4B1UB

Structure of the phactr1 rpel domain and rpel motif directed assemblies with g-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
371
structure length
349
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
total genus 118
structure length 349
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1uB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1uB03
5AR0A 4H5TA 4GNIA 4HTLA 4M7XA 3RSEA 2YI1A 3DWLA 1NWKA 4KBOA 1NGFA 5JICA 3O80A 4IO8A 5BPMA 1Z6RA 1KAXA 3W0LA 4BRKA 3FZMA 1YVNA 5AZJA 3L4IA 4BRHA 2P9LA 1K8KB 1Q18A 3VEYA 2A42A 4BRDA 4CJ7A 5E26A 4EHUA 2YCHA 4JAXA 3EKSA 4FPBA 4BRNA 4I6MA 4BRQA 4XH4A 1GLCG 4B1ZA 3ZEUA 1EQYA 3D2EA 2A41A 1QQMA 5AZIB 2ITMA 2I7PA 4LC9B 5CE3A 4B1XB 2E88A 3VENA 2HMPA 5BREA 2IVOA 3QFUA 4BRMA 1XUPO 4BVOA 4EHTA 1YXQA 3ATVA 5EXWA 2NLXA 3SJHA 1DKGD 3CIPA 4A2BA 5BPNA 3CI5A 4GY2B 4CZEA 1BU6O 2D1KA 2FXUA 4BRPA 4WQ5A 3FR0A 4IWVA 3EO3A 2E1ZA 3LDNA 1HLUA 2P9IA 3UKRA 3FE1A 1WUAA 3I8BA 3IMXA 1S22A 3W3DA 4CBUA 3A5MC 3WXJA 3UB5A 3O5BA 3CJ1A 1NGGA 1ZC6A 4H0PA 5KQ8A 3LDQA 2QWLA 3QMLA 4PKHA 5AQGA 2QWOA 2W41A 4BC2A 1GLJO 5KPTA 2ZGYA 3RSEB 1X3MA 1NGEA 2QWNA 3WXKA 4C23A 3VEXA 2PAVA 2GEMA 4BGBA 3GL1A 1BA1A 4AM6A 1KAZA 2YJEA 4FSVA 5F2RA 4BVPA 2FF3B 3WXIA 2IVPA 3HZ6A 5AQZA 1GLLO 4WQ5C 5AZJB 1HX1A 3OHRA 2P9LB 1JCEA 3ID8A 2HOEA 4IZ9A 4A2AA 3BF1A 4EAHD 4RWTA 1U2VA 3JXUA 3IFRA 4BRIA 1DGKN 3EZWA 3ZETA 3ZEUB 3D2EB 5FPNA 1DEJA 5EOYA 5AQFA 1TUUA 3DXMA 5AQKA 4H5NA 2Q31A 3BP8A 4CZIA 5AQXA 3ULEA 3H6EA 2Q97A 5LJVA 3HM8A 5ELZA 1GLAG 2FSJA 4PKIA 1NGCA 2GELA 3O6WA 4K25A 2A40A 1NGIA 3U8XA 1LCUA 2I7NA 2ZGZA 2Q36A 3MCPA 4BRGA 5BR9A 4BRFA 2YJFA 3VOVA 2QWQA 4CBXA 4JN4A 4FWOA 2P9KA 2E2NA 2P9SA 3KHYA 4FWPA 1HJOA 2P9IB 3UKRB 2OANA 4BR9A 2E8AA 4FWKA 1YUWA 3GOIA 1XC3A 1HUXA 1CZAN 4H5WA 3HI0A 1HKCA 3H1QA 2IIRA 4BGAA 1KAYA 3HSCA 3LDLA 4H5RA 5KQDA 4BC4A 1RGIA 3O08A 1GLEG 3P4IA 5AQYA 5AQQA 3LL3A 2YHXA 2HF3A 5AQOA 3U9ZA 1X9JA 5JLHA 3MK6A 3VF2A 2ZWHA 4WQ4C 3EL2A 1U2VB 2CH5A 3A8YA 3DJCA 4H0YB 2VCPA 3DAWA 3H46O 4FO0A 4CD1A 3VPZA 4ISGA 3O8MA 2VYPA 2A5XA 3R9PA 1T6CA 5AQPA 4CZKA 3DXMB 2E2OA 3ULEB 1LOTB 4IJNA 3I33A 3UKUA 2UYTA 4JD2A 4NO7A 1T44A 3H3NO 1NGAA 4HWIA 4MLEA 3BUZB 2CGJA 3VEVA 5TKYA 2GUPA 3VGMA 2V7ZA 4H0OA 1NGHA 1P8ZA 2GWJA 4IJAA 2P9KB 5FPEA 3LM2A 1NBWA 4K43A 3UE5A 4H5VA 1NGBA 2D0PA 1ZBSA 3EN9A 2FLOA 1GLFO 1JCGA 2V51B 3VEOA 3M6GA 2P9NA 5EY4A 1QZ5A 2V7YA 1KXPA 5AQHA 3FLCO 5EVZA 3CJBA 4BRLA 3L6QA 1C0FA 1SAZA 3QBWA 5BN8A 5E84A 4FPAA 2A3ZA 1GLBG 1BWFO 4BR0A 4DCHA 5KPRA 2NRHA 1R59O 4F9OA 3FGUA 3GE1A 5AQSA 2E2QA 4BR2A 4E1JA 5LJWA 2AA4A 4JHDA 1QZ6A 1ATRA 1BDGA 1BOTO 1E4GT 1MWKA 1Z05A 1ATNA 3QB0A 5I9EB 2GTDA 4BC5A 1U6ZA 4RTFD 5AQNA 1BG3A 1NGDA 2QM1A 4B1UB 4YDUA 4DB3A 4DHYA 2ZF5O 2YHWA 3GG4A 2NZTA 3IDHA 5AQLA 5F1XA 3QBXA 4CZMA 3TU5A 2HF4A 4BQZA 2FSKA 4WYBA 4CZLA 4I6MB 3CJCA 1MA9B 2J4RA 1Y64A 3FZFA 2BTFA 2E2PA 3M3ZA 3R8EA 3D7EO 3CJ9A 3CETA 2E1YA 5FPDA 4A61A 2VWBA 4Y0WA 3VETA 3WQUA 1MDUB 3SK3A 1G99A 1HKBA 3G25A 1H1VA 2QWPA 3O4WA 1S3XA 5AZIA 3WT0A 3U4LA 1E4FT 3VESA 2H3GX 2FSNA 3A5OC 1IG8A 3F9MA 4H0VB 3MDQA 4EFHA 2F9WA 1JCFA 5AQJA 4BR7A 3FZKA 4FOIA 4MO5A 5BRFA 1WOQA 1YAGA 3J8AA 2QW9A 4J8FA 5AQMA 3EKUA 5BRDA 3WUHA 4CZGA 1T6DA 4QS8A 3VF4A 4A62A 1QHAA 4CD3A 5KPZA 3O1BA 4B9QA 4JHDB 4NB4A 3VERA 3M1FA 3WEEA 4Z94A 2AP1A 4RCHA 3WXLA 1QQOA 5AQTA 3KVGA 4PL7A 2CH6A 4BR4A 3FFKB 4K42A 4PKGA 4B1WB 4ISEA 3TPQA 2ASMA 1RDWX 3CQYA 2P9UA 3JS6A 3ZETB 2KHOA 5EX5A 3ZX3A 3C7NA 3LDOA 3GBTA 2QWMA 4QS7A 5FPMA 4QS9A 5AQUA 1QQNA 3FZLA 3MN6A 3QICA 5ADXA 2F9TA 3CQXA 1IJJA 3VEWA 3S41A 4BC3A 4DQ8A 3CJAA 4CI6A 3H45C 2YHYA 2GWKA 2Q1NA 1SQKA 3L0QA 3MN9A 4O8KA 2IVNA 3B8AX 1ATSA 2A6AA 3A5NC 4M63C 2P9SB 3DXKA 4FWRA 1MWMA 5AFUA 4FL9A 3R6MA 4XH1A 4XH5A 1D4XA 1TUYA 2V52B 5B8HA 1TYQA 5AQIA 3ENOA 3D2FA 1ESVA 3HBTA 1V4SA 3QDKA 2CGLA 4MLHA 3CJ7A 2DPNA 3AAQA 3AY9A 4XEIA 4BQLA 4FWLA 3LM9A 3ATUA 4PL8A 3A0IX 4CZJA 5F0XA 4AM7A 1NGJA 3O1WA 5BPLA 2QWRA 1BUPA 4BG9A 2P9PA 3C0BA 1SZ2A 4K41A 4BREA 5AQVA 3BF3A 3WEEB 3VF6A 3WQTA 3SLCA 3AAPA 1HPMA 3VGLA 3HTVA 4MO4A 3AARA 3GDQA 4H0TB 3IUCA 4FWNA 1NMDA 2P9UB 1J6ZA 3VGKA 2ASOA 3LDPA 4B1VA 2BUPA 4FWQA 5BRHA 3ZX0A 3C7NB 4BRAA 4H0XB 3SMSA 4IXCA 1NM1A 3U9DA 2E20A 1K8KA 1V4TA 1BA0A 3UKUB 3KZBA 3H3OB 4JD2B 2WUSA 1NLVA 2QXLA 3CHWA 2Q0RA 3MMVA 1C0GA 1OKJA 3H1VX 3MN5A 2EWSA 5AQWA 3SMPA 3MN7A 4YDUC 5JMVA 2FF6A 3VEZA 1HKGA 1RFQA 4FWMA 4M7YA 4BR5A 3DXKB 4BRCA 4BG8A 4CZFA 4JNEA 1XQSC 5BN9A 1X3NA 2P9NB 1ZXOA 2ASPA 5LY3A 1TYQB 3QFPA 3BEXA 3D2FB 4B1YB 5JLFA 2CGKA 2D0OA 2Q0UA 2W40A 4O5FA 4EIAA 5ADXH 4ISFA 3CERA 2PBDA 4CZHA 5AQRA 1BO5O 4FOEA 2D4WA 4FWSA 2P9PB 4WQ4A 3ENHA 4H03B 4BROA 4CBWA 3ZX2A 3A5LC 3FZHA 4L3QA 2Q2RA 5AFUH 1GLDG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWJA 4G1QA 4H5TA 1YITN 2G8HA 4HTLA 3LPTA 2YI1A 3AO4A 4KBOA 4JI3K 2HHUA 5JICA 3S3MA 5BPMA 4AHTA 1Y97A 1DTQA 4BEBA 4CVNE 3O3GA 4FZZA 3K59A 1K8KB 1Q18A 3VEYA 2A42A 1HNWK 4CECA 4FJKA 4AHRA 3PSIA 4JAXA 4DU4A 1S72N 2UUCK 1VRTA 3PX6A 4BRNA 3OYAA 4QAGA 3NF6A 4DQQA 5MLCQ 3ZEUA 2A41A 4CHZA 3AO3A 3T1AA 4B1XB 3NH2A 4B8CA 3EY1A 1Z25A 2YHBA 1U49A 3HPGA 3KJVA 3VTHA 4BVOA 3DMJA 3CG7A 1CLQA 3CIPA 5BPNA 3CI5A 4CZEA 3V9WA 4KPYA 2FXUA 1GOCA 2E1ZA 1TL3A 3LDNA 2P9IA 2F7TA 2FBYA 3UKRA 3FE1A 1WUAA 4DV4K 3IMXA 3CPWM 1FXXA 4FZXC 4CBUA 3WXJA 3UB5A 4JKAA 4A57A 1JLEA 1NGGA 2KLAA 1VSKA 3D0PA 2HHXA 3OYDA 4JI5K 2QWOA 4BC2A 2P5GA 1TV6A 1NGEA 1VK0A 3VEXA 2HW3A 3GL1A 4KRFA 1KAZA 3V9UA 4CW7B 4FJHA 1A5VA 4Z4CA 4FLXA 2KFNA 4CJ3A 4X62K 1GLLO 4DV0K 4YHHK 3AO2A 4WQ5C 1F21A 5AZJB 4IKFA 5CZ2A 1BL3A 3JAMO 4IZ9A 4GW6A 4RW9A 4A2AA 1IKVA 1J5EK 5GADP 3OYIA 5C2DA 3HP6A 1VQ4N 3HVTA 1DGKN 3RMBA 4DUZK 5FPNA 3K58A 4B9VA 1TUUA 5AQKA 2Q31A 2Q97A 1N32K 5ELZA 1I39A 5C25A 1NGCA 3L2WA 1WSHA 2A40A 3BGRA 4CEBA 1RBRA 2Q36A 1B9DA 1LWCA 4KFBA 2YJFA 1NOYA 1K6YA 4DTUA 4WFAL 4DR5K 4OGCA 4B9TA 2E2NA 2ZJPL 1ZBFA 4Z4GA 4JKHA 1NJWA 3SI6A 3GOIA 4CIEA 4YOVA 3PLAA 4DSIA 1HQUA 1S1TA 1KAYA 1N5YA 5KQDA 1EX4A 3TSPA 4NCBA 4W5QA 1OVQA 4C8MA 3P4IA 1YVUA 2O8BA 5AQQA 4ELVA 5CYMA 3E9OA 3SZ2A 4U67L 3U9ZA 1X9JA 3CCQN 4I9LA 2XHBA 3MK6A 1D9DA 2QEXN 4WQ4C 4GV6A 5LMUK 4LFBK 4AH9A 3KD1E 4C8NA 4CHNA 3AVNA 2GV9A 3VPZA 3DLHA 4CGJA 2ATQA 3MWTA 1TK5A 5AQPA 3SBGA 4OVLA 2F96A 3DXMB 4DKWA 3ULEB 1LOTB 4IJNA 3I33A 5HRSA 4EP5A 2UYTA 3PX4A 1RCHA 5I42A 4HWIA 1NGAA 3VEVA 5TKYA 1Z26A 3VGMA 2V7ZA 4H0OA 3TR8A 4DU1A 3CYMA 2GWJA 4KHYA 3CM6A 4IJAA 5C15A 2XO7A 4DU3A 1NMNA 4E3SA 4H5VA 1NGBA 2D0PA 3EN9A 1K9MO 1M90O 1QZ5A 4BWMA 4GKJK 4JKGA 4B9LA 3C6TA 1VSJA 2W6LA 4A5AA 5E84A 4FPAA 4BR0A 2NRTA 4PHTX 1QSLA 4F9OA 2ZQBA 5AQSA 4DLGA 4FK4A 5LJWA 2AA4A 4CJEA 4JK8A 5IT9O 4YOTA 1ATRA 1BDGA 1MWKA 4OPAA 3S3OA 1YJWN 2GTDA 4DTPA 1HNXK 1NGDA 1TKXA 5HRRA 4CJSA 5HBMA 4FVMA 4FJ8A 3AVHA 1VQKN 4F3TA 3IDHA 3RWUA 1YI2N 3DM2A 2NNWA 3Q7CA 1NG9A 4CZMA 2OA8A 2HF4A 2KZZA 1IKXA 2ITGA 1M1KO 3ZSXA 2BTFA 2E2PA 3VQQA 2YNHA 1TVRA 4V19S 4DTRA 3M3ZA 3R8EA 3ZSVA 3CJ9A 4E7JA 3DLBA 1C1BA 2HNZA 4NLBA 3OVNA 3HL8A 5E41A 2PFUA 4FCYA 2NRRA 4KH4A 1H1VA 1X9MA 3O4WA 1S3XA 4GV9A 3U4LA 1E4FT 4CEDA 4KI6A 3TAQA 1RDCA 2FSNA 4NXMK 1IG8A 5TKWA 3SBTA 4H0VB 4EFHA 3DRPA 1RTIA 3CCRN 2UU9K 4IG0A 5C24A 1P90A 3T1YK 3NF9A 2X74A 4RG8A 5BRFA 1RT4A 1WOQA 3VQEA 1UWBA 3ZSOA 3NH1A 3RR8A 4CCHA 4A62A 1QHAA 3O1BA 5GIPA 3VERA 3CF5L 4HUEA 3CM5A 2AP1A 3KVGA 4B8AB 1U04A 4CESA 2VQEK 2HVHA 3FFKB 2XY7A 3C94A 4XJXA 3TPQA 4DTJA 4CIGA 3R3LA 2P9UA 4DMNA 2NRXA 3OW2M 4DFPA 3ZETB 5FPMA 3AVIA 4RW8A 2ZD1A 5AQUA 3FZLA 3MN6A 5FRMA 3QICA 1WSJA 3NAEA 1N34K 1CZBA 3VEWA 3DYAA 2HMIA 4CI6A 3KKSA 1SQKA 2JWKA 4NCGA 3KK1A 4M63C 1WB9A 4GV3A 1JLGA 3DXKA 4C1NI 4O5BA 2HHVA 3R6MA 1D4XA 3L3UA 3LALA 3KLIA 4CJFA 4BDZA 5KRTA 3ENOA 3ZLJA 4B3RK 3ZSRA 2CGLA 4JKEA 3CJ7A 3TAMA 4FWLA 3ATUA 3NE6A 1T8EA 1NK9A 1KD1O 3IKMA 1N8RO 4Z4EA 4CZJA 2YKMA 1L3TA 3OYFA 1JLQA 3TAGA 4LF4K 4BG9A 4OO1J 2P9PA 4K41A 5CYQA 1TK8A 4BREA 4GMJB 3WEEB 1CXUA 4E7IA 1VAZA 3NVKA 4C8LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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