5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
2JGUA 1ZBFA 4DTOA 1NK0A 1N5YA 4CE9A 2JLEA 3D45A 4DQSA 3HJFA 4YFUA 1U48A 4N5SA 3K5OA 3TARA 3U3YA 4CIEA 1QHTA 4AILC 1TKDA 1T05A 2DTUA 1TK8A 3DLGA 5KI6A 3SQ4A 3QO9A 3KD5E 3LAMA 3V1RA 3HSTB 4NCAA 4RW8A 3UIQA 3IRXA 1VSEA 2ZQBA 3V6DA 3VQ5A 1LW2A 4M3YA 2ETJA 3VQ8A 1HRHA 4OPJA 4OVLA 4B9TA 1C6VA 1IH7A 1EETA 4KKOA 4CJRA 4AHTA 4E3SA 4BE0A 3RR7A 4FJNA 4PY5A 3ZSWA 1VSKA 3OYKA 2KW4A 3KK1A 4FJKA 2NUBA 2WOMA 4FJ5A 1SL0A 2IC3A 1IO2A 3KJVA 1RDCA 4OJRA 4C8MA 3ZT2A 2HNZA 1BL3A 1FXXA 4IFYA 4E1NA 2LSNA 4CJEA 4FLUA 1NKEA 1UOCA 1BI4B 4CJLA 3LANA 3NCIA 3LZIA 5KGWA 3V9UA 3DM2A 2W42A 1LW0A 4CFBA 4O55A 1C0TA 3HPGA 3L8BA 3KLEA 1HJRA 1IKXA 3L3UA 4BWMA 4ICLA 1FKOA 4CGIA 2HHQA 2RN2A 1RDAA 1HYZA 4O44A 3WNFA 3K2PA 1J9AA 4DSFA 4CK3A 4I9QA 1RT4A 3K5NA 1U4BA 2Z1HA 1UAXA 1YVUA 3AVFA 2D0AA 4RG8A 4TSXA 4EP5A 4FJIA 2HB5A 3QEVA 1RT3A 1Q9YA 3AO1A 3KD1E 4FM0A 2OPQA 1B92A 4W5RA 3KLHA 3S3MA 1RBTA 3V4IA 4IG3A 1HYVA 1S1VA 4FM1A 4FM2A 3ISNC 2G8KA 1NKBA 3O4NA 2EHGA 3HL8A 2E6LA 4B8AB 3PV8A 4HCBA 4EP4A 2ITGA 5SZTA 3V9WA 1TGOA 1TK5A 3AVJA 2YNGA 4AHSA 4DQRA 4DTNA 3P83D 1KVCA 4E89A 2HMIA 1JLEA 2OPPA 1TKTA 5HRNA 4R5PA 2YNFA 3JSMA 4Q5VA 4DTUA 3PO5A 3AVLA 2R7YA 5HROA 1LWCA 2B5JA 4B9SA 2O4IA 3QEPA 1TK0A 2HHTA 3ZSZA 1XHXA 2VG7A 4CF9A 1T03A 3HT3A 4KHYA 4NCGA 5CYMA 3HK2A 5E41A 3V81A 2Y1JA 3RRGA 2ZE2A 3DLRA 1JXEA 2OZSA 3PO4A 3OYAA 2Y1IA 4FJLA 2HNDA 3VN5A 3AVCA 2EX3A 5D3GA 1BGXT 4I7FA 5KGXA 3LDSA 1RTJA 1VSLA 3E01A 1B9FA 3SUOA 1RNHA 3QEXA 3CFPA 5I42A 1VSFA 3B6OA 4HTUA 3PX0A 3K5LA 2YHAA 4DSEA 1JL1A 4B9VA 5HRRA 2P5OA 4DTXA 2KZZA 1RTDA 3I0RA 5DMRA 2Z1JA 3OS1A 3HVRA 4M3UA 1R0AA 3L2WA 4FXDA 2KZMA 5KTQA 4CEDA 3OYNA 3CFRA 4DQQA 3TABA 1NKCA 1UA1A 1U49A 2OYQA 1XHZA 1X9MA 3ZT3A 4FJMA 2IAJA 3SJJA 1EXQA 1KCFA 4E19A 5KRSA 1NK9A 3ZSVA 4KPYA 3VQPA 2P1JA 1Z25A 3AA4A 4IG0A 4JRPA 4FYDA 4W5NA 3DRSA 1RDBA 4FJHA 4RW9A 1Y97A 1KVBA 3RMDA 4F3OA 1WSJA 4KI6A 1GOAA 4PUOA 3ALYA 4AHVA 1JLAA 2D0CA 4CGHA 2GBZA 1A5VA 1RT2A 4GW6A 1VK0A 1EX4A 3O3GA 3OS2A 4FCYA 4ELTA 4B9UA 4K8ZA 4B3OA 1RT7A 3V9ZA 1LV5A 2XY5A 3NE6A 1EKEA 4CHQA 4UQGA 4B08A 3DMJA 3HP9A 4MFBA 3CM6A 3K59A 3MXIA 5HP1A 3ZT1A 1L3VA 1B9DA 1S5JA 3OYBA 4CJVA 1L3UA 3HXMA 2YHBA 2IS3A 4E7HA 1ZBLA 3ULDA 3AO4A 3SPZA 3VA0A 2ATQA 4CF2A 3A2FA 3IS9A 4DTPA 2YV0X 1WAJA 4MQ3A 4OKJA 4BWJA 3U3GA 3SYZA 4FJXA 1JLGA 3C6UA 1S9GA 4OGEA 4B8CA 1KFDA 4I9LA 4IDKA 1LWFA 2FBYA 3C95A 1ZYQA 1WLJA 1I3AA 2B4JA 2FBTA 3K57A 3AV9A 3DRPA 3CYMA 1TKXA 4H4MA 2KQ2A 3DOLA 3SPYA 4KRFA 2X74A 2DFHA 1HPZA 1QSYA 4CEBA 1GOCA 3IG1A 3G0ZA 1FK9A 3FFIA 3TAEA 1T8EA 4KB1A 4FK4A 2E6MA 1W9HA 2HHSA 1S1TA 4O0JA 2DY4A 3T1AA 3HPHA 3VA3A 1IKVA 4E7JA 3L2VA 3K58A 3C6TA 4DQIA 4KB0A 5JS2A 4W5QA 3AO2A 1VRTA 3PUFA 2IGIA 1HQEA 4Z0UA 3K5MA 1XC9A 3MAQA 3PY8A 4HUEA 4E1MA 4FLWA 3NFAA 1YTUA 5SWMA 3AVGA 1YT3A 3LP1A 2X78A 3O4QA 3PX4A 3QIPA 1NJXA 1N6QA 4L8RB 5FRNA 2HVIA 3NH0A 4CERA 4JS4A 1Q9XA 1G15A 4I2QA 3P1GA 1SL1A 3ZSRA 4CGJA 2XO7A 3QETA 1LWEA 4NYNA 1TVRA 4AHRA 4CF1A 3LWMA 2KTQA 3QERA 4CEZA 1W0HA 3OYMA 1CXQA 2Z1IA 4CJFA 4DSKA 1J54A 2KFZA 2VG6A 2X6NA 3QINA 4FLZA 2DFEA 4AHUA 1ITGA 3VQEA 4FW1A 1L3SA 3HO1A 2HHWA 1VSMA 4CJKA 3KLGA 3KLFA 2XY8A 3KK2A 2RPIA 3KKSA 4BE2A 1BCOA 4PA1A 4DSJA 4Z4FA 3ASMA 1RTHA 2VWJA 3S3NA 2F8SA 4CK1A 4AH9A 4CIGA 1WSIA 4FW2A 3NDKA 3F9KA 4Q0BA 4EZ9A 3AVBA 4CJ4A 4AHCA 4H8KA 1SKSA 4KHQA 4M3TA 3SUQA 3ZSQA 2PYLA 1ASVA 2P51A 3WNGA 4Z4HA 4C8OA 3AA5X 4QAGA 2I5JA 5J2PA 1UWBA 4CJ5A 1RT1A 2PYJA 1X9SA 1KFSA 3OS0A 2G8IA 4N47A 1C0UA 4B9NA 3IAYA 3QNNA 3SNNA 1HMVA 1X9WA 4DTJA 4FLXA 3OYFA 1SKWA 1QSLA 3H08A 4Y1CA 4CGDA 4CJWA 5CZ1A 4CHPA 1JLFA 1WAFA 3BGRA 2O4GA 3NF7A 2RF2A 4FJ8A 1JLQA 1A5XA 1KLMA 4M3ZA 1KLNA 3TAPA 1BIUA 3RMAA 2YNIA 1Q8IA 3EYZA 3TWHA 3RMBA 1RILA 3DLBA 4OPKA 4CEEA 3L3VA 3V1QA 3NGZA 3RTVA 3CM5A 3CQ8A 3TAMA 3TR8A 4YNQA 4KHNA 1J53A 1REVA 2RKIA 5FRMA 2HVHA 2VG5A 4FZYA 4QCLA 2G8WA 2XY6A 4KTWA 3RMCA 3CFOA 3VQ4A 3CG7A 4M45A 4Y1DA 4DLGA 4DTSA 4GVMA 1RTIA 1F21A 3NAEA 3U6FA 1SKRA 1WSFA 4FK2A 4CHZA 3ZSXA 3D0PA 1ZBIA 2AJQA 4IFVA 1GOBA 4Z4CA 4DTMA 3OYEA 1WSGA 4KTZA 3V9SA 4DF8A 4DFJA 1SL2A 4CFCA 3SV3A 5C25A 4DSLA 2QKBA 2G8UA 4DMNA 1KTQA 5KRTA 1NK8A 4M3WA 3AO5A 4F2RA 1LAWA 1RBVA 4J2BA 4LSNA 4O4GA 1QS4A 2P5GA 1HNIA 3VQ6A 2HHXA 4ZTFA 2X6SA 4Z4IA 3TAGA 3HVTA 1L5UA 1VRUA 2OPRA 3O3FA 3OJUA 1RBSA 1MU2A 2PY5A 4CJSA 4ZHRA 3THVA 3PX6A 4KFBA 2DFFA 2BANA 4CEAA 1J5OA 1T7PA 3LP2A 4CJTA 1QE1A 1RT5A 5CZ2A 1BCMA 3SZ2A 1DLOA 4FJJA 4DF4A 3G10A 4F4KA 4J2AA 3MECA 4CFAA 1KVAA 5CYQA 3QESA 2B6AA 1VSDA 2HW3A 5HBMA 2FBXA 3NF9A 4JRQA 3WNHA 4N56A 1WN7A 3RR8A 2BE2A 4CIFA 4M42A 3MXMA 3QNOA 2A1RA 4DQPA 4KHWA 5J2MA 4ZTJA 4E0DA 3DRRA 4O0IA 1JLCA 2QXFA 3AVMA 2E4LA 4CJQA 3VQ7A 4JS5A 4CF0A 2F96A 2WONA 3MEEA 3KTQA 1SV5A 4RW7A 1WSHA 2XHBA 1ASUA 4PWDA 3OYCA 4CF8A 3HM9A 1S9EA 4FJ7A 4GMJB 5C24A 3OYHA 1TL3A 1U04A 3KKRA 1NJWA 3ZSYA 4OGCA 3QLHA 3T19A 2KFNA 3C94A 4KV8A 3ZT4A 4WE1A 5HRPA 2IOCA 1VSHA 3O3HA 1VSIA 4M41A 3OYDA 5J2QA 3AA3A 1UA0A 3TAQA 4J2DA 4EZ6A 1U47A 1S6PA 2GV9A 1D9FA 4CFDA 3VQ9A 4KHSA 2GUIA 3SQ1A 1L3TA 3JYTA 1ZBUA 3NGYA 4CGFA 1ASWA 3OYGA 3SCXA 3T3FA 3V9XA 4F8RA 1NK7A 3OYIA 4W5OA 5DK5A 4DS4A 1S1XA 1NOYA 3QEIA 2OA8A 1JLBA 1S6QA 1C1CA 5J2NA 3AO3A 2HHUA 3EY1A 2ZD1A 4JLHA 3HYFA 3ZSOA 3AA2A 3LPUA 5CY4A 3SUNA 3ZCMA 3KK3A 4DSIA 3SV4A 1YTAA 1S1WA 4HVJA 3L2QA 4DS5A 4LSLA 4Z4EA 1JL2A 4G1QA 1S1UA 5C42A 4H4OA 3NGIA 1QQCA 1X1PA 1QSSA 2F8TA 4KO0A 4CESA 4CJ3A 3DOKA 1JKHA 4IKFA 1TAQA 2OPSA 1NJZA 1BQNA 4KI4A 4B9MA 1KRPA 1I39A 4M3XA 4C8LA 1C1BA 4FZXC 2YKNA 4FK0A 3LALA 1D5AA 1BQMA 1BISA 3AVNA 3OJSA 4DU3A 4B9LA 2XRIA 2FC0A 4CEOA 3L2RA 1JXBA 4W5TA 1BHLA 1K6YA 2D5RA 4C8KA 4HHTA 3V1OA 3NH2A 1CXUA 2HHVA 4DFKA 4BDPA 4LD0A 1RBRA 2HNYA 4LH4A 4HUFA 4KTQA 3KIOA 4DLEA 3S3OA 1Z26A 3HP6A 2Z1GA 3VQQA 4CGGA 4BE1A 4HCCA 3OYJA 1HNVA 3M8PA 3NF8A 1WNSA 3TI0A 3DLHA 4FJ9A 1DTQA 5JS1A 1FKPA 3AVHA 3DI6A 4ID5A 4F3TA 3VQBA 1ZBHA 1LAVA 2G8HA 2YKMA 3KLIA 3AVKA 3HPOA 1D8YA 3BDPA 4E7IA 4DWIA 1SUQA 3MEGA 3DLEA 3EZ5A 4OKEA 4FJGA 1XI1A 2OZMA 4C8NA 3M8RA 4E7LA 1C0MA 4LY7A 1HQUA 2XY7A 1TKZA 4M3RA 4FLTA 4OLAA 3WNEA 1VSJA 4CHNA 5FROA 3OY9A 1QTMA 3TANA 4PQUA 5I3UA 3LPTA 2BGGA 5EU7A 1BI4A 5T7BA 4NCBA 2BDPA 1A5WA 1RDDA 3M8QA 1IG9A 2IDOA 4BACA 3MEDA 3DLKA 3TAFA 1C1AA 1NK5A 2QKKA 2PZSA 4DU1A 3VQDA 1CZBA 1O1WA 2VWKA 4ELVA 3LZJA 3RWUA 1TL1A 4KAZA 1RCHA 4DTRA 3L2UA 4CK2A 4BDZA 3ITHA 1KSPA 3AVIA 1NJYA 3S9HA 3P5JA 3NF6A 4FVMA 4LH5A 4XIUA 3I8DA 3ZT0A 3NHGA 1RBUA 4CJUA 4N41A 4N76A 4DFPA 4F2SA 4CHOA 1NK6A 3QIOA 3SQ2A 4O5BA 4ID1A 4BDYA 4DU4A 1CZ9A 1NOZA 2QK9A 4J2EA 4DFMA 4HUGA 1DTTA 2FBVA 1NK4A 3OVNA 4FLYA 1CLQA 4IBNA 4QOZB 4FLVA 3LWLA 3VQCA 1BIZA 3MXJA 1RT6A 3LP0A 1D9DA 4Z4GA 4RW6A 4NYFA 4K8XA 4OKKA 1U45A 2YNHA 1WSEA 4KHUA 3SQ0A 3SUPA 5HRSA 3LP3A 3DYAA 3RRHA 5K14A 4OLBA 4ELUA 1EP4A 1HYSA 2A1SA 2D0BA 4CEQA 4CECA 2G8FA 1XWLA 3I0SA 3NBPA 3AVAA 4DG1A 4CCHA 4FZZA 4CHYA 5HLFA 3M8SA 2Q3SA 5FDLA 4CEFA 3NH1A 4CJPA 3B6PA 3F73A 3LAKA 3VQAA 3OYLA 3QEWA 1IKYA 2G8VA 3SI6A 5J1EA 4KREA 4RW4A 1TAUA 1IKWA 1TV6A 4E7KA 4I2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBFA 1NK0A 3J7AP 2CGJA 2ASOA 1U48A 2E8AA 3Q7CA 3TARA 3U3YA 4DR1K 3QO9A 4NCAA 1VSEA 2A40A 4WFBL 2ZQBA 1LW2A 4OPJA 1C6VA 1IH7A 4H0XB 4PY5A 3RR7A 4O5FA 4FJNA 3ZSWA 2GELA 3OYKA 4IZ9A 4FJKA 2NUBA 2AA4A 4FWMA 1MA9B 2E2OA 3R1XA 4DV7K 3NCIA 5KPRA 3DM2A 1HJRA 1IKXA 3FZMA 4DR3K 2HHQA 1OVYA 1RDAA 1HYZA 3DXMA 4JKGB 4CK3A 1J5EK 1RT4A 2Z1HA 1YVUA 4N76A 3AO1A 3CCLN 1EO1A 2W40A 3V4IA 1S1VA 4FM1A 3VMFB 3G4SN 2G8KA 4K25A 3O4NA 4BRAA 2NRVA 4JNEA 2ITGA 5SZTA 3V9WA 4WQ4C 3AVJA 4DTNA 4E89A 4BR7A 4DTUA 4Q5VA 3PO5A 4B9SA 2O4IA 2R7YA 5HROA 3AARA 4Y0WA 1TK0A 3ZSZA 2YHWA 5JVGL 1T03A 4AF1A 3PO4A 4HTLA 4DV3K 3FZKA 4MDAA 1XQSC 3FZFA 3AVCA 1HKBA 2E88A 3VN5A 2EX3A 1BGXT 3QEXA 5FPNA 3PSFA 3L0QA 2YHAA 3CJBA 3PSIA 4B9VA 3WXKA 2KZZA 5AQNA 1JCEA 3E9OA 4JKGA 2QXLA 4FXDA 4CBUA 3CFRA 4CVNE 4DQQA 3EE9A 3M3ZA 1X9MA 4CZFA 1KAZA 5KRSA 4PKGA 3LDPA 4YOYA 4KPYA 2JWKA 2P1JA 4IG0A 1Y97A 3NVMA 5ADXH 4PUOA 4A5BA 4AHVA 1A5VA 4FCYA 4B3OA 4ELTA 1LV5A 3CJ9A 1EKEA 2FSNA 4CHQA 3CJ1A 3WEEB 2DPNA 3D2FB 4MFBA 3CC2N 3MXIA 5HP1A 2QI2A 5M1NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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