The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
MIYVTFTPYGAFGVKDNKEVSGLEDIEYKKLFNEEEIPDIMFKLKTQPNKIADELKEEWGDEIKLETLSTEPFNIGEFLRNNLFKVGKELGYFNNYDEFRKKMHYWSTELTKKVIKSYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| publication title |
Structurally Conserved Nop56/58 N-terminal Domain Facilitates Archaeal Box C/D Ribonucleoprotein-guided Methyltransferase Activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nucleolar protein Nop 56/58
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| total genus |
40
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ID6 A; 3NVM A; 2NNW A; 4BY9 C; 3T7Z A; 3NVK A; 3NMU A; 5GIN A; 5GIO A; 3PLA A; 5GIP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OPS A; 1NJX A; 4QAG A; 3SZ2 A; 3DOK A; 4CJV A; 2ZWH A; 1S6P A; 2AP1 A; 2D5R A; 3AVH A; 5T7B A; 5AQR A; 4WYB A; 3CC4 N; 5M1Q A; 1YVU A; 4FJL A; 4FWR A; 5AQU A; 5FPM A; 3D2F B; 3C6A A; 5EOY A; 1KRP A; 3TAG A; 1K8K A; 4B1Z A; 1L3V A; 3QES A; 4OGC A; 4CJ3 A; 3PIO L; 5AQF A; 3AO3 A; 2NLX A; 1NK7 A; 3B6O A; 1NJZ A; 4DCH A; 1NK6 A; 4KRE A; 4CJR A; 5CR4 A; 1CLQ A; 3MAQ A; 1OH5 A; 4H4O A; 3C6T A; 1QE1 A; 4JV5 K; 4CEC A; 3MED A; 2GWK A; 2DFF A; 3O9R A; 5JIC A; 3AVA A; 4KH5 A; 3KK1 A; 4CF9 A; 1XC9 A; 1IV0 A; 3RTV A; 2IVP A; 1QQO A; 4M3U A; 2O8F B; 3TTF A; 1YVN A; 2G8U A; 5D3G A; 5AZJ A; 1BQM A; 3K9J A; 4CIG A; 3QEW A; 3SMP A; 4I9Q A; 1J5O A; 1MU2 A; 1NK4 A; 1QZ5 A; 3OYN A; 4GVM A; 5AQQ A; 3CCQ N; 4H8K A; 2RF2 A; 4OKK A; 1HLU A; 1ASV A; 4DS4 A; 5BR8 K; 4IXC A; 3ZX0 A; 4QS9 A; 5FPN A; 4FJ5 A; 5J1E A; 5JLF A; 4DHY A; 3SBG A; 3VEO A; 3DXM B; 4JAX A; 3QDK A; 2GX9 A; 2B4J A; 3KLI A; 5LY3 A; 1JJ2 M; 2O8C B; 1GLA G; 4FWK A; 2YHY A; 2UUA K; 2B6A A; 3PIP L; 3RVC A; 2O4G A; 4FW1 A; 1D4X A; 4KHN A; 1VSH A; 4YNQ A; 3DI6 A; 4XH5 A; 2NRH A; 5LJV A; 4BGB A; 3VN5 A; 3LDO A; 4H0V B; 1QSS A; 4N56 A; 3VA3 A; 1NK9 A; 1HPM A; 3QML A; 4MDA A; 4NLC A; 4BDY A; 3BDP A; 3C0B A; 3M8S A; 3O6W A; 1GLD G; 3S3N A; 3KKR A; 3L2V A; 1RT4 A; 4CHO A; 2ITG A; 4JS5 A; 4IKF A; 2KFZ A; 1QSY A; 2GTD A; 1IKY A; 1X9S A; 4O0J A; 3MEG A; 3IG1 A; 1BG3 A; 1GOB A; 3EN9 A; 4Z0U A; 2ZGY A; 5C24 A; 2VQE K; 3G0Z A; 3CCR N; 3R6M A; 1RBR A; 3I55 N; 4ISG A; 1FK9 A; 1S22 A; 1O1W A; 1LCU A; 5SZT A; 1VAZ A; 4KHY A; 4QOZ B; 4RG8 A; 2ATQ A; 3ISN C; 1KTQ A; 1XHX A; 5IT9 O; 1IG9 A; 2VWK A; 2E6L A; 4HUF A; 4IDH A; 3VEN A; 4BRC A; 2HHH K; 3IDH A; 4FM1 A; 1V4S A; 3MDQ A; 3IUC A; 2OCE A; 3NFA A; 2OPR A; 4PY5 A; 3SQ1 A; 2GBZ A; 1RTI A; 1JKH A; 2VGM A; 4KH4 A; 3KLG A; 3J8A A; 4DR1 K; 4KV8 A; 2P51 A; 3U6F A; 4M3X A; 3BP8 A; 3O9T A; 2UXD K; 3KK7 A; 4C8K A; 4DS5 A; 1RT5 A; 5LMN K; 4X66 K; 1K9M O; 2ZF5 O; 4IOC L; 1TYQ B; 1S1T A; 4N76 A; 4FWS A; 4KHU A; 4FZZ A; 1QHA A; 3ZEU A; 3MCA B; 1HX1 A; 3THX A; 3OYM A; 1NJW A; 2OZS A; 3KZB A; 4FLV A; 2PYL A; 4FWM A; 5HRS A; 3GG4 A; 3TR8 A; 4NYN A; 1GLC G; 1ZBU A; 1RNH A; 4CW7 B; 4X65 K; 4BRL A; 3CQY A; 3OS1 A; 1KCF A; 4BVO A; 1IBK K; 4KHP K; 1VQ6 N; 2PBD A; 1KAY A; 1W7A A; 1W9H A; 5GAG P; 2HMI A; 3U8X A; 5H1S Q; 3LDS A; 4O5F A; 1Q86 O; 4H4M A; 1TL3 A; 4O0I A; 4LF8 K; 4CJQ A; 3VEX A; 5AQK A; 2XO7 A; 5AJ3 K; 4CK1 A; 2FBX A; 3PUF A; 3Q7B A; 4QCL A; 5AQV A; 4LFA K; 4Q5V A; 3SPY A; 3C95 A; 4DV0 K; 1T6C A; 1XMO K; 2G8W A; 4FJ8 A; 3VQA A; 1JLB A; 3C65 A; 2ZM6 K; 1ZBH A; 1KAZ A; 4CJL A; 2R7Y A; 1N34 K; 4YOR A; 3HJF A; 1FXX A; 3KIO A; 3WXL A; 3PSI A; 3FZM A; 3RMA A; 4FJG A; 3ZSQ A; 4LH4 A; 2V7Z A; 3BZC A; 3MK6 A; 4JKA A; 4YOX A; 2I7P A; 1XWL A; 2HF3 A; 1E4G T; 3DLR A; 4MO5 A; 4B3O A; 4NO7 A; 4E7H A; 4OX9 K; 1BO5 O; 1RDU A; 5C10 A; 3SNN A; 3D2E A; 3B6P A; 5AZI A; 4FLU A; 1KSP A; 1IO2 A; 2IS3 A; 2B5J A; 4M3R A; 2FBV A; 3DRS A; 3OYA A; 1TKT A; 1YIJ N; 1YTU A; 5LMU K; 5ELZ A; 1Z26 A; 1QVF M; 3RMD A; 1SQK A; 3L8B A; 4DFK A; 2O8D A; 1P90 A; 3FFK B; 3P38 A; 1C1A A; 3AGR A; 3TSP A; 4ZHR A; 4IO9 L; 4Z4G A; 1U6Z A; 1X3M A; 2P9P B; 2O8E A; 3NH2 A; 3NF8 A; 4KPY A; 2A1S A; 4CGG A; 5JS2 A; 4G9Z A; 5E84 A; 4FPA A; 1KLM A; 3VQ5 A; 4DSJ A; 4IBN A; 1BUP A; 3BF3 A; 4G1Q A; 5DM7 L; 1IG8 A; 4WF9 L; 3CPW M; 3H1V X; 2KZM A; 4H0Y B; 4AQY K; 4CEQ A; 1GLJ O; 3SCX A; 2QEX N; 3MWP A; 3JSM A; 2RPI A; 1WBD A; 1IKX A; 1HYV A; 2FF6 A; 3QEX A; 2OA8 A; 2NRT A; 4DMN A; 3QET A; 4BR2 A; 2HHX A; 2YNI A; 3R8E A; 4GY2 B; 3A8Y A; 3OS0 A; 4HVJ A; 3EZ5 A; 3KVG A; 4QS8 A; 3MXM A; 3DM2 A; 3W3D A; 3THW A; 1RTJ A; 2QW9 A; 4BR0 A; 4K43 A; 1TKZ A; 4AHS A; 4U67 L; 5BN8 A; 2HBL A; 4AHC A; 1IKV A; 3PX0 A; 4JKE A; 1W0H A; 5LL6 Z; 4KI6 A; 4DLE A; 1Q82 O; 2YV0 X; 1K8K B; 4JD2 A; 3EY1 A; 4PL7 A; 2Q3S A; 3CD6 N; 4CFC A; 4PHT X; 3CM6 A; 4E7L A; 1LW2 A; 3LAM A; 3LPT A; 1Z6R A; 4WQ5 C; 4JKB A; 4FWL A; 3L2Q A; 4B9M A; 1X3N A; 2DPN A; 2HF4 A; 3FZH A; 1NGH A; 4BRD A; 2PZS A; 3AVF A; 5C2F A; 1RCH A; 2HHV A; 3CPE A; 3H6E A; 2BTF A; 3WNF A; 4FLX A; 3H08 A; 1Z05 A; 3NF9 A; 2GUI A; 1YHQ N; 1KC8 O; 2I7N A; 1S1W A; 1B9F A; 3MEE A; 4A2B A; 5AZJ B; 1JL2 A; 1N6Q A; 4JKC A; 3KTQ A; 3LDQ A; 3WUH A; 3SV3 A; 4FZY A; 2YI1 A; 3MN9 A; 2GUP A; 1SKR A; 4DQI A; 4FCY A; 4ICL A; 3TAQ A; 4ELV A; 2CH6 A; 3LZI A; 4FWP A; 4FJ7 A; 4GV9 A; 2UUC K; 3F73 A; 1N36 K; 2YJE A; 5AQY A; 4YDU C; 4DTU A; 3V1O A; 2ZJR L; 4OPA A; 4DFJ A; 3RMC A; 4CBU A; 4Q0B A; 3ZSX A; 4FJ9 A; 3OYJ A; 3EKS A; 1FKO A; 3O80 A; 3VEY A; 3TAR A; 3UB5 A; 4NCG A; 1WSE A; 4JHD A; 4DF8 A; 1JLQ A; 1D8Y A; 3TPQ A; 2O8B A; 4KB1 A; 2JGU A; 1U49 A; 4H5R A; 3UE5 A; 4LC9 B; 1G15 A; 1SS6 A; 3OTO K; 1XQS C; 4FK0 A; 4KO0 A; 3K58 A; 4IEI A; 5C42 A; 1EO1 A; 1VK0 A; 1GOA A; 3EYZ A; 1HUX A; 3AV9 A; 5E26 A; 3J7Z O; 3D6R A; 3PO4 A; 1J6Z A; 4LSL A; 4CHP A; 4LY7 A; 1JLG A; 1WBB A; 2E20 A; 1QSL A; 3FE1 A; 4FSV A; 4DU4 A; 5AQI A; 4DSK A; 4JKF A; 3AVK A; 4R79 A; 3SQ0 A; 1K73 O; 3EEQ A; 3VPZ A; 4IJN A; 4FVU A; 3QNN A; 2BE2 A; 3WXM B; 3V1Q A; 1T03 A; 1QZ6 A; 3UIQ A; 1J9A A; 4YOT A; 2EHG A; 1MA9 B; 4DR6 K; 4H5W A; 1RDC A; 4LF5 K; 3D0P A; 2IIR A; 4W5N A; 1HR0 K; 3QBW A; 3OY9 A; 3A5L C; 2ZGZ A; 1S1U A; 4JKD A; 3V81 A; 4CEB A; 5AQJ A; 3SAH A; 3AGK A; 2QWM A; 4YOU A; 2CGK A; 4K0K K; 4WQ4 C; 1UA0 A; 2G8H A; 4RW4 A; 3OYI A; 5C0Y A; 3EE9 A; 1OKJ A; 4F8R A; 3C6H A; 2QWO A; 2VG6 A; 4PKH A; 4BR9 A; 1TK0 A; 5FLX O; 1HJO A; 1OVY A; 1C0G A; 2ZQB A; 1WUA A; 1JXE A; 3NBP A; 2PFU A; 4FOE A; 3C94 A; 3SJJ A; 3H3N O; 1JLA A; 3ZEU B; 1JLF A; 3DRR A; 4B9S A; 4E0D A; 4FJI A; 2Q0U A; 3DLE A; 1W2B M; 2Z1H A; 3THX B; 2CGJ A; 3ZSY A; 3ASM A; 2NRZ A; 3KLE A; 4DTO A; 2HOE A; 3THV A; 3CHW A; 3AA2 A; 4JI3 K; 4F2R A; 4GNI A; 2F4V K; 4O44 A; 4I2P A; 3L4Q A; 5EU7 A; 3E9L A; 3RRH A; 4OPJ A; 1ITG A; 1RDD A; 2IC3 A; 5ADX A; 1HNZ K; 2P9K A; 4B1V A; 4MLE A; 1ESV A; 1HKG A; 3LDL A; 1ZBF A; 3QIP A; 5F2R A; 1TUY A; 1YXQ A; 4CJK A; 4DU3 A; 4CJ5 A; 3ZT4 A; 3WXK A; 3I56 N; 1TKX A; 1RDA A; 4JN4 A; 3O9Q A; 5JMV A; 5JS1 A; 1DEJ A; 3VTI A; 1EXQ A; 4YHH K; 3L6Q A; 4WE1 A; 3AVG A; 4CZG A; 4IOA L; 2G8V A; 4YOW A; 1HNX K; 1BI4 A; 5AFU A; 4B3S K; 3ENH A; 1OH6 A; 4O8U A; 4E7I A; 4O5B A; 3LZJ A; 4AHT A; 4FJX A; 5BR9 A; 3ITH A; 1VRT A; 3O9S A; 3CXC M; 1KLN A; 3JXU A; 3K57 A; 4YY3 K; 2VQF K; 1Q9X A; 4BGA A; 3RMB A; 1U4B A; 4FXD A; 3ULE A; 5GAE P; 3VA0 A; 3UKU A; 4DQ8 A; 1IBL K; 3NGY A; 3BUZ B; 3OYG A; 2EWS A; 3T69 A; 4AHU A; 3HBT A; 1RT7 A; 4AM6 A; 4DQS A; 5J2M A; 4WCE L; 3D2E B; 3MXJ A; 4K42 A; 3WNE A; 4JK8 A; 1JCF A; 5AZI B; 4CZE A; 5F1X A; 4RW7 A; 4FJN A; 1WSH A; 2LSN A; 4B3R K; 2CGL A; 2NNW A; 3CMA N; 4ILH A; 1A5V A; 4DTM A; 2UXB K; 3E1Y A; 4B1W B; 4CD1 A; 1NU0 A; 4Z4E A; 3E9O A; 3M5R A; 1X9M A; 1BOT O; 2YHW A; 2O8E B; 3TAF A; 1RT6 A; 3CC7 N; 4H0X B; 4Y1D A; 5MLC Q; 4M3T A; 4IWV A; 4GKK K; 2HHS A; 4BRE A; 1VQ5 N; 4RW6 A; 1YIT N; 5EY4 A; 1BIS A; 1BIU A; 3P5J A; 4IOX A; 3ZT0 A; 4BAC A; 3GOI A; 4DQQ A; 4AHV A; 3OYC A; 4FK4 A; 4CZL A; 4OLB A; 1B9D A; 2FLO A; 4JK9 A; 4A57 A; 3P83 D; 2Z1G A; 2I5J A; 4HHT A; 1XMQ K; 5KGW A; 3DLB A; 1YJ9 N; 3CJC A; 2BAN A; 3G4S N; 1SKW A; 5KPZ A; 1WN7 A; 3A0I X; 1NGA A; 1HRH A; 1RDB A; 5FRO A; 5AR0 A; 4DB3 A; 4M7X A; 2HBJ A; 3OA9 A; 5AQM A; 1Q81 O; 1U2V A; 2XHB A; 2P5O A; 1BA0 A; 2FXU A; 5GIN A; 4BRO A; 3DLL L; 4JRP A; 1TK8 A; 4RCH A; 3PX4 A; 1KAX A; 3THW B; 1C0M A; 3LL3 A; 2D0P A; 2RE2 A; 2V7Y A; 2YNH A; 1X1P A; 4JD2 B; 3WXJ A; 4BG9 A; 1U04 A; 1TVR A; 5BN9 A; 4CEF A; 3VOV A; 4B3T K; 2OTJ N; 4FJK A; 5I3U A; 1T6D A; 1E3M A; 3FZK A; 3A5M C; 3I8B A; 3T19 A; 3SV4 A; 4Y0W A; 4B9N A; 2UUB K; 4ILG B; 3E66 A; 4H0O A; 4A62 A; 3V9X A; 2G8I A; 4CD3 A; 1IKW A; 4OJR A; 4NYF A; 4CBW A; 2E1Z A; 2HVI A; 3RSE A; 3KJV A; 1LV5 A; 3CQX A; 5GAH P; 3L2W A; 5FRN A; 1HYS A; 2P9I B; 2Z1I A; 5J2N A; 3TTD A; 3OYL A; 3VGM A; 2V52 B; 3ID8 A; 4DR4 K; 2XY7 A; 1BU6 O; 1VSI A; 3CFO A; 3HXM A; 5HP1 A; 1NMD A; 3AVN A; 1QTM A; 3HVT A; 1EKE A; 2F9W A; 3L4I A; 4HCB A; 3AAR A; 3DOL A; 4DSE A; 3V4I A; 2BGG A; 5KQ8 A; 4DQP A; 3ZET A; 1SV5 A; 1FW6 A; 3G71 N; 3CM5 A; 3V9S A; 4I9L A; 1V4T A; 4YDU A; 4JHD B; 3O3G A; 4NB4 A; 1EET A; 4ZTJ A; 1YF5 L; 3V1R A; 2O8B B; 3NHG A; 4KHQ A; 1QQC A; 2E88 A; 4JI0 K; 4YOV A; 4KTQ A; 4LF7 K; 3LP0 A; 3KK2 A; 5GIO A; 1HQU A; 1QQM A; 1S1V A; 4B9T A; 4JI7 K; 1WSJ A; 4DV5 K; 5AQZ A; 3BGR A; 2HBK A; 3VQE A; 1CXU A; 5J2Q A; 1HMV A; 3A5N C; 3AVM A; 4R5P A; 3E9P A; 3ZSW A; 4BWM A; 1YT3 A; 3CCU N; 1EQY A; 5JLH A; 3NE6 A; 3CF5 L; 5DK5 A; 4KHS A; 2HHU A; 1BHL A; 3B8A X; 4H03 B; 4W5Q A; 2YCH A; 1ZBI A; 1VQL N; 4O4G A; 4CJ4 A; 4E3S A; 3NCI A; 3V9U A; 3DLG A; 3SQ2 A; 3NH0 A; 1QHT A; 2X6S A; 5E41 A; 3VQB A; 4DV2 K; 3SUP A; 1GLE G; 2WBN A; 4DSI A; 4JI4 K; 1T8E A; 1S3X A; 3WT0 A; 4JI8 K; 2AJQ A; 3HL8 A; 4RTF D; 1VQ4 N; 4CJU A; 5DMR A; 4W5R A; 4C8O A; 4C8M A; 1NLV A; 4EAH D; 1NJY A; 3O5B A; 1I39 A; 3QEP A; 4CCH A; 1J5E K; 4OKJ A; 3I33 A; 5FPD A; 5JVG L; 1VHX A; 1XNQ K; 1RDW X; 4CJS A; 5K14 A; 3NH1 A; 4O55 A; 5BRF A; 2QI2 A; 3L2U A; 3L2R A; 2X6N A; 3ENO A; 5C15 A; 4WQ4 A; 3OBY A; 3SUO A; 3VGL A; 1YI2 N; 1CZA N; 1VQP N; 3QIN A; 3P4I A; 4LF6 K; 3IRX A; 4BQZ A; 3F5T A; 4FJM A; 4B8C A; 2YX6 A; 2G8K A; 3S41 A; 4KAZ A; 4WFN L; 4BY9 C; 4OKE A; 3VF6 A; 3IFR A; 3EL2 A; 4PKG A; 4JEP A; 3HM8 A; 1ZXO A; 3FR0 A; 3G6E N; 3SUQ A; 4CE9 A; 2P9K B; 3HVR A; 3SUN A; 4AF1 A; 1Q18 A; 1YJN N; 3VEV A; 1QQN A; 3KLF A; 1BWF O; 1RBS A; 5AQO A; 1KQS M; 4ELT A; 4CEZ A; 3SAG A; 3SMS A; 3SQ4 A; 4WFA L; 2GV9 A; 2O4I A; 4J2E A; 2ETJ A; 3MCP A; 2UYT A; 1RGI A; 2YHX A; 3PSF A; 3N4Q A; 4EP4 A; 4BQL A; 4JNE A; 3OYB A; 3M8R A; 4DSL A; 3ID6 A; 2UU9 K; 5F0X A; 3WQU A; 3QO9 A; 4UQG A; 3HPH A; 4CF2 A; 1ZBL A; 1BQN A; 5KGX A; 3TSU A; 4BRP A; 1DTQ A; 1X9J A; 2WOM A; 5AQT A; 4QS7 A; 3HYF A; 3K9K A; 4J2D A; 1W97 L; 3VQC A; 4U7B A; 4M63 C; 2IDO A; 5M1P A; 4C8N A; 2E2Q A; 2YJF A; 3VEZ A; 3HSC A; 3HZ6 A; 4CZJ A; 4KI4 A; 4KFB A; 3ULE B; 1RT3 A; 3UKU B; 4CES A; 1P8Z A; 1EWR A; 4DV6 K; 1Y97 A; 2WON A; 1JCE A; 3AY9 A; 3K0S A; 4FJJ A; 5FRM A; 2OYQ A; 1RTD A; 4EHU A; 3OHR A; 2D0C A; 5CZ2 A; 1GOC A; 4B1X B; 4BR4 A; 1VQ8 N; 2YHB A; 3HO1 A; 1S9G A; 1WSG A; 3MXI A; 1A5X A; 2XRI A; 2RN2 A; 3UKR A; 3CCL N; 3LWL A; 4CZK A; 2X78 A; 4DSF A; 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