4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase binding protein
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
5CYQA 3OS2A 3I8DA 3C95A 1D9FA 4N56A 1HJRA 4KO0A 4E19A 2RN2A 4CJPA 3ZT4A 3D0PA 1RT5A 1S1TA 4H4MA 4CERA 3HVRA 4CJLA 3DLBA 2HHWA 4KREA 1TAUA 4MQ3A 4IFVA 3B6OA 1Z25A 2NUBA 3AVMA 3C6UA 3V1OA 3ITHA 1KRPA 2VG6A 1QE1A 3MEGA 4CF0A 4DQSA 4DLEA 2IOCA 3AVKA 3DRRA 4N76A 3SUQA 3SPZA 3AA4A 4CJSA 2PY5A 1BQNA 3I0RA 2RF2A 1DTTA 1SL2A 2DFHA 2HHXA 3AA5X 2XO7A 3HSTB 4CJFA 3LALA 1NK5A 2HHUA 2W42A 1RT2A 4NYFA 1CXQA 1TGOA 1S1VA 3LPUA 5HP1A 3FFIA 2RKIA 1SL0A 3QIOA 2RPIA 3RMCA 3KD1E 2AJQA 2XRIA 4FLWA 1C1CA 2PZSA 1BCMA 2XY5A 3CQ8A 4W5TA 3NAEA 1RT7A 3CFOA 1BISA 4CGFA 5HRSA 1U49A 3MXJA 3LZIA 4DQIA 2KZZA 3S3NA 3HPHA 1L3UA 5EU7A 4AHRA 4O44A 3SV3A 1O1WA 4FM1A 4EZ9A 4DMNA 1KFDA 4DTXA 1QSYA 3RMBA 4F2SA 1NJZA 4LH4A 3BGRA 1WSJA 1FKPA 3NCIA 1CXUA 4BWJA 1SUQA 5KRTA 1ITGA 4FLUA 2P5OA 3HVTA 4NCAA 3OYCA 4FW2A 3LP0A 2DFFA 2KTQA 2DTUA 4DS5A 4C8KA 1RBSA 4E1NA 4CEDA 4ZTFA 2GV9A 2LSNA 1VSDA 3OYAA 3AA2A 2A1RA 4CEBA 4KHQA 4CIGA 2HVIA 1HPZA 4CESA 4Z0UA 4KPYA 3U3GA 3AO3A 4E7KA 1D5AA 3DM2A 1FK9A 3PUFA 3ZSXA 2Y1IA 3NGZA 3OYEA 4IKFA 3QO9A 2P1JA 5HLFA 2HNZA 3OJSA 4C8NA 1U04A 3KJVA 2ZD1A 4KTZA 3SUOA 4DTPA 1ZBLA 3DRPA 1RBRA 4J2DA 1WSIA 1RNHA 1TV6A 3NGYA 4DF4A 3L3VA 4CF2A 3OYNA 4AHSA 2BANA 3KKSA 4CECA 4DSFA 4WE1A 1NK9A 4FW1A 1QSLA 2HHSA 4IDKA 4RG8A 2ITGA 4AHCA 1HNVA 3ZSRA 4CEZA 2HB5A 1W0HA 2OPQA 4RW9A 4CEOA 4CEEA 1EP4A 4ICLA 4B08A 4KTWA 1N6QA 5KGXA 4CEQA 4N47A 1NK0A 4CJ5A 1J54A 4FJKA 4L8RB 3HYFA 4I2PA 1VSKA 1K6YA 3AVAA 3RMDA 3RMAA 2OZMA 3RWUA 3SUNA 1VRUA 1Z26A 2YNGA 4RW6A 2HNDA 3AVBA 3ZT1A 4H4OA 5T7BA 1TL1A 4AHUA 3AV9A 4ELUA 3CM5A 1C6VA 3LP1A 4CJVA 3L2RA 3O4QA 2X6SA 3VQEA 1VSHA 4JRPA 3SNNA 2YNFA 1A5XA 1ZBIA 3WNFA 1J9AA 4DF8A 1RTHA 1UAXA 1RBUA 1RCHA 5CYMA 4B9UA 5E41A 4KHUA 1WLJA 3I0SA 4KB1A 4HVJA 5FRMA 3SPYA 1DLOA 3D45A 4J2AA 4B3OA 1EX4A 3OYIA 1BIZA 3LWLA 1NJYA 1F21A 1WSGA 5JS2A 3VQBA 2OA8A 4Z4EA 2X78A 3OS0A 3HXMA 3PX0A 3SI6A 1KVBA 5SZTA 4DTJA 3NGIA 1QTMA 2D0BA 1SL1A 1L3SA 3DI6A 4FLTA 1IKYA 2OZSA 1C1BA 1L3VA 1VSJA 3S3OA 1Q9YA 1T8EA 4Z4GA 4DU4A 1S1XA 3KK1A 3LWMA 1W9HA 4NCGA 1X9MA 2G8VA 2JGUA 4CHZA 4Z4FA 5CZ1A 1SV5A 1WSFA 1QHTA 3DRSA 4AH9A 4J2BA 2F8TA 4O0IA 3LAKA 3RR7A 3DOKA 1UWBA 4CFAA 3F73A 3KK2A 1NOZA 3AVLA 4E7JA 4FJXA 4O0JA 4FJ9A 1VRTA 5HBMA 3ZSVA 4CHOA 5CY4A 3HK2A 4B9MA 1NK6A 4FJ7A 1WNSA 3WNGA 5C24A 3O4NA 1NK7A 2P51A 3MEDA 1KSPA 4DSIA 1X9SA 3NF9A 2Q3SA 4E7HA 1IKXA 4DTUA 2YV0X 4B9LA 2R7YA 4DSLA 1TK0A 4KRFA 4DTRA 4G1QA 3K5OA 4DU1A 3PX4A 1BCOA 4GW6A 2FBYA 4KAZA 3EZ5A 3QEIA 1IKWA 2KQ2A 2YNIA 1NKCA 4GVMA 1RDDA 4GMJB 4FM2A 1YT3A 2VG7A 2VG5A 4KHYA 1TKZA 2FBXA 2G8IA 4FJ8A 4CJEA 4FJJA 3DLGA 1RT1A 1EETA 2EX3A 1LWEA 3T19A 3VQ6A 3CM6A 4LH5A 2HHQA 1G15A 3QEWA 4ELVA 4OPKA 3ZT0A 4CGJA 1LV5A 1RTIA 1T7PA 2O4IA 3AVHA 4YFUA 2IAJA 4EP4A 4KHWA 1C0MA 3VA3A 3S9HA 4KTQA 1IKVA 1A5VA 2Z1IA 2DY4A 3NH0A 4BWMA 4B8CA 4FJHA 4PQUA 1S1WA 2X74A 4AHVA 4YNQA 3SUPA 1TK5A 2I5JA 2YHAA 5K14A 4HCBA 3AO5A 1T03A 4AHTA 3O3GA 4W5RA 1X1PA 5C42A 4JS5A 1JL2A 4DG1A 2A1SA 1RBTA 4C8LA 3CFPA 1RDBA 4CJUA 1TKXA 3SQ0A 4JRQA 5HROA 4H8KA 1D9DA 3ZSWA 3C6TA 3VQAA 4E1MA 4BDYA 1B9FA 3HP9A 1REVA 1ZBFA 3V9SA 1BI4A 3OVNA 4CJTA 5J2QA 4CIEA 1TKDA 1KCFA 3AVJA 1WN7A 3P1GA 1U45A 4CK3A 1JLEA 4E7IA 4FK2A 4DFMA 5FDLA 1JLFA 5HRRA 4FJGA 3DLHA 4W5OA 1XHXA 4ZTJA 3SQ2A 1JL1A 1GOAA 1FKOA 4CJWA 3KLIA 1L3TA 1QSSA 4M3WA 1BHLA 4Z4IA 4DTOA 4NYNA 4DQPA 5J2NA 1SKWA 5SWMA 4CHQA 3CYMA 3NF7A 3V9UA 3PO5A 4C8OA 1RT3A 2G8WA 3NDKA 4DTMA 4LY7A 5CZ2A 1KLMA 5FROA 4RW7A 4OGCA 1HQUA 4B9NA 3V1RA 5I3UA 1JLGA 1IH7A 5KI6A 4PUOA 4CFDA 2BE2A 3DLKA 4CGHA 5DMRA 3TAMA 2XY6A 1U4BA 3AO1A 4LD0A 4F3OA 4CK2A 4HHTA 4AILC 4E0DA 4FJ5A 1VK0A 4O5BA 1GOCA 3TAGA 1ZYQA 1MU2A 2BDPA 3M8SA 3HPOA 4M3ZA 1XC9A 1TL3A 3O3FA 3EYZA 2KZMA 1XI1A 2OPPA 4J2EA 4KHSA 1UA1A 3BDPA 3QIPA 3NF6A 4DTSA 4F2RA 1CLQA 4CIFA 3K5MA 1ASUA 1YVUA 1UOCA 2X6NA 2ZE2A 3MEEA 3TAPA 4M3TA 1LWCA 4IBNA 1Q9XA 1JKHA 1LAVA 3QNOA 2ATQA 3OYGA 3SZ2A 1RDAA 3VQ8A 3ASMA 2G8UA 1VSLA 2P5GA 3VQ9A 3ALYA 1ZBUA 3TAFA 3QNNA 3THVA 1BL3A 4FLZA 2D0AA 2G8HA 2PYLA 3IAYA 2IC3A 4IG3A 3QEVA 3UIQA 4M3YA 1I3AA 3QEPA 2HHTA 4IG0A 2Z1GA 3WNHA 3KLGA 3ZCMA 3OYMA 4DWIA 4FLXA 4OJRA 5J2PA 3KD5E 1HRHA 1WAFA 3OYBA 3OYLA 1NJWA 4W5QA 4BDPA 2ETJA 4PWDA 3HM9A 3LPTA 1IO2A 1D8YA 3S3MA 4CEAA 3NBPA 1A5WA 1ASWA 3DMJA 3AO4A 3NH2A 5KTQA 3AVIA 3NH1A 3O3HA 4HUFA 3OYFA 3SJJA 5D3GA 4CHNA 3HT3A 2IGIA 3V9ZA 3V1QA 1WSHA 4O55A 1TVRA 3L2WA 1S6PA 4FLVA 3NF8A 3V9XA 2FBVA 4KFBA 4CHYA 3HPGA 1RTJA 1VSMA 4LSNA 1BQMA 2G8FA 4HCCA 1GOBA 1JXEA 4CK1A 1KLNA 1I39A 5KGWA 3RR8A 3IG1A 2YKMA 4RW8A 4FXDA 4CJ4A 4CHPA 1KFSA 3T3FA 4KHNA 1EKEA 2XY7A 3G10A 1C0TA 1XHZA 1SKRA 4M3RA 1RDCA 4DFKA 1IG9A 1YTUA 3KTQA 3VQQA 3NHGA 4FK4A 2IS3A 2FBTA 4CEFA 5JS1A 4ID1A 3EY1A 1RT4A 4K8ZA 4Q0BA 3JYTA 4B9TA 4FK0A 5J2MA 1JLAA 4N5SA 4DS4A 1XWLA 1LWFA 4C8MA 1NJXA 3LANA 4FZXC 3VQDA 4BDZA 3K58A 4O4GA 2KFZA 2EHGA 1U48A 1HYZA 3SCXA 3G0ZA 1JLCA 4CF1A 4CGDA 4M41A 4DFJA 4F8RA 1S1UA 4FJNA 4CFCA 1KVAA 3M8QA 4FVMA 4BE2A 1VSIA 3H08A 3AVNA 3RRHA 3V4IA 2HMIA 4F3TA 2FC0A 3CG7A 3PV8A 4LSLA 4KB0A 3QETA 1J5OA 1S5JA 1NKEA 3NFAA 3SYZA 4OPJA 3TARA 3M8PA 3P83D 1SKSA 4DU3A 4M3XA 4CGGA 2QXFA 1WAJA 3VQPA 3KLHA 1NOYA 4M3UA 1RT6A 2XHBA 3VQ5A 4I7FA 4OKJA 1FXXA 4QCLA 1N5YA 4CCHA 3ISNC 1WSEA 4CGIA 3M8RA 1U47A 3KLFA 3TANA 4FJLA 1BGXT 1LW0A 2OPSA 3MAQA 3LAMA 4BACA 2F8SA 1S9EA 1VSFA 4OKEA 3HO1A 2WOMA 1JLQA 1YTAA 4CF8A 3L8BA 2E4LA 2Z1JA 2Y1JA 4CF9A 3VQ7A 3MECA 1CZ9A 2G8KA 3L2QA 3AO2A 4E7LA 2E6LA 3P5JA 4DSKA 3DYAA 3QLHA 4E3SA 4EZ6A 3F9KA 4DSEA 1Y97A 3V81A 3JSMA 4ELTA 5J1EA 1BIUA 3LZJA 2PYJA 3HP6A 1UA0A 3T1AA 4HTUA 3SQ1A 4PA1A 4KI4A 4Z4CA 3B6PA 3V9WA 3LP2A 1VSEA 3PX6A 3LP3A 1HMVA 3SQ4A 3WNEA 4PY5A 4JS4A 3TR8A 4FM0A 4KKOA 2JLEA 3CFRA 3K59A 2HHVA 1NK8A 1JLBA 4CJQA 4Y1DA 2E6MA 4QAGA 1QQCA 4W5NA 3MXMA 1S9GA 3VA0A 4FZYA 2D0CA 2VWKA 4BE0A 1ZBHA 1DTQA 4Q5VA 4CJKA 4MFBA 4HUEA 3L2VA 3QERA 2BGGA 3ZSZA 4HUGA 2O4GA 1NKBA 3K5NA 3OS1A 2ZQBA 4CFBA 5DK5A 2VWJA 4DTNA 3K5LA 4JLHA 3ZT3A 5I42A 4ZHRA 2GBZA 3K2PA 4KV8A 3ZT2A 3KK3A 2HW3A 2F96A 1HQEA 4EP5A 4R5PA 4Z4HA 3OYHA 4DQRA 1B9DA 3TAQA 1T05A 4FJIA 3ZSYA 3E01A 2B4JA 1HNIA 3ZSOA 5FRNA 2WONA 2OPRA 2GUIA 4F4KA 1Q8IA 3NE6A 4DSJA 2D5RA 4OLBA 5HRPA 3AVCA 2YKNA 4B9SA 5C25A 3IRXA 3RRGA 3RTVA 2B5JA 4OGEA 1X9WA 1BI4B 2YHBA 3QINA 3TAEA 4OLAA 4DLGA 3U3YA 1KTQA 4FCYA 3TI0A 3OY9A 3TWHA 3U6FA 1TK8A 1RBVA 3AA3A 4OVLA 2KW4A 3SV4A 3OJUA 4FZZA 1LW2A 1C1AA 4I9LA 4M42A 3VQ4A 4ID5A 4CJ3A 3ULDA 4B9VA 3HL8A 4OKKA 5HRNA 3PY8A 2XY8A 2IDOA 3OYDA 3KLEA 2QKKA 5KRSA 4DQQA 1RTDA 3L2UA 1TKTA 3V6DA 4XIUA 1C0UA 3ZSQA 1KVCA 2B6AA 4DFPA 3PO4A 3DLEA 3KIOA 4IFYA 3LDSA 4E89A 3C94A 4I2QA 4CJRA 1LAWA 3K57A 1L5UA 1QS4A 3VQCA 3OYJA 2QKBA 3DOLA 1ASVA 1NK4A 2OYQA 4K8XA 4N41A 3HJFA 2Z1HA 2KFNA 4KI6A 2DFEA 3IS9A 3AVFA 4FLYA 2HVHA 1B92A 4B8AB 4I9QA 1RILA 4Y1CA 3TABA 1J53A 1CZBA 4TSXA 4M45A 4NCBA 4QOZB 1HYSA 1JXBA 3A2FA 1EXQA 2YNHA 4BE1A 1HYVA 4FYDA 2QK9A 2HNYA 3QEXA 1R0AA 3VN5A 4RW4A 3DLRA 3KKRA 1S6QA 3L3UA 4CE9A 3QESA 3MXIA 4FJMA 3AVGA 1TAQA 4UQGA 3OYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGGA 3O9QA 4KO0A 2RN2A 5AQRA 4DV5K 4XH4A 3LDOA 4CJLA 4KREA 3V1OA 3ITHA 3H46O 3U4LA 3AAPA 4DQSA 3EKSA 3SPZA 4A62A 4CJSA 2PY5A 1BQNA 4DB3A 1ESVA 4CJFA 3TTCA 1NK5A 1N33K 2P9SB 1MWKA 1QQOA 3QIOA 2RPIA 3KD1E 3CERA 5AQTA 2PZSA 2XY5A 3CQ8A 3QDKA 4CGFA 5HRSA 4DR1K 3LZIA 4DUZK 3VPZA 4FWSA 1NMDA 3VOVA 1QSYA 3RMBA 3O1WA 5JICA 3DWLA 1CXUA 1HKGA 3OYCA 4FW2A 4J8FA 4DS5A 1RBSA 2LSNA 3WXIA 3OYAA 4NXMK 4DR5K 2UXCK 4HTLA 4Z0UA 5EX5A 3SBTA 2YJFA 3PUFA 3BZKA 3QO9A 5AQJA 4C8NA 2ZD1A 3SUOA 1TYQA 1RBRA 1VQ9N 1RNHA 4B3RK 3I56N 4DF4A 2WFBA 1IBLK 1QSLA 3FZFA 1NK9A 4RG8A 4CEZA 2QW9A 1BA0A 1W0HA 2HB5A 2OPQA 3ZETA 1EP4A 2YX6A 1N6QA 3CI5A 4FWQA 4JK8A 1T6CA 1J54A 4FJKA 5LJVA 2ZJRL 1K6YA 4M7YA 3RWUA 3VTHA 4A61A 2YNGA 3SUNA 4RW6A 4MO5A 3AV9A 4CJVA 1C6VA 4JRPA 3S41A 4ISEA 5EOYA 4B9UA 1UAXA 1RBUA 2BH1A 3LL3A 3LWLA 2OA8A 1F21A 3PX0A 3OS0A 3HXMA 1KVBA 3NGIA 2A5XA 4WQ4C 3PSIA 2D0BA 1L3SA 3DI6A 4LF9K 4FLTA 1VQ6N 4ILHA 1VSJA 3S3OA 2KLAA 2E2NA 4DU4A 4NCGA 5GINA 4CHZA 4Z4FA 3DRSA 3AVLA 3EE9A 4FJ9A 3CCLN 5HBMA 2P9IB 5CY4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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