3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
3O1WA 1Q18A 2Q0RA 3OHRA 3W0LA 3BF1A 1GLDG 1HKGA 2EWSA 1U2VB 1NGEA 4A2BA 4L3QA 5E26A 2P9UA 4B1ZA 3GOIA 3ENHA 3QFPA 4CBWA 1GLLO 2NLXA 2IIRA 1BOTO 2P9LB 3F9MA 1WOQA 3VESA 2YCHA 2D1KA 2YJEA 1NGDA 2QM1A 4HTLA 4CD1A 3L0QA 3JXUA 3BEXA 5ADXH 1TUYA 5E84A 3QFUA 1G99A 1WUAA 1CZAN 4FPBA 1U2VA 4PL7A 5AQVA 5KPZA 4C23A 4JN4A 4XH5A 4CBXA 4BG8A 4FWPA 3VETA 4BREA 4QS8A 3ZEUB 4WQ5C 4JHDB 2VCPA 2P9LA 5JICA 1HPMA 3FFKB 1DGKN 4LC9B 4JD2A 4YDUC 2UYTA 3O1BA 1RFQA 5AZJB 4B1UB 3HZ6A 5JLFA 5BRHA 3CJBA 1BDGA 5LJVA 4O8KA 4CD3A 4Y0WA 5KPTA 1GLEG 3FZFA 3ZEUA 4A2AA 4AM7A 4JHDA 1NM1A 4NB4A 3ID8A 2GWJA 4XEIA 3TU5A 5AQWA 1NGCA 3U9ZA 1BUPA 2A6AA 1S22A 5AZJA 2D0PA 4DHYA 3U8XA 2P9SB 3UKUB 4M7YA 1NWKA 2W40A 3VPZA 2HF3A 4B1YB 4BRAA 4BRPA 4BR0A 5AZIB 4WQ4C 1YXQA 4CZHA 2GWKA 2E1YA 2BTFA 3A8YA 4WQ5A 2ASOA 5AQNA 1JCFA 4A61A 3HSCA 4EHTA 5AQSA 3L6QA 4Z94A 5JMVA 3ZX3A 2WUSA 4YDUA 1SZ2A 1BA0A 3ZETB 3CJ9A 3ENOA 4CZGA 5FPMA 2IVNA 2P9SA 3UKUA 3A5OC 5EVZA 4RWTA 2FSNA 4PKHA 2ASMA 3VEYA 5AR0A 1JCEA 3L4IA 5AZIA 4H0PA 1ZBSA 1HJOA 5F2RA 1NMDA 4BRHA 3DAWA 1MA9B 2PBDA 2ZF5O 4H0XB 4BRFA 4JNEA 3LDLA 3WUHA 5KPRA 4GNIA 4H5NA 3GE1A 4BR2A 3CETA 1KAZA 3IFRA 1X3NA 3U4LA 3ZETA 3MCPA 3SMPA 1NGIA 4BR9A 3LM2A 4IO8A 1P8ZA 1R59O 5TKYA 3WQUA 1T6CA 3LM9A 5AQFA 4KBOA 4WQ4A 2YJFA 5AQLA 3ULEB 3CJCA 1QHAA 1X9JA 2Q36A 4H5VA 2E2NA 1KXPA 1HKBA 4K43A 3HM8A 4FPAA 3UB5A 2F9TA 3O08A 4ISEA 4CI6A 1D4XA 1K8KB 3ZX2A 4DCHA 2E2OA 4M7XA 2VWBA 2FSKA 2A42A 3CQXA 4PL8A 3WXJA 3WXIA 4IWVA 4EIAA 2P9PB 1E4GT 3CI5A 2KHOA 4BQLA 4BC2A 3ULEA 1MWKA 3GL1A 5AQPA 3O5BA 3U9DA 2Q31A 1Y64A 3VF6A 2ZWHA 3G25A 4FWRA 5AQYA 4K41A 3W3DA 4B1VA 1GLFO 3BF3A 5BPMA 1BU6O 4RCHA 3TPQA 4BC3A 5BN9A 3LDNA 3WXLA 5AQUA 1K8KA 4FWOA 4FWKA 3EKUA 4CZIA 2J4RA 5F0XA 5AQGA 3CIPA 2P9PA 2OANA 1GLJO 1NGGA 3DJCA 2E2PA 1BA1A 3DXMB 3HBTA 3UE5A 4CZMA 3I33A 5KQ8A 2GEMA 3SLCA 5B8HA 4BRLA 3FZLA 1ESVA 4I6MB 1QZ6A 3FR0A 3UKRB 4FWMA 3A0IX 1TYQB 3EN9A 2ASPA 2H3GX 2HOEA 3ATVA 3CJ7A 1J6ZA 3A5MC 1TUUA 4MO4A 3R8EA 5BREA 3H1VX 3AAQA 2PAVA 4FL9A 2P9NB 3S41A 3FZKA 3D7EO 3FGUA 4FWNA 1IJJA 3DXMA 3VEVA 5BPLA 1C0FA 1DEJA 2I7NA 2CGKA 3MN9A 1SAZA 1ZXOA 2VYPA 3C7NB 2D0OA 3D2FB 4I6MA 4QS9A 3UKRA 2YI1A 4BRIA 3GDQA 1NGBA 1TYQA 1V4SA 2YHYA 2Q97A 2CH6A 1Z05A 1IG8A 3QMLA 1HKCA 4JAXA 4B1WB 5LJWA 3B8AX 3AARA 4H5WA 5EXWA 5EY4A 2P9NA 2Q0UA 2QWNA 3O80A 1XQSC 4FWSA 4BROA 4EHUA 1OKJA 4GY2B 4BRCA 4J8FA 5JLHA 4ISGA 3HI0A 3R6MA 1BG3A 3C7NA 3D2FA 4NO7A 2GTDA 1RGIA 3M6GA 3CJ1A 4QS7A 3R9PA 1ZC6A 4FWLA 3D2EB 4BRGA 2CGLA 2QW9A 3LDPA 3EZWA 5FPDA 2V51B 3WT0A 2E88A 5AQMA 1HUXA 4BRDA 2FSJA 4IZ9A 4O5FA 3VEXA 3VF4A 3WXKA 4BG9A 3JS6A 2F9WA 3J8AA 5AFUA 4BGAA 1XUPO 1ATRA 1GLCG 1NGHA 5BN8A 3WQTA 1S3XA 3MMVA 3QBXA 1V4TA 3D2EA 2YHXA 5ELZA 4E1JA 5FPNA 3ATUA 1YUWA 2GELA 4H5RA 4HWIA 3H3NO 1GLBG 5CE3A 2P9IB 1MDUB 3LL3A 5AQQA 5AQOA 4H0VB 2QWMA 3VEZA 2ZGZA 4XH4A 1T44A 3LDQA 4BGBA 4CZEA 5KQDA 3A5NC 2FLOA 2A5XA 2GUPA 4BC4A 4MO5A 2QWLA 1ATSA 2D4WA 3GBTA 4H03B 4FO0A 1U6ZA 2E20A 4H0TB 5BPNA 4XH1A 3MN6A 3VENA 1KAXA 3KVGA 2IVPA 4BC5A 3WEEB 3O8MA 2P9IA 1HLUA 3FLCO 2A3ZA 2CH5A 2E2QA 3VEOA 4CJ7A 3EL2A 5LY3A 1LCUA 3VGLA 3BP8A 5BR9A 3SJHA 1XC3A 3EO3A 3QDKA 4WYBA 1QZ5A 1QQNA 2V52B 3FE1A 4JD2B 3H6EA 4BR7A 4BQZA 5AQRA 4H0YB 5AQHA 1NLVA 4BR5A 1MWMA 3VF2A 3CERA 4EAHD 3WEEA 3GG4A 2CGJA 3EKSA 4CZKA 1JCGA 3KZBA 4BVOA 4RTFD 3KHYA 2E1ZA 4F9OA 5AQTA 4AM6A 3AAPA 2YHWA 3H46O 2Q2RA 2A41A 1NGJA 2E8AA 5AQIA 2BUPA 2W41A 2V7ZA 2QXLA 3VGKA 5ADXA 3A5LC 5F1XA 4B1XB 2QWRA 3H1QA 1NGAA 2NRHA 2FF6A 2QWPA 3MN5A 4H0OA 4BRMA 3RSEB 3VEWA 1HX1A 4BR4A 2FF3B 1KAYA 3I8BA 2IVOA 2AP1A 1ATNA 3CQYA 2HF4A 4A62A 3CHWA 3QICA 4PKIA 1DKGD 2QWQA 1C0GA 3M1FA 3VOVA 4EFHA 1NBWA 1RDWX 1BWFO 3IMXA 5EX5A 3DWLA 5AQKA 3SK3A 2QWOA 5BRDA 3IUCA 1QQOA 3MDQA 1LOTB 2P9KB 3RSEA 3BUZB 3VERA 4H5TA 2V7YA 4IJAA 3AY9A 5AFUH 3O6WA 4FOEA 5AQXA 1X3MA 4FSVA 3SMSA 2HMPA 3IDHA 1GLAG 1NGFA 4DB3A 4B9QA 4CZLA 2ZGYA 3H3OB 4K25A 5EOYA 3LDOA 1BO5O 3FZHA 4FOIA 1H1VA 5I9EB 1T6DA 1QQMA 4K42A 2DPNA 3DXKB 4IXCA 1YAGA 4M63C 3HTVA 3QBWA 2P9KA 1YVNA 1SQKA 5BRFA 4PKGA 4BVPA 3C0BA 1E4FT 5AQJA 4BRNA 3FZMA 2NZTA 4MLEA 2A40A 3ZX0A 4ISFA 4BRQA 5FPEA 3MN7A 3CJAA 3O4WA 5AQZA 4CZJA 4FWQA 4BRKA 3H45C 3MK6A 3VGMA 3DXKA 3M3ZA 4CZFA 3QB0A 2AA4A 4MLHA 4CBUA 1Z6RA 2P9UB 4IJNA 1EQYA 2I7PA 2Q1NA 2FXUA 4DQ8A 3P4IA 2ITMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1WA 1N8RO 1L3TA 3OBYA 4KB0A 4ID1A 2QTDA 3AA3A 1GLDG 5EU7A 1TKZA 3CYMA 3K58A 1U2VB 4K8ZA 4OLBA 3V81A 3TR8A 1RBVA 2G8WA 4B1ZA 2JGUA 3ENHA 4CIFA 1N33K 2P9LB 3F9MA 3VESA 3ZSRA 4JKEA 1QSYA 1W7AA 1VSLA 3L0QA 3T1YK 3THWB 5ADXH 1FK9A 3QFUA 5M1QA 1WUAA 5GADP 4F3TA 1N34K 3Q7BA 3D6RA 5KPZA 2UXDK 4XH5A 4FWPA 3DI6A 4QS8A 4MFBA 5C42A 5JICA 1KD1O 4LC9B 1IO2A 4YDUC 5HP1A 2F96A 2VQFK 4CEEA 4B9TA 5JS1A 3V9SA 3AVLA 5E41A 1K73O 1JLEA 4FK4A 5KPTA 1GLEG 5MLCQ 3HJFA 3VN5A 4AM7A 4NB4A 3V9ZA 3THXB 3TU5A 3DOKA 1NGCA 4MDAA 1Q7YO 4DQIA 1BUPA 2PZSA 4ZHRA 1S22A 5AZJA 3O3HA 1FKPA 1XWLA 4JKAA 1IKYA 4CJKA 2P9SB 4C1NI 4FVUA 2W40A 1B9FA 4BR0A 5AZIB 4DV4K 3QEPA 4CZHA 4CF2A 1NK9A 3VQ5A 4AHTA 3ITHA 1JCFA 1WB9A 5I3UA 1VQ6N 5FDLA 3L6QA 5JMVA 5T7BA 4CGDA 5KGXA 4F2SA 4OPJA 2G8IA 4M3YA 3EEQA 5HL7L 5CZ1A 4DTJA 4K8XA 3EZ5A 3VEYA 5GIOA 1JCEA 1VQ4N 1BGXT 2AJQA 4QAGA 2F8SA 3F5TA 4BRHA 1MA9B 4H0XB 4BRFA 4JNEA 2O8EA 3LDLA 3AVCA 4KH5A 3KK2A 4CEQA 4B3TK 3E9OA 3SBGA 4FM2A 3CETA 3VA3A 2EX3A 4XIUA 4BR9A 3NMUA 1P8ZA 2NRRA 4WE1A 4FZXC 2B4JA 1HNWK 4WQ4A 1C0TA 3KLIA 3LWMA 1X9MA 2XY7A 1D9DA 4FK2A 1MU2A 1K6YA 3UB5A 1VAZA 1WSHA 4CHOA 1JJ2M 2ETJA 4ISEA 3VQ7A 3SNNA 5C24A 2E2OA 4M7XA 5M1FA 2I5JA 2FSKA 4PL8A 3WXIA 4CGIA 5C2FA 1R0AA 4BC2A 4CIGA 3GL1A 4RW8A 4Y1DA 1Y64A 2IGIA 3G25A 4FWRA 4DG1A 4GVEA 5AQYA 4KAZA 1SKWA 1U48A 4K41A 4B1VA 4M3WA 3K5MA 3QNOA 1UWBA 3LZIA 4RCHA 3OYLA 3K2PA 3LDNA 1SUQA 4IKFA 4UY8O 3AVJA 4FWOA 3ZT1A 5J2QA 4BACA 1LWCA 4C8NA 4DV1K 1QSSA 1NGGA 3O3FA 3C6AA 1BA1A 3DXMB 4W5RA 4KTWA 1JL2A 5B8HA 4BRLA 3CC4N 1F21A 1ESVA 4I6MB 1QZ6A 3FR0A 2ZJPL 4M45A 2ZE2A 4PQUA 2HOEA 2H3GX 3P31A 3OYGA 3CJ7A 3KLGA 1U45A 3AAQA 4JS4A 4Q5VA 4DSJA 3S41A 1VSMA 3FGUA 3CMAN 4CW7B 2BANA 5CZ2A 4CGJA 3VEVA 1NJZA 3K5NA 1J9AA 1BQMA 4H4OA 3MN9A 1KLMA 2KW4A 3UKRA 1FJGK 1BQNA 4M41A 1TYQA 4NCGA 2YHYA 2O8FB 2Q97A 1Z05A 4JI0K 3D45A 3LPTA 5CHIA 3TAQA 4ILGB 4CJRA 2P9NA 2QWNA 3IG1A 4LFAK 4DTMA 3DLEA 5KRTA 4FWSA 2A1SA 3NH1A 1VQ9N 4BRCA 3C6TA 4J2DA 3DMJA 3HI0A 3FFIA 5KGWA 4OPHA 3KD5E 3D2FA 2QEXN 3E9PA 4NCBA 2GTDA 1BCMA 2NRZA 3NF9A 1RGIA 3M6GA 3NE6A 3R9PA 3AO3A 4FWLA 3D2EB 4WFAL 2CGLA 4ZTFA 2HMIA 1VSFA 4Z4EA 4GKJK 4O5FA 3WXKA 4GW6A 3SCXA 1NK5A 1XMOK 4NLCA 1LV5A 4HUGA 3DOLA 4JKHA 4B9NA 1RTDA 3ID6A 3LP3A 4FVMA 5BR8K 1GLCG 2WBNA 1LW2A 3V1RA 1ILYA 5FROA 3KJVA 3QBXA 4H8KA 2HHVA 1CZBA 4Y1CA 1IG9A 5ELZA 3E1YA 3TAEA 4EZ6A 5FPNA 4Z4GA 2JLEA 1IBMK 5SWMA 1GOCA 1JLFA 1MDUB 4ZTJA 1TKDA 3G0ZA 3K59A 5LL6Z 3EE8A 2IC3A 2ZGZA 1T44A 3LDQA 4BGBA 2NUBA 1QVGM 3AVAA 4CEZA 4B9UA 4MO5A 2O8CA 2D4WA 3LPUA 3KK3A 3GBTA 4H03B 3CCRN 4DTOA 3V6DA 1J53A 4BC5A 3CCVN 1I39A 4CF9A 1VSKA 3LP2A 5H1SQ 2A3ZA 4DV3K 1BI4A 1RCHA 1LCUA 4HTUA 3G10A 3NCIA 3SJHA 3AA4A 3KWIA 4CESA 3QDKA 3EO3A 1QQNA 2V52B 3FE1A 4IEEA 2KQ2A 2E5LK 4JK8A 2IOCA 2UUAK 4LF7K 3OBWA 3VF2A 4YOWA 1VRTA 4CEDA 4W5OA 2UUCK 4DTXA 2CGJA 1M90O 3IS9A 3CFOA 1L3VA 4R79A 3KTQA 3VQDA 3DLGA 1NGJA 1HPZA 2E8AA 5AQIA 3CMEN 3SPYA 3OW2M 1SS6A 1EO1A 5F1XA 2QWRA 1NJYA 3MEEA 5GINA 2G8HA 4Z0UA 3MN5A 4BRMA 1M1KO 4BE1A 3RSEB 3C65A 4JI4K 1HX1A 1KAYA 3I8BA 4GV3A 1W9HA 2HF4A 3HK2A 3O9SA 1VHXA 3T7ZA 1BWFO 3O3GA 3DWLA 4DV2K 4E7JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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