3HYFA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and active site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
143
Chain Sequence
MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKRGWPVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H active site inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase: design, biochemical activity, and structural information.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/RNaseH
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 46
structure length 143
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hyfA00
5JS2A 2P5GA 4DTUA 3KLIA 4RW6A 1YTAA 1BCMA 5C25A 3AO1A 2JGUA 3QLHA 4EZ6A 3TAMA 4KB1A 1U48A 4HUGA 5HP1A 4B08A 1BGXT 2PY5A 2E4LA 2GBZA 3HM9A 4BDZA 1T8EA 2F8SA 3OYDA 1NJZA 4DSEA 3NF6A 5T7BA 1EX4A 4R5PA 3ZCMA 3L2QA 1KVAA 3NCIA 1SKRA 3AVJA 1JL1A 1DTQA 2HHWA 1Q8IA 3SQ0A 1TK0A 4DQPA 3T1AA 4LH5A 4E1MA 1J54A 1RBSA 3KD1E 3TWHA 1C0TA 3KK3A 1TKDA 5I3UA 3HPHA 4DTOA 3LAKA 4NYNA 1G15A 4FLVA 1T05A 3V1RA 2OPPA 4OGEA 2XY8A 3SV3A 3NAEA 2DFHA 4IG3A 1QS4A 4FZZA 5CYQA 1I3AA 5KGXA 3PX0A 4IG0A 5SWMA 4B3OA 1LW2A 1RDDA 2WONA 1CLQA 1C0MA 3PUFA 1J53A 4AHTA 4OPJA 3PY8A 1CXQA 3CM5A 4Z4HA 2HMIA 1WSFA 4KHYA 5HRSA 5FRMA 5CZ1A 4CEAA 4C8KA 3CG7A 3OYFA 4KHNA 4AHRA 4MQ3A 4FM0A 3SUOA 4F8RA 1S1UA 3UIQA 4DSJA 3U3GA 2QXFA 3OYNA 4OPKA 2QKKA 1WSJA 1BISA 2EHGA 4JRPA 3MXJA 3MAQA 1RT3A 4CJEA 1UWBA 4DFMA 5FRNA 4LY7A 2KZMA 1LAVA 3DLHA 4K8XA 3F9KA 1NOYA 2Y1JA 2X78A 1WN7A 2WOMA 1U04A 4KHQA 1ZBHA 4CEFA 4RW7A 4CEOA 2ZE2A 4B9NA 1VK0A 1RT1A 3L2VA 4CHQA 1KLMA 1HNVA 2XRIA 3QERA 3ZSOA 1JLGA 1WNSA 1S6PA 4E7HA 1BQNA 2YNGA 4CESA 1VSIA 2FC0A 4CJ4A 1NKBA 1UOCA 4DU4A 3MXMA 3DMJA 4FLZA 3ASMA 4DTNA 4KTQA 4DS4A 4RG8A 4NCBA 1TKTA 4KHUA 2RKIA 1NK8A 1QHTA 4Z4EA 1ZYQA 1X9SA 1JKHA 1U4BA 3AVLA 1BHLA 4CHPA 4QCLA 1KVBA 1RCHA 2KTQA 2ATQA 3T3FA 2OZMA 3LP1A 1K6YA 2A1RA 5CZ2A 1BIZA 2RPIA 3RWUA 4KB0A 4CJ5A 3RR7A 3MEDA 3AVHA 3LDSA 4DTJA 4DLGA 3QINA 4FJ9A 1D9DA 4YFUA 4O44A 1RTIA 2LSNA 4LH4A 4OGCA 2G8VA 1FKOA 1VSLA 3L2UA 4CEZA 2YKNA 1Q9XA 3KJVA 3K2PA 4CGDA 1RT6A 1JLCA 3E01A 1B92A 3ZT4A 2D0CA 4N76A 1FXXA 1REVA 4Z4CA 2ITGA 2HB5A 3AVMA 3B6PA 4KTWA 1NK6A 4ZHRA 2PZSA 1BI4A 1C1CA 3HO1A 4HTUA 1WAFA 2B4JA 2YHBA 3OS1A 4FM2A 4DQQA 3QEXA 2QKBA 2KQ2A 4G1QA 1WAJA 4C8NA 3NH2A 4ID5A 1NJWA 3ZSWA 4BDPA 1HYZA 1JLAA 3TAEA 3M8QA 1NK0A 1L3TA 2HHXA 1HNIA 1RDAA 4I9LA 3AO5A 2HVIA 4W5OA 5K14A 4CJTA 4CF8A 1GOAA 2DFEA 3IG1A 4O5BA 5DK5A 3ZSRA 5CYMA 1NK7A 3T19A 4OKKA 3ULDA 3QETA 3AO4A 4LD0A 1BIUA 4JS4A 1IKYA 4Z4IA 4PQUA 1VRTA 1B9FA 1ASWA 3AVBA 3ZT2A 4HVJA 4NCGA 4ID1A 3A2FA 3CFOA 3VQQA 2DFFA 4OLAA 2PYLA 4IDKA 3KKSA 3V1QA 3ZSVA 4CGHA 1IG9A 4KREA 2RN2A 4FK4A 1W0HA 3AVKA 4FLWA 3NBPA 5J2NA 3U6FA 1D8YA 1RTDA 2IOCA 1KSPA 4E1NA 1BI4B 1RT4A 3G0ZA 4ELTA 3OS2A 4KAZA 4W5NA 4CE9A 3KTQA 3LAMA 4MFBA 5HRRA 2YKMA 3MECA 1HRHA 3QEVA 1NK9A 3QNNA 4E7JA 1TL3A 3RR8A 3WNGA 3SYZA 3ZSQA 3VQ8A 4BE0A 4KHSA 1RBUA 4I7FA 3QEIA 1J9AA 3S3MA 2RF2A 3O4QA 4FVMA 4FYDA 4E89A 4DTXA 3VQEA 4CGJA 2AJQA 4JS5A 1A5XA 1LWCA 4F4KA 4DTMA 1JXEA 1X1PA 4GMJB 4I2PA 2BE2A 3VQPA 3I0SA 1KTQA 3K5NA 2OYQA 3WNHA 1RDCA 1C6VA 3OYKA 3V4IA 4HCCA 3HP6A 3NFAA 2VWJA 1HYSA 4M3UA 3K5MA 2KFNA 1RDBA 1S9GA 4CJ3A 3K58A 4E3SA 1XC9A 3EY1A 3OYHA 2B5JA 3LP2A 4IFVA 1U45A 1WSIA 1WSHA 4E19A 3NDKA 4H4OA 4RW9A 4DG1A 1UA1A 1QE1A 2YNFA 3CFPA 3S9HA 1QSLA 4EZ9A 4E7IA 3D45A 4GW6A 1W9HA 4JLHA 3C95A 4PA1A 5HBMA 3HXMA 2X6NA 4CECA 5D3GA 3MEGA 1NJXA 1TGOA 5HRPA 3ISNC 1F21A 3I8DA 4IFYA 4EP4A 3CFRA 4NYFA 3KLHA 4CJWA 4DQSA 4DF4A 2VG5A 3NF8A 3NH1A 2NUBA 1Z26A 4DMNA 1YVUA 3VN5A 1S1TA 5KGWA 3ZSXA 4LSNA 4KI6A 4UQGA 3VQ6A 2VG6A 4RW8A 3QEWA 4B9TA 3ZSZA 3IS9A 4CGIA 4CGFA 2FBTA 3KD5E 3NGIA 4JRQA 4Q5VA 5I42A 4BE2A 2D0BA 2G8UA 1UAXA 1LW0A 4C8OA 3BDPA 3AA4A 1SV5A 3QIPA 4B8AB 4B9VA 1JLQA 1BCOA 3AVAA 4CEDA 4F2SA 1TVRA 2HHTA 4FCYA 4O4GA 2YNIA 3TR8A 1EP4A 4ICLA 5KTQA 2HNYA 3NF9A 5HROA 1EKEA 4CJFA 4BDYA 4CF0A 2HHVA 5J2MA 4O0JA 3HVTA 4KRFA 4FJXA 4M3WA 3LP0A 1VSFA 1T7PA 3DM2A 1RILA 2Z1HA 5C42A 3TAFA 3PX6A 4I9QA 3HL8A 3DOKA 4DQRA 4FJNA 4N41A 2HW3A 2XY6A 3MXIA 2KFZA 4CFDA 4CJRA 1NKCA 1KLNA 3ALYA 1VSMA 4O55A 4FM1A 3JSMA 1T03A 4DSLA 4M3ZA 2B6AA 3MEEA 4F3OA 3SPYA 1GOBA 1RBRA 1CZBA 3TARA 4DU3A 3QIOA 2XO7A 4B9MA 4CEQA 4DU1A 3M8PA 3CQ8A 4FJGA 3KIOA 4FJIA 2HHQA 3HPOA 1S5JA 3NHGA 3L8BA 4FJ7A 3LANA 4M3YA 1JLBA 3DRSA 3TAQA 2P5OA 4PUOA 1TAUA 3DRPA 5E41A 2O4GA 3KLGA 1BQMA 1RT2A 3OS0A 4DFPA 1TK8A 1L3UA 2G8KA 1EETA 3OYJA 1RTJA 3H08A 3LZJA 4ELUA 2O4IA 1NJYA 2BGGA 5SZTA 3HT3A 3EYZA 4OJRA 4DTRA 3P5JA 3LALA 4CJQA 4H4MA 1C0UA 1JL2A 2KZZA 2Z1GA 3IRXA 3O3FA 2G8FA 2HNZA 1ZBFA 1KFDA 3K59A 4BACA 2ZD1A 4AHUA 3VA0A 4DS5A 4OKEA 1RT7A 3ZSYA 4IKFA 1C1AA 4NCAA 1IH7A 3AA3A 2D0AA 2KW4A 3C94A 1HQEA 1SUQA 1XWLA 4Y1CA 1D5AA 5EU7A 4CHNA 3L2WA 3LWMA 1SL2A 3KK2A 4FW1A 4H8KA 4AHSA 4AHCA 3OJUA 4O0IA 4XIUA 3NE6A 1A5WA 1L3SA 1N6QA 3KLEA 2W42A 5HLFA 4FZYA 2E6LA 1VSJA 4C8MA 4DFKA 3P1GA 1RTHA 2Z1IA 4DSFA 4FJHA 1S1WA 3BGRA 1SL1A 3RMCA 1HPZA 1HMVA 3V9XA 3SI6A 1GOCA 2OPQA 2JLEA 4DTPA 1B9DA 3HVRA 4B9LA 3V9WA 1NOZA 3OYAA 3V9UA 1Y97A 3VQ5A 4CF2A 3SQ4A 1ZBIA 1TL1A 2IAJA 3LZIA 4J2AA 1LV5A 1TK5A 1ASUA 2Z1JA 3P83D 1WSGA 3HYFA 1QTMA 4FK0A 1ZBUA 4CHZA 3LWLA 1S1XA 2A1SA 4M3RA 3WNFA 3HSTB 2VWKA 4QAGA 3VQAA 3D0PA 4CEEA 1U47A 4M3TA 1ZBLA 4Z0UA 3JYTA 1SKSA 3PO5A 3OYBA 4CIEA 4DF8A 2YNHA 1KVCA 4CK1A 4OLBA 3ITHA 3ZT0A 2IDOA 4W5RA 1Q9YA 3OVNA 1D9FA 3AV9A 3DI6A 1TV6A 3OJSA 4CCHA 1CZ9A 2VG7A 1QQCA 3SV4A 3C6UA 4CHOA 4CF9A 1IO2A 4CJKA 3SUNA 1FK9A 4FJ8A 1L3VA 4GVMA 2OZSA 4K8ZA 3SNNA 1LWFA 2IS3A 1N5YA 4KTZA 4DFJA 4RW4A 2QK9A 1S9EA 3SZ2A 4CJVA 2BDPA 3K5LA 3VQBA 4CIGA 4FZXC 4I2QA 3DLRA 3OYGA 4BE1A 4FXDA 1JLFA 5FROA 4J2DA 1IKWA 4ELVA 2HHSA 4CF1A 4AHVA 3SCXA 3SQ1A 4FJ5A 3EZ5A 4HUEA 3NGYA 3RMDA 4FLYA 2D5RA 4IBNA 4KI4A 3V9ZA 3RTVA 3VQ9A 1VRUA 1NK4A 3VA3A 5KRSA 4CEBA 2FBXA 1TKZA 1I39A 2ZQBA 4CJSA 4KO0A 3DLBA 4CJLA 4KKOA 1KCFA 3ZT1A 5J1EA 2HNDA 3O3HA 5C24A 4OVLA 3SUPA 5HRNA 4Z4GA 2BANA 3CM6A 1QSSA 1ITGA 5DMRA 1VSHA 3DLKA 1TAQA 5J2QA 2X74A 2HVHA 1DTTA 4FJKA 4M42A 1YTUA 4ZTJA 3IAYA 3VQ4A 4M3XA 4DLEA 2GV9A 3O4NA 1C1BA 3V1OA 4CK2A 3KK1A 3PV8A 3LP3A 3TI0A 1L5UA 3HJFA 3VQCA 4Y1DA 4CFAA 4EP5A 1UA0A 2Q3SA 1X9MA 2G8WA 1Z25A 4FW2A 3LPTA 4QOZB 1IKVA 5KI6A 4ZTFA 4CGGA 3HP9A 4HCBA 4KPYA 1DLOA 1SL0A 2XY5A 4W5TA 2IC3A 3SPZA 4FLTA 3U3YA 2OPSA 2DY4A 1ASVA 4BWMA 3L2RA 3THVA 4PY5A 4FLUA 4CK3A 4BWJA 3PO4A 2I5JA 4CJUA 1J5OA 2DTUA 2YV0X 3PX4A 3OYIA 2PYJA 2XY7A 3RMBA 4Z4FA 3ZT3A 4DQIA 2F96A 3AVIA 3TANA 4HUFA 3AVFA 1KRPA 2OPRA 3KKRA 1KFSA 4PWDA 2FBYA 3CYMA 1VSDA 2F8TA 3QNOA 4FK2A 4B9SA 3C6TA 4DSIA 4N5SA 4AH9A 4HHTA 2GUIA 4TSXA 3K57A 3QEPA 1XHXA 3NH0A 2R7YA 4LSLA 3QESA 3WNEA 1QSYA 2X6SA 4CFBA 4N56A 4W5QA 3TAGA 3DOLA 4CJPA 3V6DA 4YNQA 3OYMA 4J2BA 4CIFA 1FKPA 4AILC 3OYEA 3KLFA 3TABA 3F73A 1XI1A 5JS1A 4B9UA 3AO2A 3SQ2A 4J2EA 2P1JA 3HPGA 4E0DA 4L8RB 1X9WA 4Q0BA 1O1WA 4B8CA 3S3NA 2OA8A 1LAWA 3DLGA 3VQDA 3V9SA 4DWIA 4DSKA 3M8RA 2HHUA 2Y1IA 1HQUA 4C8LA 4FJLA 4M41A 4M45A 1IKXA 1R0AA 3AVNA 4CERA 1VSEA 2ETJA 3B6OA 3L3VA 3LPUA 5FDLA 1S1VA 4WE1A 4FJJA 1JXBA 2IGIA 3OYCA 5J2PA 1S6QA 1RNHA 3V81A 4FJMA 1NK5A 1WLJA 3AO3A 1MU2A 2XHBA 2E6MA 2FBVA 4KV8A 5CY4A 1WSEA 5KRTA 3HK2A 3DYAA 3AA5X 3QO9A 4E7LA 1YT3A 3RRGA 3DRRA 3I0RA 3NGZA 3AVGA 1HJRA 3AVCA 4CFCA 3SUQA 4FLXA 1VSKA 3K5OA 1LWEA 3FFIA 1A5VA 3DLEA 3O3GA 1NKEA 4KHWA 1CXUA 2YHAA 3AA2A 2G8IA 2G8HA 4F3TA 1BL3A 3VQ7A 3RRHA 3L3UA 4DTSA 4OKJA 1JLEA 3SJJA 3TAPA 3M8SA 3OYLA 3RMAA 1RBVA 1EXQA 1HYVA 1RT5A 3S3OA 3NF7A 2EX3A 1XHZA 1RBTA 2P51A 4CHYA 3G10A 1SKWA 4E7KA 1TKXA 4KFBA 4N47A 4F2RA 1U49A 3OY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OPHA 1YTAA 1BCMA 4BC2A 4NXNK 3AO1A 2JGUA 3QLHA 3L6QA 4H0XB 4EZ6A 1GLCG 1U48A 3CJ9A 1BGXT 4H0OA 2PY5A 2E4LA 3SBGA 4XEIA 1NJZA 3R6MA 2ITMA 3L2QA 1HKCA 3NCIA 1SKRA 1Q8IA 3D2EB 1VQNN 1KD1O 1SZ2A 4WFBL 1C0TA 3KK3A 3I33A 2P9PB 1TKDA 5I3UA 1JCEA 3ULEB 3DXMB 3O9UA 4FLVA 2P9IB 3V1RA 1TUYA 3ZYYX 2OPPA 4OGEA 5GIPA 3SV3A 4X66K 5KGXA 4IG0A 1RDDA 4V19S 1TYQB 1ATSA 3BUZB 5AQXA 4YY3K 1J53A 2QA4N 2HMIA 1ESVA 5CZ1A 4F8RA 3OYNA 4WF9L 4DFMA 1UWBA 4JI1K 3T69A 1LAVA 4K8XA 2X78A 1XC3A 4AF1A 4X64K 2E2PA 4JI0K 4JI7K 4FO0A 2FC0A 4CJ4A 3DAWA 3ASMA 4KTQA 5GAHP 3H45C 1JKHA 3CMEN 4ISGA 2D0OA 3WXMB 2A1RA 2FF6A 3ENHA 1BIZA 3MK6A 5LJWA 4CJ5A 4FWNA 4BR0A 3RR7A 2J4RA 3LDSA 4FJ9A 2E8AA 3QINA 2QEXN 1FJGK 5BR9A 3ATUA 2G8VA 4BQLA 1VSLA 3KHYA 2YKNA 5AZIA 5AQKA 3O80A 1RT6A 3OTOK 1JLCA 2D0CA 2UXCK 1NK6A 3UE5A 1C1CA 2QTDA 4FM2A 2QKBA 1WAJA 4ID5A 1NWKA 3ZSWA 5AQRA 1K8AO 4BDPA 5C2FA 3MCPA 5AQWA 1NK0A 2HHXA 2E2QA 1NM1A 3O9RA 3AO5A 4W5OA 2YJEA 5K14A 4BQZA 1WB9A 4JHDA 4YOVA 1NK7A 3AO4A 4LD0A 1BIUA 4JS4A 1IKYA 4JI2K 1ASWA 1C0FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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