3VQ6A

Hiv-1 in core domain in complex with (1-methyl-5-phenyl-1h-pyrazol-4-yl)methanol
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
b'SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 52
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq6A00
1KFDA 3VQQA 4CEEA 3WNGA 2PYJA 1L5UA 3LANA 3LWLA 3T1AA 1J53A 1TKXA 1HPZA 2XY7A 1L3TA 1BIUA 4LH5A 3VQ7A 2X6SA 4E89A 1KSPA 3AVFA 3L3UA 1QSSA 4I2QA 1U4BA 3AA2A 3SUQA 1K6YA 1IG9A 1TK5A 1NK6A 4F2SA 1EX4A 3O3HA 4FLTA 1Q9XA 3VA0A 4E7JA 3HXMA 3OYMA 4HHTA 1GOAA 4CK2A 4J2EA 4F4KA 3KD5E 1SKSA 1F21A 3SNNA 3A2FA 1JLGA 3BGRA 3AVNA 3QINA 1ITGA 1TL3A 4IFYA 1RDAA 4CJPA 4CEZA 2P51A 1NKBA 4FJNA 4Z0UA 4W5QA 4J2DA 4O55A 5KI6A 4FJKA 1QSYA 1IKYA 2ZQBA 1S9EA 4O44A 3NE6A 3KK3A 3AV9A 4FVMA 4AH9A 4B8AB 4FLZA 4KFBA 4HTUA 4J2AA 3LP2A 3VQPA 4CJKA 2G8VA 4DFJA 3NGIA 1QHTA 1BISA 1UWBA 2X6NA 3NH1A 1ZBHA 3OYEA 4FJMA 1VRTA 3L2UA 3TAQA 1RCHA 4HCCA 3QEPA 1L3SA 1ZBIA 1X1PA 4E1MA 3OS0A 4CCHA 4KHQA 1KCFA 4BE0A 4NCAA 4FJXA 3HPGA 4ICLA 1UA0A 1FK9A 2FC0A 5HROA 3VQ8A 4O0IA 1RBTA 2HNDA 1WSFA 1NKCA 4OLBA 3AA3A 2G8WA 4FK0A 4BDZA 1ZYQA 3LAKA 3AA4A 1LW0A 1EP4A 2XHBA 5J2NA 3QESA 3O4QA 3KLEA 4KO0A 4CGHA 3WNHA 1LWFA 2KFZA 2F8TA 1IO2A 3SUPA 1U04A 2KTQA 3NH2A 4JS5A 1U49A 1S9GA 4B9UA 1FKOA 1WAJA 4OGCA 1LAWA 3ZT0A 1RT4A 3KK1A 3D0PA 3ZT1A 2IC3A 3U3YA 3HVRA 1YVUA 3TAEA 1DTQA 3DOKA 4TSXA 4DTRA 3RMDA 2WOMA 2YHAA 4OKKA 5I3UA 1NOYA 3CYMA 1J54A 5C24A 1ZBUA 1ASWA 4OVLA 4DSLA 1RDDA 4M3RA 4AHRA 3NF9A 1TKZA 1B9FA 1RT5A 3P1GA 4MQ3A 4CJVA 1QSLA 2PY5A 1VSKA 4AHSA 3SJJA 2D0BA 1IKWA 3HP6A 1TAUA 4DFMA 3PUFA 4HUGA 3OYLA 4YNQA 3VQ9A 1RT7A 4CEAA 4AHUA 4IG3A 4CERA 2G8FA 4Z4CA 4AHVA 1RBUA 3ZSVA 3VQ6A 3OYKA 3MEEA 3DRSA 2HHWA 2YKNA 4GW6A 2FBYA 3RMBA 4FJ8A 4DQPA 2IGIA 4DTJA 3OYNA 3QEVA 4FJJA 3ZSWA 1HQEA 4Y1DA 3K2PA 4LD0A 3VQBA 4N5SA 4KI4A 3B6PA 4DTOA 3O3FA 4Q5VA 1VSFA 3IAYA 3CM5A 1Y97A 3ZSZA 1UOCA 3S3MA 4E0DA 2NUBA 1NK8A 1WSIA 4EZ6A 2X78A 1CZBA 1NKEA 2ATQA 4KHWA 3MXIA 3PO4A 3AVIA 2YKMA 4DLGA 4ELTA 3VQAA 2O4IA 3KK2A 3SCXA 3UIQA 3AO2A 3NGZA 4CGGA 1XHZA 1BI4B 3OYGA 3LDSA 4O0JA 3SQ1A 4KAZA 4CEFA 3DLBA 2G8HA 3DLHA 4IKFA 4DSIA 1YTUA 1SV5A 1MU2A 2PYLA 2A1RA 2KW4A 3TAPA 3QNOA 3SYZA 4C8NA 4CJEA 1TGOA 2EX3A 3KKSA 4FCYA 2E6LA 4DS5A 4WE1A 3S3NA 3MEDA 4E7IA 4B9TA 1TK8A 4QOZB 4IBNA 1W9HA 2HHUA 3AO3A 4E7LA 2RN2A 2IS3A 1IKXA 4FW2A 3V1RA 3SZ2A 1NK9A 3LP0A 1S1XA 3WNFA 3VA3A 1EETA 3OYHA 1S5JA 1KTQA 4CJWA 1QS4A 3LWMA 2HHTA 4EP4A 1XHXA 1U48A 1JLBA 5DK5A 1J9AA 1TAQA 1B9DA 1BCOA 1JLAA 1RDBA 1REVA 4C8OA 4F2RA 4CJLA 4O4GA 4DQQA 1WNSA 1LWEA 3QIOA 1X9WA 2G8KA 1KLNA 4CHNA 3U6FA 4Z4FA 3I8DA 1QTMA 2RKIA 4KHUA 3TAMA 4KB0A 3SQ2A 3NF8A 4B9VA 4CHYA 2XY5A 1S1UA 2D5RA 4W5RA 1NJYA 5J2PA 4LSNA 4FLXA 3OY9A 3NAEA 4DTXA 1HYSA 3DLRA 4KTWA 4KKOA 4RW8A 4R5PA 4NCGA 4NYFA 4NCBA 2Q3SA 1SL0A 4CJSA 4ZHRA 2DFHA 1TK0A 1L3VA 1DLOA 5E41A 3VQ4A 5HP1A 3VQ5A 4CF9A 4CFDA 4IDKA 2B6AA 4CJ3A 4Z4HA 4JS4A 1C0UA 1HNVA 2IDOA 3E01A 3V9ZA 4CEQA 1UAXA 3V1QA 4DTNA 1JL2A 3C6TA 2OPRA 4CJFA 4DF8A 3AVJA 4CF0A 3ZSRA 5SWMA 3HPOA 4FK2A 3OYJA 1C1BA 3SV3A 1RT2A 3L2VA 3DLEA 4E7KA 3DI6A 4ID5A 1HYZA 3U3GA 4F3TA 3RR7A 1BI4A 1WLJA 2QK9A 3AVMA 4RG8A 2HHVA 2XRIA 4Z4GA 2AJQA 1D8YA 3TAFA 3SPYA 5CYMA 4CGIA 4F3OA 4HUFA 1WSJA 4KPYA 4CF1A 2KZZA 3G0ZA 3PX4A 4M3XA 1C1CA 4DU3A 3K5NA 1YTAA 4M3ZA 4PUOA 5FRMA 3HO1A 1S6PA 2IAJA 3P5JA 3AO4A 2KZMA 5HLFA 4CJTA 4H4MA 1KVBA 5SZTA 4B8CA 3L2QA 2HMIA 4B3OA 1CXQA 1ASVA 4ZTJA 1NK4A 4GMJB 4FYDA 2YHBA 4KV8A 2YNIA 3K58A 4K8XA 1HQUA 3AA5X 1S1VA 3KKRA 4CEDA 1SL2A 3PY8A 1BCMA 1C1AA 3RRHA 5J2MA 2YNFA 3ULDA 2FBTA 1KRPA 4CF2A 4M45A 3CFPA 4M3YA 2IOCA 3S9HA 1TKTA 1C0MA 3NGYA 1WSHA 3T19A 2Z1JA 2HW3A 3H08A 4H8KA 4CJ5A 4O5BA 3HVTA 1NK0A 3BDPA 4KI6A 5KGWA 1RT3A 3LAMA 3AO1A 3M8SA 4CIFA 4DFKA 3NBPA 2FBVA 2ZE2A 3QO9A 4FJ5A 3ALYA 4FLUA 5DMRA 1WSEA 3IRXA 2HVHA 1JXEA 2YV0X 4E1NA 4FJHA 1IH7A 1BL3A 4DWIA 4DFPA 4FJGA 2HHXA 3AO5A 4HCBA 1TVRA 4DQIA 4M3WA 1BQNA 3DRPA 3SUOA 1VSHA 4N56A 3L3VA 3TANA 3SI6A 4KTZA 4IFVA 1R0AA 4M42A 2E4LA 4W5NA 4G1QA 4CE9A 4BDYA 2A1SA 3QLHA 1XI1A 4CJRA 3O3GA 3OJUA 1T7PA 5CYQA 1LAVA 4ID1A 1RILA 4BWJA 3WNEA 2ZD1A 3NCIA 3K57A 3ZSQA 4I2PA 3OYAA 2BGGA 4FJIA 1A5XA 3HM9A 3S3OA 3JSMA 2KQ2A 3QEIA 1VSIA 1LW2A 3ZSOA 4CJUA 5HRSA 4RW4A 2QKKA 2DFFA 1QQCA 1U47A 3PX6A 1FXXA 3HP9A 3ZSYA 4XIUA 3ITHA 4NYNA 1HNIA 2YNGA 3DYAA 3NDKA 2OZSA 1RTDA 3TARA 3C6UA 3OS1A 1Z26A 2BANA 4Y1CA 2OA8A 1RDCA 3KTQA 4FJ7A 4ELVA 4N76A 1KFSA 4DG1A 1RTHA 3EYZA 4FZZA 3OS2A 2BE2A 4CGDA 5I42A 4OPKA 4B9SA 4FM0A 3PV8A 2I5JA 3KJVA 3TABA 1X9MA 4F8RA 4FM1A 3KD1E 2EHGA 3O4NA 1JLEA 3KLIA 3OYFA 1ZBFA 1HYVA 5EU7A 4CEOA 1KVCA 3CFOA 4H4OA 1N5YA 3K59A 1WN7A 1HRHA 5C25A 4B9NA 4OJRA 5FROA 3CQ8A 3DOLA 2RF2A 4CK1A 2R7YA 4L8RB 3HJFA 4DQSA 3MXMA 1RBSA 2HNZA 3AVAA 4B08A 4EP5A 1IKVA 1NK5A 1RNHA 2O4GA 2X74A 1VSLA 2GBZA 1JKHA 4CHZA 1TL1A 4QCLA 2DFEA 3CG7A 4DTSA 3OVNA 3V9SA 1BIZA 3JYTA 3M8QA 2W42A 1LV5A 3ZSXA 4DSKA 3FFIA 1NJWA 4PQUA 4HVJA 1SUQA 3L2WA 4DU1A 3QERA 4OPJA 3CM6A 3C95A 4DQRA 2QXFA 1T05A 2VG6A 1X9SA 1Z25A 1S6QA 2P1JA 4CECA 4BE2A 5FRNA 2OPQA 2PZSA 3TAGA 1JLCA 3K5MA 3DLKA 2OZMA 1A5VA 3NF6A 3KLGA 3LP3A 3TWHA 3G10A 5HRNA 3LALA 2G8UA 4KB1A 1BGXT 3MXJA 3NF7A 4FJLA 4M41A 4E7HA 4CFBA 2F8SA 5HRPA 1TV6A 3MECA 4J2BA 2XY8A 3LZJA 3KLFA 4DS4A 3V9XA 5T7BA 5C42A 2XO7A 1I39A 2JLEA 1EXQA 1VK0A 3SPZA 4C8MA 3TI0A 3DLGA 3LPUA 2JGUA 3I0RA 4FLYA 2B5JA 2HNYA 2RPIA 3V9UA 4E3SA 4B9LA 3RRGA 4EZ9A 4MFBA 4DLEA 3T3FA 4KHNA 3HK2A 4N47A 4LSLA 2HB5A 3M8PA 4CIEA 3HL8A 4CK3A 4BACA 5CZ2A 4M3UA 1JL1A 4FW1A 5FDLA 2D0CA 3IG1A 1VSDA 3OYBA 3M8RA 1ZBLA 1FKPA 2OPPA 3HPHA 4CHPA 3LZIA 4BE1A 1G15A 4DSFA 2G8IA 3HT3A 2GV9A 4I7FA 4CF8A 3K5OA 1JXBA 3OJSA 3VQEA 4FJ9A 3L8BA 3V9WA 4PWDA 4DSEA 4KHYA 3THVA 4UQGA 4DTMA 3EY1A 2E6MA 3AVHA 4DTPA 1SKRA 4FZXC 4RW9A 4CFCA 4DTUA 2FBXA 3LPTA 4E19A 4JLHA 4JRQA 3QIPA 3ISNC 3VN5A 3MAQA 4DMNA 1NK7A 1Q9YA 2Z1HA 5K14A 1KLMA 1WSGA 2ETJA 1KVAA 2P5OA 4Z4IA 3OYIA 1WAFA 3ZT4A 1D9DA 2HHSA 3L2RA 1CLQA 1T8EA 1O1WA 3NHGA 4AILC 1ASUA 1RT1A 3RMAA 1YT3A 4CHOA 1A5WA 1SKWA 1Q8IA 5KTQA 3RTVA 1C6VA 1VSEA 3ZCMA 3ZT3A 1BQMA 1NOZA 2VG5A 2VWKA 4AHCA 3VQCA 4IG0A 2XY6A 5HBMA 3OYDA 4FM2A 1VSJA 3V1OA 1B92A 4CGJA 3P83D 4DSJA 3LP1A 3CFRA 1D5AA 5HRRA 2OYQA 1JLFA 1W0HA 1VRUA 4CIGA 3SV4A 5JS2A 4K8ZA 3DRRA 1RTJA 3QETA 3QEXA 1D9FA 2Y1JA 1GOCA 4AHTA 4I9LA 2F96A 4CJQA 3AVBA 1N6QA 4FZYA 2B4JA 3RWUA 4N41A 2DTUA 4KRFA 4OKJA 4FLVA 1EKEA 4QAGA 3SUNA 4GVMA 3EZ5A 2KFNA 4DU4A 3AVKA 4CESA 3V6DA 2Z1IA 2OPSA 3KIOA 2HVIA 4OGEA 2VWJA 3RMCA 1LWCA 3KLHA 1XWLA 3SQ4A 2HHQA 1I3AA 1S1WA 2DY4A 4LY7A 2Y1IA 1VSMA 4DF4A 4BDPA 1C0TA 1U45A 3NH0A 4Q0BA 1XC9A 2Z1GA 1J5OA 4HUEA 3QNNA 3ZT2A 4KHSA 3D45A 3DM2A 1DTTA 1QE1A 1SL1A 4FXDA 1JLQA 3SQ0A 1NJXA 3K5LA 2GUIA 2LSNA 2D0AA 4BWMA 4FLWA 2BDPA 5D3GA 4C8KA 5KRSA 4KTQA 4ZTFA 4JRPA 5KRTA 1HMVA 3C94A 1L3UA 3HSTB 1CXUA 3IS9A 1GOBA 5KGXA 3PO5A 4LH4A 1S1TA 1NJZA 1RBRA 2QKBA 4OLAA 3NFAA 2YNHA 4PY5A 4KREA 3MEGA 3TR8A 1TKDA 3B6OA 4RW7A 4ELUA 3V81A 1CZ9A 2VG7A 2P5GA 3AVLA 4CEBA 4I9QA 3I0SA 4CFAA 5J1EA 4B9MA 2ITGA 3PX0A 4W5TA 1HJRA 1T03A 1RT6A 4M3TA 3HYFA 3F9KA 5CZ1A 4PA1A 3RR8A 4YFUA 2WONA 4FK4A 4CHQA 3QEWA 3VQDA 3OYCA 1RBVA 3AVCA 3ASMA 3DMJA 4Z4EA 3F73A 4RW6A 5J2QA 1RTIA 4CJ4A 3AVGA 1UA1A 5CY4A 4OKEA 4CGFA 4C8LA 4W5OA 1BHLA 3V4IA 5JS1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C15A 5AZJA 2PYJA 1L5UA 2P9IB 1XUPO 3D7EO 2FSNA 3AVFA 5BPLA 1NGIA 1IG9A 5EVZA 4JI4K 1TK5A 4DR4K 1X3MA 2P9SB 4A62A 5BRHA 3L4QA 1HLUA 2ASMA 4PKHA 1JJ2M 3KD5E 1F21A 1JLGA 3AVNA 3WXLA 1NKBA 3A5LC 4CJPA 5JICA 2VQFK 3VEZA 1OVYA 3AV9A 1T6CA 1Q82O 4HTUA 4RTFD 3A5NC 4B1UB 3NGIA 4IDHA 2X6NA 1VQ9N 1VRTA 4JKBA 3L2UA 1EWRA 1MWKA 1L3SA 5JLHA 4C1NK 4CCHA 1N32K 4FJXA 3HPGA 4ICLA 1UA0A 1FK9A 5KPTA 5HROA 2ZJPL 1RBTA 2HNDA 3D6RA 4OLBA 1ATNA 4GKKK 1ZYQA 1RDWX 2IIRA 2P9NB 3QESA 5J2NA 3O4QA 5MLCQ 4BC4A 4B9QA 3GG4A 3I55N 1X3NA 1IO2A 4LFBK 3NH2A 1U49A 2A40A 4B9UA 1FKOA 3KK1A 4DV1K 3ZT1A 4GV3A 1QZ6A 3TSQA 1NJIO 3DOKA 4TSXA 3QB0A 4OKKA 3O5BA 5I3UA 4YDUC 4JNEA 5C0YA 4K42A 2KLAA 2WFBA 4OVLA 1M1KO 1RDDA 2QM1A 3HZ6A 2O8EB 1QSLA 2PY5A 3J8AA 1BO5O 4BRKA 2W41A 3VQ9A 3QFPA 3ZETA 4BRAA 4CEAA 4IG3A 1RBUA 3ZSVA 3VQ6A 5BR8K 3MEEA 3DRSA 1EWQA 2ZJQL 1VQ6N 1BU6O 4DQPA 4K41A 3OYNA 3ZSWA 1HQEA 1U2VB 3B6PA 3O3FA 3IAYA 1Y97A 5BPNA 3I56N 4U67L 5LJWA 1Y64A 2ATQA 3PO4A 3AVIA 1FJGK 2YKMA 4DLGA 3AGRA 3C65A 4H5VA 3KK2A 1I94K 3LDSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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