1N8RO

Structure of large ribosomal subunit in complex with virginiamycin m
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1n8rO00
5HL7L 5MLCQ 3J7ZO 1VQ5N 3CCQN 3CCSN 2ZJQL 1YIJN 3CC4N 1K8AO 4IOCL 1Q82O 4WCEL 1VQMN 4WFBL 1KQSM 3CCEN 3I56N 3CC7N 1OVYA 1W2BM 1K9MO 4WF9L 3CCJN 4U67L 3CCLN 1VQKN 5GAGP 5GAEP 3I55N 1M1KO 1QVFM 1VQ6N 1VQ8N 5GAHP 3G71N 5DM6L 1YJNN 1YITN 2OTJN 1K73O 2OTLN 3CCMN 1KD1O 1YJWN 5DM7L 3DLLL 3CCRN 1Q81O 2ZJPL 2QA4N 1NJIO 2QEXN 3CPWM 3PIOL 1YI2N 1VQ9N 3CCUN 3G6EN 1ILYA 2ZJRL 3CCVN 3G4SN 3CXCM 1JJ2M 3CC2N 1VQLN 3CD6N 5JVHL 1KC8O 4WFNL 1VQ7N 4IOAL 4IO9L 1M90O 1Q7YO 1QVGM 1VQPN 5GADP 5JVGL 1Q86O 1VQON 3OW2M 3CF5L 4UY8O 1S72N 1VQ4N 1VQNN 3PIPL 5H1SQ 1YHQN 1N8RO 3CMAN 4WFAL 3CMEN 1YJ9N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OGCA 4CZJA 2G8FA 2E2PA 4HCCA 4JI5K 5FRNA 1IKYA 1EKEA 3AVFA 3FZHA 3O4WA 4CGFA 2XHBA 3FZKA 1REVA 4IOCL 1Q82O 1FKOA 4B9SA 4F2RA 4FJ9A 4M63C 4ISFA 3DLRA 4B3MK 3CM5A 3QFUA 5CYQA 4KHSA 4CIEA 4MDAA 1KVBA 4YOUA 3AVBA 4E7LA 2YHXA 2Q0UA 4H5TA 3OYAA 4CJUA 3F9MA 2A40A 3ENBA 4ISEA 4I6MA 4LFBK 1M1KO 2AJQA 1QHTA 1VQ8N 3LAKA 1QHAA 3AA4A 3VPZA 3AARA 2DTUA 1U47A 2OTLN 4KPYA 2IVPA 3CYMA 3DOKA 3ZX3A 2ZJPL 3KKSA 2QKBA 2Q0RA 3B6PA 4GKJK 3NH2A 3AVKA 1OKJA 1VQ9N 1HQUA 1VSEA 4CFCA 1A5XA 4NB4A 4JD2B 1ILYA 4N56A 4C1NI 1NGCA 1BCOA 4H5VA 4BGAA 1EWQA 3SMSA 3EZ5A 2XY7A 3RMCA 1CLQA 2NLXA 3QFPA 3IS9A 4V19S 1TK8A 1VSKA 4FZYA 2YHAA 4CEDA 1KFDA 4Y0WA 1RCHA 4LD0A 4K42A 4CJSA 4B8AB 1KAZA 3NGZA 1BU6O 1MU2A 4OGEA 3NGIA 3W0LA 3A5OC 1P90A 3DLLL 4IDHA 4FJJA 4FLYA 5AQHA 4I9LA 4DQ8A 3DLHA 3U6FA 1IV0A 3VA3A 2YJEA 1U2VA 3SZ2A 1D9DA 3A8YA 2Q36A 4XEIA 4ZTFA 2HNDA 1ZBFA 3LPTA 4FJKA 4RTFD 3AA3A 2Y1JA 4KO0A 4CF2A 1QSYA 4WFBL 2PZSA 3K9KA 1XNRK 4CJFA 4DTRA 4RW8A 4RW4A 3WEEB 1L3SA 5GIOA 3TTFA 1VQKN 4CJPA 2P9KB 4GV6A 4FWLA 2HHXA 1RILA 4CEQA 3UKUB 3NVMA 4CJQA 5C12A 3VEXA 4BQLA 5I3UA 1NMNA 1VAZA 3ATVA 4DQQA 5LL6Z 2V51B 1NJWA 3HOSA 3H1QA 4LH4A 3V4IA 4ILJA 2VGNA 3KD5E 3SCXA 1XMQK 3HL8A 4YHHK 2KW4A 2DFEA 3DOLA 2VWKA 2P9NB 1S1VA 4G9ZA 3QICA 4BR9A 4LF5K 2EHGA 1BCMA 3AO4A 1ZC6A 1NK8A 1QQCA 3P83D 4F3TA 4DSEA 3O9QA 4CFBA 2HHSA 3NFAA 3THVA 2O8EB 3QBWA 3PO5A 1OVQA 3I0SA 4K25A 4BR4A 3JSMA 3ZSOA 3OYFA 2B4JA 5SZTA 3HPHA 1WB9A 4DQIA 1BQNA 4Z4CA 4FWQA 4FJIA 2FBTA 1BDGA 5ADXH 3J7AP 2O4GA 4FPAA 3SMPA 1DKGD 4UQGA 5JS2A 4FCYA 3CETA 2JWKA 4FPBA 1JL1A 2RPIA 3NGYA 4FM1A 3MN7A 4CVNE 1LW2A 1XWLA 1HKBA 1NOYA 3O1WA 4E19A 1HYSA 3R1XA 5HRNA 3BF3A 4FZXC 5F2RA 4A62A 5EVZA 3RRHA 4FOEA 4BR0A 4E7HA 5M1KA 2GBZA 4G1QA 3O9UA 4GW6A 1T44A 1Z26A 3DXKB 5EY4A 1HQEA 2O8DB 4CERA 3H6EA 3TARA 3ZSRA 4B3TK 3JS6A 4CZFA 3QEWA 3H3NO 1NMDA 2X74A 1K9MO 3VF4A 3ENHA 2G8WA 1ZYQA 2D1KA 2NZTA 3KK2A 3P38A 1QVFM 4HTUA 3QEPA 4KAZA 2HSTA 3MXMA 3OYGA 4IBNA 3HVRA 3SAGA 2WTUA 1YJNN 2QWLA 3G0ZA 2NUBA 2VYPA 3QMLA 1UA1A 4FWPA 5CZ2A 4CW7B 1HYVA 4DLGA 4DR6K 4CCHA 2BGGA 3DLKA 5HOOA 4BACA 3AO1A 3CJCA 3HRGA 3VERA 4OPHA 5J2MA 4FJ7A 3SQ1A 4ID5A 3V6DA 1JCFA 1JLEA 4W5QA 4H03B 3L2WA 4XH5A 3PIOL 3F2KA 4DF4A 3OTOK 1C1CA 1FXXA 4R5PA 1X3MA 2FXUA 4H0YB 1O1WA 4CHOA 3HM8A 4CZKA 1YVUA 1BA1A 4QCLA 2I5JA 4IDKA 5JVHL 1LW0A 3QIPA 1NGDA 1HJOA 4BGBA 3L2RA 4DR1K 4B1ZA 2GUPA 3ZX0A 1VQPN 3OBYA 2Z1JA 3QEIA 4R79A 3P1GA 3MN5A 3ASMA 5AZIB 1J5OA 3LPUA 2QW9A 3S9HA 3H45C 4H0VB 4QS9A 3MCAB 4BVPA 4CJLA 4RWTA 3ZX2A 1OH6A 3H1VX 4AHRA 3ATUA 4LSNA 3SQ4A 3ZSVA 2QWQA 4BRNA 4CEZA 1JLCA 2BTFA 2WOMA 4F8RA 1NU0A 4M3RA 3D6RA 4F3OA 3MEEA 4M7XA 4CD3A 4A59A 3ZT3A 3FLCO 4CHQA 3FR0A 1GLFO 3WNFA 4FWSA 1BQMA 2A1SA 1W2BM 5AZJB 2I7PA 4FVMA 4HTLA 4BRDA 4DR5K 3VEVA 3BP8A 2UXCK 3LP1A 5FLXO 4JK9A 4ILHA 3L6QA 3EN9A 3LDQA 3QESA 1YUWA 3SQ2A 3KLFA 3ZT0A 3H3OB 2OANA 1ZBHA 1N6QA 3EZWA 3Q7BA 2IAJA 3RMAA 2IS3A 3F73A 4JKDA 4JD2A 5AQVA 4DHYA 1T6CA 1ITGA 4FJGA 4BDYA 4PHTX 3CFPA 3C7NA 4NCBA 3KWIA 1WSJA 2Q1NA 1U45A 4KBOA 4FLWA 4FLVA 3NMUA 4OX9K 4YY3K 3MWPA 2P5OA 3NCIA 3L2QA 1IBLK 1KTQA 2IVNA 2W40A 3QINA 1TGOA 5SWMA 3M3ZA 3TTCA 2ASPA 3CQYA 3ZSWA 5FPNA 4DFKA 4L3QA 4ID1A 1TAUA 1Q7YO 3TSPA 4CGJA 3PV8A 3AY9A 5GADP 1Q86O 2HF4A 5ELZA 4CBUA 3V9XA 1SL2A 3AO2A 5C2FA 1W7AA 4DCHA 3EL2A 2G8VA 1DGKN 1WNSA 3LALA 4C23A 5AFUH 1X9WA 4DV3K 1S6PA 1S22A 4AHCA 4CECA 4H5WA 3THYB 1YJ9N 3VQ7A 3RMDA 3WT0A 3QLHA 3K5MA 4IWVA 3A5MC 4NYFA 3EKUA 3D7EO 4EIAA 3WEEA 2O8CA 4IEEA 3NVKA 4FK4A 1NJYA 2P9KA 5BN8A 4J2DA 4CBWA 4BE1A 3I56N 3S3NA 2F9WA 3LDNA 3LDOA 4JI2K 1U49A 4BROA 5C24A 4HHTA 5LY3A 4H0OA 4JI1K 4C8NA 3NF8A 5DM6L 3CJBA 4A57A 3QEXA 2AP1A 3O8MA 1VSLA 4DQSA 2NRXA 4NYNA 4BY9C 3VOVA 3RTVA 4N5SA 4O0IA 3O5BA 5DM7L 4JI8K 1Q81O 3G25A 4ILGB 1NGBA 4GY2B 1ATNA 1LOTB 3HOTA 3SAFA 3OS2A 4DG1A 5A2QO 4O8KA 4KI4A 4HWIA 2BH1A 4GNIA 4KKOA 1BWFO 2ITMA 4YOYA 4M3UA 4BC5A 2HNYA 4JI0K 1B9FA 4FJMA 1IG8A 1JJ2M 4JK8A 4CJRA 1VQ7N 2F7TA 1TUYA 1RBRA 4B1XB 3EKSA 4RW9A 5AQSA 1F21A 4CZEA 3AA2A 1N36K 3S3OA 5JMVA 4JKEA 4MFBA 1YTAA 2A3ZA 5H1SQ 4DB3A 5KGWA 4FZZA 5I42A 1HKGA 1JLAA 3DXKA 4JKGB 4EZ6A 1IJJA 3CM6A 2A6AA 3TPQA 2Z1IA 3KIOA 1LV5A 4ZTJA 4JK7A 3IG1A 3MECA 5BR8K 2PYLA 4DV6K 3TABA 3VTIA 2YX6A 1XHZA 3WNGA 4BWMA 3PX6A 4EHTA 1N32K 4WQ5C 4L8RB 5TKYA 4OLAA 3ULDA 3LAMA 1QS4A 5E84A 3HPOA 5E41A 3DAWA 3KD1E 2HHTA 1Y97A 1T8EA 5AQIA 3BDPA 1HKCA 2FBYA 1VSIA 4AILC 4IKFA 4KH4A 4LF6K 1RBUA 4NCGA 5FPMA 4KH6A 3WQTA 4MO5A 3LZIA 3M8QA 2HNZA 2D0AA 3TANA 3H08A 4OPKA 2A41A 3OYDA 3SPYA 4FO0A 1MWMA 1UAXA 2KFNA 1CXUA 1NK6A 1RTJA 3E66A 3CCVN 4DLEA 3C6UA 4KV8A 3DM2A 4AH9A 1C0MA 3K59A 4DUZK 3JXUA 4JNEA 4HUFA 1KC8O 3R9PA 3LM2A 1JLQA 3GL1A 2FSNA 3QBXA 1YF5L 5AZIA 3FE1A 4LF4K 1MA9B 4W5TA 5IT9O 2H3GX 4DUYK 3S3MA 4HVJA 4E3SA 2Y1IA 4E89A 3GE1A 3OYLA 2X78A 1IKVA 1JXBA 2VG6A 3C7NB 4JKFA 3LZJA 5DMRA 3T1HK 4ICLA 1NGHA 3RSEA 4BR7A 2KZMA 3IAYA 3SQ0A 1U04A 4WFAL 3U4LA 1DLOA 4C8KA 4O44A 3LDSA 3VESA 1EX4A 1IKWA 4ZHRA 5JS1A 4EAHD 4CK1A 1VHXA 4E1JA 3ULEB 5T7BA 1L3UA 4BRIA 4CGGA 4C8MA 3MDQA 5AFUA 1FW6A 4WQ4A 1S1XA 2UXBK 1D5AA 3KKRA 3CC4N 4I2PA 5AZJA 5J2QA 1HX1A 2GTDA 4DQRA 4Z4FA 3L0QA 2B5JA 3C94A 1ZBLA 4BRKA 1WAJA 1SAZA 3MN6A 5M1PA 1L3TA 1WOQA 3WXMB 1RT5A 4CGDA 4GVMA 4IG3A 2BANA 4CZMA 1VSFA 3TTDA 1WSEA 4Y1CA 5EXWA 2OZSA 4CJ3A 2Q2RA 2CGLA 3CHWA 4BG9A 3OA9A 1HUXA 4DSJA 1YITN 1TV6A 5D3GA 1BL3A 4JRPA 2DFHA 4M3WA 4C8OA 2D0BA 3QIOA 2O8CB 1TK0A 4NO7A 1EP4A 4CHYA 4X64K 3OYNA 1D8YA 3A2FA 2NRTA 3BF1A 4ELVA 4JKAA 1CZBA 3SUQA 4XH1A 3OJUA 3CI5A 1I3AA 3E9PA 3JAMO 3R6MA 4GVEA 5GINA 2UUCK 3E1YA 1QZ6A 5AQXA 3NE6A 4BRAA 2Z1GA 1SZ2A 1HR0K 3O4NA 3ID8A 2F8SA 1EO1A 1RFQA 5BRHA 2PAVA 3CG7A 3UE5A 4FLZA 3MK6A 5C25A 4AM7A 1XQSC 3TAGA 3VN5A 4PA1A 3THYA 2E1ZA 3SJHA 3AAQA 4X65K 3L2UA 1FKPA 3HPGA 2HHQA 5AQZA 2VQEK 3K2PA 4H4MA 3OYIA 3ZEUB 2VG5A 3SV3A 1Z05A 4DSIA 3CMEN 4KB1A 3A0IX 3IUCA 3P5JA 2HOEA 3QB0A 1GLJO 1WSFA 3TI0A 4DTSA 1NKBA 4CD1A 1TAQA 3KLEA 2F9TA 3FZMA 4JN4A 3KK1A 3WXKA 4RG8A 3VF2A 4FW1A 3TR8A 5DK5A 3MAQA 3OBWA 1SL1A 3CJ7A 3VQ6A 4WYBA 4K43A 4Z94A 4FK0A 3VQDA 4FM0A 2OCEA 3CCEN 2PYJA 5AR0A 3SNNA 1WN7A 3B6OA 1RTIA 5CR4A 2KLAA 2FBXA 3BZKA 4B9VA 2F8TA 2FF3B 4DV5K 3KJVA 3J80O 2E4LA 1E4GT 2OPPA 2P5GA 4BVOA 1ZXOA 4CK3A 4DFPA 4DU1A 3BY5A 3DWLA 1GLDG 2ZWHA 3N4PA 4Z4HA 2BE2A 2W6LA 4B1YB 4PY5A 4KI6A 3O3FA 4DS5A 1B92A 5KQ8A 4CIGA 3U9ZA 3TU5A 4AM6A 2NRRA 2XY6A 1NKEA 1BGXT 5GIPA 4BR5A 3KZBA 1JCGA 1T03A 4DSKA 4PKIA 1BI4B 1QQMA 3GG4A 4LFAK 1HYZA 5F0XA 1V4TA 1KVAA 4KH5A 1EETA 4DU4A 4KREA 1WSGA 3SUNA 5AQTA 4BDZA 3HP6A 4ISGA 3D0PA 1VQLN 3CERA 1T7PA 4MO4A 3IDHA 2E2OA 4M3YA 3RRGA 3TAFA 2KKZA 4O8UA 1NK0A 1NNEA 1NKCA 4YDUA 4DV2K 2OPRA 1S72N 4JKGA 4BRPA 4JKCA 2OPSA 3U3YA 2B6AA 4H4OA 1A5VA 2G8KA 1ATSA 3FGUA 2ASOA 1YHQN 4BRHA 2ITGA 1IBKK 1E3MA 2W6KA 3C6TA 1HLUA 1HNWK 1WSIA 5J1EA 3T3FA 5J2NA 3VQ5A 1HJRA 5BPNA 2GX9A 1DT9A 2F4VK 1RDWX 4OJRA 1CXQA 3V1OA 3NF6A 3NF9A 4DFMA 1VQ5N 4OLBA 4BRGA 5HRPA 4CJ4A 5C42A 1HNZK 3OYBA 4BC4A 3H46O 5FDLA 1JLFA 3PUFA 2QXFA 3VQ8A 3O6WA 3TAEA 4CEOA 4DR3K 4Y1DA 3CCLN 3OY9A 1ASWA 4DR2K 2W41A 3SAHA 3RSEB 3DXMB 3AVLA 4CF8A 4LFCK 3HBTA 4KRFA 2IGIA 3AVAA 4GMJB 3NF7A 1U48A 3AVHA 3AVCA 5KRSA 2P9UB 5KPRA 4DTXA 2UU9K 4I2QA 4H0XB 3KHYA 2XRIA 5BRFA 1KCFA 5LJWA 1T05A 5AQKA 1YI2N 3I0RA 2UUBK 3TSUA 4KTQA 4Q0BA 4CE9A 3F9KA 3VA0A 1Y64A 1CZ9A 3WXLA 3VQBA 1Q18A 4DFJA 2E8AA 2HHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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