3ZEUA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
RILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 73
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuA02
3BUZB 4ISGA 4K25A 4CZJA 2P9NB 2IIRA 1NM1A 1X9JA 3EZWA 4CZEA 3UKRB 1RFQA 1MA9B 5AQXA 5AQWA 4BRDA 3DAWA 1ATRA 4BQLA 4FSVA 1KAYA 1DGKN 2QW9A 3KZBA 3O08A 3A8YA 1ZBSA 2FLOA 4FWRA 1ESVA 5EVZA 1TUYA 3DXKA 3CHWA 5FPEA 1LOTB 2VWBA 2E2NA 4JHDB 2ZWHA 1T6CA 2QM1A 2P9UA 3VGKA 5JMVA 1BU6O 5AQNA 3HI0A 1YAGA 3HBTA 5AZJB 3QFPA 1QQNA 3FLCO 3SK3A 4C23A 5AQIA 3VEYA 3FZMA 3U8XA 1GLFO 3U9ZA 3QB0A 4RTFD 1C0GA 3M3ZA 3U4LA 1BOTO 5AQSA 4E1JA 3DXMB 3WXKA 1MDUB 5TKYA 3VEOA 1GLCG 3H45C 3IFRA 5KPRA 1RGIA 3P4IA 4CJ7A 1HKCA 1SQKA 4A61A 3LDNA 2V7YA 3VF4A 4FWSA 3ZX3A 4J8FA 4BRKA 4BVPA 2E8AA 4FWKA 2A41A 2HOEA 1HKGA 2CGLA 2BUPA 4XH5A 3D2FA 3CERA 5AQUA 2P9LA 1V4SA 1V4TA 1XUPO 3UKUA 2ASOA 1WOQA 4BROA 4H0TB 3F9MA 3H3NO 4H0PA 1EQYA 2YI1A 4B1ZA 2A5XA 4BR5A 5AZIA 3LM9A 2AA4A 1NGIA 1HX1A 4DCHA 2I7PA 3ZEUB 2P9PA 2P9IB 3W0LA 1P8ZA 3AAPA 4RWTA 1TYQB 5AQFA 1J6ZA 3BP8A 3CQXA 4I6MA 3ZETA 2ASMA 4CI6A 4EHTA 2AP1A 1SZ2A 5BRFA 4H0YB 4BRMA 4BQZA 3VEWA 4BRHA 5EX5A 2QWNA 5FPMA 2H3GX 1NGEA 2QXLA 2DPNA 3UE5A 3GE1A 1ZXOA 3VOVA 4H5VA 4GY2B 4AM6A 4BRGA 4CD1A 3HTVA 1OKJA 4H0XB 2Q0RA 3J8AA 3AAQA 5AQKA 2D0OA 1KAZA 3VF2A 2Q36A 3O1BA 5AQYA 5ELZA 4BRFA 3GOIA 4NB4A 1LCUA 3HSCA 3CJCA 3A0IX 1MWMA 1IJJA 2ITMA 3ENHA 4FOIA 5FPDA 1GLLO 3O8MA 3I8BA 5AQGA 3FZLA 2FF3B 4QS7A 1SAZA 2ZGZA 3IMXA 4B1YB 2GWKA 5AQZA 4B1WB 2UYTA 3C7NA 4XH1A 5AQJA 3WUHA 5I9EB 2E88A 1U6ZA 5F2RA 4H5RA 4IJAA 4XEIA 3O6WA 2E1YA 2Q31A 3EL2A 3MMVA 3ZX2A 5AR0A 2I7NA 2NRHA 5BN8A 4H5NA 4DQ8A 1BUPA 3QMLA 4H5TA 1T6DA 4GNIA 4BG9A 2W41A 4A2BA 5AZJA 2D0PA 5BR9A 5KPTA 3H3OB 1NGBA 1E4GT 2QWPA 2W40A 3TU5A 1QZ6A 3CETA 2IVOA 1GLAG 5AQPA 4B1VA 4MLEA 3H6EA 4MO4A 1ATSA 3GL1A 1Y64A 3R6MA 3QICA 4BC5A 5KPZA 1K8KA 3MN5A 4NO7A 5AQLA 4A62A 3H46O 5CE3A 4BRIA 3DWLA 1X3MA 1YUWA 2BTFA 4BRAA 2CGKA 4FL9A 3WQTA 2YCHA 3AARA 1T44A 2GELA 4EHUA 4BREA 3LM2A 2PBDA 4WQ5A 4CZIA 2YHYA 1S22A 1NGFA 4CZMA 5ADXA 1NMDA 3VESA 5AQRA 3M6GA 3D2EB 2Q0UA 3OHRA 2A42A 2VCPA 1IG8A 3SLCA 4O5FA 1NGGA 4BR4A 2P9UB 4QS8A 3JS6A 3WXJA 3VEZA 2V51B 2YJEA 4CZFA 3FZFA 3SMSA 3ZEUA 4H03B 3UB5A 1TYQA 3VGLA 1YVNA 5B8HA 1NBWA 3R9PA 2D4WA 1NGHA 3CJAA 3ZX0A 1GLJO 3O4WA 4BR7A 1BDGA 4CZHA 5BRDA 2GUPA 1WUAA 3BEXA 4L3QA 4Y0WA 3MDQA 4BGBA 5AQQA 3HM8A 3RSEA 5BRHA 3ATUA 4CBXA 4ISFA 3U9DA 3A5NC 4CD3A 3D2FB 3BF1A 3LDQA 3VETA 1HPMA 4EIAA 2A6AA 4A2AA 5AQOA 1DKGD 4WYBA 3R8EA 4JN4A 4M7XA 4H0VB 3UKUB 4KBOA 4B9QA 3MN7A 2YHXA 2Q97A 4FWPA 4FPBA 2KHOA 1HLUA 4IWVA 3VEXA 3WQUA 5AZIB 4BR0A 3FE1A 2CH6A 3WT0A 1TUUA 4DB3A 1NLVA 1XQSC 3IUCA 4BC2A 1XC3A 3L0QA 2IVNA 4JD2A 4I6MB 3LDPA 3M1FA 1U2VA 5AQMA 4BRNA 4BRLA 5BPNA 3CJBA 4CZLA 4K43A 1JCFA 3A5OC 2P9NA 4IJNA 3UKRA 5EY4A 4FWOA 2V7ZA 2A40A 1KXPA 2QWOA 3L6QA 2V52B 2GTDA 3KVGA 1ZC6A 1CZAN 4CZGA 3QBWA 2P9KB 4MLHA 2ZF5O 4B1UB 5ADXH 2F9WA 4JHDA 4M7YA 1Z05A 2E20A 4MO5A 5AFUA 1JCEA 2FSNA 1NGJA 1D4XA 5BN9A 1BG3A 1X3NA 1E4FT 2P9SB 5KQDA 3WXLA 3QFUA 4ISEA 4BG8A 3CJ7A 1QQOA 2PAVA 2GEMA 3ULEB 3WEEB 5LY3A 4PL8A 2QWMA 1S3XA 1Q18A 3GDQA 2ASPA 4BC3A 3TPQA 4FPAA 5LJVA 2HF3A 1RDWX 3H1QA 3C7NB 3CQYA 2FSJA 3DXMA 3MK6A 3VENA 1G99A 4BR9A 5F0XA 4FOEA 3FZKA 3HZ6A 4IZ9A 3GG4A 3B8AX 3D2EA 3A5LC 2E2QA 3EKSA 4PKIA 4K42A 4WQ5C 5EOYA 5LJWA 3QBXA 1BA0A 3EN9A 1BA1A 4PKHA 2FSKA 4HWIA 2OANA 3DXKB 5E84A 3O1WA 5JICA 4BRQA 4JNEA 4FWLA 3KHYA 4O8KA 4JAXA 1R59O 2E2OA 3MN9A 5BREA 4H0OA 2P9IA 3FGUA 1K8KB 4CZKA 4BC4A 3BF3A 2HF4A 2FF6A 1HUXA 5AQTA 3EO3A 3LDOA 4FO0A 4BR2A 1BO5O 5BPLA 1C0FA 2GWJA 3WXIA 4FWNA 1KAXA 4B1XB 1JCGA 1QQMA 4IO8A 4PKGA 1HKBA 3VGMA 3A5MC 3FR0A 3VERA 4EAHD 1Z6RA 1NGDA 4QS9A 2WUSA 3DJCA 4BVOA 3O80A 1ATNA 3IDHA 2QWQA 3FZHA 3C0BA 4Z94A 3VF6A 2J4RA 2P9LB 4EFHA 1GLDG 1H1VA 2FXUA 3FFKB 3LL3A 3QDKA 4LC9B 5AQHA 3VEVA 2QWRA 5AFUH 3S41A 3I33A 4RCHA 5F1XA 3ATVA 1DEJA 4IXCA 4BRPA 5AQVA 4AM7A 4WQ4C 3O5BA 3SMPA 1QHAA 3EKUA 4WQ4A 3SJHA 3ENOA 4BRCA 2A3ZA 3CJ1A 5KQ8A 4FWMA 2P9PB 1BWFO 3CJ9A 2CGJA 1NWKA 4FWQA 1HJOA 2D1KA 2CH5A 3ZETB 3RSEB 2Q1NA 3L4IA 2NLXA 4PL7A 1YXQA 4K41A 3G25A 2P9KA 2NZTA 4M63C 2E2PA 4CBUA 4DHYA 1MWKA 5FPNA 4F9OA 3MCPA 4H5WA 3H1VX 4HTLA 2IVPA 4XH4A 5BPMA 2HMPA 2P9SA 2YHWA 5JLFA 4YDUC 3D7EO 3ID8A 1GLEG 3W3DA 4YDUA 2QWLA 4CBWA 3ULEA 3WEEA 2F9TA 2YJFA 2EWSA 2Q2RA 5EXWA 4BGAA 3AY9A 3VPZA 5E26A 3JXUA 3MN6A 3LDLA 1NGCA 2VYPA 4JD2B 5JLHA 3GBTA 1NGAA 1U2VB 2E1ZA 3CI5A 3CIPA 2ZGYA 1QZ5A 1GLBG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TVRA 2P9NB 2IIRA 1NM1A 4KI6A 1EO1A 3UKRB 2OPPA 5AQWA 2FC0A 4IDKA 1DGKN 2QW9A 3KZBA 4DKWA 1UAXA 3A8YA 3HPGA 3V1OA 3HSTB 3MXIA 2FLOA 1ESVA 5EVZA 4CJUA 4LH4A 5HRNA 5EU7A 1BHLA 3TARA 3PX4A 3N4QA 2VQFK 2P9UA 1NNEA 4JI7K 5AZJB 3QEXA 2XY8A 4KHNA 4OGCA 3TI0A 5AQIA 2B4JA 5KI6A 3FZMA 3U8XA 4Z4HA 1GLFO 5MLCQ 3K2PA 2XRIA 3HM9A 4FJIA 4RTFD 4FLXA 3M3ZA 1HNXK 5K14A 4NCAA 1QTMA 4DR4K 5AQSA 4AILC 3DXMB 4AHSA 1WSIA 1WBDA 3VMFB 4KHSA 2KZZA 2RHKA 3F9KA 4CJ7A 4A61A 3LDNA 2UUBK 4KHPK 4FWSA 4RW6A 4BRKA 3THWB 1RT3A 4XH5A 2BUPA 3SNNA 3OYGA 3CERA 3VQAA 3DLBA 3MXJA 1V4SA 4EP4A 1VSLA 3L2RA 1XUPO 3THVA 4BROA 1OVQA 3CC2N 3RMDA 3QEVA 1EQYA 2YI1A 1U47A 1UA0A 4OKKA 3V1QA 4BR5A 1N33K 1NGIA 4DV2K 1WAFA 2Z1GA 4RWTA 1EWRA 5JS1A 4JI3K 1S9GA 1SKRA 2ASMA 3J7YP 4E1NA 5CHIA 4NXMK 4CI6A 4BE2A 4FVUA 2AP1A 2AJQA 1SZ2A 1VSMA 4BQZA 3AVLA 3CCEN 1LWEA 5FPMA 5C2DA 1T3VA 2G8IA 2HW3A 3MECA 4CD1A 3EEQA 3NMUA 5DK5A 4LF7K 3O1BA 5AQYA 4BRFA 3Q7BA 3GOIA 2O8CB 1TKZA 1TKTA 1MWMA 1L3VA 3DLRA 2VGMA 4FOIA 4JV5K 2FF3B 1SAZA 2ZGZA 4CFBA 5AQZA 2UYTA 1ASVA 3TAQA 1VQ5N 3WUHA 4N41A 3QESA 4CEZA 4E7IA 1FJGK 1O13A 4CGFA 3OYHA 4DR6K 4H5RA 1TV6A 1TK0A 4DSJA 4EZ6A 1CXUA 1S1TA 2E1YA 2Q31A 3MMVA 3ZSYA 1IKVA 2WFBA 3H08A 1N6QA 3THYA 4C8OA 3QMLA 1ZYQA 2W41A 4A2BA 5BR9A 5FROA 5KPTA 3AA2A 3TAFA 1X9SA 2W40A 3CQ8A 1HMVA 5AQPA 1DTQA 1WSGA 4HUEA 3H6EA 4MO4A 4FXDA 3VTIA 1NK0A 5CZ1A 3R6MA 4BC5A 4OKJA 1K8KA 5KPZA 5AQLA 1HNVA 2XHBA 5DM6L 5CE3A 4BRIA 1ITGA 1X3MA 1W2BM 2CGKA 1U49A 1YT3A 3AARA 1WSEA 2GELA 4FLVA 2D0AA 2A1RA 1N32K 4CZIA 1S22A 3QETA 3TAEA 2O4IA 1NK4A 3LWMA 5ADXA 1NMDA 3VESA 4FJ7A 4I2QA 2A42A 1YITN 1U04A 3SLCA 4BR4A 3ID6A 4JK7A 2WOMA 3JS6A 3VEZA 5IWAK 4GVMA 5C24A 3OYDA 1WNSA 2V51B 4I9LA 3G0ZA 4PHTX 4CZFA 3FZFA 3PIOL 2FBYA 4DLEA 3ZSXA 4HUFA 1YVNA 1JLBA 4AHVA 1JLEA 2IS3A 1E3MA 2YNFA 3R9PA 5KGXA 3SZ2A 1DT9A 2G8VA 3O4WA 4BR7A 3VQEA 2KW4A 3L3UA 2GUPA 2ITGA 4CZHA 5I42A 4RW8A 1WUAA 1M90O 3SJJA 4L8RB 4L3QA 4Y0WA 3MDQA 2QEXN 5AQQA 4E7HA 2Z1IA 3U9DA 2UUCK 4FLYA 1JL1A 1XNRK 1I39A 3SV4A 4RW7A 3BF1A 3LDQA 3VQBA 3VQ4A 4A2AA 5AQOA 1DKGD 1NJXA 4FW1A 4DFMA 3BGRA 4CHNA 4NYNA 3VQCA 4KBOA 3RMCA 4M3RA 2YHXA 4A5BA 4FWPA 4CF2A 4OPJA 4FPBA 5HBMA 4JKHA 1S6PA 3VN5A 1XMOK 2WC9A 3VEXA 4CK2A 5AZIB 2X6NA 1S1VA 2CH6A 2YNHA 3KD1E 4DB3A 1NLVA 4ID5A 2DY4A 1XC3A 1C0MA 4CVNE 1SKWA 4CECA 3LDPA 5BPNA 1U2VA 3CFOA 4BRLA 4JRQA 1XI1A 3A5OC 4KI4A 4IFVA 4CEOA 5EY4A 4FWOA 2W6KA 2V7ZA 5CYMA 3PSIA 2V52B 4CJ3A 3SAFA 5E41A 4CZGA 2ZF5O 2D5RA 3RWUA 5GINA 3VQ8A 1Q82O 3SQ0A 1NKEA 3KK1A 3ASMA 3HJFA 4MO5A 3LALA 4DR5K 4JI1K 3CF5L 1NGJA 1BG3A 1X3NA 2YX6A 2P9SB 5KQDA 4YOYA 3KLIA 1QQOA 2PAVA 3O9TA 3CCUN 3WEEB 3NE6A 2OZSA 2X6SA 1SV5A 4GV3A 4KHWA 3GDQA 2ASPA 1IV0A 3TPQA 2HF3A 4CHPA 3C7NB 3CQYA 3MK6A 1HNIA 1G99A 4BR9A 1YTUA 2O8FB 3FZKA 4W5QA 1A5XA 4E89A 4IZ9A 4OLAA 4DTXA 1TL1A 4ILGB 5KRSA 3QBXA 3TSQA 3SAGA 1BA1A 2EX3A 4PKHA 4HWIA 1KRPA 3DXKB 2QKKA 4CF9A 5JICA 3LANA 4CJ5A 3DM2A 3KHYA 3HPOA 4O4GA 1TKXA 4O8KA 3VTHA 2P51A 4JAXA 4DF8A 3BF3A 4OPHA 4CEAA 3L8BA 4GW6A 3ITHA 5AQTA 3LDOA 5FLXO 1TK8A 3ZSVA 1OH6A 1C0FA 3WXIA 4FWNA 4YOWA 3NH2A 4Z4EA 4IO8A 4HVJA 1HYVA 2HHVA 3LPTA 4A5AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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