCA 3S41A 4M7YA 4FOIA 3DXMB 2OANA 1YXQA 3GDQA 5JLHA 3A0IX 4QS9A 4BR9A 3EKUA 5KQDA 4BRPA 5KPTA 1ATNA 1R59O 4XH1A 2V7ZA 4WYBA 4BVOA 3O8MA 3H1QA 3SMPA 3DWLA 1NGAA 3R9PA 3HZ6A 2NRHA 4FWNA 3ENHA 1BDGA 5AQRA 2Q97A 4B9QA 3LDQA 2FSNA 4LC9B 4FOEA 3A5LC 1NGBA 2HOEA 3A5MC 5EX5A 2NZTA 2QWMA 4WQ4A 2Q0RA 5FPNA 5JMVA 5AQXA 1NGDA 5AQUA 1MWKA 4AM7A 3QMLA 4YDUC 2PAVA 3BEXA 5AQOA 3FZLA 2Q1NA 4PKHA 4K25A 2QM1A 5BR9A 4H03B 1YUWA 3LM2A 2QWNA 3CJ7A 3QFUA 1X3MA 1X3NA 4ISFA 3W3DA 2A40A 3A8YA 1QHAA 4IZ9A 1DEJA 4JD2B 4IJAA 3BUZB 3O4WA 2F9TA 4FPBA 2HF3A 3MCPA 4FWLA 4Z94A 5FPEA 2YJEA 1GLLO 1XQSC 2FSKA 1NGFA 5BPNA 1P8ZA 3VF6A 3IUCA 1Q18A 4BREA 4MO5A 4B1YB 2GEMA 4GNIA 2E2PA 3D7EO 1EQYA 4MO4A 1K8KA 4H5NA 4DQ8A 1ATSA 1NLVA 1OKJA 1WOQA 3KVGA 1TYQB 4CZJA 2ASPA 4L3QA 1SQKA 3R6MA 3ZEUB 3U4LA 3O5BA 2BTFA 3GL1A 4O8KA 3MN9A 2Q0UA 4A2BA 4BG9A 3LDOA 4FWPA 1BG3A 1BWFO 3VENA 2IVNA 4H0OA 3SLCA 2I7PA 4H0PA 4QS7A 4IJNA 4CZEA 5F0XA 4M63C 4BGBA 3GOIA 2KHOA 3J8AA 4WQ5C 1Z6RA 3ZX0A 2YHWA 3VETA 3CQYA 1NM1A 1JCFA 3W0LA 4EHUA 4BRCA 5EOYA 3O1WA 3RSEA 3FGUA 2GWJA 3CJ1A 1Y64A 4B1VA 1ZC6A 3UKRA 1Z05A 4CBUA 4FPAA 1GLBG 3JS6A 2VWBA 2ZF5O 5AZJB 2E1ZA 5KQ8A 3CJ9A 3KZBA 5AZIA 3LL3A 2FF3B 4O5FA 1D4XA 4B1WB 5AR0A 4NB4A 5FPMA 3VOVA 5BRHA 5AQYA 5AQPA 5AFUH 4CI6A 2D0OA 3H46O 2H3GX 3WXKA 1E4FT 4ISEA 1RGIA 4BGAA 2GELA 2P9SB 4BC5A 5FPDA 1HX1A 2QW9A 3DXMA 3I33A 4BRFA 4FSVA 4BRLA 1QZ5A 5ADXA 2AP1A 2CGJA 4BRGA 5BRFA 5ADXH 5AQMA 4RTFD 3MN5A 4EIAA 3IMXA 4BC3A 4A62A 2V52B 3VF2A 1QQNA 4PL8A 5I9EB 1HLUA 1MDUB 1C0FA 3HBTA 2P9PA 2GUPA 3U8XA 3FFKB 3CI5A 3HI0A 5AQTA 4IWVA 1U6ZA 4I6MA 2WUSA 4B1UB 4B1ZA 1XC3A 5AQSA 3LDNA 3FZFA 1KAYA 1BUPA 1RDWX 3CETA 4CZHA 2E8AA 5LJVA 2QWQA 2E88A 3LDPA 2VCPA 2P9NB 1GLCG 3U9DA 1DKGD 1BOTO 3R8EA 2QWPA 1NGGA 5BPMA 3D2EB 4XH4A 3C7NA 3ZETA 4H5RA 3CERA 3ULEA 2P9IB 2D0PA 4BR5A 4FWRA 3O6WA 2Q31A 1E4GT 4C23A 3CQXA 4EFHA 3D2FA 1YAGA 5TKYA 5BRDA 3HTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AY9A 3L4QA 3VGKA 3ID8A 1JLQA 3QEWA 1TV6A 1VK0A 2VQEK 3O08A 3ZT1A 4B9SA 4DF4A 4QAGA 1VSLA 1SL2A 2CGLA 1KAXA 3CF5L 2ITMA 3RMBA 1HJOA 1RBRA 2W42A 3T1HK 4GKJK 3G25A 1TUYA 3HM8A 4JHDB 3WNHA 1G15A 3SQ0A 3DOKA 2E2NA 3DLGA 3IRXA 4M7XA 3J7YP 4V19S 4CJKA 3CJCA 4WFAL 3OYJA 1YTUA 4DHYA 5AQJA 4DV4K 3QESA 3L3UA 3CQ8A 1QVGM 5I3UA 3L0QA 5CYMA 4BR2A 4RCHA 4DFMA 3CJBA 4F3OA 5KPRA 3CCMN 5JS2A 4DV7K 1NGEA 3CJAA 3ZT2A 4IKFA 4FK2A 3LZJA 4CGHA 3H3NO 5EU7A 4PKIA 3AVLA 3TAQA 5LL6Z 4HTLA 4OPAA 3HVRA 2AA4A 5AQNA 3KWGA 1X9JA 4AHUA 1JLGA 4FWOA 1KRPA 2ASOA 1HR0K 4CZKA 3OS2A 4Z4GA 4BRHA 1RTIA 2P1JA 1NJZA 4BRKA 3P4IA 4DCHA 2IVOA 1CXUA 1RBSA 1CZBA 3KK3A 4CJ4A 1QS4A 4IOCL 2P9NA 1XMQK 2O8BB 5BN8A 3VQ5A 3E9LA 3AA3A 2BGGA 1ZBHA 3C7NB 3QBWA 3VQEA 2W6KA 4LF7K 1IBMK 1RT2A 3P1GA 3C6AA 2WC9A 3UKUB 2UUBK 1E3MA 4AM6A 2IIRA 1BA0A 3T1YK 3SQ2A 4QOZB 4GMJB 1ZBFA 4CF0A 3NH1A 5AQFA 5FROA 1IBLK 4W5RA 4PA1A 4BRDA 2QEXN 4PKGA 1BA1A 4CJ7A 2QI2A 4BE1A 3AAPA 4BECA 1SZ2A 4PL7A 1VQON 3RMDA 4FJ7A 1XUPO 3AVGA 4BRAA 1K8AO 2BDPA 3EN9A 2ZD1A 2V7YA 3QDKA 2OPRA 3D2EA 4CFDA 4E7HA 4CW7B 3SAHA 3LAMA 3SQ4A 1VQMN 1BO5O 3AARA 4EP4A 3D2FB 5C42A 4YFUA 3CM5A 3KHYA 3M1FA 3M3ZA 3KJVA 4ICLA 3PO4A 4E7IA 4KI6A 4DKWA 2G8VA 2QXFA 3SQ1A 3TSUA 3G10A 2HSTA 3E9PA 3WXMB 4O4GA 2JWKA 2KZZA 1WAJA 2HBJA 4FJ8A 3AVMA 1RILA 2VGNA 1HNVA 4U67L 4RWTA 1RFQA 1QSYA 3SK3A 3VERA 5BREA 3CHWA 4FYDA 3VQAA 3PLAA 5I42A 1NGHA 3QEIA 1JLAA 4C8KA 1Z26A 4J2BA 4CK2A 1HYZA 3L3VA 3AGKA 2QWLA 1D9DA 3PO5A 3GG4A 4CCHA 3ZT4A 3K9KA 1W2BM 1CLQA 4E0DA 4CZMA 2QWRA 3RR7A 5C15A 1QSLA 2F96A 5EXWA 2D0AA 3ZSXA 5CZ2A 1Q81O 4N76A 1S22A 4FO0A 3WT0A 4C8NA 1JLFA 3OHRA 4NXMK 4KTQA 4M3XA 4GV6A 2HNDA 3KKSA 4IO8A 1WBBA 2NNWA 4MDAA 1NJYA 2P9KA 4BRMA 1GLEG 1Q9YA 5DM7L 4DLEA 3HSCA 2OYQA 5D3GA 1TYQA 2B5JA 4PHTX 1MWMA 5HOOA 3NF7A 2A1RA 3FZMA 3RTVA 4XH5A 3V9XA 4TSXA 3ZYYX 4JI8K 4FW1A 4CVNE 3M8QA 1U2VA 4A2AA 2F7TA 4CFBA 3OTOK 5M1NA 3EE9A 3AAQA 5EVZA 3SMSA 1NNEA 2BANA 1T7PA 4ID5A 4EAHD 4A61A 3QICA 4B9MA 3RMCA 3LALA 5KRTA 3GDQA 1YXQA 1TL3A 4CK1A 2YKNA 3O3GA 5KPTA 3HOTA 2GBZA 2HMIA 2V7ZA 4WYBA 3O8MA 4IFYA 4CJ5A 4KHYA 2F8TA 1C1AA 4CHNA 3HJFA 1NGBA 4WFNL 5EX5A 1GOCA 2QWMA 4WQ4A 2I5JA 3DM2A 1KQSM 3THWA 3PV8A 1ASVA 4AM7A 4GVEA 2D0CA 3BEXA 4F2SA 3V1OA 3U6FA 2G8FA 2QM1A 3CPWM 1SL1A 5HP1A 3TAGA 3SV3A 1LW0A 1YITN 1XI1A 1VAZA 4F2RA 3BZKA 1X3NA 3OW2M 1QHAA 4B9UA 2PY5A 4WE1A 4FPBA 3CCQN 4FWLA 1GOBA 4LH5A 5FPEA 3U3GA 2FSKA 2RF2A 4BDPA 1L3TA 1P8ZA 4BREA 4B1YB 5DMRA 1TKXA 4DQ8A 1ATSA 1NLVA 4JI5K 3PX4A 3DOLA 2NUBA 4LH4A 4CJSA 1SQKA 5C2FA 3ISNC 2IS3A 3K0SA 3LPUA 2GUIA 3ZEUB 2E5LK 3U4LA 3OYCA 3LWLA 3CC4N 4FK0A 4JI1K 3SYZA 4E3SA 4BG9A 2DFHA 4FZYA 5JS1A 1BWFO 4ELUA 4HCCA 2RKIA 4H0OA 3BY5A 4IJNA 3VQ9A 4FM1A 3GOIA 1Z25A 4AHVA 1KFSA 4KHWA 3CQYA 4U7BA 5HRNA 1LAVA 3W0LA 4E1MA 4EHUA 1KSPA 4B9VA 2RPIA 3FGUA 2UXBK 1BGXT 1Z05A 3P83D 4YOXA 1JXEA 3IKMA 3PIOL 1GLBG 5J2QA 4FJHA 5SZTA 4E89A 3J7ZO 1OVYA 4ID1A 4OPHA 1KTQA 5C0YA 5AZIA 4DSJA 3SI6A 4OLAA 4CEEA 3N4QA 3TTDA 4DUZK 3VOVA 3NCIA 5AQPA 5M1PA 4DU3A 3ZLJA 4FLYA 4FJJA 2OZSA 2H3GX 1WSEA 1M90O 1Y97A 4DR2K 1RGIA 5JVGL 1TKTA 4BC5A 4B8AB 2QW9A 3DXMA 4BRFA 4BRLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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