3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule tags Hydrolase
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
4DHYA 4LC9B 3ZX0A 4FWMA 1NGGA 5AFUH 2E2PA 4BRIA 4IO8A 4JD2A 3DAWA 3S41A 2FSJA 2IVOA 4CZJA 2GELA 3C0BA 3C7NA 1NGIA 1NMDA 5AQTA 1MDUB 4IWVA 4MLEA 3WQTA 5AQWA 2QWQA 3F9MA 4BRNA 5AQGA 4M7YA 5FPDA 5AZIA 1NWKA 2P9IA 5AQIA 2P9PA 3TU5A 4H0TB 3U9ZA 4FOIA 3O5BA 3QFUA 3VETA 4FWPA 4O5FA 3U4LA 3DXMA 3VEVA 2IVNA 2A41A 2D0PA 3CJ9A 4BRHA 1GLCG 1U2VB 4L3QA 4NO7A 5AQOA 3VENA 3UKRB 1HUXA 1GLJO 1QQNA 4CZFA 4CI6A 4XH4A 2Q36A 2GEMA 4H0XB 4BC5A 2CGJA 2P9KB 4BC4A 4IZ9A 2E1ZA 4WYBA 3SJHA 3ID8A 1P8ZA 2A5XA 3VGLA 4CZHA 3VEXA 4BC2A 3ULEA 1RFQA 4EHTA 2E1YA 4JHDA 5B8HA 2Q97A 3HTVA 5LJWA 1BUPA 2PAVA 4CZIA 3CJCA 2CGKA 3VESA 1KXPA 3DXKA 2VWBA 3UKUA 4B1WB 1ESVA 1DGKN 3GDQA 4A61A 3O8MA 4FPAA 4ISFA 3AAQA 1NGCA 3MMVA 3ATVA 3CJAA 4BRGA 1HX1A 2ASMA 4ISEA 4EIAA 5AZJB 3R9PA 3BEXA 4PKGA 3ZX2A 3AARA 2FSNA 4RCHA 4EHUA 3IDHA 2E88A 3W0LA 1GLBG 3U8XA 2E2NA 3FZMA 5E26A 1QZ5A 5AQXA 5EY4A 3IUCA 5JLFA 3BF3A 3WUHA 5AQHA 4H03B 5BPNA 4BC3A 3CJBA 4FSVA 2E2QA 3GG4A 1KAYA 3LDLA 2ZGYA 4JAXA 3J8AA 3SK3A 3VEZA 1S22A 3LM9A 1T6CA 3VF4A 4Y0WA 2AP1A 1IJJA 3LDPA 2P9SB 3EKSA 2FSKA 3I8BA 2E2OA 5ELZA 1C0GA 3FE1A 4H5RA 4XEIA 5AQRA 3UE5A 4CBXA 1CZAN 3WXKA 1TYQB 2NRHA 4BRQA 4B1XB 5BN8A 4CZGA 4H0VB 3H46O 1HKCA 2P9UA 3ENHA 3ZETB 3O1WA 4IXCA 3GBTA 2V7ZA 5AQFA 3EO3A 4KBOA 3QICA 1MA9B 2BTFA 1NGFA 3DJCA 3VF6A 5KPRA 2ASOA 2YHYA 5AQQA 2YCHA 3QMLA 2CGLA 3O1BA 2YHWA 3SMPA 2CH5A 4PL8A 4H5TA 1R59O 4CBUA 1X9JA 4BROA 4CZMA 4FPBA 3VERA 4BR7A 1WOQA 4A2AA 1HPMA 2GTDA 1V4SA 2E20A 4BR0A 3FLCO 3LDOA 2QWOA 1NGEA 3GOIA 5AQJA 4B1YB 2P9NB 4DB3A 3MDQA 5F0XA 3B8AX 3L4IA 4K42A 4EAHD 3HI0A 3WXIA 4PKIA 1WUAA 1BA0A 3P4IA 1D4XA 4JD2B 5I9EB 3H3OB 1NGJA 3D2EA 4FOEA 4C23A 2V7YA 4YDUA 3D2FA 3LM2A 3HBTA 1QQMA 3C7NB 4HTLA 5EVZA 4A62A 3VOVA 1BG3A 2QW9A 3SLCA 1ZXOA 2P9LA 3M3ZA 3VEWA 2VCPA 2GWKA 4FL9A 2HF3A 1LOTB 1E4FT 2IIRA 5AZIB 1BA1A 2HF4A 1OKJA 4I6MA 4H5NA 4JNEA 4HWIA 1BDGA 1MWKA 2QWNA 3DXMB 5JLHA 1JCEA 3MN9A 3RSEA 4B1UB 3VEOA 3WQUA 2YHXA 3ZEUA 4K43A 3CHWA 2V52B 3BP8A 3H3NO 3I33A 4QS8A 2IVPA 3AAPA 4FWNA 3IFRA 4NB4A 3CJ1A 3FZFA 3HSCA 4WQ4A 4YDUC 3MK6A 5BPMA 3CIPA 4BRAA 3OHRA 4BRPA 1TUYA 1JCFA 1K8KA 3CETA 3WXLA 2EWSA 2HMPA 3WT0A 4BG8A 3ULEB 5AQLA 2ZGZA 2ZWHA 4JHDB 2A42A 2D4WA 5AQZA 3WEEA 2F9WA 1ZBSA 3CI5A 1JCGA 4K41A 4O8KA 3DXKB 1YXQA 3L0QA 3UKUB 2Q0UA 2AA4A 4FWKA 3D7EO 2D1KA 4IJNA 2FXUA 4B1ZA 5E84A 3FR0A 1GLLO 4CBWA 4PKHA 3EZWA 4RWTA 2QWMA 4M63C 2PBDA 2F9TA 1SQKA 4WQ4C 5F2RA 3H45C 3VGKA 2YJEA 1RDWX 3BF1A 3ENOA 3HM8A 1NM1A 4BVOA 3UB5A 3O80A 1TUUA 1GLEG 4CD1A 3A5MC 2NLXA 3VPZA 3EKUA 5TKYA 1G99A 1QHAA 1BU6O 1SAZA 2WUSA 5AQUA 1ZC6A 3A5LC 5FPEA 2VYPA 3EL2A 5BN9A 2ZF5O 1Q18A 2FF6A 3QBWA 4E1JA 5ADXA 1ATRA 3QFPA 4DQ8A 1IG8A 1HKGA 1Z6RA 5AQVA 4B9QA 2QWRA 5CE3A 2QXLA 4H5VA 5EX5A 2CH6A 4BRFA 4BR2A 1H1VA 4BR4A 4IJAA 3QBXA 2P9UB 5KPZA 3GL1A 2Q2RA 1YVNA 4FWRA 2I7NA 1QZ6A 3L6QA 4BR5A 5JICA 1NGDA 3A5NC 2QWLA 1NGBA 4JN4A 1KAZA 1RGIA 1NGHA 3BUZB 4BGBA 5FPNA 3O6WA 3JS6A 3M1FA 3FZKA 4MO4A 2ASPA 4QS9A 1Z05A 4Z94A 4A2BA 4AM6A 1NBWA 3AY9A 3CERA 1ATNA 1U2VA 3LDQA 3H6EA 3UKRA 2UYTA 2E8AA 1J6ZA 3LDNA 3JXUA 3M6GA 4WQ5A 3W3DA 2Q31A 2YJFA 2ITMA 3FGUA 1GLAG 5EOYA 1T6DA 2P9KA 5BRHA 2A3ZA 2QWPA 3R8EA 3DWLA 2P9IB 4BRKA 2P9PB 3ATUA 1S3XA 4CZKA 4CZLA 5F1XA 4BVPA 2KHOA 3KHYA 3O4WA 1DKGD 4H0OA 5BPLA 1E4GT 4ISGA 3MN5A 3U9DA 1BO5O 3O08A 3D2EB 5AR0A 5AQYA 5AQPA 3VEYA 3A5OC 3D2FB 5JMVA 4BRCA 4FWOA 5KQ8A 3R6MA 3CJ7A 4XH1A 5ADXH 3MN7A 4K25A 4CD3A 3IMXA 4RTFD 2Q0RA 1NGAA 2P9LB 2DPNA 2J4RA 4BRMA 1XQSC 4GY2B 1MWMA 2Q1NA 4BREA 5AQKA 5AZJA 4AM7A 4XH5A 3VGMA 4PL7A 1BOTO 3HZ6A 4GNIA 4I6MB 4WQ5C 2GUPA 5KPTA 2QM1A 5AQNA 4J8FA 4BQLA 2H3GX 1V4TA 4DCHA 1HKBA 1X3NA 2V51B 3RSEB 1YUWA 3MCPA 2FLOA 3ZEUB 1C0FA 3TPQA 1ATSA 3WXJA 4F9OA 4BGAA 2A6AA 4MO5A 5AFUA 4B1VA 3H1QA 2FF3B 4CZEA 1YAGA 1SZ2A 1Y64A 5BR9A 4H5WA 5BREA 1BWFO 1K8KB 3KZBA 4EFHA 2P9SA 4H0YB 4BRLA 1GLDG 3SMSA 5FPMA 2W41A 1HLUA 5LJVA 1KAXA 4CJ7A 1NLVA 3KVGA 3WEEB 1TYQA 3A0IX 2BUPA 1QQOA 2A40A 2OANA 3ZETA 4BQZA 3EN9A 2NZTA 3H1VX 4H0PA 3ZX3A 2HOEA 4MLHA 1HJOA 4BG9A 4FO0A 3G25A 1DEJA 5EXWA 3GE1A 4FWQA 5BRFA 5AQSA 3FZHA 1T44A 1LCUA 2YI1A 4FWLA 5BRDA 3LL3A 3QDKA 3FZLA 3VF2A 3MN6A 2D0OA 3CQYA 2I7PA 3CQXA 4FWSA 1XUPO 4QS7A 2GWJA 4M7XA 3A8YA 4BRDA 4BR9A 5AQMA 5KQDA 3FFKB 2W40A 1XC3A 1GLFO 1X3MA 1U6ZA 1EQYA 5LY3A 2P9NA 3QB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYIA 5HLFA 4FWMA 3S3NA 4BRIA 1JLEA 5C24A 1N36K 2GELA 1NMDA 5AQTA 1MDUB 3T69A 5HRNA 1YTUA 4MLEA 3WQTA 4Y1DA 3WNFA 3F9MA 4NLBA 5AQGA 3HRGA 4ICLA 4M3YA 1VSIA 5AQIA 3U9ZA 5E41A 3TU5A 2NRRA 2KQ2A 3F5TA 3SBGA 4Z0UA 5HRPA 3AA4A 3VEVA 3OJSA 2A41A 3CJ9A 3CCVN 4FW1A 3V9UA 1GLCG 3P38A 3J7ZO 4C8OA 4IKFA 2A1SA 4GV6A 3UKRB 1LW0A 2YHBA 3J81O 1D9FA 2G8HA 1QQNA 1QS4A 3CM6A 1YIJN 2E1ZA 4WYBA 3SJHA 3ID8A 5CYQA 4FZXC 3VGLA 4DSEA 5TKWA 4YNQA 4M3XA 3C6AA 4FLYA 3OYDA 1BUPA 4PY5A 4KTWA 3CJCA 1YF5L 4IEIA 1Q9XA 3AVLA 4CFDA 4ELUA 2VWBA 3OYBA 1T03A 1ESVA 2VG6A 1DGKN 3EE9A 1IKWA 3PX4A 2RE2A 3AAQA 3SYZA 3HOTA 3K9KA 3O9RA 4RW6A 3CJAA 1CLQA 4KPYA 3KK1A 1VQLN 1VSJA 4MDAA 4DS4A 3R9PA 4DSLA 4F3TA 3OYKA 3SUPA 4CVNE 4YORA 4DU4A 5KRTA 3SUOA 3NF9A 1VQ6N 4CF9A 3S3OA 2BGGA 2YKNA 5AQXA 4DTJA 5EY4A 4ELTA 4LH4A 2HNZA 5J1EA 2ZJPL 4LSNA 4DSKA 4H03B 1K9MO 5BPNA 4BC3A 3CJBA 5GIPA 3DLBA 1EETA 5HROA 4FYDA 3J8AA 3VEZA 1S22A 3L2QA 4O8UA 4Y0WA 2AP1A 4CJ4A 2Y1IA 3LDPA 4CK1A 4H4MA 2FSKA 4L8RB 5ELZA 1C1CA 1T7PA 2G8IA 4DTUA 1CZAN 3AVIA 2IS3A 4CGHA 4BRQA 4B1XB 5BN8A 4H0VB 3H46O 3ZETB 2P9UA 2O4IA 3DLRA 3O1WA 4IXCA 4OKJA 1O13A 4W5TA 3QICA 2X74A 1NGFA 4FJKA 3K0SA 3VF6A 3RMCA 4CEZA 1EWRA 3CPWM 4CF2A 3DLGA 3M8QA 3QMLA 3HYFA 2WONA 3O3GA 5IT9O 1J5OA 2YHWA 3NFAA 2OPRA 2HMIA 4CBUA 1L3TA 1Q7YO 4BR7A 4XIUA 3KD5E 4EP5A 1HPMA 1SL1A 2GTDA 3HOSA 2HHWA 4I7FA 4KFBA 3FLCO 4ID5A 4DTSA 1SKSA 1KLMA 2QWOA 2XRIA 4DU1A 1BCOA 4CJTA 5AQJA 4B1YB 2PYLA 1DTQA 2W6KA 4JEPA 4DMNA 3L2UA 4DR5K 4EAHD 4PKIA 3WNGA 1BA0A 1D4XA 5I9EB 1Q81O 1XC9A 3VQDA 4DTRA 3HBTA 5EVZA 4LF8K 1BG3A 3HVRA 2O8BB 2HHUA 3SLCA 1ZBUA 2P9LA 2HBMA 4E7HA 4KHSA 4CGGA 3H08A 2YNHA 2IIRA 1E4FT 4CF8A 3OYFA 2O8FA 3MXJA 1BA1A 4OPJA 1M1KO 4DFMA 4EZ6A 2VG7A 4H5NA 4B8AB 4DTMA 4FJXA 1MWKA 1KQSM 3DXMB 3LP1A 1VQKN 3VQPA 1DTTA 3VEOA 2NRXA 2OPPA 3WQUA 4O5BA 2UXBK 4JKGB 4N5SA 2IVPA 3AAPA 3IFRA 4NB4A 3CJ1A 3HSCA 3KK3A 4CGFA 4DG1A 1L3VA 4A5AA 3CIPA 1LW2A 4BRPA 3OS1A 3IKMA 4MFBA 1JCFA 2HB5A 5FRMA 4JKBA 2FBTA 5C0YA 4A59A 1L3SA 3AVAA 5AQLA 2ZGZA 2A42A 2D5RA 2D4WA 2E6MA 3OYHA 4PA1A 1ZBSA 3CI5A 1JCGA 1XI1A 4N76A 3KIOA 3DXKB 1YXQA 3DOLA 4A5BA 3WXMB 3LAMA 2Q0UA 4JS5A 4KREA 3D7EO 1FJGK 2GX9A 1U47A 4B9UA 1GLLO 4CBWA 3EZWA 4YOWA 3NH1A 1ITGA 3P5JA 1RT3A 2QWMA 2PBDA 3OJUA 4WQ4C 2BH1A 4GMJB 1RDUA 1RDWX 4B9MA 4BVOA 4OVLA 3O80A 1TGOA 1GLEG 1WAFA 3DOKA 4OPAA 1T8EA 4I9LA 4F2RA 3LALA 3S3MA 2WC9A 4M3TA 3TAPA 3TAQA 3K58A 3EL2A 3SAHA 5BN9A 1Q18A 2FF6A 4E1JA 5ADXA 4LH5A 1IG8A 1HKGA 1WSHA 4B9QA 1NG9A 2QWRA 3D6RA 2QXLA 2Z1JA 4H5VA 2GUIA 1LWCA 2CH6A 4E1NA 4BRFA 1I94K 4FZYA 3MEEA 1VSMA 3L6QA 1TL1A 1SL0A 2F96A 5J2PA 2P51A 3IG1A 3RMBA 3BDPA 1RGIA 3V6DA 2G8VA 2XY7A 3THYB 2E5LK 3JS6A 1YJ9N 5C2FA 4MO4A 2ASPA 4QS9A 3MAQA 1NBWA 3CERA 3P31A 1HNWK 3LDQA 1VQ9N 4AHRA 1XNRK 3B6PA 3JXUA 4WQ5A 4J2AA 2ITMA 1XMOK 1WSIA 2P9KA 1LAWA 4K8ZA 4YFUA 1RILA 1S3XA 4JKDA 3LPTA 4BVPA 3J7YP 4DTNA 4V19S 4C8LA 3NBPA 3MN5A 3ZT4A 3NF6A 2D0CA 3KLGA 2QKBA 3K9JA 3R6MA 5ADXH 3G6EN 2O4GA 4OKKA 3IMXA 2Q0RA 1NGAA 2DPNA 1XQSC 5KTQA 2O8EB 3PO5A 5AQKA 1YI2N 4DF4A 4JKCA 4XH5A 1BOTO 3QIPA 4I6MB 4B9LA 3ZT2A 5AQNA 2JWLA 3TAGA 3PX6A 4DCHA 1HKBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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