3H3NO

Glycerol kinase h232r with glycerol
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
b'AEKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 185
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO01
1NGIA 2GWJA 4JAXA 4YDUA 4Z94A 4BRCA 3CQXA 3FLCO 5CE3A 1GLEG 3J8AA 4CI6A 4EFHA 5BPLA 2QWOA 1TYQB 2Q0UA 3L0QA 4ISGA 2V7ZA 5BPMA 2NZTA 2CGJA 3LDNA 4FWOA 2Q31A 3H45C 5BN9A 1KAYA 2NRHA 4H5VA 2W41A 3WT0A 4BG8A 2KHOA 5AQQA 1XUPO 2D1KA 3D7EO 4BGAA 3WUHA 1V4SA 3CQYA 1ATSA 3VF6A 2P9NB 4JD2B 4BRKA 3D2FB 3FZLA 2CH5A 2IVPA 1GLCG 3QB0A 3QBXA 3WXLA 1XC3A 1BG3A 3SLCA 4DCHA 3MMVA 4I6MA 4BRDA 3VETA 3LDPA 4H0YB 4QS8A 4O8KA 3U9DA 5AQRA 4IJNA 4BGBA 2FSKA 2IVOA 3M1FA 2BUPA 1D4XA 1G99A 1GLFO 4WQ5A 3VPZA 5F0XA 1S22A 1NMDA 3M3ZA 2ITMA 2E2NA 2OANA 2Q97A 4MLHA 3FZHA 3VEWA 2E2QA 2YI1A 4FOIA 2QWPA 4C23A 2QXLA 3C0BA 3HTVA 2FSJA 5ADXA 5FPDA 3W0LA 4JN4A 4EHTA 1CZAN 2ASPA 4WQ5C 2QWRA 5JLHA 1HX1A 3H1QA 4MO4A 2ZF5O 1V4TA 1MWMA 4BROA 4HTLA 5AQOA 3LM2A 3O4WA 1RDWX 5EOYA 1Y64A 2ASMA 3QBWA 3DAWA 1X3NA 2ZGZA 2P9LA 2GELA 1NLVA 3B8AX 4H0PA 1ZC6A 3VF2A 5AQYA 1IG8A 4DQ8A 3A0IX 1NGAA 3A5OC 3FGUA 4MLEA 2FXUA 3UKRB 3ENHA 1NBWA 2QWLA 3AARA 1BU6O 4BR4A 1XQSC 3R8EA 1HLUA 1KAZA 2IIRA 2CGKA 2E8AA 4CD3A 2QWNA 3O6WA 3U8XA 4FWLA 1E4GT 3AAPA 1K8KB 3CJ1A 2P9PB 4FPBA 1JCEA 3IUCA 5ADXH 2Q36A 3ENOA 4O5FA 3TU5A 4FWSA 4NO7A 1TYQA 4Y0WA 4A61A 4H0TB 1C0GA 1HPMA 2E1YA 3HBTA 4H5WA 4DHYA 3RSEA 4BRLA 4JHDA 2HF3A 1JCGA 1U2VB 3UE5A 3WEEB 2P9KA 3VGLA 1QQNA 3GBTA 4FWNA 3MDQA 4H0VB 4AM6A 3D2EB 1BUPA 2Q1NA 3H6EA 5AQUA 4JD2A 1P8ZA 4PKIA 4CZIA 3GE1A 2YHWA 3JXUA 5AFUA 2E1ZA 3QMLA 5AQNA 3KHYA 3C7NB 3MN7A 3ZETA 5FPNA 2CH6A 3VEZA 5JICA 2Q0RA 4GNIA 2D0PA 3DXKA 3HZ6A 3WXJA 5FPEA 1GLJO 3ULEB 4FWQA 5AZIA 5AQSA 1KXPA 4WQ4C 3O5BA 4CZJA 4B9QA 2QWMA 5JMVA 5LY3A 2GTDA 3VERA 2H3GX 4YDUC 2QW9A 4FOEA 4BRIA 4H5RA 5EX5A 4XEIA 4BC2A 1HUXA 1NGCA 3HI0A 5AQJA 1DEJA 2P9IA 4CZFA 1WUAA 3UKUB 5KPRA 5BR9A 2P9UB 1NGFA 5I9EB 4CZGA 3P4IA 3FFKB 1SQKA 4H03B 4CD1A 4QS7A 2BTFA 1BO5O 2V52B 4XH4A 3O08A 1YAGA 4H5NA 1E4FT 3BF1A 1ZBSA 3BUZB 1NM1A 4CBXA 3VEYA 1MA9B 3KVGA 4XH1A 4ISFA 3UB5A 1BOTO 3LDOA 3GL1A 2YJFA 2IVNA 5AQPA 3L6QA 3ZEUB 3CJ7A 5AQHA 2VYPA 3ATUA 5AQIA 3H1VX 3WQTA 5JLFA 3DXMB 5BRHA 4J8FA 4BC3A 3FZMA 1EQYA 4FL9A 4K43A 5E26A 5EXWA 1YVNA 1IJJA 3A8YA 1BDGA 3SK3A 5AQKA 5BN8A 1TUUA 3CETA 4FSVA 2F9TA 1X3MA 3FR0A 1LCUA 3ZX3A 3IFRA 3MN6A 4M7XA 1RFQA 5EY4A 5TKYA 4B1UB 1QQOA 4K41A 2D0OA 4BQZA 4BRHA 2UYTA 2FSNA 4PL8A 2P9SB 4BC5A 5BREA 1T6CA 2YCHA 5KQ8A 3OHRA 3CJCA 4BVOA 5F2RA 2HOEA 1WOQA 4I6MB 1NGBA 5E84A 1T44A 3KZBA 2QWQA 1ESVA 2YJEA 5AQTA 1ZXOA 2J4RA 4PKHA 5AZJA 5KPZA 1HKBA 4M63C 3TPQA 4F9OA 4A2BA 4IO8A 1JCFA 1QZ6A 2GUPA 4BRGA 3VEOA 5LJVA 1HJOA 2W40A 2V51B 4EIAA 3I8BA 4FWKA 4BRAA 1C0FA 3VOVA 4KBOA 4BRFA 2QM1A 4FWPA 2I7PA 2P9NA 3GOIA 3HSCA 4CZMA 1NGDA 3D2FA 1T6DA 2FF3B 1GLLO 3M6GA 3FE1A 3BF3A 4EHUA 4CZLA 3LDQA 1GLAG 3LL3A 3G25A 1BA0A 1YXQA 2A6AA 2D4WA 1QHAA 3EKUA 3SJHA 4DB3A 4FWRA 2P9LB 3O1WA 1ATRA 1LOTB 1TUYA 4BR5A 3R6MA 4AM7A 2V7YA 1HKGA 3L4IA 5EVZA 4BRPA 2Q2RA 1BA1A 3DJCA 1R59O 5AQVA 3EL2A 2EWSA 3QFPA 3GG4A 3ZX2A 3EZWA 4RCHA 5AQFA 2F9WA 3JS6A 5LJWA 4H0XB 1ATNA 4RTFD 1GLBG 3DXMA 2WUSA 5AQMA 2HMPA 1YUWA 2E2PA 4RWTA 3SMSA 2FLOA 3VGKA 3CIPA 4L3QA 3I33A 1NGGA 3R9PA 4BR2A 3RSEB 4CZEA 1BWFO 4PKGA 4JHDB 5AFUH 2NLXA 2P9KB 3MN5A 2P9SA 3MCPA 4K42A 5FPMA 4CZHA 4GY2B 3A5LC 4B1YB 4IXCA 4B1ZA 1NGHA 5KPTA 4FO0A 1GLDG 3MN9A 4H0OA 1MDUB 4FPAA 3A5NC 3UKRA 2AA4A 1QQMA 3ZETB 4BREA 3DXKB 3O80A 2A3ZA 3EN9A 2VWBA 3EKSA 5AZIB 3ZX0A 4A62A 4K25A 1H1VA 1K8KA 2P9PA 2A42A 3BEXA 4CBWA 2DPNA 4B1VA 4CBUA 2ASOA 3BP8A 1OKJA 5AQZA 4BRQA 4CZKA 2A40A 3WXKA 3U9ZA 3A5MC 1DGKN 1Q18A 3VESA 2AP1A 4QS9A 1S3XA 3IDHA 2CGLA 2E20A 3LM9A 4BG9A 4BRMA 5BPNA 3VF4A 4B1XB 3WXIA 4PL7A 3VENA 1U2VA 4BQLA 3WEEA 1HKCA 4M7YA 1SAZA 2GEMA 2P9IB 2A5XA 3AY9A 3LDLA 2I7NA 3QDKA 3D2EA 3CJ9A 3U4LA 3F9MA 4XH5A 2E88A 5KQDA 4ISEA 1J6ZA 3QICA 3W3DA 1DKGD 3H3OB 1RGIA 3CI5A 2PBDA 3MK6A 4LC9B 3AAQA 3SMPA 3HM8A 3VGMA 3C7NA 3CJBA 3VEVA 4BC4A 3IMXA 5BRFA 3FZKA 4BVPA 3ZEUA 3ULEA 4CJ7A 5AQGA 1NGJA 5B8HA 1X9JA 2A41A 5AQXA 3EO3A 4IWVA 3O8MA 3ID8A 1KAXA 3WQUA 4EAHD 3GDQA 1MWKA 3S41A 3VEXA 4HWIA 2GWKA 4FWMA 2E2OA 5ELZA 4E1JA 4MO5A 4BR9A 1NWKA 4NB4A 3CERA 4BR7A 2VCPA 3CHWA 3UKUA 2P9UA 5AR0A 5BRDA 3ATVA 3FZFA 4WYBA 2ZGYA 2FF6A 1Z05A 2YHYA 3QFUA 2ZWHA 3O1BA 4BR0A 4A2AA 3DWLA 1SZ2A 2PAVA 4IJAA 1QZ5A 5AQWA 4IZ9A 4BRNA 4WQ4A 4H5TA 4B1WB 3H46O 4JNEA 2YHXA 5AZJB 3CJAA 1U6ZA 3H3NO 5AQLA 5F1XA 1Z6RA 2HF4A 1NGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GWJA 3AVCA 3S9HA 1KSPA 4OLBA 3M8SA 4I7FA 1GLEG 4EFHA 2QWOA 1WSEA 3SYZA 3E9LA 2Q0UA 2NZTA 3O4NA 1N33K 4BY9C 1B92A 3PLAA 4FWOA 3ZSWA 4DWIA 2KHOA 5AQQA 1O13A 3OW2M 4LFAK 3VF6A 1ATSA 4JD2B 3RMAA 4CHOA 3DMJA 3KWGA 4BRKA 3HPGA 3FZLA 4M45A 4JS5A 3C6AA 2VG7A 2CH5A 1GLCG 1XC3A 1BG3A 3SLCA 4DCHA 3O3GA 4UY8O 1I3AA 3VETA 4H0YB 2Y1IA 1TKXA 5AQRA 1ZBLA 2JWKA 1KQSM 2DY4A 2E2NA 3SNNA 5C2FA 5CYMA 4C8LA 1JLFA 3O4QA 2QA4N 4C23A 5C42A 1D9DA 4EHTA 2HHTA 2QWRA 3DLGA 3TTCA 4X62K 3H1QA 4MO4A 4CIGA 4HTLA 3JYTA 1X1PA 4E7IA 1VK0A 1NLVA 4NYNA 5AQYA 3OYDA 3PO4A 4JI8K 1IG8A 4DQ8A 3A0IX 1LW0A 4FZYA 2FBXA 1HPZA 4E89A 3R8EA 1HLUA 1NKCA 2IIRA 2CGKA 4BE2A 4U67L 5GAHP 3VMFB 2D0CA 2F4VK 3ASMA 4HTUA 1E4GT 2OPRA 3CCRN 4PA1A 2P9PB 4RW4A 4FPBA 1JCEA 4W5RA 4E7HA 2OYQA 4KH4A 1QHTA 3TU5A 3QINA 4FWSA 4A61A 4O0JA 1B9DA 3OVNA 1LWFA 4CFBA 5DM6L 4E0DA 1VSIA 4FLXA 3VGLA 3PSFA 3MDQA 1BUPA 2Q1NA 4JD2A 4ZTJA 4JKDA 1P8ZA 1K8AO 1WSJA 4CJVA 1JLQA 5AFUA 5KGXA 1GOBA 2FBYA 5FPNA 2CH6A 3VEZA 3SV3A 2Q0RA 3NGYA 1TK0A 3CCQN 4DS4A 3NGZA 1NJXA 3M8QA 3O5BA 4CZJA 2QWMA 3ZT2A 4M3ZA 2Z1IA 4GVMA 1D5AA 4OPKA 4FOEA 4BRIA 2IOCA 1S1WA 3AVFA 3ZCMA 1WLJA 1OH7A 1HUXA 3HI0A 2P9IA 2FBVA 1WUAA 3UKUB 1XMOK 2HHVA 5HP1A 1NK8A 4CF0A 3P4IA 4CD1A 1BQMA 2V52B 4A57A 3QEPA 4O4GA 3TWHA 1E4FT 3BF1A 3AA3A 1NM1A 4CBXA 5M1PA 1S1XA 4JKFA 3TAPA 3LDOA 1VQ8N 5HOOA 3QEVA 4ELUA 4LF8K 4AF1A 3WQTA 5AQIA 3H1VX 5DMRA 3PSIA 4B3RK 4FL9A 4K43A 5EXWA 3AVGA 4YOYA 3SK3A 2KTQA 5BN8A 2WTUA 1IH7A 3KK3A 4DR2K 2GUIA 4FSVA 2HHUA 1RILA 3C65A 4DFKA 2F9TA 1X3MA 3FR0A 1LCUA 1Q86O 4KI6A 3IFRA 4H4OA 4B1UB 3VQ4A 2D0OA 2OTJN 3LAMA 4B9MA 1EP4A 2QEXN 4BC5A 4HUGA 3TI0A 1S1UA 1TVRA 3VQDA 2YCHA 5KQ8A 4L8RB 4JKGA 3CM6A 5TKWA 4I6MB 1NGBA 1ESVA 1I94K 1ZXOA 2J4RA 4Z0UA 1JLEA 5J1EA 3CC4N 4YOUA 4A2BA 3G0ZA 2VQFK 3KLHA 4C1NI 4IO8A 4BRGA 4QAGA 1HJOA 1NMNA 4F4KA 2V51B 3OYLA 1ZBFA 4J2DA 3I8BA 3AA4A 1RDBA 3ZSXA 1TAQA 3TSUA 4OVLA 5C24A 4E7JA 3BDPA 1XNQK 3D45A 2QM1A 1NOYA 4DTXA 1S9GA 3N4PA 4O0IA 4CZMA 4Z4IA 5AJ3K 1T6DA 1VSDA 3FE1A 4DV3K 5C25A 1BCOA 4PY5A 3L2RA 3LL3A 3CM5A 3ZYYX 3EKUA 3AO3A 2A1SA 4FWRA 4CJKA 3O1WA 3K9JA 4BR5A 4AM7A 1WSIA 3SZ2A 4ID5A 3RMCA 2WBNA 3O9TA 4CESA 2KZZA 4RCHA 3IAYA 3DM2A 4RTFD 2RF2A 4CGDA 3C6TA 5AQMA 3QLHA 4DS5A 1GOCA 1YUWA 4RWTA 3MEEA 1TKTA 4L3QA 4F2RA 4BDPA 4AHSA 2XRIA 1B9FA 3TSPA 4CFCA 1NGGA 2A1RA 2F8SA 1BCMA 4KRFA 3THWA 4CZEA 4PKGA 2IDOA 1TKDA 3O9RA 3LPTA 4NLCA 3CF5L 3V4IA 3F2KA 4J2EA 4CHNA 1N32K 1OH5A 4FZXC 4Z4FA 3LP0A 1RBVA 4IFVA 1BL3A 2Q3SA 3LAKA 3O80A 5AZIB 3WNHA 4A62A 3TABA 2A42A 3NH2A 1VQPN 2JWLA 4E1MA 1WSHA 5M1OA 1UA1A 5AQZA 3ZT0A 4BRQA 3HVRA 3U9ZA 1T7PA 3F5TA 3VESA 2AP1A 3SQ4A 5J2MA 4IO9L 1S3XA 4DLEA 2CGLA 4CVNE 4DFMA 3WXIA 3VQQA 3VENA 4PL7A 3T7ZA 3RWUA 1OH6A 2A5XA 1VQLN 3JAMO 1Z25A 4YOVA 1YF5L 3HM9A 3OYKA 1DLOA 3DLLL 2NRZA 3IKMA 4ISEA 1W7AA 3H3OB 2HNYA 1RGIA 3SMPA 1T03A 3AAQA 3THVA 4DV5K 2HBLA 4CGFA 1WSFA 3THYB 5C0YA 2WONA 5DM7L 3CCSN 3DLHA 4CJ7A 3G6EN 5AQXA 3B6PA 2HB5A 1IKYA 3EO3A 4I9QA 4N76A 4CK1A 4IOXA 3K59A 3U3YA 4FJGA 1IV0A 4DUYK 1U04A 5ELZA 4MDAA 4E1JA 3U3GA 4BR9A 1KFDA 2O8FB 1BQNA 1CZBA 3CERA 4DR3K 2P9UA 5AR0A 3TARA 2OA8A 3FZFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FDL A;  4I2P A;  4WFA L;  3D2E A;  4CGH A;  4DR5 K;  4CK3 A;  4OLA A;  2NRX A;  4XH5 A;  5HL7 L;  3QIC A;  4U7B A;  3CI5 A;  3VGM A;  3MK6 A;  1W2B M;  3CD6 N;  3HM8 A;  3C7N A;  3CJB A;  3VEV A;  3VQA A;  3RR8 A;  3HRG A;  4DF8 A;  1HNW K;  4F3T A;  4LF7 K;  3I56 N;  4JV5 K;  3FZK A;  3RR7 A;  3CMA N;  3KD1 E;  3ULE A;  1YJN N;  4GW6 A;  2O8B A;  4DTM A;  3SV4 A;  2ZJQ L;  3L4Q A;  1VQO N;  1EX4 A;  1KAX A;  2VG5 A;  1N36 K;  1RDA A;  1JKH A;  1EXQ A;  4YHH K;  4FVM A;  1L5U A;  1MWK A;  3S41 A;  3VEX A;  2Z1J A;  2B6A A;  1VSE A;  1TV6 A;  4A5B A;  3CHW A;  3V1O A;  4Q5V A;  2Y1J A;  3FFI A;  4N41 A;  4CFA A;  5I3U A;  4WYB A;  2ZGY A;  5MLC Q;  1Z05 A;  2YHY A;  3QFU A;  2ZWH A;  4A2A A;  1IKX A;  1U48 A;  2QTD A;  1QZ5 A;  3OYM A;  1N6Q A;  1BI4 A;  4IZ9 A;  2YNG A;  4DV7 K;  1IBK K;  3CXC M;  4H4M A;  4CK2 A;  5AQL A;  5F1X A;  4M3X A;  1VSM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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