5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
1JLBA 2YNGA 2DTUA 1RDBA 3AVKA 1NKCA 3KLFA 4C8LA 1W9HA 1FXXA 3QLHA 4QOZB 2DFHA 4DQIA 5HRPA 4CJKA 4E7KA 4M3XA 2Q3SA 5HROA 3O3FA 3TAFA 3LP2A 2B6AA 1VSDA 3LALA 3TWHA 1NK9A 3WNEA 2GBZA 4KTZA 4RW8A 1Q9YA 3ZSRA 2QK9A 3CM5A 2LSNA 1N6QA 1KCFA 1BL3A 1KLMA 2W42A 2BANA 4CGFA 2P1JA 3NF6A 3CFPA 4M41A 4DS5A 4BACA 4CE9A 1LW0A 3NF7A 4BE1A 4FJNA 3SQ2A 3SCXA 4FJ9A 2HNYA 1BISA 2XRIA 1IKXA 4CJWA 4CIGA 4FCYA 1Z26A 1Q8IA 5HP1A 2KZMA 2VG5A 1U45A 3V6DA 4GMJB 4Y1CA 3DLKA 3OYKA 3G10A 3RTVA 3KKRA 2HMIA 3HPHA 3HJFA 3OVNA 4HUGA 3U3GA 3KTQA 4CGIA 3ASMA 4CK2A 4CJTA 1LWCA 4CESA 3V9SA 1TVRA 3HL8A 1Q9XA 2IAJA 1JLEA 2YV0X 3DLEA 1WSJA 4CF1A 1WSGA 3MECA 3OYBA 1SL2A 3LANA 4IG0A 4FK2A 4CGHA 4CK3A 2OPSA 1QSSA 3OJUA 4ID5A 3K5MA 1S9EA 4J2DA 4Z0UA 1C1CA 5FRMA 3L8BA 1IO2A 2B4JA 4FLUA 3U3YA 2X6NA 1SKRA 3OYJA 3KK2A 4BE0A 4O5BA 4CFBA 1HPZA 4FM2A 4FXDA 4NCGA 1WSHA 4NYNA 1RNHA 5FROA 1VK0A 3CYMA 4O0IA 1VSKA 2OZSA 5CZ2A 2ATQA 4I2QA 3ZT1A 2ZD1A 4M3RA 4CF9A 4JRPA 2P51A 1J53A 3ZT0A 3ULDA 4Z4IA 4E1NA 1HNVA 2ITGA 3PV8A 3PX4A 4KAZA 4CEQA 3LAMA 4IKFA 2XY5A 3RR7A 4DSJA 4HUFA 3S3OA 1JXEA 1DLOA 4Q0BA 2FC0A 4NYFA 3HP6A 4GW6A 1ZYQA 5D3GA 1KVBA 5KRSA 4IDKA 2RKIA 3VQAA 3IRXA 1HMVA 3C6TA 4WE1A 4C8NA 3O4QA 3F9KA 1WAFA 4CJQA 4W5RA 1ZBLA 4KI6A 1JXBA 1ZBUA 3QIPA 3EZ5A 1TV6A 4Z4CA 4AHUA 4AHTA 2YHBA 5FDLA 4FLVA 4DTJA 1NK4A 1TKDA 4B9SA 3V4IA 4K8ZA 4DLGA 1X1PA 1EX4A 2HHTA 4CK1A 1RT5A 3DRRA 4F3TA 3DMJA 1LAWA 4CEFA 3K59A 3QETA 4B3OA 3FFIA 2FBVA 3AO4A 3DRPA 2VWJA 4BDZA 3L3VA 4DWIA 3NGIA 1XWLA 1B92A 1Z25A 2YHAA 3S3MA 1BIZA 4LD0A 3S3NA 3OYFA 2YKMA 3ZT4A 3F73A 1TK5A 4E7HA 4FJMA 3RMAA 3SUPA 3TI0A 1RT7A 3LWMA 3L3UA 4CJRA 4DQPA 4O44A 3IAYA 3RR8A 1VSFA 2R7YA 4FM1A 2NUBA 1TL3A 3BDPA 1LWEA 4DS4A 1RT4A 2OPPA 4KV8A 3QEVA 4EZ6A 1VSIA 3OYGA 2YNHA 3DLBA 1WNSA 4CJSA 3MXIA 2IDOA 2HHXA 1S1VA 4CEEA 3PY8A 1SL0A 1EXQA 4KO0A 5HRNA 3EY1A 4W5QA 3CM6A 3EYZA 3AVAA 4IFYA 1TGOA 4LH5A 2GUIA 1J9AA 2YNIA 2ZQBA 4JLHA 2AJQA 5J1EA 4FVMA 1QHTA 4IG3A 3DOLA 3G0ZA 3PX0A 3TABA 1HQUA 3V1RA 4CGJA 4CIFA 5SWMA 4E7LA 4OKKA 4YFUA 3K5LA 4KB1A 3OYDA 3RMCA 3QNOA 1KVAA 4G1QA 3OYHA 2HHSA 1NKBA 1RBUA 3OJSA 4FJIA 2G8KA 1RTJA 4DFJA 4E3SA 3HVTA 1IKYA 3CQ8A 3RMDA 4AILC 4DTNA 2D0CA 2X6SA 4M3WA 3HO1A 4FYDA 1GOAA 4H8KA 3NDKA 3AV9A 5C24A 3C6UA 1UOCA 3DLRA 4DQSA 2PZSA 2G8HA 2HB5A 2I5JA 1C0MA 1HYVA 3AVHA 4CEDA 4ELUA 3OY9A 4KB0A 1L3SA 2OPRA 3MAQA 3AA2A 4CJ4A 1ZBFA 3C94A 3M8RA 3HM9A 3PX6A 1X9WA 4KHQA 3AVFA 4QCLA 5EU7A 2Z1JA 1IH7A 4DTXA 1TK0A 1JLFA 1KSPA 3AA3A 1QSLA 4KHYA 4OGCA 1C1AA 1RTHA 1MU2A 4RW7A 1U49A 4OGEA 3V9UA 1VSHA 3S9HA 4I2PA 2RPIA 3VQ8A 4KHUA 3H08A 3U6FA 3LZJA 2G8FA 4FJLA 5SZTA 4DTMA 1U04A 1HJRA 2HVIA 2F96A 4HTUA 4PY5A 2DFFA 1B9DA 5JS1A 3PUFA 4CJPA 4CHQA 4F4KA 3QEIA 4J2AA 1TKZA 3PO4A 2XHBA 4F2RA 4DLEA 1F21A 5FRNA 4EZ9A 4K8XA 3MXJA 2OA8A 3DOKA 4FJ5A 3L2RA 3O3GA 2KQ2A 4AHSA 4PUOA 4FK4A 3LPUA 5HRSA 3NH1A 4FLWA 4E0DA 3ZSXA 1KFSA 2A1SA 3V9WA 4NCAA 3AVCA 4CJFA 4FJKA 1BI4B 3ZT2A 1S6QA 3NHGA 3LDSA 4M3TA 1LW2A 4FJJA 1CXQA 4AHVA 2D0BA 3DRSA 2Y1JA 3DLGA 1D8YA 4CJ5A 1SKSA 3OYCA 2QXFA 4DU3A 1FKPA 4OKJA 3VQCA 4DTPA 3AVNA 4GVMA 3L2UA 2IOCA 4ICLA 2HHQA 4CERA 3V9ZA 2KFNA 3OS0A 3VA0A 3KD1E 3VQBA 1S1XA 5I3UA 3AO2A 3SYZA 1QTMA 3HSTB 3M8QA 4B8AB 4B9VA 4CEZA 3AVGA 1T03A 2Z1GA 3TAGA 1XC9A 4DTOA 1U48A 1J5OA 5J2QA 3HVRA 2XO7A 4LY7A 3CFRA 3AVMA 3THVA 5HBMA 4FZYA 4C8MA 4DSLA 3B6OA 4YNQA 1UA1A 3NAEA 3MXMA 2Z1HA 3SZ2A 3KD5E 4FK0A 3HXMA 1S1WA 4OVLA 4DTSA 3SUOA 4ELTA 1JLAA 1XI1A 3V81A 3V1OA 3QO9A 3NGZA 2F8SA 1REVA 1FKOA 3SQ1A 2XY7A 4OKEA 4ZTFA 2XY8A 4FLYA 3P5JA 4PWDA 2BE2A 1JLQA 1YVUA 3LWLA 4DF4A 1NK5A 3K2PA 1VSEA 1LAVA 4O55A 4I9QA 5I42A 3MEGA 1X9MA 4PA1A 2G8WA 3HT3A 1ITGA 4M42A 3L2VA 2VWKA 3ZSZA 4DFPA 4FW2A 1W0HA 1G15A 1HNIA 3M8SA 3HK2A 1QE1A 5DMRA 4Z4EA 3AA4A 2WOMA 1B9FA 3OYEA 3T3FA 1CLQA 4CFDA 1UWBA 3MEDA 1HQEA 2WONA 4CHPA 4IFVA 4KI4A 4DQRA 3ISNC 3KK1A 5K14A 4LSLA 1NJXA 4I7FA 2VG7A 2KFZA 4KHWA 4FZXC 1BCMA 4DTUA 1RTIA 2OZMA 3KIOA 1RILA 1XHXA 1RT6A 2B5JA 2XY6A 2PY5A 4FJ8A 4FW1A 4MQ3A 4JRQA 3ITHA 2Z1IA 1L3UA 1RBRA 1S5JA 1EETA 3SQ0A 4HCCA 4KHNA 4KREA 4L8RB 2DFEA 4OPJA 1NK8A 3T19A 2RF2A 4N56A 3V1QA 1VSJA 1C1BA 3NF9A 3VQ9A 3CG7A 3LP3A 4CJ3A 2PYJA 1WN7A 2FBTA 4DU1A 5T7BA 1S1TA 1TAQA 2E4LA 4CEAA 3OYLA 2X78A 1X9SA 1WSIA 4FJ7A 1SKWA 4M45A 4BDYA 4KRFA 3NF8A 3NFAA 4Y1DA 5DK5A 3K58A 4DSFA 1S6PA 1D9FA 3QESA 3P83D 1C0UA 1JKHA 1DTTA 4FLTA 3LP0A 4H4MA 4DMNA 3I8DA 3NH0A 3AVJA 1EP4A 1QQCA 4O0JA 4XIUA 3L2WA 1NJYA 4Q5VA 4AHRA 4CJLA 5KRTA 4CJEA 3SNNA 2KW4A 2YNFA 3P1GA 4CFAA 4JS5A 1KTQA 4H4OA 3HPOA 2O4IA 3RMBA 3AO3A 1ASWA 4E19A 4HVJA 4W5TA 4B8CA 4UQGA 4E7IA 4F2SA 3BGRA 3C95A 3M8PA 3VQPA 1L5UA 1UA0A 5J2MA 1S1UA 3NH2A 3AVBA 1N5YA 1I39A 3VQDA 2FBXA 4OLAA 1VRTA 1T7PA 2QKBA 3KLEA 2D0AA 1IG9A 3AO5A 5KI6A 4ID1A 4W5OA 1TK8A 1NJZA 3LZIA 4R5PA 4CJUA 4DQQA 1NJWA 1WAJA 4RW6A 2G8UA 3ZSWA 3PO5A 1RT3A 1GOCA 1NOYA 4IBNA 2HHWA 1BQMA 1T8EA 4FLXA 4CGDA 1Y97A 4B9TA 4ELVA 3VQEA 1NK7A 1DTQA 1XHZA 1SL1A 1LV5A 1ZBHA 1RTDA 1WLJA 1RDCA 4KTWA 4F8RA 1O1WA 4C8KA 1JL2A 1RDDA 1J54A 3ALYA 4HHTA 4DU4A 1T05A 4HUEA 4AHCA 1RBSA 4O4GA 3VN5A 5CY4A 3WNGA 1KVCA 3WNFA 3QEXA 2IC3A 3SV3A 1BQNA 3SI6A 4EP4A 4KPYA 1TL1A 2G8IA 4TSXA 3O4NA 1D9DA 2HHVA 1WSFA 1BIUA 3OYMA 3AVIA 4B9LA 3TAQA 4EP5A 3NCIA 1I3AA 4DTRA 4J2EA 1UAXA 3WNHA 5CYMA 4C8OA 4CCHA 5J2PA 3RRGA 1A5XA 2JLEA 5CYQA 4RG8A 1U4BA 4N41A 4CJVA 1BGXT 3VQ6A 3QERA 3AVLA 4N5SA 4FLZA 1RT1A 1NKEA 3CFOA 2BDPA 1EKEA 4BE2A 4JS4A 4DSIA 1A5WA 3L2QA 3NE6A 1ZBIA 1TKTA 3ZSOA 2X74A 3TR8A 1JL1A 4CGGA 1KLNA 3VQ4A 1TKXA 2HVHA 4RW4A 4KHSA 2O4GA 4CHNA 3SV4A 1WSEA 2HNDA 2IS3A 2IGIA 4F3OA 3MEEA 1ASUA 4DSKA 2OPQA 3VQ5A 1VSMA 3OS2A 4CF8A 3ZSVA 1IKWA 4CEBA 3E01A 2OYQA 2KZZA 3OS1A 1TAUA 2JGUA 3ZCMA 3SUQA 4OPKA 3A2FA 4FZZA 5J2NA 1NK6A 4M3ZA 1SV5A 3AA5X 1BI4A 4DFKA 4DSEA 3KLGA 3K57A 4ZTJA 2G8VA 4B08A 4FJGA 4N76A 4FM0A 3JYTA 3KLIA 3K5NA 4B9MA 4QAGA 3DLHA 4PQUA 3KKSA 3LPTA 3HPGA 1K6YA 1VRUA 3I0SA 3IS9A 2VG6A 3D0PA 5CZ1A 4N47A 3QNNA 3TARA 3RWUA 4J2BA 4CF0A 1A5VA 2D5RA 1S9GA 1BHLA 3KK3A 4LH4A 1ASVA 1SUQA 4CFCA 1R0AA 1D5AA 1YTAA 4E1MA 2P5OA 2E6LA 4OJRA 1NK0A 3TAEA 4M3UA 4CHYA 2PYLA 3DM2A 1L3VA 4I9LA 4CF2A 4NCBA 2F8TA 3T1AA 3HYFA 4CHZA 1HRHA 3O3HA 4DF8A 4CHOA 1YT3A 2GV9A 3VQQA 1JLGA 2FBYA 4BDPA 4E89A 2RN2A 3SUNA 1HYSA 4BWMA 2YKNA 5KTQA 4Z4GA 4B9UA 2P5GA 1YTUA 5JS2A 3QEPA 1GOBA 1C6VA 3DI6A 2A1RA 4HCBA 2HHUA 1FK9A 1JLCA 4CEOA 4AH9A 3SJJA 5HRRA 3SQ4A 1CZBA 4W5NA 3NBPA 1CZ9A 1RT2A 2DY4A 1L3TA 4FJHA 3HP9A 3I0RA 5C25A 1NOZA 4KKOA 2HNZA 3DYAA 2Y1IA 1KFDA 2ETJA 2E6MA 3AO1A 5C42A 4FJXA 4Z4HA 4DFMA 4RW9A 3QEWA 5KGXA 5E41A 2KTQA 3LAKA 5HLFA 3QINA 3NGYA 2ZE2A 5KGWA 4E7JA 3IG1A 3D45A 3QIOA 4KFBA 3TAMA 3KLHA 2BGGA 3K5OA 4BWJA 3ZSQA 3OYIA 1QS4A 4CECA 2HW3A 1U47A 4M3YA 1VSLA 1RBVA 3TANA 3LP1A 4ZHRA 2EHGA 3SPYA 1CXUA 1RCHA 1KRPA 3RRHA 1LWFA 3ZT3A 4Z4FA 2QKKA 1BCOA 3ZSYA 1C0TA 3V9XA 1QSYA 3UIQA 3TAPA 4CIEA 3OYNA 3VA3A 3OYAA 3B6PA 4LSNA 1RDAA 4B9NA 1IKVA 4DG1A 2EX3A 3SPZA 3KJVA 4MFBA 4KTQA 4OLBA 3VQ7A 1RBTA 1HYZA 3JSMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNGA 1VAZA 3ID8A 4C8LA 4YDUA 4LF8K 1W9HA 5LY3A 4DQIA 5DM6L 1DKGD 5HRPA 1T3VA 5HROA 3TAFA 2B6AA 1GLDG 3TWHA 1K73O 4KTZA 4E1JA 5AQQA 4H0OA 1KLMA 1U6ZA 5EXWA 2HOEA 2W42A 2P1JA 4DS5A 4FJNA 3SQ2A 1DT9A 2HNYA 4BC3A 5HP1A 4FWPA 2QI2A 1U45A 4G9ZA 4BR0A 4GMJB 4Y1CA 4DV3K 3U3GA 1WBBA 5AQMA 4JK8A 3V9SA 4CESA 1V4TA 2ZJQL 1OH7A 1JLEA 1WSJA 5LJVA 5ADXA 4IG0A 3O8MA 4K0KK 2OPSA 4ID5A 2RHKA 4FLUA 3OYJA 4BE0A 4O5BA 4FM2A 4FXDA 4NCGA 5FROA 4O0IA 5CZ2A 4CF9A 3SJHA 2P51A 1XC3A 1T6DA 3MX2A 3M3ZA 4HUFA 5TKWA 4FWNA 2FC0A 3HI0A 4NYFA 3HP6A 3C65A 2RKIA 3C6TA 4WE1A 3F9KA 1WAFA 3EZ5A 4MLHA 1JJ2M 5AQHA 3VMFB 4B9SA 1K8KB 4K8ZA 1ATRA 4JI0K 4DLGA 1RT5A 4F3TA 4DR6K 3DMJA 3K59A 2VWJA 4BDZA 2GTDA 3L3VA 2QWQA 3NGIA 1B92A 4LD0A 2GELA 3OYFA 3ZT4A 3F73A 3RMAA 3GL1A 3ZETA 3TI0A 3LWMA 3L3UA 4Y0WA 4CJRA 3O9SA 4FOIA 4O44A 3BDPA 4DS4A 4B3MK 1HX1A 4EZ6A 1VSIA 2V52B 2YNHA 4CJSA 4CBWA 2IDOA 1YITN 1SL0A 3MMVA 4KO0A 3T7ZA 4BRDA 5GINA 3EYZA 5KQ8A 4LH5A 3THXA 3D2FA 3ZLJA 4OPAA 1QHTA 3U4LA 4O5FA 1HQUA 2QWRA 3V1RA 4CGJA 1VQ7N 1ILYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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