The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GIP A; 2NNW A; 3NMU A; 5GIO A; 3PLA A; 5GIN A; 3ID6 A; 3NVM A; 4BY9 C; 3NVK A; 3T7Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7X A; 2E1Z A; 2OAN A; 5TKW A; 4F8R A; 5FPE A; 5FPM A; 3E9L A; 2ASO A; 4YOW A; 4FPA A; 1WBB A; 3AA3 A; 4MO4 A; 3KK1 A; 1WUA A; 4AH9 A; 3I55 N; 1HYV A; 5BPM A; 4R79 A; 3TWH A; 3CXC M; 1QHA A; 4KHY A; 3QFU A; 4B1W B; 3AVC A; 3T1Y K; 5B8H A; 3P4I A; 1RBV A; 2ASP A; 5FRO A; 1KVB A; 1IKV A; 4KBO A; 3I8D A; 1TUY A; 1U45 A; 4BRK A; 4GVE A; 2Q36 A; 3V4I A; 2F8T A; 2ZD1 A; 4B9U A; 2ZF5 O; 3EEQ A; 1TAQ A; 3HP6 A; 1G99 A; 4ZTJ A; 3QEP A; 4LFA K; 1HKC A; 3THX B; 2P5O A; 1OVQ A; 3G71 N; 1K8K B; 4H5W A; 4C1N I; 3A5N C; 5F1X A; 1C0G A; 3U3Y A; 2QXL A; 1HMV A; 4AIL C; 1X9M A; 1VQ8 N; 3I56 N; 1HR0 K; 1E4G T; 4B3S K; 1U2V A; 4C23 A; 4FJ8 A; 3VTI A; 4GMJ B; 1N32 K; 3F9M A; 3OYM A; 1XMQ K; 4DQQ A; 3DYA A; 4O0J A; 3LWL A; 2OYQ A; 2W42 A; 3MCP A; 3VEO A; 4H4O A; 1RT2 A; 3DLB A; 3NF7 A; 1WSF A; 3SJJ A; 3R3L A; 4ILG B; 4CJU A; 4B3T K; 1RT7 A; 2IVO A; 3M1F A; 1FK9 A; 3M8R A; 3OYF A; 1WNS A; 3EO3 A; 4JAX A; 3LP0 A; 4JK8 A; 4XEI A; 4BGA A; 3ZT1 A; 3PV8 A; 3DXK B; 3FFI A; 3D2E B; 2O8E B; 1GLD G; 5AQG A; 1FXX A; 4CD1 A; 1EWQ A; 2UXD K; 4R5P A; 4EP4 A; 1KSP A; 4ISE A; 5BR9 A; 4DR1 K; 1BGX T; 4PKG A; 3P39 A; 3Q7B A; 3TTD A; 4NCA A; 1O1W A; 2VYP A; 3ALY A; 4YDU A; 1BIZ A; 4CZJ A; 4W5T A; 1HQE A; 3KLF A; 2HF4 A; 5LL6 Z; 3CC4 N; 4KHN A; 5AQS A; 4H0V B; 4WQ4 A; 3NHG A; 4JRQ A; 3UKU A; 4FM1 A; 5GAH P; 2GBZ A; 2ATQ A; 5GAD P; 2OPR A; 4N56 A; 3EZW A; 4BGB A; 2HMP A; 4CHN A; 2PBD A; 1RDD A; 4JKA A; 3RMA A; 1NK7 A; 3QLH A; 4Y1C A; 1QVG M; 4X62 K; 3CMA N; 1I94 K; 2FC0 A; 3AVK A; 4NB4 A; 3LDQ A; 4PA1 A; 3MED A; 4DFK A; 4DSL A; 1A5W A; 4JS4 A; 3DXM A; 3CCS N; 1NGC A; 4Z4E A; 1QSS A; 3I8B A; 5JS1 A; 2XY5 A; 3RMB A; 1TYQ A; 1YIJ N; 2I7P A; 3QFP A; 4DR2 K; 5J2Q A; 2IOC A; 1EET A; 5A2Q O; 1X3N A; 4QCL A; 2P9U A; 1RDA A; 4BRD A; 3ZSZ A; 3U3G A; 5M1O A; 3KD5 E; 1VRT A; 4FW2 A; 3C0B A; 1LWF A; 3PUF A; 3EN9 A; 3IDH A; 1C6V A; 2Q0R A; 3OYB A; 4PKH A; 3AGK A; 1JJ2 M; 3HPG A; 3WNH A; 2O8F B; 2CGJ A; 4O0I A; 2P9L A; 5C25 A; 2BTF A; 3O9T A; 4Y1D A; 4CJQ A; 3HVT A; 3AO3 A; 1GLA G; 3EE8 A; 3L4I A; 2A3Z A; 2GUI A; 3SAF A; 2RF2 A; 3ZSX A; 1U4B A; 3NGZ A; 3SBG A; 4CF9 A; 3SUN A; 3N4P A; 2EX3 A; 4PWD A; 3QIP A; 2NRV A; 5AZI B; 1GLE G; 4M3R A; 4IJA A; 1T3V A; 3AAR A; 4A59 A; 4DB3 A; 1XI1 A; 2HST A; 3O1B A; 3AVG A; 3UKR A; 4CF1 A; 3JXU A; 1KAX A; 3CI5 A; 2YNG A; 4ISF A; 2P5G A; 3KJV A; 2P9I A; 5BRF A; 2ZM6 K; 4FWM A; 3WEE B; 1GOA A; 3GG4 A; 1Q18 A; 3TU5 A; 2VG7 A; 2D1K A; 4LF5 K; 4H5R A; 3IFR A; 3SYZ A; 2PYJ A; 4LF4 K; 3VOV A; 2X74 A; 3L2U A; 1MDU B; 3ZSW A; 3EL2 A; 1T6D A; 3CFP A; 5C10 A; 2P9S B; 1JLA A; 1ZBI A; 1KLM A; 4CIG A; 3E1Y A; 4JKG B; 4LF6 K; 2NRH A; 4Q5V A; 2QKB A; 3VQD A; 2KW4 A; 5MLC Q; 3ENB A; 2G8V A; 3HP9 A; 1NNE A; 2KZZ A; 4CHP A; 3HJF A; 3DXK A; 5ADX H; 5J2M A; 5AZJ B; 4B3M K; 2O8E A; 4CJ3 A; 3J7Z O; 1GLF O; 2WOM A; 5CZ1 A; 4FLU A; 2D0C A; 3K9J A; 5AQU A; 4WFA L; 4CJS A; 3D6R A; 4E3S A; 5C42 A; 2P9N B; 3L2V A; 2DFE A; 4FJJ A; 4O8U A; 1QS4 A; 3ZET B; 3A2F A; 4E1J A; 1EX4 A; 1TAU A; 5HL7 L; 1J5E K; 3PIP L; 1NK5 A; 1SAZ A; 5LJV A; 3MCA B; 2E2O A; 3OYJ A; 3OYG A; 1O13 A; 2CH6 A; 1NGI A; 3EKU A; 2G8F A; 3FZF A; 1T8E A; 3O4Q A; 1KAZ A; 3RMD A; 3ASM A; 3O9S A; 4FWN A; 2D0A A; 3TAP A; 2VCP A; 4I2Q A; 3OS1 A; 4CZM A; 4JKH A; 1QZ5 A; 3LAL A; 4FJH A; 4JKF A; 1CXQ A; 3B6P A; 4HVJ A; 1NKB A; 3LM9 A; 4DV5 K; 4FWS A; 1QHT A; 3CJB A; 3G25 A; 1VQN N; 3EYZ A; 3MN9 A; 1WSG A; 4BR4 A; 4FSV A; 2HHX A; 3MEE A; 4K25 A; 1HNX K; 4JV5 K; 2P1J A; 3ZSY A; 4E0D A; 3K57 A; 2ETJ A; 3LZJ A; 1NJY A; 5I3U A; 1SKR A; 1EWR A; 5T7B A; 3MN7 A; 3O4N A; 4LFB K; 1W2B M; 4WQ4 C; 3IG1 A; 4AM6 A; 3CPW M; 3MWP A; 4FM2 A; 1YAG A; 4EHU A; 4JI5 K; 3FR0 A; 3MK6 A; 3PX6 A; 2ZJP L; 5BPL A; 4AHV A; 4JKC A; 1LAW A; 2NRT A; 2OTL N; 3GL1 A; 1GLB G; 5AQH A; 3WNF A; 1XHX A; 2A42 A; 3CCL N; 3ZCM A; 1S5J A; 4QS7 A; 2R7Y A; 1VQL N; 4CZE A; 2E6M A; 4JNE A; 1DT9 A; 5CE3 A; 4B3O A; 1NMN A; 3M6G A; 2FSJ A; 2GTD A; 2VG5 A; 4YNQ A; 4DR7 K; 4IBN A; 1IV0 A; 4CEE A; 3SQ0 A; 1NK0 A; 1ATR A; 4QS9 A; 4RW4 A; 1Q8I A; 4DQP A; 1HYS A; 4FXD A; 5HOO A; 2HB5 A; 1KTQ A; 3T1A A; 3O08 A; 4CED A; 3KK7 A; 3GBT A; 3T7Z A; 4IOC L; 1VQP N; 1OH7 A; 1EQY A; 1ZBL A; 1N33 K; 3LDP A; 4A62 A; 1U6Z A; 4KH5 A; 4IEI A; 1JLE A; 1BU6 O; 2UXB K; 3ZT3 A; 3T1H K; 4DF4 A; 3VTH A; 3HM8 A; 3DWL A; 2NLX A; 3RSE B; 2JWL A; 3PLA A; 3WEE A; 2YJE A; 4BR2 A; 4O4G A; 1ZXO A; 1Y64 A; 1W97 L; 3BP8 A; 3VQQ A; 4RW9 A; 1NK6 A; 1HNV A; 3NF6 A; 4H4M A; 5AQK A; 3A5M C; 3VGK A; 4K41 A; 2P9S A; 3TI0 A; 1Q7Y O; 1KFS A; 5AQW A; 3FE1 A; 4JKG A; 4J2B A; 1BHL A; 4GNI A; 4BY9 C; 3KK3 A; 3OYL A; 4WYB A; 1C0M A; 3GE1 A; 3O3G A; 1WSH A; 3PX0 A; 1RCH A; 3KLI A; 4DSK A; 1NMD A; 3MMV A; 4BC3 A; 4OLB A; 3DOL A; 1QE1 A; 3VET A; 2OPS A; 3OY9 A; 4DTX A; 1NJI O; 3ATU A; 4BRL A; 3O9Q A; 1BWF O; 5DM7 L; 3NF9 A; 2O8C A; 3ISN C; 2E20 A; 1VSL A; 1LOT B; 3A8Y A; 1DGK N; 2RPI A; 3HT3 A; 1JLF A; 5J1E A; 2DFH A; 4CK2 A; 3O9R A; 5AQT A; 1NOY A; 3RWU A; 4NCB A; 1U49 A; 1TKD A; 4CK3 A; 4FZZ A; 5KPZ A; 2YHB A; 4BR9 A; 4N41 A; 4RG8 A; 3PY8 A; 2B5J A; 4L8R B; 3MXM A; 4DTO A; 2YHY A; 1ZBS A; 3BZC A; 4EIA A; 4DF8 A; 1A5V A; 3O5B A; 4AHR A; 3TSU A; 1H1V A; 1KXP A; 3L3V A; 1JLQ A; 4JHD A; 4B1V A; 1T44 A; 5HRN A; 4DTM A; 4JD2 A; 4DSJ A; 5AQF A; 2ITG A; 4NXN K; 4BRO A; 2YNH A; 1GOB A; 4I9L A; 1JCE A; 3P31 A; 3HBT A; 3HI0 A; 1HNZ K; 1HX1 A; 1DTT A; 1ATN A; 3L8B A; 3AV9 A; 4DS4 A; 4DFM A; 5GIN A; 1BA0 A; 4WCE L; 3OYN A; 2W6L A; 4DTP A; 2JLE A; 1KCF A; 3WNG A; 2Z1J A; 5E41 A; 2QK9 A; 1RT4 A; 4OPA A; 4BDP A; 4NXM K; 3PO5 A; 1ATS A; 3V9Z A; 4BAC A; 4CEA A; 4NLB A; 3CHW A; 5GIP A; 1U48 A; 4BDZ A; 2B4J A; 4J2E A; 4IWV A; 1VSE A; 2HHW A; 4KTW A; 5DK5 A; 3AA5 X; 1BCM A; 1CLQ A; 4HTL A; 3VEY A; 4PKI A; 4HHT A; 2IVN A; 1CXU A; 1K6Y A; 4CF8 A; 4KHW A; 1G15 A; 1BQM A; 2BH1 A; 2YX6 A; 4K42 A; 4HUG A; 3MXI A; 1X1P A; 3BDP A; 3HO1 A; 2EHG A; 4CBW A; 1MWK A; 1VQM N; 3NMU A; 4WE1 A; 1YXQ A; 3AVM A; 3TPQ A; 1P8Z A; 1NGB A; 3A5O C; 2HBJ A; 4FJN A; 4MLE A; 1U04 A; 3OJU A; 1N8R O; 1EP4 A; 3LAK A; 3CJ1 A; 3KD1 E; 4JI7 K; 3CC2 N; 1YUW A; 2FXU A; 4DMN A; 1S22 A; 3QES A; 3I0S A; 3H1Q A; 4CW7 B; 4EHT A; 2NNW A; 2O4I A; 2WC9 A; 1RIL A; 1TV6 A; 4CJK A; 1S72 N; 1XNR K; 5ELZ A; 3IKM A; 1OH5 A; 1EO1 A; 4OLA A; 1WSJ A; 4IG3 A; 5KRS A; 4FJI A; 2QWO A; 1K9M O; 2FSK A; 4B9L A; 5BR8 K; 2A40 A; 4EP5 A; 1WB9 A; 2IGI A; 3ENO A; 3VEN A; 5JLF A; 4YHH K; 4GV3 A; 4CEQ A; 4FZX C; 1Q81 O; 5LMN K; 1SL1 A; 4QAG A; 3ID6 A; 1NU0 A; 1S1T A; 1HQU A; 3MXJ A; 3SPY A; 5C12 A; 3ZLJ A; 1D9D A; 4B1X B; 5KTQ A; 4DV6 K; 3V9X A; 3K59 A; 3NGY A; 4CGH A; 1IG8 A; 4XH1 A; 1HJO A; 4FZY A; 1KAY A; 2GV9 A; 4DTJ A; 3LDN A; 5I9E B; 2WFB A; 1JXB A; 4N76 A; 4A2B A; 3LDS A; 1W9H A; 1R59 O; 4H0O A; 4BVO A; 2PY5 A; 3V9W A; 3F5T A; 2QM1 A; 3K2P A; 2FBV A; 4J2A A; 4ICL A; 5JMV A; 4OO1 J; 3DM2 A; 3G0Z A; 1QSL A; 4BRH A; 2BGG A; 4DV1 K; 3L2Q A; 4KB1 A; 4H0Y B; 1X9S A; 2X78 A; 3OVN A; 1C1B A; 5AFU A; 1YJ9 N; 3S3O A; 1X9W A; 5M1P A; 3CET A; 4FOI A; 3LP2 A; 2NUB A; 2Q0U A; 4BVP A; 4CHZ A; 1TK5 A; 4IZ9 A; 1X9J A; 2YKN A; 4DQI A; 4A2A A; 3S9H A; 1NWK A; 2F4V K; 3MN5 A; 2AJQ A; 2RHK A; 1DLO A; 1S9G A; 4BR0 A; 2JGU A; 3AA2 A; 3KK2 A; 2IAJ A; 5E26 A; 5BPN A; 3AO5 A; 3F9K A; 4CZI A; 2P9K A; 4KTZ A; 4IFY A; 2HBL A; 4MLH A; 4NLC A; 2PAV A; 4CEO A; 1EXQ A; 3CF5 L; 1FW6 A; 4DUY K; 4I6M A; 5JLH A; 2VWK A; 4DQ8 A; 3D2F A; 3ULE B; 5CYM A; 3MX2 A; 1JLG A; 3C6T A; 1FJG K; 2BAN A; 5AQQ A; 2HHT A; 1QSY A; 2QTD A; 1WAJ A; 4C8O A; 2FLO A; 3QNO A; 5BN8 A; 4CK1 A; 3HVR A; 4FLW A; 2QWL A; 2YHW A; 1VQ5 N; 5FRM A; 4DU1 A; 3OS0 A; 1VSJ A; 1YI2 N; 3SPZ A; 3DI6 A; 3R9P A; 4YY3 K; 1HRH A; 4AQY K; 4HTU A; 4H0P A; 4EZ9 A; 1LW0 A; 4PL8 A; 1HYZ A; 2O8B B; 4GV6 A; 1J54 A; 5CR4 A; 3O9U A; 4PUO A; 3JAM O; 2NRW A; 1L3T A; 4Z94 A; 4NO7 A; 3VEX A; 4LSL A; 1HKB A; 2AP1 A; 2JWK A; 3SAG A; 4DTU A; 4B8C A; 4DHY A; 2WTU A; 3THY B; 3PIO L; 1VSH A; 1U47 A; 4MDA A; 5AQP A; 4FW1 A; 2KFZ A; 2ZQB A; 3ZSR A; 1V4S A; 4ZHR A; 4K43 A; 4OPJ A; 4DCH A; 3QEX A; 1KVC A; 2Q2R A; 2FBX A; 1NGG A; 4JKE A; 4IO9 L; 4N47 A; 1QZ6 A; 2IVP A; 3ZSO A; 4JK9 A; 4K0K K; 3VEW A; 4IEE A; 3D0P A; 4EZ6 A; 3DLL L; 4FJ7 A; 4OKK A; 3CD6 N; 3K5M A; 2E6L A; 1NGE A; 4LF7 K; 2Q3S A; 3TSP A; 4I2P A; 4JI1 K; 3OJS A; 1CZ9 A; 1D5A A; 5EY4 A; 4CJT A; 1MWM A; 1BIU A; 1T6C A; 2ZWH A; 3CJ7 A; 1GLJ O; 1NG9 A; 3J7A P; 3AVH A; 3O3H A; 3CG7 A; 3DLE A; 4A5B A; 2PZS A; 1NK4 A; 3VA0 A; 4C8K A; 1W7A A; 2V7Z A; 2QXF A; 3THX A; 3HK2 A; 3O6W A; 5AQJ A; 2O8D B; 1K8K A; 5CYQ A; 4FLX A; 3SV4 A; 2UUA K; 3CPE A; 3UE5 A; 4Z4H A; 1C1A A; 3V1R A; 3K5N A; 3TTF A; 3W3D A; 1VQK N; 3HST B; 4B9S A; 5HRR A; 4NYF A; 1Q9Y A; 3RR7 A; 3O8M A; 4ISG A; 2XY7 A; 3R6M A; 1L3V A; 4H0T B; 2E5L K; 3RRG A; 4KHS A; 1RDB A; 4FLZ A; 1VQ7 N; 2NZT A; 4C8L A; 5F0X A; 3ZEU B; 3K58 A; 2X6N A; 3GOI A; 3KKR A; 3CER A; 3FFK B; 4B1U B; 4BC5 A; 3ZX0 A; 4U67 L; 3HPH A; 4CJF A; 2IIR A; 5C24 A; 1YVN A; 4FK0 A; 4FJK A; 2A5X A; 4FM0 A; 1KC8 O; 4MDB A; 1IKX A; 3VQE A; 2Q1N A; 2V51 B; 3D2E A; 2ZJR L; 1RTI A; 3WQT A; 3EZ5 A; 3J81 O; 3N4Q A; 1UA0 A; 1C1C A; 4M63 C; 5FLX O; 4JLH A; 3SQ2 A; 4J2D A; 1NJZ A; 4E7I A; 2QWQ A; 1YVU A; 4M3Y A; 3OA9 A; 3LAM A; 2I7N A; 3M5R A; 4B9Q A; 3KTQ A; 3C6H A; 5AJ3 K; 3DLH A; 4JKB A; 1CZA N; 4JI4 K; 3OYH A; 3NBP A; 1NJX A; 3NVK A; 1WBD A; 1RDC A; 4WQ5 A; 4OJR A; 1DTQ A; 3U6F A; 5AQR A; 1NGF A; 4CIE A; 1NM1 A; 3MWT A; 4QS8 A; 5LY3 A; 3F2K A; 4CD3 A; 3OYD A; 4KAZ A; 1Q82 O; 5GAG P; 1VSD A; 4M3U A; 3V9S A; 1DKG D; 3AVB A; 4F3O A; 4CZG A; 3C95 A; 3MDQ A; 2HHQ A; 3ZSV A; 1IBK K; 5CY4 A; 4KO0 A; 3S3N A; 5M1F A; 3THY A; 1RT6 A; 2RKI A; 1T03 A; 4YDU C; 1T7P A; 4BWJ A; 4GV9 A; 4BRI A; 3DRR A; 2OCE A; 3L2R A; 5FRN A; 1J9A A; 4H5N A; 2QWP A; 1TK0 A; 3DLR A; 2XRI A; 4G1Q A; 3CCR N; 4FJM A; 1TGO A; 1XNQ K; 1VQ4 N; 1IG9 A; 5J2N A; 3WNE A; 3TR8 A; 4RW7 A; 4UQG A; 1NKC A; 4B1Z A; 2O8F A; 3LPT A; 3VPZ A; 1RBS A; 3HSC A; 3ATV A; 5EVZ A; 1X3M A; 1XHZ A; 3CQ8 A; 4C8M A; 2KFN A; 3LDL A; 3J80 O; 1IKW A; 4UY8 O; 3ITH A; 5IT9 O; 1BG3 A; 3VQ5 A; 4DQR A; 3NVM A; 2G8U A; 3K5O A; 5AZI A; 2KQ2 A; 4BDY A; 1N5Y A; 5GAE P; 4DWI A; 1LWE A; 5LMU K; 1SUQ A; 2WON A; 3KZB A; 4FLV A; 3TAQ A; 4CZL A; 3IS9 A; 3NH1 A; 2V7Y A; 4ID1 A; 1N6Q A; 1BA1 A; 2GWJ A; 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