3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
4DHYA 5F1XA 1NGJA 4H5TA 4JD2B 5E26A 5KQ8A 1TUUA 3WEEA 3FZFA 4BQLA 2E2QA 5TKYA 4CBWA 2HMPA 3QICA 3TPQA 1ATSA 2QWPA 4O8KA 4A2AA 3U9DA 4XEIA 3EN9A 1LOTB 4FWSA 5BREA 2Q36A 4H0TB 4H0OA 4HTLA 5AQWA 1NGHA 3FGUA 2VWBA 1NM1A 2VYPA 4BC4A 4H0XB 3MDQA 2QM1A 2GEMA 3ZETB 2QWRA 1DGKN 4BR2A 2P9LA 1JCGA 4K41A 5AQVA 3VGLA 3WXLA 3M1FA 3CJ1A 4BRQA 2Q2RA 2V51B 3D7EO 3MN6A 3VEYA 4IXCA 5LJWA 4I6MB 3OHRA 4CBXA 3HZ6A 3I8BA 5AQOA 1NGEA 1HKCA 2P9KA 3TU5A 5AQFA 3O4WA 2NZTA 2YHYA 3EZWA 2Q31A 4KBOA 3VEXA 5BPMA 3LM2A 1KXPA 2GTDA 1BU6O 4H5VA 1DEJA 4C23A 3R9PA 3BF1A 3QBXA 4BRDA 5AFUA 1ATNA 3JS6A 4PKHA 2ASPA 4PKGA 5FPEA 5JLHA 1D4XA 2P9PA 3ZEUB 3SK3A 2ZGYA 1BA0A 1NWKA 2GELA 4CZJA 1U6ZA 1IG8A 2Q1NA 1GLJO 4BG8A 2F9WA 1NLVA 1Y64A 1MWMA 3MN7A 3QMLA 1YUWA 5I9EB 4RTFD 3VF2A 4BREA 3A5OC 2YCHA 2E2OA 5BPLA 2A3ZA 4ISFA 1KAZA 4H0VB 5ADXH 3WQUA 4PL7A 2QWNA 1J6ZA 4M7XA 1QQMA 4WQ5C 3F9MA 3VENA 4BR7A 4BRFA 3FR0A 4EHUA 3IDHA 4BRAA 3H1VX 1R59O 3O1BA 3SJHA 3QDKA 5ADXA 1TYQA 4Z94A 1RDWX 4QS7A 1BG3A 1ESVA 3DXMB 1HKBA 3QFUA 3ENHA 4JNEA 5AQTA 2GWKA 3VGMA 2QWLA 5JICA 4DB3A 3GL1A 2FSKA 3CJBA 1HPMA 4MO5A 4FPAA 1ZBSA 2J4RA 3MN5A 5B8HA 2A42A 4MO4A 4BC2A 1GLAG 2YJFA 2CGKA 3FZKA 4CZFA 2E8AA 4IJNA 4CD3A 4BRLA 4H0PA 4QS9A 3BF3A 3WQTA 4JN4A 1XC3A 4BGAA 1H1VA 2NLXA 4YDUA 3O1WA 1NMDA 4E1JA 5EXWA 1U2VB 1S3XA 3VEZA 4FWLA 4JHDA 4DCHA 2FLOA 3A0IX 3EKSA 3LDPA 5AZIB 4BRNA 1S22A 3FE1A 1JCEA 2HOEA 4RCHA 5EX5A 2QWMA 1NGDA 4FOEA 4BRKA 3QBWA 3R6MA 3I33A 3MN9A 4NO7A 3FZLA 3QB0A 4FL9A 5AQMA 3VETA 3BP8A 3ZX2A 2FF3B 5EY4A 2IVNA 1GLEG 3MMVA 1E4GT 4FSVA 3UKUB 5FPDA 2EWSA 5BN8A 3UKRB 4CZLA 1V4TA 3KVGA 1C0FA 5LY3A 1RGIA 2P9UB 3HI0A 3L4IA 2V7ZA 4FWQA 2A41A 4O5FA 3LDLA 3ULEB 2DPNA 3M6GA 3KZBA 2QXLA 1ZC6A 1Q18A 4ISGA 4A61A 3J8AA 2ZF5O 4EIAA 3DWLA 1NGCA 5BR9A 3A5MC 4BVOA 1MA9B 1BUPA 1TUYA 2FF6A 3AAQA 3VPZA 4BR5A 3VEOA 3A5NC 3CETA 2E1ZA 3H6EA 2ZGZA 5AQHA 1NBWA 1TYQB 2E1YA 4EFHA 1P8ZA 3SMSA 4JHDB 3W0LA 1GLDG 4FOIA 4Y0WA 4BR4A 4QS8A 5AQIA 1Z05A 2IIRA 3CHWA 3HBTA 3DXKA 4CZEA 3G25A 5EOYA 4L3QA 2I7PA 4ISEA 4WQ4C 3DAWA 3AAPA 4XH5A 3MK6A 4I6MA 1Z6RA 4BGBA 2UYTA 2HF4A 5BRHA 2P9IB 2P9IA 2W41A 5AQPA 4XH1A 2V7YA 5BPNA 2FXUA 1WUAA 2BUPA 3H46O 3W3DA 2FSNA 3H45C 3GDQA 2P9NA 5AQLA 4BRGA 2ASOA 3EKUA 1HKGA 1EQYA 2FSJA 1YAGA 4FWPA 4B1XB 3ENOA 3VGKA 5LJVA 1HLUA 3RSEA 3C7NB 1BDGA 4F9OA 2A6AA 4BR9A 3WXIA 1T44A 4WQ5A 5JMVA 1HJOA 2V52B 1CZAN 3GE1A 3ZX0A 3GBTA 5AQKA 4FWKA 4MLHA 2D1KA 2OANA 3O6WA 4M63C 4BC5A 3H3OB 3BUZB 2VCPA 1NGIA 2QW9A 3A5LC 2ZWHA 2ITMA 3VEWA 3FLCO 3CI5A 3H3NO 3LM9A 5AZJA 2AP1A 3HM8A 1T6DA 4A2BA 3BEXA 3CJCA 4CZMA 1E4FT 1MDUB 2P9LB 1GLCG 1DKGD 4GNIA 3WT0A 4GY2B 1V4SA 4IO8A 2YHWA 1SZ2A 2F9TA 4FO0A 3IFRA 1GLFO 2I7NA 3O80A 5KPRA 3CJ9A 5CE3A 5AQXA 4RWTA 3IMXA 5AZIA 1XQSC 3O8MA 5AQQA 4CZHA 5BN9A 2P9SA 3VEVA 4K42A 5ELZA 3VOVA 3L6QA 2KHOA 4CI6A 1BA1A 1QZ6A 5AR0A 2CGLA 3U9ZA 2YHXA 5F0XA 1RFQA 1GLLO 4CZGA 2E2PA 1HX1A 3AARA 3SLCA 3H1QA 4YDUC 3L0QA 3FZHA 1WOQA 1XUPO 4J8FA 3UKUA 2WUSA 4B1WB 1BOTO 5JLFA 3WXJA 2IVOA 5AQUA 1K8KA 2CH6A 2P9PB 1X3NA 1ZXOA 3CIPA 3P4IA 4IWVA 4H5RA 4CZIA 5KPTA 3D2FA 3EL2A 4AM7A 2P9SB 1NGBA 4BVPA 3D2FB 2HF3A 5AQSA 2H3GX 2D0OA 3QFPA 3JXUA 3O08A 5E84A 4BRIA 1T6CA 3ZETA 3GOIA 3UE5A 1X3MA 4AM6A 4FWNA 3S41A 3LDNA 4BRPA 3WEEB 2W40A 2D4WA 4PKIA 1OKJA 3WXKA 1BWFO 5KPZA 3A8YA 4B1VA 3VERA 5EVZA 5F2RA 2YI1A 3LDQA 2A40A 3D2EA 4B1UB 4DQ8A 3SMPA 4H5NA 4EAHD 4BC3A 2CH5A 4FWRA 4JD2A 3HSCA 3DXMA 2P9UA 1QQNA 3U4LA 4H0YB 3ULEA 3CJ7A 4IZ9A 3VF4A 3CERA 3M3ZA 1YXQA 3IUCA 3MCPA 3UKRA 3KHYA 4BR0A 2D0PA 4BRMA 1NGAA 2ASMA 4BG9A 2GWJA 4NB4A 5FPNA 5AQGA 4CZKA 3WUHA 4CBUA 4EHTA 1BO5O 2CGJA 2IVPA 5BRFA 5AZJB 4FWOA 2Q97A 1KAXA 1SAZA 3CQXA 4XH4A 5KQDA 2Q0RA 2GUPA 3LDOA 5AQNA 4FWMA 3DXKB 3U8XA 4PL8A 4BQZA 1GLBG 4K25A 3ID8A 4MLEA 1KAYA 1C0GA 5AQJA 3FZMA 1NGGA 4A62A 1K8KB 2E88A 3HTVA 4JAXA 2YJEA 1IJJA 4K43A 4M7YA 3GG4A 2PAVA 4BROA 5AQZA 4WQ4A 2P9KB 4HWIA 2QWOA 1SQKA 2Q0UA 4WYBA 2P9NB 1QHAA 1ATRA 1X9JA 3ZEUA 3ATUA 1LCUA 2E2NA 3DJCA 2NRHA 2AA4A 2A5XA 3O5BA 5AQYA 5BRDA 3FFKB 1QQOA 3RSEB 3ZX3A 1MWKA 3B8AX 1YVNA 4H5WA 4BRHA 4CD1A 4B1ZA 4BRCA 4CJ7A 3C0BA 1QZ5A 4IJAA 5FPMA 2QWQA 3VF6A 4LC9B 3EO3A 3CQYA 3LL3A 1U2VA 3UB5A 4FPBA 2PBDA 1NGFA 5AFUH 1G99A 3ATVA 3VESA 5AQRA 2BTFA 3C7NA 3CJAA 2E20A 3AY9A 4B9QA 1HUXA 3D2EB 4B1YB 1JCFA 4H03B 3R8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZBA 4JLHA 4DHYA 3ZLJA 2XY6A 4LF6K 4CK2A 1N6QA 5E26A 4IG0A 1TUUA 1N33K 3ZSQA 1RDAA 2HMPA 1L5UA 2QWPA 3OYMA 4ELVA 3P83D 4B8AB 3CM6A 3VA0A 4H4MA 3THVA 4H0TB 2GV9A 3L4QA 2QXFA 3LANA 3P1GA 5AQWA 1NGHA 2VWBA 1U49A 1NM1A 1Z25A 3J81O 2QM1A 1KFSA 3MWTA 4X62K 3HYFA 5C25A 4KH4A 4DV0K 4K41A 4DTSA 1Z26A 1I3AA 4DV3K 3V9SA 2YNHA 1B9DA 4CJFA 4FM0A 2YKMA 3N4PA 3T1AA 1KD1O 4DG1A 3D7EO 3WXMB 1J9AA 2HB5A 4O8UA 3VTIA 3VEYA 2P5OA 5LJWA 3AVGA 4CBXA 3HZ6A 3I8BA 4DU4A 3F9KA 3I55N 1ZBFA 3S3NA 3O4WA 4Z4FA 2NZTA 3VMFB 3DLBA 4NXMK 2PZSA 4DTJA 4CJLA 5GAHP 4Z4GA 3LM2A 2GTDA 1TKDA 4AHUA 3DYAA 3BF1A 3PIOL 4JS5A 1ATNA 2HHVA 2EX3A 4DV5K 3LAKA 4DSEA 2OCEA 4OKJA 4FJ5A 3ZEUB 1BA0A 4JKBA 3CCLN 2OZSA 4FZZA 4BG8A 3D45A 4B9LA 4JKHA 1Y64A 3QMLA 4BDYA 5I9EB 3G4SN 4RTFD 3VF2A 3THYA 1YHQN 2E2OA 4CIGA 3AA4A 4H0VB 3DLEA 3OYHA 3O9UA 1JLAA 3AO5A 1X9MA 4LFBK 4WQ5C 1JLCA 2VGMA 4O55A 3V1RA 1OVQA 1N36K 3FR0A 1NJIO 3TWHA 3H1VX 1R59O 5JVGL 5M1OA 1HYZA 1RDWX 1ESVA 4TSXA 3RTVA 1T8EA 4CJSA 3M8SA 3SQ4A 3PO5A 3KD5E 2QWLA 4DQPA 4PHTX 1VAZA 2FSKA 3CJBA 1QSSA 2HHSA 4IDKA 4JI6K 1VQMN 3MN5A 3O9TA 5B8HA 2A42A 4DFMA 2YJFA 3AVAA 5GAEP 2E8AA 3AVLA 1S6QA 1D9DA 1QHTA 4BRLA 2FBTA 3SUOA 4F4KA 2DY4A 3DM2A 4NCBA 1H1VA 3MXMA 3D6RA 4E19A 4J2DA 4M3XA 3PSIA 4JYAK 3O4QA 2NRZA 4MFBA 4DCHA 5AZIB 3EKSA 3CQ8A 3CCJN 4FJ7A 1S22A 3CC7N 3IAYA 3VQPA 4KHNA 2KQ2A 4JK9A 3THYB 3RRHA 4DF8A 2UXDK 4M3UA 5MLCQ 2QWMA 3O4NA 4OPHA 4W5TA 4X64K 5DM7L 4IG3A 4OX9K 3BP8A 3ZYYX 1FKOA 2IVNA 1GLEG 5C2FA 1WLJA 3UKUB 5FPDA 4CEDA 3G71N 3UKRB 1C0FA 5LY3A 3L4IA 2QXLA 1L3VA 1ZC6A 4KO0A 5C0YA 1Q18A 1QSLA 3J8AA 4EIAA 3DWLA 2F8SA 3VQ5A 4BVOA 3NE6A 1MA9B 3AAQA 3MECA 3NHGA 3VN5A 3A5NC 2RN2A 2DTUA 3ALYA 3CETA 1IV0A 4CJUA 5AQHA 3NH1A 3M8PA 4DSLA 3RR8A 3S9HA 1VSDA 4IEIA 4JHDB 4FOIA 3OBYA 4DV4K 3HBTA 4CFCA 3G25A 2BDPA 2JWLA 4C8NA 2FBYA 2I7PA 1Q7YO 1NG9A 4FJKA 1EXQA 3ULDA 2HMIA 1D8YA 2HF4A 1RT3A 2O8DA 4IKFA 5BPNA 3NDKA 2RF2A 5J2MA 4U7BA 2XY7A 1WUAA 4KHPK 3K59A 4QAGA 4DS4A 3AVMA 1J5EK 2IDOA 3BY5A 3GDQA 5AQLA 1IH7A 2DFEA 3EKUA 1VSLA 3LWMA 4JRQA 1HKGA 4DSFA 1EQYA 2O8FB 1O13A 3K5OA 2RPIA 3E01A 5LJVA 1U4BA 1BDGA 1L3UA 4BR9A 1DTTA 1T44A 4WQ5A 2YHAA 1HJOA 4DU3A 3ZX0A 2X78A 4MLHA 4M63C 3O6WA 3ZT3A 1Q82O 4UY8O 2VCPA 4M45A 2RE2A 4PQUA 1JJ2M 4ELTA 4CGHA 5AZJA 3H3NO 3WNFA 1XNQK 4A2BA 1BI4A 2P9LB 5DK5A 2DFFA 1V4SA 2YHWA 4N76A 2F9TA 3IFRA 5HBMA 2I7NA 4K8ZA 3O80A 4KTWA 5KPRA 3L2VA 5CE3A 4YOUA 1XQSC 1WAJA 1DTQA 3TANA 2HHUA 4K42A 5LMUK 3L6QA 3OYJA 1QZ6A 5AR0A 4E7JA 1VSHA 1JLEA 1JL2A 2HHTA 1TAQA 3CM5A 3V81A 3L0QA 3TARA 1NNEA 1BOTO 2OPRA 2G8WA 1Y97A 3Q7CA 3WXJA 2IVOA 3P4IA 5KPTA 1WBDA 4AM7A 2P9SB 3QIOA 4BVPA 2HF3A 3T3FA 5AQSA 2H3GX 3MXJA 4WFNL 4KB0A 4JK8A 3GOIA 3ZETA 3UE5A 4AM6A 3AA5X 3LDNA 4YOTA 4DTRA 1BWFO 4E89A 3E9OA 5KPZA 1NOZA 2O8CB 1C0MA 3L2UA 4KTQA 5EVZA 3LALA 3LDQA 5I3UA 1VSFA 4DTXA 1RBVA 2VWKA 3V1OA 3T7ZA 2G8VA 2HW3A 1SS6A 3WNHA 1N32K 3HSCA 4GW6A 4M42A 4KH6A 4H0YB 4Z4IA 1KLMA 2YNFA 3HSTB 3CERA 4R79A 3KJVA 1YXQA 3DLHA 2OYQA 2QKBA 4PWDA 4BRMA 2ASMA 4E7LA 2YNIA 1VQON 1W0HA 4CBUA 2KLAA 4ZTJA 4FJNA 4XH4A 1N5YA 3LDOA 4H4OA 4PL8A 4BQZA 4JI0K 3KLFA 4K25A 1KAYA 1D9FA 4Q0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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