4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
2Q0RA 5ADXA 2FF3B 1T44A 1LOTB 3CJCA 3CETA 3WEEA 4K42A 2QWNA 5BN8A 2HF3A 1WUAA 1BU6O 1NMDA 4F9OA 1NGFA 4CZGA 2ITMA 4FWKA 1OKJA 3D2FA 1QHAA 3H3NO 3IFRA 1ATRA 3BP8A 4Y0WA 3SMSA 2YJFA 3QBXA 3AAPA 2HMPA 5AQGA 2E1YA 3WXIA 1ZBSA 2CGJA 1ATSA 2I7NA 5BREA 4M63C 3H1QA 2H3GX 2GTDA 2UYTA 2A6AA 2KHOA 3S41A 4BGBA 1SZ2A 1TUYA 3ZEUA 4B1YB 5BRDA 3DXKB 3EO3A 3DXKA 3GOIA 4FPAA 3VEWA 4RTFD 1X3MA 1BG3A 3H45C 4MO4A 3VENA 4FWOA 4BRQA 4QS7A 4BR7A 5AQJA 5JICA 1DKGD 5F2RA 5EX5A 1DEJA 3VEYA 2ZGZA 3I33A 5BRFA 1S3XA 3HTVA 4IJNA 2ASMA 3HI0A 4CJ7A 3H46O 1BUPA 4GNIA 4IJAA 1SQKA 4BR9A 1J6ZA 2V7ZA 4B1UB 3VEOA 1HX1A 1WOQA 5AQFA 5KQDA 4FSVA 3GE1A 4PKHA 3GG4A 1MDUB 3VGMA 2D0OA 4H0XB 4H5RA 5AQWA 1BO5O 4QS9A 5AQTA 2ZF5O 4ISEA 1NLVA 3O08A 3ZX0A 4A2BA 1KAXA 3CQYA 3CIPA 2QM1A 2HOEA 3MMVA 3CI5A 2YHWA 4BC5A 1Z05A 2GWJA 3WXLA 4BREA 5AFUH 5CE3A 4CD3A 5ADXH 1XC3A 3U8XA 3FZHA 1NWKA 4BRPA 1QQMA 4BRCA 3W3DA 5JMVA 3A5MC 2A5XA 3DWLA 3H3OB 3LDOA 5EVZA 4L3QA 5E26A 2QXLA 3OHRA 5F0XA 2VCPA 5KQ8A 2P9LB 3CQXA 2P9LA 1GLEG 1K8KB 4WQ5A 1K8KA 3A0IX 3VERA 4BQLA 5AZIB 5AZIA 3UE5A 4CI6A 3MN9A 4FOEA 2GWKA 4BC3A 1GLFO 3LDQA 2J4RA 5AQLA 1NGCA 5AZJB 4MO5A 1P8ZA 2VWBA 3M1FA 3CJ9A 3R8EA 5AZJA 1DGKN 4WQ5C 3MN6A 4LC9B 5E84A 1CZAN 2V52B 3LDNA 2A42A 2FSKA 3QFUA 1GLJO 4MLEA 3VPZA 4BRGA 5KPTA 3TPQA 2E2NA 1SAZA 3JXUA 4I6MB 4B1VA 4I6MA 4JAXA 3D2EB 1YVNA 3KVGA 5AQNA 2E1ZA 2QWMA 3AARA 3FR0A 5AQRA 4FO0A 4B9QA 4EIAA 3QFPA 4FPBA 4H0PA 5KPRA 4BROA 4EFHA 3LDPA 4O8KA 4GY2B 2Q36A 2W41A 2E2OA 3BF3A 3VESA 1NBWA 1XUPO 3WQUA 2FLOA 3D7EO 2BUPA 3VETA 4BR0A 5BR9A 2ZWHA 5AQSA 2DPNA 2P9IB 1HKBA 2Q97A 1Q18A 2P9IA 5EOYA 5AQKA 3SK3A 5BN9A 3MK6A 3QBWA 3ZETB 3ZETA 1T6DA 1V4SA 2D0PA 3LM9A 3AY9A 4FWQA 2CGLA 3QMLA 3FLCO 3MN7A 3L0QA 4QS8A 5JLFA 3A8YA 2VYPA 3BF1A 3VEXA 1RGIA 4BRNA 4AM7A 5KPZA 4BVOA 2FSNA 5TKYA 4DB3A 3O4WA 4H0TB 1KXPA 3RSEB 3WQTA 1GLCG 3CERA 4NO7A 3RSEA 3MN5A 3HM8A 3FZLA 5JLHA 4EHUA 2E2PA 3G25A 3U4LA 3DJCA 3CHWA 3O1WA 4IXCA 1U6ZA 4J8FA 4RCHA 4FWSA 4E1JA 5AQQA 3WXKA 2QWRA 4FWMA 3AAQA 3ENOA 1ZXOA 3BUZB 3L6QA 3VGLA 4CZHA 5FPNA 2E20A 3FZMA 4XEIA 1HLUA 1JCFA 4BRIA 2W40A 3ATUA 1QQNA 1BWFO 4XH5A 1NGIA 3QDKA 4YDUA 2FSJA 3GBTA 4BR5A 4B1WB 4CZEA 4PKGA 4CBUA 2NRHA 2Q31A 1HPMA 2P9SB 4KBOA 2P9SA 1NGDA 4H0YB 1NGBA 1ZC6A 4H03B 2QWLA 3IMXA 4PKIA 3SMPA 4K25A 4YDUC 4JNEA 1JCEA 3CJAA 4MLHA 3U9ZA 3LL3A 3MDQA 4IWVA 5B8HA 2AP1A 3J8AA 4BRLA 3O8MA 3ZX3A 3KHYA 2GELA 2AA4A 4ISGA 4DCHA 1YAGA 4BRDA 1MWMA 2P9KB 4JHDB 1GLBG 2P9KA 1IG8A 5FPMA 4IO8A 3EKSA 3VF2A 1NGGA 1NGEA 4M7YA 5AQYA 2F9TA 2E2QA 5LJWA 2IIRA 2A41A 2BTFA 4BG8A 3W0LA 2P9PB 2P9PA 2YCHA 2IVPA 5LY3A 5AQHA 4H0VB 4CBXA 2P9NB 3HBTA 4H0OA 2WUSA 4BRMA 1LCUA 1QQOA 1X3NA 4XH1A 4IZ9A 2V7YA 3GDQA 1MA9B 3CJBA 4WQ4A 1ESVA 5EY4A 3TU5A 4PL7A 3D2EA 3EL2A 1TUUA 2QWOA 5F1XA 1GLLO 3ZX2A 2E8AA 1R59O 2E88A 4BC4A 4JN4A 1H1VA 4BRFA 3VGKA 4CBWA 3M6GA 1NGAA 3DXMB 3R9PA 3DXMA 2F9WA 1HKGA 5I9EB 1C0FA 3A5NC 3MCPA 2HF4A 3HZ6A 4H5VA 3L4IA 1KAYA 3WT0A 3ATVA 1E4FT 4EAHD 4BRKA 1C0GA 3IDHA 4K43A 3HSCA 2YI1A 3SLCA 4A61A 4H5TA 3WEEB 4FOIA 4A2AA 3JS6A 1Z6RA 3H6EA 4BR2A 3B8AX 4EHTA 1IJJA 3EZWA 2IVOA 2NLXA 2QWQA 3ULEB 2PAVA 3ULEA 4BRHA 1BA0A 4BGAA 3C0BA 3D2FB 3KZBA 4DHYA 1NGHA 2CH5A 2GUPA 2Q0UA 3CJ1A 2Q1NA 1YXQA 1XQSC 2ASOA 3ZEUB 5AQOA 1T6CA 2OANA 4CZJA 2A40A 2YHYA 3SJHA 3VOVA 2I7PA 4HTLA 2A3ZA 3R6MA 3UB5A 3IUCA 1KAZA 3O5BA 3QB0A 4FWNA 4M7XA 3UKRB 3UKRA 3WUHA 3CJ7A 3F9MA 4CZFA 5ELZA 4Z94A 3UKUB 1ATNA 3I8BA 3VEVA 3UKUA 1NM1A 2ASPA 4BC2A 4A62A 3VF6A 4H5WA 2D4WA 4CZIA 3WXJA 2ZGYA 4JD2B 2Q2RA 4JD2A 3A5OC 1HJOA 4B1XB 2YJEA 4O5FA 1S22A 2FF6A 3O6WA 4BRAA 5LJVA 4AM6A 3M3ZA 2IVNA 3ENHA 4C23A 3EKUA 1RDWX 4FWLA 5FPDA 1U2VB 4FL9A 3VEZA 1U2VA 1E4GT 2FXUA 4NB4A 3O1BA 2CH6A 4WYBA 2EWSA 5EXWA 4JHDA 2GEMA 3DAWA 4BVPA 3LM2A 3A5LC 3U9DA 4B1ZA 4CD1A 1BOTO 1D4XA 3FGUA 4CZKA 5AQUA 1QZ6A 1NGJA 3BEXA 5AQMA 1HKCA 3GL1A 1YUWA 3LDLA 1GLAG 1V4TA 5BPMA 3FFKB 2D1KA 3QICA 3FZFA 2P9NA 1BDGA 4HWIA 4CZLA 2V51B 1TYQB 3O80A 1QZ5A 3VF4A 1Y64A 1TYQA 3FZKA 5AQIA 5AR0A 1X9JA 4ISFA 2CGKA 3FE1A 5FPEA 3P4IA 4XH4A 4DQ8A 1EQYA 2PBDA 3C7NB 5AQVA 4BG9A 3C7NA 4BQZA 5AQZA 5BPLA 1BA1A 1RFQA 4WQ4C 5AQPA 4PL8A 4FWRA 4CZMA 4FWPA 4BR4A 1G99A 1GLDG 4RWTA 2P9UB 1JCGA 5BRHA 1HUXA 2QWPA 2P9UA 1MWKA 2QW9A 4H5NA 2YHXA 2NZTA 5BPNA 5AQXA 3ID8A 3EN9A 4K41A 5AFUA 3H1VX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FF3B 1Q8IA 3ZT2A 3FFIA 1LOTB 3WEEA 4YOVA 2HF3A 3C6UA 2DFEA 1NGFA 3V9SA 4YORA 3D2FA 3DMJA 3MAQA 4V19S 3CCVN 4LFCK 2HMPA 1ZBSA 2W6LA 1ATSA 3F2KA 4M63C 2H3GX 2A6AA 2KHOA 3OTOK 2FBXA 4LSLA 4BGBA 4JK9A 5BRDA 1RT4A 2GX9A 3O4NA 3PUFA 3T69A 3I8DA 1S9GA 2O8DB 2O8DA 4LF8K 4NCBA 2LSNA 1U45A 4KREA 4QS7A 4X62K 1KD1O 4WFBL 4BR7A 5AQJA 5JICA 2UU9K 4JI5K 1XI1A 3VEYA 3PV8A 3CCLN 1VQLN 4JLHA 1ZBLA 2ASMA 2OYQA 4CJ7A 4DV4K 2HNDA 1SQKA 4JRPA 1J6ZA 1A5WA 1VSJA 2KZMA 1WSFA 4FLWA 3E1YA 3LP3A 3GE1A 3OYBA 3HJFA 5AQWA 4DQQA 4BECA 3OVNA 1C1AA 2ZF5O 4HCCA 3ZX0A 4A2BA 1ASWA 4HCBA 2XY6A 3OS2A 2RKIA 3THXB 3THXA 4DSIA 1JL1A 4BC5A 1Z05A 5AFUH 3DOLA 3RRGA 4CEDA 5ADXH 1XC3A 1NWKA 4BRPA 3W3DA 4N76A 4KHNA 2C1IA 5SZTA 2P9LB 4MFBA 1WAFA 2P9LA 3V1OA 4R79A 4DF8A 5LMUK 3UE5A 4BC3A 4JI8K 3MWTA 4ILJA 5C42A 1YTAA 2VWBA 1M1KO 1VQ5N 5I3UA 4JI4K 1HQUA 3MN6A 1CZAN 4QOZB 3K9JA 4BDYA 3LDNA 5FLXO 3TWHA 1NK9A 1ZBFA 2FSKA 2VQEK 1GLJO 1QVFM 5J2MA 4YOXA 3T1YK 3KK3A 4AHUA 2E2NA 1SAZA 3P1GA 3AVFA 1TV6A 5HL7L 3HXMA 3NMUA 1I39A 2UXDK 1ASVA 1IBMK 4B9QA 4FPBA 4AH9A 4BY9C 4H0PA 4ELVA 4BROA 3K59A 1WSJA 1RTIA 3VQBA 4OPAA 5DK5A 4LFBK 2XRIA 4O8KA 5IWAK 1EKEA 2NRVA 1S6QA 3KK2A 4CJ4A 3L2VA 3KJVA 1XNQK 3BF3A 1NU0A 3WQUA 3O4QA 3CCSN 3S5TA 1Q9XA 2G8KA 4CIEA 2X6NA 4BWJA 3AO5A 1Q18A 5FRMA 5EOYA 3ZSYA 5AQKA 1LAWA 4O8UA 3SK3A 4Z4FA 4YHHK 1JLBA 4FW1A 4FJKA 3LZIA 1JXBA 4JI6K 3LM9A 3MWPA 4DR2K 4E19A 1KQSM 3QMLA 1UOCA 5JLFA 5FROA 3BF1A 4BVOA 4GV3A 2RHKA 4JI1K 3SPZA 1JLCA 3PSFA 1CXUA 1NJIO 1HJRA 1X1PA 1IKXA 3FZLA 3O9RA 1EO1A 2P1JA 3NVMA 3G25A 5GAGP 5J2PA 4RCHA 4FWSA 5FRNA 4E1JA 4O55A 1TL3A 2QWRA 3M8QA 4CJEA 1SV5A 3RR7A 3DRPA 1I3AA 2F96A 3MXIA 4DTUA 4A57A 4B9SA 4LF9K 4FK4A 3VGLA 3O9UA 4EZ6A 4Z0UA 3VA3A 5FPNA 3AVKA 3FZMA 5C2FA 1JCFA 1U04A 2W40A 1UA0A 1BWFO 3VQ5A 1WAJA 3T7ZA 4BR5A 2YV0X 5LL6Z 2BANA 2IOCA 3O3FA 4K8XA 4CZEA 1M90O 4CBUA 1HPMA 3VN5A 4FZYA 4CEBA 4FK0A 1YJ9N 4JI7K 3AA5X 3CYMA 1JCEA 3U9ZA 2IS3A 3ZSXA 1RBUA 4IWVA 2AP1A 3J8AA 4GVMA 3PX4A 1YJNN 3O8MA 3ZX3A 2BGGA 1J5EK 4JHDB 1NJXA 3AVMA 4FLTA 4IO8A 3EKSA 4JKAA 4FJHA 2HHQA 3B6OA 1S1XA 2F9TA 2KKZA 3HO1A 2GUIA 2GV9A 4CW7B 4IFEA 1KFDA 2BTFA 3N4PA 2YCHA 5LY3A 1C0TA 4CBXA 3QLHA 4LY7A 2KTQA 3DLEA 4H0OA 4CIFA 3KTQA 3OYLA 3CMEN 3QNOA 1LCUA 1QQOA 4DSFA 4XH1A 3GDQA 2UUBK 3CJBA 4GMJB 4RW8A 2KFNA 2B4JA 1Q9YA 2F8SA 2E8AA 2BE2A 1VK0A 2NNWA 4BRFA 3EY1A 1ZYQA 3L8BA 4CBWA 2G8HA 1HPZA 3M8PA 1ITGA 1C0FA 1NK6A 3MCPA 1SUQA 3L4IA 1S1WA 1YF5L 4GKKK 3MXMA 1KAYA 3WT0A 4JKEA 1E4FT 4FLYA 2YKNA 4K43A 3SLCA 4ZTFA 3KWIA 4H5TA 1HRHA 4KHWA 5DM6L 1EXQA 2IVOA 3ULEB 2ATQA 3ULEA 4BRHA 3SV3A 4BGAA 4M3XA 5HRNA 3KZBA 4DHYA 2GUPA 1VSLA 1D5AA 3AV9A 2OZMA 4M42A 2IAJA 2FBTA 4C8MA 2PZSA 3V1RA 1IH7A 2XY8A 1OH5A 2OANA 1VHXA 3F9KA 4M45A 3VQAA 1QSSA 3SJHA 4CGDA 1XMQK 3E01A 3IUCA 1K8AO 4N41A 3O5BA 4FWNA 3NFAA 4M7XA 3QEIA 3HVTA 3UKRB 5SWMA 4BACA 1KFSA 3UKRA 4LD0A 4Z94A 1ILYA 4BC2A 1RTJA 1N6QA 2W6KA 3PO4A 4CZIA 3IRXA 3ZSVA 2YJEA 2FF6A 4ILHA 4AM6A 3DI6A 3CMAN 3EE9A 5CR4A 3ULDA 1JJ2M 4AF1A 3SAGA 4W5NA 4YOWA 4E7KA 3ENHA 4B3TK 1IKWA 4C23A 4CJSA 2ZJPL 3JSMA 1YI2N 3EEQA 1REVA 4U67L 1D9DA 3ALYA 3I0SA 1VSEA 1RDCA 3ZSWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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