3HYFA

Crystal structure of hiv-1 rnase h p15 with engineered e. coli loop and active site inhibitor
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
143
Chain Sequence
b'MYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIITQWIHNWKKRGWPVKNVDLVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Reverse transcriptase/RNaseH
publication title RNase H active site inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase: design, biochemical activity, and structural information.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 143
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hyfA00
3SQ1A 3PUFA 1ASVA 3EYZA 3L2WA 1WAFA 1UA0A 4BE0A 4LY7A 3MECA 5DMRA 4W5OA 1HNIA 4HHTA 3OYEA 4B9NA 4B9SA 3AVBA 2P51A 1HJRA 4GVMA 2HW3A 4M3UA 3AA2A 3CFOA 2QKBA 1S1VA 2G8KA 4DTSA 1J53A 3SUNA 3ZSZA 2D5RA 1I39A 4DTUA 1D9FA 4CJKA 3D0PA 3SI6A 4CIEA 3LP3A 3RMBA 4OVLA 4RW4A 2FBVA 1ASWA 4W5QA 1CXQA 1L3UA 1C1CA 2HMIA 1O1WA 4CJUA 5HP1A 2P5GA 2KTQA 2VWKA 2G8WA 3PY8A 2YNFA 1B9DA 1SKSA 4BACA 4FCYA 4DQPA 3K2PA 4AHUA 3SJJA 1HYVA 1RNHA 3L3UA 4PUOA 1K6YA 1BGXT 3DLKA 1NK8A 3WNFA 4FW2A 3RRGA 4CGIA 2W42A 3KK3A 1X1PA 2I5JA 1BIUA 4DWIA 2AJQA 1LWFA 4CFDA 3ZSQA 3V1OA 5KRSA 3RMAA 4PY5A 2QXFA 4I7FA 4CFCA 3O4QA 4CESA 4JS5A 1J5OA 4FLYA 3OYKA 4N47A 1VRUA 4KFBA 4Z4CA 4FLTA 3LALA 4MFBA 4CJPA 3VQ5A 4QAGA 4CEOA 4FK4A 5D3GA 3L2QA 2Z1JA 3ZT4A 1VSDA 4FJMA 1XC9A 1W9HA 4CCHA 4FK2A 1JLEA 4RW8A 5CZ1A 3CQ8A 3PV8A 3VQ9A 3LANA 2E6MA 4DSEA 4DMNA 4AHSA 4OLAA 4JLHA 2RKIA 3S3OA 2A1RA 3KKRA 4LSNA 4M41A 3DLEA 4CJLA 2PYLA 1TAQA 1U04A 4RG8A 3RTVA 1R0AA 1NK9A 2G8HA 4DU1A 3TI0A 1RDCA 1JLFA 4CF0A 4OKEA 1TK5A 1D9DA 3ZSYA 3K5LA 2YNGA 4CGHA 3K59A 4O0IA 4K8ZA 4JRQA 3MAQA 3T1AA 4CF2A 1CLQA 2Z1IA 1QQCA 4IG0A 3V81A 4CFAA 2ZQBA 1CZ9A 1X9SA 1TAUA 2YHBA 1KFSA 3OS2A 1U47A 1VSLA 4OGEA 3VQQA 2FBXA 4HCCA 1ITGA 4DF8A 4FXDA 3ZT0A 3DYAA 4Q5VA 4IFVA 3SQ4A 1N5YA 2B6AA 1L5UA 2XY8A 2YNHA 4FLVA 4EZ9A 1KSPA 5DK5A 4UQGA 4B9UA 1BQMA 2X6SA 3ITHA 3U3GA 5HRPA 1T7PA 1RBRA 1WSJA 4CEBA 2Z1HA 4HUFA 1BI4A 4FLXA 3CYMA 1Q9YA 1JLBA 2RPIA 4CJSA 4HUEA 1KVAA 1RT1A 3ZT2A 1NKBA 3QEVA 3VQBA 3DLBA 1KLMA 4BE2A 3HVRA 4DLGA 4ZTJA 1LV5A 1NOYA 3AO5A 4DS5A 1BI4B 1C0MA 4F2SA 3DRPA 1SKWA 2KW4A 4I9LA 4KHYA 5KGXA 3O3GA 1JL1A 4CJTA 5SWMA 4DTPA 1GOAA 4CK2A 3OJSA 4KHNA 4KI6A 1JL2A 4CJRA 3A2FA 3TR8A 4DU3A 4H4OA 2D0BA 1XI1A 2FBYA 5KTQA 1S6PA 3OYLA 1U4BA 3LWLA 3DLRA 1BCMA 4FZYA 1A5VA 3C6UA 5C42A 2GV9A 4E1MA 1WSIA 4CHQA 1UAXA 1BCOA 1S5JA 3WNHA 1RTDA 1RBSA 1VSEA 1RCHA 4GW6A 4DQIA 4FM0A 4FLUA 1IKYA 1DLOA 3THVA 1TL1A 4H4MA 3NDKA 4AHCA 4BE1A 2A1SA 4N56A 1BQNA 1RT5A 1RTIA 4LH4A 4DFMA 4M3ZA 3QEWA 1FXXA 4NYFA 3HK2A 3AVAA 1VSHA 4DTJA 5J2NA 5J2PA 1VK0A 4C8LA 4CF9A 3OYFA 4M3XA 4B3OA 1RBTA 3ZSRA 1T8EA 5HRSA 1HYZA 4R5PA 3LZIA 2GBZA 2HHUA 2OPPA 1KRPA 3SCXA 3ZSXA 5I3UA 4DSFA 3HL8A 4M45A 1S6QA 3KJVA 2HHXA 1XWLA 5E41A 3SUOA 1JLAA 4OKKA 3QESA 2VG7A 4AHVA 2VG5A 3BDPA 1L3VA 4DFJA 4FJ9A 3MXJA 4CEEA 3L8BA 2ZD1A 2HVIA 3TABA 1YTAA 3IRXA 2XRIA 3NF7A 2WOMA 3QINA 2YV0X 3OYCA 4AILC 2KZMA 1HNVA 3O3HA 4Z4HA 3OYDA 4JS4A 5K14A 3C94A 3ZSWA 3S3NA 4FJNA 1RBUA 2VG6A 4OPKA 2OPQA 1A5WA 3NH2A 3HPHA 1T03A 4J2DA 4Q0BA 3CM5A 3L3VA 1KTQA 4AH9A 4RW7A 3P83D 4I2QA 4CJFA 3SYZA 2G8IA 4BDPA 1HPZA 1C0TA 3RMDA 5FDLA 4FLZA 4LD0A 1S1WA 4L8RB 4KHSA 1QSLA 4EP4A 3EZ5A 1BL3A 4E3SA 4DS4A 4PQUA 4XIUA 4JRPA 2O4IA 3HPGA 4NCGA 3HO1A 2IGIA 4DTNA 2B4JA 4H8KA 4QCLA 2HVHA 1LW2A 5CZ2A 5C24A 4CGGA 2OZMA 3V9UA 5FRMA 4F4KA 2HHTA 1FKOA 4CHPA 4CK3A 4C8KA 2ZE2A 4E7JA 4YNQA 3KLIA 3NGIA 4KTQA 1S1XA 4CF1A 1TK0A 1TK8A 1NJXA 2G8UA 3AVFA 3K5OA 1G15A 3LPTA 3LAKA 1XHZA 4WE1A 4KB0A 5HRRA 3OYIA 3NAEA 4F2RA 1LWEA 3CG7A 1TVRA 1L3SA 2G8FA 4O5BA 4Z4GA 1TKTA 3VQDA 3OS0A 3KD5E 3TAPA 5J1EA 3SV4A 3TAFA 1WSGA 4NCAA 2KQ2A 3G0ZA 4DSKA 3AVNA 4CJ4A 3L2UA 3V9SA 3V6DA 1QSSA 3LPUA 4CIFA 1CZBA 2IS3A 4KTZA 3OYGA 2HNDA 3G10A 4CF8A 3AVCA 3AO3A 3V9ZA 1S1UA 1IO2A 3O4NA 1I3AA 3QEPA 4KI4A 1TV6A 3OYJA 4W5NA 1F21A 1HQUA 1C1AA 1TKZA 4FJGA 2YNIA 1DTQA 1ZBHA 1C6VA 4CK1A 3OS1A 3TAGA 1U45A 4KREA 3DM2A 3C6TA 4NYNA 5SZTA 1QE1A 1JLQA 3SUQA 3DRRA 1TKXA 2XY6A 4CHYA 3TAQA 5KI6A 4CEFA 4EP5A 3QEIA 4ZTFA 4IBNA 3OYMA 3JYTA 1SL2A 4KB1A 4KTWA 3HP9A 4O44A 3TARA 3OY9A 3LWMA 4M3YA 1ZYQA 3TANA 4CEQA 4FJ5A 4DTMA 4E7LA 2F96A 3LP1A 4FJ7A 4QOZB 2Q3SA 1RTHA 2WONA 3NCIA 3WNGA 4HCBA 3DMJA 2ITGA 1RBVA 4O0JA 1FKPA 3VQ4A 3HT3A 4W5RA 4N41A 3QETA 3CFPA 3MEGA 2VWJA 3DLGA 3QERA 1ZBLA 2G8VA 3NGYA 3KTQA 3MEDA 3ZT1A 4E0DA 4DQSA 1NJWA 2IOCA 3AA4A 2HB5A 3ZSVA 3U3YA 1HYSA 2HHSA 3RRHA 1B9FA 3OYBA 4FJKA 1QS4A 1EX4A 1SKRA 3HPOA 3VA0A 1UWBA 4FJLA 3KK1A 2HNYA 2LSNA 3AVJA 1VSIA 3RMCA 2P1JA 3WNEA 3M8RA 3LP0A 4O55A 4FJHA 4AHTA 3HYFA 1Q9XA 1Y97A 2NUBA 4Y1CA 4DSIA 1KVCA 1YT3A 1S1TA 1ZBUA 4N5SA 3L2VA 3LDSA 4HTUA 2BANA 2IAJA 4Z0UA 4PWDA 4KHQA 4DTOA 2E6LA 2DFHA 4RW9A 2PYJA 1RT7A 4B8CA 4E19A 3KK2A 3PO5A 1RT4A 2X6NA 4OJRA 4TSXA 1JLGA 3QLHA 3IG1A 3QO9A 1LAVA 2O4GA 4DSLA 4LSLA 4K8XA 4IKFA 4CJQA 3U6FA 4I2PA 3ZT3A 3F73A 2IC3A 1WN7A 3DRSA 3BGRA 3HXMA 4DSJA 4B9VA 3AVGA 2RN2A 4OGCA 2ATQA 3V1QA 1QHTA 3NBPA 4FJJA 1LAWA 4BDYA 5FRNA 1ASUA 4FJXA 1KFDA 3TAMA 1HMVA 1JLCA 1WLJA 2XY7A 2DFFA 1UOCA 3DOKA 5FROA 3TWHA 3HP6A 3V9WA 1JKHA 1IG9A 3AVHA 1NOZA 5CYQA 3KLFA 2OA8A 4ELUA 1LW0A 1CXUA 4G1QA 2Y1IA 4E1NA 4DF4A 3RWUA 1EKEA 4RW6A 1TKDA 4FJ8A 2D0AA 4FZXC 1T05A 1ZBIA 3DI6A 2DY4A 4Z4IA 3HSTB 3T3FA 3AA3A 3VQAA 3SUPA 1B92A 4CERA 3L2RA 4KPYA 2XY5A 4DFPA 4O4GA 4DTRA 4ELTA 4FM1A 4M3TA 3NF6A 3QEXA 1Z26A 3HVTA 1U49A 3UIQA 3B6PA 2BGGA 4FJIA 2F8TA 4FYDA 5I42A 4CIGA 4IFYA 3M8QA 3I8DA 4E89A 4F3OA 3ISNC 1MU2A 4E7HA 4DQQA 1DTTA 1UA1A 3RR8A 3AVLA 2XO7A 1D5AA 3OVNA 4F3TA 4C8NA 4C8OA 1JXEA 3IS9A 4DG1A 1TGOA 4YFUA 3QIPA 3FFIA 3K5MA 2JGUA 4CGDA 1HQEA 4ID5A 3M8PA 2KFNA 3PO4A 3DLHA 2X78A 4DQRA 5HBMA 2JLEA 1EETA 4ID1A 2DTUA 3SPZA 3PX4A 3C95A 4MQ3A 1QSYA 2X74A 3I0SA 4ZHRA 3K58A 3V1RA 3PX0A 4N76A 1WAJA 3IAYA 1YTUA 1WSHA 1N6QA 1EP4A 1RT6A 4J2BA 3I0RA 3KIOA 4OKJA 4C8MA 3LZJA 4FK0A 3CFRA 1IKXA 2HNZA 3S9HA 5JS1A 2FC0A 3LP2A 3OJUA 1VSMA 3ALYA 3VQEA 3H08A 1SUQA 3ZCMA 1NK4A 3O3FA 1BHLA 1GOCA 4GMJB 3KLHA 4E7IA 4BDZA 4F8RA 3AO1A 5HRNA 4FZZA 3ZSOA 3M8SA 1SL1A 4DU4A 2R7YA 1KCFA 5CY4A 1WSEA 1C1BA 3AV9A 4CJEA 1WNSA 3V9XA 4OLBA 3EY1A 1J9AA 3SPYA 2F8SA 1VSJA 3ASMA 1BIZA 3B6OA 3NFAA 1REVA 3VQPA 4CJWA 4E7KA 3QNOA 1QTMA 2HHVA 4CHZA 2OPRA 4KAZA 1ZBFA 3OYNA 4DFKA 1NK0A 4KHWA 4KO0A 3OYAA 3AVKA 3K57A 3KKSA 4M3WA 3P1GA 4NCBA 4FM2A 4KV8A 4BWJA 4ICLA 3PX6A 2ETJA 3OYHA 4PA1A 5HROA 3JSMA 2KFZA 3ULDA 1GOBA 1J54A 4CGFA 1BISA 1TL3A 1S9GA 4CE9A 4Z4FA 3T19A 3RR7A 1C0UA 4FW1A 5J2QA 4W5TA 1NKCA 3SQ0A 2GUIA 5EU7A 2YHAA 4BWMA 3AA5X 4CGJA 1W0HA 4CJ5A 2HHWA 5J2MA 4CJVA 4M3RA 5T7BA 3MXIA 1L3TA 1Q8IA 4KRFA 3HJFA 3S3MA 3AO2A 3D45A 5JS2A 2OPSA 2XHBA 5KRTA 3AVMA 4B08A 2KZZA 1D8YA 1SV5A 1YVUA 1Z25A 2YKNA 1KVBA 4IDKA 3NF9A 3MEEA 4LH5A 5C25A 4CHNA 1JXBA 3VN5A 4EZ6A 3VQ7A 3E01A 4HUGA 3SQ2A 3VQCA 3F9KA 3QIOA 4CFBA 1IKWA 1VRTA 1VSFA 2DFEA 1RDDA 3V4IA 4B8AB 4KKOA 3NGZA 3VQ6A 1NK5A 3NE6A 1NJZA 3AVIA 3KLEA 1U48A 2YKMA 3LAMA 2OYQA 1S9EA 4CEAA 1RTJA 3NH1A 5KGWA 1RT2A 2OZSA 3CM6A 4CECA 3K5NA 1IH7A 4CEZA 2QKKA 1FK9A 4CHOA 4M42A 2HHQA 3VA3A 3MXMA 5HLFA 2PY5A 3P5JA 4B9LA 2EHGA 2E4LA 5CYMA 3SV3A 1X9MA 2EX3A 4KHUA 4B9TA 3NH0A 3SNNA 4J2AA 4J2EA 2B5JA 4IG3A 4Y1DA 1XHXA 2BE2A 2D0CA 2RF2A 2FBTA 3QNNA 3TAEA 1X9WA 1WSFA 1NK6A 1IKVA 3DOLA 1RDBA 4DTXA 1NJYA 4CJ3A 4B9MA 4Z4EA 3SZ2A 4FVMA 4DLEA 4FLWA 3HM9A 4OPJA 3KD1E 2Z1GA 4CEDA 1A5XA 2IDOA 3KLGA 2BDPA 1VSKA 4HVJA 1RILA 1RDAA 2Y1JA 1SL0A 3NHGA 2QK9A 3AO4A 1RT3A 3VQ8A 4AHRA 2P5OA 3NF8A 4I9QA 1LWCA 1HRHA 1NKEA 1KLNA 2PZSA 1EXQA 1NK7A 4ELVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VPZA 4W5OA 1VAZA 1WUAA 1YHQN 4M3UA 3CFOA 4MLEA 4DTSA 4CBXA 3ZSZA 2D5RA 4CJKA 3SI6A 3LP3A 4OVLA 4RW4A 1L3UA 1O1WA 4CJUA 1GLFO 2VWKA 3H3OB 4CJ7A 1B9DA 3N4PA 3BZCA 4M63C 1SKSA 4BACA 2F7TA 1RNHA 5LY3A 3SJJA 1NK8A 5BRFA 4CVNE 4CFDA 3ZSQA 3V1OA 2QXFA 3C7NA 4WFNL 3O4QA 4CESA 4K41A 3GL1A 1H1VA 3R9PA 4FLTA 1VRUA 3LALA 4B1VA 1HKBA 4QAGA 4CEOA 4FK4A 5D3GA 3L2QA 2Z1JA 2A5XA 2BTFA 4FK2A 5CZ1A 1IJJA 2CGKA 3CQ8A 4O5FA 4DSEA 5M1OA 2A1RA 3KKRA 2UXCK 4CJLA 4DUZK 4RG8A 2WUSA 1R0AA 1NK9A 4DU1A 4CF0A 2CGJA 3CJ7A 3IFRA 1IBMK 3K5LA 3NVMA 2YNGA 3K9KA 3MAQA 4CF2A 2Z1IA 4IG0A 2OTJN 2O8DB 1BO5O 3H46O 1XMQK 4JV5K 2HF3A 4HCCA 4CZLA 4Q5VA 1HKGA 4K42A 1N5YA 2WTUA 3BF1A 3ENOA 4UQGA 1BQMA 2X6SA 3ITHA 3U3GA 3A5MC 4IZ9A 1WSJA 1RBRA 4GKJK 3CYMA 5BR8K 1VQMN 4HUEA 1RT1A 3QEVA 1LV5A 3H3NO 5AQUA 3WXLA 1KAZA 1DKGD 3LDNA 4JI4K 4I9LA 1SKWA 3O3GA 1JL1A 4CW7B 5SWMA 4BRAA 3EKSA 3OJSA 4DV0K 4LF7K 2DPNA 3TSUA 3CC4N 2D0BA 1S6PA 1O13A 3LWLA 4DR7K 3CCLN 3O80A 1WBBA 1MWKA 4DQIA 4JI3K 2FF6A 5EXWA 5AZJB 1HX1A 2NRWA 3VEWA 5LJVA 1BQNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4KO0 A;  4H0Y B;  3OYA A;  3KKS A;  1KAX A;  5CE3 A;  4BWJ A;  1S72 N;  4BR5 A;  2KFZ A;  3ULD A;  1NM1 A;  1TL3 A;  3RR7 A;  3NMU A;  3O1B A;  4W5T A;  4BWM A;  4FWL A;  2WBN A;  4JHD A;  1G99 A;  4KRF A;  1JJ2 M;  3HJF A;  1VQ8 N;  5BRE A;  2YKN A;  4CHN A;  1Q7Y O;  5C25 A;  4CZM A;  1OVY A;  3UKR B;  3FGU A;  4CFB A;  4B9Q A;  1IKW A;  1VRT A;  3V4I A;  3NGZ A;  4FOI A;  3NE6 A;  1U48 A;  5BN9 A;  2YKM A;  2OYQ A;  4CEA A;  1RTJ A;  1ATS A;  4EIA A;  4CEZ A;  4K25 A;  2QKK A;  4JK9 A;  4CHO A;  2PY5 A;  4B9L A;  2EHG A;  5H1S Q;  3SV3 A;  1X9M A;  1SZ2 A;  3NH0 A;  4BVP A;  4J2D A;  1X9W A;  2UYT A;  2BE2 A;  2RF2 A;  3IDH A;  2W40 A;  1WSF A;  3G71 N;  2VGN A;  5DM7 L;  4B9M A;  4Z4E A;  4FVM A;  5JLF A;  2Z1G A;  1A5X A;  1HUX A;  4C1N K;  2BDP A;  2QK9 A;  1RIL A;  3VQ8 A;  1YXQ A;  3QBW A;  3NF8 A;  2P5O A;  4A2A A;  1NKE A;  4GV6 A;  4A5A A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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