3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
b'SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
molecule tags Transferase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
3WQUA 2Q0UA 3VEYA 4FWOA 1QQNA 2HF3A 2P9PB 4ISFA 2E2NA 4JAXA 4EHUA 1DKGD 1NGFA 4JHDB 2E8AA 4MLHA 3DXKA 1IJJA 2YHXA 3L0QA 4J8FA 3VERA 3VOVA 3WUHA 4B9QA 1GLLO 1HKCA 2NLXA 2DPNA 3H1QA 3M1FA 5BPMA 3LM9A 3VEWA 3ULEB 3ZEUA 2IVNA 3VEZA 5JMVA 4WQ5C 5EOYA 3CETA 5AQRA 2ITMA 1G99A 4B1XB 3FZHA 2P9NB 3BP8A 3M3ZA 5AQSA 3VGKA 4CZHA 4XH4A 3GG4A 3ZETA 2D0PA 2D0OA 1BDGA 3CQYA 1NLVA 2Q1NA 3D2FB 3HI0A 4WQ4A 3QBWA 2CH5A 2H3GX 3L6QA 2HOEA 1JCGA 4DCHA 4E1JA 1ZC6A 1X3NA 4BR9A 3ID8A 2QM1A 3CIPA 1E4FT 5KQDA 1C0GA 4PKGA 4M7XA 3L4IA 4CZEA 4FWMA 3FZLA 2FSNA 2A3ZA 5AQJA 5BPNA 2D1KA 2VYPA 2AP1A 3AAPA 3VENA 1T6DA 5BRDA 1MWKA 1HKGA 3R6MA 4ISGA 4Y0WA 3W0LA 1ATSA 4M7YA 2FXUA 3EKSA 3MN6A 1GLCG 2BTFA 1DEJA 5AZIA 1BO5O 2Q2RA 5AQYA 4H5VA 2E1ZA 4M63C 2QW9A 4CBWA 1NGGA 4FL9A 3VESA 5ELZA 4CD3A 3R9PA 4IO8A 5AQXA 5AQLA 3RSEB 4CZJA 3M6GA 3OHRA 2P9UA 2E2PA 3ZX0A 2HMPA 1QQOA 4QS9A 3A5NC 1JCEA 2PAVA 4Z94A 4BRAA 4H0YB 4IJAA 4WYBA 2P9SA 5TKYA 1ESVA 3C7NA 1BA1A 5AQHA 3O4WA 4FOIA 3GE1A 3MK6A 1TUUA 1T6CA 4FWPA 5F2RA 4IJNA 2F9TA 3JXUA 1NGDA 2V7YA 5AQZA 4BRQA 3FE1A 3VEXA 5KPRA 5FPDA 3HBTA 3GOIA 1NGJA 3O1WA 1TYQB 2CH6A 4K42A 1XC3A 5ADXA 3R8EA 4H5TA 4BRFA 4CBUA 4BRGA 2P9PA 1GLFO 3KVGA 2V51B 3HZ6A 2YHWA 1HX1A 3EN9A 4JHDA 3IMXA 4AM7A 4JN4A 3BF1A 4H0OA 4BRIA 3UKRA 4DQ8A 3LDPA 1WUAA 4DB3A 3O5BA 1J6ZA 2Q31A 3ULEA 3VF6A 2FSJA 3U9DA 2ASOA 2P9IB 1U2VB 3LDLA 1RFQA 4PL7A 2P9NA 1MDUB 4EAHD 3QFPA 4CZKA 4DHYA 1X9JA 4MO5A 5AQNA 1NWKA 4A61A 2P9KB 4BRHA 3FLCO 3O6WA 2GWJA 3D2FA 3J8AA 4BRLA 4BRDA 3FGUA 2VWBA 3U9ZA 1NGIA 3LDNA 1QZ5A 2J4RA 4BGAA 2IIRA 3HSCA 4BQZA 4RCHA 2OANA 3C0BA 1YXQA 5AFUH 3H3NO 1SAZA 3H1VX 3WXKA 4O5FA 3LM2A 3AARA 1KAXA 1T44A 2QWLA 3FR0A 3MDQA 3I33A 3P4IA 1NM1A 3O1BA 4CI6A 1GLDG 1MA9B 3EL2A 5E84A 4FWKA 1XUPO 3A8YA 4BC2A 3MN5A 5I9EB 3TU5A 4I6MB 3H46O 4MO4A 4HWIA 1ZXOA 2Q36A 3CJAA 3A0IX 3RSEA 4JD2B 5LJWA 2QWNA 4BVOA 4H5WA 3ENOA 1HKBA 4PKHA 1Y64A 1P8ZA 2ZGZA 1KAZA 2NRHA 3ATVA 4BR4A 5FPMA 3MCPA 3SMPA 3DAWA 3FFKB 1ATNA 2ZWHA 4IZ9A 3B8AX 2NZTA 5AZJB 4BR0A 3UKUB 5KQ8A 4NO7A 4H0PA 4XH5A 3GBTA 1Z6RA 3D2EB 4FWSA 1K8KB 4WQ4C 3CJ7A 3F9MA 2IVPA 3VETA 2YJFA 3CHWA 3ZEUB 1TYQA 3FZMA 4EHTA 4F9OA 2FF3B 4FWRA 2V52B 2YHYA 4PL8A 5FPEA 5LJVA 1OKJA 1IG8A 4QS7A 1GLBG 3DWLA 3ZETB 3MMVA 1RGIA 2YI1A 3HM8A 3UE5A 1XQSC 4BRPA 3MN9A 1NMDA 2P9LB 4H0TB 5EX5A 1NGHA 2P9IA 2FSKA 1U2VA 5BRHA 5E26A 3LDQA 1S22A 2VCPA 1BWFO 3CQXA 2E2OA 3G25A 4FPBA 1DGKN 4EFHA 1S3XA 5BN9A 2E1YA 4CZLA 5AQFA 2P9KA 3BUZB 4AM6A 4XH1A 1QHAA 4BROA 1R59O 4RTFD 1Z05A 4YDUA 4BC4A 4FO0A 3BEXA 2CGLA 2Q0RA 3H6EA 5AFUA 4BR5A 4XEIA 5AZIB 4IWVA 2A42A 1GLJO 4C23A 3QMLA 4K43A 2GEMA 1HLUA 4GNIA 4O8KA 5AQMA 4B1ZA 4FPAA 1C0FA 5AQKA 4BVPA 1NBWA 1V4TA 4CZFA 2ZGYA 1X3MA 4BC3A 5AQTA 2CGKA 2AA4A 3SK3A 4CD1A 4HTLA 2QWOA 3WQTA 4BRMA 3JS6A 3VGLA 3VEVA 4I6MA 2CGJA 4B1VA 3IFRA 4BRNA 3CERA 3VGMA 3QBXA 4BR7A 3CJBA 4JD2A 3KHYA 3S41A 1BUPA 4LC9B 1WOQA 3A5MC 5EY4A 2W40A 4FSVA 3TPQA 1YVNA 2KHOA 4KBOA 1BA0A 3VF2A 2ASMA 1MWMA 2YCHA 3CJ9A 2A40A 1BU6O 3KZBA 3VPZA 1HJOA 3SJHA 3H45C 2Q97A 5AZJA 5ADXH 3UKUA 4BC5A 4FWNA 3ZX2A 4FOEA 3D2EA 3O8MA 2E2QA 5BPLA 1K8KA 3UKRB 4JNEA 1Q18A 4FWLA 3WXIA 1NGCA 5BREA 4H03B 1GLAG 2E88A 2GUPA 3W3DA 2I7NA 1KXPA 4CZIA 5B8HA 3U4LA 5KPZA 1NGBA 2FLOA 3VF4A 3WXJA 3DXMB 4H5RA 3WEEB 4BG9A 3FZFA 2A41A 4IXCA 1RDWX 4H0XB 3AAQA 3FZKA 1KAYA 5AQVA 4ISEA 4A2BA 3LL3A 1NGAA 1SQKA 2P9LA 2ASPA 3ZX3A 3UB5A 3QICA 1ZBSA 4PKIA 4QS8A 1H1VA 5KPTA 1QZ6A 2YJEA 3DXKB 1CZAN 3ENHA 1JCFA 5EVZA 3ATUA 5AQUA 4CZGA 4EIAA 3H3OB 1LCUA 4H0VB 3DJCA 2QXLA 4GY2B 1YUWA 2I7PA 3CJ1A 1E4GT 3QDKA 4BRKA 3IUCA 1V4SA 2E20A 4MLEA 2IVOA 5JLHA 3O08A 3A5LC 1QQMA 2W41A 1SZ2A 1BOTO 3LDOA 3BF3A 2UYTA 2EWSA 1ATRA 3U8XA 4BRCA 4BR2A 2GELA 3CJCA 2V7ZA 2GTDA 3EZWA 2WUSA 4A62A 3QB0A 1GLEG 4CBXA 3QFUA 3O80A 3WXLA 5AQWA 2QWMA 2QWPA 2D4WA 5AQIA 3CI5A 3I8BA 4B1YB 3D7EO 4B1UB 5JICA 3VEOA 3SLCA 2BUPA 3GDQA 4NB4A 5AR0A 4BQLA 4B1WB 2FF6A 3WT0A 1EQYA 4BG8A 3SMSA 4K25A 3MN7A 5EXWA 5JLFA 5FPNA 2P9UB 5F1XA 2ZF5O 3EO3A 4A2AA 4BGBA 1LOTB 2GWKA 3IDHA 1YAGA 5LY3A 3GL1A 3HTVA 2A5XA 2P9SB 4K41A 5AQPA 3C7NB 4RWTA 5BRFA 4CZMA 4YDUC 5BN8A 4L3QA 2HF4A 1HUXA 5AQGA 2QWQA 1BG3A 4WQ5A 4CJ7A 5F0XA 1U6ZA 4H5NA 5AQQA 1HPMA 3DXMA 3WEEA 5CE3A 2A6AA 3AY9A 3EKUA 1NGEA 3A5OC 4FWQA 1D4XA 2PBDA 5AQOA 2F9WA 1TUYA 4BREA 2QWRA 5BR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R7YA 1HYZA 2RE2A 3HPHA 5IWAK 3KD5E 4B3MK 4EHUA 1DKGD 3PX6A 3VTIA 4MLHA 1QTMA 3VERA 4B9QA 3T3FA 3VOVA 3HJFA 4WFAL 3PO4A 2NLXA 2DPNA 3H1QA 3M1FA 2VG6A 3ZEUA 3ULEB 4KFBA 3L2QA 4WQ5C 5EOYA 2ITMA 4HTUA 3FZHA 2P9NB 5C10A 4CJLA 1X9SA 3ZSZA 4CJ5A 1SS6A 3VQ5A 1NLVA 2Y1IA 5FRNA 1HYSA 2NRRA 4IBNA 4KB0A 4WQ4A 3TAQA 4DR2K 4DSIA 4E1JA 1ZC6A 2DTUA 2YNHA 3WNFA 1JL2A 5KQDA 4Y1CA 1HQUA 2UU9K 1TKZA 4CECA 1VSKA 4M3TA 4FWMA 3FZLA 2FSNA 4FLWA 2VYPA 2HHXA 3VENA 3AA5X 5BRDA 1VQ5N 4PWDA 3TAGA 1MWKA 2VG7A 1SKSA 3W0LA 1ATSA 4CIGA 5I3UA 3J7AP 2QXFA 4JYAK 3V1OA 1S1UA 3MN6A 5J1EA 5JS2A 5AZIA 4DTOA 4E7IA 1BO5O 4H5VA 1M90O 4M63C 4CBWA 4J2EA 1NGGA 4FL9A 3VESA 2KKZA 2VQEK 1TK8A 5CHIA 5AQLA 4CZJA 1VK0A 1EWQA 3DLBA 2E2PA 3V9ZA 4FJHA 1C0UA 1JCEA 4FVMA 3DMJA 5TKYA 1LWCA 4RW9A 4CGFA 2PY5A 3G4SN 4FYDA 3O4WA 4FOIA 3CPWM 1VQ8N 3C65A 5LMNK 3MK6A 1TUUA 3CC4N 4HUGA 5F2RA 4E7JA 3OYJA 2F9TA 5AQZA 1ZBLA 1U49A 5KPRA 1FW6A 2X78A 3O1WA 2CH6A 4DF8A 1VSJA 1G15A 3ZT4A 4IFYA 3M8PA 3KK3A 4BRGA 3OYCA 2V51B 2YHWA 1HX1A 4Z4CA 4A5BA 4AM7A 4NXNK 3O9QA 4W5NA 2QA4N 1J6ZA 3SYZA 1LAVA 3ULEA 3CYMA 3U9DA 3ISNC 1IBMK 4PY5A 1Q9YA 1RFQA 4KH5A 4Q5VA 3QNOA 3TABA 4Q0BA 2YX6A 2O8DB 2P9NA 4OGCA 1CXUA 3QFPA 4CZKA 4MO5A 1ASWA 4DSKA 3LWMA 2KTQA 1NK8A 5M1FA 4DLGA 3C95A 4BRLA 1I3AA 1OVYA 1S6QA 2E4LA 2VWBA 3U9ZA 4CFAA 4BGAA 3UIQA 1QS4A 4LF9K 1W7AA 1S5JA 1YXQA 3FFIA 3HO1A 3CM6A 4KRFA 1SAZA 2HNDA 4ID5A 2QWLA 3I33A 4Z4EA 4W5OA 3PIOL 1NM1A 3O1BA 3P31A 3OS0A 3EL2A 5FDLA 4Z4FA 4FWKA 3SJJA 3NGIA 4BC2A 1TGOA 3TU5A 4E0DA 4I6MB 4CK1A 3H46O 4CJSA 3HXMA 4JD2B 4CEBA 4BVOA 1DLOA 1NOYA 1HKBA 1P8ZA 4M45A 4BR4A 3B6PA 1HJRA 3MCPA 4AHUA 3FFKB 5AZJB 4A57A 1YT3A 4XH5A 3GBTA 4ZHRA 1VQ4N 1Z6RA 4LF5K 3H08A 1YTUA 1KTQA 3ENBA 4O44A 1B9DA 1WSGA 4RW8A 2P5OA 2WC9A 4MQ3A 3OJSA 2V52B 3PLAA 2YHYA 2YKNA 4IG3A 1IG8A 3NF6A 4QS7A 3SAGA 3ZETB 4JRQA 1LAWA 4B3SK 2PYJA 4J2DA 2YI1A 1XQSC 3KK1A 4BRPA 3MN9A 3ID6A 1NMDA 4H0TB 5EX5A 1ZBIA 4IFVA 1NGHA 4CEAA 5A2QO 1LV5A 1ASVA 3HK2A 3VQAA 2VCPA 1BWFO 2O8DA 2QEXN 3O4NA 4X66K 4FPBA 4CK2A 3VQ9A 4K8XA 4UQGA 4CERA 4A5AA 1P90A 4NCBA 4IDKA 3CCSN 4I7FA 1ZBUA 4AM6A 4XH1A 4CJ3A 4BWJA 4BROA 1ZBFA 4YDUA 3KK2A 4CJFA 4FO0A 4AHSA 2CGLA 2Q0RA 1IO2A 1JLQA 1RBUA 3G10A 3SAHA 1JXEA 4Z4GA 1YJWN 4CFDA 4JKCA 3QMLA 3KWGA 3AVMA 3CM5A 2GEMA 4JI6K 4CF2A 5HL7L 1OH7A 5AQMA 3S3MA 1HNWK 1NBWA 4CIEA 1V4TA 1RBRA 4KPYA 3TANA 3SK3A 5CY4A 3VQCA 4BRMA 4I9LA 3K5MA 4I6MA 4B1VA 4E89A 4B9TA 3O9TA 4JD2A 1BUPA 5EY4A 4G9ZA 3TPQA 1EXQA 5T7BA 3SQ4A 1UOCA 4KBOA 1BA0A 1VRUA 2YCHA 3HT3A 2KFZA 1NKCA 2GX9A 5CYQA 1RILA 5AZJA 4C8MA 2D0CA 5ADXH 3MXIA 2F96A 4FWNA 3O8MA 3UKRB 4FWLA 3TSQA 3OTOK 1XHXA 1NGCA 3WXIA 3PY8A 4O8UA 5BREA 3SZ2A 3PIPL 1GLAG 2E88A 2GUPA 4DSJA 2I7NA 4CJRA 2OPQA 4CZIA 1UA1A 4DWIA 1QSSA 1NGBA 1U04A 4EP4A 3VF4A 1WSHA 4BG9A 3HOSA 1WSFA 3NF8A 3QIPA 1RDWX 3HYFA 1W9HA 5AQVA 1NK6A 5JVHL 2ZJPL 3LL3A 1XC9A 1EKEA 3TTDA 4PKIA 1J5OA 2Z1JA 2NRWA 3DXKB 1K6YA 3D45A 3SUOA 5EVZA 1Q8IA 2D5RA 4CE9A 1YVUA 1LCUA 2B5JA 4H0VB 1RTHA 1O1WA 1KD1O 1E4GT 4B9VA 4YOYA 3V6DA 3IUCA 4JKGB 3L3VA 4CW7B 4DS4A 5JLHA 1NK7A 1N6QA 3ITHA 3O08A 3A5LC 2OCEA 4FJ7A 4ILJA 3CCUN 1VQPN 4F3OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3AO4 A;  3AA4 A;  3QIO A;  1EO1 A;  3AVN A;  3PSI A;  5J2P A;  3DLE A;  2E20 A;  1F21 A;  5AJ3 K;  1NJX A;  1QQM A;  4IG0 A;  4GMJ B;  5CR4 A;  3K9J A;  1BOT O;  3LDO A;  4K8Z A;  2UYT A;  4E1N A;  4CJU A;  1J53 A;  2ETJ A;  3ZYY X;  2GTD A;  3EZW A;  3K5N A;  4E1M A;  3QFU A;  3O80 A;  2QWM A;  2QWP A;  3NCI A;  3CI5 A;  3CQ8 A;  1VQO N;  4B1U B;  4CFB A;  3SLC A;  5C42 A;  3GDQ A;  3HPG A;  4NB4 A;  3L2U A;  5AR0 A;  4W5R A;  4BQL A;  2E6L A;  3RWU A;  4M3U A;  3BZK A;  3V4I A;  1TL3 A;  3NH1 A;  5EU7 A;  5JLF A;  4TSX A;  2KLA A;  4A2A A;  4F3T A;  1TV6 A;  3OYA A;  1K8A O;  2VWK A;  5C2F A;  1UA0 A;  4RWT A;  5BRF A;  4LF6 K;  3Q7B A;  4YDU C;  4FJM A;  2HVI A;  4KRE A;  1HUX A;  4WFN L;  1BG3 A;  2D0A A;  5F0X A;  2OZS A;  3DI6 A;  3VQP A;  3ALY A;  3WEE A;  4OPH A;  3E9L A;  1FKO A;  2HB5 A;  5C0Y A;  3OVN A;  4JK8 A;  5AQO A;  2F9W A;  4BRE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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