1QVGM

Structure of cca oligonucleotide bound to the trna binding sites of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvgM00
3CCRN 1QVGM 1YI2N 5DM7L 3PIOL 1YJ9N 1QVFM 2ZJPL 4IOAL 3G6EN 2ZJQL 3G4SN 5GAGP 1VQ5N 3CPWM 1VQNN 2ZJRL 3CMAN 1KC8O 1VQ8N 4UY8O 1YJWN 4WCEL 3I55N 2QEXN 3CC7N 3CD6N 1KQSM 5JVGL 3CCEN 5HL7L 1K9MO 1Q82O 4WFBL 3CCMN 3CCUN 3CCQN 5GAHP 1W2BM 5DM6L 5JVHL 2OTLN 3CC4N 5MLCQ 3I56N 3CCSN 5GAEP 4WFAL 1VQLN 1S72N 3OW2M 1YIJN 3PIPL 1Q86O 1Q81O 3CXCM 1VQ4N 3CF5L 1VQ9N 1JJ2M 4IOCL 1VQ7N 4IO9L 1N8RO 1VQON 1M90O 3CCVN 2OTJN 1M1KO 3CC2N 5GADP 1OVYA 4WFNL 1VQ6N 1ILYA 1NJIO 3CCLN 1VQKN 5H1SQ 2QA4N 1K73O 1VQMN 4WF9L 1Q7YO 1VQPN 1YHQN 3DLLL 3CMEN 1YJNN 3G71N 3J7ZO 1KD1O 1K8AO 4U67L 3CCJN 1YITN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWMA 3I33A 1UWBA 4FJ9A 3SAGA 3TU5A 5AZJB 3HM8A 1JKHA 4J2EA 4CZFA 1I3AA 4BC4A 4C8MA 1X3MA 3GE1A 2P9UA 3K2PA 3S3MA 5AQTA 1HQEA 3O8MA 4BRAA 4CJ7A 3OA9A 4QS7A 4H8KA 4JI1K 1KC8O 1NNEA 1S5JA 3KKRA 4NYNA 1FKPA 2QXFA 1BQNA 3SNNA 5LMNK 1U4BA 1JLBA 4B08A 3CD6N 1KQSM 3U9DA 5T7BA 1TV6A 3OYLA 3ITHA 4DV7K 3RRHA 2P51A 1RNHA 3FZMA 2O8BA 4OPJA 2IGIA 5AZIA 1YVNA 3OYGA 2ETJA 3NDKA 1SAZA 1BG3A 1L3VA 3SAFA 1TYQB 3VEOA 4RW7A 5LMUK 1Y64A 4FLVA 1UAXA 1BU6O 3PIPL 3RR7A 3K0SA 3OVNA 4N56A 4N5SA 2GELA 3MN6A 3CF5L 4LSLA 3FZHA 4KTWA 3M8PA 4CFDA 1OH6A 3GL1A 2QXLA 4B9NA 2EWSA 2HNYA 2BGGA 3ZETB 4BRQA 1M1KO 1EP4A 3OY9A 2E4LA 4MO5A 3OHRA 3RRGA 2PY5A 3P39A 2GWKA 4M3WA 2P9IA 3RR8A 3BEXA 4R79A 5AQQA 1QTMA 1FW6A 3O9RA 3ID8A 1T3VA 4EHUA 4NCAA 4YOTA 1TUUA 2W6LA 4JS5A 3SMSA 4B1ZA 4GKKK 1QSLA 4NB4A 4KHPK 2ZF5O 3QBWA 1VRUA 4I2QA 3AY9A 3O3GA 2GWJA 4MQ3A 1ATNA 4FPBA 1LAVA 3ZX2A 1QVFM 5AR0A 1LAWA 1WSHA 2FBYA 3MEDA 3FLCO 3DRSA 4CEEA 3MDQA 3AVJA 3LAMA 3I0RA 2QKKA 4PQUA 1HR0K 4O4GA 3ZYYX 3ATVA 5BRFA 4B3SK 4IG3A 3O4NA 1VQ8N 2Y1IA 2PYLA 4KFBA 1JXEA 3MWPA 4B8AB 4H5NA 3NBPA 3CM5A 3EY1A 4IBNA 4DTOA 1QZ6A 1SUQA 3D2EB 3VQQA 1CLQA 1IG9A 3CQXA 4AM6A 1ASUA 1BDGA 3T1YK 3CCUN 4CZHA 2PYJA 3QEPA 4DR6K 1ATSA 1Z26A 4U7BA 4BWJA 3M1FA 4FO0A 2DFHA 3ZSWA 4KKOA 1BA1A 5BR8K 4CJUA 2HHWA 4DV2K 4OGEA 4JKCA 5AQOA 3TSQA 1NK8A 1REVA 1IJJA 2FSNA 3P83D 5KGXA 4LFBK 2QWMA 1JJ2M 3DXKB 1NKBA 4ICLA 2O8DB 4E1MA 4IO9L 4ZTFA 3OYNA 2VCPA 4M45A 5HRPA 5CYQA 3V1QA 3ZSQA 4B3TK 1BCOA 4IEIA 5AQJA 1U2VA 3SV3A 3KK2A 2V51B 4FJGA 1VQ6N 1EWRA 1XMQK 4BRGA 3NF7A 4XIUA 5IT9O 3GBTA 5I42A 4B9MA 1U45A 1K73O 2HNZA 1NGHA 1T6CA 2A40A 1VQPN 3LL3A 3AVCA 4FLYA 1NKCA 2IC3A 2RE2A 4KHYA 4OLBA 3SQ0A 1DGKN 4DV1K 2B4JA 2DTUA 2HB5A 3LDOA 4CZJA 3CCRN 2OANA 1ZXOA 3TTDA 3WXLA 1NBWA 3I8DA 4ILGB 3A2FA 4RG8A 1QZ5A 3EKUA 1FKOA 3U8XA 3H1QA 4FZXC 1IKWA 4JN4A 4H0TB 1VRTA 4O5BA 4O44A 4BVOA 3TANA 2YJFA 5M1NA 4B1UB 1NK6A 3SJHA 5GIPA 1Z6RA 3ZX0A 3LZJA 1OH5A 2I7PA 4DTRA 3LP1A 3VPZA 3VQ7A 4FCYA 3V6DA 3R3LA 5EOYA 5C2DA 1HJOA 1RBTA 2DPNA 5HP1A 3OBWA 4CFCA 2UUBK 4CECA 4FZZA 3VQBA 3CCEN 3HL8A 3VETA 1T03A 3O4WA 2NNWA 4JI4K 4BC5A 4DR7K 4DV6K 4NLBA 1TK0A 1GLCG 2KQ2A 3R6MA 4AHUA 4JI5K 1C6VA 3KLFA 4NXNK 2E6LA 4OPAA 5FPNA 2XY5A 2HVIA 4FW1A 3OYBA 4C1NK 1ASVA 4JHDB 3DOLA 4OJRA 2KLAA 4CK2A 2D5RA 3MN5A 4BWMA 4BQZA 3WXJA 4DQPA 1W0HA 3TSPA 4CEZA 4G9ZA 1NJWA 1E3MA 2P9KA 3A8YA 4C1NI 1BISA 5KQ8A 3TWHA 3IKMA 3TAGA 3MCAB 3CC2N 3SBGA 1OVYA 4DFMA 4BE2A 3VA0A 3SV4A 5H1SQ 4AILC 3MECA 1JLQA 1C1AA 4YORA 4KHWA 3V1RA 3OJUA 5C12A 3HTVA 3ZSVA 3HRGA 4F9OA 2E2QA 4CZEA 4ELTA 4AHCA 3KHYA 3G71N 1D5AA 1S9GA 4OX9K 1WUAA 3SYZA 3WUHA 4B1YB 3UB5A 3CCJN 4C8OA 3RVCA 4BRMA 3T69A 2P5GA 4DFKA 4DS4A 3KKSA 3TAEA 4PY5A 4YOXA 3HJFA 3AVHA 1YT3A 4H5TA 3WXIA 4CZLA 3VEYA 4FYDA 2XRIA 2UXDK 4AH9A 4XH4A 4CIEA 1L3UA 4K8ZA 3VEWA 2WUSA 4OO1J 3OYMA 2NRTA 2ZE2A 2ITMA 1NGGA 1HYVA 1SS6A 2ASPA 3QEWA 3CJBA 5DK5A 2W6KA 3SI6A 4RWTA 3QICA 1IBMK 3CYMA 2VQFK 4Z4GA 4JAXA 3QERA 5FLXO 4KV8A 3B6PA 1UOCA 3MXMA 1SL2A 1TL1A 3PSIA 4JKGB 2HHVA 3FFKB 1BQMA 4F4KA 3SQ4A 1N36K 3L2WA 3HVRA 3ATUA 3NGYA 3DLEA 4H0XB 5F1XA 1QQNA 2D0PA 3FGUA 1RTIA 1OH7A 1ESVA 2E1YA 5LJWA 2O4GA 3GOIA 4FVMA 3NCIA 1SV5A 5KPRA 2P9NB 3H08A 3VTHA 3OYCA 2Z1HA 1TK5A 1DLOA 3CXCM 3WNGA 1I39A 1RGIA 3RSEA 4E1JA 3QEIA 4NCBA 2IAJA 4MLHA 4MFBA 1NGDA 3TAMA 3THYA 2E1ZA 1LWCA 2WC9A 3KVGA 4DTJA 2Q36A 5BREA 3O3HA 4B3OA 2DFFA 4I9LA 2O8CB 3S9HA 2IIRA 4BRDA 3CCLN 3LAKA 1RFQA 2Q1NA 5IWAK 4CHNA 3R1XA 3O3FA 4DV0K 2E2NA 1RDDA 1YXQA 2GUIA 4N76A 3C65A 4KTZA 3MX5A 1HRHA 2FBVA 2YNHA 4U67L 4ISGA 1C1CA 4CZGA 3HP6A 5E41A 3O9UA 2X6NA 3C6AA 1VAZA 1YI2N 4F8RA 1VSJA 1C0FA 1HKGA 2X74A 4H4OA 2F4VK 3NH0A 1HJRA 4CEAA 2HHUA 4BG8A 5M1OA 2RKIA 2ZGZA 3NFAA 5AQGA 4JD2B 3SJJA 3MEEA 1X9JA 3SUPA 1VSFA 3H46O 3SK3A 3VQEA 3C95A 1NMDA 1QSYA 4JI6K 3QFUA 4IDHA 1YTAA 4Z4HA 4JV5K 5KGWA 1K9MO 3WQTA 2A6AA 1S6PA 3UIQA 4WFBL 3EZWA 4CHZA 3V9XA 3HOSA 2CGLA 4FSVA 4JK9A 5DM6L 3S3OA 4FWNA 4CJWA 3ZT1A 4W5RA 1JLEA 3KLHA 5J2QA 4CF9A 3HI0A 5CHIA 1KXPA 2Q0UA 3CJ7A 3G10A 4HWIA 4CHQA 5CZ1A 3AVBA 3THXA 4I6MB 3KJVA 2IVNA 3K9KA 1NGCA 3FR0A 4PKIA 3NH1A 3NHGA 2Z1GA 3LALA 3VGMA 3C6TA 1ZBUA 3ZT4A 2CH5A 4IO8A 3CJCA 4BRHA 4Y0WA 3VEVA 3PO4A 2VWJA 4NYFA 1NM1A 2D1KA 3V9ZA 2D0AA 3RTVA 5KI6A 3M8RA 2XY6A 3AA5X 3LP2A 2XY7A 1E4GT 3QESA 1XI1A 2OYQA 2KFZA 1NK0A 3WEEB 3J7ZO 4I7FA 1XQSC 1Z25A 1HNVA 1A5WA 3QNOA 2OZSA 1IKVA 1KFSA 3VGLA 3ZSYA 4CJFA 5C42A 3KD5E 3ZX3A 3AGRA 1CXUA 3L2RA 4CEOA 3HSTB 4FWRA 4IOAL 5ADXA 3G4SN 5GAGP 4FWKA 4NXMK 1N34K 1VQ5N 1EQYA 3LP3A 4K25A 3OS0A 1EX4A 3AVIA 4CD3A 4IEEA 4B9QA 2ZJRL 3SQ1A 4M3YA 2Q97A 1K8KA 1YJWN 3FE1A 4WYBA 5C0YA 1GLEG 3D2FB 2AP1A 3N4PA 3THWB 4CCHA 2G8VA 4CK3A 2Z1IA 1BI4B 4B9TA 4V19S 3ID6A 2BTFA 5JICA 1KCFA 5JVGL 1X1PA 4AHRA 3D0PA 4C8KA 4BR0A 1P8ZA 4LY7A 3CJAA 3ZSRA 2QWPA 5AQMA 1RT7A 4DB3A 1IG8A 5C2FA 5KRTA 4E7HA 3ZT0A 1CXQA 5ADXH 4KRFA 2QK9A 4DG1A 1C0GA 1ZBSA 4EHTA 1S72N 2UU9K 4CF0A 1NJYA 2WFBA 3AVLA 1KFDA 1JLAA 5HROA 4DQIA 3AARA 3UKUA 4CVNE 4BQLA 4WE1A 4AQYK 3HO1A 3J80O 2O8FB 3P38A 4DSEA 1RTJA 1SL1A 1RDAA 2GBZA 4PHTX 4OLAA 3GDQA 1TUYA 4CJTA 3NGIA 2O8EB 5DMRA 1WSGA 4EZ6A 4FOIA 3LWMA 1C1BA 3TTCA 4BG9A 4CBWA 4QCLA 4BRLA 2V7ZA 3NF8A 4PUOA 2QWQA 4A2AA 2HBMA 4KB1A 2A41A 2NRWA 3ASMA 1WN7A 3CI5A 3KK1A 4ID5A 3EE9A 1QE1A 1W97L 4HUFA 1WOQA 4BDZA 4O8UA 3L2VA 3DI6A 4KREA 2G8HA 1XC3A 2O4IA 1EKEA 5BRHA 4DQSA 3AO5A 2P9PA 1J9AA 2ZJPL 3CFRA 1N5YA 4JK8A 3QEXA 4CJ4A 3THVA 3H1VX 3CJ9A 4FWPA 4E7LA 4QAGA 4KPYA 4YDUC 4KI6A 4OKJA 4CFAA 3EYZA 1XHZA 3ULEA 4DTNA 4WCEL 3F5TA 4DU3A 1LCUA 3VQ9A 3OJSA 2QEXN 4M7YA 1RT6A 2QM1A 5BPLA 1L3SA 1X9MA 4CHPA 2E2OA 3AAQA 2YHWA 5I3UA 3ULDA 3EKSA 1ZC6A 2P9LA 5JLFA 4GV9A 1RTDA 2YX6A 3C6UA 2J4RA 3K5NA 3D6RA 4KH4A 4PWDA 4AHTA 3VEZA 5FROA 3C7NA 4ISEA 3CCSN 3H45C 1YIJN 2QTDA 1QS4A 4H03B 1RILA 3NF9A 5FPEA 3RMCA 1S1VA 5FPDA 3OYHA 4M3UA 3SUNA 3ZCMA 4FJ5A 1MA9B 5AZJA 1O1WA 4BE1A 3WQUA 5EY4A 3SLCA 4FWOA 5BR9A 1N33K 4FM1A 3NMUA 5M1PA 4DTUA 2IOCA 4PL7A 2PZSA 1R59O 1N32K 4B9UA 3LM9A 4B9LA 3BUZB 2IVOA 3WXKA 4NO7A 4JKDA 3V1OA 4LF7K 4H0VB 3NF6A 4HCCA 2RPIA 1QHAA 1DTTA 4CJPA 2QI2A 4FWQA 1Q9YA 3KK7A 1KAZA 2HVHA 2UUCK 5LL6Z 3BDPA 4OKEA 4DSFA 1JLGA 3T1HK 2D0OA 1BA0A 1IBLK 1RT4A 1L3TA 4O8KA 4E7KA 1D9FA 3SAHA 1N6QA 3V9WA 4C8LA 1YJ9N 5HRNA 4K42A 3HT3A 1OVQA 3SUOA 4BR2A 4IZ9A 5HLFA 4JYAK 1SL0A 3VQ5A 1IKYA 4CGFA 1TYQA 1VSKA 3I8BA 1RDCA 1BUPA 3IRXA 3J7AP 3SBTA 5B8HA 5SZTA 4GV6A 2CGKA 4FVUA 3IUCA 1V4TA 4H5VA 1U6ZA 2HHSA 1O13A 4HHTA 2NLXA 1KVBA 4LC9B 3CETA 2A1RA 4CBUA 3QETA 3HSCA 2QW9A 3DM2A 1KAYA 2XY8A 1WSJA 4H0YB 1S6QA 3DLRA 3ZETA 2YV0X 3PX4A 2W41A 3TPQA 1RCHA 4K43A 2PBDA 5MLCQ 4LF9K 4FJ8A 4JKFA 3BF1A 4IWVA 1NOZA 3R9PA 3LDSA 4K8XA 4BE0A 3QO9A 4DCHA 4NCGA 2HSTA 3AO1A 3K5LA 2YHYA 4Y1DA 3LDNA 5CYMA 1A5XA 3EL2A 3HM9A 3K57A 4LF4K 2HW3A 3SUQA 4CJRA 4CJ5A 5FRNA 4A57A 4RCHA 2V52B 4DR1K 2BH1A 2DY4A 5GADP 3QEVA 3DXMB 3L4IA 3IS9A 3V81A 4BR9A 5SWMA 2X6SA 5BRDA 3AVNA 3CERA 4FM2A 4DFJA 3CJ1A 4FJJA 1BWFO 1RBSA 3O4QA 2EHGA 3KWGA 3O80A 3CMEN 2OZMA 3NAEA 4W5TA 1WSEA 2NUBA 4IFEA 4BDYA 3J7YP 5AQXA 1LW2A 3FZKA 3D2EA 5A2QO 1HMVA 1W9HA 2XHBA 5D3GA 5DM7L 3AVGA 4M3RA 4KAZA 3WNFA 3PO5A 1WAJA 1BIZA 3T1AA 3G6EN 4CGDA 1NK9A 1J5OA 4J2DA 5GIOA 4FJXA 1G99A 3CHWA 4FJKA 1V4SA 3L0QA 4W5OA 3V4IA 2QKBA 1UA1A 3OS1A 2A42A 4F2SA 3A5OC 4YDUA 2YNFA 4BRFA 3O9TA 2HHHK 4PA1A 3U4LA 1Q9XA 4I9QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCR N;  1QVG M;  1YI2 N;  5DM7 L;  3PIO L;  1YJ9 N;  1QVF M;  2ZJP L;  4IOA L;  3G6E N;  2ZJQ L;  3G4S N;  5GAG P;  1VQ5 N;  3CPW M;  1VQN N;  2ZJR L;  3CMA N;  1KC8 O;  1VQ8 N;  4UY8 O;  1YJW N;  4WCE L;  3I55 N;  2QEX N;  3CC7 N;  3CD6 N;  1KQS M;  5JVG L;  3CCE N;  5HL7 L;  1K9M O;  1Q82 O;  4WFB L;  3CCM N;  3CCU N;  3CCQ N;  5GAH P;  1W2B M;  5DM6 L;  5JVH L;  2OTL N;  3CC4 N;  5MLC Q;  3I56 N;  3CCS N;  5GAE P;  4WFA L;  1VQL N;  1S72 N;  3OW2 M;  1YIJ N;  3PIP L;  1Q86 O;  1Q81 O;  3CXC M;  1VQ4 N;  3CF5 L;  1VQ9 N;  1JJ2 M;  4IOC L;  1VQ7 N;  4IO9 L;  1N8R O;  1VQO N;  1M90 O;  3CCV N;  2OTJ N;  1M1K O;  3CC2 N;  5GAD P;  1OVY A;  4WFN L;  1VQ6 N;  1ILY A;  1NJI O;  3CCL N;  1VQK N;  5H1S Q;  2QA4 N;  1K73 O;  1VQM N;  4WF9 L;  1Q7Y O;  1VQP N;  1YHQ N;  3DLL L;  3CME N;  1YJN N;  3G71 N;  3J7Z O;  1KD1 O;  1K8A O;  4U67 L;  3CCJ N;  1YIT N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FWM A;  3I33 A;  1UWB A;  4FJ9 A;  3SAG A;  3TU5 A;  5AZJ B;  3HM8 A;  1JKH A;  4J2E A;  4CZF A;  1I3A A;  4BC4 A;  4C8M A;  1X3M A;  3GE1 A;  2P9U A;  3K2P A;  3S3M A;  5AQT A;  1HQE A;  3O8M A;  4BRA A;  4CJ7 A;  3OA9 A;  4QS7 A;  4H8K A;  4JI1 K;  1KC8 O;  1NNE A;  1S5J A;  3KKR A;  4NYN A;  1FKP A;  2QXF A;  1BQN A;  3SNN A;  5LMN K;  1U4B A;  1JLB A;  4B08 A;  3CD6 N;  1KQS M;  3U9D A;  5T7B A;  1TV6 A;  3OYL A;  3ITH A;  4DV7 K;  3RRH A;  2P51 A;  1RNH A;  3FZM A;  2O8B A;  4OPJ A;  2IGI A;  5AZI A;  1YVN A;  3OYG A;  2ETJ A;  3NDK A;  1SAZ A;  1BG3 A;  1L3V A;  3SAF A;  1TYQ B;  3VEO A;  4RW7 A;  5LMU K;  1Y64 A;  4FLV A;  1UAX A;  1BU6 O;  3PIP L;  3RR7 A;  3K0S A;  3OVN A;  4N56 A;  4N5S A;  2GEL A;  3MN6 A;  3CF5 L;  4LSL A;  3FZH A;  4KTW A;  3M8P A;  4CFD A;  1OH6 A;  3GL1 A;  2QXL A;  4B9N A;  2EWS A;  2HNY A;  2BGG A;  3ZET B;  4BRQ A;  1M1K O;  1EP4 A;  3OY9 A;  2E4L A;  4MO5 A;  3OHR A;  3RRG A;  2PY5 A;  3P39 A;  2GWK A;  4M3W A;  2P9I A;  3RR8 A;  3BEX A;  4R79 A;  5AQQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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