1B9DA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 143
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9dA00
3LPUA 1VSKA 4I2PA 1NJYA 2P51A 1U48A 4KTZA 4FLUA 4E7LA 4XIUA 1T03A 1NK0A 3K57A 3RTVA 4M3WA 1JLEA 3HSTB 4FLWA 1RBVA 3QIOA 4JS4A 4O55A 3TAMA 5J2PA 4TSXA 1BCOA 1KLNA 1HYZA 4DTSA 4DG1A 1NKEA 1U04A 3WNEA 4CE9A 3NH2A 1QS4A 4FZYA 3TAEA 3OS0A 2VWKA 2O4GA 4CK3A 1IKWA 2YV0X 4DTMA 1RT1A 4J2DA 4FJ8A 3ITHA 3D45A 5FROA 3MEDA 3KK1A 4DMNA 5HP1A 2G8VA 4B9VA 4L8RB 4ZHRA 2HVIA 3AO5A 3WNHA 4CFBA 4CJLA 4J2BA 3OYAA 1NK6A 2FBVA 3VA0A 4B8AB 3AA4A 5DK5A 2PY5A 4FJKA 2G8IA 4CJ3A 4M45A 4KRFA 4DTNA 3AO2A 3OYIA 3TR8A 4CHZA 4JRPA 1BIZA 4ZTJA 1I39A 2E6MA 4AHRA 1NJXA 2G8HA 3PY8A 3NHGA 1QTMA 4DSFA 1FKOA 4OKKA 1XI1A 3LWMA 4B9TA 1L3VA 3WNGA 4OPJA 1NJZA 3AA3A 3OYHA 1VSHA 3PUFA 4DWIA 2HHUA 4CK2A 3K5NA 4PUOA 5CYMA 3KK2A 3HT3A 4GMJB 3SQ2A 4PA1A 5K14A 1L3UA 4DTXA 2OYQA 4OKJA 3DOLA 3MAQA 4JRQA 3VQ9A 3SQ1A 2BGGA 4C8OA 1YT3A 3M8QA 4R5PA 4N56A 1QSLA 4HVJA 4KI6A 2R7YA 1VSDA 4KTWA 3HXMA 3PX0A 2EHGA 4FJLA 2HHSA 5J1EA 4EZ6A 3OJUA 4PQUA 1WSEA 2X78A 1NOZA 1VSMA 3ZT3A 1X9MA 1EP4A 3TWHA 4BE1A 3SV4A 2QKBA 4CJEA 3VQCA 2AJQA 4EP5A 3OYFA 4CEEA 4KB1A 1IH7A 4FLYA 5I3UA 1RTHA 4OKEA 2FBXA 2RKIA 3QEIA 3ASMA 3KLGA 1JLQA 4FJ9A 4NYNA 1T7PA 2P5OA 3SPZA 4W5TA 1KVBA 1XHXA 1TV6A 3RWUA 2KZZA 4CJPA 3M8RA 4KFBA 3OYMA 1U49A 4I7FA 3IAYA 4CHYA 3DMJA 3DYAA 4DSJA 4CJFA 2DY4A 3ZCMA 1RILA 3VQ5A 1FXXA 4KPYA 3O4QA 4BE0A 3HPHA 1VSEA 3QO9A 1NK5A 3SUPA 1WAJA 4FLVA 2X6NA 1ZBIA 2D0CA 2BE2A 4KTQA 3L3UA 3SQ0A 1C1CA 4AHCA 4F8RA 2KFNA 3DLGA 1RDCA 3BDPA 4FJHA 4OJRA 3KK3A 3AA5X 1BHLA 3O4NA 3TAQA 1ZBUA 2WONA 1UWBA 2OPPA 1G15A 3TI0A 3EY1A 4NYFA 4I2QA 3P1GA 1CLQA 3P5JA 4OVLA 1S6PA 1TL3A 2ITGA 2OZSA 4W5NA 3ZT2A 3V9WA 3V6DA 1RBSA 4FJ7A 1TL1A 4CESA 1DLOA 1GOBA 1HQUA 1WSHA 2IC3A 1ITGA 1WAFA 3ZSZA 4CECA 3SUQA 4K8ZA 3DI6A 1SUQA 1RBRA 1NOYA 4O0JA 2B4JA 1C6VA 1RBTA 4BWJA 2QK9A 2HHXA 2B6AA 4FM0A 3HO1A 1KTQA 3AVLA 3OJSA 2KW4A 3AVFA 3SJJA 1B9FA 3RMDA 4CGHA 4CGIA 4E1MA 4GW6A 4FK4A 1TGOA 4MQ3A 3FFIA 4BWMA 2BANA 4DQQA 1F21A 4EZ9A 4ID5A 1TKXA 1WLJA 4OGEA 4FLZA 3DRPA 4Z4GA 2FBTA 1EX4A 2RPIA 2XY8A 4FW2A 3VQAA 4CJRA 1KRPA 4OLBA 3AVNA 3S3MA 4G1QA 3QNOA 3VN5A 4KHWA 3PO5A 4GVMA 1YTAA 3K58A 2ETJA 1U4BA 4CJWA 2KQ2A 3AVCA 1TK8A 1KLMA 3HP6A 1EETA 1CXQA 4RW4A 4CJ5A 4CJUA 1IKYA 5KI6A 1GOAA 3CFRA 1FK9A 1ASVA 1BL3A 3L8BA 1C1BA 1HJRA 1RTJA 3ZSWA 1JL1A 1BQNA 1WSIA 1WSJA 5D3GA 4HCBA 4Y1CA 1QSYA 4WE1A 4FXDA 1C0MA 2HHTA 3OVNA 2PYLA 2Y1JA 4KV8A 3UIQA 2Y1IA 4DTPA 1WN7A 3HL8A 4PY5A 3LDSA 4DF8A 1S1TA 5CZ1A 4CHPA 3VQ4A 1W9HA 4HCCA 3OYCA 1SKWA 1JLFA 4DLEA 2Z1HA 2IS3A 2Z1JA 3M8PA 4Z4FA 1Q9YA 3LZIA 3SI6A 4CFDA 1QHTA 3M8SA 5C25A 1BIUA 3S9HA 3LANA 1C1AA 3VQDA 1TAUA 1W0HA 3V81A 4FK0A 1Z26A 3O3FA 3NDKA 3K59A 1U45A 1NK4A 1XWLA 1LAWA 3E01A 3MEGA 2PZSA 3CG7A 5T7BA 5HLFA 1NK9A 4PWDA 1J9AA 1VK0A 5J2QA 1VRUA 1QSSA 2HW3A 4N5SA 3RMBA 1IKVA 3VQ6A 3NGYA 1HRHA 1YVUA 3OYDA 4B9NA 2VG5A 2X74A 3TAFA 4H8KA 3TABA 2OZMA 3U6FA 1ZYQA 4FZXC 5I42A 4BDPA 3K2PA 1S6QA 2YKNA 4F2SA 4FJXA 1NKCA 3SYZA 4DF4A 1S1VA 4O44A 4NCAA 4HUEA 2RF2A 4B08A 3OYEA 3S3OA 1LV5A 3PO4A 1B9DA 3L2UA 1HMVA 3DM2A 3G10A 4CFAA 1TK0A 3VQ8A 4DTJA 4FW1A 3EZ5A 1HYSA 2FBYA 1X9SA 2XRIA 1IKXA 4B8CA 3BGRA 1UA1A 1A5VA 4H4MA 4RW7A 4FM2A 3CM6A 1BQMA 5FRMA 4W5RA 5HRPA 4DFKA 1N6QA 1KSPA 3QNNA 1KVCA 3DLEA 5KTQA 2QXFA 3K5OA 2KTQA 4OGCA 3NF9A 3AO4A 4FYDA 4Z4IA 1S9GA 1DTTA 1REVA 4CIEA 2E6LA 2XHBA 3RR8A 1NK8A 5KRSA 4DU1A 3CFOA 4KKOA 4IG3A 2P1JA 5HRNA 3SCXA 3SNNA 2G8KA 4M3ZA 3ZT0A 1RDDA 4IG0A 4Z4EA 3HPOA 1BISA 4M3XA 4FLXA 3L2WA 1JLGA 4F3TA 4E19A 2HMIA 3O3GA 3MECA 1J54A 4AILC 3K5MA 2LSNA 5SZTA 4B9LA 4FLTA 3JSMA 1Q9XA 3VQPA 1VSJA 3LALA 4C8MA 3ZT1A 4CJKA 3QETA 2Q3SA 1R0AA 2G8UA 4DU3A 1NKBA 1HYVA 3MXJA 1RBUA 3IS9A 3LAKA 3AVIA 4E7JA 4I9QA 2F96A 1UA0A 4KHSA 1ZBLA 4E1NA 1RTIA 1UOCA 3T1AA 3DLHA 4DS4A 4OPKA 4W5OA 2FC0A 1SL2A 4FJGA 4ELUA 1O1WA 4CK1A 2XY6A 4DQIA 4DTUA 4FVMA 3KLFA 1VSFA 4KREA 3NH0A 4JLHA 3KIOA 2RN2A 4BDZA 3HVRA 3KLHA 4E7KA 3PX6A 4B9UA 3NF6A 3V1QA 4AHTA 1TKDA 4CF0A 5SWMA 1D5AA 4CEZA 3C95A 2W42A 4HUGA 4CEDA 3IRXA 4Q5VA 3SZ2A 2D0AA 1LW0A 2HNYA 4CJVA 3I8DA 3SPYA 4LSLA 4F2RA 4BDYA 3LP3A 3ZSRA 4KHQA 2Z1GA 4CF1A 4DQPA 4FJIA 1JLCA 1WNSA 3AVMA 3F9KA 5CZ2A 4UQGA 2IGIA 4CJQA 3THVA 3HK2A 4H4OA 4FJNA 2HHVA 3S3NA 4CEBA 4CGFA 1K6YA 2GBZA 1L5UA 3WNFA 2ATQA 2IOCA 3MEEA 4CJ4A 3P83D 4IBNA 1RCHA 3T3FA 1SKRA 4FM1A 3QEWA 3RR7A 2KFZA 4IFVA 4RG8A 1QQCA 2ZD1A 3RMAA 4M3TA 3NGZA 1UAXA 2GUIA 4EP4A 1GOCA 1SL0A 1XC9A 2E4LA 4E7HA 4CERA 2HNZA 3KKRA 4KI4A 1S9EA 2DFEA 2YNHA 4B3OA 1RT3A 1TVRA 3HYFA 2XY5A 1T05A 2NUBA 5J2MA 4N41A 4AHUA 4CHQA 2D5RA 3L3VA 3QINA 3OYGA 4ZTFA 1S1WA 4IDKA 4DSEA 4F4KA 3H08A 4Q0BA 2X6SA 4W5QA 3DLBA 3QEVA 4N76A 4CEAA 3MXIA 3HVTA 1BGXT 1U47A 2OA8A 4ELVA 4DSIA 1C0UA 3KTQA 4MFBA 4CCHA 3VQ7A 2P5GA 4DSKA 4YNQA 2D0BA 1JLAA 5KRTA 3AVGA 4E89A 2WOMA 1SL1A 3AA2A 4KHNA 3PX4A 3ZSVA 1B92A 1RT7A 2OPSA 4DQRA 3EYZA 3V9XA 4DFJA 4KB0A 1RTDA 4FK2A 3DRRA 4Z0UA 1LWEA 3SQ4A 3L2QA 2G8FA 4IFYA 4C8LA 5FDLA 4FJJA 1BI4B 1VSLA 3TARA 4E7IA 4LH4A 1J5OA 4ELTA 1L3SA 3KKSA 3JYTA 1I3AA 1HNVA 3NCIA 3VA3A 4DFMA 3HJFA 1ASUA 4CGJA 4Z4CA 3VQEA 3KLIA 4CF8A 4ID1A 3ZT4A 3SV3A 4CGDA 3KD5E 1A5XA 3L2VA 1LW2A 1CXUA 3ALYA 1HPZA 1D9FA 4QOZB 3OS1A 2HNDA 4NCBA 2O4IA 4JS5A 1T8EA 1DTQA 5KGXA 3TAPA 4M41A 1X1PA 3I0SA 3AVBA 2XO7A 2G8WA 4DTRA 2YNFA 2OPRA 4M3UA 2EX3A 3QESA 4QCLA 1CZBA 1LWCA 2VG7A 3DRSA 4E0DA 3KLEA 3LP1A 1QE1A 3OS2A 5KGWA 1NK7A 1YTUA 2HHQA 4CJTA 2XY7A 2YHAA 3AVKA 3V4IA 1JL2A 2DTUA 2YKMA 4CHNA 2JGUA 1D9DA 1ASWA 1TKZA 3LP0A 3VQQA 5JS2A 4AHSA 1Y97A 3CYMA 3C6UA 3LPTA 2YHBA 5HRSA 3NGIA 4OLAA 3OY9A 4NCGA 1Q8IA 2IDOA 3NF8A 4BE2A 2KZMA 2HB5A 3NAEA 3CQ8A 3F73A 3NFAA 3ZSQA 3AV9A 1TAQA 3QIPA 4IKFA 4ICLA 4RW6A 3IG1A 1RT6A 3NF7A 1X9WA 3C6TA 4DTOA 4M3YA 1C0TA 2B5JA 2Z1IA 3VQBA 2I5JA 4O0IA 1FKPA 1KCFA 3NE6A 3QEXA 3U3GA 3I0RA 3OYNA 5JS1A 2F8TA 1SKSA 5CYQA 2F8SA 4CEOA 4FZZA 3G0ZA 1NJWA 4CEQA 3OYLA 1RDBA 1RT5A 3HP9A 4KHYA 3MXMA 4CF2A 4E3SA 3ZSYA 2YNIA 3LWLA 3NBPA 4LD0A 5CY4A 1ZBFA 1JKHA 3ZSXA 3L2RA 3OYJA 3LAMA 1JLBA 1MU2A 5HBMA 3LZJA 4CHOA 3NH1A 1N5YA 4N47A 2DFFA 3A2FA 4DFPA 1HNIA 1RT2A 4CJSA 5HROA 4YFUA 2A1SA 5C24A 3CFPA 4J2AA 4Z4HA 3LP2A 4DU4A 4O5BA 3V9UA 3OYBA 1LWFA 3TAGA 1S1UA 3SUNA 2JLEA 4RW9A 1TKTA 3K5LA 3RMCA 4I9LA 2GV9A 3SUOA 2A1RA 4B9SA 3CM5A 1VRTA 5C42A 2HHWA 4HUFA 1KFSA 3TANA 1A5WA 4CEFA 1VSIA 5E41A 3DOKA 3HPGA 4DS5A 5FRNA 1TK5A 4F3OA 3C94A 3T19A 3V1OA 1WSFA 1IO2A 5DMRA 4M3RA 4KHUA 1RNHA 4C8NA 3O3HA 5HRRA 3AO1A 3DLKA 4LH5A 3HM9A 3QLHA 1XHZA 4LSNA 3QERA 3RRGA 3D0PA 1JXEA 4J2EA 4M42A 1RDAA 4KAZA 1RT4A 4O4GA 1SV5A 3B6PA 4B9MA 2ZE2A 1BI4A 1LAVA 4LY7A 3V9ZA 4RW8A 4AH9A 2IAJA 3DLRA 1Z25A 3V9SA 2PYJA 3AVAA 3RRHA 2OPQA 1IG9A 3OYKA 4FJMA 3AO3A 4AHVA 4DSLA 3KD1E 3ISNC 1ZBHA 4CIGA 1EXQA 4C8KA 4Y1DA 3AVJA 1S1XA 1S5JA 3B6OA 1KVAA 2VWJA 4FJ5A 4K8XA 1D8YA 3V1RA 1HQEA 2VG6A 3AVHA 4DLGA 2QKKA 3PV8A 3KJVA 4HHTA 4FCYA 1KFDA 4CIFA 4CFCA 1J53A 2ZQBA 4KO0A 1CZ9A 1BCMA 1JXBA 3ULDA 3QEPA 1L3TA 4QAGA 4CF9A 4HTUA 4BACA 5J2NA 2BDPA 5EU7A 2DFHA 4DQSA 1EKEA 4CGGA 3U3YA 2YNGA 1WSGA 3ZSOA 2HVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LPUA 4I2PA 1NGGA 4B1VA 5ADXH 4FLUA 4JKGA 4M3WA 1NGCA 4NO7A 4CZHA 3ZEUB 4TSXA 1BCOA 3NH2A 4JKCA 4MDAA 4AF1A 1RT1A 3OHRA 4DTMA 2W6KA 3J8AA 3PSIA 5HP1A 4L8RB 2G8VA 2ITMA 3VEVA 4OO1J 4ISFA 5C0YA 2E2NA 3AO5A 3AAPA 4CJLA 4B3RK 1NK6A 3UKUA 3IFRA 3ZETB 1HPMA 3TR8A 4JRPA 1BIZA 1NJXA 1I39A 1BWFO 2E6MA 1XI1A 5EXWA 1L3VA 1NGFA 4CK2A 3ZLJA 5FPDA 5AFUA 5AZIB 1ZBSA 3SQ2A 4IXCA 3DOLA 3MAQA 1YT3A 1J6ZA 3HI0A 3PX0A 4FJLA 5AQUA 1X9MA 1VSMA 4ISEA 1EP4A 1TUUA 3TSUA 3HOTA 1RGIA 3VQCA 4CZEA 3LDQA 4EP5A 2E2QA 3OYFA 1VQPN 1RTHA 3ASMA 4A61A 3KLGA 2HF4A 3R6MA 4NYNA 2P5OA 4FJ9A 3RWUA 2KZZA 3OYMA 2DY4A 3VQ5A 1ATSA 3HPHA 1KAXA 1VSEA 1NLVA 3H3OB 3THYA 2UXDK 4FLVA 4BRKA 2D0CA 4YOWA 2VQEK 2I7PA 3SQ0A 3DLGA 1NJIO 4XEIA 3TAQA 2OPPA 3P1GA 4GNIA 4OVLA 1BA1A 1S6PA 1TL3A 3VEXA 2O8CA 1TL1A 4CESA 1DLOA 4K8ZA 1WSHA 3VEWA 5MLCQ 1RBRA 2QWLA 4JI2K 1RBTA 1SQKA 4BWJA 4FM0A 1WUAA 5LL6Z 3HO1A 3RMDA 4E1MA 4FK4A 4DV6K 5BR9A 4DQQA 3MN6A 4OGEA 1WLJA 3VQAA 4OLBA 1BOTO 2P9UB 4BC4A 1BG3A 3VN5A 4YOXA 5BRFA 3CCRN 4A5BA 1KLMA 4BG9A 1IKYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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