1X9JA

Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
b'MFRILTINPGSTSTKLSIFEDERMVKMQNFSHSPDELGRFQKILDQLEFREKIARQFVEETGYSLSSFSAFVSRGGLLDPIPGGVYLVDGLMIKTLKSGKNGEHASNLGAIIAHRFSSETGVPAYVVDPVVVDEMEDVARVSGHPNYQRKSIFHALNQKTVAKEVARMMNKRYEEMNLVVAHMGGGISIAAHRKGRVIDVNNALDGDGPFTPERSGTLPLTQLVDLCFSGKFTYEEMKKRIVGNGGLVAYLGTSDAREVVRRIKQGDEWAKRVYRAMAYQIAKWIGKMAAVLKGEVDFIVLTGGLAHEKEFLVPWITKRVSFIAPVLVFPGSNEEKALALSALRVLRGEEKPKNYSEESRRWRERYDSYLDGI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Probable butyrate kinase 2
molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima
publication title Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes
rcsb
total genus 120
structure length 373
sequence length 373
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.2.7: Butyrate kinase.
pdb deposition date 2004-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA02
4GNIA 2QWMA 2QWPA 1BUPA 1GLEG 4B9QA 3CJBA 5KPTA 3WXKA 2QWRA 4KBOA 1NGEA 5AQYA 3HM8A 3MN9A 3IMXA 3L4IA 4Y0WA 3GBTA 1CZAN 2E20A 3F9MA 5ELZA 3LDQA 1J6ZA 2ZF5O 2A42A 3O08A 4B1YB 5I9EB 2W41A 4FWKA 1V4SA 1YXQA 2A5XA 3A5OC 4PKGA 3ENHA 1QQMA 3LM9A 5JLFA 4WQ5A 4O8KA 5BREA 2FF3B 2YI1A 5AQTA 2BTFA 2DPNA 3DAWA 2Q36A 5AZJA 2CGJA 3EKSA 3DXMB 4BGAA 2E1YA 3MN5A 1Z6RA 3BP8A 3BF3A 4BVPA 4H5VA 4CZKA 3A5MC 3VENA 2E88A 4BR9A 1ESVA 4CZFA 4DCHA 5AQHA 2EWSA 2IIRA 2GTDA 1XC3A 3TPQA 5BPMA 5AQVA 2H3GX 1T44A 1NGIA 3O1BA 5KPRA 2Q0UA 3VETA 3L0QA 1K8KB 1QZ5A 5EX5A 3ZETA 5AQGA 2PAVA 1R59O 4FWLA 4QS7A 5BR9A 3O1WA 3KZBA 4BC5A 5AQFA 4A2BA 3WXIA 3OHRA 1BA0A 3H3NO 4ISFA 3O4WA 3I8BA 4CD3A 5BN9A 3CETA 4CJ7A 1BWFO 3VEVA 3QDKA 4PL7A 3CJ1A 5LJVA 3A8YA 3DXKA 4MLHA 5AQZA 1DKGD 3FFKB 5KPZA 2V7YA 4EFHA 1NMDA 3FZMA 2P9KB 3VEYA 3IUCA 4CZMA 4E1JA 3MK6A 5EOYA 4BRQA 4JHDB 1NGJA 1Z05A 3WEEB 1D4XA 1MWMA 1V4TA 3EZWA 2V7ZA 3EN9A 4BRGA 1U2VA 5AQQA 3U8XA 1ZXOA 5AR0A 2FLOA 4BRDA 3FZLA 3QB0A 4B1VA 1E4FT 1DGKN 1IJJA 3LDLA 4ISEA 3FE1A 3MN6A 3ENOA 3LDOA 3UB5A 2Q1NA 3VGMA 1NLVA 4JAXA 2HF3A 3GOIA 2E2OA 2P9PB 4FSVA 2CH6A 4CBWA 1LCUA 4FWNA 4BROA 4B1ZA 3AAQA 2BUPA 3SLCA 2GWKA 2Q0RA 3MDQA 5EY4A 3H1QA 2P9SB 3LM2A 2FXUA 1NGBA 2ITMA 4WQ5C 3VGKA 5F1XA 3VERA 1NGAA 5AQKA 2QM1A 3FZFA 2P9UA 3WQTA 3HSCA 3D2FB 3D2FA 1NGGA 5F2RA 1HX1A 4EIAA 5BPNA 4BRPA 4GY2B 4FWRA 3VEXA 1GLBG 4MO4A 1HKCA 4XEIA 4H0VB 4EAHD 3ULEB 3UKRA 5ADXH 2Q97A 2QWOA 3VF6A 4MLEA 4FOIA 2YCHA 3H6EA 1G99A 4H0TB 2HMPA 4BRNA 5EVZA 3VEWA 3BF1A 2QXLA 3CHWA 1S22A 3H46O 2YHWA 3H3OB 4FWMA 4H5NA 3VPZA 4BC4A 3LDNA 1ATSA 5F0XA 4BR0A 4BG9A 2YHXA 4QS9A 3SJHA 1GLLO 1NBWA 1RDWX 3FZHA 5AQIA 3S41A 4IJAA 3R9PA 3QFUA 4BG8A 2NZTA 3VEOA 2IVOA 3C7NA 5AQNA 2P9SA 2A41A 1NWKA 1NGHA 3ZX3A 3CERA 1LOTB 3VGLA 5AQSA 1GLFO 1C0GA 2D4WA 2P9PA 2D0PA 3QBWA 4FWOA 1TUUA 4O5FA 4DHYA 5B8HA 3FLCO 3ZX0A 4FOEA 3R8EA 4FWPA 1NGDA 3RSEA 1JCGA 1DEJA 4BRFA 5JMVA 2NLXA 4FPBA 1JCEA 3UKUA 5E26A 4DB3A 3ID8A 4BVOA 1SAZA 3WQUA 1NGFA 1ATNA 2ZWHA 1OKJA 1QQOA 1ZC6A 2A6AA 4PKHA 4B1XB 5AFUA 2AA4A 1HJOA 3A5LC 3DWLA 4PKIA 4WYBA 3BUZB 4MO5A 1ATRA 1HKGA 4M7YA 4J8FA 4RTFD 3U4LA 1KAZA 1WOQA 4H0YB 4CBXA 4CZIA 4C23A 2P9KA 2E1ZA 1U6ZA 1BG3A 2CH5A 5FPNA 5AQJA 2QWLA 3GG4A 3U9DA 3JXUA 1TYQA 2CGKA 4H03B 1GLDG 2NRHA 1HLUA 5AZIB 2E8AA 4M7XA 4IZ9A 4BGBA 4PL8A 3MN7A 3KHYA 5BPLA 3KVGA 4WQ4A 4JN4A 4RCHA 4I6MA 4IJNA 4BQZA 2ASPA 3EO3A 1SQKA 5KQDA 2YJFA 5LY3A 3LDPA 4CZHA 4BC2A 3CQYA 2V51B 3CJ7A 1Y64A 3H1VX 4XH5A 2FSNA 1HPMA 2P9LA 5AQRA 3W0LA 2P9IB 3EL2A 2QWNA 3SMSA 4IWVA 4JD2B 2YHYA 3MCPA 5E84A 2I7NA 3IDHA 3VF4A 2FF6A 1MDUB 2PBDA 1E4GT 1QHAA 4BREA 2E2PA 4Z94A 5BRDA 2A40A 1RFQA 1BOTO 5AQPA 5BRFA 4FWSA 4H0XB 1BA1A 4H5TA 5AQLA 3GE1A 3DXKB 2FSJA 4JD2A 3O8MA 2UYTA 5AQWA 4EHTA 4CZEA 2P9LB 3ZX2A 3CJAA 3ATUA 5AQUA 3B8AX 2ZGYA 3R6MA 3CIPA 4A61A 2ASOA 1Q18A 3D7EO 3RSEB 3CQXA 3FGUA 1TYQB 3EKUA 4H0PA 2WUSA 4F9OA 1K8KA 3QFPA 5EXWA 4K41A 3IFRA 4BQLA 3M3ZA 4YDUC 1X3MA 1YVNA 2W40A 3VOVA 1GLCG 3ATVA 5TKYA 4HWIA 4A62A 3WUHA 2ASMA 2IVPA 4YDUA 4WQ4C 2P9IA 2HF4A 2YJEA 3D2EA 5JLHA 3HI0A 3HTVA 2F9TA 3VESA 4XH4A 2V52B 5AZJB 4BRCA 1NGCA 2KHOA 4ISGA 3QBXA 5FPDA 4I6MB 4BR4A 5KQ8A 4IXCA 2Q2RA 2AP1A 3O6WA 3UKUB 3M6GA 4CI6A 1X3NA 5AZIA 3C0BA 1P8ZA 4H5RA 3SK3A 3HBTA 4BR5A 2GWJA 4AM7A 3VF2A 4DQ8A 4H5WA 3AY9A 4FWQA 1KAYA 4QS8A 2GUPA 3W3DA 2OANA 5CE3A 3H45C 2E2QA 2P9NA 5AQMA 4BRIA 1HKBA 4JNEA 4LC9B 1YUWA 3O5BA 1GLAG 2F9WA 2QWQA 3TU5A 1BO5O 4FPAA 2FSKA 3CJ9A 2CGLA 2VWBA 1H1VA 1NM1A 4CZJA 4XH1A 4CD1A 3L6QA 3I33A 4H0OA 1HUXA 4K43A 5AFUH 5AQOA 1QZ6A 1X9JA 4FO0A 3MMVA 3UKRB 3ULEA 4CZGA 3GL1A 2ZGZA 3O80A 3FR0A 4HTLA 1JCFA 3QICA 4BRKA 3CJCA 4B1UB 3QMLA 3AAPA 5AQXA 1C0FA 3CI5A 4NO7A 4K42A 3WT0A 4BRLA 4BRMA 2HOEA 2Q31A 2D0OA 3C7NB 4A2AA 3FZKA 3A5NC 3ZEUA 3P4IA 1U2VB 3A0IX 1EQYA 1MWKA 3ZEUB 4BRHA 4EHUA 5FPMA 2I7PA 4B1WB 1T6CA 2A3ZA 2GEMA 1IG8A 2P9NB 4BRAA 4BR2A 5BRHA 2P9UB 3JS6A 5JICA 3AARA 5ADXA 2GELA 4AM6A 3GDQA 2D1KA 3UE5A 1S3XA 3SMPA 4CBUA 1YAGA 2IVNA 3LL3A 3BEXA 4K25A 1RGIA 4NB4A 4IO8A 2J4RA 1BDGA 1QQNA 1KAXA 3VEZA 1WUAA 1BU6O 3J8AA 1TUYA 3ZETB 4L3QA 3U9ZA 4JHDA 3D2EB 3G25A 2VYPA 1T6DA 1KXPA 1GLJO 5LJWA 3WXLA 1ZBSA 2VCPA 1XQSC 3HZ6A 3WEEA 3M1FA 4BC3A 1MA9B 1SZ2A 4BR7A 1XUPO 2E2NA 2QW9A 4RWTA 3WXJA 4CZLA 5FPEA 4FL9A 4M63C 3DXMA 3DJCA 5BN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHQA 2QWPA 1BUPA 4A5AA 1RDUA 4IEIA 1VQ9N 2YHAA 4KBOA 3V9WA 1NGEA 1NG9A 2QI2A 5HRSA 3L4IA 2LSNA 4Y0WA 5T7BA 1FJGK 3SQ2A 2RE2A 1VQ6N 4NXNK 1J6ZA 3AGKA 2A42A 3OYBA 4DTJA 3OYJA 1YXQA 1M1KO 2A5XA 3ENHA 4N41A 3DLBA 4WQ5A 1TK5A 3QNNA 2FF3B 2YI1A 4GVMA 4ZTJA 4FXDA 2HHVA 2DPNA 3A2FA 1U4BA 3NH1A 5KI6A 3MN5A 1Z6RA 4DU3A 4KHWA 4JKGB 1S6QA 3J7ZO 4H5VA 2OTJN 4FLWA 1LW2A 4IOCL 4CJEA 3AO5A 2GTDA 3DRRA 5FLXO 3TPQA 3LWMA 4YOXA 1EWQA 1BHLA 5AQVA 1NGIA 3O1BA 2B5JA 1RBRA 2ZJQL 1VRUA 2KQ2A 3RTVA 1O1WA 2JWLA 2PAVA 4FWLA 5BR9A 4QS7A 1VQNN 4IFYA 1C1CA 1BA0A 4I2PA 3O4WA 1FXXA 5BN9A 3CETA 4M3RA 4KH4A 1KLNA 4B9SA 5K14A 4CECA 1W2BM 1WSHA 3K5MA 4B9MA 5J2MA 3MK6A 4BRQA 4JHDB 1Z05A 1D4XA 3AVFA 3TAMA 3KLFA 4E7JA 1S1VA 3EN9A 4BRGA 3K57A 5AQQA 3AA2A 3G10A 4PA1A 2FLOA 4BRDA 3WNGA 4KFBA 3QB0A 1VSLA 3KWIA 4WFNL 3MN6A 2FBYA 3VGMA 2DY4A 2GBZA 4C1NI 3VQ4A 3GOIA 2E2OA 3J80O 1N33K 2P9PB 4FWNA 3V4IA 2JLEA 3D0PA 5EY4A 2BGGA 3QIPA 3KTQA 4A59A 3VGKA 1X1PA 5F1XA 3VERA 4DR5K 2F96A 5AQKA 4R79A 3WQTA 2X6SA 3OYLA 3M8SA 4CESA 4GY2B 1VQKN 4MO4A 4XEIA 1SKWA 3UKRA 3T1AA 3NF7A 3ZSXA 5M1OA 4MLEA 3AVMA 3ZSRA 1KCFA 5EVZA 1RDBA 4Z0UA 2QXLA 3O9SA 3G0ZA 3H46O 3OYIA 1Q9XA 2YHWA 2G8IA 4FWMA 2ZJRL 1IV0A 1ATSA 1RDAA 4BR0A 4BG9A 1TKZA 4FLYA 4DV3K 3RR8A 4EP4A 4X66K 3FZHA 4FCYA 3QFUA 4BG8A 2QKKA 3I55N 2IVOA 3C7NA 1HNVA 4JK7A 5AQNA 4B9NA 1UOCA 3VGLA 2B6AA 4IDKA 5AQSA 1C0GA 2HB5A 5C12A 4HUEA 1WSIA 3SUNA 4O5FA 4DHYA 4DTXA 4AHSA 3RR7A 1YIJN 1HYVA 4JKGA 1OH8A 5FDLA 2ATQA 4JKDA 1JCGA 5JMVA 5JVGL 2NLXA 1NK8A 2FBXA 2GX9A 4DB3A 4BVOA 2XO7A 1NGFA 2A6AA 1QSLA 3CQ8A 4JLHA 1HJOA 3NGYA 2O8CA 1ATRA 2VGMA 5HRNA 4J8FA 1QQCA 3K59A 3K5OA 4H0YB 3V9XA 3CYMA 4KHSA 1BG3A 2PZSA 1FKOA 4DTSA 2QWLA 3OJUA 2DFEA 4OLAA 2CGKA 4CGFA 1GLDG 1HJRA 2KLAA 1VQ4N 3HSTB 3WNHA 4AHUA 2DTUA 3OS0A 4BQZA 1KFDA 4I6MA 1ZBLA 1SQKA 1NJIO 4NCBA 5LY3A 4DR1K 1NJZA 5HRRA 3KLIA 3AVIA 3N4QA 4OGEA 3H1VX 4XH5A 4W5TA 2FSNA 2P5GA 1HPMA 2P9IB 2QWNA 1B92A 4CGJA 1J5OA 4C8NA 2YHYA 5BR8K 1WSFA 3U6FA 1CZ9A 2FF6A 3EE9A 1ILYA 2E2PA 4Z94A 4X65K 5BRDA 1VQPN 3L2UA 4H0XB 1MU2A 4H5TA 1NOYA 4A57A 4K8ZA 3P1GA 3EE8A 4CVNE 3IAYA 3G4SN 5FRMA 4KRFA 3WNEA 2RKIA 4JI3K 1BQMA 1REVA 3ATUA 4B3OA 3P31A 1DTQA 4KTQA 4J2BA 1A5VA 4ELVA 4E7IA 1S9GA 4F9OA 4CIGA 4ELUA 1RT3A 1YVNA 1C1AA 3VOVA 4CFAA 4WCEL 2O4IA 4CIFA 4DU4A 3AGRA 5HLFA 1J5EK 3L8BA 4H8KA 1XHXA 4ILHA 2HF4A 3K0SA 2YJEA 5JLHA 4K0KK 2V52B 4DR6K 2AJQA 1BCMA 4JI1K 3AA3A 4JRPA 2Q2RA 4HHTA 1WBDA 3ZLJA 2AP1A 3O6WA 2KFNA 3M6GA 1X3NA 2Z1GA 3HBTA 4BR5A 4DLEA 1RBTA 2P51A 4DQ8A 4YOTA 3KK7A 3T3FA 4E1MA 4E1NA 3HXMA 3JYTA 4DFJA 1YJNN 4JNEA 1RTJA 4CEFA 4FYDA 3O5BA 1Z26A 1RTIA 1ZBUA 2NRRA 4EZ9A 1VSJA 1BO5O 3N4PA 4CJFA 3CJ9A 1H1VA 1NM1A 4O0JA 3C95A 3LWLA 3SPZA 2XRIA 5AQOA 5KRSA 1WN7A 3MMVA 4CZGA 5LMUK 3GL1A 2UUAK 3O80A 3FR0A 1QVFM 1BIUA 1JCFA 2HSTA 5JVHL 2OPRA 4DQIA 3NF6A 4JI7K 3ISNC 3CI5A 5FRNA 1YITN 3FZKA 4AHCA 1YJWN 2YNFA 3ZEUB 3K9KA 1MWKA 4CJ5A 5FPMA 1NJXA 2O8FB 3HOTA 3OYDA 2P9NB 3L3UA 4BRAA 4LF5K 3DM2A 3IG1A 4CHQA 3AVLA 1L3UA 2HBJA 2VG5A 3ID6A 2HHTA 2W42A 4OPHA 4C8OA 4LH5A 4KI6A 3KK3A 3SMPA 4CBUA 3R1XA 1SV5A 4HUGA 1RGIA 3NMUA 2NRVA 4DTMA 4CJSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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