1QVGM

Structure of cca oligonucleotide bound to the trna binding sites of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1qvgM00
2ZJRL 1OVYA 1N8RO 4U67L 3CCMN 1VQKN 3DLLL 1M1KO 1VQ5N 1S72N 1KC8O 1YITN 3CCVN 1VQPN 1YI2N 1VQ7N 5JVHL 3PIOL 4IO9L 3I55N 2ZJQL 1VQ6N 5GADP 1Q7YO 2QEXN 4IOAL 5MLCQ 4WF9L 5HL7L 4WFBL 5GAEP 4WCEL 4WFNL 1K73O 3CC2N 1YJWN 1K9MO 3OW2M 5DM6L 1YJ9N 1JJ2M 2ZJPL 1KD1O 3CXCM 1YIJN 3CCJN 1ILYA 3CPWM 1VQ9N 5GAHP 4UY8O 1NJIO 3CCLN 3CC4N 3CCSN 3CF5L 1KQSM 3CMAN 1VQMN 3CCEN 4WFAL 3CCQN 1QVFM 3G6EN 3G71N 1VQLN 1VQON 3CCUN 5DM7L 5H1SQ 4IOCL 3G4SN 1YHQN 1VQ8N 1QVGM 5JVGL 3PIPL 3I56N 3J7ZO 1YJNN 2OTLN 3CD6N 3CMEN 1M90O 1VQNN 1Q82O 1Q86O 2QA4N 3CCRN 5GAGP 1Q81O 3CC7N 1VQ4N 1K8AO 1W2BM 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DKWA 3A8YA 1ITGA 3CCMN 3QICA 3O6WA 1QZ5A 3LDPA 2WTUA 3I8DA 1BHLA 3FE1A 2BE2A 3VEZA 3ZSWA 4E7JA 4E19A 4KBOA 1FJGK 1YITN 1N36K 4X64K 3ITHA 3IDHA 3OYGA 4K0KK 3Q7BA 3ZSQA 4HHTA 2QM1A 1SUQA 3VQ8A 5JICA 2YJEA 1SS6A 1GOAA 3DXKB 4FLWA 4RW4A 2DY4A 2UU9K 3T19A 5GADP 1BIZA 4HCBA 2VGMA 1HJRA 5GAEP 2KFNA 1NNEA 1T7PA 3VMFB 4H4OA 3MWTA 3V4IA 4FWNA 4O4GA 2V51B 3ZX2A 3WXLA 3WEEB 3V1OA 2Y1JA 4NXNK 4FK2A 2E5LK 1Q18A 1YJWN 3KK2A 3OJSA 4DR2K 2Q1NA 4DR5K 1FKPA 4ICLA 4DUYK 5FROA 4B1YB 3NFAA 3LP0A 4EAHD 1XMQK 4F3TA 4XH4A 4FJHA 3FFKB 4JI5K 4PKHA 2O8BB 3RR7A 2W41A 1JLFA 4FJIA 4CHOA 1BL3A 4J2AA 3A5MC 4KHPK 1YT3A 3DXMB 3L4IA 2HB5A 3O9QA 3PX6A 1VSKA 4YOTA 1ZBIA 3AA3A 3C6UA 4CHQA 4CECA 1NJWA 2XO7A 1YTAA 1NK0A 4DS5A 4EFHA 4FCYA 4G9ZA 3THYB 1EQYA 2KLAA 3EL2A 3NE6A 3CFRA 2GEMA 1Q86O 2IVOA 1HYZA 4OVLA 3NGZA 4JS5A 1VK0A 3ATUA 4BRFA 4FVMA 4JKCA 5IWAK 4BRKA 1WAJA 4PKGA 2D0PA 4G1QA 5FPMA 2NRVA 2ZGYA 4FWOA 3EKSA 5CE3A 3THXA 2Z1GA 4AHVA 4J2DA 4U67L 1VSLA 2NRZA 1T03A 4IBNA 3HOTA 3C6TA 4DQQA 5BN8A 2G8KA 2HHQA 3V81A 3LAMA 5AQLA 3DLRA 1Q9XA 4PKIA 3SQ1A 4R5PA 1N6QA 3NVKA 3AVIA 2AA4A 1NKBA 1BA1A 3LDOA 5F1XA 2A40A 1Z05A 1HMVA 3ULDA 1VSDA 4CFBA 4OGEA 4IEEA 4LFCK 2YKNA 3HSCA 2IS3A 3LZJA 1GLJO 2A3ZA 2OANA 3VEXA 3RR8A 5MLCQ 3EY1A 3VN5A 4BRLA 3S3NA 4E7IA 4F9OA 2HNDA 3ZETA 4DFPA 3W0LA 2RHKA 4XEIA 3LDNA 3NH0A 2A5XA 3R3LA 2QXLA 4L3QA 4A5AA 4IFEA 3CQXA 2D0CA 3B8AX 1KVCA 1I94K 2YI1A 4KHWA 1G15A 4R79A 2KFZA 3IUCA 3G25A 3LP2A 4PL7A 4YNQA 4DV1K 4E7KA 4DTUA 3ENHA 3G0ZA 1S3XA 1C6VA 3LWMA 3G6EN 4B9LA 4BE1A 3BGRA 3CCUN 3KLHA 4JRPA 1JCEA 1J9AA 2Q2RA 2Z1IA 3G10A 1BIUA 4CJUA 3KLIA 2QXFA 4IZ9A 2YHYA 1HNZK 4BR5A 2A1SA 2E20A 1YJNN 4DV3K 4FPAA 1XHXA 3CMEN 4CBUA 2JWLA 4OGCA 5C24A 2DFHA 4BRMA 4J2BA 4M3YA 3H1QA 3S3MA 2AJQA 4GY2B 2F9TA 2QWLA 2D0BA 4ZTFA 1NOZA 1N8RO 3VESA 5EXWA 3HPGA 3WQUA 1NJXA 2IOCA 2NRTA 1HR0K 5M1NA 1HNWK 1XC9A 4PQUA 2QWNA 1RDWX 4DB3A 5HOOA 3GDQA 2E8AA 3CCVN 3EE8A 3C65A 5EY4A 4DSJA 1VAZA 4Z4IA 2WONA 4W5NA 1VQPN 3SMPA 2ASOA 3HJFA 3VENA 1FKOA 3MX2A 3PIOL 2O8FA 3QESA 2H3GX 4KTZA 4B3TK 4I9LA 3T1HK 4CD3A 3NF8A 3WQTA 4BG9A 4O44A 3CM6A 5KGWA 1GLDG 4NCBA 3CI5A 1HJOA 3MDQA 1NK7A 1NKCA 3CQYA 1S9EA 4CZFA 2F4VK 3KK1A 3BDPA 1WLJA 3O80A 3THVA 2P9IA 4H5WA 3K57A 4FM2A 4ISGA 3L0QA 4MQ3A 4ID1A 1HRHA 3OS2A 1RT1A 3TARA 4E89A 2G8HA 4B8CA 3AGRA 1QQNA 3F5TA 5CY4A 5LJVA 2ZQBA 1OH6A 4E3SA 1C1AA 1BGXT 3TAPA 3WNFA 5A2QO 3SQ0A 3G4SN 4DFKA 4MDAA 4IJAA 4H5RA 5AQXA 3SUQA 1JCGA 1NJZA 1DTQA 1L3UA 2UYTA 3U3YA 3BUZB 4M3RA 3ZT2A 2QA4N 3ULEA 2FXUA 3HVTA 4KRFA 4E7HA 4CZLA 4DSFA 3A0IX 3ZETB 4KFBA 1TKXA 1HYVA 2P9SA 3DLKA 4DLEA 3O8MA 4BRDA 1RCHA 4BR4A 3C7NA 4CJ7A 1X9SA 1H1VA 2XY7A 1SL0A 4Z4HA 2RN2A 3V1RA 2YHAA 4BR2A 4DF4A 1IO2A 1NK4A 2XY5A 4B3OA 4J8FA 4CGJA 4Z94A 1BA0A 4BRIA 1ASUA 3QEVA 4O5BA 1E3MA 5J1EA 3MEGA 3DLGA 3I33A 2VWJA 4FM1A 2B6AA 5AQTA 4OO1J 1B9DA 2OPSA 5AQHA 5M1OA 2RF2A 2YCHA 1S6QA 3JXUA 3KZBA 4BRGA 4HUEA 5ELZA 4B9NA 4LD0A 5AQIA 4RW9A 4JV5K 1Q8IA 1JJ2M 3I0RA 4RW6A 3LDSA 1HPMA 4KH4A 4DV0K 4C8KA 3DRRA 3VGLA 1MU2A 4BRPA 4JN4A 1KQSM 3DYAA 4JAXA 1SZ2A 3DOKA 3EN9A 3K5NA 1Z26A 2ZD1A 3S3OA 4CJWA 1GLFO 1YVNA 5BN9A 2QWPA 1G99A 4H5TA 4FJ8A 5J2NA 4BVPA 1IBLK 1Z25A 3NHGA 2R7YA 3WNEA 4CIGA 3L3VA 4X65K 5JVGL 3NF6A 3NF7A 3C95A 4JKHA 4CEAA 3ID8A 4OPKA 2J4RA 1L5UA 3OJUA 2YV0X 2NNWA 1ATSA 2CGKA 4Z0UA 5F2RA 3DXKA 3VQAA 4A62A 1EXQA 2IVPA 3SPZA 4KB0A 3FZFA 2HHSA 1JLQA 2KKZA 1GLAG 1BISA 4L8RB 1OVYA 4CEOA 2A42A 4KV8A 4QS9A 3SJHA 3MEDA 1Q9YA 2VWKA 5CZ1A 3OYEA 2UUBK 2PFUA 1S72N 3CQ8A 3RWUA 1CZAN 4FJ7A 4FJ9A 3SAHA 3EE9A 2IVNA 3ENBA 4CZGA 1KCFA 4YOUA 1QE1A 1HX1A 2FSJA 3D7EO 5FPNA 5EOYA 2O8BA 4M7XA 5FLXO 3I55N 3LP3A 1GLLO 3TAEA 2KTQA 2HBKA 4XH1A 4FLZA 1XUPO 3J80O 1TKDA 4BR7A 3AVJA 4WFBL 3D45A 3DXMA 3HVRA 1KLMA 4NXMK 1NGFA 3F73A 2GWKA 5J2MA 4E7LA 2I7PA 1U2VA 3CERA 4JK7A 1RDAA 4LH4A 3U3GA 3SQ2A 4BWJA 3H6EA 4BROA 3CM5A 1XHZA 3J7YP 4YOXA 5BR9A 1CXQA 1RT3A 3SV3A 3THYA 3HBTA 3ULEB 3CCSN 3HYFA 3JS6A 1ZYQA 4FWRA 1RBSA 5F0XA 2P9SB 2GELA 4LC9B 4AHCA 3L8BA 5JS1A 5AQKA 3VEYA 2KHOA 3C7NB 4KTQA 4EZ6A 1OKJA 2O4IA 4CZJA 5KGXA 1CZBA 1WUAA 4EP5A 1XC3A 3FFIA 3QIPA 4H03B 4DG1A 4H5VA 2EHGA 4CIEA 4FZXC 4LF9K 3LDLA 4BC4A 1TAQA 5IT9O 1J5EK 4KHUA 1ESVA 1V4SA 1U4BA 2KZZA 3ID6A 4JI2K 2FBVA 3K9KA 3MK6A 3JAMO 5KQ8A 3O9RA 3JYTA 1BOTO 2HHHK 3MXIA 3FZLA 1XMOK 1S5JA 2NUBA 1DTTA 1O13A 4C8OA 1OH7A 4FJNA 1X3MA 4KH5A 3NH2A 1VQ5N 4DTSA 4CJQA 4DR7K 3MX5A 2E6LA 4NLCA 4RG8A 3IKMA 4DV5K 4DSIA 4NO7A 3H3OB 4QS8A 3VOVA 5K14A 2P9LA 1B92A 4B1VA 4K25A 3VERA 3AVKA 3O1BA 2ZWHA 3RRGA 1DT9A 4IXCA 3FZKA 3L2UA 3DLBA 1EETA 4JRQA 4YOVA 5FRNA 5HRRA 4KTWA 1WOQA 1YXQA 2FBYA 2W6KA 1QSYA 1UA0A 2XY8A 3PY8A 3I8BA 1RBUA 4C1NI 2O8CA 1RT4A 1C1BA 3OW2M 4JI7K 3DLHA 4B3RK 3T1YK 3RSEA 3SMSA 4FJGA 4W5OA 4BDYA 1IG8A 4F8RA 4OX9K 1A5VA 4A57A 1D5AA 2OCEA 3C0BA 3KHYA 3NMUA 3QMLA 3O9TA 3QBWA 5FRMA 3VQ9A 2DFEA 3KK7A 3BY5A 1W7AA 3LL3A 3KLGA 3KD1E 1VQMN 4QCLA 1DLOA 4LFBK 4B1XB 1MDUB 1MWKA 2QI2A 3SUNA 1NWKA 3VGKA 4DMNA 2X6NA 4UQGA 4JKAA 5HRSA 3VQPA 2I7NA 1NK8A 2O8DB 1HNVA 3U9DA 3FZMA 3MEEA 1SL1A 1Q82O 3OYLA 3VF2A 4NCGA 4CJKA 4N47A 3U9ZA 3WXMB 5GAGP 3LP1A 3K59A 1KLNA 3ZLJA 4DTJA 4NCAA 4BDZA 3VQ5A 1U2VB 3D2EB 4LF6K 3N4PA 4CJTA 4CGDA 5HRNA 1IJJA 1SKRA 3IMXA 5ADXA 4DQPA 3L2RA 1NGCA 3QETA 2FSNA 4O55A 5M1PA 1IKVA 5J2QA 4JI4K 3PX4A 3O08A 1A5XA 1Y97A 1EX4A 2HBLA 4BVOA 4Z4GA 3CJCA 2HHVA 2P51A 4HVJA 1UA1A 4NB4A 4EP4A 3AO4A 1N5YA 4E1JA 5KRTA 1S1VA 2CH5A 3H3NO 2VYPA 2CGLA 1SKSA 3EZ5A 4CEDA 1RT7A 4CGIA 1TUUA 4AM6A 3KIOA 2HHWA 3A5NC 5M1KA 5DM6L 1RBVA 4CFCA 5HBMA 4KHSA 4DR1K 2Z1HA 3UKRB 5LJWA 3J8AA 3SCXA 3S9HA 2IAJA 4CGGA 3VQCA 4N56A 3MMVA 3GE1A 4BR0A 1A5WA 2RPIA 1QHTA 3AV9A 4CJEA 3VF6A 4BQLA 4CW7B 1BUPA 3QLHA 5H1SQ 2OA8A 4V19S 3LZIA 2JWKA 4KAZA 3NBPA 4H0VB 3M8SA 4DR3K 1RDUA 3PSFA 4I6MA 2P9LB 1Y64A 3SUOA 4F4KA 1RTDA 3J7ZO 3GBTA 1HKCA 3SV4A 3IAYA 1NK5A 2F8SA 3CD6N 1D4XA 1FK9A 3CHWA 1TYQA 4NYFA 1EKEA 2HNZA 3M3ZA 4JI3K 1CZ9A 1NGIA 3QEPA 1K8AO 4PY5A 3M8PA 4CZKA 3SZ2A 4KI6A 1NGEA 1RGIA 3LDQA 4CJVA 1RT5A 2YNFA 2O8CB 5LY3A 1K6YA 1HYSA 1ASVA 2YX6A 4AQYK 3VA3A 3RSEB 3EZWA 5J2PA 4Y1CA 5LMUK 1JL2A 1SAZA 1X9JA 1EP4A 5JS2A 3NGYA 1EWRA 4DSLA 4ILJA 1W9HA 2XHBA 5AQJA 4RTFD 4JI6K 3MAQA 4BE0A 2FBXA 1U04A 5JVHL 4F2RA 1MA9B 3ZSXA 5AQNA 5E41A 4FWMA 2GV9A 1VSEA 1HKBA 3E9PA 3GG4A 5E84A 1XNQK 3CFPA 5HL7L 2E1YA 4JD2A 4FZYA 3TU5A 4QS7A 3PX0A 4KH6A 4O0JA 3Q7CA 4BRQA 1TVRA 1S1UA 3LM9A 1D8YA 3P1GA 5FPEA 3OY9A 1KTQA 5C2FA 1NM1A 1XQSC 2VWBA 3OYDA 3M1FA 2HSTA 1YJ9N 2ZJPL 5ADXH 4CEQA 1YIJN 3DRSA 2EX3A 4M3TA 3VEWA 5BPMA 1WBDA 4ZTJA 2UXCK 1LWFA 4LF4K 2HMPA 1ZBHA 1NJIO 2DPNA 1YVUA 3IFRA 3RVCA 2UXDK 4I7FA 4Z4FA 2PYJA 5GIPA 2I5JA 1WSGA 1DEJA 4DSEA 1ZXOA 3CJBA 4WQ5C 3OYAA 4FZZA 3TWHA 3V6DA 5CZ2A 4FK0A 5AQYA 5JLHA 2JLEA 1YHQN 4F3OA 3P4IA 3K5LA 1NG9A 3QINA 1NMNA 1E4FT 1CXUA 3BZCA 2Q97A 2P1JA 3V9SA 3QNNA 4DQSA 3OS0A 4C23A 4BRNA 5AQWA 3RMBA 2OTLN 1BI4A 3D0PA 2GX9A 1IKXA 1XWLA 3MN5A 4IOXA 4CJ5A 2ZGZA 3I0SA 2VG6A 3P39A 4HWIA 2G8WA 4JS4A 1NMDA 3OA9A 3VQ4A 1J54A 4TSXA 3QBXA 2NLXA 4DU3A 3MCAB 1T44A 1WSEA 2UUAK 4C8LA 2VG5A 1RTJA 2E4LA 4FOIA 3D2FA 1J53A 1U48A 3AAPA 3AVFA 4AHTA 4OLAA 1VSJA 4BC2A 1IKWA 3MN6A 4M45A 4WE1A 5EVZA 3E1YA 3IG1A 4LF8K 4MLEA 3CETA 1CLQA 4LY7A 4FLTA 3H45C 4CHPA 2BTFA 1RDDA 5JMVA 2G8VA 4DTPA 5AZJB 1P8ZA 1N34K 4IG3A 2KQ2A 4I6MB 3QEXA 3EO3A 4CJLA 4CBWA 1QSSA 2QWMA 4LF7K 2ETJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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