4CF8A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf8A00
4NYFA 4LSLA 1VSHA 2YNHA 3SYZA 3AVBA 3SQ2A 3C95A 1C1BA 4FJMA 2IS3A 4JRPA 2HVHA 2ITGA 4JLHA 3MXJA 4B9MA 3HP6A 2XHBA 4AHCA 3QEIA 3HPOA 2A1SA 4H4OA 4Z0UA 3QIOA 3ZT0A 4FLWA 2G8HA 4J2BA 1RT4A 3BDPA 3WNFA 3SV4A 1GOAA 4DTOA 3LPUA 3V1OA 1UA0A 3AO1A 4CESA 2WONA 4DFPA 4KTWA 1JLQA 3PX4A 4KHUA 5DK5A 2P5OA 3V81A 4FXDA 3K5MA 3HP9A 1NKBA 3QEVA 1KCFA 1C6VA 4DQIA 3KLGA 1S1UA 3VQ6A 4E89A 3CQ8A 1L5UA 3LZIA 4QCLA 4ELVA 3EZ5A 4M3TA 4FJ7A 5C42A 4PY5A 1DLOA 4DFJA 3KIOA 1GOBA 3HK2A 1NK9A 3MAQA 1NJWA 3NGYA 2I5JA 4DSKA 4RG8A 3NH1A 3KLFA 3ZSQA 3IAYA 3RRGA 4N76A 1RNHA 3HPHA 4AHVA 4CGJA 3CYMA 4O4GA 1T03A 4BWMA 2YNGA 1EX4A 2RN2A 2YNIA 3LWMA 3RMDA 4B9VA 3OYKA 1KLNA 3O3HA 3AVLA 4KHWA 3T1AA 1O1WA 5D3GA 4N47A 3NGIA 3U3GA 3VQDA 4DLGA 1C1CA 1FKPA 3FFIA 4CFBA 5J2QA 1T7PA 1J5OA 2Z1GA 3D45A 3KJVA 4FJ9A 4B9UA 1XWLA 3VQAA 2GUIA 4I9LA 4LY7A 3AO5A 3QNOA 4CEDA 1QQCA 4CJFA 2KQ2A 1LAVA 4O44A 1VSKA 2E6LA 4CEAA 2KFZA 5J2MA 4CFDA 1SL1A 1B9DA 1QHTA 4Z4IA 1JLBA 1C0TA 1VSMA 4E3SA 4C8MA 1S1WA 4OGEA 4KRFA 3L2VA 4M3RA 1VSIA 3BGRA 2E6MA 4FLTA 4J2DA 1TK0A 3AVCA 2BDPA 4L8RB 4DWIA 3QEWA 3PUFA 2PZSA 3KKRA 4KV8A 4DG1A 3NE6A 4N41A 4DTPA 2KTQA 4KKOA 4CJVA 1A5XA 2OZMA 1JLAA 3AVFA 1HQEA 4AHUA 3HSTB 3HJFA 3ASMA 3U6FA 3HM9A 4N5SA 1WLJA 1RBSA 3QINA 5HRPA 1UA1A 4DSLA 1C0UA 4DTRA 1KVCA 3M8RA 4Z4GA 5EU7A 3S3OA 3KLIA 3CFPA 4OLAA 1BGXT 1LWFA 3OYHA 1I39A 4HVJA 3HVRA 2Y1IA 4KHYA 3QEXA 1HRHA 1CXUA 1CXQA 1QE1A 4E7KA 1TKTA 4DS4A 4KB0A 1CLQA 4HTUA 2HMIA 3MXMA 2DFHA 1L3UA 5SZTA 5I42A 4ICLA 4OPKA 3VQ7A 1SKSA 1QSYA 1DTTA 1YT3A 2ZQBA 1D9DA 4FZXC 4CCHA 3P83D 2BANA 4NCGA 4JRQA 3NF9A 3TABA 3SPZA 4KI4A 4M3WA 4MFBA 4Z4EA 3KLHA 4JS5A 4B8AB 4HUFA 1FXXA 4CK3A 2P1JA 1HYSA 1ASVA 2AJQA 2IGIA 4BDYA 4F8RA 3C6TA 1FK9A 3NF8A 1UOCA 4IDKA 5CZ1A 3PV8A 3QO9A 2WOMA 1NK8A 1NK0A 1RBVA 1TGOA 4FJKA 4LSNA 3K59A 1HNVA 1IO2A 1DTQA 1QS4A 3WNHA 5HP1A 1BIZA 2B6AA 1HMVA 1TK8A 2G8FA 3M8PA 3OVNA 3V6DA 3UIQA 1ZBIA 3AVAA 3HO1A 1S9GA 4Y1DA 3PY8A 4JS4A 1WSFA 2RF2A 2X6NA 3VQ5A 1U48A 1NK6A 2B4JA 2FC0A 3LPTA 2KW4A 4CF2A 2IDOA 4M3ZA 3S9HA 1W9HA 3DLBA 1I3AA 1RTHA 1JLCA 4IG0A 3SQ4A 2HHSA 1RT1A 4H8KA 4W5QA 1WSJA 3LWLA 1Z26A 4DTJA 4QOZB 2X74A 3P1GA 1A5VA 4J2EA 2Z1JA 1KTQA 1RDCA 4Z4CA 3OJSA 3OJUA 1NK5A 1RBRA 1B92A 4PA1A 3V9ZA 3KD5E 4F2RA 3LAMA 4B8CA 2HVIA 3OYFA 3THVA 5KRSA 1J9AA 5HRSA 3SV3A 2OPPA 4E7IA 4KHSA 1D8YA 3KK3A 3ZSWA 4J2AA 2HNYA 2ETJA 4OKJA 3K5NA 1BCOA 4IFVA 4B08A 5DMRA 3AA4A 3F73A 1WSGA 4N56A 4B9LA 2QKBA 1A5WA 3TAEA 3VA0A 4EP4A 4RW6A 3HXMA 3LP0A 3TI0A 2HNZA 3HVTA 4FZZA 4WE1A 3ZT4A 4M3UA 4Q0BA 5FROA 4DTMA 1KSPA 4F3TA 4FLYA 4CFAA 3VN5A 1TKDA 1WSHA 1KFSA 3ZSOA 4FK2A 4KTQA 4ELUA 3WNEA 1WAFA 4G1QA 3L2WA 3SQ0A 2OPSA 3O4QA 3OY9A 2FBVA 1ASUA 4CHNA 4CEFA 4CJRA 3OYLA 3L3VA 3P5JA 3ZT3A 4OPJA 3V1RA 5HRNA 4BACA 3SUNA 3V4IA 2QXFA 3KD1E 4E7JA 4FK0A 5E41A 4CGIA 3OYJA 3NCIA 4CJ4A 4LH5A 3OYDA 3T3FA 4DSIA 4HHTA 4CGFA 1HPZA 3G0ZA 3OYEA 1W0HA 2HHUA 4CJUA 4BWJA 3NF7A 4PWDA 1BHLA 1L3VA 1NKEA 4FJGA 1Y97A 1RT3A 4LH4A 1U45A 1KRPA 4DF8A 1KVBA 2RKIA 4DTXA 3KK1A 1Q9XA 2OA8A 1RT7A 4DMNA 4KHNA 2NUBA 3AA2A 1KVAA 3SNNA 4I2QA 3OS2A 4FLZA 2BGGA 4DFMA 1IKYA 1TAQA 3AVJA 4RW8A 3S3NA 4C8LA 3OYCA 4E1MA 3OYAA 1VSJA 4TSXA 4CJ5A 1XI1A 3SPYA 1RTJA 2G8IA 2DFFA 2OPQA 5KRTA 1JXEA 5C25A 3DLEA 3DLKA 1CZBA 4BDPA 3ZT1A 1T05A 1TKZA 4DSFA 3ZT2A 5KGXA 3HPGA 1WSIA 4IG3A 3NFAA 4CHOA 1XHXA 4DU4A 1ZBFA 1S6PA 1X9WA 3TARA 1TL1A 5K14A 3AA3A 4CJSA 5FRMA 1L3SA 3KK2A 1T8EA 4OJRA 3DLRA 1ZBUA 5I3UA 4FJ8A 3VQPA 2P5GA 1C1AA 4EP5A 4CJPA 5HRRA 4DF4A 2G8WA 1ZBHA 1TAUA 4CEEA 3NAEA 2IC3A 3ALYA 1TKXA 5CYQA 4CF0A 4CIEA 4YFUA 3LP1A 1BIUA 1EETA 4CFCA 3U3YA 4CGDA 1X9MA 3DRSA 4GMJB 1NKCA 1VSEA 1QSSA 1SKRA 4FJNA 1SUQA 2KFNA 3OS0A 1JL1A 1REVA 3HL8A 4RW9A 4B9NA 3LANA 3ISNC 4FYDA 3RR8A 4B3OA 2KZZA 3RMAA 4CJLA 3IRXA 1IKVA 4FZYA 1HJRA 2ZE2A 3LZJA 4DQPA 3VQ8A 5FRNA 1WSEA 3RMBA 4HCCA 3MEDA 3OYIA 3B6PA 4O55A 3VQCA 4CJ3A 4XIUA 3M8QA 3RRHA 4K8ZA 1TVRA 2GBZA 1ASWA 1BQNA 4CEZA 2VG6A 1U4BA 2VG7A 3A2FA 3I8DA 1HYZA 3DOKA 5FDLA 1U04A 3CG7A 4GW6A 4CEQA 4KAZA 1RTDA 3SCXA 1D9FA 2Z1IA 2ZD1A 3DYAA 3MEEA 4C8OA 4KI6A 3OYGA 3DM2A 2GV9A 4FW2A 1TK5A 3TANA 3O3FA 3PO5A 4B9SA 3TAMA 3OYMA 4O0IA 3DRRA 3I0SA 4CGHA 4DQRA 1X9SA 1LAWA 3KTQA 4KO0A 4M3XA 1YTAA 1TV6A 3LDSA 4FJ5A 3V9SA 3SZ2A 4I9QA 3ZSZA 4C8KA 4PQUA 4E1NA 3HT3A 3K5OA 4CERA 4PUOA 1YVUA 2XY5A 1KLMA 4Z4FA 1D5AA 4NCBA 1JKHA 1VSDA 4AILC 2XO7A 2G8UA 4W5RA 3TWHA 4FW1A 5C24A 4C8NA 4QAGA 4CIFA 1K6YA 5SWMA 5KGWA 3OYBA 3RWUA 4AHTA 2PYLA 3AVMA 3SQ1A 2Y1JA 1JXBA 1RDAA 4CEOA 4CF1A 3AVIA 2ATQA 2IOCA 4GVMA 2P51A 4DFKA 1HYVA 4FM0A 1SL2A 1ITGA 2DFEA 3DRPA 1NK4A 5T7BA 1EKEA 1S6QA 3QESA 1B9FA 2Q3SA 1N5YA 4F3OA 5KI6A 4FLUA 4UQGA 5HROA 1NJYA 3AVKA 4DTSA 1VK0A 3NHGA 4DU3A 3T19A 2KZMA 1J53A 4OKEA 4Q5VA 3O3GA 4M41A 3DOLA 3LP2A 1JLFA 1IKXA 3DLGA 2JLEA 4ID5A 4W5TA 1RDDA 3L8BA 3QNNA 4R5PA 1RILA 1R0AA 2E4LA 2HHWA 3K58A 1L3TA 4EZ6A 2X78A 2O4GA 4KFBA 3VQ9A 4Z4HA 1BI4B 4I7FA 1X1PA 1RBTA 3E01A 3KKSA 4OVLA 3VQBA 3EY1A 2QKKA 2O4IA 4AHSA 1NOZA 1ZBLA 1S9EA 2D5RA 1RT6A 4CF8A 1U47A 4ZHRA 5J1EA 4NYNA 1S1VA 3AV9A 3ZCMA 2VG5A 3ULDA 3ZSRA 1KFDA 1IH7A 4CECA 2G8VA 1BCMA 1IG9A 2F8TA 2YV0X 1VRTA 3ZSVA 3NGZA 2W42A 3D0PA 3LALA 2X6SA 1NJXA 1QTMA 1JL2A 2OYQA 3TAFA 4F2SA 3G10A 3QIPA 1JLGA 2VWJA 3NH0A 2JGUA 4RW7A 2D0BA 4FM1A 4W5NA 3LP3A 1XC9A 4I2PA 1BISA 3V9UA 4KB1A 4KREA 3C6UA 4BE1A 3MXIA 1BL3A 5CY4A 1SL0A 4CJWA 1VSLA 1YTUA 4OGCA 5J2NA 3PO4A 4M45A 2RPIA 4DSJA 4DLEA 1C0MA 4F4KA 3L2RA 3VQEA 2YNFA 2HHTA 2HHVA 4YNQA 3VQ4A 3JSMA 3QETA 4FJLA 2HW3A 3B6OA 3AO4A 2XY6A 2OZSA 4CJQA 3IG1A 3QEPA 2YHBA 4O5BA 3VQQA 4M3YA 3EYZA 3AVHA 3ZSYA 1UAXA 1F21A 5CZ2A 4DSEA 4W5OA 3KLEA 4CJEA 3DLHA 1U49A 4NCAA 4CK2A 3CM6A 2HHXA 3NH2A 1UWBA 5HLFA 4FJXA 4M42A 1RBUA 3OYNA 5CYMA 4CF9A 3K2PA 3TAQA 3H08A 4BE2A 3ITHA 3S3MA 3CFRA 4OLBA 1NK7A 2OPRA 1WNSA 2HB5A 3RTVA 4FJJA 4K8XA 3MECA 4CE9A 3PX0A 1HNIA 3L3UA 4ID1A 4LD0A 1S5JA 3L2QA 4FK4A 3NDKA 4DTNA 1S1TA 1HQUA 5JS2A 1RT2A 1QSLA 2R7YA 3SI6A 3NF6A 1LWCA 2F96A 2YKMA 5J2PA 2F8SA 3V9XA 4CHPA 4CHZA 4BDZA 3AVGA 1Z25A 2LSNA 1N6QA 2YHAA 3TR8A 4CEBA 1BI4A 4HCBA 3AO3A 2BE2A 3SJJA 2XY7A 3L2UA 3OS1A 3RMCA 1EP4A 4KTZA 3K5LA 2B5JA 3MEGA 1LV5A 1NOYA 3LAKA 1BQMA 4CJTA 2Z1HA 3SUQA 4FLVA 4O0JA 3K57A 1G15A 3PX6A 2PYJA 2D0CA 1RCHA 2FBXA 4FVMA 3HYFA 3NBPA 3DMJA 1Q9YA 2EHGA 4Y1CA 5HBMA 4E19A 3M8SA 1MU2A 1WAJA 1ZYQA 4FJIA 3VA3A 1JLEA 2YKNA 4E0DA 2PY5A 2FBYA 4IKFA 1VRUA 3AA5X 1FKOA 2HNDA 4DQSA 4DS5A 4ZTJA 1SKWA 2G8KA 4B9TA 4ELTA 4IFYA 1EXQA 1GOCA 3SUPA 3I0RA 4KHQA 4AH9A 3QLHA 1LW0A 3TAPA 4FJHA 2D0AA 2QK9A 1LW2A 3DI6A 1VSFA 3ZSXA 4BE0A 1S1XA 2FBTA 2XY8A 4HUEA 5KTQA 4CK1A 3JYTA 4E7LA 1IKWA 4CIGA 2HHQA 3C94A 3IS9A 4DTUA 2EX3A 1XHZA 4CHQA 3QERA 3AO2A 4HUGA 2A1RA 1RT5A 4IBNA 2DTUA 1TL3A 4CGGA 3O4NA 1NJZA 4FCYA 3WNGA 1J54A 4DQQA 1RDBA 1RTIA 1SV5A 2IAJA 4EZ9A 3V1QA 4KPYA 5JS1A 4AHRA 4RW4A 1LWEA 3RR7A 3F9KA 4ZTFA 1CZ9A 1Q8IA 3CFOA 4CJKA 3CM5A 4CHYA 4OKKA 4FM2A 1WN7A 2VWKA 4E7HA 4DU1A 3TAGA 3SUOA 2DY4A 4FLXA 3AVNA 4H4MA 4MQ3A 2XRIA 3V9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNHA 3AVBA 3G4SN 1C1BA 3LDPA 3TU5A 3O6WA 3HP6A 3DXKB 5BN8A 3GL1A 3THXA 5AQKA 3MDQA 4BC3A 4KHPK 2YHWA 4J2BA 1RT4A 3VESA 3PLAA 1D4XA 4PKHA 4BRAA 5DK5A 4JKBA 1O13A 3VEWA 1S1UA 1ATNA 1T6CA 4E89A 4GNIA 3EE8A 4BQZA 4EFHA 1DLOA 4DFJA 3E9LA 4DSKA 4DQ8A 3P4IA 3IAYA 2V51B 4M7XA 1KAYA 4FWNA 3O9TA 4BWMA 3LWMA 3TSPA 3RMDA 3BEXA 3C6HA 3AVLA 1VQKN 1O1WA 2NRZA 3VQDA 4BROA 1X3MA 3D45A 4LFAK 4B9UA 1XWLA 4I9LA 5LY3A 3N4QA 1LAVA 2ITMA 2O8DB 4A57A 4CEAA 1GLJO 1MWMA 4WFBL 1SL1A 3E66A 1YIJN 2ZGYA 2FSJA 1QHTA 1JLBA 4NO7A 1VSMA 4E3SA 1S1WA 5AQQA 3L2VA 1VSIA 3BGRA 5EY4A 3UKRA 4J2DA 3AVCA 3ID8A 3EKSA 4DV2K 3LDQA 3HZ6A 3ULEB 3QMLA 3WUHA 1A5XA 3MCPA 4JKGB 4AHUA 1WLJA 3QINA 3DXKA 1KVCA 4JI8K 5LJVA 4HVJA 1CXUA 2KLAA 4KB0A 1TKTA 5GAGP 4JEPA 3MXMA 2DFHA 3O80A 4IFEA 5AZJB 4ICLA 4OPKA 1QSYA 3CF5L 2ZQBA 3CJ7A 4JRQA 3TABA 4M3WA 1JCFA 3NF9A 3QB0A 4Z4EA 4B8AB 2UYTA 1HYSA 2IGIA 5IT9O 4F8RA 3C6TA 3NF8A 3PV8A 1NK0A 3A5MC 4LSNA 3K59A 1HNVA 4MLEA 1QS4A 1DTQA 4BRMA 4CZJA 2B6AA 1TK8A 4FWRA 4FWSA 1HKBA 3OVNA 3N4PA 3HO1A 3CCRN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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