3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
4BROA 3WXJA 4BREA 1QQOA 3MCPA 4EAHD 2PBDA 2P9UA 3RSEA 3MN9A 2H3GX 4H0XB 3A5NC 1BU6O 2NZTA 4XH4A 1X3MA 4H5RA 3IDHA 1HJOA 3CJAA 3QB0A 3ULEA 5LY3A 3LDQA 5AQMA 3O1WA 1G99A 4KBOA 3DXKA 5EOYA 1SQKA 4BR9A 1P8ZA 5AQXA 2QWMA 1H1VA 5LJVA 4FPBA 1GLCG 3MK6A 4JAXA 4BRNA 3TU5A 4CZEA 2P9PB 2J4RA 2QWPA 4BRHA 4EFHA 1T44A 3DXMB 4FWPA 4HTLA 4JHDA 4FWSA 4E1JA 5JLHA 4WQ5A 4A2BA 5JMVA 3A5OC 1KAYA 4B1ZA 1KXPA 1GLLO 2E1ZA 3ENHA 1GLAG 2AP1A 3CJ9A 4ISFA 2P9PA 2W41A 3GL1A 1T6CA 3IFRA 4M7XA 4BR0A 3DAWA 1U2VB 3DXMA 1ESVA 4FOIA 2V7ZA 3WUHA 4MLHA 5KPRA 5TKYA 1NGHA 2BTFA 4FWQA 3M3ZA 4ISEA 1NGBA 5E84A 3HI0A 3LL3A 3WQUA 2Q1NA 4WQ4A 5AQHA 1U2VA 5B8HA 4PKGA 3A8YA 4CZIA 4FPAA 5KPZA 4BRLA 4QS9A 3VEVA 4K43A 1LCUA 4I6MB 3MDQA 1TYQB 4H0PA 3A5MC 1HKBA 5AZJB 3D7EO 3O08A 1NLVA 2IIRA 1QQNA 4B1WB 3ID8A 1YUWA 2QXLA 3O8MA 3CJCA 2KHOA 3LDPA 4WQ5C 5FPNA 4BRFA 5BN9A 1DKGD 4I6MA 3H46O 5AZJA 2F9TA 2IVPA 3BUZB 3L6QA 2QM1A 4O8KA 3P4IA 2A6AA 5F0XA 3KHYA 4CZHA 3J8AA 2FSNA 3R8EA 4PKHA 2CH6A 3TPQA 4CZKA 3EZWA 3ZEUA 3I33A 3M6GA 3SK3A 4BRIA 4K25A 1NGEA 4IJNA 4BR4A 4BRCA 4WQ4C 3UKRB 2P9SB 3DJCA 3O1BA 4GNIA 2GTDA 4A2AA 4BRAA 1ATNA 2A41A 2A40A 2V7YA 3QBXA 4J8FA 2Q0RA 2P9LA 3HBTA 3A0IX 4BG8A 2CGLA 4BRMA 3CI5A 3VGKA 3WXIA 3JXUA 3UKRA 3D2EA 1R59O 3AARA 1NGAA 4QS8A 5AQLA 3H1QA 1GLEG 3DXKB 2E2QA 4DHYA 2ZGYA 4B1XB 1U6ZA 2W40A 3AY9A 3VEZA 2NLXA 2Q0UA 4PL8A 2FSKA 5JLFA 5AQGA 3B8AX 4JHDB 2E2PA 5AQJA 1X3NA 2CGKA 2E20A 3KZBA 1MWKA 3EKUA 4IZ9A 2ASOA 5F1XA 3FR0A 1WUAA 1JCFA 2YCHA 2I7PA 4EIAA 1NM1A 5KQDA 2D4WA 2ITMA 2VWBA 4BR5A 2WUSA 5LJWA 2A3ZA 2HF3A 3EKSA 3MN6A 5EX5A 4A61A 1K8KA 2A42A 5BN8A 3MN7A 4IO8A 1WOQA 2QWQA 3L0QA 5AQVA 3SMPA 4WYBA 4FWMA 1Z6RA 2YI1A 3HM8A 5AQSA 2QWRA 1V4SA 5BPMA 1ZC6A 4BQLA 5E26A 1NGDA 5AQWA 2GELA 3FZHA 3WQTA 1TUYA 1X9JA 3OHRA 1BO5O 3U9ZA 3FE1A 4BG9A 3O6WA 1D4XA 1HX1A 3UB5A 3C7NB 4FL9A 1XUPO 2Q2RA 3FFKB 3VF6A 1YXQA 2ZGZA 4JN4A 1GLDG 3W0LA 5AQUA 5BREA 2E1YA 5BRFA 5CE3A 1NGIA 4YDUA 2UYTA 2NRHA 2QWNA 2ASPA 2D1KA 3MMVA 1SAZA 4IXCA 3H45C 3C7NA 3C0BA 3EL2A 2F9WA 3FZMA 4FO0A 3ZETA 4BC4A 2GWJA 1EQYA 5JICA 3FZKA 3O4WA 4BRQA 4CZGA 3QBWA 3U8XA 2Q97A 2A5XA 2V51B 1BOTO 1QQMA 3ZEUB 3U4LA 1NMDA 1DGKN 1RDWX 3H3OB 1HKGA 3QMLA 5F2RA 3H3NO 2P9NA 1TUUA 3JS6A 3I8BA 2HMPA 2GWKA 2HOEA 2E88A 4M63C 1DEJA 1BUPA 2DPNA 5AQQA 2P9LB 3BEXA 5KQ8A 4BGBA 3D2FB 3VEWA 3VF4A 1YAGA 3BP8A 5AQRA 1S22A 3UE5A 4XH5A 5BR9A 4CZFA 3LDLA 3U9DA 3AAPA 3LM2A 3D2EB 4H0TB 3M1FA 4CD3A 4F9OA 1LOTB 4AM7A 4YDUC 4O5FA 1JCGA 2YHXA 4BC3A 4DCHA 5EVZA 1GLBG 3F9MA 2GEMA 4FWRA 4H5NA 2ZWHA 3D2FA 1SZ2A 1Q18A 4EHUA 4BR2A 2EWSA 4XEIA 5AQOA 5AQPA 5AQYA 4L3QA 1E4FT 3GG4A 4FSVA 4RCHA 2QWOA 3VESA 4MO4A 3EO3A 3VF2A 4RTFD 3VGLA 3HSCA 5FPMA 3SLCA 4B9QA 1NBWA 3UKUA 1MA9B 2ZF5O 4EHTA 2P9IA 1NGCA 4BRDA 1OKJA 4BRGA 5AQTA 4CBXA 1MDUB 3GBTA 3QDKA 3FGUA 4NB4A 1K8KB 1S3XA 2HF4A 1IJJA 3CQXA 5AQZA 3FZFA 4BC2A 5FPEA 2IVNA 4HWIA 3QFPA 1C0GA 2YJEA 4IWVA 3CIPA 4K42A 1J6ZA 4A62A 1BA1A 1BA0A 3WEEB 5FPDA 2GUPA 2D0OA 1XC3A 2Q36A 2P9KB 3ENOA 1ATRA 4H0OA 3ATVA 3CHWA 3VENA 4BQZA 1BWFO 4GY2B 2FF3B 1ZBSA 4DB3A 1RFQA 4BC5A 4B1VA 1BG3A 1Z05A 1QZ6A 5BPLA 3VOVA 3LDNA 3GOIA 1BDGA 4PL7A 5ELZA 3WEEA 1NGGA 3CQYA 4FWKA 2P9KA 4FWOA 4FWLA 3SMSA 2Q31A 1MWMA 4JD2B 1RGIA 5I9EB 4FWNA 1JCEA 3ATUA 1KAZA 5AQKA 3WXKA 3WXLA 2VYPA 2E2OA 5BRDA 4BR7A 4BGAA 4K41A 3SJHA 3H6EA 3ZETB 4CZMA 3O5BA 3CETA 4MLEA 4JD2A 4H03B 3VGMA 5KPTA 3VEXA 5AZIB 2AA4A 3EN9A 1KAXA 4H0VB 3WT0A 4AM6A 1E4GT 3CJBA 2P9NB 5AFUH 5AQIA 3VEOA 4CI6A 3O80A 4H5TA 2I7NA 5AFUA 5AQNA 3R6MA 1CZAN 5AZIA 2VCPA 3W3DA 3DWLA 2CH5A 1HUXA 3HTVA 3A5LC 1ZXOA 4CJ7A 1ATSA 3KVGA 5BRHA 2IVOA 3MN5A 3G25A 2BUPA 3H1VX 3LM9A 3S41A 4CZLA 1NGJA 1XQSC 3FZLA 4IJAA 3VERA 5EXWA 4RWTA 4ISGA 4FOEA 2D0PA 1GLJO 1TYQA 1Y64A 4C23A 3ZX0A 5BPNA 4B1YB 1IG8A 2E8AA 3ZX2A 4Y0WA 1YVNA 4CBWA 3VEYA 3FLCO 1HPMA 3QFUA 4CD1A 4M7YA 3IMXA 3LDOA 2QW9A 3AAQA 4LC9B 4PKIA 2V52B 1NGFA 3HZ6A 3CERA 5AQFA 1C0FA 1HKCA 3UKUB 1HLUA 2PAVA 5ADXH 1V4TA 2FF6A 4XH1A 2P9IB 1QHAA 2FLOA 3CJ7A 2OANA 4CBUA 5ADXA 2YHYA 2FSJA 3IUCA 4QS7A 3GE1A 4Z94A 4JNEA 2FXUA 3ZX3A 2CGJA 4BRPA 3VPZA 2P9UB 3RSEB 3CJ1A 4H0YB 4DQ8A 2QWLA 2ASMA 3R9PA 3BF3A 1QZ5A 3QICA 4CZJA 3BF1A 4MO5A 5AR0A 3L4IA 4NO7A 4BVOA 3VETA 1NWKA 4BVPA 2YHWA 1T6DA 2P9SA 3GDQA 1GLFO 4H5WA 4BRKA 2E2NA 4H5VA 5EY4A 3ULEB 4B1UB 2YJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BROA 2NRTA 2AJQA 3ZSQA 4FLZA 3VQPA 2H3GX 3K2PA 3KKSA 1NJZA 4ELTA 4H0XB 3A5NC 2UXBK 1BU6O 1ITGA 4XH4A 4H5RA 3I8DA 3IDHA 3G71N 3THVA 5CZ2A 5LY3A 4Z4CA 4ILHA 3SJJA 3PLAA 4KBOA 4O0IA 3DXKA 4CEDA 1KSPA 2O8FA 5AQXA 4KTZA 1H1VA 2RE2A 3VQ7A 3E9OA 4FPBA 2IAJA 5GINA 4JAXA 2QWPA 1T44A 4U7BA 1GOAA 3DXMB 4FWPA 4HTLA 4CF1A 5JLHA 4LY7A 4A2BA 4OJRA 3DLLL 1KXPA 1GLLO 1CZ9A 4MDAA 3DOLA 4HCCA 4FZYA 4ISFA 4BR0A 4FOIA 4CJ3A 1TGOA 4FM1A 3CFRA 5TKYA 2O8EB 1NGHA 4FW1A 1RBRA 3N4PA 2WC9A 3K59A 2IDOA 4CJSA 5E84A 1SKSA 1IKXA 1HR0K 2Q1NA 2YHAA 3CMAN 1U2VA 4CGIA 5B8HA 1WSIA 4KB1A 4DR1K 2FBVA 4BRLA 3VQ6A 1EXQA 3A5MC 4G1QA 3O08A 3OVNA 5J2QA 3BZCA 2W42A 1YHQN 3TI0A 2O4IA 1JLAA 3AO4A 5JVGL 3ID8A 1YUWA 5HRRA 3G4SN 1A5XA 4E1NA 3SUOA 4E0DA 4CJPA 4WQ5C 1DKGD 3A2FA 4YOYA 1NOZA 2XRIA 1VQ5N 2IVPA 4O8KA 1YIJN 2ZJPL 3HPHA 5CZ1A 4JI6K 2FSNA 3RR8A 3QEIA 2RHKA 1VRTA 3VA0A 1QSSA 3EZWA 5I3UA 3M6GA 4O5BA 2NRRA 2G8UA 2HBJA 4ELUA 2FBTA 4BRCA 4WCEL 3D6RA 4GNIA 2OPSA 1ATNA 2A41A 4E7LA 1QHTA 4DSEA 2Q0RA 2P9LA 3A0IX 2ZM6K 3RRHA 3QNNA 1TL3A 2EX3A 4BRMA 3CI5A 3LP0A 3OYLA 4YORA 1WSGA 2E2QA 1REVA 2E5LK 4B1XB 4FZZA 3AGKA 1YF5L 4BACA 2W40A 3OJUA 2NLXA 4PL8A 5AQGA 3KLGA 2O8BB 4CJQA 4JHDB 2E2PA 5AQJA 1X3NA 2E20A 4BDZA 3HP9A 3SUQA 5EU7A 4IZ9A 2O8DB 1BQMA 1CXUA 4OGCA 1OH8A 3CPEA 1N32K 4JK9A 2I7PA 3AVLA 4JKHA 1C0MA 3Q7BA 4FLTA 1U48A 3KTQA 4FJ5A 2VWBA 2HB5A 1RDAA 4BR5A 5BN8A 3SYZA 3PX6A 1K8KA 4B9LA 3E9PA 4LF8K 1XHXA 3AA2A 2QWQA 3L0QA 5AQVA 3SMPA 3EY1A 4DQRA 3CCMN 4KRFA 3LPUA 1Z6RA 3KIOA 1NJIO 5AQSA 2ETJA 4BQLA 2WFBA 3SQ4A 4B3SK 3FZHA 3VQ4A 4LH5A 3AVAA 4ILGB 4DTOA 3DM2A 3AO3A 1D4XA 1RDUA 1XUPO 2Q2RA 3FFKB 3VF6A 1NOYA 1GLDG 4CGDA 3G0ZA 3PIPL 1XMOK 2HVIA 4H4OA 2E1YA 2W6LA 2IS3A 3RVCA 2UYTA 4EP4A 1VSKA 2NRHA 3MMVA 1SAZA 1K9MO 4F4KA 3C0BA 3C7NA 2XY8A 3ZETA 4DR7K 3B6PA 1S9GA 3FZKA 1VSFA 2F4VK 2G8KA 3U8XA 2Q97A 2A5XA 2ZQBA 3DYAA 2QTDA 4ILJA 1RDWX 3U4LA 1Y97A 1T05A 3QMLA 4ID5A 4RW9A 4K0KK 2QK9A 1TUUA 4A5BA 1BI4A 2HMPA 4ZHRA 4EZ6A 3V81A 3O9SA 3NH2A 2E88A 1DEJA 3IS9A 2DPNA 5AQQA 3SZ2A 4CIFA 4FVMA 3UE5A 4KH6A 1BHLA 3U9DA 4DTJA 2HNYA 4GVEA 1YTAA 4CD3A 4F9OA 5CR4A 1LOTB 4AM7A 4YDUC 4O5FA 4KHNA 1NNEA 2GEMA 4FWRA 4H5NA 2O8CB 2ZWHA 4CHNA 3BDPA 2KW4A 4EHUA 1KQSM 4BR2A 4DV5K 4MDBA 5M1NA 3T1HK 3ZT4A 4FLVA 2Z1GA 4L3QA 4FVUA 3TSPA 3M8PA 1T3VA 4FSVA 1F21A 2PFUA 3VF2A 3VGLA 2OCEA 4CERA 5DM6L 5AJ3K 3RMCA 5C15A 4JEPA 1RDDA 4EHTA 1FXXA 4BRDA 1OKJA 3MCAB 4CBXA 4E7HA 3QDKA 4RW6A 1IBKK 5GIOA 2HF4A 3CQXA 3OYCA 4BC2A 4JK8A 4FJNA 1BCMA 2YJEA 4IWVA 4K42A 4A62A 4M3TA 4LSNA 1ZBUA 2QEXN 2DFHA 3TARA 3ENOA 1T7PA 2QA4N 1ATRA 4BQZA 1M90O 4FJIA 2FF3B 1ZBSA 2Y1IA 1RFQA 3HVTA 3THWB 5JS1A 5BPLA 3SPZA 2YX6A 5J2NA 4E7IA 3CFOA 3CQYA 3NGZA 4FWLA 1JLFA 2Q31A 1RTHA 4JD2B 1VQ4N 4M3WA 4FWNA 1JCEA 4BY9C 4IO9L 1KAZA 2Z1IA 3MAQA 4CF0A 2JWLA 3VGMA 5KPTA 4DKWA 4YOWA 3LP3A 4CEAA 3EN9A 5HLFA 4JKFA 3QESA 1LAVA 3OBWA 3SUNA 4DTRA 3CJBA 4OKEA 3NF6A 2P9NB 5AFUH 4DV0K 4FJHA 2I7NA 4YFUA 1XNQK 1TKXA 1DTTA 3R6MA 2VCPA 3W3DA 4CK3A 2UUCK 4FLXA 4CK1A 1JXBA 3VQBA 2GBZA 1ATSA 3PSIA 3OA9A 5M1FA 3U3YA 1WSHA 5T7BA 2BUPA 3H1VX 1VRUA 3S41A 4OPJA 1NGJA 1O13A 3VQEA 4FM0A 4CFCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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