The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVK A; 5GIO A; 2NNW A; 5GIP A; 4BY9 C; 3NVM A; 3PLA A; 3NMU A; 3ID6 A; 5GIN A; 3T7Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CHZ A; 4DFK A; 1D9D A; 3LDO A; 1M90 O; 3AY9 A; 3CD6 N; 1NK0 A; 3VQ5 A; 5LL6 Z; 3VQA A; 2QEX N; 3RSE B; 1UA1 A; 1NK6 A; 4TSX A; 5FLX O; 1J6Z A; 5HRO A; 1NMD A; 2E8A A; 3VTI A; 5J2N A; 3THW B; 4WFA L; 4R79 A; 3H1V X; 3MCP A; 1D5A A; 1J9A A; 4I6M B; 5GAD P; 4Z4G A; 3KK3 A; 2QKB A; 4FO0 A; 3SUO A; 3WEE A; 4LH4 A; 3K9J A; 3OYL A; 5DM6 L; 2O8B B; 2YJF A; 3PSF A; 4DV1 K; 1U45 A; 4L8R B; 4F4K A; 4E1N A; 3CFR A; 3TTD A; 3CCV N; 1KAX A; 3D2F A; 5EXW A; 4K0K K; 2KKZ A; 4JD2 B; 3WXL A; 3L2U A; 4WQ4 C; 5AQH A; 4LY7 A; 4JI4 K; 3PSI A; 3TAF A; 2NZT A; 2UXB K; 3P4I A; 4CK1 A; 5I42 A; 2HHS A; 4CK3 A; 1QQC A; 3LP0 A; 4DTM A; 4KHS A; 1G15 A; 2HHV A; 3QET A; 1TL3 A; 4DU1 A; 4JK7 A; 2RF2 A; 1NK7 A; 5F1X A; 2AA4 A; 4Q5V A; 3OYF A; 1NNE A; 3H1Q A; 1NGF A; 4CEE A; 3TTF A; 1NG9 A; 1D9F A; 4YFU A; 1VSJ A; 4C8O A; 4GKJ K; 1JKH A; 3L3U A; 2D0P A; 5AQR A; 2Q97 A; 3E01 A; 4JS4 A; 2B6A A; 4GVM A; 1GLE G; 1VQK N; 1VHX A; 4BG9 A; 3OYB A; 3LDN A; 4KTQ A; 4CZG A; 4IG0 A; 4DQI A; 2ITG A; 3D6R A; 1F21 A; 3S41 A; 3UKU B; 4I9Q A; 1GOB A; 1SV5 A; 2A41 A; 4BVO A; 4FJI A; 4NCG A; 1NLV A; 4QS9 A; 3GDQ A; 4N5S A; 1TAU A; 4CEZ A; 1NK5 A; 2W41 A; 5HL7 L; 3SBG A; 4CEC A; 2VG5 A; 2XY7 A; 2O8D B; 1S1X A; 2DFF A; 2Q1N A; 2UXC K; 2HST A; 2CGL A; 4BAC A; 2P5G A; 2QWL A; 2VG7 A; 5AQY A; 5BPN A; 1NGH A; 2IVN A; 4EFH A; 3CJB A; 4LF9 K; 3EL2 A; 4BRF A; 1NGD A; 4DSI A; 1RBV A; 1TUY A; 4BC4 A; 3PIO L; 3HL8 A; 3GE1 A; 5FPE A; 5HRR A; 1KFD A; 3QNN A; 3O6W A; 5GAH P; 1R0A A; 1KVC A; 4A62 A; 4DTU A; 4CBX A; 4K8Z A; 1S6Q A; 4IEE A; 3PUF A; 3K5N A; 2YHA A; 4B3M K; 4GVE A; 3NVK A; 4WYB A; 3QB0 A; 3OYK A; 3QEI A; 5KQ8 A; 3CER A; 4X62 K; 4Q0B A; 2QTD A; 3WQU A; 4PKH A; 5FDL A; 4CZM A; 3SAF A; 1Z25 A; 3QIO A; 1W7A A; 2P1J A; 2UUB K; 2P9S B; 4CFD A; 3CQY A; 2KFN A; 4M3X A; 3T19 A; 3M8P A; 1ZBH A; 5BPL A; 4H0X B; 2GWK A; 3O1W A; 4B3S K; 3ULD A; 2WOM A; 3LDL A; 4YOR A; 1EKE A; 1JLE A; 3T7Z A; 3ZT2 A; 1SAZ A; 4JI6 K; 2I7N A; 3MN7 A; 1XUP O; 3C7N B; 4FWR A; 4H5R A; 3EE9 A; 4JN4 A; 3TAE A; 1EP4 A; 3D2E B; 3TU5 A; 4BWJ A; 3NF7 A; 3BDP A; 4J2A A; 4CGD A; 1T7P A; 1JLF A; 4DQ8 A; 3QO9 A; 1YVN A; 4O8K A; 3EKS A; 3CJA A; 1BI4 A; 3SUP A; 5KI6 A; 2YNG A; 4JRP A; 3GG4 A; 4FW2 A; 2P9N B; 3HI0 A; 4I9L A; 3J80 O; 4DUY K; 5CZ1 A; 3CJ7 A; 2W6K A; 1L5U A; 1VQ5 N; 2F8S A; 5HP1 A; 4B9Q A; 3KWI A; 3LWL A; 5MLC Q; 2QWN A; 1RTJ A; 3ID6 A; 4DR7 K; 5JS1 A; 4CJU A; 2LSN A; 2QXL A; 4BR2 A; 5C10 A; 3VEY A; 3RRG A; 1B92 A; 3KTQ A; 3ZET B; 3WNE A; 1WBB A; 3O9T A; 1BCO A; 3O08 A; 4BRM A; 4IDH A; 4DTJ A; 4KHQ A; 2E6M A; 3CCM N; 1X9S A; 5LY3 A; 4JKB A; 4OKE A; 1U2V A; 4CF9 A; 2NRX A; 3B6O A; 3DLE A; 2ZJQ L; 1V4S A; 4CIF A; 2R7Y A; 4BR5 A; 4IG3 A; 3OYN A; 1LV5 A; 1LWE A; 1FKO A; 3SPZ A; 3ZSW A; 3QDK A; 4EZ6 A; 4FJ5 A; 4BE0 A; 2GEL A; 2IDO A; 3BZC A; 1KD1 O; 2OZS A; 1IBK K; 3MDQ A; 3THX A; 4DQS A; 3E9P A; 4H5V A; 3AVM A; 4JI8 K; 4FJX A; 2BTF A; 3VA3 A; 3P39 A; 2FSK A; 4M3W A; 1VAZ A; 2PYL A; 4W5Q A; 3FZL A; 3CPW M; 4OKK A; 4EHU A; 4CHY A; 3AVB A; 2P9K A; 1L3T A; 3D7E O; 5AQO A; 1WLJ A; 4CF0 A; 2Q31 A; 4OPA A; 2IC3 A; 4IO9 L; 2V52 B; 1C0U A; 2RHK A; 1RDB A; 4HWI A; 3VEX A; 5B8H A; 2GBZ A; 1S9G A; 4YOU A; 5M1N A; 3O3H A; 4FSV A; 1C0T A; 4GKK K; 4CBW A; 3LDQ A; 4CZI A; 2J4R A; 5GIO A; 3PX0 A; 3WNH A; 3OA9 A; 5M1F A; 5AQU A; 2F9T A; 3HSC A; 3JAM O; 4CEO A; 2VWB A; 3AA5 X; 2DFE A; 4CGH A; 1XHX A; 4BC3 A; 1GLD G; 4IJN A; 1W0H A; 4FPA A; 4DB3 A; 4RWT A; 2ASP A; 4IFV A; 2WTU A; 3A8Y A; 1SKW A; 4FOI A; 2CH6 A; 3N4P A; 3EZ5 A; 3C95 A; 2QA4 N; 1S72 N; 4B9L A; 2ZM6 K; 4Z4H A; 1ASV A; 3ZSQ A; 5AZI B; 4CZJ A; 1D4X A; 4GW6 A; 1NKC A; 3HZ6 A; 1BUP A; 1YXQ A; 4PL7 A; 3LP3 A; 4B9N A; 5I9E B; 2WFB A; 4PQU A; 4A5A A; 4CVN E; 3ZT3 A; 1NOZ A; 1RT7 A; 1REV A; 3RR8 A; 4FCY A; 2GX9 A; 4BGA A; 3TI0 A; 4PL8 A; 5AJ3 K; 4QAG A; 2F8T A; 4BRQ A; 3U9Z A; 3OYD A; 1Z26 A; 3KJV A; 3I8D A; 1HJO A; 3LAL A; 1T05 A; 4OVL A; 3SUN A; 2YV0 X; 1WSI A; 3PO5 A; 3CHW A; 3CJ9 A; 3CME N; 5DM7 L; 2FXU A; 3QNO A; 2PAV A; 5TKY A; 1C1C A; 2QWO A; 3VPZ A; 2E1Z A; 3HP6 A; 2G8I A; 4FWM A; 1TYQ B; 3QFP A; 5ELZ A; 3HM8 A; 3V1O A; 3VQ8 A; 3AVJ A; 3H46 O; 1IKY A; 1BDG A; 4NO7 A; 4CJV A; 4AHR A; 1CZ9 A; 1OH5 A; 5AQJ A; 4DS5 A; 1YT3 A; 2YX6 A; 4ZHR A; 3U4L A; 4CF2 A; 4DR6 K; 4E19 A; 1Q7Y O; 4LFA K; 5C25 A; 2Q2R A; 5KGW A; 1BWF O; 2OPS A; 4JKD A; 3S3M A; 3KIO A; 1RDW X; 1VQP N; 1J5O A; 3THY A; 1XI1 A; 1BA1 A; 4NLB A; 5DMR A; 4EP5 A; 3G10 A; 3U8X A; 1QE1 A; 4DV5 K; 5AQL A; 2BAN A; 3CCL N; 2E20 A; 5HLF A; 2W42 A; 2HHW A; 3N4Q A; 1X9W A; 3U3G A; 5KPZ A; 1HYV A; 3VET A; 4NCA A; 1BHL A; 3RSE A; 2HHH K; 3M5R A; 3NH1 A; 4H0T B; 5HOO A; 2HBL A; 5HRN A; 3SMP A; 3AVL A; 2CGJ A; 4IDK A; 1EET A; 1S1U A; 3AV9 A; 3DOL A; 4RW4 A; 3THW A; 2DY4 A; 1ZC6 A; 1GLC G; 3H6E A; 1X1P A; 4CJT A; 4IFY A; 3VEO A; 4I6M A; 4LF7 K; 4BRA A; 3OJS A; 4YOY A; 4DV2 K; 4M3R A; 4FZX C; 2A40 A; 1N33 K; 3RVC A; 2O8B A; 3IKM A; 3VF6 A; 4PY5 A; 2Z1J A; 3AAR A; 5AFU A; 2PFU A; 4DV6 K; 4JD2 A; 2E5L K; 3ZSZ A; 1XWL A; 1QSY A; 5J2P A; 2XRI A; 4B1Y B; 1B9F A; 5AQK A; 1R59 O; 2X6S A; 4DU4 A; 4O8U A; 3CPE A; 2Y1I A; 4GV6 A; 2NRZ A; 4U67 L; 2W40 A; 4KTW A; 2PY5 A; 4NCB A; 1Y64 A; 1E4F T; 4RW9 A; 5CHI A; 1TK0 A; 1L3V A; 2O8F B; 2KHO A; 2ZGY A; 1GLB G; 4BC5 A; 5A2Q O; 2FF6 A; 4LF8 K; 4CEB A; 3VF2 A; 4FWK A; 4JI1 K; 1WSG A; 3THY B; 4HCB A; 4W5T A; 2I5J A; 4NXM K; 4CEA A; 5EU7 A; 1QQN A; 2XHB A; 4Z4C A; 4JK8 A; 4CBU A; 3NGI A; 3ZYY X; 3NF8 A; 2QWR A; 1HYS A; 2HB5 A; 3UKU A; 3AVC A; 1XHZ A; 2EWS A; 1LWF A; 3HST B; 3CCJ N; 4DTS A; 1NJW A; 5HBM A; 2O8D A; 4CD1 A; 4C8K A; 4CZK A; 1WSE A; 1VSK A; 4DTO A; 3NHG A; 1WBD A; 4EP4 A; 1Z6R A; 5BRF A; 3LPU A; 1T3V A; 3F9M A; 3K57 A; 4DCH A; 4DHY A; 4H4M A; 2A1S A; 3MXJ A; 1VQ4 N; 1ZBS A; 1A5W A; 3A5N C; 5CZ2 A; 4H0P A; 3JYT A; 3H3N O; 1MWK A; 2Q36 A; 2FBX A; 3LM2 A; 1YAG A; 3M6G A; 2WUS A; 1C1A A; 4FWN A; 3W0L A; 3EKU A; 4CZH A; 3D45 A; 4E3S A; 4FJM A; 3NFA A; 3G0Z A; 3J81 O; 3G25 A; 1L3U A; 1OH8 A; 4Z94 A; 1RT2 A; 1UWB A; 4CFA A; 4WFN L; 4BDZ A; 1KVA A; 3AGR A; 4JLH A; 4LC9 B; 3E1Y A; 4EIA A; 4WCE L; 3OW2 M; 4AQY K; 2GV9 A; 4UY8 O; 2AJQ A; 3WT0 A; 4CJP A; 3WUH A; 3O9S A; 2IS3 A; 4MLH A; 3ZX3 A; 4WQ5 C; 2HBM A; 2YNF A; 4YOV A; 3EE8 A; 5E84 A; 2UXD K; 3MMV A; 4N41 A; 2E88 A; 3OYI A; 2YCH A; 3V9S A; 3L6Q A; 5IWA K; 3F9K A; 1QHT A; 1IJJ A; 3WXJ A; 3C6H A; 2Z1H A; 1MA9 B; 1KAZ A; 3C7N A; 4JHD B; 4A2B A; 3D2E A; 1IKW A; 1GLJ O; 3RWU A; 3NH0 A; 3HOS A; 4HUG A; 3CQX A; 4A59 A; 3TSP A; 3L3V A; 3Q7C A; 5J2M A; 1SKR A; 2RN2 A; 2P9N A; 2D0C A; 3VA0 A; 4HTL A; 1S5J A; 3NGY A; 3LZJ A; 2B4J A; 1QQM A; 4YOX A; 3HPO A; 1QZ6 A; 3R1X A; 1NGB A; 1K9M O; 4CZL A; 1K8K B; 1ZYQ A; 4B1U B; 1SL2 A; 1IKX A; 4M3Y A; 2E2P A; 3CCS N; 4M7Y A; 3ULE B; 4X65 K; 3BGR A; 3F73 A; 5M1O A; 4DSJ A; 3VF4 A; 1IO2 A; 3ZET A; 3DLB A; 1NGI A; 4DTR A; 1NK9 A; 2VWJ A; 1QHA A; 4ISG A; 4JK9 A; 4K42 A; 3CMA N; 2YHB A; 1DTT A; 3OBY A; 4DLG A; 3ID8 A; 3T1Y K; 2Z1G A; 4B3O A; 2ASM A; 4DR3 K; 3SNN A; 1VQM N; 4F2R A; 3SQ0 A; 3SMS A; 2O4I A; 3LP2 A; 2G8K A; 5KRT A; 4BE1 A; 3CF5 L; 1NBW A; 1RFQ A; 4OGE A; 4M45 A; 3MEC A; 3NE6 A; 2OPP A; 3J8A A; 4O5F A; 2E2Q A; 3ASM A; 3HP9 A; 1NU0 A; 3FR0 A; 4ELU A; 4ILG B; 1TAQ A; 2OAN A; 3O5B A; 3ENB A; 1K6Y A; 4BDP A; 4DMN A; 4CHO A; 2HHU A; 5C2D A; 5FRM A; 4KRE A; 1GLA G; 4BRL A; 2FSJ A; 3DXK B; 1YJW N; 4BR7 A; 2JLE A; 4BRC A; 2D0A A; 3T69 A; 1ATN A; 3MEE A; 1SL1 A; 2X74 A; 4H0O A; 3CG7 A; 1DEJ A; 4BRD A; 5J1E A; 1SL0 A; 2NRV A; 4LF4 K; 2VWK A; 4YDU C; 3O9R A; 4CCH A; 4B1V A; 1JL1 A; 2KZM A; 1NKB A; 3TAG A; 4JKG B; 3KLF A; 5LMN K; 5AQX A; 2F7T A; 2A3Z A; 4ICL A; 3C0B A; 3OVN A; 3QIC A; 5JS2 A; 3FZM A; 3SZ2 A; 4FJG A; 1G99 A; 4CJ5 A; 5CYM A; 2HMI A; 5D3G A; 5C15 A; 4J2B A; 2HW3 A; 4KI4 A; 4Y1C A; 5H1S Q; 2QWQ A; 1RBS A; 4F3T A; 4PWD A; 4BVP A; 3DJC A; 4LF6 K; 2A6A A; 1XMQ K; 1E4G T; 3CI5 A; 3VQ9 A; 3ZX2 A; 2E6L A; 4DFP A; 3ZSR A; 3ZSV A; 5AZI A; 4E7L A; 3IDH A; 4A5B A; 4DSE A; 2HNZ A; 1HJR A; 4BRN A; 3OYH A; 3QEW A; 3MX2 A; 4KHP K; 2ZF5 O; 4CJ3 A; 2IAJ A; 5KRS A; 2HHX A; 4CF1 A; 1NGE A; 3MWP A; 2I7P A; 2P9I B; 4M41 A; 5BR9 A; 1NKE A; 2HVH A; 4CZF A; 2G8V A; 5GIP A; 4DSK A; 3OHR A; 5AR0 A; 1HMV A; 2Y1J A; 3HK2 A; 4RG8 A; 1HR0 K; 1U47 A; 4DUZ K; 4OX9 K; 3K2P A; 3AA2 A; 5BRE A; 4FM1 A; 2D1K A; 4CJK A; 4IWV A; 4J2E A; 4JNE A; 1N8R O; 4LF5 K; 3KLH A; 3P38 A; 5AQP A; 1CXU A; 4AHU A; 4Z4E A; 1RT3 A; 1TYQ A; 1C0G A; 3OS2 A; 3K5L A; 3CET A; 4AIL C; 2QKK A; 3AAQ A; 3O4W A; 2G8U A; 1KRP A; 4Z0U A; 3WXK A; 3FZF A; 1VSI A; 4CK2 A; 1A5X A; 3PX6 A; 2O8E B; 1U6Z A; 2ATQ A; 1WAF A; 3MXI A; 2ZQB A; 3ALY A; 1X3N A; 3O4N A; 3PY8 A; 3KK7 A; 4RW7 A; 1BO5 O; 2NLX A; 3M3Z A; 5F2R A; 3CM5 A; 3AAP A; 2HMP A; 4C8N A; 3I0S A; 3SI6 A; 3DLK A; 3MWT A; 1VRU A; 4FW1 A; 3P31 A; 4JI3 K; 2A5X A; 2HBJ A; 3FZH A; 5C12 A; 4M3U A; 1X9M A; 4M3Z A; 2GEM A; 3UKR A; 5CYQ A; 4RW8 A; 4FLZ A; 4XH5 A; 4FJ8 A; 2JGU A; 1JXB A; 4Z4I A; 4FJJ A; 4Y1D A; 1QSS A; 2FSN A; 3OBW A; 4CJ4 A; 2GUP A; 5KPT A; 2EX3 A; 5TKW A; 2QWP A; 2O4G A; 5BN8 A; 4FLT A; 5BRH A; 2ASO A; 3MK6 A; 1BA0 A; 4OJR A; 1IBL K; 4WQ4 A; 4JI7 K; 4E7K A; 2QWM A; 3P1G A; 3TSQ A; 3DLL L; 4ELV A; 3WXM B; 4YNQ A; 4IFE A; 1Q18 A; 3V6D A; 3L0Q A; 4M42 A; 2HBK A; 2Q0R A; 2G8F A; 1UAX A; 3RRH A; 3H3O B; 1UOC A; 1TK5 A; 1J54 A; 3MED A; 5AQF A; 1D8Y A; 3SJJ A; 1GLL O; 3V81 A; 1QVG M; 4QS8 A; 4CJW A; 3PLA A; 2ITM A; 3SQ2 A; 3SAH A; 2O8F A; 4E1J A; 3I55 N; 1IG9 A; 1YIJ N; 4EAH D; 5C42 A; 2NUB A; 4KPY A; 3NF6 A; 3OS0 A; 3UIQ A; 1LOT B; 4ISE A; 3K5O A; 1T6C A; 4K8X A; 3P83 D; 1HPM A; 1L3S A; 4UQG A; 2F96 A; 3FE1 A; 3NDK A; 4YOW A; 4DSF A; 4FJH A; 1HRH A; 3DLH A; 4ZTF A; 1HQU A; 3VTH A; 2ZJR L; 1HX1 A; 1JXE A; 4PKI A; 3V1Q A; 3VEN A; 4JRQ A; 5GAG P; 1O13 A; 1XQS C; 4PHT X; 4DTP A; 1ITG A; 3P5J A; 3DYA A; 1J53 A; 2Q0U A; 4B8A B; 4CJF A; 4H03 B; 2P9U B; 5FPM A; 4DFJ A; 2Q3S A; 3KLE A; 4B1Z A; 4BRP A; 4OLA A; 1SKS A; 5JIC A; 2YHX A; 3ZCM A; 2OA8 A; 3MAQ A; 1WUA A; 5AQW A; 4MQ3 A; 1HYZ A; 2DTU A; 3IMX A; 2OTL N; 5ADX A; 3OY9 A; 3CCU N; 2QK9 A; 3BP8 A; 3ATV A; 4G1Q A; 2CH5 A; 3O1B A; 3VQB A; 4PA1 A; 1LW2 A; 5EY4 A; 5FRN A; 3M8R A; 3MXM A; 1LCU A; 4I2Q A; 3ISN C; 3R9P A; 3TAQ A; 4KO0 A; 5LJW A; 3QFU A; 1RIL A; 4H0Y B; 3CCQ N; 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