1X9JA

Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
MFRILTINPGSTSTKLSIFEDERMVKMQNFSHSPDELGRFQKILDQLEFREKIARQFVEETGYSLSSFSAFVSRGGLLDPIPGGVYLVDGLMIKTLKSGKNGEHASNLGAIIAHRFSSETGVPAYVVDPVVVDEMEDVARVSGHPNYQRKSIFHALNQKTVAKEVARMMNKRYEEMNLVVAHMGGGISIAAHRKGRVIDVNNALDGDGPFTPERSGTLPLTQLVDLCFSGKFTYEEMKKRIVGNGGLVAYLGTSDAREVVRRIKQGDEWAKRVYRAMAYQIAKWIGKMAAVLKGEVDFIVLTGGLAHEKEFLVPWITKRVSFIAPVLVFPGSNEEKALALSALRVLRGEEKPKNYSEESRRWRERYDSYLDGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Probable butyrate kinase 2
publication title Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes
rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transferase
total genus 120
structure length 373
sequence length 373
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.2.7: Butyrate kinase.
pdb deposition date 2004-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x9jA02
1V4TA 4Z94A 3D2FA 4KBOA 3W3DA 1YVNA 4BR5A 4CI6A 3H46O 3L4IA 5EOYA 3ZX2A 1X3MA 2A6AA 2IVNA 2Q36A 3ENOA 3IUCA 2QWLA 4HTLA 5I9EB 1NGFA 4IZ9A 3KZBA 3FGUA 1NGEA 1RDWX 3EKSA 5AQWA 3TPQA 4FWKA 3A5MC 2P9NA 3QBWA 3SLCA 4CZJA 2P9LB 1CZAN 5BRFA 3D2FB 2ASMA 4K43A 1ZXOA 3ZX0A 2FSNA 2P9PA 3FE1A 3FLCO 3R9PA 4BRKA 4JHDA 5BR9A 3A8YA 4A2BA 2H3GX 3VF4A 2F9WA 4BG8A 1BU6O 2W41A 3DXKA 3O08A 1SQKA 2FF6A 1HPMA 3FZMA 5AQKA 1BOTO 1QQOA 5F2RA 1NGGA 4RTFD 4BRQA 3WT0A 4DHYA 3EZWA 3KVGA 1BUPA 1Q18A 4FOIA 4FPBA 4QS8A 4BC5A 1NGDA 4BRPA 1H1VA 1T6DA 3H45C 2P9NB 3H3NO 5AR0A 3D2EA 1GLJO 4BR4A 2Q2RA 5F0XA 4JN4A 3O80A 3MN9A 4BRFA 3EL2A 2A5XA 3MN5A 2P9PB 3O8MA 1E4FT 2NZTA 4JHDB 5AQPA 5FPNA 2P9SA 1NGJA 3CQYA 3VOVA 1NGAA 5AQNA 2D0OA 1U2VA 2DPNA 3LDOA 1HKBA 3P4IA 4NB4A 3SK3A 3D7EO 3DXKB 3DXMA 2QW9A 3VGKA 2E88A 1C0GA 4RWTA 1NGIA 4M63C 2Q31A 3FZHA 2IVOA 4CZKA 3VPZA 4LC9B 4M7XA 1E4GT 3VESA 3D2EB 1NGBA 1ZBSA 3CI5A 1HKCA 4IJAA 4BVPA 5AFUA 4H0OA 5BN9A 2A40A 5AQIA 2P9SB 5BPLA 3H1VX 1U2VB 3HM8A 4GNIA 1Y64A 2QWPA 3BF3A 3DXMB 4CZIA 4ISGA 4BRIA 5KQDA 1NMDA 3R6MA 4FWRA 2E1ZA 1MDUB 1QHAA 4BRDA 3CJ1A 5AQVA 3MDQA 2UYTA 1X9JA 2CH6A 1GLBG 4K41A 4JD2A 3U9ZA 2FF3B 3ULEA 2D0PA 1HX1A 4RCHA 3VEOA 4HWIA 3EKUA 3O4WA 4AM6A 1WUAA 1R59O 4FWOA 3BUZB 4IJNA 3HZ6A 4I6MA 3LM2A 2CGLA 3LDLA 2ZGZA 3EO3A 4EAHD 5BRHA 3LM9A 5KQ8A 2NRHA 4JNEA 3ATUA 1BO5O 3UB5A 3O5BA 3CHWA 5EY4A 1ATSA 4EIAA 3ATVA 4H5WA 5JMVA 4J8FA 4BR0A 1BDGA 4WQ4A 1TUUA 5AZJA 2QWRA 2QM1A 2KHOA 2ZWHA 4JD2B 1IG8A 2V51B 3ULEB 5EVZA 3CERA 1BA1A 3VEZA 5AQXA 2ZF5O 3IDHA 4MLEA 4BRCA 5AQJA 3WXKA 3RSEB 2P9KA 3M3ZA 3IFRA 1BG3A 2QWOA 5AQQA 4BRHA 2FXUA 4K25A 1K8KA 2GWKA 3SJHA 4CZHA 3M6GA 1YAGA 5JICA 5LY3A 5AZJB 4DCHA 2E2PA 4B1WB 4IO8A 4B1XB 1XQSC 1ESVA 1V4SA 4IWVA 4XH1A 2F9TA 3U4LA 4A2AA 1RFQA 3AARA 3CJAA 3J8AA 4BC4A 4BQLA 3HBTA 2P9KB 2YHYA 2FLOA 4AM7A 3CETA 1G99A 5AQTA 4WQ4C 4BC3A 4BR2A 3HI0A 1DEJA 5LJWA 3BEXA 4FWMA 3OHRA 2QWMA 3QMLA 3HTVA 2AP1A 3LDNA 4BRNA 3H1QA 5ADXH 3UE5A 4XEIA 4B1YB 5BPMA 4B1VA 1JCFA 4BC2A 2OANA 1GLLO 2E1YA 3ZEUA 5AQOA 3R8EA 4CBUA 4EFHA 4YDUA 2YHXA 3VEYA 2V7ZA 5AQLA 4CZLA 2GELA 5FPDA 3GL1A 4BREA 3QFPA 3B8AX 3IMXA 1KXPA 1GLDG 5LJVA 1DGKN 1T44A 2NLXA 3UKUA 4CD3A 3DJCA 2I7PA 4CD1A 5EX5A 3ID8A 1BA0A 4MLHA 5AQUA 2FSJA 3CJCA 4JAXA 3C7NA 4H5NA 3MK6A 2WUSA 2VCPA 3I8BA 5FPEA 4PKHA 1QQMA 4B1ZA 5JLFA 3WXIA 2V52B 3QFUA 3LDPA 3QDKA 3QICA 1T6CA 4QS7A 3HSCA 4CZMA 3GG4A 3WQUA 4BG9A 1KAYA 3H6EA 3U9DA 3VENA 1P8ZA 4QS9A 3A0IX 1QZ5A 2IVPA 1TUYA 3UKUB 4BRGA 4FPAA 3S41A 4B1UB 5F1XA 2V7YA 1QZ6A 3L0QA 3A5OC 3VETA 3BF1A 4CBXA 2GUPA 4BQZA 2YI1A 3CJ7A 3DAWA 1Z6RA 3CQXA 1GLAG 4CBWA 3W0LA 2QWNA 2YJFA 1HJOA 2E2NA 4BRAA 4B9QA 4FWLA 1YXQA 1XC3A 5E84A 4FO0A 5BPNA 4FOEA 1EQYA 4BR9A 4FWSA 1X3NA 2BTFA 3CJ9A 3VEWA 4ISFA 2GEMA 2IIRA 4CJ7A 2BUPA 4M7YA 3LL3A 5AQGA 4I6MB 4DQ8A 4FL9A 1RGIA 3GOIA 2QXLA 4NO7A 5ELZA 4BRLA 5B8HA 1KAZA 1JCEA 1J6ZA 2J4RA 3VF6A 4CZGA 1ATNA 1NLVA 1QQNA 3MN6A 3M1FA 3ZX3A 1TYQA 2GTDA 3A5LC 3WQTA 4F9OA 4O8KA 5AQMA 2ITMA 5KPRA 5ADXA 3GBTA 3WUHA 1GLCG 1D4XA 1Z05A 4BRMA 5AQFA 2EWSA 4PKIA 1YUWA 3A5NC 4MO5A 4BVOA 2Q0RA 4H0TB 1NGHA 2E2QA 5CE3A 2YCHA 4WYBA 2YHWA 5KPZA 5BRDA 3U8XA 3TU5A 2P9UA 5AQZA 2CH5A 4BGBA 2AA4A 1K8KB 5AZIA 3CJBA 3F9MA 4FWNA 4Y0WA 4GY2B 2GWJA 3VEXA 1TYQB 5JLHA 4L3QA 1WOQA 1NGCA 2FSKA 5TKYA 3SMPA 2E8AA 2A3ZA 4MO4A 3ZETA 2ASPA 1S22A 4WQ5A 4H0PA 4PL7A 1BWFO 4CZEA 3FR0A 1KAXA 2E20A 4XH4A 3FZFA 5FPMA 5AQHA 1ATRA 5AQYA 1NBWA 3JS6A 4H5RA 4BGAA 4BROA 3BP8A 2P9UB 1GLEG 5AZIB 3GDQA 1SZ2A 1U6ZA 5AQRA 5BREA 3AAPA 1HUXA 4PKGA 1NM1A 3LDQA 2D1KA 1ZC6A 4O5FA 2VWBA 3O1BA 4H0VB 3EN9A 2I7NA 3ENHA 4E1JA 4H03B 3ZETB 2PAVA 5KPTA 1MWKA 2PBDA 3MMVA 4H0XB 1XUPO 3H3OB 3VF2A 4PL8A 4K42A 3KHYA 2VYPA 3ZEUB 1MA9B 3FFKB 4FSVA 5AQSA 1SAZA 1OKJA 2QWQA 5E26A 2Q1NA 4FWPA 4H5VA 1LCUA 1LOTB 4WQ5C 3UKRA 2CGJA 3WEEA 2HOEA 2E2OA 1HLUA 2CGKA 2P9IA 3O6WA 4YDUC 3SMSA 2D4WA 3C7NB 1IJJA 1HKGA 4ISEA 2ZGYA 3VGLA 4BR7A 2Q0UA 4DB3A 1DKGD 3WXJA 3CIPA 4IXCA 3FZKA 2HMPA 4EHTA 2A41A 3AY9A 3DWLA 5BN8A 1GLFO 4XH5A 3FZLA 1JCGA 4H0YB 4A62A 5AFUH 3UKRB 2ASOA 2Q97A 3L6QA 2W40A 3RSEA 3WXLA 3WEEB 2YJEA 3AAQA 3VGMA 1NWKA 4FWQA 5EXWA 3G25A 1S3XA 1MWMA 3JXUA 3I33A 4A61A 4H5TA 2HF3A 3O1WA 2A42A 4EHUA 3VEVA 3C0BA 3MN7A 2P9IB 4CZFA 3MCPA 3GE1A 2HF4A 1C0FA 2P9LA 3QB0A 3VERA 4C23A 3QBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R5PA 4DFMA 4Z94A 4N47A 4DLGA 4JK7A 3H46O 3L4IA 5EOYA 3V9ZA 4FJHA 2IVNA 5IWAK 2QA4N 1NJXA 4KTZA 1BIZA 5A2QO 4DFKA 1EKEA 4IG3A 5GIPA 1NGEA 5LMUK 3L2VA 3RWUA 5M1FA 3PSIA 3QBWA 3P5JA 4CZJA 3T1HK 1WB9A 5FRMA 2ASMA 4K43A 3ZX0A 4BRKA 1C0UA 3AA2A 5CYQA 1WSJA 2H3GX 3DXKA 4CEQA 3O08A 3QERA 1SQKA 2FF6A 1BOTO 1QQOA 1X9WA 4E89A 1JL2A 2UUBK 1IH7A 4OKJA 5M1PA 3WT0A 1VQ5N 3DMJA 1W7AA 4FOIA 4QS8A 4CF1A 3H45C 1K73O 4BR4A 5F0XA 4W5RA 3HP6A 1DTQA 3AGKA 1HJRA 2G8HA 3U3YA 3NDKA 4YOYA 2P9SA 1NGJA 2DPNA 4NB4A 5M1OA 1L3TA 3D7EO 4HUGA 1GOCA 4F3TA 3DXMA 2QW9A 4E7IA 4RW4A 3LZJA 1C0GA 2KKZA 2Q31A 3FZHA 5EU7A 4CZKA 3HOSA 1E4GT 2UXDK 1NGBA 1HKCA 4IJAA 3AVFA 4KI4A 4OPHA 3BZCA 4JKCA 2O4IA 4CHYA 3T69A 4M3WA 4KHQA 3SUQA 3VQQA 1TKDA 1I39A 1U2VB 4LH5A 4GNIA 4ISGA 4FWRA 1QHAA 1NJZA 3LALA 2NRZA 2HNDA 1WN7A 5FRNA 4K41A 4JD2A 3OS2A 5SZTA 2XO7A 3O9QA 5C12A 3NE6A 3VEOA 4HWIA 4V19S 4KO0A 3HVTA 3O4NA 3HZ6A 4I6MA 3F73A 1FW6A 4KHNA 2F4VK 3NF9A 3G0ZA 2NRHA 4ELTA 1IKVA 4LY7A 5HRRA 3ATUA 2VQFK 2KLAA 3UB5A 1VSDA 3O5BA 3RMAA 2Z1JA 3AV9A 4KHYA 1ATSA 3K5NA 4AHCA 1WAFA 4Q0BA 1IG8A 3DLLL 1QSLA 2LSNA 4PY5A 3V9SA 3ULDA 4CEDA 2ZF5O 3ZSRA 4CF0A 4YOXA 4GKKK 3OY9A 5T7BA 2AJQA 4CGJA 2KFZA 5GINA 2UXCK 3IFRA 1QTMA 4KB0A 2QWOA 1TK5A 2GWKA 4JYAK 3MAQA 3SQ1A 4LF8K 5JICA 5AZJB 4DCHA 1RT4A 4IO8A 3VA3A 5CYMA 4NCBA 3OYIA 1TK0A 1BI4A 3U4LA 4J2EA 1RFQA 3AARA 3PX0A 2QEXN 1YTUA 2EX3A 3CM6A 1ZBFA 4AM7A 3O3FA 3S9HA 5JVHL 2YNHA 1B9FA 3CYMA 5LJWA 2DFHA 1HNVA 3WNEA 3D45A 1TKTA 3VN5A 1LW0A 1S1UA 4B1VA 1RDCA 1EWRA 2E1YA 4O0IA 4K8ZA 5AQOA 3R8EA 1RT7A 4CESA 2GELA 3GL1A 4DFPA 4DSEA 1VQ4N 2BANA 4AHSA 1VQ7N 1DTTA 4CEBA 3NCIA 3LWMA 1KLMA 1T44A 4RG8A 3THYB 3DJCA 5GAEP 3NGIA 4FYDA 2ITGA 1N8RO 3DLHA 1N32K 4ZHRA 1W97L 2ZJRL 4OPAA 1NKEA 3I8BA 1SKRA 3PO4A 3QO9A 3QFUA 3LDPA 3QDKA 3QICA 4QS7A 3NVMA 1Q8IA 3GG4A 4B3SK 3ZSYA 4ZTJA 4DSJA 5J2PA 2IVPA 4LSLA 1TUYA 4FPAA 5M1QA 2V7YA 3L0QA 3A5OC 1LV5A 2GUPA 2YI1A 4A59A 3DAWA 1U04A 5DM6L 4PA1A 1XMOK 3G71N 4OKEA 3W0LA 2QWNA 2YJFA 1HJOA 4GVMA 3E9LA 1HYSA 2NRWA 4BRAA 4FWLA 4FO0A 1EQYA 4BR9A 1U4BA 3CFPA 1X3NA 3CJ9A 3CCVN 2WOMA 1QSYA 2ZE2A 2VG5A 5MLCQ 3MECA 2IIRA 1N33K 3SQ4A 4DQ8A 3J7ZO 2JWKA 3TAFA 1C0MA 4NO7A 1J54A 3SNNA 3CPEA 4BRLA 1C0TA 1J6ZA 1ATNA 3JAMO 3AVCA 3K59A 3MN6A 2A1RA 2HBKA 4EZ9A 3IRXA 3ZX3A 1TYQA 3A5LC 4F9OA 5AQMA 3PX4A 1T7PA 5ADXA 3GBTA 4FJ5A 5AQFA 3ZLJA 3R3LA 3EE9A 2BH1A 3SPYA 2EWSA 4FJGA 3I0SA 4GV6A 1TGOA 1YUWA 1X9MA 4MO5A 2Q0RA 1N6QA 1VQ8N 2YNIA 1JLFA 1RT1A 5KPZA 1WSIA 5BRDA 4IFYA 2CH5A 4BGBA 1K8KB 4FLWA 5AZIA 2GV9A 1SL0A 3N4PA 4YNQA 4FWNA 2HNZA 3OYHA 3Q7BA 4GV9A 3C6HA 1VSJA 1X1PA 4DTRA 3I56N 5TKYA 4JI1K 3SMPA 4YOVA 3VA0A 2A3ZA 3ZETA 4H0PA 1W9HA 4PL7A 1BWFO 3V9UA 5KRTA 4CZEA 3FR0A 4HTUA 2E20A 4DF8A 1IKXA 1WBDA 4CEZA 1ATRA 4NXMK 2O8BA 2HHXA 1BQMA 2GX9A 3BDPA 2WFBA 4B8AB 4QOZB 1U6ZA 4OVLA 4PKGA 1ZC6A 1NOYA 4O5FA 4H0VB 3EN9A 5JVGL 2I7NA 4DMNA 4E1JA 4H03B 1JXEA 2PAVA 4DSIA 1KVBA 3WNFA 3VF2A 3JSMA 5KRSA 3KHYA 2HBLA 4Z4EA 3K9JA 4IOAL 1HR0K 4CFCA 3QIPA 4FWPA 3DLEA 4FVUA 4B9MA 5CZ1A 1SV5A 3KK2A 2HOEA 1C1AA 3E01A 3EYZA 3SV4A 3V1QA 5GADP 2E2OA 4B9TA 3SMSA 3EY1A 2YHAA 2BE2A 3KWGA 3O9RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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