3CQYA

Crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
GMNKAYYIGLMSGTSMDGVDAVLVDFAGEQPQLIGTHTETIPTHLLKGLQRLCLPGTDEINRLGRLDRSVGKLFALAVNNLLAKTKIAKDEIIAIGSHGQTVRHMPNLEVGFTLQIGDPNTIATETGIDVIADFRRKDIALGGQGAPLVPAFHQQTFAQVGKKRVILNIGGIANITYLPGNSEEVLGFDTGPGNTLIDAWVQQVKNESYDKNGAWAASGKTDPQLLAQLLSHPYFSLAYPKSTGRELFNQAWLEQQLSAFNQLNEEDIQSTLLDLTCHSIAQDILKLAQEGELFVCGGGAFNAELMQRLAALLPGYRIDTTSALGVDPKWAEGIAFAWLAMRYQLGLPANLPAVTGASREAILGGRFSAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1.
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Shewanella oneidensis
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2008-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA01
3HTVA 1BA0A 5AQVA 1X3NA 4RWTA 3L0QA 4CZKA 5AQHA 5AQKA 2ASMA 2A42A 3M6GA 4WQ5A 4BQLA 2P9SB 3I33A 1DEJA 3FR0A 1QQNA 5F1XA 5BPLA 2PAVA 3ULEB 5FPNA 1NGIA 4FOEA 2E88A 4FL9A 5E84A 5AZIA 1V4SA 2QM1A 1ATSA 5EX5A 3CJ9A 3FZMA 2V7ZA 1YXQA 3SJHA 1MA9B 3C7NA 4A2BA 4MO4A 2FXUA 5KPRA 3VF2A 4DQ8A 5BN8A 2QWNA 4BRKA 4PL7A 5EVZA 1HKBA 4CJ7A 4JD2A 3DXMB 3ID8A 4IZ9A 2P9IB 4IWVA 4BVPA 1HPMA 3WT0A 1XC3A 2V7YA 2QWPA 4BR7A 1BDGA 3JS6A 4NO7A 4DHYA 2P9LA 3CQXA 4BR9A 1MWMA 1U2VB 1ATRA 1ESVA 1X3MA 2P9PA 2NZTA 3QFPA 5LY3A 2YJFA 5BR9A 3MMVA 2Q0RA 3ZEUB 1Q18A 3A5OC 1R59O 4BR4A 2Q31A 3VF4A 3VOVA 3KHYA 4IJNA 3GBTA 3ZETA 2NRHA 3WXJA 4B1XB 2IVNA 3ATVA 4I6MB 1WOQA 5AQLA 3DXKB 2YHYA 3QICA 4BC4A 2F9TA 1V4TA 2GUPA 2GTDA 2ZGYA 4BC2A 1GLAG 4BC5A 2P9KB 3CI5A 3H45C 3VEOA 5AQJA 4BGAA 3L6QA 3IMXA 1YAGA 2UYTA 5AQMA 1GLDG 4K25A 1D4XA 1WUAA 3ZX3A 1KAXA 2A6AA 3H46O 4DCHA 3BUZB 3WXKA 5KQDA 1GLFO 4ISFA 3D2FB 3FE1A 1TUUA 3VEZA 3UKUB 3ZX0A 4FWNA 3WEEA 3HZ6A 4K43A 2Q0UA 3GOIA 2YCHA 3R6MA 5AFUA 4JHDB 4H5RA 1NLVA 2FLOA 1HKCA 3QB0A 1MDUB 4BRCA 2QWQA 1KXPA 2NLXA 5BRHA 1Z6RA 1RDWX 4RCHA 4MLEA 3CQYA 3VEXA 4CZIA 4H0OA 5ADXH 3O6WA 3A0IX 1E4GT 4M63C 1K8KA 1BU6O 1NM1A 5B8HA 1HUXA 1QHAA 4CI6A 5JMVA 4FWLA 5JLFA 4BR5A 3MN7A 3L4IA 3VEWA 4CZHA 2F9WA 4FWPA 3TU5A 2QWMA 4IO8A 1NGEA 3M1FA 2E2OA 1ZBSA 4CBXA 4IJAA 4CBWA 1TYQA 3VGKA 4FWKA 1KAYA 1KAZA 1BWFO 3WXIA 2PBDA 5BN9A 4Z94A 2VCPA 1GLCG 2Q2RA 3SMPA 3WUHA 4H0YB 3D2EB 4K41A 5FPMA 3O8MA 2J4RA 4CZMA 3W0LA 3LM2A 3AY9A 4AM6A 5CE3A 1ATNA 4ISGA 3AAPA 2VYPA 3BEXA 5AQXA 4WQ4C 4CZFA 5AQYA 1NGFA 2ZF5O 4H5TA 2CH6A 4B1YB 4A62A 3SK3A 3VF6A 3CHWA 3MK6A 3MCPA 5FPDA 1NGGA 1BA1A 2WUSA 2QXLA 4CZLA 1T6CA 2P9UB 3O4WA 1Z05A 2FSJA 5AQGA 2AA4A 1H1VA 2QWOA 3CJCA 4BG8A 3H1QA 4QS8A 5AQZA 4YDUC 4FOIA 5KPZA 3CJ7A 2V51B 3RSEB 2P9SA 4A2AA 4J8FA 4EHTA 4BRFA 4B1ZA 2OANA 1RFQA 3HBTA 3AARA 4BRAA 3HSCA 3ULEA 3H3NO 5AQNA 4FWOA 3ENOA 5JICA 3O80A 4BR0A 4QS9A 3QBWA 1NBWA 3U8XA 4BQZA 3D7EO 3EKSA 2P9NB 5E26A 3U9ZA 5AQIA 3EZWA 1NGJA 3QMLA 3FZKA 2HF4A 4XH4A 1BO5O 4JN4A 4BROA 1JCEA 2ZWHA 5AZJA 4PKIA 1GLLO 3DXMA 3U9DA 3AAQA 2P9IA 4F9OA 5AQRA 1T6DA 5ELZA 1MWKA 4E1JA 1U2VA 1P8ZA 5KQ8A 1J6ZA 3BF1A 2ZGZA 4M7YA 3UB5A 5BRFA 5ADXA 1LCUA 3ZEUA 5AQFA 4H0VB 3WQUA 3I8BA 5EXWA 3ENHA 4CZEA 1NGBA 2HF3A 2D1KA 5AQTA 3KVGA 4H5VA 1K8KB 4CZJA 4FWMA 1BG3A 1IG8A 2HOEA 3O08A 4GNIA 1CZAN 3UKRB 3A5MC 3ZX2A 4I6MA 4BRQA 1QQMA 1T44A 3DXKA 3MDQA 4H0TB 4BREA 1NMDA 4CD1A 2FF3B 2YJEA 3SMSA 1IJJA 3EN9A 3M3ZA 3FZFA 2W40A 3H3OB 4C23A 3TPQA 2P9KA 1C0FA 5JLHA 2CH5A 2QW9A 3VETA 4M7XA 3JXUA 3VGMA 3FLCO 1QZ6A 2D0PA 4WQ4A 1LOTB 3WQTA 4BRPA 1TUYA 1DKGD 3A5LC 3VPZA 3FGUA 2ASOA 5EOYA 4BVOA 3D2FA 2CGJA 2GEMA 1X9JA 3MN6A 3EKUA 3UKUA 4EAHD 3R8EA 1ZXOA 2E1YA 4AM7A 3FFKB 4BRMA 2GWKA 4JHDA 2CGLA 1NGAA 4PL8A 2VWBA 1XUPO 3MN5A 1SAZA 2FSNA 3BF3A 1NWKA 2V52B 1OKJA 5F2RA 2BTFA 2Q36A 4YDUA 5AZIB 3U4LA 4EIAA 4NB4A 3CJBA 3LM9A 2DPNA 2FSKA 3EO3A 3KZBA 3LL3A 1GLJO 3LDPA 4HTLA 4CD3A 3GG4A 3HM8A 3CJAA 4BRHA 3C7NB 4BRLA 3O1BA 5BRDA 1JCFA 4JD2B 4JNEA 3LDQA 1Y64A 3FZLA 2KHOA 1NGDA 4FSVA 5AQQA 5BPNA 2IIRA 2E2QA 2P9LB 3SLCA 1RGIA 2H3GX 3C0BA 2P9PB 2QWLA 3ATUA 2E2NA 4XEIA 3CERA 5AQUA 1GLBG 4O5FA 4A61A 1QZ5A 3IDHA 3VESA 4H03B 3ZETB 4CZGA 2QWRA 4H5WA 1JCGA 1S3XA 1GLEG 3CJ1A 3D2EA 3S41A 1HLUA 3LDNA 4BRDA 2AP1A 4MLHA 2YI1A 2FF6A 3B8AX 5AQWA 5AZJB 4BR2A 5BPMA 1BUPA 5TKYA 4BC3A 2E1ZA 5FPEA 5AR0A 2HMPA 3G25A 1SQKA 3MN9A 4Y0WA 3VEYA 4B1UB 2BUPA 2A41A 2D4WA 2YHWA 1YVNA 4KBOA 3DWLA 5AQPA 4WQ5C 2YHXA 4ISEA 5AQSA 2IVOA 1YUWA 3DAWA 3EL2A 3WEEB 2P9UA 3R9PA 4FO0A 3W3DA 4K42A 3F9MA 2A40A 3H6EA 3LDOA 1HJOA 4H5NA 3GL1A 3H1VX 4GY2B 2ITMA 3P4IA 4HWIA 3RSEA 1XQSC 3QBXA 1NGCA 4O8KA 5F0XA 3A8YA 4XH5A 2E2PA 3O1WA 2Q1NA 5EY4A 1EQYA 2W41A 1ZC6A 4BRGA 3LDLA 1S22A 4BRIA 3CETA 2A3ZA 4IXCA 3VEVA 2P9NA 3HI0A 4MO5A 4H0PA 2I7NA 2ASPA 3VERA 3OHRA 1SZ2A 4L3QA 4B1WB 4FPBA 3VGLA 1TYQB 2GWJA 3QFUA 1U6ZA 1HX1A 2D0OA 5AQOA 2Q97A 1QQOA 3DJCA 3IFRA 2A5XA 4B9QA 4LC9B 1C0GA 2E20A 3J8AA 3FZHA 1HKGA 4FWRA 3A5NC 4PKGA 4BRNA 4BGBA 4EFHA 1BOTO 4JAXA 2GELA 3GDQA 1G99A 4BG9A 4DB3A 5KPTA 3WXLA 1DGKN 1NGHA 3BP8A 3UKRA 4EHUA 2I7PA 4H0XB 5AFUH 5I9EB 4XH1A 4QS7A 3CIPA 3IUCA 1E4FT 4PKHA 4FWQA 5LJWA 3O5BA 3VENA 5BREA 4CBUA 2IVPA 3QDKA 5LJVA 4FPAA 2CGKA 3GE1A 2EWSA 3UE5A 2E8AA 4RTFD 4B1VA 4FWSA 4WYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BA0A 5AQVA 2HBLA 2KW4A 3MXMA 5AQKA 4DWIA 2A42A 4GKKK 1DEJA 3THXA 1QQNA 3TTCA 5BPLA 1VAZA 4JKGA 3LP2A 4DTSA 3KLHA 3KLFA 4CECA 3OYAA 3OY9A 1O13A 4M3TA 3I8DA 3SQ1A 1Q9YA 4YOYA 4A2BA 1N36K 3I56N 4DQ8A 5K14A 3VQQA 1D9FA 1HYVA 2VG5A 5EVZA 3IKMA 4QOZB 3DXMB 2P9IB 2YHBA 4IWVA 3HVRA 1VQPN 1WSJA 4K8ZA 2X78A 4HTUA 2G8KA 4YOUA 3DI6A 3MMVA 4AHSA 4BR4A 4RW7A 3VOVA 2F8TA 4NCGA 1W97L 1J54A 3GBTA 3ZETA 2NRHA 1B92A 2IVNA 4CJSA 4GKJK 5MLCQ 1A5VA 3OYBA 4DV6K 1WOQA 3VTIA 4FJKA 3AA5X 2IOCA 1YVUA 1J9AA 3CCSN 3V9XA 3G10A 2NNWA 4E1MA 4OLAA 5AQJA 3SQ0A 1JLFA 2UYTA 3TWHA 4AH9A 3T3FA 1WUAA 2Z1GA 1S6QA 4DTMA 3H46O 2DTUA 5KGWA 1RT4A 2RKIA 4PY5A 3THYA 3P1GA 1VK0A 5KRSA 3D2FB 2XY5A 1HRHA 1XHZA 3FE1A 1CZ9A 5TKWA 4FWNA 3UKUB 4MDAA 4GV6A 3LALA 4FLTA 4FM2A 4JHDB 1IKWA 4H5RA 4B3MK 1VRTA 1HKCA 3OYHA 1KXPA 4OO1J 4DFPA 3HM9A 4O0JA 4AILC 2IDOA 3CQYA 3VEXA 1K6YA 5ADXH 4KAZA 3RWUA 4LF4K 2ZJRL 1KVCA 3T7ZA 4B9VA 5D3GA 2QKBA 3HO1A 3TTFA 4KFBA 4RW9A 2ZJPL 1K8AO 3MN7A 5CYMA 2OPQA 4CF9A 5SZTA 5LL6Z 3J81O 3L3UA 4CBWA 1Q8IA 3CF5L 4CJRA 1CXQA 1BISA 2PBDA 5I42A 4DQIA 4ILGB 2Q2RA 3KD1E 5CZ2A 4YOTA 4LFBK 1VQON 1I3AA 3LP3A 3RMCA 3PO5A 2XHBA 4O44A 5I3UA 3O8MA 1L3VA 2J4RA 4CF0A 2HHSA 4AM6A 1IKYA 1ATNA 4B8CA 4ISGA 1SL2A 2VYPA 3BEXA 4EP4A 2OCEA 4L8RB 4Z4GA 4CZFA 1QQCA 4X65K 2XRIA 4NLBA 4CJWA 3VA3A 2YNFA 4A62A 5M1NA 5FPDA 4YOXA 3SCXA 2WUSA 4LFCK 3NF9A 2P9UB 2HHXA 4CIFA 4CFBA 2FSJA 3H1QA 5AQZA 4FOIA 3RSEB 3HP6A 1WBDA 4BRFA 3HBTA 4DR1K 1EO1A 4DF4A 3AVIA 1HNVA 4IO9L 3ENOA 2A1RA 3O80A 4WCEL 3PX0A 1NBWA 4PUOA 4G9ZA 1NJZA 3THWA 2ITGA 1N8RO 1FW6A 2O8DB 3O3FA 3NVMA 4JYAK 4DR3K 4BROA 1JCEA 4AQYK 3V9SA 3SPYA 3VMFB 4I7FA 4FXDA 3U9DA 3AAQA 3VQ9A 3AV9A 5AQRA 1T6DA 4FLXA 3OS2A 4DV5K 4E1JA 4KHWA 1U2VA 4C8LA 4EZ9A 4IDHA 3BF1A 2ZGZA 1LCUA 4I9LA 1Q82O 5AQFA 3L4QA 3V9UA 1NGBA 2EHGA 5AQTA 2D1KA 1IKXA 4CFAA 4H5VA 3MXJA 4FWMA 4YHHK 1CZAN 2BH1A 3ZX2A 1Z25A 1SKWA 1XNQK 3M3ZA 4JK9A 2O8CA 4X66K 4IG0A 3MX5A 1XMQK 2P9KA 3B6PA 1S6PA 2CH5A 4IDKA 3JXUA 5M1PA 3P83D 2B4JA 4YORA 4HVJA 1D8YA 3WQTA 4CFDA 2QXFA 3A5LC 2G8UA 5EOYA 4LSLA 3R8EA 4C8KA 3THXB 1IV0A 2YNHA 4JKGB 2CGLA 4CEDA 2VWBA 1XUPO 1S1UA 4DTNA 2VG7A 3OW2M 1NK5A 4CJTA 1NWKA 2V52B 1OKJA 3LPTA 4CHYA 2UUAK 3U4LA 5M1KA 1D9DA 3HM8A 4F2SA 1LWFA 3O1BA 4RW8A 2IGIA 5FLXO 2E2QA 2QI2A 5FROA 4JLHA 1FXXA 3CFPA 2QWLA 3AVCA 1VSKA 1EWRA 2E2NA 1GLBG 4O5FA 3IDHA 1NJXA 2DFHA 2PFUA 4JI1K 3VESA 1TK0A 2P5GA 3ZETB 4CZGA 1VQ9N 4OLBA 4FLZA 1BQNA 1GLEG 1XI1A 3D2EA 4A57A 1YJWN 3O4QA 1RT6A 1IBLK 2VG6A 5AZJB 2OTJN 4LY7A 1SQKA 3MN9A 3QINA 2D4WA 3THYB 4ZTFA 3K5OA 2XY6A 5AQPA 3C6TA 3QEXA 5HRRA 1YF5L 1YTUA 3CCRN 3PSFA 3DAWA 4Z4EA 4IFEA 4DKWA 4DR2K 2A40A 4ID5A 1T7PA 4FYDA 3KJVA 1TAUA 3O9QA 3VQEA 3HOTA 3IRXA 3GL1A 4GY2B 5HP1A 1GOAA 2DY4A 5BR8K 3DLGA 1UA1A 1BCOA 1XQSC 3QBXA 2OZMA 1TAQA 3NF7A 3NDKA 4DTJA 3O1WA 1DTTA 1EQYA 2W41A 4OPAA 1S1TA 4ICLA 3LDLA 1JJ2M 1EP4A 2BDPA 3P5JA 3G6EN 4IXCA 2W6LA 5J2MA 1U4BA 4MO5A 1KD1O 2E6MA 5AJ3K 3OYGA 3VERA 3OHRA 3K5NA 1RBTA 3VGLA 2GX9A 3PO4A 1JL1A 4JI2K 3SAGA 3M5RA 3QFUA 3PSIA 2P51A 1U6ZA 2D0OA 1RT2A 1NMNA 3ULDA 5AQOA 2Q97A 1QQOA 3DJCA 3BZKA 3SI6A 3ZCMA 4LC9B 2E20A 3OTOK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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