2GUIA

Structure and function of cyclized versions of the proofreading exonuclease subunit of e. coli dna polymerase iii
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
ITRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure and Function of Cyclized Versions of the Proofreading Exonuclease Subunit E. coli DNA Polymerase III
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
total genus 58
structure length 176
sequence length 176
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2guiA00
1TVRA 1U4BA 2DFEA 2YHBA 4FJ8A 4KHQA 1KRPA 1LWCA 1VSKA 5FDLA 5T7BA 3LP3A 4OPJA 4DSKA 1RT1A 2GUIA 3G0ZA 3PO5A 1NJWA 4E1MA 3F73A 3O3GA 4DQSA 3QNNA 1T7PA 4DF8A 4OKEA 1JLQA 2IGIA 4AHSA 3SPYA 2EHGA 2BDPA 4DSFA 3MEDA 3ZSWA 2DY4A 3QERA 4OKJA 5CYQA 3KLHA 3SI6A 4KFBA 4OJRA 4M3YA 3DLBA 4M3WA 1J5OA 1RDAA 3TAQA 4K8XA 1ZBFA 5HBMA 4NCGA 2ETJA 1N6QA 3C94A 3SZ2A 4DTXA 4FJGA 3VQCA 3RRGA 3ASMA 3VQ8A 3MXIA 4J2DA 1BI4A 4H8KA 1SL2A 1C0UA 1IKWA 3SQ0A 2OPQA 4C8NA 1WAJA 1BI4B 1BQMA 1D5AA 4Z4EA 3AO2A 1C1CA 5HRSA 3LWLA 2OZSA 3AA2A 2GV9A 4CF2A 1RT3A 2KZMA 2KW4A 3HK2A 1LWFA 1RTDA 1CZ9A 3AVKA 4Z4GA 1RILA 1TL1A 3U6FA 2XY8A 4DTSA 4CHYA 4FJIA 3QO9A 3AVAA 3ZSYA 1SL1A 1SV5A 5KI6A 3LPUA 5E41A 1LAWA 4FCYA 1RT5A 3HPHA 3FFIA 4GMJB 4DTNA 3NHGA 3SPZA 3AVNA 3NBPA 1IKXA 4FW1A 4KAZA 4CHNA 4DTOA 1KTQA 1JLAA 1WNSA 4AHTA 2WONA 2X74A 3OVNA 3PY8A 3NCIA 1RDBA 1DTQA 1I39A 1A5WA 4BWMA 1VSHA 3DLRA 3NF9A 4CJRA 4DQPA 4HVJA 1UA1A 3AA3A 4DQIA 2KQ2A 3OYCA 1G15A 1KFSA 1U47A 4ELVA 3DI6A 4CEZA 4KI6A 3OYAA 1WSGA 1NJYA 4OPKA 3WNFA 3L8BA 3V9ZA 4ZTJA 3MAQA 2ITGA 4FLVA 4FZYA 1N5YA 4G1QA 3V9SA 4RW8A 3P5JA 4E3SA 1UOCA 4WE1A 1KFDA 1ASWA 2HMIA 3IAYA 4PA1A 1EX4A 3EYZA 3KIOA 3QNOA 4DTUA 2KFNA 1SUQA 4PUOA 4LSNA 3OYIA 3T1AA 3MEEA 3PUFA 4IG3A 3VQ7A 4B9SA 4KREA 5HRRA 3ITHA 3OYNA 3M8RA 3THVA 4DSIA 3DOLA 1S9EA 4HCBA 3LPTA 4DU4A 5DK5A 1NKBA 1UAXA 3ZT2A 3QINA 1SKRA 1B92A 1KLMA 3V6DA 4CK1A 5CY4A 1Y97A 4E19A 1U48A 1VSEA 4I2QA 3OY9A 3SJJA 4CGDA 3VA0A 4CFCA 4ID5A 3K58A 2G8KA 1JLFA 3I0SA 1I3AA 3L2VA 5J2MA 4UQGA 4IDKA 3RR7A 2F96A 4QOZB 3NDKA 5HROA 3LAKA 5K14A 3OYHA 4CFDA 4CJ3A 3DYAA 4B8AB 3OYLA 3KLFA 1NK8A 3BDPA 1NJZA 2G8UA 2EX3A 2GBZA 4CHOA 4Z4FA 2KFZA 1CXUA 3OJSA 3TARA 1HYZA 2Z1IA 2IC3A 3CM6A 3NGZA 3KLEA 4FJJA 2BE2A 2VG7A 1XHXA 1KVAA 5J2NA 3KK3A 3TI0A 3PV8A 1JLEA 2X6SA 3IG1A 4CIFA 4FLTA 5HP1A 2HVIA 1VSIA 3L2RA 3NFAA 1GOBA 3NGIA 4DU3A 4M3XA 1RT4A 4EZ9A 1HNVA 3JSMA 1C1AA 3KK1A 1QSLA 1R0AA 4B9NA 4Z0UA 4BDPA 1HQEA 3AO1A 3NH2A 2IDOA 3O3FA 1XI1A 4CGHA 4QCLA 4LH5A 4O4GA 1VRTA 3E01A 1RTJA 4HTUA 4OLAA 2VG5A 4FVMA 4GW6A 1HQUA 3DLKA 3OYFA 1C1BA 1HYVA 1Q8IA 3ZSOA 4CHZA 4E7IA 1HYSA 4KRFA 4F3OA 2IAJA 4O44A 2E4LA 3HVTA 4LSLA 2ATQA 1U45A 4E7KA 4N41A 4FM0A 4FK4A 1KLNA 4F4KA 2Y1JA 2X78A 2E6MA 1DTTA 1J54A 1BHLA 4CF1A 4W5NA 1EETA 4B08A 1K6YA 3L2UA 3QEWA 3ZT4A 1TAQA 1D9DA 3O4QA 4DLGA 3SQ1A 4AHVA 4Q0BA 4CJQA 1REVA 4FYDA 4FJLA 4PWDA 5I3UA 4BE2A 4FW2A 4K8ZA 1NK0A 1LW0A 2LSNA 2FBTA 5C25A 2AJQA 3TAFA 1QS4A 1F21A 1S1WA 3VQPA 4CJSA 3WNGA 4DQQA 3NF8A 4HUGA 4HCCA 3TANA 3QETA 4PY5A 2VG6A 2Z1HA 4IFVA 4DLEA 3K5MA 4AH9A 4EZ6A 3RMBA 4DMNA 4KTQA 3KD5E 3AVHA 2HHQA 2FC0A 1HPZA 3RRHA 4NCAA 4KKOA 1X1PA 4CJPA 4FJNA 2FBXA 3K59A 2G8VA 1QSSA 4FJ7A 1NKEA 2P1JA 4NYNA 1T8EA 2NUBA 2D0BA 4IKFA 3AO5A 1UWBA 3AVBA 4E0DA 3CG7A 4DSJA 3C6UA 3LDSA 2A1RA 4CEEA 3LP2A 4CJ5A 4W5RA 3QEXA 4EP5A 4W5QA 2B4JA 1ZBUA 3L2WA 4HUEA 1W0HA 2IOCA 1UA0A 2HW3A 2FBYA 3TAPA 4H4MA 4JRQA 1X9WA 1IG9A 1B9FA 3DRRA 1C0TA 1ZYQA 1ASVA 3PX4A 2HHTA 1JL1A 3D45A 1GOCA 3SUOA 1IKVA 4Q5VA 2D5RA 2VWKA 4CJVA 2FBVA 2G8FA 3SQ2A 4ICLA 3VA3A 3WNHA 3SQ4A 2XY7A 3S3MA 4F3TA 3DM2A 1IO2A 3QESA 4DU1A 4CK3A 3SV3A 1Q9XA 4FJ9A 1S9GA 5FROA 3NAEA 1RBRA 3A2FA 4CJFA 1RTIA 5CZ2A 4E7JA 3LP1A 3QIOA 2PYLA 1BGXT 3BGRA 4IFYA 3VN5A 1ASUA 1A5XA 4Y1CA 4LD0A 1ZBIA 3DOKA 3I0RA 5CZ1A 4KHYA 1YTUA 3ZSVA 1S1TA 3M8PA 3C95A 4LY7A 4KHSA 4F2SA 1BL3A 1VSDA 3HP9A 1QE1A 3HT3A 3ZSZA 3S3NA 4JS5A 3NF6A 1YVUA 2PYJA 1CZBA 2P5GA 3V1OA 1SL0A 4FZZA 5HRNA 1U04A 4IBNA 4F2RA 2G8HA 4M3ZA 1JLGA 4CF9A 1VK0A 2PZSA 3AO4A 4FJHA 1IKYA 4CECA 1TKXA 2IS3A 2RN2A 4N56A 4DFMA 1RT7A 3AA5X 4KO0A 3LP0A 3OYGA 3UIQA 2YNHA 3TWHA 2YNIA 4B9LA 3F9KA 4CEDA 2P5OA 2YNGA 1RBTA 1WSEA 4KHNA 5EU7A 1JLCA 4O5BA 2XY5A 4I9LA 4DTRA 3ZT3A 4B8CA 3K57A 4DQRA 1IH7A 2Q3SA 2I5JA 2P51A 3CFOA 4DTPA 2RKIA 2YKMA 3ALYA 4F8RA 2OPPA 4N5SA 4OKKA 4FK2A 2HHUA 2KZZA 3B6PA 4DG1A 1T05A 1KVBA 3VQAA 1D9FA 3VQBA 4CJWA 3OYBA 2D0AA 3DMJA 1JXEA 3CFRA 4FJXA 5FRNA 1WSHA 5KTQA 2RPIA 4O55A 3HM9A 3TAEA 3QLHA 1RNHA 1HJRA 1JL2A 3IS9A 2Z1GA 5KGWA 3VQEA 4CGFA 4FLZA 3QEIA 3HO1A 2YV0X 2G8WA 4E1NA 4FLWA 4KV8A 2BGGA 3U3YA 4B9TA 3K5OA 3SUQA 4FLYA 3ZSRA 5JS2A 4CEOA 3MXMA 3ZSQA 1TKZA 4O0IA 1FKPA 4DTJA 3HPGA 5JS1A 2HNZA 2ZQBA 4M3RA 4FJMA 3L3UA 3RWUA 5D3GA 1RT2A 4CGIA 1RBSA 3TAGA 3SNNA 5CYMA 1A5VA 4XIUA 4H4OA 1SKSA 3IRXA 3V1QA 4FZXC 1EP4A 5I42A 4Z4IA 1RTHA 4YFUA 1HRHA 1LAVA 2YKNA 3S3OA 3NH0A 5FRMA 2G8IA 4OVLA 1YTAA 2Z1JA 4KB0A 1BCMA 4BE0A 3AVCA 1WAFA 2OZMA 2KTQA 3P1GA 4I7FA 4O0JA 1TK0A 3TR8A 1TV6A 3VQ9A 1TL3A 1VSLA 3PX0A 4BACA 1NK5A 2VWJA 3KJVA 4B9MA 4CHPA 3OS1A 2W42A 1T03A 1QHTA 3HSTB 4CEQA 3KKRA 4KB1A 4M42A 4HHTA 4B9VA 1J53A 4AHCA 1WSIA 1QTMA 4CEFA 3NF7A 3LZIA 3QEVA 1VRUA 3LALA 1ZBHA 2YNFA 3SYZA 3G10A 2F8SA 3ZSXA 3NE6A 4MFBA 4KHUA 4R5PA 1QQCA 1O1WA 3OJUA 3B6OA 4DTMA 3PX6A 4CJTA 3AVFA 4AHUA 4L8RB 4CJUA 1HMVA 1JXBA 3SCXA 1S6QA 3H08A 1W9HA 1RBUA 2HHXA 1S5JA 3HVRA 1XWLA 3VQ4A 3VQDA 1D8YA 1YT3A 1X9MA 4OLBA 5DMRA 2YHAA 3PO4A 4KHWA 3ULDA 3OYDA 4HUFA 4ELTA 4CJ4A 4CCHA 3OS0A 4FM2A 4FJ5A 2O4IA 3MXJA 4CF8A 3O4NA 4BWJA 1KSPA 1BCOA 1BQNA 2HB5A 3NGYA 5KGXA 3OYMA 4DF4A 4DWIA 1S1UA 1U49A 4E89A 2OYQA 3K5NA 3KD1E 4FJKA 3ISNC 3OYJA 4DSLA 4RW6A 4QAGA 1S6PA 3LAMA 4N76A 3AVGA 4IG0A 4NCBA 4I2PA 4Z4HA 3HP6A 1RCHA 2E6LA 1CXQA 2B5JA 3DLGA 4JLHA 1VSJA 3AVMA 3D0PA 3TABA 1RBVA 3AVIA 3RTVA 4KI4A 4KTZA 4FK0A 3RMCA 3V4IA 4M3TA 1CLQA 3EY1A 2JLEA 1L3VA 2RF2A 1RDDA 4OGEA 1B9DA 4ZTFA 2HHWA 3V9XA 1TAUA 4TSXA 3K2PA 3AV9A 3L2QA 4YNQA 5J1EA 1KCFA 1S1XA 1VSFA 1JLBA 2QXFA 4MQ3A 4CEAA 3NH1A 4DFJA 4PQUA 2QK9A 3KKSA 1SKWA 4N47A 1TK5A 2DTUA 4CGJA 2DFFA 2Y1IA 4C8KA 1MU2A 3KLGA 1WSJA 3I8DA 3AVLA 1GOAA 4KPYA 4B3OA 2BANA 4M45A 3QEPA 4CJKA 4J2AA 2O4GA 4NYFA 1LV5A 1Q9YA 3T19A 3MECA 1X9SA 4DS5A 3WNEA 4CHQA 2XY6A 1TKDA 4W5TA 3RMDA 2QKKA 2X6NA 4JRPA 5J2QA 1NOZA 1C0MA 1J9AA 2OA8A 4Z4CA 3M8SA 4FXDA 2QKBA 4DFKA 3KLIA 4Y1DA 5KRTA 1TK8A 3L3VA 1RDCA 4J2BA 5KRSA 2WOMA 1NKCA 1Z25A 4RG8A 3V9UA 3AO3A 4CERA 2OPSA 2DFHA 4BE1A 5HLFA 5C24A 1TKTA 2D0CA 4OGCA 4B9UA 4DS4A 4GVMA 1L5UA 3QIPA 3OYKA 3VQ6A 3ZT1A 4CESA 3LANA 1FK9A 1FXXA 1VSMA 2JGUA 3DLEA 2XRIA 4RW7A 4M3UA 4BDYA 3V81A 3RR8A 3ZT0A 1HNIA 3TAMA 3OS2A 3HL8A 3V9WA 3SV4A 3HXMA 1DLOA 1NK6A 4EP4A 2OPRA 4CJLA 4CFBA 2F8TA 4FLXA 3OYEA 1EXQA 3DRPA 1LWEA 4FLUA 2ZD1A 3T3FA 1ITGA 3C6TA 4CIGA 3AA4A 3CM5A 4RW9A 4RW4A 3VQ5A 1L3TA 3M8QA 4ZHRA 4CIEA 1WSFA 1C6VA 4CK2A 4FM1A 2R7YA 3DRSA 1Z26A 4ELUA 1NJXA 3MEGA 3RMAA 4CE9A 1XHZA 1WLJA 3P83D 1L3UA 3HJFA 2A1SA 4M41A 5SZTA 3K5LA 1NK4A 1L3SA 2PY5A 1NOYA 3JYTA 1NK9A 2HVHA 3HPOA 4CFAA 4C8LA 5J2PA 3SUPA 1RT6A 4DFPA 4C8OA 4I9QA 4BDZA 2HNDA 1BIZA 4CF0A 3HYFA 3LWMA 2XHBA 3SUNA 3S9HA 1ZBLA 2XO7A 3CQ8A 1WN7A 4CEBA 4CJEA 3O3HA 3VQQA 3CFPA 3EZ5A 2HHSA 4ID1A 3LZJA 4J2EA 1TGOA 5HRPA 2ZE2A 4LH4A 1KVCA 1S1VA 4E7HA 2HNYA 1FKOA 2HHVA 4DSEA 1BISA 1NK7A 1LW2A 1JKHA 1XC9A 5SWMA 4CGGA 1BIUA 4W5OA 3KK2A 3CYMA 5C42A 3ZCMA 3DLHA 1EKEA 4JS4A 4C8MA 3V1RA 1QSYA 4KTWA 3KTQA 4AHRA 2B6AA 3AVJA 4AILC 3U3GA 4E7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TVRA 1U4BA 3D2FB 3SBTA 4KHQA 3M1FA 5T7BA 4OPJA 1RT1A 2FLOA 4LF7K 3SPYA 2BDPA 2DY4A 3M5RA 5CYQA 3QBWA 1ZBFA 3OHRA 5HBMA 3R8EA 4WFAL 3C94A 3TSUA 3SZ2A 5AFUA 4H0VB 4CZGA 1YJ9N 2FSJA 3SQ0A 1BQMA 4Z4EA 3HOSA 4A57A 1C1CA 3WEEA 3MK6A 5KPTA 3HK2A 4BY9C 1RILA 1GLLO 2XY8A 5ADXA 5GIOA 4DTSA 3Q7CA 3J7YP 1LAWA 3KWIA 4DTNA 3SPZA 4JHDA 1KTQA 4AHTA 2X74A 3RSEA 3THWA 4AQYK 2D0PA 3O9SA 4ELVA 4KI6A 3THXA 3V9SA 3J7AP 1BA0A 2E8AA 4FSVA 2YJFA 4LSNA 3GG4A 2UXCK 3T1AA 3MEEA 4JKHA 3R9PA 3VQ7A 5HRRA 3OYNA 3SMSA 1OH8A 4HCBA 5DK5A 2NZTA 3V6DA 2OTLN 4I2QA 4CGDA 3VA0A 1JLFA 3MWTA 4BRGA 1M90O 3AGKA 5K14A 4BR0A 1K8AO 4CFDA 1SQKA 2GBZA 4K42A 4B1YB 1CXUA 2Z1IA 3NGZA 2BE2A 1KVAA 4CBWA 1JLEA 2H3GX 2X6SA 4MLEA 1VSIA 2FF6A 3NGIA 4DU3A 4JI2K 4EZ9A 1R0AA 3ZETB 4BDPA 5F2RA 2IDOA 1VQNN 4CVNE 4LH5A 1C0GA 4O4GA 4HTUA 3E01A 1RTJA 1K9MO 4OLAA 3TSPA 3OYFA 4E7IA 4CHZA 1YUWA 4OPHA 3BY5A 4N41A 2ATQA 1WUAA 1DTTA 1J54A 4MO5A 1EETA 4W5NA 3ZT4A 3F9MA 3KZBA 4DLGA 2D1KA 2E20A 1Y64A 3QFUA 2UUAK 1GLBG 4XH1A 3D2EA 1LW0A 5M1PA 1QS4A 4I6MB 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 4CK2 A;  4FM1 A;  2R7Y A;  3DRS A;  1Z26 A;  4ELU A;  1NJX A;  3MEG A;  3RMA A;  4CE9 A;  1XHZ A;  1WLJ A;  3P83 D;  1L3U A;  3HJF A;  2A1S A;  4M41 A;  5SZT A;  3K5L A;  1NK4 A;  1L3S A;  2PY5 A;  1NOY A;  3JYT A;  1NK9 A;  2HVH A;  3HPO A;  4CFA A;  4C8L A;  5J2P A;  3SUP A;  1RT6 A;  4DFP A;  4C8O A;  4I9Q A;  4BDZ A;  2HND A;  1BIZ A;  4CF0 A;  3HYF A;  3LWM A;  2XHB A;  3SUN A;  3S9H A;  1ZBL A;  2XO7 A;  3CQ8 A;  1WN7 A;  4CEB A;  4CJE A;  3O3H A;  3VQQ A;  3CFP A;  3EZ5 A;  2HHS A;  4ID1 A;  3LZJ A;  4J2E A;  1TGO A;  5HRP A;  2ZE2 A;  4LH4 A;  1KVC A;  1S1V A;  4E7H A;  2HNY A;  1FKO A;  2HHV A;  4DSE A;  1BIS A;  1NK7 A;  1LW2 A;  1JKH A;  1XC9 A;  5SWM A;  4CGG A;  1BIU A;  4W5O A;  3KK2 A;  3CYM A;  5C42 A;  3ZCM A;  3DLH A;  1EKE A;  4JS4 A;  4C8M A;  3V1R A;  1QSY A;  4KTW A;  3KTQ A;  4AHR A;  2B6A A;  3AVJ A;  4AIL C;  3U3G A;  4E7L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TVR A;  1U4B A;  3D2F B;  3SBT A;  4KHQ A;  3M1F A;  5T7B A;  4OPJ A;  1RT1 A;  2FLO A;  4LF7 K;  3SPY A;  2BDP A;  2DY4 A;  3M5R A;  5CYQ A;  3QBW A;  1ZBF A;  3OHR A;  5HBM A;  3R8E A;  4WFA L;  3C94 A;  3TSU A;  3SZ2 A;  5AFU A;  4H0V B;  4CZG A;  1YJ9 N;  2FSJ A;  3SQ0 A;  1BQM A;  4Z4E A;  3HOS A;  4A57 A;  1C1C A;  3WEE A;  3MK6 A;  5KPT A;  3HK2 A;  4BY9 C;  1RIL A;  1GLL O;  2XY8 A;  5ADX A;  5GIO A;  4DTS A;  3Q7C A;  3J7Y P;  1LAW A;  3KWI A;  4DTN A;  3SPZ A;  4JHD A;  1KTQ A;  4AHT A;  2X74 A;  3RSE A;  3THW A;  4AQY K;  2D0P A;  3O9S A;  4ELV A;  4KI6 A;  3THX A;  3V9S A;  3J7A P;  1BA0 A;  2E8A A;  4FSV A;  2YJF A;  4LSN A;  3GG4 A;  2UXC K;  3T1A A;  3MEE A;  4JKH A;  3R9P A;  3VQ7 A;  5HRR A;  3OYN A;  3SMS A;  1OH8 A;  4HCB A;  5DK5 A;  2NZT A;  3V6D A;  2OTL N;  4I2Q A;  4CGD A;  3VA0 A;  1JLF A;  3MWT A;  4BRG A;  1M90 O;  3AGK A;  5K14 A;  4BR0 A;  1K8A O;  4CFD A;  1SQK A;  2GBZ A;  4K42 A;  4B1Y B;  1CXU A;  2Z1I A;  3NGZ A;  2BE2 A;  1KVA A;  4CBW A;  1JLE A;  2H3G X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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