4BG9A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (orthorhombic space group)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
b'LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
total genus 92
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A01
1CZAN 1JCEA 2GUPA 3D2EA 2AP1A 1Z05A 2QWMA 3FE1A 3FZMA 4BRLA 4C23A 5KQDA 1DGKN 2A6AA 3WXLA 3TU5A 5LJVA 3H1VX 1HJOA 3CETA 4BGAA 2D0PA 3D7EO 1T44A 4M7YA 4JD2B 2Q36A 1HPMA 1K8KB 3CIPA 4EAHD 5BPLA 1YVNA 4BG9A 4CZHA 2P9KB 3VF4A 5FPMA 3VF2A 3EKUA 1R59O 3ZEUB 4BRGA 4WQ4C 1C0FA 5AQIA 4B1UB 2BUPA 5EX5A 5E84A 5JMVA 1NGGA 1NWKA 2FSJA 2ZWHA 3DJCA 1QQMA 2P9UB 5BPMA 2VCPA 3CHWA 4CBWA 4CD3A 3QFUA 2PAVA 3O80A 2A41A 4BQZA 2W41A 5BN8A 1DKGD 3IFRA 3VESA 2V7ZA 1K8KA 2ASPA 5I9EB 1IJJA 1J6ZA 2E2NA 2FLOA 3FGUA 4XH5A 4B1XB 3AAPA 2IVNA 4B1WB 1G99A 4BRKA 3EO3A 4PL8A 3CQYA 2FF3B 5AQGA 2CGLA 3C7NA 2A5XA 2QM1A 5AQHA 3U4LA 3VEWA 1T6CA 2P9UA 2YJFA 1SAZA 2E2PA 3BF1A 3H46O 4WQ5C 5AQOA 1NGCA 4RWTA 2V51B 3MN5A 1ESVA 2OANA 3KHYA 2F9WA 4H0OA 1ZC6A 2HMPA 4BC3A 4A2BA 1GLFO 2A42A 1QZ6A 1EQYA 2ITMA 5BN9A 2I7NA 1H1VA 4I6MB 3S41A 4H0XB 4CZIA 1BU6O 2FF6A 3VGMA 4FWPA 3H6EA 3L6QA 3VEOA 5ADXH 2GEMA 3SLCA 3BF3A 2HOEA 1BWFO 3A0IX 4H0PA 4ISFA 5AQLA 3M3ZA 3ZETA 4IO8A 5AQMA 4IJAA 4CJ7A 4FL9A 2P9NB 3M6GA 1BDGA 4BRQA 2E8AA 2P9IB 3MK6A 3QBXA 1JCFA 3BEXA 3U8XA 3GDQA 4YDUC 1DEJA 5BRDA 4EHTA 3UKUB 4GNIA 3WXKA 4B1VA 3MN9A 1GLAG 3R9PA 2AA4A 1ZXOA 3D2EB 3I33A 3MCPA 2Q1NA 1Z6RA 2P9NA 1WOQA 1NGEA 2NLXA 1D4XA 3RSEA 3QB0A 5AQXA 3SK3A 2Q0UA 1ATRA 3GBTA 3IUCA 3O5BA 4AM7A 2GTDA 4BRFA 4NB4A 4M7XA 4JHDA 2V52B 1MDUB 5AQQA 4E1JA 1NGDA 4K25A 3ENOA 2Q2RA 3O8MA 1NGJA 2QXLA 3EZWA 5JLFA 5FPNA 2V7YA 3VOVA 4BC4A 3CI5A 3A8YA 2GWKA 4O8KA 2HF4A 1T6DA 3QDKA 4BQLA 1HKCA 2ASMA 3FLCO 3WEEA 3A5MC 4A62A 4FPAA 4CBXA 3SMPA 1BG3A 3W0LA 3LM9A 1MA9B 4M63C 3MN7A 3EL2A 3QFPA 5AFUA 1NGBA 4BC5A 4MLHA 1HKBA 4JN4A 3FR0A 1GLCG 3F9MA 2QWNA 3C0BA 3UB5A 4AM6A 5EY4A 5KQ8A 4NO7A 3WT0A 4QS8A 1QZ5A 5EOYA 1HKGA 1U2VA 4L3QA 4H0TB 3CJBA 2HF3A 3C7NB 1TUYA 5AQWA 1RFQA 3QMLA 4JAXA 2QWRA 1Q18A 4B9QA 3KZBA 2D4WA 3L4IA 5AQSA 3SMSA 1E4GT 1NBWA 2D1KA 2YI1A 3O08A 3G25A 3ULEA 4Z94A 3EKSA 5CE3A 5BPNA 3FZKA 1X3NA 5TKYA 5AZJA 2CH5A 3HM8A 5ELZA 5FPDA 4IWVA 5AQKA 1YUWA 1X9JA 3CJAA 1BO5O 1QQNA 1YAGA 4FOIA 4BRHA 1IG8A 1QQOA 2EWSA 4WYBA 5LY3A 3VEZA 4FWQA 4FWMA 5AZIA 3GG4A 5AR0A 1S22A 3B8AX 3LM2A 3O4WA 3ZETB 2BTFA 4BRIA 3I8BA 4A2AA 4DB3A 4WQ5A 4H5RA 3DWLA 3H45C 1LCUA 3CJ9A 5LJWA 3VEYA 4CZEA 3MN6A 1YXQA 1QHAA 4CZLA 4MLEA 1XQSC 2IIRA 3AAQA 3CQXA 3MMVA 2F9TA 3BP8A 1BA1A 3A5LC 1HUXA 1TUUA 1GLLO 3HZ6A 4PKHA 3LDNA 4XEIA 2H3GX 4DCHA 4BR9A 2YHYA 1E4FT 4IZ9A 3LDQA 4BR2A 4H5VA 4BRPA 4A61A 4HWIA 2FSKA 2FSNA 2IVOA 3RSEB 3O6WA 1ZBSA 4BG8A 1JCGA 4FO0A 2NZTA 1V4TA 3WUHA 1TYQA 2A40A 2CH6A 2GELA 4JHDB 2QWLA 3ATUA 4YDUA 1U6ZA 1Y64A 4BRDA 3O1BA 1NGIA 3FZLA 3UKRA 4F9OA 3LL3A 5KPTA 5AQYA 3M1FA 5F2RA 1NGFA 4DQ8A 3MDQA 4PKIA 5JLHA 3WEEB 3VENA 3L0QA 5F0XA 1XUPO 4IXCA 2E1YA 4B1YB 3HI0A 4EIAA 3AY9A 3UE5A 3QBWA 5AQTA 4IJNA 1GLEG 1OKJA 4ISGA 5EXWA 4CZGA 2ZF5O 4ISEA 3BUZB 1NGHA 4RTFD 4J8FA 3JXUA 4PL7A 1NMDA 1U2VB 3TPQA 5KPZA 1BA0A 1MWKA 2CGKA 4BRNA 2ZGYA 4BRCA 1NM1A 4FWOA 4BREA 3P4IA 1BUPA 4BRMA 3WXIA 4H03B 5BREA 1KXPA 2A3ZA 3ULEB 4BROA 3CJCA 3ENHA 1S3XA 5AZJB 1RGIA 3CERA 3O1WA 4RCHA 2YJEA 4WQ4A 3VEVA 3ID8A 2E2OA 5AFUH 2Q0RA 2P9PA 1SQKA 5AQJA 2P9LB 5AZIB 4H5TA 3ZX0A 5BRFA 3KVGA 4JNEA 4FWRA 3IDHA 4FOEA 5B8HA 2UYTA 1XC3A 1LOTB 2P9SB 3CJ1A 3WQTA 3DXKB 2QWQA 1SZ2A 1BOTO 1C0GA 5F1XA 3DXMA 4QS9A 4FWLA 4FWNA 1HX1A 4CZFA 1MWMA 2PBDA 2WUSA 3H1QA 2P9LA 4XH1A 4CBUA 4BR7A 1V4SA 4O5FA 5BR9A 4JD2A 4XH4A 2VYPA 1KAXA 3EN9A 3W3DA 2P9KA 3IMXA 2P9SA 2QWPA 1GLDG 1X3MA 3DXKA 3JS6A 3VF6A 3ZEUA 3VPZA 2YHWA 4K43A 3ATVA 3GE1A 3HSCA 2ASOA 5JICA 3HTVA 2FXUA 1TYQB 3GL1A 3SJHA 2ZGZA 1P8ZA 2D0OA 4BR5A 3LDPA 5AQNA 3VETA 3A5NC 3WXJA 3AARA 3UKRB 2CGJA 3J8AA 3LDLA 2NRHA 4H5NA 4BR0A 3U9ZA 5ADXA 2QWOA 3VEXA 3LDOA 2E88A 5BRHA 5FPEA 3U9DA 1ATNA 4K42A 4LC9B 2KHOA 3FFKB 4FWSA 3R8EA 3A5OC 4HTLA 4Y0WA 4BC2A 4CZMA 4MO4A 4DHYA 3H3OB 1GLBG 4FPBA 3VERA 5EVZA 2Q31A 3GOIA 5AQVA 3D2FB 3CJ7A 1NLVA 4FWKA 3FZFA 3VGKA 4QS7A 4BVPA 3H3NO 4BR4A 4H0YB 5AQFA 4H5WA 4MO5A 2IVPA 1RDWX 3VGLA 4CZJA 1WUAA 2QW9A 4CZKA 4KBOA 1HLUA 3ZX2A 3FZHA 4GY2B 4I6MA 1GLJO 4BGBA 1NGAA 4BVOA 3HBTA 3DAWA 4PKGA 5KPRA 4FSVA 1KAZA 4B1ZA 2DPNA 3D2FA 3OHRA 3R6MA 4CD1A 1KAYA 3WQUA 4EHUA 5AQRA 5AQZA 2P9PB 5AQUA 2P9IA 2E1ZA 2I7PA 2YHXA 5AQPA 4CI6A 2E2QA 5E26A 2J4RA 2YCHA 2VWBA 2W40A 2GWJA 2Q97A 3ZX3A 3UKUA 3QICA 4EFHA 2E20A 1ATSA 4H0VB 4K41A 4BRAA 3DXMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IFVA 4M3TA 1CZAN 4CEZA 3PIOL 3DLEA 3FE1A 3T19A 2BGGA 3B6OA 5C10A 4BGAA 3TABA 2HHTA 3OY9A 4M7YA 4CFAA 3QERA 3ENBA 3DLBA 1K8KB 3CCUN 1IKYA 2BDPA 1KD1O 2OTJN 2LSNA 3RRHA 4W5OA 2I5JA 2ZE2A 5AQIA 3QNOA 2O8EB 3P38A 3KD5E 3CCRN 3E9LA 5JMVA 3NF8A 1RT3A 1N8RO 3HPGA 3AVGA 3DJCA 1HNVA 3NGIA 1QQMA 3ID6A 1TV6A 4CBWA 4RW8A 5CYMA 3SBGA 2QKBA 3O80A 3NGZA 5C12A 3L4QA 4CJFA 5I9EB 1YIJN 4V19S 2E2NA 4B1XB 1NJWA 4PWDA 2OPRA 2IVNA 1G99A 3EE8A 2JLEA 3VQBA 4PL8A 1JLCA 3CFRA 3KLGA 3TSQA 2QM1A 1NG9A 4KB1A 3U4LA 5SWMA 1FKOA 2YJFA 2E2PA 1CXUA 3E1YA 5LMNK 4H0OA 4DR2K 4NLBA 3THVA 3OYBA 4Z0UA 3J81O 3SQ1A 1EQYA 3TI0A 2RF2A 3K2PA 1C1CA 4I6MB 4CZIA 1BU6O 1U4BA 1U47A 3L6QA 5ADXH 1BCOA 3QEXA 3J80O 4ISFA 4E7JA 3M3ZA 3ZETA 3RRGA 3D45A 2P9NB 4BRQA 4JK9A 1U49A 1TK5A 2E8AA 5M1QA 4AHCA 3THWB 3L2RA 2B5JA 3OTOK 3L8BA 3BEXA 4GKKK 4JKDA 3WXKA 3MN9A 1GLAG 3HSTB 1J9AA 3LPTA 3R9PA 1HMVA 1ZXOA 4G9ZA 4LD0A 4ID5A 1YJWN 5HRRA 4ID1A 4CEOA 2NLXA 2O8DB 1ZBHA 4HUGA 1RDAA 3ZSZA 3SK3A 4FJ9A 3TR8A 4NB4A 3O9RA 4JHDA 2F4VK 1MDUB 1DT9A 1SS6A 3D6RA 3KD1E 1NGJA 2BANA 2QXLA 2PYJA 3VOVA 1FJGK 1IBMK 4BC4A 2GWKA 3ULDA 2HHUA 1RTIA 3ZT1A 1VQ8N 4BQLA 3FLCO 5AJ3K 2HBJA 4B9NA 4B9MA 3HP9A 1UOCA 4CJ5A 3E9PA 2XY5A 4M63C 3ZSVA 3QFPA 1QSSA 1GOAA 3V6DA 4L8RB 4MLHA 4FW1A 1HKBA 4FW2A 5M1NA 1GLCG 3QEPA 2FBVA 3WT0A 2ITGA 5EOYA 3AO2A 1HKGA 5FROA 1SKRA 3CJBA 1SV5A 4B8CA 3LZJA 4JI2K 5AQWA 1NKBA 4JV5K 2VQFK 4CHNA 5HRPA 2D4WA 2ETJA 2UXCK 1E4GT 2WONA 4CEFA 2D1KA 2EX3A 3DLRA 4CIFA 3O08A 3TTDA 4RG8A 3EKSA 1L5UA 3HM8A 5E41A 4WF9L 1VSLA 3CCQN 4YHHK 4X65K 1YAGA 3PSFA 2HSTA 3C94A 3LWLA 4FWQA 1FXXA 4FWMA 1WB9A 3CCSN 2R7YA 1S22A 4C8NA 3AO3A 4JK7A 3ZETB 2WBNA 4E7IA 1N36K 4O5BA 2HVHA 1X9WA 1G15A 3VQ7A 3NVKA 4CIEA 4CGJA 4GKJK 4ICLA 4DR3K 3PX4A 1UWBA 1RT6A 1SL0A 1TUUA 4KI4A 2HHWA 5TKWA 3I8DA 4BR9A 1ASUA 2YHYA 1E4FT 1Q9XA 4FJ5A 4J2EA 2YHAA 3V9SA 4BRPA 3AA2A 4KHYA 4M41A 4YOYA 4B9SA 1TKXA 4A61A 3QEWA 3VQ5A 1NK8A 3O6WA 1YJNN 1GOBA 2NZTA 2UUBK 1V4TA 3WUHA 2UUCK 3O3FA 5M1KA 2CH6A 4IDHA 3CFOA 4JHDB 4CFDA 4DV0K 3DLLL 3OBWA 4YDUA 1U6ZA 4W5RA 2IS3A 4DTRA 4DU1A 3QEVA 3UKRA 4KHSA 3NVMA 3M1FA 5F2RA 4CEQA 4CJPA 1VRTA 4CGIA 5K14A 3JSMA 4GW6A 3HO1A 4FJGA 5M1FA 2BH1A 4DKWA 1RILA 1L3VA 1KC8O 3PV8A 1GOCA 3QBWA 4O4GA 1K9MO 3OVNA 4KREA 4ISGA 4C1NI 2ZF5O 1NGHA 1XMOK 4J8FA 4PL7A 3TPQA 1EETA 4DTSA 1K73O 4FCYA 2NRRA 4DQRA 2YNGA 2D5RA 4JS5A 4BRCA 4CJRA 3DLKA 4IDKA 4BRMA 1NKEA 3VQ9A 3TAGA 3QESA 1XMQK 3ENHA 2W42A 1JLEA 2DFFA 3V9WA 1BISA 4CJ3A 3O1WA 2UUAK 3TAPA 2YJEA 5GAHP 4CHPA 3OYKA 4O44A 3VEVA 5AFUH 2B6AA 3NHGA 1SQKA 1DTQA 2P9LB 4K8XA 4CW7B 1RTHA 3KVGA 1NK4A 1CLQA 5IT9O 2UYTA 1BQMA 3LAKA 1XC3A 1LOTB 3CJ1A 4BE0A 3DXKB 2QWQA 3SUOA 1UA1A 4CJEA 2E5LK 3OYLA 4LF6K 1HNWK 5C2DA 3PIPL 4CZFA 4B8AB 2FBTA 3AVJA 3ZSRA 3ZSOA 1KVCA 4JI7K 4XH1A 2UU9K 2HNDA 4CBUA 4BR7A 4PUOA 3HXMA 1OH6A 2GUIA 4K0KK 2P9KA 2P9SA 1HYZA 3JS6A 4ZHRA 1Q82O 1NNEA 3ATVA 4DQPA 3SJJA 5JICA 3MEEA 4O0JA 3ZSXA 5CY4A 3SJHA 3KKSA 1ILYA 3AVFA 3VQEA 3P83D 2VWKA 4ELVA 2OZMA 3VETA 2VG7A 1VSEA 4GVMA 4LF5K 1IG9A 1VSJA 3UKRB 3LDLA 3CPEA 4H5NA 5A2QO 3V1QA 2P51A 3K5MA 3MXJA 3C6UA 1ATNA 1EKEA 1O1WA 1RBSA 2KHOA 4FWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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