1X9JA

Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
MFRILTINPGSTSTKLSIFEDERMVKMQNFSHSPDELGRFQKILDQLEFREKIARQFVEETGYSLSSFSAFVSRGGLLDPIPGGVYLVDGLMIKTLKSGKNGEHASNLGAIIAHRFSSETGVPAYVVDPVVVDEMEDVARVSGHPNYQRKSIFHALNQKTVAKEVARMMNKRYEEMNLVVAHMGGGISIAAHRKGRVIDVNNALDGDGPFTPERSGTLPLTQLVDLCFSGKFTYEEMKKRIVGNGGLVAYLGTSDAREVVRRIKQGDEWAKRVYRAMAYQIAKWIGKMAAVLKGEVDFIVLTGGLAHEKEFLVPWITKRVSFIAPVLVFPGSNEEKALALSALRVLRGEEKPKNYSEESRRWRERYDSYLDGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Probable butyrate kinase 2
publication title Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes
rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 120
structure length 373
sequence length 373
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.2.7: Butyrate kinase.
pdb deposition date 2004-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA02
4FWSA 4K43A 3FZKA 4FWKA 3GOIA 4H0XB 2D0OA 2VCPA 3ENOA 4EIAA 3GBTA 5BRDA 3HBTA 1TYQB 1K8KA 5AQHA 3KZBA 1QQMA 3FLCO 1KXPA 1HKBA 4B9QA 4CZFA 4FWRA 4CD1A 5AQOA 2YJFA 3SMSA 4DB3A 2A40A 3VGLA 4O8KA 2IVOA 3O1WA 4RTFD 4CZEA 4XH4A 2A6AA 3P4IA 4XEIA 5I9EB 4BC4A 3AARA 4BRLA 1Y64A 3KHYA 4QS7A 3UKUA 1E4GT 2ZWHA 5KPZA 3H46O 1K8KB 3CJBA 5BPLA 4K41A 1YXQA 2YHXA 3WXIA 3S41A 4B1YB 3H3NO 2CGKA 1R59O 3VESA 5AQZA 3R8EA 2E8AA 2I7PA 3O80A 1TUUA 3LDOA 1LOTB 3H6EA 4BRNA 3LM9A 3FZHA 3D7EO 2VWBA 1MA9B 1T6CA 2Q2RA 4FWPA 5KQDA 1NGJA 3HM8A 1T6DA 1SQKA 5JICA 1NGBA 2DPNA 2P9KA 4H0OA 3UKUB 2FF6A 3VETA 3CJ7A 4BR5A 2D4WA 4BGBA 1RGIA 3BUZB 3VEVA 1YAGA 2D0PA 1S22A 4MLHA 5AQIA 4BG9A 1MWKA 4BRMA 5BRHA 4FSVA 3DXKA 1KAYA 1Z6RA 2IVNA 1J6ZA 3A0IX 3A5LC 3ZX3A 3ENHA 4A62A 3VEXA 4BR2A 2P9KB 2QWOA 2GWKA 1QHAA 2E2PA 2KHOA 4BG8A 3CJCA 1OKJA 4BRCA 4DQ8A 3WEEA 1NLVA 2E88A 4PL7A 4H0YB 2E2NA 3VF6A 1QZ5A 2PBDA 1X3NA 1HKGA 3SJHA 3U9ZA 4BRIA 5LJVA 3EN9A 3R6MA 1BUPA 2ZGYA 3DXKB 2FLOA 1KAZA 1ZXOA 3WXJA 2HF4A 3L6QA 5ADXH 3O08A 4AM7A 4XH1A 4FWOA 3HSCA 3UB5A 1HUXA 4I6MA 1ZC6A 1X9JA 2ASOA 2ZGZA 3WEEB 1SZ2A 4BRHA 3DXMA 4MLEA 4M7YA 3EKUA 3ZETA 1NGCA 4FOEA 2FXUA 2QWPA 3VF4A 5EOYA 3WQTA 3EO3A 4BR9A 4QS9A 1TYQA 4H5RA 1LCUA 4NO7A 5BN8A 1V4SA 5JLHA 4IZ9A 2Q36A 2A42A 4BRDA 2D1KA 5AQYA 2YCHA 4I6MB 1QQNA 1BOTO 4IXCA 5E26A 5TKYA 1QZ6A 4FWNA 3DXMB 3QFPA 4BVPA 3FFKB 3M6GA 3VPZA 3G25A 3ULEA 4H5VA 4CBUA 3FZMA 5AQRA 3MMVA 4M63C 4WQ4A 1Z05A 2F9TA 1BA1A 3CHWA 4IJNA 1BA0A 1C0FA 4H5TA 4FO0A 4PKHA 3U9DA 2Q31A 3LDQA 1NWKA 1GLAG 1JCGA 2EWSA 3U4LA 4B1WB 2CH5A 2YJEA 4GNIA 4DCHA 3ATVA 2ITMA 4FWMA 4BREA 2I7NA 3ULEB 3QDKA 5EVZA 4H5NA 3BEXA 2P9LA 5AQFA 2NLXA 2ASPA 2W41A 2YHYA 4YDUC 5AQGA 3D2EA 3GG4A 4MO4A 4EHUA 3GL1A 5BREA 1XQSC 2E2OA 4JN4A 2WUSA 3VEYA 3VERA 3QB0A 1GLLO 2QWNA 2V51B 3EKSA 3ZETB 3H1VX 4CZKA 2P9LB 4JD2A 3ZX2A 2NZTA 5EXWA 2A41A 1CZAN 2CGJA 2E1YA 3D2EB 1HX1A 4BVOA 3D2FA 2P9SA 3AY9A 4CBXA 2E1ZA 3CJ1A 2NRHA 4K25A 3J8AA 4H5WA 4YDUA 5KQ8A 2PAVA 4FPBA 5AQLA 3W0LA 4H0VB 5FPEA 1HPMA 1NGGA 1BWFO 1XUPO 1TUYA 4CZGA 3UKRA 4FPAA 1MWMA 2A5XA 3VEOA 1U2VA 1GLFO 3B8AX 1BO5O 4EHTA 4JD2B 1P8ZA 5AQQA 1U6ZA 4ISEA 4RWTA 3D2FB 5BPNA 2QWLA 5ADXA 2P9SB 3SLCA 4FWQA 1D4XA 3MDQA 3ID8A 5AQXA 1SAZA 5BR9A 1ZBSA 5EX5A 4O5FA 2FF3B 3MN9A 3VOVA 4NB4A 1RFQA 3W3DA 1NGHA 3O1BA 1YVNA 5AQTA 3SMPA 3UKRB 4JHDA 4M7XA 3QICA 4WQ5C 4EFHA 1U2VB 2UYTA 5AFUH 3LDLA 5LY3A 1T44A 2P9UA 5AQUA 5AQNA 4CZJA 5JLFA 4H0PA 2IIRA 3C0BA 3M1FA 4JAXA 4RCHA 4DHYA 3C7NA 3WQUA 4KBOA 1KAXA 3CERA 1IJJA 4CZMA 3I33A 5KPRA 2Q0UA 3A8YA 3WXLA 1C0GA 4BC5A 3GE1A 4JHDB 1QQOA 4A2AA 1GLBG 3DJCA 3IFRA 3MCPA 3CJ9A 3H45C 3EZWA 3RSEA 2GWJA 2P9UB 3FZFA 3CI5A 5CE3A 4IWVA 5E84A 3C7NB 2Q97A 1NGEA 3MN6A 3FE1A 3L0QA 2FSJA 3O4WA 3MN7A 4IO8A 4WYBA 4CZIA 2BTFA 4H0TB 4A2BA 1YUWA 1NGFA 2FSNA 5F1XA 5JMVA 4HTLA 4AM6A 2GEMA 1NGDA 3RSEB 3QBXA 1NBWA 2HMPA 3CJAA 3CQXA 5EY4A 5AZJA 2P9IA 4H03B 4B1VA 4CD3A 3R9PA 3BP8A 3LDPA 2AA4A 3O8MA 3TU5A 4PKIA 5AQSA 3LM2A 2ASMA 1IG8A 3IMXA 5FPDA 3BF3A 1GLJO 4BRPA 4BGAA 2J4RA 3CQYA 1GLDG 4BQLA 1DKGD 3O5BA 5AQVA 4BC2A 1NGAA 1GLEG 2Q0RA 3UE5A 5BPMA 3A5MC 1V4TA 5AZJB 3WXKA 2P9IB 1JCEA 1BG3A 1ATRA 1ESVA 4IJAA 2CGLA 1DGKN 4Y0WA 1JCFA 3CETA 5B8HA 5BRFA 4PKGA 5LJWA 1DEJA 4BRAA 3SK3A 3DWLA 1MDUB 2E20A 5KPTA 3QMLA 3FGUA 2P9PA 4BC3A 2GUPA 1GLCG 3A5NC 3QBWA 3I8BA 3F9MA 2Q1NA 4CZHA 4CJ7A 5AR0A 3AAQA 1RDWX 1HJOA 2GTDA 1WUAA 2ZF5O 3JXUA 1E4FT 2QWQA 5ELZA 1H1VA 4BR4A 3ATUA 3JS6A 4PL8A 5AQJA 5AQWA 2V7ZA 5AQPA 3MN5A 2QWMA 4BQZA 5AZIA 2P9PB 1Q18A 5AFUA 2BUPA 2F9WA 5FPMA 4XH5A 3WUHA 5BN9A 1NM1A 3OHRA 4A61A 4EAHD 1NGIA 5F2RA 3H3OB 2OANA 4LC9B 1ATSA 2QXLA 4BRGA 4C23A 4BRKA 3IUCA 4J8FA 3KVGA 1XC3A 5FPNA 3GDQA 3DAWA 2QW9A 4BROA 2H3GX 5AZIB 3A5OC 2V52B 4BRFA 3VENA 2E2QA 1HLUA 2V7YA 3U8XA 2FSKA 4BRQA 4CBWA 3L4IA 3HTVA 4JNEA 5AQKA 4CI6A 4CZLA 4F9OA 1BDGA 2A3ZA 4K42A 3VEZA 3QFUA 4Z94A 3MK6A 1HKCA 1EQYA 3HI0A 3EL2A 2P9NA 2YI1A 4BR7A 3VGKA 2IVPA 1WOQA 3ZX0A 2GELA 3VGMA 1X3MA 3TPQA 1G99A 4GY2B 3LDNA 4B1ZA 2QWRA 2HF3A 4E1JA 3HZ6A 2CH6A 4FL9A 2HOEA 4L3QA 3WT0A 4WQ5A 5F0XA 1NMDA 4WQ4C 2QM1A 2AP1A 3VEWA 3ZEUA 4FWLA 3M3ZA 3IDHA 4B1XB 4ISFA 3AAPA 4ISGA 3VF2A 4BR0A 2VYPA 2P9NB 3CIPA 2W40A 3LL3A 5AQMA 4B1UB 3H1QA 2YHWA 3FZLA 1ATNA 4FOIA 4QS8A 3O6WA 4MO5A 3FR0A 1S3XA 4HWIA 3ZEUB 3BF1A 1BU6O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWSA 1L3UA 4M3ZA 3FZKA 2D0OA 3CG7A 3F73A 4LF9K 3A2FA 4AHSA 3HBTA 1KC8O 3KZBA 1QQMA 5HRNA 1HKBA 4ZTJA 4CD1A 3K57A 2YJFA 3SMSA 1QVFM 4EP5A 4JI8K 4K8ZA 4KTWA 3T1YK 4DTXA 3SNNA 4UQGA 2A6AA 3P4IA 3VQEA 4DTJA 4BC4A 3HPGA 5J2PA 5KRTA 3QEXA 2NRVA 1E4GT 2ZWHA 3QINA 4K41A 5DM6L 4KHNA 1BGXT 4Z4CA 4CJ5A 3H3NO 1U45A 2CGKA 2NRWA 3EYZA 5AQZA 2VWKA 4YORA 1LOTB 3ZT0A 3HXMA 3LM9A 4CCHA 1MA9B 1UAXA 3K59A 1NGJA 3KKSA 1VQ9N 4H0OA 3UKUB 4DSFA 1RBSA 4JI0K 4BGBA 4DSKA 3BUZB 1TV6A 3AGRA 1YAGA 1VAZA 3SUPA 1ZBIA 4RW8A 3CC4N 1KAYA 1Z26A 2OPSA 2JLEA 2YV0X 3TAQA 3E01A 1XHZA 4E1MA 5C15A 1S9GA 3CCRN 3CJCA 2O8FA 4CERA 3CMEN 1LWCA 2D5RA 1W0HA 2O4GA 1KQSM 1NLVA 4PL7A 3LDSA 1HNIA 4HUGA 3VF6A 2PBDA 1HKGA 1HJRA 2Z1GA 3U9ZA 4BRIA 3CPEA 1CZBA 3PSFA 3EN9A 3R6MA 2GUIA 5H1SQ 5GADP 2YHAA 4O8UA 4QCLA 4DU3A 5JS1A 3WXJA 2D0CA 5HRSA 1KLNA 4LF8K 1YTUA 1DLOA 3P31A 4CJ3A 1HUXA 4CF8A 5TKWA 1X9JA 2ASOA 3OVNA 4JKCA 4BRHA 1T8EA 3NVKA 1VSLA 4M7YA 3OYKA 1NK6A 2D0BA 5E41A 3VF4A 3KIOA 3O9QA 3V9SA 3WQTA 5HP1A 3IG1A 2B5JA 4NO7A 1U4BA 1A5WA 1V4SA 3VQ8A 4IZ9A 5JLHA 1QSLA 2D1KA 5AQYA 4OLBA 3HP6A 5E26A 5FLXO 4DS4A 5KGXA 1XMQK 3QFPA 4KB1A 1N32K 1QS4A 3V1OA 3K9JA 4JKGB 3M5RA 3I55N 1U49A 4NCBA 2HSTA 2A1SA 5AQRA 2F9TA 3ZSQA 3TTDA 4OPJA 4CJRA 4N41A 3ITHA 3BGRA 1NWKA 2HNZA 3RMDA 3KK3A 3L8BA 2X6NA 2ITMA 1YIJN 2I7NA 3EY1A 4B9LA 5AQFA 2NLXA 4CEEA 3GG4A 3AA4A 3KWGA 4C8NA 4KB0A 4EHUA 1GOAA 4JKFA 3RMBA 1VSJA 4DV7K 4X65K 4B9MA 1WSGA 4KI6A 3VERA 1HR0K 1GLLO 4JI2K 2V51B 3LZIA 2D0AA 3H1VX 4CZKA 2P9LB 4JD2A 3S3NA 2NZTA 2YNHA 5EXWA 1CZAN 2E1YA 4LF6K 3CCUN 4CBXA 2E1ZA 4A5AA 3J8AA 3AA5X 3HJFA 3OYFA 4CIEA 3EZ5A 2G8UA 1EX4A 1KVAA 1HPZA 3U3GA 1VSEA 1TK5A 1JKHA 1O1WA 1NGGA 3LALA 1BWFO 4FW1A 4DF8A 4LFBK 1ASVA 4FPAA 1UA0A 4EHTA 2DFFA 5AQQA 2Z1HA 4X66K 1RBUA 4CF9A 1T03A 2QWLA 3M8SA 1WLJA 3QERA 3SLCA 2RKIA 3MDQA 5AQXA 1WAFA 1SAZA 5BR9A 3ISNC 1SS6A 2FF3B 3KKRA 4U7BA 1RFQA 3W3DA 3AVCA 3O1BA 1JLQA 1KCFA 5AQTA 1OH8A 4WQ5C 3VQBA 2UYTA 1BQNA 4B3OA 5LY3A 5AQUA 2QA4N 4DQSA 4KO0A 3BZCA 5J2QA 4B9NA 2WC9A 3C7NA 2UXCK 5CYMA 4FJNA 4OLAA 3CERA 2Q0UA 1X9WA 2QKKA 4ELVA 4KH6A 4CHYA 1NK7A 5HRPA 2VQEK 3AA2A 3HPHA 3VTIA 3F9KA 3LP3A 1IBKK 4GV9A 3CFRA 1RCHA 2NRRA 3CJ9A 3RSEA 4OO1J 4Z4EA 2O8DB 2P9UB 4GVEA 1QVGM 2NRXA 5CE3A 4IWVA 2G8WA 3ZSOA 4I7FA 2QTDA 2HHUA 5SWMA 1OVYA 4DV6K 2Q97A 3FE1A 3DLKA 3K5LA 2E6MA 3O4WA 4LY7A 4WYBA 3ASMA 4FLTA 3THXA 3HVTA 1YUWA 2HNYA 3J7AP 3TI0A 4B3MK 2FSNA 1TKDA 4HTLA 4XIUA 1NGDA 3OYEA 5C24A 4E7LA 1NBWA 5AZJA 4CHZA 1VSKA 2HMIA 1YTAA 3O8MA 1UOCA 4M3WA 5AQSA 2W6LA 4AHRA 2ASMA 1IG8A 3B6OA 4YOTA 4DR2K 1IBLK 3NFAA 4J2BA 3QLHA 1I3AA 2Z1IA 1QHTA 3AV9A 1WNSA 2J4RA 4BQLA 2DY4A 5AQVA 1TK0A 1GLEG 1VSMA 1KVCA 3U6FA 1I94K 5BPMA 1V4TA 3WXKA 1P90A 1ATRA 1SV5A 1DGKN 3NGZA 3R1XA 3SAFA 4PKGA 1RT2A 4Z4IA 3K0SA 3QMLA 1RDUA 1ITGA 1Q8IA 3OYAA 4DU1A 1XMOK 1J9AA 3NF8A 4CZHA 3NGYA 5HLFA 1KD1O 4RG8A 4CJ7A 5AR0A 4DLEA 4Z4HA 4M42A 3AO3A 5IT9O 2GTDA 2O8EA 2Z1JA 3J7ZO 1NK9A 4K8XA 4FJIA 4M3XA 1E4FT 2QWQA 1H1VA 4OKEA 1UA1A 4EZ9A 1IG9A 3VQDA 4CF2A 2OZSA 5AQJA 4FXDA 4OKKA 2V7ZA 4CGFA 1C1AA 2QWMA 4ICLA 2ATQA 4LH5A 3OS1A 4C1NK 3ZT2A 5AFUA 2BUPA 4XH5A 3K5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FJG A;  1OH5 A;  2HHT A;  3KLG A;  5BN9 A;  4H8K A;  4LSN A;  4DKW A;  3LZJ A;  5F2R A;  3C95 A;  4O0J A;  2PYJ A;  2OAN A;  1VQ5 N;  4B3R K;  2XY5 A;  4F8R A;  4RW4 A;  5GAE P;  4DTN A;  5FPN A;  1CXQ A;  1Q82 O;  3P38 A;  5AZI B;  2V52 B;  2E2Q A;  2O8D A;  2V7Y A;  3ZYY X;  2FSK A;  4CBW A;  3L2Q A;  3AVH A;  3HTV A;  3MAQ A;  2UU9 K;  2UXB K;  1BDG A;  2A3Z A;  4DTS A;  4Z94 A;  1EQY A;  3HI0 A;  3EL2 A;  1JLC A;  3O4Q A;  1WB9 A;  3VGK A;  2IVP A;  3ZX0 A;  3VGM A;  1BIU A;  1X3M A;  3L2R A;  3TPQ A;  4FM2 A;  4B8A B;  2QWR A;  3ALY A;  4JK7 A;  4R5P A;  3NDK A;  3WT0 A;  4WFN L;  4WQ5 A;  2WBN A;  4AHC A;  4WQ4 C;  1NJI O;  1Q9X A;  4FWL A;  4OJR A;  2O8B B;  3IDH A;  4G1Q A;  3P39 A;  3AAP A;  3VF2 A;  4CEZ A;  2F96 A;  4B1U B;  4EP4 A;  1ASW A;  3WNG A;  2PY5 A;  4OKJ A;  1BI4 B;  4CHO A;  1S3X A;  3O9R A;  4HWI A;  5HBM A;  3ZEU B;  2QK9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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