1B9DA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 51
structure length 143
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9dA00
4DFKA 2IAJA 5SWMA 3T1AA 4LY7A 1Q9YA 3B6PA 3RMCA 3V9SA 3KJVA 1RBTA 1S6QA 1WSFA 1BISA 3NF9A 4M41A 4FJIA 2F8SA 4CE9A 1RTJA 2LSNA 2O4GA 3QLHA 4IG3A 4CFDA 4FYDA 1IKVA 5I42A 4L8RB 1XI1A 3V1QA 4DTOA 4M3RA 1WSGA 1QSYA 3KLIA 4AILC 3ZSQA 4B8CA 4DS4A 4E0DA 1T03A 3M8RA 1VSIA 1IH7A 3AVJA 3NH2A 4B08A 3ITHA 3U3GA 2W42A 3KLEA 4FZYA 4CJWA 1BCMA 4CJ5A 3OS2A 3ALYA 3I8DA 3SV4A 1N5YA 4Z4GA 2E6LA 4CERA 3LP3A 4CJ4A 3NCIA 3RTVA 3AVMA 1VSFA 3SI6A 4FJNA 3MXMA 4OJRA 4CEDA 3IRXA 3QERA 1EX4A 2BDPA 4NCAA 3V1RA 3OVNA 4CIEA 4CJTA 4DSJA 1U45A 1VSDA 3SQ2A 2G8KA 3QEWA 2BE2A 3OYMA 1LAVA 5SZTA 3HXMA 4O44A 4DLEA 1TK8A 4B9TA 3AVIA 3OY9A 3PX0A 4I2PA 4CHYA 4CEAA 2PY5A 1S5JA 3SQ4A 5CYMA 3VQQA 4KRFA 4BACA 2ZD1A 3CG7A 2FC0A 3QINA 3KIOA 4HUGA 1ASWA 1WSHA 4CJQA 4CHPA 1QTMA 4C8LA 4F8RA 4CEEA 1TK0A 5DMRA 1KLNA 5E41A 3U6FA 3AVFA 1SL1A 2E6MA 4CEZA 4LD0A 4BDZA 4CHNA 1DTTA 4M3YA 4Z4EA 4CFBA 4M3WA 4KREA 3D0PA 1TKZA 4AHUA 3LZJA 4BE1A 4DTJA 2D5RA 2RF2A 4FZZA 4E7JA 1RBRA 1VSEA 3LPTA 5JS2A 3IS9A 3WNGA 1HNIA 4Q0BA 1J54A 3G10A 5C24A 4BWMA 3TR8A 4FJ9A 1SKWA 3LPUA 2VG7A 4FLZA 2I5JA 4RW6A 1G15A 1D5AA 1BIZA 1IKYA 1RBVA 1RDAA 2VG5A 3K5OA 3MECA 3ZSVA 4ID1A 1UA1A 1LAWA 1F21A 3M8SA 4FM1A 3RRHA 4ELUA 3ZSXA 3DRRA 4E7LA 4KO0A 4CCHA 3S3MA 2BGGA 3B6OA 3DI6A 2QKKA 3DRPA 3VQEA 4M3XA 1U48A 3KK3A 5DK5A 1WLJA 3KLFA 3RMBA 4PUOA 2IS3A 5I3UA 4H4OA 1BHLA 3OYJA 4Y1CA 3SCXA 3VQAA 5KRSA 4Z4FA 1NJXA 1NJZA 3KD1E 3I0RA 3SUNA 3ZSRA 1X9MA 3PO4A 2FBYA 1CZ9A 4CK1A 4YFUA 2GBZA 3SPYA 4LH5A 2X74A 1ZBHA 1HQEA 3DLGA 4W5TA 3PX4A 4NCBA 4HTUA 3QNNA 1UOCA 4DQIA 4B9MA 3S9HA 4M42A 4M3TA 4KHYA 3S3NA 1ZBUA 4KV8A 1HYVA 3THVA 1ZBLA 4HCCA 4JS5A 4CECA 4CGIA 4DG1A 4QCLA 1XWLA 3TABA 3VQBA 2B6AA 5KRTA 4YNQA 3AA5X 3OYKA 1ZBIA 3LDSA 3KKRA 2VG6A 2JGUA 1C1CA 4CF0A 5KGWA 4OGEA 1ZBFA 2F8TA 5HBMA 4EZ9A 1HMVA 3HT3A 3BDPA 1MU2A 3AO1A 3NE6A 1NJYA 1TGOA 4JRQA 3QEXA 4FJHA 3IG1A 1JXEA 4G1QA 4I9LA 4E89A 1NK6A 1B9DA 1C0UA 2XY6A 4EZ6A 4B3OA 1IO2A 3PO5A 4CHOA 3C95A 4C8NA 4FJMA 4CIFA 1RT6A 3SQ1A 4TSXA 3VQ4A 1CZBA 4CEOA 3HPHA 4FZXC 3OS1A 1T8EA 4CJVA 5CYQA 1UWBA 3DLKA 4CGDA 1NKCA 4RW8A 3MXJA 2YHAA 4F4KA 1TL1A 4EP4A 1N6QA 4ELTA 5KI6A 3QO9A 5KTQA 1KFDA 3OJUA 1Z25A 1A5XA 3LAKA 1RBSA 4CK3A 4W5NA 1QHTA 3V9ZA 3HYFA 3RWUA 3NF6A 2HVHA 3NHGA 4ICLA 3VA0A 1NK8A 5CZ1A 3ASMA 3VQ7A 4PQUA 2HW3A 1VRUA 1FKOA 4KHSA 3U3YA 2OPPA 2HVIA 3QIOA 2ZQBA 1HJRA 1L3SA 4OGCA 1XHZA 4DF4A 3ULDA 1WAFA 3V1OA 3K57A 4O0JA 3AO4A 1NOYA 3V9WA 2YKMA 3PV8A 2Y1JA 3L8BA 1TKDA 4DMNA 4E1NA 3MEEA 5KGXA 2YV0X 4CJSA 4KB1A 1VK0A 1J9AA 3KK2A 2PYJA 2AJQA 2ZE2A 1KLMA 3AA2A 1S6PA 4IKFA 4HVJA 4H8KA 3DMJA 3L2UA 1LWCA 1TVRA 4M3UA 2BANA 3OYIA 1L3TA 1U49A 4JLHA 4CF9A 1TK5A 1RCHA 2P51A 3A2FA 3ZT0A 3VQDA 2XY7A 3SZ2A 4W5QA 4OLBA 2DY4A 4LH4A 2F96A 3KKSA 3VQ8A 4W5OA 1U47A 1L3VA 3JYTA 3TAFA 5C25A 2FBTA 5HRSA 3QEPA 1I39A 3CM6A 4W5RA 2G8VA 5EU7A 1JLCA 3CFRA 2IOCA 3L3VA 1BQNA 4HHTA 3HP6A 3NF7A 2YNFA 4AHSA 3L2WA 3NGZA 3V6DA 3L2VA 1L3UA 1S1VA 3NDKA 2HHVA 4DQQA 1ITGA 3VQ6A 5JS1A 4AHRA 4N41A 4FLTA 2HNDA 4CHQA 1VSMA 4RG8A 4CJFA 3CFPA 4J2AA 1TAQA 2Z1HA 1S9EA 3LZIA 3AO5A 3AA4A 3PUFA 3OYEA 4FJ5A 2ATQA 2IGIA 1WSIA 3M8QA 4NCGA 3C6TA 4UQGA 3F73A 2G8UA 4CK2A 3QEVA 3SYZA 4JRPA 2D0BA 4N5SA 4KKOA 5CZ2A 3DLBA 4BDYA 2QK9A 1TKXA 1HNVA 3QETA 1XC9A 1BQMA 1HYSA 1RBUA 3L2RA 1RT2A 3HK2A 4E19A 4N76A 2EX3A 3PY8A 2PZSA 4N47A 2B4JA 2R7YA 1BL3A 3ZT4A 2DFEA 2Y1IA 4DSEA 3V4IA 4OVLA 4KTQA 2G8FA 1IKWA 1CXUA 3KK1A 3SPZA 1RT4A 3AVAA 3K2PA 1BCOA 3HVRA 4DTMA 3T3FA 3RRGA 4I2QA 1NOZA 3O3FA 1TL3A 2KZZA 1JLQA 5HROA 2OA8A 3L2QA 4DU3A 4IFYA 3OYFA 1C0MA 4FW1A 1BIUA 1J5OA 1Q8IA 1T7PA 4Q5VA 1ASVA 1SV5A 2IC3A 3CYMA 3ZSOA 3LWMA 2VWKA 4E1MA 2G8HA 4CGJA 1JXBA 3AVCA 3ZCMA 3AO3A 4B9SA 4CJUA 4DWIA 1TAUA 1KFSA 1FKPA 3F9KA 1EXQA 1LV5A 4CFAA 2VWJA 1JL2A 3VQCA 3ZSWA 4KB0A 1S1TA 4OKJA 3EZ5A 2XY5A 3OYLA 1NKBA 4DQSA 3EY1A 3DLHA 3SV3A 4BE2A 3O4NA 4CJRA 1HPZA 5HRPA 1NJWA 3VQ9A 1L5UA 4C8KA 4BWJA 4RW4A 1JLBA 3NAEA 1C1BA 3AVKA 4HUEA 4Z4CA 3C6UA 4HCBA 4OPKA 3QIPA 1JKHA 2E4LA 1U4BA 1KRPA 2WONA 4CHZA 3K5NA 3C94A 3K58A 3DRSA 2FBXA 1J53A 4FCYA 2Z1JA 3DOKA 1UAXA 4FM0A 1B92A 3DYAA 4DTUA 1X1PA 3O4QA 3OYDA 4KTWA 1CLQA 1QS4A 1YVUA 4GW6A 4H4MA 3FFIA 1Z26A 5J2MA 4Z4IA 1HYZA 4AHTA 3AO2A 4Z0UA 1GOAA 1QQCA 3NH0A 3TAEA 1RDDA 3I0SA 1NK4A 4PA1A 1NKEA 4BDPA 4DS5A 1VSHA 2HB5A 3BGRA 4J2BA 3AV9A 1RTIA 4DTSA 1NK7A 2OZMA 1RT3A 3IAYA 2HNZA 2FBVA 1C0TA 3PX6A 3QEIA 3ZSYA 4KHUA 3JSMA 4KAZA 2QXFA 1JLEA 3UIQA 4CF2A 1DLOA 4CIGA 3V9XA 4M45A 2XRIA 4O0IA 3MAQA 1S1UA 3V81A 2O4IA 2YNHA 5FROA 3HPOA 4DQRA 3KTQA 5FRMA 1KVCA 1NK5A 4E7HA 2B5JA 1JLAA 4DSFA 4ELVA 4CEBA 4IG0A 3VQPA 5HRNA 1QSLA 3LWLA 4WE1A 2YNIA 4M3ZA 3OYNA 1SL0A 3P83D 1BI4B 3K5LA 2RN2A 4CESA 3OYGA 4DQPA 4FJJA 4FJKA 4FJGA 3VA3A 4ZTFA 4F2RA 4I9QA 4F3TA 3D45A 4CJEA 4CJKA 4XIUA 2XO7A 4BE0A 3AVHA 1RTDA 3S3OA 4K8XA 4HUFA 4CF1A 2P1JA 2XY8A 4FLVA 1XHXA 1KVBA 2Z1IA 3SNNA 3K59A 1X9SA 2EHGA 4B9UA 1B9FA 2HHTA 2HHWA 4PWDA 3ISNC 1RT1A 3HSTB 1QSSA 1LW0A 2OPRA 3K5MA 4FJ7A 4DTRA 3RMAA 4FXDA 4FK4A 4B8AB 2HHUA 3DM2A 4KPYA 1EP4A 1RNHA 4OKEA 4OLAA 1BGXT 3DLEA 4QAGA 3AVGA 2NUBA 3LP2A 2RPIA 3O3HA 1RDBA 2A1RA 2HHQA 2PYLA 4LSNA 2WOMA 1WN7A 4FVMA 5J1EA 4GVMA 2DFFA 3VQ5A 3V9UA 3TAQA 3CFOA 3L3UA 3SQ0A 2X6NA 3G0ZA 4DFPA 4ZTJA 2DTUA 2X78A 1U04A 1O1WA 1C6VA 3H08A 1T05A 1S9GA 4DU4A 3KD5E 3NGIA 4AHVA 5FDLA 3ZT1A 3DOLA 4FLWA 1W0HA 3OS0A 3TAMA 1YT3A 1HQUA 2JLEA 3HM9A 4DSIA 2OPSA 3EYZA 4DF8A 2GV9A 1GOCA 1TV6A 4O4GA 3OYBA 5HRRA 3HVTA 1SL2A 3RR7A 2OYQA 1RT7A 1VSKA 3NF8A 3QNOA 5CY4A 1RILA 3TI0A 3HO1A 3LAMA 4MQ3A 1YTAA 2OPQA 4QOZB 1X9WA 1EETA 3NH1A 2P5GA 1S1XA 5HP1A 3TANA 3LALA 4LSLA 1SUQA 3AVLA 4OPJA 3P1GA 1D9DA 4KI4A 1EKEA 2KZMA 3TARA 1K6YA 2IDOA 5J2NA 4R5PA 1VSLA 4B9NA 3LP1A 3TWHA 1UA0A 1TKTA 4F2SA 4K8ZA 3CM5A 1Y97A 1JL1A 3WNEA 3MEGA 4KHWA 4I7FA 2HNYA 4NYFA 2Z1GA 3P5JA 4FJXA 3KLGA 2ETJA 2KQ2A 3NFAA 4O5BA 4AH9A 4CJPA 4MFBA 3O3GA 4CF8A 1WSEA 1NK0A 1BI4A 3RR8A 4CJLA 3SUQA 2P5OA 4DFMA 2GUIA 1S1WA 3NBPA 1NK9A 4OKKA 3HP9A 4ID5A 1SKSA 3LANA 2A1SA 4DLGA 3SUOA 2KFZA 3SJJA 1IG9A 3AVBA 1D8YA 3DLRA 1VRTA 4O55A 2KTQA 4E7IA 1YTUA 4FLUA 2D0AA 4CGGA 4DTNA 5FRNA 1QE1A 4CEQA 3MXIA 4F3OA 1DTQA 2YKNA 4J2EA 4RW7A 1KSPA 3HPGA 2DFHA 4CGHA 3CQ8A 1RT5A 2XHBA 1HRHA 3WNFA 4KHQA 1JLGA 1KCFA 5K14A 4DSKA 4JS4A 2G8WA 4CFCA 4FJ8A 3TAPA 1A5WA 1VSJA 1W9HA 1C1AA 4CJ3A 3AA3A 4RW9A 3NGYA 4DU1A 4KFBA 4GMJB 4DTXA 1D9FA 4Y1DA 1IKXA 4ZHRA 3OYCA 3OYAA 2HMIA 2YNGA 1GOBA 3AVNA 3QESA 4FLXA 4J2DA 5C42A 3T19A 4AHCA 1WNSA 2KW4A 2QKBA 1LWEA 2D0CA 3M8PA 5T7BA 3OJSA 1ZYQA 4FK0A 4E7KA 4DTPA 4C8OA 1ASUA 1RDCA 1LWFA 3LP0A 4CGFA 4N56A 3WNHA 3ZT3A 4KHNA 1WAJA 2X6SA 3HL8A 5J2PA 1JLFA 1Q9XA 4FK2A 4PY5A 4IBNA 3HJFA 1SKRA 4IDKA 4IFVA 4DFJA 3VN5A 1KTQA 4KI6A 1I3AA 1FK9A 1A5VA 2ITGA 3TAGA 1LW2A 5J2QA 4B9LA 4FJLA 2YHBA 4KTZA 3SUPA 2RKIA 4EP5A 1WSJA 4NYNA 3KLHA 4FM2A 1RTHA 3RMDA 2KFNA 4DSLA 1REVA 3ZSZA 2OZSA 5D3GA 1R0AA 2HHXA 2Q3SA 5HLFA 3ZT2A 4C8MA 4CEFA 1FXXA 3E01A 1KVAA 4E3SA 2HHSA 3OYHA 3MEDA 4FLYA 4B9VA 2G8IA 1CXQA 4FW2A 4Z4HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSFA 5SWMA 4DFKA 2P9SA 2P9PB 3NF9A 4FJIA 1BISA 2F8SA 4B3TK 2O4GA 3QLHA 4L8RB 4DTOA 1W7AA 4B8CA 4DS4A 2ITMA 3K9JA 3M8RA 1VSIA 3AVJA 1HNXK 3MN5A 5BRDA 2E1YA 4XH5A 4JV5K 2VYPA 4XH1A 3ALYA 4Z4GA 4CERA 3RTVA 3AVMA 3CJ9A 1VSFA 4DV6K 3SI6A 4GKKK 3MXMA 4QS7A 3QERA 3TU5A 3RSEB 2QW9A 3SJHA 1NGDA 4CIEA 1XNQK 1VSDA 3QEWA 3OYMA 3HXMA 3M5RA 4JD2A 3H46O 4B9TA 4DR6K 4CHYA 4CEAA 4KRFA 5CYMA 3VQQA 3AY9A 5M1OA 2FC0A 3KIOA 4HUGA 1QTMA 3DWLA 2KLAA 3SK3A 2V52B 2ZF5O 5AQRA 4JEPA 3VF2A 4M3YA 4H0VB 1VHXA 4CFBA 4EHUA 4M3WA 4KREA 4AHUA 2D5RA 1YHQN 2F9WA 4O8KA 3IS9A 4JI1K 1HNIA 5A2QO 5C24A 4BWMA 5AFUH 2CH6A 4BR5A 3THWB 1NGGA 3LPUA 2KKZA 4FLZA 5HOOA 2P9PA 1D5AA 3MECA 1UA1A 1JJ2M 1F21A 4H5WA 2NLXA 4YOUA 3RRHA 4KO0A 3VQEA 3PLAA 5DK5A 3RMBA 3KLFA 3FFKB 3UE5A 2A40A 4H4OA 3SCXA 3VQAA 5KRSA 5KQDA 1NJXA 1CZAN 4CK1A 4YFUA 2GBZA 3SPYA 5GIOA 1ZC6A 3DLGA 4W5TA 3PX4A 1UOCA 2YJFA 4DQIA 3S9HA 3CQXA 1ZBUA 2E88A 3THVA 4HWIA 3QICA 4QCLA 3O4WA 3RSEA 3H45C 3VGMA 5KRTA 3OYKA 3EN9A 4IOXA 3EL2A 5KGWA 2D0OA 4OGEA 1ZBFA 4CZKA 3K9KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PSF A;  5SWM A;  4DFK A;  2P9S A;  2P9P B;  3NF9 A;  4FJI A;  1BIS A;  2F8S A;  4B3T K;  2O4G A;  3QLH A;  4L8R B;  4DTO A;  1W7A A;  4B8C A;  4DS4 A;  2ITM A;  3K9J A;  3M8R A;  1VSI A;  3AVJ A;  1HNX K;  3MN5 A;  5BRD A;  2E1Y A;  4XH5 A;  4JV5 K;  2VYP A;  4XH1 A;  3ALY A;  4Z4G A;  4CER A;  3RTV A;  3AVM A;  3CJ9 A;  1VSF A;  4DV6 K;  3SI6 A;  4GKK K;  3MXM A;  4QS7 A;  3QER A;  3TU5 A;  3RSE B;  2QW9 A;  3SJH A;  1NGD A;  4CIE A;  1XNQ K;  1VSD A;  3QEW A;  3OYM A;  3HXM A;  3M5R A;  4JD2 A;  3H46 O;  4B9T A;  4DR6 K;  4CHY A;  4CEA A;  4KRF A;  5CYM A;  3VQQ A;  3AY9 A;  5M1O A;  2FC0 A;  3KIO A;  4HUG A;  1QTM A;  3DWL A;  2KLA A;  3SK3 A;  2V52 B;  2ZF5 O;  5AQR A;  4JEP A;  3VF2 A;  4M3Y A;  4H0V B;  1VHX A;  4CFB A;  4EHU A;  4M3W A;  4KRE A;  4AHU A;  2D5R A;  1YHQ N;  2F9W A;  4O8K A;  3IS9 A;  4JI1 K;  1HNI A;  5A2Q O;  5C24 A;  4BWM A;  5AFU H;  2CH6 A;  4BR5 A;  3THW B;  1NGG A;  3LPU A;  2KKZ A;  4FLZ A;  5HOO A;  2P9P A;  1D5A A;  3MEC A;  1UA1 A;  1JJ2 M;  1F21 A;  4H5W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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