4CF1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf1A00
4MFBA 3QERA 1JXBA 3SUOA 2YNHA 1BI4B 3AVCA 1QSLA 3PO4A 3U6FA 4CEBA 4ELTA 3V9XA 1RDAA 2Z1HA 2F8SA 3ZSYA 3SV3A 1FKPA 3K58A 4JRQA 3OY9A 4E0DA 2X78A 2F96A 4FM0A 3SCXA 1VSLA 1GOBA 1Z25A 3RMBA 3HSTB 3KK1A 1TAQA 2IS3A 4GVMA 4YFUA 4FLVA 3QEVA 3SJJA 3SNNA 1L5UA 2A1RA 1QTMA 3EY1A 5I42A 1T05A 2RF2A 1VSKA 2HHWA 3L2RA 4JS5A 4BE2A 4CF0A 4CE9A 4AHVA 3VQ5A 3NH0A 1TKDA 4RW8A 1NKCA 1KRPA 3K57A 4FJ8A 2ETJA 1KVAA 4IDKA 2G8FA 5KTQA 4LD0A 3QNOA 4DTRA 4QCLA 1HYZA 3ISNC 3VQ6A 4M3TA 3VQ9A 1W9HA 3V81A 1WAFA 4N5SA 4K8ZA 4H4OA 4FJ7A 1BGXT 3MEEA 4E3SA 4DF4A 3CM5A 1Q9XA 4CEEA 4F3TA 2X74A 1HPZA 3AVHA 3AVKA 3LANA 1KTQA 4PWDA 4W5QA 4DTNA 3OYCA 1ZYQA 3NH1A 5SZTA 5J1EA 3KK2A 4F2RA 4E89A 4M3UA 1HNVA 3L2UA 5C25A 3AVIA 1A5XA 4CGJA 3K59A 4FJNA 4KHQA 1I3AA 3K5OA 3WNGA 1SKRA 4DTSA 3AVJA 3DRPA 3VQCA 3NF7A 3DLKA 1C0MA 5KGXA 5HROA 3HM9A 2BGGA 3CFPA 1GOAA 2OPQA 3ZSWA 3DLHA 3RR7A 4DLGA 1QSSA 4E7LA 2VG7A 1ZBLA 4NYFA 4C8NA 3LWLA 1D8YA 1ZBIA 4OKEA 1TL3A 4UQGA 1HMVA 3RMCA 1C0UA 1KFDA 1TAUA 2OPRA 3SPZA 1CXQA 3AO3A 4WE1A 4HTUA 3VA0A 1IKVA 1U47A 3NGIA 1TK5A 2D0CA 2YKMA 1YTAA 3OVNA 4BWJA 3MAQA 4E7JA 1X9SA 4Z4GA 4CK2A 1BQMA 3F73A 1ASWA 3TAMA 3H08A 2IDOA 3CG7A 5E41A 2QKBA 1S1UA 3K5MA 3QEPA 5SWMA 4BDYA 4FLUA 2YNGA 4HUEA 4FVMA 3VQQA 4C8KA 3C6TA 2OPSA 4DG1A 3SQ1A 3I0RA 1B9DA 4CGIA 4CFBA 4FM2A 3TAEA 4MQ3A 5HP1A 1LAWA 2P5GA 4DSJA 4DFPA 2FC0A 4AHCA 5C42A 3S3OA 1S6PA 1TK8A 4RW4A 4FJMA 4DS5A 2HHVA 3OYKA 3OYGA 3O3HA 5JS1A 1TK0A 3TARA 4KHSA 2QXFA 5JS2A 4FCYA 4BWMA 4F8RA 3ASMA 3SI6A 1KVCA 4KI6A 4KV8A 3ZT3A 3OS2A 1YTUA 3AO5A 3L2QA 4CHZA 3NGZA 4CHNA 4CEOA 4ELVA 1QQCA 1RBRA 4DQIA 4DSIA 4CHYA 1HQUA 1JLQA 3F9KA 4J2BA 4M3XA 4OLAA 2KFZA 1RILA 3KTQA 3LALA 1BCOA 3QLHA 1UA1A 1CLQA 1HYVA 1JLFA 3KLIA 3U3GA 3DYAA 3V9SA 4CFCA 1XHZA 1QE1A 1BCMA 4I2PA 4EZ9A 3CYMA 1CXUA 1RTDA 4KRFA 2HMIA 3DM2A 2F8TA 3DRRA 1K6YA 1CZBA 1WAJA 4M45A 4CEAA 4N47A 1XI1A 2R7YA 4AHSA 1GOCA 4CJRA 2VG6A 3VQDA 1U4BA 4E7HA 3SUPA 3M8SA 4OKJA 2D0AA 4KFBA 3TANA 2OYQA 3K5NA 2HHUA 3O3FA 1WSJA 3OS1A 1T03A 4CGGA 1B92A 2HVIA 4CEFA 4DTOA 4KB0A 4I9QA 1UA0A 3SPYA 1SUQA 4KTZA 4DMNA 5HRRA 4Q5VA 4ZTFA 3HO1A 4FM1A 1TL1A 3NBPA 4AH9A 4J2DA 4OPJA 4PQUA 2VG5A 1IKXA 3ZSZA 1RT7A 2IC3A 5C24A 2B4JA 3V1OA 2Y1IA 3TABA 1WSEA 2KQ2A 4CFDA 4QAGA 3S9HA 4Z4HA 4BE0A 4N56A 4ELUA 1ZBHA 5CZ2A 3T1AA 4OKKA 1C1CA 1S1VA 1NK8A 3ALYA 4DU4A 3D0PA 4CK3A 1DTQA 1VRTA 2KTQA 1VSEA 3OJUA 1CZ9A 4DSLA 2G8IA 4DU3A 1U45A 3E01A 4G1QA 3ZT4A 2KW4A 4N76A 4FW2A 4O44A 3TAGA 4QOZB 1J9AA 4W5NA 3AA2A 4DTUA 3THVA 1HYSA 2JLEA 1LV5A 3SQ4A 1VSDA 3DI6A 2HNZA 4XIUA 4E19A 1R0AA 2HNYA 4HUGA 1S6QA 4CJQA 4DQPA 3QNNA 3T3FA 4CJTA 3SQ2A 3OYFA 1IKYA 2YHAA 3NE6A 3HPGA 2ZD1A 3QESA 4FJ5A 4M3ZA 4JRPA 4TSXA 3AVBA 1LAVA 3KKSA 1X9MA 1KCFA 3HPHA 3ZSRA 2BE2A 4DQQA 1HRHA 1EKEA 3ZSOA 1YT3A 3P1GA 3DLRA 3LZJA 4PUOA 4OLBA 3EYZA 2BDPA 5CZ1A 1Q8IA 4DS4A 2XY6A 3AA5X 4GW6A 2BANA 3ITHA 5I3UA 5J2NA 3LP0A 1RT4A 3CM6A 2GV9A 4BACA 4DTJA 2OZMA 1C1BA 4M42A 4ID5A 2YKNA 3O4NA 4DQSA 4N41A 1VSHA 4FW1A 4CESA 2LSNA 2QKKA 1REVA 1G15A 3HVTA 4I7FA 3NAEA 4Z4IA 1XHXA 3QEWA 4CK1A 3MXIA 4FYDA 4E7IA 1RTJA 1S9EA 4OPKA 3CFOA 3V6DA 4F4KA 3C95A 3OYHA 3VA3A 1NKBA 2XRIA 3LWMA 3PX6A 3TR8A 1ASUA 2YNFA 3VQ4A 4BDPA 2DFEA 4FZYA 2DY4A 2EX3A 2DTUA 1C1AA 1U04A 1F21A 1TV6A 3OJSA 2PZSA 3PO5A 1BIZA 4Z4CA 4W5RA 5T7BA 1SL2A 3IAYA 4HHTA 2G8UA 4HCBA 1WSFA 1TVRA 2XHBA 1NOYA 4PY5A 5J2MA 3HXMA 2D0BA 4IG3A 2P51A 1Q9YA 2GUIA 1J5OA 3PUFA 4F3OA 2HHQA 1L3SA 2OA8A 1RDCA 1NK0A 4DWIA 1SL1A 1NK6A 3LP2A 1BI4A 1HQEA 3MXJA 1D9FA 5HBMA 4CJPA 3DRSA 4KB1A 2QK9A 2ITGA 2Q3SA 3RRHA 3ZSXA 1RT6A 2FBTA 4AILC 4FJLA 4L8RB 3V9WA 2PYJA 3S3NA 2KZZA 3SYZA 3SV4A 2VWJA 3HP9A 5FROA 4FJXA 3ZCMA 3HT3A 4B9NA 4K8XA 4B3OA 4CF1A 3NF8A 4FLTA 4FK4A 1ITGA 1KSPA 1I39A 4IFYA 3B6PA 1FK9A 3SUNA 3AA3A 4FLYA 3MECA 3NF9A 4CJSA 2D5RA 3MXMA 2AJQA 1X9WA 1JLEA 1SV5A 4CFAA 3P83D 3OYLA 3BDPA 1U49A 1EP4A 5DMRA 1NJYA 3DMJA 5DK5A 3VQEA 4B8CA 3LPUA 1JLAA 3VQPA 4B9SA 2JGUA 3LDSA 3NDKA 3HVRA 4FJ9A 4CJVA 4RW9A 1RBVA 3L2VA 2HHTA 3SUQA 2RN2A 3AVNA 3KKRA 3NHGA 1N6QA 3QO9A 4AHUA 3AVFA 3NFAA 4E1NA 4W5TA 1FXXA 3KD5E 1NJWA 1TKXA 1QS4A 3V4IA 3VQAA 1J53A 3QEIA 1NOZA 4H8KA 1NK7A 2ZE2A 4JS4A 1D9DA 4DLEA 3VQ8A 2Z1GA 4KHYA 2WOMA 3LAKA 4R5PA 4CECA 4CJWA 4CCHA 4RG8A 3M8PA 3OYBA 4DU1A 2IGIA 1BL3A 4DSFA 4KI4A 3AV9A 5FRMA 4F2SA 5CYMA 1WSGA 4IG0A 4M3YA 1JKHA 1RDDA 1JL1A 4B08A 3DOKA 3O3GA 3OYMA 3L2WA 4DTPA 5FRNA 2ZQBA 4CJFA 4KAZA 3L3UA 4NCAA 4KKOA 1D5AA 1UWBA 4FJKA 5KRTA 3M8RA 3IG1A 5KI6A 2G8HA 3CQ8A 3JSMA 2EHGA 3BGRA 4C8MA 2FBYA 3QIOA 4CGHA 4CIFA 2XY7A 2HHSA 2NUBA 4EP4A 1RT2A 1KFSA 1L3UA 4OGEA 4CJLA 2PY5A 2RPIA 4IFVA 3AVAA 2P1JA 3AA4A 4I2QA 3PX0A 3DLBA 4KHUA 2RKIA 1S5JA 3AVGA 1S1TA 1JLBA 1NJXA 3KLGA 1UOCA 1L3VA 4CEQA 1S1XA 2IAJA 1EXQA 2VWKA 4Y1DA 4J2AA 1C0TA 4AHTA 5HRSA 3ZSVA 2OPPA 1LW2A 4Y1CA 1IG9A 3PY8A 1Z26A 4OJRA 3SQ0A 1WLJA 2YHBA 4GMJB 1KVBA 4HCCA 1S9GA 3G0ZA 3P5JA 4LSLA 3VQBA 4DFKA 2HNDA 4CJEA 2Z1JA 3V9UA 3LP3A 4CF8A 3NGYA 4M41A 4YNQA 4HUFA 1IO2A 2XY8A 4E1MA 4DFJA 5HRNA 1NK4A 1UAXA 3AO2A 4KO0A 2HW3A 4LSNA 2X6SA 1ZBFA 4LH5A 3LZIA 2HB5A 2YNIA 3ZSQA 1O1WA 2O4IA 3OYJA 5HLFA 1Y97A 1LWEA 3LAMA 4CJUA 3WNHA 3NCIA 4B9TA 2OZSA 2Z1IA 1MU2A 3KIOA 3PV8A 4ZTJA 1JLCA 3HL8A 3MEDA 3QINA 1C6VA 1YVUA 1VSFA 1EX4A 1X1PA 5KRSA 3JYTA 4CHPA 1RT3A 2B6AA 1NKEA 4EZ6A 3DLEA 1JXEA 4PA1A 2KZMA 3SZ2A 1L3TA 1VSMA 3HP6A 3LP1A 1WNSA 4NCGA 1T7PA 3V1QA 3C6UA 4Z0UA 4RW7A 4CGFA 1JLGA 4DQRA 1BQNA 1BISA 4O5BA 3V1RA 3RMAA 3K2PA 3VN5A 5J2PA 1RBUA 3C94A 3IS9A 1RBSA 2G8VA 4BDZA 3AVMA 1VSIA 3MEGA 2B5JA 4CEZA 4CJKA 3L8BA 4FK2A 3KLFA 4DSKA 4J2EA 3HPOA 1WSHA 4OGCA 4M3RA 3OYDA 1U48A 4FLWA 1S1WA 4O4GA 4Q0BA 2HVHA 1FKOA 3EZ5A 3IRXA 5K14A 4ICLA 3DLGA 2YV0X 3O4QA 2XO7A 1A5VA 4KHNA 4LH4A 3HK2A 3D45A 3CFRA 2PYLA 3FFIA 4LY7A 4Z4EA 1ASVA 3LPTA 1RTHA 4DTMA 1N5YA 1HNIA 3ULDA 4DTXA 1RTIA 2FBXA 3TAPA 3AO4A 3G10A 5CY4A 4CGDA 4CJ5A 4EP5A 3ZT2A 2W42A 1RBTA 1SKSA 4C8LA 2DFFA 4NCBA 4FXDA 3B6OA 3KD1E 5EU7A 4HVJA 3KK3A 4DF8A 3KLEA 3OYIA 1QSYA 2G8WA 3AVLA 1VSJA 4Z4FA 2WONA 3V9ZA 4AHRA 2ATQA 1QHTA 1LWCA 1VK0A 4O0IA 4W5OA 3OS0A 3TAQA 3NF6A 1RCHA 1WSIA 4FLZA 4DSEA 4KPYA 4CF9A 1RDBA 3QEXA 2XY5A 3RMDA 1SL0A 4O0JA 1TGOA 4CIGA 1KLMA 4CEDA 3UIQA 4FJIA 3AO1A 1B9FA 4KHWA 3RRGA 1SKWA 3OYNA 1XWLA 2E4LA 3L3VA 2I5JA 2A1SA 3ZT1A 3PX4A 3RWUA 1IH7A 1WN7A 1ZBUA 4FJHA 4B9LA 4CJ3A 4BE1A 4FLXA 3ZT0A 2IOCA 1VRUA 1EETA 4H4MA 3RR8A 3I0SA 1BHLA 2E6LA 2FBVA 2X6NA 5CYQA 1LW0A 1RT1A 2P5OA 1RNHA 2Y1JA 1T8EA 4FZZA 4FZXC 5HRPA 3A2FA 1XC9A 3T19A 3TAFA 4CHOA 1LWFA 4B9UA 3KLHA 4C8OA 3OYEA 4FK0A 1BIUA 5J2QA 3KJVA 1DLOA 4ZHRA 4DFMA 3OYAA 2HHXA 3U3YA 3VQ7A 1J54A 4IKFA 1NK9A 4CIEA 4CHQA 1NK5A 4CERA 2G8KA 4B9VA 2GBZA 4KTWA 3HYFA 3HJFA 3I8DA 1RT5A 4JLHA 1DTTA 2DFHA 3TWHA 5D3GA 2O4GA 3TI0A 4B9MA 1IKWA 4B8AB 4CF2A 1A5WA 4FJJA 4ID1A 3S3MA 2E6MA 4OVLA 3M8QA 4M3WA 3WNFA 4RW6A 4E7KA 4I9LA 4KTQA 1TKZA 3NH2A 1TKTA 4O55A 5KGWA 4KREA 3QIPA 5FDLA 1W0HA 2KFNA 3DOLA 4CJ4A 3RTVA 4NYNA 4FJGA 1HJRA 1JL2A 4IBNA 1NJZA 3WNEA 1KLNA 3QETA 3K5LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SZ2A 5AQHA 3U9ZA 3SUOA 1BI4B 3U6FA 4CBWA 2CGJA 3P31A 2VGMA 2F8SA 3ZSYA 3SV3A 3CHWA 4JN4A 3OY9A 5LL6Z 3G4SN 1S72N 4LF7K 4PKIA 3SCXA 1Z25A 3SNNA 2P9IA 5M1FA 3OW2M 1DT9A 3FZHA 2ETJA 4EHUA 2G8FA 1C0FA 5KTQA 5HL7L 4QCLA 1HYZA 2UUBK 2YCHA 1LOTB 3VQ9A 4K8ZA 1EWRA 4GVEA 4F3TA 5AQVA 3LANA 3CJCA 1X9JA 3O1WA 4M3UA 4BQZA 1HNVA 4HWIA 3AAPA 4CGJA 3K59A 1GLLO 4FJNA 1I3AA 3WNGA 5KGXA 3DLKA 1KD1O 3HM9A 2Q1NA 4WFNL 3DLHA 2VG7A 4DV6K 3LWLA 4XH1A 1ZBIA 1TL3A 3ZLJA 1C0UA 1X3MA 2OPRA 3FZKA 4BR7A 3MN5A 3QMLA 2D0CA 2QM1A 1YTAA 2YKMA 4BWJA 4CVNE 3NMUA 1U2VA 1BQMA 3UKUA 3H08A 1BO5O 4YOXA 3QEPA 5JICA 4BDYA 1BU6O 2V51B 2OPSA 3SQ1A 1WUAA 3I0RA 1B9DA 4CGIA 4AQYK 2IIRA 1S6PA 5AQIA 2HHVA 3OYGA 2RHKA 5JS1A 1TK0A 3ASMA 4KI6A 3NGZA 4J2BA 3ZX0A 4M3XA 4OLAA 1RILA 5LY3A 2UYTA 1UA1A 1HX1A 4CZMA 4CZHA 4YDUC 1YJWN 1BCMA 4EZ9A 3R9PA 1K6YA 1XI1A 1GOCA 1K8AO 3I8BA 2V7ZA 3SUPA 1VQNN 3THXA 3TANA 3MN9A 1ESVA 2HHUA 3O3FA 3QFUA 1WBBA 3BF1A 4JI6K 4KB0A 4DR7K 1UA0A 4DMNA 4FM1A 4DV5K 3ZSZA 2IC3A 4H03B 5C24A 2B4JA 3V1OA 5BN8A 3S9HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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