3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Chlorobaculum tepidum
publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
4TSXA 4HUGA 4DSJA 1HPZA 4MFBA 3SPZA 4KHQA 5C24A 4R5PA 4LSNA 2G8FA 1KVBA 2F8SA 4DMNA 4JRQA 4ZTFA 4M41A 4AHVA 4GVMA 3WNGA 3V4IA 3NF6A 2XY7A 4NYNA 4I2PA 4E7IA 3QEPA 4OGEA 4ID1A 5CZ1A 4DQQA 2VG5A 4CF2A 2DFFA 3HP9A 1W0HA 3DMJA 4DTSA 3QLHA 2KFNA 4DTUA 3AVFA 4B9UA 3RMCA 3LP2A 1L3VA 1KTQA 2YKNA 3NCIA 3AVHA 4B9MA 3MXMA 5D3GA 3L2QA 3IS9A 3JSMA 1Y97A 4M45A 3AO5A 3EY1A 4DLEA 3QETA 1QS4A 3BGRA 3VQBA 4DTXA 1BISA 3OJUA 3RRGA 3MAQA 4O44A 5HRSA 2XHBA 2IAJA 1S5JA 2ZD1A 3TWHA 3VQ6A 4I9LA 4FLYA 4OGCA 3ZSOA 2KTQA 2OZMA 5JS1A 3ZSRA 2GUIA 3HM9A 1WAFA 3NBPA 4CJFA 2A1RA 3CM6A 3LWLA 2G8VA 3ZSQA 1TKTA 3CFPA 4AHUA 1J5OA 4CJKA 5HROA 4OLBA 3BDPA 3QINA 3TARA 4FJIA 1W9HA 3TI0A 1SL0A 4FJGA 2YKMA 2HW3A 4CHQA 4FM0A 4J2DA 1HJRA 3QERA 3LP0A 1SL1A 4FJNA 4OLAA 4DSFA 5E41A 4GMJB 4FLZA 4E19A 2Z1GA 4CEDA 3NH0A 3MEEA 1TKZA 1Q9YA 1RTDA 3WNFA 1O1WA 1RBVA 2W42A 4CF0A 2OYQA 3SCXA 1JL2A 2D5RA 5SZTA 1C0MA 4CJUA 4FJ7A 1ZBUA 3L2UA 3RTVA 2GBZA 3IRXA 3DRSA 2DFEA 3L2RA 4FXDA 3KLFA 2YV0X 2G8UA 4EZ6A 4FK4A 4CJEA 4E7HA 4CJRA 5J2NA 4MQ3A 4CIGA 1LW2A 4QAGA 4C8OA 4KB0A 2D0AA 2BANA 2OA8A 3AA2A 4IFVA 2Z1IA 5J2PA 3OYBA 1HNIA 1TK5A 1D9FA 3KLGA 2WONA 3EYZA 1RTHA 3DRRA 1SKSA 4KRFA 3ZT0A 4OJRA 4YFUA 1R0AA 4DLGA 2FBVA 4DWIA 2B6AA 3AVKA 4M3YA 1KFSA 2G8IA 3VQCA 2XO7A 4KHUA 3VQDA 3G0ZA 1BIZA 4C8LA 4DSEA 4FZZA 1Q9XA 3AV9A 3B6OA 3SUNA 3RMDA 2ZQBA 2QXFA 3PO4A 3O4NA 3LP1A 4I7FA 3I0SA 3OYLA 5HP1A 1XHXA 4CHYA 3S3OA 2KQ2A 3VQ7A 4XIUA 4O4GA 3S9HA 3RR8A 4KB1A 2RF2A 1ITGA 3NGIA 3TABA 1HYSA 1C1AA 4AHTA 3V81A 4CJVA 2OZSA 3HPOA 1NOYA 2O4GA 1RCHA 2PYJA 1L3SA 4FZXC 4M3UA 2BGGA 4CJWA 2G8WA 1C6VA 3TR8A 3C6TA 3KTQA 3OYHA 2HVHA 4I9QA 3QEIA 3L2VA 1RNHA 3HL8A 4BE0A 1RDBA 4FLVA 1UA1A 4DSLA 4N76A 3AVMA 2P5GA 2OPPA 3WNHA 4LY7A 5SWMA 3SZ2A 4M42A 3RR7A 1C1BA 1DTTA 1TGOA 4CESA 1RT7A 4DS5A 4B9LA 4KTQA 1K6YA 5KRSA 1RBRA 1VSJA 4DTNA 4DFPA 5HRRA 3U3YA 1RDDA 2X6SA 4DU1A 3SUOA 3QIPA 1RT3A 4FM2A 4J2EA 2D0CA 1KSPA 4KHSA 5FROA 1ASVA 2P1JA 1EKEA 4O55A 3QESA 3L2WA 2F96A 4DTMA 2YNHA 4ELVA 1L3TA 3KJVA 1MU2A 4IDKA 4CK2A 3KLEA 3G10A 3HT3A 1T05A 3DI6A 3TAMA 4CFDA 2Y1JA 4CHNA 4RW8A 1UOCA 1NJXA 3DOKA 4OPKA 1ZBHA 4FYDA 4W5OA 1NK7A 1KFDA 4Z4EA 1TAUA 1GOAA 4E1MA 4DF8A 4CIFA 3K58A 4BE1A 1QHTA 5J1EA 3OY9A 5CYMA 4JS4A 4PUOA 4O0JA 1KLNA 5EU7A 3D0PA 3HXMA 3TAQA 1TKDA 1S6PA 1D8YA 3DM2A 4KKOA 1QE1A 3QEWA 3KIOA 3L3UA 4HTUA 3O4QA 1JXEA 3LAMA 4KTZA 1JL1A 4JLHA 4LD0A 4B08A 4W5QA 3OYNA 1I3AA 3DLGA 3OYEA 4E3SA 4DTPA 1NKEA 3VQAA 3TAGA 1S1WA 3O3FA 1U45A 2DFHA 3AVNA 4M3TA 5C25A 1TVRA 4HHTA 3RMBA 3ZT3A 3VQ9A 3VA3A 1JLEA 1RT4A 3QNNA 1J54A 3OVNA 4FW1A 1HYVA 4CK1A 4IG3A 1JLCA 3QEVA 2HNYA 4C8MA 1NJWA 2HVIA 2Z1JA 5C42A 1ZBFA 3SJJA 4FJXA 3M8RA 3KD5E 3KK2A 1YT3A 3NH1A 4CJ3A 4N56A 3AO4A 4DFMA 3OYCA 3K57A 4DTOA 3DLRA 1BIUA 4OVLA 5KI6A 3O3HA 4E7LA 1U47A 2X6NA 4FJJA 3NGYA 2RKIA 1XHZA 1FXXA 3AVCA 3HYFA 3KKSA 4IKFA 1QQCA 1VSFA 4CFAA 3M8QA 4B9TA 4PQUA 2KW4A 2YNGA 3LZJA 3V9UA 1KLMA 1LWFA 4HCBA 1JLBA 4BE2A 5KGXA 4J2AA 3OYKA 3TAPA 3KD1E 4KHWA 1TK0A 1KVAA 1C1CA 3TAFA 3B6PA 3OS2A 4FJHA 3THVA 2F8TA 1HNVA 3HVTA 3SNNA 2HHQA 4OKEA 2HHWA 4E1NA 4Y1DA 4CEEA 4Z4HA 4CGJA 4RW4A 1U4BA 3ZCMA 1QSSA 4DS4A 3MXIA 1JXBA 4BDPA 5FDLA 3P83D 2GV9A 4CGFA 3HK2A 2X78A 4Z4IA 3LANA 3SQ1A 2XY6A 3MECA 3I0RA 4EP5A 3RWUA 1SKRA 1ZYQA 1B9FA 3JYTA 1NK6A 5HLFA 1EP4A 1LW0A 5HRPA 3PO5A 3V6DA 4DQPA 2HHUA 4CF8A 3QO9A 3NAEA 3HSTB 3HO1A 2VWJA 3SV3A 1XC9A 2YHAA 3OYMA 2WOMA 1N5YA 3OYJA 3V9WA 1BCOA 1NKCA 4QCLA 1DTQA 3LZIA 4AHSA 3AO1A 1JLQA 4Z0UA 4N47A 2VG7A 4M3WA 1BL3A 4CGDA 3MXJA 4CF9A 3TAEA 1C0TA 2B4JA 1JKHA 1NOZA 3C95A 4CJSA 1IG9A 4ELTA 4PY5A 2HHVA 4OPJA 2VWKA 1WSJA 4CGIA 3DYAA 3QEXA 4FJ9A 3T3FA 2PY5A 1TL1A 3OJSA 4ICLA 4Q5VA 3NGZA 3K5LA 3VN5A 3P5JA 4B8CA 2JLEA 4F3TA 2HHTA 1TL3A 2HNZA 3K2PA 3T1AA 2E6LA 4CEQA 5K14A 4JS5A 3UIQA 1X9SA 3LP3A 4FVMA 4KREA 1VSLA 5KRTA 3DOLA 1T03A 4DFKA 3IAYA 3ALYA 3AA3A 1NK5A 1VK0A 4JRPA 1S1VA 3LAKA 4BWJA 1U49A 4DQSA 2HHXA 1WSIA 4KPYA 4AILC 4OKJA 4ZHRA 1RT1A 5J2QA 3ULDA 1T7PA 1DLOA 1CLQA 1VSEA 1QTMA 4CIEA 4FJ5A 5KGWA 2HB5A 1GOCA 3I8DA 3V9SA 4CEZA 2FC0A 1UA0A 4DTJA 1BGXT 4Z4CA 3SYZA 4FK0A 2ITGA 2ZE2A 3CQ8A 3ZT1A 3CM5A 1LWEA 2QKKA 3NFAA 2ATQA 2YNIA 3E01A 3ZSXA 2FBXA 4KO0A 1QSLA 1LV5A 1WAJA 1TAQA 3OS0A 1C0UA 4FW2A 2R7YA 4NCAA 2LSNA 3ZT4A 3HPGA 3LALA 1JLGA 4BDZA 4FJMA 1TKXA 4L8RB 2DTUA 3PUFA 4K8ZA 4E7JA 3VQ4A 1TV6A 1NJYA 1NK0A 3ITHA 4HUEA 1WSGA 5CYQA 3DLBA 3ISNC 3AA4A 3CG7A 3OYGA 5DMRA 2BE2A 4N5SA 3EZ5A 4PA1A 3A2FA 2G8KA 2OPQA 2E4LA 3HPHA 1YTUA 4B3OA 3KLIA 1BCMA 1IKYA 1L5UA 3IG1A 1IKVA 4Q0BA 2HMIA 1BQNA 1RT5A 3ASMA 4CJPA 2JGUA 3SUQA 2Z1HA 2I5JA 1NJZA 2BDPA 4PWDA 3QIOA 1IO2A 1WSFA 1Q8IA 2RPIA 3ZSVA 3KLHA 4QOZB 1S1TA 2Q3SA 5HBMA 2FBYA 4CJTA 3LPUA 3K59A 1FK9A 2IC3A 1T8EA 1B92A 4H4MA 3VQQA 2HHSA 3NDKA 1SV5A 3HVRA 3H08A 3WNEA 4IBNA 3PX0A 4AHRA 1N6QA 4FJ8A 4FK2A 4KAZA 1A5WA 3SQ2A 4FLXA 4F4KA 1A5VA 3PX6A 5CY4A 4DFJA 4NCBA 4OKKA 3SQ4A 1CZ9A 3OYDA 4W5RA 5DK5A 1KCFA 3KK3A 2Y1IA 1GOBA 3K5OA 4H4OA 3RRHA 1NK9A 1UAXA 4RG8A 4Z4GA 1RILA 1QSYA 3MEGA 4G1QA 4FLUA 4NCGA 4DTRA 4DSKA 1Z25A 1VSKA 1WN7A 2YNFA 3CFOA 4M3RA 4CGGA 3NE6A 1XI1A 2PYLA 4FJKA 1SKWA 1KRPA 4M3XA 3VQEA 4F8RA 3DRPA 2IGIA 1RTJA 4CJ4A 3PV8A 1KVCA 2B5JA 3D45A 4RW6A 4BACA 3U6FA 1J9AA 3L3VA 3VQ8A 1YVUA 2XY5A 2ETJA 4FZYA 1ZBIA 3ZT2A 4CJLA 3SI6A 3PY8A 4DSIA 2AJQA 1J53A 2P51A 4WE1A 4FCYA 1HMVA 3K5NA 3F73A 1RTIA 4I2QA 3V1RA 4DU4A 4KV8A 3RMAA 2D0BA 1IKXA 3KKRA 2PZSA 3NF9A 2OPRA 3ZSZA 4CECA 1REVA 4GW6A 3M8SA 4AH9A 4KI6A 1IH7A 1WNSA 1D9DA 4KFBA 1L3UA 1LAVA 2IS3A 2QKBA 4FLWA 2EX3A 3SV4A 2IOCA 1BQMA 4RW9A 2G8HA 4B9SA 1BI4A 3NHGA 2RN2A 1ZBLA 1I39A 4K8XA 1A5XA 4KTWA 2KZZA 1EXQA 3AO2A 1RT6A 3CYMA 3VQ5A 4F2SA 3K5MA 4FJLA 4AHCA 1VSDA 1VSHA 5CZ2A 3V1QA 3SUPA 1G15A 4Y1CA 4N41A 1ASWA 2HNDA 1NK4A 5J2MA 3AO3A 4E89A 1VSIA 4CEBA 4CF1A 5HRNA 3DLHA 1RT2A 2EHGA 4KI4A 4DQIA 4ID5A 3L8BA 1YTAA 4J2BA 4F2RA 3QNOA 4ZTJA 1EX4A 2YHBA 1U04A 1WSEA 3F9KA 4CERA 3OYIA 3KK1A 3OYFA 3NF8A 1XWLA 1RDAA 1WSHA 4BDYA 4E0DA 2P5OA 2KFZA 3AVAA 3NF7A 4CGHA 3LPTA 1WLJA 1UWBA 4M3ZA 4FM1A 4HUFA 1FKOA 4BWMA 3LWMA 1S1XA 4F3OA 5FRMA 3AVLA 4W5NA 1CZBA 1VRTA 1CXQA 3DLKA 3ZSYA 4CFCA 2KZMA 4DG1A 1JLAA 3S3MA 1BI4B 4CJQA 1BHLA 2NUBA 2XY8A 4B8AB 1EETA 2QK9A 4NYFA 1X9WA 3O3GA 4KHYA 1VSMA 1HRHA 1Z26A 4RW7A 5T7BA 4C8KA 3HJFA 1SUQA 4E7KA 3AVJA 4CFBA 1FKPA 1JLFA 4CHZA 3CFRA 3M8PA 3ZSWA 3C6UA 3AA5X 3OS1A 2FBTA 3TANA 2VG6A 4IFYA 5I3UA 1HQEA 3AVGA 4C8NA 1U48A 1LWCA 1RBTA 1RDCA 2IDOA 3T19A 4B9NA 3AVBA 5KTQA 1F21A 1S9GA 4CE9A 2O4IA 4EP4A 3NH2A 1X1PA 4UQGA 5FRNA 1S1UA 4ELUA 5JS2A 1RBUA 1X9MA 3S3NA 1VRUA 3VQPA 4FLTA 1S9EA 1HYZA 3P1GA 5I42A 4LSLA 4CEAA 1SL2A 4CCHA 4DU3A 3V1OA 2XRIA 1ASUA 4H8KA 4Z4FA 1NKBA 4DF4A 4HCCA 3HP6A 2DY4A 3DLEA 3SQ0A 4CHOA 3PX4A 2OPSA 4CJ5A 1S6QA 4YNQA 1IKWA 1NK8A 4HVJA 1D5AA 3MEDA 3U3GA 3VA0A 4DQRA 2A1SA 1B9DA 4B9VA 3OYAA 4CEOA 1LAWA 1TK8A 3V9ZA 3FFIA 3V9XA 2X74A 4CEFA 4LH4A 4CK3A 4LH5A 4O5BA 4W5TA 3LDSA 3SPYA 4EZ9A 4KHNA 1HQUA 1CXUA 4CHPA 1RBSA 3AVIA 4IG0A 2E6MA 3C94A 4O0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSJA 3SPZA 3JXUA 1HNWK 2F8SA 3L0QA 4AHVA 3V4IA 2XY7A 3K9KA 4NYNA 4ID1A 1NU0A 3HP9A 3G6EN 3BF1A 3AVFA 3LP2A 1L3VA 1QZ6A 4AM7A 1KTQA 2YKNA 2ZGYA 4A59A 3NCIA 4B9MA 3L2QA 1QQNA 3MDQA 5JVHL 4M45A 1QS4A 1BISA 3OJUA 3MAQA 2IAJA 2WFBA 4YY3K 2ZJQL 1NG9A 2O8EB 3ZSOA 3ULEB 3ZSRA 3HM9A 1WAFA 3LWLA 1RDUA 3ZSQA 4BR4A 1TKTA 1U6ZA 2QWNA 1NGHA 1C0FA 4J8FA 3TARA 1SL0A 3IFRA 2O8FB 2YKMA 4J2DA 5DM6L 2NRTA 5E41A 2NZTA 1RTDA 4H5NA 1S72N 3WNFA 1RBVA 4BRHA 2W42A 1OH5A 4LF6K 3L2UA 1IBLK 3IRXA 4BRPA 3KLFA 5J2NA 4C8OA 4KB0A 4KH6A 3AA2A 1M1KO 4IFVA 3BF3A 4WFNL 3KLGA 3VPZA 1RTHA 3DRRA 3G25A 1N34K 4KRFA 3U8XA 4JI4K 3TTCA 4FPBA 3WEEA 4DWIA 2B6AA 4C8LA 2ZQBA 3M6GA 3PO4A 3O4NA 3LP1A 1SZ2A 1XHXA 4CHYA 2KQ2A 3VQ7A 3S9HA 1VQ9N 1ITGA 2VCPA 4IOXA 4JEPA 1NWKA 3V81A 4JAXA 4FWPA 1OH8A 3HPOA 2PYJA 2G8WA 3OYHA 4LF7K 4I9QA 3L2VA 1P90A 2YHXA 4N76A 4DV7K 2P5GA 5SWMA 3GE1A 4M42A 5ADXA 3THWA 5KPZA 4CESA 3MK6A 4B9LA 1K6YA 3ENHA 1VSJA 4DTNA 5BN8A 2Q36A 5JMVA 3U3YA 2I7PA 4IOAL 3SUOA 3QIPA 1RT3A 2ZGZA 4FM2A 5F0XA 1OH7A 2D0CA 3I56N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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