2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
b'MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
molecule tags Transferase
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
4O8KA 1ZXOA 2VWBA 1GLAG 4BR9A 2P9NA 4DCHA 2E88A 3HM8A 3WEEA 2J4RA 2Q2RA 5AQFA 1E4GT 2A3ZA 3RSEB 2A42A 2E1ZA 1BUPA 4FWLA 2ZGYA 5FPNA 3WEEB 4NB4A 1TUUA 3ATUA 2YJFA 3KHYA 2E8AA 3ULEA 3BEXA 1QZ6A 5BN9A 3D7EO 1NGGA 2AA4A 1MWKA 3MN6A 4DQ8A 3ULEB 2F9TA 2NRHA 5LJVA 2GELA 3QMLA 1MWMA 3DXKA 3CJ7A 3R8EA 3LDOA 3U4LA 4JHDA 2NZTA 3L4IA 1IG8A 1XUPO 4IJNA 2ZF5O 1DGKN 4CZIA 2QWQA 2P9PA 2GTDA 4K43A 3CQYA 3M6GA 4XH5A 1Z05A 3SLCA 4FL9A 2P9PB 3EO3A 5AZJB 5EY4A 3MDQA 4PL7A 1QQOA 5BRHA 2ASOA 4FPAA 4QS8A 2IVNA 4H5VA 3U9ZA 1SAZA 1WUAA 4M7XA 4CZEA 3VEZA 2PBDA 1GLFO 3CJBA 4A2BA 5EVZA 1BU6O 3IDHA 3ZX3A 3W3DA 5AQMA 2Q31A 1HLUA 1SZ2A 3LL3A 2HF4A 4BRAA 1NGCA 5AQIA 2OANA 2P9IA 5AQKA 1T44A 1TYQA 2YCHA 5AQVA 2Q0RA 3HTVA 4IWVA 5F0XA 3WQTA 3LDPA 3VEXA 2P9IB 2Q36A 2A41A 4XEIA 3UE5A 2W40A 2P9SB 1TYQB 2QWRA 4E1JA 5EOYA 5BN8A 1KXPA 3A5LC 1OKJA 1X9JA 1JCEA 3FFKB 3H3OB 1XQSC 3QICA 5KQ8A 2E2PA 3DXMB 3VOVA 4A61A 4BG8A 3ENOA 2V52B 5BR9A 2UYTA 3ATVA 3O6WA 3MCPA 3ZX2A 5ADXA 3CERA 3FZLA 1DKGD 3FZKA 4C23A 1NGAA 5AZIA 2QWMA 5EX5A 4BGAA 4JD2A 4EHTA 1BOTO 4CZJA 2IIRA 4QS9A 4EHUA 5FPDA 4BRNA 4H0VB 5I9EB 1U6ZA 3DAWA 4B1VA 4BC5A 5JLHA 1R59O 3VPZA 4M63C 2QM1A 3VETA 3CHWA 5AQUA 4I6MA 2QW9A 1ZC6A 1GLEG 3ENHA 5FPEA 1KAYA 4H5NA 3HZ6A 1U2VA 1HKBA 1MDUB 3A0IX 3IFRA 3EKSA 4XH4A 1HPMA 1NGFA 2YHYA 4BRQA 1U2VB 5E84A 4CBUA 3VEYA 4H0PA 3O4WA 4FWQA 4BR7A 1ATRA 4XH1A 3O1BA 4BR0A 5TKYA 1HUXA 3U8XA 2P9NB 3QDKA 2E2QA 4Y0WA 2P9UA 3J8AA 1QQNA 1SQKA 3SK3A 3MK6A 4B1XB 2IVPA 2D0OA 3AAPA 2P9UB 3EL2A 1QHAA 4B1UB 4BROA 4CZHA 3D2EA 4IO8A 3C7NA 4IJAA 3L6QA 5BRFA 3GL1A 5KQDA 3H1VX 3O8MA 4A2AA 3VEVA 4CZKA 2HOEA 3C7NB 3B8AX 5B8HA 5BPMA 1KAZA 3KVGA 2QWOA 2FSJA 4RTFD 4FWOA 3S41A 1YAGA 3MN7A 4BVPA 1ATNA 2CGLA 1NGJA 4PKIA 2YHWA 4FWNA 3DXKB 2GEMA 1T6CA 4WQ4C 1NGIA 4CJ7A 3FZFA 3H46O 4JAXA 4IXCA 4H03B 4JN4A 3QBWA 1YVNA 2V7ZA 4JHDB 4M7YA 2E1YA 3WUHA 3CI5A 4FWRA 5AFUH 1NGHA 1RDWX 3TPQA 3SJHA 5KPTA 5JICA 3QBXA 3H3NO 5AQHA 3CJCA 4FWKA 4WQ4A 5AQQA 2V7YA 3VGMA 3GOIA 1QQMA 1WOQA 1T6DA 4BR2A 3BUZB 5AFUA 2H3GX 4MO5A 3QFUA 1V4SA 2ASPA 3C0BA 3W0LA 1NWKA 4BRFA 1EQYA 4BR5A 4FPBA 3FGUA 2IVOA 2P9KA 2D0PA 3M3ZA 4H0XB 4LC9B 3G25A 4H0YB 1ZBSA 2F9WA 1H1VA 2P9KB 3IMXA 1YXQA 4EAHD 2GUPA 4J8FA 3CETA 3GE1A 4AM6A 1GLCG 2CGKA 3VF4A 4H5WA 5AQTA 4BQLA 2FXUA 4MO4A 3VESA 1RFQA 1NGBA 5AR0A 1E4FT 3LDNA 3WXKA 4ISGA 3QFPA 1DEJA 3MN9A 2FF3B 1Q18A 2ZGZA 4YDUC 3WXJA 2CGJA 3H6EA 2I7NA 5AQXA 1JCGA 4B1WB 3HBTA 5AQSA 4CBXA 3AY9A 1YUWA 3U9DA 5BRDA 2I7PA 3ZX0A 2VCPA 3JS6A 5BREA 3VF6A 2ASMA 4FWMA 4MLEA 4QS7A 5AZIB 4B1YB 4JD2B 3D2FA 4FSVA 4YDUA 1BA0A 4PKHA 4A62A 2PAVA 2FSKA 3AAQA 3VGLA 2ZWHA 1GLBG 1S22A 3D2FB 5BPNA 4Z94A 2QWNA 3A5NC 4PL8A 3KZBA 5AQYA 4BC3A 1Y64A 4AM7A 1Z6RA 1GLDG 3FE1A 4I6MB 4JNEA 4DHYA 2HMPA 4K41A 5FPMA 1NBWA 3WXLA 3MN5A 5AQLA 3ZETA 5CE3A 1G99A 4L3QA 3DJCA 3ZEUA 3L0QA 3BF1A 3GBTA 3VENA 2Q1NA 3P4IA 3A5MC 4RCHA 3ZETB 2WUSA 4KBOA 1BG3A 5AQOA 3ZEUB 4H5TA 3GG4A 5LY3A 1ESVA 1KAXA 1JCFA 1QZ5A 2BTFA 2V51B 1LOTB 2ITMA 3HSCA 1XC3A 3CJ9A 3O08A 4CD1A 1J6ZA 4H5RA 3RSEA 3H45C 4H0OA 3D2EB 3O1WA 4BR4A 3HI0A 5KPRA 3UKUA 4FWSA 2Q97A 4WQ5C 4BRPA 4BRHA 2QWPA 5EXWA 2BUPA 2QWLA 3WQUA 1HJOA 3UKUB 3CJ1A 4BRIA 3M1FA 2AP1A 3MMVA 5ELZA 4MLHA 1LCUA 1HKCA 2EWSA 2NLXA 1NGDA 1X3NA 2E2OA 4B9QA 4HTLA 5AQNA 3O5BA 3O80A 4BQZA 3LDQA 4WQ5A 3FLCO 3R9PA 5AQZA 3CJAA 3GDQA 3ID8A 3EN9A 1P8ZA 2FLOA 4BRKA 3SMPA 3R6MA 2GWJA 3A5OC 3UKRA 2W41A 5BPLA 1NGEA 3CIPA 4BRCA 2CH6A 1C0GA 2YJEA 1TUYA 3UKRB 2DPNA 2D4WA 1HKGA 1V4TA 2FSNA 3LM2A 5JMVA 1NM1A 1CZAN 4HWIA 4CD3A 4EFHA 3FZHA 2YI1A 4GNIA 2D1KA 5AZJA 3EKUA 5LJWA 3VEWA 3TU5A 1RGIA 4BREA 5F1XA 3AARA 1X3MA 2QXLA 4BVOA 5F2RA 4K42A 2A5XA 1D4XA 1BWFO 3FZMA 4CZLA 3WT0A 4BG9A 2E2NA 3F9MA 4H0TB 1GLLO 4BGBA 4CZGA 4F9OA 5AQGA 4FOEA 3IUCA 4EIAA 3H1QA 5JLFA 2VYPA 4CBWA 3I33A 3QB0A 2P9SA 5AQPA 2A6AA 1IJJA 1BO5O 4FWPA 4CZMA 4K25A 3VERA 1HX1A 4FOIA 5ADXH 1C0FA 1BDGA 3LM9A 3DXMA 3BP8A 3SMSA 3VF2A 1NLVA 4IZ9A 4B1ZA 3LDLA 3FR0A 4PKGA 2CH5A 2YHXA 3WXIA 4BRLA 4DB3A 5AQRA 2KHOA 2FF6A 3EZWA 1ATSA 2E20A 2GWKA 4CI6A 4O5FA 2Q0UA 4NO7A 3BF3A 3VGKA 4CZFA 3CQXA 4WYBA 5AQWA 5E26A 1K8KA 3I8BA 5AQJA 1GLJO 3OHRA 4ISEA 4BRMA 4FO0A 4GY2B 1K8KB 3VEOA 4BC4A 4BRDA 1BA1A 2A40A 5KPZA 4BC2A 1MA9B 1NMDA 3DWLA 4RWTA 3A8YA 2P9LA 3UB5A 4ISFA 1S3XA 2P9LB 4BRGA 2HF3A 3JXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VN5A 2D0CA 2VWBA 3DLKA 4BR9A 3HM9A 4HUEA 5GAHP 2E88A 1NOZA 3HM8A 1NJZA 3L2RA 2J4RA 1RNHA 2A3ZA 3RSEB 3RRGA 2A42A 4B9TA 1S1XA 3LALA 3NBPA 3L2VA 2B5JA 3KHYA 4FLTA 4IKFA 2HVIA 2E8AA 1BISA 2P51A 4C8OA 1QTMA 1NGGA 4OX9K 1JXEA 2HBJA 1MWKA 2YNGA 4DWIA 3AA4A 4W5OA 3MEDA 3DXKA 1WSEA 3CJ7A 1RT4A 3MX2A 4FLXA 3O9QA 1YVUA 5M1FA 4IO9L 3O3GA 2RE2A 5JVHL 1TKTA 4U67L 4ILHA 3RR7A 4XH5A 1BHLA 1LAWA 1QVGM 3KD1E 3THWA 5AZJB 3MDQA 4KFBA 3CD6N 2YHBA 3KLIA 1QSLA 4M7XA 3VEZA 5EVZA 3OYAA 5AQMA 4ZTFA 5GIPA 1SZ2A 1RBTA 4CERA 5CHIA 1NGCA 2G8IA 3OYBA 4EP5A 4DS5A 2PZSA 2DY4A 1VRTA 1JLQA 3H08A 1NK7A 2W40A 1SKRA 3TAMA 1TYQB 5M1KA 4E1JA 4CF0A 1KXPA 3T1AA 3AVHA 4YHHK 3HVRA 4IFYA 3AVNA 4CJKA 3JYTA 1ZYQA 4KH4A 1XQSC 3O9SA 5KQ8A 3SAGA 4F2RA 4KHWA 4BDPA 4O44A 5BR9A 2F7TA 1S1UA 3HK2A 1HNZK 4JYAK 3O3HA 4BGAA 4EHTA 3VQ7A 1BOTO 2IIRA 3R3LA 4EHUA 5T7BA 4DV2K 3DAWA 5JLHA 1BIUA 1EWRA 2GV9A 1TL3A 2BDPA 2QW9A 4H5NA 3RMDA 2D0BA 3CMEN 5HRRA 1HQEA 1C0MA 3P83D 3L2UA 2YHYA 1Q81O 2PYLA 3OYJA 5D3GA 4LFAK 1RT6A 4CBUA 3U3YA 4FWQA 3ZSQA 3ASMA 1ASWA 1HYVA 3QDKA 4Y0WA 4BE2A 3J8AA 4OGEA 1QQNA 1T3VA 1TKDA 1SQKA 3G6EN 3TTDA 4B1XB 4FJKA 2OCEA 2NRVA 4B1UB 3P39A 4B9LA 4DSLA 4IO8A 4DKWA 3C7NA 2HNYA 1M1KO 3BZCA 1HNXK 4JS4A 3AO2A 3DI6A 3B8AX 3AV9A 5BPMA 1ATNA 3SAFA 2CGLA 1NGJA 3SPYA 3DXKB 2GEMA 4JKBA 1IH7A 3FZFA 4CGIA 2FBTA 4JAXA 4FJ9A 1QHTA 2WFBA 4DTPA 3TAEA 3V4IA 4CEEA 2Y1JA 2XY6A 3WUHA 1RDWX 4NLBA 3SJHA 5KPTA 1F21A 3OW2M 2ATQA 2V7YA 1L3VA 3VGMA 3HJFA 4CHZA 1ASVA 3GOIA 2YHAA 1X9SA 3NH0A 3HP6A 3THWB 4YY3K 3C94A 4B08A 3V9XA 3QNNA 4MO5A 3KLFA 3DLHA 3EYZA 4BR5A 5M1QA 4DU1A 1S6PA 1ZBSA 1BGXT 2VWJA 1H1VA 2E4LA 2P9KB 1YXQA 3DLGA 3IMXA 4OVLA 3E66A 4DV0K 3CETA 2NNWA 2CGKA 3VF4A 1HNWK 4E7HA 3CCRN 2PY5A 3C6UA 1RFQA 3DYAA 1S1VA 3LDNA 3WXKA 4BWJA 1IBKK 1WSIA 4M3RA 1TKXA 1Q18A 3NF7A 1KQSM 2ZGZA 3WXJA 3VQ5A 3K5NA 4B9SA 3T3FA 3O9TA 4JI8K 2I7PA 4FLUA 1L3UA 1U04A 3JS6A 2BE2A 3TAPA 4MFBA 1CXQA 4FWMA 3HPOA 3K57A 1ZBIA 5EU7A 1BA0A 4DU3A 3T1YK 1JLBA 1K73O 5FDLA 3SZ2A 4YORA 4B9NA 3HPHA 4Z94A 3ZT3A 2QWNA 4DFKA 5DK5A 1XI1A 1GOCA 4DFPA 4DMNA 4BC3A 1GLDG 1ZBUA 5FPMA 4K41A 4KAZA 1TKZA 4NXNK 1BI4A 4KHSA 3OYLA 3LP3A 3MN5A 4E1MA 3DJCA 1N8RO 4LF9K 3L0QA 4RCHA 2WUSA 5AQOA 4H5TA 5LY3A 3L8BA 1QZ5A 1YF5L 4R5PA 4ILGB 3MXIA 2ITMA 1BCOA 4JI6K 1W9HA 4PA1A 4TSXA 1HQUA 2HBKA 2EX3A 4J2EA 4IG0A 1HYSA 1NK0A 1VSEA 4H0OA 3O1WA 1WSHA 3OYNA 3MX5A 3NCIA 4DLGA 2Q97A 3S9HA 2QWPA 5EXWA 3ZT0A 4NYFA 3KKSA 2KLAA 3QLHA 4MLHA 3SBGA 2D5RA 3IG1A 3P31A 1NGDA 3CYMA 3S3NA 3JSMA 4HTLA 1D9FA 5AQNA 1DTTA 3HRGA 4FLZA 2XY5A 4V19S 5AQZA 3CJAA 3ID8A 3EN9A 4BRKA 3R6MA 2O4IA 3V1OA 4CEFA 4OPKA 4BRCA 3CCQN 1SKWA 3L2QA 4JS5A 4FZZA 4OLBA 4C8LA 1TV6A 1SL0A 1RTJA 5JMVA 3EE8A 1CZAN 4HWIA 4EFHA 2G8FA 3FZHA 2D1KA 4KHPK 3AGRA 3NMUA 3I55N 2KKZA 1LWCA 4BY9C 3VA3A 4HUGA 1JXBA 2QXLA 4I2QA 1JLGA 3FZMA 4CZLA 3MECA 3AVCA 3NHGA 3D6RA 1UOCA 1GLLO 3VTIA 2HBLA 4N76A 3ZT1A 2KZMA 3J80O 4HVJA 4EIAA 4YNQA 3E9OA 3I33A 4O5BA 4WFNL 5BR8K 2A6AA 5GIOA 1BCMA 3TSQA 1GOAA 1Q82O 4K25A 2VQEK 1LWEA 5C25A 3LM9A 2F8SA 4DQIA 4IZ9A 3OYCA 4DV1K 2O8CA 4IOXA 5KTQA 3DOLA 1RDAA 1TL1A 1X1PA 2CH5A 4BRLA 4DB3A 4FJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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