3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
3LDNA 4GNIA 4B1WB 4WQ5C 4FO0A 2QWMA 3WT0A 3J8AA 2GUPA 3VOVA 3VEXA 4EIAA 1XC3A 2A40A 3FR0A 5AQGA 4BQZA 2Q0RA 4K25A 1BA0A 3D2FA 5E84A 2ASOA 5CE3A 1T44A 1TUUA 2GEMA 3ENHA 3OHRA 4JHDA 1C0FA 3QMLA 5LJVA 3LDQA 2W40A 1ZBSA 3D2EB 1ATNA 3QDKA 3KVGA 4CBUA 4M63C 5FPMA 4NB4A 3CQYA 3QFUA 5EXWA 2CGKA 3CIPA 3JXUA 3QB0A 2P9NA 1XQSC 3VENA 1NWKA 3CERA 3WXLA 4JD2A 4K43A 1GLCG 2YHYA 4QS9A 2FSJA 3EKUA 3QICA 5BPNA 2PAVA 3EO3A 2ZGYA 3MCPA 2ITMA 3MN7A 3CJBA 5EY4A 4IJAA 3R8EA 4H5VA 2Q36A 3ZETA 1HLUA 3ZX3A 5AFUA 4BC3A 4BC2A 3FZLA 5KQ8A 4BRFA 2F9TA 1NGIA 3FGUA 1CZAN 1JCGA 2QM1A 5F0XA 2A6AA 2P9LA 2Q0UA 3FZKA 3HSCA 4CBWA 4BGBA 4WQ5A 3B8AX 2GTDA 5BPLA 1TYQA 4MLEA 5AQSA 3VEWA 3BF1A 4EHUA 5AQPA 5FPEA 4PKIA 4FWMA 2E1YA 1SZ2A 4BRHA 4BR0A 4BRCA 4QS7A 3O08A 4H5WA 2GWKA 4AM6A 2QWLA 1BA1A 4XH1A 3FZMA 5FPNA 2AP1A 3WXIA 3FFKB 5TKYA 2FLOA 3CJAA 3JS6A 2VCPA 4CD3A 5E26A 4BR4A 2UYTA 2QWQA 4BC5A 4IO8A 3VF4A 1NM1A 1RGIA 5F1XA 3FE1A 1GLEG 3QBXA 4FWQA 1SQKA 1WUAA 3QBWA 2IIRA 4FWNA 3UKUA 4BRMA 3LM9A 4K41A 5AQIA 3VPZA 3P4IA 2V52B 1V4SA 5EVZA 4O5FA 4PL7A 4FPBA 2OANA 4E1JA 3A5MC 3MN5A 3R9PA 4DHYA 1GLBG 1Q18A 4B9QA 1K8KA 5BN8A 3WXJA 2P9KB 5EX5A 4WQ4A 4FOIA 4BG8A 2D1KA 4HWIA 2P9UB 3WEEA 1ATRA 1S22A 1QQNA 2P9KA 3CHWA 2GWJA 3BUZB 5BRFA 3DXKA 3LDLA 3MN9A 3ZEUA 3IUCA 2PBDA 3U9ZA 4A61A 1D4XA 5B8HA 4WYBA 5I9EB 4H0OA 3ZETB 3GBTA 5AQKA 2P9SA 1MA9B 1LCUA 1NGFA 1NGAA 3O1WA 4XEIA 1X9JA 4DB3A 1ZXOA 3H6EA 3VF2A 4JNEA 5JLFA 3DWLA 5BN9A 1R59O 5KQDA 1RDWX 3ZX0A 4BRQA 2YJEA 2P9UA 3WEEB 1DEJA 4H0PA 1KAZA 3FZHA 4MO5A 4FSVA 4DCHA 2E2PA 3VEYA 1NGBA 2ZF5O 3I33A 4BRLA 5BRHA 1H1VA 3SLCA 1SAZA 2YI1A 3DJCA 3IFRA 3H1VX 4IWVA 2D4WA 4BRNA 4NO7A 2FF6A 3FLCO 3QFPA 2ZWHA 2E1ZA 3EKSA 4BROA 2QXLA 4CJ7A 2IVPA 3C7NB 2P9SB 3WUHA 4B1ZA 4CZLA 2VWBA 1HX1A 5AQYA 1ESVA 3BP8A 5AQUA 4CZIA 5AFUH 3UKUB 3EL2A 3WXKA 3LDOA 4I6MA 4BRDA 3U8XA 2NLXA 4WQ4C 4F9OA 2DPNA 3BF3A 3VEZA 1IG8A 3ATVA 4YDUC 3ZEUB 4FWPA 4BRKA 5AQTA 4EAHD 3A0IX 4BR2A 2BTFA 2EWSA 3VEVA 4CZMA 3IDHA 2I7PA 4CI6A 2Q31A 2IVOA 4HTLA 4JAXA 3O6WA 5AQOA 4RTFD 3WQTA 2QWOA 2YCHA 4ISGA 5F2RA 2QWNA 1RFQA 3ULEA 2P9IB 4CZKA 2QWPA 5AQMA 4Z94A 1C0GA 3SMSA 4XH4A 3CJ7A 5AQJA 4FPAA 2F9WA 1Z05A 3HI0A 5FPDA 4JD2B 3G25A 3O1BA 3HZ6A 2Q97A 3CJ9A 4C23A 2E2OA 1GLLO 4B1XB 3D2EA 3LM2A 3MN6A 4BR7A 4KBOA 2FSNA 1XUPO 2FSKA 1U6ZA 1LOTB 3H1QA 3F9MA 3EZWA 1QZ5A 1NGCA 2J4RA 2CH6A 3UB5A 5AQVA 3LL3A 4H0TB 3VGKA 1TYQB 2E20A 1E4GT 3VGMA 1K8KB 1BDGA 1T6DA 3SMPA 2H3GX 3ZX2A 2HMPA 2A3ZA 1BWFO 2I7NA 1U2VA 1YAGA 3TU5A 4BC4A 2Q2RA 5AQHA 1BO5O 2VYPA 1Y64A 3A8YA 3DXKB 1NGJA 4M7XA 1YXQA 4FWRA 5KPZA 3A5OC 3CQXA 1KAXA 3CI5A 1T6CA 2A41A 2P9NB 4BRPA 4BRGA 3C0BA 1HJOA 3I8BA 4XH5A 1NGDA 1JCEA 3S41A 3HTVA 3D2FB 4B1VA 2P9PA 1GLFO 1MDUB 1U2VB 3GOIA 3L0QA 5LJWA 4BR9A 3R6MA 4EFHA 2NZTA 3H46O 1EQYA 2CGJA 1IJJA 2ZGZA 3HM8A 3O8MA 5AQQA 5AQXA 4CBXA 3L6QA 3LDPA 3AARA 1ZC6A 2V7YA 3FZFA 3VF6A 4FOEA 1Z6RA 2BUPA 2QWRA 5LY3A 1NGGA 2Q1NA 3ID8A 4Y0WA 2KHOA 4CZGA 3WQUA 2A5XA 2IVNA 4ISEA 3CETA 2V51B 3H45C 4PL8A 2CGLA 1ATSA 4BG9A 4O8KA 1NMDA 2HF3A 2E8AA 1BOTO 3O4WA 1WOQA 4H0YB 4RCHA 3AAPA 2AA4A 3MK6A 3AAQA 3CJCA 4M7YA 2FXUA 2HOEA 2P9IA 1YVNA 4JHDB 5EOYA 4CZHA 2QW9A 2CH5A 3AY9A 4FWSA 4CZJA 2D0PA 1BG3A 4YDUA 4MO4A 3GL1A 3VGLA 4FWOA 5AZIB 2WUSA 3TPQA 3HBTA 3MDQA 1HUXA 3GG4A 3O80A 4QS8A 5BR9A 1DKGD 5JICA 1QHAA 3MMVA 4IJNA 2ASPA 3DAWA 1HKBA 4H5TA 5AQFA 1X3NA 3U9DA 3VESA 1MWKA 1YUWA 3ATUA 4B1UB 1V4TA 1MWMA 2P9LB 3H3OB 3CJ1A 3SJHA 1P8ZA 4CZEA 3KHYA 5ELZA 1KXPA 5AZJA 4H0XB 3ENOA 4BRAA 4FWKA 2V7ZA 2W41A 1OKJA 3UKRA 4FL9A 4CD1A 3A5NC 2ASMA 3VEOA 3KZBA 2D0OA 4K42A 4DQ8A 1GLDG 4A2BA 1GLAG 4BQLA 1S3XA 1TUYA 2YHXA 3VETA 2E88A 4B1YB 5BRDA 2FF3B 5AQNA 4BRIA 4J8FA 3A5LC 1X3MA 3DXMA 4MLHA 3M3ZA 1JCFA 4EHTA 4CZFA 3O5BA 3IMXA 5AZJB 5AQLA 4RWTA 4H0VB 2P9PB 4H5RA 5JMVA 5BREA 2A42A 3EN9A 4ISFA 4H03B 4BVPA 5ADXA 3RSEB 4BR5A 3H3NO 5AQZA 4AM7A 1QQMA 4L3QA 4PKGA 1GLJO 3D7EO 1E4FT 1NLVA 3BEXA 1NBWA 5BPMA 4A62A 1HPMA 5ADXH 3GE1A 3W3DA 4JN4A 1KAYA 5KPTA 1QZ6A 3UKRB 5JLHA 4H5NA 2GELA 4IXCA 1DGKN 4GY2B 3ULEB 4BREA 4FWLA 4BGAA 4LC9B 4IZ9A 3U4LA 3GDQA 3UE5A 4A2AA 5AQRA 1NGHA 3M6GA 2E2QA 1G99A 3RSEA 3L4IA 5AQWA 1QQOA 1BUPA 2E2NA 3C7NA 3VERA 1BU6O 4PKHA 1NGEA 5AR0A 1HKCA 5AZIA 2HF4A 2NRHA 2YHWA 4BVOA 4I6MB 3M1FA 3SK3A 1J6ZA 1HKGA 5KPRA 3W0LA 3DXMB 2YJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GNIA 2O8BB 3HYFA 3G0ZA 5C24A 2GUPA 4CK1A 2DFFA 3VEXA 3VA0A 4FJKA 4JKBA 1XC3A 4OJRA 5CR4A 2ASOA 4CJRA 4DFPA 4M3WA 2GEMA 4DQSA 3TAPA 3QMLA 3OBYA 3QDKA 4CBUA 3V9UA 5FPMA 1YVUA 3VA3A 5EXWA 2PFUA 3JXUA 1XQSC 3HPOA 4ELUA 2YHYA 1D9FA 2FSJA 3EKUA 4DSJA 4JI0K 3MN7A 3VQ6A 3R8EA 4NYNA 3CQ8A 1KCFA 4H5VA 3TARA 2Q36A 5AFUA 3THWB 3FZLA 4JKGA 4JKEA 2A1RA 5KQ8A 2F9TA 4IEIA 5J2NA 3L3UA 3FGUA 1JCGA 4O0IA 2QM1A 3PX4A 2A6AA 1T05A 4WQ5A 2GTDA 1T7PA 1NJWA 1XMOK 4PHTX 3BF1A 3MEDA 1SUQA 4EHUA 4FWMA 4BRHA 4BR0A 4LD0A 1TV6A 3O08A 2QWLA 1BA1A 3THYA 2I5JA 3FZMA 1RTHA 5FPNA 3WXMB 4OX9K 2AP1A 1SKWA 2Z1GA 3FFKB 2FLOA 3DI6A 3ZT2A 3CJAA 5CYMA 3NVKA 1EWRA 4CIEA 3VF4A 2XY6A 3MWPA 4YOTA 4ZTJA 5C15A 4E7JA 1QSLA 4KO0A 3NH1A 3MXMA 4AHRA 3L2UA 3KD1E 3LM9A 1Q7YO 3TTFA 4E1JA 2OANA 1F21A 4CJLA 4E19A 4E7HA 2GUIA 2NNWA 1YITN 3NGYA 3J80O 4B9QA 3KLGA 1EKEA 3QEWA 5BN8A 3AVBA 4IFYA 3U6FA 3QETA 4CJEA 1Q9YA 4FOIA 4CESA 2IC3A 4HWIA 4CGFA 3TSQA 4X66K 1QQNA 1LWCA 3I8DA 3CHWA 1S6PA 1KD1O 5D3GA 3VQ8A 1N5YA 4CE9A 3P1GA 3U9ZA 2DFHA 3DLLL 3KLHA 1Q81O 1TL3A 1Y97A 4JS4A 3HJFA 4H0OA 5HRPA 3ZETB 4DQIA 3GBTA 3SUOA 1LCUA 4JKCA 4YORA 5LMUK 3PO4A 1VQ8N 1HNWK 2G8KA 4XEIA 4DB3A 4GW6A 3ZT1A 3Q7BA 1T8EA 4E1MA 3DWLA 3WNFA 2F8SA 5BN9A 3ZSVA 4L8RB 4E0DA 2VQEK 5E41A 3AGRA 4H0PA 1KAZA 3FZHA 4MO5A 4FSVA 4DMNA 4FJIA 3SYZA 1RT2A 5HBMA 5BRHA 3DJCA 4IWVA 1NJXA 3NVMA 3FLCO 2E1ZA 3EKSA 2QXLA 4CJ7A 2IVPA 2QA4N 3C7NB 3WUHA 2PYJA 5AQYA 2VG7A 4R79A 2HHUA 3WXKA 2BANA 4H4MA 1VSHA 1QSYA 4WE1A 1N34K 4CVNE 1IH7A 4BR2A 4LF8K 2EWSA 3ZSZA 3E9PA 5AQOA 3WQTA 5DM6L 3QIOA 3TI0A 3HO1A 4BE2A 5J2PA 5CZ2A 3ZT4A 2F4VK 2P9IB 4Z4EA 4OPAA 3CCSN 1VSLA 4JD2B 2HHTA 3TANA 3KKRA 2Q97A 2UXBK 2E2OA 4DF8A 3S3OA 4YFUA 3V9SA 1QHTA 1N33K 3AVFA 1YF5L 1XUPO 2FSKA 1NU0A 4KTQA 1EP4A 4KH4A 1NGCA 3DOKA 3ZSXA 4JKFA 1ITGA 2GV9A 2OYQA 5AQVA 1IKYA 4H0TB 4M3TA 1EX4A 4KH5A 3KWIA 1L3UA 4QAGA 4FK2A 4RW9A 3H08A 1K8KB 4JK7A 4KREA 3SMPA 3ZX2A 2HMPA 3O4QA 2HVIA 2I7NA 1ASUA 4KH6A 5HRNA 3TU5A 4BC4A 4O44A 1Y64A 1VSIA 3A5OC 3LWMA 4I9QA 4GKJK 3V9ZA 2VG5A 4IO9L 2A41A 1VQ9N 2P9NB 1XNRK 1HYVA 1RTJA 4CGIA 1HJOA 1LWFA 4YOYA 4DFKA 1HPZA 3OJUA 1MDUB 1U2VB 3ID6A 4IOXA 5LJWA 1CZ9A 3AO3A 3QNNA 4UQGA 2JGUA 3H46O 2CGJA 1IJJA 1C1AA 1YTUA 4GMJB 3L6QA 3LDPA 1VQ4N 2V7YA 3KD5E 3FZFA 3VF6A 3K5NA 1SL0A 3HXMA 3P31A 5BR8K 2BUPA 2QWRA 2AJQA 3RMCA 1NOZA 1NGGA 2Q1NA 4DUYK 3OS0A 4DFJA 5SWMA 4DR5K 4Q0BA 3AO1A 4LSNA 4IEEA 3CETA 1OH8A 4WF9L 4M41A 3TAMA 3NE6A 2HBKA 2G8VA 3SPZA 2QXFA 4RCHA 3MK6A 2VWJA 3WNEA 1YVNA 3T19A 1KLMA 4I9LA 3NMUA 1BG3A 1A5XA 3VGLA 3HT3A 4O0JA 1VQ6N 3TPQA 4QS8A 5BR9A 1DKGD 1QHAA 4BE1A 5AQFA 2HNZA 1X3NA 3L8BA 3U9DA 3VESA 1HQUA 1YUWA 3KK3A 2P9LB 1MWMA 4B3RK 1ZBIA 4CZEA 1P8ZA 4DTXA 4CERA 4X65K 4W5OA 4FWKA 4B3SK 1FKOA 3AVKA 4FJ5A 1TGOA 3S9HA 1CXUA 3A5NC 4M3YA 2KQ2A 4K42A 1J5OA 4DV4K 1GLDG 4AILC 4CECA 4BRIA 4LF5K 3AA3A 4O55A 1K73O 1C6VA 4FCYA 2HMIA 3RR8A 4RWTA 2P9PB 1EO1A 5M1KA 4CJWA 4H03B 5AQZA 5EU7A 1RBVA 4PKGA 1GLJO 2D5RA 1BQMA 3IKMA 4CCHA 2GX9A 2QTDA 1QZ6A 3CC4N 1REVA 4B3TK 4M42A 3ULEB 4BGAA 1Q82O 4AQYK 5KTQA 1JLFA 5CYQA 3PO5A 1RBUA 2BE2A 3M6GA 2E2QA 2ZQBA 3VQ7A 4N76A 1KLNA 2O4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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