4BG9A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (orthorhombic space group)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
total genus 92
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A01
4BC5A 2FSNA 2WUSA 1E4GT 3ENHA 3CJ7A 4Z94A 2P9NB 4A62A 2V7YA 5BRFA 3FZLA 4BGAA 1BO5O 3H6EA 1NM1A 3I33A 4MLHA 3WXLA 4GY2B 4CBUA 3EKSA 5E84A 2VCPA 2A42A 2P9PA 2P9SA 3QDKA 4B1WB 1YAGA 3IMXA 3VGLA 3RSEA 3BF1A 2FXUA 5JLHA 2HMPA 1KAYA 2ZF5O 1IG8A 4K43A 4PL7A 2F9WA 1QHAA 3AAPA 5JMVA 4FWOA 4H0TB 3HZ6A 5CE3A 3BUZB 2ITMA 5BN8A 2J4RA 2FLOA 3UB5A 4FPBA 4AM6A 2H3GX 3LDOA 3U9DA 3LM9A 3WXJA 3UKUA 3LDLA 4BC3A 5AQGA 3D2EA 2YCHA 5AR0A 5BN9A 4M63C 2YJEA 4BQLA 1HKBA 2GEMA 4FWPA 5AQSA 4BRCA 4K41A 4ISEA 1BDGA 2QWPA 4B9QA 1NGCA 4H0YB 5ELZA 4CD1A 1CZAN 4IJNA 3DXMA 2E2NA 1LOTB 2FSKA 3M3ZA 4FOEA 5AQPA 5BRHA 2IVOA 4FWSA 4FL9A 1NGBA 4CJ7A 5AQJA 2P9UA 1E4FT 4JN4A 2P9LB 2CGLA 4H5WA 2D0PA 3EL2A 1HLUA 4CBXA 2GUPA 3SMPA 2YHXA 1NGIA 1R59O 1NGEA 2W41A 4CZFA 4EHUA 3M1FA 1HJOA 4B1YB 3L4IA 4IO8A 4L3QA 2Q36A 5BREA 3FZFA 2ASMA 3A5NC 2YHYA 3IFRA 3VGKA 1ESVA 3QMLA 2P9IB 4EIAA 1JCFA 4MO4A 2UYTA 2CH5A 3ATVA 4BRGA 4CZGA 4BRPA 2D0OA 2ZGZA 3R6MA 1GLAG 2Q31A 3LDQA 1GLCG 4MLEA 1V4TA 5AQUA 3IUCA 4IZ9A 4BC4A 4BR2A 5F1XA 2ZGYA 1YUWA 2HF3A 3MK6A 5AZJA 1TUYA 4QS9A 2Q97A 4H0XB 3AARA 5FPNA 5KPTA 2HOEA 1T44A 3CJ9A 3MN7A 3DXKB 3GBTA 3A8YA 3CIPA 3QICA 4BRAA 3UE5A 5F2RA 3EZWA 3VGMA 4BROA 2E1ZA 1HKCA 3A5OC 4FWMA 3CI5A 5AQFA 2QWRA 3KVGA 3D2EB 3RSEB 1GLBG 4BG8A 1NGFA 4BVOA 3MN9A 2ASPA 5F0XA 4CZMA 2W40A 4I6MA 4JAXA 3ENOA 1U6ZA 3FLCO 4XH4A 1G99A 4B1ZA 3KHYA 3ZETA 5BPNA 4FWQA 1GLLO 2P9LA 3P4IA 3FZKA 3WXIA 5JICA 4FWNA 3ZX0A 1NGJA 4BR9A 3ID8A 1Q18A 3CERA 3H1QA 3LM2A 3H3OB 3GG4A 3ULEB 2I7NA 3VF4A 2A41A 3WXKA 3SLCA 5BPLA 5I9EB 4BRNA 3QB0A 5E26A 4H0PA 4MO5A 2P9KB 4A61A 1WOQA 3L0QA 3I8BA 4HTLA 3A0IX 1TYQB 3CQXA 3ULEA 1T6CA 1Z05A 4FPAA 4EFHA 1KXPA 4CD3A 1RFQA 1HUXA 2HF4A 4BRIA 1HPMA 1HKGA 1RGIA 5AQLA 5AQTA 3SMSA 1SAZA 4BRHA 3AAQA 3O6WA 2QM1A 5EXWA 1KAXA 2I7PA 2BUPA 1GLFO 1QZ5A 1RDWX 5AQQA 2GELA 3O8MA 2FF6A 4BRMA 4WQ5A 2IVNA 5BPMA 2NRHA 3ATUA 1LCUA 1QQNA 4CZLA 2NLXA 5BR9A 4H5RA 5AQVA 3HTVA 3VEVA 3BEXA 3WQTA 4BRDA 3FE1A 4FOIA 1XC3A 2YI1A 4EAHD 4H0VB 3ZEUB 4BC2A 3U4LA 3MMVA 1J6ZA 2AP1A 2VYPA 3DWLA 2KHOA 4B1XB 1ZC6A 4NO7A 2V52B 5KPZA 5AFUH 3CETA 3LDNA 3LL3A 1C0FA 1NGGA 3MN5A 2VWBA 3MN6A 1S22A 1V4SA 3D7EO 3O1WA 4RCHA 1X9JA 3D2FB 3BF3A 1TYQA 3EN9A 5AQKA 3SK3A 4IJAA 3VEOA 5AZJB 1K8KB 1MDUB 2A6AA 2V7ZA 2PAVA 5AQIA 3W0LA 2F9TA 3J8AA 4JD2A 5AQMA 2A40A 4BR5A 2Q0UA 1NMDA 3VEYA 2CGKA 3VEWA 4PKIA 2YJFA 2QWOA 3VOVA 3F9MA 3FZHA 3GE1A 1BA0A 5B8HA 1X3NA 3CJ1A 4NB4A 3FGUA 4CZJA 1ATNA 3CQYA 1WUAA 4RWTA 3C7NA 3DXMB 3C7NB 3FFKB 3IDHA 3MDQA 3JS6A 5AQNA 3WEEA 3UKRB 3CJAA 1SZ2A 3M6GA 1Y64A 3ZX3A 2P9PB 2P9SB 1TUUA 5FPEA 3GOIA 3CJCA 4DQ8A 1OKJA 5AZIB 4FSVA 2PBDA 5FPDA 5JLFA 2E2OA 3VERA 1U2VB 1DGKN 1U2VA 4XEIA 4FO0A 3BP8A 3G25A 3DJCA 4PKGA 2IIRA 1GLEG 1HX1A 2YHWA 4BRLA 3D2FA 1BA1A 3VEXA 4KBOA 4CZIA 2AA4A 3VF6A 2E20A 1GLDG 4IWVA 4PL8A 4XH5A 3ZEUA 1NBWA 1QZ6A 2NZTA 3ZETB 4LC9B 4BRKA 2D1KA 3CJBA 5AQHA 4A2BA 2FF3B 4ISFA 4WYBA 3FR0A 2OANA 2QXLA 4CBWA 1NGDA 3LDPA 5AQRA 3S41A 3R8EA 1QQOA 4H03B 3VENA 3CHWA 4JNEA 2P9KA 2GWJA 5AZIA 1ZXOA 3A5MC 3VESA 4JHDB 5AQWA 4O8KA 4CZHA 1XUPO 3H3NO 1K8KA 1MWKA 2E2PA 1DKGD 4H5NA 2A3ZA 2QWNA 2V51B 3H45C 5KQ8A 4ISGA 1ZBSA 3DAWA 3C0BA 2E1YA 4BR0A 4A2AA 3QBWA 4BG9A 3A5LC 2DPNA 4DB3A 4BQZA 4JHDA 3VEZA 2A5XA 2EWSA 3VPZA 2QWLA 5ADXH 5LJVA 3GDQA 5EY4A 3AY9A 3O80A 2Q0RA 3L6QA 5EVZA 4WQ4A 3FZMA 2D4WA 3QFPA 2BTFA 2Q1NA 3U8XA 4CZEA 4GNIA 2P9IA 4CZKA 1T6DA 4WQ5C 2QW9A 2Q2RA 2ZWHA 1D4XA 4K42A 4C23A 4H5VA 5AQOA 5AQYA 4H5TA 1SQKA 1MWMA 4WQ4C 2E2QA 5AQZA 2GTDA 4O5FA 3WEEB 1Z6RA 4F9OA 1C0GA 1MA9B 3R9PA 1BU6O 4B1UB 1KAZA 4BRQA 3JXUA 3U9ZA 3KZBA 4FWLA 4M7XA 4B1VA 3ZX2A 4QS8A 4BRFA 4QS7A 1BUPA 2E8AA 3TPQA 5LY3A 4PKHA 1YXQA 1DEJA 1QQMA 3UKUB 1JCEA 5EX5A 3O08A 1H1VA 2IVPA 4DCHA 1EQYA 4IXCA 1S3XA 2P9UB 4DHYA 1JCGA 3VF2A 3DXKA 1XQSC 5KQDA 3GL1A 2FSJA 3QFUA 3O1BA 1BG3A 1X3MA 1NLVA 1ATSA 1YVNA 4BGBA 3HSCA 3W3DA 4BVPA 3QBXA 3OHRA 1GLJO 1NWKA 3WUHA 3O5BA 4Y0WA 2CH6A 3MCPA 3EKUA 4XH1A 2GWKA 5BRDA 2QWQA 4AM7A 4J8FA 3VETA 1IJJA 3WT0A 5EOYA 4I6MB 4BR4A 1NGAA 3H46O 1NGHA 1ATRA 3H1VX 4RTFD 5FPMA 5TKYA 1BWFO 4JD2B 4M7YA 2ASOA 5ADXA 3B8AX 4K25A 4H0OA 3SJHA 2CGJA 4YDUC 4BR7A 3HBTA 4FWRA 3HI0A 4EHTA 4BREA 4HWIA 5AFUA 3TU5A 2E88A 2P9NA 4CI6A 2QWMA 3EO3A 1BOTO 3HM8A 5AQXA 3O4WA 3WQUA 4E1JA 3UKRA 5KPRA 4YDUA 4FWKA 5LJWA 1P8ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAVA 3CJ7A 4GKKK 1BCOA 3WNFA 2NRXA 4DTPA 1BO5O 4DTXA 2NUBA 3CMAN 4AHCA 3M8PA 4IOXA 3WXLA 1S1VA 4O55A 4CBUA 4N47A 1S6PA 4I9QA 2A42A 1YAGA 4DV6K 4CCHA 3LPUA 3DRPA 5JLHA 3BDPA 2W42A 3IRXA 5BR8K 3ZT4A 1WBBA 3QESA 3TABA 3DI6A 3OYFA 4H0TB 3EEQA 3BUZB 3J7YP 4DR6K 2VG5A 2J4RA 4ZTJA 4DWIA 1GOAA 4FPBA 4W5TA 4BC3A 1FXXA 1WLJA 4FJNA 4WE1A 2NRRA 5I42A 3VQ7A 3L3UA 3KK1A 3SV4A 1S5JA 4BQLA 2IAJA 4FWPA 4ISEA 4I7FA 4CD1A 4IJNA 4OPJA 4CERA 2OCEA 3EYZA 1LOTB 3P38A 2DFEA 3CFPA 5JS1A 4FWSA 4Z0UA 4C1NI 4CJ7A 5CZ2A 4AHVA 4MQ3A 5DK5A 3IS9A 3VA3A 3EL2A 1HLUA 2YHXA 1YJWN 1NJXA 4FJHA 3NH1A 3DRRA 1T03A 2QA4N 1R59O 4EHUA 3SZ2A 4B9LA 4DFPA 1HJOA 5DM7L 3CPWM 3LAKA 4CJ4A 4JI0K 4ZTFA 5BREA 4I2PA 4NXMK 2ASMA 3TAMA 2B4JA 2RKIA 3LANA 1W2BM 3AVNA 3VGKA 3RR7A 3QMLA 4CIGA 3RR8A 4EIAA 1OH6A 2HSTA 1CZBA 2CH5A 2YNFA 4N41A 3U3GA 4PHTX 2ZGZA 3CC2N 4R79A 1NKEA 1GLCG 4IFYA 2VQFK 3IUCA 4HTUA 1YUWA 3PLAA 4FM1A 4C8OA 1TUYA 1FKOA 1C1BA 3CCVN 2Q97A 4IEEA 3EZWA 1UA1A 4FJIA 3KVGA 4JKHA 4AHUA 5AJ3K 3V1OA 4HUFA 3MN9A 3PSFA 4FLUA 4JAXA 1S6QA 1X9SA 1U6ZA 3K5NA 5C25A 5GAHP 2OPQA 5BPNA 1KC8O 1QE1A 1GLLO 1RDAA 2UUAK 5GAEP 1NGJA 4OPKA 4DF4A 3CERA 3HT3A 4DV2K 2YX6A 1XMQK 2G8FA 5M1QA 4DTSA 1D5AA 1NK0A 4FK0A 1YI2N 2EHGA 3OYMA 4DV7K 1N34K 3V9WA 3LZIA 1SKSA 1SL2A 3ULEA 3Q7CA 2ATQA 1KXPA 3AVLA 3NF7A 2HF4A 1YTAA 4BRIA 1HPMA 3E9LA 3OYHA 4Q5VA 3OS1A 4FJLA 4JKCA 1HKGA 3TAPA 3RWUA 4O4GA 2ZJPL 1BIUA 1L3SA 4DLEA 3CM5A 4ILGB 1EX4A 1QZ5A 4KHPK 3O8MA 1RBVA 4WQ5A 3P31A 2PY5A 2IVNA 3NBPA 4FM0A 3KLIA 3UIQA 1RBRA 2NLXA 1BI4A 2VG7A 1SUQA 4H5RA 3HTVA 4BRDA 4FOIA 4O8UA 3SNNA 3AA2A 1NK4A 1HJRA 2AP1A 2E6LA 4O0JA 1IKYA 3BZCA 3RTVA 2V52B 5AFUH 3CETA 1RT2A 3KLHA 3MN5A 3EE8A 2BGGA 3D7EO 3O1WA 4I2QA 4NYFA 3SUNA 1BQNA 3ULDA 1K8KB 3L3VA 2JLEA 2W6LA 3THWA 3HPGA 5HLFA 3PO5A 4O5BA 2PAVA 4BACA 3W0LA 3FFIA 4IG3A 3TARA 5CY4A 3VQQA 4FYDA 2KKZA 3VEWA 2RF2A 2O8BA 4JKGB 1HNIA 3FZHA 4KHYA 1BA0A 4EP4A 4Z4GA 1JLAA 3FGUA 4CZJA 2VGMA 4FM2A 2Z1HA 1B92A 3DMJA 3C7NA 3EZ5A 4OPAA 3WEEA 5AQNA 1T8EA 5KRSA 5J2QA 3V9UA 1Y64A 1BCMA 3ZX3A 2P9SB 4FCYA 4B9MA 3CJCA 5KGXA 4Z4CA 2E2OA 3QIPA 1NJYA 5M1OA 4FO0A 3G25A 4AHRA 5C42A 1VSJA 4M42A 1LW2A 4KO0A 1LW0A 1IO2A 1SS6A 1VHXA 4KV8A 3NMUA 1TGOA 3AVFA 1M90O 1OH7A 3CF5L 4LFBK 4KHSA 1VSEA 1U47A 1CXQA 4PL8A 4XH5A 3ZEUA 4JI2K 2WC9A 3DLEA 4LC9B 4BRKA 1JXBA 5A2QO 4WYBA 4CBWA 1JLGA 3LDPA 1WSGA 4CGIA 3SAHA 2HW3A 5HROA 4E7LA 1Q7YO 1RBUA 2GWJA 3ITHA 3VESA 3OYJA 4CHPA 4JI7K 4DU3A 3ALYA 1KCFA 1K8KA 1NK7A 4IOAL 4JK7A 3T69A 4BR0A 1HYVA 3QBWA 4BG9A 3K9KA 4BQZA 3TAFA 4LF8K 1Y97A 1EO1A 3QEPA 3O80A 3SBGA 1REVA 4DR4K 3LWLA 3OY9A 3L6QA 3KLFA 2R7YA 3ZSQA 2D4WA 1C0UA 1KVCA 3VQBA 3HP6A 4CZKA 3OYEA 4LF7K 4KTWA 4WQ5C 3MXIA 2EX3A 1YHQN 3ZT3A 4K42A 4C8LA 1SQKA 4WQ4C 3WNGA 3AVJA 3OW2M 1K6YA 5LMNK 2GTDA 3HVRA 1WSHA 3WEEB 2O4IA 1Z6RA 5HP1A 4CFDA 1BU6O 4B1UB 2KFZA 1NG9A 4FWLA 4FJKA 2DY4A 1RNHA 1W0HA 4QS8A 4BRFA 1NJIO 1HNZK 4GKJK 1VSDA 4CW7B 4NCAA 4CF0A 1DEJA 4N5SA 3O08A 1L3TA 1EQYA 1S3XA 4QAGA 2P9UB 4DHYA 1JCGA 4AQYK 4CFBA 3VF2A 5GINA 4JS5A 1XQSC 1X1PA 3HVTA 1D9FA 4G9ZA 4UQGA 4BGBA 1TL1A 3AGKA 3QBXA 2OPPA 2UUBK 1Q86O 4CJUA 3EKUA 4GVMA 1KFDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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