2OTLN

Girodazole bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otlN00
1K8AO 3CCEN 1VQLN 4WFBL 1VQON 3CC2N 3CC4N 5DM6L 5DM7L 1K73O 1Q82O 1VQ5N 5JVHL 1KQSM 3I55N 5GAHP 3G4SN 1W2BM 3OW2M 1YIJN 5MLCQ 3CCLN 1YITN 1Q86O 1Q81O 3CCQN 5GADP 1VQ4N 1M1KO 1VQPN 3I56N 4UY8O 1VQ6N 3CCRN 3DLLL 1VQ9N 2ZJQL 1S72N 3G6EN 3G71N 3J7ZO 2QEXN 1YJWN 3PIOL 1YHQN 3CF5L 3CMEN 4WF9L 3CCMN 4IO9L 4IOAL 5HL7L 1Q7YO 1VQ7N 1VQ8N 1OVYA 5GAEP 3CCVN 1VQNN 1N8RO 1VQKN 3CC7N 3CD6N 2QA4N 1JJ2M 2OTJN 5H1SQ 3CCJN 1M90O 1YI2N 3CCUN 1KC8O 1QVGM 4WFNL 1NJIO 2ZJRL 2ZJPL 5GAGP 4U67L 4WFAL 3CCSN 3CPWM 1YJNN 3CXCM 5JVGL 1K9MO 1YJ9N 1KD1O 1QVFM 1VQMN 1ILYA 2OTLN 4IOCL 4WCEL 3PIPL 3CMAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4WA 3TTDA 4CJKA 3WQTA 3VEYA 4I2QA 2ETJA 4GVEA 4E7HA 4WFBL 3VTHA 2DTUA 2GUPA 3CC4N 1UA1A 2D0OA 4OVLA 4B9NA 4K25A 1TL3A 4CGJA 4FJIA 3RTVA 1RBSA 4DHYA 3IRXA 4NLCA 4ELTA 3DXMB 4JI4K 4M42A 5EVZA 3VN5A 4M63C 3UKUB 3OYMA 2X78A 4CZGA 3L2UA 3S3OA 3H1QA 2G8UA 3CJCA 4PKGA 3HK2A 1HJRA 3L6QA 5BPNA 1N5YA 1S9EA 2UXDK 5JLFA 5FPMA 3LP3A 1DEJA 5AQMA 4BDYA 1JLEA 3IKMA 1FXXA 3CJ1A 3CJBA 4JRPA 5F2RA 3J8AA 4JLHA 3QEWA 4B3MK 2QWOA 4YFUA 3SUNA 4RW9A 2HHTA 1NMNA 4EIAA 1IH7A 3M5RA 3WXLA 1X9SA 3GDQA 4FLVA 4OLAA 3MX5A 4KV8A 2YJEA 4CIGA 1T7PA 5KQ8A 3DLGA 3DRRA 3CF5L 1NKCA 4MDBA 5HBMA 3TSUA 4FJHA 3DMJA 4CBWA 3ENBA 4KHYA 3OS0A 1UA0A 3DRPA 3OYKA 4O44A 3LP0A 5HRNA 4FLXA 2HMPA 3ULDA 2ZD1A 2A1SA 4JKDA 4LF8K 4N41A 3THXB 1ZBUA 3A5MC 5LY3A 2HF4A 2QWRA 3BUZB 3CFOA 2VG7A 4CZMA 4KTWA 4U67L 4YDUC 4DFPA 3P31A 4CESA 3TARA 1REVA 2OCEA 3O8MA 4BACA 3ZSZA 4KBOA 4H0VB 3KLGA 4DMNA 5ADXA 4LH4A 2NRWA 4JI3K 3WEEB 2ZF5O 4DSFA 4WQ4C 1HNZK 4E7KA 2XY8A 4E1NA 3HVTA 2PYLA 5C0YA 4NB4A 2ATQA 1EWRA 4H0OA 3H6EA 4FJGA 1HNVA 4M41A 4DFJA 3AVGA 2EX3A 3B6PA 4KHSA 4CZEA 3UIQA 1XWLA 3SBTA 3SUQA 4EP4A 3CM6A 3PSIA 4HCCA 1ATRA 3K2PA 4DSJA 4AHTA 2LSNA 3LZJA 3VQAA 1CZBA 1W97L 1Z6RA 3SCXA 3OBYA 3AVHA 5AFUH 1VQPN 2O8EB 4CHQA 5GIOA 3TWHA 4YOTA 2HHXA 4B9VA 1ESVA 3O9RA 4W5QA 4IZ9A 5FPNA 1JXEA 3VEOA 1WNSA 3JSMA 1E4FT 4CEBA 3O3HA 4FJ7A 3V9UA 3PX0A 1NM1A 3V1OA 2BANA 2P9SA 4CJWA 4R5PA 3QLHA 4FJ8A 2P5OA 2VGMA 1DKGD 4FO0A 4A57A 2DFEA 4H0XB 1TK8A 5BN9A 2QK9A 3CC7N 3WXKA 1S9GA 1XQSC 4PA1A 4BDPA 3KKSA 3SJJA 4DF4A 3KLEA 3P1GA 4B3OA 1HKBA 4W5OA 3HBTA 1QVGM 3ISNC 1WAJA 2JWKA 1X9JA 1WBDA 1HYSA 3CCSN 3C65A 4KHPK 2Q3SA 4DR4K 1RT2A 4CJTA 4WCEL 3RR7A 3THVA 2RF2A 3CC2N 4JI5K 4YNQA 5KPRA 4AF1A 3L2QA 4GVMA 2KQ2A 1B9DA 4Z4FA 5AZJA 1D8YA 2YKNA 2G8KA 3AA2A 1YVUA 2FBYA 4DSKA 4DCHA 3W0LA 4BREA 4IFEA 2F7TA 1R0AA 3PSFA 4MQ3A 4CIEA 1BCOA 4BDZA 3BGRA 4DQ8A 3V9WA 2X6SA 1W2BM 1NU0A 4CEFA 2HMIA 3J81O 2JLEA 4C1NK 3OYEA 5KTQA 2B6AA 1KFDA 4CJUA 4FVUA 5JICA 3SPZA 5AZJB 2E2PA 2FXUA 4EZ6A 2NLXA 3O1BA 1RTDA 2O8CB 4CZIA 2YJFA 4LFCK 3AO4A 5JS2A 3I8BA 3UKRA 3B8AX 3BF1A 4JD2A 5CY4A 1VQ9N 5KI6A 2VG5A 2NRVA 4BY9C 3MXMA 1BCMA 1OH5A 5AQJA 3D2EB 2NRXA 3ZSRA 4LC9B 3AVAA 2E5LK 4IG3A 4CEZA 3DLHA 3QIOA 4PWDA 3RMCA 1SKRA 1C0UA 4BC2A 4NLBA 3VGLA 4DTPA 1TAQA 2ZWHA 3NH1A 1SL2A 4CECA 3PLAA 3P4IA 3MXJA 3CJAA 4E1MA 2ZJPL 1IKYA 3HOTA 1GLBG 1KTQA 2P1JA 1XHXA 3QINA 4QOZB 1KD1O 2QTDA 4FWQA 1C0GA 5E84A 3D6RA 2OYQA 1U4BA 3GE1A 3KK1A 1VQLN 4DSLA 4KI4A 4B1VA 2UXBK 2GEMA 1GLAG 2Z1GA 4HHTA 3QEXA 1X3MA 1HLUA 1FKOA 2YNHA 2HHSA 2HB5A 3O9UA 1SV5A 5HRPA 1RNHA 1KVAA 4RWTA 1U2VB 4RG8A 4FJXA 2YNIA 3KWIA 3NF8A 1NGDA 5CZ1A 4BQLA 4Y0WA 4Z4HA 4H5WA 3EE8A 3ENOA 3LAKA 4F3OA 3OTOK 4F3TA 1JCGA 3HPHA 2GV9A 4LSNA 4X62K 5HP1A 4F8RA 5FDLA 2PAVA 1KVCA 4DQPA 1M1KO 4JS5A 4DFMA 3R3LA 3QIPA 4CF8A 3RSEA 1BIZA 4G9ZA 5CE3A 1VQ6N 2P9LB 4XH5A 4RTFD 2HVIA 4MO5A 3ZETA 1KAZA 4DTMA 1LWFA 1S1TA 5EY4A 3R1XA 3QDKA 1A5VA 4ID5A 3N4PA 4DR1K 5AQSA 3ASMA 4CJ7A 3WXIA 1NBWA 2V52B 4C8NA 3LWLA 4ZTFA 2X6NA 3SAFA 2F8TA 3RSEB 4FOIA 1HKCA 2F8SA 3U6FA 3DAWA 1NGGA 2E6MA 3WXMB 4B3SK 4IWVA 1X9MA 1IV0A 2EHGA 3ZETB 3LP2A 4CHPA 4ISFA 4HTUA 3QESA 4LF9K 4CHOA 4PHTX 4YHHK 3K57A 2KTQA 4E19A 4B8CA 1V4TA 2GWJA 4KH6A 5GAGP 4FWSA 1J54A 4JI0K 4C8KA 2VWKA 4IEIA 1DGKN 3IDHA 5AQNA 3CG7A 1RT1A 3CI5A 4AM7A 1SKSA 1ILYA 3LDLA 4FJLA 1C1BA 4IOCL 4PL7A 1NOYA 2E8AA 5BRDA 4CFCA 4AHSA 3DXKA 4BR0A 2VGNA 1BI4B 3SQ2A 1NK8A 3F73A 4X64K 4OJRA 4TSXA 3VF4A 4M3XA 2V7ZA 3H3OB 1JLAA 3VTIA 2Z1JA 5EOYA 2NZTA 1TGOA 5E41A 4JKBA 5BPMA 3DLBA 3ZLJA 3V9SA 2QKBA 1VQ5N 4DF8A 3AAQA 2CGKA 4B9TA 3D2FA 5GAHP 3DXKB 1JCFA 1WBBA 1HYZA 1NJYA 4KAZA 4OGEA 1B92A 1SQKA 3HTVA 2A41A 2Q0RA 3FZMA 4IBNA 1TKDA 1C0MA 4M3UA 1OKJA 4BR4A 3U3YA 4KPYA 5AQHA 2FF6A 4B1YB 1I39A 3AVNA 4LFAK 2OPSA 1I3AA 3ZEUB 3AVMA 3M8RA 2Q0UA 2A6AA 4JNEA 4FW2A 3ZSYA 3CCRN 5M1QA 3VQ8A 1T44A 2KKZA 2E1ZA 4FLYA 5FPDA 1HJOA 4CEEA 1BA1A 2PZSA 1JLQA 4DTOA 1YHQN 5DMRA 4CI6A 1XMQK 4RW8A 2D5RA 3A5OC 4CF2A 4WF9L 2GBZA 1JLFA 1Q7YO 3KZBA 3OYFA 4CJPA 1RBRA 3L2WA 1VQNN 2P9UA 4RW4A 4YOUA 1RDBA 4CBXA 4JKCA 4H5NA 4XH1A 2O8BB 4ID1A 5C25A 2IVPA 4FLZA 1LAWA 1ITGA 3C95A 3VQ7A 4H8KA 2A1RA 4B9SA 5IT9O 3TU5A 2D1KA 2W42A 2FLOA 3ITHA 1K6YA 2XO7A 4DV2K 3ID8A 3VQPA 4FLUA 2HHHK 4GKJK 2H3GX 3RMAA 2KW4A 3DOKA 1XC3A 4JI8K 3PIPL 3S9HA 3A0IX 4IKFA 1K8AO 4FWMA 1EO1A 3SI6A 4AHCA 3V4IA 4DUYK 1H1VA 4C1NI 5KQDA 5DM6L 2OZSA 1K8KA 2VG6A 3RMDA 4F9OA 3PO4A 4NYFA 4FM2A 3NGIA 4HCBA 3IAYA 3OYBA 2RKIA 3THYA 3T1YK 1KFSA 4KRFA 4CGHA 3LP1A 3AA5X 4KB0A 3VENA 2IVNA 1JL1A 3LANA 3MDQA 1MU2A 4A2BA 4J2AA 4F2RA 2ITGA 1VSHA 2P9KB 3LDQA 3QICA 2NRTA 2IS3A 4DTUA 3F2KA 3O1WA 1RTHA 5AQFA 1IBKK 2QKKA 4JRQA 1QZ5A 4E1JA 3CIPA 4E7JA 1NJWA 3O3GA 3C94A 3NVKA 3CQYA 3K9JA 3LALA 2OPRA 3H45C 3DLLL 5A2QO 1S72N 5F0XA 4H4OA 2QWNA 3FGUA 4GKKK 1WB9A 3V1QA 4DU1A 4K8XA 4EP5A 2DFHA 2NRHA 4YY3K 1VK0A 3A5LC 3DLEA 4IO9L 4ZTJA 4DV1K 3EE9A 4A62A 3E9LA 3NH0A 3EO3A 2HNYA 2ZQBA 5FRMA 1TKTA 2GX9A 2QWLA 3ZYYX 2GWKA 2UYTA 3O9QA 1E3MA 2PFUA 4JK8A 4XH4A 3FFKB 1C1CA 3AO2A 2VYPA 4BC5A 3WNEA 4N56A 1WSGA 2O8DA 3CYMA 3L4QA 1YI2N 4WQ5A 4GY2B 3DLRA 1CXUA 4GV9A 2G8VA 3FZKA 3CXCM 1RCHA 1K9MO 1S3XA 4E7LA 4CVNE 1VSJA 3CQ8A 1VQMN 1OVQA 1S5JA 4A2AA 3SYZA 5FPEA 4B1ZA 1YXQA 3CMAN 3VF2A 3H3NO 3CCEN 4O4GA 4DTRA 3HP9A 5EXWA 4LFBK 3OS1A 3IUCA 4NXMK 2GUIA 2HHWA 2ASOA 1OH7A 3NGZA 4DR2K 4DSEA 4J2DA 4GMJB 3V9ZA 4JEPA 3J7YP 3GOIA 4FVMA 3WNFA 2CGJA 3AO1A 5JVHL 2HVHA 3NGYA 3TAMA 2RN2A 4UQGA 3AVCA 3ZT2A 2ITMA 1BL3A 3O5BA 1RDUA 1HR0K 4J8FA 4JKGA 5BRFA 1WSJA 3H08A 4M7XA 3GG4A 1VQ4N 1U48A 4F4KA 2Z1HA 3VGMA 3PUFA 4CEOA 2W6LA 1X1PA 4A59A 3KLHA 3OBWA 4PUOA 5C15A 4BRFA 2VQEK 3NHGA 3VF6A 4W5NA 3OYCA 1TYQA 5LJVA 2ZM6K 3IFRA 3UE5A 1YT3A 3HXMA 1VSKA 3MWPA 1RT5A 5CHIA 4JKGB 2FSKA 4CBUA 5C42A 3KK7A 4JI6K 5AQIA 3ATVA 3Q7CA 2Z1IA 3QEPA 3QFUA 4JI2K 4DLGA 1LOTB 4J2EA 5TKWA 1KAXA 2ASPA 2J4RA 4AH9A 4JK7A 1OVYA 1YUWA 1JKHA 3OHRA 1QHTA 3SBGA 1GLDG 1VQKN 5FRNA 3IG1A 5ELZA 3C6UA 3KHYA 1WLJA 2JWLA 5C12A 1NGJA 3KWGA 4E89A 4MO4A 3VQ4A 4L8RB 3SQ4A 2R7YA 1BOTO 3E66A 3AVIA 3AAPA 4H0TB 1YJNN 3LDOA 3F9MA 5AR0A 1HYVA 3QNOA 2ZGZA 3HSCA 3NFAA 4I6MA 2YCHA 3SUOA 3F5TA 1HPMA 3OYIA 4ISEA 5M1NA 3O9SA 5FROA 3HOSA 1EWQA 4Z4IA 3LDSA 1N32K 2QI2A 4FK0A 5KGXA 2O4GA 3I33A 4LF6K 1P90A 4KH4A 2Q36A 1RGIA 3C0BA 2P9SB 3SK3A 3ZX0A 1SAZA 2RPIA 4BRNA 1K73O 5JS1A 4CJ3A 3OYHA 3T3FA 4BC3A 2DFFA 2YNGA 1EP4A 3ZSXA 3SQ0A 2IAJA 3TI0A 2YKMA 5M1PA 3DLKA 4BG8A 4OKJA 5AQYA 3VEZA 5M1KA 1Q9XA 1RILA 4O55A 3QERA 2YHAA 2WUSA 3MEDA 1NJXA 3T7ZA 5J2QA 1GLCG 1T3VA 3G0ZA 4CGIA 1NK4A 4BC4A 3MEEA 3HPGA 4GV6A 4YOWA 4PY5A 1N34K 1ZBFA 3BP8A 3G6EN 4WYBA 3AVLA 4CIFA 2CH5A 1T6CA 2IVOA 1HKGA 3LM9A 5AJ3K 1HX1A 3TPQA 3FE1A 2YHXA 4DKWA 3ZX2A 3MWTA 4CHZA 2CGLA 1RDWX 1NGBA 3AVJA 4OGCA 1N8RO 1IKWA 3ZX3A 5J2NA 3TSPA 1BG3A 4LF4K 3MCPA 5AQKA 4RW7A 3HM8A 5H1SQ 1RBUA 3MN9A 4IJNA 4BQZA 3CCJN 3A5NC 1GOAA 3K0SA 2KZMA 2A5XA 4BRMA 3O08A 4MDAA 3A8YA 1SL1A 4O8KA 5J2PA 1VSFA 5FLXO 3TAQA 1D4XA 3CPWM 4HWIA 4DR3K 4H03B 1DTQA 4AM6A 3ENHA 3U3GA 3QBXA 4K8ZA 4H0YB 3UKRB 4JD2B 4DQSA 2F4VK 4DTSA 1RT3A 1LAVA 3TAPA 3O6WA 4DG1A 3ZT4A 4DQQA 4FZXC 4K0KK 2IDOA 1OH6A 3JS6A 4IEEA 2YHWA 3O3FA 1ATNA 3U9ZA 1G15A 3OYAA 4BGBA 5GIPA 2FF3B 4M3TA 5DK5A 1Z26A 1ZBIA 4I9QA 4FOEA 2QWPA 4DFKA 2HBLA 1TVRA 3OW2M 1TUYA 4FWNA 4EHTA 1FW6A 4FJKA 1BU6O 2NNWA 3P39A 2E2QA 2KLAA 4I7FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 1K8A O;  3CCE N;  1VQL N;  4WFB L;  1VQO N;  3CC2 N;  3CC4 N;  5DM6 L;  5DM7 L;  1K73 O;  1Q82 O;  1VQ5 N;  5JVH L;  1KQS M;  3I55 N;  5GAH P;  3G4S N;  1W2B M;  3OW2 M;  1YIJ N;  5MLC Q;  3CCL N;  1YIT N;  1Q86 O;  1Q81 O;  3CCQ N;  5GAD P;  1VQ4 N;  1M1K O;  1VQP N;  3I56 N;  4UY8 O;  1VQ6 N;  3CCR N;  3DLL L;  1VQ9 N;  2ZJQ L;  1S72 N;  3G6E N;  3G71 N;  3J7Z O;  2QEX N;  1YJW N;  3PIO L;  1YHQ N;  3CF5 L;  3CME N;  4WF9 L;  3CCM N;  4IO9 L;  4IOA L;  5HL7 L;  1Q7Y O;  1VQ7 N;  1VQ8 N;  1OVY A;  5GAE P;  3CCV N;  1VQN N;  1N8R O;  1VQK N;  3CC7 N;  3CD6 N;  2QA4 N;  1JJ2 M;  2OTJ N;  5H1S Q;  3CCJ N;  1M90 O;  1YI2 N;  3CCU N;  1KC8 O;  1QVG M;  4WFN L;  1NJI O;  2ZJR L;  2ZJP L;  5GAG P;  4U67 L;  4WFA L;  3CCS N;  3CPW M;  1YJN N;  3CXC M;  5JVG L;  1K9M O;  1YJ9 N;  1KD1 O;  1QVF M;  1VQM N;  1ILY A;  2OTL N;  4IOC L;  4WCE L;  3PIP L;  3CMA N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4W A;  3TTD A;  4CJK A;  3WQT A;  3VEY A;  4I2Q A;  2ETJ A;  4GVE A;  4E7H A;  4WFB L;  3VTH A;  2DTU A;  2GUP A;  3CC4 N;  1UA1 A;  2D0O A;  4OVL A;  4B9N A;  4K25 A;  1TL3 A;  4CGJ A;  4FJI A;  3RTV A;  1RBS A;  4DHY A;  3IRX A;  4NLC A;  4ELT A;  3DXM B;  4JI4 K;  4M42 A;  5EVZ A;  3VN5 A;  4M63 C;  3UKU B;  3OYM A;  2X78 A;  4CZG A;  3L2U A;  3S3O A;  3H1Q A;  2G8U A;  3CJC A;  4PKG A;  3HK2 A;  1HJR A;  3L6Q A;  5BPN A;  1N5Y A;  1S9E A;  2UXD K;  5JLF A;  5FPM A;  3LP3 A;  1DEJ A;  5AQM A;  4BDY A;  1JLE A;  3IKM A;  1FXX A;  3CJ1 A;  3CJB A;  4JRP A;  5F2R A;  3J8A A;  4JLH A;  3QEW A;  4B3M K;  2QWO A;  4YFU A;  3SUN A;  4RW9 A;  2HHT A;  1NMN A;  4EIA A;  1IH7 A;  3M5R A;  3WXL A;  1X9S A;  3GDQ A;  4FLV A;  4OLA A;  3MX5 A;  4KV8 A;  2YJE A;  4CIG A;  1T7P A;  5KQ8 A;  3DLG A;  3DRR A;  3CF5 L;  1NKC A;  4MDB A;  5HBM A;  3TSU A;  4FJH A;  3DMJ A;  4CBW A;  3ENB A;  4KHY A;  3OS0 A;  1UA0 A;  3DRP A;  3OYK A;  4O44 A;  3LP0 A;  5HRN A;  4FLX A;  2HMP A;  3ULD A;  2ZD1 A;  2A1S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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