1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
2QEXN 1VQ7N 1NJIO 3CC2N 1VQKN 3PIOL 1QVFM 5GAGP 1Q7YO 3CCMN 1YHQN 5MLCQ 3CCUN 2QA4N 1YJWN 3CCRN 1VQNN 1S72N 5GAEP 2ZJRL 1W2BM 3OW2M 1Q81O 1YI2N 3PIPL 1KD1O 2ZJPL 1VQON 3G4SN 3CMAN 1VQPN 3CPWM 1OVYA 3CCVN 5H1SQ 1ILYA 4U67L 3CC7N 5GADP 1YITN 1KQSM 3CCQN 3CCLN 1VQ5N 3CXCM 2ZJQL 1Q82O 5DM7L 3CCEN 2OTLN 4IOAL 4IOCL 4IO9L 1M90O 1M1KO 5GAHP 3DLLL 1VQ4N 3CMEN 5JVHL 4WCEL 4WF9L 1VQMN 1YIJN 3CC4N 5DM6L 1VQLN 5JVGL 1N8RO 4WFNL 4WFBL 1Q86O 1JJ2M 1K8AO 1QVGM 1YJNN 3G6EN 5HL7L 4UY8O 1YJ9N 1K73O 3CCSN 1VQ8N 1KC8O 1VQ6N 3CF5L 2OTJN 1K9MO 3I56N 1VQ9N 3J7ZO 3CD6N 4WFAL 3CCJN 3G71N 3I55N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XC9A 3WNEA 1NJIO 4OPJA 2YHWA 4YOXA 3M8PA 5C12A 3LM9A 4LF6K 4YHHK 3SYZA 1Q7YO 1OKJA 1GOBA 3UKUA 4E19A 2HVHA 4FOEA 1YJWN 4DV0K 5AQYA 1LW0A 4PHTX 4FK0A 1LWEA 1K8KA 3RMBA 1D4XA 3D2EB 3PIPL 5M1FA 3HM9A 2NRVA 4AM6A 3A5LC 4DTJA 1FJGK 4ILHA 3TR8A 4BC3A 4X66K 1QZ5A 3VQ6A 3H1QA 4CJKA 1ASWA 2JWKA 4W5NA 1HYZA 3MN5A 3DJCA 4A5AA 3B8AX 4CZKA 1W0HA 3OS1A 5C2DA 4FO0A 4BR2A 5C24A 1X9JA 1VSEA 4KV8A 2YJFA 4DV1K 3N4QA 3VMFB 1S9GA 1BA0A 2Q31A 3KLGA 1BCOA 3R8EA 3CQ8A 1U45A 2OTLN 4IOAL 1BU6O 3Q7CA 1M90O 5GAHP 3EE8A 2X78A 1NMDA 1BG3A 1JCEA 3VESA 3AVCA 4XH5A 2YNHA 5KPRA 2PFUA 4JI1K 4DUZK 2KQ2A 2QKKA 3PUFA 4KHQA 1CZBA 4DV2K 4FVUA 4AHUA 3L2VA 1TKZA 4JRQA 1TVRA 1QVGM 5JMVA 3THVA 5I3UA 3MX2A 2ASOA 2BTFA 4CESA 3WNFA 4B1VA 1KC8O 1WBDA 3CJ7A 4H5TA 3TU5A 3LDOA 3CJCA 2HBMA 1NG9A 2KTQA 1BL3A 2HNZA 4DSEA 3ZSYA 3DLGA 1VSJA 3D2EA 1QSLA 5J2NA 4Z0UA 4M42A 1X9SA 5LJWA 5LL6Z 4CFDA 2QWQA 2XY7A 4CZMA 3PX4A 3KLFA 3AO1A 5KQDA 1VSFA 2E2NA 5KTQA 3SJJA 3CCMN 3G25A 5MLCQ 3MCPA 3T19A 1UA0A 2VWJA 2YNIA 4KREA 1MA9B 1C1AA 1IKWA 1QQMA 3HP6A 5JS2A 4IEEA 1X9MA 5KI6A 1KD1O 4BRMA 1YVNA 4CEEA 4BC2A 2BANA 1HYVA 1WAJA 3O9RA 3GBTA 3JXUA 3ZSXA 1A5XA 5BR8K 1KLMA 2OPPA 1JLAA 4OKEA 1GLJO 5LMUK 4BWMA 3TTDA 3PV8A 2FXUA 3MDQA 3O4WA 4BACA 5J2QA 3JS6A 3UE5A 3V1OA 3AAPA 3NCIA 1P8ZA 2UU9K 4GMJB 1QQNA 1FKPA 5HP1A 1EXQA 4CZHA 4B9SA 4XEIA 4EP4A 1VQ4N 5GIOA 4E7KA 4H0YB 4OLBA 1XNRK 1ATRA 5TKYA 3AVMA 1HNVA 3V1RA 3F9KA 4H4OA 5KQ8A 4BRGA 4QS7A 3RMCA 4LH5A 1JCGA 4CEFA 3HK2A 1HKBA 3NHGA 3SAHA 3AO4A 3MWPA 2OZSA 2I7NA 3LP2A 4UY8O 4DQIA 4YY3K 1RT4A 3ZEUB 4DQSA 1NLVA 1VQ6N 3OVNA 4AH9A 4B8CA 3OS0A 3J7ZO 1TKTA 3BEXA 3G71N 3H3OB 3OYKA 4F8RA 3I55N 3K5LA 3KTQA 3RSEB 3D45A 2P9KB 3EKSA 4A57A 4FWPA 3AGKA 1NK0A 3QEXA 3KK3A 3EE9A 4OX9K 4FZZA 3L2RA 4HHTA 5C10A 3QICA 1YHQN 1LV5A 3AV9A 4WYBA 4NYNA 4RW9A 1N32K 4A62A 1EKEA 4DU4A 1TK0A 3VQPA 1RDUA 4M7YA 1YI2N 4BG9A 1NKBA 3O9UA 4MLHA 1TL3A 1BHLA 3ATUA 4DU1A 3O8MA 5AFUA 4V19S 4OGCA 2YKNA 4KH5A 4CJ5A 1N6QA 1RT3A 5AQHA 4CJRA 4C8NA 4FLTA 2X74A 4CI6A 3WXKA 2E2OA 5ELZA 1J54A 2JWLA 5EY4A 5BRFA 1U6ZA 3TTFA 3AVHA 4O5FA 4DQQA 1DLOA 1V4TA 4C1NK 4CHNA 3VEOA 3KLEA 2GELA 4IG0A 4EHUA 3TWHA 4IO9L 4FLUA 4C8LA 3ZEUA 5BPMA 4CK2A 3C7NB 1KFSA 3O80A 2WOMA 3IFRA 1BDGA 4EP5A 2B5JA 5DM6L 1O13A 1T3VA 2YHBA 3CHWA 4YOVA 1IBMK 3HZ6A 4FPAA 3F2KA 1HNWK 1P90A 3RSEA 4IDHA 2P5OA 3PLAA 2QI2A 4B9UA 2P9KA 3LP0A 3LDLA 4U7BA 4AHRA 3G6EN 3NMUA 4B3SK 1WSFA 1U04A 1B92A 3ZLJA 4NO7A 5B8HA 4BRCA 1HQUA 4YOWA 2UXDK 1KSPA 3OY9A 4B1WB 2OTJN 1K9MO 3ZYYX 2DFFA 1JKHA 5GINA 4ILGB 3AGRA 4Z4CA 5M1NA 3LPTA 4O55A 2WC9A 1NKEA 3N4PA 3HPGA 3OYEA 1X9WA 3KWIA 2ZGZA 4DMNA 3C6HA 4J2DA 2JLEA 1NGAA 1JXBA 1ZC6A 2VGMA 4JS4A 1WSHA 4BE0A 3IKMA 1CZAN 1C0MA 1RT7A 3KKRA 3FE1A 4ILJA 1ATSA 3LDQA 2ZWHA 5BRHA 1NNEA 4OKKA 3G10A 4H5VA 4CJTA 3D0PA 2QA4N 3DLHA 3RRGA 3CM5A 5GAEP 4A2BA 4PQUA 5FRMA 2OCEA 4CZLA 5FRNA 2VG5A 4KFBA 4X65K 3CMAN 1VQPN 3S3OA 4H5RA 3AVKA 1NJWA 4HTLA 3C7NA 3EZWA 3W3DA 4OGEA 1KLNA 5LJVA 1BUPA 4BQLA 3ENBA 4ID5A 5CR4A 4BDPA 3HT3A 3C6UA 1HJOA 3ZT4A 1KRPA 4KI4A 2E2QA 3OYJA 4DSIA 4FJHA 4I9QA 4JN4A 5HLFA 2YJEA 4IJNA 4IOCL 1JXEA 3QNOA 1VSHA 4KTZA 5CZ2A 4CJ4A 3VF6A 3MEDA 4BREA 5M1PA 4AHTA 2HF4A 1QQCA 4JI4K 3FZMA 4CF1A 5KPZA 2UYTA 2V52B 3TAGA 3VEZA 3SI6A 4WFNL 3BGRA 2WONA 3GG4A 4KTQA 4BRAA 4CECA 1S6PA 3O9QA 3ULDA 4DTPA 1VSLA 3HPHA 4IWVA 3NVMA 1J6ZA 3CJAA 3AA4A 1EWQA 1MDUB 1VQ9N 1VSMA 4CBUA 4CHOA 3CETA 4FJMA 3DWLA 1S1VA 2D0PA 5I9EB 3EKUA 3AA2A 1HKCA 4O44A 4AHCA 1JLQA 2D0AA 3OYHA 4CJ3A 3OJSA 2O8BB 5KGXA 3ID8A 3HL8A 4CJQA 4FWSA 4IO8A 3HOSA 3VQ5A 4KB0A 3PX0A 1I3AA 3M3ZA 4FM0A 1CXQA 5AQKA 4NXMK 3I0RA 2B4JA 3LDPA 2KW4A 4L8RB 4OKJA 4OLAA 2BH1A 4FSVA 4DQPA 4DTSA 1WSGA 3S9HA 2OYQA 5AQNA 3PSIA 4UQGA 4WQ4C 3SUQA 3OYCA 1X3MA 3UKRB 3KLIA 3O3FA 1GLAG 5AR0A 4JLHA 4ELTA 2LSNA 3ZSOA 3LPUA 3VTIA 4NB4A 1KVAA 3CPWM 4ELVA 2XHBA 3O5BA 5BREA 4U67L 3CERA 3NF7A 2NRHA 4JKBA 4FLVA 3A5MC 4AM7A 2B6AA 3TSPA 4IDKA 1KQSM 3ENHA 4JI6K 3IRXA 3A8YA 2FSNA 4BR5A 2QWRA 4CJSA 4HUEA 3CJBA 4DFMA 1G99A 3T1YK 3OBWA 1ZBIA 4WE1A 1C1CA 5HOOA 3DLLL 2HHHK 3EN9A 3CMEN 4K25A 1J5EK 4CJLA 4FWKA 1TK5A 3OTOK 3LAMA 3MXIA 4DG1A 1ZBFA 4GNIA 1RTHA 2YNFA 3EZ5A 1CLQA 2DPNA 4WFBL 2OANA 1D8YA 2O8BA 3SCXA 3D6RA 5CZ1A 4F3TA 3CQXA 1U2VB 1YJ9N 3SBGA 4M41A 2BE2A 3T7ZA 1HPMA 4MO5A 4JKFA 1RTDA 3HOTA 4C8KA 4M3YA 4JI5K 4AQYK 1T03A 1ZBHA 2W6LA 1NK8A 3DOKA 5C25A 1IO2A 4E7HA 4OVLA 3RR7A 2UXBK 3P38A 3D2FB 1RNHA 1RBRA 4PL8A 3K57A 3TANA 3UKRA 3KK7A 3F9MA 1KAXA 3CI5A 3AVLA 1T05A 4I2QA 1VQKN 1WAFA 3W0LA 5AFUH 3BY5A 1BQMA 3DRSA 2I5JA 2R7YA 3L0QA 2G8VA 1A5VA 4CJEA 2VQFK 3CCRN 4IEIA 5AQOA 1XNQK 2E5LK 4BE2A 3E66A 3FZHA 4JV5K 1QS4A 5M1OA 1DGKN 3H45C 4ZHRA 4K8ZA 3LAKA 1XHZA 2QK9A 1SAZA 3J81O 2Z1GA 4O4GA 2XY6A 3QEWA 1UWBA 2OZMA 5HRSA 5H1SQ 4BC5A 3WXLA 4JKGB 3OJUA 4JI8K 1KCFA 2YCHA 2UUAK 3TAPA 1NGJA 1XWLA 4JKEA 1IJJA 3AO3A 4CHZA 2NRTA 1WOQA 4C8MA 4BDZA 3SBTA 4WQ4A 5M1QA 3CXCM 3TAFA 4BR7A 2ZF5O 5KGWA 4KHNA 4GV3A 1HRHA 2HVIA 1U2VA 4DHYA 4FJ8A 1IG8A 1GLEG 4DV6K 3QB0A 1LCUA 3HBTA 3AO2A 4WCEL 4WF9L 1YIJN 2OA8A 2ZE2A 5AZIB 2ETJA 3P31A 4X64K 3D2FA 4YOTA 3MXJA 4NYFA 2KFNA 3NH0A 1XMQK 5FPMA 4DR4K 3JAMO 3KHYA 1JJ2M 2A6AA 4HUFA 4CJ7A 3BUZB 3HJFA 4B1ZA 2HHWA 3FZKA 4KHSA 5EX5A 2OPRA 1JL2A 2P51A 3QESA 1VQ8N 4LFBK 4TSXA 1RTIA 3WXJA 2E4LA 1S1UA 1MWMA 3WUHA 1HJRA 3FGUA 2EWSA 3C6AA 4NCAA 1GLLO 3EO3A 3O4NA 3MN9A 3NF6A 3SQ0A 1QZ6A 3TARA 4M63C 4FOIA 3THXB 4XH4A 5HROA 3E9OA 4ID1A 2F9TA 5GAGP 4CIFA 3CJ1A 3LDNA 4JKGA 3VEXA 1KVCA 3PO4A 1TUYA 4B9MA 5HBMA 3BF1A 3V9XA 1ASVA 1S72N 2PAVA 3O3GA 1WUAA 3J7YP 1W2BM 1QSSA 4O0JA 2EX3A 1U4BA 4W5OA 4FWOA 3A5OC 3V81A 4BQZA 4M45A 1TYQB 5AZIA 3M8RA 4DF4A 4CERA 4NXNK 4W5TA 1EETA 3PX6A 1B9FA 3BP8A 4F2RA 3SQ4A 3QIPA 4B9TA 2D1KA 2ZD1A 3R3LA 1U48A 5A2QO 4FK4A 4N56A 2ZJQL 1Q82O 4B9QA 1WNSA 4PKIA 3CPEA 2F7TA 2AJQA 1JLCA 4M3WA 4C1NI 1NM1A 2GV9A 2O4IA 2Q0RA 4DR7K 2EHGA 4FWLA 1VQMN 4PA1A 4IOXA 1NJZA 3DAWA 4FJNA 2IC3A 3TSUA 5FPNA 4DS5A 3LWLA 4DSLA 3H3NO 3HM8A 4HCCA 4N41A 1C6VA 3K5NA 1EP4A 1K8AO 3KD1E 4N5SA 1TV6A 1XHXA 3OYMA 3THXA 1NOZA 2UUCK 4GKJK 3V9ZA 3CM6A 3LM2A 3OHRA 2I7PA 3UB5A 1YF5L 4CF0A 4I7FA 1NGIA 1BOTO 4JK7A 4RW7A 2H3GX 4Z4HA 4CEAA 2NRZA 1DTQA 4EFHA 3ITHA 3O08A 4BVOA 1Z26A 4H5WA 4DSKA 3VA0A 3EEQA 1IH7A 1FKOA 3OA9A 3SMSA 1HX1A 1NK9A 1JLEA 3V6DA 1TYQA 2FBTA 4WQ5C 3VQDA 3OBYA 3RMAA 4MO4A 3VQCA 4A59A 1CXUA 4J2BA 4EZ6A 3E9LA 5C15A 4DTRA 3SUOA 5EVZA 4ISEA 2IVOA 4B3MK 4LFAK 1MU2A 3ZX0A 1TL1A 3CFOA 3I33A 4LH4A 3OYNA 3AVAA 2BUPA 3OYAA 4F4KA 2RHKA 4JYAK 1RILA 2G8KA 1BIUA 2E1ZA 2E6MA 2WBNA 2IAJA 3S41A 4LFCK 1IKYA 1SS6A 3VENA 4CJWA 1BA1A 3IAYA 4ISFA 1GOAA 2QW9A 5E41A 1C0TA 3HSTB 3NDKA 3ZSVA 1VSDA 1N36K 3AA3A 5M1KA 1EWRA 1E4GT 4GVMA 1F21A 1HKGA 4DS4A 4FPBA 4JHDB 4FLWA 1JL1A 1TGOA 4B3RK 4PY5A 4FW2A 3I0SA 2P9NB 1L3VA 1BGXT 2IDOA 3BF3A 1YTAA 4DKWA 1VQLN 1DEJA 2ASMA 5C2FA 1D9DA 2KZMA 2GWJA 4Y1DA 2P9LB 3J8AA 4CBWA 3ZSRA 4BRPA 5HL7L 4OO1J 5AQTA 4F3OA 5EXWA 3DXKB 1K73O 1KFDA 3VQBA 4KHWA 2KHOA 4Q5VA 2HHTA 4DV5K 5D3GA 3MMVA 5GIPA 4A5BA 3OS2A 4O0IA 4FVMA 3RTVA 3VF2A 4CFAA 3J80O 3MN7A 3O1WA 2A42A 4E1MA 2PBDA 4RW8A 1GOCA 4CZEA 2G8WA 1FW6A 4DFKA 3K9KA 4KHPK 1VAZA 4HWIA 3JYTA 4E7JA 2ITMA 1T7PA 2NRXA 3U3YA 1QVFM 1S3XA 1HR0K 5AQFA 3SUNA 4IKFA 1U47A 2QWNA 3OYLA 3H46O 4DR3K 4FJ5A 3DXMB 1C0UA 2HMIA 1NGBA 3IG1A 1YAGA 2QKBA 4JHDA 4DUYK 4BRFA 5F0XA 2P9NA 4CGIA 4OPHA 1S1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QEX N;  1VQ7 N;  1NJI O;  3CC2 N;  1VQK N;  3PIO L;  1QVF M;  5GAG P;  1Q7Y O;  3CCM N;  1YHQ N;  5MLC Q;  3CCU N;  2QA4 N;  1YJW N;  3CCR N;  1VQN N;  1S72 N;  5GAE P;  2ZJR L;  1W2B M;  3OW2 M;  1Q81 O;  1YI2 N;  3PIP L;  1KD1 O;  2ZJP L;  1VQO N;  3G4S N;  3CMA N;  1VQP N;  3CPW M;  1OVY A;  3CCV N;  5H1S Q;  1ILY A;  4U67 L;  3CC7 N;  5GAD P;  1YIT N;  1KQS M;  3CCQ N;  3CCL N;  1VQ5 N;  3CXC M;  2ZJQ L;  1Q82 O;  5DM7 L;  3CCE N;  2OTL N;  4IOA L;  4IOC L;  4IO9 L;  1M90 O;  1M1K O;  5GAH P;  3DLL L;  1VQ4 N;  3CME N;  5JVH L;  4WCE L;  4WF9 L;  1VQM N;  1YIJ N;  3CC4 N;  5DM6 L;  1VQL N;  5JVG L;  1N8R O;  4WFN L;  4WFB L;  1Q86 O;  1JJ2 M;  1K8A O;  1QVG M;  1YJN N;  3G6E N;  5HL7 L;  4UY8 O;  1YJ9 N;  1K73 O;  3CCS N;  1VQ8 N;  1KC8 O;  1VQ6 N;  3CF5 L;  2OTJ N;  1K9M O;  3I56 N;  1VQ9 N;  3J7Z O;  3CD6 N;  4WFA L;  3CCJ N;  3G71 N;  3I55 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XC9 A;  3WNE A;  1NJI O;  4OPJ A;  2YHW A;  4YOX A;  3M8P A;  5C12 A;  3LM9 A;  4LF6 K;  4YHH K;  3SYZ A;  1Q7Y O;  1OKJ A;  1GOB A;  3UKU A;  4E19 A;  2HVH A;  4FOE A;  1YJW N;  4DV0 K;  5AQY A;  1LW0 A;  4PHT X;  4FK0 A;  1LWE A;  1K8K A;  3RMB A;  1D4X A;  3D2E B;  3PIP L;  5M1F A;  3HM9 A;  2NRV A;  4AM6 A;  3A5L C;  4DTJ A;  1FJG K;  4ILH A;  3TR8 A;  4BC3 A;  4X66 K;  1QZ5 A;  3VQ6 A;  3H1Q A;  4CJK A;  1ASW A;  2JWK A;  4W5N A;  1HYZ A;  3MN5 A;  3DJC A;  4A5A A;  3B8A X;  4CZK A;  1W0H A;  3OS1 A;  5C2D A;  4FO0 A;  4BR2 A;  5C24 A;  1X9J A;  1VSE A;  4KV8 A;  2YJF A;  4DV1 K;  3N4Q A;  3VMF B;  1S9G A;  1BA0 A;  2Q31 A;  3KLG A;  1BCO A;  3R8E A;  3CQ8 A;  1U45 A;  2OTL N;  4IOA L;  1BU6 O;  3Q7C A;  1M90 O;  5GAH P;  3EE8 A;  2X78 A;  1NMD A;  1BG3 A;  1JCE A;  3VES A;  3AVC A;  4XH5 A;  2YNH A;  5KPR A;  2PFU A;  4JI1 K;  4DUZ K;  2KQ2 A;  2QKK A;  3PUF A;  4KHQ A;  1CZB A;  4DV2 K;  4FVU A;  4AHU A;  3L2V A;  1TKZ A;  4JRQ A;  1TVR A;  1QVG M;  5JMV A;  3THV A;  5I3U A;  3MX2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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