3I8BA

The crystal structure of xylulose kinase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
SLRTLVAGVDTSTQSCKVRVTDAETGELVRFGQAKHPNGTSVDPSYWWSAFQEAAEQAGGLDDVSALAVGGQQHGMVILDNQGNVIRDAMLWNDTSSAPQAAALIEKLGAAPAQDGEPEDPIARGKQRWVKAVGSSPVASYTLTKVAWVAENEPENVKKIAAICLPHDWLSWRIAGYGPVAEGEDAHLEALFTDRSDASGTIYYDAASNEYRRDLIAMVLEAAEGAKAAQSHAEAIVLPTVLGPRDAAPVKADPAIAGKNVEGGCLLAPGGGDNAMASLGLGMAVGDVSISLGTSGVAAAISENPTYDLTGAVSGFADCTGHYLPLACTINGSRILDAGRAALGVDYDELAKLAFASKPGANGITLVPYFDGERTPNRPNATATFSGMTLANTTRENLARAFVEGLLCSQRDCLELIRSLGASITRILLIGGGAKSEAIRTLAPSILGMDVTRPATDEYVAIGAARQAAWVLSGETEPPAWQLTIDGVETGEPTEAVYEAYAKARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Xylulose kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Bifidobacterium adolescentis
rcsb
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
molecule tags Transferase
total genus 156
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i8bA01
1IG8A 4M7XA 4YDUC 4CD3A 1TUUA 5BPNA 1BG3A 3HBTA 4JN4A 3VF6A 3GE1A 5LY3A 5AQXA 2QWPA 4H0TB 3ENHA 5AQIA 5FPNA 1NGGA 3U9DA 4A2AA 1HKGA 1ATSA 3CI5A 4BRMA 3GBTA 2P9PB 4E1JA 4O5FA 1GLJO 2P9NA 3VERA 3H6EA 2A6AA 5AQQA 5AQPA 1NGCA 2D0PA 3VEZA 2Q97A 2NZTA 3IDHA 4FWSA 4XH5A 3M1FA 2QWRA 1YVNA 2NLXA 5AZJA 4FWLA 2ASOA 1C0FA 5AQFA 2E2QA 3D2EA 4A62A 2IVNA 4WQ4C 4B1VA 4IWVA 4CZFA 5BN8A 2P9LA 5FPEA 1CZAN 2Q36A 5KPZA 2P9KA 4QS7A 5AQTA 3MDQA 2E2NA 3UKUA 3O80A 3P4IA 3VPZA 2DPNA 3VEVA 4XH4A 5EVZA 3U4LA 3AAQA 4BQLA 3RSEB 4FOIA 4IJNA 3WUHA 1WOQA 4PKIA 2I7PA 4K43A 3O8MA 1X9JA 5KPRA 2E20A 5AZIA 3HI0A 1GLFO 1NGBA 3HTVA 3LL3A 3GG4A 3WT0A 5BR9A 4GY2B 2ITMA 3LDPA 1QHAA 2Q0RA 3M6GA 2A41A 3WQTA 1D4XA 3QMLA 4JHDB 4BC2A 4FL9A 5BRFA 1DKGD 2VYPA 1T6DA 5BPMA 2V7ZA 3IUCA 5JLHA 1V4SA 1EQYA 4CZKA 4BRPA 4CZGA 2VWBA 1KAZA 3CJAA 2QW9A 4BRQA 1NGHA 3M3ZA 3ZETA 3DXMB 2IIRA 2QWMA 2P9SB 2YHWA 1XUPO 5FPDA 3I33A 1NGAA 3W0LA 1HLUA 2OANA 2QWQA 3VF4A 3ZX3A 3FE1A 4CBXA 3FFKB 3L0QA 1XQSC 3H3NO 3ZEUA 3VEOA 4FWPA 2W40A 1DEJA 1E4FT 1QZ6A 1WUAA 1Y64A 1XC3A 2A42A 3WEEB 1JCEA 1QQMA 2P9UB 3VENA 4FWOA 4JAXA 4BC4A 2YHYA 4JD2A 3WXLA 2J4RA 4BRDA 2HF4A 1SQKA 3W3DA 1TYQB 4F9OA 1YAGA 1MA9B 1NGFA 4IO8A 3J8AA 5LJVA 3MN6A 1K8KA 1NGDA 3D2FB 2A5XA 2QWLA 4KBOA 4MO5A 5AQHA 3EZWA 5AQSA 2GTDA 3SK3A 3QFUA 3WQUA 2BUPA 1U2VB 3MN7A 4GNIA 2QXLA 1H1VA 1S3XA 4WQ4A 2CGLA 3C7NA 3ULEA 1BA1A 4H0OA 5AQGA 3VOVA 4IXCA 3BUZB 5F2RA 2QWNA 4FWNA 4FSVA 3C0BA 2GEMA 4BR5A 5AQWA 4BR0A 1IJJA 1J6ZA 5BPLA 4ISGA 3EL2A 2I7NA 2F9WA 2ZWHA 4CZMA 4K42A 3QDKA 1Z05A 2E1YA 3D7EO 3FR0A 2IVOA 2ASPA 3HSCA 4H0PA 4M7YA 5LJWA 1T44A 5BN9A 3DXKB 4HTLA 3A0IX 4DB3A 2CGJA 2Q1NA 4H0XB 4MLEA 1YUWA 2V52B 2P9PA 4BRCA 4BR9A 4CZLA 4H5VA 3WXIA 3MN5A 3H46O 3O1BA 1BO5O 3VETA 1QQOA 3O4WA 2YI1A 4PL7A 1ESVA 3KVGA 3CERA 4BRLA 1NM1A 2E2OA 3SLCA 3ID8A 4BG8A 2D0OA 2FSJA 3FZHA 4EHUA 4I6MB 3LDOA 4DHYA 5AFUA 5KQ8A 3CQXA 4QS8A 1SZ2A 3CIPA 1JCFA 1G99A 1C0GA 3UE5A 1GLDG 4A2BA 4A61A 2A3ZA 5F1XA 2GELA 3H1QA 4BGAA 5BRDA 3FGUA 4FWMA 3R6MA 3EKUA 2PBDA 4B1XB 4H5WA 5EX5A 4H5TA 3EO3A 5TKYA 1ZXOA 1YXQA 3RSEA 2Q2RA 3BEXA 4NO7A 3VEYA 3VEXA 4BVPA 4NB4A 4CZIA 1Q18A 4K25A 3FZMA 1DGKN 4PKGA 3LDQA 2ZGYA 4H0VB 4WQ5C 1BA0A 3DWLA 4B1WB 2ZGZA 1OKJA 3A5OC 3CJ7A 2IVPA 4EIAA 1R59O 5AQRA 4Y0WA 2NRHA 4BQZA 2FSNA 3AARA 3UKRB 4CBWA 3CJ9A 3OHRA 4BRNA 4JHDA 5JICA 1QZ5A 5FPMA 2AP1A 4BREA 4CD1A 1ATNA 2P9IB 3GDQA 2V51B 2QM1A 4FPAA 4BC3A 5BRHA 4YDUA 1NGJA 5JLFA 2FF6A 1T6CA 3MMVA 1HX1A 5AR0A 3TU5A 4LC9B 2A40A 3VGKA 3FLCO 1MWKA 3GOIA 4WYBA 3VF2A 2D4WA 4BC5A 1QQNA 3SJHA 1NBWA 3CJ1A 2P9SA 4FWQA 4H5RA 3ZEUB 1JCGA 4BRHA 2E1ZA 1NGIA 2WUSA 1RFQA 3QICA 5EY4A 2P9UA 3HZ6A 4DCHA 2E88A 3LDNA 4K41A 4EAHD 1K8KB 3G25A 5JMVA 3FZLA 1TYQA 3SMPA 2H3GX 4MO4A 3WXJA 4CZHA 1KAYA 1X3MA 3L6QA 2FSKA 3JS6A 3R9PA 4M63C 3B8AX 4BRFA 4H03B 4L3QA 4PL8A 3CETA 4BRGA 2QWOA 4FOEA 3IMXA 1U2VA 1GLAG 3F9MA 4RWTA 4QS9A 1P8ZA 2HOEA 4IZ9A 2Q0UA 1MDUB 2GUPA 3ZX2A 4CZJA 5ADXA 3VEWA 1ZC6A 4PKHA 4XH1A 3UB5A 5ELZA 1BWFO 4ISFA 3A5LC 3MK6A 3FZFA 3L4IA 4FO0A 2PAVA 4MLHA 2FLOA 1U6ZA 2P9NB 5KPTA 1BU6O 5BREA 4RCHA 1KAXA 3GL1A 1BUPA 3DAWA 4H0YB 1X3NA 3DXKA 4BG9A 5AFUH 3O6WA 3AAPA 5AZJB 4BR2A 2F9TA 5AQLA 3FZKA 1LOTB 3SMSA 3D2EB 5AQYA 3DJCA 3ZX0A 4WQ5A 2P9LB 1Z6RA 1S22A 5CE3A 2E8AA 2P9KB 5AQNA 1RDWX 3UKUB 4AM6A 3LM9A 4FPBA 2UYTA 3H45C 2GWJA 3BP8A 4I6MA 1TUYA 5E84A 4HWIA 4J8FA 2V7YA 3I8BA 4CJ7A 3QBWA 3A5MC 3LDLA 3VGLA 4Z94A 3CHWA 3VGMA 1BOTO 5AQJA 2HMPA 5B8HA 1E4GT 4JNEA 1HPMA 2FXUA 4H5NA 4EFHA 2VCPA 4ISEA 2CH5A 3ATUA 5AZIB 4BRKA 2D1KA 3KHYA 4B1UB 4EHTA 3A5NC 1HUXA 3EKSA 1V4TA 2YJEA 3EN9A 1GLCG 2GWKA 2KHOA 2YCHA 4IJAA 1GLBG 5AQVA 3CJBA 3MCPA 3ENOA 4BROA 3BF3A 2CH6A 4BGBA 5F0XA 3ATVA 4BRAA 1ZBSA 3AY9A 2ZF5O 1NGEA 4BVOA 3U8XA 4BRIA 4CBUA 3JXUA 2HF3A 1GLLO 3U9ZA 4BR7A 3UKRA 2W41A 3O5BA 3ZETB 5AQZA 1HKCA 3QFPA 3BF1A 2P9IA 3DXMA 4BR4A 3KZBA 1BDGA 4C23A 3IFRA 3R8EA 4B1YB 3LM2A 5AQUA 2YHXA 3QBXA 1ATRA 1NLVA 1NWKA 2ASMA 4XEIA 3H3OB 3MN9A 2EWSA 5AQMA 4CZEA 2CGKA 4JD2B 1MWMA 1KXPA 3WEEA 5KQDA 3S41A 4RTFD 3TPQA 4DQ8A 4FWRA 5EXWA 3O08A 3CJCA 2YJFA 4AM7A 5AQKA 4CI6A 3HM8A 5AQOA 3O1WA 2AA4A 1GLEG 3QB0A 4B1ZA 2E2PA 3D2FA 1HKBA 5ADXH 3H1VX 3C7NB 1RGIA 2FF3B 3A8YA 3ULEB 4B9QA 3CQYA 3WXKA 4FWKA 1NMDA 2BTFA 5E26A 5EOYA 4O8KA 1HJOA 5I9EB 1SAZA 2Q31A 1LCUA 3VESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BHLA 3K9JA 3VF6A 3K5MA 2HB5A 4DV3K 2XO7A 3TSQA 5FPNA 3C6UA 4HCBA 4DR4K 2O8DB 4NCAA 2F4VK 3ZT3A 2R7YA 4CGGA 3CI5A 2QKKA 3RMBA 3TTCA 4E1JA 1GLJO 3CFOA 4DV7K 1OH6A 4DTXA 4M3YA 1NOZA 2UXDK 4FJMA 1NGCA 2D0PA 3E1YA 2O8EB 1JL2A 3C6HA 4FWSA 4FVMA 4XH5A 1YVNA 3AGKA 1S72N 2WFBA 2ASOA 2XY6A 3I56N 4A62A 1R0AA 2IVNA 1RTIA 3LP0A 4IWVA 4CZFA 3MX2A 4QS7A 1U45A 2FBYA 5DM7L 2NRXA 4X64K 1QHTA 4CJLA 4CFAA 3VPZA 3KK2A 4E3SA 3VEVA 1WN7A 4NYFA 3AA2A 3AAQA 4BQLA 5M1OA 3T1AA 4WE1A 3K0SA 5T7BA 1WSJA 4YOXA 1RT6A 4CF1A 4E1NA 3T7ZA 5DM6L 4MFBA 4NCBA 5CHIA 1S1UA 4GY2B 2ITMA 1QHAA 1XHZA 1L3UA 5HRNA 5BRFA 1DKGD 4DTOA 2V7ZA 3OYIA 3VMFB 4ILJA 4B3TK 4F2RA 4CZKA 4DQPA 2VWBA 2PYLA 4IOAL 4B3OA 3ZETA 2QWMA 1NGAA 3OYEA 4DTUA 3TAFA 2OANA 4CBXA 3QINA 3L0QA 1BI4B 4QOZB 3VEOA 4N41A 1DEJA 2W40A 4C8MA 2X78A 3TR8A 2A42A 5D3GA 2P9UB 1ZBHA 3VQDA 3NVKA 4RW7A 4JAXA 1RILA 2VG7A 4OPJA 4V19S 4KKOA 4FM2A 2A1RA 3DM2A 3MWTA 1TYQB 4IEIA 5I3UA 1NGFA 2IS3A 4DFJA 3RR7A 1CXUA 5AQHA 3EZWA 3SK3A 1KFDA 3KLGA 3SI6A 2OZSA 1GOAA 1U2VB 4JI1K 4OKJA 1Y97A 4JKEA 1WAFA 1NJWA 1WBDA 4FVUA 4DV1K 5AQGA 2LSNA 3BUZB 5CZ2A 5F2RA 1TVRA 4FWNA 4FSVA 1K6YA 1ZBUA 1IJJA 4AILC 4ISGA 5I42A 1QVGM 2I7NA 2F9WA 2ZWHA 4CGFA 3O9UA 1NJXA 3G4SN 4IG0A 2FBVA 4W5NA 1Z05A 1YTAA 3D7EO 1HYSA 1VRUA 5LJWA 1A5WA 4CK3A 4DR1K 2G8KA 2HNDA 4JKGB 4XIUA 3KK7A 1YUWA 1N6QA 3DYAA 2V52B 2ZM6K 1XWLA 4CHNA 3QNNA 1NJIO 3VETA 4CIEA 1QQOA 5JVHL 3F2KA 1RBSA 2O8EA 4JI8K 3CERA 3HP6A 3ZSOA 4OGCA 3VN5A 1HPZA 3THVA 4CESA 3WNGA 2JGUA 4OJRA 4CJ5A 4EHUA 1L5UA 1QQCA 1OVYA 3J7AP 4DQSA 1QSSA 1JCFA 1S9EA 4A2BA 4J2DA 1XNQK 1HJRA 3H1QA 1RDDA 3FGUA 3IS9A 1RCHA 2WTUA 4HHTA 2PBDA 4FLTA 3TTFA 4B1XB 5EX5A 4H5TA 5C0YA 3R3LA 3M8SA 1VSMA 4K0KK 3DMJA 3VEXA 4BVPA 4DV5K 4CJKA 1WBBA 4JRQA 2IAJA 4DV2K 3LDQA 3HYFA 4E7IA 4H0VB 4CFCA 2P5GA 3ZSVA 3DWLA 4E7JA 4F4KA 1WNSA 3I0SA 2G8IA 3LPUA 1VSIA 1CZBA 5JICA 1I94K 5FPMA 3CD6N 3GDQA 4BC3A 4E1MA 2FF6A 4HCCA 1T6CA 3TU5A 2QI2A 4FXDA 2A40A 1LV5A 4I2QA 4CJTA 2YNHA 4OGEA 3GOIA 3VF2A 4LFBK 3RRGA 3M8QA 2FBXA 1RTDA 1YVUA 3M5RA 4DS5A 1XC9A 3HT3A 3KLFA 1BI4A 2VGMA 3JYTA 2E1ZA 2ZJQL 4DUYK 3NAEA 3U3YA 3AVFA 3QICA 2P9UA 3CFRA 4DCHA 2E88A 4RW6A 1I3AA 3TSUA 1QS4A 4IEEA 3G25A 1TYQA 3WXJA 1NK7A 2FSKA 5GADP 1Z25A 4M63C 4PL8A 2QWOA 4CERA 1JL1A 1U2VA 3F9MA 4ILGB 4QS9A 1P8ZA 4IZ9A 3O4NA 1S6PA 2Q0UA 1MDUB 4ZHRA 3PV8A 1TKXA 4JYAK 1KVAA 5ADXA 3VEWA 4IO9L 4DSLA 3UB5A 2UXBK 4AH9A 2WONA 3A5LC 2DFEA 3MK6A 3Q7BA 3L4IA 2PAVA 3O9TA 2HHWA 1BU6O 3LP3A 3SAFA 4DV4K 4RCHA 1BUPA 2HBLA 4CJEA 4HVJA 3PLAA 4CJUA 3O6WA 4E19A 3I8DA 4JKGA 3AO1A 5AQLA 3RVCA 3AGRA 1SV5A 3D2EB 3E01A 3ZX0A 3G10A 3VA0A 3CCJN 4YNQA 2NRVA 1VSKA 3ULDA 3V81A 3DRSA 4WFAL 3OVNA 3LM9A 3AA4A 3E9LA 4FPBA 4FLXA 3DLBA 4CEQA 3IAYA 3KD1E 4HWIA 5KI6A 3QETA 3I8BA 1T03A 3LANA 5SZTA 3LDLA 3RTVA 3K9KA 1RTHA 3HPOA 4A5AA 3J7YP 4UY8O 3NGIA 1E4GT 4EP5A 4ZTJA 2VCPA 3VQ6A 4M3XA 1N5YA 4N5SA 1VAZA 3HJFA 2WC9A 4C1NI 3CCRN 1KRPA 1V4TA 5A2QO 2XY8A 2YJEA 1TK5A 4AQYK 2HVIA 2RF2A 4O8UA 3ZT4A 2E4LA 4TSXA 3EN9A 1W97L 5HP1A 1GLCG 5IWAK 1E3MA 2KHOA 3TARA 1GLBG 3P1GA 4JV5K 2KKZA 5DK5A 3LDSA 3WNHA 2QKBA 5FLXO 3AY9A 4CHZA 4IG3A 4CW7B 1NU0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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