3VQ6A

Hiv-1 in core domain in complex with (1-methyl-5-phenyl-1h-pyrazol-4-yl)methanol
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 52
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq6A00
4JRQA 4DFPA 3HXMA 2BANA 2OZMA 4I7FA 3LWLA 3TABA 3DLBA 3OS0A 1RBRA 3P83D 5HRSA 1EXQA 4FYDA 1J54A 4FZYA 1Q9YA 3CM6A 4KI4A 5CZ1A 3AVAA 4KB0A 3HVRA 1RT6A 2HW3A 1NJYA 1FKOA 3ZCMA 4BWMA 1CXQA 1C0MA 3DLKA 1RILA 3T19A 4CEBA 3NGZA 3OS1A 4ELVA 3K5MA 3V1RA 1YTAA 4ID1A 4BDYA 3ZSYA 1LW2A 3QEVA 3ZSWA 4FJLA 4NCBA 1HYSA 1BISA 3P5JA 4CEAA 4E19A 2A1SA 4DU1A 3MXIA 1T7PA 4QCLA 1QS4A 3MEEA 4FM1A 4CFCA 3LWMA 2NUBA 1RBVA 3AVMA 1ASVA 5E41A 1HMVA 2VG5A 3VQ8A 3KTQA 2FBVA 4J2EA 3RMDA 4M3RA 3KIOA 4FW1A 2PZSA 2KTQA 1B92A 4GW6A 4HTUA 1J5OA 3V9ZA 4KRFA 4Y1DA 3SQ0A 3OYIA 4DQSA 4DFJA 4JS4A 2RF2A 3QIPA 3WNGA 4MQ3A 3U3GA 4M3XA 4DLGA 5I42A 4JS5A 4E3SA 4CJWA 1ITGA 4EP5A 4C8KA 1GOBA 5J1EA 1NK6A 3EZ5A 3QESA 3L2RA 3CFRA 1C1CA 2P5OA 4CHNA 2X74A 3AVGA 3HPOA 4CCHA 4KREA 1ZBFA 3OVNA 2D0BA 4FM2A 4DU4A 4CJ5A 1F21A 3NAEA 2DY4A 1ZBHA 2ETJA 3AO3A 4E1MA 3NFAA 5KI6A 2QKBA 1HQUA 2HHSA 3DYAA 2G8KA 1SL0A 4JRPA 3HO1A 3ZT2A 1IH7A 5FROA 3VQAA 3NHGA 2Z1IA 1VRTA 4FLUA 1IKYA 1VSDA 1FK9A 1UAXA 3NF8A 3K5NA 3VQQA 2FBYA 4DSJA 4FK2A 3AVNA 2DFEA 3P1GA 1S6QA 1VSHA 5HRNA 1BGXT 1Y97A 3LAKA 2OYQA 4B9VA 5DMRA 1TK8A 3KJVA 2G8UA 4CGFA 2KQ2A 3D0PA 4E7HA 4B8AB 4J2BA 4CJ4A 1I3AA 4PA1A 3CQ8A 1N6QA 4FLZA 4DSFA 2IOCA 1RBUA 2A1RA 1TKDA 4KB1A 3DI6A 1WSIA 2GUIA 3T1AA 1NOZA 3VQ6A 1S5JA 2D0CA 4W5TA 3LZJA 2EX3A 4DMNA 2F8SA 3WNEA 1TKZA 5J2PA 4OLAA 1A5WA 2YNGA 5FDLA 5CYQA 4KHQA 1DTTA 1GOAA 1JXEA 2BE2A 1D9FA 3SUNA 4CK1A 3M8RA 1BCOA 1G15A 1JLGA 3DLGA 5KGXA 4DQIA 3UIQA 2P1JA 3ZT0A 1RT3A 4KTZA 3QEIA 2YV0X 3AA5X 5JS1A 1JL1A 2YNFA 4HHTA 4KTQA 4OGEA 1HQEA 1BIZA 4CFAA 1RDBA 4CHYA 2F96A 1IG9A 4OVLA 5KTQA 3ITHA 2KFZA 3V6DA 3VQEA 1D8YA 5CZ2A 1L5UA 2OZSA 2KFNA 4DTPA 3CYMA 3NF6A 3I8DA 1S9GA 4FZXC 1VSEA 1EP4A 4LSNA 3VA3A 4DLEA 3PO4A 3OYBA 3F73A 3TARA 1JKHA 3FFIA 4B3OA 3LDSA 1UOCA 2E4LA 3L3VA 4KO0A 3H08A 3NCIA 1NKBA 3NDKA 4DFKA 1TGOA 3ALYA 4CJLA 4CK2A 3DLEA 3QO9A 4FLYA 3PUFA 3VQ5A 2XY6A 4OJRA 5DK5A 3KLIA 4Z4CA 1SKWA 1VSJA 4FZZA 3D45A 3L2VA 4PWDA 3NGIA 3AVLA 3IRXA 3JSMA 4GMJB 1SV5A 1JLQA 1HYZA 3AV9A 4E1NA 1WSEA 5K14A 4CGGA 3DM2A 4LH4A 1RBSA 1VSKA 3DRRA 1ZBIA 4I2QA 1X1PA 3RMAA 5HRPA 3PX0A 3PX4A 1U4BA 3SUQA 4F2RA 2YKMA 4DTOA 1KCFA 4I2PA 4FM0A 3LP3A 3S3MA 1VSMA 3SNNA 4YNQA 3LPUA 1BHLA 1RT5A 4I9LA 2G8VA 1QHTA 1KVBA 3I0SA 4CJVA 3V9XA 1HYVA 3M8QA 1WLJA 3OYEA 4DQPA 1C0UA 4Q0BA 4RW8A 3QNOA 3MEGA 3M8SA 4DU3A 4E0DA 3L3UA 3NBPA 3NGYA 1S1UA 4YFUA 3LZIA 1YVUA 3ZT3A 5T7BA 4DTXA 2EHGA 4Z4EA 1Z25A 1Q8IA 2O4IA 5JS2A 1C1BA 4DSLA 4C8OA 4PUOA 2AJQA 1U45A 1HNIA 1L3TA 2IGIA 3O3GA 2YHAA 1BL3A 3CFPA 1SL2A 4FLWA 1QSLA 2E6LA 2Y1IA 1JXBA 4O0IA 1NKCA 4C8NA 4FLVA 4KPYA 2YNIA 4FLTA 2X6NA 1LAWA 4H8KA 2HNYA 4Y1CA 5HBMA 4JLHA 4CF9A 3OYFA 1DTQA 3K5LA 2Q3SA 3DOLA 1KLMA 3CG7A 3TAPA 3HP6A 3U3YA 2HHUA 4E7JA 3RMCA 1KFDA 4W5OA 4KAZA 4E89A 3HYFA 3OYCA 1TAUA 3DOKA 3KK3A 1S1VA 4FJNA 1NK5A 3TAFA 4DG1A 3IAYA 3OYJA 4DTMA 2FC0A 4E7IA 4KKOA 1WAJA 3A2FA 4CEDA 1S6PA 1ASUA 2HHQA 1RCHA 2Z1HA 3S3NA 2QKKA 2D5RA 3LP0A 3WNHA 4HUGA 4DTSA 1NK4A 3QLHA 1A5XA 3NH2A 4CJSA 4UQGA 4AHUA 1VRUA 4DS4A 4C8LA 1QQCA 1KSPA 3OYLA 3KD5E 2HNDA 3MAQA 4CJTA 2G8IA 1N5YA 4CF2A 1ZBUA 4O0JA 4CJQA 1TK0A 4FK4A 4BE1A 1QSYA 3ZSXA 3HPHA 1WNSA 4DWIA 1B9DA 4ID5A 1FKPA 2ZE2A 4AHSA 3QERA 2W42A 3CM5A 2XHBA 4AH9A 5KRSA 4Z4HA 3OYHA 3TR8A 2E6MA 3I0RA 4HCBA 3HVTA 4IKFA 4BE2A 4W5QA 4CEQA 1MU2A 4OGCA 2BGGA 3ZSOA 1R0AA 3TANA 3CFOA 3HJFA 3OYAA 1VSIA 1LAVA 3ZSRA 2Z1GA 4KTWA 3QINA 1KVAA 4CJUA 3T3FA 3TAQA 1YT3A 1U49A 4E7LA 1UA0A 2G8FA 1O1WA 4W5NA 2RN2A 3EY1A 2VG6A 3HPGA 3F9KA 4EP4A 1S1TA 3V1OA 1WSGA 3ZSVA 3ISNC 4CEFA 4DTJA 3SQ4A 1BIUA 3SUPA 2VWKA 2F8TA 4CEEA 1JL2A 5KGWA 5HLFA 3RR7A 4CJFA 4LD0A 3RRGA 4IFYA 5C24A 3PX6A 1XWLA 2HNZA 1NK9A 3OJUA 4FJ8A 2Y1JA 4O55A 4O44A 3DRSA 2P51A 4B08A 4HVJA 4N5SA 4I9QA 4CEZA 1EETA 3TI0A 2R7YA 1RT7A 1BQMA 2HHVA 4FJ7A 4QOZB 1ZBLA 3RTVA 4ELUA 4GVMA 4PY5A 4N47A 2HHTA 2BDPA 2PYJA 5CYMA 1JLBA 4OKJA 4DF4A 1LWCA 1CZ9A 1TKTA 3AA3A 4CF0A 1QSSA 3TAEA 3QEWA 4KHWA 1WAFA 2FBTA 3SUOA 4F3OA 2YNHA 3K5OA 5SZTA 1RTIA 2X6SA 3AO1A 1BQNA 3S9HA 1U47A 4B9TA 3C6UA 4AILC 5C25A 4J2DA 5HP1A 4F2SA 2HHXA 3RR8A 3AVKA 2GBZA 3IG1A 4EZ6A 2HVHA 4C8MA 1SUQA 4RW4A 4AHTA 3MXMA 4FJHA 3PY8A 1TVRA 4RG8A 3NH0A 1IKVA 3L8BA 3C95A 4ZTJA 2KZZA 4KHYA 3K58A 3PV8A 3VQCA 4DSKA 4H4OA 4FW2A 4ICLA 3ULDA 2IC3A 4LSLA 4NYNA 4BWJA 3AVFA 3VN5A 1NJXA 3QNNA 3SQ1A 1TK5A 4O4GA 1U04A 3AA4A 4RW9A 3O3FA 3KLFA 4N41A 1LWFA 3AVIA 4FK0A 3E01A 4OLBA 3AO4A 4M41A 4CIGA 2X78A 3KLEA 3DLHA 1RBTA 2XRIA 3K57A 5CY4A 3SV4A 4CGDA 4F8RA 2IS3A 1XHZA 1LWEA 4CGHA 1HPZA 3QEXA 5EU7A 4ZTFA 4CJEA 3LALA 1TAQA 1VK0A 1RDDA 4CGIA 3HL8A 1NKEA 3KLHA 5SWMA 2HMIA 1NJWA 3V9UA 2HHWA 1UWBA 3OY9A 2LSNA 1QTMA 3M8PA 1U48A 4B9NA 4HUEA 3C6TA 4M42A 3AVBA 1NK7A 4CECA 1D5AA 1REVA 2RKIA 1RT4A 4QAGA 3U6FA 2XY7A 3LAMA 3RRHA 3SQ2A 4FXDA 4CK3A 4N56A 4CE9A 5HRRA 4R5PA 5FRNA 2OPPA 4PQUA 4Z4GA 1RDAA 3L2WA 1SL1A 4FJ5A 4WE1A 2ITGA 2D0AA 3NH1A 3VQ9A 1KRPA 1EX4A 4OKEA 2OA8A 4BDPA 1A5VA 4W5RA 3KK2A 2WONA 2PYLA 4Z4FA 5C42A 1W9HA 4RW6A 2B5JA 1JLCA 3THVA 3AO5A 3O4NA 1D9DA 5J2MA 4B9SA 4FJGA 1SKRA 1RTDA 2G8HA 4CHOA 3TAGA 1XI1A 1RDCA 4E7KA 3ZSZA 4AHVA 3QETA 3SPZA 1HRHA 3VQ7A 4HCCA 4NCAA 2Z1JA 1BCMA 3DLRA 4CFBA 4OKKA 1B9FA 3ZT4A 4CIFA 4FJXA 2RPIA 4F4KA 3V9SA 5HROA 4KHSA 4HUFA 1RTJA 3SCXA 4CJPA 1S1WA 1BI4B 3AVHA 1GOCA 1RT1A 5KRTA 3JYTA 2ZD1A 3SZ2A 3K2PA 2HVIA 3AA2A 1L3UA 4FJ9A 3MXJA 2VWJA 4XIUA 3NE6A 4BDZA 1UA1A 2KZMA 2GV9A 3MEDA 1JLAA 4CIEA 3KK1A 3HT3A 1L3VA 4B9LA 1XC9A 3MECA 2QK9A 1KLNA 4F3TA 3SPYA 4Z4IA 1L3SA 3OJSA 3V4IA 3RMBA 4K8ZA 3HSTB 4L8RB 4RW7A 2DFFA 4IBNA 3L2QA 4O5BA 3HK2A 4OPKA 4M45A 3VQ4A 4CJ3A 1TV6A 4B9UA 3PO5A 4CF1A 2ZQBA 3KKRA 3OYKA 3EYZA 4CHZA 3VQBA 2YHBA 1S9EA 1LV5A 1K6YA 2KW4A 3VQPA 4M3UA 4CF8A 3ZSQA 3BGRA 1T8EA 1VSLA 4TSXA 1CZBA 3WNFA 4K8XA 3AO2A 4KI6A 3OYGA 3K59A 4CJRA 4CEOA 3KD1E 2G8WA 3G0ZA 1CLQA 4DSEA 4DF8A 4DFMA 2OPSA 3OYMA 4CERA 4KHUA 4M3TA 4CESA 3NF9A 4BACA 2JLEA 3ASMA 3B6OA 2DFHA 4CHQA 3L2UA 1X9MA 4NYFA 1WSJA 2JGUA 2P5GA 4KHNA 4B9MA 1FXXA 4H4MA 4CFDA 4FJIA 1SKSA 3C94A 3B6PA 1S1XA 3TWHA 2FBXA 2YKNA 1ASWA 1DLOA 4Q5VA 1IKXA 2XY5A 1ZYQA 1TKXA 3G10A 3QIOA 1C0TA 4EZ9A 1T05A 3NF7A 4IFVA 5FRMA 4FJKA 1HNVA 2XY8A 1BI4A 2O4GA 3OYDA 3LANA 2DTUA 4M3ZA 1J53A 4B8CA 4CHPA 1RT2A 4KV8A 3QEPA 3OS2A 1T03A 3RWUA 2OPQA 2WOMA 1JLEA 3V9WA 4FCYA 1KVCA 4BE0A 1QE1A 4FJMA 4M3WA 3AVJA 4OPJA 1NJZA 1TL1A 2QXFA 1W0HA 3SJJA 1WN7A 4DTRA 3LP2A 2ATQA 4N76A 4ELTA 4CGJA 1LW0A 4G1QA 1IO2A 4FVMA 3S3OA 3KLGA 1YTUA 4DSIA 1KFSA 3ZT1A 1IKWA 3DMJA 4J2AA 1TL3A 4AHCA 3SYZA 3VA0A 4MFBA 1WSHA 3O3HA 2PY5A 1CXUA 2HB5A 4LH5A 4DTNA 1X9SA 3TAMA 1NK0A 1WSFA 3SV3A 4LY7A 1J9AA 4CJKA 3OYNA 4DQRA 2IAJA 1C6VA 2VG7A 1Z26A 2XO7A 1VSFA 1I39A 3O4QA 1EKEA 1C1AA 3DRPA 4Z0UA 2B6AA 4KFBA 2B4JA 3VQDA 4FJJA 3BDPA 1XHXA 3V81A 4ZHRA 4DQQA 1JLFA 5D3GA 1RTHA 3LP1A 4IG3A 4IG0A 4NCGA 4DTUA 2IDOA 1Q9XA 4DS5A 5J2QA 1X9WA 4FLXA 2I5JA 1HJRA 1NK8A 3HP9A 4IDKA 3LPTA 4AHRA 5I3UA 1KTQA 2OPRA 3HM9A 3KKSA 3IS9A 5J2NA 1NOYA 4M3YA 3V1QA 3SI6A 3AVCA 1RNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PKIA 5B8HA 3TABA 3P83D 1BO5O 2HMPA 1J54A 1Q9YA 1W2BM 3CM6A 1IG8A 2AP1A 3AVAA 3CIPA 2ITMA 1BWFO 3DLKA 4JKGA 3T19A 3CCRN 2BTFA 3V1RA 4OPAA 3HSCA 3ULEB 3CPEA 4FWLA 3ZSWA 4NCBA 1HYSA 4CEAA 5AQRA 1QS4A 5JMVA 1RBVA 4AQYK 3CCSN 1VQNN 3KIOA 2KTQA 1CZAN 3N4PA 3V9ZA 1Q82O 4FPBA 4MQ3A 4M3XA 4DLGA 5I42A 3W0LA 4E3SA 2WUSA 3EZ5A 3QESA 3L2RA 1C1CA 4DV1K 3ENBA 4B3TK 4DU4A 4CJ5A 4V19S 3OTOK 3NAEA 5C0YA 1HR0K 5BPMA 4C1NI 5KI6A 2HHSA 3DYAA 2HOEA 1SL0A 4JRPA 4M7XA 3HO1A 3VQAA 4BRKA 4WQ5A 1YHQN 1FK9A 3MDQA 4FK2A 3THYA 3P1GA 5GIPA 3EE9A 1TK8A 3ULEA 2KQ2A 4J2BA 1I3AA 4PA1A 4CZEA 3CQ8A 3ZLJA 4YORA 1ATRA 3I8BA 2F8SA 4CBXA 5J2PA 2A41A 2YNGA 5FDLA 2QWMA 3SUNA 4CK1A 3M8RA 1JLGA 5KGXA 4DQIA 2P1JA 2YV0X 2HSTA 3KK7A 1JCFA 1HQEA 1BIZA 4CHYA 1TYQB 2F96A 3G25A 4YY3K 3V6DA 3VQEA 4BQLA 1D8YA 1L5UA 1VQ5N 3I33A 3SJHA 1S9GA 1VQPN 3PO4A 3CMAN 3TARA 4BRLA 2E4LA 3ALYA 4FLYA 4CK2A 3QO9A 3VERA 4OJRA 1VQ7N 4WFBL 1GLEG 4GMJB 1JLQA 3VGKA 1RBSA 4X66K 4I2QA 3CPWM 1X1PA 1V4TA 4LFBK 3WXJA 2YKMA 3SBGA 1NGEA 1KCFA 4PHTX 3LP3A 3S3MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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