2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate Kinase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
3FZLA 3C0BA 2E20A 3O4WA 3UKUA 4CI6A 3IFRA 4H5NA 1XUPO 3KVGA 1JCFA 4FWQA 4BROA 3AARA 3G25A 5AQWA 4CZEA 3BF1A 4CBXA 5JMVA 4BG8A 2QWMA 2P9LA 2HF4A 5EOYA 4PL8A 3M3ZA 1DKGD 1ATRA 4M7YA 4E1JA 4FWSA 4EHUA 1SQKA 3EZWA 3GE1A 1HUXA 3EKSA 4JN4A 3ZEUA 2Q0RA 2A6AA 5FPNA 3B8AX 3CERA 3IDHA 2QWLA 1HKBA 1ZXOA 1U2VA 3J8AA 3ZETA 3JS6A 1BO5O 2FLOA 2NLXA 2QWOA 4BGAA 3ZX2A 3DJCA 2FXUA 1GLDG 4H5TA 3H46O 3CETA 3VEVA 2H3GX 3HM8A 4BREA 1NGEA 1X9JA 4C23A 3L6QA 5AZJB 3CQXA 4FOEA 3MN5A 5BREA 2AP1A 4K41A 4BC5A 2D1KA 3H1VX 3ATUA 5AQHA 3U4LA 5AR0A 4M63C 3VF6A 3ENOA 4FO0A 4BRMA 3O1BA 5TKYA 3H45C 1K8KA 5AZIB 2Q1NA 4XH1A 3AAPA 3O80A 4RWTA 2E8AA 4B1UB 2EWSA 4FL9A 3VERA 3CI5A 5AQKA 3R9PA 3CJ1A 3VESA 4BRFA 4ISFA 2IVPA 2P9LB 4F9OA 4DHYA 3U9DA 3O8MA 1CZAN 3UKRB 5JICA 5BRFA 5AQUA 3SJHA 3IUCA 1MDUB 4MLEA 2P9NA 2QM1A 5E26A 1HX1A 1Q18A 3ZX0A 4BGBA 2A3ZA 3I33A 1T6CA 4CD1A 4JHDA 4FWLA 4B1ZA 5BPLA 5LY3A 4ISGA 3BUZB 4O8KA 3P4IA 2ITMA 5AQOA 1ZBSA 3BP8A 1NBWA 3ZETB 4KBOA 1TYQA 4WQ4A 4H0PA 5AQGA 4AM7A 3L0QA 3RSEB 1E4FT 3M6GA 4QS9A 2D4WA 1R59O 4CZGA 4BR9A 4H5VA 3MDQA 2CGJA 3CJ7A 1QHAA 4H03B 3HSCA 1NGHA 1QZ6A 1EQYA 4ISEA 3A5NC 1BA1A 4GY2B 3VEWA 4XH5A 3WXJA 4B1XB 4BRKA 3D2FA 2HMPA 4HWIA 4IJAA 3DWLA 1K8KB 5BPNA 4BR0A 3VEOA 3CJBA 2QXLA 3A0IX 4FWOA 2FF6A 1BU6O 3IMXA 5F0XA 3LL3A 2A42A 2QWRA 2CGLA 4CJ7A 1WUAA 4A61A 1D4XA 5BN9A 5EVZA 1QQOA 4CZLA 2QWQA 4H5WA 4DB3A 1KAYA 3ULEB 1U6ZA 3R8EA 2Q2RA 4NB4A 4WQ5C 3C7NA 3TU5A 3HTVA 3TPQA 5FPDA 3QICA 4BRQA 5F2RA 5AQVA 1DEJA 3I8BA 1GLAG 3RSEA 1C0GA 3FZMA 4H0TB 4FWMA 4H5RA 4FPBA 1HKCA 3EN9A 3S41A 3AY9A 2ASPA 5AQZA 2Q0UA 4IO8A 4IWVA 4FWKA 3MN9A 3CJAA 1ZC6A 1C0FA 3H3OB 3WXIA 5AQXA 3H1QA 2I7PA 4H0YB 2CGKA 2V52B 2A40A 2V7YA 4BRIA 4L3QA 5AQPA 1MWMA 3QDKA 4H0OA 2CH6A 2P9KA 4YDUA 1GLBG 3JXUA 1GLFO 2IVOA 2P9PB 4EIAA 1Z6RA 3WQTA 3WQUA 2YHXA 3WT0A 1YAGA 2GTDA 1NGAA 3VGKA 3O08A 3QMLA 4BRLA 4PL7A 2AA4A 1S22A 1TYQB 4QS7A 3CIPA 5AZIA 1NLVA 3H6EA 4XH4A 3A5LC 1NGCA 4CBWA 4AM6A 3QFUA 4CZHA 2FSJA 1YXQA 5EY4A 4EHTA 4NO7A 2P9UA 3EL2A 1XC3A 2W40A 3DXMB 4BVOA 3MN7A 2HF3A 4BR4A 3AAQA 1DGKN 2UYTA 3FGUA 4IJNA 1SZ2A 2D0OA 1NM1A 2QWPA 2VYPA 1YVNA 5AQTA 2IIRA 1BA0A 3VEXA 2QWNA 4J8FA 2KHOA 3SK3A 1LCUA 3BEXA 4LC9B 4A2BA 4BRCA 4FSVA 5BR9A 3OHRA 1RGIA 5E84A 1SAZA 5AQFA 4BR7A 3VOVA 4BVPA 4O5FA 5JLHA 2YJEA 3LDNA 2BUPA 3A5MC 1NMDA 3MMVA 5JLFA 2FSKA 3D2FB 4BG9A 2A5XA 4PKGA 3VPZA 2YI1A 2IVNA 5KPZA 4EFHA 2D0PA 4BRNA 4MO5A 3VETA 1JCGA 3FZKA 5AQSA 2A41A 3DXKB 3VGLA 4RTFD 1BG3A 3HBTA 2Q31A 4H0XB 1X3MA 4PKIA 3GOIA 1NGFA 4CZIA 3QB0A 1HPMA 3EO3A 5ELZA 4H0VB 3FZFA 2E2PA 5AQQA 1QZ5A 4MLHA 4EAHD 2F9TA 2P9IA 1GLJO 5AZJA 4K43A 1OKJA 1RDWX 2W41A 5CE3A 4B1WB 2ASMA 3D2EA 3GDQA 2GUPA 2F9WA 3L4IA 2ZGZA 4JAXA 2FF3B 1KXPA 4WYBA 1IG8A 2NRHA 5KPRA 1HLUA 1ESVA 3GL1A 2P9IB 1U2VB 3UKRA 3EKUA 3KHYA 1NGJA 2VCPA 2J4RA 1TUUA 4CZKA 3MCPA 1J6ZA 2VWBA 1V4SA 2P9SB 4M7XA 4CZFA 2P9KB 4FWRA 4BRGA 4IZ9A 1ATSA 1BOTO 2V51B 3U8XA 3MN6A 4IXCA 1Z05A 4B9QA 3VEYA 4BR5A 5FPEA 1NGGA 5AQLA 3VGMA 2DPNA 2PAVA 2ZWHA 4Z94A 3W0LA 1MWKA 1QQMA 3UB5A 4JD2A 3O6WA 3WXLA 3UKUB 3QBXA 4I6MA 3WUHA 5FPMA 3DXMA 3D2EB 3O1WA 5I9EB 5LJVA 4BQZA 2V7ZA 4FOIA 5F1XA 1NGBA 2E1YA 2ZGYA 4RCHA 2YJFA 3CHWA 3SMSA 5AQIA 2NZTA 4B1VA 1TUYA 1GLLO 4XEIA 2Q97A 4FWPA 4MO4A 2E88A 1WOQA 2HOEA 2P9PA 3O5BA 1P8ZA 4K25A 2ASOA 4GNIA 5AQYA 5BRDA 2E2OA 3BF3A 4A2AA 3VF2A 4HTLA 1JCEA 3HZ6A 3SMPA 3LDOA 2WUSA 4BC2A 3D7EO 3ENHA 1BDGA 1Y64A 3LDPA 2Q36A 2P9SA 1E4GT 2E1ZA 2YHYA 1KAZA 1NGDA 4JNEA 4CZJA 1BUPA 2PBDA 1QQNA 3WEEA 2GWJA 3LM2A 1XQSC 3DAWA 1GLCG 4CD3A 5EXWA 3FR0A 4DCHA 1LOTB 3CJ9A 4CZMA 3R6MA 3C7NB 4BQLA 5EX5A 2BTFA 2FSNA 3SLCA 3KZBA 2P9UB 3ATVA 4BRDA 5BN8A 5BPMA 1YUWA 4FWNA 3GG4A 2YHWA 1H1VA 1G99A 3CQYA 1NGIA 3ID8A 3LM9A 4A62A 2E2NA 1KAXA 3ZEUB 4PKHA 5BRHA 2E2QA 4JD2B 2OANA 5AFUA 3LDQA 3LDLA 1ATNA 2CH5A 3H3NO 3WXKA 2P9NB 3QFPA 3FE1A 1S3XA 3U9ZA 5LJWA 3WEEB 1BWFO 5AQJA 1GLEG 1HKGA 1T44A 5AQMA 1T6DA 4QS8A 3HI0A 3QBWA 3A5OC 5AQRA 1HJOA 2GEMA 3FZHA 4BRAA 3ZX3A 3FLCO 1IJJA 5ADXA 5KQ8A 1RFQA 4B1YB 3GBTA 4FPAA 2I7NA 4BR2A 4WQ5A 4YDUC 1X3NA 4JHDB 4I6MB 4BC4A 3M1FA 5KQDA 3A8YA 3ULEA 5ADXH 4BRHA 3FFKB 4CBUA 4K42A 5KPTA 3VEZA 3VF4A 1NWKA 4Y0WA 5AQNA 4BRPA 2YCHA 3UE5A 2ZF5O 3MK6A 4BC3A 5AFUH 2QW9A 3F9MA 4DQ8A 2GELA 5B8HA 4WQ4C 3DXKA 3W3DA 1V4TA 2GWKA 1MA9B 3VENA 3CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E20A 3E9LA 4H5NA 4B9TA 3J80O 4BROA 2JWLA 2PZSA 2VG6A 4I9LA 3BF1A 1I3AA 1S1TA 4UQGA 2P9LA 3HJFA 3ZSQA 3M5RA 3EZWA 4CF0A 4YOVA 1HMVA 1W9HA 4C1NK 3AVLA 3KTQA 1U2VA 3J8AA 2ZQBA 4JK9A 2VGMA 3KLFA 1BO5O 2PYLA 3TAEA 4JI8K 2QWOA 4BGAA 4ID1A 4LSNA 1GLDG 3RMDA 3SPZA 5E41A 1ASVA 3HM8A 2Q3SA 4C23A 3R1XA 3L6QA 1RBVA 3ULDA 3CF5L 1NU0A 5BREA 3OYDA 4FM2A 1NMNA 2BE2A 5AQHA 3U4LA 4Q5VA 2YX6A 1KD1O 3AVCA 4RG8A 2G8WA 3CCVN 4DR3K 4FLTA 4DV6K 4DQIA 1T3VA 2GX9A 2Q1NA 3O9RA 3KLHA 4DMNA 3V9SA 2W6LA 3VERA 1WLJA 3R9PA 3I8DA 4I7FA 2IVPA 1G15A 4OGEA 3U9DA 1CZAN 5BRFA 2QM1A 2VGNA 3CPEA 4LFAK 4KH4A 3LWMA 2KKZA 1LWCA 4CEAA 4B1ZA 1BCOA 3BUZB 3P39A 3LPTA 4O8KA 3C95A 4KH5A 2ITMA 4LF5K 1NBWA 4KBOA 4W5QA 3LP3A 4LH4A 1E4FT 4QS9A 4AHVA 3CJ7A 4H03B 3HSCA 1QZ6A 2HW3A 3VQ9A 2BGGA 4GMJB 2YNFA 3VTHA 2DTUA 3QEWA 4N41A 3M8PA 4HWIA 3OYJA 2ZE2A 4DF8A 1B9DA 2YKMA 1BU6O 1LAVA 2CGLA 4CJ7A 3TANA 4LF8K 5EVZA 2HHQA 3HVTA 2QWQA 3HXMA 5GAHP 1KTQA 4CFBA 3HTVA 3QICA 1SL2A 1S72N 3V9ZA 1N32K 5HP1A 4JI7K 3OYEA 1DEJA 3I8BA 3CQ8A 4FPBA 4DG1A 3ZT4A 3OS1A 3O4QA 3AY9A 1RT7A 4HHTA 2HVIA 1ZC6A 4DR7K 3WXIA 5AQXA 3MEGA 4DUZK 4E7JA 3AVIA 4L3QA 3OYGA 3K5LA 1N33K 2CH6A 1J5OA 1GLBG 1BCMA 1GLFO 2NRVA 2P9PB 4EIAA 1RNHA 1YHQN 1T05A 3IAYA 3L2QA 1S22A 1ZBHA 4QS7A 1HPZA 5AZIA 1NLVA 4M3TA 4O0IA 4CBWA 3QFUA 4CZHA 4KB0A 1NK0A 2DY4A 1S1WA 5GINA 4LSLA 1XNRK 4NO7A 4NLBA 3EL2A 4JK8A 2UUCK 3MN7A 2KZMA 1EKEA 1RDBA 3AAQA 4Y1DA 1BQNA 4IJNA 4B3MK 1SZ2A 5H1SQ 1NM1A 2VYPA 1HNWK 1YVNA 3ASMA 1S1VA 5AQTA 2KHOA 3E1YA 4IKFA 5K14A 5BR9A 2ETJA 5E84A 3L2VA 2FC0A 4AHCA 3HVRA 1XHXA 3KK7A 3VA0A 3DLRA 1SKSA 5HLFA 4OKKA 4PKGA 2YI1A 1W7AA 3PIPL 3C6UA 1N6QA 3KD1E 4BRNA 3RMCA 2UUAK 3FZKA 3CCUN 4CGJA 2ZJQL 1LW0A 4Z4GA 3P1GA 1BG3A 3HBTA 4H0XB 3ZYYX 4CJ4A 1SKRA 3D0PA 3TABA 1HPMA 1HR0K 3EO3A 4H0VB 2E2PA 3J81O 2XY7A 3SPYA 5AZJA 1O13A 4E19A 1L5UA 4NCBA 1D9DA 1RTJA 4KHUA 3T7ZA 4CF1A 1VAZA 4CFAA 2F9WA 2GUPA 3CCMN 5FROA 2F96A 2FBYA 4B3RK 2O8FA 2FF3B 3AVJA 1KXPA 1N36K 2NRHA 1YITN 4G9ZA 1ITGA 1HLUA 3SCXA 3K9JA 3AO1A 2RKIA 1KCFA 1TUUA 3KLGA 1EP4A 3R3LA 3L3VA 2EHGA 1RBRA 3L2UA 1F21A 4CEBA 2P9KB 5CZ2A 1DTQA 4BRGA 5KRSA 2RF2A 1OH8A 1TKXA 5HRPA 1Z05A 1Z25A 3ISNC 4DTOA 1Q82O 4B9QA 4BR5A 3C6TA 3WNGA 1NGGA 4Z94A 1ZBLA 1WSFA 3W0LA 3DMJA 3UB5A 4N56A 1ILYA 4M42A 3O6WA 4I2QA 3VQAA 3QBXA 3CCQN 4I6MA 1S9EA 3D2EB 3PX6A 1NGBA 4ILJA 2YNIA 2YJFA 3OBYA 2OPQA 3F2KA 2O4GA 3SMSA 5AQIA 2NZTA 1NK8A 3QINA 4XEIA 5J1EA 3M8RA 4FJIA 4DTRA 4MO4A 2X6SA 5HROA 2W6KA 4MDAA 5AQYA 2E2OA 4A2AA 3VF2A 1Q81O 1IKYA 3K5NA 3HZ6A 3S3OA 2WUSA 2OTLN 4BC2A 3ENHA 1NJXA 4CJFA 3M8SA 1TK5A 2D0CA 3CXCM 1E4GT 2E1ZA 1JLQA 3OYAA 2HHUA 1KC8O 5GIPA 1J5EK 1XQSC 3J7ZO 3K5MA 4DTJA 4CK2A 4M3RA 1M1KO 3FR0A 2XY6A 1RILA 4JKGA 4CZMA 3R6MA 2FSNA 2WFBA 3SLCA 1RDAA 4CJ5A 4DKWA 3THWA 2NRTA 3GG4A 2YHWA 1H1VA 1NKEA 3H08A 2F4VK 1NGIA 4PQUA 3LM9A 4C8LA 3U3YA 1S6PA 3KKRA 1W0HA 4KI4A 1BISA 2OANA 5AFUA 3LDLA 3L3UA 3PX0A 1Q7YO 3H3NO 3WXKA 4KB1A 2BH1A 3QFPA 1S3XA 2O8BA 1UWBA 5SZTA 1BWFO 2OPRA 1EWQA 3HOTA 4IEEA 1KRPA 3O9SA 4DTUA 3HI0A 2PFUA 2RE2A 4DU4A 5ADXA 4KKOA 3LP2A 4B1YB 4CK1A 4ZTJA 3CCSN 4YDUC 1GOCA 3E9PA 1TK8A 1IO2A 3RR8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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