1N8RO

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1n8rO00
1NJIO 3CF5L 3CCVN 1VQ8N 2ZJRL 1K9MO 1KQSM 2ZJPL 1YHQN 3J7ZO 3CC7N 3G71N 1KD1O 1KC8O 1VQ6N 1VQPN 5GADP 3I55N 1VQKN 4WFAL 1Q82O 1JJ2M 1VQNN 3CD6N 4U67L 5H1SQ 5DM7L 1YI2N 1VQ5N 1K8AO 3G4SN 3CC4N 2OTJN 1K73O 1YJ9N 3CXCM 3CPWM 1W2BM 4IO9L 4IOAL 1YITN 1YIJN 1ILYA 1VQ7N 5JVHL 3I56N 1S72N 1QVFM 1Q7YO 1N8RO 5GAEP 1QVGM 1Q81O 4WCEL 4WFBL 2ZJQL 4WF9L 5DM6L 5MLCQ 4IOCL 1OVYA 3PIPL 3OW2M 2QEXN 3PIOL 3CCQN 3CMEN 3CCEN 1M90O 4WFNL 2QA4N 3CCMN 5GAGP 3CCRN 3CC2N 5HL7L 3DLLL 3G6EN 3CCSN 3CCJN 1YJWN 5GAHP 1VQON 1VQ4N 3CCLN 2OTLN 5JVGL 1YJNN 1Q86O 3CCUN 4UY8O 3CMAN 1VQLN 1VQ9N 1VQMN 1M1KO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA9A 3ASMA 4EHTA 2AJQA 3CYMA 1BQMA 3KK7A 4KTQA 2HVHA 3PY8A 4CK1A 5C10A 1JCFA 3CJ9A 4FWSA 4BACA 4CEZA 5BPMA 1KC8O 4JKEA 3SZ2A 3U9ZA 3VGLA 1REVA 1HUXA 3HM8A 3E1YA 3H45C 1YI2N 1F21A 2ZWHA 4JI6K 4LSLA 4IJAA 3M3ZA 3AGRA 3RMBA 2J4RA 4LFCK 4OLAA 4BQZA 1R0AA 4KO0A 4CZFA 3DYAA 4BG9A 3IRXA 5J2PA 3RR8A 3AVJA 3MX5A 3J8AA 4CK3A 3DOKA 1YITN 1YIJN 1IKYA 4CK2A 4BY9C 1X3MA 2YV0X 1S6QA 4DSFA 4CJ3A 3OYDA 5C24A 3PX6A 5AFUH 3ULDA 2O8FB 3I0RA 2CGKA 4B8CA 4DV0K 1T03A 3A8YA 4IZ9A 2WTUA 1IJJA 5HP1A 1IG9A 3VQEA 3AO1A 4CFBA 1SL2A 1JLFA 3ZSZA 3UIQA 2KLAA 1NU0A 4WE1A 2FF3B 3EZ5A 1ATSA 1RDBA 4BR0A 4BRQA 1QQCA 2P1JA 2OCEA 1TK0A 3PX0A 3VQ6A 3QIPA 5BRHA 3J7YP 1NG9A 1SV5A 3A5NC 2D1KA 5GIPA 1KVCA 3QEXA 3O80A 3HPOA 1WB9A 4LF8K 4Z4EA 2V7YA 4Y1CA 4DV6K 2NLXA 4KTZA 2O8EA 2ASOA 4PHTX 2OTLN 2ITMA 3G25A 4DG1A 4CZKA 4OPHA 4LFAK 3O08A 3CQ8A 3THWB 4B3OA 3P5JA 3HL8A 3T7ZA 4E7LA 1HX1A 4DR3K 1SKRA 5HOOA 2BANA 1MWKA 1BOTO 1WNSA 4RWTA 4DR7K 3RWUA 3J7ZO 3CC7N 2FSKA 4FWOA 4M63C 2ZQBA 2WBNA 3L0QA 1KD1O 2W41A 4RW8A 4YOUA 3B6OA 1WOQA 1VQPN 4JI3K 3RRHA 1D4XA 4W5OA 3WXMB 3K59A 5AZIB 1V4TA 3KLHA 4XEIA 4BROA 1NGGA 3NH0A 3OHRA 3ATVA 3VQAA 3M8QA 1G99A 3C6HA 4DUZK 4F3TA 4IO9L 1BI4B 1UA1A 4YOTA 3O1BA 3AA5X 1JL2A 1NGEA 4BRGA 3TAEA 2KW4A 3ULEA 1S72N 4H0TB 3L4IA 4BC3A 4ZTFA 4FLUA 3DXKB 3RVCA 4KHNA 2P9IA 4GW6A 2YI1A 3ZSQA 4BRNA 5LJVA 3ZEUA 1XC3A 5BN9A 5AQMA 3FZKA 2ZGYA 3C6AA 4A62A 3OYIA 4DSEA 3S9HA 4E7KA 1DTTA 4M45A 2UUAK 1RBRA 5BN8A 1NNEA 3UKUA 5LMUK 1NLVA 3KKSA 2Q1NA 1BU6O 1NJWA 4UQGA 2XRIA 2I7NA 4FWNA 3WEEB 4IXCA 3OJSA 4LC9B 1C0GA 3N4PA 1EWRA 4QAGA 1MA9B 3VQ5A 4H0PA 3HVRA 4HVJA 3OTOK 1BL3A 2HF3A 3ENHA 2VWJA 3E9PA 4N41A 1NGFA 1KFSA 3OS1A 3GOIA 1S5JA 1BCMA 3VQ7A 1WAFA 4E1JA 3KLGA 3O4NA 1HNXK 1J5OA 4DHYA 1RBSA 1HYVA 1JXBA 4CFDA 4DCHA 5KRSA 5BR9A 4BWJA 4FWLA 1T6CA 4XIUA 4CJRA 5M1OA 3WNFA 1ZBHA 2P9KA 4DQ8A 4DFJA 1K9MO 1J53A 1B92A 1TL3A 2IS3A 3O6WA 4O55A 1LOTB 4DFPA 3JS6A 4DTMA 2UYTA 3BF1A 3R8EA 2ITGA 4MLEA 3VQ4A 1NM1A 3H3OB 1NJZA 4AILC 4B9MA 2QWMA 4YOVA 2B5JA 4CZIA 3PSIA 3WXLA 4CEOA 4HUFA 4ILHA 2NUBA 1RTIA 3H1VX 3LWLA 3HK2A 2P9NB 1T7PA 4ISFA 2PFUA 2NRRA 4H0XB 4DSKA 3V9ZA 3I56N 3VF4A 5BR8K 4R79A 4FPAA 4JI8K 1VSHA 1K6YA 2A1SA 5C2FA 3KLFA 5DM6L 4FJKA 3C94A 1S1WA 4LSNA 4FLWA 3WNHA 1KAZA 3L6QA 1FKOA 4EHUA 4KAZA 5D3GA 3IUCA 2DY4A 2WC9A 1GLEG 1O13A 4YFUA 3WNGA 4AHTA 4CW7B 4G1QA 1FK9A 5FRNA 2CGLA 4GKKK 3A5OC 3H46O 4OKJA 4CHQA 3OBWA 4ZHRA 3THYB 4NCAA 2D0OA 4DFKA 4DQQA 2R7YA 5FPEA 4Y1DA 1BISA 4ISGA 4A2BA 4JK9A 2YHAA 4DV5K 4K43A 4KTWA 2QWOA 2D0BA 2F8TA 3EEQA 2P9PB 4BG8A 3NAEA 3OYMA 1W9HA 2E1ZA 4DTOA 3TAPA 1J6ZA 3TAQA 1OH8A 3UB5A 1LW0A 4H5WA 3SQ1A 1LAWA 4H5VA 4QCLA 1TKDA 2HBKA 4JV5K 3SYZA 1CXQA 3HRGA 2PBDA 1KSPA 1S1VA 5HRPA 3VMFB 3MK6A 2Q0UA 4GMJB 3G71N 5EOYA 4ID5A 2FBTA 2IAJA 3L2WA 1U48A 4FJJA 4M3ZA 3MMVA 3I55N 4BC5A 3MXMA 5AQYA 1NGCA 3RSEA 5DM7L 4FCYA 2KZZA 2NRTA 2P9SB 3QERA 3TI0A 4JI1K 3KD5E 1HKCA 3HJFA 1U45A 2GUPA 1YJ9N 3ITHA 1T44A 3ZSRA 4YORA 1VRTA 2PZSA 4CJ5A 2NRXA 3QDKA 4WQ5A 1QZ6A 1LV5A 1EKEA 3D0PA 1VQ7N 2A1RA 4W5NA 1GLAG 1RT5A 1NK8A 4E7IA 5ADXA 1JLAA 1XC9A 1HQUA 2YNIA 4M3UA 1EXQA 1OH6A 3HM9A 4NXNK 3FZHA 3KK3A 1KRPA 3AGKA 4CEDA 3ENOA 2YNHA 4KB1A 5C0YA 3DWLA 1ZYQA 5AR0A 3PV8A 1R59O 3MAQA 3TU5A 4C8OA 4HUEA 5EY4A 4CBUA 2RF2A 4GVMA 3N4QA 1A5XA 3CFOA 3VOVA 4K0KK 1CZAN 3FZMA 2BUPA 3KD1E 4WFNL 1S1TA 2DFHA 3CCRN 3CJBA 1HPMA 2O8FA 3OJUA 2FBXA 5HL7L 3THXB 4F4KA 4LD0A 4FL9A 5GAHP 4B9LA 4B8AB 4V19S 3TWHA 3LPTA 3DLEA 3M1FA 1P90A 4KH6A 1OH5A 4CJTA 3AVHA 4DF8A 2HVIA 1XUPO 2HHWA 3MN7A 2O8CB 2NZTA 4JS4A 4KFBA 4CFCA 1TL1A 3ZSWA 3MCPA 4NLBA 3D45A 5SWMA 4A2AA 3O3HA 2RN2A 3VQQA 1NBWA 1JLGA 4O5BA 3U4LA 4GV6A 3LP3A 2OYQA 2GELA 2CGJA 3LP2A 3TR8A 2P9LB 4OVLA 1QSYA 4WQ4A 5M1FA 1RDDA 3AA4A 3DLGA 3MX2A 1YTAA 3CC4N 1RFQA 1X3NA 1K73O 1VSKA 1WSGA 3THWA 3NE6A 4JD2A 4JKDA 3QBXA 1S9GA 3CJCA 3RTVA 1MU2A 2QWNA 4FJHA 4I2PA 2HBMA 1Q8IA 3IAYA 3AO5A 1X9SA 3V9XA 2HHUA 2JGUA 4BR2A 4FZXC 1N6QA 3E66A 1N5YA 3WT0A 5GAEP 4KRFA 1VSDA 3O9RA 4MDBA 2G8FA 3LPUA 5AZIA 4WFBL 4M3XA 4WF9L 4DTXA 2GWJA 3EO3A 2QTDA 3LDOA 4IOCL 2RE2A 4FM0A 3SUQA 5HLFA 3E9LA 1EQYA 3DJCA 5C2DA 4BWMA 1XMQK 2QEXN 4NO7A 4EIAA 1WSJA 1RBTA 1S1UA 4O5FA 3TSQA 4IFYA 4CGIA 4DR5K 3DXKA 3NGYA 3IKMA 4MO4A 4CEFA 3M5RA 2JLEA 4FO0A 3L3UA 3EE8A 4C8KA 2HF4A 3C95A 4J8FA 1EO1A 1VQ4N 3CCLN 5FROA 2YHWA 3V81A 4KHSA 4B9TA 1Q86O 3B6PA 4W5RA 4FJLA 3VQ9A 3NH1A 3SUPA 4E1MA 3V6DA 4A59A 3NVKA 3WEEA 4CJFA 1HYZA 1VSJA 4JHDB 4ISEA 1JL1A 5K14A 3F2KA 4M3YA 3BZKA 3QESA 1TAUA 3VQ8A 1W0HA 4CGGA 1WN7A 3OYGA 3V9SA 1RILA 4FJMA 3QNOA 3A0IX 3VQCA 4CZEA 4IJNA 1DEJA 3VN5A 3OYEA 3SBTA 3PX4A 4ICLA 3CQYA 5AQIA 1SZ2A 4BRFA 2A40A 2O4IA 1J9AA 4C8NA 2Q2RA 3V1OA 3KIOA 2OTJN 3AVCA 3F9KA 3WNEA 3CJ7A 2WONA 3BY5A 4LH4A 1LW2A 4FVMA 1T3VA 4PL7A 1N36K 3F9MA 4Z4IA 1HJOA 4RW9A 4OGCA 3ID6A 5EX5A 1RDAA 4IKFA 2EX3A 3VA0A 4FWRA 4YNQA 1DGKN 1N8RO 3LALA 1QVGM 3SMPA 3TANA 1EX4A 1NGBA 4H5TA 3ID8A 4RW7A 3OYNA 5TKYA 2E4LA 1BQNA 1NWKA 2E1YA 3VTHA 2UU9K 4I9LA 3DLRA 1UWBA 4RCHA 1FXXA 4AHCA 2QK9A 3ZT1A 3VF6A 2P9NA 4PA1A 3DAWA 3S3NA 4J2BA 1C1AA 1Z26A 5AFUA 3AA2A 1VRUA 3FZLA 4NYNA 4IFVA 1S6PA 3QFPA 4FLTA 4M3RA 1RT2A 2VG7A 4CJPA 4FWQA 3CCSN 4DV4K 4DR1K 4JN4A 1WAJA 3K5OA 5AQLA 4DQSA 2PYJA 4JAXA 2IVOA 4JKHA 4K25A 3ZETB 1TUYA 4OO1J 4N76A 3CJ1A 1BUPA 3QEIA 3AVBA 3KLEA 2WUSA 4BRLA 4RW4A 4FK0A 4Y0WA 3JSMA 5F2RA 1C1BA 1NGHA 2Z1JA 1E4FT 3VA3A 4JK7A 4DS5A 2IDOA 3AVGA 5KPRA 5BPLA 1LAVA 2XY5A 3LDPA 1NK0A 1VQ6N 4JRPA 1L3UA 4DV3K 3HXMA 1UOCA 3QEVA 4IO8A 3CJAA 3BGRA 3K58A 2P9PA 1RT3A 3D2EB 3FFIA 1K8AO 2E6LA 4BC4A 1SL1A 4EZ6A 4DSJA 3NF7A 1HMVA 2YHXA 3K2PA 4YHHK 4DV7K 4CHNA 1NGAA 3DLBA 4Z4GA 1NK4A 2H3GX 2VGMA 5JVHL 4IBNA 1QVFM 3DXMB 3KKRA 2VG6A 3CM5A 1IH7A 3I0SA 5FPMA 2O8BB 3EKSA 1SL0A 2P9SA 1X9WA 2ZJQL 1T8EA 1VSEA 4DUYK 4AQYK 3T69A 2XY7A 3EN9A 1N34K 1YVUA 2DFEA 3ZT4A 4BVPA 3VGMA 5AJ3K 3FZFA 4PWDA 3Q7BA 1D9DA 3CG7A 4KI4A 3ISNC 1SUQA 4HCBA 3I33A 2HBJA 3W3DA 4KHPK 1ASWA 4B1ZA 5BRFA 2HNYA 4Z4FA 3T1YK 1HRHA 4X65K 3CC2N 2IOCA 2KKZA 3QEPA 1G15A 5CE3A 2UXCK 1TV6A 4CF0A 3FLCO 2HHQA 4CECA 4WQ5C 3CIPA 2PAVA 3LZIA 1NKBA 4MLHA 1VSLA 1JLCA 1VHXA 5E84A 4JKBA 3W0LA 3DMJA 4X64K 5LY3A 3AV9A 2Z1GA 1D9FA 3OYKA 5CYMA 2ASPA 1YXQA 4NB4A 4X62K 3THXA 5GADP 1JCEA 3HP9A 4YDUA 2OA8A 1OH7A 4WFAL 2KZMA 3VQBA 3GG4A 1T6DA 3QNNA 3HOSA 4NCGA 5J2MA 4YOXA 2D4WA 2E5LK 4B3RK 4BRHA 4F8RA 4FJ8A 1V4SA 1W2BM 4Q5VA 3L2RA 2E20A 1GLCG 3C7NB 4AHVA 4IOAL 2O8CA 1T05A 3JAMO 4IOXA 3L8BA 2ZM6K 4J2EA 2HMIA 1NKCA 4FJIA 3QICA 3D2FB 1VSIA 2G8IA 4DU1A 1CZBA 2KFZA 3SNNA 4PUOA 4LF6K 4CHYA 4WCEL 4B9UA 3GE1A 1L5UA 3KTQA 2W40A 2KQ2A 3MN6A 5C25A 2ASMA 3WXKA 1U49A 1HNZK 3RR7A 1SAZA 3D6RA 4I6MB 4KBOA 5AQKA 2HNDA 1EWQA 1BGXT 5KQDA 5GAGP 2OANA 1KFDA 4WQ4C 4RW6A 4DLGA 2Q31A 3PO4A 4FLZA 3LM9A 4LF4K 4DU3A 3OYLA 5M1QA 4K8XA 5I9EB 1TKZA 3SUOA 4JI0K 4YOYA 2EHGA 2YKMA 2FSNA 1U04A 1UAXA 3CCVN 5KTQA 1WSIA 2NRWA 1RTHA 3VEYA 2PY5A 3SPYA 4JKGB 4FLYA 4M7XA 2F9WA 3DM2A 3H6EA 3VETA 3OYHA 2CH6A 4DTNA 2B6AA 2HNZA 3LAKA 2FSJA 1QQMA 3CD6N 1IO2A 4GV3A 1VQ5N 4NYFA 2A3ZA 2FXUA 4DB3A 3G10A 4MFBA 3O4WA 5BRDA 2UUBK 3S41A 4KHYA 2O8DA 1BHLA 3LDSA 4JHDA 2FF6A 2V7ZA 1JLQA 4FW2A 3NGIA 4FW1A 3DRPA 4CGJA 3F73A 5CHIA 5KGWA 1Q7YO 3K9KA 1SKWA 4KHQA 3MDQA 2G8HA 4CBXA 4FM1A 3HOTA 3KHYA 3SAHA 5EU7A 1NK6A 3VQPA 5FPDA 1Q81O 1IKWA 4O8UA 2YJEA 1ASVA 1EETA 5KQ8A 4F2SA 1QSLA 4CEBA 3H3NO 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NJI O;  3CF5 L;  3CCV N;  1VQ8 N;  2ZJR L;  1K9M O;  1KQS M;  2ZJP L;  1YHQ N;  3J7Z O;  3CC7 N;  3G71 N;  1KD1 O;  1KC8 O;  1VQ6 N;  1VQP N;  5GAD P;  3I55 N;  1VQK N;  4WFA L;  1Q82 O;  1JJ2 M;  1VQN N;  3CD6 N;  4U67 L;  5H1S Q;  5DM7 L;  1YI2 N;  1VQ5 N;  1K8A O;  3G4S N;  3CC4 N;  2OTJ N;  1K73 O;  1YJ9 N;  3CXC M;  3CPW M;  1W2B M;  4IO9 L;  4IOA L;  1YIT N;  1YIJ N;  1ILY A;  1VQ7 N;  5JVH L;  3I56 N;  1S72 N;  1QVF M;  1Q7Y O;  1N8R O;  5GAE P;  1QVG M;  1Q81 O;  4WCE L;  4WFB L;  2ZJQ L;  4WF9 L;  5DM6 L;  5MLC Q;  4IOC L;  1OVY A;  3PIP L;  3OW2 M;  2QEX N;  3PIO L;  3CCQ N;  3CME N;  3CCE N;  1M90 O;  4WFN L;  2QA4 N;  3CCM N;  5GAG P;  3CCR N;  3CC2 N;  5HL7 L;  3DLL L;  3G6E N;  3CCS N;  3CCJ N;  1YJW N;  5GAH P;  1VQO N;  1VQ4 N;  3CCL N;  2OTL N;  5JVG L;  1YJN N;  1Q86 O;  3CCU N;  4UY8 O;  3CMA N;  1VQL N;  1VQ9 N;  1VQM N;  1M1K O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OA9 A;  3ASM A;  4EHT A;  2AJQ A;  3CYM A;  1BQM A;  3KK7 A;  4KTQ A;  2HVH A;  3PY8 A;  4CK1 A;  5C10 A;  1JCF A;  3CJ9 A;  4FWS A;  4BAC A;  4CEZ A;  5BPM A;  1KC8 O;  4JKE A;  3SZ2 A;  3U9Z A;  3VGL A;  1REV A;  1HUX A;  3HM8 A;  3E1Y A;  3H45 C;  1YI2 N;  1F21 A;  2ZWH A;  4JI6 K;  4LSL A;  4IJA A;  3M3Z A;  3AGR A;  3RMB A;  2J4R A;  4LFC K;  4OLA A;  4BQZ A;  1R0A A;  4KO0 A;  4CZF A;  3DYA A;  4BG9 A;  3IRX A;  5J2P A;  3RR8 A;  3AVJ A;  3MX5 A;  3J8A A;  4CK3 A;  3DOK A;  1YIT N;  1YIJ N;  1IKY A;  4CK2 A;  4BY9 C;  1X3M A;  2YV0 X;  1S6Q A;  4DSF A;  4CJ3 A;  3OYD A;  5C24 A;  3PX6 A;  5AFU H;  3ULD A;  2O8F B;  3I0R A;  2CGK A;  4B8C A;  4DV0 K;  1T03 A;  3A8Y A;  4IZ9 A;  2WTU A;  1IJJ A;  5HP1 A;  1IG9 A;  3VQE A;  3AO1 A;  4CFB A;  1SL2 A;  1JLF A;  3ZSZ A;  3UIQ A;  2KLA A;  1NU0 A;  4WE1 A;  2FF3 B;  3EZ5 A;  1ATS A;  1RDB A;  4BR0 A;  4BRQ A;  1QQC A;  2P1J A;  2OCE A;  1TK0 A;  3PX0 A;  3VQ6 A;  3QIP A;  5BRH A;  3J7Y P;  1NG9 A;  1SV5 A;  3A5N C;  2D1K A;  5GIP A;  1KVC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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