1X9JA

Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
MFRILTINPGSTSTKLSIFEDERMVKMQNFSHSPDELGRFQKILDQLEFREKIARQFVEETGYSLSSFSAFVSRGGLLDPIPGGVYLVDGLMIKTLKSGKNGEHASNLGAIIAHRFSSETGVPAYVVDPVVVDEMEDVARVSGHPNYQRKSIFHALNQKTVAKEVARMMNKRYEEMNLVVAHMGGGISIAAHRKGRVIDVNNALDGDGPFTPERSGTLPLTQLVDLCFSGKFTYEEMKKRIVGNGGLVAYLGTSDAREVVRRIKQGDEWAKRVYRAMAYQIAKWIGKMAAVLKGEVDFIVLTGGLAHEKEFLVPWITKRVSFIAPVLVFPGSNEEKALALSALRVLRGEEKPKNYSEESRRWRERYDSYLDGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima
publication title Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes
rcsb
molecule keywords Probable butyrate kinase 2
total genus 120
structure length 373
sequence length 373
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.2.7: Butyrate kinase.
pdb deposition date 2004-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA02
3HM8A 4DB3A 1T6CA 3H3NO 1HKCA 3CI5A 3LDOA 2A3ZA 2ZF5O 5AQFA 1ZBSA 3F9MA 1CZAN 1NGHA 4Z94A 3VGKA 5KQDA 5AQNA 1MDUB 1NLVA 4BRQA 3FZFA 4DHYA 5AFUA 3ULEA 2Q2RA 3H1VX 1SQKA 1TYQB 1E4GT 2ASMA 2DPNA 2E2PA 2E8AA 2I7NA 2QWOA 4M7XA 3SMSA 4O8KA 1TUUA 5AQVA 4CBUA 1NWKA 4K42A 2Q0UA 4BC3A 1HLUA 4BR9A 3CIPA 2CGKA 3EN9A 4H5RA 5FPEA 2ASOA 1QQMA 1U6ZA 2V52B 5AQIA 3VEXA 5LJWA 3VPZA 3ULEB 1BU6O 2P9IA 2HF3A 4A2BA 4PL7A 5AZJB 4O5FA 2FSNA 1NGGA 4I6MB 3VEWA 2A40A 1K8KA 3VF2A 1V4SA 4QS8A 1OKJA 2ZGZA 3W0LA 2AA4A 2A41A 3UKUB 4AM7A 5BPMA 3WEEB 4BG9A 3OHRA 3C0BA 2P9KB 4FWSA 4WQ4A 3VGLA 1H1VA 1NGJA 1QZ5A 4WQ5C 3BEXA 1HX1A 4BC4A 3A5MC 4BR7A 2GWJA 1KAYA 1YUWA 3CQYA 4IJAA 3WXKA 1T6DA 3EZWA 4ISEA 1NGFA 1QQOA 4JHDA 5KPTA 2VWBA 3LM2A 3R9PA 4EIAA 2V7YA 4AM6A 4BQLA 5AQLA 5AQGA 1XC3A 1MWMA 4BR2A 4FWLA 4ISFA 4B1XB 5AQKA 4CZHA 3CJ1A 3TU5A 1LCUA 3GL1A 4H5VA 4RTFD 4GY2B 1GLDG 3AAPA 4BC2A 2CH6A 4FPBA 1ATSA 1YXQA 3ENHA 3VGMA 3FGUA 4BRKA 4MLEA 3H45C 3VERA 3IUCA 3D7EO 3ZEUB 4B1WB 4CZEA 3DJCA 2BTFA 3FE1A 2D4WA 4FSVA 3VF4A 3TPQA 2D1KA 3FZHA 2HF4A 2BUPA 2E1YA 2P9LA 4H0VB 3VEYA 5EXWA 5AQRA 2CGJA 4BVPA 3U9DA 5I9EB 1DGKN 4H5TA 1BDGA 3M3ZA 3DXMA 1GLLO 4WQ4C 4BGAA 4BRCA 2QWLA 3H3OB 3VESA 1QQNA 1T44A 1X3NA 5ADXH 3U4LA 5BN9A 2VCPA 3CJBA 3VENA 4GNIA 4H0OA 4FOIA 4FOEA 4B1VA 5AQPA 4BRMA 4EAHD 5E84A 1XUPO 1HPMA 3DAWA 4WQ5A 4BRHA 3LL3A 4FWOA 1QHAA 1BWFO 2A42A 3UKRB 2Q97A 1GLBG 1NGCA 3FR0A 3HZ6A 3MN9A 3D2EA 4PKHA 3RSEB 4K43A 1ZXOA 2P9SA 4CZIA 2IVPA 5BRDA 4XEIA 2GELA 2OANA 5FPMA 4CZKA 3A5OC 1RDWX 3C7NB 3CERA 3LDQA 3MN7A 3L6QA 3ENOA 2V7ZA 1MA9B 2H3GX 1ATNA 1S3XA 4FWRA 2IIRA 2P9PA 4A62A 2E20A 3SLCA 4FWPA 3ZX0A 4K41A 3UE5A 2HOEA 1HUXA 3QBXA 1QZ6A 3QICA 4E1JA 3KZBA 3ZX3A 4FL9A 2E2QA 3WQTA 5AQYA 4BRLA 5JLFA 3QFPA 2P9NA 5BRFA 3FZKA 3MN5A 2P9UA 4A2AA 2Q36A 3GBTA 3U8XA 4FWNA 2NRHA 3VOVA 2E2OA 4BGBA 3O1WA 2W41A 4NO7A 4IXCA 3FZLA 3FFKB 4CI6A 4H5WA 1U2VA 3H46O 4HWIA 2WUSA 2D0OA 2YJFA 5F1XA 2P9IB 2I7PA 3FLCO 4M63C 3LDLA 2E88A 5LJVA 3KVGA 2CGLA 4MO4A 2PBDA 5AQOA 3R6MA 1K8KB 4RWTA 1DEJA 4MLHA 2UYTA 3DXKA 5AZIA 4BG8A 3S41A 4FWMA 1NMDA 3M6GA 1NBWA 3U9ZA 4BQZA 2AP1A 2FSKA 1NGDA 3MN6A 1BG3A 1G99A 5BRHA 3MK6A 3EO3A 3H1QA 5JLHA 1E4FT 2YHXA 3ID8A 4BRFA 1GLAG 3HSCA 3AY9A 2QWQA 4BC5A 2YI1A 4EHUA 4JHDB 3WT0A 1JCGA 3GDQA 3O4WA 4XH1A 5BPNA 5F0XA 5B8HA 4CZGA 4BROA 3GOIA 4BVOA 3O1BA 4DCHA 3WXIA 2PAVA 3MMVA 1BUPA 1YVNA 4JNEA 5EY4A 3JXUA 4QS7A 4JD2A 4PKGA 1JCEA 3WXLA 1WOQA 2GWKA 4CBWA 1KAZA 1NM1A 3LDNA 1SZ2A 2IVOA 2FSJA 1LOTB 5AQQA 3QMLA 5KPRA 1KAXA 3GE1A 2FF3B 4FWKA 4MO5A 3O5BA 3QBWA 1XQSC 1GLJO 4BRAA 3VEVA 4M7YA 4J8FA 2NLXA 3HI0A 4BRNA 4FWQA 1BA0A 2KHOA 2P9LB 3R8EA 3WQUA 4IZ9A 3G25A 5FPDA 4BREA 1Q18A 5AQWA 3IFRA 3CHWA 4LC9B 3O08A 3AARA 1JCFA 2E2NA 3IDHA 3MDQA 4WYBA 4A61A 1C0GA 3DXMB 1D4XA 3D2FA 5KPZA 3ATUA 1NGBA 1TYQA 2HMPA 3QB0A 1EQYA 3A0IX 5AQHA 5AQMA 5CE3A 4CJ7A 2A5XA 3O8MA 1BA1A 4B1YB 3D2EB 1Z05A 3L0QA 1J6ZA 3CETA 5ADXA 5KQ8A 1DKGD 4JN4A 1HJOA 2P9SB 5E26A 1HKGA 4ISGA 3VETA 4EHTA 2YJEA 3HTVA 2FF6A 2QM1A 3D2FB 2Q1NA 4CD3A 4CBXA 3B8AX 3I33A 2E1ZA 3L4IA 5AQUA 5BR9A 5AZJA 2YHYA 3CJCA 1ATRA 4I6MA 3FZMA 3H6EA 3EKUA 4H0YB 4H0TB 1SAZA 2EWSA 3UKUA 5LY3A 5EX5A 3WEEA 4IO8A 4F9OA 1RFQA 4BR0A 5AQTA 4H0XB 3A5LC 3EKSA 5EOYA 2P9KA 2P9PB 4JAXA 1V4TA 1BOTO 1X3MA 3VEOA 3AAQA 4CD1A 1Z6RA 3UB5A 3CJ9A 4FO0A 4CZMA 2ITMA 4CZJA 4Y0WA 4PL8A 2YCHA 5JMVA 5FPNA 1ESVA 2QWNA 5BPLA 3BP8A 5AQSA 3VEZA 2P9NB 4BRDA 2Q31A 3M1FA 1NGEA 5BN8A 4YDUC 2P9UB 5AR0A 5AQJA 1RGIA 1Y64A 4RCHA 4BR4A 2FLOA 2YHWA 4QS9A 1GLFO 1YAGA 4IJNA 3WXJA 4CZFA 2ASPA 4C23A 1U2VB 4B9QA 3EL2A 2Q0RA 1R59O 3BUZB 1MWKA 1GLCG 1WUAA 3O80A 1IG8A 3ZEUA 4XH5A 3JS6A 2F9TA 2CH5A 2ZWHA 1X9JA 2QW9A 5AZIB 3QDKA 3DXKB 4H5NA 1KXPA 3W3DA 3KHYA 5AQXA 2QWMA 3VF6A 5BREA 2A6AA 4EFHA 2QWRA 4B1UB 3QFUA 5AQZA 3WUHA 2QWPA 2J4RA 3ZETA 2W40A 3GG4A 3P4IA 2GTDA 4PKIA 3ATVA 1ZC6A 4L3QA 4KBOA 3ZX2A 4K25A 1C0FA 4DQ8A 2FXUA 5JICA 2QXLA 5TKYA 4B1ZA 4CZLA 2D0PA 3LM9A 2ZGYA 2GEMA 3BF1A 3CJ7A 4BRPA 3O6WA 4HTLA 5ELZA 1NGAA 3BF3A 3A5NC 4FPAA 3CJAA 5AFUH 3UKRA 3IMXA 4BRIA 4XH4A 1NGIA 5EVZA 3RSEA 4JD2B 3ZETB 3J8AA 2IVNA 2F9WA 3LDPA 3MCPA 4BRGA 2VYPA 3SK3A 1GLEG 2GUPA 4NB4A 4YDUA 3SMPA 1IJJA 1HKBA 2V51B 3C7NA 3SJHA 4IWVA 5F2RA 3A8YA 4BR5A 1BO5O 3HBTA 4H03B 4H0PA 1TUYA 2NZTA 3DWLA 1S22A 3CQXA 3I8BA 1P8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SYZA 2O8DA 4KFBA 1HKCA 1RDCA 4B3MK 2A3ZA 2ZF5O 5AQFA 1SL1A 4DV3K 3VGKA 5AQNA 3IAYA 5CZ1A 4BRQA 2BH1A 5AFUA 4CERA 1RBUA 2VG5A 1SQKA 4CF0A 4AH9A 4CF2A 1VSIA 5HROA 1U45A 4M7XA 1TUUA 1NWKA 3C6HA 2DFEA 4WE1A 2W42A 5FDLA 3OYJA 1KFDA 3LZIA 2XY7A 2JLEA 3AVLA 3I8DA 4CEEA 2ASOA 1HNXK 2V52B 4PUOA 5KRSA 3OYEA 2P9IA 3VQEA 4YFUA 3ULDA 3RMAA 2QTDA 4MQ3A 4DLGA 3MXMA 2ZGZA 5BPMA 3W0LA 3UKUB 2G8UA 4NCAA 3N4QA 5I42A 5K14A 4DQQA 4X66K 4FK4A 2O4IA 1NGJA 4WQ5C 3RRHA 4E7KA 3ZSZA 4M3TA 4FJNA 2HHQA 5T7BA 1KAYA 3WXKA 1T6DA 1RTHA 2ITGA 4DU4A 4DTXA 1NJXA 1NGFA 3MEDA 4JHDA 3NVKA 5KPTA 3R9PA 4AM6A 2X78A 4KH5A 3WNEA 3AO1A 5AQGA 1XC3A 4BR2A 4ISFA 4CZHA 3UIQA 4H5VA 4GY2B 1GLDG 5BR8K 3AAPA 1JLGA 2DFHA 4DTRA 1BI4A 2EHGA 4FPBA 1ATSA 1YXQA 3SAFA 1RDUA 3FGUA 3L4QA 3H45C 4JKDA 2NRRA 3IUCA 3BDPA 3ZEUB 3S3NA 4LSNA 1IBMK 2PYLA 3PX6A 1U49A 3ITHA 3CPWM 1QSYA 2D4WA 1CXQA 1BL3A 2D1KA 1OH6A 4ELUA 3FZHA 4DQRA 4H0VB 3VQ4A 4FLUA 2WONA 3ZLJA 1O1WA 4DKWA 1T8EA 4B8CA 1WB9A 1T44A 4B08A 4BE2A 3U4LA 2VCPA 1NNEA 4B1VA 4BRMA 1HPMA 3DAWA 4BRHA 4JRQA 4L8RB 2W6LA 1QHAA 4ILJA 3HZ6A 3MN9A 4Z4GA 1XI1A 1RT3A 4CESA 3RSEB 4K43A 1ZXOA 2P9SA 5BRDA 4DR2K 2GELA 4FLYA 3C7NB 3IS9A 4Q0BA 3E9PA 3VQ5A 4N56A 4CGDA 4NCBA 2UXBK 3KJVA 2RKIA 3TSPA 1S3XA 2IIRA 3PSIA 2O8DB 4CGIA 2QKBA 3CCMN 4KTZA 2HHHK 3Q7BA 2F4VK 3ZX3A 2YV0X 3QFPA 3NBPA 2P9NA 4ZHRA 1NKEA 3NF9A 1Q9YA 2OZMA 4A2AA 3GBTA 3ZCMA 1VQ8N 1O13A 4BDPA 3D45A 4NO7A 3FZLA 3CCLN 4ELTA 4RW9A 1C1CA 3DRRA 1U2VA 4A59A 3RWUA 3H46O 3OYFA 3G4SN 4KB1A 2D0OA 2UU9K 3ZT0A 2P9IB 3FLCO 4M63C 4FJHA 1OVQA 1S1VA 4HUEA 3SUQA 3I0RA 3S3MA 3DXKA 4BG8A 1NMDA 4N41A 3O9RA 4BQZA 1IKVA 3EE9A 3TTCA 3AV9A 3CD6N 4F4KA 4N5SA 5BRHA 1W9HA 3CCUN 4LFBK 1BCMA 3LP0A 4OPJA 3DOKA 4PA1A 3AY9A 2DY4A 3NE6A 3VQ7A 1EWQA 3OS0A 2HMIA 4JI4K 3OYHA 5GAHP 2XHBA 3NH1A 4JHDB 3WT0A 1JCGA 3O4WA 4BROA 4DCHA 4KHNA 2PAVA 4JNEA 3VQCA 3JXUA 2IOCA 2HBMA 4CJSA 1N5YA 1QSLA 3E9OA 1T05A 1SZ2A 3ZSOA 4PHTX 4W5RA 3HOSA 3TTFA 3HXMA 4WF9L 2NUBA 4CEFA 1GLJO 4BRAA 1HJRA 1N34K 1NK9A 2X6NA 3PX0A 1OH5A 4DSFA 1VK0A 3R8EA 3WQUA 3NH2A 4DQSA 4BREA 4UY8O 3AVCA 1JCFA 4IFVA 4WYBA 4JI8K 2A1SA 4CHQA 1D4XA 1TL1A 5KPZA 1TKTA 1NGBA 1J5OA 4DR7K 1RDAA 2WC9A 1S5JA 4U67L 3AVNA 3O9SA 2OTLN 2FBTA 1A5XA 3H08A 5CE3A 3CMAN 4B3RK 3LP2A 4CJ7A 2FBYA 4NYFA 1J54A 3L0QA 3CETA 5KQ8A 1DKGD 1B9FA 2G8IA 2P9SB 4E3SA 3AA4A 4EHTA 4M3XA 3AVAA 5HP1A 4CD3A 1SUQA 3LWLA 3L3VA 4FJLA 4OO1J 2HVHA 1EETA 2HHVA 1JLEA 3CF5L 1V4TA 3ZSYA 2NRWA 3SV3A 1JKHA 1Z6RA 3RMBA 3LDSA 1SKWA 3L3UA 1VSKA 1N33K 4KI4A 4CZJA 4KO0A 2YCHA 4JK8A 1ZBIA 5FPNA 2QWNA 1NK7A 3VEZA 2P9NB 4KHPK 4DWIA 4FJKA 3M1FA 2X6SA 3CC7N 3LALA 4BACA 3THVA 3QIOA 1RGIA 4RCHA 3QETA 1KTQA 4YY3K 4DQPA 4CZFA 1HR0K 4DS4A 4DQIA 3NFAA 2ASPA 4C23A 4OPAA 4FCYA 1U2VB 1KRPA 4E7IA 1NKCA 3BUZB 1R59O 1MWKA 4GV6A 3OBWA 4DTJA 4OKJA 4A57A 3PO4A 4B9UA 3HOTA 1WLJA 1X9JA 3BY5A 3OS2A 3DXKB 5HLFA 1VSMA 4GVMA 3T1AA 1S6PA 4MFBA 4DR5K 1U4BA 5BREA 4EFHA 4NLBA 4B1UB 4Z4FA 3V9SA 1EP4A 3KK3A 3KKRA 4KRFA 3CM6A 4PKIA 2GTDA 1RT5A 3DYAA 3AVGA 4KBOA 3ZX2A 1BISA 4OKKA 1NJIO 1BIZA 5JICA 3O3FA 3TAQA 4ZTJA 4CZLA 1HQUA 1FXXA 4CJKA 1HMVA 3VMFB 3TAEA 4FPAA 5C2FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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