2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
3P4IA 4K42A 4B1YB 4CZFA 4KBOA 4FWNA 3ZETB 3TU5A 1BA0A 3M3ZA 4C23A 5KQ8A 1WUAA 3ENOA 4WQ4A 3S41A 3FZHA 3O1BA 2QWOA 5EY4A 4E1JA 1NGEA 4B1UB 3O80A 5AQHA 3FLCO 2QXLA 1GLDG 3J8AA 3MDQA 1U2VA 2PAVA 1S3XA 2V7ZA 4B9QA 1QZ6A 2YHWA 4AM6A 3VGLA 1GLEG 2P9UA 2F9WA 2Q36A 2P9SB 3I8BA 4FWOA 2E20A 2Q0UA 3LL3A 1ZBSA 2E1ZA 4BR4A 3R6MA 1NGIA 3FFKB 3W3DA 3WQUA 3VERA 2P9NA 1GLBG 3VESA 3ATVA 3R9PA 3ULEB 3LM9A 5AQPA 1GLLO 3VEYA 2CGJA 3BF3A 5AZIB 2GELA 4K43A 1SZ2A 3DXMA 4H03B 2I7NA 3CETA 4YDUC 2IVNA 2YJFA 4EHTA 4XH5A 3ID8A 1J6ZA 3M6GA 2ZWHA 2FF3B 5B8HA 4WQ5C 3QMLA 4BRKA 2FSKA 1D4XA 3VETA 3WUHA 3DJCA 1YAGA 1SQKA 3GG4A 2BTFA 2ZGZA 3H46O 4QS9A 1NGGA 2KHOA 3VF6A 5AQTA 4H5VA 1BU6O 4IO8A 1U2VB 3MN6A 2E88A 2GWKA 3KZBA 3IUCA 2W41A 2CH5A 4ISGA 1BO5O 1Z6RA 4MLHA 5EOYA 2D4WA 4BG8A 2P9UB 3LDLA 4JD2A 1YVNA 3FZFA 4BG9A 3R8EA 2Q97A 4A61A 5AQQA 2YHYA 2P9NB 4BC5A 4PKIA 4B1VA 4BREA 3CJBA 3U9DA 1NGHA 4HTLA 2V7YA 1HKCA 3O4WA 1YUWA 3F9MA 2F9TA 2E8AA 1HKGA 4FL9A 3GOIA 1NGAA 3C0BA 5BRFA 5AQOA 3VEWA 1BDGA 3L4IA 4EAHD 3L6QA 3IMXA 1DGKN 4BRGA 5AQNA 3U9ZA 2P9KA 2NRHA 1ZC6A 4A2BA 3ENHA 3DWLA 4BR2A 3VF4A 3EKSA 1RFQA 2GWJA 5CE3A 4BR5A 5AQFA 4BQZA 2Q1NA 2A5XA 4FOEA 4H0TB 4BC3A 3GBTA 2E2QA 3CJ7A 2ITMA 5AQZA 4BR7A 2QW9A 2YHXA 2P9IA 3VF2A 4JD2B 1NGFA 3H1QA 5AQUA 4B1WB 3WT0A 4CZGA 3ATUA 2E2PA 4CZEA 5AFUA 2UYTA 1C0GA 3HSCA 1BG3A 3D2FA 3O1WA 2BUPA 4FWRA 4IWVA 4M63C 5KPRA 2NZTA 4CI6A 3ZX3A 5AQLA 2W40A 3CQYA 3VOVA 4CJ7A 2FSNA 3VGKA 2YI1A 4K41A 3W0LA 2P9PA 3QFPA 1P8ZA 3WXIA 1TYQB 1X3NA 1RGIA 4BVPA 4NB4A 3RSEA 2P9KB 4LC9B 1LOTB 2E1YA 1V4SA 4M7XA 5BREA 1IJJA 2OANA 3MK6A 4AM7A 4H5TA 4IXCA 2YJEA 2A6AA 2P9LA 4H0YB 4IJAA 3WEEA 1G99A 4CZLA 2A42A 2ASOA 4YDUA 2D1KA 1KAXA 2P9IB 1HPMA 3BF1A 3I33A 1H1VA 4WQ5A 3FE1A 3GL1A 3H45C 1GLCG 2AP1A 1NBWA 4CD3A 5F1XA 3KHYA 4EHUA 3EL2A 1WOQA 4NO7A 5AQWA 3D2FB 5LJWA 2GTDA 3MN9A 5AQSA 1YXQA 4DHYA 4JNEA 3EZWA 4I6MA 5EVZA 3U4LA 3LDOA 1NGDA 2A3ZA 1EQYA 3H3OB 4DCHA 1SAZA 2P9PB 3FR0A 1XQSC 2A40A 1OKJA 5AZJA 1NGCA 4H0VB 3CQXA 4GNIA 1ATRA 2V52B 1ZXOA 3RSEB 3ZX2A 4IJNA 2EWSA 3VEZA 3CJ9A 4ISFA 5BPLA 5F0XA 3L0QA 5AQVA 5EX5A 3BEXA 2WUSA 3O6WA 1LCUA 1RDWX 3CHWA 3IDHA 3SK3A 2P9LB 5AFUH 4FOIA 3WEEB 4GY2B 4JHDA 4Y0WA 5BRDA 3GE1A 4MLEA 5FPNA 4CBUA 1BOTO 3HBTA 3ZX0A 4A2AA 4Z94A 5JLFA 1TUYA 2QWMA 2VYPA 4BGAA 2CGKA 3H6EA 1KXPA 2VCPA 5FPMA 1ATNA 2IVOA 3FGUA 4BR9A 3WXJA 3MCPA 1K8KA 1QQNA 1T6CA 3A5MC 3BP8A 3HZ6A 4I6MB 4BGBA 1KAZA 1MWKA 5ADXA 1TYQA 3HTVA 1DKGD 5BN8A 1TUUA 5AZJB 3AAQA 1NMDA 3OHRA 3AY9A 4BVOA 3O5BA 3MN7A 4BRFA 1HX1A 1BWFO 3A5LC 1XC3A 2IIRA 2GUPA 2YCHA 2ASMA 3O8MA 3A5NC 5KQDA 4IZ9A 1HKBA 4BROA 4BRCA 1GLJO 5BRHA 2IVPA 2QWNA 1ATSA 5FPEA 5KPTA 5BN9A 3VEVA 3IFRA 4JHDB 1X3MA 4BRLA 4RWTA 4FWMA 3D2EA 4FPBA 3A0IX 2Q2RA 2I7PA 1DEJA 4A62A 4PL7A 4ISEA 1Y64A 4H5RA 4FWKA 4BC4A 3HI0A 1Q18A 4BQLA 1K8KB 4M7YA 4MO5A 4BRAA 2D0OA 1KAYA 4XH1A 3C7NA 5KPZA 2Q0RA 4RTFD 3QDKA 1T6DA 4FWLA 4EIAA 5BR9A 3A8YA 2D0PA 2CGLA 4RCHA 5AQKA 3SMSA 2HMPA 4FO0A 1BA1A 4H0XB 4F9OA 3B8AX 5AQMA 2QM1A 3SJHA 5ELZA 4B1ZA 1HJOA 4L3QA 5JMVA 4BRMA 2FSJA 3VGMA 2VWBA 3QB0A 3DXKA 4WYBA 5BPMA 1V4TA 4CD1A 3KVGA 3UKRA 1R59O 4FWPA 3QBWA 4CZIA 2V51B 4HWIA 3D2EB 2Q31A 4PKHA 2ASPA 3AAPA 4WQ4C 5AQXA 3CJ1A 5TKYA 4FSVA 5ADXH 4O8KA 3O08A 5FPDA 3VENA 1NWKA 4H5WA 4BRIA 3UKUA 4XH4A 5E84A 2FLOA 3UE5A 2PBDA 2CH6A 3QICA 3C7NB 3M1FA 2GEMA 3LDNA 1NGBA 3A5OC 2E2OA 3BUZB 3QBXA 4EFHA 2ZF5O 1JCGA 1NLVA 2E2NA 3DAWA 4H5NA 4FWQA 3WQTA 2H3GX 5F2RA 5I9EB 3WXLA 1E4GT 2NLXA 3HM8A 4B1XB 3LM2A 1IG8A 2QWRA 3WXKA 4CZHA 5AQGA 1S22A 3DXKB 3G25A 3EO3A 2HF4A 3ZEUA 1QZ5A 1E4FT 3CERA 3QFUA 4QS8A 2J4RA 5EXWA 4XEIA 4BRDA 1NGJA 3EN9A 5AQJA 3FZMA 3UKRB 3FZKA 3SMPA 4BRHA 3H3NO 2QWQA 4BC2A 5JICA 3VEXA 1BUPA 4PKGA 4QS7A 4DB3A 3MN5A 3AARA 4CBWA 3LDPA 2HF3A 5JLHA 5BPNA 3UKUB 3VEOA 4FWSA 3VPZA 1T44A 3CI5A 3LDQA 3U8XA 4O5FA 3FZLA 3UB5A 4MO4A 3MMVA 2DPNA 3JS6A 2QWLA 4H0OA 4PL8A 3D7EO 3CJCA 3DXMB 4J8FA 4CZMA 1GLFO 3ZETA 3H1VX 5AQYA 4FPAA 5AR0A 1X9JA 4H0PA 1MWMA 1CZAN 3ZEUB 1GLAG 3SLCA 2FXUA 5AQIA 1NM1A 4CZJA 1C0FA 1Z05A 4K25A 5AQRA 4JN4A 2QWPA 3GDQA 1U6ZA 2ZGYA 4DQ8A 4CBXA 3JXUA 4BR0A 1QHAA 1XUPO 2A41A 1MA9B 2P9SA 3CIPA 5LJVA 3CJAA 3TPQA 1QQOA 1ESVA 1QQMA 4JAXA 5LY3A 3ULEA 1HUXA 4BRPA 5AZIA 1JCEA 2AA4A 1JCFA 4BRNA 3EKUA 1HLUA 2FF6A 2HOEA 4BRQA 1MDUB 5E26A 4CZKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KBOA 3KTQA 3ZETB 2P5GA 3TU5A 1HNZK 1BA0A 2G8KA 4C23A 3OW2M 1S1UA 3THVA 1KD1O 4E1JA 1XI1A 1K8AO 2IOCA 3RMCA 1NNEA 1KC8O 1GLDG 4IKFA 4B9QA 3L2VA 4AM6A 3VGLA 1GLEG 1JLEA 4L8RB 4OPJA 2E20A 3LL3A 3NVKA 4BR4A 3VQ8A 3FFKB 3W3DA 1KVAA 3WQUA 4GV9A 1VQKN 3VESA 3R9PA 3VEYA 3CCQN 3RMDA 3BF3A 1SZ2A 3DXMA 4QCLA 3SV3A 4X62K 1UA0A 3IKMA 1YVUA 1J6ZA 3TAEA 1VSJA 4NXNK 3QMLA 1TKXA 1O13A 3TI0A 4BE0A 3CYMA 3M8QA 1D4XA 4CK1A 3DJCA 3H46O 3TTCA 4H4MA 5H1SQ 4CJTA 3SNNA 1IH7A 2QEXN 1XNQK 4YOXA 4W5QA 2A1RA 1Q9XA 4O55A 3AA5X 4YORA 4K8ZA 2E88A 1BO5O 4TSXA 1RT6A 3LDLA 4FJIA 4JD2A 3ZCMA 3FZFA 3S3MA 5AQQA 3DRPA 2P51A 2YHYA 1F21A 3P39A 4DLEA 2PY5A 2HVHA 4B1VA 2HHWA 1RBUA 1NGHA 4HTLA 1NK5A 5JS2A 4ELVA 2F9TA 1YF5L 4B08A 3GOIA 1NK8A 5BRFA 3CPWM 3RWUA 3VEWA 1BIUA 5EU7A 5I3UA 2NRHA 4A2BA 2NRVA 1RFQA 3V9SA 4R5PA 1G15A 2Q1NA 3PX4A 2O8EA 2OPSA 4Y1CA 2ITMA 4CGFA 2QW9A 1KFSA 3SUOA 5CR4A 1W0HA 1NMNA 1RDUA 3DM2A 3VF2A 3S9HA 3T69A 2VQFK 3NGZA 2RN2A 1J5OA 1UOCA 3E9LA 4CZEA 1SL1A 4ICLA 1IBMK 1FXXA 4AHRA 2XY7A 3LP2A 4E7KA 1QSSA 3HSCA 1ASVA 3D2FA 3M8PA 4FWRA 5M1NA 4CEDA 3AVJA 3PY8A 3VQ4A 3CQYA 3VOVA 4CJ7A 5JS1A 1N6QA 1HQEA 3WNEA 3QFPA 4YOUA 3WXIA 4DG1A 1FK9A 2HHXA 4WCEL 5IT9O 1UAXA 1RGIA 2RHKA 3RSEA 3SYZA 1VQMN 3K0SA 1V4SA 3ASMA 2VG6A 1IJJA 1LAVA 3MK6A 3QNOA 1RT3A 4AM7A 3LWLA 2GUIA 4IXCA 3OYBA 2RKIA 3OS2A 1G99A 5DK5A 3QLHA 2A42A 4I2PA 4YDUA 2P9IB 1KAXA 4Q5VA 2B5JA 1A5WA 4FK4A 3I33A 2PFUA 3V1QA 2BE2A 3H45C 1GLCG 2AP1A 3CCMN 3T1YK 1L3TA 3CM6A 4DV7K 3EL2A 5AQWA 2GTDA 1YXQA 4DHYA 2X6SA 4I6MA 4CEAA 1A5XA 3HL8A 3EE9A 2BANA 1OH5A 3H3OB 4DCHA 2OCEA 4A59A 3V9UA 1XQSC 4CGIA 3QEIA 5SZTA 4DWIA 3CQXA 3ITHA 4NYFA 3G4SN 3BDPA 2JWLA 2V52B 2DTUA 3ZX2A 5C2FA 3ZSRA 2PYLA 3NF9A 4E0DA 5EX5A 3AVAA 4DTXA 1W97L 1LCUA 1RDWX 3SK3A 3OS1A 1C6VA 2P9LB 4B9LA 4YNQA 4FOIA 1W7AA 3L3UA 3GE1A 3CPEA 1NOZA 4CEBA 4Z4GA 3KLIA 1NK7A 4FJ5A 1TUYA 4N5SA 2NRXA 3J7AP 3H6EA 2XY8A 3FGUA 4OVLA 4HHTA 4CK2A 3MCPA 4JK8A 3A5MC 4WE1A 4BGBA 2NRTA 1P90A 2YNGA 3HTVA 2E6MA 1TL1A 3F73A 3L3VA 3VA3A 1VQ6N 2KLAA 3VQCA 3CQ8A 3VQ7A 4NLCA 4DTJA 4PY5A 2IIRA 4KHYA 1YTAA 3O8MA 1VAZA 4IZ9A 4CFBA 5LMNK 4BRCA 1LW0A 4JI1K 3L2UA 1YJWN 5C15A 3KKRA 1BI4A 3AO5A 1ATSA 1KLNA 3NCIA 4FCYA 4FZZA 3IRXA 5KI6A 4BRLA 5JVHL 4FWMA 3VQEA 4FPBA 5LMUK 4WFAL 1RBVA 4A62A 1L5UA 3DLRA 3LP3A 4N56A 1SL2A 3V9XA 1Q18A 3UIQA 4M7YA 1KAYA 4IOAL 2Q0RA 4CJ5A 4BWJA 4FWLA 1JLCA 2D0PA 2HMPA 1ITGA 4H0XB 4F9OA 4LFAK 2ZD1A 5AQMA 4B1ZA 2VGNA 4B3MK 4Z0UA 3CG7A 4FZYA 2HHSA 2FSJA 4KPYA 4W5RA 4B9UA 3OYEA 1S5JA 3E9OA 3O9RA 3CCEN 1V4TA 4FVUA 3NVMA 3O9TA 1N33K 3UKRA 5HRSA 5HP1A 3NF7A 4HWIA 4EP5A 3LANA 4KHWA 2ASPA 1WBBA 4CEEA 3MXMA 3CJ1A 4J2AA 4CGGA 4J2DA 4B3SK 3VENA 4DLGA 3AVBA 3U6FA 3C7NB 3SBGA 1A5VA 3L8BA 3A5OC 3QBXA 1TK8A 1OVQA 3AVCA 3K9KA 2E2NA 2HHVA 4XIUA 3DOLA 3IG1A 2HBLA 4DU1A 2QKBA 4Z4IA 4AH9A 4F8RA 3HM8A 3LM2A 2D5RA 4CZHA 3V1OA 3DLHA 1E3MA 4B9VA 4CF2A 3EN9A 4DTMA 3MECA 3LZJA 1WBDA 1CZ9A 4DR6K 4BWMA 1EO1A 4BRHA 4DQIA 5JICA 4U7BA 3PV8A 4YOWA 4LF9K 2QKKA 2DFFA 2OTJN 5JLHA 3H08A 4CJ3A 4BACA 4OX9K 2YHBA 3EY1A 4FK2A 4JKDA 3CI5A 3WXMB 5M1PA 3U8XA 3FZLA 2DPNA 4E1NA 5DM7L 4H8KA 1TGOA 3DXMB 4J8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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