3CERA

Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein q8g5j2. northeast structural genomics consortium target blr13
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
ESVTVAGIDCGTNSIRLKIARVDADGMHEVVPRILRVIRLGQDVDKTHRFADEALERAYVAAREFAGVIAEHPIDGLRFVATSATRDAENREEFEDEIERILGVRPEVIPGTEEADLSFLGATSVVNRDDLPAPYLVVDLGGGSTELVIGGDGVSAPTTQVQGAFSMNIGSVRMTERHLTNDPPTQTQIDEAVADVDEHIDEAFRTVDAGKARTIIGVSGTVTTMTALAMGLKEYDHTVVDGHRLSFEDAYAVDDKFLRMTRAERREYKTIHPGRIDVVGGGAVVWSRVLARVSEAAKADHGEAIDSFVASEHGLLDGIVLDYGRRLLAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein Q8G5J2. Northeast Structural Genomics Consortium target BlR13.
rcsb
source organism Bifidobacterium longum ncc2705
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Possible exopolyphosphatase-like protein
total genus 112
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cerA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cerA02
1ATNA 5AQZA 4CBXA 2HOEA 3DXMB 2FF3B 3HI0A 3VF2A 3IMXA 3VEZA 3ZETB 1H1VA 4CZGA 4FO0A 4XH5A 2W40A 3QDKA 2P9IA 3VGMA 3QBXA 4BRQA 4BR5A 3FR0A 2UYTA 5AQRA 2IVPA 3TU5A 2V7ZA 3VESA 5JMVA 3ZX0A 2HF3A 4BREA 2Q0RA 3A5OC 3LDQA 3ZEUA 4BGAA 4B1VA 5AQMA 2YCHA 3RSEA 4BRLA 3DJCA 3LM2A 4FPBA 4IXCA 4XH4A 4EIAA 1NWKA 3I8BA 4A62A 2QWOA 3H3NO 5AQGA 1GLBG 3IFRA 4BG8A 4H0YB 2Q97A 4BVPA 4CZHA 4RTFD 1YVNA 3H1VX 4BR0A 2CGJA 2E2QA 2YI1A 1MWMA 3WEEA 4BRNA 1Z05A 4B1XB 2VYPA 1Y64A 3CJ1A 4FWLA 4BG9A 5BREA 3U9DA 1P8ZA 3VENA 2P9LB 4H5VA 4CZMA 3AY9A 4QS9A 3O1WA 4HTLA 3CHWA 1BA1A 3QBWA 4MO4A 3KZBA 3DXKA 4JHDB 1NGBA 1HKCA 1NGCA 1X9JA 4DHYA 5JLHA 1SZ2A 4A2AA 2ZGYA 1XUPO 4BRFA 4FWOA 1BU6O 1G99A 3A5MC 3AARA 3LDLA 3VEYA 4BR4A 1SQKA 1GLDG 3MN9A 3SJHA 5F0XA 1U6ZA 3ULEA 4JAXA 3WXLA 1TUUA 5TKYA 3LL3A 1KAYA 3EO3A 3FZLA 4FWKA 5KPZA 3H3OB 4CD1A 3O5BA 2FXUA 5AQIA 3UKUB 1MDUB 1YXQA 3O4WA 3CERA 3EL2A 2ASOA 4CD3A 4BRDA 3ENHA 4CZEA 3VPZA 4BC2A 5AQPA 3C7NA 2P9IB 1YUWA 2V51B 1GLEG 1S22A 1JCGA 4JNEA 2P9NB 2YHYA 1NLVA 3UE5A 2CH5A 2CH6A 2CGKA 4FWPA 4QS8A 3VERA 5ADXA 3ATVA 3A0IX 5LY3A 2ZGZA 1LOTB 1HX1A 2I7PA 5AQVA 4CZFA 4K42A 5BRDA 5BRHA 5FPDA 1SAZA 3SMSA 4FWQA 5KPTA 2CGLA 2DPNA 3UKRB 3U4LA 5I9EB 2E2OA 2Q1NA 3ZETA 3F9MA 4BRMA 4DB3A 5JLFA 4NB4A 3DWLA 4BC3A 5KQDA 4LC9B 4KBOA 4BVOA 1Q18A 3QICA 3HBTA 2Q0UA 1V4SA 2A41A 2D0PA 2V7YA 3H45C 4FL9A 5AQKA 2P9UB 4WQ5C 3MN6A 2FF6A 3CJAA 1C0GA 4AM7A 4B1ZA 3VGLA 2ASPA 3O80A 4BRPA 1NGEA 2P9UA 1QQOA 1ATSA 3HM8A 1IJJA 3ZX2A 1R59O 2AA4A 3P4IA 4CZLA 3R8EA 3VETA 4BRIA 2Q2RA 1TUYA 2D1KA 4YDUC 2A6AA 5KPRA 1U2VA 4EAHD 2QW9A 4B1YB 2VCPA 5AZIA 3ID8A 3UKRA 3W0LA 4B1WB 1DGKN 1XC3A 4BR9A 3WXKA 4F9OA 3HZ6A 1BDGA 3QFUA 1ATRA 3MK6A 4H03B 3MMVA 5BPLA 2WUSA 1J6ZA 4M63C 2P9NA 4GY2B 4MLEA 4IJAA 3ATUA 1HKGA 2NRHA 3QFPA 1K8KA 3M3ZA 2QWPA 3FZFA 2F9TA 2KHOA 3CETA 1Z6RA 4BRCA 2D4WA 2FSJA 3IUCA 1K8KB 3WUHA 4DQ8A 5EY4A 1X3NA 4IWVA 2QWNA 2ZF5O 5AQHA 2F9WA 2FLOA 2BUPA 4CBUA 3U8XA 3FLCO 3A5NC 1NM1A 5FPNA 4FOIA 5BN8A 4WQ4A 5F1XA 4XEIA 1TYQA 2QXLA 4H5TA 5EXWA 2AP1A 3UKUA 1HLUA 1BOTO 3KVGA 2P9SA 4XH1A 4BR2A 1D4XA 2ITMA 2YHXA 5AQUA 3I33A 4EHUA 4FSVA 1MWKA 5FPEA 3MDQA 4IO8A 3AAPA 5AZIB 3C0BA 4FPAA 2ASMA 3LDNA 3R9PA 4IJNA 3H1QA 4FWNA 4K41A 2E2NA 5AQQA 2BTFA 4BR7A 3IDHA 3D2EB 4CBWA 4DCHA 4EFHA 2FSNA 1GLFO 4PL7A 2A40A 4JD2B 3AAQA 1T6DA 3EN9A 3TPQA 5AQNA 2J4RA 4H5WA 3WQTA 4RWTA 1E4GT 1ZBSA 4JHDA 4BC4A 4I6MB 4FWSA 1QQNA 3VEXA 1XQSC 4ISGA 2W41A 3FZMA 2E8AA 3KHYA 4CZKA 5E26A 3BUZB 5AFUH 2A5XA 4WQ5A 4A2BA 1EQYA 2EWSA 3WEEB 1RDWX 3ENOA 2A42A 3GL1A 2QWRA 4M7YA 4IZ9A 4BRGA 2P9SB 3RSEB 1HKBA 2QM1A 1KXPA 4BRKA 3GDQA 3C7NB 2IIRA 1GLCG 1GLLO 3BF1A 2A3ZA 5EVZA 4Y0WA 4CZJA 3ZEUB 1HUXA 3D7EO 2QWMA 1ESVA 5AQXA 5AQOA 3FE1A 3M1FA 1HJOA 3A8YA 4FWMA 3M6GA 5LJWA 4H5RA 1MA9B 3A5LC 1DEJA 3GG4A 2PAVA 4BRHA 5AQYA 4MLHA 2I7NA 1WUAA 4H5NA 3LDOA 2GEMA 4BRAA 2NLXA 2H3GX 4RCHA 3S41A 3L0QA 3ULEB 5FPMA 3SK3A 2ZWHA 3DAWA 3VEWA 2HMPA 4PKHA 3DXMA 4FOEA 1NGDA 5E84A 4Z94A 3LM9A 4BROA 3BEXA 4EHTA 3H6EA 4E1JA 1NMDA 5AQWA 2GTDA 1U2VB 5BRFA 1GLJO 1NGFA 3CI5A 4H0VB 1KAZA 2PBDA 3CQXA 4H0OA 2FSKA 3QB0A 3D2FA 3VEOA 3HTVA 3MN5A 5AFUA 4BC5A 4I6MA 5EOYA 3MN7A 5AZJB 1QZ6A 3VOVA 3D2FB 3QMLA 3DXKB 4C23A 5F2RA 1C0FA 4FWRA 3FZHA 1GLAG 3JS6A 3D2EA 1KAXA 1DKGD 4BQLA 3O08A 1NGIA 1NGJA 4CJ7A 2GWJA 3JXUA 3SLCA 2QWLA 1QQMA 3HSCA 1QZ5A 2GELA 2E20A 3VEVA 1WOQA 5ELZA 3O6WA 4WYBA 4PKGA 4ISEA 3O1BA 3LDPA 2E1YA 4M7XA 5AQSA 5B8HA 5AR0A 4A61A 4K25A 1HPMA 2E2PA 5JICA 1BWFO 3WT0A 5KQ8A 3L4IA 4JN4A 3UB5A 1BUPA 2V52B 4B9QA 3CIPA 4CI6A 2Q36A 1IG8A 3R6MA 3W3DA 2VWBA 3G25A 3SMPA 2NZTA 4K43A 1QHAA 2Q31A 4CZIA 2HF4A 1BG3A 3CJ9A 4AM6A 2IVNA 3FGUA 1CZAN 1NGHA 3BP8A 5AQLA 4ISFA 1NGAA 1V4TA 1YAGA 1ZC6A 2P9PB 3EZWA 2E1ZA 1BA0A 3WQUA 2OANA 4MO5A 5EX5A 3BF3A 4H0TB 3MCPA 5ADXH 2D0OA 3VF4A 4PL8A 3EKSA 3CQYA 4YDUA 2P9KB 4H0PA 4NO7A 5AZJA 5BPNA 1RFQA 4O8KA 5AQJA 2GUPA 5AQTA 1S3XA 1JCEA 4QS7A 4O5FA 4H0XB 3CJBA 4B1UB 3FFKB 2YHWA 3EKUA 3CJ7A 4BGBA 2YJEA 4J8FA 4L3QA 2YJFA 2QWQA 3L6QA 5BN9A 1NGGA 3FZKA 1NBWA 3U9ZA 1T6CA 3CJCA 3WXJA 3GBTA 1T44A 2P9LA 1OKJA 2IVOA 3GOIA 3H46O 4GNIA 2E88A 1BO5O 5AQFA 4HWIA 5LJVA 3GE1A 5CE3A 3WXIA 3B8AX 4JD2A 3OHRA 4WQ4C 4BQZA 2P9PA 1ZXOA 4PKIA 3ZX3A 1TYQB 3J8AA 5BR9A 1X3MA 2GWKA 1LCUA 3VF6A 3O8MA 3VGKA 1JCFA 5BPMA 1E4FT 2P9KA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7AP 2YHBA 3RMCA 3BDPA 3DXMB 1YIJN 2FF3B 1WN7A 3VF2A 4CECA 3AVNA 3OW2M 4LF9K 2XY6A 1YT3A 2RE2A 4FO0A 2W40A 4XH5A 2G8FA 5C0YA 3VGMA 3E1YA 1HNXK 4JKEA 1VQ9N 1TKXA 4Y1CA 2V7ZA 3ZT1A 3PUFA 3I56N 2OZSA 4HUEA 3TTFA 3CCEN 3SV3A 3ZEUA 4B1VA 5AQMA 2YCHA 3RSEA 4BRLA 3C6HA 3LALA 1YTUA 2HHXA 2BE2A 3DJCA 3AV9A 3V1RA 2OTJN 2HHTA 3I8BA 2HHWA 4G9ZA 1GLBG 3IFRA 2O4GA 5HBMA 3HP9A 3HK2A 1BGXT 3WEEA 4BRNA 3AVLA 3CD6N 4M3TA 1RTDA 2QKKA 4BDYA 2BGGA 2DY4A 3U9DA 3VENA 1HPZA 2P9LB 2ZJPL 3AY9A 5M1FA 4HTLA 4FJ8A 1WSGA 4FJXA 5HRPA 4DQPA 3SBTA 3DXKA 4JHDB 4CJPA 1X9JA 4DHYA 1UA1A 1Z25A 5J2PA 4YOXA 1BU6O 5J2QA 4FW2A 1TKDA 1G99A 5FRMA 3L2VA 4E19A 3LDLA 4OPKA 1JJ2M 4A5AA 2O8CA 1JLQA 4FLWA 3F5TA 5F0XA 1U6ZA 4CJTA 4DLGA 1TK5A 5TKYA 1W9HA 2KKZA 4O0IA 3FZLA 4FWKA 3T1AA 5KPZA 2UXDK 4KFBA 4CD1A 1RBSA 3O5BA 2FXUA 5AQIA 4Z4GA 3UKUB 4J2AA 1MDUB 2XY8A 2IAJA 2ASOA 4CD3A 4BRDA 3TI0A 4NLCA 1C0MA 1S72N 1ILYA 1SL1A 4JS5A 2P9IB 1YUWA 4B9MA 1N6QA 4FJKA 2V51B 4AHTA 1S22A 4F8RA 1JCGA 4AHSA 3CFPA 4JI5K 4CJUA 3UE5A 1XNQK 2CH5A 1ZYQA 2A1RA 1NK4A 1KFDA 4QS8A 5ADXA 3ATVA 1JLEA 4NCAA 5JVGL 3AVKA 2RF2A 2ZGZA 1XMOK 4K42A 5BRDA 5FPDA 2G8KA 4N76A 4MFBA 4FWQA 5KPTA 1HYSA 2E2OA 3T1YK 4LF8K 3ZLJA 3THXA 4E7IA 5JLFA 3DWLA 3MX2A 5KQDA 3G10A 4GKKK 1OH8A 2B6AA 1VQ8N 3OVNA 4M41A 4FCYA 5AQKA 4B1ZA 1KVBA 4DTJA 5M1PA 1R59O 3P4IA 4IEIA 2PYJA 4BRIA 2HBMA 4YDUC 3V9UA 3RMAA 4E89A 1C0TA 1G15A 1U2VA 5HP1A 3OTOK 3OYAA 4B1YB 2KFNA 4Z4HA 4F3TA 3W0LA 4BR9A 1K9MO 4F9OA 2IDOA 3AVFA 3NFAA 3T69A 4YFUA 1JKHA 2IGIA 4GY2B 4IJAA 3ATUA 3HSTB 3PIOL 2NRHA 4RW7A 4FJGA 3TTCA 3OJUA 4LFCK 2KHOA 2KLAA 2FSJA 2F8SA 5TKWA 3IUCA 1NK9A 4G1QA 4CE9A 3CM5A 2ZF5O 5AQHA 4OX9K 4B9VA 4M3YA 3A5NC 3SQ2A 3LP0A 3NBPA 4QCLA 4XEIA 3UKUA 1HLUA 3S3NA 2PY5A 1BOTO 3QLHA 3KVGA 5GAEP 3O9UA 4BR2A 5HRRA 1OVYA 3I33A 5KTQA 4B9NA 3VQ9A 5AZIB 3R9PA 3LDNA 1IBLK 1KVAA 2RN2A 3TR8A 3NVKA 4M42A 2YHAA 2F96A 4DCHA 4PL7A 1TK8A 2A40A 3VQEA 1T6DA 3TPQA 4V19S 4JK7A 4RWTA 4JHDA 3JAMO 1XNRK 5C2DA 3M8RA 4HTUA 1XQSC 4LF7K 3KHYA 3U3GA 3QINA 4KHSA 3OYDA 4XIUA 2W6LA 4JK8A 5AFUH 4WQ5A 1EQYA 1WAFA 1ZBLA 3C94A 4CHZA 3WEEB 1RDWX 2UUBK 1KLNA 2DTUA 3ENOA 3GL1A 4BRGA 1XWLA 3O4QA 1HKBA 3RSEB 3M5RA 4BRKA 2F8TA 4JK9A 2IIRA 3BF1A 2A3ZA 4E7HA 3TAFA 4JRPA 2KZZA 3V81A 3ZEUB 4JV5K 1HUXA 3M8SA 1RNHA 5AQOA 1OVQA 4FZXC 3U6FA 5SWMA 4DLEA 4BRHA 5LMNK 5LL6Z 4F3OA 4IFEA 4B8CA 3CCLN 4E3SA 1VHXA 2NLXA 4RCHA 5FLXO 3ULEB 3DXMA 5KI6A 1K8AO 1LAVA 4BROA 3BEXA 3H6EA 4E1JA 2X74A 3DLHA 4H4OA 1SUQA 4JI6K 1NGFA 1Q82O 5C24A 2PBDA 4FZYA 5GIPA 4IOCL 3CQXA 4H0OA 4DF8A 4DFJA 1R0AA 3QB0A 2O4IA 1EO1A 2GV9A 3MN5A 4BC5A 5H1SQ 4CK1A 5EOYA 4GV3A 5FRNA 3OYCA 3D2FB 1WAJA 1C1BA 3ISNC 1C0FA 3K57A 1GLAG 1OH6A 3TAEA 3UIQA 3CC7N 3SPYA 3Q7CA 1HYZA 3NF9A 1NGIA 3O08A 1L3VA 4OKKA 5CZ1A 4PQUA 4C1NK 3JXUA 2QWLA 1O13A 2E20A 3VEVA 1WOQA 5ELZA 4RW8A 1B92A 4FJ7A 3AGRA 4CFCA 4WYBA 3C6TA 4PKGA 3O1BA 3NGYA 2E1YA 1YVUA 2VGNA 1HPMA 2VQEK 5IT9O 3WT0A 4DQSA 1JLBA 4KI4A 1RDDA 4QAGA 3CIPA 1IG8A 4JI2K 3R6MA 1LAWA 2ZQBA 3G25A 3SMPA 4K43A 2G8IA 1QHAA 4IFVA 3V4IA 3ZSOA 1BG3A 4JEPA 3P39A 1CZAN 3KWIA 5AQLA 2B5JA 1CXUA 4WE1A 1IKVA 5C15A 1RT4A 5HL7L 4FM2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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