4AH9A

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
156
structure length
154
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 154
sequence length 156
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ah9A00
5C42A 1Z26A 4O55A 3TAMA 4CHYA 2DFFA 3AO2A 3I0RA 5FDLA 3RTVA 1TK5A 3HL8A 4NYNA 4RW6A 4M3UA 1A5WA 3QETA 1T7PA 3SV4A 3EY1A 1S1TA 3L2QA 2ZE2A 4CIGA 4FW2A 2LSNA 4N41A 2BE2A 4FLXA 4J2EA 4CJUA 3RMCA 3EZ5A 3V9UA 1YTUA 3NDKA 3WNHA 2XY6A 4C8MA 3OYCA 3VQCA 3TAFA 1ZBFA 3KKSA 1RDAA 3L3VA 4PQUA 4HUGA 3TABA 4O44A 4DU3A 4H8KA 3TAGA 4KHSA 1D5AA 4ZHRA 1SL1A 3DOKA 5C24A 3G10A 1BHLA 1VSMA 5JS1A 2FC0A 3CQ8A 3SYZA 1VSDA 4FLTA 4DFJA 3VQEA 1Q8IA 3U6FA 3PX6A 2PYJA 4N76A 5I42A 4NCGA 1RDBA 3ZSQA 4CF9A 3LWLA 3VA3A 4IFYA 2IDOA 3LAMA 1HYVA 1IKWA 4B9SA 4YNQA 4C8KA 1Q9YA 2Z1IA 2ATQA 1HYSA 4IBNA 3IS9A 3M8RA 1WNSA 4BWJA 4FXDA 3NF9A 2Z1GA 1JL1A 1IO2A 2KQ2A 1VSKA 1VSHA 4DLEA 2ZQBA 3MECA 2OPSA 1EP4A 1NK5A 1C0TA 1S1UA 3FFIA 3LDSA 4DLGA 4IDKA 3HM9A 3DI6A 4FJ5A 4B8AB 3RMBA 3AVMA 3TR8A 1VK0A 2YNGA 3NFAA 4CK2A 1VSEA 3KK1A 4CJEA 3NAEA 1QSSA 2JGUA 4CFDA 4DTRA 3AA4A 1B92A 1RBRA 3MEDA 1IKVA 1JLGA 4F8RA 5KI6A 1L3UA 2YNIA 2QKKA 3AA5X 3RRGA 3HP9A 1WSJA 1RBVA 1Q9XA 3HPGA 3VQ8A 4HCBA 4DQSA 3C94A 1SKSA 1KVCA 2D0BA 3U3YA 4FK0A 3SJJA 1VSLA 1RTDA 1VSJA 1NKEA 4CCHA 4JS5A 5CYMA 1BL3A 5EU7A 3LAKA 3ZT2A 4B9LA 2GV9A 3ITHA 1LAVA 4IFVA 4CIFA 1XI1A 3HYFA 2DY4A 4NYFA 3ZSOA 1ZBIA 3PO5A 1HQUA 3WNFA 2OZSA 3QINA 1WSIA 4CF8A 3S3MA 1RT1A 1LW0A 1W0HA 3NF8A 1HRHA 4FZZA 4E1MA 3SQ0A 1C1CA 2IC3A 2IS3A 5HBMA 3T1AA 4F2RA 2Y1IA 3EYZA 2X6SA 3CYMA 2E6LA 4LSNA 1B9FA 2Z1HA 3LPUA 3HJFA 3M8SA 2B6AA 3L2WA 3LP3A 3I0SA 5J2NA 3AV9A 3L8BA 2Y1JA 2FBYA 4RW8A 3AO4A 2O4GA 3VQPA 4M45A 4DTUA 3KIOA 4KAZA 1RDCA 1S9EA 1KCFA 4Y1DA 5KGXA 3OYMA 3VQQA 3JYTA 1WLJA 1X9SA 3TWHA 1TAQA 4J2DA 4CEFA 4W5QA 3SI6A 1L3VA 4FJ9A 3WNGA 3OYGA 4ID5A 4CJ5A 5J2QA 2PY5A 4BE0A 3PO4A 4O5BA 1VRTA 3V1QA 3LWMA 4WE1A 3TAQA 3F73A 4FJNA 3K57A 1W9HA 3NGZA 3AO3A 1CZ9A 3F9KA 4W5TA 4FM0A 2A1RA 2YNFA 4CGJA 1ASVA 1TKTA 3MAQA 4CJVA 4DFPA 4KTWA 2HMIA 5J2PA 5T7BA 3QLHA 3QESA 1G15A 4HVJA 4B8CA 1RT3A 1BQMA 1TVRA 3VA0A 4KHWA 2VWKA 4CGDA 4DWIA 1BISA 4B9VA 4PUOA 4FCYA 3PV8A 1ITGA 1UOCA 5JS2A 5CZ1A 4ELVA 2VG5A 4DTOA 1KFDA 4DF8A 4C8LA 3SUOA 1I39A 1EX4A 2KZMA 5KTQA 1S1XA 1ZBHA 5DMRA 3PUFA 1T05A 4KTZA 4CK3A 3K5NA 3K59A 3K5MA 5CZ2A 2VG7A 1TL1A 3S3OA 1SL0A 2ZD1A 3QNOA 3ISNC 1HJRA 2YHAA 1HNIA 1JLQA 1TKDA 3KKRA 1LW2A 3OYEA 3V9ZA 3CFOA 3KK2A 4E7JA 3V6DA 2HHVA 4DSLA 2X78A 1TV6A 4H4MA 3AVGA 4CF2A 5CY4A 1FXXA 1BIZA 4Z4HA 4CHNA 4DQQA 4F3TA 4LD0A 3NE6A 4E89A 4M42A 4M3TA 4GVMA 4FZYA 1IG9A 3DYAA 3DLGA 4IG0A 3NH0A 4HTUA 1BGXT 2G8VA 4L8RB 4M3WA 1X9WA 4Z4GA 2JLEA 1F21A 2XHBA 1R0AA 1N6QA 3DLKA 1FKPA 1JLFA 2RF2A 3VQ7A 2YV0X 3KJVA 4E7IA 4KRFA 1Y97A 3DM2A 4OJRA 3OJSA 2G8UA 1RBSA 2P5OA 4CK1A 1O1WA 2G8HA 3AVLA 2WONA 2Z1JA 3NBPA 4PA1A 4DU4A 1VSFA 3NH2A 3LP2A 4CHOA 3TAPA 4Z0UA 3S9HA 3L2VA 2I5JA 3G0ZA 2G8FA 4EZ9A 5HP1A 2OA8A 1C0UA 4Q5VA 4F4KA 4ZTFA 4W5OA 1DLOA 4Z4CA 3RR7A 3KLGA 1XHZA 1L3SA 1RNHA 3QIPA 4N47A 3ZSZA 3ZT4A 4AILC 4F3OA 4FM2A 4KB0A 1BI4A 1KSPA 2IAJA 3P5JA 1LWFA 4CEDA 1HPZA 1WSHA 1CLQA 4OPKA 2D5RA 4O4GA 4CESA 4MQ3A 3AVBA 4AHUA 3A2FA 2X74A 4DFMA 3L3UA 4DTPA 3KD5E 1CXUA 1KRPA 3OYLA 3CFRA 3HSTB 1RT5A 1CZBA 1SV5A 3V1RA 4I7FA 1GOBA 1DTQA 1S1VA 3CM6A 2KFNA 1ZBUA 4CFCA 1NK8A 4KB1A 3VQ5A 1TKXA 3LPTA 3VQDA 1GOCA 2HHQA 4CFBA 4E7LA 1RT6A 1SKRA 4EZ6A 3DRSA 5KRTA 1S6PA 1T03A 1L5UA 4JS4A 4CJLA 1Z25A 2BANA 1C0MA 3VQ6A 4KV8A 4M3RA 3DLEA 5DK5A 3ZSXA 1NJZA 1SUQA 3LALA 2Q3SA 4KI6A 4DSFA 3OS1A 2ITGA 1S9GA 1BCOA 1NK9A 4ELUA 4CEZA 3OS2A 2P51A 4KO0A 3V4IA 1BI4B 2OPPA 2QKBA 1GOAA 4LH4A 3MEEA 1KVAA 3OYBA 4B08A 4CJQA 3K58A 4FLVA 3TAEA 4RW7A 3VN5A 4DS4A 3QERA 4KREA 4IKFA 4BDZA 3NGIA 1JLBA 1HNVA 4CECA 3S3NA 2FBVA 4ZTJA 4CEBA 1NJYA 3KD1E 1J54A 4AHRA 1WSEA 2HNYA 2QXFA 3HPOA 4CEQA 1UAXA 3OYDA 3SPYA 4C8NA 1NKBA 4B3OA 1QQCA 4E19A 1DTTA 1NK4A 2HVIA 2RPIA 4OKKA 1NJXA 3SUNA 4M3XA 4CEAA 2F96A 3T3FA 2EX3A 2HNDA 1HYZA 3B6OA 3AVHA 3KLFA 1TK0A 1BQNA 4TSXA 3QEXA 2OYQA 3OYKA 4O0JA 1QTMA 4F2SA 1LWEA 4CJKA 1B9DA 4DTJA 2G8KA 4E0DA 3SUQA 3LANA 4DMNA 2DFEA 3ASMA 4DFKA 3E01A 1FK9A 3KLIA 4H4OA 4R5PA 1X9MA 2XY8A 3DMJA 2EHGA 2OPQA 1RBUA 3NCIA 5HLFA 1WAFA 4N5SA 5SZTA 1WSGA 3C95A 4DSEA 4DTMA 4LSLA 3OJUA 3V9WA 1ZYQA 3TARA 4B9UA 4CJTA 4FLZA 3NH1A 3RWUA 1YTAA 3OYHA 1WN7A 4RG8A 1FKOA 5J1EA 3OYAA 2WOMA 5HRRA 1L3TA 1RTJA 4XIUA 3MXJA 4CHPA 1TGOA 2YNHA 4AHTA 3O4QA 2HNZA 3ULDA 3AO5A 4I9QA 4KKOA 3SQ1A 2D0CA 5CYQA 4FM1A 5I3UA 1RT4A 1A5VA 3MEGA 4K8XA 2FBTA 3AVJA 4C8OA 4FVMA 3AVNA 1BCMA 3O3GA 5J2MA 4DG1A 3RMDA 1UA1A 1U49A 1JLCA 3V1OA 4FJGA 4HHTA 5HRSA 4CGHA 4E7HA 4JRPA 4FK2A 1RT7A 1JXEA 4KHNA 4O0IA 3HVRA 1U45A 1SKWA 4E3SA 4HCCA 3NHGA 2D0AA 3AVKA 4JLHA 5E41A 1ASWA 3NGYA 4K8ZA 1NOZA 4CJFA 4CHZA 4DTNA 3QEWA 1U04A 4BWMA 1U4BA 1X1PA 1QE1A 3DOLA 4QCLA 2PZSA 3ZSWA 4Z4FA 4YFUA 3K5LA 3SPZA 4FJ8A 2HHUA 4M3ZA 1EETA 3C6UA 2XY7A 4OKJA 4M41A 2DTUA 4Y1CA 4OGEA 4BACA 4DSIA 4UQGA 4DTSA 1QS4A 3KK3A 3NF6A 3H08A 4KFBA 3AVIA 4OKEA 4AH9A 2VWJA 2KFZA 1YT3A 4FJJA 3DLHA 3LZJA 3KTQA 3LZIA 3U3GA 4CE9A 3SNNA 4NCAA 1XC9A 1JKHA 1IH7A 3V9XA 4MFBA 3ZCMA 2PYLA 4FZXC 3JSMA 3MXIA 2RN2A 1S1WA 1RILA 1YVUA 3AA2A 3AA3A 3RRHA 4DSJA 3OS0A 1UWBA 3DRPA 3OVNA 3THVA 3O3FA 4FJMA 4W5RA 3VQ9A 1JLAA 3WNEA 1HQEA 2OZMA 4CERA 4FK4A 1RBTA 5HRPA 1KTQA 3OYJA 3HT3A 2GUIA 3HP6A 4DTXA 1NK6A 1D9FA 3RR8A 3OYIA 5FRNA 4ICLA 2O4IA 1T8EA 4I2QA 1VSIA 4QAGA 3V81A 1J53A 2KW4A 1LAWA 1SL2A 4DF4A 2IGIA 4J2AA 3P1GA 1EXQA 5D3GA 3OYNA 2HB5A 3ZSRA 1RT2A 3M8QA 1J9AA 3PY8A 1WAJA 5C25A 4BDYA 3TANA 3VQBA 1WSFA 4BDPA 3PX4A 1XWLA 3K5OA 4FW1A 4CJ3A 3SCXA 3ZSVA 3L2RA 3CFPA 3TI0A 1KFSA 1C6VA 5FROA 3IAYA 4FJHA 4Z4IA 4FJ7A 3BGRA 3HPHA 5KGWA 1KLMA 4DU1A 4CIEA 2F8SA 2HHWA 3OY9A 1TK8A 4CGGA 4FJXA 1NJWA 1TKZA 3B6PA 4CFAA 2R7YA 3HK2A 3AVAA 3QEPA 4AHCA 4KHQA 1IKYA 4KI4A 2G8IA 4CJRA 1ZBLA 4BE1A 4G1QA 1U48A 3VQ4A 3CG7A 4FLWA 3SV3A 1NKCA 1RTHA 3ZT0A 5SWMA 4PWDA 4JRQA 2HHXA 2BDPA 3QEIA 3SQ4A 4HUEA 4LH5A 1JXBA 4I2PA 1KVBA 4CGIA 1D8YA 2XRIA 2IOCA 3AVFA 2E4LA 2RKIA 4EP5A 4CJ4A 2P5GA 1CXQA 3ZSYA 1XHXA 5K14A 1JLEA 1EKEA 4ELTA 3KLHA 1TL3A 4FYDA 4CHQA 3ZT1A 4FLYA 4LY7A 3SQ2A 2VG6A 3QO9A 4FLUA 3SZ2A 1UA0A 3V9SA 1U47A 1QHTA 3HXMA 4RW9A 2OPRA 4I9LA 3D45A 4RW4A 4CGFA 3T19A 2FBXA 2NUBA 3D0PA 3ZT3A 4KHYA 3I8DA 2HHTA 4E7KA 1VRUA 3IRXA 4B9MA 1NOYA 4E1NA 4KPYA 1K6YA 3O4NA 2GBZA 3DLBA 4FJLA 3OYFA 4QOZB 4BE2A 2HW3A 1NK0A 3QIOA 1N5YA 2P1JA 3C6TA 2X6NA 2XY5A 3DLRA 4KTQA 4FJKA 2KTQA 3K2PA 5HRNA 3QNNA 3LP1A 1MU2A 2E6MA 3KLEA 1RDDA 4M3YA 4CF0A 4CJSA 4Q0BA 2HHSA 1TAUA 3NF7A 2HVHA 2ETJA 1REVA 2W42A 3UIQA 1C1AA 4NCBA 3QEVA 3MXMA 1RCHA 3PX0A 3AVCA 2DFHA 3BDPA 4IG3A 2G8WA 4CF1A 4DQPA 2AJQA 3ALYA 4ID1A 4N56A 3VQAA 4DS5A 5HROA 4DQIA 4PY5A 1KLNA 3RMAA 1LV5A 4B9NA 4KHUA 4DSKA 1ASUA 1JL2A 4GW6A 3P83D 1QSLA 3IG1A 1C1BA 2YHBA 4CJPA 2A1SA 1BIUA 1IKXA 2XO7A 1D9DA 1QSYA 4OLBA 4AHSA 3HVTA 1A5XA 2B4JA 3AO1A 4CJWA 3SUPA 2YKNA 3DRRA 4FJIA 2BGGA 4OGCA 1J5OA 3L2UA 4EP4A 3LP0A 4Z4EA 4OLAA 4W5NA 4OPJA 2YKMA 3CM5A 4OVLA 4HUFA 5FRMA 1I3AA 4DQRA 2QK9A 4CEOA 1S5JA 4B9TA 2F8TA 3O3HA 1NK7A 3HO1A 3M8PA 4CEEA 5KRSA 1LWCA 1HMVA 1S6QA 4GMJB 1RTIA 4J2BA 4AHVA 2KZZA 2B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GNIA 3U9DA 5C42A 3I0RA 4ILJA 3L2QA 4H5RA 2ZE2A 3ZYYX 2UUBK 4JD2B 2LSNA 4N41A 2BE2A 4CJUA 3RMCA 2VCPA 3SMSA 3V9UA 4JI3K 4BY9C 3VQCA 1BO5O 1XMOK 5LJVA 4PQUA 3UKUB 2O8BA 3GOIA 1FW6A 4KHSA 4H0TB 2FC0A 1MWKA 3KZBA 2W41A 3RSEB 3VOVA 5BRFA 4B9SA 4C8KA 1KAXA 1Q9YA 4IBNA 2HHHK 4FXDA 1JL1A 2ZQBA 1YVNA 5M1NA 2OPSA 2YHWA 4IDKA 2ZGYA 3E9LA 3LL3A 3K9JA 3AVMA 4CK2A 1DEJA 3NAEA 3VERA 1B92A 1RBRA 1HPMA 3O5BA 3TTDA 1L3UA 2YNIA 4KH4A 1Z6RA 3EKSA 2QKKA 1OVQA 1RBVA 4NB4A 1MA9B 1SKSA 4LFAK 3SJJA 5LJWA 4JK7A 4FK0A 1RTDA 1VSJA 1XNQK 4JKAA 4JS5A 4B9LA 1XI1A 2Q2RA 3DWLA 3HYFA 3ZSOA 3WNFA 2OZSA 3DXKB 3CCSN 3T1AA 2Y1IA 3WUHA 3CYMA 2E6LA 2FLOA 5GIOA 3D2EA 1OKJA 1X3MA 3MDQA 2WBNA 3MX5A 4XH1A 5F0XA 2FBYA 5AQTA 4M45A 1RDCA 5EVZA 4CW7B 3OYMA 3PIPL 5KPTA 4FJ9A 4YOXA 4EHUA 3ULEB 4CJ5A 4BE0A 3TAQA 4FJNA 3F73A 1GLDG 3CPEA 3AO3A 3MN5A 2P9KB 4CGJA 2O8DA 1ASVA 1NMDA 3MAQA 3THYB 4IJAA 4KTWA 4B8CA 1Q7YO 1RT3A 1BQMA 1TVRA 1EQYA 1U2VA 1BISA 4B9VA 4PUOA 5JS2A 5CZ1A 2VG5A 3SUOA 1I39A 4B1VA 1ZBHA 1T05A 4ISEA 2VG7A 2ZD1A 3ISNC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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