3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
molecule tags Transferase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
3WEEA 1DKGD 2PBDA 4B1UB 3LDQA 1K8KB 3DXKB 2Q0UA 4H0YB 1KAYA 3ZX2A 3ID8A 4CZIA 4BR9A 4RWTA 4E1JA 3HI0A 1QZ6A 4IO8A 2P9IB 2YI1A 2P9SB 4PKGA 3VF6A 5AQWA 3WXLA 4H5NA 3DJCA 5EVZA 3UE5A 4IWVA 5F1XA 3H6EA 4BC2A 4H03B 4BRKA 4BRDA 4BRQA 1JCFA 2FF3B 2YHWA 5F2RA 4AM6A 3UKRB 5I9EB 5AQUA 1ZXOA 4RCHA 3DAWA 4DB3A 4CZKA 5AQFA 1C0GA 4DCHA 4DQ8A 4FWRA 5FPMA 4K43A 3IUCA 3F9MA 1EQYA 3CQYA 3QB0A 2ZGZA 1WOQA 5KQ8A 5LJVA 2OANA 2P9LB 4M7YA 3MN6A 2E2PA 1U2VB 5KPRA 4CBXA 3LM2A 5KPZA 1NWKA 4Z94A 2BTFA 1HUXA 3OHRA 1NGEA 5EX5A 4AM7A 4FPAA 1XC3A 4CZJA 3WQUA 5F0XA 3BF1A 5E26A 4BR5A 3G25A 3WEEB 2V52B 4BGAA 5AQNA 4FWPA 3VEZA 1RFQA 3UKUA 3IDHA 3I33A 3AARA 3LDLA 2WUSA 4EIAA 1GLJO 3R9PA 2A41A 2NZTA 3O08A 2HF3A 3H3NO 5AQVA 1BDGA 3GG4A 3QBWA 3VEOA 3WUHA 1XQSC 4BREA 4Y0WA 1X9JA 3CJ9A 1TUUA 1U6ZA 4BC5A 3W0LA 3LDOA 4B1ZA 2A42A 1NGFA 2VWBA 4BQZA 5B8HA 1NGGA 1YVNA 5AQMA 4B9QA 4FPBA 5BRHA 3O80A 2I7NA 4KBOA 5E84A 2W40A 3KVGA 1E4FT 2IVNA 2QWOA 2NLXA 5KPTA 3BUZB 2Q2RA 2DPNA 1BU6O 5BRDA 4GY2B 2HF4A 2P9UA 2P9PA 1ATSA 1Z6RA 2FSKA 1BWFO 4CZHA 3O1WA 3W3DA 1NGIA 1NBWA 1Y64A 3BF3A 3C0BA 4BRMA 3JXUA 5ELZA 3M6GA 4JAXA 3MN5A 1BOTO 5EOYA 3UKUB 1KAZA 4FO0A 3VEWA 4C23A 4M63C 2Q36A 1LOTB 2CH5A 3QDKA 2VYPA 2FSNA 1HKBA 4CBWA 5AQKA 1JCGA 4ISFA 5AQJA 2ZWHA 3GDQA 2P9LA 2ASMA 4F9OA 3R8EA 2D0PA 2AP1A 5TKYA 2IVOA 1GLDG 2EWSA 3WQTA 5BN9A 3KHYA 2QWLA 2V7YA 4K25A 1NGJA 4EFHA 4FWSA 1QQOA 4H5RA 2D0OA 1ESVA 2BUPA 2ZGYA 3IMXA 2CGJA 3VGKA 1T6CA 3FGUA 3WXKA 4FOIA 4L3QA 4WQ4A 5EY4A 3VESA 2V7ZA 4NB4A 3EN9A 3VGMA 2AA4A 2P9UB 5AFUA 2P9PB 1GLCG 2P9NA 4WQ4C 4BRPA 1BUPA 3FFKB 3CJ1A 1YAGA 5JLHA 4PL8A 4B1YB 1GLFO 3DWLA 2V51B 1V4SA 3U9ZA 4CZMA 5AQYA 1RDWX 3AAPA 2YHXA 3U9DA 5AQHA 3O6WA 3FZKA 3EKSA 4EAHD 4JHDA 2ITMA 2QWPA 2QW9A 3L4IA 3I8BA 4BGBA 4H0PA 2QWRA 4IJAA 4HTLA 2Q0RA 1IJJA 1MWKA 1SAZA 3CIPA 3CQXA 2FSJA 2NRHA 4JNEA 4FOEA 4BVOA 4BR4A 2F9WA 2GEMA 4CZEA 3LDPA 5EXWA 5AQXA 2A6AA 2I7PA 5FPEA 3VGLA 2W41A 2ASPA 1G99A 3CJAA 1TUYA 1ZBSA 5AQZA 3FR0A 3RSEB 2E1ZA 2P9NB 3GBTA 4H0OA 5AFUH 1OKJA 1HX1A 5AZIA 2ASOA 4O8KA 3CJ7A 1ATRA 1KAXA 3EZWA 5BPNA 4H5TA 3QICA 4BRLA 3A5NC 2P9KA 4BG9A 1SQKA 2Q31A 4FWNA 3VERA 5AZJB 4JHDB 4XH5A 5FPDA 3VETA 3IFRA 5KQDA 4CZFA 2A3ZA 3HM8A 3FZFA 4CZGA 4BR7A 4QS7A 3D2FA 3ZEUA 3SMSA 3BP8A 1YXQA 4I6MA 3EO3A 3CI5A 4MLEA 3VEYA 4BRCA 4ISGA 4FWOA 4FWQA 4HWIA 1TYQB 2KHOA 2E20A 4BG8A 3FZMA 4CD3A 3ENOA 3WXJA 4BRHA 3A0IX 1ATNA 4EHUA 2YHYA 1BA1A 1BA0A 4XH1A 3BEXA 3WT0A 4XEIA 4MO4A 3SLCA 5BPMA 5AQQA 5AZIB 4IJNA 4EHTA 3S41A 2PAVA 4B1WB 3FZHA 2CH6A 5AQLA 3MDQA 4WQ5A 4XH4A 2P9KB 4ISEA 3ZETA 1S3XA 1D4XA 4FSVA 1X3NA 5ADXA 3R6MA 4B1VA 4NO7A 2Q97A 5AQTA 3CJBA 4WQ5C 2CGLA 3D7EO 5BR9A 4CBUA 1MWMA 3QFUA 3EL2A 3D2FB 3ZEUB 2A40A 4BRFA 3HTVA 4MO5A 2QWNA 4I6MB 2ZF5O 2QWMA 3MK6A 5JICA 3RSEA 3H1QA 4H5VA 1BO5O 4BRAA 5BREA 3J8AA 1T44A 2UYTA 5AQRA 1MDUB 4PKHA 3ZX0A 5CE3A 5LJWA 1BG3A 4IZ9A 2VCPA 3U4LA 4YDUA 2QM1A 5AQPA 2GUPA 4RTFD 3LM9A 5AQGA 4BRIA 1V4TA 4A62A 2YJEA 5AZJA 4YDUC 4LC9B 1HLUA 1CZAN 2E2NA 1GLLO 1HPMA 2A5XA 2YCHA 3H46O 3C7NA 1JCEA 3AY9A 3CERA 3ZX3A 3D2EA 4JD2A 2D4WA 4B1XB 4BR2A 3ZETB 4QS8A 2E2QA 1Z05A 5ADXH 3HZ6A 3ATVA 4BQLA 3A5LC 1TYQA 1QQNA 3A8YA 2D1KA 3GE1A 2Q1NA 1LCUA 4IXCA 3SMPA 3HBTA 4BVPA 3KZBA 3CJCA 4FL9A 1MA9B 2QWQA 1E4GT 4FWMA 3VOVA 3ENHA 3LDNA 3H45C 3UB5A 1NM1A 4BC4A 4CI6A 4H0TB 4DHYA 1ZC6A 2E2OA 1NGCA 3GL1A 1HKCA 1RGIA 1NGBA 3O5BA 1IG8A 2HOEA 3AAQA 4BRNA 5JLFA 1P8ZA 1GLAG 5AQOA 3MN9A 3ULEA 3QBXA 4A2AA 1YUWA 1Q18A 3C7NB 3SK3A 3MN7A 3D2EB 1NLVA 1HKGA 4JD2B 3FZLA 4WYBA 2F9TA 1NGHA 4O5FA 3DXMA 3CETA 3GOIA 1NGDA 3QFPA 3MCPA 3VEVA 2FLOA 4CD1A 2GTDA 3HSCA 4GNIA 2E8AA 4JN4A 4PKIA 5BRFA 3L0QA 5AQIA 3VENA 5JMVA 3M3ZA 1QHAA 1GLBG 5AQSA 4PL7A 3TPQA 1DGKN 3A5MC 3CHWA 3VF2A 5BPLA 3JS6A 1K8KA 1WUAA 3DXKA 3U8XA 4CZLA 3TU5A 1R59O 1GLEG 2GELA 2IIRA 3L6QA 2QXLA 4H0XB 3ATUA 2P9IA 4M7XA 2P9SA 3B8AX 3FE1A 3WXIA 2CGKA 4BC3A 1X3MA 1QZ5A 1H1VA 1C0FA 3M1FA 3QMLA 2IVPA 3O4WA 3O8MA 2FXUA 3P4IA 3SJHA 4BROA 2YJFA 4CJ7A 3FLCO 3VEXA 2E1YA 4FWKA 3ULEB 1J6ZA 3UKRA 1DEJA 1QQMA 2GWJA 4QS9A 5FPNA 2FF6A 1SZ2A 4A2BA 3MMVA 1S22A 4FWLA 4A61A 1NMDA 2E88A 4BRGA 4J8FA 4BR0A 3VF4A 3DXMB 1NGAA 1U2VA 4H5WA 4H0VB 4K42A 3A5OC 2HMPA 3EKUA 4MLHA 5BN8A 2H3GX 3O1BA 5AR0A 2J4RA 3H1VX 1KXPA 3VPZA 3H3OB 1T6DA 3LL3A 1HJOA 4K41A 5LY3A 2GWKA 1XUPO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K59A 3AA4A 5M1OA 3NH0A 3LP3A 3LDQA 1N5YA 2Q0UA 4I2PA 4BR9A 1WBBA 4RWTA 4E1JA 3LAMA 3HI0A 3PIOL 1IKVA 3OYNA 3DYAA 3CMEN 3MXJA 4PKGA 1BI4B 3NF6A 2HBMA 2VG5A 5EVZA 4IWVA 5KRTA 1JCFA 4OKEA 2QKKA 3P38A 5AQFA 3CC2N 4DQ8A 1EWQA 4FWRA 3HJFA 3IUCA 1K6YA 1I3AA 3MN6A 1U2VB 4DFPA 3KLEA 3P39A 1VSHA 3QESA 1NWKA 1C0UA 3IS9A 3OHRA 5EX5A 4DV6K 1DLOA 4FZYA 1VQ6N 2X6NA 3OJUA 3AVAA 1VQ5N 3A2FA 3CG7A 3LDLA 4EIAA 2Z1IA 3KK1A 4LF6K 4Z4IA 3CCEN 3H3NO 4FJKA 3AA5X 5AQVA 3LZIA 4BDZA 3GG4A 3QBWA 2G8FA 4IO9L 2XHBA 4BDPA 1X9JA 3CJ9A 3P5JA 3OYLA 3TTFA 3TWHA 1D8YA 1NGFA 4FK2A 4BQZA 4FJIA 4B9UA 1NGGA 3CFRA 4CERA 4FJ7A 1FK9A 4B9QA 4CFDA 3PX4A 1Z25A 4IOAL 5IT9O 4KFBA 1VQKN 3KLGA 3U3YA 4KBOA 2W40A 1GOAA 5GIOA 3KVGA 4CJ3A 1XNQK 4AQYK 3OYJA 3ZSWA 3MWPA 1LWEA 1A5XA 2XY6A 2BDPA 2P9UA 2P9PA 5HRPA 1BWFO 3O1WA 1NGIA 1Z26A 2RE2A 2VG7A 1Y64A 4W5OA 1BQNA 3JXUA 5ELZA 3DLEA 4JAXA 3UKUB 3CYMA 4X64K 2O8EA 4DR2K 1W0HA 2VYPA 1KD1O 4DTXA 2DFHA 3NF9A 5AQKA 4ILGB 4OVLA 3SAFA 3GDQA 3HVRA 4M3YA 2ASMA 1S1UA 3G10A 5FLXO 3M8QA 4F9OA 1WLJA 2AP1A 4C1NI 5KRSA 1N32K 3WQTA 5HOOA 1VQ4N 4H5RA 4IKFA 1ESVA 1JLQA 4QOZB 2ZGYA 4R5PA 3VGKA 4BE0A 3V9SA 3ZSRA 2ZJRL 4FJJA 4F3TA 3SJJA 4NB4A 1L3SA 3EN9A 3VGMA 4GV3A 4DV7K 1BUPA 3JSMA 3MXMA 3DWLA 3V9XA 2V51B 1V4SA 1RDWX 2YHXA 4DTOA 1TK8A 3O6WA 5LMNK 2XRIA 2ETJA 4JKEA 3NH1A 4EAHD 4KHUA 1T3VA 4FLYA 4M3TA 2ITMA 5J2NA 1D9DA 2DFFA 2QW9A 3SI6A 2ZE2A 3NDKA 4ID5A 4DQSA 4CESA 2QWRA 3L2UA 2Q0RA 3LDSA 4W5NA 1HNXK 3HRGA 1JLFA 1FW6A 3LANA 1BCOA 3C94A 4JI4K 3QETA 1XNRK 2FSJA 1NJYA 2NRHA 1VQ7N 1UOCA 2F9WA 4CZEA 4DR3K 2UXCK 4B08A 4JRPA 5AQXA 4CJUA 2JWLA 1W7AA 2B6AA 3R3LA 5AQZA 4KO0A 3FR0A 2QTDA 2HBKA 1QSSA 4V19S 3OYBA 3KD1E 2E1ZA 2ZJQL 3F9KA 1OKJA 3RVCA 2ASOA 1JL1A 4WFBL 3CJ7A 3FFIA 4JKAA 4FK0A 3KKRA 4H5TA 4BRLA 2P1JA 2P9KA 4RW6A 4MDAA 1SQKA 2Q31A 4FWNA 3VERA 4JHDB 1WAFA 2GV9A 2G8HA 2UXBK 1LWCA 1NKCA 5FRMA 3G71N 4QS7A 3VQPA 3BP8A 3NCIA 3E9PA 2F96A 3MECA 4LF9K 2I5JA 1U04A 4BG8A 1RBVA 3TAMA 3AVHA 1UA1A 4Z4GA 4KTZA 3ENOA 4FJGA 3WXJA 1CXQA 1RDUA 4B9VA 1IKXA 1ATNA 2HHUA 1BA0A 3WT0A 4YOYA 4MO4A 5AQQA 5AZIB 4IJNA 3M8RA 1T7PA 1F21A 4EHTA 3O9RA 1KTQA 1VRUA 4AHSA 3EYZA 2EX3A 3L4QA 3NAEA 3AVJA 3DOKA 3CJBA 3PLAA 3SPZA 4KPYA 4JS4A 5M1NA 5CYMA 3ASMA 4X66K 2OTLN 1ITGA 1RBRA 1QTMA 1SL2A 5T7BA 3EE8A 1LW0A 2A40A 3IRXA 3V4IA 1BHLA 1Q81O 3CXCM 2G8KA 1IO2A 2UYTA 5AQRA 4CF9A 3BDPA 3ZX0A 2P51A 3CCUN 2ITGA 1BG3A 1JJ2M 2ZD1A 5CHIA 4FJ5A 4KTQA 4DV2K 4RTFD 2OZSA 3AVLA 4DV0K 4BRIA 3B6OA 1LV5A 4CJLA 4AHRA 3E01A 1DT9A 1RNHA 3I0SA 2Y1JA 1JCEA 3D2EA 2D4WA 3ZETB 2E2QA 1O1WA 4LSLA 3AO5A 3HZ6A 1N6QA 3WNFA 3HPGA 3K9JA 1QQNA 1HR0K 1LCUA 4IXCA 2HVHA 4KTWA 4JYAK 4DSLA 3SMPA 2OPQA 4KHNA 4B9TA 2OCEA 3ZLJA 1RT7A 4CJPA 4FL9A 1TGOA 1C6VA 2WOMA 1RBTA 3P31A 4DUZK 4E3SA 3LDNA 4IFVA 3THXB 3ITHA 4H4MA 4H4OA 1IG9A 1S1TA 4AHTA 5KI6A 1RT3A 2E2OA 4JI2K 2P5OA 1TL3A 1QVGM 4N5SA 3QIOA 1NNEA 4B9SA 5J2MA 2A1RA 1NK5A 4PA1A 1S1WA 3MN9A 3DLKA 3SUOA 1RT5A 5JVHL 3PUFA 4DFJA 4QCLA 4NLCA 3MN7A 3CCMN 4HCBA 4JD2B 3FZLA 4E1MA 4CHYA 3QNOA 2UXDK 3S9HA 3M8SA 1NGDA 3MCPA 3VEVA 5GADP 2XO7A 3VQQA 2GTDA 3HSCA 4DU1A 5AQIA 3VENA 5JMVA 3J7ZO 1YHQN 4ZTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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