2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
5AFUH 3VGKA 3CHWA 5EX5A 3UB5A 5F1XA 5KQDA 3R8EA 4BVPA 3ZEUA 4QS7A 4YDUC 2PAVA 1MDUB 3C7NA 1C0FA 4IO8A 3LDPA 3F9MA 4BRCA 4EAHD 5EVZA 2ASOA 4E1JA 4FWQA 1T6DA 1Q18A 4JAXA 4XH5A 3UKRB 4JHDB 1SQKA 3KHYA 2E1ZA 1JCGA 4QS8A 3SMSA 2QWOA 1YAGA 2V7ZA 3CERA 2P9SA 5KQ8A 2P9PA 1JCFA 4FWRA 2IVNA 3SJHA 1TUYA 4YDUA 4C23A 4ISEA 3QFUA 4ISGA 1U2VA 2D0PA 5BPLA 1QHAA 2F9TA 3VOVA 3QBXA 5KPRA 3C0BA 5FPNA 1TYQB 4Z94A 1NGCA 3IDHA 1BDGA 1ZC6A 3FZLA 4H03B 4M63C 1R59O 3VEYA 4BR0A 3CJAA 3O1BA 4WQ4C 2HOEA 3I33A 3AY9A 2W40A 5KPTA 2FSNA 3P4IA 2J4RA 3TPQA 3VF6A 3CI5A 4BC5A 5BPNA 4RTFD 1BU6O 1T44A 3VEZA 2H3GX 3LDLA 1XUPO 1NLVA 1S22A 2ZF5O 4H0YB 3KVGA 5F2RA 2ZGYA 3QICA 4BRAA 4A2AA 3ZETA 1TUUA 3SMPA 5LY3A 5BRHA 3O08A 1GLLO 2QWLA 2P9IA 4EIAA 5BN8A 4B1VA 4BRKA 4B1ZA 1GLFO 3VENA 4M7YA 1NGEA 3WEEB 3IUCA 3DXMA 2CGKA 1HLUA 1HJOA 4CZMA 3ULEB 4FOIA 3ENHA 2A41A 2D4WA 1BO5O 4PKIA 4BRNA 4XEIA 3VEWA 5AQWA 1QQMA 4PKGA 1QQNA 4BRFA 1D4XA 3O6WA 4JNEA 1GLCG 3CQYA 3GOIA 1GLDG 2Q97A 3HSCA 5AZIA 5BRDA 4GY2B 4IXCA 5AQQA 3M6GA 4O8KA 1XC3A 1ZXOA 2A3ZA 5ADXA 5AQOA 2FXUA 2Q0UA 4K43A 1IJJA 1QQOA 3GDQA 3MCPA 3EO3A 1MWKA 3VF4A 1ATSA 4B1WB 5JLHA 4BG8A 1HKBA 4BRHA 4FOEA 5JLFA 3EZWA 1NBWA 4BR2A 4ISFA 4H0XB 3H46O 4FPAA 1KXPA 1RFQA 3VEVA 3DXKA 3WXKA 1X9JA 1NWKA 1XQSC 4JD2A 2AA4A 4BGBA 4BRLA 5BREA 1BA1A 3EN9A 3OHRA 5AQRA 3UKUB 3FZHA 2D0OA 1E4FT 4B9QA 1U6ZA 4IWVA 5AQLA 3JS6A 1X3NA 2CH5A 1GLAG 2YI1A 2ZGZA 5AQHA 2ZWHA 4FWNA 1C0GA 2GELA 1NGGA 1NGDA 1DEJA 3MN6A 4MLEA 1HPMA 3VEXA 2P9UB 4NO7A 5TKYA 1NGFA 4QS9A 4FL9A 3VF2A 4H0VB 4BC4A 2IVOA 1LOTB 2FSJA 4H5TA 3MN5A 2E2QA 4BRQA 3HM8A 3GG4A 3LM9A 3B8AX 3A5LC 4BRGA 2F9WA 2YHYA 5AQPA 3VEOA 1CZAN 3ZX3A 2PBDA 3H1QA 4EHUA 5AQNA 3BF1A 3CJ9A 3WQTA 1KAYA 3VETA 3M3ZA 5AQJA 2GWJA 5AQKA 2E20A 4H5RA 3WXJA 2ITMA 4BG9A 4EHTA 5B8HA 3R9PA 5AQUA 4CD3A 4BQLA 4BREA 2HF3A 2NLXA 4BRIA 1EQYA 3A0IX 3QFPA 5BPMA 4RWTA 2QWPA 4CZFA 1T6CA 2GEMA 3RSEB 3H1VX 4BR7A 2CGJA 1V4SA 1ATRA 3WQUA 5AQYA 3UKRA 2E88A 3AAPA 4JHDA 5AQIA 3QMLA 4FPBA 1QZ6A 4FWKA 2CGLA 4LC9B 1BG3A 3DWLA 5FPMA 4DHYA 1BWFO 3WUHA 5BR9A 5E84A 3CJ7A 4CBXA 3W3DA 2A6AA 3MMVA 4MO4A 4CI6A 4CZHA 3VPZA 1SZ2A 3LDNA 2QWMA 4WQ4A 4B1XB 1HUXA 1J6ZA 1TYQA 3D7EO 5CE3A 3AARA 3AAQA 3EL2A 4WQ5C 1X3MA 3A5NC 2QWRA 2Q0RA 4H5NA 2I7NA 2V51B 3I8BA 4CD1A 3MN9A 3SLCA 2YJEA 3HZ6A 2Q36A 3GE1A 1K8KB 1V4TA 4DB3A 4O5FA 5F0XA 2NRHA 1LCUA 3BEXA 2P9NB 1BUPA 3VGMA 5JMVA 2GUPA 1DGKN 4BC3A 4BROA 4K41A 5AQMA 2E2PA 4BR9A 3CETA 3FZFA 4WQ5A 2FF3B 5KPZA 1MWMA 2D1KA 5FPDA 1NGJA 3LDOA 3FLCO 4I6MB 3MDQA 2FSKA 3CJ1A 4BVOA 1JCEA 2E1YA 4NB4A 5AR0A 1RDWX 2P9LA 5AFUA 1HX1A 5AZJB 1YXQA 2I7PA 3WT0A 4A2BA 2EWSA 3A5OC 3D2EA 4L3QA 3HBTA 4RCHA 4BGAA 3FGUA 2YCHA 4WYBA 4CZKA 3VERA 3D2FB 4EFHA 4XH4A 2P9KA 5AQXA 1KAZA 2QWNA 3LM2A 3O5BA 3IMXA 5EXWA 1OKJA 4FWPA 3ZEUB 4A61A 2A42A 4DCHA 2IIRA 3HTVA 3C7NB 3KZBA 4AM7A 4B1UB 2VYPA 3ATUA 4Y0WA 4BRDA 2IVPA 3VGLA 4DQ8A 3U4LA 1GLEG 3QB0A 2BTFA 2QW9A 4FWSA 3DAWA 2A5XA 5EY4A 3A8YA 5ADXH 4K25A 4BR4A 2UYTA 2Q31A 1DKGD 4M7XA 1WUAA 2FF6A 2P9SB 5AQFA 2P9PB 2W41A 3GL1A 3QDKA 2E2NA 3L0QA 3A5MC 1KAXA 3EKUA 3FR0A 3UKUA 3H6EA 5JICA 3O80A 1U2VB 5AQSA 2DPNA 4BR5A 2AP1A 4IJAA 4XH1A 4FWOA 4AM6A 4FSVA 3TU5A 4BQZA 1NM1A 5E26A 3O8MA 3QBWA 3O4WA 2QM1A 2P9UA 4CZGA 3DJCA 5AQZA 3BF3A 3FE1A 3IFRA 3VESA 2QXLA 3HI0A 3M1FA 3ID8A 1GLJO 2HF4A 3S41A 1E4GT 4IJNA 3L4IA 3GBTA 3WXIA 3W0LA 4CBWA 1MA9B 3ZETB 1SAZA 2ASMA 4CBUA 2CH6A 1ZBSA 2QWQA 2E8AA 4H5WA 3MK6A 2YHXA 3H45C 3JXUA 2P9IB 1YUWA 1ATNA 1HKCA 3MN7A 3CIPA 4FO0A 4CZIA 2GTDA 3ZX2A 4HTLA 3ZX0A 1Z6RA 3DXMB 4CZJA 1GLBG 3FFKB 3SK3A 4JN4A 3J8AA 2BUPA 4J8FA 1NGIA 3H3NO 2A40A 3U8XA 4MLHA 1WOQA 4KBOA 3ATVA 4A62A 1P8ZA 5AZIB 4HWIA 5ELZA 4BRPA 2NZTA 3RSEA 2ASPA 5I9EB 1ESVA 3R6MA 5EOYA 4H0OA 1BA0A 1HKGA 1Z05A 2WUSA 1H1VA 3WXLA 3H3OB 2YJFA 4FWLA 3BP8A 5AQVA 2P9LB 3U9DA 4PL8A 2VWBA 3UE5A 4B1YB 4FWMA 1BOTO 3D2EB 4H5VA 2V7YA 3WEEA 1RGIA 2HMPA 3BUZB 4F9OA 3DXKB 2YHWA 2GWKA 2OANA 3ULEA 4MO5A 4JD2B 5LJWA 2P9KB 3L6QA 1IG8A 2Q2RA 2V52B 1NGHA 1K8KA 3ENOA 4K42A 2P9NA 3CJCA 1NGBA 5BRFA 3U9ZA 3LDQA 4GNIA 2Q1NA 2KHOA 5FPEA 3FZKA 3G25A 1Y64A 3O1WA 1NGAA 3FZMA 1S3XA 4BC2A 4PL7A 4IZ9A 4H0TB 4I6MA 1QZ5A 2VCPA 4H0PA 5BN9A 5AQTA 4BRMA 5AQGA 5AZJA 1NMDA 1G99A 3CQXA 4CZLA 4PKHA 4CZEA 3EKSA 2FLOA 5LJVA 3LL3A 3CJBA 3D2FA 2E2OA 4CJ7A 1YVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AFUH 5EX5A 5F1XA 1LAWA 3VQCA 3R8EA 4BVPA 4LF4K 4QS7A 3V81A 1MDUB 4Z0UA 1WSGA 3K0SA 3TAGA 3PSFA 4CJUA 4IDHA 4B3OA 4Z4HA 4E1JA 4CJQA 3ZT3A 1T6DA 2FBYA 4XH5A 1IKXA 4FLTA 3KHYA 4QS8A 3KK1A 4H4OA 2IDOA 2VQEK 3AGRA 1EWRA 4FWRA 3SJHA 4YDUA 2UXCK 3QETA 3SAHA 5HBMA 3QFUA 3NGZA 3RR7A 3QBXA 1F21A 2P5GA 1XI1A 1YHQN 2HOEA 3I33A 4O8UA 3DYAA 4EZ9A 2J4RA 4E7HA 4MDAA 1BU6O 2B6AA 2H3GX 1NJYA 4DR4K 1S22A 1YTUA 5JS2A 5F2RA 3DLHA 4A2AA 1ZBHA 1VAZA 5LY3A 1BGXT 3K57A 4FLZA 1VQ7N 4EIAA 3THXB 4O4GA 3OS1A 4B1ZA 5GADP 3OYKA 3HOTA 2CGKA 3NGYA 2VQFK 3F5TA 2RE2A 3ZT4A 4CZMA 5AQWA 2KTQA 4PKGA 3PLAA 1QQNA 2Y1JA 3VQ4A 3HSCA 2Q97A 4W5NA 4DR3K 3V9WA 3M6GA 1XC3A 3KJVA 1ZXOA 3CFPA 5HL7L 4M3UA 1HYVA 5ADXA 5AQOA 4FJIA 4K8ZA 5J2NA 1C0MA 1IJJA 1RT1A 4JI0K 3MCPA 4BACA 3OS0A 4IO9L 4FK2A 1MWKA 3VF4A 4FJ9A 4OJRA 1TVRA 1VQLN 5KRTA 4FOEA 3P83D 3AVCA 4CGHA 1NBWA 4ISFA 3H46O 1TV6A 1TK8A 1RFQA 4B8AB 4HCBA 3EN9A 4FLYA 1X3NA 1OVYA 2CH5A 1KVBA 1S1TA 4FWNA 1C0GA 4MLEA 3SAFA 3T1HK 4JKAA 4NO7A 2KQ2A 1S1XA 3OS2A 3VF2A 4BC4A 4JI2K 4O0JA 4KHPK 2E2QA 1I39A 2XHBA 3PX4A 3GG4A 3O4NA 3DLEA 1N33K 3G4SN 3B8AX 4BRGA 2YHYA 4R79A 4FM1A 1IBLK 1CZAN 4KB1A 3ZX3A 4E89A 2PBDA 2D0BA 2QKKA 2RN2A 2WONA 3NF6A 1Z25A 3C95A 3KLHA 4ELUA 3VETA 4Z4FA 3MXJA 4HCCA 2UUCK 3HOSA 5AQKA 4BG9A 5B8HA 4CHZA 3R9PA 3SQ2A 1C0TA 4CGIA 5GINA 2FBVA 2HF3A 1EWQA 2NLXA 5EU7A 4O55A 5GIPA 3MXMA 1QE1A 5SWMA 5BPMA 5GAGP 3EYZA 4CZFA 4CJ5A 1NU0A 4FZZA 5LL6Z 4YORA 5C25A 5AQIA 1M1KO 3VA3A 2IAJA 1VSKA 5J2PA 4CJFA 1SKSA 1KSPA 2HVHA 4MO4A 1D5AA 2YNHA 4CI6A 4CZHA 4CHYA 3N4QA 4WQ4A 3HT3A 1JXBA 2PFUA 4DV4K 1HUXA 5CE3A 1OVQA 4AH9A 3VQPA 3EY1A 3PX6A 3SUPA 1X3MA 1JLFA 2QWRA 4H5NA 3PIOL 2I7NA 1S9GA 4E19A 3K5MA 1CXUA 1K8KB 3U3GA 4OO1J 5C42A 4CJTA 2NRHA 1LCUA 3B6PA 3BEXA 2UUAK 3C6UA 4B3TK 2IS3A 3ZT2A 2E2PA 4BR9A 4ELTA 3V4IA 3FZFA 4GMJB 1B9FA 5KPZA 1T05A 2BANA 3MDQA 1JCEA 3HYFA 4W5RA 1RDWX 2P9LA 5AFUA 1K73O 4DTUA 1QVGM 5CR4A 3AO2A 3C65A 5AZJB 1YTAA 2EWSA 3ITHA 3DMJA 3FGUA 3OYJA 4CZKA 2P9KA 5AQXA 3SPYA 2QWNA 3O5BA 3RWUA 2HBMA 3AVJA 1UA0A 1OKJA 4FWPA 3ZEUB 4CEEA 1N34K 4BDPA 4RW6A 3OJUA 1RTJA 1GLEG 3QB0A 3U4LA 4DQPA 2BTFA 1X9SA 1EKEA 2EX3A 4KHNA 5JS1A 3AVAA 3LP1A 4YOXA 4BE1A 4DQRA 3CCQN 1HMVA 4CW7B 3KKRA 5AQFA 2FF6A 3DLLL 3KLFA 3GL1A 2E2NA 3L0QA 2DFFA 4OKJA 4JKDA 3H6EA 1KD1O 4CFBA 2RHKA 4M3ZA 1U2VB 1X9MA 1QHTA 1W7AA 4U7BA 4IJAA 5KTQA 3Q7CA 4XH1A 4AM6A 4CEBA 3TU5A 1U49A 4GKKK 4BQZA 3O8MA 3CCJN 4JI7K 3O4WA 4LH4A 3DJCA 1Q9XA 5AQZA 3FE1A 3RRGA 1Q86O 4L8RB 4WFBL 4JV5K 4DSFA 1U45A 1ZYQA 1S6QA 1E4GT 1IBKK 1FW6A 4FJKA 1CZBA 3ZETB 4DV3K 3OYDA 2CH6A 4E7JA 1EETA 4H5WA 3HVTA 3VQEA 3H45C 3JXUA 3V9XA 1VSLA 3ZX2A 4GV6A 1RDDA 3ZX0A 4FCYA 1GLBG 2HHHK 2DFHA 3MECA 3THYA 3TTDA 2BUPA 3OBWA 4LD0A 5AJ3K 3ZSWA 4CECA 4CJKA 3CM6A 3ATVA 3O3FA 2P51A 1VQPN 1VHXA 1XMOK 2HNYA 4QCLA 2ZQBA 4CF0A 2I5JA 1C1BA 1UOCA 3R6MA 4CF8A 5IWAK 3RMBA 4H0OA 1LWEA 3QEPA 4FXDA 2YJFA 1TKZA 3ZSXA 1RNHA 4FWLA 1VSIA 1YVUA 3BP8A 3E9LA 3LAKA 5FROA 2O8BB 2PZSA 3OYLA 4HUFA 2HNDA 1C1AA 4DUZK 1BQMA 3U9DA 4BY9C 2VWBA 1M90O 2ZJQL 4B1YB 4M3XA 5DM6L 3D2EB 1RT2A 4JLHA 2V7YA 3BUZB 3DXKB 3T7ZA 2OANA 3KIOA 3AVMA 2F4VK 1BL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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