4CF8A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf8A00
3KIOA 1WSFA 1TL3A 3LANA 3OVNA 5J2NA 3ZT2A 1KLNA 4LD0A 5HRPA 4B9UA 3T3FA 4ID5A 3ZSZA 1W9HA 4KB1A 4M3RA 3E01A 3M8RA 3NF7A 3KKRA 4Z4IA 2OZSA 1TK0A 1XWLA 4DFJA 1VSHA 3VQCA 2G8WA 2FBYA 3I0RA 3SI6A 1RDBA 3L8BA 4DS5A 5J2PA 1J5OA 3VQ8A 3LZJA 4DQPA 1Q8IA 2RPIA 3B6PA 1KSPA 2BDPA 4KTQA 1ZYQA 3VA0A 4CJ4A 4FLUA 2WOMA 4I7FA 3HSTB 4R5PA 1JLEA 4O0JA 1JKHA 2WONA 3TARA 4Z4GA 4B08A 3QESA 4KO0A 1QQCA 4Z4HA 3OS2A 3LWLA 1NJXA 3DMJA 4F3OA 3OYFA 4BDYA 2HHSA 4J2EA 3NH0A 3ZT3A 3MEGA 1LW2A 3ZSRA 4HCCA 4IG3A 1UOCA 1LWFA 1L3VA 1S6PA 2E4LA 4N41A 4M42A 1RBVA 3LAMA 4CGHA 1IKXA 3LALA 5I3UA 3DOKA 2Z1HA 3F9KA 3OYMA 4FVMA 3S3NA 1IKWA 3M8PA 2YHAA 2DFFA 3AVBA 4M3XA 3LPTA 2JLEA 3O4NA 1D9DA 2E6MA 1RT1A 2A1RA 1EXQA 5C25A 3M8SA 3AVIA 4KRFA 3SQ4A 3NH2A 1VSMA 4FLTA 3P83D 1RTIA 3L2VA 2O4IA 1SKWA 1NKBA 3U3GA 4DTOA 1VK0A 2D0AA 1ASWA 5DK5A 3OYLA 4JRQA 3HK2A 4OKKA 1HQEA 4BE2A 1EP4A 3ISNC 2G8HA 4CHYA 4CGDA 3NE6A 3V9SA 2GV9A 4N47A 4CGFA 3SNNA 3KTQA 1B92A 2HHTA 3I8DA 3PX6A 3OY9A 1HYZA 2P5OA 3VQAA 1UA0A 1UWBA 4DQIA 3C95A 3AA3A 3TAQA 4IKFA 4OPJA 1NOYA 1CZ9A 4EP4A 4BACA 1RT4A 4MFBA 1IH7A 4FCYA 4DQSA 3AVLA 3SQ0A 4ID1A 3AVHA 3WNFA 2P5GA 1RTDA 4J2AA 4PWDA 3SCXA 3ZSQA 3V1RA 3TAPA 3CM6A 1JXEA 4FK4A 3U6FA 4N5SA 3OYCA 2VWJA 4JLHA 4OGEA 4ZTFA 4DWIA 4CEQA 3AVKA 4RW6A 3VQ4A 3TAGA 2QK9A 3SV3A 1SV5A 4I9LA 4I2PA 4C8MA 2E6LA 1DTTA 1EETA 3VQ6A 2VG5A 1U48A 4CCHA 3V9WA 4CIFA 4BE1A 3K58A 3TI0A 4OKJA 4ELTA 2F96A 4W5NA 1L3UA 4DSJA 1S1WA 4DSLA 3PX0A 4FLVA 5K14A 4E1MA 1KVAA 3RR8A 5C42A 3LP0A 4Z0UA 1X9MA 3AV9A 4FZXC 4E3SA 3HL8A 4IG0A 2P1JA 4CF8A 3L2UA 3OYEA 3F73A 4DSFA 2D0CA 1SKSA 1FK9A 3DRSA 5D3GA 2A1SA 2F8SA 1VSEA 4CJTA 2HHVA 1B9FA 4DLGA 2ETJA 1I3AA 3QEWA 4KAZA 2ZQBA 3SPZA 2ZD1A 1QE1A 3ITHA 3DYAA 3HP6A 3B6OA 4HUFA 3TAFA 3KLHA 4FM0A 1NK4A 1ASVA 4FJJA 3K59A 3O3GA 1BCOA 4C8KA 2X78A 4CGIA 3ZSWA 1QSYA 2HHWA 3VQ7A 1KCFA 1VRTA 4CEBA 3D45A 4BDPA 3ALYA 4CERA 1KLMA 4LH5A 4BWMA 1HNIA 3MXJA 3AO4A 4CFBA 2OYQA 4M3TA 4DTNA 3LAKA 2YNIA 1QTMA 1KVBA 3CFRA 1TL1A 1N6QA 4DU1A 2RF2A 4PQUA 5HP1A 2FBVA 3MAQA 4DU3A 1NJWA 4ELVA 3CYMA 1IKYA 3HYFA 1I39A 2VG7A 3SUOA 3AVMA 1BCMA 3IS9A 4KI4A 1C1AA 3HPGA 4FJNA 1S1XA 4RW4A 4M3YA 1EX4A 5KGWA 4W5RA 3OS0A 3LDSA 3LP2A 4N76A 1HQUA 4B9SA 1X1PA 2KZMA 1RBSA 1NJZA 1FKOA 1S6QA 1JLCA 4BE0A 4CJVA 4FJKA 1TK8A 5SWMA 3DLRA 4ICLA 2X74A 4KKOA 3VQQA 2KTQA 3AVNA 1VSIA 2XRIA 1RTHA 3AA4A 3EZ5A 4DSEA 5SZTA 1RDAA 1JLGA 4RW8A 2IC3A 5CY4A 3TAMA 1X9SA 4KHSA 4AILC 1SKRA 1S1VA 2HNZA 1ASUA 1VSDA 1S5JA 1ZBFA 4H4MA 1GOBA 3MEDA 5FROA 4FK2A 4PY5A 1RT5A 3QEVA 3RMDA 1ITGA 4DG1A 4J2BA 3DRRA 1RDDA 4RW9A 5CYQA 2QKBA 3WNHA 2PZSA 1C1CA 3ZT4A 4WE1A 4C8OA 2OPPA 4G1QA 4B8CA 5J2QA 3V81A 1XC9A 3MXIA 1S1UA 2FBTA 4M45A 1TGOA 3QERA 1Z25A 2G8FA 2HNDA 3DLEA 4UQGA 3PY8A 1ZBLA 2KFZA 4M3UA 4FJ8A 4CESA 1A5VA 1REVA 2HNYA 3VQ5A 4RG8A 4W5TA 1TK5A 3LP3A 5J1EA 4KPYA 3PO5A 3VQPA 3QIOA 4FYDA 2IS3A 5HBMA 1KFDA 1TKZA 3SQ1A 3K2PA 2D0BA 2YNGA 1TAQA 3NH1A 4FLWA 3NF9A 4NCAA 1J54A 4H4OA 3VQBA 3NGZA 4B9TA 5FRMA 1BQMA 3T1AA 3VQDA 5J2MA 3RR7A 1A5WA 4KV8A 2G8UA 3IG1A 1WSIA 3QLHA 3TR8A 3HPOA 1S9GA 1TKDA 1WLJA 3ZCMA 3KD5E 5CZ1A 2Y1IA 4KTWA 3OYNA 3NBPA 3EYZA 2D5RA 1WSJA 3L2RA 3K5OA 1VSFA 3OYDA 2HB5A 3O3FA 4H8KA 1DLOA 3JYTA 5HLFA 3VQEA 2DTUA 1NK9A 1XHXA 4B8AB 3RRGA 3PO4A 4FM2A 4FW2A 1C6VA 1QS4A 3L3UA 4CJFA 4AHTA 1B9DA 4IDKA 2X6NA 3O3HA 1NJYA 1GOAA 3SUPA 5CYMA 3QEXA 3C6TA 1NKEA 1IG9A 3CM5A 3V4IA 3PUFA 3C6UA 1TAUA 1LV5A 2OZMA 3DLBA 1WNSA 4M41A 4E89A 1D8YA 2EX3A 4I9QA 3P5JA 3U3YA 4OLBA 2DY4A 1YT3A 2FBXA 4TSXA 3THVA 3L2WA 4FJIA 3HJFA 1SUQA 3DLHA 2YKMA 4E19A 3AO1A 1CZBA 4CIEA 2HMIA 3BGRA 5HRRA 1L5UA 2BGGA 1NOZA 1C0UA 2JGUA 4CFDA 4XIUA 1JLFA 3AA5X 4CHQA 3S9HA 1ZBIA 4CFCA 3SV4A 3T19A 4CF2A 4E7LA 1WAJA 1BL3A 3MECA 3SPYA 1NK0A 1Q9YA 1S9EA 4B9VA 3TABA 2Z1GA 4B9NA 4N56A 4E0DA 2VG6A 2G8IA 4KHNA 2G8KA 3K5NA 2KW4A 4AHRA 3CFOA 1GOCA 4KTZA 1NK6A 3IAYA 3AVGA 4CFAA 3KK2A 4JRPA 1TKXA 4DFPA 4EZ9A 1RT7A 4KB0A 3MXMA 1BGXT 4FJ5A 4FJHA 3OYBA 2F8TA 4KREA 3NF8A 2HHXA 4DQQA 4FZZA 4F2RA 1K6YA 2IGIA 4QAGA 2YKNA 3AVJA 3HT3A 3IRXA 3VQ9A 1T7PA 1JL2A 4OGCA 4CJQA 1HRHA 3RMAA 1SL2A 3VA3A 1JXBA 1O1WA 2I5JA 3LPUA 3KLEA 1WN7A 3SQ2A 4CEZA 1D5AA 3NF6A 4CK3A 3V1QA 3OJSA 4F3TA 2ZE2A 2YHBA 5I42A 4OJRA 3NHGA 3QO9A 3AO3A 4KHQA 1RILA 3OYAA 4F4KA 3M8QA 5HRSA 3BDPA 1JLQA 3L3VA 2QKKA 3AO5A 5C24A 1TV6A 3KLIA 3WNGA 1XI1A 2PY5A 1RTJA 3SUNA 1BI4B 1Y97A 1A5XA 3RRHA 3RMBA 3KLGA 4K8ZA 4DFMA 4FLZA 3K5LA 1J53A 4DSIA 4CJEA 5KGXA 4DTSA 1NKCA 5FDLA 1RBTA 4DLEA 1JL1A 1KVCA 2EHGA 2GBZA 4BWJA 3PV8A 4AH9A 1BI4A 2QXFA 4LSLA 5KRTA 4HHTA 1RT3A 3EY1A 4QOZB 2OPQA 4C8NA 4CF9A 1NK5A 2LSNA 3KJVA 3ZT1A 4MQ3A 4CEAA 1YVUA 4CEFA 4O0IA 4M3ZA 4CEOA 3WNEA 3S3OA 1VSKA 1HJRA 3SZ2A 3HVTA 1U4BA 1IO2A 4E7KA 1C1BA 3K57A 4NCGA 4HTUA 3QEIA 4OPKA 1KFSA 1U45A 2PYJA 5FRNA 3LWMA 2HVHA 4CK2A 3AO2A 3V1OA 3SJJA 4OVLA 3KK3A 2DFEA 1BHLA 2XY5A 1KRPA 3O4QA 3ZSXA 4Z4CA 3QINA 3C94A 4PUOA 2P51A 3CQ8A 3G10A 4FW1A 3ZSVA 4CJSA 3HVRA 4I2QA 4KFBA 3V9UA 4DF4A 1LWCA 4IBNA 3AVAA 5T7BA 2OPSA 4CHOA 1VRUA 3A2FA 4DF8A 4KI6A 4JS5A 4CK1A 4O4GA 4CJKA 1RBUA 4FLYA 2XY6A 1L3TA 4EZ6A 3TWHA 4CGGA 4AHUA 3NGYA 4OLAA 1L3SA 3DI6A 4W5QA 3CFPA 3KLFA 3RTVA 4DTXA 1UAXA 3TANA 1X9WA 1BIZA 4DU4A 4ELUA 1T03A 1RDCA 2B5JA 4O44A 1XHZA 1YTUA 2B4JA 3KKSA 1WAFA 4DTRA 3L2QA 3DM2A 3MEEA 1HNVA 4Z4EA 2RKIA 1F21A 2FC0A 1LW0A 3FFIA 3HPHA 2G8VA 4B3OA 4LY7A 4FXDA 4YFUA 5JS1A 4PA1A 3LZIA 4FLXA 2IAJA 4GW6A 1NK8A 2HHUA 2Z1IA 3AA2A 3QNNA 4DSKA 1FXXA 3HM9A 1U49A 4CHPA 3ZSOA 3RWUA 1ZBUA 4CJ3A 3AVFA 4FJMA 1CLQA 1RCHA 3NFAA 1CXQA 4Q0BA 4CJPA 2XY8A 1QSSA 4C8LA 1HMVA 2XO7A 3ASMA 3UIQA 1DTQA 1W0HA 4CECA 3KK1A 1WSGA 4IFVA 3QNOA 2OPRA 4FJ7A 2Y1JA 3ULDA 4BDZA 1S1TA 1N5YA 1Q9XA 4Z4FA 3V9ZA 4Y1CA 2O4GA 4K8XA 2XY7A 4CEEA 4E1NA 4KHUA 4KHYA 5CZ2A 4CJUA 3OJUA 3DLGA 3AVCA 3SYZA 3KD1E 1G15A 2ATQA 2ITGA 3CG7A 3I0SA 4DTPA 1ZBHA 1EKEA 5EU7A 4CJLA 3P1GA 3NAEA 3H08A 5KTQA 2BANA 1BISA 4LSNA 4O55A 4AHCA 2R7YA 3HO1A 2HW3A 3ZSYA 4EP5A 4E7HA 1MU2A 2NUBA 3TAEA 1RT2A 4ZTJA 1CXUA 1LAWA 4HCBA 3G0ZA 4NYNA 4DTJA 3S3MA 1Z26A 4AHSA 3OS1A 2VWKA 4F2SA 5E41A 4KHWA 4DTMA 4CIGA 4RW7A 4ZHRA 4CGJA 3K5MA 1NK7A 5JS2A 4CHZA 4Q5VA 4AHVA 4Y1DA 1VSJA 1SL1A 3LP1A 2IDOA 2Z1JA 3V9XA 1IKVA 2DFHA 3QIPA 2OA8A 2AJQA 3HP9A 3VN5A 2Q3SA 5KRSA 1HYVA 1HPZA 3PX4A 1U47A 3JSMA 3HXMA 4E7JA 4O5BA 1LAVA 4GMJB 4HVJA 4J2DA 1KTQA 3D0PA 3RMCA 4DFKA 1FKPA 4CJ5A 4CHNA 3NDKA 3OYGA 2KZZA 2X6SA 1QHTA 2IOCA 4CJWA 4F8RA 1RNHA 3ZT0A 4CEDA 1J9AA 4GVMA 4NYFA 4JS4A 4FJLA 2HVIA 4B9LA 1HYSA 4OKEA 4FZYA 4CE9A 3OYHA 5HROA 1RBRA 2GUIA 3QETA 1SL0A 3OYIA 4IFYA 2YNHA 4CJRA 4HUGA 1BQNA 4B9MA 4CF0A 3NGIA 2XHBA 4W5OA 1VSLA 1QSLA 3DRPA 2B6AA 4FM1A 4L8RB 2YV0X 4NCBA 1R0AA 4DS4A 4LH4A 1T05A 1JLAA 1RT6A 2W42A 2HHQA 5HRNA 3DOLA 2RN2A 3OYJA 4DMNA 2KQ2A 3V6DA 4HUEA 1LWEA 4QCLA 4FJ9A 1UA1A 1U04A 4FK0A 1TKTA 1WSHA 4M3WA 3OYKA 4CF1A 1C0MA 4FJXA 1TVRA 2KFNA 5DMRA 4E7IA 1C0TA 3SUQA 2BE2A 1D9FA 4DQRA 3QEPA 5KI6A 4FJGA 2PYLA 3DLKA 3NCIA 2YNFA 1WSEA 1BIUA 1JLBA 4DTUA 1YTAA 4YNQA 1T8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL3A 3CERA 1VQKN 4LD0A 3JS6A 4ID5A 3ZSZA 2NZTA 4I6MB 1W9HA 3U9DA 1SQKA 1E3MA 1VSHA 1J5EK 3SI6A 1RDBA 3MX5A 1J5OA 5J2PA 4BR0A 3VQ8A 4I6MA 3LZJA 1C0FA 3K9KA 2DPNA 4BRHA 5KQ8A 3M3ZA 4BRCA 4FLUA 2WOMA 3TARA 3HZ6A 4Z4GA 1JLEA 1JKHA 1Z6RA 1XQSC 1QQCA 4H03B 3LWLA 4F3OA 2IIRA 1IG8A 4WF9L 4J2EA 2HHSA 5AQVA 3ZT3A 2QEXN 3NVMA 4J8FA 4HCCA 2YHWA 2GTDA 4M42A 4CGHA 2Z1HA 3TTCA 2CGKA 4IWVA 4M3XA 1BOTO 2JLEA 1RT1A 4GKJK 4FSVA 1EXQA 3LDPA 3NH2A 3P83D 1SKWA 2IVOA 2D0AA 3HK2A 1T6DA 2G8HA 4CHYA 3NE6A 4A5AA 3V9SA 1B92A 3ZETA 5C10A 2QWQA 2P5OA 1UA0A 3C95A 3AY9A 4IKFA 1LOTB 1NOYA 3L6QA 4FCYA 1OKJA 5EXWA 3SQ0A 2YX6A 3VF4A 3W0LA 1RTDA 4PWDA 3V1RA 2V52B 1WBDA 1JXEA 4JLHA 3D2FB 4PHTX 4OKJA 4W5NA 1L3UA 1KQSM 4DSJA 3D2FA 2FSJA 1M1KO 4FLVA 1NNEA 5C42A 1X9MA 3A5NC 1NM1A 4WQ5C 4FZXC 4ILGB 4CF8A 2A6AA 3OYEA 4DSFA 3I55N 3ZX2A 2F8SA 1VSEA 2HHVA 5BR9A 4DLGA 4CJ7A 1I3AA 3P4IA 4A61A 3I33A 4WFAL 3T1HK 1ASVA 3AAQA 2NRWA 1K8KB 1BCOA 4C8KA 2X78A 3ZSWA 1QSYA 3VQ7A 1HKCA 3D45A 1LCUA 2OYQA 1QQNA 2YNIA 1K8KA 1QTMA 1KVBA 3CFRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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