2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
molecule tags Transferase
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
5BPLA 4BROA 1GLJO 4EHUA 4RCHA 3KVGA 4H5RA 1TYQB 3A0IX 3ZETA 5EVZA 3WEEA 3KHYA 4BR4A 3EL2A 3FE1A 3FLCO 2QWPA 3ID8A 4GY2B 4CZFA 4MO5A 4WQ5A 1XC3A 3HBTA 4CBWA 3GG4A 5AQTA 3VEXA 1TYQA 2A40A 3CJBA 5LY3A 4DHYA 1MWKA 1HJOA 3W3DA 3VESA 4ISGA 3O4WA 2PAVA 2ZGZA 4O8KA 4FWRA 1CZAN 4ISEA 3RSEB 2V51B 2VCPA 5JMVA 4FWNA 4BRDA 4H5NA 3VERA 5AQIA 4YDUC 4EFHA 4JD2B 3LL3A 3H3NO 3UKRB 3LDOA 3W0LA 4BR5A 4B1VA 1GLFO 2ASMA 5ADXH 1HX1A 5EOYA 2E1YA 1GLAG 1MWMA 1BU6O 2Q0RA 3RSEA 1V4TA 3BF1A 2A41A 1S3XA 2YHYA 3QICA 4MLEA 4E1JA 5BR9A 3C7NB 3UE5A 3GL1A 4JD2A 1V4SA 2AP1A 2D1KA 5AQHA 5AQXA 3UKRA 1OKJA 2CGLA 4FL9A 1QQOA 4BRQA 4CBUA 3QB0A 5KPTA 1Y64A 4JN4A 1BDGA 4H03B 4IXCA 4PKGA 2ITMA 1GLEG 5AQSA 2A5XA 5JLFA 3FR0A 4PL7A 2BUPA 4CZMA 2GELA 1DKGD 3A8YA 3C7NA 4FWSA 3J8AA 2YJFA 3AAPA 1KAXA 3EO3A 3EKUA 4AM6A 4IJNA 1LCUA 2FLOA 5BN9A 4BRGA 3B8AX 2IIRA 1KAZA 3GDQA 3AAQA 5AQVA 4H0PA 1K8KB 2GWJA 4MLHA 3ZX0A 4BC3A 3VPZA 3LDQA 5AZJB 5BREA 3CIPA 1ESVA 1Q18A 2I7NA 4B1UB 2BTFA 5KPZA 3WXJA 2V52B 1TUUA 5BPMA 1GLCG 4FWMA 1HKGA 2NRHA 3MN6A 4QS9A 2QWQA 2FF6A 4WQ4C 3LM9A 2QWOA 5AR0A 3VOVA 2GWKA 1Z05A 3H3OB 4BVOA 5AZJA 5BPNA 1HLUA 5AQKA 1S22A 3M3ZA 1NGIA 4HWIA 4FWLA 3A5MC 3I8BA 4PKHA 3LDNA 1NM1A 5FPMA 4H5VA 2E88A 1NGCA 1J6ZA 5AFUH 3L6QA 4IO8A 1SZ2A 2FSJA 2D4WA 1JCEA 2E1ZA 3CQXA 4WQ4A 3O08A 4EAHD 2HOEA 1T6CA 3CJCA 3VGMA 2UYTA 4MO4A 3WT0A 3WQUA 2E2NA 4H0TB 4K25A 3R6MA 3D2EB 1YVNA 4BQLA 2FF3B 2E8AA 4DCHA 4IWVA 2ASOA 3I33A 4FWPA 4BRCA 5BN8A 2Q2RA 4EHTA 4M63C 1U6ZA 3HZ6A 3DJCA 3D2EA 2D0PA 4M7XA 4CBXA 4ISFA 5F1XA 3U8XA 2W41A 3R9PA 3U9DA 3DXMB 4XEIA 1KAYA 2E2PA 1QZ6A 4BG8A 4BGAA 3UKUA 2E2QA 3O80A 5AFUA 5BRHA 1NLVA 3FZMA 5FPNA 5FPDA 4IJAA 2P9PB 5B8HA 4BC5A 2PBDA 2IVNA 3DXMA 1DGKN 5AQLA 4BR0A 1JCGA 3LDPA 1TUYA 2F9WA 2FSNA 4BC2A 1YAGA 2YJEA 2E20A 3GOIA 4CI6A 2P9PA 2V7YA 5AQGA 3ZX2A 1MDUB 2ASPA 4CJ7A 4I6MB 3H6EA 1HKBA 5E26A 4A2AA 1QHAA 4CZLA 3HSCA 2QWRA 3QFPA 5FPEA 4F9OA 4YDUA 3EN9A 1YXQA 1NGJA 3M6GA 3VEOA 3HI0A 5EY4A 3VEYA 1BUPA 3A5OC 1EQYA 2P9UB 4I6MA 5LJVA 1E4GT 2IVPA 2CH5A 4FOEA 4BREA 3TPQA 3LM2A 1WUAA 1ATRA 4H5TA 3O1BA 1IG8A 4K41A 4GNIA 2NLXA 2P9UA 4BQZA 2DPNA 1T6DA 5JICA 1NGAA 4AM7A 3CJ1A 3CETA 5JLHA 5EXWA 3IFRA 3FZKA 5AQFA 5F0XA 2HF3A 1XUPO 3ULEB 1D4XA 3MN7A 1GLBG 3CJ9A 4NO7A 1HPMA 5AQWA 3ATVA 4L3QA 3DAWA 4B9QA 3WUHA 5AQQA 2A6AA 3TU5A 2FXUA 1LOTB 3ULEA 2P9LB 1HUXA 4FO0A 1HKCA 4O5FA 1C0FA 5AQRA 3IUCA 3EZWA 3OHRA 3FGUA 4JAXA 2YHXA 4FPBA 1ATNA 3VETA 1BOTO 1KXPA 2Q1NA 4BR2A 3LDLA 2I7PA 3MK6A 4CZKA 4CZIA 3JXUA 3ZX3A 1NGEA 3GE1A 4CZHA 4PL8A 3CHWA 5EX5A 2P9LA 5AZIB 4BR9A 4KBOA 4Y0WA 3UB5A 5AQPA 1C0GA 3BEXA 2HF4A 4JNEA 3MDQA 1ATSA 4BVPA 1NMDA 5AQZA 5BRFA 3EKSA 4BRAA 5ELZA 1U2VB 1ZXOA 3VF6A 3ENOA 4FWOA 3H1VX 5F2RA 5AZIA 3VENA 3AY9A 4H0YB 2FSKA 4RWTA 2D0OA 3FZHA 3L4IA 3UKUB 5KQ8A 3H46O 3D7EO 5BRDA 1BA0A 4BRKA 3HTVA 3SMSA 1U2VA 5E84A 3R8EA 4H5WA 1NGFA 4DQ8A 3O1WA 4BRIA 1NGBA 3H45C 4FOIA 3P4IA 1BA1A 5LJWA 2IVOA 4K43A 3F9MA 2QM1A 2CGKA 2YCHA 4LC9B 2VWBA 3VGKA 2CGJA 1YUWA 5AQUA 3FFKB 3MMVA 4WQ5C 4FSVA 2H3GX 3U4LA 3ATUA 1QZ5A 2KHOA 4QS7A 1NGDA 5CE3A 5KQDA 1GLLO 2A42A 3O6WA 3AARA 2Q36A 4K42A 4M7YA 2GUPA 3O8MA 4JHDB 4A62A 3A5LC 3MN9A 4DB3A 5TKYA 4H0VB 2P9IB 2GEMA 3SJHA 3D2FB 3L0QA 5AQMA 4BC4A 4EIAA 1ZC6A 2J4RA 4RTFD 4XH4A 2HMPA 1E4FT 2NZTA 3O5BA 4BGBA 4JHDA 3WXLA 1BWFO 1G99A 1GLDG 3MN5A 4Z94A 3A5NC 1X3MA 2P9IA 2QW9A 2VYPA 3IDHA 3DXKB 3VEVA 3D2FA 3BP8A 3DWLA 3GBTA 1RGIA 2P9KB 2CH6A 4CD3A 2GTDA 5AQJA 1MA9B 2F9TA 3VF4A 1Z6RA 3M1FA 1DEJA 4QS8A 3DXKA 4BG9A 4BRLA 4CZEA 4FWQA 3ENHA 3CI5A 1T44A 3G25A 1NWKA 3QBXA 2P9KA 4BRNA 2W40A 2E2OA 2P9NB 4B1ZA 4BRHA 3S41A 3WXIA 2AA4A 3QFUA 1WOQA 3FZFA 1JCFA 4BRMA 2QWMA 1H1VA 4XH5A 1NGHA 4IZ9A 2P9NA 3C0BA 1RDWX 1RFQA 1ZBSA 2OANA 3CJ7A 2P9SB 3QBWA 4BR7A 4WYBA 3H1QA 3BF3A 1R59O 3VEZA 4J8FA 1QQNA 3HM8A 5ADXA 4B1WB 1BO5O 2Q97A 5I9EB 1XQSC 2V7ZA 1SQKA 3QMLA 3SLCA 4BRPA 2ZF5O 2Q0UA 3SK3A 5AQYA 1X3NA 3QDKA 4A61A 2P9SA 2ZWHA 1K8KA 2YHWA 4BRFA 3ZEUB 1P8ZA 4H0OA 4XH1A 4C23A 5AQOA 1X9JA 2ZGYA 2WUSA 3VF2A 3CERA 4FPAA 1SAZA 4NB4A 4A2BA 1BG3A 1IJJA 3BUZB 4PKIA 4CZGA 2QWLA 3KZBA 5AQNA 2Q31A 2A3ZA 3SMPA 2EWSA 3ZEUA 4CZJA 4B1XB 3CQYA 4FWKA 3VEWA 4H0XB 3JS6A 3WXKA 5KPRA 2YI1A 3CJAA 1NGGA 3FZLA 2QWNA 4HTLA 4B1YB 4CD1A 3VGLA 3ZETB 3WQTA 3MCPA 3WEEB 2QXLA 1QQMA 1NBWA 3IMXA 3U9ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WE1A 5BPLA 4X64K 3TABA 4CE9A 2BDPA 2VWJA 1FW6A 5AJ3K 4B3TK 4CJVA 4JK9A 3WEEA 3KHYA 4CGDA 5CZ1A 1OH8A 3L2RA 4KH4A 4DFKA 1RBSA 1VSDA 3FE1A 3V9SA 4FJGA 4CZFA 1XC3A 3GG4A 3SV4A 3JYTA 4X62K 1DLOA 4DU4A 3CJBA 5LY3A 1HJOA 3VESA 1VQMN 3E9OA 2ZGZA 4FWRA 2OPSA 1W9HA 4M41A 2JLEA 3HM9A 3K5LA 1VSLA 4H5NA 1O13A 4JD2B 4FJLA 2OA8A 5HRSA 4FJHA 3TI0A 3LDOA 1GLFO 4HUGA 3NGYA 5EOYA 3G10A 1BU6O 5I3UA 4EZ9A 1V4TA 1QHTA 4OKEA 4MLEA 2HHUA 4JD2A 5AQXA 2AP1A 2D1KA 5AQHA 2XY8A 5FLXO 4FL9A 4J2EA 4BRQA 4M3WA 4PKGA 2ITMA 1L5UA 4Z0UA 4DF4A 3FR0A 1LWEA 1F21A 2GELA 3HYFA 1W0HA 4FWSA 1RT6A 4CFDA 1KAXA 3DLGA 3SJJA 4DUZK 4O0IA 2FLOA 4BRGA 3B8AX 4IKFA 4I9LA 1KVCA 4DMNA 2G8FA 1RBUA 1WAJA 4FK2A 4JKDA 2BTFA 4IFYA 4FZZA 4B9NA 1TUUA 3QEWA 1GLCG 4FWMA 2NRHA 3HP9A 2QWQA 4FW2A 3N4QA 4BVOA 1X9SA 4V19S 4C8OA 1HLUA 4CJKA 1OVYA 4FLZA 1NGIA 4HWIA 3OW2M 3O4QA 3I8BA 4FJ9A 1YTUA 5FPMA 4DTMA 3CXCM 1WN7A 2D4WA 2WFBA 1T3VA 3I8DA 2P51A 1XMOK 1YF5L 4QOZB 3VGMA 3S3OA 4YNQA 4PA1A 3ULDA 1VQ7N 4DR4K 1WSHA 1KRPA 3L3VA 3KLHA 1HYSA 4DCHA 4IWVA 2ASOA 3I33A 4FWPA 2UU9K 1VQ4N 1QVGM 5C25A 3LP3A 4JI4K 1U47A 4M63C 4FJKA 2G8WA 4FLYA 1VRUA 4C1NK 4MFBA 4R5PA 3U8XA 3U9DA 2UUAK 1KLNA 3DXMB 4XEIA 3OYKA 4J2BA 2E2PA 4KV8A 4IG0A 3UKUA 3G71N 3ZSYA 4I2PA 2VG6A 3MWPA 5FPNA 3KWGA 1GOBA 5B8HA 3VQ9A 5HLFA 1WBBA 3DXMA 1DGKN 4B9MA 2DTUA 3HRGA 2F8SA 4M3TA 4JI5K 4KKOA 3VQEA 4CI6A 3ZX2A 4I7FA 1BGXT 4JI2K 1E3MA 3HSCA 3SBTA 2QWRA 3LAMA 3QFPA 1C1CA 4CEAA 2KKZA 4F9OA 3EN9A 3HVTA 2W42A 3OS0A 3VQ5A 4KO0A 3OYMA 2ETJA 4JEPA 2Q3SA 3K5OA 2CH5A 3NAEA 4FOEA 4BREA 3DM2A 1JLGA 4W5TA 4CF9A 3LP1A 1ATRA 1ZBIA 3OS2A 4GNIA 3T1AA 1FKPA 1IBKK 2G8UA 1VQLN 3FZKA 2WOMA 1XUPO 1NK4A 3PO4A 3MN7A 1UAXA 4NO7A 3WNHA 3VN5A 4CEOA 4FJ8A 4N5SA 3ENBA 4DQQA 3TU5A 2JWLA 2P9LB 3AA4A 1HKCA 5KGXA 4CGGA 3OHRA 3EY1A 4H8KA 1UOCA 2QEXN 4I2QA 4FPBA 5FRMA 3VETA 3NH2A 4BR2A 2D5RA 2GBZA 2I7PA 3VA3A 4CZIA 1XHXA 3TARA 3OYLA 1NGEA 4AH9A 4CJEA 1HNIA 1D9DA 2X6NA 3RVCA 4CZHA 3NMUA 2P9LA 5AZIB 1VQKN 4CHOA 4KBOA 3P83D 3UB5A 5AQPA 1BQMA 4NCBA 3K58A 5CHIA 4FJ5A 3C65A 4BRAA 1U2VB 3VF6A 3PX6A 1N36K 4GV9A 4FWOA 3H1VX 3T69A 4IFVA 5AZIA 1XC9A 4CVNE 1RTDA 4RWTA 2D0OA 3O3HA 2VGMA 3D7EO 2HHVA 5BRDA 1BA0A 1BISA 4AHRA 3HTVA 1U2VA 3SQ0A 1NK9A 3CCJN 3ZCMA 4KHUA 4W5QA 4DQ8A 1NGBA 3LAKA 1NOYA 2OPPA 5IT9O 3P4IA 2OPQA 4K43A 1S6QA 3TAPA 1RDUA 4OGEA 1YUWA 3DRSA 4E89A 3MMVA 4WQ5C 1ZYQA 3KD1E 5DM7L 2H3GX 3U4LA 3F2KA 3KIOA 3NGIA 1GLLO 2Z1IA 4BE1A 3HPOA 1VSEA 2RPIA 4K42A 4M7YA 3QESA 3MN9A 1J5OA 4GV6A 3THVA 4M3YA 3T3FA 1WNSA 1IO2A 1LAVA 2FBXA 4JI3K 3SQ1A 3O5BA 4CIFA 1GLDG 2QW9A 3V1QA 3I55N 4FJNA 3DXKB 3B6OA 3VEVA 3DWLA 4NXMK 4ELTA 4E3SA 1RGIA 3ZSZA 1VHXA 1NK0A 2F9TA 1FXXA 3DXKA 4BG9A 3QERA 4DKWA 4O8UA 1TGOA 3G25A 4OPJA 3QBXA 1YJNN 2XY5A 4CGHA 5M1NA 3CCQN 4BRHA 4E0DA 2KW4A 1NMNA 3AVLA 1WOQA 3FZFA 2BANA 2DFEA 1T8EA 2QWMA 4BDZA 1Y97A 1SKWA 3P1GA 4O0JA 3U3YA 2G8IA 1RFQA 3TTDA 4PQUA 2LSNA 4YOTA 2RKIA 2P9SB 3QBWA 4BR7A 2PFUA 4WYBA 4X66K 4BDYA 3LPUA 1R59O 4B9VA 2O8EB 3VEZA 1IBLK 3AGKA 1BO5O 2VQFK 2V7ZA 1SQKA 3T1YK 3PX4A 3NVKA 4BRPA 2ZF5O 4JS4A 4DQSA 3SK3A 1LAWA 5AQYA 1X3NA 3QDKA 4CJ3A 2P9SA 2XHBA 2O8EA 3CQ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BPL A;  4BRO A;  1GLJ O;  4EHU A;  4RCH A;  3KVG A;  4H5R A;  1TYQ B;  3A0I X;  3ZET A;  5EVZ A;  3WEE A;  3KHY A;  4BR4 A;  3EL2 A;  3FE1 A;  3FLC O;  2QWP A;  3ID8 A;  4GY2 B;  4CZF A;  4MO5 A;  4WQ5 A;  1XC3 A;  3HBT A;  4CBW A;  3GG4 A;  5AQT A;  3VEX A;  1TYQ A;  2A40 A;  3CJB A;  5LY3 A;  4DHY A;  1MWK A;  1HJO A;  3W3D A;  3VES A;  4ISG A;  3O4W A;  2PAV A;  2ZGZ A;  4O8K A;  4FWR A;  1CZA N;  4ISE A;  3RSE B;  2V51 B;  2VCP A;  5JMV A;  4FWN A;  4BRD A;  4H5N A;  3VER A;  5AQI A;  4YDU C;  4EFH A;  4JD2 B;  3LL3 A;  3H3N O;  3UKR B;  3LDO A;  3W0L A;  4BR5 A;  4B1V A;  1GLF O;  2ASM A;  5ADX H;  1HX1 A;  5EOY A;  2E1Y A;  1GLA G;  1MWM A;  1BU6 O;  2Q0R A;  3RSE A;  1V4T A;  3BF1 A;  2A41 A;  1S3X A;  2YHY A;  3QIC A;  4MLE A;  4E1J A;  5BR9 A;  3C7N B;  3UE5 A;  3GL1 A;  4JD2 A;  1V4S A;  2AP1 A;  2D1K A;  5AQH A;  5AQX A;  3UKR A;  1OKJ A;  2CGL A;  4FL9 A;  1QQO A;  4BRQ A;  4CBU A;  3QB0 A;  5KPT A;  1Y64 A;  4JN4 A;  1BDG A;  4H03 B;  4IXC A;  4PKG A;  2ITM A;  1GLE G;  5AQS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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