4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
molecule tags Transferase/transferase binding protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
1A5XA 1BIUA 3VQQA 4CJVA 3V6DA 3THVA 1TV6A 3IAYA 1NKCA 1ZBHA 1HNIA 1VSHA 1L5UA 2G8KA 1LWFA 2KZZA 3DLEA 1RILA 3RMBA 3PUFA 4UQGA 5HRSA 4B9MA 4M3XA 3QIOA 3ZSXA 5SZTA 3TAEA 3L8BA 4ELTA 3NF8A 2B6AA 2Y1IA 4CJTA 1RTDA 4FZYA 3NH1A 2OPQA 1SKWA 3QESA 2HNDA 3OYHA 4JLHA 5HBMA 1C0MA 1RTHA 1L3VA 4AHRA 4NYFA 1LWCA 4CJ4A 1SV5A 4CF9A 1TK0A 1VSJA 4DTJA 4C8KA 4OKEA 3TAPA 3LP2A 4HUFA 1HMVA 3T1AA 3M8RA 4DFJA 1NK5A 4AILC 3DOLA 4NCGA 5HRRA 3VQ7A 3HL8A 1KSPA 3V9XA 1RCHA 3I8DA 4FXDA 1IKYA 1B9DA 1RT2A 4OPKA 2QKBA 4OVLA 3U3YA 3K2PA 4CE9A 1GOBA 1A5VA 1VSLA 1YT3A 4DSFA 1J9AA 1RT5A 3DMJA 2FBXA 4FJMA 1S1VA 3BDPA 3DM2A 1FXXA 4IFYA 3QNNA 3V81A 4KHNA 2XY5A 3SJJA 4DQIA 4W5NA 1TAUA 2LSNA 4I2PA 4KKOA 2G8VA 4FLWA 3NBPA 2DFHA 4EZ6A 3AVKA 5SWMA 3SQ0A 1HRHA 3LP3A 4LSLA 3VQ5A 1WNSA 3KLIA 4QCLA 3CFRA 3NFAA 3PX0A 3ULDA 1VK0A 3KK3A 3AV9A 5I42A 1BIZA 3HT3A 4QAGA 4ELVA 3ITHA 2EHGA 1F21A 4CGHA 3NE6A 3DRSA 3VA3A 1KRPA 1C1BA 5C25A 1IG9A 1WSIA 3VQCA 1S6QA 5DMRA 4CHZA 1RT6A 4CHNA 1NJYA 1Y97A 3V1RA 1NKEA 4FJ7A 1U4BA 1VSIA 4CEAA 3V9SA 2D0AA 1R0AA 1LW0A 1RTIA 3HYFA 3KKSA 1WLJA 4EZ9A 3OYDA 3AVNA 1QSLA 2F8SA 3SNNA 3OYKA 3LZIA 1RDDA 1UOCA 2ETJA 4KB1A 4PWDA 1BQNA 1S9GA 4DG1A 4DTPA 1I3AA 1K6YA 3NGZA 3VQAA 5C24A 4W5TA 2GBZA 3HP9A 4KHYA 1ITGA 3AO4A 5CYMA 4HTUA 3ZT3A 4FLYA 4E19A 1JLEA 2YNIA 4W5RA 4KHQA 1EP4A 3C94A 3I0RA 4BWJA 3SCXA 3OYBA 4M42A 5D3GA 3PO4A 4FVMA 1KTQA 3LPUA 1WAJA 4L8RB 4ELUA 1HYSA 4DTSA 4CJUA 4DTNA 5KI6A 1RDCA 4AHCA 4FJHA 3SUPA 1C6VA 4M3UA 1L3SA 4DSKA 1C1CA 2E6MA 3NF6A 2HNYA 2YKMA 3AA2A 4DQSA 1DLOA 4N41A 3LALA 3LP1A 2X6NA 4CIGA 5KRSA 2O4IA 4KI4A 3P83D 3DRPA 3ZSOA 4CJPA 3SPYA 5HRPA 3HM9A 3IG1A 4IKFA 1SKRA 2XY8A 2P5GA 3DYAA 4FK2A 3ALYA 1QSSA 3M8PA 3CG7A 1BI4B 3G0ZA 3K5OA 3VQ6A 2GV9A 1FKPA 3EY1A 3NHGA 2QKKA 4OLAA 2BE2A 2DFFA 4RW6A 3JSMA 3EYZA 2OYQA 2E6LA 1RT1A 4Q0BA 4EP4A 4DQQA 1TK5A 2I5JA 2ZD1A 4N56A 1ZYQA 4DS4A 1KFDA 1NOYA 4BDPA 4FJLA 3LPTA 4CHOA 4PY5A 3NF9A 3TAFA 3QINA 2HVHA 3K58A 1X9MA 1SL2A 3OY9A 1S1UA 4BE2A 4F2RA 2XHBA 3OYEA 5T7BA 2OPPA 3DRRA 2G8FA 1XI1A 4O55A 1EX4A 4M3RA 4M3ZA 3OS2A 3OYLA 2OPRA 3IRXA 4FJGA 4J2AA 1EETA 4BE1A 4FK0A 3OYGA 3DOKA 2KFNA 4ID1A 1NK9A 1CLQA 1VSEA 3QERA 3AVJA 3WNFA 4CEQA 4C8LA 2E4LA 2R7YA 1JLFA 1FK9A 2DY4A 1A5WA 4FLZA 3CM6A 4KO0A 4E89A 4CF8A 3S3MA 3RR8A 4R5PA 4E7HA 4IG0A 2FBVA 2KW4A 2XRIA 4PA1A 4F8RA 4OJRA 3OYCA 3KIOA 1SKSA 4OLBA 2HW3A 4E7KA 1RBTA 3KLGA 2VG5A 4XIUA 4N76A 1Z25A 3SV4A 3ZCMA 4CK2A 2B5JA 3KLHA 1S1XA 1IKWA 5J1EA 3RMAA 1NK6A 4KI6A 3AO3A 2HB5A 3I0SA 4RW7A 3SQ1A 1QQCA 3OYFA 3L2VA 2X78A 4CK1A 5HRNA 5JS1A 1RBSA 3ZSYA 3NF7A 3KJVA 5HLFA 3OJSA 4W5QA 4HVJA 4AHVA 5J2NA 1S5JA 2QK9A 4E1MA 1ASUA 2VG6A 1GOAA 4CJKA 1UA1A 1JLGA 1RT3A 2IC3A 3AVMA 4CERA 2PZSA 4CF0A 3TARA 3K5MA 4FZXC 1JLAA 2YHBA 5FROA 3DLRA 3ZSVA 2XO7A 4E0DA 4KTQA 2O4GA 2G8IA 4LY7A 4Z4EA 5HROA 5KGXA 3NGIA 4BACA 2G8UA 4CJEA 3FFIA 1N6QA 3V9WA 4DF4A 2PYJA 3VQPA 1TKXA 1YTUA 1REVA 3NH0A 2Z1JA 1TKZA 3D45A 1WAFA 3VQEA 4DU4A 1C0TA 4AH9A 4AHTA 4FM1A 1IKXA 2KQ2A 2VG7A 1ASWA 3B6OA 4CJRA 3JYTA 1HYZA 3RMDA 1KFSA 1VSFA 4FLUA 1SL0A 1KCFA 3LANA 4FW2A 2ITGA 4O4GA 3C95A 4YNQA 3CQ8A 4CGDA 4Z4IA 1W9HA 1NK0A 1BGXT 1U48A 4F2SA 3OYNA 3L3UA 3ZSWA 1D9FA 2KZMA 3SQ4A 2RF2A 1TVRA 2HHWA 3AA3A 1JLCA 4WE1A 2HMIA 4KPYA 1T03A 2YNFA 5KGWA 4HUGA 4CIFA 4CJ3A 3AVGA 4CJFA 5CY4A 4H8KA 5KRTA 2P1JA 4CEDA 4RW4A 1IO2A 3LZJA 3SI6A 4DU3A 1SUQA 1BHLA 3AO1A 3T3FA 2WOMA 1HPZA 3VQBA 1NK4A 1W0HA 3WNHA 4CEEA 4JRQA 1J53A 2VWKA 1S1WA 2B4JA 1NKBA 1NOZA 4GW6A 4CFAA 4DSLA 3UIQA 2A1SA 3ZSRA 4Z0UA 4K8XA 3D0PA 1NJWA 4F3OA 1JL1A 2JGUA 1VRTA 2VWJA 3PX4A 1I39A 1CXUA 2D5RA 4OKJA 4M3WA 4KRFA 2FC0A 2OA8A 4CF1A 4FZZA 1QHTA 5K14A 4CJWA 3U6FA 3QEIA 4B9LA 4MQ3A 4YFUA 4IDKA 4DF8A 1WSJA 4I9QA 1HQEA 1RBRA 4NCAA 3AO2A 4FM0A 3HVTA 1CZBA 4Z4HA 1XWLA 4CFDA 3KLEA 2YKNA 3HP6A 4M3TA 1LWEA 4EP5A 3O3FA 5JS2A 4N47A 4Y1CA 4DTRA 1WN7A 2RKIA 4LH5A 1JLBA 3F9KA 3QEXA 2Y1JA 4BDYA 3ZSZA 1N5YA 4M3YA 1S6PA 1D9DA 3SYZA 4CFCA 4FJ8A 4DWIA 1ZBUA 2YHAA 1VSDA 3QIPA 3VQ4A 4OPJA 4N5SA 4DMNA 3L2WA 3KTQA 4KTWA 3QEWA 3EZ5A 4CF2A 4H4MA 2X6SA 1YVUA 4M41A 2XY7A 1G15A 3DI6A 3LAKA 3VN5A 4CEBA 3DLBA 3QLHA 3MXIA 2YV0X 4DQRA 3HSTB 4HHTA 1QSYA 3ZT4A 3PO5A 2P5OA 3ZT1A 2IAJA 3PX6A 1HQUA 1WSFA 4Z4CA 3VQ9A 3BGRA 1BI4A 1U04A 2JLEA 3CYMA 4LD0A 4CESA 1ZBIA 3HK2A 1VSKA 4DTXA 3HPOA 2HHQA 2G8WA 3LWLA 1J5OA 2F8TA 2AJQA 1HYVA 2D0CA 4CHPA 4O5BA 3MECA 4DS5A 4O0IA 3HXMA 1Q9YA 3CM5A 5CYQA 1L3UA 3P1GA 1T05A 1RBVA 1RBUA 1U45A 2D0BA 3O3HA 1XC9A 3RWUA 3NDKA 4FLTA 1LV5A 3V9ZA 3VQ8A 3LWMA 1L3TA 5CZ1A 1KLNA 4KREA 3OYJA 3TAQA 4CGIA 3CFOA 3V1QA 5E41A 1T7PA 4PUOA 1TK8A 4KHWA 1TKTA 3AA5X 2EX3A 5J2PA 4OGCA 3DLHA 1Q8IA 1KVBA 2IDOA 4FJ5A 4RW8A 2IGIA 1QS4A 4I7FA 4DLGA 2FBTA 2ZQBA 1KVAA 4KFBA 3CFPA 4ZTFA 3C6UA 1ZBLA 2IS3A 4HUEA 3AVIA 3S9HA 4KAZA 3LAMA 3PY8A 1D5AA 3HPGA 2IOCA 3SUQA 3OS0A 4CCHA 1U47A 3OS1A 4KTZA 5EU7A 1X9WA 1VSMA 4CGJA 1QE1A 1GOCA 1J54A 4ICLA 3NAEA 1JLQA 5KTQA 3V9UA 4C8OA 4CEZA 2OZSA 4DSJA 4B8AB 2HVIA 4CGGA 2X74A 3QO9A 2BGGA 3M8SA 4HCCA 4CK3A 1SL1A 4H4OA 2BDPA 4O44A 1X1PA 4B08A 4CECA 1RDBA 3O3GA 1BISA 1C1AA 1DTTA 3M8QA 2Z1IA 4BWMA 4DTMA 3V4IA 5DK5A 1BCOA 3VQDA 3TI0A 4OKKA 2KFZA 4DFPA 2RPIA 1ZBFA 4I9LA 3TR8A 3ZSQA 3RMCA 1NK8A 3OYMA 3RRGA 4OGEA 3NCIA 4DTOA 4J2EA 4FJNA 3ZT2A 1LW2A 4B8CA 4E1NA 3OVNA 4ZHRA 4QOZB 3ASMA 4CJSA 4E3SA 1NJZA 4PQUA 3MEEA 3IS9A 2P51A 4DLEA 4KB0A 3DLGA 3WNEA 4B9SA 3HJFA 4DU1A 3L3VA 4DSIA 2ATQA 3L2RA 3F73A 1RNHA 3KKRA 4E7LA 3QETA 3RTVA 3TAGA 3OYIA 1S1TA 1TL1A 4LH4A 3L2QA 4K8ZA 1TAQA 3E01A 4BDZA 2Z1HA 4CJQA 3AA4A 4IBNA 4RG8A 4FYDA 2FBYA 1FKOA 1RT7A 2ZE2A 4FW1A 2A1RA 4FJXA 3SUOA 2RN2A 2YNGA 3DLKA 3U3GA 2Z1GA 2HHUA 4IFVA 1NJXA 2Q3SA 3LDSA 2OZMA 3H08A 4GVMA 3OJUA 3TANA 3HVRA 3VA0A 3ISNC 5J2QA 4CGFA 1IH7A 2DTUA 4FLVA 3MXMA 1WSGA 1B92A 3AVAA 4CHYA 5HP1A 4AHSA 1VRUA 3S3OA 1U49A 2F96A 3PV8A 1LAVA 1QTMA 1CXQA 3AVFA 4RW9A 4BE0A 5C42A 3SUNA 4CJ5A 3QNOA 3K57A 3QEVA 4E7JA 2GUIA 4CIEA 1LAWA 1TGOA 2HHXA 4KHUA 1IKVA 1WSHA 1EKEA 5FRMA 1T8EA 3AVLA 1RT4A 3O4NA 4B9TA 4DFMA 4FM2A 3HPHA 3AVCA 1C0UA 4Y1DA 1Q9XA 5I3UA 2PYLA 3K5NA 3RRHA 2HHSA 1BCMA 2DFEA 4IG3A 4MFBA 4CFBA 3OYAA 4DTUA 2XY6A 4F4KA 1KLMA 3SZ2A 4B3OA 4FJIA 1CZ9A 1UA0A 4Z4FA 4C8MA 4FCYA 1B9FA 2W42A 4FK4A 4FJKA 4KV8A 4HCBA 1UWBA 1HJRA 3P5JA 1X9SA 3WNGA 3SQ2A 3K5LA 1KVCA 1JKHA 1UAXA 4W5OA 4JS5A 2KTQA 4JRPA 4FJ9A 2QXFA 2PY5A 4B9NA 5FDLA 1TKDA 3SV3A 3KD5E 4NCBA 3B6PA 4J2BA 3QEPA 1MU2A 2HHTA 4FLXA 5J2MA 3K59A 4ID5A 1XHXA 2BANA 3S3NA 2G8HA 3L2UA 4G1QA 3MAQA 1WSEA 1EXQA 3V1OA 4FJJA 3KLFA 4DFKA 3RR7A 3MEDA 4F3TA 4DQPA 4GMJB 3LP0A 5CZ2A 1JXEA 3G10A 2NUBA 3MEGA 4CHQA 1ASVA 1YTAA 1O1WA 3O4QA 2YNHA 4AHUA 4I2QA 1RDAA 1D8YA 4C8NA 4Z4GA 2HHVA 1BL3A 2OPSA 4TSXA 4M45A 3KK1A 1BQMA 1DTQA 4JS4A 1NK7A 4NYNA 3NH2A 3TABA 3C6TA 1TL3A 3AO5A 3KK2A 4O0JA 3A2FA 3AVHA 3KD1E 1RTJA 3SPZA 4CEFA 4KHSA 3T19A 1JL2A 1JXBA 3ZT0A 1HNVA 4Q5VA 1S9EA 4CJLA 4J2DA 3NGYA 3MXJA 4CEOA 3TWHA 1XHZA 3AVBA 4B9UA 3HO1A 4E7IA 4B9VA 5FRNA 4LSNA 2HNZA 3TAMA 4DSEA 4ZTJA 1Z26A 2WONA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5XA 3THVA 1YUWA 2ZWHA 1NGGA 1VSHA 1L5UA 4FVUA 2KZZA 2P9LA 3DLEA 4OPHA 4UQGA 3HBTA 5SZTA 3J81O 2B6AA 2Y1IA 4CJTA 1V4TA 3NH1A 3OW2M 2OPQA 3QESA 1ESVA 3OYHA 5C2FA 1L3VA 2AP1A 1LWCA 4NYFA 4DTJA 1OH5A 3TAPA 3LP2A 1KSPA 3M1FA 3EL2A 4FXDA 1TUUA 1B9DA 3D7EO 4WQ4C 4PKGA 2VCPA 2QWQA 1S1VA 2F7TA 3CCEN 3DM2A 4BRLA 4H5TA 4DQIA 3CCJN 1TAUA 1KC8O 2G8VA 4BC4A 5SWMA 4LSLA 3VQ5A 4QCLA 4H0XB 3AV9A 4DKWA 2E8AA 5I42A 4QAGA 4ELVA 4B9QA 4CD1A 3ITHA 2EHGA 4CGHA 3VA3A 3DRSA 2E88A 4V19S 4JI2K 4GV3A 4JNEA 1S6QA 3U8XA 2QTDA 4WFBL 1NJYA 1NKEA 4DUYK 2D0AA 4WQ5A 2GWJA 3OYDA 4MO4A 3LZIA 2W6LA 4LF9K 1BQNA 3NGZA 2GBZA 3HP9A 5M1KA 5CYMA 4BVOA 2OTJN 3ZT3A 4W5RA 4M42A 4BWJA 4JKGB 4U7BA 3LM2A 1HYSA 3ZX3A 4DTSA 4AHCA 3CD6N 3H6EA 1OKJA 1C6VA 4DSKA 1QZ6A 2HF3A 3LALA 5KRSA 1BG3A 2E1YA 1NGBA 5HRPA 2XY8A 5AZJB 3THXB 3CG7A 3G0ZA 2GV9A 1FKPA 3NHGA 3DXKB 4FWMA 2GTDA 2OYQA 2E6LA 2VYPA 5BPNA 4EP4A 2I5JA 2ZD1A 4N56A 2QEXN 1KFDA 4GKJK 3NF9A 3DLLL 3K58A 3FZMA 3OY9A 5ADXH 3DXKA 4F2RA 3IMXA 4JKFA 5T7BA 3WT0A 2G8FA 1XI1A 4M3ZA 3PIOL 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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