3H3NO

Glycerol kinase h232r with glycerol
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
AEKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 185
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO01
4FWKA 1U2VA 3U9DA 1IJJA 1S3XA 4BVPA 2J4RA 2ZGYA 4HTLA 5E26A 5FPDA 2FSKA 3LM2A 5AQXA 3R9PA 4BRNA 3WQUA 4CBWA 3O1BA 1XUPO 1NGBA 5AZJA 1HKCA 4YDUA 1P8ZA 1DGKN 2AA4A 5F1XA 3DAWA 3ENOA 1U6ZA 4B9QA 2AP1A 1ATRA 3MK6A 3B8AX 4BGAA 1QHAA 1YAGA 4EHTA 3UE5A 4CZJA 3CQXA 3O08A 5BPNA 3IUCA 4CBUA 4BC3A 4K25A 3FGUA 2HF3A 3VEOA 3WEEB 4B1ZA 4LC9B 3BUZB 3L0QA 5AQFA 5BN9A 4PKIA 2ASOA 3EO3A 1HJOA 3AAPA 4BROA 4CZIA 1QQMA 3IMXA 4O5FA 1JCFA 1C0GA 5AQKA 1T6CA 3CJ9A 5EXWA 1NGEA 4H0YB 3A5MC 1QQNA 2KHOA 4CZLA 2I7PA 4FL9A 5LY3A 1BWFO 3W3DA 4E1JA 1X9JA 1RDWX 3SLCA 3R6MA 1SQKA 2W41A 3KVGA 3ENHA 3MN7A 1GLDG 5FPNA 2VYPA 3BEXA 1GLCG 1HKGA 4BR4A 3GOIA 2W40A 2H3GX 3WUHA 4H5TA 2BTFA 4IJNA 2P9PA 1KAYA 1NGGA 2FLOA 3IFRA 4IJAA 4BRDA 3EZWA 3CHWA 4BRGA 3KHYA 2YHXA 5BPMA 1GLFO 2FSJA 4MLEA 1NGFA 4BQLA 5JLHA 2P9IB 4CZMA 3F9MA 1BO5O 4K41A 3SMSA 3CJ7A 3OHRA 2A5XA 1GLLO 4A2AA 3MN5A 2P9PB 4NO7A 3U4LA 4DHYA 3VF2A 3ZX3A 4PL8A 3FZLA 3UB5A 5B8HA 3DJCA 1SAZA 4BRKA 4CBXA 1R59O 2D1KA 4MLHA 4H5RA 5LJWA 1LCUA 4K43A 3D2EA 1X3NA 3LL3A 2DPNA 1GLEG 1BU6O 3CETA 3FR0A 5EVZA 5FPMA 4C23A 2GEMA 5AQPA 5F0XA 3QFPA 2QWLA 2IVOA 3CJ1A 2UYTA 1NMDA 4GNIA 3VGKA 5AQOA 3UKRB 4EAHD 4H5WA 3KZBA 2P9SB 3VEZA 4AM7A 2D0OA 2ZGZA 4JD2B 2CH6A 4BRPA 2D4WA 3EKUA 3CI5A 3SK3A 4CZGA 3VESA 3J8AA 4NB4A 3WT0A 3VGMA 2HF4A 4BR9A 1GLJO 5ELZA 2ITMA 4BREA 3ZETA 1DKGD 2BUPA 4B1WB 5AQMA 4FWRA 1SZ2A 3FLCO 4DQ8A 3R8EA 1G99A 3ATVA 2I7NA 1NGHA 1ZC6A 5JLFA 1XQSC 4F9OA 3FE1A 3VPZA 1T6DA 4BG9A 2P9KB 3QDKA 4H5VA 3ZETB 1ATSA 2Q97A 3MN9A 4FSVA 2QW9A 3UKUB 1ESVA 3WEEA 3O80A 1WUAA 4BGBA 1GLAG 3H3NO 3WQTA 3D2FA 1TUYA 4JN4A 3LM9A 3O4WA 2E2QA 2P9NB 4B1UB 4CD1A 3QB0A 2A42A 1NLVA 3CIPA 4XEIA 4WQ5A 2F9TA 2E1ZA 3QBWA 1HLUA 4FWMA 2Q36A 4FO0A 3VF6A 5AQIA 3S41A 5BPLA 3LDNA 5TKYA 3D2FB 3H6EA 4CZHA 5BN8A 4A61A 3P4IA 1V4SA 3RSEB 1NM1A 1YXQA 4FWPA 4WQ4C 3LDOA 3VOVA 4A2BA 3EN9A 4GY2B 3GL1A 2E20A 1E4GT 2E2OA 3O5BA 4BRAA 4BR5A 2A6AA 3H1VX 3ULEA 2E8AA 1HUXA 1DEJA 2P9IA 3ZX0A 3DXMB 2A41A 1BUPA 3HBTA 4M7XA 5AQLA 3JS6A 3ID8A 3WXIA 4O8KA 4H0PA 1CZAN 1MWKA 1BOTO 1TUUA 3H45C 3C7NB 5AFUA 3A5NC 1JCEA 4H0TB 5KPRA 3ULEB 1HPMA 2FF3B 2Q1NA 1Z05A 3MCPA 1NGAA 4H5NA 5JICA 4JAXA 4KBOA 5AQSA 3ATUA 5E84A 4BRIA 3VETA 2A40A 4PL7A 3UKRA 3VENA 5AQNA 5AQYA 2P9SA 1C0FA 4JD2A 2QWPA 4QS7A 1BG3A 1T44A 4FWNA 2IIRA 4WQ5C 5KPTA 3SMPA 3HI0A 4IWVA 3U9ZA 2FXUA 2CGJA 4J8FA 5EX5A 4ISEA 2Q31A 3EL2A 3IDHA 5KPZA 3GBTA 1K8KA 4MO4A 3CJBA 5AR0A 1KAZA 4WQ4A 1IG8A 1NGCA 2Q0UA 1ZBSA 5AZIA 5CE3A 3DWLA 4EHUA 4HWIA 3I33A 1WOQA 4ISGA 4M63C 4A62A 3SJHA 3MN6A 1GLBG 1Y64A 3L4IA 4BRFA 1K8KB 5LJVA 3HZ6A 4H0XB 2YCHA 4CZEA 2HOEA 5EY4A 4AM6A 2P9KA 4BR7A 3VEWA 1E4FT 3O6WA 3U8XA 5BRFA 4PKHA 2QWMA 3DXKB 4FPBA 4ISFA 2GELA 5AZIB 4IXCA 5AQJA 3UKUA 3L6QA 1RFQA 2YJEA 3O1WA 1J6ZA 3HM8A 1KXPA 3H1QA 2VWBA 4B1VA 4BC2A 4PKGA 3D7EO 3QICA 4Y0WA 2GWJA 5AQVA 2P9NA 2Q2RA 4Z94A 5EOYA 2V7YA 2E2NA 5AQHA 4I6MA 3TU5A 2P9UB 3CJAA 1TYQA 1LOTB 1NGJA 3QBXA 1X3MA 3CJCA 2ASMA 3QFUA 5KQ8A 1YVNA 4DCHA 2EWSA 2YHWA 4IZ9A 4CD3A 3GDQA 5AQQA 1KAXA 4JHDB 1XC3A 3VF4A 3JXUA 2NRHA 3HSCA 3RSEA 5ADXH 2NLXA 4I6MB 4EFHA 2GWKA 4CI6A 4FWQA 1TYQB 4BQZA 3LDQA 3WXJA 1MWMA 5AFUH 4RTFD 1BA1A 3G25A 1HKBA 1NGIA 2QWRA 4H0OA 1U2VB 3H46O 1QZ6A 2VCPA 3I8BA 3FZMA 4FOIA 1BA0A 3DXMA 2V51B 2IVNA 2QXLA 2QM1A 3H3OB 3WXLA 4IO8A 1Q18A 3FFKB 2YI1A 5AZJB 3MMVA 3VGLA 3VEXA 3C7NA 1RGIA 3HTVA 3AAQA 3AY9A 4CZKA 3FZHA 4EIAA 2V7ZA 4JNEA 4BRLA 3C0BA 5KQDA 3M6GA 4B1XB 4M7YA 5BREA 5ADXA 2E1YA 2A3ZA 3WXKA 1ZXOA 3ZX2A 5AQWA 3LDLA 2PAVA 1MDUB 2GUPA 5AQTA 1OKJA 4CJ7A 4L3QA 1YUWA 3O8MA 3A8YA 2YHYA 4H03B 1NGDA 4FWSA 2QWNA 2P9LA 1JCGA 2IVPA 2ZF5O 3VEYA 4BC4A 1V4TA 3QMLA 2E88A 1H1VA 4FPAA 1Z6RA 3FZKA 3BP8A 4BC5A 4XH1A 2FSNA 5AQZA 3A0IX 1EQYA 2E2PA 4WYBA 3GE1A 4YDUC 2P9LB 4QS8A 5AQUA 2F9WA 4DB3A 3VEVA 5BR9A 3CERA 4BR2A 2WUSA 1S22A 1MA9B 3DXKA 3CQYA 4FWOA 4BRHA 4FWLA 3ZEUA 4BRCA 1D4XA 5I9EB 4K42A 2FF6A 3AARA 2Q0RA 4BG8A 3A5OC 2QWOA 3BF3A 1NWKA 3A5LC 3BF1A 2HMPA 3MDQA 4XH4A 2YJFA 2P9UA 5FPEA 3D2EB 3FZFA 2GTDA 2CGLA 4MO5A 4RCHA 4BRMA 4BR0A 4FOEA 3ZEUB 5JMVA 4RWTA 4H0VB 4QS9A 3EKSA 2NZTA 3TPQA 4BRQA 3W0LA 2QWQA 4JHDA 2D0PA 2ASPA 5AQRA 1HX1A 3M1FA 5F2RA 1QZ5A 1NBWA 2CGKA 4XH5A 2OANA 5AQGA 5BRDA 1BDGA 4BVOA 2ZWHA 1ATNA 4B1YB 2CH5A 3VERA 2PBDA 1QQOA 2V52B 3GG4A 3LDPA 3M3ZA 4CZFA 5BRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O3HA 4M42A 3TSQA 3ZT3A 3U9DA 4GKKK 4O55A 3F5TA 2O8BA 4B9SA 3E9LA 5EU7A 2ZGYA 4CECA 1Z25A 1LW2A 1WBBA 5C0YA 4OGEA 3ZSYA 1P90A 4AHVA 2O8CA 3V9SA 4DG1A 1ZBFA 4DLGA 3O9QA 3ENOA 1YJNN 3CCRN 3NVKA 1YAGA 5LMNK 4I2QA 4EHTA 5GAGP 3UE5A 1YVUA 4CZJA 2O8CB 4CBUA 4CK2A 2HHVA 3LP1A 2I5JA 4CJ4A 4CJVA 4F3TA 3EO3A 3TAEA 4ELUA 4CZIA 1QQMA 1JCFA 1S9EA 3A5MC 1JLAA 1ILYA 3M8PA 4CJPA 4DTPA 3R3LA 2OTJN 4FL9A 5C2FA 1NG9A 3VA0A 4E1JA 1X9JA 3VA3A 1RDWX 2O8FA 1SQKA 2W41A 3CMAN 3KVGA 3MN7A 5FPNA 2VYPA 4B9UA 1J5EK 1GLCG 3MX2A 3NH2A 3GOIA 3HM9A 4H5TA 3PIOL 4ILHA 3L3VA 1A5WA 4AQYK 4YORA 4MDAA 3EZWA 3K2PA 4RW6A 3AGKA 3CHWA 3KHYA 2YHXA 3WNHA 3SBGA 5BPMA 3HOTA 2G8WA 2KQ2A 2O8FB 4LD0A 4Z4EA 4KV8A 5JLHA 3AVKA 4CZMA 3F9MA 1BO5O 1GLLO 1KVAA 2OPQA 4NYNA 1O1WA 5B8HA 2NRVA 2XO7A 4CBXA 1SAZA 2PFUA 5LJWA 3OYJA 1VSDA 4Z4HA 4FJIA 3KLFA 1RTIA 2OPSA 1XC9A 3QFPA 3CC4N 3THWA 3QEVA 1NOZA 2IVOA 4HUEA 1EETA 3CC7N 4EAHD 3OYLA 2D0OA 3ZSOA 1TK5A 4JD2B 4CK3A 2CH6A 3V9UA 4JKEA 2FC0A 1S1VA 4EZ6A 2JWKA 4CF2A 1BCMA 4GV6A 1IO2A 3SUQA 3WT0A 4FCYA 4DSIA 5IT9O 1JLBA 4CVNE 4LF7K 1SZ2A 1U45A 4DQ8A 4GKJK 1IKXA 4LSNA 1ASUA 4GW6A 1NGHA 2HBKA 1ZC6A 5JLFA 2NRRA 2PYJA 3AVMA 3VPZA 4FJNA 1ATSA 4FSVA 4OLAA 3C6TA 2ATQA 1WUAA 1IKVA 1QVGM 3SCXA 2EX3A 3DM2A 4JN4A 4JI5K 4C8OA 3LM9A 3VQQA 1OVYA 2P9NB 3MEGA 4I9QA 2B6AA 1NLVA 3I55N 4WQ5A 1OH8A 2QI2A 2O8EA 4FO0A 5AQIA 5BPLA 1VSIA 4BDYA 3I0RA 3JSMA 1C1CA 5BN8A 3EE9A 4A61A 3T1HK 3RSEB 4OPJA 4NCAA 1NM1A 2O8EB 4PY5A 3VOVA 4A2BA 3GL1A 4LF9K 1O13A 2E2OA 3O5BA 1KLNA 4BR5A 1HJRA 4B8CA 4FW1A 2WFBA 3H1VX 3SPZA 1VSMA 3AVAA 3VQ9A 3DXMB 3K9JA 3HBTA 4M7XA 3ID8A 3RMDA 2A1SA 3VQ6A 1VQLN 4HUGA 4M3ZA 3E9OA 1UA1A 2DFHA 3AVBA 5AFUA 1QSYA 1GOCA 1JCEA 3OYEA 5KPRA 4KAZA 4OGCA 3FFIA 4DQPA 5JICA 4KBOA 1OVQA 2IC3A 4FLXA 5T7BA 4KPYA 4KHNA 1LWEA 4N5SA 4I7FA 3UKRA 3VENA 3SPYA 1HNVA 2G8KA 2P9SA 3PLAA 4CGJA 3S3OA 2ZM6K 4KTZA 1IBLK 4QS7A 2A1RA 2HHUA 4IWVA 2FXUA 2CGJA 5EX5A 4ISEA 4WFNL 2Q31A 4CIGA 3EL2A 4CJWA 1YIJN 4JI3K 1NNEA 1K8KA 1XNQK 2VG6A 4AHSA 1QVFM 1NMNA 4CGFA 1RILA 3KLHA 3OS0A 5HROA 5AZIA 3LWLA 3RVCA 3DWLA 5KRTA 4CHYA 3ZLJA 3AO3A 4DV7K 4WF9L 4DTSA 4DF8A 1Y64A 2B4JA 1K8KB 5I42A 4CJQA 3OYDA 5AZIB 2QWMA 3HPGA 1W7AA 4DTXA 4OKEA 1JXEA 2KFZA 1RFQA 3OY9A 4DWIA 4BDZA 3RR7A 3SAGA 2PZSA 3VQPA 3OYHA 4I6MA 2QTDA 2E4LA 2BGGA 1DTTA 4CHNA 2YHWA 4IZ9A 2KZZA 3GDQA 1RBUA 1XC3A 2NRHA 1HQUA 2O4GA 1KVCA 4I6MB 2G8VA 4KHYA 3P1GA 4BQZA 3DLHA 3VTIA 1ASVA 4LFBK 3CPWM 1HKBA 1NGIA 2QWRA 4W5QA 1HQEA 4H0OA 1Q9XA 4FJGA 4KTQA 1LWCA 3ZT4A 1D8YA 3BDPA 5DM6L 2IVNA 2P5GA 2QXLA 5I3UA 2KW4A 2QM1A 1Q18A 1VQ9N 3CCVN 1WN7A 2YI1A 5AZJB 4DSFA 1EXQA 2QA4N 3PO5A 2NUBA 1RGIA 2NRXA 3AY9A 3FZHA 2V7ZA 2D0BA 4CEBA 2VWJA 4A59A 2HHQA 4JI2K 3EE8A 3HVRA 1CXQA 4ZTJA 3ZX2A 5AQWA 3RRGA 3TTDA 1KVBA 4DLEA 3O3GA 3LWMA 2W6KA 5C10A 2D0CA 4X64K 2IAJA 1XI1A 2YNGA 4KFBA 3MWPA 3O8MA 3VQ4A 3HO1A 2HBJA 4DU4A 4PA1A 2FBXA 1SUQA 2Q3SA 3QNOA 1NK9A 2GX9A 4FWSA 1OH6A 4CCHA 5J2MA 2P9LA 2IVPA 5CR4A 4FM0A 2YNIA 1VSLA 4JI4K 2E88A 4K8ZA 4DTOA 2UXBK 4DU3A 3BP8A 4IOXA 1EKEA 3DLKA 5AQZA 3A0IX 4CHZA 4B3SK 4DMNA 1TL3A 1EQYA 2E2PA 4DR6K 4WYBA 1BGXT 4DFPA 1I94K 3C95A 2P9LB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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