The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NNW A; 5GIO A; 3PLA A; 5GIP A; 3NVM A; 3NMU A; 3T7Z A; 3NVK A; 3ID6 A; 5GIN A; 4BY9 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4H0X B; 4CF8 A; 4CZI A; 4KB1 A; 4DSI A; 2HHT A; 4C23 A; 3QER A; 4DMN A; 3QB0 A; 3LAK A; 3ID8 A; 4NXM K; 2P9P A; 3KIO A; 4A61 A; 1VQ5 N; 2HMI A; 3NHG A; 4Z4H A; 1HJO A; 1Q82 O; 3NGY A; 3SYZ A; 4JKG A; 1D8Y A; 1Q86 O; 4UY8 O; 3ENB A; 3E1Y A; 5AQP A; 1X3M A; 3LZJ A; 1JKH A; 1WSJ A; 4CGG A; 1IBL K; 4JD2 A; 2YCH A; 3CC7 N; 3OS2 A; 1XHZ A; 1L3S A; 2QEX N; 4WE1 A; 3V1O A; 4FWM A; 1JCF A; 1VSD A; 4KH5 A; 4FM2 A; 2OTJ N; 4JAX A; 4DSE A; 5GAG P; 2O8E B; 3HRG A; 4DTX A; 3DRP A; 5C2D A; 3PIO L; 4DTM A; 3QML A; 3NH0 A; 3NCI A; 1GLJ O; 1T3V A; 3LPT A; 4BRH A; 3CCS N; 2VGN A; 2HHU A; 3VQ8 A; 4DLE A; 4FSV A; 4R5P A; 1HQE A; 2VG7 A; 4HTL A; 3VA0 A; 3LP0 A; 4C8M A; 5AQV A; 2KKZ A; 3JYT A; 5AQM A; 1DKG D; 1W7A A; 3T7Z A; 4DV6 K; 5JVH L; 4B9N A; 1JLB A; 4F8R A; 4H4O A; 4XH1 A; 1MWK A; 2IC3 A; 3EZW A; 3ALY A; 5AQN A; 1CLQ A; 1RT7 A; 2ASO A; 4C1N K; 4MO4 A; 3WNH A; 4IOC L; 3TAP A; 4LF7 K; 1IH7 A; 3CHW A; 2J4R A; 3FZH A; 5AR0 A; 4IFY A; 3ZT3 A; 1KTQ A; 1SZ2 A; 3K5L A; 1S22 A; 1U49 A; 4FW1 A; 1TAU A; 4B3M K; 4HUF A; 4CIE A; 1GOC A; 1NKB A; 1OVQ A; 4FLW A; 2A40 A; 3UKR A; 4IEE A; 3H08 A; 1RDC A; 3LAL A; 1NMD A; 3SBG A; 3NMU A; 3THY A; 4CEQ A; 3AA2 A; 3MEE A; 1S6P A; 4JKD A; 4MLE A; 4A2B A; 4TSX A; 4F9O A; 4H0Y B; 3S9H A; 3ZEU B; 3O3F A; 1BCM A; 3AGK A; 4IJN A; 2YHB A; 3F9M A; 3C7N A; 1C6V A; 4JHD B; 3ASM A; 4FLZ A; 1VQ4 N; 2HHQ A; 1RBS A; 1Q9X A; 4DB3 A; 3LDN A; 4GKJ K; 3O3G A; 3PX0 A; 4B8A B; 3I55 N; 4IO9 L; 1WSI A; 1VQL N; 5GIN A; 3J7A P; 3QLH A; 4BE1 A; 1X9W A; 2O4I A; 3GE1 A; 4H5W A; 5BN8 A; 5BRE A; 5BR8 K; 1NK0 A; 1C1B A; 4DFK A; 1HNI A; 1JL1 A; 4CBU A; 3CJ9 A; 1RTI A; 2GEL A; 3LDO A; 4GV3 A; 4CHY A; 3CF5 L; 2Z1J A; 4PKI A; 1VSL A; 3U6F A; 4OGE A; 4PL8 A; 3ZT4 A; 1J6Z A; 3AO1 A; 4BRL A; 1NK8 A; 3U9Z A; 5KGX A; 4FXD A; 4BR4 A; 1NGJ A; 4YNQ A; 1QSL A; 4CJP A; 2Q31 A; 3CI5 A; 2R7Y A; 4DV5 K; 2V7Z A; 3H6E A; 4I7F A; 4LH4 A; 2X78 A; 3VEZ A; 3G25 A; 4M42 A; 5FLX O; 1NGI A; 3O6W A; 4DTN A; 4DR2 K; 2ZGY A; 4Z4E A; 1KVA A; 3TSU A; 1OH7 A; 3VES A; 3CFR A; 5AQX A; 3FZM A; 1NK9 A; 2QK9 A; 2JWK A; 2JGU A; 3QES A; 3VGK A; 5AZI B; 3F73 A; 3WEE A; 1NJW A; 5J2N A; 2BH1 A; 4FJM A; 3LDL A; 4JI8 K; 3ZET B; 3VEW A; 3TAR A; 4DFJ A; 4NO7 A; 3ZT2 A; 3S41 A; 4PY5 A; 4CJV A; 4DTU A; 5M1N A; 1S3X A; 5JLF A; 4MDB A; 4CHZ A; 5E26 A; 3ISN C; 3AVF A; 1RT3 A; 1ATN A; 2HBM A; 4CF2 A; 1RDB A; 3QEI A; 3TSP A; 3DLL L; 3H45 C; 2NLX A; 3O80 A; 4L8R B; 3HK2 A; 4CGD A; 4FJJ A; 3RRH A; 1QZ5 A; 2Z1I A; 2YJE A; 4FK0 A; 4MO5 A; 3CQ8 A; 3ZX3 A; 2P9K A; 4JI6 K; 4CZJ A; 4WF9 L; 4DTS A; 5BR9 A; 3OA9 A; 1D9F A; 4DV1 K; 2D0B A; 3LP2 A; 4J8F A; 3D2E A; 3V4I A; 4H03 B; 4JNE A; 3OVN A; 4X64 K; 4KHU A; 5HRR A; 2P9I A; 1IO2 A; 1VSM A; 2WTU A; 2Q97 A; 4M45 A; 3VPZ A; 2EWS A; 4BG8 A; 4Z4F A; 5LY3 A; 4ELT A; 2YHY A; 4B3S K; 4BWJ A; 3ULE B; 4DHY A; 4E1M A; 2G8F A; 3LDP A; 4M3R A; 2GEM A; 4DFP A; 4CBW A; 3LDQ A; 3OYK A; 3WUH A; 4BR9 A; 4CEZ A; 2KW4 A; 2ITM A; 3H3O B; 1VSF A; 1GLD G; 3BP8 A; 3M8P A; 5HOO A; 2JWL A; 3CM6 A; 2HBL A; 1J5O A; 4ZTF A; 2IAJ A; 1XMQ K; 3AVC A; 1WAJ A; 2F8S A; 2GUI A; 2BDP A; 1EKE A; 4DR5 K; 1Z05 A; 2XO7 A; 2XHB A; 2OPR A; 4OPA A; 1YF5 L; 1NOY A; 4BRM A; 3KD1 E; 2G8W A; 3N4Q A; 3RMA A; 3CD6 N; 3PLA A; 2O8C A; 3THX B; 1NLV A; 1RGI A; 4FWN A; 2BGG A; 3I0R A; 3WNF A; 3L0Q A; 3L2W A; 4KV8 A; 4N47 A; 5EU7 A; 1KLN A; 4AHU A; 3LAN A; 3LAM A; 5AQK A; 1H1V A; 3A2F A; 2IS3 A; 4GV6 A; 4LF9 K; 2P9I B; 2YNF A; 3AO2 A; 4YOU A; 4CZF A; 3K5O A; 3P39 A; 1D5A A; 1K8K B; 4B1Z A; 4IFE A; 3ZET A; 5C10 A; 3I8B A; 3FFI A; 1QS4 A; 2Q2R A; 5AFU H; 4DSJ A; 2RF2 A; 5AZJ A; 3SV3 A; 1UOC A; 3DLR A; 5CHI A; 3UE5 A; 3DM2 A; 3HSC A; 3SUP A; 2YX6 A; 4H8K A; 5HLF A; 3WQT A; 4WYB A; 4JI2 K; 1ESV A; 1VQN N; 3OS1 A; 2FSK A; 4JKH A; 3DAW A; 1GLE G; 2NUB A; 1KC8 O; 3AAP A; 4Z0U A; 1XMO K; 1SKR A; 1YVN A; 3DJC A; 4IDH A; 3OYC A; 4DV2 K; 3E66 A; 4B1V A; 1A5V A; 4J2B A; 2CGK A; 1NK5 A; 3EEQ A; 1NU0 A; 4IG0 A; 1HX1 A; 4EZ6 A; 4E89 A; 5KRT A; 4OKK A; 5EX5 A; 4FLU A; 3AA3 A; 3WEE B; 3ZSX A; 5HRS A; 3ZEU A; 3BEX A; 3ZSW A; 2P9N A; 2BAN A; 4DR3 K; 1RDU A; 4A59 A; 4GKK K; 1TK8 A; 2ASM A; 3S3M A; 1BO5 O; 3RR8 A; 4B3T K; 4DSL A; 2P9U A; 4IKF A; 3AVG A; 4IXC A; 3O5B A; 3SUN A; 1RT5 A; 2F9T A; 4FLT A; 3QIO A; 4CCH A; 5F2R A; 3PO4 A; 4JRQ A; 3SQ1 A; 3SPY A; 4BGB A; 1SKS A; 3IUC A; 4J2A A; 4GY2 B; 3VER A; 3KHY A; 3AY9 A; 3MMV A; 2NRW A; 3HJF A; 3AVN A; 3B6O A; 2NRV A; 4M3Y A; 3NDK A; 3K58 A; 3HBT A; 3MCP A; 1UA0 A; 3DOK A; 4E7L A; 1KVB A; 3KZB A; 3F5T A; 5GAE P; 4A5A A; 1HNW K; 2WFB A; 4FVM A; 2HST A; 3HT3 A; 4N56 A; 4DV4 K; 4IJA A; 1S1U A; 4HHT A; 1QQN A; 1ZBS A; 4FCY A; 1L5U A; 4LY7 A; 4C1N I; 3FR0 A; 1VQP N; 4B3R K; 2D4W A; 4FK4 A; 1B9D A; 1VSJ A; 2DFE A; 4FVU A; 3AVH A; 1LWE A; 5FPE A; 1X9M A; 4AHV A; 1NJI O; 3VGL A; 3D2E B; 3VF6 A; 5ADX A; 3CQY A; 5JS2 A; 2HHX A; 4DSK A; 4CJW A; 1N32 K; 2PYL A; 4HCB A; 2G8I A; 2CGJ A; 1RBV A; 2WOM A; 1BOT O; 4K25 A; 4DG1 A; 3G0Z A; 1K73 O; 4BRI A; 3FFK B; 4LFB K; 4CE9 A; 1U45 A; 1LWC A; 4BRC A; 1NK6 A; 1ZBU A; 4BQZ A; 2D0O A; 1K6Y A; 4DFM A; 4BGA A; 2IVP A; 3UKR B; 1QVF M; 4PL7 A; 5M1K A; 3CMA N; 1QE1 A; 4CJK A; 2P9N B; 3OHR A; 4F3T A; 3P83 D; 2E2O A; 5SWM A; 3IMX A; 5AQG A; 1RDW X; 3LP1 A; 4HUE A; 3LP3 A; 3VQA A; 3VN5 A; 4AHS A; 1J53 A; 2F96 A; 4KHP K; 2KFN A; 1U2V A; 3U8X A; 4YHH K; 3ZX2 A; 2O8F B; 1UA1 A; 3TTF A; 2YHX A; 2AJQ A; 2PFU A; 1FKO A; 3IDH A; 2O8D A; 1NJX A; 2KFZ A; 1YXQ A; 5AZJ B; 1YIJ N; 3CG7 A; 4FOE A; 2G8V A; 4WQ4 A; 1XUP O; 4DWI A; 3I33 A; 3QNO A; 3H1Q A; 3VTI A; 2HB5 A; 3PO5 A; 4CZE A; 3ULE A; 2B4J A; 1DEJ A; 3T69 A; 4CZH A; 4BQL A; 1YTA A; 4JK9 A; 3FLC O; 5J1E A; 1HNZ K; 1CZA N; 1Q18 A; 1ATR A; 4AHC A; 4ISG A; 4FZZ A; 1XQS C; 5AZI A; 4CJR A; 4B08 A; 3DLG A; 3VQ4 A; 3AAR A; 4FJI A; 5BPN A; 4Z4G A; 3Q7C A; 2HND A; 1RDD A; 4CVN E; 5KPT A; 3TPQ A; 1W97 L; 3OYB A; 3K5M A; 1EX4 A; 2P9L B; 3ZX0 A; 2BTF A; 2DPN A; 3IG1 A; 4Y0W A; 2KZM A; 1CZB A; 4Z4I A; 2LSN A; 3KTQ A; 1SUQ A; 1HR0 K; 5DMR A; 4KKO A; 1LW0 A; 4LF5 K; 5F0X A; 1NJY A; 3MN7 A; 2ZJQ L; 1C0M A; 4YY3 K; 2OPQ A; 2F9W A; 3HM9 A; 1SKW A; 2IIR A; 1WBB A; 1X3N A; 4CEC A; 2W40 A; 2QWO A; 3QNN A; 4Z94 A; 3ULD A; 3SAF A; 1I94 K; 3SBT A; 3AAQ A; 3OYN A; 3M1F A; 4KI6 A; 4JI4 K; 2HHV A; 3S3O A; 2FF6 A; 3HO1 A; 3OW2 M; 3CPE A; 2Q1N A; 4WFB L; 3SPZ A; 1DGK N; 1MA9 B; 2P9S B; 4DQS A; 4B9L A; 1BI4 A; 3J8A A; 4YOV A; 3VET A; 4H5N A; 3JXU A; 3KLF A; 4NXN K; 1HYZ A; 4CHP A; 3RTV A; 2UU9 K; 4CJE A; 2D0C A; 1C0G A; 4JI3 K; 1HYV A; 3L2Q A; 2FXU A; 5LMN K; 2B5J A; 2GV9 A; 3KWI A; 4HTU A; 1BCO A; 3BY5 A; 3M3Z A; 3VMF B; 4ILH A; 4KB0 A; 3C95 A; 5F1X A; 4B9Q A; 1VSI A; 1YJW N; 4FWR A; 1Z26 A; 3RMD A; 1Q8I A; 3EYZ A; 1RCH A; 3VEO A; 4CGH A; 3CFP A; 4JLH A; 1EET A; 2W42 A; 5AQL A; 3PX4 A; 4FW2 A; 3TWH A; 3O08 A; 4DQR A; 3ZT0 A; 3O3H A; 3P31 A; 2E2P A; 4FWO A; 2YKM A; 1TUU A; 4CK2 A; 3JSM A; 2QWL A; 4FJG A; 1ASU A; 4LF4 K; 1TYQ B; 3R1X A; 3C6U A; 3CIP A; 2Z1G A; 3J7Y P; 1XWL A; 1WSH A; 1BL3 A; 3BUZ B; 1HPM A; 1TVR A; 1JLA A; 2F7T A; 3P1G A; 3T3F A; 4ISF A; 3AO4 A; 4BR2 A; 5LMU K; 4WFN L; 1KAZ A; 2ZGZ A; 1WN7 A; 4M3W A; 4NB4 A; 2PAV A; 1XNR K; 1IKW A; 3BDP A; 4FWS A; 1G15 A; 3VEV A; 4LFA K; 1NGH A; 1N6Q A; 4B1W B; 1RTH A; 1VRT A; 1HNX K; 3RR7 A; 3O9Q A; 3RSE B; 4CIG A; 1TV6 A; 2GX9 A; 3A0I X; 2XRI A; 4O8K A; 4O55 A; 5M1O A; 5FPD A; 3M8R A; 4BG9 A; 3AO3 A; 3VQC A; 2X6S A; 5K14 A; 3D2F B; 1YJ9 N; 3QFP A; 2W6K A; 4E3S A; 4WQ4 C; 4HVJ A; 2XY6 A; 1WBD A; 1BUP A; 1OH8 A; 4BC5 A; 1V4T A; 3THW A; 4JK7 A; 5GAD P; 1UWB A; 3HPO A; 4W5R A; 3AVI A; 1RBR A; 4O0I A; 2RKI A; 4BRQ A; 1S5J A; 4I6M A; 4W5N A; 3AA4 A; 1IJJ A; 1C1A A; 2VG5 A; 3V9X A; 2UUB K; 2ZD1 A; 5HP1 A; 1JCE A; 5AJ3 K; 5KPR A; 3CCL N; 2WON A; 4FOI A; 5AQI A; 2KQ2 A; 3A5O C; 3R8E A; 3HOT A; 4FJX A; 3WNG A; 3M6G A; 4FO0 A; 2OYQ A; 1ZC6 A; 4FK2 A; 2Q0U A; 5AFU A; 1J54 A; 4B1U B; 3TSQ A; 4PKG A; 4Z4C A; 2E2Q A; 3FGU A; 3VTH A; 4NLB A; 3ZCM A; 4NCG A; 4CJ5 A; 4DU3 A; 3E9L A; 3AVA A; 2CH5 A; 3OYM A; 3QO9 A; 5DK5 A; 4CGJ A; 3DRS A; 1JXE A; 1NKE A; 1BQN A; 5SZT A; 2QWN A; 4DU1 A; 3KK1 A; 3R6M A; 4J2E A; 3MXJ A; 4IG3 A; 1NG9 A; 5CYQ A; 2QXL A; 1B9F A; 4CGF A; 1VSH A; 3U4L A; 1WNS A; 4AH9 A; 2HMP A; 3LPU A; 4GW6 A; 2CH6 A; 2O8B B; 3MEC A; 3DYA A; 1VQ9 N; 2QA4 N; 3ITH A; 1WB9 A; 4RWT A; 4B9U A; 3V1Q A; 4M3X A; 3LWM A; 3VQ9 A; 4ILG B; 4BRP A; 4WQ5 C; 4RG8 A; 3ZSV A; 1QZ6 A; 3M5R A; 4RW6 A; 2YJF A; 3VEN A; 3H1V X; 3V81 A; 3UIQ A; 4KPY A; 4B9S A; 1GLC G; 5BRD A; 4O5F A; 1HLU A; 1O1W A; 1M1K O; 3V9S A; 3QEX A; 5A2Q O; 1VQK N; 3L3U A; 4CED A; 3CJ1 A; 3CJC A; 3C94 A; 5FPN A; 4M3Z A; 1BI4 B; 2D1K A; 3EL2 A; 3G6E N; 3ATV A; 4FWP A; 3TTD A; 3L2R A; 1JCG A; 4DTP A; 2E88 A; 1W0H A; 4RW9 A; 4E7K A; 4E19 A; 3PSI A; 2VQF K; 1RT4 A; 1RT2 A; 4B9V A; 4WCE L; 3T1Y K; 3P38 A; 2A1R A; 2FSN A; 3SI6 A; 1TK0 A; 1A5W A; 2ZM6 K; 5KQD A; 4KRF A; 3KLI A; 2YI1 A; 3L8B A; 3WXL A; 4X65 K; 4GVM A; 4BR7 A; 4BRE A; 2AP1 A; 3A5N C; 5CE3 A; 2V7Y A; 4FYD A; 2NRH A; 2E6M A; 2HNZ A; 4CZM A; 4DUZ K; 4FLY A; 5I3U A; 1SAZ A; 1KSP A; 3HPH A; 3SUO A; 3WQU A; 3THV A; 4I9Q A; 4E7H A; 3OYF A; 5JVG L; 1NGE A; 2NZT A; 4CJ3 A; 4BDZ A; 1YHQ N; 5C2F A; 4PKH A; 4IWV A; 2FBY A; 1C1C A; 3TR8 A; 1NGC A; 4OLB A; 1KLM A; 1WSE A; 2O8F A; 1P90 A; 3C6T A; 4JHD A; 3KWG A; 1RBU A; 4OKE A; 5HBM A; 4BC4 A; 1I39 A; 3R9P A; 2RHK A; 3CYM A; 3T1H K; 3J80 O; 4C8N A; 4WQ5 A; 4JKB A; 2OPP A; 4O0J A; 5JS1 A; 4K8Z A; 3L3V A; 3SZ2 A; 2ZJR L; 5C12 A; 1XHX A; 4BRO A; 3NFA A; 4NCB A; 4BR5 A; 4KBO A; 4CGI A; 1FKP A; 2I7P A; 1U6Z A; 3U3G A; 4X62 K; 4KTQ A; 2O8D B; 1OH5 A; 2D0A A; 4OPH A; 5AQZ A; 4CJQ A; 1I3A A; 1W9H A; 1MWM A; 4JI1 K; 3Q7B A; 5MLC Q; 3BZK A; 1VQ8 N; 5I42 A; 2A42 A; 1OKJ A; 4C8L A; 1BIZ A; 4AM6 A; 4CEB A; 3OTO K; 1C0U A; 1P8Z A; 3MX2 A; 3UKU B; 3PSF A; 3OYD A; 4HCC A; 4BRK A; 1YT3 A; 4CK1 A; 2XY7 A; 1W2B M; 3RMC A; 4OO1 J; 3CME N; 4JK8 A; 4QS9 A; 1S6Q A; 4CHN A; 1BU6 O; 5B8H A; 4FJK A; 1NK4 A; 5J2M A; 2A5X A; 3CCE N; 5HRN A; 4FLV A; 3M8S A; 4RTF D; 5KI6 A; 5HL7 L; 3PV8 A; 1MU2 A; 4JKE A; 4K8X A; 3MCA B; 3CXC M; 4QOZ B; 1LAW A; 2IVO A; 4BAC A; 1LW2 A; 3K59 A; 3SMP A; 2EX3 A; 4KI4 A; 2OPS A; 4KRE A; 3NVK A; 5H1S Q; 2P1J A; 4UQG A; 1GLA G; 4RW8 A; 5KQ8 A; 4CES A; 3I56 N; 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