3CQYA

Crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
GMNKAYYIGLMSGTSMDGVDAVLVDFAGEQPQLIGTHTETIPTHLLKGLQRLCLPGTDEINRLGRLDRSVGKLFALAVNNLLAKTKIAKDEIIAIGSHGQTVRHMPNLEVGFTLQIGDPNTIATETGIDVIADFRRKDIALGGQGAPLVPAFHQQTFAQVGKKRVILNIGGIANITYLPGNSEEVLGFDTGPGNTLIDAWVQQVKNESYDKNGAWAASGKTDPQLLAQLLSHPYFSLAYPKSTGRELFNQAWLEQQLSAFNQLNEEDIQSTLLDLTCHSIAQDILKLAQEGELFVCGGGAFNAELMQRLAALLPGYRIDTTSALGVDPKWAEGIAFAWLAMRYQLGLPANLPAVTGASREAILGGRFSAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
publication title The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1.
rcsb
source organism Shewanella oneidensis
molecule tags Transferase
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2008-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA01
1SAZA 3SK3A 3BF3A 3MN6A 4AM6A 1QZ5A 3J8AA 4BRCA 3AARA 2FXUA 4M7XA 3VERA 2GWJA 4BR9A 4FL9A 3KHYA 5AZIA 3B8AX 3IUCA 4BRNA 5BRHA 3UKRB 1GLFO 5ADXH 1D4XA 4CD3A 5BREA 3DWLA 2I7NA 5EVZA 3H1QA 4CZHA 4A61A 1RFQA 1X9JA 2V51B 3LDLA 1NMDA 2V7YA 2D4WA 2FF6A 3DXMA 2D0OA 3L6QA 1XC3A 3WQUA 4H5RA 4WQ4C 3R9PA 3WXIA 3IDHA 2E2NA 1IG8A 3QFPA 1LCUA 1HJOA 4IZ9A 3VEOA 3VGLA 4B1YB 4BREA 4FPBA 4FWOA 1HPMA 2P9IB 3VGKA 1NM1A 1XUPO 5AQOA 2E88A 4JHDA 1DEJA 3O4WA 3ULEA 2CGKA 2D1KA 5EOYA 4BR0A 1MDUB 3HZ6A 3EN9A 2PBDA 3FLCO 4NB4A 3C7NA 3WUHA 3D2FA 1ATRA 3ZX0A 3CJBA 4FO0A 5JLFA 3ZEUB 3ATVA 2FF3B 1GLAG 5AQFA 4FPAA 2GUPA 4BROA 2ZGYA 1TUYA 4NO7A 3FR0A 3FZHA 2P9LA 3SJHA 2P9KB 1QHAA 4C23A 1OKJA 4BRDA 2A3ZA 3CETA 1MWKA 1DGKN 2Q1NA 1NGHA 3MDQA 5LJVA 4M63C 4I6MB 2A5XA 4WYBA 3D2EB 1TUUA 2P9NB 3A8YA 2AA4A 4YDUA 4FWNA 4RWTA 4H5TA 3A5OC 5BN9A 3HI0A 3O1WA 3SLCA 4BRMA 2Q0RA 3M6GA 3VPZA 4EIAA 5F0XA 1BA1A 1HX1A 5JMVA 3IMXA 3DAWA 1ATSA 4FWKA 4FWRA 2Q2RA 1X3NA 4BQZA 1NGGA 3VESA 4GNIA 2P9PB 4BRQA 3AY9A 4ISFA 3CJ7A 1NWKA 2Q36A 4PKGA 3ID8A 5AQGA 3U4LA 5AZJB 1YVNA 3L4IA 2P9IA 3UB5A 4E1JA 3M3ZA 2BTFA 2J4RA 1ATNA 2ASPA 2GWKA 2V52B 3MK6A 4CJ7A 3CHWA 3VEYA 1GLBG 2WUSA 3BUZB 4CZGA 2H3GX 5AQJA 2E1YA 3DJCA 4FOIA 2P9SB 1GLDG 2IVNA 2YJFA 4K41A 4PKIA 1SZ2A 3O1BA 3A5LC 5AFUH 4KBOA 5TKYA 1YUWA 1K8KA 4CD1A 3OHRA 2OANA 3W3DA 3U9ZA 3VEZA 2FSNA 2EWSA 4FWQA 3O08A 3O6WA 2HMPA 2QWRA 2ASMA 3U8XA 5ADXA 1T44A 2P9KA 3ATUA 3HTVA 3UE5A 5AQHA 4FWPA 1GLEG 3GG4A 5I9EB 5KQDA 4H5NA 1JCFA 3QFUA 1ZXOA 2IVOA 4B9QA 4L3QA 4BR5A 3VETA 5AQYA 4H0PA 4EFHA 2A41A 2YJEA 1E4FT 1NGDA 1RGIA 3FFKB 1KAXA 2A6AA 3ENOA 2E1ZA 1GLCG 3FZKA 2Q0UA 1HKBA 4YDUC 3VF6A 3WXLA 1TYQB 1NBWA 3M1FA 5AR0A 3RSEA 3TPQA 4K43A 5KPTA 2GTDA 1HKGA 4BRPA 3BP8A 2YHXA 3LM2A 3VF2A 3A5NC 4XH4A 4BC4A 1BU6O 5AQQA 3QBWA 1G99A 4H0XB 4XH1A 2P9UB 4B1UB 1T6DA 3VGMA 3QB0A 2QWLA 3DXKB 4Y0WA 1GLJO 1U2VB 3GOIA 1BO5O 5E26A 2V7ZA 1RDWX 4QS9A 5AQPA 1ZBSA 3EKSA 4GY2B 4O8KA 2Q31A 4JAXA 1NGCA 3CQXA 1Y64A 4BGAA 3UKUA 3D7EO 4MO5A 2A42A 5AQTA 4BQLA 5BRFA 4XEIA 1T6CA 3L0QA 5AZIB 4B1ZA 3WEEB 3GBTA 2E20A 3QMLA 2P9SA 4CZLA 5AQKA 4DB3A 3KVGA 4B1XB 3IFRA 1C0FA 2GEMA 4WQ4A 1KAZA 4FSVA 4IJAA 2GELA 5AQIA 3W0LA 3LDQA 3DXMB 4DQ8A 4IO8A 4CI6A 4RCHA 3QDKA 2VYPA 3H6EA 3UKRA 4H03B 5AQWA 1NLVA 4LC9B 3H46O 3WT0A 3ZX2A 3JS6A 5BPNA 1KAYA 5LY3A 3C0BA 1WOQA 1KXPA 3P4IA 2I7PA 2ZWHA 2Q97A 1WUAA 2W41A 5FPMA 3ULEB 4JD2B 3FZLA 4QS8A 3CIPA 2CH6A 1BOTO 3VENA 1BG3A 3C7NB 3O5BA 1Z6RA 5EXWA 5BR9A 2YHWA 2A40A 3GE1A 4IWVA 1MWMA 5JICA 5ELZA 5KQ8A 1BUPA 4CZIA 1MA9B 1X3MA 2QM1A 2QWPA 3QICA 4IXCA 3HSCA 1TYQA 1JCEA 5AQMA 3R6MA 4Z94A 5BPMA 4B1WB 5AQNA 3MN7A 2P9LB 3AAPA 3ZX3A 5CE3A 3GDQA 1NGBA 3ZEUA 4A2AA 5AFUA 5AQZA 1ZC6A 2W40A 4CZKA 2VWBA 2QXLA 5AQLA 1GLLO 2HF3A 4BRHA 4FWLA 3KZBA 4A62A 3DXKA 4FWMA 2ITMA 3I8BA 4BGBA 2VCPA 4O5FA 2IIRA 3CERA 4BG8A 4ISGA 5FPDA 3MMVA 2F9TA 2HF4A 1QQMA 4H5WA 3A5MC 1U6ZA 1YAGA 2NLXA 5B8HA 3U9DA 3FE1A 4B1VA 5AQSA 4BC2A 2F9WA 5AQXA 4I6MA 3CJAA 3D2EA 2E2QA 3VEXA 1BWFO 2FSJA 3FZMA 4BRAA 1S22A 2P9NA 2YHYA 3H3OB 3WEEA 4CBXA 1YXQA 4CZJA 2QWNA 4PKHA 4BRFA 4BRLA 1DKGD 4HTLA 3VF4A 4WQ5A 3QBXA 3CI5A 3CJ9A 1H1VA 1P8ZA 4PL7A 3LDNA 3FZFA 3H1VX 4K25A 1BDGA 3ZETB 4BG9A 3O8MA 3VEVA 1NGFA 2QW9A 3G25A 3LL3A 1ESVA 4PL8A 4A2BA 1NGAA 4EHUA 2D0PA 4BRGA 3H45C 4H5VA 1LOTB 2KHOA 3MN5A 5BN8A 3H3NO 3SMSA 2P9PA 1CZAN 1S3XA 1QQNA 2QWMA 1Z05A 4XH5A 3O80A 4JD2A 4MO4A 4MLHA 5E84A 3A0IX 4EAHD 2E2PA 5BRDA 3BF1A 4DHYA 3WQTA 5AZJA 2HOEA 3TU5A 3GL1A 1E4GT 3F9MA 4BC3A 3MCPA 2DPNA 4MLEA 4K42A 5BPLA 1K8KB 2ZF5O 4BR2A 3WXKA 1V4TA 4IJNA 3CJ1A 1IJJA 4BR7A 1Q18A 5EY4A 2NZTA 2QWQA 2E8AA 4HWIA 3JXUA 4CBWA 3VEWA 4CZEA 3FGUA 4RTFD 5AQRA 3EO3A 4BRKA 4H0YB 3R8EA 1QZ6A 3AAQA 4BRIA 5AQVA 4JN4A 4BVPA 2YI1A 1NGIA 5LJWA 5FPNA 2PAVA 2BUPA 2FSKA 3ENHA 3HM8A 2YCHA 1BA0A 4H0TB 5AQUA 5FPEA 1EQYA 1NGEA 5F2RA 4JHDB 3VOVA 5KPZA 1HUXA 2AP1A 4M7YA 4FOEA 3LM9A 1HLUA 2QWOA 3D2FB 3LDOA 3MN9A 3LDPA 4BVOA 3S41A 3RSEB 4H0VB 4EHTA 5EX5A 4BR4A 1HKCA 1QQOA 5JLHA 3CQYA 3BEXA 2CGJA 1XQSC 4BC5A 5KPRA 1V4SA 1JCGA 4DCHA 3ZETA 4WQ5C 2CH5A 1R59O 1NGJA 4F9OA 3WXJA 2ASOA 4QS7A 1C0GA 2P9UA 2ZGZA 4FWSA 2IVPA 4CBUA 2FLOA 3UKUB 1U2VA 2CGLA 4AM7A 4CZMA 1J6ZA 3CJCA 4JNEA 4CZFA 2UYTA 4J8FA 3SMPA 3I33A 5F1XA 2NRHA 3EL2A 3EZWA 4H0OA 1SQKA 2E2OA 4ISEA 3EKUA 3HBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SK3A 2NRXA 1O1WA 3BF3A 4BRCA 1QZ5A 5GINA 3LWLA 1TK5A 1NG9A 2GWJA 4BR9A 4FL9A 4DR5K 3B8AX 1YJ9N 5LL6Z 4CIEA 4CF0A 4C8MA 2I7NA 5EVZA 3H1QA 4CEBA 3E01A 3LZIA 3C95A 3L6QA 4RW4A 4H5RA 4M3TA 2OTJN 1HJOA 3CMEN 3VGLA 5HRNA 4FPBA 1HPMA 2P9IB 3P5JA 3SUNA 2YX6A 3VGKA 4JYAK 4FVMA 3BGRA 4KHYA 4M41A 3RTVA 3O4WA 5EOYA 2G8VA 1L3VA 3EN9A 2PBDA 3C7NA 3NCIA 3D2FA 1RDBA 1L5UA 1RT7A 3CJBA 5HOOA 5JLFA 4ELTA 3V9ZA 3M5RA 2FBVA 3O4NA 1L3UA 2GUPA 2G8WA 2ZGYA 3NHGA 1OKJA 3KWIA 4BE1A 4AF1A 4CJ4A 1RT1A 1NGHA 3TAEA 3RR8A 4PY5A 1EKEA 4CF8A 4DV5K 2Y1JA 2VG5A 2AA4A 3AO1A 4H5TA 3CFRA 5BN9A 3JSMA 3O1WA 4W5RA 1Q9XA 5F0XA 1BA1A 1HX1A 3VQPA 4NYNA 3VQEA 1ATSA 4KO0A 4FWKA 1NKCA 1TL3A 4HVJA 1N8RO 3VESA 4GNIA 3EEQA 3QNOA 2VQEK 4I2QA 4ISFA 4EZ9A 4Z4FA 1BQNA 4OLAA 3PO4A 4LD0A 1KVCA 1YVNA 2ITGA 4C8LA 4DU1A 4NLCA 4K8ZA 4IFEA 1GLBG 4CJVA 5AQJA 2WC9A 4FOIA 2P9SB 3QEXA 1GLDG 1U04A 2IVNA 4PKIA 1TAUA 4G1QA 1NKEA 4NCAA 1YUWA 1K8KA 4CD1A 2OANA 3VEZA 3CCJN 2FSNA 4FWQA 4CHQA 5I3UA 3O6WA 3ZSQA 4DTOA 4LF8K 1WSEA 2ASMA 4Z4HA 3AA5X 5ADXA 2P9KA 2WONA 4KI4A 4UQGA 1N34K 4FW1A 1NK8A 3LP1A 4FZYA 1GLEG 3GG4A 3SJJA 3NH2A 4A5BA 1JCFA 3V9SA 4M3UA 1I94K 3O3FA 4E19A 2IVOA 5HBMA 3M8RA 3R3LA 4L3QA 4Q0BA 1EX4A 4OLBA 4H0PA 2HHWA 4EFHA 4DSEA 4BY9C 2A6AA 3ENOA 1L3TA 4CGFA 3EE9A 2Q0UA 3MEEA 1FXXA 3V6DA 3S3NA 4DFMA 4CCHA 2O8EA 4HUEA 3M1FA 5AR0A 3RSEA 3TPQA 1KQSM 4JK8A 2WOMA 3E66A 1HKGA 2FC0A 4GV9A 3BP8A 3HP9A 3QEVA 4XH4A 4OPHA 5AQQA 3QBWA 4LF6K 4AHCA 3QB0A 3OYGA 2BANA 1GLJO 1RDCA 1XHXA 5E26A 4M3RA 2V7ZA 5TKWA 3EKSA 2Q31A 1TKZA 2O8BB 1HMVA 2X74A 3IKMA 4JI2K 4BGAA 1NNEA 5AQTA 1JLGA 3ZLJA 1TKTA 4XEIA 2KW4A 3TTCA 1RTDA 3QMLA 5AQKA 4DB3A 2VWKA 2IS3A 3PV8A 3IFRA 1C0FA 3ZSYA 3DOKA 1NOYA 4J2DA 1KAZA 2GELA 5AQIA 3LDQA 3L2UA 1VQMN 4DQ8A 1TKXA 1SKSA 1S6PA 4A57A 5HLFA 3VQQA 4GV3A 1I39A 1LWCA 1NLVA 3BY5A 3H46O 4CIFA 3WT0A 4DQPA 3SAHA 3JS6A 4M3XA 3C0BA 1WOQA 1KXPA 2Q3SA 4JD2B 1JJ2M 3CIPA 4WFNL 3N4QA 1D9DA 1BG3A 2A1RA 5EXWA 1Z6RA 1WAJA 4YOUA 1BUPA 1LAVA 1X3MA 4IO9L 4UY8O 1YJWN 3QERA 4F3OA 3HO1A 4DR6K 1RBUA 1TYQA 1JCEA 2ZJPL 1JKHA 5BPMA 4IOXA 4CHZA 3MN7A 3SQ4A 3NF7A 5CY4A 4B9LA 1ZC6A 3ZSWA 2ZE2A 1GLLO 2HF3A 3QLHA 4CK1A 4BGBA 2IIRA 2HBKA 3AA2A 3OJSA 4DF4A 3G71N 1Z26A 4AHRA 3OYMA 3OVNA 2BGGA 2XY6A 1U6ZA 2NLXA 3FE1A 1X1PA 2PFUA 3KIOA 1KSPA 3CJAA 2FSJA 4DR1K 2YHYA 3WEEA 4CBXA 1UWBA 2O8CB 4M3WA 4PKHA 4DTNA 3OYJA 1DKGD 4HTLA 4WQ5A 2F96A 3EY1A 3CJ9A 1H1VA 1JXBA 5FRNA 3PLAA 4PL7A 2HNYA 2QXFA 3FZFA 3H1VX 2UUAK 4GVEA 2P5GA 3SQ0A 3CCVN 3O8MA 4JRQA 1KRPA 5D3GA 2DFHA 4C8OA 3B6OA 1ESVA 4PL8A 3AGRA 4EHUA 2LSNA 4CHPA 1M90O 3H45C 4H5VA 2KHOA 3SMSA 5KI6A 4DTSA 1CZAN 1S3XA 2QWMA 3DRRA 4FXDA 4FJMA 4O0IA 4RW7A 1J9AA 4EAHD 5BRDA 4JV5K 2E6LA 3GL1A 2ZJQL 4CGHA 2FBYA 3TR8A 5BPLA 3NF6A 1W97L 3KLHA 3K0SA 1V4TA 3CJ1A 3OA9A 1K6YA 3JXUA 4ICLA 5SZTA 4R79A 1L3SA 4E7JA 1EO1A 4DTXA 1NK9A 4CECA 1SL2A 5AQRA 3G10A 3EO3A 3DLRA 1QZ6A 3AAQA 3RWUA 5AQVA 3SPYA 1NGIA 5LJWA 4ILHA 5FPNA 3THWB 4E0DA 4O5BA 1NJZA 3K58A 2FSKA 4ELVA 3ENHA 4KHSA 1BA0A 4H0TB 3L2WA 3WNEA 1LWFA 1NOZA 1T8EA 3VOVA 5IT9O 2YHAA 3DM2A 2YNIA 3OYEA 3HPGA 1ILYA 1JLBA 1HYVA 3VN5A 3D2FB 4BVOA 1WLJA 3ISNC 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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