3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule tags Hydrolase
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
5E26A 5AQFA 3D2EA 3WEEA 3DXMA 3U9ZA 5F0XA 3FLCO 3HTVA 4BRMA 4FO0A 4MLHA 4BR4A 4FPAA 4O8KA 1NGHA 3MDQA 2HMPA 1QQOA 1TYQA 4CZIA 1MWKA 1MDUB 2Q2RA 4AM7A 1V4TA 2V52B 4ISGA 1E4FT 3A5OC 1YUWA 3FE1A 1ATNA 5AQMA 3UKUB 4A2AA 4YDUA 1X3NA 4BGBA 3WQTA 1CZAN 4XH1A 5AQNA 3O4WA 4DB3A 4PKHA 5E84A 4EHUA 1WOQA 2FSNA 1LCUA 4WQ4A 1ESVA 2CH6A 1TUYA 3LDNA 4K42A 4K25A 2F9WA 2IVOA 1Y64A 3QFUA 4WYBA 1HJOA 5AQZA 4BR2A 3H3OB 2E2NA 4FWRA 4Z94A 3A5NC 1ATRA 2I7NA 4K41A 3VEWA 3QBXA 3D2FB 4FOEA 3VF6A 1EQYA 4JAXA 3GL1A 4NB4A 3LM2A 4KBOA 2IVPA 4CI6A 5FPEA 3EN9A 3GG4A 3D7EO 1QQMA 2FLOA 3HI0A 3QDKA 3O80A 2A3ZA 3FZLA 1U2VA 1U6ZA 1V4SA 3CQXA 1GLLO 2P9PA 4CZGA 3CQYA 3HZ6A 3VEXA 2GELA 1NGBA 4WQ5A 1NGGA 5AQKA 1GLJO 3KVGA 3CJAA 2QWOA 3O6WA 3HSCA 3C7NB 1ZXOA 1NWKA 3J8AA 4DHYA 3UKRB 3DXKB 3MK6A 2A5XA 3BUZB 3H1VX 4BC5A 3L0QA 4XH5A 4M7YA 2ASMA 2A40A 1WUAA 3BF3A 3BF1A 2ASOA 3W0LA 3I8BA 4GY2B 4JN4A 3H1QA 4ISEA 3FGUA 1C0GA 4PKGA 4PL8A 4O5FA 5AQUA 3SLCA 2QWLA 4CD3A 2ZGZA 3GE1A 1YAGA 1T6DA 1GLDG 4CBXA 1ZBSA 5KQDA 4BGAA 3UKUA 2KHOA 3WXKA 2V7ZA 4BRFA 2ZWHA 1NGCA 1SQKA 1P8ZA 3EL2A 2Q0UA 3RSEA 5CE3A 2AP1A 3AY9A 1TUUA 4A61A 4BROA 1HX1A 3WXIA 2P9NB 5EX5A 5KQ8A 1RFQA 2P9KA 3VEOA 1BA1A 5ADXH 2P9IB 1SZ2A 3IMXA 1NGJA 3ENHA 5FPMA 2Q0RA 5EOYA 3MCPA 1QZ5A 2A41A 2YHXA 3EKSA 3CJ1A 1NLVA 1S22A 5BRHA 3DWLA 4I6MA 3MN5A 2BTFA 2P9LB 3WUHA 2YHWA 3KZBA 1NMDA 3FR0A 4B1YB 4B1UB 1HPMA 2D1KA 4BC2A 2E2OA 3MN9A 1DEJA 3VOVA 3M1FA 4FWSA 4H5RA 4K43A 5AFUA 1XUPO 1MWMA 2QW9A 3GBTA 5EXWA 4XH4A 2H3GX 2E88A 4BRQA 4EIAA 4BG9A 3KHYA 2PAVA 4MO4A 1KXPA 1QHAA 2ITMA 1BA0A 2IVNA 3JS6A 4H5VA 3ZETA 3ZX0A 2QWPA 3S41A 3DAWA 4BR7A 3FZFA 2V51B 3C7NA 1DKGD 4DCHA 4JNEA 5LJVA 1DGKN 5AFUH 2I7PA 5LY3A 1KAYA 4A2BA 2P9UB 3F9MA 3C0BA 3IUCA 3AARA 3VERA 3VGMA 2GWKA 3BP8A 3VETA 1ZC6A 1BUPA 1R59O 4B9QA 3MMVA 3G25A 4FWKA 2F9TA 3A5MC 3LDPA 3D2EB 3WEEB 5B8HA 3DXMB 1K8KA 3A5LC 4RTFD 4DQ8A 1BOTO 3R9PA 4BVPA 3ZX3A 4QS9A 2GWJA 4H5WA 2IIRA 3VENA 3U4LA 4BRPA 3MN7A 2YCHA 3FZHA 1TYQB 2QWRA 3UB5A 4BVOA 2E1ZA 4FWLA 2P9SA 2FXUA 4JD2A 2FSJA 5AZJA 1S3XA 5F1XA 1QQNA 2HF4A 3U8XA 5BRFA 4BRDA 3ULEA 3A8YA 4CZKA 3QMLA 5AZIA 2E2PA 4NO7A 4FL9A 4EFHA 2GUPA 4BQLA 4CD1A 3ZEUA 2CH5A 3UE5A 3CERA 3R6MA 4RCHA 5BR9A 1G99A 3ID8A 1RDWX 2J4RA 4BQZA 3VESA 5AQWA 3QICA 4BRCA 3VEYA 3LDQA 3H45C 4QS7A 5AQVA 3ZEUB 1NGAA 2W40A 3O8MA 5I9EB 2WUSA 1QZ6A 3ZX2A 4EAHD 2Q31A 3WQUA 2FF6A 3SJHA 1JCGA 5BN8A 4IJAA 3MN6A 2GEMA 2YI1A 3VF2A 1BG3A 5LJWA 2VWBA 2A42A 2D0PA 4BRKA 1GLEG 2CGLA 4GNIA 1Q18A 1OKJA 3CJ9A 3ENOA 2ASPA 1JCEA 4F9OA 1D4XA 4JHDB 1SAZA 3QFPA 3LDOA 2OANA 3AAQA 1U2VB 3GDQA 3CI5A 3A0IX 2BUPA 2P9PB 4B1WB 5BREA 1T6CA 5AQHA 3L6QA 2QWNA 5JLHA 3TU5A 1LOTB 5AQPA 3BEXA 3D2FA 4E1JA 5EY4A 3H46O 4FOIA 4CBUA 4AM6A 4A62A 4ISFA 1XQSC 3SMSA 4BG8A 1KAXA 3CJ7A 3QBWA 4BRNA 3L4IA 1ATSA 5KPTA 3CJBA 1NM1A 1BDGA 4H0YB 3AAPA 2DPNA 4BRIA 2CGJA 4QS8A 3CJCA 3M6GA 5AQYA 1GLBG 4B1XB 1BO5O 2Q1NA 3EZWA 5AQTA 2Q36A 1Z6RA 1YVNA 2E8AA 3W3DA 4EHTA 4FWOA 5AQIA 4FWNA 3VGLA 4M7XA 4H03B 5AQOA 2FF3B 4BR5A 5AQGA 4IWVA 2QXLA 4FPBA 3UKRA 3DXKA 1E4GT 3OHRA 4BRGA 3JXUA 3RSEB 4CJ7A 4MLEA 2NLXA 4H0OA 2VCPA 3LDLA 4MO5A 3VGKA 2FSKA 1C0FA 5AQQA 5TKYA 4Y0WA 2P9KB 5JICA 3IDHA 2A6AA 4CZHA 4BRHA 5FPDA 1XC3A 3SK3A 1NGFA 2HF3A 4PKIA 4H0VB 3TPQA 4XEIA 3B8AX 1GLCG 2YJEA 1KAZA 5BRDA 5JMVA 3LM9A 2V7YA 1NGIA 4I6MB 5BPNA 4BREA 2GTDA 4H5TA 2UYTA 4FSVA 1J6ZA 3I33A 3VEVA 3O5BA 3EKUA 1GLFO 1NGEA 5AR0A 5AQRA 4CBWA 2D0OA 2P9NA 5AQSA 5EVZA 4JHDA 4BRLA 2E1YA 2D4WA 2P9IA 5BN9A 4BR9A 4YDUC 4HTLA 2NRHA 2VYPA 4LC9B 1HKGA 5F2RA 2E2QA 1Z05A 2QWMA 3ATVA 3QB0A 5ELZA 3ZETB 4CZEA 1BU6O 4H0TB 4B1ZA 1NGDA 3WXJA 4IZ9A 4CZFA 4IJNA 4BRAA 4WQ4C 2QWQA 4HWIA 4IO8A 2P9LA 2Q97A 4CZJA 1T44A 2YJFA 4BC3A 3FFKB 5AQJA 3CETA 1X3MA 5KPRA 3H3NO 1YXQA 4CZLA 4FWMA 3GOIA 3O08A 4IXCA 4BR0A 2NZTA 2HOEA 4CZMA 3CIPA 4B1VA 2ZF5O 4H0PA 1BWFO 1HLUA 4C23A 3VF4A 4RWTA 1IG8A 1HKBA 5BPMA 4J8FA 3SMPA 1IJJA 2E20A 5FPNA 1K8KB 2CGKA 5ADXA 1JCFA 3WXLA 5AQLA 1GLAG 5AQXA 1X9JA 1H1VA 4PL7A 5JLFA 4L3QA 1HUXA 3R8EA 2YHYA 1NBWA 3FZMA 3O1BA 2QM1A 3HBTA 3EO3A 2P9SB 4M63C 4JD2B 3VEZA 5BPLA 3VPZA 5AZJB 4FWPA 5KPZA 4FWQA 4H0XB 1MA9B 3HM8A 3ULEB 2P9UA 1HKCA 1RGIA 3DJCA 3WT0A 3H6EA 3P4IA 2W41A 5AZIB 2ZGYA 3U9DA 3CHWA 2PBDA 3ATUA 3IFRA 4WQ5C 4H5NA 4BC4A 3LL3A 2EWSA 3FZKA 3O1WA 2AA4A 3M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WEEA 3QNNA 3VTHA 4JYAK 5F0XA 2VG5A 1HNIA 3DLLL 4EZ6A 1DTTA 5GIOA 1NK7A 4FPAA 4B8CA 1NGHA 1TKXA 4DV0K 4DQSA 5DM7L 1MWKA 3R3LA 4WFNL 3K5LA 5C15A 2HBKA 4BE2A 4ISGA 4LF4K 4MDBA 1C1AA 1VRTA 3FE1A 1ATNA 1WAFA 4A2AA 4YDUA 1VSEA 1JKHA 3MEDA 4DV2K 3O4WA 4DB3A 1QHTA 4LY7A 4PKHA 1XHZA 3NDKA 4IO9L 4WQ4A 1C0TA 4DTXA 2F9WA 4KRFA 2IVOA 4DTPA 1Y64A 3QFUA 1U47A 2QA4N 4KKOA 1HJOA 3VA0A 3H3OB 3NGZA 2E2NA 3TR8A 4DFPA 4Z94A 1ATRA 2HNDA 3VF6A 1HR0K 4DR7K 4AHCA 3G4SN 3PUFA 1SL0A 3LM2A 2OTJN 3AO4A 4BDPA 3QEVA 1A5WA 1QQCA 3AA4A 3KKSA 4RW7A 4LF7K 2A3ZA 3O9TA 4CJTA 1U2VA 2VG6A 1V4SA 3VQ9A 4YNQA 3MWTA 3OYFA 1N6QA 2W6KA 1RT6A 3HZ6A 3E9LA 1XMQK 3MAQA 3BGRA 2ATQA 1NGBA 3ID6A 4WQ5A 3OYEA 1NGGA 5AQKA 3VA3A 1GLJO 3R1XA 2IAJA 3CJAA 1NK9A 3AV9A 1GOCA 3C7NB 4BE1A 1VQPN 3T19A 3OS1A 3UKRB 3BUZB 3KLGA 3H1VX 4BC5A 4XH5A 2ASMA 5E41A 4CJEA 2A40A 3VQEA 2YKMA 3BF3A 3BF1A 2ASOA 2BANA 1OH8A 3I8BA 3FGUA 4PL8A 4FVUA 2YHAA 2ZGZA 5HOOA 1KVAA 4W5QA 3RRGA 1J5OA 3OS2A 3NF8A 3UKUA 2KHOA 3WXKA 2ZWHA 4CESA 3AO3A 4FXDA 4B3OA 1Q9XA 1DT9A 2Q0UA 5J2QA 3RSEA 1NJXA 2JWLA 2AP1A 2Y1IA 3SQ0A 4Z4HA 1OVYA 2P9NB 5EX5A 4CGHA 3CC7N 1S72N 5ADXH 1D8YA 1Y97A 1BIUA 3IMXA 3AA2A 4PY5A 3TSUA 2E6MA 5FPMA 2FBVA 4XIUA 2YX6A 4DR1K 3O9QA 2A41A 1TK5A 4OKEA 5MLCQ 1JLCA 3CJ1A 1NLVA 5M1KA 1SV5A 2BTFA 4DQPA 2D1KA 3L2UA 4EP5A 3S3OA 3VOVA 4DU4A 4FWSA 4E1NA 2FBTA 3GBTA 1WSIA 5C42A 3NBPA 3OYKA 4TSXA 5HROA 5M1OA 1EX4A 2H3GX 4ID5A 4BG9A 1QHAA 3IS9A 1QSLA 2VQEK 2IVNA 3J81O 3BZKA 3H08A 4LSLA 4DUZK 3ENBA 3VN5A 3TTFA 1FK9A 3RMAA 5KRTA 1DKGD 2WONA 1DGKN 2I7PA 4DFKA 3CCQN 4DU3A 2P9UB 1RDAA 1VSFA 3LP2A 3C0BA 3IUCA 2AJQA 4ZTJA 1BUPA 4NCAA 1YJNN 3UIQA 4CF8A 4B3TK 3G25A 4FWKA 3QERA 3AVGA 3IKMA 3DXMB 1BGXT 4DTSA 1KSPA 4C8LA 5FDLA 3V9WA 3VENA 4DF8A 4BRPA 3KKRA 3MN7A 2YCHA 3O3GA 1OH6A 3FZHA 2QWRA 3UB5A 4OKKA 2FXUA 2E6LA 4JI8K 4KI4A 2HF4A 4YFUA 1NOYA 1SL1A 1U45A 3QETA 4DLEA 3I56N 3AA5X 4NO7A 4E7JA 2CH5A 5IT9O 4LH5A 3DRRA 4AHVA 1VQ8N 1BISA 5BR9A 1HYZA 1G99A 2OPPA 4W5TA 4CHZA 4JK7A 1NJWA 3O9RA 3OYJA 3PSIA 4AHSA 3L2RA 5M1PA 3SBGA 4M42A 2D5RA 5HRPA 3K57A 3SQ4A 4CEAA 1YJWN 2WUSA 1KQSM 4CHOA 5BN8A 2HW3A 1JCGA 3MN6A 2GEMA 3ZT3A 4FJ9A 4N76A 5LJWA 3AVBA 3CC2N 4CHYA 4CHQA 1ZBHA 2D0PA 4HTUA 4BRKA 2ZE2A 3AVJA 4B08A 3VQ4A 3CJ9A 5I42A 4FM2A 3T3FA 3QFPA 3C6UA 5C0YA 4FW2A 4LF5K 4IOAL 3CI5A 3A0IX 1SUQA 4DTRA 5BREA 1HRHA 3CD6N 4FLVA 2ETJA 1W97L 3F5TA 4RW8A 3TU5A 3D2FA 4E1JA 5EY4A 3H46O 2VG7A 4KPYA 2UUAK 3ZSYA 2OYQA 3DLRA 4CGDA 1XQSC 2HNZA 1KAXA 3CJ7A 1ATSA 5KPTA 1NM1A 4C8MA 4FLTA 1TVRA 3AAPA 1W7AA 4BRIA 1HYVA 4QS8A 3M6GA 4B1XB 5AQTA 3KJVA 4CCHA 2G8KA 1Z6RA 2RHKA 3HPHA 1SKWA 3LDSA 4B9MA 3W3DA 4DFMA 5AQIA 4FWNA 4DTMA 2O8EB 1BI4B 3WNHA 5AQOA 3SNNA 1VQ4N 3DLKA 3NVKA 4FPBA 2PY5A 3DXKA 1WBDA 3TAGA 3ISNC 3OHRA 1RDCA 4NCGA 3MX5A 1ASVA 3J7YP 3FFIA 3KK7A 3VQ8A 1LWFA 4MLEA 4CEFA 1IKYA 3VGKA 4CJKA 5TKYA 1WN7A 3OYAA 1IBMK 3V9ZA 4CZHA 1HJRA 3SK3A 3AGKA 3B8AX 1GLCG 2VWKA 1JLGA 2V7YA 3CCJN 4MDAA 4I6MB 4KB1A 5BPNA 2A1SA 1VQKN 4C1NK 4FSVA 3LWMA 4RW4A 5CHIA 1T8EA 1YIJN 3PSFA 3T1AA 1T3VA 2O8BB 4M3TA 3LAKA 2D4WA 4BR9A 2D0CA 4YDUC 1IKWA 4IKFA 3QO9A 3EYZA 1Z05A 4JKGB 3HT3A 1BU6O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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