3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
5AQGA 3CETA 3ULEA 4B1WB 5AQYA 5AQUA 3MN9A 4H0VB 3A5NC 3A5LC 4CI6A 1LOTB 2E2PA 3BF1A 5AQFA 4FPAA 3MCPA 4M63C 3ZX3A 4BC4A 4RCHA 3G25A 3AARA 4BC5A 4RTFD 2NLXA 3EN9A 1NM1A 4A61A 3LDQA 3VEYA 4QS7A 4EHTA 3H45C 1SZ2A 3AAPA 1EQYA 2VYPA 4BR2A 3BEXA 3D2FB 4WYBA 3SLCA 3DWLA 2AP1A 4K42A 3VEXA 2BUPA 4MLEA 3W0LA 1NGDA 1R59O 2FSKA 3DXKB 4F9OA 3HBTA 1NGEA 4FL9A 3H6EA 1ATSA 5AQVA 5EXWA 2UYTA 4BRCA 5AQOA 3D2EB 1T6DA 3FFKB 2ZWHA 2P9IA 5KPTA 1ZBSA 3CJAA 3MN6A 1HKBA 1YXQA 4WQ4C 3W3DA 5BR9A 3UKRB 4JHDB 2ITMA 2A42A 3SJHA 2I7PA 4YDUC 4L3QA 5ADXA 4BRNA 4BQLA 4H0XB 1WOQA 1GLJO 1TUYA 1Z6RA 3D2FA 4O5FA 5JLHA 1MA9B 4H0PA 2P9KB 4H0OA 3P4IA 5JICA 4EFHA 3GBTA 4NO7A 5KPRA 5AR0A 3VENA 1IJJA 4KBOA 5AQMA 4MO4A 5EVZA 3D2EA 3ID8A 1QQOA 4MLHA 3LDOA 1BA0A 3QB0A 4BR0A 5AQRA 1XC3A 2YHWA 2V7YA 4BG9A 1GLBG 5BRDA 1U2VB 3TU5A 2P9NB 2HOEA 3ZX0A 4BC2A 3UKRA 4JHDA 2PAVA 1WUAA 5ADXH 4BRDA 3ZETB 5KQ8A 3KVGA 4B1UB 1BU6O 4BRQA 5KQDA 2GTDA 2IVOA 4M7XA 4BGBA 3ZEUB 2P9KA 2ASPA 4JN4A 3WQTA 4CBUA 4BR9A 4H5NA 4BRKA 1BA1A 2E2QA 1YVNA 5AQNA 4BG8A 3FE1A 1MWKA 3WEEB 5CE3A 3H46O 1NGBA 3LM2A 1Z05A 2P9SB 4BRFA 2V51B 5BPLA 4CZKA 2HF3A 2YCHA 4BRHA 2V52B 5AZJB 1YAGA 2A6AA 4EIAA 1U2VA 2QW9A 5AQZA 5BN8A 2P9NA 3D7EO 3VEVA 4H0TB 1C0GA 1BUPA 4O8KA 3EKUA 3L6QA 3CHWA 3O1BA 1NGAA 3SK3A 3ZETA 2E1ZA 2E2OA 3KZBA 4HTLA 3IDHA 3SMPA 1GLAG 1TUUA 2J4RA 3EL2A 2VCPA 3BUZB 3F9MA 2Q0RA 3ZEUA 2YHXA 2D0OA 4WQ5A 5BPMA 3IFRA 1HKGA 1ZXOA 3GE1A 4XEIA 4RWTA 1MDUB 1NGGA 1SAZA 3QMLA 3WEEA 2Q97A 2KHOA 3FGUA 3HZ6A 1GLDG 2P9SA 2YJFA 3A8YA 4LC9B 3VGLA 2A41A 5F1XA 3HSCA 3I33A 4XH4A 2E1YA 1BDGA 2P9IB 5AZJA 4I6MB 2Q2RA 1G99A 3U4LA 1ATNA 4A2BA 4B1ZA 4BQZA 1BO5O 2P9UB 1NBWA 2QWQA 3HM8A 1E4GT 4CZEA 3BP8A 5F0XA 4K41A 5LY3A 3ZX2A 4BREA 2QWRA 4BRMA 4PKHA 1HPMA 5AQTA 4NB4A 2CGJA 2Q0UA 3L0QA 4ISFA 1DKGD 3O6WA 5LJVA 1SQKA 3BF3A 4H5RA 3IUCA 4HWIA 5AQLA 3MN7A 1X3NA 3J8AA 1QHAA 4I6MA 3MN5A 3UB5A 3WXJA 4CZJA 1NGHA 2P9UA 3O5BA 3MMVA 2FSJA 2YI1A 1V4SA 1D4XA 4B1YB 1Q18A 5FPMA 4H0YB 5FPDA 2AA4A 4AM7A 4IZ9A 3GDQA 3QICA 1QQMA 4WQ4A 2GEMA 5AQIA 4DQ8A 5AQKA 3VOVA 4YDUA 5ELZA 2CGKA 5AFUA 2EWSA 3R9PA 1KAZA 4JNEA 1T6CA 3LDNA 4FWLA 4BROA 2GWKA 3VF6A 1HKCA 2HMPA 3FZLA 4K43A 2FSNA 1K8KA 1DGKN 4M7YA 3ATUA 2ASOA 4EHUA 5B8HA 1HJOA 1NMDA 3VPZA 5KPZA 4H5VA 3LM9A 2DPNA 4PKGA 4BRPA 2E88A 4FSVA 2Q1NA 4IO8A 4XH5A 4FWQA 1S3XA 2CH6A 4QS9A 5F2RA 5AZIB 4CZHA 3M1FA 4CD3A 2ZGYA 1S22A 4EAHD 3UKUB 4FWNA 5AFUH 1U6ZA 3H3NO 3UE5A 4FWRA 4FWSA 5BREA 5EOYA 2I7NA 3IMXA 4GY2B 4H5TA 1OKJA 5AQSA 5EX5A 3SMSA 4B1XB 4CZGA 4J8FA 4FOIA 2QXLA 1Y64A 1C0FA 2NZTA 4BRGA 3A5OC 3L4IA 3S41A 2V7ZA 3GG4A 3WXKA 1RFQA 4B1VA 1NGCA 4H03B 3HTVA 5FPEA 3DJCA 3CJ1A 2IVNA 4ISEA 3GOIA 3CQYA 3O4WA 5LJWA 1HX1A 3CJ9A 1GLCG 3A5MC 1E4FT 3R6MA 2ASMA 2ZGZA 3ENOA 3VEZA 5AZIA 4DB3A 4DHYA 2CH5A 4A62A 1KAXA 4FWKA 4GNIA 4H5WA 5FPNA 3WUHA 4AM6A 2VWBA 3UKUA 4IXCA 2CGLA 3FZFA 4FPBA 3FZHA 4BRIA 2FF3B 3RSEB 4B9QA 2P9LB 4MO5A 4FO0A 3VGMA 4K25A 1BOTO 5BPNA 4BC3A 2FF6A 5BN9A 3QDKA 3GL1A 3VF2A 4CD1A 1TYQB 2HF4A 1RDWX 3QBXA 1GLFO 2P9PA 3FLCO 4CBXA 2OANA 1T44A 1IG8A 4BVPA 2YHYA 5E26A 4PL8A 5E84A 5AQHA 4BVOA 3O08A 4BR7A 4CBWA 1GLLO 4JAXA 5AQQA 3CJ7A 2YJEA 4IJNA 2PBDA 3EO3A 2GELA 3QBWA 1ESVA 3U8XA 3CI5A 2QM1A 1NGFA 4FWMA 1QQNA 5BRFA 5AQWA 5I9EB 3A0IX 3O1WA 3FR0A 3RSEA 3ENHA 2P9LA 4C23A 3LDLA 2QWPA 2GWJA 3LDPA 1X9JA 3H1QA 4Y0WA 5AQJA 2IVPA 2ZF5O 1V4TA 1ATRA 3FZMA 4BR5A 1K8KB 1DEJA 3WT0A 1TYQA 2FXUA 2F9WA 5AQPA 3QFPA 3H3OB 3C0BA 3ATVA 3OHRA 4A2AA 2Q31A 1KXPA 3CQXA 4CZIA 4E1JA 1JCGA 1X3MA 5TKYA 2D1KA 3FZKA 3JS6A 1BG3A 2E2NA 2QWLA 1NWKA 3I8BA 3VESA 4CJ7A 2BTFA 2E20A 3AAQA 1HUXA 1P8ZA 3EZWA 3DXMB 4JD2B 2W41A 4XH1A 3R8EA 3O8MA 2GUPA 4BRLA 4IWVA 3HI0A 4PKIA 1CZAN 2WUSA 5EY4A 1RGIA 3WQUA 3H1VX 3CERA 3DXKA 1BWFO 3QFUA 2A3ZA 4BR4A 3JXUA 4ISGA 1JCEA 3VETA 5JMVA 1KAYA 2IIRA 3B8AX 2NRHA 5AQXA 2QWMA 2F9TA 4FWOA 1NGIA 1QZ6A 3VGKA 1XUPO 2E8AA 4PL7A 1NLVA 1J6ZA 1JCFA 4CZFA 5JLFA 4CZMA 2QWOA 3DXMA 4JD2A 1ZC6A 3MDQA 1GLEG 3C7NB 3VEOA 2A5XA 3LL3A 3EKSA 2D0PA 3CJBA 4IJAA 4Z94A 3DAWA 3O80A 4CZLA 3AY9A 3M6GA 1MWMA 4DCHA 3ULEB 3WXIA 3VF4A 1QZ5A 3M3ZA 2P9PB 2A40A 3TPQA 2H3GX 1HLUA 4BGAA 4QS8A 3CIPA 3U9ZA 3VERA 3VEWA 1LCUA 3WXLA 5BRHA 3MK6A 3CJCA 2FLOA 4FWPA 1YUWA 4WQ5C 3KHYA 2D4WA 4FOEA 3U9DA 2QWNA 1H1VA 1NGJA 3C7NA 4BRAA 1XQSC 2Q36A 2W40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQGA 3CETA 4JI4K 4PUOA 5H1SQ 5AQYA 1KFDA 1VSJA 1JXEA 3EY1A 1ZBIA 4CF2A 4H0VB 3A5NC 4CJEA 3A5LC 5CZ2A 4CI6A 1TKXA 3OYEA 1HQEA 3K5NA 4C8LA 1TKZA 3HPHA 4I2QA 4M63C 5HRNA 3HSTB 3OVNA 3KLEA 4BC5A 3ISNC 1CXUA 3LDQA 3MXIA 3TAQA 3VEYA 2WBNA 4KHSA 4EHTA 1RBSA 2OZMA 1SZ2A 4HCCA 4KHNA 4NCBA 4DV0K 3VQAA 2D0AA 4K42A 3VEXA 1IBKK 3Q7CA 4MLEA 2NRRA 3VQ7A 1R59O 3DXKB 1BI4B 5I42A 5I3UA 3CXCM 2B5JA 1RDDA 3QEXA 3P39A 2WFBA 3J81O 2UYTA 5AQOA 3VTHA 1T6DA 4B3RK 1NK0A 1KRPA 4AHCA 3E1YA 5MLCQ 3C94A 3MN6A 4ILJA 3HP6A 4CJ4A 4JHDB 3NH2A 2ITMA 4W5TA 3CCVN 2O4GA 4L3QA 5ADXA 4O5BA 4BRNA 4CEBA 1GLJO 3EEQA 2HHWA 2QKBA 4Z4HA 3O9UA 5KPRA 5AR0A 3VENA 2HSTA 3IKMA 4KBOA 4M45A 2E6MA 3LPUA 4GVEA 3VN5A 3HVTA 5J2NA 2XHBA 3D2EA 3ID8A 4O55A 4BR0A 4BG9A 3CCUN 4HUGA 2O8FA 4O8UA 4FCYA 5C0YA 1KCFA 3K57A 3L4QA 2PAVA 5ADXH 3V4IA 5KQ8A 1VQPN 3KVGA 4J2EA 1BU6O 3J80O 1HQUA 3RVCA 4ZTFA 2ETJA 4CGIA 4CESA 2GTDA 4KHWA 2IVOA 4BGBA 3ZEUB 3ZT1A 2ASPA 1BQMA 2XY5A 5FROA 1HYVA 4KB1A 1K6YA 1JKHA 4B9VA 1WSFA 3K9KA 3DM2A 1SKWA 1BA1A 2E2QA 1YVNA 1NGBA 4YY3K 5HRPA 3KKSA 2P9SB 5M1FA 2HF3A 4Z4GA 1L3SA 4DF8A 1U2VA 2QW9A 5DMRA 3D7EO 4DTSA 4A59A 1RTJA 5CY4A 2QK9A 4FLXA 4O8KA 3EKUA 3L6QA 1TKDA 3SK3A 4HTLA 3AO2A 5C12A 4V19S 3EL2A 2HB5A 3VQ8A 2EHGA 4CF1A 4FK0A 4ZHRA 1WN7A 4CF9A 4WQ5A 3PIOL 1BCOA 3IFRA 3GE1A 4JI2K 3AV9A 3WEEA 2Y1JA 2KHOA 3CCJN 3CCMN 1SL0A 1Z25A 4FYDA 3BY5A 4LC9B 1W7AA 4GKKK 4XH4A 1ASUA 3SAGA 5TKWA 4CCHA 1ZBFA 3THWB 2VGMA 3I56N 4B1ZA 1YT3A 5HOOA 4BQZA 2P9UB 1NBWA 4FJXA 3C6HA 1KVCA 2XY7A 4LF8K 4CZEA 3N4QA 5F0XA 5HLFA 5LY3A 3ZX2A 4A5BA 4AQYK 1JLAA 2QWRA 1WSHA 1HPMA 4NB4A 4KB0A 3TI0A 4CEZA 5CZ1A 1VSIA 2QI2A 2YX6A 2NRTA 4CGFA 3J8AA 4FJIA 4JKGA 1SS6A 4OPKA 4FJ7A 2PY5A 1RT2A 4GV3A 1RDAA 2BDPA 4CF8A 2QKKA 3MMVA 2D0BA 4FJ9A 4W5QA 1KFSA 1D4XA 4N5SA 4GV9A 5FPMA 4H0YB 1Q82O 3QICA 1WBDA 4DQ8A 3VOVA 2I5JA 2NUBA 5ELZA 3E9PA 3R9PA 1KAZA 4JNEA 3M8QA 3LDNA 4NYNA 3FZLA 1VSLA 4K43A 3L8BA 5J2QA 4Z4CA 4U7BA 4EHUA 5KPZA 4IG3A 1BIZA 1NK9A 3OYDA 4PKGA 1W0HA 4XH5A 5AZIB 1S3XA 4JKAA 3L2VA 5KI6A 3M1FA 1BGXT 3UKUB 2QXFA 1KC8O 4JS4A 4E7KA 1VSKA 3NE6A 3NF8A 2O8CB 2F7TA 4H5TA 1J5OA 1FW6A 1UWBA 1Y64A 2NZTA 4BRGA 3A5OC 3L4IA 5GIOA 4YOVA 4QCLA 3WXKA 4AILC 3SI6A 1RFQA 1NGCA 4H03B 1DTTA 2O8EB 1HX1A 3CJ9A 4LSNA 2RE2A 1E4FT 2D5RA 3DLEA 2OA8A 2GV9A 1KAXA 3WUHA 3JAMO 3OYIA 3SQ4A 2GX9A 4AM6A 3CYMA 4K8XA 4IXCA 3T1HK 4JI8K 3FZFA 4FPBA 3FZHA 3PLAA 3V6DA 3M5RA 5GAHP 1XWLA 4CJWA 5BPNA 3OA9A 2JGUA 4FK2A 3TAMA 4CD1A 4KAZA 1D9FA 2HF4A 3KK3A 1O1WA 1T44A 2HBKA 1M1KO 3AO5A 5E84A 4BVOA 3O3HA 5JS1A 4CEDA 3THYA 3D0PA 2ZJQL 4A5AA 1YHQN 3QERA 2DFEA 5BR8K 4B3OA 3SV4A 3QETA 4B9SA 5AQWA 1IKYA 3O1WA 3RSEA 1LAVA 4C8NA 4C23A 4O4GA 4UQGA 2IVPA 4E1NA 3LP1A 1K8KB 3WT0A 4IEEA 1TYQA 3HOSA 4FZYA 5HRSA 4FJ5A 4CFBA 3QFPA 3C0BA 1SL1A 4A2AA 3G4SN 1JCGA 2Z1GA 3FZKA 3JS6A 2ZM6K 1N8RO 1BG3A 2QWLA 5GIPA 2BANA 1L3TA 4N76A 4CGHA 3KWGA 4CJ7A 4CJ5A 1HUXA 1XMQK 3EZWA 3DXMB 2G8FA 4DFKA 3ZSYA 2W41A 2XY6A 1QSSA 4W5RA 2HMIA 3MEGA 4KHYA 3VQBA 2GUPA 4DQIA 2PZSA 4IWVA 4PKIA 4KO0A 4O44A 4CEOA 5M1NA 3DXKA 2RF2A 4F2SA 1J53A 3AVGA 1JCEA 3SQ0A 3DLRA 4F3OA 3E9LA 3IRXA 4F4KA 3B8AX 1BHLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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