2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
5KQ8A 5ELZA 3M3ZA 1C0GA 1K8KA 3HSCA 4YDUC 2D0OA 5BRDA 1SZ2A 1QHAA 4CI6A 4A2BA 3M6GA 4B1XB 5AQQA 4L3QA 3D2EA 5AQRA 3ZEUB 3VPZA 4BRDA 3OHRA 2YJEA 1YXQA 2A40A 3UKUB 1DEJA 2P9UA 5AZJB 3H46O 3MK6A 1X3MA 3WT0A 1OKJA 3CQXA 3IMXA 2V7YA 4H0VB 2CGJA 2P9PB 4QS8A 1Q18A 3D7EO 2CGLA 4H5TA 1NGDA 2OANA 2P9IB 4K41A 5KPZA 2W41A 2E88A 4IO8A 3AY9A 5BPNA 2CGKA 1WUAA 4KBOA 3VEXA 2P9NA 3O8MA 4DHYA 2QM1A 3BF3A 3ZETA 1P8ZA 4FWRA 1BO5O 5BR9A 2IVPA 2NLXA 4FWQA 4GNIA 1GLLO 1RDWX 2ZWHA 4H5RA 2Q36A 3R9PA 5BRHA 4FOEA 3QFUA 4I6MA 4IXCA 1DGKN 1TUUA 1IJJA 3KHYA 4PKIA 5BPLA 3C7NA 3CQYA 2ITMA 3VGMA 3O4WA 3A5LC 3ATVA 3EKSA 3EO3A 3ATUA 5F0XA 3QDKA 5AQVA 5EY4A 3A5OC 4H0OA 4CBXA 2YJFA 3HBTA 3QFPA 4NB4A 5EX5A 3CJ7A 5AZIA 3EN9A 3DXMA 3WXLA 3VEZA 2GTDA 1NM1A 1GLEG 4A2AA 2V7ZA 3I8BA 4M7XA 2P9SA 2J4RA 2HF3A 4BC4A 1HKCA 4HTLA 1YUWA 3KZBA 3SJHA 4H5VA 1Z05A 3C0BA 1JCFA 1MWKA 1YVNA 5BN9A 5AQXA 1BA1A 3UE5A 4NO7A 5TKYA 4DB3A 2ZGZA 5E26A 5ADXA 4CZMA 1NGEA 4M63C 2H3GX 1MWMA 2PAVA 2Q1NA 5F1XA 2QWMA 4BR0A 5LY3A 5AQKA 2AA4A 3LDOA 4BVPA 4H0PA 5CE3A 5B8HA 4MLHA 2UYTA 1HLUA 4O5FA 3IUCA 3MCPA 4BRHA 3LDPA 3LDLA 4PL8A 4B1ZA 4H5WA 4J8FA 5FPEA 5AQOA 3U9DA 3VEOA 3UKUA 5AZJA 4FWNA 1ZXOA 4H03B 4M7YA 3FZMA 4BG8A 2I7PA 3CJ1A 3TU5A 3IDHA 1EQYA 5AQIA 4BRNA 4CZIA 2P9PA 2GUPA 5ADXH 2P9IA 3H1VX 2FSNA 3BUZB 3S41A 3WUHA 5AQSA 2HOEA 2GELA 2GWKA 3MDQA 3GG4A 2F9WA 4FWKA 5BRFA 3W0LA 1U6ZA 1SAZA 3FR0A 3QMLA 1RFQA 3UKRA 5AQGA 3H3OB 3FZHA 3CJCA 4WQ5C 1LOTB 3DXKB 1Z6RA 3EZWA 3GDQA 3J8AA 4BGBA 2Q0RA 4CZGA 3CJAA 2VYPA 4FWSA 2IVNA 3ULEB 4YDUA 3VEVA 1LCUA 4DQ8A 4BG9A 4MLEA 5JICA 1QQMA 4WQ5A 5F2RA 3BF1A 3KVGA 3O1WA 3DJCA 4RWTA 3LL3A 3ZX0A 3GBTA 2D0PA 3FFKB 3P4IA 3LM9A 4F9OA 4QS9A 4BRKA 4BQZA 3QBXA 3UKRB 4BRPA 3GOIA 5FPNA 3VEWA 3LM2A 2E2PA 3DWLA 2E2OA 5EVZA 3I33A 5EXWA 4H5NA 1HX1A 1MDUB 2QW9A 4JAXA 1MA9B 3MN5A 3VOVA 1R59O 2W40A 1S3XA 3VGLA 1NWKA 1TYQB 1JCGA 2QWPA 3QICA 1YAGA 3JS6A 4CZFA 2A41A 2YHXA 2BTFA 4BRGA 4BC5A 4BRFA 4EHTA 1ESVA 1T6DA 3BEXA 3O5BA 4FO0A 4ISEA 4BRMA 5AFUA 4JHDB 4FL9A 2ASPA 3QBWA 4FPBA 2DPNA 3A8YA 5AQUA 3VESA 2V51B 1X9JA 4CZHA 3VEYA 4BGAA 3MN6A 3FZLA 1XUPO 2V52B 4AM7A 1XC3A 4B1YB 5KPTA 1QQOA 2HMPA 3HTVA 3CETA 3W3DA 1HUXA 4PKHA 2A6AA 1E4FT 1U2VB 2P9LB 1NGJA 3L0QA 4CBUA 4AM6A 1NMDA 2YI1A 3CI5A 5AFUH 2YHYA 3FE1A 1NGIA 4CD1A 4BRQA 1ZC6A 2Q97A 3ZX2A 3U9ZA 4CZKA 3GE1A 5JMVA 3CERA 4MO4A 3SLCA 3HM8A 3LDQA 1GLFO 5E84A 4EHUA 3CIPA 2FSKA 4BR9A 5AQPA 3VERA 1BU6O 2F9TA 4DCHA 2KHOA 4FSVA 4B1UB 5I9EB 4WYBA 1BG3A 3WQUA 3SK3A 2VWBA 2CH5A 1QQNA 3R8EA 3DXKA 3EKUA 1NGFA 3O08A 2ZGYA 5JLHA 3BP8A 5BREA 4IJNA 4WQ4C 3R6MA 4A62A 4QS7A 1C0FA 5AQNA 3ULEA 1QZ6A 2IIRA 2IVOA 1D4XA 1ZBSA 1NBWA 3HZ6A 4BRIA 2QWNA 3A5MC 4BREA 2AP1A 1ATRA 4FOIA 2A5XA 4PKGA 2Q0UA 3FLCO 1BDGA 4K42A 5JLFA 1NGCA 4WQ4A 4E1JA 1X3NA 2HF4A 1JCEA 3VF4A 3RSEB 3WQTA 1QZ5A 2E2NA 3O1BA 3SMPA 2P9KB 2FSJA 4XEIA 1HJOA 4CZJA 4BRCA 4K43A 1V4TA 3MMVA 2GEMA 3G25A 1NGAA 3IFRA 1IG8A 4FWMA 5KPRA 3ID8A 3ENOA 1TYQA 4EIAA 5EOYA 3FZKA 4BROA 1J6ZA 2A42A 2BUPA 3DAWA 5AQZA 4CZEA 4CJ7A 3WXIA 5BN8A 3F9MA 3D2FB 2Q2RA 5AQTA 5FPDA 4K25A 1BA0A 4JHDA 2GWJA 2FLOA 4IZ9A 2FXUA 3H3NO 3AARA 3AAQA 3L4IA 2FF6A 3H1QA 4BC3A 2QWLA 2E1ZA 1RGIA 2NRHA 1V4SA 4FWLA 1GLCG 4LC9B 4IWVA 3WEEB 4JD2B 1ATSA 4O8KA 4XH1A 3SMSA 5LJVA 1U2VA 1WOQA 2P9LA 2QWOA 5AQHA 2QWRA 4B1WB 1CZAN 4ISFA 1K8KB 4BR4A 3ZX3A 3CJ9A 3WXJA 4FPAA 4BRAA 3A0IX 4EFHA 5AQFA 3D2EB 3U4LA 4Z94A 4BC2A 5AQYA 2P9UB 1BUPA 4XH4A 4C23A 1DKGD 3B8AX 3EL2A 4H0XB 1NGHA 1NLVA 4BVOA 1GLAG 1KXPA 1H1VA 2VCPA 3UB5A 1KAZA 4BR7A 4BRLA 3H6EA 3AAPA 3MN9A 1SQKA 4GY2B 4RTFD 2I7NA 2FF3B 2ASMA 2PBDA 3MN7A 4B1VA 5KQDA 1S22A 1HKBA 2P9NB 2E1YA 1T6CA 4Y0WA 3FZFA 5AR0A 1NGBA 2D4WA 3ZETB 5AQLA 4CZLA 2WUSA 4BR5A 1GLDG 4B9QA 4A61A 2E2QA 3VF2A 4I6MB 1E4GT 4ISGA 3RSEA 3L6QA 4BR2A 3C7NB 1TUYA 2P9KA 3WXKA 2ASOA 5LJWA 1ATNA 1NGGA 3ENHA 4JNEA 4RCHA 3VETA 3LDNA 3O6WA 3FGUA 2YHWA 3TPQA 4MO5A 5AZIB 3O80A 4FWOA 3DXMB 5BPMA 1KAXA 3VGKA 1BWFO 5AQJA 2QWQA 1KAYA 2E8AA 2CH6A 2NZTA 3VF6A 4CD3A 4FWPA 4EAHD 3D2FA 1G99A 2EWSA 1XQSC 2P9SB 4H0YB 4XH5A 5AQMA 2ZF5O 3ZEUA 3VENA 1BOTO 3CHWA 1HKGA 1GLBG 1HPMA 1T44A 3JXUA 2A3ZA 4HWIA 2D1KA 3QB0A 2YCHA 3U8XA 3A5NC 3H45C 3WEEA 4CBWA 4BQLA 1Y64A 4JD2A 1GLJO 2E20A 5FPMA 5AQWA 3M1FA 2Q31A 2QXLA 3GL1A 3CJBA 4PL7A 4H0TB 3HI0A 4IJAA 4JN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZD1A 3RR8A 4FK4A 4FM2A 2D0OA 4FJLA 4GKKK 4B1XB 1XMOK 4L3QA 4DV7K 3D2EA 3VPZA 4BRDA 3G6EN 2YJEA 1YXQA 2A40A 1HNZK 2P9UA 1WLJA 4NYFA 4YOTA 3QEWA 1OKJA 2CGJA 4CEBA 3VA0A 2CGLA 3TSQA 5DM6L 1NGDA 1N5YA 2OANA 4K41A 4LF6K 1VK0A 4IO8A 1K8AO 2EHGA 3NH2A 2UUBK 1VQON 2CGKA 3MWTA 3OYFA 4DF8A 3DLHA 1C1CA 3PX4A 1FJGK 3RRHA 2P9NA 3T69A 4YOVA 1S1VA 2OZSA 1S5JA 4DHYA 2QM1A 2IVPA 2VWKA 4DR5K 3SV4A 1WAFA 4JS5A 3ZSZA 3OYLA 5BRHA 4I6MA 1IJJA 1VSIA 4CF8A 5BPLA 3SBTA 1KLNA 4M3XA 1B9FA 3CQYA 3KD1E 3O4WA 3ATVA 3EO3A 3ATUA 4NCGA 4KHSA 5EY4A 4WE1A 2HMIA 2W42A 3ZT3A 3HBTA 3VA3A 3THWB 1C6VA 5AZIA 3LAMA 5J2MA 3E01A 2HBJA 3VEZA 4DTPA 1NM1A 3E1YA 2NRRA 4B8AB 4FJNA 3LDSA 3I8BA 1Y97A 4M7XA 4B3SK 2P9SA 4IFYA 3MX2A 1YUWA 3VQ5A 4H5VA 2UU9K 3D6RA 4C8NA 1BA1A 4GVEA 3O9RA 2NRXA 4O8UA 3BZKA 4BDZA 5E26A 5ADXA 3HT3A 2ZM6K 3IAYA 4FZYA 2QI2A 3EZ5A 2Q1NA 3B6PA 5F1XA 2QWMA 2KTQA 1K6YA 1J5OA 1N34K 4X66K 1RDAA 4U67L 4E1NA 3NGZA 4MLHA 2UYTA 4BRHA 3IUCA 3C65A 4W5OA 1NG9A 4B1ZA 4OLAA 4CVNE 5AQOA 3VEOA 3UKUA 5AZJA 4H03B 5E41A 1KSPA 4M7YA 4WF9L 4BG8A 2I7PA 3CJ1A 3L2RA 4FJIA 1VQ5N 2P9PA 4KI6A 4OKEA 5ADXH 2P9IA 2DFHA 3WNFA 4CGHA 3WNEA 4F4KA 3S41A 5AQSA 2HOEA 1TK0A 2HHTA 3ISNC 3GG4A 4JKHA 4FLZA 5BRFA 4PHTX 2HHUA 1U6ZA 1L3UA 3QMLA 3IS9A 4XIUA 1WNSA 3PX0A 3H3OB 4CK3A 3IG1A 5AJ3K 1VQ9N 1BISA 1LOTB 3GDQA 4CFBA 2Q0RA 4CZGA 3CJAA 1HYZA 3PUFA 3QNOA 3PIOL 2VYPA 5J2QA 2B4JA 3I0SA 2GX9A 2KFNA 2IVNA 3ULEB 4YDUA 3CC2N 3AVAA 4MLEA 4OKJA 3BF1A 3RVCA 3O1WA 3G4SN 4BWMA 3DJCA 2RHKA 3FFKB 1YF5L 1IO2A 3LM9A 3AA5X 1TK5A 4BQZA 5LMUK 2VGMA 4DV0K 2OCEA 4B9TA 4BRPA 5FPNA 1BCOA 1CZBA 4I2PA 2E2PA 3VQQA 1IH7A 1WSIA 4CF1A 2A1SA 5EVZA 3OTOK 3NGIA 3SZ2A 4H5NA 1HX1A 1MDUB 3S9HA 4FLYA 1HJRA 2YX6A 5TKWA 2OA8A 2W40A 4CESA 4DSIA 2XY8A 1EX4A 1B92A 2LSNA 3KKSA 4QAGA 2VG5A 1XI1A 1SKWA 2A41A 2BTFA 3L2VA 4BRGA 3O5BA 4ISEA 4K8XA 3LP3A 3AVCA 3MECA 4OVLA 4JHDB 5C12A 4Q5VA 3QEIA 3QBWA 4FPBA 3RTVA 3SV3A 3ZSWA 3KK7A 5AQUA 4F3TA 2V51B 3HVTA 2Q3SA 3VEYA 3FZLA 4IEIA 2V52B 1W2BM 1RTDA 3VQPA 2DY4A 3HOTA 2HMPA 3CETA 3VQBA 4FJJA 4LD0A 4DFMA 3U6FA 3K0SA 1RBTA 1NGJA 3V9SA 3THVA 4BDPA 5HRNA 2O8FB 3O9QA 5GAEP 3QERA 5GADP 3LWLA 4JK7A 3KTQA 1KCFA 4BRQA 4OX9K 3ZX2A 4CZKA 1LW0A 3GE1A 1YHQN 3SPZA 3HM8A 1JLQA 4NCBA 1ITGA 3TANA 5AQPA 1S1TA 1C0UA 4FSVA 2Z1JA 2E6LA 4CEZA 1BG3A 3SNNA 2CH5A 3AVGA 3NDKA 3THXA 3V81A 5CY4A 1VQLN 2ZGYA 3CM6A 3BP8A 1C0FA 2IVOA 4I7FA 1YVUA 1WSHA 3A5MC 1IKWA 4GVMA 4DQRA 1Q7YO 4KHNA 4WQ4A 4E1JA 1X3NA 2G8VA 3NF7A 1TKTA 3WQTA 4AF1A 4N5SA 4CZJA 3P1GA 5JVHL 1NKEA 1RCHA 4DMNA 2AJQA 1L3SA 4IKFA 1IG8A 5KPRA 1CZ9A 4JKEA 1HNXK 4N47A 1TYQA 4RW8A 5J2NA 5EOYA 5FDLA 4QOZB 4CJ7A 1NK6A 3O3GA 4DTJA 4DS5A 3VQCA 3DM2A 3Q7BA 4JI3K 5FPDA 3LZJA 1BA0A 3M8RA 1FW6A 2F4VK 2KW4A 3AARA 1JLBA 2D0BA 1QSLA 3H1QA 1TGOA 2HHQA 2NRHA 4LC9B 4JD2B 1ATSA 1C0MA 3SPYA 1RTJA 2HSTA 4ZHRA 1YIJN 3J7AP 3SMSA 4YY3K 1U2VA 1WOQA 4M3TA 1YITN 3S3OA 2QWRA 2D0AA 1HYSA 1YJWN 2KLAA 3CJ9A 5KGXA 3NF9A 4FPAA 4BRAA 4DV6K 3NHGA 1BCMA 2O8EA 4JI7K 2PY5A 4Z94A 2KQ2A 2RE2A 4DF4A 4C23A 1RTHA 1DKGD 3B8AX 4C8MA 4H0XB 1C1BA 1WAJA 3IKMA 1FK9A 1RT7A 4J2DA 2NRZA 3VQDA 4HHTA 3H6EA 3MN9A 4DQPA 4GY2B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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