1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
5JVHL 2QEXN 4WFNL 1YI2N 5GAHP 5DM7L 4UY8O 1M1KO 3CCRN 3CCJN 1YHQN 5MLCQ 1KQSM 2OTLN 1VQKN 3CC7N 3CCLN 5GAEP 1W2BM 1N8RO 1KD1O 3CMEN 1YJ9N 5GAGP 1Q81O 1YJNN 3CPWM 4WF9L 1OVYA 3G4SN 2QA4N 3CCVN 3CC4N 1Q7YO 2OTJN 3G71N 1VQPN 5JVGL 1K8AO 1YJWN 5DM6L 2ZJPL 4WCEL 3I56N 3CMAN 1M90O 3CF5L 3CD6N 3DLLL 2ZJRL 3I55N 3CXCM 3CCEN 2ZJQL 3G6EN 1YIJN 3CCUN 4WFAL 1K9MO 1QVFM 1VQMN 1S72N 1YITN 1KC8O 1VQ4N 1VQ5N 3J7ZO 5HL7L 1Q82O 1JJ2M 5H1SQ 1K73O 5GADP 1VQON 1QVGM 4IOCL 4U67L 1Q86O 3PIPL 3CC2N 1VQ8N 4IOAL 3OW2M 4WFBL 3CCMN 1VQNN 4IO9L 3CCQN 3CCSN 1VQ9N 1NJIO 1VQLN 1VQ6N 1ILYA 1VQ7N 3PIOL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV5K 1RBVA 4Y1CA 4A62A 4CGGA 1JCGA 4KBOA 4BRDA 5AQLA 4JI8K 1F21A 3KK2A 4H4MA 4MLEA 4YDUC 3CCRN 3A2FA 4RCHA 3KZBA 5BREA 2HHUA 3UKUA 3G0ZA 2F7TA 3CC7N 1HMVA 3AVKA 2BTFA 3VF6A 3RSEA 3TAQA 1J53A 3MXMA 1NBWA 3R6MA 3QDKA 4E7LA 2A5XA 3NF7A 2E88A 3U4LA 3L2VA 3HSCA 3MXJA 3EEQA 4A5AA 4CF2A 4CBWA 4HTLA 4BG9A 3I56N 2GTDA 3RR7A 3M1FA 2I7NA 4CJ3A 3HVRA 4CHPA 3DLLL 2WOMA 4IFVA 1TL3A 3AVGA 3DLEA 3CXCM 1ATSA 2ZJQL 1NJYA 3V81A 1X9WA 4BE1A 4CIFA 4FJ8A 1B9DA 1VQMN 5BPNA 1S1UA 3EN9A 4IXCA 4CK1A 3EZ5A 4H5RA 4DF8A 5J2MA 2ZF5O 2GX9A 2HHWA 4HHTA 4J2DA 3NE6A 4E1NA 1VQON 1YUWA 1N36K 3NBPA 1IKWA 2OPQA 5KI6A 1BA1A 3H08A 3I0SA 4KB0A 4YFUA 4FZZA 3VGLA 3B6PA 1D8YA 4IKFA 3T3FA 2NRTA 1NJWA 4CFCA 1J54A 5AQUA 3CERA 1I94K 4FJLA 3OA9A 2E2QA 5F2RA 3NAEA 1XNRK 3JXUA 3QBWA 4DHYA 3LZJA 3AAQA 3VTIA 4H0OA 3SV3A 4FLTA 2OA8A 4IDHA 2YKMA 3IAYA 3ZSYA 3DXMB 3SUPA 3AO4A 3SBGA 2VWJA 3D0PA 2Q31A 4DQRA 2FSKA 3K0SA 5EVZA 3VEYA 3SPZA 4JS5A 4M41A 3LP2A 3P4IA 4OJRA 3DWLA 5JS1A 4GV3A 1XC3A 4CJWA 3CM6A 3DLKA 4O55A 4QS8A 4PHTX 1TUYA 4CW7B 4ELVA 3G4SN 3BY5A 3TABA 3B8AX 1HYSA 3V9SA 3CIPA 4AM6A 4BDYA 3DXMA 1K8AO 1C0UA 1ZC6A 3KK3A 1C0TA 3ZSWA 4C8LA 2DPNA 1J5OA 2QWRA 3CQXA 3LANA 3CMAN 5FPNA 4KHQA 2FF6A 2YHAA 3VEVA 1NK8A 4DV4K 2V52B 4DTSA 4BWJA 4BVOA 5D3GA 2RPIA 2G8FA 4R5PA 3I55N 5C2FA 2OZMA 1YIJN 3A8YA 2IAJA 3I0RA 1K9MO 3IUCA 1JXBA 3FZFA 3F2KA 2HMPA 5C15A 5LJWA 1KC8O 2QWNA 2IC3A 5CHIA 1R0AA 1E3MA 5C24A 3H45C 2V7ZA 4DR5K 4JLHA 4U67L 3NMUA 3S3NA 3U9DA 1V4SA 3OYBA 1C1AA 1CLQA 3UE5A 1ZBIA 2UXDK 2UUAK 2Q36A 3HJFA 3CCQN 5AQMA 1X1PA 2FBVA 1NGEA 5CZ1A 1NJIO 4B1WB 2KQ2A 4M7YA 3NF9A 3OBYA 1CXQA 3M8PA 1OVQA 2B5JA 3VQ9A 1JLCA 5CZ2A 5DM7L 4BY9C 5KGWA 2NRWA 3QETA 2O8BB 3QNOA 3FLCO 3A5OC 1KAYA 2D1KA 1Z25A 4M3UA 3CCJN 2XY8A 3JS6A 3VMFB 1TV6A 2O8CB 4JRQA 1LWCA 4M63C 3LDPA 3VQPA 5AQTA 1OVYA 4FWRA 4BRNA 5FLXO 4E89A 3VA0A 4BRFA 1Q9YA 3L3VA 3E01A 4FJXA 5C2DA 3ATVA 2O4IA 2O8BA 3QEWA 1MU2A 4YORA 4FM0A 5B8HA 4CF9A 2ASMA 1KFSA 1BI4B 4KHNA 2O8CA 4BR7A 1XHXA 3V4IA 4XIUA 3SQ2A 3OYLA 2GELA 5HRPA 1NGJA 2G8WA 1NK9A 4KHYA 2EHGA 1NGAA 1EQYA 2IDOA 3PY8A 5LL6Z 3WQUA 1RT1A 1QSLA 2FLOA 5HL7L 1TYQB 4IZ9A 2Q0RA 4BQLA 4GKJK 2OCEA 1QQNA 4ISFA 2HNZA 3TTCA 4DLEA 4OGCA 1BI4A 2PBDA 1EKEA 4DUZK 2RE2A 3ZT3A 3QLHA 4HVJA 5KGXA 1JLAA 1ITGA 5AQXA 4H5WA 5BR9A 5AQQA 4DTMA 3PX0A 5T7BA 3LL3A 4B1ZA 4AQYK 5J2PA 2D0OA 2WC9A 5BRHA 3SI6A 1HJOA 1VSIA 5C42A 4FM1A 1TYQA 4DQPA 4EAHD 2HHXA 4CJUA 4OPAA 4FL9A 1T6CA 2HHSA 4Z4IA 4YOWA 4OX9K 1HPMA 3TARA 4JI2K 2GWJA 3D2FB 4UY8O 3SAGA 2CGKA 2KTQA 5KPZA 1SL0A 4X66K 2GUPA 2YCHA 1YJ9N 4ISEA 4CERA 1LV5A 3NH2A 5DK5A 4CECA 2HVHA 4CD1A 3AGKA 3U6FA 4FLZA 5F1XA 3CQ8A 4LFAK 4HWIA 3AVCA 1ZYQA 3O08A 1CXUA 1QHAA 3LM9A 4K8ZA 3BGRA 3G71N 3D2FA 1V4TA 2D0AA 3DI6A 4QOZB 1T05A 5AQRA 5DM6L 2P1JA 1WBDA 4A61A 3TR8A 3AO1A 1HR0K 1U49A 5C25A 3VQ6A 3NGZA 3RMAA 1XUPO 1IBLK 2JGUA 3DMJA 4M7XA 1RTIA 4A59A 4AILC 4EP4A 3ZSVA 1BO5O 3AVLA 2IVOA 1CZAN 4CEOA 1ESVA 5AQSA 1JJ2M 1C1CA 1TK5A 4H5TA 5BR8K 4Y1DA 4H0PA 4N41A 4V19S 4FJGA 1NM1A 4DS4A 2GUIA 3LDOA 2G8IA 1QSYA 1KFDA 3QEVA 3MN7A 4DCHA 4DQIA 1VAZA 2QWPA 3VETA 4GVEA 4K43A 4M3YA 3HPGA 1XQSC 2VG6A 1BWFO 3DLRA 4E19A 1IKYA 5J2QA 4NCGA 3VENA 4KRFA 1ZBSA 3DYAA 1KLNA 1J6ZA 4I9LA 4I2PA 1GLBG 2OZSA 3R1XA 1RBTA 3H1VX 3KKRA 4BRCA 4JK9A 1BHLA 2IVNA 2NNWA 3E9LA 4B3SK 1S22A 1IKVA 1WAJA 2V51B 5BRDA 4B08A 1N8RO 4CZEA 2Q1NA 5M1OA 1A5XA 1NKCA 3CFOA 2W41A 3AA4A 1H1VA 3ISNC 4JRPA 1IV0A 1SZ2A 4KHPK 3T19A 3THVA 1RTHA 3KWIA 3OYCA 4CD3A 3MX5A 2HNDA 4IEEA 2B6AA 3V9WA 3AO3A 2AP1A 4HCBA 4F2RA 2HF3A 1GOBA 2HHQA 4FJ9A 5EY4A 4KTZA 3HYFA 1QQCA 2FSJA 3LZIA 1UA0A 1IH7A 5C10A 4FWPA 3L2RA 5SZTA 4CIGA 3THWA 3N4QA 3O4WA 1IKXA 4KAZA 3OS1A 1WSGA 4DV6K 1KAXA 1RDAA 4FJKA 1XHZA 4DV0K 2QK9A 1NOZA 4Z4EA 3ZT2A 5GIPA 1OH8A 2D4WA 4JKFA 1C0GA 1Q18A 3FR0A 4KH5A 1U6ZA 3MEEA 4G1QA 4H8KA 2I5JA 3JAMO 1DT9A 3GOIA 4B9NA 1L3SA 3OYEA 5CR4A 3MK6A 1VQ8N 5M1QA 1BUPA 3EE8A 3MCPA 4NLBA 1XI1A 3JSMA 4WQ5C 1NJZA 1VQ9N 5GINA 4F3OA 3QFUA 2HHHK 4DWIA 2F8TA 2Q3SA 1NLVA 5JVHL 3J81O 3RTVA 2YJFA 4LC9B 1BCOA 4KI6A 4PKHA 2NRHA 1VSDA 3M6GA 4CJTA 5JMVA 4FWNA 2E1YA 1E4GT 3VQEA 1T44A 5HRNA 3EE9A 2F9WA 1J5EK 1NMNA 4DFPA 5BPLA 4DG1A 3RRHA 2Q97A 1S5JA 3O4QA 2KLAA 3Q7CA 4FM2A 2XHBA 3CMEN 4BR5A 4CFAA 1OKJA 4LFBK 3RSEB 3P38A 4DV2K 4LD0A 2QTDA 3L8BA 5I9EB 1GLDG 4YNQA 3HP9A 4JYAK 4GNIA 4L3QA 2V7YA 3J7YP 3ID6A 4DFMA 4C1NK 4JHDB 3CJBA 4HUGA 4H5VA 5AQPA 2O4GA 2RF2A 3OBWA 4EHTA 3WNGA 3M8SA 4I6MA 1N6QA 4FSVA 4WQ4A 1ZXOA 3HXMA 1E4FT 2VCPA 3GL1A 3PSIA 2ASPA 3LAKA 2A1RA 3SJHA 4KTWA 4FLWA 3UB5A 1JLGA 5ADXH 2W6KA 3HOSA 3WNFA 1L3TA 3F5TA 3V9UA 1HKBA 4JHDA 4HUFA 1BQNA 1BGXT 2P9NB 2XY7A 1G15A 4FOIA 3L2UA 1RFQA 2HBMA 3V1RA 3V9ZA 4Z0UA 1S3XA 4DR2K 1KSPA 4CZKA 4CJRA 4AHSA 3TU5A 3LM2A 4KFBA 1VSEA 1HNZK 2HMIA 5M1KA 3O1WA 2PZSA 4RW9A 4JAXA 1LOTB 3VQDA 5JLHA 1KCFA 1GLEG 2P9NA 1QZ6A 3PSFA 2DFEA 4CJKA 1VQ7N 1ILYA 4Y0WA 3ULDA 1T03A 5JS2A 1RDCA 4BR4A 1NK4A 2VYPA 4IFEA 3CQYA 3U3YA 4M42A 3ZSZA 3AO2A 3F9KA 3KVGA 5HRSA 3NF6A 4DSEA 4OPJA 1W97L 3QBXA 3CJ1A 4NCAA 1HKCA 2J4RA 1I3AA 1NOYA 4JEPA 2E2PA 4HUEA 3GG4A 4FPBA 3KK1A 2VWBA 3RWUA 3SCXA 5AQHA 3T7ZA 4WF9L 1OH5A 2HBKA 3EKUA 1KVCA 1W9HA 4CJSA 1RT4A 3TTFA 1LCUA 4J8FA 2OTJN 2AA4A 3SMSA 3SZ2A 3PV8A 4DB3A 2WBNA 1SQKA 5M1FA 4DSJA 3ZSXA 3RVCA 2ZJPL 1QS4A 4F9OA 3K5LA 3EZWA 4YOUA 2X74A 2GBZA 3K59A 5C0YA 1R59O 2JLEA 4BGBA 5J1EA 4ELUA 1NKEA 5CY4A 4BRIA 3DXKB 4FLVA 4BG8A 2Q0UA 3SAHA 3VPZA 1NGBA 3O8MA 4JI0K 3S41A 3M5RA 4WQ5A 2P5OA 5KPRA 1SAZA 1JCFA 3NHGA 2E2OA 1YITN 1HKGA 3HOTA 2YHWA 4O44A 4OO1J 5KQ8A 4ELTA 2P9KB 4L8RB 2YHYA 2OYQA 4JI1K 2NRVA 4E0DA 4KHUA 1BQMA 4O5BA 3VGKA 4FO0A 4O0IA 4H4OA 3TAMA 3OYAA 1NK0A 2CH5A 3DXKA 3L3UA 4IJAA 5A2QO 1YF5L 4CF1A 4M45A 4DV1K 3W0LA 3G10A 1QQMA 4DTJA 5HROA 2PYLA 1FJGK 1O1WA 4CEEA 2ZGZA 3VQ7A 2E5LK 1VQLN 2P9KA 2Z1GA 4AM7A 1SL2A 2HBJA 1SS6A 2HHTA 4GV9A 3RR8A 3OVNA 3KHYA 4E7IA 4BC4A 1QE1A 4Z4GA 3K9KA 3U8XA 3B6OA 4BRQA 2AJQA 2KW4A 2ZE2A 3FGUA 3MEGA 2IGIA 1MA9B 2Y1IA 3SAFA 3LP0A 5K14A 4CJLA 4DLGA 3PX6A 2KZMA 4KH4A 4CEAA 3KK7A 4CJPA 1T8EA 3BDPA 1BIUA 4Z4FA 3OYJA 4W5OA 3FZLA 4FYDA 2B4JA 3VESA 2QWLA 3ZLJA 4YOYA 3DRSA 4IG0A 3L4QA 4C23A 4W5RA 2P51A 4ID1A 1U47A 3GBTA 3CF5L 3O3HA 3O5BA 2X6NA 3ULEB 4GW6A 1ASUA 2ZGYA 3R8EA 4NXMK 4CGDA 3J8AA 3SJJA 5AQYA 2FXUA 4LF8K 1RILA 4QAGA 4PKIA 2OPSA 4FLUA 4IOXA 3AA3A 5AQOA 3EYZA 1OH7A 4DR7K 1MWMA 1S9EA 4FJ5A 3OS0A 1HYZA 3UIQA 1XC9A 5AQNA 4BRLA 1JLQA 4FK4A 4HCCA 1IG8A 4E1MA 3QEPA 1LW0A 3TSUA 4RW8A 4BR2A 3VQBA 3LDSA 1TKXA 1HNVA 3ULEA 1JLFA 3BF1A 1Q86O 4CHYA 3UKRA 2PFUA 4FW1A 3LDNA 1WN7A 2BH1A 3L0QA 3LWMA 4OGEA 3E1YA 3AV9A 4PL8A 2ZWHA 1HNIA 1TVRA 2Z1JA 3ZX3A 2A3ZA 4JI4K 4JK7A 3F9MA 2F9TA 1T7PA 1TAUA 3CCSN 1JKHA 4F4KA 4ISGA 4AHUA 3IFRA 1FW6A 4I9QA 4OLBA 1WB9A 2HBLA 3VQ8A 1TK0A 4WFNL 1RT5A 1YI2N 4KI4A 5EOYA 1NWKA 3E66A 3H3NO 2FC0A 4I2QA 1BIZA 3BF3A 3WNHA 3ZYYX 3TTDA 4BRAA 5TKWA 3ZSQA 4C8OA 1W2BM 4E7HA 5FPMA 3KLHA 4GVMA 5I42A 3I8BA 1SKSA 3MWTA 4FPAA 3VQCA 4BRMA 4CEFA 1ASWA 2QM1A 5LMNK 1LAWA 4MDBA 5FROA 4BWMA 5FRNA 3T69A 1S9GA 4E7KA 4NYFA 4AH9A 2OPPA 3C65A 5FRMA 1YTAA 3M8QA 3AVNA 4CBXA 3OYIA 3MN6A 1LW2A 4BC2A 4CHOA 5DMRA 1JLEA 1YVNA 2FBYA 5LJVA 3VQAA 4FJ7A 3QB0A 2IVPA 3CCEN 4FJMA 2BE2A 2NZTA 4J2BA 1SL1A 3CCUN 3H6EA 3KLGA 4J2AA 3AVBA 4CZMA 1XMOK 3QNNA 1GLCG 2VGMA 4DF4A 2QXLA 3J7ZO 2HNYA 5J2NA 3HPHA 2YNFA 4OKKA 2E20A 4O8KA 1NK5A 3ZX0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 5JVH L;  2QEX N;  4WFN L;  1YI2 N;  5GAH P;  5DM7 L;  4UY8 O;  1M1K O;  3CCR N;  3CCJ N;  1YHQ N;  5MLC Q;  1KQS M;  2OTL N;  1VQK N;  3CC7 N;  3CCL N;  5GAE P;  1W2B M;  1N8R O;  1KD1 O;  3CME N;  1YJ9 N;  5GAG P;  1Q81 O;  1YJN N;  3CPW M;  4WF9 L;  1OVY A;  3G4S N;  2QA4 N;  3CCV N;  3CC4 N;  1Q7Y O;  2OTJ N;  3G71 N;  1VQP N;  5JVG L;  1K8A O;  1YJW N;  5DM6 L;  2ZJP L;  4WCE L;  3I56 N;  3CMA N;  1M90 O;  3CF5 L;  3CD6 N;  3DLL L;  2ZJR L;  3I55 N;  3CXC M;  3CCE N;  2ZJQ L;  3G6E N;  1YIJ N;  3CCU N;  4WFA L;  1K9M O;  1QVF M;  1VQM N;  1S72 N;  1YIT N;  1KC8 O;  1VQ4 N;  1VQ5 N;  3J7Z O;  5HL7 L;  1Q82 O;  1JJ2 M;  5H1S Q;  1K73 O;  5GAD P;  1VQO N;  1QVG M;  4IOC L;  4U67 L;  1Q86 O;  3PIP L;  3CC2 N;  1VQ8 N;  4IOA L;  3OW2 M;  4WFB L;  3CCM N;  1VQN N;  4IO9 L;  3CCQ N;  3CCS N;  1VQ9 N;  1NJI O;  1VQL N;  1VQ6 N;  1ILY A;  1VQ7 N;  3PIO L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DV5 K;  1RBV A;  4Y1C A;  4A62 A;  4CGG A;  1JCG A;  4KBO A;  4BRD A;  5AQL A;  4JI8 K;  1F21 A;  3KK2 A;  4H4M A;  4MLE A;  4YDU C;  3CCR N;  3A2F A;  4RCH A;  3KZB A;  5BRE A;  2HHU A;  3UKU A;  3G0Z A;  2F7T A;  3CC7 N;  1HMV A;  3AVK A;  2BTF A;  3VF6 A;  3RSE A;  3TAQ A;  1J53 A;  3MXM A;  1NBW A;  3R6M A;  3QDK A;  4E7L A;  2A5X A;  3NF7 A;  2E88 A;  3U4L A;  3L2V A;  3HSC A;  3MXJ A;  3EEQ A;  4A5A A;  4CF2 A;  4CBW A;  4HTL A;  4BG9 A;  3I56 N;  2GTD A;  3RR7 A;  3M1F A;  2I7N A;  4CJ3 A;  3HVR A;  4CHP A;  3DLL L;  2WOM A;  4IFV A;  1TL3 A;  3AVG A;  3DLE A;  3CXC M;  1ATS A;  2ZJQ L;  1NJY A;  3V81 A;  1X9W A;  4BE1 A;  4CIF A;  4FJ8 A;  1B9D A;  1VQM N;  5BPN A;  1S1U A;  3EN9 A;  4IXC A;  4CK1 A;  3EZ5 A;  4H5R A;  4DF8 A;  5J2M A;  2ZF5 O;  2GX9 A;  2HHW A;  4HHT A;  4J2D A;  3NE6 A;  4E1N A;  1VQO N;  1YUW A;  1N36 K;  3NBP A;  1IKW A;  2OPQ A;  5KI6 A;  1BA1 A;  3H08 A;  3I0S A;  4KB0 A;  4YFU A;  4FZZ A;  3VGL A;  3B6P A;  1D8Y A;  4IKF A;  3T3F A;  2NRT A;  1NJW A;  4CFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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