The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule tags |
Protein binding
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| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVK A; 3PLA A; 2NNW A; 3ID6 A; 4BY9 C; 5GIN A; 5GIO A; 3T7Z A; 3NVM A; 5GIP A; 3NMU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OLB A; 2YNH A; 4O44 A; 4JNE A; 3HP6 A; 4KI4 A; 4LH4 A; 1BU6 O; 4KHU A; 3PUF A; 1NMD A; 2HHH K; 2IVN A; 2Q97 A; 2OPS A; 3DXM B; 3TAN A; 5KTQ A; 4IDH A; 1HYS A; 4CI6 A; 5AQI A; 4LF9 K; 3TR8 A; 1IG9 A; 3M8S A; 1Z26 A; 4O8K A; 3DXK B; 1VQK N; 4PHT X; 4CD1 A; 2WTU A; 2FSK A; 3WNE A; 4CJU A; 1HX1 A; 3BY5 A; 3OYI A; 3CYM A; 4GV9 A; 4OPA A; 3ZT1 A; 5JIC A; 3O5B A; 1RT5 A; 4OVL A; 4HVJ A; 2CH6 A; 1NGD A; 2Q3S A; 3UKR B; 3H3N O; 3LM9 A; 3MK6 A; 1OKJ A; 4OGC A; 1QQM A; 1C1B A; 3B6O A; 4BRQ A; 1Y97 A; 5M1Q A; 1C0G A; 1C0U A; 2QXL A; 3OYN A; 5AQV A; 2G8V A; 3K0S A; 3KVG A; 4CJ4 A; 5C0Y A; 1NM1 A; 4F8R A; 2PBD A; 3VES A; 1R0A A; 2IGI A; 3M6G A; 3QIN A; 4ID1 A; 4FWM A; 4CZE A; 3G0Z A; 1IO2 A; 4BE2 A; 4CBX A; 5KQ8 A; 1QQC A; 1LOT B; 4GKK K; 2KQ2 A; 2GV9 A; 3NAE A; 5KPT A; 1IV0 A; 5FPN A; 4HHT A; 1N5Y A; 1JCG A; 3CJC A; 3G6E N; 3TSQ A; 5I3U A; 4PUO A; 1NJX A; 3IKM A; 1VSJ A; 1HR0 K; 5FRM A; 4ILH A; 1WLJ A; 5LJV A; 3ID6 A; 5C12 A; 1OVQ A; 2D0O A; 2KFN A; 1CZB A; 1HPZ A; 3DRS A; 3H6E A; 1A5V A; 3HVR A; 1YXQ A; 3CCR N; 1S1W A; 4JS4 A; 4IFY A; 2PAV A; 3A5N C; 4BR5 A; 5DM6 L; 2I7N A; 4MQ3 A; 3ZT2 A; 3NGZ A; 1BOT O; 1JXB A; 1BL3 A; 4B1Y B; 3CC4 N; 3G10 A; 2RF2 A; 3C6U A; 4C8M A; 3MWT A; 3Q7C A; 3LAK A; 2O8F B; 4JD2 A; 4WFN L; 3TWH A; 2Z1H A; 3J8A A; 2VG7 A; 4H0V B; 1VSD A; 1X9M A; 4IKF A; 5AQZ A; 1E4G T; 5EX5 A; 1HNZ K; 4Z94 A; 3NFA A; 1NGF A; 5LMU K; 1HYV A; 4KB1 A; 3VF6 A; 4CZK A; 4YDU A; 2QW9 A; 4NCB A; 2DFF A; 4FW2 A; 3HSC A; 2XRI A; 4DR6 K; 4OO1 J; 1RCH A; 4B9Q A; 4BRG A; 3AGK A; 3SAF A; 3PX0 A; 3SV4 A; 2OA8 A; 2RPI A; 1ZBL A; 4LFB K; 1S6P A; 1OH8 A; 4RW9 A; 1GLA G; 2D0P A; 2OYQ A; 5I42 A; 4YOX A; 4BGB A; 4FJK A; 3KTQ A; 1XC9 A; 3CFR A; 1WUA A; 3ASM A; 4FOI A; 3LP2 A; 2HVH A; 4H8K A; 5DMR A; 2BE2 A; 1W97 L; 2QWR A; 3EL2 A; 2HST A; 5J2P A; 4H5V A; 2EX3 A; 2CGJ A; 3P83 D; 1EWQ A; 4CFB A; 3LDN A; 4C1N K; 3PY8 A; 3CCE N; 3V1Q A; 3OYG A; 4BY9 C; 4K8Z A; 1VSL A; 3R9P A; 4CF8 A; 3SI6 A; 3NH2 A; 2P9N B; 3RVC A; 3OJS A; 1NJZ A; 1ATS A; 4DWI A; 2ZF5 O; 3QO9 A; 3CCV N; 3OYA A; 5AJ3 K; 3P5J A; 5BRF A; 4FK2 A; 3MN7 A; 4K43 A; 4JI5 K; 4JEP A; 3AO1 A; 4B8C A; 1L3U A; 1E4F T; 5M1K A; 3HBT A; 2OPQ A; 1T44 A; 3VEO A; 5E26 A; 1FK9 A; 3T7Z A; 2GEL A; 3WUH A; 1S9G A; 1BQM A; 1MWM A; 5AQY A; 2YHX A; 4M63 C; 1K8K B; 4F3T A; 4RCH A; 4E7I A; 4B8A B; 1FJG K; 3TAM A; 2HHV A; 3WEE B; 3CMA N; 4H0P A; 2GTD A; 3AVH A; 3DXM A; 3ZT3 A; 3A2F A; 1RDW X; 3FFI A; 3M1F A; 1JL2 A; 4ISG A; 3OS2 A; 3KLF A; 5KI6 A; 1TKX A; 3ENH A; 4JD2 B; 4A5A A; 1U04 A; 3P1G A; 3TAP A; 4KTZ A; 3ENO A; 4FVU A; 1RT2 A; 4GVM A; 3CCS N; 4CGD A; 2G8H A; 3NHG A; 3TAB A; 1B9F A; 1KAX A; 1RTI A; 4CGJ A; 5AQR A; 3SMS A; 4DUZ K; 3DMJ A; 4BRH A; 1VQ8 N; 1KTQ A; 1U2V B; 2UUB K; 4RW4 A; 4JI8 K; 3AAR A; 3A5O C; 3C6A A; 1I3A A; 2UUA K; 4OKJ A; 3O9R A; 1QSL A; 3B8A X; 3D2F B; 3ZYY X; 3F9M A; 4IBN A; 4KB0 A; 4CED A; 1O1W A; 1SS6 A; 3PIO L; 3V9W A; 2AJQ A; 5C10 A; 2ITM A; 5KPR A; 4DSE A; 1IG8 A; 4FJ7 A; 4DV1 K; 1VK0 A; 3MX2 A; 4PA1 A; 3AVJ A; 4KHY A; 4CF0 A; 3L8B A; 4H0X B; 4OGE A; 1VSF A; 3R6M A; 4BQL A; 2D5R A; 1EKE A; 2O8B B; 3CG7 A; 3VQA A; 3NCI A; 3I0R A; 3EKU A; 4Z4E A; 3ZSO A; 3V4I A; 3M3Z A; 2W6L A; 5KRT A; 2QWO A; 2RKI A; 4OPH A; 5C24 A; 1SUQ A; 4YNQ A; 3IAY A; 1FXX A; 4B08 A; 3QEV A; 2E1Z A; 1V4T A; 2QWN A; 3HM8 A; 1IBM K; 1QE1 A; 4EAH D; 3KLG A; 2BAN A; 4K42 A; 4YDU C; 1GLD G; 3LWM A; 5CZ2 A; 4IFE A; 4FJH A; 3Q7B A; 4K0K K; 1ZBH A; 3WQU A; 1WSE A; 1RBV A; 4ISF A; 3U6F A; 3DLE A; 4FWS A; 3CME N; 4B1Z A; 1H1V A; 3E9P A; 3O08 A; 4FWR A; 1IKY A; 3JYT A; 3SPY A; 3FFK B; 3MEE A; 5M1O A; 5M1F A; 3OYK A; 4V19 S; 2ZJQ L; 3O9S A; 4BC3 A; 2HND A; 4OPK A; 1QTM A; 1SKS A; 3O80 A; 3K57 A; 5HP1 A; 3R8E A; 1BA1 A; 1D4X A; 1V4S A; 1W9H A; 3J7Y P; 2ZM6 K; 2QWL A; 2P9K A; 4CEB A; 1RBS A; 4B9N A; 3HJF A; 1U6Z A; 2YV0 X; 1KAY A; 1VQL N; 2HHT A; 2F9T A; 3AGR A; 2A41 A; 1T03 A; 1VAZ A; 3KKR A; 5AQT A; 5EU7 A; 4DLG A; 3DOL A; 5LMN K; 1TKT A; 4JRP A; 1GOB A; 4CHO A; 5CE3 A; 5AQS A; 2OCE A; 1XMQ K; 1QVG M; 4GKJ K; 3RR7 A; 1O13 A; 3HK2 A; 1BWF O; 1ITG A; 2VYP A; 4FWN A; 2KZZ A; 4DV5 K; 3HL8 A; 3HT3 A; 1WSF A; 3FR0 A; 2W40 A; 3QBX A; 1TAU A; 1A5X A; 3L3V A; 3U4L A; 3TAF A; 4YOW A; 2NRV A; 2P9I B; 4CJ3 A; 4BWM A; 1NK8 A; 1Y64 A; 4HUE A; 1RT6 A; 1RT1 A; 3GOI A; 3D7E O; 2FSJ A; 1J54 A; 3M8R A; 3LWL A; 3CF5 L; 4HUF A; 4IFV A; 4LH5 A; 1Q18 A; 5K14 A; 1Z25 A; 3OBY A; 3ZET A; 5MLC Q; 5F0X A; 3JAM O; 1X9W A; 4AM7 A; 2UXD K; 3QBW A; 2A3Z A; 2OZS A; 2W42 A; 4IJA A; 1EP4 A; 3C65 A; 4DSJ A; 1HKB A; 4CJF A; 5C2F A; 4LY7 A; 1DT9 A; 3QLH A; 1LAW A; 3LL3 A; 3KWG A; 1BCO A; 1C0T A; 3ZCM A; 3CCL N; 2QKB A; 1REV A; 2VGM A; 1NNE A; 1P90 A; 2KTQ A; 1JXE A; 2UU9 K; 1WAF A; 1P8Z A; 4CCH A; 1YF5 L; 1DTT A; 4A5B A; 4DHY A; 1KC8 O; 1OVY A; 2HNY A; 1NMN A; 3CCQ N; 2Q2R A; 4FJX A; 3IG1 A; 1SQK A; 1NOY A; 1EXQ A; 3VEN A; 2V7Y A; 5GAD P; 3ULE B; 3F5T A; 3DLL L; 2ASO A; 1TL1 A; 3U8X A; 3H3O B; 3OJU A; 3F9K A; 2RN2 A; 1KVB A; 1UWB A; 3QFP A; 3AA2 A; 3K9K A; 1ILY A; 1J53 A; 3VOV A; 1K8A O; 4BE1 A; 3AO3 A; 1N33 K; 1QHT A; 1T3V A; 2XHB A; 3HI0 A; 4CZG A; 3JSM A; 4E7H A; 1VQM N; 4J2E A; 4A2A A; 1LAV A; 1MU2 A; 4DTS A; 1C1C A; 3NF8 A; 4MDA A; 4QAG A; 4LC9 B; 3KZB A; 1UOC A; 1VQ9 N; 5F2R A; 1KFD A; 3VQ9 A; 2OPP A; 2R7Y A; 5BRD A; 3OYJ A; 4F2R A; 4M3T A; 5BPL A; 3WNG A; 3VF2 A; 4DV7 K; 2DY4 A; 4DV6 K; 3DYA A; 2QEX N; 2HMI A; 3AO2 A; 1IKV A; 4DLE A; 3QEX A; 2DTU A; 4BC2 A; 2A42 A; 4B3T K; 1CZ9 A; 3KK2 A; 3P31 A; 4QOZ B; 4CFA A; 1HRH A; 4Y0W A; 2FLO A; 2GUI A; 1D8Y A; 3UKU B; 4KTQ A; 1KCF A; 3AAP A; 5AR0 A; 4GV3 A; 2NUB A; 4DB3 A; 3VTH A; 2ATQ A; 4WFB L; 1BI4 A; 4BDZ A; 1GOA A; 4FK0 A; 4IO8 A; 1NKC A; 4RWT A; 3EEQ A; 3HVT A; 5GAH P; 3ZLJ A; 4A62 A; 3TSP A; 3VQE A; 3EZ5 A; 4O0I A; 3FZM A; 3HPH A; 3O6W A; 1Q86 O; 1JJ2 M; 2YNI A; 3ITH A; 4LFC K; 3GE1 A; 1LW0 A; 3VPZ A; 4E1M A; 4YOT A; 4BRF A; 1SL0 A; 4YOU A; 1J9A A; 3C6T A; 2E20 A; 2WFB A; 5AZJ A; 4DQQ A; 2NRW A; 5CR4 A; 4JLH A; 3B6P A; 5JVH L; 5IT9 O; 2HHX A; 4DMN A; 4YHH K; 3SLC A; 2D0C A; 2V51 B; 1NJY A; 1HKG A; 1JKH A; 1ATN A; 5J1E A; 3LDL A; 4TSX A; 4PKI A; 4CJE A; 3BZC A; 3CJ1 A; 3TTF A; 2YX6 A; 4H03 B; 5C25 A; 5FPE A; 4FOE A; 4KH6 A; 3RSE A; 3AVG A; 4O55 A; 5HLF A; 4B9S A; 3H1V X; 4A61 A; 4CFD A; 1TKZ A; 4I7F A; 3K58 A; 4AIL C; 3HYF A; 3M5R A; 3VQB A; 3HOS A; 2V7Z A; 3V9U A; 4N41 A; 4JN4 A; 1VSE A; 5EVZ A; 1HNW K; 2VWB A; 5GIP A; 1KVC A; 2PFU A; 3M8Q A; 2BDP A; 2XY8 A; 2G8W A; 4PWD A; 4CJK A; 1ATR A; 3CCM N; 2HW3 A; 1C0F A; 2NRX A; 3SMP A; 4CZL A; 1RTD A; 2YJF A; 1YVN A; 3RMC A; 2P9P B; 1X3N A; 4H5W A; 3CXC M; 3VQP A; 2F7T A; 3DJC A; 4IJN A; 3MEC A; 3LZI A; 4KH5 A; 2KKZ A; 4AHR A; 1I39 A; 3CCJ N; 2IAJ A; 4BR4 A; 1KLN A; 1NGE A; 2HHQ A; 1VQ5 N; 3GL1 A; 2WUS A; 1U2V A; 5AQL A; 5E41 A; 2ZJP L; 4DFM A; 4ILJ A; 4CEF A; 1HQU A; 2E2O A; 4H0O A; 3THX A; 5AQK A; 4BDP A; 3CCU N; 2P9L B; 3SUP A; 1HUX A; 3EO3 A; 5CYM A; 1JL1 A; 2BUP A; 5HOO A; 2X6N A; 5AQH A; 4E7J A; 5AZI B; 1DTQ A; 3BP8 A; 1VSI A; 5AQU A; 5KGW A; 3I8D A; 3NF9 A; 3KLI A; 2YI1 A; 1CXQ A; 1ZBI A; 2AP1 A; 2XY6 A; 4FK4 A; 4GW6 A; 4DUY K; 4I9Q A; 4FLV A; 3HP9 A; 1SZ2 A; 4EFH A; 1EX4 A; 4GMJ B; 2F4V K; 3PV8 A; 1T6C A; 4LF8 K; 4RG8 A; 4NLB A; 4KRF A; 3CQX A; 3QFU A; 1BUP A; 4ELV A; 4W5O A; 2F8T A; 5J2N A; 3PO4 A; 2ETJ A; 3KLH A; 4KO0 A; 3NGY A; 4CVN E; 2CGL A; 4DS4 A; 3THY B; 3LAL A; 1Q81 O; 1T6D A; 3I56 N; 2E2N A; 3K5M A; 2E88 A; 2J4R A; 4CEQ A; 4CJ7 A; 1BQN A; 4XEI A; 1X9J A; 3BF3 A; 5GAG P; 2FBY A; 4FLT A; 1R59 O; 4MFB A; 4CJL A; 5J2M A; 5D3G A; 3K9J A; 3EYZ A; 3HZ6 A; 2HOE A; 4R5P A; 4B1V A; 4X65 K; 1L5U A; 3AO5 A; 3C0B A; 5E84 A; 3IUC A; 2P9U A; 3O8M A; 4DFP A; 4NB4 A; 3CI5 A; 4FPA A; 1QZ6 A; 4KFB A; 4HTU A; 1U47 A; 2HHU A; 3VQD A; 4DSI A; 4XH4 A; 2KFZ A; 4AQY K; 3QEP A; 3U9Z A; 3GBT A; 2Q0R A; 4F4K A; 4CHQ A; 5H1S Q; 4L8R B; 4CF1 A; 4FJG A; 1YIT N; 4CD3 A; 3W3D A; 3IS9 A; 4BRD A; 5AQQ A; 4JHD B; 4OX9 K; 2P9S A; 1W7A A; 2GWK A; 4AHS A; 4DTN A; 2FBV A; 4F9O A; 3E1Y A; 1WSJ A; 3NBP A; 5KQD A; 3SUQ A; 5HL7 L; 1JCF A; 4IOX A; 3PX6 A; 4IO9 L; 3VN5 A; 2Y1J A; 2E6L A; 4CEO A; 1DKG D; 3HRG A; 3RR8 A; 1D9D A; 4EZ6 A; 3MEG A; 2ZGZ A; 5CZ1 A; 1C6V A; 3T1H K; 1U49 A; 3OYM A; 4CF2 A; 3HO1 A; 1D5A A; 1T05 A; 5JLH A; 3OYD A; 2AA4 A; 3CJ9 A; 4JI0 K; 3O9Q A; 5AZI A; 1RT4 A; 1NKB A; 5JMV A; 1S72 N; 4JAX A; 2HVI A; 4WFA L; 1VSK A; 4DSL A; 1G15 A; 5HRP A; 1ESV A; 4NLC A; 5EY4 A; 1HNX K; 2P1J A; 3THW A; 3AV9 A; 3THX B; 2A5X A; 4ZHR A; 3A5M C; 3AVN A; 4CGF A; 4ELT A; 5T7B A; 1GLC G; 1RDC A; 2VQE K; 1S1U A; 4B9L A; 4C8K A; 1NGI A; 4FM1 A; 4FZZ A; 4M7Y A; 3OYH A; 5KRS A; 1QHA A; 4DFK A; 1HMV A; 2YHW A; 2X78 A; 1NK9 A; 2A1S A; 1WSH A; 1NK5 A; 1DGK N; 4DF4 A; 4M45 A; 2ZD1 A; 4CJW A; 4JI3 K; 3RRH A; 1BIU A; 4C1N I; 2VCP A; 4BG8 A; 1J5E K; 4BVP A; 3O4W A; 3DM2 A; 2P51 A; 4HWI A; 5FDL A; 4LF7 K; 1HPM A; 3QET A; 3O1W A; 3I33 A; 3SZ2 A; 3OS1 A; 3SCX A; 4K8X A; 3VET A; 5AQO A; 3WXM B; 2FXU A; 2UXB K; 3CJA A; 4CZH A; 4B9T A; 4ELU A; 2VG5 A; 4Z4C A; 1JLF A; 1WN7 A; 3DAW A; 4WYB A; 1F21 A; 4CER A; 3QEI A; 4DQP A; 1RDU A; 1C1A A; 3C6H A; 1WB9 A; 3MDQ A; 3BF1 A; 4W5Q A; 1LWE A; 2OTJ N; 1JLA A; 3SBT A; 4BVO A; 4CJ5 A; 4E1N A; 1YJN N; 4JV5 K; 3G4S N; 4EZ9 A; 5AFU H; 2F8S A; 3AVC A; 3V81 A; 4JI4 K; 2PY5 A; 3O4N A; 5FLX O; 3CQ8 A; 3QNN A; 1NG9 A; 4Z4H A; 4JKF A; 4CEA A; 3VQQ A; 5BN9 A; 2EWS A; 4KAZ A; 4HCB A; 3ISN C; 3AA4 A; 2KLA A; 4JKC A; 3ENB A; 2NLX A; 3QEW A; 1CLQ A; 2ASM A; 2IS3 A; 1KAZ A; 1NGH A; 4WCE L; 3THV A; 1HNI A; 4KHQ A; 5J2Q A; 2WC9 A; 3CC2 N; 2O8C A; 3VF4 A; 4HTL A; 4JKB A; 1S6Q A; 3D45 A; 1TAQ A; 5KGX A; 1VQO N; 1RDB A; 3V1R A; 3DLK A; 4FJ9 A; 1YHQ N; 3F2K A; 4H4O A; 4B9M A; 4K41 A; 1XNR K; 1RDD A; 3DLR A; 4O4G A; 1X3M A; 4EP4 A; 5BPM A; 2YKM A; 1WOQ A; 4B3M K; 2NNW A; 1NGC A; 1SAZ A; 2YJE A; 3KJV A; 3PSF A; 2VQF K; 1BO5 O; 4GVE A; 2NRH A; 4DR7 K; 3QML A; 4CIE A; 3CIP A; 3SQ1 A; 2QA4 N; 3IMX A; 3SJH A; 3N4P A; 5LY3 A; 4PKG A; 1BI4 B; 3KD1 E; 4I2P A; 3AVB A; 4RW6 A; 3UKU A; 4X64 K; 4Y1C A; 1ZBS A; 2E5L K; 3OYL A; 3RMA A; 4B9U A; 3CJ7 A; 4DU4 A; 5JS1 A; 3ATU A; 3ZSW A; 3LP3 A; 1IJJ A; 3FZL A; 1IKX A; 4Z4F A; 4QS8 A; 2W6K A; 2F9W A; 1LCU A; 2FBX A; 1RFQ A; 2YHA A; 3AO4 A; 5LL6 Z; 3LP0 A; 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