3CQYA

Crystal structure of a functionally unknown protein (so_1313) from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
GMNKAYYIGLMSGTSMDGVDAVLVDFAGEQPQLIGTHTETIPTHLLKGLQRLCLPGTDEINRLGRLDRSVGKLFALAVNNLLAKTKIAKDEIIAIGSHGQTVRHMPNLEVGFTLQIGDPNTIATETGIDVIADFRRKDIALGGQGAPLVPAFHQQTFAQVGKKRVILNIGGIANITYLPGNSEEVLGFDTGPGNTLIDAWVQQVKNESYDKNGAWAASGKTDPQLLAQLLSHPYFSLAYPKSTGRELFNQAWLEQQLSAFNQLNEEDIQSTLLDLTCHSIAQDILKLAQEGELFVCGGGAFNAELMQRLAALLPGYRIDTTSALGVDPKWAEGIAFAWLAMRYQLGLPANLPAVTGASREAILGGRFSAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
publication title The structure of a functionally unknown protein (SO_1313) from Shewanella oneidensis MR-1.
rcsb
source organism Shewanella oneidensis
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.170: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase.
pdb deposition date 2008-04-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cqyA01
1GLAG 3O5BA 2QWNA 1J6ZA 3R9PA 4YDUA 5ADXH 4PL8A 3H46O 4JHDA 1IJJA 2CH5A 4JHDB 4JD2A 3HBTA 3FLCO 5AQQA 4QS7A 4JD2B 4FWLA 5JLFA 4BRGA 1ESVA 4CZGA 3EL2A 1ZBSA 4BR0A 4FL9A 1YXQA 1KAYA 5AQFA 5EXWA 5BREA 1Q18A 3FGUA 3VERA 4MO5A 1Z05A 2E1ZA 2QWMA 1BOTO 3P4IA 5AQXA 2FLOA 1OKJA 1BU6O 2ZF5O 4BC2A 3CJ7A 1BWFO 1Y64A 1NLVA 5BRHA 3R8EA 4H5RA 5BPMA 3QBXA 3ZX3A 5AQMA 1R59O 4AM6A 1NGFA 2CGKA 4F9OA 1HLUA 4A62A 3VENA 5E84A 3O1WA 2GELA 4DB3A 5AFUA 4CZFA 2V52B 3O80A 3FZHA 3LM2A 3G25A 4BR7A 1MWMA 4BG8A 2QXLA 5KQ8A 1G99A 1HKBA 4FOEA 2E20A 1NGGA 1MWKA 3VEWA 3CJ9A 3GDQA 3ZETA 3VGMA 2AP1A 1HX1A 4FWPA 4CZJA 1NM1A 3U9ZA 4BC4A 1TUYA 4XH5A 5LY3A 3QBWA 1HKGA 3I33A 2ASPA 3BEXA 4CBUA 3C0BA 2QW9A 4H0PA 3QMLA 1V4SA 2PAVA 4CZIA 1T6DA 1K8KA 1DEJA 1E4GT 2E2PA 1K8KB 2KHOA 4Z94A 3EN9A 2PBDA 1LCUA 4B1XB 2YJEA 2E8AA 4WQ5A 1GLCG 5BPLA 4CZEA 4BRMA 3QFUA 4PKIA 4H03B 4BRKA 3LDPA 3O08A 3IUCA 3LL3A 3QDKA 1ATNA 4BGAA 4XH1A 4JN4A 3A0IX 2QWOA 4BRAA 2ZWHA 3GE1A 1QQNA 2P9IB 3BF1A 3QICA 1BA1A 2EWSA 4NB4A 4BRQA 3RSEA 3WXLA 3GBTA 4L3QA 3MMVA 2HMPA 3SJHA 4K42A 2D0PA 4O5FA 1XC3A 4M7YA 4AM7A 4A2AA 4CBXA 1NGIA 1QQOA 2GTDA 4H0VB 4XEIA 2J4RA 3VGLA 2GWJA 5JMVA 2A5XA 3CI5A 1C0FA 4CZKA 2P9PA 5AQNA 3S41A 3U9DA 3ZX0A 2P9PB 3H45C 3HM8A 4E1JA 2HF3A 2Q2RA 2V7YA 4BRIA 3D2EA 3MCPA 3D2EB 1BUPA 3QB0A 2NRHA 2NLXA 2VWBA 5AQOA 3FFKB 5AQZA 3KVGA 3O6WA 3CQYA 3FE1A 3BF3A 4ISGA 5AQVA 3M1FA 5AQLA 2HOEA 4PL7A 4FWRA 2A42A 3KHYA 4EHUA 2P9NA 1NGJA 2P9NB 2QM1A 2GEMA 3A8YA 3DWLA 3H6EA 4H5TA 3CJ1A 4BQZA 4KBOA 1RDWX 4PKGA 5TKYA 2FSJA 3UB5A 2FXUA 1U2VA 4DCHA 5FPDA 1U2VB 3O8MA 5E26A 2IVPA 2P9UA 1MA9B 3BP8A 2ZGYA 5AQWA 4BQLA 1HKCA 1RGIA 1P8ZA 4BC3A 5BPNA 4EHTA 1TYQA 3CETA 1TYQB 2OANA 2E2OA 4RWTA 4H0YB 3CQXA 1RFQA 2CH6A 4RTFD 1WUAA 4K41A 1GLBG 3A5LC 1KXPA 4A61A 4B1YB 3EO3A 2YHYA 3CERA 4IJAA 3DAWA 5AQHA 4JAXA 4FWOA 1U6ZA 1NMDA 1HJOA 4QS9A 4PKHA 4B1ZA 2I7PA 5KQDA 3GG4A 3WXKA 3FZFA 4BRHA 4CZLA 4BRFA 2YCHA 3UE5A 3LM9A 3WXIA 3ZETB 2ASOA 4DQ8A 2D0OA 4IZ9A 2A40A 2A3ZA 4BGBA 3MN9A 2D1KA 4FSVA 1EQYA 2ASMA 2IVNA 5B8HA 5CE3A 5AQYA 3BUZB 3AY9A 4XH4A 5ADXA 3D2FA 4MLHA 3W3DA 3D2FB 2A41A 1GLDG 2BTFA 4BROA 4CZMA 3JXUA 2GUPA 4B1WB 1QZ6A 2WUSA 2Q1NA 4H5WA 4BRPA 2VCPA 1T44A 4JNEA 3VESA 4BVPA 5JLHA 5EVZA 5AQIA 3R6MA 2P9SA 2FF6A 1NGCA 4NO7A 2VYPA 4BVOA 2YHXA 2P9SB 4IWVA 3VEYA 4B9QA 2H3GX 3VEOA 4H0XB 1LOTB 3SMPA 2FF3B 3SMSA 3A5MC 5EX5A 4BREA 3DXKA 3QFPA 3MDQA 3HI0A 3RSEB 4FOIA 5KPZA 3O4WA 3LDQA 4ISEA 5AZJA 3HTVA 2Q97A 1JCEA 5AZJB 2F9WA 3M3ZA 1SQKA 3EKUA 1QHAA 3H1VX 4FWNA 3L6QA 3KZBA 2BUPA 2E2QA 4CZHA 3FZLA 4QS8A 1NWKA 4FWMA 2GWKA 4IXCA 2P9KA 3CJAA 2AA4A 2P9KB 1CZAN 1NGBA 4B1VA 5EOYA 3CJCA 4J8FA 5AQTA 1SZ2A 2Q0UA 3GL1A 2D4WA 4CJ7A 1DKGD 4B1UB 4EFHA 4H5NA 3HSCA 4M7XA 2DPNA 3MN6A 2HF4A 4GNIA 3HZ6A 3FZKA 5AFUH 3VEVA 4IO8A 4CI6A 1NGAA 3OHRA 1ATSA 2IIRA 5ELZA 1GLLO 2YHWA 1QZ5A 1BG3A 3LDLA 4BRNA 3H1QA 3D7EO 4BRLA 5BN9A 1BO5O 3WEEA 4WQ4C 5AQPA 3WEEB 3WQUA 3FZMA 3I8BA 4BRCA 4CD1A 4FWQA 3MK6A 2W40A 4Y0WA 3WXJA 2P9UB 3CIPA 4H5VA 2ITMA 1NGHA 5BRDA 3VGKA 3AAPA 3VF6A 1XUPO 4A2BA 4IJNA 2CGJA 5F0XA 5FPEA 3F9MA 1X9JA 3L4IA 2YI1A 2W41A 4BR4A 4BC5A 1E4FT 4BR5A 1X3NA 4H0TB 5F2RA 2E1YA 2P9LA 2P9LB 1QQMA 1XQSC 4K43A 3C7NA 4FO0A 1IG8A 1GLJO 3C7NB 4MO4A 4WYBA 3J8AA 5AQKA 3VF2A 5AQUA 4M63C 5KPRA 1H1VA 4MLEA 1YUWA 4O8KA 4H0OA 2YJFA 2Q0RA 1KAXA 1NGDA 1C0GA 4ISFA 3A5OC 3EKSA 4BRDA 5BR9A 5KPTA 2UYTA 2V51B 1GLEG 2V7ZA 3SLCA 1BA0A 1HPMA 4BR2A 1X3MA 3WUHA 3EZWA 4BR9A 5LJWA 5FPMA 2FSNA 1D4XA 1TUUA 1S22A 3M6GA 3AAQA 3ENOA 1HUXA 3LDNA 4YDUC 2F9TA 1V4TA 3VOVA 4K25A 4C23A 3ZEUA 3ATVA 3ZEUB 5AQRA 1T6CA 1Z6RA 3DJCA 3MN7A 3ENHA 3GOIA 5F1XA 3DXMA 2A6AA 2I7NA 4FPBA 4RCHA 1ZXOA 1BDGA 3DXMB 3JS6A 3SK3A 5LJVA 5I9EB 2QWLA 2ZGZA 5FPNA 4FWKA 1ZC6A 3WQTA 3VEZA 3H3NO 3VETA 3DXKB 1ATRA 3VF4A 4WQ4A 3IDHA 5AQJA 3ULEA 3FR0A 3ULEB 3MN5A 3ZX2A 1NBWA 3UKRA 3ID8A 3ATUA 3UKRB 2P9IA 3O1BA 3UKUA 1MDUB 3AARA 5EY4A 3UKUB 3W0LA 1KAZA 3H3OB 5AR0A 3IMXA 3VPZA 4BG9A 4EAHD 1YAGA 4EIAA 3IFRA 5BRFA 3TU5A 3U4LA 4CBWA 2NZTA 2QWPA 1JCGA 2FSKA 5AQGA 2E2NA 3CJBA 1NGEA 4FWSA 4FPAA 4LC9B 4DHYA 5AQSA 3U8XA 5JICA 5BN8A 3TPQA 4GY2B 2E88A 2QWRA 1JCFA 3WT0A 1S3XA 2IVOA 4I6MA 5AZIA 4I6MB 5AZIB 4HTLA 2Q36A 3CHWA 1YVNA 4HWIA 3B8AX 4WQ5C 1GLFO 2Q31A 1SAZA 1DGKN 3VEXA 3L0QA 4CD3A 3A5NC 1WOQA 3LDOA 2CGLA 2QWQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9TA 3P31A 1GLAG 4CHYA 1OH8A 3OYNA 2YNIA 5HRSA 1J6ZA 3N4PA 3KLGA 1WNSA 1IJJA 2CH5A 1N34K 1QSLA 3E9PA 5AQQA 4CGIA 4CIFA 4FWLA 4BRGA 4DV0K 1NG9A 4BE0A 4NCAA 5JS2A 5J2PA 3BZCA 4AQYK 2QWMA 3B6OA 4FLTA 5AQXA 4DS4A 1OKJA 5HL7L 1C6VA 4DSLA 1S9GA 4CESA 3VQDA 3ZX3A 5AQMA 3MX5A 4M41A 2WOMA 1R59O 2CGKA 1LV5A 4F2RA 5HOOA 1IBMK 2IC3A 4PHTX 1W7AA 4F9OA 1HLUA 4DUYK 4KTWA 4CHOA 1NU0A 3HJFA 3VENA 4WFBL 1NK9A 3FZHA 2WTUA 3LDSA 4QOZB 4BR7A 3ZSQA 2VGNA 3V1QA 3UIQA 4FOEA 4AHVA 3VMFB 1RT7A 3J80O 4FWPA 3U9ZA 4BC4A 4DMNA 1TUYA 4KRFA 1KLNA 4CJUA 5DM6L 3CMEN 3BEXA 1HYVA 4CBUA 2KZZA 2VG6A 4RW4A 3SPYA 2ATQA 1KVAA 3QMLA 1N32K 4C8MA 3NHGA 4WE1A 4DTNA 2YJEA 4A59A 2PY5A 3AA4A 2E8AA 4G1QA 4CZEA 1IBKK 3QFUA 4FM2A 3O08A 3IUCA 3LL3A 1BCMA 1LAWA 1OH6A 5GADP 3CCLN 1RBTA 2KW4A 2ZWHA 1QQNA 2O8BB 3QICA 1YI2N 1RBVA 2QXFA 3F73A 2OZSA 1C1BA 3QLHA 4DV4K 5JS1A 4M7YA 3NVMA 4AM7A 3LZJA 4CBXA 5IWAK 1J9AA 4WF9L 2E5LK 3K0SA 1WSGA 4JYAK 4WCEL 4K0KK 1U45A 1QVGM 1C0FA 3O9SA 4Q0BA 4B8AB 3PLAA 3K9JA 4IFEA 1JXEA 2NRHA 1HNVA 4JRQA 3KVGA 2OPQA 2IOCA 4ISGA 5AQVA 4AHSA 3M1FA 1O1WA 5C2FA 4FWRA 1C0MA 2VQEK 5JVGL 2FBYA 1SV5A 3LP0A 2QM1A 2GEMA 4GV6A 3CM5A 4GMJB 3Q7CA 4H5TA 4CF8A 4JK7A 4DLGA 5FRNA 4AHUA 4KPYA 3WNEA 3RTVA 2FSJA 3CFPA 5IT9O 5J2QA 1EO1A 4Z4IA 1YHQN 3HXMA 2XY8A 2ZGYA 5GIOA 4BQLA 1VSFA 5BPNA 3OYGA 5GAGP 3I0SA 1TYQB 4H0YB 2ZM6K 1VQ8N 3ULDA 1YTUA 3KWGA 4YOYA 1IKWA 4A61A 2OCEA 1NOZA 3D0PA 3N4QA 1IG9A 4IJAA 4B08A 3PSFA 5KQDA 2G8VA 4GVEA 4ZHRA 3QNNA 2RN2A 4DSFA 3WXKA 2O8CB 3FZFA 4BRHA 4FJLA 2VWKA 4JKGA 4FLVA 4CEOA 4YORA 4AILC 3MN9A 4OPKA 4CVNE 1X1PA 2D1KA 4FSVA 1T03A 3MCAB 4JKFA 1OH7A 4C8KA 4M3XA 5CE3A 3OY9A 3ZSXA 3DLBA 5GAEP 2HBKA 2A41A 3ITHA 1GLDG 2BTFA 1RCHA 3KKRA 1VQLN 3DLGA 4CZMA 2HBLA 3JXUA 2G8IA 4LH4A 3KD1E 2GUPA 4AHRA 2WUSA 3HPHA 4H5WA 3AO2A 3C6UA 4CEAA 4LD0A 4HTUA 5EVZA 4BE2A 2HNYA 1N8RO 4CF9A 1YITN 2YHXA 4IWVA 4B9QA 2QKKA 1NMNA 1XNQK 1SKRA 2Z1HA 1SS6A 2YNHA 4O55A 3KK3A 3RSEB 3HI0A 2GUIA 3LDQA 4CHNA 4ILGB 4ISEA 4MDAA 4FJNA 2HVHA 2Q97A 5AZJB 1UOCA 4EZ9A 3V6DA 2G8UA 4FWNA 3K5OA 4E3SA 4Z4GA 3M8PA 4IXCA 3CJAA 2HB5A 4B1VA 5EOYA 4J8FA 1SZ2A 2HHQA 1NJWA 3OJSA 3QINA 3MN6A 3NH2A 2P1JA 4E0DA 1BQMA 3VEVA 3O9UA 1ATSA 3CM6A 3QEXA 3SAFA 2P51A 4FZZA 4CEZA 2YHWA 3C94A 1VRUA 3V9UA 5CYQA 4C1NI 4JKEA 2D0CA 4CK1A 1VHXA 3WEEA 4ZTFA 1JLAA 3WQUA 3I8BA 4BRCA 4RW8A 4FWQA 4OLAA 3MK6A 3WXJA 2Z1GA 2P9UB 3SCXA 4JEPA 2G8FA 1M90O 1NGHA 2ZD1A 3VGKA 4HUGA 4FJHA 1XUPO 4A2BA 1QQCA 1RT2A 3HPGA 2CGJA 1JL2A 1P90A 3ZSOA 2W41A 2FBTA 2P9LA 2VQFK 3THWA 2WC9A 1J5OA 4W5QA 4CGJA 4RW7A 4WYBA 2BH1A 5JVHL 1Q86O 3TANA 4C8LA 4M63C 1W97L 1YUWA 1YT3A 1NGDA 1C0GA 1VQKN 2KLAA 3I0RA 2A1RA 1GLEG 2V7ZA 4DV3K 4B9SA 4QCLA 1BA0A 3DRPA 1X3MA 2FSNA 3LALA 5M1FA 1D4XA 1C1AA 3M6GA 1HUXA 3LDNA 3AA2A 1MU2A 1TVRA 4IFYA 3AO3A 1EWQA 1CXUA 4CJRA 3SUOA 2NNWA 3C95A 3KLFA 3DXMA 4RCHA 1BDGA 3K5NA 3J81O 3EZ5A 2F7TA 3LP3A 2ZGZA 5KI6A 4FJXA 1ZC6A 3VEZA 1J54A 3T7ZA 4CGDA 4DTJA 3V1RA 1CXQA 1WSEA 3IDHA 3WNGA 2KKZA 3OVNA 4JI6K 1UAXA 4DG1A 3ZX2A 1TK0A 2B5JA 4MDBA 2O8BA 3UKRB 5HRRA 4DF4A 3L2WA 3UKUA 1KAZA 3VPZA 4E1MA 1YAGA 3TU5A 3DOLA 3I56N 3OW2M 1JCGA 5AQGA 2E2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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