4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase binding protein
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
3NH0A 4N47A 2IOCA 1TKXA 1RT6A 4EP4A 4KAZA 1S6PA 4L8RB 3HL8A 3AO3A 4Z4HA 4XIUA 3HVRA 4IG3A 2HNZA 4LD0A 3NH1A 3SPZA 2G8IA 2IC3A 3TR8A 2PYJA 3AVAA 4ZHRA 3K5LA 4FJ8A 5JS2A 4DMNA 4BDYA 3AVGA 4B9LA 2XY6A 1MU2A 5DMRA 3SZ2A 3V9WA 1KLNA 3T1AA 4CEQA 4FM1A 4Z4IA 4M3RA 1NJXA 2Z1HA 4B8AB 4DS5A 3RWUA 4CIGA 3WNGA 3OYJA 3NF7A 1RTIA 1NK8A 1NOZA 3B6OA 3T3FA 2YHBA 5DK5A 3TAQA 2JGUA 4DTUA 4G1QA 3OY9A 1UAXA 3ZSRA 4KTZA 4HUEA 3S9HA 4IDKA 3LWMA 1NK7A 2JLEA 3DLEA 1HQUA 4DFKA 2XRIA 4M3ZA 3KKSA 3EYZA 2D0AA 4AHVA 3THVA 3L8BA 3LPTA 3NH2A 4CJLA 5J2NA 1ZBLA 1IKVA 3KD1E 5JS1A 4OPKA 1FXXA 4OVLA 1XWLA 4E1MA 1RDBA 5KI6A 4CJ4A 4N56A 1VSJA 3JSMA 3VA0A 2YNGA 4DS4A 4DU3A 3QERA 3PO4A 4CF8A 1VSMA 3L2WA 1XHZA 1HQEA 3PY8A 4DU4A 1RT2A 2OA8A 5SZTA 4CGGA 2RPIA 2Z1IA 4CJKA 1GOBA 2FBVA 4JS4A 3K59A 1UA0A 4B8CA 5KRSA 3V1OA 2KFZA 1WSEA 4JLHA 4ID1A 2G8KA 3TANA 4ELVA 1KVCA 4FK4A 4I2PA 3RRGA 3O4NA 4O0IA 1ZBUA 5FRNA 3RMCA 1QHTA 3CG7A 3SPYA 2DY4A 4E7LA 2P1JA 2RN2A 3OS0A 4BACA 3QINA 3EZ5A 1L5UA 4RW7A 4C8LA 1RTHA 1ZBIA 1TL1A 3AV9A 3VN5A 4CJ3A 2HVHA 3OYFA 3S3OA 1XI1A 3TAGA 2QK9A 1HRHA 1N6QA 2HW3A 3FFIA 2X74A 2IGIA 3HVTA 1S1VA 4F2RA 2E6LA 1D8YA 1L3VA 4IKFA 1EX4A 1YTAA 1B92A 1RILA 3NF8A 5C24A 4CJQA 4E7HA 2F8TA 4OLBA 3VQ7A 1CLQA 3ZT3A 1LAWA 2F8SA 4CJTA 4KHNA 3HP6A 4R5PA 4DLGA 1BQNA 2BANA 4JRPA 5CZ1A 4OPJA 4FW1A 2GBZA 1RBVA 2OPQA 2EHGA 3QO9A 4CK1A 4DTPA 4I9LA 4DSKA 2ZQBA 4DU1A 3OYMA 4B9VA 2VG7A 1VSDA 1XHXA 4CEAA 1BQMA 4FLTA 2HHQA 4DQQA 4CFBA 3HO1A 1RBRA 4K8ZA 3HK2A 4Z4CA 3BDPA 1C1BA 3ALYA 3CYMA 4IFVA 5FDLA 3VQ6A 3ZSWA 5J1EA 4M3YA 4KRFA 4ID5A 2KZZA 4WE1A 4B9TA 4MQ3A 4QCLA 2HHUA 1WAJA 2AJQA 4CJPA 3SUOA 1R0AA 1S1UA 1WAFA 4FZXC 3I8DA 4E19A 1I3AA 2HHSA 1YVUA 1ZYQA 4HCBA 1UOCA 3ZCMA 3ITHA 1JLBA 4RW9A 1KSPA 4K8XA 2B5JA 1DTTA 4RG8A 4W5TA 4DF4A 3PX0A 4KFBA 4FLXA 2BDPA 4KKOA 2LSNA 3TAMA 4IBNA 5KGXA 4DQRA 1X9MA 1KTQA 3HSTB 4KHYA 2P5GA 4I7FA 3NCIA 4EP5A 4MFBA 4NCGA 1JLEA 3OYLA 4Z4FA 3A2FA 4CF1A 1GOAA 1X1PA 3AVIA 4FJMA 3KK1A 1KCFA 1NJWA 5HLFA 3OYHA 4KHWA 1HYVA 4E7KA 4CFAA 1LWEA 1FKPA 3DRSA 3VQDA 4FJIA 4KPYA 1BISA 1U4BA 4OJRA 1C6VA 5J2PA 2P5OA 1VK0A 3AA2A 4OGEA 3U3GA 1IH7A 1YT3A 4Q0BA 4ZTFA 4AHSA 1DTQA 4AHUA 3SUNA 1ITGA 1UWBA 2ATQA 2IDOA 2WONA 4DQPA 1HNVA 4N76A 1D5AA 3H08A 3MEGA 4DSFA 1C1CA 1LWFA 3AO4A 3RMAA 4FJHA 2OYQA 4HUGA 1LW0A 1S1WA 3OJUA 3RTVA 3OYNA 3ZSQA 4DG1A 3CQ8A 3V6DA 4W5RA 2KFNA 2X6NA 3P83D 3VQEA 3WNEA 1SKRA 3AVLA 3OYCA 1IKXA 4DSLA 4PY5A 3NF9A 4LH5A 3MXJA 2D0CA 3NHGA 2QKKA 4W5QA 3HXMA 1F21A 1Z25A 1W0HA 1FKOA 3ZT2A 1TVRA 3RR8A 1W9HA 3KKRA 4FJLA 1RCHA 4CECA 4DFMA 4ELTA 1JXBA 4NYFA 3D0PA 4UQGA 3K2PA 1S1XA 3HPOA 4FM0A 3JYTA 2GUIA 4CGJA 1C1AA 1U47A 3VQBA 1S6QA 1RNHA 3VQ9A 4AHCA 1DLOA 3IG1A 4CEDA 1VSHA 3QLHA 3QEPA 1VSEA 3SUQA 2B4JA 3NDKA 3K58A 2QKBA 4CJ5A 2KTQA 1SKWA 3DLKA 1B9FA 3ZSZA 1JLAA 3AO5A 1L3SA 3CFOA 1U49A 1JLCA 3VQPA 3DLGA 4CHYA 2YNHA 2FC0A 2D0BA 3QEXA 4KB0A 4ELUA 2YKMA 3ZSXA 4CHPA 1GOCA 4FLVA 3AA3A 5I3UA 3V9ZA 3RMDA 1Q8IA 1IG9A 3ISNC 1TK0A 3D45A 3AA4A 4KV8A 3SUPA 2XY8A 2YKNA 4FVMA 2GV9A 5FROA 1T7PA 3TAEA 4KI6A 2EX3A 4HCCA 2XY7A 1RBTA 2VG6A 4AHTA 1T8EA 3MXMA 1Q9XA 1D9DA 4F2SA 3T19A 4N41A 3KK3A 4CF0A 1HJRA 4W5OA 4HHTA 4FJNA 2YNFA 1VSIA 4DQIA 5E41A 3MEDA 5CYQA 2E6MA 2D5RA 3NE6A 2RKIA 1WLJA 3C95A 4E89A 4N5SA 2DFHA 4CJWA 3OYBA 4LY7A 3TWHA 4EZ6A 3QETA 3QEWA 2P51A 3OVNA 2OPPA 4CE9A 1NK5A 4DF8A 4DSEA 4BDPA 3NAEA 4Y1CA 3M8PA 3O3HA 1RTDA 1SKSA 4CEOA 3PX6A 4KREA 1KRPA 3I0SA 3ZSVA 2ITGA 1RT3A 1KVBA 5CY4A 4DSJA 4CJFA 1A5VA 4BWJA 1N5YA 3L2RA 1ASVA 2ETJA 3PX4A 3VQAA 3L2VA 1WSJA 3B6PA 5K14A 3WNHA 1NKCA 1TK8A 3DYAA 1RBSA 4DTSA 1QSYA 4FJXA 3AO1A 3I0RA 1CXUA 3AVJA 3TI0A 4DTMA 4CIFA 4ICLA 1KVAA 2KZMA 1IKWA 1Z26A 1HMVA 2Y1JA 4FLYA 3DLRA 4OKEA 3KIOA 3K57A 4F4KA 3L2UA 3LP1A 2XY5A 2BE2A 4CEZA 4B9UA 1ZBHA 1BHLA 4FLWA 1EP4A 4CF9A 4BE2A 1EXQA 4Z4EA 1BL3A 3QNNA 5KRTA 1JLQA 4KTQA 3SV4A 1J53A 1VSLA 4B9MA 3HP9A 2E4LA 4BDZA 2FBXA 3LP2A 4E0DA 2G8HA 4FJGA 3LDSA 3QEVA 4YFUA 1D9FA 4FJ9A 1ASWA 3V81A 4F3TA 4CK2A 2HHTA 5HRRA 4HTUA 4KO0A 1NKBA 3SV3A 3OS2A 1EKEA 3OS1A 3OYIA 2G8VA 1S1TA 2G8WA 3CFPA 5T7BA 4QOZB 1LW2A 1RBUA 4H4MA 4O5BA 3VQ8A 3NGZA 5HROA 1NJZA 1KLMA 2RF2A 3CM6A 3QIOA 2BGGA 2ZE2A 2HNDA 4B08A 4GVMA 1QTMA 4DTRA 4O0JA 3HPHA 1TKDA 2OZSA 4FXDA 4E7JA 4Z4GA 3K5NA 1RDDA 1X9SA 3VQ5A 3MXIA 3LP0A 5C42A 1QQCA 4CJEA 3OJSA 5HRPA 1WNSA 4KB1A 2O4IA 5J2QA 3SJJA 3KLFA 3AVFA 4FLZA 3IAYA 3UIQA 3TAFA 3S3NA 4GW6A 3V1QA 2HHXA 3RMBA 3G10A 5C25A 2DFEA 5CYMA 1NK6A 4IFYA 3SCXA 1VRUA 4F3OA 4I9QA 1RT7A 1REVA 3KLIA 3L3UA 4E3SA 3MECA 3M8SA 3VA3A 1J5OA 1X9WA 4M42A 3SQ0A 3IRXA 4M41A 5FRMA 2X78A 3HYFA 1QSLA 2PYLA 4CJVA 4RW6A 2XO7A 3HT3A 4CERA 3QESA 1QS4A 4JRQA 3LPUA 3AVMA 4BE1A 4I2QA 2Z1GA 5HP1A 1G15A 3ZT1A 1Y97A 3DM2A 4GMJB 3V1RA 4Y1DA 4HVJA 4IG0A 3OYKA 4M3UA 3HJFA 4DFJA 4CIEA 4E1NA 1WN7A 4DSIA 4KTWA 1A5WA 2F96A 1SL0A 3OYEA 4OGCA 3O3GA 2QXFA 4C8NA 4QAGA 4M3WA 4CFDA 1NJYA 1HYSA 3U6FA 4CF2A 2ZD1A 4Z0UA 4O4GA 5EU7A 3MAQA 2VWJA 4C8MA 4FJ7A 3E01A 4EZ9A 3V9XA 4FZZA 3SI6A 3ULDA 3KTQA 1JKHA 2FBTA 1TAQA 4F8RA 1T05A 1XC9A 4CK3A 3LALA 4H4OA 3KLEA 4CCHA 1RTJA 3QNOA 4YNQA 3QEIA 4DTOA 1SL2A 4RW8A 4NCAA 3P1GA 1ASUA 2HVIA 1J54A 1TL3A 3O4QA 2OPRA 5CZ2A 3HM9A 4FCYA 2A1RA 3TABA 1FK9A 1C0UA 2X6SA 1RT1A 3BGRA 4DTNA 3DRRA 4CEBA 3LAKA 1NK9A 1HYZA 3SYZA 1KFSA 1LAVA 1CZ9A 2A1SA 3P5JA 1JLGA 1K6YA 1TKZA 3LP3A 3LWLA 4FLUA 4JS5A 3U3YA 3V4IA 1U45A 1TK5A 3C6UA 3NGYA 4AILC 4FJ5A 2PZSA 1KFDA 3SNNA 2OPSA 2HMIA 4CHZA 2YNIA 2Y1IA 1BIZA 2I5JA 3VQ4A 1J9AA 4CEFA 1NKEA 1JLFA 4CJUA 4FYDA 3ZT4A 3M8RA 3L3VA 1C0TA 2YV0X 3ZT0A 4FJKA 1EETA 4KHUA 4C8KA 3NFAA 3QIPA 5HBMA 1S9EA 3WNFA 3IS9A 4B9NA 3KLHA 3CFRA 4B3OA 1RT5A 1TAUA 3AO2A 3EY1A 1A5XA 2WOMA 3NGIA 1NK0A 4DLEA 4CESA 3RRHA 1RDAA 2KQ2A 4HUFA 1Q9YA 2G8UA 4H8KA 4AHRA 3RR7A 4CEEA 4TSXA 2PY5A 4DTXA 4DFPA 5D3GA 1HNIA 1TV6A 4M3TA 1QSSA 1RT4A 1T03A 3LANA 4PA1A 5I42A 1SL1A 1TKTA 1QE1A 4DQSA 1BI4A 3K5OA 4CHNA 3O3FA 4NYNA 5HRNA 3G0ZA 5HRSA 3OYGA 2W42A 1NOYA 2Z1JA 3DRPA 2HNYA 3OYDA 3TARA 1SV5A 1VRTA 1C0MA 4CGIA 4W5NA 1ZBFA 2NUBA 3ASMA 1BCMA 1WSGA 3AA5X 2VG5A 5KTQA 1WSHA 4E7IA 4J2DA 1TGOA 3KK2A 3ZSYA 5J2MA 1O1WA 4CFCA 4CHOA 3S3MA 4PQUA 4CHQA 3TAPA 3DOKA 2DFFA 3AVCA 4M45A 3OYAA 3KD5E 4ZTJA 4J2EA 1WSIA 2KW4A 3SQ1A 4BWMA 3DOLA 3AVKA 4RW4A 1L3TA 2DTUA 3F9KA 1BGXT 2Q3SA 4LSNA 3F73A 2B6AA 3AVNA 1BIUA 3SQ2A 1NK4A 3DLBA 2HHWA 2VWKA 3NBPA 1LV5A 2G8FA 4FJJA 3V9SA 1VSFA 3C6TA 3LAMA 1JL1A 3HPGA 3C94A 4PWDA 4CGDA 1IKYA 3SQ4A 1U48A 4NCBA 1CZBA 3PUFA 3VQQA 1S9GA 5KGWA 2IAJA 4OKKA 4LSLA 4J2AA 1S5JA 4FK0A 2HB5A 5SWMA 3DI6A 4OLAA 4CJRA 4C8OA 4DWIA 4CJSA 3KJVA 2IS3A 4KHSA 4FM2A 4M3XA 4LH4A 3LZJA 4B9SA 3KLGA 1YTUA 3MEEA 4O55A 4PUOA 2O4GA 4O44A 3PO5A 4KI4A 2HHVA 1LWCA 2XHBA 1HPZA 1SUQA 4FK2A 3V9UA 4KHQA 3DMJA 1RDCA 4DTJA 1I39A 2YHAA 1WSFA 3CM5A 3ZSOA 3AVBA 3L2QA 1UA1A 1CXQA 2R7YA 3AVHA 1JXEA 1BI4B 4OKJA 3DLHA 1U04A 4CGFA 4J2BA 1L3UA 4CGHA 1B9DA 4BE0A 4FW2A 4Q5VA 4AH9A 1IO2A 3M8QA 1VSKA 3NF6A 4FZYA 2FBYA 3LZIA 3PV8A 1JL2A 3K5MA 1BCOA 2OZMA 3VQCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH0A 4AF1A 1ATRA 2IOCA 1TKXA 1RT6A 4IZ9A 1YJNN 4KAZA 4XIUA 4Z4HA 3HVRA 1N8RO 4DV4K 3SPZA 3VEOA 4JKAA 4ZHRA 5BN8A 5JS2A 1RFQA 1ZXOA 3AVGA 4B9LA 5DMRA 4JI1K 3CQXA 3V9WA 2ZJQL 3LDLA 3T1AA 5H1SQ 1VQMN 3RWUA 3L0QA 3TPQA 3OYJA 1RTIA 2Q2RA 1EO1A 4BVOA 2YHBA 4A59A 2JGUA 4HUEA 1UAXA 3ZSRA 3S9HA 4IDKA 3LWMA 2D0OA 5AFUA 3O6WA 1HQUA 4DFKA 3THVA 3UE5A 3LPTA 5J2NA 4CJLA 3A0IX 5EXWA 2PFUA 4DS4A 4CJ4A 5BN9A 3QERA 4JI6K 3PO4A 3K9KA 1VSMA 5MLCQ 1XHZA 2I7NA 2YJFA 1RGIA 1GOBA 3K59A 3MWPA 4JLHA 4ID1A 1KVCA 5AQLA 3QB0A 4H0PA 3RRGA 3O4NA 4DB3A 2O8DB 3RMCA 1QHTA 2DY4A 4C8LA 4WFAL 1TL1A 3TAGA 2QK9A 4BRMA 4PKGA 2IGIA 3HVTA 4F2RA 3CCQN 1L3VA 1EX4A 1EWRA 1RILA 2O8EA 5EX5A 2GX9A 3E9LA 5KPTA 1GLBG 4OPJA 4MDBA 2EHGA 4C1NK 2VG7A 4CEAA 2HBJA 4FLTA 2HHQA 4I6MB 4CFBA 3JS6A 3BDPA 1C1BA 3ZSWA 4BG8A 5J1EA 4ID5A 3CJ1A 5KQDA 1WAFA 4LFCK 1I3AA 1ZYQA 1UOCA 3H1QA 1JLBA 1YVNA 2QWOA 2B5JA 1DTTA 4NB4A 4W5TA 3PX0A 2Q1NA 4DV2K 3TAMA 3DAWA 4EP5A 4MFBA 5C15A 1JLEA 4GV9A 1GOAA 4JKGA 4E7KA 4CFAA 5M1NA 1OVQA 4FJIA 3TSPA 1BISA 4OJRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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