3CERA

Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein q8g5j2. northeast structural genomics consortium target blr13
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
ESVTVAGIDCGTNSIRLKIARVDADGMHEVVPRILRVIRLGQDVDKTHRFADEALERAYVAAREFAGVIAEHPIDGLRFVATSATRDAENREEFEDEIERILGVRPEVIPGTEEADLSFLGATSVVNRDDLPAPYLVVDLGGGSTELVIGGDGVSAPTTQVQGAFSMNIGSVRMTERHLTNDPPTQTQIDEAVADVDEHIDEAFRTVDAGKARTIIGVSGTVTTMTALAMGLKEYDHTVVDGHRLSFEDAYAVDDKFLRMTRAERREYKTIHPGRIDVVGGGAVVWSRVLARVSEAAKADHGEAIDSFVASEHGLLDGIVLDYGRRLLAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Possible exopolyphosphatase-like protein
publication title Crystal structure of the exopolyphosphatase-like protein Q8G5J2. Northeast Structural Genomics Consortium target BlR13.
rcsb
source organism Bifidobacterium longum ncc2705
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 112
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cerA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cerA02
3FZLA 4BG9A 4JAXA 3CQXA 2FF3B 3I33A 5LJVA 4NO7A 4XH4A 3WXJA 1ATRA 4BRHA 1U2VA 1U6ZA 3EO3A 4FWOA 4KBOA 5I9EB 5ADXA 3GE1A 2GELA 5KPRA 4CZHA 3D2EB 2Q36A 4Z94A 3CJCA 3IDHA 3VEVA 2I7PA 1JCFA 4BRKA 2GEMA 1HJOA 3GBTA 2OANA 4CZJA 1TUYA 4FWSA 4PKGA 3FZHA 4BRIA 1HKGA 2HF3A 5BN8A 3MN7A 3GG4A 1MA9B 3HZ6A 1DGKN 4H5WA 4ISEA 2HOEA 2E88A 1RFQA 3CETA 5AQOA 2ITMA 1HKBA 1MWKA 3LM9A 4JN4A 5KQ8A 5BPMA 5BRDA 1ZC6A 5AQPA 3QBWA 3UE5A 3DXKA 4H03B 3VGMA 4MO5A 4PL7A 1BUPA 5EY4A 4HTLA 1MWMA 1NGHA 3I8BA 1P8ZA 3UKRA 2V51B 5EVZA 1K8KB 5AQGA 3IUCA 3ATUA 4F9OA 3IMXA 4CBUA 3QDKA 1Z6RA 3O5BA 3D2EA 5AQKA 2AP1A 5AZJB 4K41A 1NGJA 1SAZA 3EL2A 4BRLA 1NGEA 5JMVA 4IWVA 2FLOA 5AQZA 5FPNA 1BO5O 4BR0A 3O80A 3FR0A 5LJWA 3KVGA 1SZ2A 3O1BA 3H1QA 1J6ZA 4FPAA 5F0XA 5FPDA 3BF1A 4A61A 2A3ZA 2HF4A 2VWBA 5F2RA 3HM8A 3ZX3A 3LDQA 2QM1A 4H0PA 1NLVA 3FZKA 5KPTA 3VOVA 2P9LA 2IIRA 4XH1A 1NMDA 2Q0RA 4FWMA 3W0LA 2P9NB 1XC3A 3HI0A 1BG3A 1T6DA 5JICA 3ULEA 2E1YA 4B1VA 4H5TA 1U2VB 2PBDA 2WUSA 4FPBA 2HMPA 5AR0A 5FPMA 3UKUA 2FSNA 2D0OA 4BR4A 2E1ZA 3RSEA 3SMPA 4BRQA 2VYPA 5BREA 1E4FT 2V7ZA 3L6QA 3WEEB 1KAZA 2P9SA 5AQQA 2Q1NA 4A2AA 3KHYA 1NM1A 4FOEA 5JLHA 1R59O 3L0QA 2VCPA 4BR5A 3CJBA 3DJCA 1GLJO 4FL9A 4H0XB 1GLCG 2PAVA 4BQZA 2F9WA 2A41A 1G99A 2Q97A 1Y64A 4NB4A 4RTFD 2YI1A 3ZEUA 4DB3A 1GLEG 3CQYA 1XUPO 4FWRA 3DXKB 1DEJA 2FSKA 3WXLA 3R6MA 4ISGA 1GLBG 1NGAA 3FGUA 4H0OA 3CI5A 2J4RA 2P9NA 3H45C 2P9IA 3IFRA 3B8AX 3VEZA 3UKRB 1YVNA 3U9DA 4IXCA 4C23A 4CD1A 2IVOA 3D2FA 1T44A 4JNEA 1BA1A 3GOIA 1NGIA 3WEEA 3WXIA 3DXMB 4WQ5A 3A5LC 4WQ5C 5BR9A 5BRFA 1X3NA 3JS6A 4B1WB 3EKSA 1BU6O 1NGFA 4BC2A 4DHYA 4BRCA 4DCHA 4IJNA 1BOTO 5AQYA 1QQNA 2IVPA 3VERA 3EZWA 2I7NA 2E2QA 3C7NA 3BUZB 2BTFA 3LDOA 2CGJA 2QWRA 5AQWA 3A5NC 1NGBA 3J8AA 4PKIA 5EOYA 4WQ4C 4CZLA 1HPMA 2P9LB 3S41A 1QQOA 2GWKA 3U8XA 5AQFA 1WOQA 5BRHA 3ULEB 2E2NA 4M63C 2NZTA 3SLCA 2QWOA 3VEYA 1MDUB 4MO4A 3UKUB 4BR7A 3MDQA 1OKJA 3LL3A 3RSEB 1QHAA 4BQLA 5AQMA 2YJEA 2IVNA 4RCHA 2P9SB 3VEXA 2V52B 4YDUC 3DXMA 3GDQA 3CIPA 3VEOA 4A2BA 4BRDA 2D4WA 1HKCA 2E20A 4LC9B 5AQIA 4CZGA 5AQRA 3CERA 3JXUA 5AQTA 4CJ7A 3MN5A 4FWKA 4L3QA 1LCUA 4H5NA 3TU5A 4B1ZA 4CD3A 4M7XA 3FZFA 1YUWA 4MLHA 3KZBA 2QWLA 1NWKA 2A40A 3O1WA 3ZEUB 2NLXA 1D4XA 4O8KA 4EAHD 5AZIA 4FWNA 2BUPA 1LOTB 2CH6A 2W40A 4BRPA 5AQXA 2P9IB 5B8HA 4H0VB 3D7EO 4IJAA 3CHWA 4FSVA 3G25A 4HWIA 2D1KA 3D2FB 1QZ6A 5AQHA 1BWFO 1ATSA 2W41A 3VF6A 4FWQA 4ISFA 3A8YA 4CBWA 2EWSA 3LDPA 4I6MA 3M3ZA 3CJ1A 1XQSC 1GLDG 4BR2A 3LDLA 3U4LA 3R8EA 2E2PA 3FE1A 4BG8A 3VETA 1NGCA 5LY3A 4CZIA 4EFHA 3ATVA 1QQMA 3ZX0A 1S3XA 3DAWA 4BVOA 3LDNA 2A42A 4CI6A 4BREA 3C7NB 4B9QA 4BC3A 1YAGA 3ENHA 4E1JA 2QW9A 3EKUA 3BEXA 2Q0UA 1Z05A 4H5RA 3VEWA 4DQ8A 1HX1A 2E2OA 2A5XA 2GTDA 4PKHA 2P9UA 2QWQA 3BP8A 2YJFA 1C0GA 4IO8A 1S22A 3H46O 3SMSA 2KHOA 2YHWA 3H3OB 3CJ9A 2ASPA 1GLLO 4WYBA 1ATNA 4BRAA 5JLFA 4B1XB 4B1YB 5AQVA 3A5OC 4QS7A 5E26A 3ZETB 3QFPA 3HTVA 5AQNA 3EN9A 3QMLA 2D0PA 4H0TB 3A0IX 3O6WA 3VGLA 4GY2B 4CBXA 5KPZA 1C0FA 1T6CA 1ZXOA 3L4IA 2P9KA 3AAPA 5F1XA 4JHDA 3AARA 2QWMA 3QB0A 3MMVA 1X3MA 4GNIA 2ZWHA 3H1VX 2F9TA 2CGLA 2ZF5O 5AQLA 1SQKA 3VESA 5FPEA 3MK6A 4BRMA 2CGKA 3VF2A 4CZKA 2P9PB 4JD2B 5AFUH 3C0BA 3H6EA 4WQ4A 4QS8A 2YCHA 1KAYA 5AZIB 1BDGA 4A62A 3ENOA 4FWLA 4O5FA 1NBWA 2Q31A 3VENA 5ELZA 3FZMA 5BN9A 3GL1A 4H0YB 2FXUA 3MCPA 1NGGA 4BC4A 4MLEA 3ZETA 3FLCO 3FFKB 4I6MB 4BRFA 1RDWX 2E8AA 3H3NO 2NRHA 4YDUA 1TYQA 3F9MA 3HBTA 5KQDA 3LM2A 2A6AA 4K43A 4CZFA 2YHXA 4EHUA 3SJHA 2AA4A 3O8MA 1H1VA 4FWPA 3W3DA 5BPLA 4FO0A 3VPZA 4AM7A 2QXLA 5EXWA 3CJ7A 4PL8A 3WQUA 3P4IA 3MN6A 1IJJA 4BRNA 1KXPA 3AAQA 3M6GA 5AQJA 2P9PA 4JD2A 2QWPA 5ADXH 4K25A 2P9UB 3R9PA 3HSCA 3QFUA 4XEIA 4BGAA 4AM6A 3SK3A 4RWTA 2DPNA 4EIAA 4M7YA 3WUHA 4BRGA 4BVPA 1Q18A 1TUUA 3MN9A 2UYTA 2FSJA 1QZ5A 1NGDA 4CZMA 3ID8A 2YHYA 4H5VA 1ESVA 1BA0A 4QS9A 1ZBSA 2H3GX 2FF6A 1HUXA 2P9KB 3TPQA 1GLFO 1JCGA 4JHDB 1DKGD 3WXKA 4EHTA 5AQSA 1V4TA 5E84A 2Q2RA 1CZAN 3VF4A 3WT0A 3O08A 1E4GT 3ZX2A 5AFUA 2V7YA 3M1FA 1JCEA 1K8KA 4BROA 1IG8A 4IZ9A 3U9ZA 4FOIA 1GLAG 3CJAA 4J8FA 3WQTA 5CE3A 5AZJA 3UB5A 3O4WA 1V4SA 4XH5A 5TKYA 3VGKA 4K42A 4BGBA 5EX5A 4CZEA 3QBXA 4BC5A 2ASMA 1YXQA 3BF3A 1HLUA 4B1UB 2ZGYA 2GUPA 5BPNA 3QICA 1X9JA 2GWJA 3OHRA 2ASOA 4Y0WA 2QWNA 3AY9A 1TYQB 5AQUA 1EQYA 1KAXA 1WUAA 3A5MC 2CH5A 3DWLA 4BR9A 2ZGZA 1RGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZLA 2P1JA 4XIUA 2F96A 1FK9A 3SUQA 3OYKA 4BRHA 1U2VA 4FWOA 2G8IA 2NRRA 2R7YA 1OH6A 1S1XA 4AHVA 2BANA 4DFJA 4H8KA 4CZHA 2IGIA 3D2EB 4Z94A 2I7PA 1JCFA 3L8BA 2GEMA 3GBTA 2OANA 1W97L 4I2PA 1OVYA 3ULDA 2HW3A 5FLXO 1ITGA 3AVBA 5DM6L 3VQPA 3GG4A 4HCBA 3ZYYX 3NBPA 4PHTX 3CETA 2NUBA 3T3FA 1MWKA 3LM9A 4KHYA 3UE5A 3DXKA 4MO5A 1TAQA 4PL7A 3SAHA 3HM9A 4KHSA 3VQ4A 4I9QA 3IG1A 5FRMA 1LWFA 5EY4A 1M90O 3ASMA 2B4JA 2W42A 4RW8A 4IEIA 1Q9XA 3I56N 5M1NA 1QVGM 4FLVA 4FVUA 3ATUA 2EHGA 2IS3A 3A2FA 4GMJB 3S3OA 4DWIA 5DMRA 4GV6A 1ASVA 3P5JA 1NGJA 1SAZA 4LFAK 1NGEA 2OA8A 4IWVA 4O8UA 2E4LA 2FLOA 4E1NA 1RBVA 3NE6A 4X66K 3FR0A 4PUOA 2WBNA 3LWLA 1NJXA 3SAGA 2KZZA 4JKAA 1L5UA 4H4OA 2HHQA 2HBKA 4OPAA 4JI7K 3HM8A 3DLHA 2BDPA 4H0PA 1NLVA 1KLNA 1I94K 1NOZA 3OYCA 4EZ6A 4JYAK 3QO9A 1K6YA 2Q0RA 1T03A 4B3MK 4NYNA 3RRGA 3ZSRA 1T6DA 1UA0A 3CCMN 3CCRN 5J2NA 4H5TA 3AVMA 1YVUA 2PBDA 3NVMA 4FPBA 3MEEA 1J5EK 1RDUA 2FSNA 3M8SA 3SMPA 1JLCA 4BRQA 2VYPA 4DQSA 1O13A 5BREA 3WEEB 4CGIA 2HNDA 3E1YA 2DFFA 4A2AA 1SV5A 3CMAN 3CC2N 1S9GA 4CEDA 4DTRA 3L0QA 1SL0A 2O8DB 3CJBA 3DJCA 4A5BA 1J53A 4FL9A 3SJJA 1VQPN 1U4BA 2PAVA 4NXNK 4BE1A 2P51A 3AA2A 2A41A 5M1PA 2Q97A 1Y64A 3QEVA 4JI2K 4DSLA 4LF9K 4DB3A 2HHSA 4OKKA 4OPHA 2O8EA 3VQEA 2FSKA 1REVA 3WXLA 3TAFA 1NGAA 1RTIA 3MX5A 4FLYA 3SZ2A 3H45C 1U48A 3KD1E 4G1QA 4FVMA 4FJ5A 3AVNA 3KK2A 2IVOA 4ICLA 4PA1A 3E01A 3DLBA 4IOXA 3DXMB 3OS1A 1U49A 4YOXA 5BRFA 1X3NA 4B1WB 4CF2A 4FK0A 3WXMB 2RHKA 2P5GA 3PO4A 3QNOA 4JI4K 4BRCA 1BOTO 3C6HA 1XNQK 4O0IA 1X9MA 4CEAA 4AHRA 3EZWA 2E2QA 2NRWA 1BHLA 1RILA 3LDOA 4YOUA 4FJIA 5KRTA 4FJHA 4Z4CA 1HNWK 1Q8IA 4C1NI 4BWMA 4WQ4C 4YOWA 3RTVA 3TWHA 4DU1A 4CF0A 4OKEA 1JLQA 3M8RA 3ULEB 1TK5A 2WC9A 3CXCM 2GUIA 3SLCA 2QWOA 3VEYA 1TKTA 3MDQA 3LL3A 3AVCA 1WNSA 2FBTA 1NJWA 5HL7L 1ILYA 4O44A 2P9SB 1Z26A 4YDUC 1VK0A 5KI6A 1DTQA 2VWKA 4FJKA 5D3GA 4DSEA 5AQRA 1ZYQA 5AQTA 1LAWA 3MN5A 4GVEA 4FWKA 2HHHK 3PSFA 4M7XA 4K8XA 5M1QA 4KB1A 3MEGA 2QWLA 3K5NA 3NH0A 3O1WA 5IWAK 4H4MA 1D4XA 4PWDA 4EAHD 2BUPA 2CH6A 2HHTA 4KHUA 2O4IA 2P9IB 3SAFA 4H0VB 3R1XA 4JKFA 4FSVA 2D1KA 5AQHA 1ATSA 4GKJK 2Z1IA 3NAEA 4FJMA 3A8YA 1Q81O 2QEXN 2EWSA 1JLBA 4I6MA 3VQ9A 3CJ1A 3ZCMA 3DI6A 4TSXA 3HOSA 4BG8A 1NGCA 1RDAA 5LY3A 1EETA 3U3GA 3OYAA 1S3XA 3K58A 3S3NA 1HJRA 2A42A 4BREA 2PYLA 4BC3A 3NF9A 1YAGA 1ZBHA 4O55A 3V9ZA 4FK2A 1Z05A 3VEWA 3IKMA 5HRRA 4DQ8A 2E2OA 3TTFA 3O9QA 3ZSYA 3BP8A 4FK4A 4DR7K 2YJFA 3H46O 3SMSA 4LH4A 2KHOA 5J2PA 4PQUA 2ASPA 3J81O 4V19S 1OH5A 3AO3A 4B1XB 2KZMA 5E26A 3EN9A 3I55N 3A0IX 3VGLA 4FJGA 5F1XA 5JVGL 3AARA 2ZE2A 1ASUA 1VSMA 4QCLA 1X3MA 3DRPA 2ZWHA 3EE9A 2O8FA 2F9TA 4DV1K 4CGJA 3K57A 1W7AA 3L2RA 4GV9A 4CZKA 4I2QA 1HYVA 3Q7CA 4DTMA 4WQ4A 4B9TA 4QS8A 2YCHA 4LSLA 1K9MO 1X9SA 1HMVA 3HP6A 3U3YA 3FZMA 3HYFA 4CECA 3MEDA 4H0YB 1L3UA 5GADP 1B92A 3ZETA 1NK8A 4DV3K 3FFKB 4E7LA 4YDUA 5KQDA 4Q0BA 4L8RB 3LPTA 3SJHA 2XO7A 1VQMN 4MFBA 5CZ2A 3UIQA 4FWPA 1RT2A 3W3DA 3CFRA 4JKHA 1RT6A 3VPZA 1N8RO 5KGXA 2A1SA 3WQUA 3J7YP 4CJ3A 3I8DA 4CEOA 4E7JA 1IJJA 4BRNA 5H1SQ 4JD2A 5ADXH 2P9UB 3R9PA 4JI8K 2X6SA 4BGAA 1N36K 1VQON 5CHIA 4YOTA 3C6TA 3KWIA 1IH7A 1TUUA 2UYTA 4B9VA 2FSJA 1NGDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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