1N8RO

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1n8rO00
3CXCM 3I56N 5JVHL 3CF5L 3CC7N 3CMEN 1VQ8N 3CCVN 1M1KO 3CCUN 1K8AO 2QEXN 3CC2N 1OVYA 2OTLN 3CPWM 1YI2N 1VQMN 3CCQN 4IOCL 3CC4N 3DLLL 4UY8O 1YIJN 1M90O 1Q86O 4IOAL 1VQ6N 1VQKN 1QVGM 3CD6N 1VQNN 1YJ9N 1VQPN 4U67L 4WFAL 5HL7L 3J7ZO 4WF9L 1VQ5N 5DM7L 1YJNN 3CCJN 1K9MO 1YITN 3CMAN 1N8RO 2QA4N 1W2BM 1YHQN 4WFBL 1VQ9N 3I55N 1KQSM 1Q81O 5GAGP 3CCMN 4WFNL 2ZJRL 3PIPL 1VQ4N 5GADP 1ILYA 4IO9L 1YJWN 5MLCQ 1VQLN 5GAHP 1KC8O 3PIOL 1KD1O 5GAEP 3G6EN 2ZJQL 5H1SQ 1K73O 3G4SN 1NJIO 3G71N 3OW2M 3CCLN 1Q82O 3CCEN 2OTJN 2ZJPL 1JJ2M 3CCSN 1VQON 4WCEL 3CCRN 1VQ7N 5JVGL 1S72N 1QVFM 1Q7YO 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ5A 4ID5A 3ID8A 3CC7N 1VQ8N 4FWKA 2CH5A 2VG6A 3OYNA 3TABA 1XC9A 4KTWA 4BQZA 5ADXA 2HHVA 1RGIA 1HX1A 1DT9A 2FBXA 4KV8A 1HNVA 3AVJA 4ZHRA 2NRHA 5GINA 4O5FA 2O4GA 1WSIA 2X78A 4BGAA 1JL2A 5HROA 3CI5A 3WQUA 4KHYA 4GV9A 3IRXA 2CGJA 4OPHA 1QVGM 4BRAA 1BDGA 4OKKA 3PO5A 2EHGA 5CHIA 3L0QA 3NDKA 1NGHA 1N33K 1TKZA 1QHAA 2F7TA 4FJ8A 4LD0A 1CLQA 4WF9L 4B8AB 4CZLA 4PQUA 4CF9A 1D9FA 4LF6K 3SMSA 3ULEA 2Y1IA 4WFBL 3LDSA 1ESVA 4Z4GA 4FJ7A 2PY5A 1JCGA 3C6UA 3HVTA 3H1VX 2WUSA 3CFPA 3WNHA 2XRIA 3OYFA 1YF5L 3BZCA 1YJWN 3TSUA 4C8OA 4E1NA 1L3TA 2EX3A 1QQNA 3G10A 5J2MA 4AM6A 1BQNA 1NMDA 4DU3A 4BROA 4AHUA 1NK7A 1SAZA 3QIPA 4J2DA 4H0PA 4H5NA 3CYMA 3C6AA 2O8BB 5LJWA 3F9KA 2O8DA 1YAGA 4FJHA 3ZX3A 3VESA 1BCOA 4DF4A 3CHWA 3KLFA 3OYHA 1VSJA 3TANA 3K9KA 2OYQA 4FJKA 2ZGZA 1E3MA 3FFIA 1WB9A 4FWRA 3E1YA 4N47A 3E9PA 3MDQA 4FJMA 2IVNA 2F9TA 4PKHA 3HPOA 2EWSA 1LAWA 4FLZA 3TAQA 1QVFM 3Q7CA 3H1QA 5AQQA 3KVGA 3TARA 4RW6A 4DTUA 3NMUA 3DOKA 1N32K 1IBKK 4IO8A 2G8IA 3WNFA 1WBDA 3ZT4A 4A61A 4EHTA 2OTLN 2P9IA 4PWDA 2VG7A 4E3SA 3UKUA 4N5SA 1SKRA 3I8BA 4TSXA 3OY9A 1C0UA 3ZETB 1O13A 4E7KA 1NK9A 2D1KA 3CJAA 4CJEA 5AQIA 3SQ4A 3BGRA 4OGCA 1JLAA 3O9QA 4DV7K 4BWMA 2XY6A 4QS9A 5BN8A 3RMAA 2O8EB 4LFAK 2O8CB 2HNZA 2O8FA 1TK5A 2Z1HA 1REVA 5HL7L 1YTUA 4A62A 3A5MC 1WBBA 1NM1A 5HLFA 4CW7B 1YJNN 4PKIA 3AVHA 1XC3A 3CETA 5I9EB 2Y1JA 5DMRA 3O9UA 3VQPA 1RT1A 1RT4A 3DLGA 3SYZA 4NXMK 4HTLA 4UQGA 2E2PA 1J5EK 4DCHA 4DLEA 4CJVA 2E6LA 3SQ2A 3HJFA 2NRTA 3U3GA 2XO7A 4CEAA 4L3QA 3THWB 1GOAA 4B9NA 4BRNA 2KLAA 1VAZA 3L3UA 3KKRA 2Q0UA 4CF1A 1KSPA 1XNQK 1S1UA 3SQ1A 5AQFA 4BRCA 1XMOK 5H1SQ 2NRXA 1R0AA 1K73O 4H0OA 1JLGA 4JKGB 3PSFA 4B1ZA 3V81A 4M3UA 3L2QA 2HBJA 3C94A 5FDLA 1HYVA 2P51A 4E1MA 4O8KA 1NGGA 5AQTA 1E4GT 4JKDA 5HRSA 2ASMA 4CZIA 4C8LA 5FPNA 3VN5A 2VWJA 3CXCM 4DR4K 3LP3A 5EX5A 3SLCA 2YNHA 1C0GA 1RDBA 3AVGA 4KTZA 4MDBA 3DLHA 3I0RA 1OVQA 2D0CA 5FROA 4AILC 4EFHA 1EWRA 3RMDA 2P9LB 4HTUA 1VSEA 4Q0BA 1RDWX 1XMQK 1DGKN 1ASWA 4Z4FA 2KTQA 4A5BA 1YT3A 2OPSA 3DLLL 4DR2K 4E7JA 1GLJO 1J6ZA 3RRGA 3AVKA 3ATVA 2JLEA 1B9FA 3TAMA 4CEEA 3P1GA 3FZHA 4IZ9A 1C1AA 4OGEA 4JI6K 3LP1A 3WXKA 4YOVA 5B8HA 5F2RA 3RVCA 1KVAA 4IJAA 1KCFA 3VQEA 3ZSVA 1GLCG 3ZEUB 4DQ8A 4DSJA 2DFFA 4GVMA 4CIGA 4C23A 1BIZA 3DXKB 2W40A 3H45C 3KIOA 4FWMA 1W2BM 4JKAA 4DV4K 4ZTFA 1DTTA 1Z05A 2QI2A 4B9TA 1I39A 2ASPA 2A40A 3OYMA 3SAHA 4ELTA 4KFBA 5BN9A 4IO9L 3TAPA 2IVOA 4BC5A 4DFKA 1W97L 4IFYA 3PX0A 3RMBA 4M3XA 3H3NO 1IBLK 4JS4A 3KLEA 4DQIA 2KFZA 4BR4A 1CZBA 5BRHA 2VGMA 4BR9A 4DTNA 3JYTA 3V9SA 4FL9A 1ATRA 2IVPA 1HPZA 4CJRA 4ISFA 4DU4A 1X9MA 4FWLA 4FWQA 1ZYQA 3NH1A 4W5OA 3HT3A 4E0DA 1Y97A 3OYAA 3IDHA 1YVNA 1VQ7N 3WXIA 5AQVA 3OYJA 1KVCA 4CJKA 4B1XB 4CHZA 1BIUA 1WN7A 4MFBA 3PY8A 2HOEA 3T7ZA 4BRPA 2NZTA 5M1OA 3VF2A 5CR4A 3UIQA 3V9ZA 3CJCA 3ID6A 1Q8IA 4M41A 4CGGA 1NGEA 1T6CA 2OCEA 3O3FA 4GV3A 1XUPO 3ZYYX 3GOIA 3JS6A 5AFUA 4DV5K 3DLEA 1NG9A 4KAZA 2QWPA 3J81O 5AQSA 4DHYA 2A3ZA 3ZSXA 3QFUA 3O3GA 4LF4K 4BACA 2A41A 1CZ9A 3NF9A 3ZLJA 1EETA 4BRQA 4N76A 5KQDA 4F9OA 3IUCA 1RDDA 3HP6A 2P9IB 4CF8A 3TSPA 4CF0A 2NRVA 4KH5A 1BA0A 1P90A 1HPMA 5HRNA 5GAGP 4DU1A 1UA1A 1Q81O 2CH6A 2YHBA 4O55A 3VTHA 1TK0A 3U9DA 3SAGA 4B3MK 3AA5X 1VQ4N 4F3OA 4DKWA 3VQ4A 3JSMA 2O8BA 3CFRA 4CD3A 3K0SA 3VQ7A 4MQ3A 5GAEP 3OYEA 3CM5A 4BE2A 1V4TA 5HRRA 5C2FA 2HSTA 1NKEA 3FZMA 2ZWHA 2QKBA 3L2WA 1NOYA 3I33A 3NFAA 5KGWA 3G71N 2Z1JA 1JLEA 3E01A 3CCLN 4E7IA 1K8KB 1L3SA 4KH6A 4IDKA 4WQ5A 3VQ8A 2FBYA 3DMJA 2E88A 3HSCA 2HNYA 5HBMA 4OPJA 1Z25A 4IG3A 3PX4A 1WSGA 1T7PA 3VGMA 3O9TA 3AO5A 5DM6L 3PIPL 4ID1A 3VQ9A 3LALA 2HHHK 3MEDA 1J9AA 3WNGA 4CBWA 3CF5L 2ZD1A 4BRKA 4IFEA 1TKXA 5LY3A 2IGIA 3ZETA 1IKXA 4CECA 1NGFA 3QDKA 3CQXA 5A2QO 3EY1A 5BPLA 3WXLA 2PBDA 1RBSA 5BR8K 3RR7A 3TAGA 2O8EA 3EEQA 3VA0A 1HNIA 5J2QA 1BA1A 5AQJA 5LL6Z 5J1EA 2O8CA 4Y1CA 1JXBA 5F1XA 3D2FB 4DTRA 1M90O 4W5RA 1QE1A 3M8PA 5TKWA 3E66A 3LZJA 3ALYA 4JHDB 1BISA 2E4LA 4K43A 2OPPA 3MCPA 3M8QA 4M7XA 2WBNA 4YY3K 3ZSRA 4DV1K 4LF7K 5CY4A 1S9GA 3O4WA 1D5AA 4Z4HA 3THYB 3ENHA 1Q9XA 3C6TA 3PUFA 4H5WA 3L4QA 4PKGA 5E26A 3ZT1A 3THWA 3FR0A 2OPRA 3R8EA 1SQKA 4BRFA 4RW7A 1VQ9N 2Q97A 4JK7A 1HLUA 5LJVA 1U48A 3GE1A 4CJWA 2GX9A 1S9EA 3SJJA 3NBPA 2P9UB 1NU0A 5MLCQ 4JKGA 4B1VA 2VCPA 4BRGA 1LCUA 4EHUA 1IG8A 3AVAA 4JRQA 1NK5A 4JKCA 1RTIA 3AY9A 4LH5A 2Z1IA 4FLXA 4PUOA 1IKVA 5AZJB 2HB5A 4DQSA 3D6RA 1RILA 3TAEA 1LWCA 3TI0A 3AARA 1S1WA 1TKDA 4BG8A 4CHPA 1LAVA 3OA9A 3T69A 3HPHA 3B6OA 4MLHA 2HMIA 1HQUA 4CIEA 4H4OA 4LF9K 4DSFA 4FOEA 3VQCA 1SL1A 1Q7YO 4E19A 5GIPA 4DR7K 2QWNA 4BRIA 3RWUA 5BPMA 2P9LA 2YHXA 3C7NB 3CMEN 1T05A 1NMNA 2PFUA 3LWMA 4FVMA 4OLBA 1IG9A 4AM7A 2D0OA 1NBWA 4G9ZA 4FPAA 5AQOA 4XH5A 3NF8A 3P4IA 3VOVA 4CHYA 5AZIA 5JLHA 4A2BA 4FVUA 1T44A 3NH2A 2PYLA 3KWIA 3KJVA 3CQ8A 4BGBA 3QMLA 3HSTB 1BI4B 1N5YA 5ADXH 3ZEUA 4XH1A 1YVUA 3CM6A 2YKNA 4KHSA 4FM1A 4B3TK 3TAFA 5AQXA 1VQNN 3DXKA 1ZBFA 3NGZA 4W5TA 3SCXA 1BG3A 1KLMA 4M3RA 2IDOA 4JK9A 2XY5A 3AO2A 1W0HA 1RT2A 1T8EA 3O9RA 5KTQA 4M3ZA 3V1OA 2WOMA 4FZZA 5CYQA 3CMAN 1D9DA 4Z4IA 3PSIA 2HBKA 2QXFA 3NGYA 3F5TA 1FK9A 2ZJRL 3C95A 4FJJA 2ITMA 3CQYA 4FPBA 1ILYA 1SKWA 2WTUA 4LSLA 1S1XA 4FYDA 3BUZB 1NJWA 3I8DA 3MEEA 3O5BA 1VSFA 2VWKA 3VQ5A 2YNIA 1N36K 3JXUA 4MDAA 1X9WA 2AJQA 1WSFA 3HBTA 3H08A 2FF3B 3M3ZA 3CCEN 2NNWA 2A5XA 2ZJPL 3MK6A 1NWKA 1JJ2M 4C1NI 2BE2A 2JGUA 5I42A 1A5WA 4E7HA 4WCEL 4FCYA 4E7LA 1ASUA 1QZ6A 5KI6A 3CIPA 1S72N 2HBMA 2QK9A 3I56N 1RNHA 4BC4A 4FM0A 4IJNA 1IKYA 4CGHA 1SZ2A 1G99A 1Q18A 3SPZA 3IS9A 5SWMA 3PX6A 3TSQA 1M1KO 3UKRB 4JKFA 5FRMA 1U49A 2UU9K 1WAFA 2NRWA 3CPWM 4J8FA 4OJRA 3L2VA 3OS1A 1J53A 4OLAA 1KTQA 3P38A 1RDCA 4O0IA 3CC4N 2QWMA 4Y0WA 5JLFA 4HUFA 4RG8A 4CZHA 1MA9B 1EWQA 4DSIA 3IAYA 5D3GA 1TKTA 1YJ9N 3OYGA 1BGXT 3OYIA 1X3MA 3J8AA 3DYAA 4HWIA 4IDHA 3U8XA 2QWOA 1VQ5N 5LMUK 3ISNC 4CK1A 2YHWA 4BRMA 2RE2A 3QESA 3OYLA 1X1PA 4DTSA 2QA4N 1RCHA 4IWVA 4XIUA 4YDUC 1D8YA 2Q31A 4DWIA 1CXUA 4WFNL 4DTXA 1JCFA 1Z6RA 2ATQA 3OS0A 1BCMA 1VSKA 2HVIA 1QQOA 4DSKA 3TTDA 4K41A 4DR1K 3BEXA 1GLLO 4DFPA 1VQLN 3KTQA 1GLAG 3KK2A 3QFPA 1QQCA 1K8KA 2ZJQL 3D2EB 2FC0A 3QEXA 2PZSA 4DQPA 4CJ5A 4KB1A 2ZE2A 3S3OA 4X66K 3O1WA 3A5OC 4O0JA 3OYDA 2QWQA 2VGNA 2ASOA 3CERA 2BUPA 3O1BA 2DY4A 1U04A 5E84A 4ILGB 3CCRN 2YI1A 4CFDA 4ISEA 1NK4A 4U7BA 1U6ZA 3FZKA 3SNNA 4GNIA 5KRTA 5BRFA 3KLIA 4FWOA 3LL3A 4DTMA 4A59A 2YJEA 4I2PA 3CCVN 4PA1A 3CCUN 1K8AO 1S1TA 1WLJA 3HI0A 1TYQB 1OVYA 4B9SA 2VQFK 4LF5K 4M45A 3KD1E 4BY9C 1BOTO 4DR6K 5M1FA 4FK2A 3D2FA 1YI2N 2QTDA 4WE1A 1NJXA 4KPYA 5JS2A 2V51B 3DRSA 3OTOK 1A5XA 3DAWA 3SAFA 3L3VA 4X62K 4JHDA 2AP1A 1RDAA 4JI5K 3RR8A 1JXEA 1U4BA 1V4SA 3NCIA 1TUYA 2X74A 3K2PA 3NE6A 1Q86O 2KKZA 3QERA 4W5QA 4KB0A 4DQRA 3THYA 2KZZA 2Q3SA 2A6AA 2W6KA 3QB0A 3VEXA 3CPEA 3AVIA 3LAKA 1ATNA 4U67L 4KRFA 3VERA 1JL1A 3OVNA 2ITGA 3SUNA 4WQ4C 1YXQA 5BREA 5M1NA 3LWLA 4LFBK 3WQTA 2V7ZA 3EKSA 3G25A 3ZX0A 2G8WA 2GTDA 2I5JA 4YDUA 1UA0A 2HHSA 4GY2B 1HJRA 4CEZA 2P9UA 3K58A 3DLRA 4QS7A 3D0PA 1RT5A 3FGUA 5AZIB 1HNXK 4H5TA 3HYFA 5GADP 1T6DA 3ENOA 4OO1J 3E9LA 4JI2K 3MX5A 3J7YP 3LANA 5AZJA 1JLFA 4FK0A 1T03A 1BO5O 2ZQBA 2B6AA 4N56A 1TUUA 1ZC6A 1QSLA 2YV0X 2FLOA 4RW9A 3MN5A 2DPNA 2DTUA 2NLXA 3BP8A 4M42A 3MXMA 4RTFD 1QQMA 1NGAA 3OYCA 2RN2A 4B3OA 3C7NA 3AVNA 3O4QA 3AO4A 1K6YA 5JVGL 3UE5A 2E1YA 1P8ZA 2QM1A 4JEPA 3AV9A 2OZSA 3U3YA 4NLBA 4NCBA 3W3DA 4FXDA 1KAXA 4R79A 4JRPA 1C1BA 3LDPA 3MEGA 4JD2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CXC M;  3I56 N;  5JVH L;  3CF5 L;  3CC7 N;  3CME N;  1VQ8 N;  3CCV N;  1M1K O;  3CCU N;  1K8A O;  2QEX N;  3CC2 N;  1OVY A;  2OTL N;  3CPW M;  1YI2 N;  1VQM N;  3CCQ N;  4IOC L;  3CC4 N;  3DLL L;  4UY8 O;  1YIJ N;  1M90 O;  1Q86 O;  4IOA L;  1VQ6 N;  1VQK N;  1QVG M;  3CD6 N;  1VQN N;  1YJ9 N;  1VQP N;  4U67 L;  4WFA L;  5HL7 L;  3J7Z O;  4WF9 L;  1VQ5 N;  5DM7 L;  1YJN N;  3CCJ N;  1K9M O;  1YIT N;  3CMA N;  1N8R O;  2QA4 N;  1W2B M;  1YHQ N;  4WFB L;  1VQ9 N;  3I55 N;  1KQS M;  1Q81 O;  5GAG P;  3CCM N;  4WFN L;  2ZJR L;  3PIP L;  1VQ4 N;  5GAD P;  1ILY A;  4IO9 L;  1YJW N;  5MLC Q;  1VQL N;  5GAH P;  1KC8 O;  3PIO L;  1KD1 O;  5GAE P;  3G6E N;  2ZJQ L;  5H1S Q;  1K73 O;  3G4S N;  1NJI O;  3G71 N;  3OW2 M;  3CCL N;  1Q82 O;  3CCE N;  2OTJ N;  2ZJP L;  1JJ2 M;  3CCS N;  1VQO N;  4WCE L;  3CCR N;  1VQ7 N;  5JVG L;  1S72 N;  1QVF M;  1Q7Y O;  5DM6 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QZ5 A;  4ID5 A;  3ID8 A;  3CC7 N;  1VQ8 N;  4FWK A;  2CH5 A;  2VG6 A;  3OYN A;  3TAB A;  1XC9 A;  4KTW A;  4BQZ A;  5ADX A;  2HHV A;  1RGI A;  1HX1 A;  1DT9 A;  2FBX A;  4KV8 A;  1HNV A;  3AVJ A;  4ZHR A;  2NRH A;  5GIN A;  4O5F A;  2O4G A;  1WSI A;  2X78 A;  4BGA A;  1JL2 A;  5HRO A;  3CI5 A;  3WQU A;  4KHY A;  4GV9 A;  3IRX A;  2CGJ A;  4OPH A;  1QVG M;  4BRA A;  1BDG A;  4OKK A;  3PO5 A;  2EHG A;  5CHI A;  3L0Q A;  3NDK A;  1NGH A;  1N33 K;  1TKZ A;  1QHA A;  2F7T A;  4FJ8 A;  4LD0 A;  1CLQ A;  4WF9 L;  4B8A B;  4CZL A;  4PQU A;  4CF9 A;  1D9F A;  4LF6 K;  3SMS A;  3ULE A;  2Y1I A;  4WFB L;  3LDS A;  1ESV A;  4Z4G A;  4FJ7 A;  2PY5 A;  1JCG A;  3C6U A;  3HVT A;  3H1V X;  2WUS A;  3CFP A;  3WNH A;  2XRI A;  3OYF A;  1YF5 L;  3BZC A;  1YJW N;  3TSU A;  4C8O A;  4E1N A;  1L3T A;  2EX3 A;  1QQN A;  3G10 A;  5J2M A;  4AM6 A;  1BQN A;  1NMD A;  4DU3 A;  4BRO A;  4AHU A;  1NK7 A;  1SAZ A;  3QIP A;  4J2D A;  4H0P A;  4H5N A;  3CYM A;  3C6A A;  2O8B B;  5LJW A;  3F9K A;  2O8D A;  1YAG A;  4FJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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