1KD1O

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kd1O00
1VQKN 3CXCM 1VQ4N 1KC8O 5DM6L 3PIPL 4IO9L 1Q86O 3CCUN 1VQLN 3CD6N 3PIOL 3CCMN 4WFNL 5JVHL 2QEXN 1W2BM 1OVYA 1YHQN 1K73O 4UY8O 5GAEP 5DM7L 3CCSN 1JJ2M 1VQMN 3G6EN 4WF9L 1YI2N 2ZJRL 3OW2M 1KQSM 2ZJQL 1YJ9N 1K9MO 1M1KO 3CMAN 5MLCQ 1VQ9N 3CCLN 3CCJN 3CMEN 1Q81O 3CF5L 2ZJPL 4IOCL 4WFAL 3I56N 2OTLN 1VQ7N 1Q82O 5GAHP 3CCEN 1VQON 1QVGM 1QVFM 4IOAL 3J7ZO 1VQNN 1M90O 3CC4N 1YJNN 3G4SN 1VQPN 1VQ8N 3G71N 5H1SQ 3CCRN 1K8AO 4WFBL 1Q7YO 3CPWM 3I55N 1YITN 3CC2N 2OTJN 3CCVN 5JVGL 1VQ5N 1N8RO 1S72N 1VQ6N 5GAGP 5GADP 4U67L 1KD1O 3DLLL 5HL7L 3CCQN 4WCEL 3CC7N 1YIJN 2QA4N 1NJIO 1ILYA 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P38A 2P5GA 3C6UA 1SS6A 4BRPA 4LC9B 4F3TA 3JAMO 1U47A 2VWJA 3D2EB 5KPRA 1MWKA 1OKJA 1XC3A 4WQ4C 5KRSA 4H0XB 3RMAA 5GIOA 2P9PA 5AQZA 3IRXA 5SZTA 3MX5A 1Y97A 2VGMA 4PKHA 4NLBA 4ZTFA 2IGIA 2DTUA 3PSFA 3CI5A 1Z25A 5DM7L 4HCBA 3ENOA 5LMNK 1RT2A 1TK5A 1T3VA 3PO4A 1BA1A 2X78A 2ITMA 1C1CA 4EFHA 4KHNA 3THYB 3HSCA 3VPZA 1T6CA 3LZJA 4Z4HA 3GL1A 4OKEA 1M1KO 4F4KA 3BF1A 5AQWA 4DQ8A 1WOQA 5HBMA 1HNZK 2KFZA 3VQDA 1NGDA 4C8NA 4AH9A 2A42A 2P9IA 3NF6A 3TAFA 1NGJA 1TK8A 1N34K 3MK6A 3FLCO 3TAGA 3CFRA 2HNZA 4CFDA 5AQKA 2E2QA 2QW9A 3MECA 4WQ5C 4F2SA 4FLXA 4FJNA 5LMUK 5AZJB 4AHRA 4CJSA 3OJUA 1IBMK 3LANA 3G4SN 3VEOA 2IIRA 1WAJA 1WSGA 1JLEA 4V19S 2DFEA 4JD2A 4DS5A 4JI6K 2ETJA 3R8EA 3EKSA 4B9QA 3CPWM 4DR1K 3MN5A 4OPAA 1LV5A 1NK8A 1OH8A 4A57A 4FL9A 4O44A 3CCVN 5JVGL 4BRAA 3AO5A 2JWLA 3I0SA 4DUYK 3THXA 4CZEA 1N32K 1Q9YA 3W0LA 3EZWA 3PLAA 1ATRA 4ID1A 1NJXA 1XUPO 2QI2A 4BC4A 2E2OA 2KZMA 3OY9A 1XNQK 1NGHA 1XMOK 3DOKA 4E1NA 2GEMA 1NU0A 1U2VA 3K58A 3LDLA 4DUZK 3QNNA 3CJCA 1IH7A 2HF4A 4F9OA 4ELVA 3KWIA 4CK2A 1ZYQA 3NGYA 2YHAA 5FDLA 4DV4K 2OANA 1EWRA 4EZ9A 2ZD1A 4MFBA 5A2QO 3KHYA 1BHLA 1BIZA 1OVYA 2Z1JA 1K73O 1I3AA 5GAEP 3AVAA 3S41A 5C24A 1YVNA 1Z26A 4FWSA 1HNWK 3PV8A 4NCAA 3ISNC 4BRKA 2IC3A 3QNOA 3OW2M 1S9EA 3C65A 1SAZA 2E1ZA 3J7YP 1IBKK 4BE0A 3CCLN 4JI0K 3DM2A 1NGFA 1RCHA 4BDPA 1KAYA 1D4XA 2W42A 3OS2A 4DR2K 4CJVA 2F9TA 4O8UA 1DLOA 1QQCA 3AVMA 1VQON 4FVUA 1QE1A 2I7PA 4AHTA 3L8BA 1E4GT 2YNIA 4AQYK 1QQMA 3G25A 4CD3A 4AM6A 3ID6A 4FJHA 1U04A 2YKNA 4JKHA 2G8WA 5BN9A 4CFBA 3L2QA 4NLCA 3VGLA 1Q7YO 4AHSA 5I42A 4DV0K 3DRSA 4BR9A 4CZFA 1P90A 3DJCA 2UXDK 4DB3A 5HRRA 4RW6A 1IKXA 1U45A 3EZ5A 4X62K 4L3QA 4YY3K 4KHPK 4FWRA 4IZ9A 4DV7K 1HNIA 4DFJA 3TSPA 3LDPA 4CEAA 4CEEA 3SLCA 2PYJA 1HKBA 4BRIA 3HVTA 2QTDA 1BISA 4DKWA 1OH7A 1J6ZA 5KTQA 2E6LA 4DQIA 3OYFA 2O4GA 2YJFA 1IBLK 5DM6L 4IEIA 4BR4A 1JCGA 3NCIA 4KHYA 4YDUA 4Z0UA 3CCUN 2HNYA 1BQNA 1NGAA 2UUCK 4DFMA 1B9DA 2P9SA 2OPQA 4O5FA 1EWQA 3ZETA 3O4NA 3SAHA 3LP0A 1BI4B 2J4RA 4DQQA 4OO1J 4DQSA 4O5BA 1VK0A 3UIQA 2IAJA 1ASWA 1IV0A 1NMNA 3C0BA 1NLVA 5F0XA 2QXFA 4EP5A 4LSNA 1WB9A 3CMAN 3OYBA 1NK0A 1S1VA 3AA5X 3WXKA 1RTJA 3VQEA 3OYJA 4DQPA 1J53A 1YF5L 1QTMA 4H5WA 4CEFA 2AP1A 4M7XA 4LH5A 4B1WB 3NVMA 3HL8A 1Q8IA 3U6FA 3S3OA 3ZYYX 1WSIA 2FSNA 1HMVA 1OVQA 4BR2A 3IS9A 2XY8A 3CJAA 4BQZA 1NKEA 2HHVA 3WNEA 5IWAK 1GLBG 2OPSA 1W0HA 3WNGA 2P51A 1WNSA 3KK2A 1XWLA 2HOEA 2O8EB 3HTVA 4BC2A 3KLHA 4YDUC 3QETA 1KRPA 3RSEB 5AQIA 4U67L 3MMVA 4CGJA 1NG9A 3CQ8A 1RT5A 3ZX0A 3FE1A 4KO0A 3CJ7A 2P9UB 4W5OA 2IVPA 4W5TA 4WFAL 2OTLN 1ILYA 4YOVA 4KTQA 4QS8A 2W6LA 1QZ5A 2NRZA 3M8RA 5M1PA 4YOUA 3VF2A 4FLUA 3DLEA 4IEEA 3FFIA 4F8RA 4B08A 3BZKA 4BRQA 3K0SA 4M3WA 4QAGA 3TANA 3H1QA 2GELA 1VSFA 3MCAB 3VQ6A 4NYNA 4H0VB 3RMBA 3VF4A 4O4GA 1QQNA 4HHTA 3NGZA 3H45C 2QEXN 1BCMA 4KAZA 1KTQA 3FFKB 4X65K 3ZSXA 2GWJA 3G6EN 4OPKA 2QK9A 3KK1A 3K59A 2G8FA 3O9RA 5I3UA 1YTUA 1TUUA 3HZ6A 2D0BA 5KI6A 3M1FA 2O8DB 3BZCA 1NK7A 2D0CA 4DCHA 1KAZA 4CGFA 2R7YA 4CJUA 2IVOA 2UYTA 2OYQA 3J7AP 3MWPA 1RDWX 2IS3A 1RFQA 2Q36A 2VGNA 2YNGA 5GINA 3TTDA 4B9NA 1Q82O 3OVNA 4XH5A 3PX6A 1N33K 1VAZA 3QBXA 4HTLA 4BACA 1NBWA 3DXMB 2O8FA 2QKBA 1RDBA 4DU4A 2D0OA 2UUBK 1ZBUA 3ZT1A 1LOTB 1K8AO 2YI1A 3L3UA 1SKRA 2RE2A 3QIPA 4BGAA 3SV4A 1N8RO 5JICA 1WUAA 1RDUA 3K57A 5BPLA 3KKRA 4CZLA 3NVKA 3LP1A 5ELZA 4FK4A 3RMDA 1JXBA 3DAWA 5AQRA 2D4WA 3AO2A 3D2EA 5AQXA 5M1FA 3MEEA 4KHWA 3KLEA 2F4VK 2P1JA 3A5MC 2GX9A 1VSMA 3V4IA 3KD1E 1GLDG 4B8CA 1I94K 3H3OB 4FM0A 4DR4K 1KC8O 2HW3A 4CEDA 1GLLO 3H46O 5AQOA 1RDDA 1YUWA 4I2QA 3WNFA 3PIPL 1RTIA 1BIUA 2P9NB 4BG8A 1Q86O 1NGGA 1NKCA 1TAQA 4RWTA 4FJXA 3M8SA 1TKTA 4JKBA 1OH6A 4BR7A 3F2KA 1C0MA 3HBTA 1GOBA 4BVOA 2HHWA 3T1YK 3AY9A 3A5OC 1FW6A 4JYAK 1VQMN 1NMDA 3L2UA 3SAGA 4FJLA 4YOTA 1IJJA 3AVKA 3QBWA 3TTCA 4ISEA 4CZJA 3HPHA 1TYQB 3ZLJA 3VEWA 5EX5A 4DSKA 5BRDA 3ZSRA 1RT1A 5ADXA 3IAYA 2PBDA 3BP8A 1CZ9A 1VRTA 2W40A 4MQ3A 3U9DA 1Q81O 1F21A 4KH4A 2B4JA 1HYZA 5F2RA 4BDYA 4NO7A 3UKUB 1HPMA 4DFPA 3OBYA 1DEJA 3MWTA 5CY4A 3QFUA 3SMPA 4A59A 4B1UB 3AVFA 5AQSA 3T1HK 3CC4N 3V1QA 3LAKA 4HCCA 3G71N 1RDCA 3O8MA 3OYAA 1RT3A 3ZX2A 2NRXA 4FJGA 4WFBL 4I6MB 5SWMA 2RHKA 4B3RK 3VETA 4YORA 4JI4K 5BN8A 4YHHK 3T1AA 2O4IA 3OS0A 4E19A 1BG3A 4N47A 1Q9XA 2ASOA 4FK0A 5EVZA 2FBTA 4N5SA 2GTDA 5K14A 1IKYA 4A2AA 5CZ1A 1CZAN 4N76A 4IO8A 3KK3A 2CGLA 1YIJN 5TKWA 5FPEA 2ZGZA 1YJWN 3AVGA 1A5VA 4CHYA 4DHYA 3QERA 4X66K 3DXKA 2WC9A 3NMUA 4E1JA 4CIFA 2UUAK 4JKFA 1SL2A 2NZTA 2Q3SA 5HRNA 3M8QA 3Q7BA 3IG1A 1NGBA 1A5WA 4KKOA 1LW0A 3NAEA 4JV5K 3L3VA 4A2BA 3TABA 3VENA 4CJPA 3LPTA 2VYPA 3JXUA 4DSJA 3OHRA 3K5NA 1O1WA 2ASPA 1N5YA 1S5JA 5AQQA 2ZWHA 4B3TK 4DR3K 4DTUA 4CJLA 1QSYA 3P5JA 5FRMA 4FSVA 1NJWA 1XI1A 2ZJRL 4JI7K 3V81A 1BL3A 2ZJQL 4ID5A 1YJ9N 3VQAA 4FXDA 3TWHA 4OLAA 1WLJA 3GG4A 4U7BA 3ULEA 3I8BA 2H3GX 4TSXA 3AA2A 4JLHA 3BUZB 3O3FA 3CF5L 4NYFA 4FJ8A 2HF3A 4M63C 4PKGA 4H5RA 1U4BA 3VTIA 4HUFA 1DTTA 3KZBA 3WXLA 1RBVA 2DFFA 4JRPA 3SBTA 4CJKA 2HVIA 4CEQA 3LM9A 4JS5A 4PHTX 3AVLA 5JLHA 4DG1A 3N4QA 3NH2A 2DPNA 4WYBA 3TAQA 2PZSA 3KKSA 3K9JA 4H0PA 3HRGA 1N6QA 2QWRA 3C6AA 4IDKA 3UB5A 3SI6A 1JL2A 4FLVA 4O0JA 3SUQA 3D6RA 3HI0A 3SCXA 5HL7L 3VERA 4WCEL 4KH5A 3CHWA 4CFCA 3DRPA 4Q5VA 3VGMA 4CD1A 2VG5A 4YOWA 4E7HA 4CFAA 4R5PA 1D9DA 4DS4A 4BRFA 1EO1A 1BI4A 2AA4A 3LP3A 4BG9A 1R0AA 4JI8K 4WE1A 1JLBA 3K9KA 3OYDA 3VEVA 4CIGA 3VQ4A 1VSIA 4CK1A 4CHZA 4M3TA 4PQUA 1BU6O 3P83D 3SQ1A 2ASMA 5J2MA 4DTMA 2E5LK 5JVHL 4CJ3A 4FYDA 4JKCA 3F9KA 1OH5A 4O55A 3B6OA 4OPJA 2HHXA 5AFUH 4C8OA 4Z4IA 4DLGA 4Z4GA 4CESA 3IFRA 3SAFA 1HPZA 4I7FA 2EX3A 1RILA 3FZLA 3SJJA 5AZIB 3KIOA 3TSQA 2F8TA 1VRUA 3MN6A 1HR0K 3ATVA 2Q31A 3D2FB 3TAPA 4DMNA 4CJTA 4IOCL 3G10A 3K5OA 1SZ2A 3L4IA 4FWQA 4O0IA 2FSJA 2E8AA 4KHUA 4BE2A 1NM1A 3NF8A 1WN7A 2O8BA 5AQVA 3QMLA 4DWIA 2D0AA 3IKMA 2VCPA 4CI6A 3QESA 3QDKA 1VQ8N 2NNWA 3LALA 1TKZA 2JLEA 1HQEA 4CGIA 1A5XA 1NJYA 4IKFA 5TKYA 4H4MA 1LW2A 1ASVA 3V1OA 2KZZA 2E1YA 4YNQA 4B9TA 1G15A 1Q18A 1JLQA 4N56A 5AQHA 4ZTJA 3BEXA 4BDZA 4CF0A 1WBDA 3EE9A 3KK7A 2RF2A 3CCQN 3WEEA 5AQPA 1HJOA 4LFAK 2A6AA 3R3LA 3JS6A 2HMPA 4R79A 4CJ4A 3GDQA 1VQ4N 2BUPA 1ESVA 1X9MA 3WQUA 3LDNA 1NK4A 4BY9C 3WT0A 1TK0A 4H0TB 3RTVA 3RWUA 3C94A 3AAPA 3VQQA 4GKKK 4FJIA 2Q2RA 2X6SA 2Z1HA 2O8DA 3KD5E 1MU2A 5GIPA 1JCFA 1W2BM 4FWPA 3VOVA 3CCSN 2RN2A 4B9SA 1TL1A 4DTJA 4C8KA 1YI2N 1TVRA 2E20A 1X3NA 2P9IB 4KH6A 4BREA 4CJQA 2E6MA 4BE1A 4JI5K 1TL3A 5KQDA 1ZBIA 4KTZA 1S22A 1VSEA 1X9JA 3CCEN 4B1XB 3L6QA 4DR5K 4QS7A 4C1NK 2G8HA 4MO4A 1VSDA 4JD2B 1BDGA 4FM1A 4K41A 4JKGB 1HKGA 1YJNN 4J2BA 1DTQA 2F9WA 3S3NA 1KFSA 5KGWA 2ITGA 3CM6A 1P8ZA 4X64K 3DLBA 4CF2A 2G8VA 4NXMK 1BQMA 3THXB 5M1QA 3VQ5A 1IKVA 5AQFA 4W5RA 1S72N 5GAGP 1ZBSA 2E2NA 3CQXA 4OVLA 4OGEA 1WBBA 4DSIA 3S3MA 3DLRA 3FZHA 1HLUA 4BRDA 1RT6A 4PWDA 2QWPA 3NF7A 3ZSOA 1L3SA 4LF8K 2JGUA 3DLLL 3SJHA 3QICA 2NRRA 2WOMA 4H03B 4CBXA 2YHYA 4DQRA 2KW4A 4B9LA 4NXNK 1U2VB 3TTFA 3ZSQA 5AQYA 3CETA 1BA0A 3O9SA 2KQ2A 3HOTA 5HRPA 1UA0A 4IFYA 1K8KA 1EP4A 3CYMA 4FPBA 3ZEUA 4LSLA 4GY2B 5AQJA 2FF6A 1J5OA 3D7EO 4I9LA 5AQLA 2F7TA 3SBGA 1S6QA 3CD6N 5CYQA 3CFOA 3CCMN 1NOZA 3SPZA 4PKIA 4JEPA 1H1VA 2NRHA 3RRHA 1LWEA 4LFBK 3ZSYA 5FPNA 4M41A 3V9WA 3H1VX 4DLEA 4AHCA 2Q0RA 3AO3A 4C8LA 2AJQA 3SNNA 4ICLA 3M8PA 3B6PA 5DK5A 4W5NA 3UKUA 3VF6A 1XHZA 5CE3A 4KTWA 4JHDB 1KQSM 1BWFO 3H6EA 1S1TA 4FWOA 4EAHD 3MXIA 3TI0A 1C0GA 3VQ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQK N;  3CXC M;  1VQ4 N;  1KC8 O;  5DM6 L;  3PIP L;  4IO9 L;  1Q86 O;  3CCU N;  1VQL N;  3CD6 N;  3PIO L;  3CCM N;  4WFN L;  5JVH L;  2QEX N;  1W2B M;  1OVY A;  1YHQ N;  1K73 O;  4UY8 O;  5GAE P;  5DM7 L;  3CCS N;  1JJ2 M;  1VQM N;  3G6E N;  4WF9 L;  1YI2 N;  2ZJR L;  3OW2 M;  1KQS M;  2ZJQ L;  1YJ9 N;  1K9M O;  1M1K O;  3CMA N;  5MLC Q;  1VQ9 N;  3CCL N;  3CCJ N;  3CME N;  1Q81 O;  3CF5 L;  2ZJP L;  4IOC L;  4WFA L;  3I56 N;  2OTL N;  1VQ7 N;  1Q82 O;  5GAH P;  3CCE N;  1VQO N;  1QVG M;  1QVF M;  4IOA L;  3J7Z O;  1VQN N;  1M90 O;  3CC4 N;  1YJN N;  3G4S N;  1VQP N;  1VQ8 N;  3G71 N;  5H1S Q;  3CCR N;  1K8A O;  4WFB L;  1Q7Y O;  3CPW M;  3I55 N;  1YIT N;  3CC2 N;  2OTJ N;  3CCV N;  5JVG L;  1VQ5 N;  1N8R O;  1S72 N;  1VQ6 N;  5GAG P;  5GAD P;  4U67 L;  1KD1 O;  3DLL L;  5HL7 L;  3CCQ N;  4WCE L;  3CC7 N;  1YIJ N;  2QA4 N;  1NJI O;  1ILY A;  1YJW N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3P38 A;  2P5G A;  3C6U A;  1SS6 A;  4BRP A;  4LC9 B;  4F3T A;  3JAM O;  1U47 A;  2VWJ A;  3D2E B;  5KPR A;  1MWK A;  1OKJ A;  1XC3 A;  4WQ4 C;  5KRS A;  4H0X B;  3RMA A;  5GIO A;  2P9P A;  5AQZ A;  3IRX A;  5SZT A;  3MX5 A;  1Y97 A;  2VGM A;  4PKH A;  4NLB A;  4ZTF A;  2IGI A;  2DTU A;  3PSF A;  3CI5 A;  1Z25 A;  5DM7 L;  4HCB A;  3ENO A;  5LMN K;  1RT2 A;  1TK5 A;  1T3V A;  3PO4 A;  1BA1 A;  2X78 A;  2ITM A;  1C1C A;  4EFH A;  4KHN A;  3THY B;  3HSC A;  3VPZ A;  1T6C A;  3LZJ A;  4Z4H A;  3GL1 A;  4OKE A;  1M1K O;  4F4K A;  3BF1 A;  5AQW A;  4DQ8 A;  1WOQ A;  5HBM A;  1HNZ K;  2KFZ A;  3VQD A;  1NGD A;  4C8N A;  4AH9 A;  2A42 A;  2P9I A;  3NF6 A;  3TAF A;  1NGJ A;  1TK8 A;  1N34 K;  3MK6 A;  3FLC O;  3TAG A;  3CFR A;  2HNZ A;  4CFD A;  5AQK A;  2E2Q A;  2QW9 A;  3MEC A;  4WQ5 C;  4F2S A;  4FLX A;  4FJN A;  5LMU K;  5AZJ B;  4AHR A;  4CJS A;  3OJU A;  1IBM K;  3LAN A;  3G4S N;  3VEO A;  2IIR A;  1WAJ A;  1WSG A;  1JLE A;  4V19 S;  2DFE A;  4JD2 A;  4DS5 A;  4JI6 K;  2ETJ A;  3R8E A;  3EKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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