The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVM A; 5GIN A; 3NMU A; 3ID6 A; 3NVK A; 3PLA A; 2NNW A; 4BY9 C; 5GIP A; 3T7Z A; 5GIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NGJ A; 4FVU A; 3R3L A; 2P9L B; 1TYQ A; 3LDL A; 4JKG B; 4E0D A; 4BR2 A; 2O8B A; 4OKK A; 4DHY A; 1WNS A; 1VAZ A; 3NHG A; 3TAQ A; 5JVG L; 3EZ5 A; 3SBG A; 1GLA G; 3GL1 A; 2BE2 A; 3I0R A; 4FWR A; 4DSF A; 4BRH A; 2BTF A; 3KWG A; 4NXM K; 1U2V A; 4PA1 A; 4C23 A; 4M3Y A; 3WNE A; 1W0H A; 2OPQ A; 2Q2R A; 4AH9 A; 1HNW K; 1TVR A; 4FJ7 A; 2D1K A; 4GVE A; 1TYQ B; 3L3U A; 3V9X A; 4O8U A; 4DV4 K; 4KV8 A; 4O5F A; 4XH1 A; 3A5L C; 3EZW A; 3SZ2 A; 5ADX A; 3FZL A; 4HUG A; 3LWM A; 4FJM A; 3I33 A; 3IRX A; 1RTD A; 4MQ3 A; 4CHO A; 1XMQ K; 1SAZ A; 2EWS A; 4FJG A; 3C6H A; 3N4Q A; 4DLE A; 3O80 A; 1U2V B; 1NKC A; 4I9L A; 3A2F A; 4CJ5 A; 4IBN A; 4X64 K; 1RT6 A; 3V81 A; 4M7X A; 1C1C A; 2JLE A; 2HST A; 3VER A; 5CY4 A; 2OTL N; 3U9D A; 3C6T A; 1BI4 B; 4CK1 A; 2D4W A; 3JSM A; 4K8X A; 4CJR A; 5DMR A; 1U45 A; 3T1A A; 4KRE A; 5KTQ A; 4JI6 K; 3E1Y A; 4DTS A; 2YV0 X; 3THX A; 3TSU A; 1NK9 A; 1MDU B; 4B1U B; 1OVQ A; 1K9M O; 4BAC A; 1CZA N; 3AGK A; 1Z25 A; 5BR9 A; 1NMN A; 4BRE A; 3ZSV A; 4OX9 K; 5AFU A; 3M3Z A; 1YXQ A; 3S3O A; 2QW9 A; 4DV3 K; 3QDK A; 5LJV A; 3EL2 A; 3EE9 A; 3EYZ A; 2HW3 A; 3QBW A; 4IFE A; 3U6F A; 3LAL A; 4YOV A; 4FK0 A; 3SBT A; 3TTF A; 2NLX A; 4M63 C; 3THX B; 1EX4 A; 2RPI A; 4DS5 A; 3L2W A; 2X6S A; 2HHV A; 1TUY A; 1VHX A; 3LAM A; 5BN9 A; 4B08 A; 1C0F A; 1BIU A; 4FO0 A; 3AVC A; 3VES A; 3MN7 A; 1RDW X; 3KIO A; 5E41 A; 3ITH A; 3CC7 N; 4Z4E A; 1JLE A; 1BIS A; 1IKV A; 3MXM A; 3C95 A; 4CEZ A; 4DCH A; 2NRV A; 4CW7 B; 4GV3 A; 3JS6 A; 3WQT A; 2ZQB A; 3VGL A; 3SAG A; 1NNE A; 4JEP A; 5EXW A; 3E9O A; 1K73 O; 4LF6 K; 4JKA A; 3BUZ B; 3G0Z A; 1S6Q A; 1TK8 A; 5M1P A; 4B1X B; 1TV6 A; 5F1X A; 2QWN A; 3IFR A; 1IG8 A; 1ASV A; 3FZH A; 3BP8 A; 3VOV A; 5J2N A; 1VSE A; 1N33 K; 2FBY A; 1OH8 A; 1HQE A; 1GLF O; 3V9Z A; 2UUC K; 1FKP A; 4CZM A; 4MDA A; 3L2V A; 1K8A O; 4CF0 A; 3LDS A; 2PYJ A; 3AVB A; 3VQ4 A; 3TR8 A; 3G6E N; 1ZYQ A; 4ISE A; 1IH7 A; 2YNF A; 3LAK A; 4FM0 A; 4ILH A; 2QWO A; 1VQP N; 2KW4 A; 1U4B A; 2P9I A; 3QEX A; 3WNH A; 4GMJ B; 4DR1 K; 4IEE A; 4JRQ A; 3HBT A; 2XRI A; 3DXK B; 4B9M A; 2OPP A; 5C2D A; 1U6Z A; 2P9P B; 3H3O B; 3K0S A; 4LY7 A; 4PKI A; 3MCP A; 4I2P A; 4CJ7 A; 4H5W A; 2UXB K; 3VTH A; 3V9S A; 3KLG A; 2HB5 A; 1Q81 O; 1W2B M; 4BQZ A; 1LW0 A; 1UAX A; 2P9I B; 1JLC A; 1ZBL A; 4KTQ A; 3D7E O; 4LD0 A; 1YF5 L; 2PAV A; 5B8H A; 4AF1 A; 2GEL A; 3PSI A; 4Q0B A; 4FYD A; 4MFB A; 3VQ8 A; 1VQ4 N; 1S5J A; 3TAM A; 3OYD A; 2D0O A; 1NGC A; 4J2A A; 1KTQ A; 1GLE G; 1K6Y A; 1NK5 A; 1N34 K; 4DS4 A; 4WFN L; 3ZLJ A; 1Q9X A; 4WQ5 C; 4PL8 A; 4DTN A; 4PKG A; 4WF9 L; 1R59 O; 4FWN A; 3AO4 A; 2YHX A; 3PX0 A; 4LF8 K; 2R7Y A; 3JAM O; 1RCH A; 5CE3 A; 1N5Y A; 4A57 A; 4JI3 K; 3O9T A; 4BRG A; 3VGM A; 1EP4 A; 3VMF B; 3C7N A; 3ENB A; 3BF1 A; 3CJ9 A; 2WUS A; 3G71 N; 2P1J A; 1KCF A; 4V19 S; 3I8D A; 2E1Y A; 1NKB A; 5C15 A; 2XHB A; 3MK6 A; 5ADX H; 1IBM K; 3HM9 A; 4DF8 A; 4FWQ A; 2E20 A; 4LSN A; 3IS9 A; 3MEG A; 3V6D A; 3TU5 A; 4H5N A; 5JS1 A; 4RW9 A; 2WC9 A; 1OH6 A; 1VSJ A; 2QI2 A; 3C7N B; 1BCM A; 4B1V A; 3P5J A; 3MN6 A; 4HHT A; 3OYB A; 4OPJ A; 3PIO L; 1DLO A; 5C42 A; 3VEV A; 3LP1 A; 4H0V B; 4BRD A; 1X9W A; 4NYF A; 1NBW A; 4BG8 A; 4IFV A; 2YI1 A; 1O13 A; 5E26 A; 3VF2 A; 3I56 N; 1BQN A; 2ZD1 A; 4FLV A; 2YNG A; 2IOC A; 4BC5 A; 4ELT A; 1HKG A; 3M5R A; 4HVJ A; 4KHQ A; 4W5O A; 2Q0U A; 1IG9 A; 3M8P A; 2HBJ A; 3QLH A; 3AVJ A; 5KRS A; 2Q1N A; 1S1U A; 2Q3S A; 4JHD A; 4BRM A; 4CZL A; 4F2S A; 4H0P A; 4OVL A; 1TKD A; 3BF3 A; 3K5L A; 1CXU A; 4F9O A; 5M1O A; 3AAP A; 2YNI A; 1H1V A; 5HRP A; 2HHW A; 3NF6 A; 5AFU H; 5KPT A; 1WUA A; 1A5X A; 3RMD A; 1NK7 A; 1VSD A; 2HHT A; 4FJK A; 1SL2 A; 4PUO A; 3BEX A; 3L3V A; 2BH1 A; 4KHU A; 3TI0 A; 4B8A B; 4Z4C A; 3RSE A; 1TAU A; 4JHD B; 2O4I A; 4M3T A; 4IJN A; 2W6K A; 3ZT2 A; 2ZE2 A; 2VQF K; 2H3G X; 2X78 A; 4E7I A; 2ZGZ A; 3S41 A; 2UXC K; 4DTJ A; 3QFU A; 3KLF A; 3NFA A; 3HOT A; 2E2N A; 1N36 K; 2FSJ A; 4RTF D; 4U7B A; 3GE1 A; 1SUQ A; 4GY2 B; 3O9R A; 4OGC A; 1HYZ A; 3V1O A; 1YHQ N; 2F9T A; 3OA9 A; 1NGB A; 3F9M A; 1KQS M; 3RSE B; 1Q18 A; 4E1J A; 3AVM A; 5AQI A; 1YVN A; 2ZWH A; 3SK3 A; 1NGA A; 5LJW A; 1YUW A; 4BQL A; 1BUP A; 2JWL A; 4CIE A; 1Q82 O; 4FJX A; 4DMN A; 1NGH A; 1J5E K; 4Z4I A; 1LWF A; 5FPE A; 4H0X B; 3CPW M; 3RMA A; 2PZS A; 5BR8 K; 4IG3 A; 5AQQ A; 4DFK A; 1RGI A; 3R6M A; 1XNQ K; 1C0U A; 4BGA A; 3SQ4 A; 4FJ9 A; 4LFA K; 1KLM A; 3D2F A; 3T3F A; 3EO3 A; 1A5V A; 4E89 A; 1NLV A; 1HNV A; 1QTM A; 2ATQ A; 1TK5 A; 4BVO A; 4E1M A; 1VQK N; 4IFY A; 4DR7 K; 1VSI A; 5C2F A; 2ZJR L; 3K9J A; 5DM6 L; 3RRG A; 1YJ9 N; 2O4G A; 3OJS A; 1SL1 A; 3MXJ A; 4KKO A; 4CEC A; 4C8L A; 4H0T B; 2OYQ A; 3T19 A; 3OYL A; 2Q0R A; 3OYG A; 3J80 O; 1NGG A; 4OLB A; 3D2F B; 1NGF A; 3O4W A; 4Y0W A; 1NJI O; 4CHQ A; 5CR4 A; 4GNI A; 1N6Q A; 2G8K A; 1RDD A; 4UY8 O; 4B9U A; 5AQF A; 5LY3 A; 2GTD A; 3AVF A; 1HUX A; 3QO9 A; 2X6N A; 3LPT A; 4NCA A; 1C0G A; 3THV A; 4CGD A; 4JKD A; 2FF6 A; 4KHY A; 4KTZ A; 1J53 A; 2A41 A; 3DLL L; 1U49 A; 2YHA A; 4DU4 A; 3JXU A; 4K43 A; 5GAG P; 3CD6 N; 5AQJ A; 3NF7 A; 2HVI A; 3M1F A; 3OVN A; 5A2Q O; 3MEE A; 4KPY A; 2F8S A; 3NH1 A; 3MEC A; 3SUO A; 1TL1 A; 1KLN A; 4LH4 A; 1KFD A; 2VWK A; 3RMB A; 3QFP A; 5DM7 L; 2NUB A; 2ETJ A; 3HRG A; 1NM1 A; 1WAJ A; 3CG7 A; 3AVA A; 4CBU A; 3CFP A; 2NRH A; 3GG4 A; 3OHR A; 2D0C A; 4YOR A; 4DV1 K; 2B6A A; 4FJ5 A; 4KHS A; 4CJT A; 3CCU N; 1LCU A; 3P31 A; 3DLR A; 5EU7 A; 4DFP A; 1IBK K; 4FJH A; 1O1W A; 3KHY A; 3AA4 A; 3V9W A; 1T05 A; 4B9N A; 3KD1 E; 1YIT N; 2ZGY A; 4FWS A; 3IKM A; 3WEE B; 3OYJ A; 4DUZ K; 3C6A A; 4DSE A; 4YHH K; 1HYS A; 2O8D A; 4FWP A; 5SZT A; 5TKY A; 4M3W A; 3L6Q A; 3G4S N; 3ENO A; 4FWL A; 1TKT A; 1WSG A; 4CF2 A; 4JN4 A; 4GKK K; 2GX9 A; 4B1W B; 2P9U A; 4DR2 K; 3ATV A; 3F5T A; 3OS0 A; 2V52 B; 4CGJ A; 4B3T K; 3CI5 A; 2ZJQ L; 4A2A A; 4CJW A; 2WBN A; 3J7Z O; 1J6Z A; 1RTI A; 2FBX A; 5AQR A; 2EHG A; 3CQ8 A; 4NXN K; 2O8D B; 3F73 A; 3UE5 A; 1KVC A; 2W40 A; 3DRP A; 3M8S A; 1RFQ A; 4DSL A; 2JWK A; 1RBS A; 3QEW A; 1WBD A; 2P9U B; 3D45 A; 4OKJ A; 4M3Z A; 4W5Q A; 3WXJ A; 2ZF5 O; 5KQ8 A; 4FLX A; 5JLF A; 4ZTJ A; 3CCE N; 4CE9 A; 4B3S K; 3SMS A; 3QET A; 4IG0 A; 1EO1 A; 4BRI A; 2HHQ A; 3ALY A; 3AVH A; 1T8E A; 3VQD A; 1NK6 A; 2WFB A; 3J8A A; 2YKM A; 5EOY A; 2ASM A; 4Z4F A; 4WQ4 C; 3LM9 A; 4KO0 A; 4N41 A; 1VQ5 N; 4AM6 A; 3LZJ A; 3PY8 A; 3A5O C; 3ZSX A; 2G8W A; 1W7A A; 3IUC A; 1RT7 A; 1EKE A; 1Z6R A; 3LL3 A; 5FRO A; 4JK9 A; 3L2R A; 1NG9 A; 4FXD A; 3HST B; 1HMV A; 1J54 A; 2IS3 A; 2NNW A; 3VA0 A; 1RDB A; 1RNH A; 5AQP A; 4DR3 K; 2KTQ A; 2O8B B; 1B9D A; 4LFB K; 3ZX0 A; 3B6O A; 3SUN A; 2P5G A; 5AQY A; 1EWR A; 3C94 A; 5AR0 A; 1UA0 A; 5KGW A; 3OYC A; 4F4K A; 1NKE A; 4KH5 A; 4BR5 A; 2UUB K; 2UYT A; 2OZS A; 5CHI A; 2QWR A; 2JGU A; 3O08 A; 3DLH A; 3HVR A; 3O1B A; 4CJS A; 1NK8 A; 1I39 A; 3GBT A; 4CJP A; 4W5N A; 3MED A; 3DJC A; 1Y97 A; 2KFZ A; 4WFB L; 2HVH A; 1T44 A; 1VQM N; 1X9M A; 3MMV A; 1V4T A; 4WYB A; 1DTT A; 3HSC A; 1YIJ N; 3N4P A; 1GOA A; 4NLB A; 2G8H A; 4LSL A; 1NWK A; 5LMU K; 3SNN A; 1U04 A; 1P8Z A; 3QNO A; 4AIL C; 3I0S A; 4CJF A; 4FJI A; 4KBO A; 4C8O A; 3ZT3 A; 3CM6 A; 4DSI A; 5HRR A; 1P90 A; 2OAN A; 3H6E A; 3LDQ A; 2P5O A; 4W5R A; 3F9K A; 2V7Y A; 4DFJ A; 4DKW A; 3OYE A; 2HHX A; 4RW7 A; 3HZ6 A; 3VTI A; 4F3O A; 4QOZ B; 2Y1I A; 4R79 A; 3NH0 A; 1KD1 O; 4QS8 A; 2QKB A; 1WBB A; 1JLQ A; 4CGF A; 1WSI A; 4DSJ A; 1ZXO A; 5HL7 L; 1TL3 A; 3B8A X; 3L2Q A; 1TKZ A; 4F3T A; 3KLE A; 3P38 A; 4BRP A; 5F0X A; 4HUE A; 1Q9Y A; 2YNH A; 1BIZ A; 1LAV A; 4H5V A; 3QES A; 5FRN A; 3CC2 N; 3ZSQ A; 2W42 A; 3MXI A; 1B9F A; 1HNX K; 1MA9 B; 4BR9 A; 4IZ9 A; 2O8F A; 4IJA A; 3OYN A; 3NF9 A; 1NK4 A; 3MWT A; 3TAF A; 4R5P A; 3RR7 A; 2E2Q A; 5AQU A; 1SS6 A; 1Z05 A; 3ZSR A; 2QM1 A; 4I2Q A; 1ZBU A; 2KKZ A; 4Z4H A; 5FRM A; 1ILY A; 3B6P A; 1QSY A; 3KK7 A; 4E7J A; 3H45 C; 4DQ8 A; 4MLH A; 2HBL A; 5HRS A; 4N56 A; 3R9P A; 5GIP A; 3WNG A; 4YFU A; 2O8F B; 3DRR A; 3O6W A; 1VQO N; 4JKF A; 2CGL A; 4KHN A; 2W6L A; 3CCV N; 4O0I A; 1HR0 K; 2A42 A; 5J2Q A; 4AHT A; 3K59 A; 4DLG A; 3UKU A; 3SI6 A; 1NOZ A; 1SQK A; 1EWQ A; 5J1E A; 4OPH A; 4CJE A; 1WSF A; 1J5O A; 2OPS A; 1I3A A; 2Z1H A; 2B5J A; 3EEQ A; 3I55 N; 4DTR A; 4YOW A; 1XHZ A; 2YCH A; 2AA4 A; 3H3N O; 1QHA A; 3E9P A; 4LFC K; 4BDY A; 3AO1 A; 4CEE A; 4N47 A; 2HND A; 3VQQ A; 1YT3 A; 3UKU B; 4CF8 A; 4KB0 A; 2O8C A; 2IVP A; 3DMJ A; 4F2R A; 3TAE A; 4A2B A; 3TTD A; 3K2P A; 3L8B A; 1LW2 A; 2FC0 A; 2VGM A; 1QHT A; 4J2D A; 2QK9 A; 1BA1 A; 3MDQ A; 3J7A P; 3DAW A; 5AQS A; 3KTQ A; 4NCB A; 3QML A; 2IDO A; 4BRL A; 3ZET A; 4EHT A; 1MWM A; 4CIF A; 3KKS A; 4RWT A; 5M1N A; 2I5J A; 3PIP L; 2WOM A; 4B3R K; 4DB3 A; 3WNF A; 3AVI A; 4HCC A; 4JKE A; 4C8M A; 3AAR A; 3AV9 A; 2F7T A; 4IOA L; 4K41 A; 4JI4 K; 3UKR A; 5CZ1 A; 2F8T A; 4IXC A; 4YOY A; 5FDL A; 1FK9 A; 4XIU A; 1QZ5 A; 3ZET B; 5GIN A; 5GAH P; 1NJZ A; 2P9S A; 1X3M A; 5GIO A; 4DUY K; 4M41 A; 3V1Q A; 1JLG A; 3FZF A; 1KAZ A; 4I9Q A; 3BY5 A; 5AQW A; 4AHC A; 3SPZ A; 4PQU A; 2F4V K; 4CJ3 A; 3KZB A; 3BDP A; 3DOK A; 4ID1 A; 4O44 A; 3UKR B; 3ZYY X; 1SL0 A; 4ZHR A; 4OPK A; 4BRF A; 1QQO A; 5E84 A; 1S9E A; 4ELV A; 1S72 N; 1YTU A; 4JI2 K; 2A1R A; 3O3G A; 2RN2 A; 5EY4 A; 3OYK A; 1RT5 A; 3SQ2 A; 4HUF A; 4K25 A; 3T69 A; 4FLW A; 2P9S B; 4CEB A; 2HNZ A; 4AHS A; 3K5O A; 5AJ3 K; 3SCX A; 5AQM A; 5C25 A; 4H0O A; 4AQY K; 1HNZ K; 4EHU A; 1VSF A; 5BN8 A; 1NU0 A; 3DRS A; 1VQ6 N; 3O4N A; 4QAG A; 2XY8 A; 3WT0 A; 4JKH A; 3SJJ A; 1QVG M; 1IBL K; 1HX1 A; 2CH5 A; 5H1S Q; 3HO1 A; 3L0Q A; 4H5T A; 3IG1 A; 5AQX A; 1BU6 O; 3TAR A; 3CJ7 A; 3C6U A; 4FJJ A; 3SV3 A; 1V4S A; 5KRT A; 3ATU A; 1Q7Y O; 1IJJ A; 4DQI A; 2YJE A; 3ZCM A; 2YHY A; 1ATS A; 5AQN A; 2NRW A; 1CXQ A; 3J81 O; 4DF4 A; 2DFF A; 4MLE A; 4CJV A; 3OYF A; 3OYA A; 3O9U A; 2BDP A; 1QVF M; 4B3O A; 1W97 L; 2GEM A; 4Y1C A; 4JI1 K; 2QWL A; 1BA0 A; 1QZ6 A; 4WFA L; 4FLZ A; 1FXX A; 3PO4 A; 4UQG A; 3PSF A; 3SYZ A; 4NCG A; 3D0P A; 2QKK A; 5BPN A; 2DPN A; 4LF7 K; 1DGK N; 2GBZ A; 1ZBS A; 3E01 A; 5J2M A; 2G8I A; 4JKB A; 3QEI A; 3WXK A; 4FWM A; 3KLH A; 5CYM A; 3HP9 A; 3ID8 A; 3QBX A; 4EZ9 A; 2Q31 A; 4CJU A; 3ZSO A; 3GOI A; 3TAG A; 1L3U A; 3NGI A; 4BRK A; 4DU3 A; 4KTW A; 1S22 A; 2BAN A; 4MO5 A; 3H1V X; 3NVK A; 1RBR A; 4CEO A; 4CK2 A; 5C12 A; 4Q5V A; 4G1Q A; 4X65 K; 4KH6 A; 4H4M A; 3ZSY A; 3CFO A; 1EQY A; 5BRE A; 3CFR A; 3IDH A; 4H5R A; 4FSV A; 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