The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NVM A; 3ID6 A; 2NNW A; 4BY9 C; 5GIN A; 3NVK A; 5GIP A; 3T7Z A; 3NMU A; 3PLA A; 5GIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FWL A; 2YHY A; 1U2V A; 2P9U A; 4HUF A; 4EFH A; 4EHT A; 1RT2 A; 4W5N A; 3D2E B; 2E2P A; 2X6S A; 4BRP A; 2D0P A; 2X6N A; 4FWP A; 4FL9 A; 1DEJ A; 3SJH A; 1WBB A; 2Q2R A; 4DU4 A; 4HVJ A; 1T05 A; 4CD3 A; 3LZI A; 3ENO A; 2YNG A; 1NGH A; 4FVU A; 5FRO A; 3AA3 A; 4NYN A; 1QZ5 A; 3RMA A; 3SAG A; 3LDS A; 3VGK A; 2E20 A; 2HST A; 4DV2 K; 4B1V A; 1BO5 O; 3D6R A; 4BQZ A; 2OPS A; 3DLL L; 1BQM A; 1JLE A; 1KTQ A; 3AO5 A; 3ITH A; 3HRG A; 3NHG A; 4N47 A; 3VA0 A; 4QS9 A; 3OBY A; 1L3T A; 3CJ1 A; 2ITG A; 2VG7 A; 2QWM A; 5E26 A; 3OYA A; 2J4R A; 4N41 A; 4OLA A; 3WT0 A; 4DWI A; 1EWQ A; 2QA4 N; 3MEG A; 1SL2 A; 1HR0 K; 4DR3 K; 1SV5 A; 5AZI B; 4C1N K; 4H0X B; 1HUX A; 5M1Q A; 4CZJ A; 3CF5 L; 4AHU A; 4JKF A; 3VN5 A; 1GLC G; 1BIZ A; 4AF1 A; 3L8B A; 1D4X A; 1OH8 A; 1A5W A; 3TU5 A; 5HRS A; 4K43 A; 4U7B A; 3MN5 A; 4F9O A; 3KJV A; 1RDW X; 1EP4 A; 3HM8 A; 4Y1D A; 2ZD1 A; 4GY2 B; 1T3V A; 4DS5 A; 4IJA A; 1S5J A; 4CJF A; 3M8Q A; 1ZBU A; 1J6Z A; 4CHQ A; 3HZ6 A; 1LWE A; 4GV3 A; 1CZA N; 1IKV A; 3ASM A; 4JEP A; 4O0J A; 1D5A A; 3JXU A; 5F1X A; 4JRP A; 3B6O A; 4O5F A; 3VA3 A; 4PQU A; 1GLF O; 4B9L A; 1NJW A; 3HJF A; 4IO8 A; 1N36 K; 4DTM A; 3HOT A; 3AA4 A; 4B9N A; 4FWR A; 3MEE A; 4WCE L; 4Z0U A; 1KAZ A; 5A2Q O; 5ADX H; 5BRH A; 2HHV A; 1BOT O; 3TAF A; 1RT4 A; 1X1P A; 1KLM A; 3J7A P; 2O8E A; 3JSM A; 4BRD A; 3LPT A; 3TWH A; 3A8Y A; 5BPL A; 5AQG A; 4CEF A; 3DRS A; 4IOA L; 1U2V B; 2P9U B; 4DCH A; 2D0A A; 4WYB A; 1ATN A; 4FJN A; 2QW9 A; 2ITM A; 3N4Q A; 4FWN A; 2BE2 A; 4JKE A; 5AQP A; 1ASU A; 4M7Y A; 3L4Q A; 5F0X A; 1W2B M; 1Q9X A; 4NCA A; 4E1M A; 2QI2 A; 4EP5 A; 4IDH A; 3MMV A; 4XH5 A; 1OVQ A; 3IDH A; 3M5R A; 5AQU A; 4B1X B; 4QAG A; 2AP1 A; 1TL3 A; 3CCU N; 3K57 A; 4WF9 L; 3NH2 A; 1MDU B; 3CIP A; 4A2A A; 1LOT B; 3O1W A; 1E3M A; 1REV A; 2IAJ A; 3PIP L; 3SUN A; 1NNE A; 4FZX C; 3CM6 A; 4CHP A; 2P9I A; 3WQT A; 4PA1 A; 1NK7 A; 2D1K A; 4KH4 A; 1NK4 A; 1VAZ A; 3KK3 A; 3AVF A; 4EIA A; 1SKR A; 4EP4 A; 4HHT A; 2E2N A; 1NK9 A; 1IG8 A; 3C0B A; 5C2D A; 4A61 A; 3L2V A; 3AGR A; 4KH5 A; 4UY8 O; 4CZI A; 3V9U A; 4BRI A; 1BQN A; 1L5U A; 1N33 K; 4CK1 A; 1S6P A; 4KFB A; 1KAY A; 3G71 N; 2PAV A; 2UYT A; 4KTZ A; 5M1P A; 2HBL A; 3TAB A; 3ZX3 A; 4HTU A; 3C6U A; 1DTQ A; 5H1S Q; 5C24 A; 1CZB A; 3C6A A; 3ZSZ A; 3NDK A; 2P51 A; 5AJ3 K; 3FZH A; 1WAJ A; 3OYM A; 1XI1 A; 2BH1 A; 5T7B A; 4KO0 A; 3AVL A; 2HHW A; 1IBM K; 5LJW A; 4OGE A; 2FLO A; 4AQY K; 4DTN A; 3P39 A; 3UKR A; 3AY9 A; 4CF9 A; 1WSH A; 1LAW A; 1BCM A; 4LF9 K; 4DS4 A; 1SUQ A; 1Q7Y O; 4KBO A; 1OH5 A; 4M7X A; 3CJ7 A; 1C1A A; 3EY1 A; 2O8E B; 5GIP A; 3RWU A; 2ZJR L; 1VQ6 N; 3V81 A; 4CBW A; 1HPZ A; 2ZQB A; 3V1Q A; 1YTU A; 4H8K A; 2Q31 A; 3QEP A; 4BWM A; 3ZEU B; 2BUP A; 2QWP A; 5AZJ A; 3VET A; 3VQ7 A; 3EZ5 A; 5EXW A; 2ZGZ A; 1L3V A; 3SUP A; 1NGD A; 2F4V K; 1O1W A; 1N5Y A; 3OY9 A; 2FF6 A; 5I42 A; 4FJ5 A; 1S1W A; 2YNI A; 5J2M A; 1KVA A; 4JS4 A; 1QE1 A; 4Z4E A; 4LFB K; 3NF6 A; 1TKZ A; 4KV8 A; 1TK0 A; 4Z94 A; 1YIJ N; 1QSL A; 2HND A; 3CYM A; 3C6H A; 2XO7 A; 5KGX A; 4PY5 A; 2P5G A; 1NK6 A; 1L3S A; 2P9I B; 1NK8 A; 3SK3 A; 2YHA A; 2A1S A; 1JCG A; 3U9Z A; 3VER A; 4B9T A; 3TAM A; 4DU1 A; 1YIT N; 1R0A A; 4B3T K; 4CIE A; 3OYG A; 3WNE A; 3QML A; 1BL3 A; 4B3M K; 4DF4 A; 3AVH A; 4HUG A; 3CFO A; 1DLO A; 1VQ7 N; 1Q18 A; 3HVT A; 3NAE A; 2O8B A; 4NXM K; 1IO2 A; 4L3Q A; 3ALY A; 1ZC6 A; 4B9U A; 3DLG A; 4DSL A; 4G9Z A; 2QKB A; 5C2F A; 4BR4 A; 2FSN A; 2NRT A; 3LPU A; 5GAD P; 4ILJ A; 1JXE A; 1W97 L; 2FF3 B; 3IG1 A; 2PZS A; 3S3M A; 2BTF A; 3B6P A; 4DV1 K; 1S6Q A; 4FPA A; 4G1Q A; 4BVO A; 3LP3 A; 1I3A A; 3CXC M; 1QQC A; 1NGI A; 1BHL A; 4DG1 A; 1WN7 A; 4OVL A; 3RMD A; 4QCL A; 4FJM A; 3O1B A; 3BZK A; 1UAX A; 4Z4G A; 2RE2 A; 3ULD A; 3AAQ A; 3OYB A; 3VQA A; 1YVN A; 3NF9 A; 5LY3 A; 4WQ4 C; 2G8H A; 1K6Y A; 4FLT A; 4B9S A; 1VRU A; 1E4G T; 5CZ1 A; 3MEC A; 4BRL A; 4CHZ A; 2WON A; 3SQ1 A; 1J53 A; 4DTS A; 3M3Z A; 3LP1 A; 1XHZ A; 4PL8 A; 3VF2 A; 2W6K A; 3MN9 A; 4YFU A; 5AZJ B; 5ADX A; 5C42 A; 3E9P A; 5BR8 K; 4M3T A; 1NJZ A; 3A2F A; 3F9M A; 5AQY A; 1ZBI A; 4BRM A; 5J1E A; 4CJS A; 1RGI A; 5DM6 L; 4OO1 J; 3VOV A; 1HYZ A; 4BR7 A; 1OVY A; 4ELV A; 3CME N; 4CGF A; 4RW7 A; 3I8D A; 4E7L A; 3V1O A; 2RKI A; 5CE3 A; 4CJ3 A; 2GUP A; 1S1U A; 3F73 A; 4H5R A; 3EKS A; 1X9M A; 4CJU A; 1QVG M; 1S9E A; 4HCB A; 4NYF A; 5LMU K; 3GDQ A; 1SL0 A; 3O8M A; 2O4G A; 4I9L A; 1RFQ A; 1LW0 A; 3D2F A; 1KCF A; 1NJX A; 4F3O A; 1QSY A; 1HYV A; 4JKC A; 5KI6 A; 1VK0 A; 3HP6 A; 3BP8 A; 5CZ2 A; 2O8B B; 4BC2 A; 5FPM A; 4FWM A; 3THX A; 2XHB A; 3F5T A; 4A57 A; 3C6T A; 1RBV A; 2JLE A; 2IVO A; 1KC8 O; 1ASV A; 4FLY A; 2KTQ A; 3RTV A; 1S72 N; 1ITG A; 5CR4 A; 5BN9 A; 4CJP A; 3OS0 A; 4CF2 A; 3NGZ A; 3SQ0 A; 1VQ5 N; 1JLB A; 4M3U A; 5KPT A; 1GLJ O; 4XH1 A; 1RDB A; 3FZK A; 5AQV A; 4KTW A; 3CJA A; 3PIO L; 4LF6 K; 3CPW M; 1RTI A; 1NOY A; 2FBV A; 1BGX T; 5M1F A; 4Z4F A; 5C10 A; 4KI4 A; 4FK2 A; 1FKO A; 4KB1 A; 4XH4 A; 1TKD A; 3OJU A; 2AA4 A; 3DXK A; 1P90 A; 4ILH A; 4OLB A; 4A62 A; 4CIG A; 4O0I A; 1XC3 A; 4KAZ A; 4PUO A; 3OYL A; 2RN2 A; 1TVR A; 2E8A A; 4LD0 A; 3TSU A; 2V51 B; 5AQK A; 4FJL A; 4BRH A; 4DTO A; 2CGK A; 1GLE G; 2CGJ A; 3MDQ A; 1C0G A; 2B4J A; 3DXM A; 2HVI A; 3T1H K; 3J81 O; 3OTO K; 4NCG A; 5JMV A; 3RR7 A; 1C1B A; 4KKO A; 3HOS A; 3AO4 A; 2Q3S A; 3HI0 A; 2NRR A; 4O4G A; 2HBM A; 3IFR A; 2ETJ A; 2YV0 X; 3G10 A; 1WSE A; 3SZ2 A; 4CZG A; 4YOR A; 5JIC A; 4B3S K; 5I9E B; 2A41 A; 3DJC A; 1NMN A; 3QIP A; 1XC9 A; 1DGK N; 1JXB A; 1XNR K; 3D2F B; 3DM2 A; 3A5M C; 3L2Q A; 4C8K A; 5AQN A; 1X3N A; 2VWB A; 2GWJ A; 4CJV A; 1SKW A; 2KW4 A; 3A5O C; 2W42 A; 4BRA A; 3THX B; 1NGB A; 4JD2 B; 3VQ9 A; 4IEE A; 2HHH K; 3R8E A; 3HT3 A; 3C65 A; 3KLF A; 3LP0 A; 2QK9 A; 1VSI A; 1HNW K; 2E2Q A; 3CPE A; 1U4B A; 3VQB A; 4B3O A; 3CC2 N; 2Q1N A; 1D9F A; 3L3U A; 3SAH A; 4KHS A; 1RBS A; 1T6C A; 2NRW A; 4B1Y B; 3PO5 A; 3TTC A; 1B9F A; 1EKE A; 5AQQ A; 1HJO A; 3CHW A; 3TSQ A; 2HB5 A; 4ZTF A; 4IOC L; 1BIS A; 1IBK K; 3T19 A; 3W3D A; 2OA8 A; 1WSI A; 3B8A X; 2OPR A; 1P8Z A; 3E66 A; 4KHN A; 3Q7B A; 3K59 A; 4IOX A; 3CCR N; 1NGG A; 3DXK B; 3PO4 A; 2NNW A; 5M1K A; 2Z1I A; 4BRK A; 3NE6 A; 4CJE A; 4YHH K; 1J54 A; 2CH5 A; 3VQE A; 2G8K A; 2LSN A; 3O5B A; 4CGD A; 3V9X A; 2DY4 A; 5GIN A; 1S1T A; 3DXM B; 4CFB A; 2KZM A; 3NF8 A; 5KPR A; 3IRX A; 1YJN N; 2KHO A; 3BF1 A; 3MXM A; 4M3W A; 2ATQ A; 3OVN A; 4E1N A; 1ESV A; 3ZCM A; 3CCL N; 3QIN A; 4CGJ A; 1HNX K; 3JS6 A; 3AA2 A; 4IO9 L; 1I94 K; 2QM1 A; 4YY3 K; 1RDU A; 3VPZ A; 3EZW A; 3V4I A; 4I2P A; 5HOO A; 4E0D A; 3WNH A; 4ILG B; 2RF2 A; 5JLF A; 3CG7 A; 1ASW A; 4BR2 A; 4DQS A; 1VSH A; 1TYQ A; 2DFE A; 4BVP A; 4ZHR A; 1UWB A; 1UA0 A; 3A5N C; 1WSF A; 4BRE A; 4JNE A; 4KI6 A; 4BE2 A; 5KQ8 A; 4DQ8 A; 4M3Y A; 2QTD A; 4H0O A; 4IFE A; 2NLX A; 3CQ8 A; 2P9K A; 4BQL A; 2Q36 A; 4H0P A; 4M63 C; 5AR0 A; 3QO9 A; 4KRF A; 4FM0 A; 1ZBF A; 5BR9 A; 5LMN K; 3ZT2 A; 2FSK A; 1D9D A; 1X9W A; 4FK0 A; 2E5L K; 2E6L A; 1O13 A; 3CFR A; 4WQ5 A; 2QWQ A; 3S9H A; 4LH4 A; 1HQE A; 3C7N A; 3F2K A; 4NB4 A; 4BC3 A; 4FM2 A; 4PKG A; 4FJH A; 3VTI A; 4J2E A; 3VQ5 A; 4K25 A; 4O55 A; 3LAL A; 3WNG A; 4W5R A; 3G4S N; 4DSI A; 3GBT A; 3QEI A; 2QWN A; 1A5V A; 4RW6 A; 4JI7 K; 4H5V A; 1RTD A; 4RW9 A; 4CF8 A; 1BI4 A; 1XQS C; 4WFA L; 1KVC A; 1YHQ N; 2HBK A; 2QWR A; 5E41 A; 4H4M A; 4JK9 A; 4CJ7 A; 2A3Z A; 4M41 A; 3KLI A; 4WFB L; 2G8I A; 3UIQ A; 5F2R A; 2EHG A; 3GE1 A; 5EX5 A; 4YOT A; 3BF3 A; 5JLH A; 3K9J A; 4CW7 B; 5HP1 A; 1JCF A; 1X3M A; 5EOY A; 3V9W A; 4DSF A; 3ZEU A; 3U6F A; 4FO0 A; 1R59 O; 4CJ5 A; 1D8Y A; 3ULE A; 4CZH A; 1JLG A; 1VQ4 N; 4MO5 A; 3ISN C; 3QBW A; 5C25 A; 4AHS A; 4DR2 K; 4RG8 A; 1C1C A; 3T3F A; 1JL1 A; 3DLK A; 4AHC A; 4NLC A; 4PHT X; 4JKH A; 3HPG A; 4OKJ A; 3NF7 A; 1HMV A; 4IG0 A; 1N34 K; 3ZSW A; 1VQP N; 1KVB A; 3MN7 A; 2VGN A; 2ZJQ L; 1H1V A; 3WXL A; 4FLU A; 1KD1 O; 2E88 A; 4JAX A; 1TYQ B; 1N8R O; 2OCE A; 3O9Q A; 4B1U B; 3QER A; 3GOI A; 4BDZ A; 1HPM A; 2F9W A; 2W40 A; 3SMP A; 4EZ9 A; 4DF8 A; 2P9K B; 1VSE A; 3J7Z O; 1NKC A; 2HHS A; 3ZET A; 3OYK A; 2E6M A; 1TAQ A; 4HWI A; 2V52 B; 3U9D A; 3AO2 A; 4H5W A; 1TUU A; 2A40 A; 3CER A; 2ZM6 K; 1EWR A; 4KHY A; 5DK5 A; 3C7N B; 1QZ6 A; 2BAN A; 3FFI A; 3QFP A; 4GNI A; 4WFN L; 4JLH A; 3IS9 A; 3BDP A; 2QWL A; 4BWJ A; 1VSL A; 1JLA A; 3SYZ A; 4DTR A; 1IG9 A; 3LL3 A; 3R9P A; 3LDO A; 1VQO N; 1K73 O; 3ENB A; 1V4T A; 1BI4 B; 4B1Z A; 4FCY A; 4CJW A; 5AQJ A; 1KAX A; 4O8U A; 1Q8I A; 3DI6 A; 4DTP A; 4A59 A; 3VQP A; 5KRT A; 5SZT A; 1BUP A; 1TV6 A; 3U8X A; 5HRR A; 4GV9 A; 4B9M A; 3SBT A; 2VQF K; 3RR8 A; 3C94 A; 5KRS A; 1S3X A; 4JKA A; 3ULE B; 4BAC A; 1NK0 A; 4J8F A; 3SV3 A; 1NGA A; 2G8W A; 1E4F T; 1T7P A; 4ID5 A; 5AFU H; 4WE1 A; 1S1V A; 1RTJ A; 4FWS A; 4LSN A; 4E7K A; 4CBU A; 3SUQ A; 2RHK A; 3OS2 A; 1BIU A; 5ELZ A; 4QS8 A; 4H5N A; 4CK3 A; 5IWA K; 4DHY A; 4B9Q A; 1NLV A; 2D0C A; 1ZYQ A; 5FPN A; 3HTV A; 4DSE A; 3DRR A; 3WXK A; 4AHV A; 4H0V B; 1Z6R A; 2KQ2 A; 2A6A A; 4YOU A; 1U45 A; 2UUA K; 4I9Q A; 3J8A A; 2V7Z A; 3V6D A; 4E89 A; 3U3Y A; 2VG5 A; 3O4W A; 3ZET B; 4GMJ B; 4E1J A; 3ZSO A; 4CEO A; 4O44 A; 4YOW A; 4F8R A; 1WB9 A; 4UQG A; 3NGY A; 4DU3 A; 3MXI A; 2G8V A; 5AQI A; 5DM7 L; 3OYD A; 2QXF A; 3BEX A; 3P31 A; 1RT6 A; 4F4K A; 2FXU A; 4DV5 K; 5IT9 O; 3O4N A; 4FJX A; 3FFK B; 3DYA A; 3H3N O; 1U48 A; 4CHY A; 4FOE A; 2NUB A; 3DOL A; 3HPH A; 4JI4 K; 5AQM A; 2FC0 A; 3T7Z A; 3OHR A; 2KZZ A; 3CI5 A; 1Y97 A; 3FLC O; 1HQU A; 4FLW A; 3VQQ A; 4FJ7 A; 1KFD A; 4OKK A; 3M8P A; 2IDO A; 4KHU A; 1EET A; 3NFA A; 3ZT0 A; 3KHY A; 3CC4 N; 2UUC K; 2P9N A; 1VQN N; 3RSE A; 1SQK A; 4CGH A; 3RRH A; 1BA1 A; 1WOQ A; 3MK6 A; 4B8A B; 2DFH A; 4CZF A; 3QEV A; 2XRI A; 3ZX0 A; 4C1N I; 1TAU A; 3TR8 A; 1ZBL A; 5AQT A; 3LAN A; 2I7P A; 4YOY A; 3VF4 A; 1RT5 A; 2NRV A; 2WUS A; 3MN6 A; 3W0L A; 3V9Z A; 4E7I A; 4CZL A; 3AA5 X; 1CXQ A; 1TUY A; 3J80 O; 2E2O A; 4JK7 A; 3MX2 A; 3L0Q A; 1QQN A; 4M3R A; 1W9H A; 4FM1 A; 5EY4 A; 3CFP A; 3BGR A; 1NGE A; 2HOE A; 2OPQ A; 4CVN E; 2O8C A; 4KH6 A; 4FLZ A; 4DFP A; 3HP9 A; 4BRG A; 5M1O A; 4DR5 K; 2BDP A; 2JWL A; 3WUH A; 4K8Z A; 3LAK A; 4MLE A; 3P5J A; 1HKG A; 1Z26 A; 2HNZ A; 3LWL A; 5HRO A; 4DKW A; 3OYJ A; 4CIF A; 2H3G X; 2VYP A; 1MA9 B; 3VEO A; 4DQI A; 1JJ2 M; 3MX5 A; 4JD2 A; 1XMQ K; 3P4I A; 2GWK A; 3L3V A; 4B1W B; 4NLB A; 3VEV A; 5EU7 A; 1NJY A; 1UA1 A; 4FJG A; 3ZLJ A; 1IH7 A; 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