4KB0A

Crystal structure of rnase t in complex with a bluge dna (two nucleotide insertion cc )
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
207
structure length
207
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 207
sequence length 207
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kb0A00
2QK9A 3QIPA 3OYFA 3ZT1A 3HT3A 4DTRA 2OPPA 3B6PA 3AVKA 3CM5A 4KTWA 1Q8IA 4DSEA 1FKOA 3NDKA 5J2MA 1ZBHA 4UQGA 4OKJA 3NHGA 3VA3A 1RT1A 2OZSA 3VQAA 1W9HA 4OGCA 3TAGA 3TAEA 1RT3A 4CE9A 1JL1A 1I39A 1S1TA 1S1XA 4FK2A 3CQ8A 2P5OA 3QETA 3AA5X 4BE0A 5I3UA 4DTSA 4CEBA 3B6OA 3NAEA 4LY7A 4DU1A 2I5JA 3QNNA 1VSKA 2XY7A 4B3OA 1RT2A 4JLHA 4IFYA 4H4OA 1TV6A 5T7BA 4W5QA 4AHSA 3OYHA 1RBSA 4RW6A 3T19A 2Y1JA 3RMDA 1LV5A 3DM2A 3AVMA 3CYMA 4KTZA 5J1EA 3HO1A 2KFZA 3AVBA 5CYMA 3TANA 3LP3A 1JLEA 4J2DA 3QEXA 1WSHA 3DLGA 3NF9A 3U3GA 1NJYA 1UA0A 3AO2A 4K8XA 3C6TA 4LSNA 2RF2A 3V4IA 2G8KA 4EP4A 3VQ9A 2VWKA 4CF9A 1XC9A 2EX3A 5C42A 4PUOA 2VG5A 2QXFA 1CZ9A 3SQ4A 2DFFA 5FROA 2VG7A 4O0IA 1A5VA 1HNIA 3HPHA 4ELUA 3OYAA 4CK3A 3V9ZA 4CJPA 4OPJA 3LDSA 1RBRA 1BCMA 2E4LA 4NCBA 4GW6A 3F73A 2O4IA 3CFOA 2IAJA 4CFCA 5J2QA 3K5OA 4FJ9A 1VSIA 3V9WA 4AILC 3RTVA 4F4KA 1IKVA 4NYNA 3WNHA 3QEIA 4QCLA 3ZSOA 4RG8A 3KIOA 3OS2A 4W5OA 4F2RA 2YNFA 4DTMA 3AVJA 2RPIA 4C8LA 1DLOA 1S1UA 1VRTA 3AVCA 3ITHA 3PX4A 1KFDA 4M3TA 2Z1IA 4KPYA 4CJTA 2PZSA 2HHSA 4PY5A 3DLKA 4B9NA 3DRSA 4Q0BA 4CJ5A 1S6PA 3SPZA 3QINA 5HROA 4C8OA 3ZT4A 4RW8A 4FJXA 4DFMA 2Z1HA 3OY9A 2X6NA 2YHAA 3AA3A 3WNEA 3OYJA 3LZJA 2HMIA 4M42A 4CEZA 1NKCA 4YFUA 1L3VA 4B9SA 4CJ4A 3O3FA 2D5RA 3O3HA 4E7JA 1NK5A 2HNYA 4DSJA 1Y97A 1RBVA 4DTNA 1C0TA 4CESA 1TK5A 4IG0A 2HVIA 2D0CA 3ZSYA 3SYZA 3DI6A 2HNDA 1B9DA 4M45A 1CXQA 2FC0A 5SZTA 5E41A 3C94A 4F3OA 4O4GA 4RW9A 1SKWA 4K8ZA 1EXQA 5KI6A 4FYDA 2ZQBA 3AVLA 3HP9A 3P1GA 4CGFA 1CLQA 3MEDA 3SQ2A 1X9SA 3I0RA 3NGZA 4CEEA 4KHWA 4CF2A 2KTQA 4C8NA 2P51A 1VK0A 3M8PA 1BHLA 3VQ4A 3VQ6A 3L8BA 4FCYA 1JLBA 2KW4A 2HHTA 1JLGA 3CG7A 4CFAA 5KTQA 1XHXA 4H4MA 1R0AA 1VSDA 5EU7A 1UA1A 4M3RA 1TAQA 3ZSZA 4H8KA 4KI6A 1BQMA 3BGRA 1YTAA 3PX6A 2G8IA 3ZCMA 5CZ2A 1NK7A 4CJ3A 2PY5A 4E0DA 2OPSA 3H08A 3SNNA 1SKSA 3PUFA 4BDPA 4CEOA 1QSLA 4XIUA 4W5NA 4B9UA 1UWBA 3CFRA 4JRPA 3K57A 4OPKA 4CGDA 3VQ8A 5D3GA 3TI0A 4HCBA 2E6MA 3L3UA 3MXJA 4LD0A 2AJQA 4FM1A 2XY6A 1NJZA 4ID1A 2FBVA 4CF0A 3DLBA 1QSYA 3FFIA 3L3VA 2OPQA 3AVIA 2ATQA 1IKYA 4OJRA 4G1QA 3S3NA 4W5RA 1D9DA 1KSPA 2B4JA 3ZSRA 1RDCA 4O5BA 3QEWA 1S9GA 3M8QA 1C1AA 3E01A 4Y1CA 1WSFA 1VSJA 3TR8A 5SWMA 1J9AA 3L2VA 2HHXA 4E7LA 3HYFA 1LW2A 3P83D 4OGEA 1NK6A 1SL2A 1WSIA 3L2RA 1JLQA 3K5NA 1YVUA 4N5SA 4KB0A 1BQNA 1KTQA 3K5MA 1JL2A 1SL1A 3HSTB 4Z4CA 3VQ7A 2BANA 4DF4A 3QESA 4E1MA 1RTHA 3V9SA 1BIZA 3OYGA 4HCCA 4CJQA 4M3ZA 1JLCA 1LWEA 1HQUA 2YKNA 3AO5A 3ZSWA 3M8RA 1X9WA 2P5GA 4J2AA 2GUIA 4AHRA 4FJMA 4AH9A 4CEQA 4CECA 2QKKA 1HYZA 4E1NA 2QKBA 1KFSA 3PO5A 2F8SA 1HNVA 4N47A 2IS3A 1T03A 4ZTFA 1TL1A 4AHTA 2P1JA 3F9KA 1KVCA 1SL0A 3BDPA 4KHYA 3RR7A 3O3GA 3ZT3A 3OYEA 2RKIA 4DQRA 1TK0A 1RTDA 1NK0A 2DTUA 4FK4A 4CFBA 4HHTA 4FJ7A 2HHWA 5HLFA 3CM6A 1NK8A 4DSLA 4QOZB 2G8HA 3ZSVA 3HPOA 1U45A 3ZSXA 4RW7A 4CF8A 2BGGA 1UOCA 4R5PA 1TK8A 3IG1A 1IH7A 3SQ0A 4FLYA 2XRIA 4B9TA 1UAXA 1B92A 3SPYA 2A1RA 3HM9A 2HB5A 1BCOA 1RBUA 4Y1DA 4CEAA 4B9MA 4E7HA 3V1QA 4FM2A 1FXXA 1RNHA 4EZ9A 3LANA 1JXBA 3TAQA 4B08A 1U48A 2Q3SA 2FBTA 3KK2A 1LWFA 4F3TA 4BWJA 3L2UA 3AVNA 4FLTA 1KRPA 3RR8A 4FLZA 4CJEA 4YNQA 2YNGA 1T05A 1GOAA 1FK9A 3LAKA 3C6UA 3I0SA 4TSXA 3QO9A 1ASUA 4FW1A 3NFAA 1SUQA 2VG6A 1Z26A 1IKXA 1GOCA 2ZE2A 1A5XA 1RCHA 1RT6A 1HJRA 3SQ1A 1TKDA 5KRSA 4FJIA 2JGUA 3TAFA 4PA1A 4Q5VA 1ITGA 3TABA 4Z4IA 1TVRA 5FRNA 3K58A 1HQEA 1EX4A 3V1RA 3AO3A 4CIFA 3UIQA 3KD5E 4OLAA 1TAUA 3OYBA 4NCAA 4CCHA 1WNSA 1SKRA 3SJJA 4DFKA 4FXDA 4KFBA 3QIOA 2OZMA 2IC3A 1WSGA 3OJSA 3DRPA 4DTUA 4N76A 3SZ2A 2YHBA 4KHQA 3AO1A 2ZD1A 4NCGA 4W5TA 1KVBA 3TWHA 5J2NA 3NH1A 3KLIA 4DSIA 2Z1JA 3RMCA 4LH4A 1CZBA 3SCXA 2XO7A 3NE6A 4KB1A 3V81A 3SUNA 4CEFA 1J5OA 2G8WA 4FZYA 3A2FA 3ZT2A 3VQCA 3QNOA 4I9QA 4DLEA 4LH5A 1JKHA 4BWMA 4ELVA 1S1VA 1KVAA 4FM0A 2RN2A 1NOYA 4CGJA 3S3OA 1DTQA 2DFHA 1RTIA 2LSNA 2OYQA 3HXMA 1BI4A 1JLFA 2W42A 4HUFA 4Z4GA 1WSJA 2FBXA 1NK4A 4DWIA 4DMNA 1LW0A 2X6SA 3LAMA 1RDDA 5DK5A 4AHUA 4E89A 1C0UA 3L2QA 3JSMA 3K5LA 2DY4A 2KZZA 3VA0A 2GBZA 4AHCA 2IDOA 3LWMA 2E6LA 4FLWA 1LAWA 4FLXA 4F2SA 1A5WA 1HYVA 2IGIA 4CJSA 4DU4A 3IS9A 1QHTA 1G15A 3OYCA 3OYDA 4OVLA 1ZBUA 2OPRA 2O4GA 5K14A 3T1AA 2XY8A 4CK1A 3OS0A 3QEPA 4KHSA 3KLGA 1L3UA 2HHVA 3U6FA 1ZBFA 4KHUA 4CHPA 4KKOA 4FJKA 4DF8A 4M3YA 4M3WA 1S6QA 4KV8A 1S9EA 3K59A 1ASVA 3V1OA 3DMJA 4CJVA 3SI6A 1BGXT 5J2PA 4DQSA 3HP6A 3RMBA 1HYSA 1QQCA 2B5JA 3VQQA 3KK1A 3VQBA 4DQQA 1IO2A 3G0ZA 1Q9XA 3VQDA 1HPZA 3V6DA 1QE1A 3CFPA 1RILA 2YNHA 3AV9A 3NGYA 1NKEA 1WLJA 4FJ8A 4FLVA 3P5JA 1RTJA 2X78A 4JS4A 4I2PA 1RT5A 3S3MA 4FJJA 1HRHA 1T8EA 3NBPA 4CHYA 2B6AA 4DU3A 4CERA 4CHZA 4FJLA 2KFNA 3PO4A 2YNIA 4FZZA 4DTPA 4L8RB 3MXMA 3WNGA 5KGWA 2A1SA 1ZBIA 2DFEA 3NH0A 4CGGA 1QTMA 1GOBA 4MFBA 5HP1A 1XWLA 3HJFA 3V9UA 2YKMA 1C6VA 1TKZA 1C0MA 3G10A 4EP5A 1D8YA 1TL3A 4BE2A 3KD1E 5FRMA 3HK2A 4O55A 4HVJA 4DTXA 3DOKA 4OKKA 4KI4A 3EZ5A 1XHZA 3VN5A 3S9HA 4QAGA 1YTUA 1YT3A 3LALA 3ALYA 4IKFA 1VSMA 3L2WA 1NOZA 1RT4A 4DG1A 4M3XA 4KREA 4ELTA 1N6QA 4BDYA 3DRRA 1RBTA 1TKTA 3TARA 4PQUA 5C24A 1FKPA 3IRXA 5HRNA 1BIUA 4AHVA 3M8SA 1JXEA 3MAQA 4ZHRA 4DS5A 4FJ5A 4C8KA 1L3SA 5I42A 4KTQA 5CZ1A 5HBMA 3OJUA 3NGIA 4FK0A 3OS1A 1U49A 4FJGA 2XY5A 4E19A 4C8MA 4I2QA 1S1WA 3LP2A 3D0PA 3HL8A 2WOMA 3NCIA 4HUGA 3RWUA 3SV3A 1O1WA 3O4QA 3HVTA 4E7KA 1Z25A 1ASWA 3AA2A 2PYJA 4KAZA 3DLRA 4CJLA 3MEEA 1VSEA 4CJKA 1QS4A 1TKXA 3QEVA 4Z4EA 2EHGA 1WAJA 3ULDA 4FJNA 3LZIA 2Z1GA 3NF7A 4EZ6A 3DOLA 4CFDA 4DQIA 4IG3A 4DS4A 1REVA 4O44A 5C25A 2KQ2A 4DFPA 3TAMA 4DLGA 3OYKA 1L5UA 3HVRA 1KLNA 1WAFA 2G8FA 3DLHA 3PY8A 4B9VA 3KLHA 1VSHA 2FBYA 4DQPA 2D0AA 4FW2A 5HRSA 4CJWA 3EYZA 3AA4A 1LAVA 2NUBA 3T3FA 3VQ5A 4BACA 4CHQA 1L3TA 4BDZA 1NJWA 1U47A 3LP0A 4FJHA 2HVHA 2PYLA 1J53A 3K2PA 3KKRA 4IFVA 4B8AB 4CK2A 3VQEA 3KJVA 4O0JA 3I8DA 2XHBA 1XI1A 1RDAA 4ID5A 4Z0UA 1JLAA 1WN7A 3OYMA 5CY4A 5HRPA 4OKEA 1KLMA 1ZYQA 3O4NA 1NJXA 4J2EA 4B8CA 1EP4A 3RRHA 1T7PA 1BL3A 1EETA 3NF8A 3SUQA 4CHOA 3KTQA 4NYFA 3AVFA 1WSEA 1I3AA 2HW3A 3ZSQA 1U4BA 4CGIA 4N56A 3LPTA 2VWJA 1B9FA 3OYIA 2OA8A 1EKEA 3KLEA 4N41A 2KZMA 1Q9YA 4BE1A 3EY1A 1KCFA 3OVNA 4CEDA 3QERA 4JS5A 3D45A 4KO0A 1LWCA 3AVGA 3PX0A 1IG9A 3AO4A 3ISNC 2F8TA 1BISA 3PV8A 1TGOA 3ZT0A 2IOCA 4DSFA 4CJUA 3KLFA 1D5AA 1X1PA 2ITGA 1IKWA 2X74A 4WE1A 4GMJB 5FDLA 3LPUA 3RRGA 4Z4HA 1NK9A 4CGHA 1W0HA 1D9FA 3SV4A 3TAPA 3ASMA 2D0BA 5CYQA 1C1CA 1X9MA 2YV0X 4IDKA 3DYAA 1VRUA 5KRTA 2BE2A 4J2BA 2G8VA 3LP1A 2HHUA 3AVAA 4MQ3A 3V9XA 3MXIA 4F8RA 1K6YA 2ETJA 3C95A 3MECA 4DSKA 1HMVA 2HHQA 3KKSA 4E7IA 4IBNA 1RT7A 3U3YA 4I9LA 4KHNA 5DMRA 1C1BA 1J54A 3MEGA 4B9LA 1CXUA 3NH2A 4RW4A 4LSLA 1N5YA 2R7YA 4PWDA 1SV5A 5JS2A 4CJRA 4E3SA 4ZTJA 1RDBA 5HRRA 3OYLA 4HTUA 4DTJA 4DTOA 4FLUA 1QSSA 4ICLA 4DFJA 3SUOA 4GVMA 2JLEA 4CIEA 4CIGA 4CHNA 4FVMA 4HUEA 2BDPA 3NF6A 3RMAA 1ZBLA 3AVHA 2F96A 5KGXA 3KK3A 1DTTA 4KRFA 2Y1IA 4CF1A 2WONA 3JYTA 3WNFA 1BI4B 1VSFA 3LWLA 4M3UA 4M41A 1MU2A 1VSLA 3SUPA 3IAYA 3QLHA 4JRQA 3HPGA 4I7FA 4Z4FA 2GV9A 3OYNA 4CJFA 3DLEA 2G8UA 4OLBA 5JS1A 1F21A 1S5JA 2HNZA 3THVA 4FZXC 1U04A 3VQPA 1NKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ILHA 3AVKA 3M1FA 3BP8A 3JS6A 1RT1A 2OZSA 3VQAA 3TAEA 2ZM6K 4KHPK 3CQ8A 4QS9A 4LFAK 5I3UA 4MO4A 2P9PB 4NLBA 4LY7A 1NWKA 4JLHA 1IV0A 5AZJA 4W5QA 3OYHA 3DM2A 2KFZA 1OH6A 3QEXA 1WSHA 3NF9A 1YAGA 1UA0A 1GLCG 4LSNA 2JWKA 2RF2A 3CCLN 1XC9A 2FSKA 4CF9A 2EX3A 5C42A 1Q81O 1CZ9A 5FROA 5GAHP 3VENA 1HNIA 4PL7A 3H3OB 3DXKA 1NBWA 2O4IA 1OVQA 2IAJA 2AP1A 5J2QA 2A42A 3RTVA 3WQTA 4NYNA 3A5LC 2RE2A 3MK6A 2P9IB 5ELZA 1P8ZA 1OH8A 3J7YP 1DLOA 3ITHA 3PX4A 1KFDA 4IO9L 4BC2A 2Z1IA 2HHSA 3DLKA 4B9NA 3DRSA 3QINA 5HROA 4RW8A 3UKUA 4BR0A 1NKCA 4YFUA 4F9OA 1L3VA 4CJ4A 1NK5A 4B9SA 4H03B 4DKWA 1NGGA 2UXCK 1C0TA 1TK5A 3DI6A 4M45A 3WT0A 3FFKB 3J7ZO 3CF5L 4BREA 3CD6N 1Z05A 4IO8A 4H0VB 5AQUA 2D1KA 4RW9A 1E4GT 1EWRA 3MEDA 3CCMN 3M8PA 4EAHD 1BHLA 3VQ4A 4FCYA 5KQ8A 1BA1A 2KW4A 2HHTA 3UKRB 1VSDA 4FWOA 4DV6K 1BUPA 3PX6A 4CJ3A 2F9TA 4LFCK 4YOXA 3A5OC 3O4WA 4BDPA 5AQPA 1QHAA 4B9UA 3K57A 3SAGA 3TI0A 2E6MA 2P9KA 4FM1A 5AQZA 3DLBA 4ID1A 2O8EA 1QSYA 3ATVA 5BR8K 5AQTA 5LY3A 2W41A 2OPQA 1IKYA 3S3NA 1D9DA 5EY4A 3O1WA 2P9PA 3ZSRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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