1N8RO

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1n8rO00
5MLCQ 1NJIO 4IOAL 4WCEL 3CCRN 3PIOL 3CCEN 3CMEN 3CCLN 3CC7N 5GADP 3CCMN 2OTLN 4WFBL 4U67L 3G6EN 3CF5L 1Q81O 1KC8O 1Q86O 3PIPL 2ZJRL 1K73O 5JVGL 4WF9L 1KD1O 3CC2N 1YI2N 3I55N 3CC4N 3CCUN 5GAGP 3CCJN 1VQ7N 2ZJPL 5GAHP 2ZJQL 4WFAL 3J7ZO 2OTJN 1YJ9N 4IO9L 1YHQN 1VQPN 1VQON 1M90O 5GAEP 1Q82O 1VQ4N 1QVFM 1VQNN 2QA4N 4UY8O 3CMAN 5DM7L 4WFNL 1N8RO 1VQMN 5JVHL 1S72N 1OVYA 4IOCL 3G4SN 5H1SQ 1YIJN 5DM6L 1ILYA 1M1KO 3CXCM 1KQSM 1K9MO 1QVGM 3G71N 3CCSN 1VQ5N 3DLLL 1W2BM 5HL7L 3CCVN 1JJ2M 3I56N 2QEXN 3CPWM 1YJNN 1YITN 1Q7YO 3CD6N 1VQ9N 3OW2M 1YJWN 3CCQN 1VQ6N 1VQLN 1VQKN 1VQ8N 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V81A 4FJ8A 3GG4A 4C23A 3QETA 1TGOA 2KHOA 5I9EB 3OY9A 2OANA 3VGLA 2HMIA 5EY4A 2D1KA 1QSYA 2BDPA 3THXB 1IKVA 3W0LA 2WTUA 1NKCA 4F3TA 3G6EN 2NLXA 3OVNA 1B9FA 1KC8O 4R5PA 3GBTA 1ATSA 5AQFA 4BDYA 5ELZA 2GTDA 3HPGA 1FJGK 1GLLO 3TSPA 4FJKA 1JLAA 4LH5A 2OPQA 4J2BA 4KH4A 2E1YA 3HSTB 4KKOA 2IDOA 2E6LA 4FZXC 3CC4N 2P9NA 3A2FA 4NB4A 3ZT2A 4BDZA 3S3NA 4DSKA 1BCOA 4V19S 1TUUA 5LY3A 3C7NA 4E7LA 4L8RB 3DAWA 3BZCA 2W6LA 3OYGA 4JI5K 4M3UA 3MDQA 2P9SB 4FPAA 3VQ5A 5F1XA 2GX9A 5FPMA 1L3VA 5C42A 2W41A 4E7JA 4B1VA 1NJWA 4NLCA 3HYFA 4FLWA 4C1NK 3OS2A 4A61A 4FWNA 1HQUA 4RG8A 2E1ZA 3SUNA 4FJLA 4FJ5A 4H5RA 2VWKA 4I6MB 4LFBK 4JK9A 4FO0A 3KD5E 5AQHA 4CEFA 3E01A 4DV5K 2YNHA 2FXUA 3BEXA 3LL3A 4DFJA 3KLIA 4DLGA 1DEJA 4JI7K 4ISEA 3AARA 3H46O 3PY8A 1JCEA 3S3OA 1LCUA 1SAZA 5A2QO 1QTMA 3V1OA 1GLDG 3VEXA 2OZSA 3PSIA 5J2QA 4J8FA 1ASVA 1QE1A 5FPEA 3SJHA 3V9SA 1ZBHA 4CIGA 4IEIA 4WCEL 3PIOL 4CJEA 2YKMA 1LW2A 2FSNA 5M1NA 4BRMA 4XH5A 1Y97A 4U67L 2OYQA 4DTMA 1JLEA 3CJ9A 2NRVA 1C6VA 4DR4K 4B9TA 4RW9A 2IS3A 2KTQA 1CZAN 1SL1A 4LFAK 3BF1A 3RMBA 3THVA 3IDHA 3PO4A 1E4FT 2OPRA 2VGMA 3VESA 5C12A 1TVRA 4FJIA 2GV9A 3VQDA 3HRGA 5HP1A 3RSEA 1BI4A 1C0GA 2XY6A 3SYZA 4Z0UA 4BRAA 4DFPA 1RDAA 3QEIA 4DQ8A 2YNGA 3V1RA 3VQAA 1W97L 3QO9A 4CF8A 3L4QA 4O4GA 3OYMA 3S9HA 1J9AA 4Z4IA 2JLEA 4BC3A 5JVHL 1TKDA 4JS4A 3JSMA 3OTOK 4QAGA 3WXMB 2V7ZA 1XNQK 4LSLA 2JWKA 3NH1A 1RBSA 3E9OA 3OBWA 4BRQA 4CFAA 3R6MA 1K9MO 4A62A 2QWPA 3V9XA 1QVGM 4CECA 3NF8A 4JKGA 4QS7A 3ULDA 3C6HA 1VQ5N 2HW3A 4NXMK 4M3YA 2GWJA 3CPEA 5KGXA 1NKEA 5KTQA 1KLMA 1U2VB 3EZWA 4LH4A 2A40A 2QEXN 4JNEA 3WXLA 3IAYA 2YI1A 4H8KA 4BWJA 3VQ7A 3VQPA 4BG9A 4F4KA 4IEEA 3C65A 1VQ6N 1C0FA 3QEPA 3AVMA 1VAZA 4HTUA 3FZFA 1NK9A 3GDQA 3ULEB 5FRNA 3NH0A 4BRHA 3OYBA 3I8DA 4JHDB 5J2PA 2XO7A 3V9UA 4CHPA 3OYCA 4KB0A 5LMNK 3DMJA 3NE6A 3LDOA 1DKGD 5LJVA 2NRRA 1VSLA 3EY1A 4BVOA 4IXCA 2P5OA 4CZMA 1HQEA 2QKKA 4LF7K 3VN5A 3CM6A 5E84A 1TYQB 3O4QA 4BQZA 3PIPL 1K73O 3NHGA 3ISNC 3MK6A 4DTNA 2WBNA 1RDBA 3O4NA 1KCFA 5JVGL 3CM5A 4IZ9A 3QDKA 1S6QA 2HNZA 4E3SA 5KPRA 1QZ5A 3I55N 1HLUA 2WOMA 1I3AA 1HKGA 3ATUA 2HHVA 3AY9A 3NCIA 3WUHA 1HJRA 2XY8A 4LF8K 4DTOA 1VQPN 4FJJA 2O4IA 1L3SA 4PKHA 2EHGA 4PHTX 1JKHA 3HL8A 1J6ZA 4JI3K 1WB9A 1C1CA 2QWRA 4LC9B 4XIUA 4B08A 3EYZA 1T03A 4RW7A 4FWRA 3QNNA 1RILA 3T1HK 2UUBK 1BA0A 1YXQA 3UKUA 3VEOA 3TWHA 1U45A 4DR5K 3B6PA 5AQXA 1RDWX 3N4PA 5BPLA 3SV3A 3HO1A 3WNGA 1CXQA 1IH7A 4DTUA 4IJNA 3A5MC 4FWSA 1XWLA 2WFBA 4KFBA 2ZD1A 2VGNA 4B3MK 4DG1A 3VTIA 4BACA 3VQ6A 4E1MA 2VG7A 4FM1A 1J54A 1NJXA 4NCBA 2P5GA 4CJ7A 3HOTA 3I0SA 4DSEA 1D8YA 1UA0A 3HJFA 1KFDA 3K5NA 1K6YA 4HUEA 4B3OA 1VSIA 1ZBIA 2YNIA 3NF6A 4N56A 4FZZA 1VSEA 2BH1A 5KI6A 3VEVA 1NGHA 3SV4A 4X62K 3VQ4A 4H03B 4PL8A 1LOTB 4H0PA 4EHTA 4LF5K 4Y1DA 4DU3A 4M63C 2QWMA 1N32K 3C0BA 1X9WA 3OHRA 4AHTA 4B9NA 3LM9A 1CZ9A 3LDNA 4CBUA 4CBWA 4IO8A 1ZBSA 3DLGA 5DK5A 2I7NA 1RBRA 3E1YA 3H3NO 1BCMA 3H08A 4JI2K 3QERA 3AVCA 4DF4A 1P8ZA 4E89A 4CGFA 4Z4FA 3ITHA 4H4MA 4H5VA 4FWPA 3O3HA 1BO5O 3THYB 1D9DA 1XNRK 1U4BA 1BL3A 1IBLK 4KHPK 1S6PA 4CJRA 1U49A 1HJOA 3RMCA 4LSNA 4Y0WA 1LWCA 2O8DA 1N33K 2OA8A 3J8AA 3P83D 2HHWA 3TAPA 4JD2A 4WFNL 1RT7A 2Z1HA 4YOUA 1J5OA 3CERA 3KWGA 1C1BA 4MDBA 2D0BA 1S22A 3PUFA 1S9EA 2X78A 2Q36A 2GWKA 1IKXA 3AVFA 3MCPA 1VSMA 1V4TA 4BGBA 3CETA 3CJAA 2HHSA 3FGUA 1NGIA 3C95A 1NGGA 1YTUA 4CZHA 3EEQA 4CJPA 4I9LA 3MX5A 3KK2A 3NBPA 4EP5A 4DU1A 3KLFA 1WSIA 4KV8A 2CGLA 4H0YB 3QIOA 4BRFA 5FROA 3BY5A 4FLTA 1C0UA 3DLBA 3WQTA 1KTQA 3SPZA 1QQNA 3EO3A 3U9DA 1WUAA 5AZIB 4DTJA 4ELUA 4IOAL 2E8AA 2P9UB 3D2EB 2WONA 1JXBA 3F2KA 4JKCA 4GMJB 4CEQA 1TUYA 2P9KA 5FDLA 4MO5A 3SAFA 1KVAA 2UYTA 3LZIA 4CEBA 4FK0A 3TR8A 2VQFK 3DXKB 3NVKA 1SS6A 4WQ4C 1B9DA 1RNHA 2JWLA 3SMPA 1QS4A 3TARA 1GOCA 3RR8A 4N41A 3KKRA 1XHZA 1HPZA 2O8EA 3LAKA 1X9SA 4KHYA 1D4XA 1W7AA 2P51A 3KLEA 4AF1A 4O0IA 1YJ9N 1YAGA 4C8OA 2I5JA 4O0JA 4CK1A 2D4WA 2VYPA 1NNEA 5BRDA 4F9OA 5KRTA 3KJVA 1VQNN 2IOCA 3CJCA 2RKIA 2OCEA 2PYLA 3VA3A 3KK7A 4CF0A 3OJSA 2PZSA 1BU6O 1YF5L 1OH7A 4M41A 1RTDA 3M1FA 1A5XA 1NGJA 2NRWA 4H0OA 4CK3A 5KPTA 4OLAA 4AM6A 2Q97A 4N76A 2UU9K 5C24A 3RWUA 3L3UA 1W2BM 1IBMK 5CZ2A 3U4LA 3VENA 3ZSWA 1EO1A 1GLCG 3OYDA 5JS2A 4CEAA 2QM1A 1IG9A 1NOZA 2V52B 2HBJA 3M8SA 4C1NI 3SQ0A 4CGGA 1YTAA 4CBXA 4FOIA 3AO4A 4DSJA 5M1FA 3NMUA 4EFHA 1KVBA 3JYTA 3VGKA 2ZGZA 1T6CA 4FWOA 3R8EA 3ZT1A 2QWQA 1H1VA 2IAJA 4PUOA 3VOVA 1HNXK 3MN6A 3L2RA 2QWLA 4BREA 4PWDA 3TPQA 4M42A 3AVIA 2QK9A 4FJXA 3B6OA 2YHXA 1Q81O 4CEOA 3PX4A 2BANA 1RGIA 1ASUA 1MU2A 3ALYA 5EU7A 2YKNA 3SUPA 1KD1O 1YI2N 3NFAA 4X65K 3U9ZA 2UUCK 3J7ZO 3NH2A 5IWAK 3WEEB 2IVPA 3A5LC 2O8CA 4EZ6A 3QESA 3CFRA 3V9ZA 5CYMA 1ESVA 5AQJA 1T05A 3HPHA 4DCHA 2P9IA 5AQWA 3AA4A 4H4OA 3D6RA 1IV0A 3SQ2A 3EL2A 1YUWA 4DTSA 3T7ZA 4QS8A 2PAVA 3QINA 2G8WA 4CFBA 5AR0A 1WSHA 2ZWHA 4OO1J 1Z25A 1X3NA 2Z1JA 3P4IA 4KHUA 1FK9A 1ZYQA 2P9PA 4I9QA 3QMLA 4JKBA 3G71N 3J7AP 1OH8A 1FW6A 3I8BA 2QXFA 3AA2A 1JCFA 3RR7A 4CW7B 1S9GA 1UA1A 1Q8IA 3RMDA 4U7BA 1MWMA 3HXMA 3SI6A 2A5XA 4H0TB 3HVRA 3T19A 4OPKA 4DQIA 5GINA 4Z94A 3HP6A 4DMNA 4E1JA 1XC9A 5HBMA 2E2PA 5JS1A 4KREA 4MFBA 4W5TA 3OA9A 1QHAA 4PA1A 1RTIA 1WSEA 3MXJA 4E7HA 3O8MA 1S1UA 4BR0A 1VSFA 1RTJA 2ZM6K 1I39A 4B8AB 5GADP 3OYNA 4G1QA 4CZEA 4CHYA 3FZLA 3CF5L 3AO3A 5E26A 2KZMA 2VQEK 3ZSVA 3EZ5A 3IUCA 3P31A 2B5JA 4A5BA 5AQGA 4JKEA 4M3ZA 1WSFA 1ASWA 4BR5A 3QEWA 3O1WA 4PKIA 4DUZK 4GKJK 3H3OB 3HI0A 3L2WA 2NNWA 3CCUN 3AV9A 5HRRA 3HM9A 4YFUA 2A6AA 4H5NA 3ZCMA 3C6AA 4FPBA 5KRSA 5SZTA 3H1VX 2QTDA 3CJ1A 5HOOA 2A41A 2VCPA 2QI2A 1A5VA 3FE1A 4JI8K 5FRMA 3L8BA 3KIOA 1NGCA 4ID1A 5HRPA 4TSXA 3IKMA 3NGZA 4M3TA 4JI1K 2HHTA 1VSDA 4AHSA 3QIPA 4W5NA 3M3ZA 1Z26A 1W0HA 4BR9A 1WBDA 1YIJN 3OYEA 4BR7A 4CZIA 3ATVA 4H0VB 3ENOA 3WQUA 3KK1A 1RT5A 5BR8K 3TAEA 3AAQA 3UB5A 4KHQA 5ADXH 3MEEA 1IO2A 3NDKA 1EWRA 3M5RA 3THXA 1WAJA 1NGAA 4I7FA 1NBWA 4R79A 4DSIA 4CZKA 1JJ2M 1X9MA 1JXEA 1DT9A 1X1PA 3MWPA 4CEZA 1Q7YO 3CCQN 2GUPA 4BC4A 3K58A 1VQLN 4BRGA 4DUYK 4ILHA 3VQCA 4A2AA 4CHQA 4KRFA 4JKFA 3E66A 4K43A 5AQUA 1O1WA 3JS6A 1RT6A 5BRHA 4OKJA 1VRTA 5TKWA 3DWLA 3VF2A 4BE1A 1QSLA 4KTZA 3DLKA 1GLJO 2CGJA 5J1EA 2P9SA 4K41A 3S41A 3VQ9A 2OTLN 3EKUA 3HBTA 4BROA 2FC0A 1TK8A 4FJ9A 1NU0A 3ZEUB 1K8KB 2QWNA 1J53A 1R0AA 3AO2A 4JN4A 2FBXA 3SUQA 1WAFA 4DLEA 4DR6K 4DQSA 4W5RA 2ZJPL 3CG7A 2D0OA 4I6MA 2G8FA 1TL3A 4FLUA 3QEVA 3OBYA 3C94A 4WE1A 4DV2K 1NMDA 1WLJA 1T8EA 3HZ6A 3B8AX 3NGYA 5AQVA 3NF7A 4KI6A 2VWBA 4E19A 5C15A 4FK4A 4RTFD 3P38A 4M7YA 1FKOA 4QCLA 4B3SK 1VQMN 2RF2A 3I33A 5M1QA 2YHBA 5BN8A 2AA4A 4W5QA 4KPYA 3ZYYX 3ZX3A 2V51B 3O9QA 1J5EK 2F8TA 5LJWA 4BE2A 4FJMA 4XH1A 4JKHA 1KQSM 3BDPA 2GEMA 4YDUA 2BE2A 1BQNA 3CCSN 3AVJA 2J4RA 1RCHA 2P9LB 3SNNA 4E0DA 5CR4A 4BRNA 3MECA 2VG6A 1RT3A 3I0RA 1VSJA 5AFUA 1NGFA 4BRLA 4H0XB 3LZJA 2D5RA 3RVCA 2LSNA 2W6KA 3H45C 4YDUC 5HRNA 2XY5A 2Y1IA 4B9QA 3NAEA 4AHVA 1EWQA 1M1KO 2O8BB 5EVZA 3GE1A 4FSVA 3OYFA 4IG0A 4IWVA 4YORA 3CCRN 3CQ8A 4C8KA 5AZJB 4KI4A 2EX3A 4K25A 3IFRA 1HPMA 1BISA 4C8LA 4XEIA 2KFZA 5E41A 3TAMA 1LV5A 4DV7K 4CJVA 4BE0A 1Q86O 1QSSA 1RT2A 3R9PA 3AO5A 3CIPA 4IG3A 4C8MA 2KZZA 4FZYA 5JMVA 2NRHA 5C10A 1ZBFA 2HF3A 4HUFA 1OKJA 2FLOA 1NK4A 1NOYA 2HF4A 3P1GA 1S5JA 3O9SA 3CYMA 1B92A 4JI6K 4HCBA 2ZJQL 4IO9L 2PBDA 2YCHA 3AA5X 3FLCO 3E9PA 1VQON 3RTVA 3EKSA 4MDAA 4CD1A 3ZT4A 5CY4A 1U2VA 3L2VA 3CMAN 5DM7L 4DSLA 3DOLA 3TSUA 1N5YA 1O13A 1IKWA 1SUQA 1RDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5MLC Q;  1NJI O;  4IOA L;  4WCE L;  3CCR N;  3PIO L;  3CCE N;  3CME N;  3CCL N;  3CC7 N;  5GAD P;  3CCM N;  2OTL N;  4WFB L;  4U67 L;  3G6E N;  3CF5 L;  1Q81 O;  1KC8 O;  1Q86 O;  3PIP L;  2ZJR L;  1K73 O;  5JVG L;  4WF9 L;  1KD1 O;  3CC2 N;  1YI2 N;  3I55 N;  3CC4 N;  3CCU N;  5GAG P;  3CCJ N;  1VQ7 N;  2ZJP L;  5GAH P;  2ZJQ L;  4WFA L;  3J7Z O;  2OTJ N;  1YJ9 N;  4IO9 L;  1YHQ N;  1VQP N;  1VQO N;  1M90 O;  5GAE P;  1Q82 O;  1VQ4 N;  1QVF M;  1VQN N;  2QA4 N;  4UY8 O;  3CMA N;  5DM7 L;  4WFN L;  1N8R O;  1VQM N;  5JVH L;  1S72 N;  1OVY A;  4IOC L;  3G4S N;  5H1S Q;  1YIJ N;  5DM6 L;  1ILY A;  1M1K O;  3CXC M;  1KQS M;  1K9M O;  1QVG M;  3G71 N;  3CCS N;  1VQ5 N;  3DLL L;  1W2B M;  5HL7 L;  3CCV N;  1JJ2 M;  3I56 N;  2QEX N;  3CPW M;  1YJN N;  1YIT N;  1Q7Y O;  3CD6 N;  1VQ9 N;  3OW2 M;  1YJW N;  3CCQ N;  1VQ6 N;  1VQL N;  1VQK N;  1VQ8 N;  1K8A O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V81 A;  4FJ8 A;  3GG4 A;  4C23 A;  3QET A;  1TGO A;  2KHO A;  5I9E B;  3OY9 A;  2OAN A;  3VGL A;  2HMI A;  5EY4 A;  2D1K A;  1QSY A;  2BDP A;  3THX B;  1IKV A;  3W0L A;  2WTU A;  1NKC A;  4F3T A;  3G6E N;  2NLX A;  3OVN A;  1B9F A;  1KC8 O;  4R5P A;  3GBT A;  1ATS A;  5AQF A;  4BDY A;  5ELZ A;  2GTD A;  3HPG A;  1FJG K;  1GLL O;  3TSP A;  4FJK A;  1JLA A;  4LH5 A;  2OPQ A;  4J2B A;  4KH4 A;  2E1Y A;  3HST B;  4KKO A;  2IDO A;  2E6L A;  4FZX C;  3CC4 N;  2P9N A;  3A2F A;  4NB4 A;  3ZT2 A;  4BDZ A;  3S3N A;  4DSK A;  1BCO A;  4V19 S;  1TUU A;  5LY3 A;  3C7N A;  4E7L A;  4L8R B;  3DAW A;  3BZC A;  2W6L A;  3OYG A;  4JI5 K;  4M3U A;  3MDQ A;  2P9S B;  4FPA A;  3VQ5 A;  5F1X A;  2GX9 A;  5FPM A;  1L3V A;  5C42 A;  2W41 A;  4E7J A;  4B1V A;  1NJW A;  4NLC A;  3HYF A;  4FLW A;  4C1N K;  3OS2 A;  4A61 A;  4FWN A;  1HQU A;  4RG8 A;  2E1Z A;  3SUN A;  4FJL A;  4FJ5 A;  4H5R A;  2VWK A;  4I6M B;  4LFB K;  4JK9 A;  4FO0 A;  3KD5 E;  5AQH A;  4CEF A;  3E01 A;  4DV5 K;  2YNH A;  2FXU A;  3BEX A;  3LL3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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