4BG9A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (orthorhombic space group)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
total genus 92
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg9A01
4JHDB 1NGIA 4K42A 2A3ZA 4K25A 4BRCA 4FWOA 2GTDA 1YVNA 2E2PA 3MN7A 4GNIA 1TUYA 3I8BA 4H5NA 3EO3A 3H1VX 4WYBA 4PKIA 5BPLA 1QQNA 1OKJA 3LDLA 3CERA 4BRPA 4CD3A 1HKCA 3LDNA 3M3ZA 3L4IA 4BR9A 2E2QA 4L3QA 2I7NA 1EQYA 1NGJA 3WXKA 4XH5A 4BC5A 2YJEA 1HX1A 5F1XA 4BRHA 4CBUA 2NLXA 1GLLO 2AA4A 2Q0RA 4A2BA 3CETA 1BOTO 1Q18A 2CGJA 3U9DA 4B9QA 2EWSA 5AZJB 3CIPA 5AQFA 5AQJA 4H5RA 1HPMA 2FSJA 1NGHA 4EFHA 3LDOA 3VEYA 3MK6A 3RSEB 1NGCA 2CH6A 2VCPA 2FSNA 4C23A 1GLEG 3ENHA 4BG9A 4HTLA 3VPZA 3FLCO 3QBWA 5ADXH 4ISFA 3VEXA 4FOIA 1BG3A 3CJCA 3QFPA 3QDKA 1Z6RA 3VERA 2QXLA 4FWQA 4H0XB 2WUSA 3WQTA 3BEXA 1NLVA 1NM1A 3BF3A 3P4IA 5JMVA 3RSEA 3R8EA 2ASMA 5F0XA 1MWKA 3ATVA 1NGAA 1JCGA 4CZFA 5BN9A 1YXQA 1NGEA 4IWVA 3GOIA 2E2NA 5BRDA 1S22A 4PL7A 1KAZA 3U8XA 1WUAA 1ATRA 3VOVA 5FPMA 3O80A 3M1FA 1BA1A 1Y64A 2V7YA 3AY9A 3EL2A 2ZGYA 2YHXA 4FPAA 3GDQA 1GLAG 1NMDA 2YHWA 3D2FA 4CZMA 2HF4A 3ZETA 3DXMB 2P9NB 2GELA 4WQ5A 3L0QA 3HBTA 4NB4A 2ASOA 1QZ6A 5TKYA 3VETA 4AM6A 1ATSA 3QB0A 4RTFD 4EHUA 5BREA 1SAZA 4M7YA 1XQSC 4XEIA 4BR4A 3L6QA 2D4WA 1V4TA 3WUHA 2FF6A 4BRGA 4O5FA 1DKGD 2E1ZA 2FLOA 3A5MC 3AAPA 4BRDA 3SMPA 3DXMA 4J8FA 3ULEA 2ZF5O 4BRIA 1MA9B 3DJCA 3SLCA 4BROA 4CZIA 2YHYA 2P9PA 1GLBG 2W41A 2FSKA 1HLUA 4H03B 3D2EB 1SQKA 4PKGA 4A2AA 2P9KA 4CD1A 5AQYA 5AQWA 2H3GX 1NWKA 4EHTA 3QICA 4Z94A 1C0FA 4MO5A 3GL1A 4KBOA 4XH4A 3VEWA 3AARA 4BVOA 5EOYA 3D2EA 4FSVA 5AQMA 4BC3A 3CJ1A 5JICA 1JCFA 2E8AA 5AQUA 5AQSA 3LDPA 4O8KA 3R9PA 3A8YA 4CJ7A 1RFQA 2F9TA 3IMXA 1ZC6A 3W0LA 5FPEA 1GLCG 3CJBA 3UB5A 5BN8A 2W40A 3QMLA 1E4GT 5AQVA 2IVNA 3BUZB 3LM9A 2J4RA 3QFUA 4EIAA 3SMSA 1CZAN 4FWNA 3WXIA 2CH5A 5AQQA 4B1WB 4DHYA 5B8HA 2QWQA 2QW9A 1BA0A 2BTFA 4FWPA 4RWTA 2PBDA 3WEEA 3IUCA 4CZEA 1QZ5A 1Z05A 2E20A 3EKSA 1KAYA 3O4WA 3OHRA 4BRNA 1ZXOA 4BRAA 2E1YA 5FPDA 2Q97A 3SJHA 4H5TA 2IIRA 3S41A 3VF4A 5BRHA 3HZ6A 2P9UB 3I33A 3FZLA 2D0PA 3ZX3A 3HSCA 3GBTA 5AR0A 5JLFA 1GLJO 1IG8A 1NGDA 3F9MA 4IXCA 3TU5A 1TUUA 4E1JA 5EX5A 3D2FB 3LL3A 4CZGA 5JLHA 3ZETB 2HF3A 2P9SB 1P8ZA 1GLFO 3DAWA 4BGAA 4H0YB 5AFUA 4ISGA 3DWLA 4ISEA 4K43A 4BRQA 4BR7A 3VGKA 2QWOA 1NGFA 3VESA 5AQIA 1ATNA 2P9UA 2P9LB 3VEZA 2A42A 3ZX2A 1X3NA 3FGUA 2Q1NA 2D0OA 3VEVA 4BG8A 3CJ7A 3O5BA 2IVPA 2CGLA 1MDUB 5BR9A 3O6WA 4QS8A 4JAXA 3KVGA 3ULEB 5KPTA 4H0PA 2P9SA 4FL9A 5AQKA 4JD2B 4IJAA 5AQZA 3ID8A 3ATUA 4BRFA 1R59O 4MLEA 3VF2A 1MWMA 2P9PB 2V7ZA 3FZMA 4XH1A 1SZ2A 4BREA 3FZHA 1DGKN 2A41A 2DPNA 2P9LA 2ZGZA 3GG4A 3HM8A 1YAGA 3EZWA 5AQXA 3H6EA 2P9KB 2D1KA 4WQ5C 3VF6A 4WQ4A 3BF1A 3AAQA 4I6MA 3H1QA 5LY3A 5LJVA 1D4XA 4JD2A 1ESVA 1BO5O 4FOEA 3UKRB 2Q31A 1BWFO 3UE5A 5BPMA 4BGBA 3FFKB 1JCEA 2Q2RA 4LC9B 1V4SA 1HKBA 4WQ4C 5FPNA 3U9ZA 1X9JA 2QWMA 1ZBSA 2YCHA 3O8MA 5E84A 4BR0A 5AFUH 3H3OB 4GY2B 5AQTA 5BRFA 1HJOA 5E26A 3QBXA 4M63C 4H5VA 1DEJA 1K8KA 5BPNA 3H45C 2QWPA 1E4FT 4H0VB 3CJAA 3ZEUB 2A6AA 4CBWA 1S3XA 4AM7A 3UKRA 4PKHA 5I9EB 4B1ZA 3J8AA 3VGLA 4RCHA 3WQUA 3SK3A 4BRMA 4A62A 1T6DA 1NBWA 4QS7A 3FR0A 3M6GA 3JS6A 2BUPA 2GUPA 3WEEB 2GWKA 1TYQA 3IFRA 5F2RA 4H0TB 5CE3A 5ELZA 2ASPA 1G99A 2VWBA 3UKUB 3ZEUA 2E88A 4PL8A 4MO4A 3A5LC 1NGGA 4A61A 4CZLA 3TPQA 1YUWA 4FWMA 3H3NO 3DXKB 3A5OC 5KQDA 3CI5A 4BQLA 4H0OA 4K41A 1HKGA 4JHDA 3LM2A 3MN6A 5EVZA 3UKUA 2P9IB 3FE1A 1KXPA 1RDWX 2NZTA 4B1VA 5AZIB 3MDQA 3MCPA 1T44A 3DXKA 2HOEA 5EXWA 4BRKA 1J6ZA 3O08A 2PAVA 3VEOA 2AP1A 2I7PA 4EAHD 1IJJA 1RGIA 3KHYA 5KQ8A 3HTVA 4BVPA 3MN5A 4M7XA 2P9IA 5AQPA 4F9OA 4QS9A 4DCHA 1WOQA 3W3DA 2F9WA 4FWKA 3VENA 3EKUA 5AZIA 5AZJA 4BRLA 3R6MA 4FWSA 1GLDG 4HWIA 2Q0UA 4CZHA 4BR5A 2A40A 4BR2A 4I6MB 1U2VB 4CI6A 3VGMA 1X3MA 3WXLA 2KHOA 2OANA 1QHAA 1T6CA 5EY4A 4FPBA 2QWNA 3FZKA 2V51B 5AQNA 3WXJA 2ITMA 1NGBA 3U4LA 2QWLA 3C7NB 3CQXA 3IDHA 2QM1A 4H5WA 4DQ8A 1LOTB 2FF3B 4IO8A 2CGKA 4B1XB 1U2VA 5KPRA 3CJ9A 1QQMA 1K8KB 3B8AX 2FXUA 3WT0A 4B1YB 3ZX0A 5AQHA 3KZBA 2E2OA 2QWRA 4IJNA 3GE1A 4NO7A 3MN9A 1QQOA 2YI1A 4YDUA 3CQYA 3C7NA 2HMPA 4CZKA 2V52B 3O1WA 4B1UB 4BQZA 4CBXA 2GWJA 3C0BA 1U6ZA 1XUPO 3ENOA 3LDQA 4FO0A 4Y0WA 1LCUA 4CZJA 5AQOA 3EN9A 3BP8A 2YJFA 4BC2A 1TYQB 3CHWA 3A5NC 3FZFA 3HI0A 2P9NA 5KPZA 2A5XA 3O1BA 5AQRA 2VYPA 2GEMA 4YDUC 4FWLA 4BC4A 2ZWHA 4IZ9A 3H46O 5AQLA 3MMVA 5AQGA 4JNEA 1XC3A 3G25A 1HUXA 2UYTA 1BU6O 3D7EO 1BUPA 5ADXA 2Q36A 4FWRA 3JXUA 4MLHA 1KAXA 4JN4A 2IVOA 2NRHA 4DB3A 5LJWA 1H1VA 1C0GA 1BDGA 3A0IX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIZA 4JHDB 1EX4A 1NGIA 1CXUA 3THWA 1VQ7N 4DKWA 1JLFA 2E2PA 3HVRA 3SAGA 1M1KO 4IEEA 3I8BA 3G10A 1YITN 1NOZA 1S9GA 1I94K 1J9AA 3H1VX 1OKJA 1XNQK 3SQ1A 1HKCA 3KTQA 3OYEA 2I7NA 3KK2A 4HVJA 1Q81O 5F1XA 5C42A 5JVHL 4U7BA 4CBUA 2Q0RA 1GLLO 2AA4A 3J81O 3AA2A 1BOTO 3HP9A 5FDLA 1QE1A 5HROA 1C0MA 4NCBA 5AZJB 5CZ1A 3LWMA 4LD0A 1TK5A 3MK6A 3RSEB 2CH6A 2O8EB 1RDAA 4C23A 4CHOA 2DY4A 4BG9A 1KLNA 1VQ5N 3MEGA 1U47A 1EETA 5HOOA 1BG3A 3EEQA 4M3UA 4JK8A 3QDKA 2QXLA 3SCXA 1RDDA 4NXNK 2ZQBA 1X9SA 3P4IA 1WAJA 5JMVA 5I3UA 3R8EA 3QEIA 3PX6A 2ASMA 3E1YA 4ZHRA 3L2QA 1KTQA 4JKDA 4KV8A 4CZFA 5BN9A 4IWVA 1JXBA 4M3WA 2E2NA 1YVUA 4AH9A 4PL7A 1WUAA 2WC9A 5FPMA 1BA1A 4GVEA 3EL2A 2YHXA 1GLAG 3LPTA 3NF7A 1KVCA 1YJNN 1X9MA 2O8FB 2YHWA 4FM0A 3QESA 3ZETA 4PWDA 2P9NB 4A5BA 1IO2A 1FJGK 5TKYA 5KRSA 4FLUA 1ATSA 3VQ6A 3I56N 4KHSA 4M3XA 4EHUA 4FJ9A 5KGWA 3L6QA 2D4WA 3O4QA 4NLCA 1V4TA 4BRGA 4O5FA 1DKGD 4KKOA 2E1ZA 1IH7A 5GAHP 3MXMA 3L4QA 4J8FA 2UUCK 1N36K 3PUFA 3TAMA 3SLCA 4BROA 2YHYA 4K8XA 3NF8A 1HNIA 4W5NA 2P9KA 4KHYA 2O8BB 4DF8A 1NWKA 4FCYA 4AQYK 3J7AP 4DTRA 3LAKA 2XY5A 1T03A 3Q7BA 3QICA 4CJKA 4JEPA 2VG5A 2YHAA 1JL1A 1TKTA 1TV6A 3ID6A 3LP1A 4XH4A 4HCBA 3LALA 4Z4CA 4H4MA 5EOYA 3D2EA 4MDBA 2PYJA 4FLYA 4YOVA 4B9SA 2X6SA 4BDPA 4RG8A 4LSNA 3DRRA 3A8YA 3OA9A 4CJ7A 2HVIA 2F9TA 1EWRA 3CF5L 1MU2A 4YOYA 3MEEA 3PLAA 3ITHA 1VSMA 1GLCG 3UB5A 5CYMA 5BN8A 1OVYA 3QMLA 5AQVA 1E4GT 2IAJA 2O8DA 1J5EK 4KHWA 1CZAN 4C8MA 2CH5A 1UWBA 4EZ6A 1BA0A 4ZTFA 4FWPA 4RWTA 2PBDA 3IUCA 4CZEA 1QZ5A 1Z05A 4JI2K 1KAYA 4BRNA 1ZXOA 4BRAA 3OBYA 3HZ6A 3I33A 4E7IA 1JLGA 1ASVA 1Q7YO 1IG8A 5GIOA 3CG7A 2GBZA 5EX5A 3VQ4A 3HPOA 1E3MA 1GLFO 3DAWA 4FYDA 4CJEA 5AFUA 1QVGM 4ISGA 4PQUA 2YKMA 4K43A 2Y1JA 4M3ZA 2ATQA 4BRQA 3VGKA 1GOBA 3CPEA 4CJTA 1RBVA 4DSKA 4BDYA 3VEZA 2VGNA 1X3NA 1ZBLA 3VEVA 4F2RA 2FBYA 3K9JA 4QS8A 3BDPA 3ULEB 5KPTA 2P9SA 3VQ8A 4JD2B 3AA5X 5AQZA 3K9KA 3ATUA 5M1KA 3CM5A 1VK0A 3VF2A 1CZBA 5FROA 4F3OA 1MWMA 4HHTA 2P9PB 1OH6A 3VQ9A 3FZHA 1DGKN 1KC8O 3HM8A 4B9MA 2WONA 5AQXA 3DYAA 2D1KA 4WQ5C 3AVCA 2Z1JA 3AVFA 1D8YA 2JWLA 5LJVA 3OBWA 1D4XA 3CC4N 1B9DA 1BO5O 4C1NI 4JRQA 3UE5A 1HQUA 3FFKB 4DU1A 1X9JA 4YOUA 4RW4A 5E84A 5J2QA 3H3OB 3PX0A 5BRFA 1W9HA 1FXXA 4M63C 2UXBK 1SV5A 1YTAA 1K8KA 3H45C 2QWPA 4DTXA 2X78A 1E4FT 4H0VB 1HMVA 3ZEUB 4FLXA 4HUGA 3AO3A 1VSIA 1VSJA 4IKFA 4N5SA 4MDAA 1IKVA 3JS6A 4OPJA 4DFJA 4OPAA 1YJWN 1TYQA 1UOCA 1X1PA 3NVMA 4DLGA 5CE3A 4HUEA 2FC0A 1G99A 3U3GA 4YNQA 4Z4IA 3UKUB 1K6YA 4A61A 4JKGB 3TPQA 4E19A 4B3SK 1YUWA 1HYZA 1UA1A 4JKFA 4WFNL 1C0UA 4RW7A 4DR5K 3LDSA 4B9LA 1W7AA 3F9KA 4OKJA 1RDUA 4H0OA 3IKMA 1S1XA 3T1HK 3LM2A 4CECA 3FE1A 2B5JA 4DS5A 3K57A 3V9WA 1BCOA 3SQ4A 4B1VA 4ELVA 5AZIB 3MDQA 3MCPA 5EXWA 4KHPK 2UXCK 2NRVA 2Z1HA 2OZMA 2UXDK 3ZSRA 3OS2A 1NK7A 1BQNA 3HTVA 4FZYA 4DF4A 1HNXK 4M7XA 4G1QA 2P9IA 4F9OA 1YI2N 3ZSOA 1WOQA 4CJ5A 4JK7A 1LWEA 4OPKA 1GLDG 1NKCA 4CZHA 4CCHA 4BDZA 4I6MB 3V81A 4EP5A 3DRPA 5C10A 3BZKA 3M8RA 5EY4A 2V51B 1T05A 4DLEA 1BCMA 3P39A 3P31A 1NGBA 1ASWA 3QERA 3IDHA 1I3AA 1BISA 1LOTB 4DQ8A 1SL1A 2HW3A 3OYFA 4CF0A 2FF3B 1XNRK 4FK4A 4B1XB 5GAEP 1U2VA 3QEWA 5KPRA 1ZYQA 5LL6Z 4JKCA 2PY5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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