3H3NO

Glycerol kinase h232r with glycerol
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
AEKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 185
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO01
1GLJO 3ATVA 4O5FA 5AQFA 3VERA 4CZGA 3GDQA 3H1VX 3ID8A 4YDUA 1R59O 3KZBA 3GL1A 1X3MA 3H1QA 5AFUA 2J4RA 2V7ZA 4M7XA 1HKCA 2E2OA 1XQSC 3ZX3A 1XUPO 1NGIA 3VGKA 4BC5A 4I6MA 4WQ5C 1MDUB 1SAZA 3I33A 1NWKA 2AA4A 3D2FA 2YCHA 3M6GA 1C0GA 3WEEA 1BOTO 3EKSA 4XH1A 1HPMA 2E1YA 2YHWA 4PKHA 4IJAA 1ZC6A 4EFHA 1ATSA 4BRFA 3M3ZA 3O80A 5B8HA 3CERA 5BN9A 4CZHA 3DWLA 3JS6A 2QWMA 2FXUA 3GOIA 3W0LA 5JLHA 1S3XA 3ENOA 3RSEB 3HM8A 5EY4A 2CGLA 1KAZA 3IDHA 2V7YA 3D2FB 4B1WB 4CD1A 4IO8A 3QB0A 3R6MA 2Q0UA 5FPNA 2IVNA 4HTLA 3DXKA 4JD2B 3R9PA 1XC3A 5EVZA 1YAGA 1D4XA 2I7PA 3VOVA 1Z6RA 4H0YB 4CZIA 4BG9A 1NGDA 1EQYA 3FZFA 5AQUA 1GLCG 4FWNA 4Z94A 1GLAG 1T6CA 2W41A 3EL2A 5AZIA 1ATNA 5AQRA 4BRIA 3F9MA 1Q18A 2P9KB 2ZGZA 3CIPA 1U2VA 5AZJA 4CZJA 1MWMA 4L3QA 1T6DA 5ADXH 3WXIA 2ZF5O 5E26A 3ENHA 1NGAA 2ASOA 3A5NC 4BRNA 1NGFA 4WYBA 1U2VB 2P9NB 2PAVA 4FPAA 1RGIA 3CJ1A 3WUHA 1QQMA 4FPBA 2DPNA 4MLEA 3SLCA 4PL8A 2YHXA 1RDWX 2IVPA 4BRPA 4FWQA 2Q2RA 3LDPA 5FPMA 3WT0A 3VEZA 1G99A 5BR9A 3CETA 1BA0A 3FFKB 3VESA 2P9IA 4BQZA 4PL7A 3AAQA 3C0BA 5BPMA 3LL3A 3A5OC 3MMVA 5AQMA 3A8YA 1P8ZA 3JXUA 4I6MB 5AQVA 3R8EA 3QFPA 4H0PA 1GLBG 2FF3B 5AQTA 5LY3A 1V4SA 3IMXA 2KHOA 2H3GX 2VCPA 1DKGD 3H46O 1KAXA 5AQSA 3D2EB 4MLHA 3HI0A 3ZX2A 1JCGA 4IWVA 5KQDA 2CH6A 3VGMA 4YDUC 4EHTA 2VWBA 4H03B 1RFQA 5EOYA 4BRCA 3FR0A 4NO7A 1BUPA 2UYTA 4IZ9A 3O4WA 1BG3A 5AQIA 3U9DA 3VEWA 2D0OA 1HX1A 2BUPA 4JHDA 4O8KA 3CJCA 4M7YA 1KAYA 3SMSA 4EIAA 1TYQB 3UKUB 3BF3A 3BUZB 1HJOA 1V4TA 2E88A 3ATUA 2F9TA 5F0XA 5KPRA 2NZTA 3WEEB 5BPNA 3FZMA 1SZ2A 1IJJA 3TU5A 4JNEA 3VEXA 3GG4A 4FSVA 1H1VA 3MN6A 1WUAA 4ISFA 1BU6O 3CI5A 3DXMA 1TUYA 2GWJA 1T44A 2AP1A 5AQPA 1Z05A 1ZBSA 3O6WA 4Y0WA 3EN9A 3ZEUA 4PKIA 5JMVA 4FWKA 4MO5A 4BC4A 4RWTA 1HUXA 1GLFO 3S41A 5BREA 4DCHA 3WXJA 4RCHA 4B9QA 3FLCO 3MCPA 2HOEA 4FWRA 2P9KA 3QMLA 4CBWA 2NLXA 4LC9B 1BDGA 1NM1A 1X3NA 1MWKA 4H5NA 5AQQA 3BEXA 2YJFA 2E2PA 2QWNA 1CZAN 2QWOA 2E2NA 3OHRA 2QWPA 3H45C 1HLUA 3FZHA 3LDQA 3W3DA 4IXCA 3CQXA 2ZGYA 3ZX0A 4H5WA 1NLVA 3VENA 3WQTA 3HSCA 2A41A 3LDNA 5KQ8A 3WXLA 2V52B 4XEIA 4BREA 4EAHD 3HTVA 2ZWHA 4BRMA 3G25A 4XH5A 4AM7A 3HZ6A 3VF4A 3O8MA 2E20A 5KPTA 3AAPA 4FL9A 3ULEA 1GLLO 3M1FA 5F1XA 4CZLA 1DGKN 4BRKA 4KBOA 1QQNA 4NB4A 3LM9A 1OKJA 3MDQA 5TKYA 3SMPA 1NGJA 5CE3A 1GLDG 4J8FA 3L6QA 3WQUA 2QWLA 2D1KA 3C7NA 3UE5A 3IUCA 1QZ5A 3BF1A 4A2BA 4B1XB 1TUUA 4E1JA 4ISGA 1S22A 3UKRA 4BR4A 3IFRA 5AQOA 4BQLA 5E84A 2FLOA 4BR2A 2P9SA 3LM2A 1K8KB 3AARA 3B8AX 3EZWA 4H0XB 5EXWA 3H3OB 5LJVA 2GTDA 3FGUA 3FZLA 1E4GT 3O1WA 4BR0A 4QS9A 5FPDA 5JLFA 5AQYA 4BR7A 3A0IX 3VEYA 5BPLA 3AY9A 1E4FT 3U4LA 3DJCA 2P9PA 3CHWA 3UKRB 2YHYA 4H5VA 3QBWA 1ESVA 1MA9B 1WOQA 2ASPA 2E1ZA 4RTFD 3VF6A 5KPZA 3L0QA 1K8KA 3RSEA 3LDOA 4FO0A 3CJAA 5ADXA 2P9PB 4HWIA 2GEMA 2EWSA 1NMDA 5AR0A 3ZETA 2QM1A 4BC3A 2IIRA 3L4IA 2Q1NA 3SK3A 2FSJA 2ASMA 1BWFO 4GNIA 1NGBA 3U8XA 3GBTA 1GLEG 2P9SB 5I9EB 4H5RA 3FZKA 4BRAA 1BA1A 2CGKA 2HF4A 4BRLA 1NGEA 4BC2A 2ITMA 2D4WA 3ULEB 4QS7A 4BRQA 2QWQA 3VEOA 5BRHA 5AQHA 1Y64A 4BGBA 4M63C 2A42A 1ZXOA 2IVOA 3MN9A 3VEVA 2E8AA 5F2RA 4CI6A 5AQGA 2QW9A 3I8BA 4CZMA 2Q97A 5AZJB 4A2AA 5BRDA 1BO5O 2CGJA 3D2EA 4AM6A 1KXPA 3EKUA 4CZEA 1JCEA 1NGHA 3H6EA 2VYPA 4B1ZA 3O5BA 3QDKA 4FWMA 2HMPA 3ZETB 4BROA 2PBDA 3KVGA 4ISEA 4CZKA 5BRFA 3O1BA 4FWOA 2FSKA 4BR5A 4BVOA 3H3NO 5AQXA 4K41A 3VF2A 3D7EO 4BRHA 2YJEA 4H0OA 5AQZA 2P9IB 3GE1A 4DHYA 4IJNA 4JN4A 4DQ8A 1NGGA 2E2QA 4PKGA 1QZ6A 4B1VA 3MN7A 4QS8A 1NBWA 4WQ4A 4F9OA 4JAXA 3HBTA 4BG8A 2V51B 1HKBA 3MN5A 2FF6A 5ELZA 3J8AA 3FE1A 1YUWA 3P4IA 5LJWA 1IG8A 3UKUA 1ATRA 2F9WA 3DXKB 4JD2A 3UB5A 2P9LB 4A61A 3VETA 4K25A 4H5TA 5JICA 1C0FA 1LOTB 5BN8A 3CQYA 4CZFA 5FPEA 2Q31A 2A5XA 1JCFA 2NRHA 3CJ7A 3C7NB 4XH4A 1DEJA 1YVNA 2WUSA 4BR9A 1QQOA 3EO3A 3WXKA 3SJHA 4BGAA 2HF3A 2GWKA 4WQ4C 2CH5A 4CBXA 5AFUH 2A40A 4FOIA 2P9LA 3ZEUB 1LCUA 4A62A 4B1UB 2BTFA 2I7NA 4H0VB 3O08A 5AQLA 4BRGA 2GUPA 4GY2B 2A6AA 5AQJA 3DXMB 3LDLA 1NGCA 3CJ9A 3A5LC 1X9JA 4B1YB 4JHDB 2W40A 3MK6A 3BP8A 3TPQA 2Q36A 2YI1A 3CJBA 4BVPA 2P9UB 5AQKA 1HKGA 3QICA 2FSNA 1SQKA 1J6ZA 2D0PA 4CD3A 1TYQA 5AQNA 3VPZA 4FWLA 2Q0RA 4BRDA 1YXQA 3VGLA 4CJ7A 4WQ5A 2GELA 3U9ZA 1QHAA 4FWSA 4CBUA 4FOEA 5AQWA 4K42A 4EHUA 3QFUA 4MO4A 2A3ZA 4DB3A 3DAWA 4FWPA 5EX5A 3KHYA 2OANA 2P9NA 5AZIB 2QXLA 4K43A 2P9UA 3A5MC 2QWRA 3QBXA 1U6ZA 4H0TB 4C23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQFA 3OYBA 2X6SA 3AO4A 1NJIO 2WC9A 2V7ZA 2HNZA 3RRGA 1XQSC 3AVAA 3F2KA 4BC5A 1MDUB 2OZMA 4QOZB 1SS6A 3MXIA 1C0GA 2W6LA 2I5JA 2Z1HA 4DR2K 2QTDA 1ZC6A 1S9EA 1M90O 3THWB 3M3ZA 3V9ZA 1Q9YA 3JYTA 3DWLA 3JS6A 3PX4A 4DR4K 4MDBA 2HB5A 3RSEB 1HR0K 4B1WB 3CCEN 3QB0A 3AVNA 4HUEA 4GKKK 1N6QA 3CCVN 1SL2A 4V19S 3R9PA 5EVZA 2X74A 2NRZA 5CYMA 4I9LA 2I7PA 1RBRA 1CXUA 1NK0A 4DTSA 4F4KA 4DR6K 3DI6A 4DTUA 4GV9A 4M3YA 2HHUA 1ASWA 3KJVA 4DFPA 1TKZA 3LAMA 1NK7A 1ATNA 2D0AA 4FZZA 2GUIA 3AVFA 3TSPA 1IKYA 2P9KB 4R5PA 4JEPA 3AA2A 1TGOA 3NVKA 5AZJA 3DOLA 4CZJA 1ITGA 5ADXH 2Y1JA 1RDDA 3J80O 3ENHA 2UU9K 3LANA 5C0YA 2BH1A 5D3GA 1EWQA 1G15A 4BRNA 1VQON 2PAVA 4UY8O 1JLBA 1M1KO 3M5RA 5IT9O 4JKGA 4MLEA 4CIEA 3NHGA 1A5XA 5M1OA 3RMAA 1KFDA 3M8RA 4BDZA 4BRPA 3P31A 3EYZA 4F3OA 1BGXT 3LDPA 4BE1A 3WT0A 3TAMA 3SBGA 2F7TA 5J2PA 2P9IA 3IAYA 4I6MB 3JXUA 2O8EB 1GLBG 2XY6A 1N33K 3JAMO 5HOOA 1RT5A 1YTAA 3H46O 5AQSA 3D2EB 4NCBA 5M1KA 4KKOA 1JCGA 4IWVA 4X65K 5KQDA 1YJNN 1SKSA 2WFBA 5A2QO 4H03B 5EOYA 4K8XA 1W9HA 3FR0A 1BUPA 1VSDA 4HTUA 1LWFA 1TL3A 4RG8A 4HHTA 1J5OA 3VQCA 3HPGA 4OVLA 3UKUB 1OH8A 4HVJA 1VQ5N 4DTXA 4A5AA 3PV8A 5FLXO 2LSNA 3THYA 2NZTA 3ZSQA 3T1AA 1SZ2A 1NJZA 3ASMA 4JNEA 4ICLA 1D8YA 1H1VA 4E1MA 2ZJRL 1BU6O 3VQAA 3CI5A 4A59A 4JLHA 2P51A 5AQPA 4AH9A 1Z05A 4YY3K 4M3ZA 3ZT0A 4PKIA 4FWKA 3L2RA 4FJ9A 3M8SA 1GLFO 3S41A 4DCHA 1NK8A 2BANA 4RCHA 4B9QA 4H4MA 1J9AA 4FWRA 4KFBA 3AVGA 3SV4A 4CBWA 5JS2A 2KTQA 1MWKA 4H5NA 4DV6K 4OLAA 1CZAN 2IDOA 2JGUA 3VQ9A 4X66K 3W3DA 3CMAN 4IXCA 4GKJK 3FFIA 4H5WA 1OVQA 1NLVA 3VENA 1WAFA 2A41A 3P1GA 3VMFB 4BREA 4GV3A 3G25A 4XH5A 4UQGA 4JI0K 4C8NA 4Q5VA 3WXMB 3VF4A 4DV4K 3O8MA 5HBMA 4DU3A 3AAPA 4FL9A 3KWIA 1QQCA 1GLLO 2JWKA 2B6AA 4CFDA 1DGKN 1QQNA 2HBKA 3NCIA 3SMPA 4W5TA 1NGJA 5HRSA 4A5BA 3L6QA 3PIOL 3AVMA 2D1KA 3G10A 3OYGA 2UUBK 3AVJA 3THYB 2XY8A 1JLQA 3QETA 3UE5A 3IUCA 3C95A 4AHTA 3OYAA 3UKRA 4WE1A 3IFRA 1RDUA 3G71N 3SNNA 3SPYA 2P9SA 1K8KB 1VRUA 2DFEA 3EZWA 4JI8K 1S6PA 1JL2A 1SL0A 2RF2A 4BR0A 4CEDA 2VWJA 5FPDA 1IBMK 3VEYA 2O8EA 5KI6A 3QBWA 5J2QA 4FJ5A 4DG1A 3M8PA 2HHXA 3MEDA 4DUYK 1L3SA 4HWIA 1RTDA 2PZSA 4KHNA 3VQ4A 3ZETA 3HRGA 3ZSRA 1ZBIA 2FSJA 4JKGB 1NJXA 3K5MA 5C12A 5CZ1A 4DV1K 2DY4A 1NGBA 3O9QA 3GBTA 1GLEG 3LP0A 3T3FA 1J53A 5I9EB 4H5RA 3KKSA 4FJGA 1QHTA 4DLGA 1VQ7N 1TAUA 2QI2A 2PY5A 3SUNA 1NGEA 5HP1A 3CFOA 2D4WA 3ULEB 1L3TA 4BY9C 4QS7A 3VQDA 4CF2A 1EP4A 3AVLA 2RHKA 3THXB 1HNIA 2QWQA 1C1CA 3OBYA 4ZTFA 1TK0A 3AA5X 4OKJA 1ZXOA 4CI6A 3VEVA 2W6KA 3BDPA 3PLAA 5AZJB 4A2AA 3S3MA 4JKEA 3OYIA 2CGJA 3D2EA 3HL8A 3OVNA 3SUQA 4I7FA 4DR7K 1TKXA 1C0MA 4DR5K 3QDKA 3L2QA 1JLEA 2HMPA 3TTCA 4BROA 2PBDA 4EP4A 3KVGA 3OA9A 2ZQBA 1BISA 1EO1A 4NXNK 2FC0A 3OYEA 4BR5A 3NH1A 3LZJA 4BE2A 1YIJN 1HJRA 1A5WA 5FRNA 4DQ8A 4DHYA 1NGGA 3Q7CA 3DLHA 4N41A 3MN7A 4PY5A 1U45A 2F8TA 5HRNA 3HBTA 5HROA 2V51B 2FF6A 3D0PA 2UUAK 4JI6K 1RDAA 4PUOA 4C8KA 2O8CB 5LJWA 1IG8A 2P9LB 1BL3A 4Z4HA 4K25A 5JICA 4LSNA 2HVHA 1RBVA 3CQYA 1Z26A 3AVBA 4LFAK 4LF5K 1QS4A 2Q31A 3C6UA 3CG7A 4E7JA 5HRRA 3J7ZO 4XH4A 1DEJA 1S1UA 3KLEA 4BGAA 1UOCA 3M8QA 5GAHP 4CBXA 5AFUH 2A40A 4M42A 2HNYA 4A62A 4F3TA 4HCCA 1JLGA 2I7NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GLJ O;  3ATV A;  4O5F A;  5AQF A;  3VER A;  4CZG A;  3GDQ A;  3H1V X;  3ID8 A;  4YDU A;  1R59 O;  3KZB A;  3GL1 A;  1X3M A;  3H1Q A;  5AFU A;  2J4R A;  2V7Z A;  4M7X A;  1HKC A;  2E2O A;  1XQS C;  3ZX3 A;  1XUP O;  1NGI A;  3VGK A;  4BC5 A;  4I6M A;  4WQ5 C;  1MDU B;  1SAZ A;  3I33 A;  1NWK A;  2AA4 A;  3D2F A;  2YCH A;  3M6G A;  1C0G A;  3WEE A;  1BOT O;  3EKS A;  4XH1 A;  1HPM A;  2E1Y A;  2YHW A;  4PKH A;  4IJA A;  1ZC6 A;  4EFH A;  1ATS A;  4BRF A;  3M3Z A;  3O80 A;  5B8H A;  3CER A;  5BN9 A;  4CZH A;  3DWL A;  3JS6 A;  2QWM A;  2FXU A;  3GOI A;  3W0L A;  5JLH A;  1S3X A;  3ENO A;  3RSE B;  3HM8 A;  5EY4 A;  2CGL A;  1KAZ A;  3IDH A;  2V7Y A;  3D2F B;  4B1W B;  4CD1 A;  4IO8 A;  3QB0 A;  3R6M A;  2Q0U A;  5FPN A;  2IVN A;  4HTL A;  3DXK A;  4JD2 B;  3R9P A;  1XC3 A;  5EVZ A;  1YAG A;  1D4X A;  2I7P A;  3VOV A;  1Z6R A;  4H0Y B;  4CZI A;  4BG9 A;  1NGD A;  1EQY A;  3FZF A;  5AQU A;  1GLC G;  4FWN A;  4Z94 A;  1GLA G;  1T6C A;  2W41 A;  3EL2 A;  5AZI A;  1ATN A;  5AQR A;  4BRI A;  3F9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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