4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
4CK1A 3IAYA 4DSFA 1FKPA 2YHAA 4E7KA 4KRFA 2Z1GA 1QSYA 4RW4A 1NOZA 4K8XA 1C0TA 1SL1A 4CGDA 1MU2A 3QLHA 3SUNA 4FJ8A 2HHQA 3OYBA 3AA4A 2ZD1A 4B08A 2IAJA 4AHVA 3OYFA 3VQ9A 3MEEA 1JLFA 2HMIA 1VSLA 3QINA 4FW1A 4LD0A 4ID1A 4CHYA 3ZSXA 1HNIA 4OKEA 5HRNA 3WNFA 3CQ8A 3TABA 3ALYA 1NJYA 2OZSA 1S1WA 2HNZA 2G8FA 3DOKA 3CFOA 1X9WA 4ELTA 4DSJA 1RT6A 1TKTA 3ZT0A 3QEPA 4NCAA 3T3FA 2OPPA 3DOLA 3SQ2A 3DLGA 2HVIA 4DG1A 3B6OA 4GVMA 4FLXA 5C25A 1ASVA 4LH4A 4Z4IA 3K58A 3ZT3A 2EX3A 3CYMA 1HPZA 3SJJA 4C8OA 3IG1A 4H8KA 4FJMA 1NOYA 2JLEA 3DRSA 3L3VA 5KTQA 3PV8A 1CXUA 3AVAA 4BWMA 1KFSA 3VQ7A 5FDLA 3HXMA 3OS0A 3HPOA 3OYMA 1UWBA 3RMAA 4AHRA 1WLJA 1BI4B 1LAVA 2OPSA 3NAEA 3F9KA 2W42A 2F8TA 2XY5A 3V9WA 3OYGA 4G1QA 3SUQA 3PO5A 1BL3A 4DFMA 4BE2A 4E3SA 4M3UA 3MEGA 4E19A 3FFIA 4CJKA 4DLGA 4QAGA 4FJXA 3BGRA 4K8ZA 3P83D 4Z4CA 5HRSA 2O4IA 3SI6A 2F96A 1TV6A 4DTOA 4AHSA 3SQ1A 4DF4A 3K5MA 1HYSA 3LZJA 4FZYA 1S6QA 3KD5E 3V9XA 2DFHA 4CEFA 1N6QA 2HNDA 1RILA 1S9GA 3VA0A 4I9LA 2KZMA 5FROA 1VSKA 4CJRA 3LZIA 1XHXA 4KPYA 4KHNA 1U49A 4Z4GA 4EZ6A 4KO0A 3TAMA 2A1RA 1X9SA 4KHSA 3VA3A 4J2DA 3M8RA 3NE6A 1KSPA 3TAQA 2E6LA 4E1MA 4E1NA 4FLTA 3LWLA 3ULDA 1CLQA 1BIUA 3AO3A 3AO5A 5KRSA 4CF0A 2NUBA 4AHTA 3ASMA 3OYEA 1ZBUA 4CK3A 4CIGA 1D9FA 4B9VA 4RW9A 4R5PA 1KTQA 3OYDA 1RT7A 1S5JA 1YTUA 2OA8A 4Z4FA 3V9ZA 1EXQA 5CYQA 4FJJA 1TKXA 4FCYA 1EETA 3ZSQA 4IG0A 1NK9A 4IFVA 1L3SA 3L2WA 3NDKA 4HUFA 4C8MA 4CERA 2YNIA 3BDPA 4Z0UA 4CJWA 2GV9A 1JLGA 1WAFA 3HL8A 4W5RA 4HUGA 4E7HA 3DLBA 3T1AA 1JXBA 4FK4A 4ZTFA 4FJGA 2DY4A 2P5GA 4FLYA 3SZ2A 1QSSA 4H4OA 5KRTA 1TK5A 2X6SA 4LSNA 4DQIA 2HHXA 4C8LA 1XC9A 4B3OA 4ELUA 4IDKA 3M8SA 4M3YA 2QXFA 4CESA 1KLMA 3RTVA 3OYLA 5J2QA 1SKRA 1RTIA 2ZE2A 3SPYA 1U45A 2PZSA 4CGJA 3KLEA 1VSFA 5T7BA 4OPJA 4FM0A 1WSIA 1TK0A 1LWCA 3NGIA 1RTDA 5FRMA 3AVMA 3MXMA 4E7IA 2P51A 3AO4A 1JLAA 4CJFA 4DU1A 3ISNC 3VQ8A 3AVFA 2HHUA 1C6VA 4KB0A 1TL3A 5CYMA 3D45A 3AVLA 5JS2A 1HYZA 4BE0A 4OLAA 1ASWA 3VQ6A 3TANA 2X6NA 3L2QA 3SPZA 2D0CA 3AA2A 5HBMA 1SV5A 1Z25A 1ZYQA 2KZZA 3HSTB 4W5QA 4CJPA 4CJEA 2XY7A 4CEDA 3NGZA 2P1JA 2XY8A 5HLFA 3QO9A 2HHTA 1VK0A 3RMBA 1S9EA 3L2VA 1D8YA 4FM2A 3HT3A 1KRPA 4JRPA 4OVLA 1WSEA 5EU7A 4ELVA 3ZSOA 3NCIA 4EP5A 4EZ9A 1L5UA 1J54A 3LP1A 4O4GA 1G15A 1RDBA 3I0SA 3DLRA 5J1EA 4DTSA 1W9HA 3OVNA 5J2PA 4ZTJA 2VWJA 1NK7A 1C0MA 4YNQA 1UAXA 5HRRA 1EP4A 3RMCA 4N41A 4M3RA 2G8UA 3OJSA 3LP0A 1J9AA 3DM2A 3ZSRA 4B9MA 4HCCA 4PY5A 5SZTA 1L3VA 3NBPA 3RRHA 1QS4A 3CG7A 4OKJA 2R7YA 1RT1A 1T8EA 3DLKA 4FM1A 3HJFA 1NKCA 3O3HA 4AH9A 3B6PA 4DTPA 4DLEA 4I9QA 4CF9A 3T19A 1BI4A 4KFBA 4O44A 5HRPA 1T7PA 2E4LA 3SCXA 3KLIA 3VQAA 2DFFA 2ITGA 4CGGA 1BHLA 4CJ5A 4CF2A 5J2NA 2IC3A 3QEVA 1WN7A 2VG6A 4B8AB 3K5LA 3TAFA 3QIPA 4E7JA 3LPUA 3V1RA 1JLBA 1YT3A 4PA1A 4FYDA 1HJRA 2HHVA 4CE9A 4CJSA 2O4GA 4FJNA 4FXDA 1L3TA 5E41A 4UQGA 1KCFA 2KQ2A 4GW6A 3QNOA 4Q5VA 1IKXA 4B9SA 4BDPA 3TWHA 2GBZA 2B4JA 3MAQA 4NYFA 3L8BA 4FLWA 4KHYA 4ICLA 4LY7A 4CFCA 2RPIA 4OKKA 3QETA 4FJKA 3TR8A 4IG3A 1FXXA 2EHGA 1VSDA 1HQEA 5KGXA 5HROA 4N56A 1TVRA 3V9SA 4AILC 3S3MA 4ID5A 4RW7A 4KB1A 4J2EA 3K59A 3C6UA 3LWMA 1JL1A 3JYTA 1FK9A 3K2PA 2VG5A 2KFNA 4W5NA 4OJRA 4BE1A 4CEOA 4DSKA 4DF8A 4JRQA 4HVJA 2HHWA 4Z4EA 4CJLA 3QESA 1C0UA 4CIFA 4O0IA 1O1WA 2IOCA 3VQ4A 3C94A 3DRPA 3NF9A 4DU4A 2DTUA 1EX4A 3QIOA 4CGIA 3AVCA 1Q9YA 2G8VA 1U04A 1RTJA 4ZHRA 3V81A 2XY6A 3KLGA 1WSFA 1C1CA 3AVBA 3HP9A 2D0AA 3ZSWA 3OY9A 3EZ5A 3SUPA 3MXIA 4JLHA 3NH2A 2X78A 4CK2A 4FK0A 3VQPA 3VQ5A 1Z26A 2HB5A 4CJQA 1RT3A 4FW2A 4C8KA 4I2QA 4FZZA 3NFAA 4FJLA 3NF8A 1SKSA 1I39A 4CEAA 1ZBFA 3AA5X 4CEEA 1QHTA 2IS3A 3SQ0A 2ZQBA 3AVKA 4E7LA 3KK2A 3V9UA 3OYJA 1QSLA 3D0PA 5K14A 4M42A 4DSIA 1C1AA 2JGUA 1REVA 2FC0A 4H4MA 2D5RA 1A5WA 2XRIA 3VQCA 4KHWA 1JLQA 1X1PA 2XO7A 1Y97A 4BWJA 1C1BA 4DS5A 2AJQA 3VN5A 4BDZA 3C6TA 4BACA 3V4IA 5C24A 3HPGA 3G0ZA 4LSLA 1D9DA 3U6FA 3JSMA 1CZBA 3H08A 4HTUA 2FBVA 4E0DA 4M41A 2HNYA 2FBYA 4KREA 4CJTA 4PWDA 1LW0A 1RCHA 2Z1JA 4CFBA 1TKZA 5CY4A 2ATQA 3PX6A 1Q8IA 1LV5A 1Q9XA 4DTRA 1UA0A 3PO4A 4F3OA 4FLUA 1HMVA 1KVCA 1NKEA 5HP1A 1GOBA 5KGWA 4J2AA 3KK3A 3K5OA 3EY1A 4DWIA 1U48A 1NKBA 4B9LA 3KTQA 1L3UA 1VRTA 3ZSYA 3AVIA 2KFZA 1UOCA 1WSHA 1B9FA 4AHCA 3AV9A 3VQDA 1ASUA 4CEZA 3L3UA 1T05A 4TSXA 2RN2A 2IGIA 4RW6A 3LP2A 4M3ZA 1NJWA 2BGGA 1J53A 1VSJA 3KLFA 1NJXA 4DS4A 1NK6A 3AVNA 1BCMA 1K6YA 3VQEA 3TAGA 1QTMA 3OYAA 4Z4HA 1LWFA 1S6PA 1XHZA 1U47A 2G8KA 3HK2A 4PUOA 1IKVA 3HVTA 3MECA 1VSIA 3TAEA 1VSHA 1HRHA 2YKMA 4CHNA 1TGOA 4DQRA 1RT4A 2GUIA 3PUFA 2X74A 4KKOA 3L2RA 3QNNA 1U4BA 4FJHA 1IO2A 1LW2A 4IFYA 4F8RA 3I8DA 4Y1DA 4JS5A 4DQSA 4CHZA 2E6MA 3M8PA 4CCHA 3SQ4A 1RT2A 1BISA 4DTMA 2YHBA 3TI0A 5D3GA 3OYCA 2I5JA 4OGEA 4KHQA 3KD1E 1TL1A 4BDYA 4GMJB 1I3AA 3NH1A 3KLHA 4RG8A 3NHGA 3NH0A 4DTXA 2BE2A 4FJ7A 1F21A 4M3WA 1RNHA 4FJ9A 1HNVA 4CJVA 3F73A 4L8RB 2YNGA 4DFKA 3RMDA 1VSEA 4CECA 3OYIA 2OPQA 3E01A 5CZ2A 1HQUA 3CM6A 3O3GA 5J2MA 4F3TA 2FBTA 1WNSA 3NGYA 3THVA 2G8HA 2OYQA 3WNHA 4KHUA 1NK0A 3AVJA 4E89A 3RRGA 3ZSVA 2HVHA 1BCOA 1XWLA 3V1OA 4Q0BA 1BQNA 4I2PA 1TAUA 4YFUA 3CFRA 1NK5A 1RDAA 2P5OA 4DMNA 2RF2A 3VQQA 4F2SA 4OLBA 2QK9A 3LPTA 4W5TA 2QKKA 1ZBIA 1TAQA 2DFEA 4C8NA 3TARA 3RR7A 3I0RA 1IKYA 3IRXA 3UIQA 3PX4A 3LP3A 1BIZA 1A5VA 2Z1IA 5DK5A 1ZBLA 1KFDA 1BQMA 2WOMA 2BANA 1NK8A 1FKOA 1RDDA 3ZT1A 3OJUA 3CFPA 3WNEA 4CGHA 3HPHA 5KI6A 3ZT4A 4CEBA 4DQQA 4DTNA 3S3NA 4N5SA 4HCBA 4FK2A 2YNHA 3MXJA 1WSGA 3G10A 3U3GA 3V6DA 2A1SA 1ZBHA 4J2BA 1R0AA 4KV8A 1XI1A 2G8WA 1D5AA 1SKWA 4IBNA 3HYFA 1UA1A 4QCLA 1TKDA 2KTQA 3S3OA 4CJ4A 1JLEA 1YVUA 2OPRA 4DSEA 3SUOA 2VG7A 4CEQA 3NF6A 1CXQA 4Y1CA 1B92A 3OYNA 3SNNA 3AO2A 4CF1A 4DFJA 4B9UA 1X9MA 4CF8A 4CFAA 1S1UA 3KK1A 4KTQA 1S1VA 4O5BA 2LSNA 4CFDA 3QERA 2BDPA 4FJ5A 2XHBA 3AVHA 3O4NA 1QQCA 4DSLA 4IKFA 3HVRA 2YNFA 3IS9A 3NF7A 1TK8A 3OS2A 1CZ9A 3ITHA 4B9TA 1S1XA 1JLCA 3HO1A 4CJ3A 1IKWA 4PQUA 3OYKA 5I42A 3PX0A 1RBSA 2HHSA 4DTUA 4FZXC 4KTWA 1EKEA 1LAWA 3OYHA 1IG9A 1B9DA 3QEWA 3O3FA 4LH5A 4AHUA 3AA3A 4NYNA 1SUQA 4HUEA 4DTJA 4DQPA 3VQBA 2F8SA 3AO1A 1J5OA 3A2FA 4XIUA 1A5XA 4F4KA 5SWMA 4N47A 1ITGA 4MQ3A 4CHOA 2PY5A 1HYVA 3DRRA 3MEDA 3EYZA 3U3YA 3LDSA 4RW8A 2PYLA 1W0HA 1VRUA 3CM5A 3ZT2A 4FLVA 4JS4A 2G8IA 1RBTA 4F2RA 3O4QA 3M8QA 4NCGA 1DTTA 1JXEA 4M3TA 4CHPA 1QE1A 1WSJA 4CIEA 2PYJA 4OPKA 3DYAA 2YKNA 1N5YA 4KI6A 3DI6A 1JKHA 3RWUA 1KVBA 2B6AA 4DU3A 2IDOA 1IH7A 3DMJA 4W5OA 3LALA 5DMRA 3WNGA 3K5NA 3KKRA 1RBRA 4B8CA 1LWEA 4FLZA 1RTHA 1GOAA 2FBXA 3KJVA 3SYZA 2Y1JA 1RBUA 3DLHA 2VWKA 2OZMA 3L2UA 3P5JA 1GOCA 1SL2A 3P1GA 2Y1IA 1VSMA 4B9NA 4O55A 3DLEA 2HW3A 2YV0X 3TAPA 3KKSA 3OS1A 4OGCA 2RKIA 3LANA 3PY8A 3SV4A 2QKBA 4CGFA 4M3XA 1RDCA 1S1TA 4MFBA 3KIOA 1T03A 4CHQA 2KW4A 3V1QA 2ETJA 3C95A 2Z1HA 4NCBA 4QOZB 1RT5A 1DLOA 1NJZA 4FVMA 4WE1A 3S9HA 2B5JA 3HP6A 3QEXA 3LAMA 3LAKA 3QEIA 1JL2A 1WAJA 3K57A 1KLNA 1BGXT 1DTQA 4KAZA 4DFPA 1YTAA 5I3UA 4FJIA 3SV3A 4KI4A 4KTZA 4CJUA 5JS1A 4M45A 3HM9A 3AVGA 1NK4A 3ZCMA 4O0JA 4N76A 5CZ1A 2D0BA 5C42A 1KVAA 3RR8A 4HHTA 2Q3SA 1RBVA 5FRNA 1SL0A 2WONA 4EP4A 3ZSZA 4I7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A3ZA 3QBXA 1BOTO 4DSFA 4BC5A 1FKPA 2YHAA 4KRFA 2Z1GA 3DXKA 5LMNK 4RW4A 3PIPL 3K0SA 1C0TA 1NGAA 3T1HK 4JK8A 3TSUA 4H0PA 3RVCA 4LC9B 3QINA 4CHYA 3ZSXA 3CQ8A 2Q0UA 2OZSA 5AQWA 2G8FA 3IKMA 2F8TA 4ELTA 2Q31A 2DPNA 2VCPA 3THWA 5C0YA 3HBTA 3K58A 2EX3A 1HPZA 3L4IA 3CXCM 5GINA 1KFSA 1CXUA 5FDLA 3RMAA 3R6MA 4XH4A 1BI4B 2OPSA 3BZKA 3OYGA 3VGLA 3SUQA 3PO5A 4DFMA 3VEYA 4DLGA 3C7NB 4A62A 3P83D 4Z4CA 2O4IA 4DF4A 2P9NA 3SBTA 4B1YB 1S6QA 2HBKA 1QZ5A 2NNWA 4LF6K 4O5FA 3ENOA 1VQON 4MDAA 3KK7A 3W3DA 4KO0A 3TAMA 2A1RA 1X9SA 4KHSA 4DKWA 3CD6N 3VF4A 4IJNA 2E6LA 3C6AA 4E1NA 2P9SA 3SAHA 1CLQA 1BIUA 3AO3A 3WXMB 4YOWA 3VGKA 2NUBA 1BA1A 4B9VA 3J8AA 2JWLA 4X62K 1KTQA 3KWGA 4XEIA 1YTUA 3V9ZA 2WUSA 3DXMB 3MX2A 2YNIA 2V7ZA 2FXUA 4CJWA 2GV9A 4RTFD 2DY4A 2YCHA 3QBWA 2UUCK 1TK5A 3TTCA 4BRCA 2HHXA 1XC9A 4IDKA 5AQIA 1KLMA 3EEQA 4A2AA 3OYLA 3CPEA 4DV2K 1DGKN 1TK0A 3A8YA 5FRMA 3AVMA 3LDPA 4DU1A 4CZFA 4KB0A 4JEPA 4OLAA 3D2EB 4LF7K 2D0CA 2QTDA 3EKSA 1Z25A 2KZZA 3CI5A 3TSQA 1FJGK 4B1WB 2XY8A 5H1SQ 1D8YA 3LM2A 2QI2A 4OVLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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