2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
3U4LA 2Q0RA 1ESVA 1JCGA 3DXMA 3VGMA 3SJHA 4BR4A 2P9NB 5FPEA 4FOEA 2P9SA 4WYBA 3LDOA 5JMVA 3QDKA 5ELZA 4A62A 3MCPA 5BPNA 3CJ1A 3ATUA 3KHYA 3LL3A 5AQKA 3CI5A 2Q2RA 3LDNA 3CJ9A 3VESA 4FWLA 1ATNA 1XQSC 1MDUB 4FSVA 4BVOA 2HF4A 4H5TA 4QS7A 4FWPA 4B1XB 5F1XA 5ADXH 3EO3A 4C23A 2ASOA 3SMPA 3IFRA 4FPAA 4WQ5C 2P9LB 1R59O 1SZ2A 3O1BA 4GNIA 3P4IA 3WEEA 2P9PA 3CERA 4CZGA 2BUPA 4I6MA 3KVGA 1WOQA 4H0YB 4ISGA 4CZIA 4FWMA 4CZHA 4H0PA 2ZF5O 3ZX3A 2A41A 3BF1A 3GE1A 3IMXA 1NGAA 1QQNA 1IG8A 3LDLA 4JD2B 4BG9A 2YCHA 4BRDA 3RSEB 3CJAA 1X9JA 3O1WA 4JAXA 4BC2A 3J8AA 2F9WA 1K8KA 3ZETA 3FE1A 4JNEA 3ZEUA 1SAZA 2P9KB 1DKGD 2FLOA 4H03B 2IVOA 2ZGZA 1H1VA 1NGCA 3I33A 5AQVA 1NLVA 3FZKA 3R9PA 1NBWA 3VEOA 4LC9B 1HLUA 4BC4A 5BN9A 1YVNA 2EWSA 3LM2A 3O80A 3R8EA 3H1QA 3VEVA 2V52B 2OANA 3ZX0A 5AQTA 1IJJA 3O4WA 2KHOA 3AAQA 4EAHD 5BPLA 3VGLA 2A3ZA 2HMPA 3O6WA 3UKRB 4IJAA 3DXMB 4BC3A 3JXUA 1QQMA 2P9SB 1KXPA 3ATVA 4CZJA 4M63C 5KQDA 1QQOA 1NGGA 1ZXOA 4E1JA 3F9MA 2FF6A 5AFUA 3VEZA 2ZGYA 4J8FA 5AQMA 2CH5A 2Q97A 4YDUC 1BWFO 3FZLA 3QFPA 3GL1A 3HBTA 4WQ5A 4JHDA 4CJ7A 4FWSA 2D4WA 5AQNA 5AQXA 1WUAA 3VOVA 3ULEA 5F2RA 5AQOA 4O8KA 1G99A 4PL8A 2F9TA 4MLHA 3S41A 5B8HA 3WEEB 1NGFA 2P9PB 3IDHA 3AARA 1NGBA 4H5VA 3VPZA 3GG4A 4L3QA 3UB5A 1ZC6A 4B1WB 1Q18A 4WQ4C 5BPMA 3L6QA 1V4SA 3G25A 1KAYA 3TU5A 2QM1A 3H1VX 1NGEA 3ENHA 1K8KB 5EVZA 2E1YA 2FF3B 2FSJA 3ZETB 3ZEUB 5JICA 3R6MA 2FSKA 4NB4A 5LJVA 3BF3A 4BGBA 3W3DA 3D2FB 4AM7A 4B1YB 4A2AA 4K25A 5EOYA 1U2VA 4GY2B 5E84A 5AQLA 1Z05A 3D7EO 3MMVA 1NGHA 1GLDG 3DAWA 2Q36A 3B8AX 3CQYA 3UKUA 2YHWA 3CHWA 3GBTA 1GLCG 3OHRA 1NGIA 4PL7A 5AFUH 3MN5A 3D2EA 1J6ZA 1GLBG 1U6ZA 4BRCA 3U8XA 1T6CA 2Q1NA 3C7NA 3A5MC 3EL2A 2ITMA 4FWOA 4BR0A 4FWRA 4EIAA 5F0XA 3H46O 5EX5A 1RFQA 4K43A 5KPZA 5BRDA 4JHDB 4BG8A 3CJ7A 4FL9A 2A6AA 3MN6A 4BRQA 5AQYA 1GLJO 2GEMA 3ULEB 2PAVA 4H0VB 5BRFA 5AQHA 3CQXA 5AZJA 2WUSA 3L4IA 3WXLA 4FWNA 2UYTA 2FXUA 3AY9A 3FLCO 2E2PA 2NRHA 1ZBSA 5AQUA 5FPMA 5BREA 1OKJA 2IVPA 4QS8A 2PBDA 5AQSA 4CZFA 4CD3A 5JLFA 5JLHA 3CIPA 1RDWX 1BDGA 3HTVA 3VF4A 4H5NA 3VF2A 2YI1A 4BQZA 4ISEA 2E88A 3O5BA 4RWTA 4B9QA 1YXQA 3SLCA 2A40A 4AM6A 4PKGA 2QWLA 4XH1A 1GLEG 5KQ8A 1BG3A 4FWKA 3TPQA 3DWLA 1U2VB 3MN7A 4ISFA 3LM9A 2NLXA 3VEWA 3WQUA 5AQFA 4BROA 1NGJA 2E2NA 3UKUB 1GLFO 4FPBA 4CZKA 1NMDA 5AQPA 3MDQA 3C0BA 3VENA 4B1VA 5FPDA 1XC3A 1KAZA 3ENOA 3A5LC 3D2EB 3WXJA 4BRKA 1MWMA 3QBXA 4O5FA 5CE3A 3QMLA 3M6GA 1BO5O 3C7NB 1T44A 3WT0A 4JN4A 1HJOA 2GUPA 2I7PA 1GLAG 3GOIA 3HM8A 1HX1A 4FWQA 1YUWA 4EHUA 4QS9A 2GTDA 2P9UA 2VYPA 4I6MB 3VF6A 3MK6A 2CGKA 1KAXA 1V4TA 2VCPA 1TYQA 4H0OA 4H5WA 3EZWA 4BC5A 2Q0UA 4FO0A 1ATSA 2YJFA 5AZJB 2P9IA 5AQJA 1C0FA 1NGDA 1NWKA 5E26A 3CJBA 4H5RA 3M1FA 3UE5A 1SQKA 1DEJA 3VERA 4CZEA 3FGUA 4MO4A 1BOTO 1JCFA 3VETA 5AQZA 3FZHA 1Y64A 4BRGA 4BRLA 3H3OB 2GWJA 1S22A 4K42A 3MN9A 4BR9A 5BR9A 4F9OA 3DXKA 3L0QA 2E8AA 3O8MA 3SK3A 3FFKB 3WUHA 3WXIA 2V51B 2H3GX 2DPNA 4IZ9A 5KPRA 1NM1A 1BUPA 5AZIA 2CGJA 3A0IX 1HPMA 4BRHA 4PKIA 1BA0A 3W0LA 1JCEA 2V7YA 2YHXA 4YDUA 5AQWA 4BRPA 2QW9A 2CH6A 3CETA 3UKRA 1QZ5A 2HOEA 4HTLA 4BRFA 1TUYA 4DQ8A 4MO5A 4A61A 5LJWA 4FOIA 2E2OA 4IWVA 4CBWA 4BVPA 1E4FT 4CI6A 3WXKA 1X3MA 4M7YA 1GLLO 1P8ZA 1EQYA 3EKSA 4B1ZA 1TUUA 2ZWHA 4BRMA 5BN8A 2HF3A 1E4GT 2P9UB 4WQ4A 3HSCA 2QWPA 1TYQB 1QHAA 3QB0A 3QFUA 4EHTA 1HUXA 5AQGA 4EFHA 1YAGA 5EXWA 2P9IB 2V7ZA 4A2BA 3H45C 4BR2A 1ATRA 2QWNA 3FZFA 2QWQA 3BUZB 1QZ6A 4CZMA 2J4RA 4CBXA 4HWIA 1HKCA 3A5NC 3JS6A 4K41A 3FR0A 2QWOA 4CZLA 1D4XA 3EKUA 3BP8A 1HKGA 2ASPA 2E1ZA 4BR5A 3A8YA 5I9EB 4CBUA 4DCHA 3DXKB 2YHYA 1MWKA 3D2FA 2AP1A 5TKYA 3WQTA 2VWBA 1S3XA 4DB3A 4RTFD 3VGKA 5AZIB 2ASMA 2E2QA 2QWRA 3M3ZA 3QICA 2P9NA 4H0XB 5AQQA 4M7XA 2YJEA 1DGKN 3I8BA 4Y0WA 2GELA 3HZ6A 3U9DA 3A5OC 2D0PA 3VEXA 4DHYA 3VEYA 3SMSA 3IUCA 3KZBA 2GWKA 2CGLA 3HI0A 3GDQA 5AQIA 2A5XA 1Z6RA 4H0TB 2FSNA 4IXCA 5KPTA 4B1UB 4BQLA 5AQRA 1BU6O 1X3NA 3H3NO 2P9LA 5BRHA 4XH5A 1LOTB 4IO8A 4CD1A 5ADXA 1C0GA 3ZX2A 3AAPA 4BRNA 2Q31A 2W40A 5EY4A 2I7NA 2D0OA 2IVNA 4Z94A 1XUPO 4JD2A 3BEXA 2D1KA 4PKHA 3RSEA 4RCHA 2QXLA 4BGAA 2QWMA 3H6EA 1HKBA 1BA1A 1LCUA 3FZMA 4BRIA 5LY3A 5FPNA 4KBOA 2P9KA 3ID8A 3QBWA 3U9ZA 2NZTA 1CZAN 4BRAA 3CJCA 3DJCA 2AA4A 5AR0A 1RGIA 4BR7A 2IIRA 4MLEA 4BREA 2E20A 1MA9B 3O08A 2A42A 3LDPA 2BTFA 4NO7A 4IJNA 3LDQA 4XEIA 4XH4A 2W41A 3EN9A 1T6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U4LA 5CZ2A 4HVJA 4E7KA 4FOEA 3KLIA 3OJUA 1KQSM 2YKNA 3VN5A 5BPNA 3CJ1A 3L4QA 1J9AA 3CI5A 4GV3A 2Q2RA 2HHWA 4K8ZA 4FWLA 5EU7A 3SZ2A 4CF8A 1ATNA 5FRNA 1MDUB 1Z26A 1QSSA 2GV9A 1SUQA 1IBKK 3EO3A 3C6AA 2UUCK 3IFRA 1R59O 5M1FA 3O1BA 3WEEA 4KHNA 2P9PA 4LSNA 4CZGA 4BDZA 4DU4A 4CJRA 4H0YB 4FJXA 4ISGA 4FWMA 2RE2A 3QNOA 3AVAA 2ZF5O 4U7BA 1NG9A 4BE0A 1QQNA 3MXJA 2HHVA 4BG9A 5KGXA 4JKHA 2F8TA 5GAGP 1SS6A 1BL3A 3VQEA 1HMVA 3FE1A 4Z4CA 1SAZA 4LF6K 1LAVA 3SPYA 3LAMA 2ZGZA 1QVGM 5AQVA 3FZKA 1NBWA 5FLXO 4J2BA 3VEVA 4JI3K 4GV9A 3THYA 3WNEA 2OANA 1U48A 3ZX0A 3LANA 4CEBA 3O4WA 3LZJA 1QVFM 2A3ZA 1KD1O 2G8WA 4FJGA 3THXA 1WAFA 1QQMA 1KXPA 1C0UA 3PSIA 3DLHA 4HCBA 5C24A 5CYQA 2FF6A 5AFUA 4J8FA 5AQMA 3QFPA 3HBTA 4ILHA 4WQ5A 3BGRA 2PY5A 3TAEA 5AQNA 3VOVA 3ULEA 4DWIA 1NMNA 1BGXT 3AARA 4DF4A 4WQ4C 3PX0A 1DLOA 4E1NA 3RMCA 2XO7A 4RW6A 4JKAA 1V4SA 2VGNA 3G25A 3KLFA 3RWUA 3O9TA 1RILA 1NGEA 3MAQA 2E1YA 3F9KA 5JICA 3RMDA 3AO3A 5LJVA 1S9EA 4IO9L 3D2FB 3OYEA 3SV3A 1U2VA 4H4OA 2G8FA 1T05A 1Z05A 3AVFA 3D7EO 3OYGA 1KLMA 1EWRA 1Q7YO 3CD6N 3CQYA 4DUYK 4KB0A 3ZT4A 3K57A 4KFBA 1IG9A 4M3YA 4FZXC 2LSNA 4PL7A 5AFUH 4DTNA 4FK4A 1VSIA 3MN5A 3D2EA 1RBSA 3U8XA 4ZTJA 1UAXA 2FBVA 4MDAA 3A5MC 5C12A 2ITMA 4JK9A 1XWLA 2X6NA 3H46O 1RFQA 1RTHA 3MN6A 2IGIA 4ILJA 4FCYA 4H4MA 2HHSA 2GEMA 4CGHA 1XMOK 4H0VB 1IKXA 1IKYA 4DV3K 3L4IA 3WXLA 2OTLN 1S6PA 2E4LA 2UYTA 2P51A 1C1BA 2VGMA 3U6FA 3JAMO 1KFDA 2O8DA 3HSTB 4AHRA 2IVPA 3R1XA 2PBDA 4X65K 1KRPA 1IV0A 3HTVA 1LWFA 1RBVA 4BQZA 2X78A 3O5BA 4KI6A 1WSFA 2A1RA 3HPOA 2WC9A 3OTOK 3KK3A 1NOYA 4BE2A 5HRRA 3ASMA 3AVLA 3J7YP 4FM2A 3E1YA 4XH1A 3V1OA 3TTCA 3DWLA 3MN7A 3WNGA 2O8BB 1M1KO 3LM9A 2JGUA 2NLXA 5BR8K 2KKZA 3WQUA 4JI6K 5AQFA 2KFZA 2BH1A 2E2NA 4CZKA 1GLFO 4DTSA 3R3LA 1VRUA 3VENA 4B1VA 4DTMA 1NU0A 2JWLA 1Q9YA 4LFBK 1HPZA 5SWMA 1CXUA 4M3ZA 3WXJA 4BRKA 1XHXA 1FXXA 4O5FA 3MCAB 3THWB 1QQCA 4RW7A 3WT0A 3RMBA 1N34K 4JN4A 1HJOA 2XRIA 2I7PA 3AVIA 3HPHA 1Q9XA 4Y1DA 4FWQA 1ASVA 2HB5A 3ULDA 4EHUA 4QS9A 4KH4A 2X74A 4Z4EA 3NE6A 4E7LA 4JV5K 2KFNA 3SAHA 4DLEA 3RRGA 4JI0K 1V4TA 2VCPA 3VTIA 3EZWA 4FVUA 2Q0UA 4FO0A 4FLWA 4LY7A 3RVCA 1NWKA 1VSHA 3AO5A 2G8UA 3JSMA 2O4GA 3CJBA 3UE5A 1DEJA 4CEQA 4CZEA 4CHNA 1CLQA 2HSTA 3VETA 5AQZA 3LDSA 4DU3A 3ZSYA 4BRGA 4CESA 3NMUA 3EE8A 1DTTA 2GWJA 4CJEA 5LMNK 3MN9A 1WLJA 4BR9A 1JLAA 1K8AO 3DXKA 3OYKA 3O8MA 3WXIA 4JEPA 2V51B 1JLCA 2H3GX 3Q7BA 3EY1A 4J2DA 1WBDA 3HYFA 4KTQA 4DQSA 2DTUA 3TR8A 1XNRK 2E6MA 5AZIA 4KHWA 1HQUA 3A0IX 2AJQA 4IOAL 4H8KA 1HPMA 4OPHA 4GVMA 2V7YA 2YHXA 4LF5K 1IH7A 1QZ5A 1TUYA 2PZSA 4MO5A 4A61A 5LJWA 1EO1A 2O8CB 3CCLN 4CBWA 1U47A 3KTQA 1FKOA 3MXMA 1RDCA 1X3MA 4DTRA 1P8ZA 3EKSA 1HR0K 2GX9A 1ZBUA 4E19A 3F5TA 1ITGA 2GUIA 1VQLN 4OPJA 2DFEA 2F96A 3QB0A 5HLFA 1QS4A 1S9GA 1YAGA 5M1KA 2P9IB 2V7ZA 4A2BA 3K5LA 1YI2N 3SQ4A 1NK8A 3LPUA 3KLGA 2VG7A 1ATRA 3FZFA 5JS2A 4JI5K 1S1XA 1QZ6A 4CZMA 2J4RA 3SQ1A 3AGKA 1HKCA 3EKUA 3BP8A 1HKGA 3KKSA 4B9VA 3A8YA 3V9XA 2UXBK 2O8FB 3QIPA 3OYNA 2YHYA 4JI8K 4A5AA 3D2FA 1GOCA 3WQTA 1NK5A 4CF1A 1EP4A 4DB3A 3VGKA 4IBNA 1TKXA 2E5LK 4H0XB 5AQQA 1A5XA 4M7XA 3VMFB 4YOXA 1Q86O 1BI4B 3RRHA 4OKKA 3U9DA 4R79A 3KK1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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