3H3NO

Glycerol kinase h232r with glycerol
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
AEKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 185
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO01
4BRKA 4C23A 3CJ1A 1NBWA 1S22A 2P9KA 3VOVA 2E88A 1NGDA 4FSVA 1BA0A 4BC5A 1X9JA 2QXLA 5E84A 1K8KA 3MN5A 4DB3A 2P9PB 3GL1A 4IWVA 3WXLA 4LC9B 2CH5A 2GTDA 2D1KA 2E1ZA 1Z6RA 1E4FT 3CJAA 3H45C 2QWPA 3LL3A 4H0VB 1SZ2A 2ITMA 4BC2A 3MK6A 5AQQA 4BR7A 1LCUA 2E2OA 1OKJA 1GLLO 1KAYA 3WT0A 3FR0A 1MDUB 1NGHA 4BQZA 1GLDG 3H46O 5AZJA 4XH5A 1HLUA 3M6GA 5BPNA 3ATVA 1HPMA 3VGMA 4PL7A 3FZMA 5AQVA 1BWFO 3ZETB 1NGEA 3LM2A 4BRHA 3VEZA 1J6ZA 3A5OC 3FZLA 2E2PA 2EWSA 3C0BA 4H0XB 5ADXA 5KQDA 2FF6A 2HOEA 3AY9A 3WQUA 2A40A 2CH6A 4O8KA 3I33A 4HTLA 4CZKA 5BREA 1SAZA 4ISEA 5EXWA 3MN7A 3CJ9A 4BRQA 5AZJB 3MCPA 4CZFA 5AQHA 3G25A 4JAXA 1KAZA 4FWSA 2P9SB 3H1VX 4K41A 4H5TA 2WUSA 4CI6A 3BF1A 5BN9A 3MDQA 2GWKA 4B1XB 1GLEG 5TKYA 2CGLA 3IMXA 4IZ9A 5AQZA 5AQKA 3HBTA 3L6QA 1NGBA 3WEEA 4CD1A 5AQOA 4BVPA 3IFRA 5F1XA 4BG8A 2BTFA 4A61A 2P9UB 3M3ZA 2NLXA 4DHYA 3AAPA 1Z05A 3R9PA 3EO3A 1XUPO 1HX1A 1MWKA 4H5NA 4FO0A 2V51B 3EN9A 4FOIA 3UE5A 4E1JA 1NGJA 1NLVA 4JD2B 1BOTO 3FFKB 2NRHA 3ZX2A 3FE1A 4F9OA 2P9PA 2P9IA 2YHYA 5EX5A 2F9TA 3FLCO 1E4GT 3O6WA 3SMSA 4RTFD 1BO5O 4XH4A 2ASOA 2V52B 3CERA 2AP1A 2BUPA 2D4WA 3J8AA 3VGKA 2IVPA 1WUAA 1HKBA 1KXPA 2H3GX 1QQNA 4PL8A 2QWMA 3JS6A 4CZHA 1JCGA 3U4LA 5B8HA 3M1FA 5AQRA 3MN6A 3AARA 2P9LB 2E8AA 4H0YB 2CGKA 3D2FA 4HWIA 1SQKA 1YVNA 4WQ5A 4FL9A 2ASPA 3B8AX 3EKSA 3HTVA 5I9EB 2P9LA 3BUZB 1NMDA 1QQMA 4XEIA 4GNIA 1U6ZA 4BR2A 3WXKA 2W41A 4BC4A 3JXUA 4KBOA 3UB5A 3DXKA 4A2AA 1T44A 5AQTA 1QZ5A 4H0OA 3W3DA 4CD3A 3IUCA 3AAQA 1NGAA 2P9NA 4XH1A 3VESA 2HF3A 2PAVA 1GLAG 1NM1A 4QS8A 3LM9A 1HKCA 1QHAA 3VEOA 3U8XA 1IJJA 4MLEA 3CIPA 2P9IB 2FSJA 3QFUA 2ZGZA 3ENOA 3D7EO 3CJ7A 5AQJA 2Q2RA 1QQOA 4O5FA 4EHUA 2E20A 3MMVA 1ZBSA 3CHWA 2A5XA 1MWMA 2P9NB 3GOIA 5BPMA 5EY4A 4IXCA 4GY2B 4I6MA 3WXIA 5ADXH 3WEEB 4EAHD 4H03B 1RFQA 1TYQA 2Q31A 4FWOA 3SK3A 5BRHA 5AQGA 3FZFA 4FOEA 2I7NA 3HSCA 3A8YA 1HUXA 5JICA 2A42A 2HMPA 4WQ5C 4B1YB 2QWOA 3S41A 3GG4A 1IG8A 3QFPA 2FXUA 2KHOA 3OHRA 3GDQA 4CBXA 4H0PA 2QWNA 3L4IA 5CE3A 1ATSA 3HZ6A 2I7PA 4NB4A 5LJWA 3CI5A 4H5WA 4K25A 4H5RA 3DXMA 1T6CA 2AA4A 3O4WA 5BN8A 4IJNA 4CJ7A 1RDWX 2YHWA 4BREA 2P9SA 2GUPA 2QWQA 2A41A 3VPZA 2J4RA 5AFUA 4M63C 1G99A 4BRLA 1U2VB 2Q36A 2FF3B 4NO7A 4BR9A 1DKGD 1R59O 4DCHA 4EHTA 4M7YA 2IIRA 3VETA 4JD2A 3MN9A 1TUYA 1ZXOA 1YUWA 2VWBA 4CBUA 5FPEA 2E2NA 2IVNA 1ATNA 4BRAA 3D2FB 2FLOA 5AQWA 1X3NA 4MLHA 5EVZA 4CZIA 2P9UA 3VGLA 5AQIA 4QS7A 5AQPA 5AQXA 5AFUH 5AQLA 3BEXA 4M7XA 4CZJA 4BRCA 1V4TA 4BRPA 1NGIA 4ISGA 2Q97A 4YDUC 2D0OA 5AQNA 4L3QA 3DJCA 2PBDA 3IDHA 2VYPA 4FWMA 3LDNA 1X3MA 3HM8A 2F9WA 4CZMA 3H3OB 1ZC6A 1BA1A 3DXMB 4BVOA 3HI0A 2GELA 1YAGA 1ATRA 4B9QA 5FPDA 5BPLA 3CETA 3BP8A 1GLJO 4H0TB 2A6AA 1RGIA 4BRFA 4J8FA 2IVOA 3LDPA 1KAXA 5AZIA 1P8ZA 2YI1A 3VF4A 5BRFA 5BR9A 2Q1NA 3SJHA 2V7ZA 1NGGA 3FGUA 2QWRA 3VERA 2FSNA 4IO8A 2GEMA 3BF3A 3UKRB 3KVGA 3UKRA 3ZEUA 4BROA 4ISFA 3SLCA 4CBWA 3EKUA 5AQUA 4BRDA 3CJBA 5EOYA 5ELZA 3O80A 1BU6O 3ULEA 2YJEA 3LDOA 4BGAA 3A0IX 1HKGA 2E2QA 1T6DA 1C0GA 4CZEA 4B1WB 3O08A 1H1VA 3WQTA 1HJOA 3KZBA 1ESVA 5JLFA 4B1UB 4K42A 5KPZA 1WOQA 1Y64A 3UKUA 4FWRA 4FWNA 2Q0RA 1DEJA 2ZGYA 2A3ZA 4PKGA 4FPBA 4AM6A 3VEYA 2W40A 1DGKN 2Q0UA 3P4IA 3FZKA 1K8KB 3VEWA 4FPAA 3C7NA 3EZWA 4B1ZA 2P9KB 3CQXA 3QBWA 4WQ4A 3A5LC 3EL2A 4BRGA 1LOTB 5KPTA 5KQ8A 3DXKB 2UYTA 2DPNA 3A5NC 4BR0A 3ID8A 5E26A 5FPMA 3D2EA 1C0FA 1BG3A 1GLCG 3O1BA 1Q18A 2FSKA 3QICA 2YHXA 4BGBA 2V7YA 4FWKA 4BC3A 3R8EA 3U9ZA 3VF2A 4BR4A 4CZGA 5KPRA 3GBTA 1QZ6A 2D0PA 5AQMA 4BRNA 3FZHA 3VEVA 3ZX0A 1JCEA 4YDUA 1EQYA 1NGCA 2ASMA 3DWLA 4JN4A 2GWJA 1GLBG 5JLHA 3QBXA 4FWQA 3RSEB 4Z94A 4WQ4C 1BDGA 5F2RA 5BRDA 1MA9B 5F0XA 4WYBA 1BUPA 3I8BA 1XC3A 3UKUB 3DAWA 2NZTA 1TYQB 1GLFO 3H3NO 3QDKA 2YJFA 3ATUA 3O1WA 3GE1A 3O8MA 1JCFA 2CGJA 1U2VA 2HF4A 1NGFA 4CZLA 3CQYA 4I6MB 5FPNA 4Y0WA 1D4XA 4BG9A 3U9DA 4K43A 4EIAA 4PKIA 2QW9A 3W0LA 3LDQA 3ZETA 4JNEA 4BRIA 4DQ8A 4MO5A 4BQLA 1V4SA 3ZX3A 4BR5A 5AQFA 2E1YA 4PKHA 4IJAA 3R6MA 5AQSA 3A5MC 3VENA 3SMPA 3WUHA 4BRMA 2VCPA 3H1QA 4RWTA 2YCHA 2QM1A 5LJVA 2OANA 1CZAN 3ULEB 3WXJA 4FWLA 3C7NB 1TUUA 4H5VA 4JHDA 4JHDB 5JMVA 3RSEA 3VEXA 4A2BA 3L0QA 2QWLA 1YXQA 3O5BA 5AZIB 3LDLA 4QS9A 3F9MA 4AM7A 1XQSC 4B1VA 3VF6A 3ENHA 3H6EA 4MO4A 4RCHA 3QB0A 2ZF5O 4FWPA 4EFHA 3KHYA 4A62A 3ZEUB 5LY3A 1S3XA 3TU5A 3CJCA 5AR0A 3QMLA 1NWKA 3TPQA 3D2EB 5AQYA 2ZWHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASVA 4K0KK 4E89A 3C6AA 3J81O 2QXLA 4C1NI 3CCLN 2OZMA 2X74A 3MXMA 5M1FA 3BDPA 4DG1A 5DMRA 1E4FT 3CJAA 1SUQA 1GOCA 3KKRA 4FJLA 4MQ3A 1HNVA 1LCUA 1ITGA 4E7IA 5FRMA 1A5XA 3WT0A 5M1QA 4C8NA 1VQLN 3C95A 1GLDG 1WB9A 2P5GA 3PIOL 3VGMA 4FZXC 4YOXA 3LM2A 4BRHA 4C8MA 3A5OC 2LSNA 2KTQA 3CMAN 3WQUA 3AY9A 2PFUA 2NRXA 2A40A 1I94K 5EXWA 3MN7A 3CJ9A 4CHYA 5J2PA 4DR7K 5AZJB 4CZFA 5JS1A 2P9SB 1BHLA 1KD1O 1RNHA 2O8CA 2VG5A 2WONA 4YY3K 4H5TA 1NJZA 4LSLA 2UU9K 2UXBK 3QERA 2KZMA 4DTOA 5I3UA 2UUAK 1N33K 4DR4K 3L2UA 3IMXA 5AQZA 3JAMO 4F3TA 1C0MA 2WTUA 3KK7A 4JKDA 4BE1A 3CCQN 1T05A 3HP6A 4BG8A 1N6QA 3M3ZA 2NLXA 2YHAA 3AO5A 4FLWA 2O8FB 2V51B 1NGJA 1NLVA 4JD2B 3ZX2A 4IG3A 4N41A 5EX5A 1RT1A 3FLCO 4NXNK 4ZTFA 1VRTA 5GADP 3V6DA 3SMSA 3OYMA 1BO5O 5AJ3K 4KHWA 4XH4A 1XWLA 3OW2M 2KW4A 5GAEP 3CERA 3LP2A 3NF7A 4C8KA 1WUAA 2H3GX 5A2QO 4XIUA 1Q9YA 4PL8A 1QE1A 4CIGA 3U4LA 5AQRA 3MN6A 2Q3SA 1W2BM 2P9LB 1VQ5N 4GKKK 4U67L 4PQUA 3QIOA 2XHBA 3NMUA 2X78A 2E6MA 2ASPA 4FL9A 5KGWA 4A5AA 4FJHA 3HTVA 3VA0A 2OCEA 1QQMA 4LF9K 3BY5A 1VSDA 4BR2A 2BGGA 4IKFA 4KBOA 3UB5A 2FBYA 2GV9A 5AQTA 4BE2A 1EETA 2EHGA 4CD3A 3U3YA 3UIQA 2Z1GA 3SAGA 1RTHA 4CCHA 1GLAG 1XHXA 3HVRA 4QS8A 3LM9A 4FW1A 1UA0A 1RT6A 3V1OA 3CIPA 4OPAA 4N56A 2E20A 4CHZA 1ZBSA 3CHWA 3TAQA 3F73A 3VQ7A 1YTUA 4MDAA 5EY4A 5SZTA 1BI4A 4DSIA 1RTDA 4JI5K 3NBPA 4LF5K 1RFQA 4MFBA 2HHTA 5HRNA 5CZ2A 3SBTA 3SK3A 4AHCA 1Z26A 5AQGA 4GKJK 3AVCA 1BQNA 4DQPA 4HVJA 4M3ZA 4DFKA 1KVBA 4WQ5C 3TAMA 3PIPL 2VWJA 3LANA 4ID5A 2QWOA 4LH5A 3NE6A 1NK7A 3GG4A 1SL2A 1OH6A 3AVIA 1XNRK 3PX6A 1K8AO 4M3YA 3OYFA 4B9SA 4JKFA 4NB4A 3KD5E 3PV8A 4AHVA 1KCFA 1RDDA 3ZT3A 3SV3A 2GUIA 1T6CA 3O4WA 3SAFA 3ISNC 4IJNA 4Z4HA 2KZZA 1O13A 4KH4A 3T1HK 4DMNA 2A41A 3VPZA 2JWLA 5AFUA 2ZQBA 4O5BA 5M1OA 3DMJA 2UUCK 1IKYA 4CJ5A 2O4GA 3NVMA 4BRLA 1U2VB 3KK2A 4NO7A 2F7TA 3AO4A 4M45A 1DKGD 5DM7L 3L2WA 1N34K 3VETA 2X6NA 4OVLA 4BDPA 1QTMA 4JD2A 3SJJA 2BANA 3V1QA 4BRAA 3G4SN 1CXQA 4UY8O 5AQWA 1JL1A 5EVZA 4CW7B 4IBNA 1RDCA 3I0SA 3ZT1A 3K58A 5AQLA 5TKWA 4DSFA 3BEXA 3RTVA 4BRCA 1GOBA 4BWJA 1NGIA 4BRPA 4ISGA 3SPZA 4YDUC 1TK5A 5AQNA 1JLAA 4DUYK 3THYA 1NJIO 3DI6A 4YHHK 4FWMA 4JKGB 3HM8A 1WLJA 2F9WA 4CZMA 4LSNA 1YAGA 1ATRA 4B9QA 3NVKA 4K8XA 5CR4A 3AVHA 4CERA 3SUNA 4CE9A 1RGIA 1WSJA 1XHZA 1WN7A 3NH1A 1IH7A 3L2RA 2YI1A 4JLHA 3SJHA 3ZSOA 4QOZB 4I7FA 3FGUA 4W5OA 2ZJPL 3N4QA 2X6SA 5CZ1A 4IO8A 4JS5A 2YKMA 4ISFA 4DV1K 3I55N 5AQUA 5EOYA 1KFDA 3L4QA 5ELZA 1RTIA 4DLGA 2E4LA 3LDOA 2IDOA 4CZEA 5C42A 1HJOA 5JLFA 4B1UB 1WBDA 3E9PA 4K42A 1WOQA 4FWNA 4CHPA 1NOZA 3NH2A 5FDLA 1Q7YO 2W40A 2BE2A 3VQPA 3DRRA 3AGRA 3C94A 4Z4CA 4FPAA 2ZM6K 4QAGA 4CGIA 1WBBA 1L3VA 2RHKA 1TKZA 4B3SK 3K5MA 3RMBA 1KSPA 5KPTA 4X64K 4BR0A 1TV6A 3ID8A 3CQ8A 2O8FA 3EEQA 4WE1A 1Q18A 4HUEA 2YHXA 1VSIA 3TSQA 4CK3A 3R8EA 3U9ZA 2ZJQL 3GBTA 1HYVA 3KIOA 3FZHA 4KH6A 2YKNA 5K14A 4DQQA 3ZSWA 4JN4A 4LD0A 3KWIA 4CJUA 5C24A 3ZSQA 3PSIA 2O8BB 4FWQA 4WQ4C 1BDGA 3T3FA 4IDKA 1A5VA 3DAWA 1TYQB 1RT4A 3OY9A 2Z1IA 1RBTA 3LZJA 3O8MA 3QETA 3L3UA 4K43A 3LDQA 4BRIA 2HHQA 4DQ8A 3PY8A 1WSGA 3SI6A 2G8HA 1LWCA 4YOVA 4KFBA 2G8WA 4IJAA 4CJ3A 5DM6L 2VCPA 4YOUA 3ZLJA 1VK0A 4A59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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