1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
1Q81O 1W2BM 1OVYA 1VQ4N 3G4SN 4WFBL 3CC4N 5DM6L 1Q86O 3CCMN 1VQKN 5JVGL 3G71N 1YIJN 3CCSN 3CCJN 1VQNN 1K9MO 1YJNN 4IOCL 3CMEN 4WCEL 1VQMN 1JJ2M 1KC8O 3CCLN 1KQSM 3DLLL 1K73O 4UY8O 1M1KO 2OTLN 3CC2N 5GADP 2ZJPL 1VQPN 3CXCM 1YJWN 1N8RO 1QVFM 3CD6N 1VQON 1VQ8N 4IOAL 4U67L 1YI2N 1K8AO 3CPWM 5GAGP 3I56N 3PIOL 3CCRN 5GAEP 1Q82O 3CF5L 1VQLN 3CC7N 1ILYA 5HL7L 1VQ6N 5JVHL 5MLCQ 4WFAL 1NJIO 3OW2M 2QA4N 2ZJQL 1YITN 5H1SQ 4IO9L 3PIPL 5DM7L 1Q7YO 1S72N 3CMAN 1M90O 3CCQN 1YHQN 3I55N 1VQ9N 1YJ9N 3G6EN 3CCUN 2OTJN 4WF9L 2QEXN 5GAHP 3CCVN 3CCEN 4WFNL 1QVGM 2ZJRL 1VQ5N 3J7ZO 1VQ7N 1KD1O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQQA 3DRPA 2E4LA 3UKUA 2FF6A 3SLCA 4C8MA 3O1WA 5BR8K 4BVOA 4RW8A 5ADXH 1VQKN 4E1MA 3B6PA 3V1RA 5LMNK 2HSTA 3QEPA 3VQ5A 3WXJA 4N56A 1RFQA 4DUYK 4BRAA 3HPHA 2QWRA 4DWIA 3MX2A 3R1XA 4YOXA 1NJXA 1H1VA 1TK5A 5JS1A 3DLLL 4DSEA 5AZIB 3I8BA 3L2UA 2OPPA 1HLUA 4CGJA 3DLEA 2X74A 4NB4A 2P9SA 3VGLA 2FSKA 4CBXA 3QNOA 3T1YK 4E1JA 3VEZA 1JXEA 3UIQA 5HROA 5AQSA 4M3YA 4B9UA 1C1BA 2AA4A 3MWPA 1GLBG 4QOZB 1JLBA 4B8CA 4U67L 3RMCA 4FJ5A 3GDQA 4KI6A 3DRSA 5F1XA 4BRFA 4FWKA 3R9PA 5J1EA 3SAHA 1SL0A 1TK8A 3MXJA 5LMUK 5EVZA 4DB3A 5D3GA 4BY9C 3J80O 5JICA 1Q82O 4DLGA 3ATUA 4KO0A 4MQ3A 3OYAA 4FLXA 3VTIA 1KVAA 4FWQA 4KKOA 3K5MA 3AAQA 1L3TA 1EX4A 3BEXA 4FW2A 3ZSOA 3THXA 3AO2A 1NNEA 4WFAL 1NJIO 2KTQA 3BY5A 2QA4N 4LF9K 5AQHA 1HJOA 1U6ZA 3CG7A 2YV0X 3P4IA 5DM7L 5FROA 1GLLO 4O55A 3TPQA 3EL2A 4CGHA 3DM2A 3THWB 4BR5A 1S6QA 3JXUA 4JI0K 4O5BA 3C6AA 4CF8A 2IIRA 4FW1A 4CJ4A 1LWCA 5BRHA 3NMUA 4AM7A 3VPZA 2OPRA 1OVQA 4F3TA 4CZHA 2YNGA 5AFUA 3TSQA 3DI6A 1J5EK 4BR0A 3QESA 1VQ5N 4OJRA 4IJNA 3ZETA 4EZ9A 3ZX3A 2V52B 4YOUA 3P83D 3ID8A 5JVGL 2R7YA 3ZSQA 4JI6K 1J54A 2P9LB 4IEEA 4CF0A 5KRSA 4I6MB 1IO2A 2DFHA 4IOCL 1B9FA 4JAXA 1HNVA 5I42A 3OYEA 3DJCA 4CD3A 1JJ2M 2HMPA 3MXMA 3K9JA 1WSJA 3VA0A 5B8HA 3QEIA 2QXFA 4ID5A 2DFEA 2O4GA 2WUSA 2RF2A 3OS1A 4CZJA 4NCGA 4FO0A 3VENA 3CXCM 4BR7A 1RBRA 4DV1K 2RN2A 4IDHA 3OY9A 3WQUA 1K6YA 2VGNA 4DFKA 3TU5A 3CPWM 2QWQA 1Q8IA 2UUBK 4M3ZA 4DQSA 1D4XA 2QW9A 3VQBA 3CJAA 4IFEA 4B9TA 3KLGA 4HUFA 3S9HA 3L4IA 2OZMA 5HL7L 5J2NA 2VQEK 4RW7A 1VSHA 1L3SA 4AHCA 3CIPA 4JHDB 4FLTA 1LW0A 3S3OA 3K57A 4O0JA 4CJSA 4OKEA 4DG1A 1XWLA 3TAPA 3MCPA 3ZT4A 4NCAA 3M8PA 1WUAA 3AGRA 3J81O 3M6GA 3AVLA 5C12A 4F2SA 4AH9A 4H5RA 4AM6A 2VCPA 4DTOA 4B1UB 3RWUA 4EP4A 2YNIA 3MCAB 1FKPA 4IG0A 3H3OB 4W5RA 3THYA 2KZMA 2KLAA 2QEXN 3LDNA 4I2QA 1RBVA 1KLNA 2ZQBA 4Y1CA 3QFUA 2YNFA 2D0BA 3MEGA 3LP0A 3NFAA 2E5LK 3FFIA 2F4VK 4BREA 3VQEA 2IGIA 3MN9A 4CBWA 1VSFA 1ESVA 3BP8A 3SUOA 3KHYA 3OVNA 3GL1A 1NM1A 4J2BA 4OLAA 1KSPA 1QS4A 4BC4A 1QZ5A 3ZEUB 1WAFA 4IFVA 4BRPA 2VG5A 3ZYYX 3CCSN 3C6TA 3O6WA 1U49A 3U8XA 1D5AA 1LV5A 1EP4A 4CJEA 4CEOA 3AY9A 2QKBA 3VQ6A 2P9NB 3L0QA 3I8DA 4DV4K 4BRLA 2HHHK 1NWKA 4DFPA 2CH6A 2ASPA 4M7XA 2D4WA 4WE1A 4BACA 4JI5K 4LFBK 4DSLA 5DMRA 3PY8A 2D0AA 2ITMA 1XHZA 4IOXA 1RCHA 3E1YA 3MMVA 1K8KB 1LWEA 3VF6A 3L3VA 3TAMA 5E41A 4IOAL 1RBTA 3DXKB 1GLDG 4E0DA 5JLFA 1RDUA 1REVA 3FZHA 4EIAA 4NXMK 4JKAA 1RBSA 2ZM6K 2PZSA 2W40A 1D9DA 3NVMA 3CFOA 4DTSA 4YOYA 5MLCQ 2F9TA 2HBLA 3ZSRA 2P9KA 1WNSA 2ZJQL 4MFBA 1YITN 1X9SA 3OS0A 3M8RA 2O8BA 4DTRA 4FJ8A 5BR9A 1NBWA 1HYZA 1OH7A 3AVNA 3VF2A 2IVOA 2VYPA 1OH5A 4KH6A 3KLEA 2YJFA 2CGLA 4QS9A 4B3TK 2E1YA 3HPGA 3SMSA 5FLXO 2Z1JA 4WQ5C 5AQUA 1VSIA 2GUPA 1XC3A 3WUHA 1OH6A 2W6KA 1HYVA 4A59A 3NHGA 3FZKA 3MDQA 3V9ZA 4DMNA 4OPJA 4NXNK 2GEMA 4M41A 4M3XA 1S1UA 3D2EB 3OTOK 1U4BA 4FWMA 3L3UA 3PSIA 2E1ZA 2O8CB 2VQFK 3D2FB 3CFPA 3S3MA 3J7ZO 3E9LA 3K58A 2Q36A 3PUFA 5CR4A 4CFCA 3G4SN 4XEIA 3AARA 1NKEA 3PV8A 4FJJA 3QBXA 4YFUA 3WNHA 3HVTA 4I9QA 3WXIA 4FJMA 1Z26A 2YHBA 3V1QA 2P5GA 5HP1A 2XY5A 4Z0UA 3OBWA 4QS8A 4ISGA 3SQ0A 2NLXA 5F2RA 2XO7A 3HRGA 4CVNE 2VWBA 3LPTA 5DK5A 4ZHRA 2BE2A 2UUCK 1XMQK 2HB5A 3NF8A 1KQSM 2PYJA 1C1CA 4FCYA 4CEFA 4F8RA 1X3MA 1NJZA 1MU2A 1ZBHA 3CYMA 3VOVA 4HUEA 1HKCA 4BQZA 3VN5A 4B1YB 1KFDA 3SK3A 4FK0A 1ZBFA 3AVIA 5AQYA 4E1NA 4YY3K 3SUQA 4M3TA 5BRDA 4H4MA 5EY4A 1YUWA 5GAGP 3LDQA 3LL3A 4GW6A 1BI4A 3H45C 2P9UB 5AQMA 1CXUA 3CFRA 4FWSA 5GIPA 3CF5L 4JS5A 1ZBIA 1BCMA 3UKUB 4C8KA 2E88A 4PKHA 3G10A 5CYMA 4CJ5A 3BF3A 4KV8A 4PHTX 4CFBA 1TUYA 4IG3A 5H1SQ 4CJVA 4OX9K 5CY4A 2G8KA 4LFAK 2G8HA 3SAGA 4FJ7A 1HPMA 3M1FA 1W97L 3RSEB 1S5JA 1KTQA 4IDKA 3OYHA 5EOYA 4CEQA 4F4KA 4LY7A 4RW9A 3OJUA 3K2PA 5AQJA 4IZ9A 2P9SB 2ASMA 4FXDA 5AR0A 1CZ9A 2O4IA 2Q0UA 2Q0RA 1RT1A 2HF3A 1NKBA 4DV5K 3T3FA 3KVGA 1ASWA 3NAEA 1VSKA 4DS4A 2FSJA 2ZF5O 1CLQA 4IJAA 4JKCA 3THXB 3CJ7A 1ZBLA 3TSPA 3N4PA 3CERA 4Z4EA 3M8SA 1VQMN 1KC8O 1QE1A 3NF7A 3OJSA 2OZSA 4CEEA 1K73O 1Q9YA 1BHLA 1V4SA 2AJQA 2IVPA 4KRFA 4CZMA 4O8KA 4FLZA 3VQQA 1DKGD 3LWMA 5ADXA 1I3AA 4CJTA 1KFSA 4CEBA 2FSNA 5CE3A 2Y1IA 5C10A 4ICLA 3HP6A 4DKWA 4R5PA 2P9PA 4DF4A 4PA1A 2RHKA 1T6DA 4W5OA 4DU1A 1X3NA 4DV3K 3TR8A 2OANA 1XC9A 3CC7N 1ASVA 2B6AA 3IDHA 3QERA 4O44A 3HM8A 4NO7A 1YVUA 5JVHL 1BIZA 3HO1A 4FM2A 4CHZA 4KPYA 3DAWA 1GOBA 1W0HA 3PIPL 4B3RK 4B3OA 3U9ZA 1BIUA 5HRPA 1S22A 4FJGA 4J8FA 3CCQN 1YHQN 3KK7A 3O4NA 5KPTA 1EETA 4H4OA 4M3UA 3SNNA 2E2OA 3D7EO 1RT5A 5M1OA 2W6LA 1YJ9N 3JYTA 4GMJB 4BRDA 1NOYA 4DU3A 3VQDA 4NLCA 4PKGA 4JD2B 3VMFB 4AHSA 1UA0A 5KQ8A 4PWDA 2YI1A 3IRXA 4A62A 2NRWA 4AHRA 5KPZA 3AVFA 4CD1A 4FZZA 1JLQA 1KVCA 3JS6A 1YIJN 3I33A 4F2RA 3TI0A 4R79A 2KQ2A 3TAQA 2D0PA 2YHYA 3P5JA 1YJNN 1MA9B 1ZXOA 1HYSA 1N5YA 3HPOA 4OGCA 4XH4A 4CHYA 4CF2A 4L8RB 4KTWA 4CJFA 3HXMA 2GWJA 2IC3A 2Q2RA 3NGZA 1O13A 2G8IA 1GLJO 3F2KA 2F96A 2XHBA 4H5VA 2O8FB 1DT9A 3C7NB 3CM6A 2IOCA 1BWFO 5EXWA 3LDPA 4JI1K 3CCRN 1RDBA 2QWOA 3V9SA 1E4FT 2BGGA 3VGMA 2WC9A 3RR8A 3DLKA 3F5TA 2IVNA 4RG8A 3OW2M 1SV5A 4RW4A 1TKXA 2A40A 2E2PA 4M7YA 4BGAA 3PX4A 2A3ZA 3J7AP 4LD0A 3L2VA 2FBTA 1IG8A 3A8YA 1ITGA 1NK7A 3AA2A 1WN7A 5CHIA 2HW3A 1BOTO 3ENBA 3EKUA 2FLOA 5M1FA 1ZBSA 4BDZA 1HQEA 4ISFA 4DHYA 1XI1A 3ULDA 3FFKB 3WQTA 2O8EB 1QSYA 3AA3A 1EWQA 3O08A 4WQ4A 4W5TA 4DTNA 3VQPA 2YCHA 3CCEN 4CZLA 3PX6A 1NMNA 4CK3A 3ID6A 3G0ZA 1TAUA 2E6LA 3OYNA 2PY5A 4WFBL 1O1WA 3SQ4A 4Z4IA 4YNQA 4A57A 4LH5A 1QQMA 2P9KB 3IKMA 1LOTB 4GVMA 3GG4A 2D0CA 3AVBA 3P38A 3ASMA 1OKJA 3IUCA 3ZSVA 4K43A 3RMDA 1RT3A 1RTIA 2AP1A 4KHWA 3L8BA 1T03A 3R3LA 1JKHA 4C23A 4I2PA 4E7KA 4CJQA 4A5AA 1M1KO 2O8DA 1GLFO 1NGIA 4FJNA 4DTJA 1HNXK 1GLEG 5GADP 4G9ZA 3KK2A 1VSMA 3A5LC 5T7BA 4BVPA 3PX0A 4K8ZA 1YJWN 3W0LA 2B5JA 4ELVA 4KTQA 4DSJA 3CD6N 4CE9A 5AQWA 3C65A 4ELUA 4YOVA 1MWKA 3DLHA 2DTUA 2DFFA 2HBKA 4OVLA 3T1AA 3UE5A 2Y1JA 1QQCA 4JKGA 5AQPA 5FPDA 4F9OA 2HBJA 3QLHA 4BWMA 4JYAK 4CZFA 1S6PA 2QK9A 3BZKA 1BCOA 1YVNA 1TVRA 2GV9A 1B9DA 4K8XA 1IKWA 4KBOA 3ULEA 3DRRA 5CYQA 5FRMA 2GX9A 4CHNA 3QMLA 3RR7A 1NJYA 4HWIA 1KAZA 3GOIA 4M45A 4LH4A 3QO9A 4OPAA 3LZJA 1DTQA 4EHTA 1N36K 5AQGA 2NRHA 2G8VA 2QM1A 3EZ5A 3MX5A 3W3DA 3QEVA 1FJGK 4CK2A 4GY2B 2HVHA 2ZWHA 2NRTA 4B1VA 3THVA 1YXQA 3HI0A 1WAJA 5GAHP 1RILA 1BQMA 5C25A 3I0RA 3LDOA 4WFNL 3GE1A 5HRNA 1NK9A 1JLEA 1BI4B 3ZSXA 3H1VX 4E7JA 3A2FA 1I94K 4BC2A 4N76A 3FZLA 1KD1O 3SPYA 2HF4A 4CZGA 3LPUA 5HBMA 2VGMA 4IKFA 2X6NA 1ASUA 2YHWA 4MLEA 4Q5VA 3UKRA 4DR5K 2H3GX 3KWGA 4IFYA 4QAGA 1N33K 1VQNN 1C6VA 1KXPA 3M5RA 2QTDA 3N4QA 4FPBA 4BROA 2XRIA 1JCGA 3SJHA 4MO4A 3VETA 4JS4A 3SZ2A 1C0GA 3A0IX 3EE9A 4IEIA 3MAQA 1YT3A 1TL1A 1HNIA 3OYGA 3SQ2A 4W5QA 3OYCA 4BRGA 4PL7A 4CHQA 2FBYA 5IT9O 1Y97A 4KHPK 2NUBA 3Q7BA 4HVJA 3LP2A 1XNRK 3AO1A 5AQVA 4CW7B 3TAFA 3F9KA 1T7PA 4LSNA 1RTDA 3OS2A 1NK8A 4Y1DA 3L2RA 1U48A 4W5NA 3EKSA 1JLAA 5JLHA 4DR7K 2OPQA 2GWKA 5FPNA 1NG9A 4JK8A 3MEDA 1HKGA 4CFAA 1HQUA 1C1AA 1HX1A 4CJ7A 5KRTA 3DOKA 1ZYQA 1IKYA 3U9DA 2EHGA 3DYAA 1S72N 3MN6A 1CZBA 2CGJA 3K5LA 4AHUA 4DQPA 2QKKA 3ZT0A 2KZZA 3HVRA 1HUXA 4OPHA 4YORA 1E3MA 2NZTA 2IS3A 4DSIA 4Z4CA 2HHVA 4Z4HA 4DQ8A 4HCCA 2A1RA 2FF3B 1X1PA 2YHXA 4DR2K 1WBBA 2P9PB 4JI4K 4H5NA 3IAYA 1HRHA 4Y0WA 3MECA 2HHXA 2DPNA 1QZ6A 1TV6A 2HHSA 4HUGA 4BDYA 3KKRA 4JEPA 4B08A 3V9WA 5IWAK 4DV7K 4JKHA 3AVAA 3O3FA 3H08A 3J7YP 3BF1A 1Q86O 5FDLA 3D6RA 3K9KA 3OYMA 2EWSA 1N32K 2CGKA 3WXKA 4M63C 4FSVA 1SAZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q81 O;  1W2B M;  1OVY A;  1VQ4 N;  3G4S N;  4WFB L;  3CC4 N;  5DM6 L;  1Q86 O;  3CCM N;  1VQK N;  5JVG L;  3G71 N;  1YIJ N;  3CCS N;  3CCJ N;  1VQN N;  1K9M O;  1YJN N;  4IOC L;  3CME N;  4WCE L;  1VQM N;  1JJ2 M;  1KC8 O;  3CCL N;  1KQS M;  3DLL L;  1K73 O;  4UY8 O;  1M1K O;  2OTL N;  3CC2 N;  5GAD P;  2ZJP L;  1VQP N;  3CXC M;  1YJW N;  1N8R O;  1QVF M;  3CD6 N;  1VQO N;  1VQ8 N;  4IOA L;  4U67 L;  1YI2 N;  1K8A O;  3CPW M;  5GAG P;  3I56 N;  3PIO L;  3CCR N;  5GAE P;  1Q82 O;  3CF5 L;  1VQL N;  3CC7 N;  1ILY A;  5HL7 L;  1VQ6 N;  5JVH L;  5MLC Q;  4WFA L;  1NJI O;  3OW2 M;  2QA4 N;  2ZJQ L;  1YIT N;  5H1S Q;  4IO9 L;  3PIP L;  5DM7 L;  1Q7Y O;  1S72 N;  3CMA N;  1M90 O;  3CCQ N;  1YHQ N;  3I55 N;  1VQ9 N;  1YJ9 N;  3G6E N;  3CCU N;  2OTJ N;  4WF9 L;  2QEX N;  5GAH P;  3CCV N;  3CCE N;  4WFN L;  1QVG M;  2ZJR L;  1VQ5 N;  3J7Z O;  1VQ7 N;  1KD1 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQQ A;  3DRP A;  2E4L A;  3UKU A;  2FF6 A;  3SLC A;  4C8M A;  3O1W A;  5BR8 K;  4BVO A;  4RW8 A;  5ADX H;  1VQK N;  4E1M A;  3B6P A;  3V1R A;  5LMN K;  2HST A;  3QEP A;  3VQ5 A;  3WXJ A;  4N56 A;  1RFQ A;  4DUY K;  4BRA A;  3HPH A;  2QWR A;  4DWI A;  3MX2 A;  3R1X A;  4YOX A;  1NJX A;  1H1V A;  1TK5 A;  5JS1 A;  3DLL L;  4DSE A;  5AZI B;  3I8B A;  3L2U A;  2OPP A;  1HLU A;  4CGJ A;  3DLE A;  2X74 A;  4NB4 A;  2P9S A;  3VGL A;  2FSK A;  4CBX A;  3QNO A;  3T1Y K;  4E1J A;  3VEZ A;  1JXE A;  3UIQ A;  5HRO A;  5AQS A;  4M3Y A;  4B9U A;  1C1B A;  2AA4 A;  3MWP A;  1GLB G;  4QOZ B;  1JLB A;  4B8C A;  4U67 L;  3RMC A;  4FJ5 A;  3GDQ A;  4KI6 A;  3DRS A;  5F1X A;  4BRF A;  4FWK A;  3R9P A;  5J1E A;  3SAH A;  1SL0 A;  1TK8 A;  3MXJ A;  5LMU K;  5EVZ A;  4DB3 A;  5D3G A;  4BY9 C;  3J80 O;  5JIC A;  1Q82 O;  4DLG A;  3ATU A;  4KO0 A;  4MQ3 A;  3OYA A;  4FLX A;  3VTI A;  1KVA A;  4FWQ A;  4KKO A;  3K5M A;  3AAQ A;  1L3T A;  1EX4 A;  3BEX A;  4FW2 A;  3ZSO A;  3THX A;  3AO2 A;  1NNE A;  4WFA L;  1NJI O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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