4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
3QB0A 3LL3A 2GUPA 4BRLA 5FPMA 1RGIA 4WQ4A 2P9KB 4CJ7A 3FE1A 5EY4A 1BDGA 3H3OB 2QM1A 3BP8A 3H6EA 4IWVA 3O8MA 4BR9A 3GDQA 4K42A 4FPAA 1MWMA 4BG8A 3B8AX 3C7NA 3SK3A 4CZJA 4JNEA 1P8ZA 2QWPA 3FZMA 4BR2A 3WQTA 4DCHA 3CIPA 1YAGA 3FLCO 5AR0A 2Q1NA 4BRDA 5BN9A 1OKJA 1X9JA 3EKSA 1YVNA 2IVOA 1QQNA 3M3ZA 1TYQA 4B9QA 3SMPA 3CJ9A 4Z94A 1DKGD 1Z05A 3CI5A 1C0GA 1ZC6A 3RSEB 4BR7A 1NGIA 3FZKA 2P9SA 3CETA 4XEIA 2QWNA 3DXMB 3VGLA 1X3NA 4CZLA 5AQJA 3LDQA 4EAHD 4F9OA 5BPNA 3WT0A 4FWPA 5AQXA 5CE3A 1MDUB 5FPEA 2VYPA 4FPBA 2QWLA 4BRPA 4BR5A 4JN4A 3HI0A 4IXCA 5AZJB 2Q0RA 3AARA 3KHYA 1E4GT 4QS8A 4CD1A 3AAQA 3LDPA 2F9TA 4XH4A 3HZ6A 2FSKA 4FWMA 4Y0WA 1NGAA 1E4FT 4BVOA 1IG8A 2FF3B 4L3QA 3I33A 3WQUA 4FWQA 1GLLO 2P9UA 2FLOA 4B1ZA 1LCUA 3WXIA 1KAZA 1HKBA 3RSEA 4FWLA 3H46O 5AZIB 5ADXH 3DAWA 4BRNA 3GE1A 3VERA 3VF4A 2QXLA 5AQKA 1GLBG 1NGBA 4H0OA 4RCHA 3HSCA 3DWLA 5E84A 3D2FB 5FPNA 1JCGA 3U9ZA 2QWMA 3MDQA 1ATRA 5LJWA 4AM6A 2D1KA 3WEEA 2PAVA 2HF4A 1HKGA 2NRHA 2KHOA 3MK6A 1GLJO 3MN5A 2P9NA 1QZ6A 2Q97A 4FL9A 1BOTO 3EN9A 1BA1A 3AAPA 1H1VA 4K43A 3H1QA 3VEYA 2QWRA 3CJ7A 2CGJA 3C7NB 3EL2A 2A6AA 3LDNA 1J6ZA 3VGKA 2D4WA 3MN9A 5AQOA 4FOEA 4M7XA 4H0TB 2W40A 2Q36A 5F2RA 3VENA 2HOEA 4A2AA 4B1VA 5BPMA 4A2BA 4CBXA 4NB4A 3WUHA 2GWJA 5AQPA 5AQMA 4BRIA 2D0PA 2FF6A 2PBDA 3IDHA 3R8EA 4A62A 3QFPA 3IMXA 5ADXA 1JCFA 2IVNA 3O1WA 3QFUA 2QW9A 3DJCA 3O80A 2P9SB 3QBWA 5AQVA 3ID8A 3QICA 5AQIA 1SZ2A 3FR0A 3EKUA 3G25A 2IVPA 3H1VX 3VPZA 5EVZA 2E2OA 4NO7A 3UKRA 2V7ZA 3D2EA 1HX1A 2YJFA 2QWOA 1GLEG 1TUYA 3CJ1A 3UE5A 3D7EO 2YHWA 3VF2A 2H3GX 1HKCA 3VEZA 3O1BA 2ZWHA 2ZGYA 4FWKA 4BRAA 5JMVA 1T6DA 3BUZB 4CBUA 3CQXA 1TUUA 4H5VA 4H5TA 5AQRA 1HUXA 1D4XA 2E2QA 3UB5A 1SAZA 1G99A 4BVPA 4FWSA 2DPNA 3TPQA 4E1JA 2YI1A 4JD2A 4MO5A 4BGBA 3R6MA 1CZAN 2V51B 2A40A 4CZKA 2P9UB 3LM2A 4HTLA 5AQHA 4H5WA 5FPDA 3H3NO 2VCPA 4O8KA 4JHDA 2E2PA 4H0PA 1ESVA 5AFUH 2P9PB 2CGKA 3I8BA 3VESA 4EIAA 3L0QA 4JAXA 2BTFA 3A5NC 4ISFA 5JLHA 1C0FA 3LM9A 4FWNA 1HPMA 3WEEB 3CHWA 2E88A 5BPLA 4M63C 2P9NB 3GL1A 4PL8A 3JS6A 2E8AA 4ISGA 4BRKA 1BWFO 3ATVA 4PKIA 5AQZA 2P9LA 1T6CA 3VEXA 2GEMA 4HWIA 5AQNA 2IIRA 3ULEA 2Q2RA 1JCEA 1S3XA 4IZ9A 5EX5A 3L4IA 3FZHA 3BF1A 5AQWA 2A42A 3VEWA 4BC4A 4ISEA 2Q0UA 1ATNA 3O08A 2E20A 5LY3A 4BR4A 1WUAA 3UKUA 3JXUA 5B8HA 2I7PA 3UKRB 1DEJA 3ZX0A 4LC9B 4BRHA 2P9PA 4DB3A 4CZGA 5AQQA 1BU6O 4CI6A 5AFUA 4AM7A 5AQLA 4BRGA 4BRMA 4XH5A 3A5OC 2J4RA 2A3ZA 1XC3A 4MLEA 3DXKA 3OHRA 3SJHA 3D2EB 1SQKA 2CGLA 2GWKA 2HF3A 4IO8A 1NGJA 1ZBSA 4BG9A 1NGDA 1ATSA 4M7YA 2CH5A 2ZGZA 1U2VA 1V4SA 3C0BA 5KQDA 1ZXOA 3F9MA 4WYBA 4YDUC 3CERA 3J8AA 3ZETA 3VEVA 4A61A 4CZHA 3P4IA 1BA0A 4FWRA 5JICA 4CZMA 1K8KA 4FO0A 4JD2B 3U9DA 3GG4A 4BRFA 1NBWA 4FWOA 3A5LC 4CBWA 5LJVA 3WXJA 2VWBA 5AQFA 1GLDG 3W0LA 1QQOA 1U6ZA 4FOIA 4JHDB 4BROA 2HMPA 1KAYA 1RDWX 3BF3A 2Q31A 2E1YA 4RTFD 4H0YB 1NWKA 2YJEA 4H0XB 3WXLA 4MLHA 3KZBA 4DHYA 4WQ5C 3TU5A 3O4WA 1BG3A 2AA4A 1WOQA 2P9IA 4KBOA 3KVGA 3MN6A 5BRFA 2OANA 2W41A 3SMSA 4EHTA 2ZF5O 1Y64A 2D0OA 4WQ4C 3EO3A 4XH1A 4DQ8A 2P9LB 4K41A 5E26A 3MCPA 4QS7A 3ULEB 3W3DA 1MA9B 1KXPA 4BQLA 3VETA 3ENOA 5BR9A 1HJOA 3M1FA 4CZEA 4CZFA 3ZX2A 5BREA 3CJBA 1GLCG 1RFQA 3QMLA 5AQUA 5TKYA 3HM8A 2QWQA 3UKUB 3GBTA 3MN7A 3M6GA 3O6WA 3LDLA 2FSNA 2AP1A 4GY2B 3VF6A 1GLAG 5JLFA 2GTDA 3LDOA 1XUPO 5BRHA 4I6MB 2ASOA 3U4LA 5BN8A 2I7NA 3DXKB 2FSJA 1GLFO 5EXWA 5F1XA 5I9EB 1X3MA 5KPTA 2YHYA 3GOIA 1QHAA 3A8YA 5AQGA 3O5BA 2A5XA 3ZEUA 1U2VB 1XQSC 5AQSA 2YCHA 3EZWA 3ZX3A 2V52B 3ZETB 2P9KA 3VEOA 3L6QA 5ELZA 4B1WB 5AQTA 1S22A 3FFKB 2NZTA 1MWKA 2ASPA 3VOVA 4K25A 1DGKN 3CJAA 1NGEA 4PL7A 1LOTB 3U8XA 5BRDA 1IJJA 4PKGA 5KPZA 1K8KB 3FZFA 4BGAA 1NMDA 1NGCA 1NGHA 3MMVA 4O5FA 4MO4A 3S41A 2E1ZA 4H0VB 4C23A 2F9WA 4BRCA 2CH6A 3H45C 4H03B 4I6MA 1Q18A 4RWTA 3CJCA 1BO5O 4QS9A 3VGMA 1HLUA 1KAXA 1Z6RA 2P9IB 1QZ5A 3HBTA 3HTVA 3R9PA 4BC3A 1V4TA 3SLCA 4CD3A 2NLXA 4IJAA 3QBXA 3DXMA 2FXUA 4BC2A 4B1YB 2BUPA 2E2NA 5KQ8A 3ATUA 2WUSA 2GELA 1NLVA 5EOYA 5AZJA 4YDUA 1YUWA 4PKHA 2EWSA 3WXKA 4BC5A 4EHUA 2V7YA 2ITMA 1NGFA 1T44A 3CQYA 2YHXA 4BQZA 4H5RA 1BUPA 1NM1A 4IJNA 4J8FA 4B1XB 4BREA 5F0XA 3FGUA 1EQYA 3QDKA 5KPRA 3AY9A 3IUCA 3BEXA 4H5NA 3A0IX 1YXQA 1TYQB 5AZIA 3ENHA 4EFHA 2ASMA 4CZIA 3IFRA 5AQYA 3A5MC 1QQMA 3FZLA 4WQ5A 4BRQA 1R59O 4FSVA 4B1UB 2A41A 3D2FA 3ZEUB 4GNIA 1NGGA 4BR0A 2UYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QB0A 2GUPA 4CFCA 4W5TA 3FE1A 1Z25A 2YNHA 4O0JA 3O8MA 2ETJA 4LF7K 3B8AX 3BDPA 3QNOA 4CZJA 1P8ZA 2VGMA 3VQ5A 3PX6A 3TAPA 3THYB 3FZMA 3WQTA 3TAFA 2HHSA 2Q1NA 4RW9A 5BN9A 1QVFM 3M8QA 3DLBA 2B4JA 4DR2K 4U67L 3IAYA 1YVNA 2IVOA 4B9QA 2P51A 3CCJN 3SMPA 4CW7B 2HSTA 3CJ9A 4DTJA 1Z05A 4FLZA 3FZKA 4DQIA 2P9SA 2X74A 1FK9A 3VGLA 1X3NA 2FBVA 5DM7L 2HVHA 2O8FB 1QVGM 2G8IA 4JKBA 4I2QA 2VYPA 4FPBA 2OPPA 4JN4A 3HI0A 4KHWA 1TL3A 4IXCA 3AARA 3VQQA 4CEFA 3THYA 2Q3SA 5HOOA 3AAQA 3LDPA 2F9TA 4XH4A 3WNGA 1DTTA 2NRXA 1NGAA 4M3UA 5HP1A 4BVOA 1VQLN 1QHTA 1XNRK 5M1NA 4B9LA 3RR8A 3HO1A 2P9UA 4E89A 2FLOA 1KAZA 2HHHK 1BHLA 1KQSM 3NFAA 4DF4A 4JRPA 1NGBA 5E84A 3AVKA 4DU1A 4LF6K 2O8FA 3MDQA 2O8CA 4AM6A 3UKRB 4FL9A 2KHOA 3MK6A 1QZ6A 4OKKA 3EN9A 4CJLA 1W97L 3AAPA 4HCBA 5T7BA 3OYKA 3VEYA 3VQ9A 3CJ7A 3CFRA 3C6AA 4KI4A 2A6AA 4M3RA 3NF9A 2D4WA 3SUPA 3CM6A 3V1RA 1HQEA 4XJXA 2FC0A 3T19A 4FOEA 4M7XA 4CGHA 4N5SA 3SPZA 2W40A 4AHCA 2ZJPL 4PUOA 3VENA 4JKEA 4HCCA 5CY4A 2O8BA 2WC9A 2GWJA 5C0YA 1W0HA 3AVHA 4WFAL 4DWIA 2C1GA 5HBMA 1SKRA 5ADXA 3VTHA 2IVNA 4JV5K 3QFUA 3DJCA 1QSSA 3DYAA 3T7ZA 3I56N 1J5EK 3QICA 4CECA 3G25A 4OKEA 3THWA 4J2AA 3UKRA 4NO7A 4PY5A 2JLEA 3D2EA 3WNEA 2A1RA 2YJFA 3ZSYA 4F3OA 2UXBK 1GLEG 4DV6K 2G8WA 2UU9K 4KRFA 1HKCA 3EEQA 3LDSA 3VQEA 2ZGYA 3BUZB 4CBUA 4CFBA 2QKKA 1C0UA 1D4XA 3UB5A 1SAZA 3B6PA 3AVCA 4FWSA 2DPNA 4DTXA 1RT6A 4Y1DA 4FLWA 2YI1A 1XI1A 1VQ9N 4DQRA 3RMBA 2QKBA 1VSFA 3VA0A 4CJUA 2P9PB 2CGKA 3LANA 3K9KA 4C8NA 2BTFA 4E1MA 4DV2K 1C0FA 3OYBA 4FWNA 4DQPA 2HBLA 1U4BA 2PFUA 3WEEB 3CHWA 2VQFK 5BPLA 3LP1A 3ALYA 2P9NB 4PL8A 1LV5A 4CGJA 4Z4EA 4PKIA 3AVFA 3VEXA 4EZ6A 3NVMA 3RMDA 4HWIA 4CJFA 1BL3A 3ULEA 1KSPA 3L4IA 3MEEA 3T1YK 4C8LA 3QIOA 4FLYA 1UWBA 4FZZA 3SBTA 1BCMA 5LY3A 3AO5A 4B9SA 1RTJA 2OA8A 4DSFA 1NJXA 1ILYA 3WXMB 3KLFA 4BRHA 2P9PA 3KK3A 1C1BA 4CHYA 3AA2A 4CI6A 3MAQA 1WB9A 3T1HK 4FK2A 4XH5A 1D9DA 3K58A 1BI4A 1ASWA 3OHRA 1SQKA 2HF3A 1JXBA 3RVCA 2NRZA 4A57A 3HM9A 4ID1A 2ZGZA 1U2VA 3MEGA 1LWCA 1V4SA 2WBNA 4CESA 1TKDA 1TAQA 3CERA 3RMAA 4ILHA 2HVIA 3JYTA 1KVBA 5C24A 1BA0A 2O4GA 4E72A 4O5BA 2OTJN 4FO0A 3GG4A 4O8UA 4B9VA 4CBWA 3WXJA 1J54A 5AQFA 2HHQA 4Q0BA 1U6ZA 4FOIA 4JHDB 5CHIA 4BROA 2HMPA 1J9AA 3HPOA 1RDWX 2E1YA 4RTFD 1W7AA 3AA5X 1IKVA 5LMNK 2ITGA 3KZBA 1BGXT 1F21A 4Z4IA 5JS2A 2DTUA 1T8EA 2AA4A 4KBOA 3KVGA 1VHXA 1W2BM 4AHUA 4BE2A 2D0OA 1NJWA 4FW2A 1EWRA 2G8VA 1S6QA 3AO4A 4AHTA 4YNQA 3IG1A 4FK0A 3TWHA 3PY8A 3VETA 3ENOA 3OYIA 4O55A 1HNZK 4CZEA 4CZFA 4EP4A 4BDZA 3ZX2A 1GLCG 3SBGA 4JI4K 3ZSZA 3QEVA 2QWQA 4EP5A 2ZE2A 3E66A 4B8AB 2G8KA 3ZCMA 4B9TA 2AP1A 4GY2B 3KJVA 2PY5A 5J2MA 3VQPA 2ATQA 3CMAN 3NGYA 1NKBA 5BRHA 1QSYA 4I6MB 2ASOA 5BN8A 1NJYA 2R7YA 1N5YA 2FSJA 1RTIA 5I9EB 5M1PA 5KPTA 4JI5K 3GOIA 2KLAA 4DU3A 2KZMA 3O5BA 1U45A 1XQSC 1L3UA 3ZX3A 3ULDA 2UUAK 3VQCA 3VEOA 5ELZA 4B1WB 5AQTA 1VSJA 4K25A 1DGKN 3SQ2A 3IS9A 1BISA 2HNYA 1TKXA 1NK9A 4IEEA 5KI6A 2GX9A 2WTUA 2PYJA 4Z4GA 3S41A 3OYMA 2OPQA 3MCAB 1ZBIA 2CH6A 4CIFA 3AA4A 3CC2N 1OH8A 2IS3A 1WBDA 1TGOA 4I6MA 3EYZA 4KI6A 1Q7YO 3CJCA 3DLHA 3PSIA 1QE1A 1EP4A 2NRTA 2D0BA 3OW2M 2BH1A 3HBTA 4E7JA 3AVLA 3LPTA 2FXUA 4CFDA 4JI7K 4FJXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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