3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/peptide
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
4M3WA 1WSFA 3CM5A 1ZBIA 3OS1A 3B6PA 3ZSXA 4CE9A 1A5VA 3HM9A 4DFKA 2ZQBA 3NH1A 3WNGA 2F8SA 1JLEA 3ZSWA 2FBXA 1EX4A 3SNNA 4C8LA 1S1XA 3QINA 3OYKA 4B9UA 4I9LA 1BHLA 1KRPA 4M45A 3KK3A 1D8YA 1RTDA 3HK2A 1WSHA 1FXXA 2KW4A 3ITHA 5CYMA 1BQNA 5HRSA 1D9FA 5JS1A 3NHGA 4Z0UA 1IH7A 3EYZA 4EZ9A 2G8WA 1KVAA 4FJIA 2P51A 1RBSA 1S1VA 3AA5X 3DI6A 1U45A 3OYFA 4ELTA 4N47A 4KHUA 3L8BA 4AHTA 3V81A 4K8ZA 3MECA 1C0UA 4KKOA 3F9KA 3LDSA 1WN7A 4AHRA 3DOKA 4IFYA 2PY5A 1LWEA 1TL3A 2YNIA 2HMIA 3RMBA 3LAKA 2YHAA 3HJFA 1UWBA 3P83D 3TR8A 1HQEA 4AHVA 2YKNA 4M3TA 1J53A 3AVLA 4NCBA 3BDPA 3PUFA 1RDCA 3DRSA 1KTQA 3RMAA 4FK4A 1QSYA 3T19A 1DLOA 3NFAA 4UQGA 1C6VA 1KLMA 2YKMA 3NDKA 3T3FA 2GUIA 1KFDA 4B9VA 1BCOA 1D5AA 4HUGA 4CHQA 4JS4A 3OJSA 3TAQA 1KCFA 1W0HA 4ZTJA 4I2PA 3MXIA 4CJ5A 3QEIA 1ASVA 5C25A 3VQBA 5J2NA 2FC0A 2BE2A 2R7YA 3V9SA 1HNIA 1RTIA 3O3HA 4ID1A 1R0AA 3AO4A 2E6MA 3PX4A 3VQDA 2B5JA 3QERA 3CG7A 3VN5A 4KB0A 3CFOA 2YV0X 4DTUA 3LWMA 5I42A 1IKVA 4DTPA 2IDOA 2FBVA 1NKBA 5HROA 1UA0A 2ZE2A 1Z26A 3AVIA 1FKPA 3OYAA 3RR8A 1JLFA 3KD5E 3TABA 3AA4A 4FW2A 3K5OA 3CFPA 3LZJA 3TAEA 4WE1A 1RT4A 4M41A 1ZYQA 1JLBA 4CEAA 1HRHA 3SZ2A 5JS2A 2OZMA 4W5NA 5I3UA 3LPTA 3QETA 2E6LA 3OYHA 3PY8A 4M42A 3TARA 1QQCA 4FM1A 5FRMA 2HHSA 4JRPA 3V9UA 2HHVA 3AVAA 3P1GA 2A1SA 3ZSYA 1QSLA 4CJRA 4FZZA 1K6YA 4CIFA 4NYFA 4DQRA 4B9LA 1S1TA 3PV8A 2X74A 1VRUA 5DK5A 4KHWA 3ISNC 4EZ6A 1BISA 1DTTA 1S9GA 3H08A 5KGXA 4O55A 2HNDA 4DFMA 4KTZA 4FZXC 4H4OA 4BDYA 3U3GA 3TAMA 1CZ9A 3WNHA 4CGHA 3AO2A 1Y97A 4GW6A 3SV3A 1SL2A 4FJJA 3WNFA 1RDBA 4BE0A 3IG1A 1FKOA 2O4GA 3AVCA 1XHXA 1B9DA 4CF2A 4RW7A 3VA3A 4DMNA 4DU1A 4E19A 1HYSA 1WSIA 2ATQA 3C6UA 3V9XA 2PZSA 3KD1E 3MEDA 3AV9A 4KTWA 4DF8A 2YNFA 3AVFA 3QEXA 2ZD1A 3AVBA 3AVMA 3NF9A 1WSEA 1SKSA 1RBRA 2KZZA 4E1MA 3AVGA 4HCBA 4DFPA 3QEVA 3DM2A 4RG8A 4CJTA 3MEGA 3HP9A 4CF9A 3HVRA 1X1PA 4EP5A 3NGIA 3DRRA 3V9WA 2G8HA 1RBVA 4FJ7A 1SUQA 4AH9A 3MXJA 3K58A 4KHYA 4CHPA 1SKWA 5SWMA 1ASUA 4Q0BA 4C8OA 4NYNA 3F73A 3O4QA 2KZMA 3JSMA 3AVHA 4LH5A 5T7BA 1XWLA 4DSFA 3EZ5A 1TL1A 3ZT1A 3OYJA 4ELVA 2PYJA 4CGIA 5J1EA 1KVCA 3OS2A 1LWFA 4CFBA 3QNNA 4CJVA 1ZBHA 5FRNA 3U6FA 3VA0A 3NF7A 4IG0A 4E89A 3KJVA 2DFFA 5E41A 3OYEA 4DTNA 3NCIA 4RW8A 4DU4A 1C0TA 4MFBA 1NK7A 4KREA 1RT1A 3M8PA 1KVBA 5EU7A 2HHTA 3IRXA 4CGFA 4CEZA 4DQQA 2RKIA 3K59A 4FYDA 2X6NA 4CECA 2XY7A 4CK1A 5KRTA 4E7KA 3S3MA 3V4IA 1NK9A 2JGUA 4M3XA 2DFHA 4HUEA 3ZSOA 3OVNA 1BI4B 3AO1A 1HMVA 3NF8A 4AILC 1Q9YA 3ZT0A 2OZSA 4Z4IA 1A5XA 4CF0A 3OJUA 1X9WA 4PQUA 3EY1A 4DS5A 4HHTA 3OYIA 1SV5A 3HT3A 3HSTB 2D0BA 4R5PA 4BDPA 4RW6A 4OPJA 2YNGA 3DLRA 1U4BA 4ZTFA 4N41A 3C6TA 3RTVA 3RRHA 2BGGA 3K5LA 4CERA 1NK6A 3RMCA 2RF2A 4CESA 3QEPA 3SUQA 1VSIA 1VSDA 3RWUA 4HCCA 4E1NA 4RW9A 3U3YA 3OYGA 3AVKA 1HYZA 2JLEA 3NF6A 4OJRA 1W9HA 4CJ3A 4KAZA 2F8TA 2HW3A 4FLVA 3RRGA 1RCHA 1TKDA 3NH0A 3VQ6A 4CHNA 1S9EA 3CFRA 3TWHA 3I0RA 1YVUA 3LPUA 4E7IA 2DY4A 4IG3A 2VG7A 4CJSA 1FK9A 4F4KA 4DU3A 2NUBA 4BE1A 4ICLA 4CJFA 4CJQA 4KI4A 3SCXA 2BANA 3VQCA 4HVJA 3D0PA 4N5SA 4W5OA 4BACA 1CXUA 1CLQA 4FJ8A 1NJZA 3HL8A 2G8FA 2D0AA 2VG5A 5DMRA 5KI6A 2LSNA 1QE1A 4O0JA 3VQ9A 1WAJA 3LP3A 4CFCA 2ETJA 1HYVA 2YHBA 3SPZA 4LY7A 4DQPA 4KHNA 1O1WA 4FJ5A 3DOLA 4IBNA 1VSHA 4LSNA 4CJWA 2O4IA 2IOCA 3LALA 4LD0A 3L3UA 4CEEA 1JLQA 3LWLA 2HVIA 3OYMA 1ZBLA 3KKRA 2G8UA 2RN2A 1TK5A 1UOCA 3ZT4A 4OPKA 3KIOA 1LV5A 2X6SA 3VQAA 3KLFA 4FXDA 4B9NA 4DS4A 1U47A 1U49A 3I0SA 3HPGA 4CEBA 1VRTA 5KGWA 3VQEA 5J2PA 2F96A 1X9SA 1F21A 1TK8A 4DTJA 4Z4EA 3L2RA 5CY4A 4CF1A 1C1BA 2HNZA 1JL2A 2G8IA 2Q3SA 4KO0A 3K5MA 2OPPA 4CJEA 1MU2A 3DRPA 5J2MA 1TKTA 4B9TA 4DSLA 3NE6A 2Z1JA 3VQ7A 1HQUA 4PY5A 3AO3A 1N5YA 4Z4CA 1BQMA 2KTQA 3ZT3A 1TAUA 2KQ2A 4IDKA 3C95A 4W5TA 3RMDA 3SQ1A 1YTAA 1T03A 1EP4A 4Z4FA 3HXMA 4DG1A 4Z4GA 5HRRA 4ELUA 4AHCA 4DLGA 1LAVA 2EHGA 3O3FA 4FLUA 1SKRA 4KFBA 1NKCA 5HBMA 2Z1HA 4Y1DA 1ZBFA 3DLGA 1YTUA 4I2QA 5CZ2A 2FBYA 1RBTA 4B08A 4CJPA 1TV6A 4DFJA 2Y1IA 4KB1A 1RT3A 4CEOA 4E3SA 1BIZA 1S5JA 2XRIA 4Z4HA 2PYLA 4ID5A 4PA1A 3K5NA 3TAGA 4KTQA 4C8NA 1RDDA 2HVHA 1BI4A 4FVMA 4DQIA 3SYZA 1IKYA 3KKSA 1X9MA 1U04A 3VQ8A 5CYQA 1VSFA 1GOBA 2HHXA 1BGXT 1GOAA 4FLZA 1WNSA 4BWJA 2G8VA 1HJRA 1RNHA 3K57A 3SQ2A 4J2DA 1EETA 4MQ3A 4F8RA 3NGZA 4E7HA 4DSEA 4FZYA 4BWMA 4CIEA 4Q5VA 5SZTA 4J2EA 5HRNA 4OGCA 4F2SA 2IAJA 2OPQA 4CGJA 3PX6A 2ITGA 3L2VA 4F3TA 3AO5A 1L3VA 3OS0A 3MAQA 3D45A 1L5UA 1VSLA 1ZBUA 3HPHA 1NK5A 4HTUA 4E0DA 4OLAA 1T7PA 1VSKA 2P1JA 3JYTA 3SV4A 4BDZA 4FJMA 4FK2A 4CJLA 3ZSQA 5C24A 2QXFA 2HB5A 3DYAA 1A5WA 4OKEA 4CHYA 4FLYA 3QNOA 1EXQA 3S3NA 2XHBA 4Y1CA 4QCLA 3G10A 1ITGA 4XIUA 4FLXA 2IC3A 3A2FA 1JLCA 1WSJA 3SQ4A 2GV9A 1NJXA 3NBPA 1C1AA 5J2QA 1G15A 3M8RA 4ZHRA 4CFAA 4FJLA 3BGRA 3SUNA 1U48A 3OYBA 1BIUA 5FROA 2WONA 3ZSRA 4E7LA 4CEFA 1B9FA 2IS3A 4FJ9A 4M3UA 4PWDA 2D0CA 3L3VA 3KK2A 3KLGA 5KRSA 1NK4A 4FW1A 4DSKA 1S6QA 3LANA 5CZ1A 3KLEA 1UA1A 1TK0A 4FM2A 1JLAA 4CJ4A 4OLBA 4OKJA 3O3GA 4B3OA 5D3GA 1EKEA 3QO9A 4C8KA 4YFUA 4CHOA 4TSXA 1KSPA 4CGGA 1I3AA 3V6DA 1N6QA 2E4LA 4DQSA 1C1CA 5HRPA 3PX0A 2Z1IA 3OYLA 1XHZA 4M3ZA 4W5QA 4NCGA 2QKKA 3QIOA 4CEQA 3LP1A 3ZCMA 1J5OA 3DLKA 1RT6A 1J9AA 4DTOA 3VQQA 3CQ8A 1DTQA 2QK9A 2KFZA 3QLHA 3C94A 3QIPA 1S1WA 5HP1A 2HHWA 1CZBA 4GVMA 4CGDA 4DTXA 3ZSZA 3UIQA 1RT2A 1CXQA 4IFVA 3KTQA 3OYDA 1Z25A 3B6OA 4QAGA 1JL1A 1BL3A 4OKKA 1TKXA 4H4MA 5K14A 3L2WA 3S3OA 4FJXA 3TAFA 4CJUA 4DTMA 3TAPA 2W42A 4IKFA 4O4GA 3LP0A 4C8MA 2HHQA 4AHSA 3ULDA 3SUPA 1QS4A 3V1RA 4W5RA 3S9HA 3OY9A 1JXEA 1Q9XA 1GOCA 1HPZA 5HLFA 3FFIA 4KHQA 2A1RA 1RTHA 3NAEA 1IKXA 3KLIA 3TANA 1YT3A 1RTJA 2OPRA 2D5RA 4M3RA 2EX3A 4JLHA 1NJYA 4FJNA 1RDAA 4KPYA 1VSEA 3HYFA 1RT7A 1UAXA 4FJGA 4CJKA 3HPOA 1Q8IA 4CHZA 2HHUA 3QEWA 3ZSVA 2GBZA 1KFSA 4B8AB 3KK1A 1L3SA 2KFNA 4B9MA 4O44A 1QHTA 3OYNA 2VWKA 3NH2A 4KRFA 2QKBA 3THVA 1ASWA 1LAWA 1LW0A 3AVJA 4KV8A 3ASMA 4J2AA 3DLHA 3LP2A 3P5JA 1BCMA 4CFDA 3I8DA 4DSJA 3HO1A 3SPYA 3L2UA 4FCYA 1L3UA 4OGEA 1WLJA 1I39A 4RW4A 1WSGA 4HUFA 1NKEA 4CCHA 4AHUA 3DLBA 2BDPA 3ZT2A 2OA8A 4FLTA 1IKWA 1QTMA 3K2PA 3PO4A 2Z1GA 4DWIA 3M8SA 4KHSA 4KI6A 3OYCA 4J2BA 1REVA 3LZIA 4PUOA 1VSMA 3ALYA 3V1QA 4B8CA 3VQPA 4DSIA 4FK0A 1TKZA 4B9SA 3IS9A 3DLEA 4CK3A 3MXMA 1JKHA 3SJJA 4JRQA 3SI6A 1NK8A 1XC9A 3TI0A 4L8RB 2AJQA 4E7JA 4CF8A 4LH4A 1NOZA 3HVTA 1NOYA 1D9DA 1IO2A 2DTUA 3V1OA 3SQ0A 1J54A 3SUOA 3CM6A 2G8KA 1LWCA 1NK0A 3RR7A 1IG9A 2B6AA 1SL0A 4FJKA 4F2RA 4FJHA 3IAYA 1VK0A 2XO7A 4GMJB 4FM0A 1XI1A 1L3TA 3VQ4A 4QOZB 2RPIA 1TAQA 4CK2A 1JXBA 4NCAA 3LAMA 4DTRA 2OYQA 2YNHA 4H8KA 3KLHA 1T05A 4M3YA 1WAFA 2B4JA 4G1QA 1QSSA 1T8EA 4N56A 1NJWA 2IGIA 3M8QA 1SL1A 4I9QA 4DLEA 4CEDA 3NGYA 2VWJA 3WNEA 4CIGA 1KLNA 1S1UA 4F3OA 5C42A 3HP6A 4DF4A 1VSJA 3VQ5A 4JS5A 3AA3A 2X78A 1RBUA 4FLWA 2XY6A 4YNQA 4BE2A 3MEEA 3E01A 3V9ZA 4I7FA 4LSLA 1S6PA 4O5BA 1JLGA 2XY8A 2Y1JA 1B92A 2WOMA 3L2QA 4K8XA 5FDLA 3O4NA 2VG6A 1TVRA 1C0MA 1TGOA 3CYMA 4OVLA 3AA2A 2P5GA 1HNVA 3PO5A 4N76A 2I5JA 2OPSA 1RILA 4DTSA 3QESA 1LW2A 2XY5A 1RT5A 3DMJA 4EP4A 5KTQA 3AVNA 3G0ZA 3T1AA 2P5OA 4O0IA 2FBTA 2HNYA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSFA 2F7TA 5GINA 2HF4A 3HM9A 3NH1A 3CHWA 3QINA 3E66A 4M45A 3WT0A 1FXXA 2KW4A 3OTOK 1NMDA 3EYZA 3HSCA 2ASMA 1N33K 4B9QA 3ZETB 2ZM6K 3MDQA 4JKBA 1WN7A 1GLFO 2YNIA 2OCEA 5BREA 3LAKA 2YHAA 4DQ8A 3P83D 3TR8A 2E1YA 4BRKA 4CZLA 3PUFA 1RDCA 1QSYA 3NFAA 1C6VA 1KLMA 2NLXA 3NDKA 3O9SA 4DV2K 1BCOA 1ZXOA 5LMNK 1VQ8N 4JS4A 3TAQA 2GX9A 3MXIA 4CJ5A 2O8BA 1ASVA 3SBGA 4EAHD 3QBWA 2FC0A 1R0AA 4FWPA 3VQDA 1NU0A 3ZX3A 1GLLO 1VQ4N 1QZ5A 4DTUA 5HL7L 4BRFA 1IKVA 4ILGB 2IDOA 4DTPA 4NXMK 2P9UB 3VOVA 4PKHA 3AVIA 3TU5A 3TABA 3I8BA 4V19S 5AZIB 1XQSC 4CEAA 4ISGA 5JS2A 4W5NA 3LPTA 3QETA 3KVGA 1YF5L 4JRPA 3V9UA 2HHVA 3AVAA 3P1GA 3O1BA 3ZSYA 5JVGL 1K6YA 2HBJA 5EX5A 5BN9A 3R9PA 3PV8A 1VRUA 5AQJA 4KHWA 2O8CA 4DR4K 4JYAK 3D7EO 3U3GA 1SL2A 4GKKK 1VQ7N 2O4GA 3AVCA 5AR0A 4JI8K 4RW7A 4DV3K 1HX1A 4BRPA 1WSIA 3O9TA 3MEDA 3AV9A 3D6RA 4DF8A 2QWLA 1RBRA 3IDHA 3AVGA 3VPZA 4FPAA 4DFPA 4O8UA 4BR7A 5DM7L 3HVRA 1X1PA 4FPBA 3H1VX 3NGIA 2OTLN 2G8HA 4FWLA 3K58A 5SWMA 1ASUA 4Q0BA 5M1FA 1O13A 3ENBA 1V4SA 1SS6A 1NGGA 4ELVA 4CGIA 1OVQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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