2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Plasmodium falciparum
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
1SQKA 3JS6A 1X3MA 3H1VX 3A5NC 3L0QA 2I7PA 3LM2A 5JICA 3CETA 5BN8A 2QM1A 3B8AX 4H5RA 4WQ5C 3WXKA 2OANA 5AQPA 4NB4A 3VENA 4MLEA 1NGGA 3KVGA 5ELZA 1ATNA 3U9ZA 2H3GX 4FWNA 2A40A 2FSNA 4MLHA 3HZ6A 3SK3A 4BGAA 3O08A 3F9MA 4HTLA 4A62A 3OHRA 4XH1A 5AQVA 1E4GT 4FWMA 4BROA 3O4WA 2FSKA 4BQZA 4FWRA 3SJHA 5AQLA 5AFUH 4CZLA 3M6GA 4M63C 2QWPA 3CIPA 1X9JA 4CD1A 5AZIA 3MN7A 3EKUA 3O1BA 4FPBA 3VF4A 5AR0A 3GDQA 4B1ZA 2YHYA 4B9QA 2E2OA 4HWIA 3EN9A 2V51B 1K8KA 2J4RA 4A2AA 3ULEB 2E20A 5AZJB 1YVNA 3H3OB 3BF3A 5BREA 1DEJA 4CZMA 1CZAN 3EL2A 1QQMA 1NGBA 2F9TA 2AP1A 3UKUB 3DXKA 5AQOA 4H03B 3I8BA 3HTVA 4C23A 5AQQA 4B1YB 2BUPA 1DKGD 2A6AA 4I6MA 4CZKA 5EXWA 3LDPA 4QS7A 3D2EA 3FLCO 5AQXA 3IMXA 3LDOA 3QMLA 3CJ7A 4CBUA 2IIRA 3ENOA 1HLUA 5BPNA 4BR4A 3SMSA 2P9IB 2D1KA 4FWKA 3GBTA 4E1JA 4XH5A 4F9OA 3GOIA 2YI1A 3CERA 3MK6A 1T44A 2A41A 3VEWA 4CI6A 3WEEB 5JLFA 2P9SB 4H0XB 2D0OA 3ATVA 2A3ZA 1Q18A 4BVOA 1Y64A 1BWFO 3QBWA 1GLLO 4DQ8A 2CGKA 2GUPA 3O5BA 3QFPA 1ATRA 3L6QA 4O8KA 3CJ9A 3O80A 1ZXOA 4NO7A 4BRPA 2I7NA 4IXCA 4JNEA 4BRNA 2YJEA 4Y0WA 2Q2RA 3FE1A 4RTFD 5KPRA 4BR9A 3VGLA 4K42A 2E88A 4BRAA 3MDQA 3C0BA 4H5WA 4A61A 4CJ7A 4WYBA 2E8AA 1HX1A 3WUHA 1BA0A 2GWKA 3MN5A 2GEMA 3WQUA 3WQTA 1NGCA 1GLBG 5BR9A 3MN9A 4K25A 2E1YA 3FZLA 2ZGYA 3ULEA 1RGIA 5AZJA 1JCFA 3DXMB 3EZWA 1NGEA 3G25A 2Q1NA 3LDLA 5BRDA 5I9EB 3UKUA 2QW9A 4YDUA 2GTDA 1DGKN 2W40A 4RCHA 5AQTA 2YJFA 3ZEUB 4BGBA 1YUWA 2FF3B 4H0TB 2Q0UA 4BRLA 4PL7A 4BG8A 3VEXA 3DWLA 2YHWA 4WQ4A 3VGKA 3SLCA 1R59O 4BRQA 2A5XA 2P9IA 4BQLA 3EO3A 2YHXA 3R9PA 3VETA 5BPMA 2ZWHA 2CGLA 1QQNA 3GL1A 3WEEA 2P9SA 3EKSA 4XEIA 5E84A 4H5VA 3HI0A 2QWQA 1XC3A 4JD2A 1MWMA 4MO5A 1GLAG 3QBXA 1H1VA 3CJBA 1E4FT 1LOTB 3VESA 4B1WB 4B1VA 3FZFA 5EVZA 1BU6O 3MCPA 1GLJO 3O8MA 2HF4A 3BUZB 3HM8A 2Q36A 2IVNA 3VEZA 5JLHA 1TYQA 2GELA 4FOIA 2GWJA 2IVOA 3ID8A 4Z94A 3RSEB 3VEOA 2FF6A 4ISFA 5AFUA 4J8FA 1BO5O 1HUXA 4H0VB 4BVPA 2QWRA 4EHTA 1SZ2A 4BRKA 1GLFO 5EY4A 3O6WA 3MMVA 4BC4A 5JMVA 4PKGA 4KBOA 3JXUA 3VGMA 3DXMA 1YXQA 2FLOA 3U9DA 2KHOA 2W41A 4GNIA 2P9LA 2P9PA 4IJAA 3W0LA 1V4TA 3H6EA 2QWOA 3ZEUA 2V52B 1HKBA 1U6ZA 2DPNA 3CHWA 1SAZA 3VPZA 4JHDB 3SMPA 4M7YA 4CZJA 5EOYA 5AQYA 2CGJA 2BTFA 5AQNA 4BC2A 1NGDA 1Z05A 1MWKA 2E2QA 3U8XA 2QWLA 4XH4A 5AQKA 4JD2B 3R6MA 3KHYA 3U4LA 4FOEA 5AQMA 1NGHA 5BN9A 1NGJA 1IG8A 1WUAA 2HOEA 3BEXA 2EWSA 5KQ8A 4WQ5A 3AAPA 1ZC6A 1C0FA 4IZ9A 4B1UB 4CZFA 1TYQB 4K43A 3HBTA 4FWOA 3QICA 3A0IX 5AQIA 3QFUA 1QQOA 1ESVA 5ADXH 4CZGA 1BUPA 2ZF5O 3FZMA 5AQUA 1V4SA 1T6CA 3ZETB 4BRCA 3D2FA 2E2PA 3WXLA 1QZ6A 3RSEA 1XQSC 2QXLA 5FPEA 5AQGA 4BR5A 4ISGA 4EFHA 4AM6A 3AARA 4CZIA 5KPTA 3LDNA 1QHAA 4BC3A 1NGFA 4QS9A 4CZEA 2FSJA 2UYTA 2P9LB 2P9PB 1WOQA 2WUSA 1X3NA 1BDGA 5AQWA 4FWLA 2CH5A 5F1XA 2NZTA 4EIAA 4BRGA 3UKRB 3CJAA 1GLEG 2P9UB 3ZX2A 5FPDA 3TU5A 2V7YA 4MO4A 1GLDG 1HKCA 2FXUA 4FWPA 1RFQA 3ZX3A 4BG9A 4IO8A 1XUPO 4LC9B 4JHDA 1BG3A 1MDUB 3A5MC 4JN4A 3A8YA 4CD3A 4BR0A 2D4WA 2Q97A 1KXPA 4BRFA 3UE5A 1S3XA 4IJNA 4BRMA 1KAYA 3CJ1A 2PAVA 4H5TA 3FZHA 3H46O 4BRDA 4L3QA 2D0PA 5FPNA 4H5NA 5KQDA 4B1XB 3MN6A 2ZGZA 5AQHA 4FWQA 4AM7A 3FGUA 2NLXA 4H0YB 3A5LC 4FWSA 2NRHA 5FPMA 5B8HA 3A5OC 4EAHD 1IJJA 2CH6A 5AQFA 1HKGA 3IDHA 4EHUA 5AQRA 3ZX0A 3D2FB 3UB5A 1NGIA 3J8AA 4DCHA 3LM9A 1D4XA 2A42A 1ZBSA 3C7NB 4CBWA 2ASMA 5AQZA 4FL9A 3ZETA 1NWKA 4FPAA 4BR2A 5BRFA 3DJCA 4FSVA 1BA1A 1G99A 2YCHA 5F0XA 3I33A 2F9WA 3VERA 1KAZA 4BR7A 1LCUA 2E1ZA 2AA4A 1KAXA 3W3DA 2P9NB 5LY3A 1U2VB 5CE3A 4YDUC 1Z6RA 3VF2A 3AAQA 4O5FA 4PKHA 5LJVA 3S41A 3FR0A 1T6DA 2P9KB 2QWNA 2VCPA 3BP8A 1NBWA 2Q0RA 3H3NO 4PL8A 3CQXA 3CI5A 5TKYA 2HMPA 3UKRA 3WXJA 4JAXA 5BRHA 2P9UA 4WQ4C 3WT0A 1YAGA 3GE1A 3WXIA 4CBXA 5EX5A 2V7ZA 1TUYA 3QDKA 3VEVA 5LJWA 2E2NA 1TUUA 3CJCA 1C0GA 3VEYA 2Q31A 2VYPA 3DAWA 3ENHA 2ASPA 1JCGA 3M3ZA 3L4IA 4RWTA 3H45C 3LDQA 1QZ5A 3LL3A 2ITMA 3HSCA 3KZBA 5AQSA 5AQJA 2VWBA 3BF1A 3VOVA 1NLVA 1J6ZA 3FZKA 1GLCG 1OKJA 4BRIA 4H0OA 4BC5A 1BOTO 4CZHA 4A2BA 3TPQA 4DB3A 3C7NA 5BPLA 3FFKB 5E26A 3H1QA 5KPZA 3IUCA 5AZIB 1EQYA 4BRHA 2QWMA 1NGAA 2ASOA 4FO0A 5ADXA 3M1FA 3AY9A 1JCEA 3ATUA 4K41A 3VF6A 4H0PA 2PBDA 4PKIA 2IVPA 1HJOA 2HF3A 2P9NA 5F2RA 1U2VA 1K8KB 4GY2B 4QS8A 1NMDA 3D7EO 3DXKB 4DHYA 2P9KA 4IWVA 4M7XA 3QB0A 1NM1A 1S22A 3CQYA 1ATSA 4I6MB 1HPMA 1P8ZA 3R8EA 4ISEA 1RDWX 3GG4A 1MA9B 3D2EB 3IFRA 3P4IA 3O1WA 4BREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SQKA 3VMFB 3A5NC 2O8CA 4CF0A 3NGYA 3KK1A 5HRRA 4CFAA 5BN8A 4B9LA 2QM1A 2HHQA 3ID6A 3WXKA 5JVGL 1RT1A 4A5BA 3KVGA 1WAJA 3RTVA 3L3VA 3U9ZA 3TAFA 4DTUA 3F9MA 1RT6A 1VQ6N 4XH1A 1E4GT 1XWLA 4FWMA 4BROA 4DTOA 1NJXA 3RR8A 2HHVA 5AQLA 3THXB 4DR4K 4M63C 5LL6Z 3CIPA 1CXQA 3O1BA 1CZBA 5C10A 1RBUA 2D0AA 3ENBA 2YHYA 2E2OA 3OS1A 4HWIA 4A2AA 4FJGA 3KLEA 3H3OB 3QIOA 3ZT3A 1DEJA 4CZMA 3CM5A 1CZAN 3THYB 3F5TA 2HNZA 3HYFA 3OYBA 4C23A 3P31A 5AQQA 3L3UA 2KFZA 2A6AA 3DLBA 2HHTA 2FBYA 1WNSA 1SS6A 5EXWA 1SL0A 1YJ9N 3HOSA 4GW6A 4BACA 3FLCO 3QEWA 3IMXA 1K9MO 3E9OA 3CCEN 3SMSA 5KI6A 3VQ4A 1IG9A 4E1JA 3GOIA 2YI1A 3MK6A 4DMNA 1VQNN 1O1WA 4DV1K 2P9SB 4H0XB 4KB0A 4BVOA 5J2PA 3QBWA 4B9UA 4OO1J 3I0SA 1HYVA 3KLHA 4KV8A 1VSKA 1BL3A 4O8KA 3DRSA 3ZSWA 1CLQA 1ZXOA 4NO7A 4BRPA 3M8QA 4JNEA 4BRNA 1BISA 2Q2RA 3NVKA 5KPRA 3VGLA 3HPGA 4K42A 4DTRA 4CGHA 4M3TA 4KHUA 4CJ7A 4LF6K 4DR6K 1UWBA 2E8AA 1HMVA 2DFFA 1RDCA 2GWKA 2GEMA 4WFAL 3WQTA 4JS5A 3QNOA 4PUOA 3ZT1A 4JRPA 1OH5A 5BR9A 3MN9A 4RW9A 4CF1A 2VGMA 2NUBA 1REVA 5AZJA 3DXMB 3NF8A 4CIGA 3G25A 1WSFA 4IDKA 1RDBA 3LDLA 1DT9A 4O5BA 3UKUA 4HVJA 4CGJA 2QW9A 1UOCA 5FROA 4CCHA 4BGBA 5HOOA 4CGDA 4WCEL 4JK9A 5FRNA 1JJ2M 1JL2A 2FF3B 4DTPA 2Q0UA 4DSIA 4M3WA 4PL7A 1C1CA 4AHRA 4DLEA 3DWLA 4IG3A 4WQ4A 4ILJA 2RHKA 1J54A 4BRQA 3CC4N 5J1EA 3U3YA 3GL1A 3WEEA 3EKSA 3CCLN 4XEIA 1VSLA 4FM2A 1S6QA 4H5VA 4KRFA 3M8SA 3ZT0A 5BR8K 1TKZA 4B1VA 2QA4N 1TL1A 3MCPA 3O8MA 3BUZB 4RW8A 3CPEA 3KWIA 3CQ8A 3AA3A 2O8FB 2GELA 1I3AA 3ID8A 4Z94A 1NK6A 4ELVA 3RSEB 4LFBK 2FF6A 3NH1A 3S3NA 4ISFA 3AGRA 3ZSXA 4HUFA 5AFUA 1SKSA 1HUXA 1KSPA 2QWRA 4M3YA 3MECA 4BC4A 4I9QA 1YXQA 2OZSA 4KPYA 2Z1JA 1JKHA 4GNIA 4JKBA 4IJAA 3LP3A 1V4TA 5D3GA 1S1TA 3ZEUA 4FLUA 1FW6A 1U6ZA 1WBDA 4JKGA 3HVRA 2UXDK 4JHDB 3KLFA 2CGJA 5JS2A 1MWKA 2E2QA 3E9PA 2G8UA 3OYCA 4K8ZA 3VTHA 4GKKK 3KHYA 4LH5A 1D8YA 4FOEA 4KHPK 5AQMA 2O8EB 5BN9A 1IG8A 1Q8IA 1WUAA 2ZJQL 1VSIA 4NXNK 2WOMA 3L2WA 1IBKK 4YOUA 1C0FA 4FLVA 3V9SA 2E5LK 1TYQB 1WAFA 3QICA 5AQIA 2O8DB 1ITGA 3C6TA 5ADXH 3DRRA 4C8MA 2IOCA 5AJ3K 3QEIA 4AHCA 3WXLA 1QZ6A 3VQ9A 1XQSC 1Q86O 1MU2A 4EFHA 1ZYQA 1SKRA 1YVUA 1QSSA 4DS4A 1QHAA 4BC3A 4BDPA 1EP4A 1NJIO 1A5XA 4JKAA 4FZYA 5HBMA 3PLAA 2P9LB 2P9PB 1X3NA 4M3ZA 1NK9A 1VRUA 1BDGA 4R5PA 4HUEA 2B4JA 3KK7A 4MQ3A 1X1PA 1Z26A 3F73A 3AVGA 3K5LA 4NCGA 4LF9K 4DQRA 2X78A 2X6NA 2QI2A 4JEPA 2FXUA 1HKCA 4Y1DA 2NRZA 2X74A 2OTLN 2HBJA 4BR0A 4I2QA 4CVNE 5IT9O 4H4OA 3CMEN 1KAYA 4I7FA 3HJFA 3CJ1A 4YOVA 1KVCA 3AO3A 3FZHA 4L3QA 3OW2M 4IEIA 4H5NA 4FZXC 4IKFA 2G8KA 4FK2A 3TAMA 3JSMA 4KHYA 2NLXA 5B8HA 2AJQA 3A5OC 4JLHA 3RMBA 3BGRA 1IJJA 3IDHA 3CCSN 3SV3A 1OH8A 3D2FB 4ILGB 2BGGA 3LAKA 4JI4K 1D4XA 3C6HA 1IBLK 1ZBSA 3C7NB 4YOWA 3OTOK 2ASMA 2Z1HA 4FSVA 3SAGA 4LH4A 1OH7A 1SUQA 4DSJA 4CGFA 5LY3A 5CE3A 3ZLJA 3VF2A 3AAQA 3RRGA 3QINA 4DFPA 2P9KB 3BP8A 4FW1A 3HL8A 5SZTA 1HQUA 4AHUA 4PL8A 3C6UA 2ATQA 3QERA 2HMPA 3WXJA 1C0MA 3MWPA 1TAUA 1YAGA 2O8BA 3GE1A 1S9EA 4FJJA 4CESA 2O8CB 3VEVA 4WFNL 3WNEA 1T03A 1TUUA 4OKJA 2P5GA 1IV0A 2IC3A 4E1MA 2UXCK 2UU9K 5JS1A 3PIOL 4ZTFA 1JCGA 5I42A 3L4IA 4M42A 1LWCA 2RPIA 1IKWA 4KHNA 3L2VA 1NOYA 1BIZA 5AQSA 3S3MA 2HMIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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