2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
4FWLA 4BC4A 2Q0UA 3GOIA 4BRNA 5AQVA 2QWNA 2YCHA 2E2QA 2KHOA 5AQNA 1TUUA 3LM9A 4DHYA 2GELA 2F9TA 1NGFA 3UKRA 2IVOA 3A5MC 3BUZB 2A5XA 4PKGA 1DEJA 4PKIA 3VEOA 5F0XA 2ZWHA 2IIRA 4BRPA 3CHWA 4WYBA 2Q36A 1JCEA 4IWVA 5AR0A 4CBXA 2ZF5O 5KQDA 1KXPA 2E1ZA 1X9JA 4CBWA 4H0XB 1GLJO 3ZX3A 4B9QA 1YXQA 4FWKA 4B1UB 5TKYA 3M3ZA 2W41A 3C7NB 1V4SA 2P9IB 3D2FA 2ASOA 2I7PA 3SMPA 2P9LB 1NBWA 4CZMA 2NLXA 1X3MA 4MLHA 4PL7A 4BG9A 3VF6A 1KAZA 2PAVA 3VEXA 4XH4A 1NGGA 3ID8A 4BRDA 4MLEA 4DQ8A 4H0TB 1NGDA 4CJ7A 3AARA 4H5VA 4MO4A 4BRIA 1NGIA 3AY9A 4EAHD 5AZIA 4WQ5A 2E2NA 3QDKA 2HMPA 1DGKN 3EKUA 2NRHA 3O8MA 3F9MA 1ATSA 1NGBA 4L3QA 3VF2A 1T44A 1TYQB 5BRDA 3WEEB 3D2EB 3HM8A 2ASPA 2VCPA 1MDUB 2CH6A 2QWRA 5AQMA 1D4XA 2E2OA 5BN9A 1KAXA 5JLFA 1U6ZA 1XQSC 5JICA 4BRMA 3VETA 5LJVA 3ULEA 4E1JA 2E1YA 4H0VB 3O4WA 3SK3A 1XUPO 2BTFA 4BRCA 5B8HA 3A8YA 2FSNA 5AQOA 4DCHA 4BROA 4BC3A 4H03B 3QMLA 3FZMA 3VOVA 1BA1A 1QQMA 4CI6A 1LCUA 2W40A 4FWQA 5FPDA 5BRHA 4B1VA 1ZC6A 1E4GT 4JD2A 1YVNA 3A5OC 5AQJA 3ZEUB 2A40A 2VYPA 4K41A 4B1WB 4BG8A 3WXKA 2IVPA 3R6MA 2AP1A 4H5WA 3LDPA 2P9SB 1RGIA 1BU6O 2A41A 1GLBG 4RWTA 4EFHA 3BEXA 1BG3A 2Q0RA 2D0PA 5AQPA 2QXLA 2QM1A 2V51B 4FPAA 1T6DA 5CE3A 5AZJB 1NMDA 3U8XA 5ADXA 5BPLA 2YI1A 5KPZA 3CJAA 4B1XB 4ISEA 2Q31A 2FSKA 3MN7A 4QS8A 4FWSA 3DXKA 2QWPA 3CJ7A 3CJBA 3QFPA 4CZEA 3R9PA 4Z94A 5AQLA 3H1QA 4EHTA 1JCGA 2QWQA 4A61A 4FL9A 1C0FA 1S22A 4F9OA 4XEIA 4HTLA 3H6EA 3TU5A 4CD3A 5KQ8A 1WOQA 3BF1A 4GY2B 4YDUC 4C23A 5BPMA 3GBTA 1K8KA 4H5RA 2OANA 2NZTA 5LJWA 5BN8A 3O08A 5BPNA 2P9KB 3VPZA 4A2BA 3FFKB 4FWMA 4BR5A 5FPNA 3LDQA 2YJEA 2J4RA 3FZFA 4XH1A 2A6AA 2P9PA 4I6MA 4J8FA 5AQGA 4NO7A 2V7YA 1T6CA 3KZBA 3L4IA 4H5TA 3UKUB 1HKCA 4FSVA 4CBUA 2Q1NA 2UYTA 3AAQA 4WQ4A 3LDLA 3O6WA 4JAXA 3O5BA 3WXLA 4BRLA 1OKJA 2E20A 3IMXA 2ASMA 2CGLA 3ENHA 3IUCA 3QB0A 3GDQA 3UKRB 2V52B 5E26A 4JHDA 3FZHA 2P9UA 1BDGA 3O80A 3WQTA 2A42A 2QWOA 4CZJA 3FZLA 3ZETA 4QS9A 3ZX0A 3OHRA 1S3XA 1RDWX 3EKSA 3FE1A 2FF6A 3MDQA 4BQLA 3EZWA 5BRFA 3MN5A 2GWJA 5KPTA 4H0PA 2YJFA 2ZGZA 5AQTA 3BF3A 5FPEA 5AQSA 3RSEA 5AFUA 3A0IX 4FWPA 3HZ6A 4GNIA 4PKHA 3D2FB 3ZEUA 2CGJA 1SQKA 3I8BA 4BR2A 4XH5A 4NB4A 5AQQA 1V4TA 3WQUA 1NM1A 1Y64A 2CH5A 4BRGA 1LOTB 4JNEA 5AQXA 5AQKA 3VEVA 3QICA 3AAPA 1BOTO 4CZLA 1J6ZA 5AQIA 1RFQA 3JXUA 1HLUA 3CJ1A 4B1YB 1U2VA 4YDUA 1BA0A 3TPQA 4AM6A 5I9EB 1SAZA 5AZIB 3G25A 3U9ZA 3LM2A 5BR9A 5EX5A 4PL8A 1SZ2A 1GLLO 1ZXOA 2ZGYA 1HKGA 3VESA 3DXMA 5EVZA 4O5FA 1HPMA 5AQWA 2A3ZA 4CZKA 1BO5O 3H1VX 4FWOA 3C0BA 4FWRA 3W0LA 2V7ZA 2CGKA 4CD1A 2D1KA 1KAYA 4RCHA 4FWNA 1ATRA 4IJAA 1IJJA 4IO8A 2GUPA 3H46O 3HBTA 4M63C 3LDOA 3ULEB 4IJNA 1GLDG 5EOYA 5F2RA 4K25A 1Q18A 1C0GA 4BR4A 2E8AA 4DB3A 4WQ5C 2D0OA 1YAGA 3M1FA 3S41A 4BC5A 2P9NB 1TUYA 1MWKA 2BUPA 2YHXA 3KHYA 4JD2B 5EXWA 2WUSA 2P9KA 4FPBA 3H45C 4AM7A 5F1XA 3J8AA 3MMVA 5KPRA 3C7NA 2P9IA 3UE5A 1NGEA 3U4LA 3JS6A 2YHYA 3WXIA 5BREA 3CERA 3SJHA 5JMVA 4ISFA 3LL3A 2P9LA 3WT0A 3EO3A 4B1ZA 3CJ9A 3FZKA 4IXCA 4EHUA 3FLCO 5EY4A 4BRQA 1P8ZA 1MWMA 4FO0A 3P4IA 1GLEG 1QQOA 3DXKB 1Z6RA 1BWFO 4HWIA 3MK6A 2IVNA 2YHWA 4KBOA 5AQFA 1TYQA 4CZFA 3M6GA 3WEEA 4BRHA 2FXUA 4IZ9A 3D2EA 3HSCA 1QZ6A 4BRKA 3A5NC 2EWSA 2E88A 3DWLA 3CJCA 2HF3A 4BVPA 3FR0A 1GLFO 5ELZA 3QBXA 4BREA 2ITMA 1K8KB 3R8EA 4H5NA 4BRFA 3VERA 2H3GX 2VWBA 4K42A 2QW9A 4Y0WA 4BGAA 5FPMA 1ESVA 3IFRA 3O1BA 1ATNA 3D7EO 5AQZA 2GWKA 3VENA 1EQYA 3L6QA 3GE1A 3MN6A 3SMSA 3A5LC 3WUHA 3U9DA 5AFUH 5AQHA 2Q2RA 1E4FT 4ISGA 2PBDA 5AQUA 4A2AA 4BR9A 2FSJA 2D4WA 1GLCG 2E2PA 2P9PB 4I6MB 4LC9B 4M7YA 3FGUA 1YUWA 4BR7A 3GG4A 5AQYA 3ZX2A 1G99A 3VGKA 2P9SA 3ATUA 1NGCA 3I33A 2DPNA 2QWLA 4RTFD 3VF4A 3CETA 3CQYA 1BUPA 3HI0A 3QBWA 3QFUA 1MA9B 3MN9A 5AZJA 3LDNA 3MCPA 4EIAA 5JLHA 2AA4A 3H3OB 4JHDB 3GL1A 2P9UB 3VGLA 4A62A 4O8KA 5LY3A 4CZHA 3H3NO 3VEWA 3ZETB 3WXJA 3L0QA 2I7NA 3VEZA 1Z05A 1ZBSA 5E84A 3B8AX 4M7XA 2GTDA 4H0YB 3UB5A 3KVGA 1NWKA 2P9NA 3CIPA 5ADXH 4JN4A 1QHAA 1HKBA 1NGAA 3HTVA 3IDHA 4WQ4C 3DJCA 3RSEB 4BVOA 3DAWA 1XC3A 4FOIA 3ENOA 1DKGD 4FOEA 1QQNA 1HX1A 4BGBA 4BQZA 1R59O 5AQRA 2F9WA 2GEMA 4H0OA 1NLVA 2HF4A 1NGJA 1H1VA 4QS7A 2HOEA 3EN9A 1U2VB 1QZ5A 1HJOA 4CZGA 3VGMA 3ATVA 3BP8A 3VEYA 1HUXA 1CZAN 3W3DA 3CQXA 4BR0A 4BRAA 4BC2A 4CZIA 1GLAG 3DXMB 2QWMA 4MO5A 1IG8A 2FF3B 4K43A 3EL2A 1JCFA 2Q97A 1X3NA 1WUAA 3UKUA 3CI5A 3SLCA 2FLOA 1NGHA 3O1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGDA 2KZZA 5M1OA 4FK4A 2QWNA 5FDLA 3JAMO 1VRTA 1BQNA 4CCHA 4F4KA 2F9TA 2BGGA 1NGFA 1VSDA 2IVOA 3SQ0A 4JV5K 3BUZB 4PKGA 4PKIA 1DEJA 4YHHK 4F8RA 3SJJA 3CCMN 2QKKA 4FK0A 3J7ZO 1KXPA 2JWLA 2E1ZA 4LF9K 4CHZA 4NXNK 3AVGA 3PIPL 4B3SK 4GV3A 1N32K 3C7NB 1SL0A 1QTMA 4JI3K 5DM6L 4KHPK 4R79A 3SMPA 3ZSZA 2P9LB 1NBWA 4CZMA 4YORA 3WNFA 3JSMA 4YOYA 1HNZK 3VEXA 1NGGA 3PX0A 1JJ2M 4MLEA 3J81O 4HCBA 3SCXA 3CCLN 4DLEA 4CVNE 1YITN 2HHXA 4LH5A 4WQ5A 2JWKA 1DGKN 1O13A 3F73A 1C1CA 3HP6A 5BRDA 4ID5A 4RW7A 3WEEB 5M1NA 3HPHA 4LFBK 1HQUA 4KREA 2VCPA 1MDUB 2CH6A 3OYCA 1D4XA 1RT1A 1SUQA 5BN9A 1KAXA 1X9WA 1NOZA 3IKMA 4M3RA 5LJVA 4H0VB 2BH1A 3V9ZA 1TKTA 4CJPA 3OYNA 2FSNA 1WBBA 4DCHA 2XO7A 4WF9L 1S5JA 1N8RO 4KB0A 2O8DB 1BGXT 4H03B 4B9TA 3F9KA 3OJUA 3OYGA 4DR5K 4KKOA 2O8EB 4CI6A 4X62K 3CC7N 5FPDA 2OA8A 4B9UA 1YVNA 4M3TA 3A5OC 3ZEUB 2NRVA 1X9MA 3BZCA 3LDPA 4JLHA 3N4QA 3CQ8A 2P9SB 3G0ZA 4LF8K 1BIUA 1BU6O 2A41A 1KRPA 3BEXA 4CJKA 5I3UA 4B9MA 3NH0A 3AA2A 1VSIA 1BCOA 2QM1A 1BISA 2V51B 4KH6A 4V19S 1T6DA 3ITHA 5CE3A 3U8XA 1D9FA 5ADXA 1SKRA 3SAGA 3VN5A 2G8IA 4FLXA 3KKSA 3OTOK 1FW6A 5KPZA 4KPYA 3C6UA 3K5NA 4B1XB 4BWJA 4KTQA 4B3MK 2Z1JA 1YVUA 4O0IA 2FSKA 3MECA 2F96A 4FWSA 3DXKA 2G8VA 4FM1A 2QWPA 4DR6K 4CZEA 2JGUA 5AQLA 3VQAA 3VQQA 2QWQA 3THWB 3O4QA 5J2PA 4F9OA 4DTNA 4XEIA 1Q9XA 3AO2A 3AGKA 1RDDA 4ICLA 3BF1A 2KTQA 4GY2B 4CE9A 4DUYK 5FRMA 4E7JA 2F7TA 5LMNK 4IEIA 4DSEA 2OANA 1HMVA 2ETJA 5BN8A 2NRXA 1WAJA 3S3OA 4BR5A 3OYIA 4RW8A 3LDQA 2YJEA 3CD6N 2J4RA 4W5OA 3FZFA 2A6AA 4NO7A 3KZBA 3OYKA 1XNQK 3K57A 3LDLA 2PYJA 3O6WA 4JAXA 3O5BA 4PQUA 1RTHA 3I0SA 1NOYA 2O8FB 4CK2A 3L3VA 4BRLA 4DF8A 4IFVA 3NGYA 1OKJA 3IRXA 3VQCA 5DMRA 5J2NA 2CGLA 5A2QO 3IUCA 5J1EA 4A57A 1IKXA 2HSTA 3SAHA 3O80A 3WQTA 2QWOA 4F2SA 4YOVA 3TWHA 4BE1A 1QQCA 3THXA 3KLGA 3ZETA 5T7BA 1NK5A 4CEFA 1JL1A 4AF1A 4M3ZA 3MWPA 3SQ4A 4KHNA 1O1WA 3MXIA 2Y1IA 2ZGZA 4JI4K 3BF3A 3ISNC 3RSEA 3OYDA 1TVRA 3P38A 3ZEUA 1K9MO 5GAHP 4GVEA 1UOCA 3CM6A 3QEWA 3PO5A 1V4TA 1NM1A 1JLQA 3NF7A 5AQXA 3SV3A 4FK2A 1SKSA 4CZLA 4FM2A 1RFQA 3CJ1A 2E6MA 1VQ5N 1U2VA 5I9EB 1QSSA 4JKDA 3G25A 4DV2K 1XMOK 3V9UA 4DS4A 3T1AA 1SZ2A 1FXXA 4JKEA 1HKGA 1KCFA 5EVZA 3TTDA 2A3ZA 3M8PA 1BO5O 4FWOA 4FWRA 2V7ZA 4NYFA 3AVHA 4E7IA 3OBYA 4DQIA 4JKCA 4FLZA 4LFAK 4IJAA 1IH7A 5KRSA 4I2PA 3HBTA 4FZZA 4K8ZA 4WFNL 4IJNA 1VQ4N 3MX5A 1C0GA 4A5AA 1LW0A 3TSQA 1EXQA 4BR4A 4ZTJA 3MWTA 4WQ5C 3KD5E 4Y1CA 1YAGA 3KK7A 4OX9K 4H8KA 3S3NA 3TAQA 3KHYA 2HVHA 2P5GA 5CHIA 3CFRA 3C95A 4AM7A 4HUGA 2WC9A 1OH7A 1EETA 3HXMA 2UUAK 4B9SA 1BCMA 5D3GA 2P9IA 3UE5A 3U4LA 2YHYA 3CERA 4BDZA 4KB1A 2FBYA 1NJZA 3WT0A 3EO3A 3CCRN 4OPKA 3CJ9A 3FZKA 4OLBA 2ZE2A 4KRFA 1RBRA 3ULDA 1TKZA 3HPGA 4DV3K 3MX2A 5JVHL 3ZT0A 1MWMA 5C2FA 3CM5A 1B9FA 2RHKA 2QXFA 1S1VA 5IWAK 1ITGA 3KLFA 4DU4A 2YHWA 4CHNA 3G6EN 4BRHA 2D5RA 1OVYA 3CCVN 2E88A 3O9QA 3CJCA 3MXMA 2DTUA 1X1PA 5CY4A 3FR0A 4M3WA 4RW4A 4DV1K 2O8BB 1VSHA 5HBMA 4BREA 1K8KB 1GOBA 4BRFA 3VERA 3E9OA 3IG1A 4BGAA 1K8AO 5FPMA 5GIPA 1ESVA 3RMAA 2ITGA 3D7EO 5HLFA 4HTUA 2DFFA 3TABA 5JS2A 4CIFA 3MN6A 3L2WA 4B9LA 3U9DA 5AFUH 3PUFA 4JI6K 3O3FA 1TL3A 2PBDA 4BR9A 3NBPA 2E2PA 3FGUA 4BR7A 3OS1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4NCB A;  4LC9 B;  3VMF B;  3EY1 A;  3NFA A;  2OPP A;  3I33 A;  3V1R A;  3SYZ A;  3V81 A;  3VF4 A;  3CET A;  1T05 A;  2QK9 A;  2KQ2 A;  4CJS A;  4CEA A;  3HI0 A;  3QBW A;  3NE6 A;  3MN9 A;  1NK8 A;  3LP3 A;  4CHP A;  3WXM B;  4B08 A;  3H3O B;  1JLE A;  4DKW A;  4DTJ A;  1C0T A;  4HVJ A;  1RBS A;  5LY3 A;  3VQ6 A;  1VRU A;  3H3N O;  3LDS A;  3VEW A;  1NK0 A;  3DRR A;  3L0Q A;  3VEZ A;  3THV A;  5E84 A;  4M7X A;  4CJR A;  4H0Y B;  3ZT1 A;  1KSP A;  3D6R A;  1HKB A;  3HTV A;  3IDH A;  4NLB A;  4WQ4 C;  4BVO A;  4IFY A;  4E0D A;  5CR4 A;  2XY5 A;  4A5B A;  1WAF A;  1DTQ A;  3ENO A;  5FRO A;  3THY A;  2LSN A;  3ZSX A;  3R1X A;  3RMC A;  2HF4 A;  2HBJ A;  2D0C A;  5C24 A;  5M1Q A;  1TKX A;  1CZA N;  3W3D A;  3CQX A;  4BR0 A;  4BRA A;  4KI6 A;  4L8R B;  1GLA G;  2QWM A;  4MO5 A;  2FF3 B;  3T1H K;  3V6D A;  4O55 A;  3I8D A;  3UKU A;  4LSL A;  3K5M A;  1S1U A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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