The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
122
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sequence length |
336
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structure length |
336
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Chain Sequence |
MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
|
| publication title |
The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
122
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| structure length |
336
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| sequence length |
336
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase. |
| pdb deposition date | 2015-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00814 | Peptidase_M22 | Glycoprotease family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SK3 A; 2V7Z A; 4PKG A; 3O1W A; 3C7N B; 4JHD B; 4WQ5 A; 5EOY A; 4BRL A; 4FL9 A; 3QFP A; 2F9T A; 1DGK N; 4FWN A; 4NO7 A; 3VER A; 1CZA N; 1BG3 A; 3GOI A; 3L6Q A; 3VET A; 5JLH A; 3W3D A; 4JD2 B; 3SJH A; 2A5X A; 3FE1 A; 3LDQ A; 4BQZ A; 1XUP O; 3VEY A; 1LCU A; 3HBT A; 1TYQ A; 4BG9 A; 3BF1 A; 3S41 A; 1MDU B; 3U9Z A; 1QQN A; 2Q36 A; 3O5B A; 1GLA G; 4CBX A; 4M7Y A; 4BRK A; 3JXU A; 3FZH A; 3QDK A; 4M63 C; 3FZK A; 4K43 A; 3ZX3 A; 2DPN A; 2E2O A; 3QBW A; 3RSE B; 2P9U A; 5E26 A; 2GEL A; 4PKI A; 4BR5 A; 1X9J A; 1DEJ A; 4AM7 A; 3CJ9 A; 3LDP A; 4QS7 A; 1ZC6 A; 5AQO A; 1DKG D; 2D4W A; 3O1B A; 1ESV A; 1JCF A; 1X3M A; 1J6Z A; 4H0V B; 5KQ8 A; 3ATV A; 4FWQ A; 4CZL A; 1EQY A; 3ATU A; 5FPM A; 5I9E B; 1K8K B; 2IIR A; 3VEW A; 2E8A A; 2ZGZ A; 3F9M A; 1QQM A; 1V4S A; 1RDW X; 1ATS A; 1YAG A; 3QFU A; 2YHY A; 2A3Z A; 3CJC A; 2E2N A; 3DWL A; 1HJO A; 3EL2 A; 3UB5 A; 1NGF A; 2D0P A; 3CQX A; 4JAX A; 4BR7 A; 1GLJ O; 1T6D A; 2VWB A; 1KAZ A; 2Q2R A; 3UKU B; 1T44 A; 1C0G A; 4C23 A; 1NGB A; 3WXL A; 2IVN A; 3BUZ B; 3GDQ A; 4GNI A; 3ZX0 A; 5KPR A; 4JNE A; 1U2V B; 2Q0R A; 4H0Y B; 3EKS A; 4ISE A; 2HF4 A; 2BTF A; 3FZL A; 4ISG A; 1HUX A; 3DJC A; 4MLE A; 3HM8 A; 4BRH A; 2P9I B; 3R6M A; 4WQ4 C; 5AQF A; 4CZK A; 3D2F B; 3WQT A; 1NM1 A; 4H0O A; 1JCE A; 2PBD A; 5FPN A; 5LJV A; 3A0I X; 5AQP A; 3ULE A; 4FSV A; 4FPB A; 4BVO A; 5AZI B; 5BRD A; 2W40 A; 5AQK A; 2D0O A; 4RCH A; 1BDG A; 3UKR A; 2GUP A; 5AQG A; 3MCP A; 1RFQ A; 5BPN A; 1U6Z A; 2HOE A; 2W41 A; 5AZJ A; 4FWL A; 4LC9 B; 4JN4 A; 2CGL A; 3H45 C; 5LJW A; 2YCH A; 4BRQ A; 3VEO A; 3VES A; 4BRP A; 4EAH D; 1HX1 A; 3WEE B; 2QWN A; 2EWS A; 4BRD A; 2P9S B; 1BA1 A; 2FXU A; 3O80 A; 4B1U B; 3LDO A; 4BRG A; 3CJ1 A; 4FWP A; 4B1X B; 1BWF O; 3CQY A; 1NGH A; 3R9P A; 5FPD A; 3I33 A; 5F2R A; 2QW9 A; 4CBU A; 3EO3 A; 3EN9 A; 2P9K B; 2P9P B; 3H1V X; 4HWI A; 1ATR A; 1HKB A; 3CJ7 A; 3CIP A; 4CZM A; 3AY9 A; 3WUH A; 4CJ7 A; 2ITM A; 3C7N A; 2A40 A; 3ENH A; 4AM6 A; 4JHD A; 1XC3 A; 4K25 A; 4EFH A; 4F9O A; 1R59 O; 3LDL A; 4YDU C; 4YDU A; 3DXM B; 4L3Q A; 4BRM A; 4FWO A; 2ASM A; 4XH1 A; 4BC4 A; 3MN7 A; 4K42 A; 2WUS A; 1HPM A; 4FOI A; 2H3G X; 4XH5 A; 1NGI A; 5F1X A; 1ZBS A; 3FGU A; 2Q1N A; 1E4F T; 1GLE G; 1BA0 A; 3MMV A; 1NGC A; 4K41 A; 1V4T A; 5EVZ A; 2QWR A; 4KBO A; 3RSE A; 1KAY A; 3H1Q A; 3MN6 A; 4I6M B; 5EY4 A; 1P8Z A; 1Q18 A; 4BRE A; 2HMP A; 3O08 A; 4DB3 A; 1D4X A; 2E1Y A; 2CGJ A; 1NGA A; 1NMD A; 4PL7 A; 1RGI A; 3C0B A; 1BUP A; 1NGG A; 2FSJ A; 1GLC G; 4FPA A; 4H0T B; 1NGD A; 2E2P A; 5CE3 A; 2VCP A; 1K8K A; 3H3O B; 5ELZ A; 3FFK B; 3LM9 A; 1GLB G; 5EX5 A; 4B1V A; 2A41 A; 3CHW A; 3SMP A; 3BP8 A; 1BOT O; 1SQK A; 5AQM A; 1NGE A; 3WT0 A; 2GWJ A; 4CZI A; 1BO5 O; 1TYQ B; 5AQQ A; 4HTL A; 3VOV A; 3BEX A; 1TUY A; 1SAZ A; 2FF3 B; 2J4R A; 5AQH A; 3O8M A; 3U9D A; 2FSN A; 3GE1 A; 3H3N O; 2GTD A; 3CER A; 3HI0 A; 1ZXO A; 3VGK A; 1OKJ A; 2P9I A; 1QZ5 A; 4CZH A; 5AQJ A; 5AQS A; 3D2F A; 4PKH A; 5AQU A; 2IVP A; 4BRO A; 1YXQ A; 5JIC A; 3AAQ A; 5AZI A; 4WQ4 A; 3WXJ A; 4EHT A; 1YUW A; 3B8A X; 2QWP A; 5AR0 A; 2E88 A; 4FWR A; 1QQO A; 1BU6 O; 3WXK A; 2PAV A; 3D2E A; 4BGA A; 3DXK A; 4A62 A; 1GLF O; 5AQW A; 5JLF A; 3HSC A; 2YJF A; 2KHO A; 5BRF A; 5KPZ A; 2P9L B; 3P4I A; 4BC3 A; 1QHA A; 3KVG A; 3EZW A; 4A2A A; 1WUA A; 4M7X A; 2P9S A; 4IZ9 A; 2CH5 A; 2YHX A; 4MO5 A; 3GG4 A; 4IO8 A; 5AQL A; 3FZF A; 4H5N A; 1E4G T; 4Y0W A; 1MA9 B; 4CZJ A; 1LOT B; 4BRC A; 4PL8 A; 2P9K A; 3A5O C; 2P9P A; 3IMX A; 4FWK A; 2A6A A; 5AQN A; 5AQV A; 4MO4 A; 1NWK A; 2P9N B; 1GLL O; 2CGK A; 4DHY A; 4IJA A; 2A42 A; 2YJE A; 3DAW A; 4H5V A; 3ZET A; 4H0X B; 2E20 A; 4FWS A; 3H6E A; 4B1Z A; 3U8X A; 4RWT A; 5BN9 A; 4QS9 A; 5AZJ B; 4B1Y B; 1HLU A; 2D1K A; 2ASP A; 2Q31 A; 3GBT A; 5KQD A; 3VEZ A; 3ZEU B; 4JD2 A; 3VGL A; 3VF4 A; 4BRA A; 2CH6 A; 5BRH A; 5AQZ A; 3D7E O; 4RTF D; 1NLV A; 3QIC A; 4B1W B; 4CZG A; 2IVO A; 1MWM A; 3IDH A; 3W0L A; 1Z05 A; 1IG8 A; 3VEX A; 2FSK A; 3LDN A; 4H03 B; 2QWQ A; 1KXP A; 5LY3 A; 4A2B A; 2E1Z A; 4WQ5 C; 2E2Q A; 3R8E A; 5BN8 A; 2BUP A; 1MWK A; 3HTV A; 1JCG A; 2NRH A; 4FO0 A; 1X3N A; 3O4W A; 5BPM A; 4XEI A; 4H5W A; 3M6G A; 4H5R A; 2GEM A; 3WQU A; 3L4I A; 1C0F A; 3FLC O; 1ATN A; 2ZWH A; 3A8Y A; 3U4L A; 3VGM A; 5BR9 A; 2NZT A; 2ZGY A; 3ID8 A; 3A5M C; 5AQI A; 3UKU A; 3MDQ A; 4CD1 A; 4MLH A; 4B9Q A; 5AFU A; 3H46 O; 3HZ6 A; 4CD3 A; 3ZX2 A; 3M3Z A; 4O8K A; 1U2V A; 4A61 A; 3QBX A; 1YVN A; 2P9U B; 2VYP A; 4WYB A; 4BRI A; 3ENO A; 3QB0 A; 4ISF A; 5BRE A; 4BR4 A; 3CJB A; 1G99 A; 3SMS A; 2YI1 A; 3MN5 A; 2QWL A; 4IWV A; 4QS8 A; 1HKG A; 3CET A; 2V51 B; 4H5T A; 2ZF5 O; 1S3X A; 4NB4 A; 4BG8 A; 4CZE A; 3EKU A; 2QWM A; 4BC2 A; 3IUC A; 2I7N A; 3BF3 A; 2P9L A; 2NLX A; 5F0X A; 5FPE A; 3CI5 A; 2Q97 A; 1T6C A; 3QML A; 4BRF A; 3LM2 A; 3VPZ A; 2YHW A; 3AAR A; 1NBW A; 3FZM A; 1NGJ A; 4GY2 B; 5AQR A; 3VEV A; 3AAP A; 5BPL A; 1SZ2 A; 1XQS C; 3WEE A; 2ASO A; 4EIA A; 3J8A A; 4CZF A; 3MK6 A; 2GWK A; 1GLD G; 2QXL A; 2QM1 A; 2FF6 A; 5AQY A; 3O6W A; 4CI6 A; 3TU5 A; 3UE5 A; 5ADX H; 2P9N A; 4DCH A; 2AP1 A; 1Z6R A; 3L0Q A; 3G25 A; 4E1J A; 3TPQ A; 4J8F A; 3VEN A; 2Q0U A; 3ULE B; 2FLO A; 3D2E B; 2F9W A; 3CJA A; 3DXK B; 5JMV A; 2UYT A; 4BR9 A; 5EXW A; 3LL3 A; 4BR2 A; 3UKR B; 1IJJ A; 3DXM A; 3GL1 A; 1WOQ A; 4BC5 A; 5AQX A; 1S22 A; 3IFR A; 1KAX A; 3VF6 A; 1H1V A; 3ZEU A; 4BVP A; 2V7Y A; 3WXI A; 3KHY A; 4DQ8 A; 3JS6 A; 4BRN A; 4FOE A; 4O5F A; 5E84 A; 4XH4 A; 3M1F A; 5AFU H; 5B8H A; 4FWM A; 1HKC A; 4H0P A; 2I7P A; 4BGB A; 2AA4 A; 3MN9 A; 3A5N C; 1QZ6 A; 3KZB A; 3OHR A; 4I6M A; 2QWO A; 1TUU A; 3A5L C; 3I8B A; 4BQL A; 4IJN A; 3VF2 A; 4Z94 A; 5AQT A; 3SLC A; 3FR0 A; 2OAN A; 3ZET B; 5TKY A; 5KPT A; 2HF3 A; 2V52 B; 4CBW A; 1Y64 A; 4IXC A; 4EHU A; 5ADX A; 4BR0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FK2 A; 4FJ9 A; 4JHD B; 5EOY A; 2JWL A; 4DS4 A; 4KRE A; 4M3U A; 4CHN A; 3QFP A; 1NMN A; 1DGK N; 4NO7 A; 3CC4 N; 3L3V A; 2B6A A; 1CZA N; 3N4Q A; 3GOI A; 3L6Q A; 3VQP A; 1RT2 A; 4CED A; 2HB5 A; 4JD2 B; 4JI8 K; 4W5Q A; 1EX4 A; 4BQZ A; 5GAD P; 1XUP O; 4BG9 A; 3BF1 A; 1RDU A; 3HK2 A; 3U9Z A; 4AHR A; 5KRT A; 1QQN A; 2HBJ A; 3O5B A; 4CBX A; 4X62 K; 4YNQ A; 4KRF A; 1FXX A; 4HCB A; 3J7A P; 3I56 N; 4B3M K; 2VQF K; 2I5J A; 3KIO A; 1HQE A; 2DPN A; 2P9U A; 3JAM O; 4BY9 C; 3K2P A; 4AM7 A; 3LDP A; 4QS7 A; 3L2Q A; 1SKS A; 1ZC6 A; 2D4W A; 3O3G A; 1L5U A; 1X3M A; 1J6Z A; 3ATV A; 4CZL A; 4IO9 L; 3ATU A; 1JXE A; 3QNN A; 4LF8 K; 1YAG A; 3MAQ A; 1Q81 O; 4H8K A; 2E2N A; 3DWL A; 1HJO A; 3EL2 A; 1NGF A; 1EP4 A; 4F2S A; 3PV8 A; 1J53 A; 2D0P A; 3CQX A; 4JAX A; 3AVI A; 4BR7 A; 4KH6 A; 1GLJ O; 1IV0 A; 4A5A A; 2Q2R A; 3CFP A; 1T44 A; 4C23 A; 2ZJP L; 2IVN A; 3BUZ B; 4DV1 K; 1BI4 A; 4CCH A; 3KLH A; 1T7P A; 1B9D A; 1U2V B; 2Q0R A; 4ISE A; 3OYJ A; 3HPO A; 2HF4 A; 2BTF A; 1NG9 A; 4DQI A; 3FZL A; 3DJC A; 4BRH A; 3HM8 A; 3TTC A; 5AQF A; 3K9J A; 1S72 N; 4JI1 K; 3WNG A; 5DMR A; 3AV9 A; 4H0O A; 4BWJ A; 1Q8I A; 4KTZ A; 4FSV A; 1TKT A; 3HPH A; 5AZI B; 4IG0 A; 4CEZ A; 3LP0 A; 5AQK A; 1VSI A; 1L3V A; 2HHS A; 1EO1 A; 2VWK A; 4B3T K; 4ELT A; 1LAV A; 4Z4F A; 5AQG A; 4BDZ A; 5BPN A; 5LMU K; 1U6Z A; 2HOE A; 4CFA A; 3KK3 A; 4FWL A; 4H4M A; 2NRR A; 3RRG A; 2D0A A; 3T1A A; 2YCH A; 2O8E B; 4JEP A; 3VES A; 4BRP A; 4CF1 A; 4EAH D; 4ILG B; 3WEE B; 1KVB A; 2P9S B; 3O80 A; 1GOB A; 2DFH A; 3NH0 A; 1BWF O; 1NGH A; 5FPD A; 1ZYQ A; 2GV9 A; 4YOR A; 4X65 K; 4CBU A; 3EN9 A; 5GAE P; 1ATR A; 4F3O A; 3CIP A; 4CZM A; 3LAK A; 3I0S A; 4FLW A; 3C7N A; 2A40 A; 1J5E K; 1R59 O; 4JI2 K; 4YDU C; 4YDU A; 4L3Q A; 4LF4 K; 3L4Q A; 4Z4C A; 3MN7 A; 4EP4 A; 3OYG A; 1HPM A; 3WNH A; 4CEC A; 3K0S A; 4DV4 K; 1NGI A; 4JKB A; 4E19 A; 4DR5 K; 3CCU N; 4FXD A; 4ZHR A; 2JLE A; 3NGI A; 4JI4 K; 1NGC A; 3CYM A; 4DV3 K; 1WSE A; 5EVZ A; 1KAY A; 1NK4 A; 4KB1 A; 2YHB A; 1QS4 A; 4FYD A; 4I9Q A; 4A5B A; 2HMP A; 3PLA A; 3K5N A; 4DWI A; 1NGA A; 3AO1 A; 2O8F A; 4PL7 A; 3C0B A; 2FSJ A; 4FPA A; 4H0T B; 1BQN A; 2OTL N; 5CE3 A; 4FLU A; 5ELZ A; 4C8K A; 1GLB G; 2IOC A; 3THX A; 3BP8 A; 1SQK A; 1O13 A; 1KQS M; 4LF5 K; 2VWJ A; 4JRP A; 3I0R A; 4CZI A; 1BO5 O; 2ZQB A; 1TYQ B; 5K14 A; 3QES A; 4E7I A; 4CFD A; 2J4R A; 1SAZ A; 4KAZ A; 1CLQ A; 3TAN A; 2GTD A; 1LW0 A; 4CZH A; 5AQJ A; 5AQS A; 3D2F A; 3KD5 E; 3OS0 A; 3CCS N; 4FK4 A; 2VGN A; 2YX6 A; 4RW6 A; 5AQU A; 3NBP A; 1YXQ A; 3L3U A; 3AAQ A; 3CM5 A; 2WON A; 1YUW A; 3B8A X; 3PSF A; 1X9M A; 1N8R O; 4FWR A; 4LSN A; 1EET A; 1YJ9 N; 3V9S A; 4KH4 A; 3SQ2 A; 4KHN A; 1C1B A; 3VMF B; 3KTQ A; 1VSK A; 4BGA A; 4X66 K; 4OPA A; 3PY8 A; 3PIP L; 4IEI A; 5AQW A; 2O8C A; 2KQ2 A; 5MLC Q; 3THW B; 1D8Y A; 5GIP A; 4JV5 K; 3QEP A; 1SL1 A; 5KPZ A; 3P4I A; 1QHA A; 4YOV A; 1JLB A; 1LWF A; 1IH7 A; 1L3T A; 2CH5 A; 1VQ6 N; 4J2D A; 3SQ0 A; 4E7H A; 3V9U A; 5AJ3 K; 4H5N A; 1E4G T; 3QIP A; 1MA9 B; 4BRC A; 1DTQ A; 4PL8 A; 2PYJ A; 2OZM A; 2P9N B; 1GLL O; 2CGK A; 4B9V A; 4IJA A; 2A42 A; 3T19 A; 5FRM A; 4FWS A; 4B1Z A; 1A5X A; 2P1J A; 4MDA A; 5AZJ B; 4JKF A; 3OTO K; 3QEX A; 3QLH A; 3GBT A; 1ZBU A; 5GIN A; 1HNV A; 4JD2 A; 3VGL A; 3VF4 A; 2G8U A; 3UIQ A; 3CCE N; 3OYA A; 3D7E O; 1JXB A; 1WSF A; 1NLV A; 3QIC A; 2IVO A; 3IDH A; 3P31 A; 1Z05 A; 3THY A; 2E4L A; 1IG8 A; 1NK8 A; 4M3T A; 3DRS A; 4DR2 K; 2QWQ A; 1KXP A; 1S6Q A; 2E1Z A; 1NKC A; 3OYM A; 1OH5 A; 4WQ5 C; 3R8E A; 2HNY A; 1WSH A; 1X3N A; 4PY5 A; 3M6G A; 1KSP A; 4C8L A; 4CJ3 A; 3L4I A; 2IS3 A; 4AHU A; 1EWR A; 3U4L A; 3V9Z A; 3SCX A; 3ID8 A; 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