3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
4BC2A 2V52B 1S3XA 3O5BA 4WQ4C 1GLFO 5AZJB 1Z6RA 4CBWA 1NBWA 2QWLA 3WT0A 1HPMA 3FR0A 3HM8A 3FZHA 4FPBA 3SLCA 1TUUA 1BA1A 3RSEB 1TYQA 3MN5A 3ENOA 5BPLA 1BU6O 3ZEUA 4CJ7A 4BRGA 1RDWX 3SJHA 1MWKA 4CZIA 4CZHA 1T6CA 3LDPA 1DEJA 2NLXA 3QFUA 5FPNA 4FWLA 5AQZA 5B8HA 4IJAA 5AQWA 3HSCA 3IDHA 3H1QA 4XH4A 2A5XA 4PL8A 3ATUA 3IMXA 3LDNA 1QQNA 5AQYA 2QWPA 3L0QA 3I33A 1NGIA 1GLCG 3CQXA 4YDUA 4JN4A 1GLLO 5BR9A 2P9NA 1NLVA 3VOVA 2F9WA 2EWSA 3W3DA 5BRDA 1YUWA 3CI5A 2YHWA 3EKSA 1GLJO 3ZX3A 1C0FA 2E2QA 5LY3A 2QW9A 4BRFA 1ZBSA 4H5NA 3U4LA 2ITMA 4IZ9A 5AZJA 4MLHA 5LJWA 1BOTO 3LDOA 1XC3A 2F9TA 4J8FA 3DWLA 4CZJA 1MWMA 3QB0A 1QHAA 3RSEA 2P9IA 5EXWA 2Q0RA 4H5RA 3A8YA 1KAZA 1T44A 4I6MA 4M7XA 3CJ1A 4BRHA 5AQVA 4DQ8A 3O80A 5AQIA 2FF6A 2HF3A 1BO5O 1BDGA 2DPNA 2YJFA 3FZMA 4CD1A 2YHXA 5BRHA 3CJ7A 4MO5A 3VPZA 2CGJA 2I7NA 3O08A 3I8BA 2IVNA 2J4RA 3R8EA 2E8AA 3VEVA 4FWMA 4FL9A 2Q36A 3ZETB 1IG8A 1TUYA 1IJJA 3WEEB 4DHYA 1DGKN 5EOYA 4H0YB 3WXIA 1ATRA 3BP8A 5AQFA 2IVOA 1HJOA 3QFPA 5F2RA 1KAXA 3VGMA 3GOIA 4FSVA 2ASPA 5CE3A 2YCHA 1HKBA 2QM1A 4BRDA 5AQSA 4CI6A 5E84A 5F1XA 3H46O 3D2FA 1SQKA 1YVNA 3WUHA 1NGDA 1U6ZA 1ATSA 3SK3A 1NGEA 1BWFO 3BUZB 4BRKA 4NB4A 4BRQA 1TYQB 1U2VB 3LDQA 1BUPA 4H0OA 2P9UA 2E2NA 4M7YA 3ZEUB 3ZX2A 5BN8A 1CZAN 2IVPA 4NO7A 4BRCA 3O8MA 2GEMA 4BRPA 4PKGA 1K8KA 2P9KA 2FXUA 3VEWA 3BEXA 2P9LA 3U8XA 3A5LC 5AQTA 2HMPA 2ZWHA 1Z05A 1V4TA 5AQJA 2H3GX 4PL7A 3CIPA 2Q0UA 1JCGA 4B1ZA 1X3NA 4CZMA 4BROA 3DXKB 5AQQA 1YAGA 3UKRB 5JMVA 4BQLA 3OHRA 4H03B 4BQZA 4H5WA 3EO3A 4BRNA 2P9IB 4XH1A 1QZ6A 5EY4A 1U2VA 3CERA 3VF2A 2V51B 3DXMA 4I6MB 3U9DA 5AZIA 2A40A 4FWSA 3MMVA 4C23A 4BC4A 4FWKA 3H3OB 1KAYA 3C7NA 3O1WA 4A2AA 5BRFA 4BR2A 3KVGA 3FFKB 5BREA 1MDUB 2D1KA 1NGCA 2E1ZA 4H0TB 3IUCA 5JLFA 3JXUA 5KPZA 4IJNA 2P9PA 4JAXA 5AFUA 4H5TA 1NGHA 2IIRA 3GG4A 4FWQA 1G99A 3D7EO 2AA4A 3W0LA 3VETA 3HZ6A 3DXKA 3MCPA 1R59O 3UKRA 2GWKA 3MN7A 3AY9A 2ASMA 2A6AA 4CBXA 5LJVA 2QWOA 3VF6A 4CZFA 4BVOA 3M1FA 3BF3A 5ADXA 3D2FB 3VESA 2BTFA 3M3ZA 1E4FT 2YHYA 4FWRA 1JCFA 2E2OA 4K42A 2I7PA 3A5MC 2A3ZA 4FPAA 3WXLA 2P9UB 4EFHA 3FZLA 4XEIA 2Q2RA 2VYPA 4H5VA 2ZF5O 3G25A 5AQKA 4H0VB 1X9JA 3R6MA 3KZBA 3UKUB 4H0PA 4CZKA 1K8KB 3FZKA 2ZGYA 3GBTA 2P9KB 3DJCA 4JNEA 3QBWA 3VEZA 4CZEA 2P9LB 5AQGA 2D4WA 4QS7A 2NRHA 2PAVA 3WXKA 1BG3A 4XH5A 5AQHA 5FPDA 2GWJA 5BPMA 4BR0A 1ESVA 4WYBA 4IO8A 2KHOA 4FWOA 2UYTA 3SMSA 4IXCA 4BR5A 1NGAA 4BGAA 3ID8A 4B1UB 2BUPA 4A62A 4IWVA 4BG9A 1NGFA 1J6ZA 3IFRA 3GDQA 3EZWA 1HKGA 4EHUA 5FPMA 2GUPA 3A5NC 3CJ9A 1QQOA 3DXMB 3LM9A 1V4SA 1LOTB 1SAZA 4B1YB 4BR9A 5AZIB 5E26A 3QICA 5AQMA 3H1VX 2Q97A 3ATVA 3HI0A 3CETA 3UKUA 2E1YA 4K25A 2ZGZA 1D4XA 1H1VA 3C7NB 1HKCA 3ZX0A 2FSNA 3JS6A 3VENA 5KQ8A 5KPTA 4BG8A 1Q18A 3AAPA 3GE1A 4Z94A 3ENHA 1Y64A 2P9PB 1XQSC 3CQYA 1HUXA 3MN6A 1S22A 5AQXA 1QZ5A 4K43A 2NZTA 3H45C 4HWIA 3KHYA 4B1WB 2QWRA 1DKGD 1OKJA 3AAQA 4BRAA 5FPEA 2CGKA 1GLBG 3EL2A 1WUAA 1SZ2A 3CJAA 2GTDA 2Q1NA 1YXQA 2A41A 4PKHA 4YDUC 4BR4A 5AFUH 4ISEA 2D0OA 3B8AX 4JD2B 5AQOA 1GLDG 3VF4A 2ASOA 1HLUA 4L3QA 1HX1A 2QWNA 4H0XB 3D2EA 4QS8A 4WQ5A 4F9OA 4KBOA 4EAHD 4ISFA 4PKIA 4B1VA 3R9PA 3QDKA 3F9MA 4QS9A 1GLEG 5AR0A 2P9SA 5KQDA 3ULEA 4A61A 5ADXH 3CHWA 2A42A 4EHTA 4GY2B 4WQ4A 2YJEA 2PBDA 2GELA 2VWBA 5JLHA 4RCHA 2QXLA 1ATNA 2QWMA 3P4IA 4CD3A 1XUPO 4BC5A 1QQMA 3BF1A 3MK6A 4JHDA 1KXPA 3TPQA 4CZGA 3LM2A 2V7ZA 4FOEA 4JD2A 3VERA 3S41A 1NM1A 2FSJA 5I9EB 5JICA 1ZC6A 2FSKA 3FGUA 3O4WA 1BA0A 1NGBA 3VEXA 4CBUA 2CH6A 3U9ZA 3VEOA 1MA9B 4E1JA 3FE1A 3UE5A 1NWKA 4FWPA 3LL3A 4BRLA 3VEYA 3FZFA 5BPNA 4FO0A 3CJCA 2FLOA 5AQNA 3LDLA 3HTVA 3J8AA 5AQLA 4Y0WA 2HF4A 3UB5A 5AQRA 4ISGA 1P8ZA 1ZXOA 5AQPA 1E4GT 4FWNA 1EQYA 5EVZA 3C0BA 4B9QA 1NMDA 2E20A 5KPRA 4DB3A 2W41A 4BREA 5BN9A 4FOIA 3DAWA 5F0XA 2D0PA 4BGBA 4A2BA 3WQTA 2QWQA 5TKYA 3L6QA 1LCUA 4DCHA 3QBXA 5AQUA 2YI1A 3H3NO 1T6DA 4HTLA 1RGIA 1WOQA 4M63C 2HOEA 4CZLA 2W40A 4AM7A 2E88A 3WXJA 2CH5A 3SMPA 3VGKA 1NGGA 1RFQA 3WQUA 3D2EB 4RTFD 3A0IX 4MO4A 4LC9B 3CJBA 4RWTA 3VGLA 4BVPA 3EN9A 2P9SB 4O5FA 3ULEB 2Q31A 3A5OC 3M6GA 4AM6A 3MDQA 4EIAA 5ELZA 3GL1A 3AARA 3MN9A 3O6WA 2AP1A 1NGJA 3EKUA 2OANA 2V7YA 4BRMA 3QMLA 3TU5A 3FLCO 2E2PA 4BC3A 2CGLA 3H6EA 4BRIA 4K41A 1GLAG 3HBTA 4WQ5C 4MLEA 3ZETA 5EX5A 1JCEA 3WEEA 1X3MA 3O1BA 4GNIA 1C0GA 2P9NB 4JHDB 3L4IA 4B1XB 2FF3B 4O8KA 4BR7A 2VCPA 2WUSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BC2A 3TAFA 2UXBK 3RWUA 3HOTA 5AZJB 4FJXA 3AVFA 3L4QA 1Z6RA 4IBNA 3QEIA 1ZBFA 3JSMA 4JK8A 4Z4IA 3FZHA 3CM5A 3SLCA 1TUUA 2BH1A 3O4NA 4JRQA 1TYQA 2D0CA 3MN5A 4FJHA 4DR5K 1BU6O 4IOXA 3ZEUA 1LW0A 3ASMA 4E7HA 4CEBA 1I39A 4EZ9A 4FLWA 1T6CA 4YFUA 1F21A 1LWFA 1YJWN 1LAWA 3HSCA 1IKXA 4PA1A 2QWPA 3I33A 3SZ2A 4LH5A 1GLCG 2P9NA 1NLVA 3MEGA 5C15A 2F9WA 2EWSA 4KH6A 3HOSA 3KLEA 3CI5A 3MWTA 2KFNA 3EKSA 1Q81O 2E2QA 2QW9A 5J2NA 5AJ3K 1QE1A 1Q9XA 2OZSA 1BOTO 3LDOA 4DU3A 1VSKA 2RPIA 1ZBHA 4CEZA 3RSEA 2Q0RA 2X6SA 1S6PA 4I6MA 3CJ1A 4BRHA 5AQVA 1A5WA 3KKRA 2XY5A 2HF3A 3F73A 4DQPA 1K6YA 3L8BA 1IKWA 2DPNA 3FZMA 4CD1A 3CMAN 3I8BA 2NRRA 3ZYYX 4GKKK 2B4JA 2Q36A 5H1SQ 1K8AO 1TUYA 4E7LA 1DGKN 4M3YA 5AQFA 2VQEK 3I0SA 4U67L 2IVOA 4DV4K 3QFPA 5F2RA 1KAXA 3SUOA 1BL3A 5CYMA 2VG7A 5CE3A 3JYTA 2HBLA 3C95A 2QM1A 3D45A 5AQSA 4CI6A 5E84A 3KJVA 3AVCA 3H46O 3ZSOA 4MDBA 2F96A 5C25A 4LSNA 3CCQN 1BWFO 2VG6A 4DU1A 4J2BA 3NF9A 3LDQA 4H0OA 2E2NA 1VQ5N 4I2PA 3DRPA 3CC4N 1Y97A 1HYSA 4BRPA 4NXMK 4DS4A 4OPKA 2YNIA 3E9PA 4ILJA 4C8OA 3BEXA 4IO9L 1K9MO 2ZWHA 3OJSA 3O9TA 3VTIA 4HCBA 3CMEN 3PSIA 4O8UA 4OLBA 4EZ6A 3P31A 3TAGA 1JCGA 3K9KA 5LMNK 3VN5A 1X3NA 1S6QA 4BROA 4UY8O 3UKRB 1HNVA 4H5WA 4X64K 2P9IB 1MU2A 3OYDA 1QZ6A 4KPYA 4FCYA 3LP1A 1X9MA 3U9DA 4KAZA 4B9TA 3U6FA 1UA1A 3AVIA 3THXA 3V6DA 1HR0K 2BANA 4C23A 3PSFA 4CIFA 3NDKA 4NLCA 4FWKA 3RRGA 4M3TA 5BRFA 3O1WA 4A2AA 4BR2A 5BREA 1RT7A 1MDUB 5GAHP 2E1ZA 1ZBLA 1VRUA 3VQ8A 2ZJRL 2P9PA 4DV0K 3SUNA 3M8QA 4DFKA 4CF2A 1NGHA 3GG4A 4FWQA 3M5RA 4AHSA 2LSNA 4Y1DA 2AA4A 3N4QA 3QO9A 1R59O 1HNWK 4LF4K 1NK9A 3HL8A 4CBXA 3AV9A 4IOCL 3HP9A 4I9LA 1W0HA 5C10A 1KD1O 3M3ZA 4KREA 1E4FT 4KTWA 4M3XA 4G1QA 1SS6A 1ILYA 2P9UB 1X9WA 4H5VA 1DTQA 3AVNA 3R6MA 3NGZA 3UKUB 4FM0A 3WNHA 4DF4A 4JNEA 3QBWA 4CZEA 3MXIA 3NF7A 3M8SA 1IO2A 2D0AA 3TWHA 4WF9L 2OPSA 4QS7A 2ETJA 1UWBA 3WXKA 4FLYA 1VSMA 3LPUA 3BZCA 1REVA 2KHOA 3CM6A 3SMSA 4KHNA 3OYAA 3ZCMA 4FM2A 3ID8A 3OJUA 1ITGA 2A1RA 1DT9A 5CZ2A 2Z1HA 4A57A 3CG7A 3V1QA 4EHUA 4DTXA 1X9SA 2UUAK 2GUPA 3A5NC 3CJ9A 1QQOA 3LDSA 3M8RA 2HMIA 5E26A 4CGIA 4JKBA 3ENBA 3QLHA 3CETA 2E1YA 1JXEA 3ZSZA 1H1VA 2YV0X 4KHYA 2F8SA 3G71N 2OCEA 2FSNA 4O55A 5KQ8A 5KPTA 1NG9A 2KKZA 5HLFA 4C1NI 3I56N 3GE1A 5CHIA 3ENHA 4HTUA 3OYNA 3OYLA 1S22A 3HVRA 3O9QA 1QZ5A 2PY5A 3L2WA 3E9LA 3U3YA 1QSLA 1RTJA 3QEWA 1RBTA 3O3HA 2QWRA 2JWLA 1DKGD 4PHTX 1OKJA 3AAQA 3EEQA 1NK4A 4YOXA 1GLBG 3T19A 4WFNL 4YNQA 3CJAA 1S9EA 2A41A 4YDUC 3VQAA 1VSIA 5DK5A 1SKSA 2OA8A 4CHZA 1JLQA 1UAXA 1HX1A 1RBSA 4QS8A 4ISFA 4PKIA 3QDKA 4B08A 4ZTJA 4QS9A 3ZT1A 3ZSXA 3SCXA 4Z4HA 3QERA 2QKKA 3WNGA 4IFVA 4QCLA 2JGUA 5IWAK 3OBWA 4H4OA 3SYZA 4C8MA 4FK2A 4LFAK 2GELA 2O4GA 5JS1A 2VWJA 3SAHA 1KVAA 4W5NA 2BE2A 3RTVA 1QQMA 3G4SN 4AILC 3MK6A 2YNGA 4CFBA 3LM2A 5BR8K 3VERA 4DTJA 3OS1A 1ZC6A 2FSKA 3VEXA 3C6AA 3CFOA 3THWA 3VEOA 3ZT4A 3UE5A 3MWPA 3L2QA 2B5JA 4FO0A 3DRSA 1VQ6N 1TAQA 3J8AA 4O44A 3UB5A 3AO2A 1EWQA 3NH0A 1ZXOA 4CJVA 4LF7K 4DTPA 1YTAA 4FWNA 4W5RA 2BGGA 5EVZA 5KRTA 1NMDA 4ID1A 4FOIA 3QINA 4HUGA 1CZBA 5F0XA 2IS3A 3RMAA 3SQ0A 3DOKA 4OPAA 1FW6A 3HRGA 2Y1JA 3L6QA 3KIOA 4CFAA 2ATQA 4M45A 1IBKK 1LCUA 5HL7L 1NKCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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