2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
molecule tags Transferase
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
1DEJA 4M7YA 4BR7A 3SMPA 2A3ZA 2QW9A 1TYQA 2IVNA 1TUYA 3GDQA 5KPRA 4PKHA 1P8ZA 4WQ4A 3EL2A 3VGLA 5EVZA 1T6DA 4K25A 2QWNA 4BVPA 1HUXA 3F9MA 4J8FA 4BRMA 4ISFA 4BRKA 3CQYA 4E1JA 1X9JA 2Q36A 2YJFA 4BRGA 5AQOA 4HTLA 1HKGA 2P9KA 4H0OA 4F9OA 4H5WA 4H5RA 2ZF5O 1CZAN 3CJ7A 3R8EA 3FZLA 1ESVA 2WUSA 3QBWA 1Y64A 3VESA 3H3NO 3DXMA 5F2RA 1KAYA 1U2VA 1BOTO 5AQQA 3U9DA 4H5NA 4IWVA 3WEEB 5BPLA 5AQXA 2GTDA 3ZEUB 1BA1A 4RTFD 5LY3A 5AZJA 2NRHA 4FWOA 3U4LA 4CZEA 3ATVA 5AZIA 4IJNA 3CI5A 4NO7A 5AQLA 3O1WA 2CH6A 4O8KA 3RSEB 4M7XA 3HTVA 5AQIA 3AY9A 3R6MA 3VEXA 5AQFA 5F0XA 4H03B 3H46O 3DJCA 1QHAA 5JMVA 3CJAA 3VF2A 1HKBA 3MN5A 4GNIA 1NGFA 4QS7A 1QZ6A 2P9NA 2P9LA 1HKCA 4O5FA 4JNEA 2E8AA 2FXUA 2HF4A 5I9EB 4BRHA 2A40A 3WXIA 1IJJA 3EZWA 3JXUA 3SJHA 2FSNA 4BGAA 1HLUA 2AA4A 3DXMB 1XQSC 3FGUA 4JD2A 2E2QA 1JCFA 1NGEA 3IFRA 1T44A 1U6ZA 5AQZA 3CIPA 3GBTA 3WEEA 2PAVA 2UYTA 2GWKA 3QMLA 3SK3A 4ISGA 1D4XA 4MLHA 5BRHA 3ZEUA 2J4RA 4WQ5C 2GWJA 3UKUA 4L3QA 3M3ZA 4PL7A 1C0GA 4B1XB 4CZJA 5FPEA 1H1VA 3VOVA 3W3DA 3H3OB 3BF3A 4EIAA 3FZMA 3OHRA 1NGBA 3BF1A 1HJOA 3GG4A 3MK6A 4EHUA 3A5LC 3MN6A 1KAXA 4JD2B 4BC2A 2Q97A 4BR9A 3GOIA 3HM8A 4AM7A 4EFHA 5BRFA 3BP8A 5BN9A 1Z05A 3MDQA 5AQSA 3HSCA 1X3NA 3HBTA 3VEZA 3LM2A 5CE3A 4FSVA 3WQTA 1ATSA 4FWSA 4A2AA 3DXKB 3UKRB 3QICA 4MO4A 4FWMA 1ZXOA 3QFPA 3FZKA 1NGJA 4PKIA 5AQUA 4A62A 2D0OA 1E4GT 2I7NA 4JN4A 1ZC6A 4H5TA 3M6GA 5BRDA 4CZKA 2Q0RA 4BG8A 5AQHA 3VERA 4FO0A 3LDQA 2P9PA 4H0TB 1XC3A 3UKUB 1NBWA 4B1YB 2FSKA 4M63C 2YJEA 3CETA 4K43A 1WUAA 3BUZB 4BRCA 2FLOA 3L6QA 5AQGA 4ISEA 1LOTB 2W41A 2QWPA 2PBDA 3KVGA 3D2FA 3A8YA 3G25A 1E4FT 3H1QA 3R9PA 1HX1A 4AM6A 3FZHA 4BR5A 2P9UB 2YCHA 3C7NB 2NLXA 3O80A 3CJCA 1NGGA 4CZFA 5AQNA 3DXKA 5AFUH 3UKRA 4H0YB 5EOYA 1TUUA 3M1FA 3VEVA 3EN9A 1S3XA 3DWLA 3H6EA 3O6WA 1ATNA 5AQYA 2GUPA 2D4WA 2YHWA 4B1VA 4JAXA 5LJVA 2ASOA 2GELA 3QB0A 3DAWA 3A0IX 4H0VB 2QWOA 1RGIA 3AAPA 3GL1A 3CHWA 4BC4A 2F9TA 2P9NB 4CJ7A 3LDPA 1QQNA 4BR2A 2Q0UA 4RWTA 3RSEA 5TKYA 2CGKA 3MCPA 3O8MA 2E1ZA 5B8HA 3I8BA 4IJAA 2A6AA 2YHYA 4BREA 3FFKB 3LL3A 3HI0A 4I6MB 4K41A 2P9LB 3H1VX 4H0XB 2ASPA 1BUPA 1XUPO 4BG9A 1EQYA 2HOEA 2YI1A 1R59O 4Z94A 4BRDA 1S22A 3CJ9A 3VGMA 3HZ6A 2IIRA 4BR4A 4BVOA 4CD1A 3SLCA 1JCEA 4CBXA 5KPZA 1U2VB 4DQ8A 3CQXA 2F9WA 1GLBG 2A42A 4FWLA 1YUWA 4XEIA 1KXPA 5AQMA 1KAZA 2I7PA 3WUHA 3LDNA 5ADXA 4FWKA 1NGCA 3ATUA 4B1UB 3ZX2A 3D2EA 2FSJA 4BC3A 2QWLA 3A5NC 3A5MC 4XH4A 1GLAG 2Q2RA 1QQOA 2ZWHA 2A41A 3FZFA 2VCPA 3QBXA 1GLCG 2ZGZA 1IG8A 1K8KB 4BRNA 2FF3B 3ID8A 3VEYA 1LCUA 1X3MA 5AZJB 2Q31A 2W40A 3VEOA 3WXLA 3WT0A 3MN7A 4WQ4C 3S41A 4YDUA 2V7ZA 5FPNA 3VF6A 4PKGA 3CJ1A 3LDLA 4QS9A 5AR0A 3D2FB 1OKJA 2P9SB 3J8AA 4A2BA 3GE1A 1YVNA 2FF6A 2E20A 2QM1A 2HF3A 4C23A 2P9UA 4FWQA 2V7YA 1ZBSA 4DHYA 4KBOA 2BUPA 4Y0WA 5FPMA 4CI6A 5LJWA 4B9QA 3O1BA 3BEXA 4WQ5A 2QWMA 2H3GX 5KQ8A 3D2EB 3VETA 2E88A 1BU6O 4NB4A 3AAQA 3ZX3A 3I33A 5KQDA 2P9IA 1DKGD 4BC5A 3FLCO 3C7NA 4HWIA 1ATRA 5AQRA 1GLJO 4MO5A 1GLFO 3L0QA 5JLFA 5ELZA 1V4TA 2ITMA 4CBWA 1K8KA 2E2OA 3C0BA 3IDHA 4FWPA 4BRIA 1NM1A 1MWMA 4FOIA 3EO3A 2CGJA 2V51B 1QQMA 4BRFA 4CBUA 5BPNA 5AQPA 3L4IA 4A61A 1NLVA 1BWFO 2P9SA 3VEWA 4RCHA 2VWBA 3CJBA 5AQTA 1Z6RA 5EXWA 4BROA 2DPNA 4PL8A 3H45C 1J6ZA 4DCHA 3ZX0A 4H5VA 2E2NA 3TPQA 1QZ5A 1RFQA 2ZGYA 4QS8A 1GLEG 2QXLA 3EKUA 2IVPA 3UE5A 1RDWX 4JHDB 5ADXH 2P9PB 1BG3A 1NGIA 3EKSA 3P4IA 1SQKA 5AFUA 3ENHA 3ENOA 4FWNA 4XH5A 5AZIB 2AP1A 2KHOA 5E26A 2P9IB 3WXJA 3U9ZA 3IUCA 3AARA 3MMVA 1HPMA 3QFUA 5E84A 4BRLA 3FE1A 4FL9A 3QDKA 5FPDA 3SMSA 5AQWA 2CH5A 4K42A 4LC9B 4CD3A 2OANA 2QWRA 3ULEB 5EX5A 2VYPA 1MDUB 5BREA 3WXKA 4JHDA 2EWSA 4BRPA 3CERA 1BO5O 4CZMA 1MWKA 3U8XA 1Q18A 4BR0A 3LDOA 4CZLA 2V52B 4WYBA 2CGLA 1NGHA 4BRAA 4YDUC 2HMPA 3UB5A 4CZGA 4IXCA 4IZ9A 4XH1A 3ZETB 4B1ZA 4BQLA 5KPTA 1YAGA 5BPMA 1C0FA 1V4SA 2NZTA 2E2PA 1JCGA 3ULEA 1NGAA 1NGDA 1YXQA 2YHXA 2BTFA 2QWQA 3A5OC 1GLDG 3JS6A 4BQZA 1TYQB 2ASMA 5AQVA 4BRQA 4FPAA 3VGKA 4H0PA 3IMXA 5AQJA 5JLHA 3LM9A 1SZ2A 4CZIA 1BA0A 3VPZA 3FR0A 3O5BA 1G99A 3B8AX 1MA9B 4BGBA 4IO8A 3O08A 5EY4A 3VENA 4DB3A 4EAHD 4GY2B 1SAZA 4FOEA 4FWRA 5AQKA 1NWKA 2Q1NA 4FPBA 3TU5A 1WOQA 3VF4A 4EHTA 2D1KA 3WQUA 1DGKN 2E1YA 5BN8A 2IVOA 4MLEA 1BDGA 4I6MA 3W0LA 4B1WB 2P9KB 3ZETA 1GLLO 3O4WA 3KHYA 5BR9A 4CZHA 1T6CA 5JICA 3KZBA 2GEMA 3D7EO 5F1XA 2D0PA 2A5XA 3MN9A 1NMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSPA 3IG1A 4M3YA 4LFBK 3NH2A 3HP6A 5DM7L 2QW9A 4I7FA 4YOUA 1TYQA 2RF2A 5GAGP 3BZKA 3V9ZA 4DV1K 3PY8A 3GDQA 1P8ZA 4WQ4A 4E3SA 2OPPA 4K25A 1RDDA 1HUXA 1RBUA 3ZT0A 1KVBA 5MLCQ 4J8FA 4BRKA 4AQYK 3U3YA 2O8CB 4FCYA 3ZSRA 2YJFA 3AVBA 1FW6A 4CGGA 4HTLA 4H4OA 4OVLA 1U48A 2HHSA 4B08A 2X6NA 2WUSA 1HRHA 1Y64A 1IKWA 4NXMK 3H3NO 3VESA 3T1AA 1Q9XA 3AO4A 1SL0A 4NYFA 3OS0A 3D45A 3M8RA 2UUBK 1VQPN 4RW6A 1BOTO 4DV6K 3U9DA 2ZJRL 1RBRA 1NKBA 3I0RA 1WAFA 4B8CA 1UA0A 1JXEA 1WSJA 4UQGA 5HRNA 5LY3A 3V81A 2I5JA 1D8YA 3AVNA 1JLBA 3C94A 3TI0A 3B6PA 4LFAK 2UU9K 2DFFA 1KD1O 3OVNA 3RSEB 4M7XA 3HTVA 3EZ5A 1L5UA 1ASUA 4DTXA 4ID5A 5JMVA 2ETJA 2HSTA 3SV4A 4Y1DA 4IBNA 2P9LA 5SWMA 4FJMA 2Z1IA 4O5FA 3HSTB 4JNEA 5I9EB 4BRHA 2A40A 4CGHA 3WXIA 4OLBA 4DSIA 1IJJA 2OPRA 4OKKA 4DFKA 5DK5A 3DXMB 2E2QA 1T44A 1U6ZA 5AQZA 3ZSYA 2E6LA 4K8XA 4FZXC 4MFBA 4O0JA 3QIOA 3WEEA 2UYTA 4CJVA 3ZT2A 1GOCA 1RBVA 2J4RA 4FJ7A 1ZBLA 4B9NA 4LY7A 3LP0A 4BACA 1S1UA 3CPEA 1JJ2M 4CZJA 3H3OB 2PYJA 3FZMA 1N32K 3BF1A 3NAEA 3A5LC 4DUZK 2O8FA 4JV5K 3HM8A 4IDHA 3BP8A 2UXDK 1RNHA 5AQSA 4HTUA 1T05A 4Z4FA 4LF6K 4FWMA 1C0UA 3PX6A 3J7AP 1VSKA 1E4GT 4H5TA 2P51A 5BRDA 4ELVA 2Q0RA 1TKTA 2ZM6K 3OYBA 3LDQA 4H0TB 3K58A 1SKWA 2FSKA 3LP3A 3MXJA 2YNFA 4BRCA 3L6QA 3LZIA 3K57A 3R1XA 1Q8IA 4CJ5A 4ISEA 2IAJA 1LOTB 2R7YA 3QERA 3D2FA 3R9PA 4FJLA 2Y1JA 2KW4A 3KIOA 4KPYA 4LD0A 1NGGA 1S1TA 3Q7BA 4JI2K 1SV5A 4X64K 3PX4A 4QCLA 3SI6A 1GOBA 4DR1K 5EOYA 3M1FA 4OJRA 5AQYA 3EYZA 2D4WA 3KK1A 2YHWA 4B1VA 4KB1A 3QB0A 3AVJA 1TK8A 3OTOK 3OYFA 3A0IX 4H0VB 3PUFA 4Z4IA 4YORA 4DTPA 3AAPA 3CHWA 3CFPA 1C1AA 3RRGA 4BR2A 5AJ3K 1VSLA 5DM6L 1XMQK 2CGKA 4KTZA 4CECA 5B8HA 3OYKA 3MEEA 3DRRA 4I6MB 3TAQA 1FK9A 3M5RA 2ASPA 1XUPO 4BG9A 1VSIA 1JLAA 4Z94A 3CJ9A 4FW1A 4E7LA 3C6AA 3HZ6A 3LPTA 4BR4A 4CBXA 3CCSN 1GLBG 4FWLA 2NRZA 1YUWA 1JLQA 4F8RA 2I7PA 3DLKA 2HVIA 3JSMA 1WNSA 4M3UA 3CCJN 3HRGA 5TKWA 4GV6A 1NGCA 1SUQA 4B1UB 4CEDA 3K0SA 2GBZA 2FSJA 4BC3A 1OVYA 3A5NC 1OVQA 2VGMA 4NXNK 3V6DA 1QQOA 3KKRA 1L3TA 2VCPA 2OZMA 1GLCG 1IG8A 1WB9A 1VQ5N 2FF3B 4CIEA 1QVFM 3ID8A 4FK4A 1XHXA 3VEYA 5AZJB 4DSEA 1VSEA 4OKEA 2W40A 3G6EN 3ZSZA 3OBWA 2V7ZA 3Q7CA 3VF6A 4GKKK 1SKSA 3PLAA 4PKGA 4G9ZA 5E41A 1EX4A 5AR0A 4DFPA 1A5XA 2FF6A 4E7KA 1RT5A 2HF3A 5T7BA 4DF8A 1ZBSA 1P90A 4DHYA 4F3OA 4FM2A 5FPMA 5LJWA 4W5NA 3OYHA 2QWMA 2H3GX 4E7IA 3VETA 4JI0K 1IKYA 3I33A 4AHRA 3ZLJA 2P9IA 4JRQA 1DKGD 3FLCO 4HWIA 4A59A 1DT9A 5AQRA 5FLXO 4J2EA 3S3MA 4R79A 5JLFA 3HVTA 1NKCA 3D6RA 5DMRA 3C0BA 4KH4A 4BRIA 2Z1GA 4CJLA 4NYNA 4CK3A 4AH9A 2CGJA 4B3SK 5HRRA 1QQMA 4DQSA 2O8EA 4CJSA 3THVA 4A61A 3VEWA 4RCHA 3VQ4A 4M41A 2HBJA 4BWJA 3KK3A 4DCHA 3ZX0A 4H5VA 3E9LA 4KFBA 1RFQA 3C6UA 4QS8A 2QXLA 1ASWA 3HVRA 4KI4A 3O3HA 1RDWX 4IOCL 1L3SA 3AVKA 2G8VA 3VMFB 4H8KA 3ENHA 1NJXA 4I9QA 4XH5A 4IFVA 2AP1A 2KHOA 3OYCA 1YJNN 1D9DA 4JI7K 4DU1A 5J2MA 3T7ZA 3U9ZA 1QSLA 4DSLA 2YX6A 3RRHA 1SS6A 3QFUA 3CCEN 4BRLA 3FE1A 1JXBA 3TANA 5FPDA 5AQWA 2CH5A 4K42A 4F3TA 4LC9B 1RBSA 1RT3A 4CD3A 5M1FA 1RTIA 2NNWA 5EX5A 4CF9A 1XHZA 4EP5A 4O5BA 5M1OA 1HYSA 2O8BB 2RE2A 4M3TA 4JHDA 2G8WA 3LDOA 4BRAA 1ILYA 2UXBK 4KRFA 2EHGA 4XH1A 3OBYA 2AJQA 5CHIA 1K8AO 1RTJA 4HUGA 1B9FA 2HHXA 1NK7A 1JLCA 3ULEA 4FJKA 4WE1A 2YHXA 2HHQA 4B9VA 2QKKA 2KFZA 1YVUA 1YF5L 5GINA 3CFRA 2HBMA 3NDKA 3NFAA 3LM9A 1BA0A 5KGWA 3O5BA 4CEQA 1S9GA 3B8AX 3HJFA 1YT3A 3QEVA 1CXQA 5EY4A 2XHBA 3VENA 3L3VA 4DB3A 2VWKA 3EE8A 4FOEA 4FWRA 2Q1NA 4ILGB 4RW8A 4JYAK 3TU5A 1TAQA 1WOQA 1D5AA 4EHTA 3NH0A 1RDCA 1BCOA 1DGKN 5GAEP 2LSNA 2NUBA 1WBBA 4KB0A 2HHWA 5BR9A 1T6CA 4KAZA 3SUPA 5C10A 3NE6A 4EZ9A 3MN9A 1XC9A 2VQEK 4M7YA 3SMPA 4HUFA 1VSHA 5M1KA 3KD5E 2XY5A 1T6DA 4JKAA 5EU7A 4CJTA 3P38A 3F9MA 4ISFA 4JEPA 4FXDA 4E1JA 1I39A 1X9JA 2Q36A 4BRGA 3KLHA 1A5WA 5AQOA 3ITHA 1HKGA 3ZSVA 4H5WA 4H5RA 2YNIA 4CGIA 3L2RA 1QE1A 1ESVA 3QBWA 4FZZA 1EP4A 3K59A 3DXMA 1KLMA 2QKBA 3VTIA 1QSSA 4JK8A 3V1RA 5AQQA 4HCCA 2YV0X 5BPLA 3WEEB 4MDAA 5AQXA 4C8KA 3OS1A 1S72N 4IEEA 3LANA 4RTFD 2RKIA 3BDPA 3KK2A 2QXFA 4KREA 1UAXA 2BH1A 4CZEA 3BGRA 1HNWK 3O3FA 3LALA 1TVRA 5C42A 1KFSA 2CH6A 4O8KA 1LWCA 2O8FB 2PZSA 1K9MO 1K6YA 4DLEA 3VF2A 3OJUA 1JL1A 3N4PA 3KWIA 3MN5A 4O8UA 4DV5K 2HB5A 3CFOA 4NCAA 2Z1HA 3KLFA 4B3OA 5BR8K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CGL A;  4CFC A;  4CHP A;  4LH4 A;  1NGH A;  3TTC A;  4GV3 A;  1S1W A;  1S1V A;  4PQU A;  4GV9 A;  4DR4 K;  3UB5 A;  4KV8 A;  4IZ9 A;  2D0C A;  1VQK N;  3WNF A;  1HNX K;  3ZET B;  4B1Z A;  2GUI A;  5KPT A;  1REV A;  4JI1 K;  3VQ5 A;  2G8U A;  4DR3 K;  1NGD A;  4R5P A;  1XMO K;  2BTF A;  2FBX A;  3AVG A;  4BQZ A;  3I0S A;  5LL6 Z;  2DY4 A;  2HNY A;  4B3T K;  3CCR N;  3VQ7 A;  4H0P A;  5AQJ A;  1VQO N;  3O9U A;  1X9S A;  1SZ2 A;  4AHS A;  4CHO A;  4DQQ A;  4LF4 K;  2XRI A;  1K73 O;  3MED A;  1ZYQ A;  5JS2 A;  4CIF A;  3NGZ A;  3TAP A;  4F2S A;  3HPH A;  1C1B A;  2UXC K;  3VTH A;  1SAZ A;  4GVE A;  4DTR A;  1VAZ A;  3P83 D;  1BIS A;  4DQI A;  2KZM A;  3VQ9 A;  4CHY A;  2O8B A;  4FPB A;  3AVC A;  3RR8 A;  2D1K A;  5BN8 A;  4YHH K;  1VHX A;  3AGR A;  2G8K A;  2G8H A;  3T3F A;  4B1W B;  2P9K B;  4W5Q A;  3O4W A;  3KHY A;  1J5O A;  2D0P A;  1E3M A;  1NMD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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