2OTLN

Girodazole bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otlN00
1K73O 1VQ7N 1YJWN 1VQKN 5GADP 4IOAL 5GAHP 3I55N 3CCQN 5JVHL 1Q7YO 3CMAN 4UY8O 1NJIO 3CCSN 5H1SQ 3CD6N 5GAGP 2OTJN 3CCEN 4WF9L 1YITN 3DLLL 5HL7L 4WFAL 1ILYA 3CPWM 1N8RO 4WCEL 3G71N 2ZJQL 3J7ZO 1W2BM 3CCUN 1VQ9N 1VQ8N 5JVGL 3G6EN 3PIPL 1VQ5N 3CF5L 3CCJN 3CC7N 2ZJRL 1VQ4N 1YI2N 1QVFM 5DM7L 3PIOL 1S72N 1VQMN 1KD1O 1Q82O 1KQSM 1VQON 1VQNN 3CMEN 2ZJPL 4IOCL 5GAEP 1KC8O 1Q81O 1JJ2M 1YJ9N 3CCRN 3CXCM 2QEXN 3CCVN 3CCLN 1VQLN 1K8AO 3CCMN 1YHQN 1M90O 1YJNN 1Q86O 2OTLN 1K9MO 2QA4N 1VQPN 3CC4N 3I56N 3G4SN 1VQ6N 4IO9L 4WFBL 1YIJN 3CC2N 4U67L 5DM6L 1QVGM 1M1KO 5MLCQ 3OW2M 1OVYA 4WFNL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F8RA 2A5XA 4NCAA 2UYTA 5SZTA 1QSLA 4CJFA 3TAGA 1VAZA 1RCHA 2G8WA 3CFOA 4B8CA 1RBSA 3KLEA 4NXMK 5ELZA 4DR7K 2D5RA 3VQEA 4CVNE 4CJSA 3FFIA 2P5OA 3IMXA 4CZHA 2O8DA 4B9LA 3CQXA 2BH1A 2H3GX 3NF8A 4JKAA 4CF2A 3OS0A 2ZJQL 4Z4GA 4BDPA 5AFUA 1BUPA 5JVGL 2HBJA 3BY5A 1X9MA 1BIZA 3DLRA 4DHYA 3ZLJA 2Q2RA 3OBWA 2A6AA 4CFBA 1QQNA 4EZ6A 4O8KA 4C1NK 1LWEA 1OVQA 4MO5A 3DM2A 4G1QA 4FJ8A 2UXCK 4CZMA 3CMEN 4LFAK 3DOLA 5M1QA 2O8BA 3V9UA 1V4SA 4FJ5A 4FK2A 2HOEA 3MN7A 4JKFA 4YNQA 4GVEA 3MCAB 3PSIA 2V7ZA 4YDUA 4JKGB 3HO1A 4O0IA 4LH4A 3QEVA 4K8XA 4CGDA 3E1YA 4JRQA 1VHXA 2HF4A 1ATSA 5AQWA 2JWKA 1WNSA 1GLCG 1K8KA 4JS5A 5LJWA 1RBTA 4DQQA 2FC0A 5HRRA 4I2PA 4Z4HA 5AQGA 1XMQK 2E1YA 1C1BA 1J9AA 4Z4IA 4DSIA 3FFKB 4IO9L 4KB1A 4O4GA 2QXFA 4FJHA 2X6SA 1QVGM 4E7HA 3QB0A 1SKWA 2VG5A 2ZE2A 4Q5VA 1CZAN 2GUIA 1JLFA 3HPOA 4WYBA 1IKXA 3OYNA 5KQ8A 4IOAL 2WTUA 4HTUA 3SQ0A 1TAQA 3R3LA 3VQCA 3NFAA 2P51A 3NGIA 5A2QO 3MN5A 3KK2A 2YHBA 3L4IA 2IVNA 1RTDA 3K58A 2FF3B 1U48A 2UU9K 4B3RK 3T1YK 1SV5A 3O5BA 5AFUH 4CEQA 4FJNA 2JLEA 3J80O 4B9VA 4M41A 3VQDA 4OO1J 3EN9A 5HROA 3FZFA 4NXNK 4KH5A 3K0SA 1HX1A 5C12A 2V51B 4BQZA 5AZJB 3OYBA 4LF5K 4AILC 4CEZA 4F9OA 1KVCA 1IV0A 4CHQA 4CCHA 4CGJA 3SYZA 3FE1A 4I9QA 3PIOL 5BPNA 1R0AA 3SV4A 3TAMA 5JICA 4ELTA 2FBTA 2HHQA 4A5AA 2CGJA 1KTQA 4H5RA 5EOYA 3S3NA 3WNGA 3HI0A 3AVMA 4A57A 3CYMA 3VQ6A 1L3TA 4Z4CA 2Y1JA 3AVGA 3CCRN 4M63C 3H6EA 3CCVN 4DR3K 3NH1A 1HYZA 4WQ5A 1UWBA 3AAPA 3LAKA 5AQXA 5BRFA 1YHQN 4V19S 3N4PA 1XC3A 1P8ZA 3GDQA 3T1AA 1N6QA 3ZX3A 5EXWA 5JMVA 2QA4N 4DR1K 2IVPA 3NCIA 3QNOA 1MDUB 5C24A 1QE1A 4H5WA 3ISNC 5CE3A 3OHRA 4CZFA 2E20A 4CFCA 1WSHA 2WFBA 3OYKA 1RDBA 3LL3A 4AHCA 2E88A 1C6VA 1JLGA 1VQ7N 4H03B 2R7YA 2F4VK 3RSEB 3OJSA 3F2KA 1J53A 1NKEA 4FZZA 4CGGA 4PKIA 4IZ9A 3VGKA 4BC2A 1FJGK 4CEDA 4QS8A 3SV3A 2RKIA 2GV9A 3EYZA 4N76A 4NO7A 5HL7L 4WFAL 3M8RA 3C6AA 4JS4A 3OY9A 5LMNK 5KI6A 4C8KA 1RT4A 3MX5A 1IKYA 3MK6A 4EAHD 3LP3A 2ATQA 3H1VX 4KTWA 4DTRA 2O8FB 5AQTA 3THXB 4IO8A 4JKEA 2HNDA 4FWMA 3V1OA 3PX4A 1NGHA 3CCJN 3VTHA 3HP6A 3OBYA 3QBWA 1DKGD 3OYCA 4CJPA 1YI2N 3QEXA 3SAGA 4FLWA 1NMDA 2G8UA 3MEDA 1SL0A 3SBGA 3ZX0A 3C95A 3MEEA 1FK9A 3MN6A 2W40A 4C1NI 1C0FA 1NLVA 4F2SA 4BRAA 1EQYA 4Z4EA 5LJVA 4GY2B 4JHDA 2A41A 3EE8A 4CD3A 2QK9A 5AJ3K 1JJ2M 3QFPA 1ZBFA 2HBKA 3F5TA 5J2MA 1K8AO 3HOSA 2A1RA 4O5BA 3HPHA 2NUBA 2RN2A 1D4XA 3SJJA 5AQUA 5K14A 3QESA 1HKGA 3P83D 2YNFA 3C65A 1U45A 4FWQA 1NK9A 4CGIA 2NZTA 3A8YA 2NRTA 3C7NA 3LDOA 4DV2K 2EHGA 5AQLA 1I39A 2HHVA 2NNWA 4JYAK 3CC2N 3VQAA 3ALYA 4FO0A 1BWFO 1VRTA 4B1VA 1S1WA 3LPUA 4BR9A 4FOIA 1BIUA 2D0CA 4W5QA 2E6LA 1KLNA 3F9MA 2QKKA 1HYSA 2IVOA 4KTQA 2Z1IA 4GVMA 4FM0A 4KHQA 2FBVA 3CJAA 4CZLA 3CCQN 4DF8A 3TU5A 4IOXA 4FOEA 4CF1A 2VG6A 4HVJA 5CR4A 1Q9YA 3RMCA 5I3UA 3QLHA 2F9WA 5CYMA 4DFJA 5AQSA 1YF5L 1TL1A 2XY7A 1Q18A 4DV0K 5FROA 1QZ5A 4WCEL 2UUBK 1ASWA 1TKDA 4B9SA 3CM5A 1YAGA 3BDPA 3RSEA 4B9TA 1W0HA 1R59O 1V4TA 1KXPA 4QAGA 3G6EN 4J8FA 4CEFA 3F73A 1KSPA 4FLTA 4ILGB 4KHSA 4BRGA 1W7AA 5HRNA 3RMAA 1ZBSA 5AQVA 4DWIA 1QTMA 4Y0WA 3UKUB 5KPTA 4CK2A 4BGBA 3V9XA 3M3ZA 2ZJPL 2W41A 4IOCL 3AVNA 4KHWA 1TKZA 1HKBA 1DTTA 1RT2A 3M8PA 1Y64A 4B1YB 4AHUA 1YTUA 1NK7A 3L4QA 2O8FA 1LWCA 2E2NA 3CCMN 4E7KA 3THXA 2P9NB 4JKHA 1UA0A 3IAYA 3AVCA 1NK5A 2Q1NA 2QM1A 1NGIA 4H5VA 4YY3K 3DAWA 4DV6K 3IUCA 4LD0A 3I0RA 3CPEA 1VQ6N 1YVUA 2YJEA 4XIUA 5HRSA 3VQ8A 3OYMA 1J5EK 1JLEA 3LAMA 1RNHA 3HSTB 3T69A 3RRGA 4BR5A 3K9JA 4CJ3A 3SAFA 3MWTA 1HRHA 3OYEA 4H0XB 1F21A 4RG8A 3E66A 1HNIA 4Y1DA 4DSKA 3L6QA 3L2UA 4B9UA 4DSFA 5FDLA 1VSFA 1KFSA 2AP1A 3RR7A 3BUZB 5GAGP 1HNWK 3CCEN 4WF9L 5EX5A 4JKCA 4FW1A 1YT3A 3LWLA 2G8VA 2I7NA 2BGGA 4LF9K 3SUNA 4CI6A 3ZSVA 2Q31A 4FM1A 4NLBA 4PY5A 1RILA 3BZCA 5IWAK 2FSKA 1CXQA 4FWNA 3G71N 1WAJA 1JXEA 4M42A 5GINA 3IG1A 1C0MA 3VA0A 3ZSRA 1S9EA 4YOYA 1X1PA 4OJRA 2DY4A 2OPRA 3MXMA 1VQ5N 4W5TA 4HUFA 3VGMA 2VQEK 4TSXA 4PA1A 2GELA 1X9SA 2Y1IA 2GEMA 3NF6A 4DFMA 1X3NA 3D2EB 4JI2K 2DPNA 2HMIA 4M7YA 3QFUA 4F2RA 4I9LA 1BG3A 3WNFA 4A2BA 2O8BB 3SJHA 3EE9A 4W5OA 3AO3A 4B1UB 3VF4A 5BR9A 4RW9A 2ZGZA 4IWVA 1K8KB 1RDWX 3QERA 4LSNA 1Y97A 1Q86O 1BDGA 2FF6A 3DMJA 4CJUA 1LV5A 1VQPN 2OCEA 4FJIA 1KFDA 4FSVA 1OKJA 3ZT1A 4CGHA 4PKGA 4J2EA 3L2QA 4U67L 1XI1A 4AF1A 1GLFO 4LC9B 5MLCQ 2KZZA 4BRDA 3ZSXA 4OPJA 3O9RA 4DTUA 3TTDA 2UXDK 2V52B 1JCGA 3WUHA 3Q7CA 4XEIA 1S6PA 4CIFA 1IKVA 3ZEUA 2KLAA 3BEXA 2G8HA 5JVHL 3O4NA 4UY8O 1NJIO 1IBLK 1LW2A 3J81O 3ID8A 3N4QA 1ASVA 4DLEA 2FBYA 3KWGA 1BISA 4OKEA 4R79A 4H0OA 4KFBA 3SNNA 4O0JA 4N56A 4F3TA 3CPWM 4EFHA 2O8CA 2P1JA 1G15A 1LW0A 2HHXA 1XQSC 4KAZA 4E19A 4YOUA 3P1GA 3TR8A 4FPBA 1QHTA 2X74A 1HQUA 4BRMA 1U6ZA 3SMSA 5CZ2A 1RBRA 1NNEA 3SUQA 5JS2A 3F9KA 5AZIB 4HWIA 3OYGA 2BTFA 4CBUA 3PO5A 4CHPA 2BE2A 2KHOA 5J2NA 1W97L 4N5SA 3G10A 2GX9A 3WXMB 4FJJA 4CJEA 3OTOK 3ZT3A 3QNNA 4YOTA 4BC5A 3O80A 3D7EO 3QEIA 1CZBA 4B3OA 4WQ4C 3TAQA 4DTOA 4CF8A 3QIPA 4NCGA 4NB4A 1VSKA 3P4IA 4YDUC 4CD1A 2PFUA 1VSLA 4OKKA 3UKRA 2YCHA 4CF9A 3T1HK 4FJ7A 1S9GA 1EO1A 1QHAA 3KTQA 3G0ZA 4HCBA 3CJBA 3WXJA 3TABA 1N33K 4NYNA 4Y1CA 3D2EA 1D9FA 4LFCK 4KI4A 2ZQBA 3P5JA 3NH2A 1BI4A 1OH5A 3DRPA 2OZMA 1RDUA 3ENBA 5IT9O 3S41A 1S1VA 4WQ4A 3EEQA 3L0QA 4WFBL 1QSSA 1KVBA 2P9KA 5I9EB 1NK4A 4M3TA 3H46O 3VQ9A 4FL9A 4FVMA 4EZ9A 3DXKA 3MXIA 3TI0A 1NOYA 3VETA 1ITGA 4GNIA 4DR6K 3TSPA 1Q7YO 3BZKA 3SCXA 4CK1A 3IS9A 3JXUA 4LF6K 4FJKA 2E1ZA 2QTDA 4KHPK 3FZMA 3EZ5A 4FYDA 1NJZA 4DU3A 4DV4K 3PV8A 5KTQA 3ASMA 5C2DA 1T44A 1FXXA 1FW6A 4BQLA 4BR2A 1HMVA 3VN5A 1UAXA 2WC9A 4FWPA 4ILJA 3O9QA 1NOZA 3ENHA 3O9TA 2HHWA 1GLJO 3VGLA 5JLHA 2PY5A 2ZJRL 4KI6A 2RPIA 3CG7A 1S1UA 1ESVA 3AA3A 3DOKA 1TGOA 5BPMA 4E7LA 1ZXOA 3LDLA 2BUPA 3OYHA 4K43A 2ASMA 1NBWA 2E2OA 1VSJA 3S3OA 2OZSA 4OVLA 3HSCA 4JHDB 3U3GA 3VQ7A 3WT0A 4DV1K 1TYQA 1SL1A 3OYJA 2P9IA 1U49A 3LM9A 5E84A 3MN9A 1RDAA 3W3DA 4CZKA 4WQ5C 1UOCA 2QEXN 4ELUA 1VQLN 3KKRA 3PX0A 3HK2A 3L2VA 5AZIA 1RTHA 4B1ZA 5BRHA 1RT5A 4MDAA 3L3VA 3LWMA 4ZTFA 2EX3A 3VTIA 3A5NC 5AQQA 3ITHA 4MO4A 3MX2A 4IBNA 3O08A 1BL3A 3C7NB 3JAMO 3KLHA 3QBXA 1KVAA 2IAJA 1YIJN 4RW4A 1RGIA 2IDOA 3U9DA 1D5AA 3U9ZA 3AA2A 4H0PA 1HYVA 4J2DA 1T6DA 4CJLA 1HJRA 3DRSA 3TAFA 3DI6A 4PL7A 1YJWN 1VQKN 2Q0UA 3CJ1A 3K2PA 4CFAA 1GLEG 3TTFA 2XRIA 3AO5A 1YUWA 5BR8K 2YNHA 3NMUA 4BRCA 3D6RA 1RT3A 1GLDG 4AHSA 4RW6A 4FLUA 3RWUA 2W6LA 3HJFA 1C0TA 1RTIA 4ISGA 1BOTO 1RBVA 5ADXA 4CJVA 3OS2A 5FRNA 1YVNA 1BQNA 5TKYA 4FK4A 1WOQA 4IXCA 2V7YA 3VEZA 3LZIA 3OYIA 2AJQA 4BRFA 4DF4A 3NE6A 2ZM6K 3A5MC 1FKPA 4CFDA 1ATNA 2UUAK 2UUCK 4O55A 3MMVA 4DV3K 4BACA 1WBDA 1HLUA 3QDKA 4OGCA 4JRPA 3AAQA 1NGFA 1ZBHA 5M1OA 3SK3A 4RW7A 5AQJA 4DTMA 1S72N 4EHUA 4UQGA 2YKMA 3VENA 4A59A 3ATUA 4EP5A 1I3AA 3LZJA 2A40A 4FPAA 1TK0A 3WEEA 4RW8A 2HB5A 1ATRA 4Z4FA 3SAHA 3HOTA 3FZHA 3DLHA 2GTDA 2VYPA 1IH7A 4ISFA 4PL8A 3VEWA 5HLFA 1G99A 5CYQA 1J6ZA 3KKSA 3VERA 3AV9A 1HJOA 2QWQA 4GMJB 3JSMA 1CZ9A 3H1QA 3I33A 2OTLN 3C6HA 3FLCO 3CC4N 1KLMA 1H1VA 3PY8A 1TKXA 1OH6A 2GBZA 5B8HA 2Q0RA 2FLOA 1NK6A 1OH7A 1RT1A 1IBMK 1S6QA 3K5MA 4LF8K 4IFYA 2IC3A 4CERA 4JI7K 2DFEA 5F0XA 3OVNA 4IDKA 1VSEA 5D3GA 5I42A 4E7IA 1C1AA 1DT9A 4BGAA 3KVGA 3IFRA 1XNQK 4DFKA 3VQ4A 1SS6A 3I55N 1IJJA 3VOVA 2KZMA 4C8NA 2P9UA 4JI5K 3THYB 5H1SQ 3K9KA 2W42A 2OTJN 1EP4A 2D0PA 4KHYA 3GG4A 4O5FA 3HRGA 2IIRA 2KW4A 3I0SA 3O3FA 2YNGA 3EY1A 4M3ZA 4CIEA 2I5JA 2OYQA 3HVTA 3EKUA 3C0BA 3AO4A 3P31A 2FBXA 1L3SA 3LP0A 3SQ4A 3UE5A 4CEOA 1WN7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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