3DXKB

Structure of bos taurus arp2/3 complex with bound inhibitor ck0944636
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
212
structure length
211
Chain Sequence
QAVLTLYAQGLLGVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPRRKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
publication title Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
total genus 56
structure length 211
sequence length 212
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dxkB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dxkB02
4IXCA 2V51B 3UKUB 1C0GA 1JCGA 3I8BA 1IG8A 3L0QA 4BROA 2FLOA 4XH5A 4FWKA 5EXWA 5F2RA 4H5TA 1NGDA 1U2VB 1ZC6A 2D1KA 3HBTA 1D4XA 3EZWA 4BR0A 4GNIA 4BR7A 3ULEB 2H3GX 2HOEA 5AQVA 1U6ZA 2HF4A 4BVOA 2GWKA 2YHXA 3FLCO 4XH1A 2VCPA 1GLEG 3D2FA 3QICA 3EKSA 3WEEA 4WQ4C 4IO8A 2OANA 5AQZA 1BG3A 1RFQA 2Q2RA 4H5NA 4YDUA 5AQXA 5AQKA 1QHAA 5KQDA 2Q31A 1GLFO 3HTVA 2P9UB 4FWOA 3A5OC 3J8AA 3CJCA 4H5WA 4BG9A 1K8KB 2GWJA 5AQRA 3QBWA 3WUHA 4FWQA 4EAHD 2Q36A 1YVNA 4PKHA 3MCPA 4CZHA 3LDLA 4PKIA 3RSEA 4ISFA 2E2NA 4CZEA 4BGBA 3R9PA 2ASOA 3TU5A 2E1YA 3FGUA 5AQYA 3ZEUB 2E2OA 1Z05A 3EL2A 4EHUA 5CE3A 2CH5A 5F0XA 2Q1NA 5E84A 3VF6A 2IVPA 1YUWA 1EQYA 3U9ZA 1NBWA 1HKCA 1KXPA 3QBXA 3ENHA 1BUPA 1X3MA 4HWIA 3ZETB 3IUCA 2P9NA 1QQMA 3SMPA 2P9IB 3EN9A 3IMXA 3GBTA 3QDKA 1X3NA 1LCUA 4M7YA 3CERA 4HTLA 1E4GT 1ESVA 2VYPA 4FOEA 4B1UB 1NGEA 5BREA 1R59O 1NGCA 3LDOA 2V52B 3LDQA 4RTFD 2CH6A 1NGBA 2NRHA 3AARA 3DJCA 3H3NO 5ADXH 3JS6A 1T6CA 4BR4A 3IDHA 3VEOA 4A62A 1GLJO 2QWQA 4JD2B 3W0LA 4BRGA 4Y0WA 4BRMA 5AZJB 4A2BA 3UKRB 3DXKB 3UE5A 1OKJA 2ASMA 4CI6A 3A8YA 2NLXA 2QWOA 4H0YB 3FE1A 2P9LA 4IJNA 3ATVA 1V4SA 3M3ZA 5AQJA 1ATRA 3WXJA 3H1QA 4L3QA 4Z94A 3DXMB 3AY9A 4MLEA 3VESA 4YDUC 4BVPA 2E8AA 2FSKA 4JHDB 3FZLA 4CZJA 2YI1A 4K43A 2IVNA 3ZX3A 2QWRA 4MO5A 2PBDA 3P4IA 4WQ5C 3LM9A 3MN7A 2YHWA 3GDQA 3FFKB 2QW9A 2AA4A 1MWMA 3A5MC 3S41A 3ENOA 5AQPA 5KPRA 1JCEA 4FWSA 4XH4A 4EHTA 3CIPA 5AQNA 1TYQB 5BRHA 3AAQA 2D0PA 2W41A 5ADXA 4CJ7A 4MO4A 4JAXA 3A5NC 4BRNA 2YJFA 3C0BA 3O8MA 3MN9A 4ISGA 2FXUA 3HSCA 4CBXA 2QWNA 2WUSA 1J6ZA 3CQYA 1HPMA 3BUZB 3R8EA 3R6MA 2Q0UA 3DAWA 3FZMA 5BR9A 3SMSA 2A5XA 4AM7A 5KPTA 4FOIA 4FWPA 5AZIB 4PKGA 4CBWA 1GLBG 2Q0RA 1LOTB 2KHOA 2P9PA 3CJ7A 5FPDA 3CQXA 4CD1A 4FWRA 3D2EA 4H5RA 3U9DA 2P9SB 4H0TB 3WXLA 5JMVA 4BRQA 3D7EO 4E1JA 1BA0A 5LJWA 3O6WA 4BGAA 3FR0A 2ZWHA 1P8ZA 3AAPA 3WQUA 1YAGA 3C7NB 2ZGYA 3GL1A 3O1WA 2D4WA 3BF1A 5EX5A 4BRPA 4H0VB 2IVOA 1ZXOA 3FZFA 5BPMA 3VGLA 4FWNA 1ATNA 3I33A 4FPBA 4IJAA 1BO5O 3CJ1A 2E2QA 4BC3A 4I6MB 2J4RA 3UKUA 3HI0A 5AQLA 4O8KA 3CJ9A 3JXUA 3LDNA 4J8FA 3WXIA 4QS7A 1WOQA 5AQSA 4B1XB 2IIRA 2ITMA 1U2VA 4B9QA 3WT0A 4PL7A 4C23A 1NM1A 3ULEA 5JLHA 1DGKN 3O08A 4DB3A 2VWBA 3FZKA 3ID8A 5LY3A 1KAXA 1DKGD 4B1ZA 1BU6O 3H45C 4M63C 3VF4A 1Y64A 3VGKA 2A41A 3D2FB 4CZGA 3WEEB 4BC4A 3KHYA 1QZ6A 2CGLA 3LL3A 1NGFA 1MA9B 3ATUA 3QFUA 4H0OA 4K25A 1HKGA 1WUAA 3KZBA 5AQOA 5AQUA 2A3ZA 2P9UA 3BP8A 3VENA 3VEWA 3CJBA 1NMDA 4CZFA 1K8KA 3W3DA 1QQOA 5BPNA 4FL9A 2I7NA 3VOVA 4QS8A 4BRKA 2PAVA 4RWTA 5E26A 2FF6A 1V4TA 4DCHA 3O5BA 2FF3B 4FWMA 2FSNA 4BRAA 5BRDA 1YXQA 3H3OB 4BR9A 3MMVA 3SLCA 5AR0A 3RSEB 4A61A 2QXLA 1S3XA 1QZ5A 2P9KA 3ZEUA 1T6DA 2BTFA 4KBOA 2W40A 3SK3A 3TPQA 4NB4A 5AQHA 5AFUA 4K41A 5TKYA 2QWLA 3MN5A 3M1FA 1JCFA 2ZF5O 4DHYA 5EY4A 1HUXA 1QQNA 1G99A 4B1YB 1RDWX 4CZLA 5FPNA 3HZ6A 4B1WB 1DEJA 3ZETA 5AQWA 2P9NB 1ATSA 1XQSC 2P9IA 2Q97A 4B1VA 1S22A 2QWMA 3SJHA 5BPLA 2DPNA 5BN8A 1SZ2A 4CZMA 3EKUA 3GOIA 3LDPA 2YJEA 3QMLA 1X9JA 1NLVA 3L6QA 1HX1A 3VF2A 4BG8A 5JLFA 3EO3A 4IZ9A 3ZX2A 1GLDG 4BRIA 3HM8A 4JD2A 1KAYA 5I9EB 3MK6A 1SQKA 1NGHA 4BR5A 4JN4A 5AZJA 2GUPA 1IJJA 1BOTO 3UKRA 4K42A 2HMPA 5FPMA 3DXKA 3CJAA 2V7ZA 2E20A 2NZTA 4ISEA 1MWKA 4FPAA 1T44A 5ELZA 4QS9A 5KQ8A 4NO7A 3QB0A 1E4FT 2CGJA 2P9LB 1MDUB 1XUPO 1BA1A 3U4LA 3M6GA 4WQ5A 2D0OA 3CHWA 4BRDA 3DXMA 3KVGA 3IFRA 2F9TA 2HF3A 2E1ZA 4JHDA 3QFPA 4CZIA 3U8XA 1C0FA 5JICA 3VEVA 2E2PA 1NGAA 4H03B 1Q18A 2A6AA 3A5LC 3O1BA 2UYTA 2P9KB 1TUUA 3H1VX 3MN6A 1KAZA 4WYBA 4MLHA 4CD3A 5AQMA 2AP1A 5EVZA 3BF3A 3VEXA 3WXKA 3VERA 2GELA 5AFUH 5EOYA 5BN9A 4IWVA 2ZGZA 3WQTA 1GLCG 4BRFA 1NGJA 2A42A 3L4IA 4WQ4A 5AQTA 1CZAN 1BDGA 3CI5A 5KPZA 2E88A 4BC2A 1TYQA 2F9WA 5F1XA 3F9MA 1HKBA 4FSVA 3FZHA 1NGIA 4FWLA 3VPZA 2GTDA 5B8HA 4DQ8A 3ZX0A 3GG4A 3O80A 4A2AA 4RCHA 5AQFA 2QWPA 5AQQA 3VEZA 2BUPA 1NWKA 5BRFA 2YHYA 2A40A 1RGIA 4BQLA 3GE1A 4BRLA 3CETA 4EIAA 4CBUA 1HLUA 2EWSA 1TUYA 4H5VA 4XEIA 3UB5A 4FO0A 4PL8A 1ZBSA 1BWFO 2CGKA 3O4WA 5AZIA 4CZKA 4M7XA 2P9PB 3DWLA 4H0PA 4LC9B 3VETA 4BC5A 5FPEA 1SAZA 3D2EB 5AQIA 4F9OA 1H1VA 2P9SA 3A0IX 3BEXA 4BQZA 4BREA 3VGMA 3OHRA 4GY2B 2ASPA 2I7PA 4BR2A 2GEMA 2YCHA 3B8AX 2FSJA 3C7NA 1HJOA 3H6EA 3VEYA 4BRCA 1GLAG 4H0XB 5AQGA 4AM6A 3H46O 1XC3A 3LM2A 2V7YA 5LJVA 4BRHA 2QM1A 4O5FA 3MDQA 4I6MA 3G25A 1GLLO 1Z6RA 1NGGA 4JNEA 4EFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V51B 2OYQA 4M3RA 1JCGA 2JWLA 3DOLA 2ZQBA 3LANA 4CEBA 3AA2A 1LW0A 5F2RA 2HHIA 1ZC6A 4BR0A 1HYVA 3BZKA 1CXQA 1RT4A 5MLCQ 1UOCA 5AQVA 5M1OA 3NDKA 4XH1A 4NYNA 1WN7A 4JI2K 1C0TA 1DTTA 4IO8A 4NCGA 4JI4K 1NOYA 2RPIA 2X74A 1RFQA 3QEWA 2XY6A 5AJ3K 2Q31A 3HTVA 1I39A 3L2UA 3E66A 1JJ2M 1K8KB 5AQRA 3QBWA 4RW7A 4EAHD 1S6QA 1YVNA 4FLVA 1Q81O 4A57A 4ISFA 1F21A 2IAJA 2KFNA 2E1YA 5AQYA 1U48A 4EHUA 2CH5A 5KI6A 3T1HK 3U9ZA 5HLFA 1X3MA 2YHBA 3IRXA 3SAHA 4JKGA 4DU4A 4FM2A 3IMXA 3Q7BA 3K0SA 4JI8K 3OYBA 1LCUA 4JK7A 4DV7K 1GOAA 4HTLA 4CF0A 4AQYK 1KFSA 1NGEA 5BREA 1R59O 1VQNN 3CPWM 1NK6A 4RTFD 2CH6A 2HHWA 5ADXH 2RF2A 3VEOA 1IH7A 4A62A 3HK2A 1GLJO 2QWQA 3O9UA 4CF9A 4BY9C 2HHHK 4A2BA 3UKRB 1KC8O 3E9PA 2QK9A 2QI2A 4J2DA 3EE9A 3TSPA 5J2PA 2ASMA 2NLXA 2QWOA 3VQQA 1VRUA 5HRPA 4IJNA 4ZTJA 3M3ZA 4BWJA 1FK9A 1HYZA 4L3QA 4Z94A 1QHTA 5CYMA 4B8CA 3AY9A 3DOKA 2KFZA 2FSKA 2XY7A 3IG1A 4CJ3A 4A5AA 2O8FA 3ZX3A 2QWRA 4MO5A 4B8AB 3P83D 3P1GA 3ASMA 1JLAA 4JS5A 3FFKB 2QW9A 3PUFA 2YNIA 2WFBA 1NKCA 3ENOA 4YNQA 5AQPA 4FWSA 3CD6N 4XH4A 3HSTB 5J2NA 4JV5K 1K9MO 1RBRA 1QS4A 1SKSA 2X78A 2KKZA 5C42A 3LALA 4BE2A 3T1AA 3SV3A 1OH7A 1KVAA 2YJFA 1ZBFA 2FXUA 3HSCA 1VSHA 3NH0A 4CBXA 3QIPA 1VQ6N 1KLMA 3CQYA 4FW1A 4FJGA 3R6MA 4AM7A 4KHUA 4FK0A 4N5SA 4CBWA 3NF8A 2KHOA 2P9PA 3TSUA 2WTUA 1IKYA 5FPDA 4H5RA 2KZZA 1WLJA 3MXIA 3NVKA 3WNHA 4BRQA 4E1JA 1VSFA 3FR0A 2ZWHA 1KSPA 4DG1A 5C2FA 1J5EK 1YAGA 4JEPA 2UXCK 3BF1A 4BRPA 4CERA 1LV5A 3HOSA 3DYAA 4H8KA 4CFBA 1XNRK 5IWAK 2IVOA 3FZFA 5BPMA 4KAZA 3HL8A 4KB1A 3DLEA 3CC2N 4CJKA 4IJAA 4GV6A 4W5NA 4OPKA 4BC3A 4CHNA 5KRTA 3KLFA 2J4RA 3TAGA 1BIUA 5M1PA 5AQLA 4O8KA 4CE9A 4DSEA 4FZXC 1RTIA 4CJLA 4CEFA 2IIRA 3CYGA 3VQ9A 1BCOA 4CIGA 4J2AA 3RVCA 1JLFA 1DGKN 1WSEA 4DB3A 2VWBA 1DKGD 4CZGA 4UQGA 3K9JA 4JI7K 4A59A 4Z4GA 4KKOA 4HCCA 4CF1A 4RW9A 5CHIA 1UAXA 4DV0K 1VQLN 1MA9B 4H0OA 3PX6A 2ZJRL 2P51A 3I56N 3KZBA 3J7ZO 5AQOA 3QNNA 3G4SN 3V9XA 2QXFA 3VEWA 3W3DA 5BPNA 3LWMA 4RWTA 2FF6A 3VQ7A 1V4TA 2RHKA 3KK3A 4E72A 3NGYA 3PSFA 1ZBHA 1YXQA 3H3OB 3V6DA 1X9MA 4GV3A 1RDDA 2R7YA 2QXLA 4EP4A 4BDYA 4C8LA 3O9RA 3RMDA 2HW3A 1QE1A 1D9DA 1HQUA 3ZT1A 1NKEA 4DKWA 4GKJK 2NRZA 3MN5A 3V1QA 1MU2A 3M1FA 3SPZA 2ZF5O 3SBGA 4B1YB 2ITGA 1HNZK 2O4GA 1IBLK 3TAQA 4DTMA 3M5RA 5FPNA 4Z4CA 1DEJA 5FRMA 4JKGB 4ZHRA 1ATSA 2P9IA 3V81A 4LF5K 3C94A 2QWMA 3SJHA 1KRPA 5BPLA 4AHRA 3THYA 5BN8A 1VQPN 1SZ2A 3AGKA 3ID6A 3VA3A 3HPGA 3LPUA 4LFBK 4BG8A 4TSXA 3EO3A 4IZ9A 4DR5K 3ZX2A 4BRIA 1D5AA 4ZTFA 2OCEA 4CCHA 1TV6A 1RTDA 4KHQA 4BR5A 1HNVA 3BGRA 3SQ1A 3T69A 2OPQA 4K42A 4IOXA 2NZTA 1S1TA 1EWQA 4R5PA 4FPAA 2FC0A 3ALYA 1BI4A 4QS9A 5GIPA 1NK7A 3K57A 5DMRA 1N5YA 1MDUB 5H1SQ 4X64K 3O3GA 1BA1A 1QVGM 3CHWA 3KVGA 1WBBA 2YHAA 1LWCA 2E2PA 4R79A 4DFPA 3KKSA 3N4QA 4CK3A 2O8FB 4FJ7A 1TUUA 1OVYA 4MLHA 3O3HA 2AJQA 4CEZA 5KGWA 4BE7B 3VERA 2GELA 1OH6A 3VN5A 4FLXA 1GLCG 4BRFA 5AQTA 3OYDA 1BDGA 4DQIA 2IOCA 1QSYA 3AVAA 2F9WA 4PUOA 5F1XA 4KTWA 3RR8A 1VHXA 5HRNA 4E3SA 1I94K 1TK8A 2OPPA 1XC9A 3CXCM 3O80A 3MWTA 3V1RA 3CQ8A 5AQFA 1TK0A 1XMQK 1TGOA 3QERA 5SZTA 3K5NA 3AO5A 4CBUA 4H5VA 4FO0A 4PL8A 1ZBSA 3TTDA 3V9ZA 5AZIA 4C8MA 4CZKA 1KQSM 2P9PB 3DWLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BWM A;  3TTC A;  3E1Y A;  1NJX A;  4CJT A;  1CXU A;  5EOY A;  1W97 L;  3WQT A;  2ZGZ A;  2GV9 A;  3J7Y P;  1HNI A;  3ZSQ A;  3L3V A;  3CC4 N;  3CI5 A;  5KPZ A;  2E88 A;  4BC2 A;  4U67 L;  1NG9 A;  4X65 K;  3EEQ A;  3F9M A;  2GX9 A;  3VPZ A;  2GTD A;  3R1X A;  2O8B B;  4DQ8 A;  3VQ6 A;  3CCJ N;  4A2A A;  2EHG A;  4FK4 A;  4WFN L;  4CJS A;  2HBJ A;  2RKI A;  4N41 A;  2QTD A;  3EY1 A;  5J2M A;  1JLB A;  4Q0B A;  2YHY A;  3KWI A;  1JL2 A;  3E01 A;  4QCL A;  1S9G A;  4EIA A;  1C6V A;  3CG7 A;  3UB5 A;  4IBN A;  4M3W A;  1YVU A;  1BWF O;  4HUG A;  4LF9 K;  3O4W A;  3Q7C A;  5IT9 O;  3VET A;  4DV1 K;  3V9W A;  3D2E B;  1H1V A;  1RIL A;  5M1N A;  4CGF A;  4BR2 A;  4ELU A;  3DLR A;  2WOM A;  3B8A X;  5LMU K;  1TAQ A;  3IKM A;  3RMB A;  4NLB A;  3C6A A;  3SQ4 A;  2E6M A;  4H0X B;  3MEC A;  4FZY A;  5AQG A;  1RT3 A;  3H46 O;  1XC3 A;  5LJV A;  4CES A;  4IEE A;  4W5R A;  1VSL A;  1Z25 A;  5HP1 A;  2QM1 A;  4O5F A;  5KGX A;  3G25 A;  1GLL O;  1Z6R A;  4JNE A;  4EFH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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