3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Viral protein/peptide
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
1LWCA 2DFHA 3OJSA 1IKWA 3KK1A 3KLIA 3FFIA 2E4LA 1B9DA 2FC0A 3AVLA 1JKHA 4CEAA 5HRNA 4HUEA 3SUQA 4KREA 3NBPA 4C8KA 4B9UA 4H8KA 4FLXA 1F21A 1TGOA 2G8IA 3MXIA 4OLAA 2PZSA 1HPZA 2BANA 2G8FA 2X78A 1S1VA 4JLHA 2KTQA 1HNIA 4CFCA 5I42A 3AA2A 3AVFA 1UA0A 4DU3A 2WONA 3NF6A 4CEQA 2YHBA 3WNEA 5KRSA 4DLEA 1NK7A 5CZ2A 3B6OA 3G10A 4CHZA 3ZSYA 5J2PA 1GOAA 3V6DA 1X9MA 3RR8A 3BDPA 4B9NA 3PUFA 3VQ8A 3ZSOA 1S6QA 3TAPA 4PY5A 3HT3A 4KAZA 3MEGA 1RTDA 3RMDA 4NCBA 4FW1A 3M8RA 4FJ5A 3PY8A 1WSFA 4IBNA 1WAJA 1X9SA 3KD5E 1JLFA 2NUBA 4CJ4A 3KK2A 4IG3A 2P5GA 4IG0A 4GMJB 4MQ3A 1EP4A 5J2NA 1T05A 4F2RA 2D0CA 3LP3A 4CGIA 2XHBA 3SUPA 1RDDA 4F3TA 4LSNA 1A5XA 3NCIA 4HHTA 1VSLA 3LWLA 1JLQA 3RMAA 1TL1A 4E3SA 2PYLA 4YFUA 3IAYA 1A5VA 3F73A 1QHTA 1TKXA 4F3OA 1YVUA 3CM5A 4CGHA 1VK0A 3G0ZA 3U3GA 1X1PA 2KFZA 3DLEA 2XY6A 4B9TA 4CF9A 4K8ZA 1FKOA 5FDLA 1L3TA 1ASVA 4C8OA 1K6YA 3RTVA 4OPKA 1Q9YA 4HVJA 5T7BA 1D8YA 4FJGA 4IDKA 4FK0A 4OKJA 3AA4A 3KLFA 4JRQA 1CZBA 4IKFA 1VSHA 2GV9A 3V9SA 2XY5A 3F9KA 3HYFA 4NYFA 1D9FA 2G8KA 1GOBA 1U04A 1JXBA 2Z1JA 3VQCA 4CEZA 3S9HA 3QEPA 1RTIA 3ZSQA 3HP9A 2G8VA 3QEVA 3SQ1A 3P83D 3SZ2A 4DTUA 4I2QA 3SQ0A 2G8HA 4FXDA 3LPUA 1XHXA 2HHWA 4FLZA 1EKEA 5E41A 2EHGA 2HHQA 3NGYA 2P5OA 2E6MA 3OVNA 2YNFA 1U4BA 3VQQA 4E7IA 1UOCA 1VSIA 5C24A 1SL1A 4TSXA 2FBTA 3TAGA 1UWBA 1HYZA 5C25A 3TWHA 4CJSA 4FCYA 3TANA 2YV0X 2I5JA 2FBVA 3QLHA 4O4GA 4B9MA 1C0MA 1NJXA 4Q0BA 5CYQA 3NF9A 3WNGA 3HJFA 2AJQA 4AILC 1TK5A 4KPYA 4PQUA 4CJRA 3OYHA 4DQQA 1C1BA 5DK5A 4M3XA 4RW6A 2Q3SA 1JL1A 3VQBA 4FLYA 1C0TA 2WOMA 4RW9A 3QEXA 2HHUA 1HQEA 4QAGA 4BWMA 3VA3A 4Z4CA 2W42A 4HCBA 3K58A 1WNSA 1RBTA 4CIFA 4DFPA 2QK9A 4EZ9A 1BQNA 4C8NA 3TR8A 4O55A 3OYLA 4HCCA 1JLBA 3SPZA 1JXEA 3LANA 3PV8A 1JLAA 1NK4A 4KFBA 4CGFA 1KRPA 3RRGA 2HVHA 2IGIA 4IFYA 4XIUA 4DQPA 1HYSA 4HUFA 3K5OA 4KRFA 3LP1A 1RT4A 3NE6A 4FK4A 1XC9A 3O3HA 3O3FA 4M3TA 2HVIA 4CIGA 1BL3A 2YKMA 3L8BA 4E0DA 4NCAA 2HHVA 3VQAA 4DFJA 1CXUA 3DRRA 4ID5A 4FJ8A 1VSDA 4O0JA 4CK2A 4OKEA 4FJ7A 5D3GA 1NJWA 2ZQBA 1RDBA 3KK3A 4B9VA 4BDYA 4B8CA 4OPJA 4E7JA 3ZCMA 3ZSXA 4CJTA 3DYAA 2RN2A 3HL8A 4DSFA 1L3SA 1ITGA 3NGIA 4FJ9A 3ZSRA 1WSJA 3AVKA 1SV5A 1YTAA 1I3AA 4IFVA 4CK1A 4E89A 3CFRA 4FJJA 3AVBA 3CQ8A 4FJIA 1RTJA 1S5JA 1S9GA 3SUOA 3AO2A 3AO4A 1LWEA 4WE1A 3TAMA 3OS1A 4JRPA 3WNHA 4FJLA 4M3ZA 3O3GA 3MECA 2LSNA 1BQMA 4DQSA 1NJZA 1ZBLA 4FLVA 3SQ2A 3OYAA 3RRHA 3V9UA 1FXXA 3CYMA 3DOLA 3IG1A 3KKRA 5KGWA 3AVGA 3V1RA 4I2PA 4B08A 4CJUA 3PO5A 1S1XA 2OPQA 5KRTA 4ELTA 3ISNC 4CJ3A 3LAMA 5HRSA 4GW6A 4M3RA 2X74A 3NH1A 3QINA 2HHXA 1NK5A 3LAKA 4CJFA 1J54A 4AHCA 1KVAA 4LSLA 1TV6A 1T8EA 4RW8A 2HHSA 3QIOA 1DLOA 3L3UA 2ETJA 3L2QA 4KHQA 3LALA 4KTWA 3KLHA 4Y1CA 3V9WA 4EZ6A 2Z1GA 3ZSZA 4AH9A 1BIUA 1NKEA 3QESA 3BGRA 3OYIA 2DFEA 4QOZB 2QXFA 1RT1A 1RT6A 4CJ5A 4DSKA 4C8LA 5FRMA 4CHQA 3SJJA 2DTUA 3TAEA 3AVMA 4FW2A 3QEIA 4K8XA 4W5OA 3AVJA 3LZIA 1SUQA 2VG6A 2B6AA 2ATQA 3JSMA 4DQRA 5HROA 4BDZA 2OA8A 2BDPA 1I39A 3QETA 4UQGA 5CY4A 1TKDA 2DY4A 1WAFA 4ID1A 4CGDA 4W5QA 1YTUA 2O4GA 4I9LA 2OYQA 3HPGA 1WSEA 2FBXA 1NKCA 3VQEA 4M3WA 3DOKA 1IKYA 3ZT2A 4CHNA 4CEEA 1HNVA 1UA1A 4Z4GA 1B92A 3P1GA 3T19A 3HSTB 4AHRA 3MXMA 2PY5A 4CGGA 4FJMA 4KHYA 5C42A 5I3UA 4JS4A 3EZ5A 1RT7A 4DS4A 3SCXA 1R0AA 4CEOA 3DRPA 1FK9A 2X6NA 1T7PA 4CFAA 3S3OA 4DSJA 4G1QA 1WN7A 4O0IA 1YT3A 1RILA 3OYNA 4ZTFA 2F8SA 4AHTA 4DFKA 3T1AA 1WLJA 2IDOA 1SKRA 3K5LA 4FLWA 3I0RA 3K2PA 1TAQA 3AO5A 1RBSA 3VQ5A 4FJKA 1VSEA 4FLUA 1ZBHA 3SI6A 4CE9A 3NHGA 4DTSA 1TKTA 4KI4A 1IH7A 2JLEA 4CEBA 4CJWA 4DF4A 3V9XA 3AA5X 1KLNA 1S9EA 2DFFA 3K5NA 3SYZA 4L8RB 1QE1A 4C8MA 4DTOA 1J9AA 2OPRA 3TAQA 4CJVA 1EETA 3HXMA 5HLFA 3O4QA 3VQDA 1RDCA 2ZE2A 2HNZA 3B6PA 3ASMA 3T3FA 4CIEA 3NFAA 3CFPA 3NF7A 4ICLA 3THVA 1ZBFA 3VQ4A 4DSLA 4J2AA 5K14A 4CESA 3V9ZA 1BCMA 2D5RA 2HW3A 1NJYA 2E6LA 4KTQA 1VSKA 2YNIA 1BISA 1BI4B 3DLKA 4Z0UA 2P1JA 3U3YA 3OYMA 3V1OA 1VSMA 1HJRA 1ASWA 1DTQA 1D5AA 5FRNA 3K57A 5J2MA 3SPYA 2KFNA 1XHZA 3DLHA 1RCHA 1QSYA 3KLEA 2XY7A 1QS4A 1RNHA 4N5SA 2R7YA 5J1EA 4DF8A 4Y1DA 3VQ7A 3HVTA 4BACA 4DTMA 2HHTA 2B4JA 2PYJA 4KTZA 4CEFA 3LP2A 2D0AA 3D45A 5KI6A 3QNOA 3S3MA 4B9SA 4KHWA 3AVNA 3L2RA 1TVRA 4B9LA 2XRIA 3VQ6A 1C1CA 1DTTA 4AHVA 4FZXC 4FZYA 4W5TA 2P51A 2KZZA 2Y1JA 3HPOA 1BIZA 2OPPA 1U47A 1BHLA 5EU7A 2GUIA 1C0UA 4B3OA 3LWMA 3AVCA 2A1RA 2OZMA 2XO7A 4KHSA 1NKBA 3VA0A 5SWMA 3AO1A 3NH0A 2KZMA 4CFBA 4N41A 3JYTA 3OYJA 3DLGA 1B9FA 2YNGA 3CG7A 3AV9A 3HP6A 3RMCA 4J2BA 3KJVA 3L2UA 4KHUA 3O4NA 4FJHA 3NAEA 2OPSA 3OY9A 4BE2A 4CFDA 4CGJA 2GBZA 2IS3A 2VWJA 2QKKA 4CCHA 4CJEA 4M3UA 1VSFA 3KTQA 3OYKA 4DTPA 1ZBIA 4FJXA 3LP0A 4RW4A 1RDAA 1XI1A 4CHYA 3M8SA 3C6TA 4DTXA 4H4MA 1L5UA 4KO0A 4DTNA 4ELUA 4BE1A 1EX4A 1KCFA 4EP5A 3I8DA 1S1TA 2EX3A 3K5MA 3SV3A 4M42A 2YKNA 1LAWA 3KD1E 4DS5A 3MAQA 4Z4IA 1C1AA 4E1NA 3SUNA 4M3YA 3A2FA 3RWUA 4KB1A 4E1MA 1TK0A 5DMRA 3ZT1A 2G8UA 3TI0A 2ITGA 2HNYA 1U45A 3QEWA 3SNNA 1TKZA 3OS2A 4M41A 4N76A 3HK2A 4R5PA 1U48A 2Y1IA 1VRTA 1XWLA 1JLCA 4W5RA 4CJPA 4Z4HA 2O4IA 3E01A 4EP4A 1VSJA 1Q8IA 5KTQA 4AHSA 3EYZA 4KI6A 1RBRA 4PA1A 4DG1A 4CF1A 1TL3A 5JS2A 1X9WA 4OGCA 4E7KA 1CXQA 3C94A 3ZSWA 2KQ2A 5SZTA 4CECA 3UIQA 3I0SA 2YHAA 2RF2A 1HQUA 3DM2A 3DMJA 3SV4A 3PX0A 3DI6A 3LPTA 1HYVA 2HMIA 1EXQA 1CZ9A 4FM2A 3V81A 4CJQA 4LH5A 5HP1A 1RT2A 4OJRA 1LAVA 2ZD1A 4QCLA 3DLRA 4DMNA 4AHUA 3OYEA 1L3VA 3PO4A 1HRHA 4H4OA 2IC3A 4RG8A 4Q5VA 4E19A 1SL2A 4CHOA 3HVRA 2G8WA 1ZBUA 3K59A 4JS5A 3L2WA 3VQ9A 3QNNA 1J5OA 2F96A 4F4KA 3DLBA 3PX4A 4DQIA 4FJNA 4HUGA 4M45A 4DU4A 4YNQA 4LH4A 1N6QA 4E7HA 1JLEA 1IO2A 4HTUA 4DSIA 1IG9A 4FK2A 3MXJA 5CYMA 1KSPA 3WNFA 4CJLA 4PUOA 4PWDA 1Z26A 2HNDA 1NK9A 4O44A 3LZJA 1KFSA 1KVBA 4CHPA 4GVMA 1LV5A 4I7FA 5HRPA 1S1UA 4BDPA 1NOYA 3PX6A 4DTRA 1RT5A 3AVHA 4KV8A 4DTJA 1NK0A 1D9DA 3KIOA 5CZ1A 4F8RA 1RT3A 3CFOA 3M8PA 3V1QA 4CK3A 3QIPA 4MFBA 3OYCA 3KLGA 3M8QA 1QTMA 4OVLA 4FZZA 2XY8A 3OYDA 4LY7A 3IS9A 2X6SA 1J53A 3OYBA 1GOCA 2A1SA 3ZT3A 4B8AB 3C6UA 2F8TA 4OKKA 1UAXA 2VWKA 3AO3A 3EY1A 1SKWA 1NK6A 2YNHA 1RTHA 3CM6A 1KFDA 5HBMA 3TAFA 1LWFA 1KVCA 4KKOA 4DFMA 4DSEA 1IKXA 3QERA 4F2SA 1SKSA 1T03A 1JL2A 1ZYQA 4ELVA 3C95A 4E7LA 1S6PA 4N47A 1LW0A 2FBYA 3AVIA 3KKSA 1C6VA 5HRRA 1HMVA 1G15A 1KTQA 1RBVA 4NYNA 1LW2A 4NCGA 2JGUA 4CEDA 3NDKA 3ULDA 1Y97A 4DWIA 4J2EA 4Z4EA 3ITHA 3NF8A 4RW7A 5JS1A 2IOCA 3TARA 2BE2A 3L2VA 1KLMA 4FYDA 3OYFA 3AVAA 3HPHA 2B5JA 3S3NA 1NK8A 3HO1A 1IKVA 3ZSVA 3V4IA 1U49A 2RPIA 5FROA 2OZSA 4DLGA 4OLBA 4FM1A 3TABA 3RMBA 1W9HA 3OS0A 1Q9XA 3OJUA 1REVA 1Z25A 4CF8A 4ZTJA 2VG7A 5J2QA 3DRSA 2D0BA 3IRXA 4J2DA 1NOZA 3NH2A 4CF0A 2VG5A 1QSSA 1ASUA 1MU2A 1QQCA 4ZHRA 2KW4A 1WSGA 4OGEA 2BGGA 4BE0A 4FLTA 4FVMA 1W0HA 3AA3A 4DU1A 4I9QA 1N5YA 3VQPA 3ZT0A 1FKPA 1BGXT 4Z4FA 3H08A 3QO9A 1JLGA 1RBUA 3OYGA 1TAUA 4KB0A 2HB5A 2QKBA 1SL0A 3HM9A 3VN5A 4LD0A 3L3VA 4CJKA 2IAJA 2RKIA 4N56A 5KGXA 2Z1IA 1VRUA 3NGZA 1A5WA 1S1WA 4CERA 4KHNA 1BCOA 4O5BA 3MEDA 4BWJA 3SQ4A 1CLQA 1O1WA 2Z1HA 1TK8A 3D0PA 4W5NA 3RR7A 3U6FA 1BI4A 3P5JA 1WSHA 3ALYA 3MEEA 1L3UA 3ZT4A 4FM0A 4CF2A 1QSLA 3LDSA 1WSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWCA 2DFHA 3KLIA 3EEQA 3RR8A 5HRNA 3AVLA 4KREA 1JKHA 3NBPA 5GAEP 3CPEA 4H8KA 1TGOA 4H0XB 3AGRA 1S1VA 3MDQA 2KTQA 3CXCM 3AA2A 3AVFA 1UA0A 2Q2RA 2FSKA 4DU3A 2YHBA 4K43A 1X9MA 4CHZA 3ZSYA 2V51B 2EWSA 3BDPA 2D0PA 4FWSA 4B9NA 3A0IX 3AAPA 1S6QA 3TAPA 4JK9A 4PY5A 4JKAA 4KAZA 3MEGA 3RMDA 3VENA 1WSFA 4IBNA 4EFHA 3MCAB 3KK2A 4ILJA 1EP4A 3C6AA 1K8KA 1Q81O 4DR1K 2NRZA 5AQXA 4C1NI 3JS6A 3EKUA 4PHTX 2WC9A 3NCIA 3IAYA 1QHTA 1TKXA 3S41A 4K42A 1U2VA 3WQUA 5KPTA 5AQQA 1X1PA 4ISGA 4C8OA 1JJ2M 4GKKK 3J81O 1W7AA 4OPKA 1DT9A 1Q9YA 4HVJA 2QA4N 3V9SA 5EVZA 5JMVA 1JXBA 3VQCA 3VEWA 3QEVA 4CD1A 3ZX3A 2W6KA 2G8HA 3DWLA 1DEJA 4CZMA 3T1YK 3ZEUA 2JWLA 3KWGA 3VQQA 4E7IA 1VQ6N 2HMPA 1QZ6A 3CCUN 1UWBA 3EZWA 3WXJA 3TAGA 5C25A 4BC5A 4CJSA 4FCYA 2FBVA 4Q0BA 2HBKA 3CJ7A 3GOIA 3HJFA 4B9QA 2AJQA 2VYPA 4CJRA 1C1BA 5DK5A 4RW6A 5FLXO 3UKRB 1HNWK 3O9RA 2CH6A 4RW9A 1HQEA 1C0GA 4BWMA 4Z94A 1IBMK 3VA3A 1HNZK 2W42A 4HCBA 3K58A 1BQNA 4HCCA 1VQPN 1JXEA 3LANA 4KFBA 4CGFA 4DQPA 4HUFA 3K5OA 4KRFA 3LP1A 1ATSA 1XC9A 3O3HA 2YHWA 3H6EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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