1N8RO

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1n8rO00
1VQ6N 4WFNL 4IOCL 1VQMN 2OTJN 3CCEN 1M1KO 3CCSN 1YI2N 4U67L 3CCUN 1M90O 1VQ8N 3CF5L 1Q86O 3J7ZO 2ZJPL 3G4SN 1K73O 3OW2M 3G71N 1N8RO 1VQ7N 2ZJQL 3CC2N 1VQKN 1OVYA 1YITN 3CCLN 5MLCQ 5H1SQ 3PIPL 4IOAL 4WFAL 3CCMN 5JVHL 1Q82O 1VQLN 1K9MO 1KD1O 2QEXN 1K8AO 2QA4N 1YJWN 5DM7L 4UY8O 1YJ9N 1VQ9N 1QVGM 3CCQN 5GADP 2OTLN 5GAHP 3CMEN 1VQPN 3CD6N 3I56N 5DM6L 3G6EN 1YJNN 3CC7N 3CCRN 5HL7L 1VQ4N 1VQ5N 5GAEP 4WFBL 3CXCM 1KC8O 1W2BM 3CCVN 3PIOL 1Q81O 3CPWM 3CCJN 3CMAN 4IO9L 5JVGL 1VQNN 1S72N 4WCEL 4WF9L 1NJIO 1KQSM 1YHQN 1JJ2M 2ZJRL 1YIJN 3I55N 3CC4N 1Q7YO 5GAGP 1QVFM 1ILYA 3DLLL 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EY1A 1ZBIA 2KZZA 3DM2A 4H5WA 2EX3A 1QZ5A 1HKBA 1HNZK 4FK2A 1FJGK 2QKBA 4FOIA 4DCHA 4BC2A 4U67L 3HM8A 4H4MA 5KGXA 3CJ7A 3J7YP 1WN7A 3H08A 1LW0A 5KQ8A 4DTXA 4JI3K 3QFUA 1BU6O 3GE1A 1EX4A 4CZMA 2HBKA 3TU5A 3PSFA 5AQNA 1ZBFA 2KHOA 4QS9A 3OYNA 2O8BA 2Q2RA 4B9UA 1UA0A 4B3RK 3FFIA 3P83D 4M3YA 3ZX2A 5BPMA 1TK5A 5J2NA 2HVHA 3EKUA 1XHXA 4RW6A 3SNNA 1OH6A 3U3YA 1GOAA 4FPBA 3NVKA 4O4GA 1YJWN 3FR0A 4LSNA 3SCXA 3EYZA 1UOCA 1L3TA 1L5UA 5HOOA 4DTRA 2F9WA 3H6EA 4ISFA 4J2DA 3SUOA 3RR8A 3CHWA 3HZ6A 3UKUA 5GAHP 2VWJA 5EOYA 2IAJA 4RCHA 5KPZA 2QWPA 4JI5K 1RTJA 4KHUA 3CCRN 1VQ4N 3I0SA 1FKOA 4AHRA 4CI6A 3MEEA 1UWBA 5GIOA 1RTIA 3AA3A 4YOTA 4BR0A 5EY4A 1RDCA 4O0IA 4N47A 1WAFA 4YFUA 4LSLA 1HPMA 4JK8A 3L4QA 3KWGA 4CGJA 2VQEK 3TABA 4CZGA 1JL2A 2ATQA 4IKFA 3JXUA 1NMNA 1VSFA 4Z0UA 3CC4N 3ZSOA 3C95A 3PX4A 2HB5A 4K0KK 4O8KA 3AA5X 1W9HA 1ILYA 3IUCA 5AQXA 1V4SA 2P9KA 1NWKA 2E2OA 3QEVA 3P5JA 3NF9A 2D0CA 1M90O 4YHHK 2JLEA 3MEGA 4Y1DA 2DFFA 2PZSA 3AVGA 2A1SA 3U3GA 3KJVA 1R0AA 4E7LA 2ZJQL 3NHGA 4AH9A 3A5LC 3S3MA 4FSVA 4N56A 5HRRA 3FZFA 3QINA 1JCGA 3ISNC 5BR9A 2ZE2A 3CFOA 4BE1A 2YHXA 2RE2A 1K9MO 2E6MA 2E5LK 3M8RA 5BN9A 1JLEA 4JRQA 3DI6A 3C6AA 4HUFA 4LC9B 1IJJA 3O8MA 1SKRA 5AQUA 1XNRK 2GEMA 2WTUA 1NKBA 1QQNA 1YJ9N 5C10A 3SAFA 4M3UA 3KVGA 3F73A 2Q31A 4U7BA 1Z05A 3O4NA 3CG7A 1HQEA 3MCPA 3MN5A 4JRPA 4LY7A 1BCMA 4ELUA 3V9XA 3CM5A 3ZT0A 3VQ7A 3OS1A 3L2QA 3A2FA 1R59O 2A3ZA 3ZCMA 5TKWA 1U2VB 4DUYK 3WNFA 3CI5A 1VSDA 3MECA 1HKGA 2G8VA 2F8TA 3OYMA 4FWNA 1BQNA 3ZLJA 3ENOA 5HLFA 4CEFA 3O3GA 4QOZB 1XC9A 4NO7A 4M3XA 3D45A 2YV0X 3EL2A 1WAJA 4FWRA 1NK8A 4FWOA 4JNEA 5GINA 3K5MA 4O8UA 1VSLA 3M6GA 4FJ9A 2O8EA 1QQCA 3E66A 4CHNA 1GLJO 1KXPA 1MWKA 3A8YA 4DFKA 1IO2A 1T8EA 4CJRA 3O9SA 4RTFD 3BY5A 4GY2B 3VA0A 2A5XA 2YNIA 5FLXO 4JKAA 3DLHA 3AA2A 3KK2A 1S1WA 3ZSWA 1VQMN 1S5JA 3TAFA 1CXUA 2O8FB 4LFBK 3U9DA 1T05A 3HPOA 4BY9C 1CXQA 1ZBHA 4LF5K 1CZBA 1C0MA 4BACA 4OPAA 3R1XA 1WSJA 2WUSA 4DSLA 4OKEA 4CJ4A 1VQ7N 4X66K 4WQ5C 2IGIA 2CGJA 3QEWA 2FLOA 4KHNA 5MLCQ 3NFAA 4IOAL 1TAUA 1J5OA 1IBKK 4DR7K 2NRHA 4FLVA 4JI1K 3WXJA 3SMSA 5BREA 1F21A 2X6NA 1TV6A 4B1XB 1W7AA 2F8SA 4DV3K 1Y97A 1YUWA 1N36K 1I94K 1NK7A 2HW3A 3CFRA 4Y1CA 1LWCA 4JK9A 4AHSA 5LMNK 2O8DB 1NU0A 3O3HA 3HL8A 2KW4A 5KRSA 4BG9A 3T69A 1WSEA 3JAMO 1P8ZA 4K42A 4FZXC 4CF8A 2XRIA 4FLZA 2O8BB 1JKHA 5GAEP 4H5RA 3T1YK 3AVHA 3ZEUB 3HPGA 1NK0A 1W2BM 3K2PA 2A1RA 1Q81O 2OPSA 1GLFO 1L3SA 1RDAA 3E9OA 2G8WA 5AZIB 3WEEA 1T03A 4LF9K 4NXNK 4NCBA 2XY6A 1JLCA 4BC5A 1RT1A 5E26A 1Y64A 1JLQA 3H1VX 2DY4A 2Q0UA 3KKSA 3LAMA 3UKUB 3K9JA 2BUPA 1YIJN 2QTDA 2ZQBA 3TR8A 4DR6K 3NGZA 4DFJA 1SV5A 2P9UA 1OH5A 3H46O 4QS7A 5AFUH 2W42A 2OANA 5I9EB 4I9LA 2G8HA 4JS4A 3VQ6A 3KZBA 3ZX0A 1KLNA 3DLRA 3RTVA 3TAPA 4DSJA 3NMUA 1NGJA 4GNIA 4IXCA 4BC3A 5GIPA 2KFZA 1ZBSA 1WBDA 4CBWA 4CK3A 1TK8A 1QHAA 3TAMA 4H4OA 4LD0A 1C0TA 1Z25A 3OW2M 4O44A 4CJEA 4ICLA 3K5NA 3CC2N 4DU4A 2X78A 1BQMA 2OA8A 3AVFA 4BQZA 2OZMA 3HPHA 4HVJA 1U49A 1X9SA 1NJWA 3CETA 3HSCA 2VGMA 3TARA 3THVA 4DSEA 4PY5A 4H0YB 2D5RA 2GX9A 3L3VA 4KH6A 4WFAL 2O8CA 2X74A 3OYLA 4YOVA 1C1CA 3DLEA 2P9KB 1Q82O 3BF3A 3O80A 2FXUA 3EKSA 1GOBA 4ILGB 2BTFA 4MQ3A 3QESA 3NF8A 4K43A 1XC3A 4BRKA 3K59A 3V9WA 5FDLA 1S6PA 4IDKA 4CJQA 4FLYA 4EZ6A 4DQPA 5BRDA 5AQZA 4MO5A 5C25A 3G6EN 3CC7N 2QWQA 3H3NO 4BWMA 3IMXA 3VN5A 1QSYA 2ASOA 1RNHA 3SQ1A 1CLQA 4FJLA 4CJKA 2NRZA 3PIOL 1C1BA 3SV3A 1HJOA 1KVAA 2Z1GA 3AVLA 2IDOA 1B9DA 4FJXA 1FW6A 4CHYA 4CE9A 2UUAK 1IKXA 4CCHA 4KI4A 2D0OA 5AQSA 4CF2A 5CY4A 3AVBA 5J2QA 5CHIA 4YOWA 1Q8IA 3VEOA 4JKCA 3W0LA 2VGNA 5FRNA 1WUAA 1P90A 4B1VA 1HR0K 1O1WA 1YT3A 1SS6A 3HO1A 1BI4B 1VQ6N 1Z26A 4CF1A 1NK6A 3L2RA 1ASVA 2BDPA 1CZ9A 4M7YA 1ASWA 4H0VB 1J54A 3DYAA 3RMBA 4FJ8A 1DGKN 4O55A 3H3OB 4FLWA 3KD5E 3HVTA 4KO0A 3L2WA 4CK1A 3F9KA 3AAPA 3EZWA 3BP8A 3O08A 4B1WB 1Z6RA 1JCFA 4B3MK 1NGHA 4LH4A 1QTMA 1K73O 4FWQA 1D8YA 3VQAA 5C24A 2P9SA 3NAEA 1XMQK 3DRSA 3VEXA 5C12A 2A42A 4YDUA 5KPTA 3T3FA 1YITN 4Z4HA 5I42A 3TAQA 4K8XA 3KWIA 1XWLA 5BN8A 2AA4A 4AM6A 3MXMA 4OVLA 5FPEA 4BRHA 4DR2K 1S1XA 3RR7A 2BGGA 4BDPA 3KD1E 4XEIA 3G10A 3HJFA 2GWJA 4CGDA 3VMFB 4B1ZA 1BISA 4Q0BA 4PKIA 3PUFA 4DTJA 1YAGA 1KFDA 1C0GA 1D9FA 2O4GA 3HP6A 4FCYA 3N4QA 4GKJK 2HSTA 4BDZA 3VTIA 5SWMA 4R5PA 2YJFA 3OYBA 2ZGZA 3AO2A 5LMUK 2OYQA 3OYDA 3KIOA 4M45A 3THXA 2W40A 4J8FA 2HOEA 2G8FA 3IRXA 4GW6A 2V52B 3VQ4A 3WXIA 4BRFA 3NBPA 3THWB 4IEIA 3VF6A 1NJYA 3CCVN 4CBUA 2Z1HA 3LALA 4OLAA 1WSGA 1I39A 2YKMA 3UE5A 1WOQA 5JVGL 5JICA 1EETA 3QEXA 3ZSRA 1TVRA 2P9NA 3LDLA 5EU7A 1YHQN 4JKEA 2Y1IA 1IBMK 3AGRA 3RSEA 3VERA 3WUHA 1X9JA 1XUPO 4L8RB 4RWTA 2GWKA 3TAGA 5AQOA 1KRPA 1NGIA 4DQQA 2OPPA 3Q7BA 4IJAA 1S6QA 1BDGA 4H0PA 4EP4A 4PHTX 3M5RA 3OYGA 4NLBA 3S3OA 3AO4A 3CF5L 4BR2A 4Z4EA 1YVUA 5AZJA 4XH4A 4A61A 1IH7A 2CH6A 4DB3A 4FPAA 4CESA 4FVMA 4X64K 1IV0A 2ETJA 3VEWA 1NM1A 4DV7K 4CZFA 4IFYA 1BL3A 3PIPL 4PL7A 1GOCA 2P9UB 4C8LA 1TL1A 3M8QA 3EE9A 5JVHL 1K6YA 5SZTA 2FF3B 3AVCA 2RHKA 1ESVA 3ITHA 4NB4A 3GBTA 1A5VA 2I7PA 3MXIA 2V51B 2ZGYA 2P1JA 5GADP 4JKGB 4E7KA 4BE2A 4DTMA 3VQDA 3CJ9A 4BR5A 4PKHA 4Z94A 3CQ8A 1VQPN 4BRAA 5DM6L 3K58A 2PBDA 5IWAK 3OJUA 2QK9A 3ZYYX 4Z4FA 2NRVA 2IOCA 5EX5A 1DEJA 5HROA 2WC9A 1KC8O 3THYA 1VK0A 2HHSA 2O8CB 1IG8A 2VG6A 4BDYA 2KQ2A 1NGBA 4CEQA 3LAKA 4FJIA 3NF6A 3ZSQA 4I2QA 1OKJA 1A5XA 2G8KA 2CGKA 2YNHA 4RW4A 1IKWA 3V1RA 2G8UA 4KH4A 1VSEA 4M3RA 1C0UA 4DV1K 1KQSM 3CQYA 3VEZA 4BR9A 2CH5A 4JKDA 1UAXA 5GAGP 4M3ZA 1EWQA 4CIFA 4KB1A 3E9LA 1VSHA 4RW7A 3AAQA 5AQLA 2QWMA 1VQON 2O4IA 1NK9A 3P38A 4E0DA 4BR4A 2OTJN 1S1TA 2GUIA 2EWSA 2ZD1A 1VQ8N 3KKRA 2UUCK 2KTQA 1HYVA 1KVCA 4DV0K 2RPIA 4PQUA 4LF8K 2V7ZA 3AVMA 3TWHA 3NGYA 4BRQA 3QEPA 1B92A 4XIUA 4KTQA 5AQFA 3ULEA 4QCLA 5JLHA 5CE3A 4CHZA 1JLFA 4LFAK 3CCMN 4FJJA 3PV8A 4DFMA 5F0XA 2XY7A 4MLEA 4F3TA 3ZETA 2QEXN 3WNHA 4RG8A 2V7YA 4KHPK 4E3SA 1VQ9N 2VQFK 1D9DA 1LV5A 5DMRA 3UKRA 3MCAB 3OYKA 3GDQA 3O9UA 1T3VA 4B8AB 1HQUA 4GV3A 4F4KA 2D0PA 4FLTA 2HNZA 1U48A 3HM9A 1K8KB 4GMJB 2KZMA 2ITMA 3AVKA 1C0FA 4FJMA 3SUPA 4KTZA 3IFRA 2B5JA 1NGAA 1KSPA 3SQ4A 3CCJN 3KTQA 5LJWA 3VGMA 4IO9L 2CGLA 3IKMA 4BE0A 4LH5A 3NE6A 3TPQA 4KPYA 5AQYA 1TGOA 4H5VA 1NOYA 1NGFA 2HBMA 4JD2B 4DR1K 3WQUA 4GKKK 4FLXA 1REVA 4BRMA 3DLKA 4PWDA 1T6CA 1D5AA 4BREA 4M3WA 4OPJA 3SJHA 3TSPA 2X6SA 1QSLA 4CD1A 1BA0A 3QDKA 4BG8A 3LDQA 4IOCL 1BO5O 1DLOA 3CM6A 4JHDB 4CZKA 4TSXA 3BGRA 1NKCA 1YI2N 3CCUN 5FROA 3OS2A 4C1NK 1VRUA 5AQMA 3FFKB 3G4SN 4OX9K 2PYLA 3HVRA 3PX0A 4ELVA 2WOMA 1ATRA 2W6KA 3MN9A 3VETA 3OYAA 2HMPA 4OJRA 4GVMA 4KFBA 4BRPA 3FZHA 4AQYK 1S9GA 3BZCA 1LWEA 3MEDA 3RSEB 4B9TA 3O1BA 4CEDA 3CQXA 3D2EA 3VQEA 4JKFA 1BUPA 3QLHA 3EO3A 4OGCA 1XHZA 3K9KA 4FK4A 1OVQA 2WFBA 1JXBA 4BGAA 5EVZA 3SBGA 4KTWA 4NYFA 1BGXT 2VCPA 1KD1O 3QIOA 3A0IX 3MX5A 3CIPA 1RT4A 3AO3A 3CFPA 1VAZA 1IKVA 3ZSXA 3P39A 1BWFO 3C6HA 2YCHA 2Y1JA 5AQKA 4Q5VA 3SYZA 4OPKA 5AZJB 1Q9YA 3PO4A 4MDAA 5M1QA 3S3NA 2Q1NA 4CJPA 4J2AA 1B9FA 3I56N 2A40A 2FBTA 2HF3A 1BA1A 3CYMA 3VEVA 4E1JA 1YJNN 1E3MA 3SAGA 5FPMA 2IVPA 4CJ5A 1GLCG 1KVBA 5E41A 4B3OA 4PUOA 2Q3SA 4A2BA 1NK4A 3M1FA 3T1AA 4BVPA 3LDOA 1VSIA 4JK7A 3PX6A 5AR0A 3I0RA 3S9HA 3SPZA 2E8AA 2E6LA 1RCHA 2QKKA 3E9PA 1VQNN 5CYQA 5TKYA 3QB0A 4QS8A 1FKPA 1NJIO 4ELTA 5AQPA 4BRGA 1TAQA 4IEEA 2ZJRL 2HHQA 3KLIA 3EZ5A 4DV6K 3PLAA 4FJNA 1KAZA 2P9LA 3LDSA 4FYDA 3N4PA 2XO7A 2VG5A 3MAQA 1OH7A 4OKKA 4CGIA 1RTDA 1WNSA 5M1NA 4W5TA 1T6DA 3GOIA 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4ISEA 4CHQA 5F2RA 4CZJA 3C65A 1VQLN 1ATNA 3U9ZA 4BR7A 3SUNA 4EAHD 1HX1A 4JAXA 3QNNA 2GELA 5DM7L 5HRNA 4LF4K 3HYFA 4IOXA 3O4QA 2O8EB 4W5QA 1QE1A 5HBMA 3MWPA 2HHVA 1NK5A 4IFVA 3ZSYA 3C0BA 3D2FA 3AVIA 3QEIA 5AQGA 4B9NA 3PO5A 5HL7L 2YNFA 2J4RA 3D2EB 1HUXA 1HKCA 3B6OA 4DF8A 5M1PA 1BOTO 1G15A 1QZ6A 3BZKA 3RMAA 3FZKA 1DTQA 1X9MA 5ADXA 4AHVA 3AVAA 4A57A 3VF4A 3OY9A 1S72N 3RWUA 3O6WA 3MDQA 1SUQA 2GUPA 4DS5A 2HVIA 4HUGA 3CPEA 5AQVA 3ZT2A 4DU1A 1GLLO 1MU2A 2YKNA 2ZF5O 2OPQA 4NCGA 4CGGA 3LZIA 1JJ2M 1LW2A 2QWRA 4F2RA 2UXCK 1RDWX 1QVFM 1TKDA 2FBYA 1U2VA 4CEEA 4FM0A 4IFEA 3MN7A 3U4LA 5J2PA 4I9QA 4DTOA 4RW9A 5ELZA 4WFNL 3OYFA 3V9ZA 1QQOA 4CJVA 4IZ9A 4FJ7A 3LANA 1D4XA 1LWFA 1ZC6A 2NLXA 3D6RA 3ENBA 3AVNA 2BH1A 3VOVA 3ASMA 1E4GT 3WXLA 4M41A 3I8BA 1RT6A 4CJFA 4KB0A 5M1FA 2ITGA 4YDUC 3WT0A 4CJ3A 5AQIA 3QMLA 4C23A 4CEZA 1HYSA 5C42A 2P9LB 4N41A 4DR4K 3J80O 2QWNA 1NGCA 3NGIA 1EP4A 3AO5A 3BF1A 3TTDA 3UB5A 3QICA 4CFCA 3L0QA 3AY9A 3WEEB 4F8RA 2HHXA 1TYQA 2QA4N 1X3NA 1TUUA 1VSMA 2NNWA 5M1KA 5CYMA 4UY8O 1BG3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ6 N;  4WFN L;  4IOC L;  1VQM N;  2OTJ N;  3CCE N;  1M1K O;  3CCS N;  1YI2 N;  4U67 L;  3CCU N;  1M90 O;  1VQ8 N;  3CF5 L;  1Q86 O;  3J7Z O;  2ZJP L;  3G4S N;  1K73 O;  3OW2 M;  3G71 N;  1N8R O;  1VQ7 N;  2ZJQ L;  3CC2 N;  1VQK N;  1OVY A;  1YIT N;  3CCL N;  5MLC Q;  5H1S Q;  3PIP L;  4IOA L;  4WFA L;  3CCM N;  5JVH L;  1Q82 O;  1VQL N;  1K9M O;  1KD1 O;  2QEX N;  1K8A O;  2QA4 N;  1YJW N;  5DM7 L;  4UY8 O;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  1QVG M;  3CCQ N;  5GAD P;  2OTL N;  5GAH P;  3CME N;  1VQP N;  3CD6 N;  3I56 N;  5DM6 L;  3G6E N;  1YJN N;  3CC7 N;  3CCR N;  5HL7 L;  1VQ4 N;  1VQ5 N;  5GAE P;  4WFB L;  3CXC M;  1KC8 O;  1W2B M;  3CCV N;  3PIO L;  1Q81 O;  3CPW M;  3CCJ N;  3CMA N;  4IO9 L;  5JVG L;  1VQN N;  1S72 N;  4WCE L;  4WF9 L;  1NJI O;  1KQS M;  1YHQ N;  1JJ2 M;  2ZJR L;  1YIJ N;  3I55 N;  3CC4 N;  1Q7Y O;  5GAG P;  1QVF M;  1ILY A;  3DLL L;  1VQO N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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