1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
3G4SN 5H1SQ 4IOAL 2QEXN 5GADP 5DM7L 1YJWN 3J7ZO 1OVYA 2ZJRL 1VQMN 4WFAL 3CC4N 3CMEN 1Q81O 1M1KO 1QVFM 1YJNN 3DLLL 3CCQN 1YHQN 4WFBL 1VQNN 4IOCL 3CCVN 1Q7YO 1K73O 1NJIO 3CF5L 3CCEN 1ILYA 1KQSM 1QVGM 3OW2M 3G6EN 2ZJPL 1JJ2M 3I56N 5GAHP 3CCMN 3CCJN 1Q82O 1VQ8N 1KC8O 3PIPL 3CCLN 3PIOL 4IO9L 5DM6L 4WF9L 1VQON 5MLCQ 1K9MO 1VQLN 1Q86O 1VQ6N 3CCSN 3CC2N 1YJ9N 3CPWM 1VQPN 1M90O 5JVHL 1W2BM 3CCRN 4WFNL 2OTLN 5JVGL 5GAEP 1YI2N 2QA4N 4UY8O 4U67L 3G71N 1YIJN 1VQ9N 3I55N 1VQ7N 1K8AO 2ZJQL 1VQKN 5HL7L 3CXCM 3CCUN 5GAGP 3CD6N 1N8RO 1VQ5N 3CC7N 3CMAN 1KD1O 1YITN 4WCEL 1VQ4N 2OTJN 1S72N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOXA 4FWQA 1JLGA 2QEXN 3IG1A 4DV6K 1QQNA 3S9HA 5AQVA 4CBWA 4E7JA 3HRGA 2FBVA 2HOEA 3Q7BA 3NHGA 4AILC 2E88A 3SPYA 2QXFA 2IS3A 1EWQA 3M6GA 3VGMA 5JMVA 3S3OA 3VQDA 5KPTA 4JK7A 3QLHA 3MEEA 4JI5K 4CECA 5KQDA 2V7ZA 3MEDA 1NK7A 4J2DA 4JYAK 1QS4A 2QM1A 4FLUA 1SAZA 3A8YA 4DQIA 1K6YA 5GAHP 4GV9A 3CCMN 4O5BA 3ULEB 1HPMA 2A5XA 5E26A 5CE3A 4LH4A 2QWOA 3RTVA 4M3XA 1RTHA 4WF9L 3TAGA 4KB1A 3SMSA 3LDLA 5ADXA 3D2EB 1A5WA 2A6AA 5AQSA 1VK0A 4FJIA 3UKRA 1XHXA 1JLEA 1RT2A 3LM2A 1NGAA 4HWIA 2YNFA 1CXUA 2EWSA 4FW1A 1QSLA 4CFCA 5JVHL 3IMXA 4HCBA 2VYPA 3NMUA 2YJEA 2KTQA 1DTQA 4W5OA 3NF7A 1HKCA 3OBYA 3MX5A 4CJUA 2P9SB 4K25A 3C65A 2FSJA 1Z05A 2NZTA 3M3ZA 4YY3K 1XUPO 4YHHK 1GLFO 1FXXA 1XI1A 1NMDA 4ZHRA 4N5SA 4AH9A 5SZTA 4CJWA 4E1MA 4FJKA 2DY4A 1VSIA 1ASWA 2GWJA 4EHUA 1W7AA 1L3SA 2AJQA 4BRQA 5LJWA 4JI8K 3A2FA 3AA3A 3VQQA 1RT4A 3OBWA 4FPAA 3SCXA 3HPOA 3DRRA 4JK9A 4BE1A 3VEVA 3TARA 1KD1O 2YHWA 1VQ4N 4H0OA 3D0PA 1ZC6A 2H3GX 2QKBA 4FJGA 3LP0A 4CF2A 1VSEA 2YNIA 2BE2A 4E0DA 4OGEA 4A5AA 3J80O 2A40A 5AQPA 2HBLA 4B8CA 1NGDA 4E3SA 4FLYA 3V6DA 4DV2K 1UA1A 4NLCA 2Q1NA 1X1PA 1BOTO 1ZBIA 3LDNA 3DYAA 4CFDA 2FC0A 3S3NA 3LL3A 4WFBL 4JI3K 3T1AA 4DQQA 4IOCL 2VWBA 3EKUA 3LANA 5M1OA 1HPZA 4B3MK 5T7BA 1LW0A 4DQ8A 1UWBA 3THWB 2B5JA 3HP6A 4BC3A 1QVGM 2RE2A 3O4WA 1B9FA 4DR4K 1RDWX 1J6ZA 1RGIA 5KRSA 1T6CA 2D0PA 4CHQA 2A41A 4CF0A 1GLEG 3CJ7A 1EX4A 3E66A 3PUFA 3WXIA 4FJ7A 3P1GA 4NCGA 2HVHA 5LJVA 3F9MA 2YHBA 2KQ2A 2HHWA 2O8FA 2AA4A 2Z1HA 1WB9A 3RRGA 3V1OA 2O8BB 3P83D 4FWMA 1WN7A 3K5MA 3NDKA 3R3LA 3AO1A 1NOZA 3AV9A 1D9FA 4JEPA 1S22A 4BC4A 4CJPA 2R7YA 2OTLN 3O08A 3LAKA 3V9XA 5I9EB 4KHUA 4FM2A 2QA4N 3VF2A 1RT5A 4O0IA 1Q9YA 2YHAA 3HPHA 3KWIA 5FPMA 2EX3A 4I6MA 3QEIA 1VSMA 5J2NA 3LWLA 1QZ6A 2ASMA 3AY9A 5F2RA 1L3UA 2GWKA 3K2PA 3G4SN 3BP8A 1GOBA 4OX9K 3DLGA 3O3FA 1I94K 4C8NA 4MLHA 4BR5A 3EYZA 3IDHA 3OYFA 2QWQA 3L3UA 4FM1A 4JHDA 3ZX2A 3WXMB 4CGIA 4WFAL 2UUBK 4OJRA 3OYIA 3C95A 3L0QA 5AQZA 1YT3A 2A1SA 3QICA 5AFUA 2NUBA 5AQYA 1VQNN 3GBTA 4BC5A 5AFUH 3Q7CA 4B9NA 1NU0A 3DOKA 3RRHA 1WLJA 4CEOA 3HZ6A 1BO5O 5AQNA 1KTQA 4DFKA 3THXB 4ELVA 2CGLA 5B8HA 3ZSRA 4RW9A 2DFFA 3L4QA 3D2FA 4FJ5A 1U2VA 3C0BA 4FVMA 4CJSA 2P9IA 3U9ZA 3BUZB 3K59A 2HVIA 4DV0K 5KPRA 2X6SA 5FPNA 1Z25A 2XY7A 4PKHA 4G9ZA 4H0PA 2DFHA 1OVQA 3TTFA 2WFBA 4BGAA 2O8CB 4EP5A 3FGUA 1V4TA 4BDPA 3KWGA 1S1WA 2YCHA 3SNNA 1KXPA 4KHWA 1KVAA 4RW7A 3LM9A 4Y1CA 4WFNL 4H5VA 4CZJA 1RT1A 4CVNE 4X65K 5GAEP 1LOTB 4LC9B 2ZWHA 3NGIA 3ZX0A 4JD2A 4KI4A 5M1PA 5HRNA 3AGRA 1C0GA 3DXMA 4FWLA 3UKUA 4BR9A 3JSMA 3TTDA 2RN2A 2ASPA 5AQQA 4LF9K 4B9UA 1J5OA 3E01A 3ATVA 4CZGA 2OPRA 1KLMA 5ELZA 4B1VA 1BQNA 3CJ1A 2IAJA 5M1NA 3ZYYX 2QWNA 4DV1K 4E7KA 1YUWA 2I7PA 1IG8A 2YHXA 3CG7A 3DLKA 4JKBA 3KLHA 4NXMK 1NJXA 1IO2A 4N76A 3F9KA 4DQRA 2OA8A 4JKAA 3LWMA 1EQYA 4OKKA 4KH6A 2P9NB 3CMEN 4BROA 4DV3K 4YOWA 3CCQN 3ZCMA 2O8BA 1G99A 1LV5A 3FFIA 4FW2A 4RWTA 4OPKA 1QSYA 3WEEB 3DJCA 4B9VA 4KRFA 3IKMA 1D4XA 1G15A 5KQ8A 4ISGA 1VSFA 4JI0K 3QDKA 5CZ2A 2FF6A 4CJ7A 1S1UA 3MWTA 5AQRA 3MXIA 5C42A 5K14A 1N6QA 1RNHA 4LY7A 4OVLA 3KD5E 3PIPL 4XH4A 4A2AA 4X62K 2W41A 4Y1DA 4K41A 2IVOA 4FWOA 3LPTA 3H1QA 3VESA 1VQ6N 4IWVA 3CC2N 3IAYA 3TAEA 3OJSA 4FM0A 1VQPN 1FKOA 4YOTA 2VG7A 3PX0A 3HVRA 4LF5K 1RTJA 4CK2A 1KFDA 4JN4A 2YX6A 4DWIA 3C6TA 5I42A 5CHIA 4AHSA 3D2FB 4OGCA 3U4LA 4EFHA 1XMQK 3C7NA 3VEOA 2HHUA 3AVHA 2VWKA 3R8EA 1ESVA 4CZLA 3I55N 5AQIA 4DU3A 4OLBA 3NH0A 4CJ5A 3CJCA 2YJFA 1NKCA 2HW3A 2YV0X 5KRTA 2KFNA 1B92A 3CMAN 4M42A 4CK3A 4GVMA 3C94A 4O44A 2OTJN 3LDSA 3NVMA 5IT9O 3EN9A 4GW6A 1YF5L 4CEEA 5AZJA 1GLBG 1S9GA 4IOXA 4CCHA 3CFOA 3GOIA 2QTDA 1U2VB 3HSTB 4CJRA 3SQ0A 4CFAA 4CJFA 4UQGA 4CEFA 1Q81O 5AJ3K 3HTVA 5C10A 4CE9A 4FK0A 1YHQN 2W40A 2QWRA 4CBUA 4B9TA 2UXCK 4FPBA 3T19A 3CFPA 2V7YA 1K73O 3AVMA 3CF5L 3RMDA 1ITGA 3S41A 1XC3A 3SQ2A 3OYJA 2P5GA 1CXQA 1S6PA 5KGXA 1GLLO 1WSEA 5HBMA 2HHVA 4W5NA 1YXQA 1BIUA 1YTUA 4EP4A 3O1BA 1D8YA 1NBWA 4GY2B 3K5NA 4DSJA 3OYGA 3CJBA 2NRWA 5HLFA 1ATNA 1NWKA 5J2PA 1P90A 4KTZA 4DU4A 2PAVA 5LMNK 1OH6A 1KVCA 3VENA 4GV6A 1NJWA 5BRFA 1NNEA 2FSKA 3MX2A 4PQUA 4R79A 3A5LC 4BE2A 1EETA 1T6DA 1QZ5A 4H0VB 3P5JA 5AZIA 2E2QA 3QIPA 3VQ4A 3AVBA 2F4VK 3CI5A 3E9LA 3DRSA 2KW4A 2Q3SA 3CM5A 1X9SA 3M8QA 4MFBA 1KRPA 3QB0A 3AO4A 1JCGA 4H8KA 3P38A 1D5AA 4AF1A 3SQ1A 3AA5X 4EZ9A 3ENHA 4B1UB 5AR0A 3B6PA 2V52B 2NRVA 2GV9A 4ID1A 4KHYA 1HQUA 2OCEA 4BRKA 2JGUA 3WQUA 1N8RO 4DSFA 4BWMA 3EEQA 4ZTFA 1VRUA 1IG9A 3PX6A 1Q8IA 3SI6A 1S72N 1TGOA 3QO9A 5H1SQ 4K8XA 3GDQA 2O8EA 1Z26A 1DEJA 1NMNA 3O1WA 4FWRA 3V9UA 5GADP 2PYJA 2HF3A 2Z1JA 5JLFA 1X9MA 5EX5A 1Y64A 3RR8A 2RHKA 1IKYA 4O8KA 3LZIA 1WAFA 2G8FA 3KK7A 4B9QA 4PUOA 2YNGA 3ULEA 3V1RA 3VF6A 3RMBA 2NNWA 4CESA 2P9KA 4M7XA 2F9WA 3RWUA 4V19S 4CEQA 3L2WA 2E1ZA 2IC3A 2P9LB 2WONA 1YAGA 3G6EN 4OPAA 4FJJA 4DR7K 1IKWA 3MN6A 3HK2A 4LFBK 3VEYA 3P39A 3VQ8A 3TSQA 3CCJN 3DMJA 3FZHA 1X9JA 5BPLA 1RFQA 2XO7A 1CLQA 1VQON 1U48A 4KHQA 4QS9A 1Q86O 3TWHA 3TANA 4Z4EA 4C8MA 1R59O 3MECA 3CJAA 3UKRB 1WSJA 1S1XA 3SUQA 3CERA 4H0XB 4FJLA 4K0KK 2KZMA 3RVCA 3NH2A 3ULDA 1JXBA 4JD2B 4PKGA 2QXLA 1KVBA 5E41A 4KH4A 1NGJA 4W5TA 3L2VA 3DAWA 3O8MA 4H0TB 4RG8A 2E2PA 1NK9A 3MCPA 2FLOA 1VQKN 1NGIA 5C25A 5AQMA 4CZFA 1OH8A 3BF3A 4H0YB 2G8VA 3LALA 5J2QA 2UXDK 4CHNA 1RT6A 1VSKA 4EHTA 3V9ZA 4BR2A 3T1YK 4M63C 3CPEA 1U49A 4RW6A 3WNGA 4BC2A 2P9UA 3VF4A 3OS2A 4E19A 1S1TA 2PFUA 4K42A 2YNHA 1FW6A 3AA4A 3FFKB 3M5RA 3HL8A 2OZMA 3N4PA 2D5RA 4O8UA 5C2FA 3J81O 4FLWA 2E8AA 3V4IA 1E3MA 3SPZA 3U3YA 3NF6A 5LL6Z 4N56A 1XNQK 3ZEUB 3M8RA 3FE1A 1T7PA 3ID8A 4JKHA 3R9PA 3QETA 1WBBA 1SKRA 1C0TA 1TYQA 1QHAA 1UA0A 4DQSA 3SMPA 1TK8A 4ELUA 3EO3A 3GG4A 4B3OA 1Q82O 3SAGA 4KFBA 2E5LK 1GLAG 4NXNK 4FLTA 3H3OB 4A61A 1ZBSA 3R6MA 4JI1K 3TAQA 2IGIA 1EKEA 4DSLA 2HF4A 5JICA 3AARA 1Y97A 3HT3A 3BDPA 2UU9K 1J54A 4ELTA 1TYQB 2XY6A 3PLAA 4HUFA 2OANA 5BN8A 3TTCA 3MCAB 3OTOK 4DU1A 3VQAA 3ZT2A 4MQ3A 2X6NA 2KHOA 3S3MA 4FJXA 3QMLA 1BI4A 2E2NA 5FLXO 3B8AX 5AQJA 4CIGA 5BR8K 3V1QA 2G8WA 4FOEA 2RKIA 3BZCA 3MN7A 3VETA 4C8KA 5CR4A 2HBMA 4BRHA 4UY8O 4H03B 1R0AA 3VTHA 3WXLA 2GX9A 5M1FA 3IUCA 2ZJQL 3SLCA 2NRZA 3F5TA 2P9UB 3CXCM 3I0RA 4DV7K 4BDYA 3DRPA 5BRHA 3SUOA 4IJAA 1N34K 2IIRA 2QWPA 2FBTA 3OYBA 2HHXA 2PBDA 3CETA 1H1VA 3JS6A 1VSDA 1BU6O 3V9WA 4LFCK 3VGKA 4NCBA 3LAMA 2FBYA 5CYQA 1REVA 3PSIA 1YVUA 3OYKA 4DV4K 2E4LA 4JS5A 3ASMA 4Y0WA 2Q0RA 1LAWA 4JNEA 4N47A 3KLIA 3AVKA 3O4QA 4F3OA 4OPHA 2RF2A 3K5LA 3HXMA 4CJEA 4BRGA 3OS0A 3HP9A 3AVLA 5AQWA 1YJNN 3IS9A 1FJGK 3VQCA 4CZEA 3WT0A 1HX1A 1BISA 4H4MA 4CHYA 5FDLA 3KJVA 4K43A 3E9PA 3KKRA 3U8XA 1ASVA 1KAXA 3GE1A 3BF1A 4PA1A 4ZTJA 1SKSA 2UXBK 4FLXA 1K8KA 3VEZA 4M3YA 3WNHA 3THXA 2B4JA 5GIOA 5KTQA 5M1QA 1XWLA 2OPSA 3SV3A 2O4IA 3WNEA 4FK2A 3K57A 5AQHA 4HTLA 2W6LA 4DTUA 4IFYA 1NLVA 2CH5A 3O80A 3WXKA 1D9DA 4B8AB 1VQLN 3LP1A 4E7LA 4DV5K 4GVEA 4NB4A 4BRMA 3ZETB 3NE6A 5A2QO 5HRPA 4JAXA 3MN9A 2P9KB 1SL1A 3T7ZA 4JKDA 4DUYK 1EXQA 4KV8A 4DTXA 1KAYA 5BPNA 4BWJA 5BREA 1T3VA 4M7YA 1J5EK 4WQ4A 4CZHA 1NM1A 3OYNA 3KD1E 3TU5A 3O9SA 4H5TA 2VQEK 2QKKA 4WQ5C 3W3DA 2NRTA 4AM6A 2OZSA 1NGHA 4LD0A 4U67L 3T69A 3SUPA 1NKEA 4I6MB 2WBNA 3VQ7A 5J1EA 2QWMA 3C7NB 4JKEA 4DTMA 3CHWA 3RMAA 4FSVA 4Q5VA 1BA1A 4BVPA 5CY4A 4CGHA 2IVPA 3UE5A 1C0FA 3HPGA 2KZZA 3LDOA 3OYLA 3SYZA 5HROA 3VQPA 4C8OA 3QEWA 3KLEA 1U45A 2P9PB 3SBGA 4JRPA 4DR2K 3QNNA 3HBTA 3LDPA 2YKMA 5C0YA 2ITGA 3FZLA 3NF8A 4ILJA 4BRDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G4S N;  5H1S Q;  4IOA L;  2QEX N;  5GAD P;  5DM7 L;  1YJW N;  3J7Z O;  1OVY A;  2ZJR L;  1VQM N;  4WFA L;  3CC4 N;  3CME N;  1Q81 O;  1M1K O;  1QVF M;  1YJN N;  3DLL L;  3CCQ N;  1YHQ N;  4WFB L;  1VQN N;  4IOC L;  3CCV N;  1Q7Y O;  1K73 O;  1NJI O;  3CF5 L;  3CCE N;  1ILY A;  1KQS M;  1QVG M;  3OW2 M;  3G6E N;  2ZJP L;  1JJ2 M;  3I56 N;  5GAH P;  3CCM N;  3CCJ N;  1Q82 O;  1VQ8 N;  1KC8 O;  3PIP L;  3CCL N;  3PIO L;  4IO9 L;  5DM6 L;  4WF9 L;  1VQO N;  5MLC Q;  1K9M O;  1VQL N;  1Q86 O;  1VQ6 N;  3CCS N;  3CC2 N;  1YJ9 N;  3CPW M;  1VQP N;  1M90 O;  5JVH L;  1W2B M;  3CCR N;  4WFN L;  2OTL N;  5JVG L;  5GAE P;  1YI2 N;  2QA4 N;  4UY8 O;  4U67 L;  3G71 N;  1YIJ N;  1VQ9 N;  3I55 N;  1VQ7 N;  1K8A O;  2ZJQ L;  1VQK N;  5HL7 L;  3CXC M;  3CCU N;  5GAG P;  3CD6 N;  1N8R O;  1VQ5 N;  3CC7 N;  3CMA N;  1KD1 O;  1YIT N;  4WCE L;  1VQ4 N;  2OTJ N;  1S72 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YOX A;  4FWQ A;  1JLG A;  2QEX N;  3IG1 A;  4DV6 K;  1QQN A;  3S9H A;  5AQV A;  4CBW A;  4E7J A;  3HRG A;  2FBV A;  2HOE A;  3Q7B A;  3NHG A;  4AIL C;  2E88 A;  3SPY A;  2QXF A;  2IS3 A;  1EWQ A;  3M6G A;  3VGM A;  5JMV A;  3S3O A;  3VQD A;  5KPT A;  4JK7 A;  3QLH A;  3MEE A;  4JI5 K;  4CEC A;  5KQD A;  2V7Z A;  3MED A;  1NK7 A;  4J2D A;  4JYA K;  1QS4 A;  2QM1 A;  4FLU A;  1SAZ A;  3A8Y A;  4DQI A;  1K6Y A;  5GAH P;  4GV9 A;  3CCM N;  4O5B A;  3ULE B;  1HPM A;  2A5X A;  5E26 A;  5CE3 A;  4LH4 A;  2QWO A;  3RTV A;  4M3X A;  1RTH A;  4WF9 L;  3TAG A;  4KB1 A;  3SMS A;  3LDL A;  5ADX A;  3D2E B;  1A5W A;  2A6A A;  5AQS A;  1VK0 A;  4FJI A;  3UKR A;  1XHX A;  1JLE A;  1RT2 A;  3LM2 A;  1NGA A;  4HWI A;  2YNF A;  1CXU A;  2EWS A;  4FW1 A;  1QSL A;  4CFC A;  5JVH L;  3IMX A;  4HCB A;  2VYP A;  3NMU A;  2YJE A;  2KTQ A;  1DTQ A;  4W5O A;  3NF7 A;  1HKC A;  3OBY A;  3MX5 A;  4CJU A;  2P9S B;  4K25 A;  3C65 A;  2FSJ A;  1Z05 A;  2NZT A;  3M3Z A;  4YY3 K;  1XUP O;  4YHH K;  1GLF O;  1FXX A;  1XI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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