4CF1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf1A00
1EX4A 5FROA 3RRGA 2OPRA 3LZIA 3AVJA 1RT3A 5KI6A 3K2PA 3VQAA 1JLFA 3QIPA 3V9XA 4CESA 2WONA 3L2WA 3IRXA 3WNFA 2Y1IA 4KPYA 5HRNA 1S5JA 1D8YA 1RBVA 2FBXA 4F8RA 2KZZA 4ELUA 1BHLA 1S9GA 4OGCA 1GOCA 4EP5A 2HMIA 1VSMA 4CFCA 4CHOA 4CGHA 3ZT1A 3QEPA 3PUFA 1RTDA 2LSNA 4ZTJA 3VQ7A 3EZ5A 3HYFA 4CJWA 4BDYA 4KRFA 1KRPA 1T7PA 4DTMA 3LDSA 4CEBA 3DRPA 3NDKA 4IG0A 4KO0A 1WSIA 3OYMA 3L3UA 1JXBA 5JS1A 2GV9A 3ZSQA 1QSLA 1J54A 4FLZA 2EX3A 3MEEA 4BE2A 1RILA 4J2EA 2GUIA 2X6NA 4OKKA 4DS5A 2ATQA 4I9QA 1U04A 1WAFA 3OYFA 3MEGA 4CEZA 3NCIA 2X74A 3SCXA 2OA8A 3NGIA 1RDAA 4LH4A 3IG1A 4W5RA 4CJUA 3OS2A 1KFDA 1RTHA 3AA4A 4CGDA 3OYKA 5J2QA 2KTQA 4IDKA 1W9HA 1HQUA 4CF0A 2D0BA 2IGIA 1RTIA 4OVLA 2R7YA 3QLHA 4KB0A 2D5RA 4FJ7A 3AV9A 2B4JA 1LWEA 4FW2A 4PA1A 1WSHA 3HPOA 4CECA 4Z4IA 2HHTA 5KGWA 1S1XA 1RBSA 2F8SA 4BWJA 2GBZA 5T7BA 1C0TA 3TR8A 3O3HA 4C8OA 1UA0A 4CFDA 5CZ2A 1WN7A 3AVLA 4IKFA 4BE0A 3KK1A 2YNFA 3AVKA 1HNIA 1SKRA 1ZBFA 3L3VA 1K6YA 3TAGA 3DRSA 1I3AA 1RDCA 2JLEA 4NYNA 4NYFA 3LPTA 3O3FA 3QEWA 3THVA 4M45A 2PYLA 1DLOA 3HK2A 1J53A 1MU2A 2JGUA 3AVHA 3NHGA 1A5WA 1C6VA 2Z1IA 4PUOA 1FKPA 4JRQA 1TK8A 4KAZA 3TAPA 4N5SA 4KTWA 4CJLA 2X6SA 2IAJA 4O4GA 4RG8A 1IG9A 2HHXA 1JLCA 3ULDA 1B9DA 2VWKA 4L8RB 2BDPA 3IAYA 1QSSA 1VRUA 3V81A 1VSHA 4CFAA 3AO5A 4B8CA 4FJ9A 3M8PA 3U3YA 4GVMA 4CK3A 2DY4A 4FJJA 4AHTA 4OKEA 4CK1A 3ISNC 3ALYA 1IH7A 3LZJA 3M8QA 1JXEA 3S3MA 4RW9A 3SJJA 1HQEA 4O0JA 1RT6A 3EY1A 4CEEA 4EP4A 3ASMA 1BISA 1BQNA 4O44A 3HXMA 4C8LA 3OJSA 3S3OA 4DU4A 2ITGA 3VQQA 3P83D 3QEXA 1G15A 2OZSA 3C6TA 1ZBUA 1BQMA 2IDOA 1A5VA 3AA5X 3OYBA 2D0CA 4DFJA 3SPYA 4F3OA 4KHSA 4F3TA 1BL3A 4NCAA 2RF2A 3NFAA 4CF1A 4CIGA 3OS0A 1F21A 1HPZA 3CYMA 4DFPA 1Q8IA 1N6QA 1Q9YA 3AVAA 2QXFA 4I7FA 4CJSA 1XHZA 3T19A 4N76A 4FJGA 4OPKA 3V4IA 3TABA 4DQIA 3U6FA 2PZSA 3VQ6A 2E4LA 4C8KA 3A2FA 4AHVA 1X9WA 1ASWA 3WNGA 1JL1A 1S9EA 4DSJA 4KV8A 3SNNA 1KLNA 4E3SA 3OYIA 1TKTA 4DTNA 4KHYA 3VQBA 1XC9A 5HRRA 3DLHA 4FLTA 4FJKA 4M3UA 3HP9A 3OYNA 5J2MA 2WOMA 1KCFA 4YNQA 5C42A 3SI6A 1RCHA 1IKXA 2G8KA 1IKWA 1S1WA 4M41A 2YNGA 3KKRA 3I0RA 1VSDA 2XY5A 1WLJA 2HNDA 3LAKA 4KTQA 3DOKA 3VA0A 4FJNA 1O1WA 4NCGA 4CFBA 3KLEA 2P5OA 4K8ZA 1BGXT 3C94A 3KKSA 3LP3A 4FK2A 3SUPA 1CZBA 1IO2A 4DTRA 4HUEA 1KLMA 5DK5A 3CFPA 2YKMA 4BDPA 4B9SA 4KI4A 3MEDA 3P1GA 2O4GA 3D0PA 3KK3A 1RDDA 2IC3A 1RT7A 4CJKA 4J2AA 4JLHA 3ZT4A 3MECA 3VQPA 5HROA 4DSEA 4HHTA 4AHUA 2HW3A 4Z4HA 3F9KA 4GW6A 1QSYA 3HPGA 3TAMA 1VSFA 4CGFA 3RWUA 1RT1A 1A5XA 3QIOA 4AHSA 4FVMA 1UWBA 4CGIA 1WSJA 3SV4A 1GOAA 4FJMA 4CJVA 1VSIA 4CJRA 3L2QA 3V9UA 1T03A 4AILC 2HNYA 3LANA 1TL1A 3MXMA 1TK5A 2OPSA 4CHZA 4E1MA 1C1BA 3RR8A 3DM2A 5J1EA 3NGZA 3WNEA 4DU3A 4QCLA 4DTUA 2HHSA 4B3OA 2KFZA 2YV0X 3AO4A 4IG3A 3MAQA 4HVJA 3PO4A 1B92A 3F73A 1NOYA 1JL2A 4Z0UA 5J2NA 1JLQA 1ZBIA 2BGGA 3HT3A 1N5YA 2QKBA 4JRPA 3KLIA 1HMVA 3SV3A 1SKSA 4LH5A 3OYJA 3T3FA 4DMNA 4MFBA 2XY8A 4ZTFA 4J2DA 3G0ZA 2HNZA 3K57A 4KI6A 3LP2A 2KQ2A 3K5NA 4H4OA 1NK8A 5SWMA 3SQ0A 3OY9A 1KVCA 3ZSWA 4DFKA 3NH2A 2KFNA 3VQDA 3NBPA 4IFVA 1ASVA 1RT2A 1LAWA 5HRSA 3OYGA 3SZ2A 5C24A 1FKOA 1VK0A 2OPQA 3LWMA 4DQSA 1KVAA 4DSKA 4FW1A 2FC0A 3KLGA 2OYQA 2QK9A 1EETA 3L8BA 1U49A 1RBRA 1KFSA 1D5AA 3JSMA 1WAJA 3C6UA 2XY6A 3AA2A 4DTSA 2YNHA 1TVRA 3ZSYA 4CEOA 3QEIA 3CM6A 3HVRA 1UAXA 4HCBA 4DWIA 4CJ5A 1YTUA 4CEAA 3KTQA 4WE1A 3VQ5A 4FM0A 1NK4A 4FJLA 4DFMA 1XWLA 3TWHA 4FJ5A 3SPZA 3AA3A 4N56A 4HUGA 3TAFA 1RTJA 5CYMA 3VN5A 4OPJA 2B5JA 4DQQA 3OS1A 1WSEA 4RW7A 1NK7A 4OLAA 1SV5A 4W5OA 2YHBA 3DOLA 3DLEA 2BE2A 2NUBA 4I2QA 3V9SA 1QQCA 4E0DA 1YVUA 2DFHA 4C8MA 4CF2A 4ID5A 3RMCA 4KHQA 2P5GA 3L2RA 4F4KA 3M8RA 2BANA 5JS2A 3ZSXA 4CGJA 2Y1JA 4CJ4A 3RMBA 1X9SA 4DQPA 2PYJA 1VSKA 3B6OA 4M3TA 4J2BA 4B9TA 1VSLA 1ASUA 4O0IA 2XY7A 4W5QA 1NK5A 3NF9A 3L2UA 1L3TA 3KD1E 3QNOA 2AJQA 3H08A 2ZD1A 4G1QA 4DU1A 1R0AA 1D9FA 2YKNA 1KSPA 2Q3SA 3NF8A 2Z1JA 1ITGA 3K5OA 1TV6A 3AO2A 3SUNA 4DS4A 4FK0A 4B9LA 1ZBHA 4FK4A 1W0HA 4YFUA 3FFIA 4BWMA 3LAMA 4E1NA 3PY8A 1YTAA 4NCBA 4KREA 3AO3A 3M8SA 2G8WA 3SQ1A 5D3GA 2D0AA 4E7LA 1L5UA 2E6MA 3U3GA 1QTMA 4KHNA 2O4IA 4KFBA 2HHUA 2EHGA 2HHQA 1LV5A 2I5JA 1DTQA 4CEFA 3AVNA 4O55A 1TKDA 1EKEA 5KTQA 2FBTA 1ZBLA 2F8TA 3AO1A 4CJPA 3VQCA 4CHQA 3VQEA 1T8EA 1I39A 4GMJB 4OKJA 2YNIA 3T1AA 1BCMA 4CGGA 2G8HA 3PX0A 2X78A 4KB1A 1EXQA 4FYDA 4FCYA 5K14A 3TARA 4DG1A 4M3XA 3HO1A 4B08A 4FJHA 3DRRA 3O3GA 4B9MA 4FJ8A 3CQ8A 1HNVA 1J5OA 3HSTB 1TKXA 4CIFA 1CLQA 4FLXA 3KLHA 3LP0A 3ZT0A 5J2PA 4DLGA 4CE9A 3QINA 1C0MA 1VSJA 4MQ3A 1QHTA 3ZCMA 5KRSA 4BDZA 1UA1A 4CJTA 1NKEA 1L3UA 1D9DA 2OPPA 3RR7A 4FJXA 1CZ9A 3C95A 3ITHA 1DTTA 2XO7A 3RMAA 3NGYA 4E7KA 1RT5A 4CEQA 1EP4A 3ZSZA 4FLUA 2KW4A 4FZZA 2G8IA 3KLFA 4DLEA 3TANA 5FRMA 2DTUA 4OJRA 4Z4CA 4FLVA 4E7HA 3TAEA 2G8VA 4DSLA 4PWDA 3HM9A 1Z25A 1IKVA 4H8KA 4OGEA 2VWJA 4Y1CA 1U45A 1REVA 1TK0A 3I0SA 4KHUA 1TAQA 3NF7A 2B6AA 5CY4A 4HUFA 4CCHA 5FRNA 3V1QA 3ZT2A 1JLBA 3AVGA 3HP6A 5FDLA 3ZT3A 3JYTA 3DLKA 5C25A 3TAQA 4DQRA 2FBVA 2PY5A 3VA3A 1NK9A 3PO5A 1ZYQA 4CHPA 1RBUA 4RW4A 1BIUA 5CYQA 2VG6A 1BI4B 3HVTA 2P1JA 1XHXA 4Q5VA 1VRTA 3E01A 5E41A 3K5MA 4E7JA 3PV8A 1RDBA 3QESA 5KRTA 1CXUA 3K59A 4DSFA 1SL0A 1NKBA 3AVMA 4CJ3A 3B6PA 1TKZA 3CFOA 4N47A 4CEDA 3OYLA 1NK0A 2ZE2A 3PX6A 4KTZA 2RPIA 4TSXA 3ZSOA 3BDPA 3MXIA 3ZSVA 4LY7A 3WNHA 3TI0A 4FZYA 4M3YA 1S1TA 4M3ZA 3BGRA 4Z4FA 4C8NA 4DF4A 4Z4EA 4JS5A 3VQ9A 1NJZA 3KK2A 4XIUA 1L3SA 1IKYA 1BI4A 4AHCA 4E89A 3V6DA 5I3UA 3IS9A 3OVNA 3KIOA 1HYSA 4CIEA 3CG7A 4O5BA 3ZSRA 3G10A 5DMRA 3L2VA 1T05A 4QAGA 3QO9A 3DLBA 1WNSA 2RKIA 3OYAA 4DTXA 4B8AB 2IS3A 3NF6A 4N41A 1X1PA 3AVFA 1KVBA 3NH1A 2HB5A 3V9ZA 2ETJA 4FM2A 3SYZA 4QOZB 4BE1A 1U48A 1L3VA 4ID1A 1BIZA 4BACA 1XI1A 4M3RA 3LP1A 4AHRA 4B9VA 1S6QA 4DSIA 2P51A 4FLYA 4EZ9A 3MXJA 4I2PA 3CFRA 1J9AA 2XRIA 3DI6A 3QEVA 4EZ6A 1TL3A 5EU7A 4CERA 3KJVA 4K8XA 4W5NA 4F2SA 3QETA 3OYDA 3DMJA 1C1CA 4CK2A 3I8DA 4ELTA 1C0UA 1FXXA 3V9WA 3D45A 1U4BA 1SL1A 4PQUA 2G8UA 4M3WA 3S9HA 2F96A 1QE1A 4R5PA 5SZTA 1BCOA 1FK9A 5HP1A 1B9FA 1Q9XA 3V1RA 3VQ8A 3OYEA 1YT3A 1SL2A 4PY5A 1HRHA 4KHWA 2W42A 4DTOA 4JS4A 2Z1HA 1UOCA 3DLGA 3P5JA 3AVBA 4KKOA 1RT4A 1S1VA 4CHNA 4ZHRA 2DFFA 4B9NA 3LALA 2ZQBA 4CF9A 1RBTA 1RNHA 3QERA 2QKKA 4ICLA 4CF8A 4CJEA 3PX4A 1VSEA 4DTPA 1NJYA 3NH0A 3K58A 2E6LA 2OZMA 1QS4A 3HPHA 3O4NA 5HBMA 1HYZA 3CM5A 4E19A 4Y1DA 3OYCA 1NKCA 4M42A 4W5TA 2A1RA 3QNNA 3SQ2A 4Q0BA 2HVIA 1JLGA 3AVIA 4LD0A 4FZXC 3UIQA 4FJIA 1S6PA 4UQGA 3LPUA 1TGOA 4HTUA 2XHBA 2VG5A 3SUOA 1SKWA 3LWLA 1LW0A 4RW8A 5CZ1A 3S3NA 4OLBA 3HJFA 2HVHA 3OJUA 2DFEA 3HL8A 2IOCA 1LW2A 4DTJA 4DF8A 1SUQA 5HLFA 4H4MA 3RRHA 3O4QA 4FXDA 4IFYA 3OYHA 4HCCA 3K5LA 2FBYA 3AVCA 1LWCA 5HRPA 1JLAA 3SQ4A 3VQ4A 1S1UA 4E7IA 5I42A 2A1SA 4AH9A 3NE6A 2RN2A 1NJXA 1JLEA 3SUQA 4F2RA 2KZMA 1KTQA 3EYZA 4CJQA 1TAUA 1GOBA 3DYAA 1WSGA 4FLWA 1NK6A 1LWFA 3KD5E 4Z4GA 3NAEA 1X9MA 4CHYA 1NJWA 2HHWA 4IBNA 4I9LA 3RTVA 1C1AA 3DLRA 4CJFA 1HYVA 2Z1GA 1U47A 2YHAA 4ELVA 1HJRA 3RMDA 1LAVA 4B9UA 4LSNA 1CXQA 1JKHA 1WSFA 4LSLA 3V1OA 1Y97A 2G8FA 2VG7A 1NOZA 4FM1A 4RW6A 2HHVA 1Z26A 5KGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ILHA 1RT3A 3SUOA 3K2PA 4FWOA 4CESA 5DM7L 3L2WA 4DR1K 1GLDG 2KZZA 1BHLA 4YOTA 1NBWA 3UKUB 4CFCA 3PUFA 3N4PA 3EZ5A 4WQ4A 4BDYA 3HTVA 1KRPA 1T7PA 4DTMA 3LDSA 4CD1A 4DR3K 4KO0A 3RVCA 5AQQA 5LJVA 1JXBA 2GV9A 4H0XB 1J54A 1V4TA 2NRZA 2GUIA 4OKKA 4DS5A 3QMLA 4BGBA 1U04A 3NCIA 3OYFA 4CEZA 5AQZA 3E9LA 2O8CA 4W5RA 4PL7A 4B3RK 4CGDA 3VEXA 3AA4A 3THYB 1HQUA 3ID6A 2R7YA 5AQTA 4OVLA 4CW7B 1EWQA 5JS1A 4CECA 1JCGA 1S1XA 4IO8A 4IWVA 5T7BA 3HM8A 1CZAN 2A40A 2E2OA 4BRGA 4C8OA 3AVLA 3AY9A 2HF3A 2YNFA 3AVKA 3BP8A 1ZBFA 1SKRA 1K6YA 3DRSA 5C2FA 1SL1A 3QEWA 1JCFA 5EX5A 3EEQA 1HLUA 4JRQA 3UKRB 3TAPA 4N5SA 4KTWA 3W3DA 4CJLA 5FPEA 3SBGA 3ULDA 4IXCA 2VWKA 3J81O 4L8RB 2BDPA 4KH5A 3T7ZA 2QWNA 4FJ9A 4B8CA 3U3YA 4LC9B 3M8QA 4RW9A 2E2QA 3SBTA 3SJJA 2W40A 3EY1A 4IOXA 3WQUA 4JK9A 1BISA 1BQNA 1EO1A 5AFUA 5AQLA 3QEXA 4F3TA 3AA5X 3I33A 4NCAA 1N32K 4EHTA 5FPNA 4CF1A 4V19S 3H46O 1DGKN 1N6QA 1Q9YA 1NGGA 3JS6A 4AF1A 3GG4A 4OPKA 4YY3K 2O8FB 3U6FA 2PZSA 3VQ6A 4DSJA 1JL1A 3SNNA 4DB3A 2D1KA 1TKTA 3VESA 1X9JA 1XC9A 3DLHA 1W97L 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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