4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
3LWLA 2P5GA 2E6MA 3RRHA 1QSSA 1WSJA 4NCAA 2VG5A 1KFDA 3IRXA 4OKJA 4N47A 3V81A 4FW2A 3TAPA 1BI4B 2Z1JA 3M8QA 4CFCA 4Z4CA 2FBYA 1C1BA 4DQSA 1SKRA 4AHUA 4N76A 4LH4A 3NH1A 4DFPA 3I0SA 1VRTA 1NK8A 4FYDA 4Y1DA 1A5VA 1RDAA 1RT5A 2VG6A 1N5YA 4GVMA 3OYFA 2HHWA 5FRNA 1ZBUA 4CGGA 3V9WA 1SKWA 3OYHA 2W42A 4KB0A 1RT3A 5KI6A 2XHBA 4YFUA 4CEZA 4M3XA 4HUFA 1L3UA 2P5OA 4EP5A 3P5JA 4I2PA 1KCFA 1UOCA 1TK0A 1ASWA 3JYTA 3JSMA 3M8RA 2QK9A 3VQ6A 3T19A 1G15A 3O3FA 2Z1GA 2RKIA 4CFAA 4DMNA 3LDSA 4M3ZA 3MEGA 4CJKA 4M3UA 1HYZA 3LZIA 4I9LA 1YTUA 2WONA 1TAQA 5HLFA 3LALA 4ZTJA 4BDPA 4CJ5A 4KHUA 4DQPA 2OPRA 2KFNA 4OPKA 4W5OA 2D0BA 1W0HA 1Y97A 2PZSA 4CJUA 4Z4GA 3QEPA 3QESA 1KRPA 1S1VA 4DTOA 4FZXC 4FJKA 3ZSXA 2KTQA 2HHVA 3QEXA 4CEQA 4KHQA 3SUQA 3T1AA 4E89A 3NCIA 1X9SA 3I0RA 3KK1A 3VA3A 1WAJA 3TWHA 3SUNA 1WSEA 4FJNA 3OYLA 1LAWA 2B6AA 3THVA 1JLQA 3OYCA 4J2BA 3H08A 2XY5A 3NAEA 3G0ZA 1TL1A 3NFAA 2OZMA 4FJ8A 3ZT1A 3AVKA 1NK4A 1IKWA 2OPSA 1FKPA 2YNHA 3L2QA 5CY4A 4M3RA 4CE9A 4CIGA 3O3HA 1L3VA 3RR7A 3NH0A 4FJJA 4CGFA 2FC0A 3AO2A 3LZJA 3OJUA 5J2MA 3CFOA 3TARA 1YT3A 3F9KA 1VK0A 3MEDA 5KGWA 4CFDA 4KI4A 4OGEA 4CECA 1LWEA 3HL8A 3ALYA 4ZHRA 1YVUA 2X78A 2VWJA 1VRUA 1HYVA 1X9MA 3V1RA 3HVRA 1T05A 4K8XA 5CZ2A 4BWMA 5J2QA 1NK0A 3FFIA 3MXJA 4OKKA 3MAQA 3KLIA 3L3VA 4YNQA 1A5XA 2BGGA 4CJ3A 1RTIA 3ZSZA 3VA0A 3AVBA 4FM2A 2FBTA 4OVLA 3NDKA 4FCYA 1VSHA 3K58A 1LAVA 3ZT4A 3HVTA 1D9FA 4OPJA 4DSLA 3HPGA 4N5SA 3KLFA 3L2WA 3TAQA 3AO5A 3TANA 3RRGA 4W5QA 1K6YA 1KLNA 3RMAA 5FDLA 2YKNA 1Q8IA 3QETA 2G8HA 1CXQA 4KTWA 4F3OA 3KKSA 3VQ9A 3SV4A 5C42A 1XC9A 3AA5X 3ZT2A 1XWLA 3KLEA 3F73A 1S1TA 4OGCA 1QHTA 3VQ7A 1VSEA 4JRPA 4DTPA 3L2UA 1Q9XA 4FM1A 3OYEA 4DF8A 2OPQA 3SQ4A 1J54A 1KLMA 4OJRA 1QTMA 2QKKA 3QNNA 4PY5A 1A5WA 2KQ2A 1JLGA 1WSHA 4DTMA 2XRIA 3U6FA 2PYLA 3KLHA 3DM2A 2HHXA 1B9FA 1JXBA 1WSGA 1BL3A 1UAXA 3RMDA 1L3TA 4Z4HA 3ZT0A 5HRNA 4ELVA 3D0PA 4CCHA 4KB1A 4FJGA 3VQPA 1EETA 3ZT3A 2IOCA 3TAFA 2JLEA 4DSEA 3C6UA 4LSNA 3LP0A 4HCBA 3KKRA 5HROA 1LWFA 3OYJA 4CGHA 3C94A 3AVHA 4CJ4A 4E0DA 4PWDA 2RF2A 4ID1A 4C8MA 1REVA 3OYBA 4CESA 4LSLA 3SQ0A 4EZ6A 3TI0A 3RWUA 4FJIA 1GOAA 4O5BA 3K59A 1T03A 3SV3A 4Z4IA 4DQRA 3UIQA 3VQ5A 4FLWA 4I9QA 3HO1A 3CQ8A 4CERA 1VSFA 2IAJA 1MU2A 1XHXA 5J2PA 1ZBFA 1J5OA 5KTQA 4IG3A 4KTQA 5C25A 1C0MA 4F3TA 3IG1A 1IKYA 4FVMA 4DTRA 4R5PA 4AHRA 2OYQA 1BCOA 3LAMA 3M8PA 1HJRA 1NJXA 5I42A 3MXMA 3OYIA 4CF1A 4DLEA 4FZYA 4E7IA 3KJVA 3TAGA 1X9WA 3AVGA 4EZ9A 1TKDA 3HJFA 3O3GA 4B9UA 3DRRA 3T3FA 4M42A 1QE1A 2HHQA 3V9UA 2JGUA 1RILA 1SL2A 4DWIA 3PY8A 4MQ3A 1S5JA 3MEEA 4TSXA 2QXFA 1UA0A 2KZZA 2ITGA 3LPUA 3SUOA 3ZSRA 1IKXA 1TV6A 4CJWA 1BHLA 4CHQA 3K5MA 5D3GA 4DU1A 2F8SA 2FBVA 4CEBA 4CEOA 1BQNA 3C95A 3DLRA 3IS9A 2E6LA 4FLVA 4W5TA 1EXQA 1JL2A 4E7HA 4AHCA 1QSYA 1WN7A 1W9HA 4DLGA 4CJVA 3RMBA 4AH9A 1C1AA 3RMCA 4Z4EA 1NJYA 3CM5A 4LH5A 4WE1A 3PV8A 3DMJA 2D0AA 1RTDA 1I39A 4DSJA 1U04A 4H4MA 3L8BA 4HUEA 2RPIA 3K2PA 4KO0A 4B9NA 4FW1A 2E4LA 4JS4A 4B8CA 3NGIA 4FJXA 4DTSA 4CF0A 3AVFA 1TGOA 4M3WA 3M8SA 4B9TA 3AO1A 1Z26A 4JLHA 4Y1CA 2HNDA 2KW4A 3O4QA 2PY5A 3AO4A 1Q9YA 4QCLA 1DLOA 2A1SA 3V9ZA 4M3YA 1D5AA 1TK5A 4B9VA 4CFBA 2ZE2A 5DMRA 3QERA 1KVBA 3ITHA 3SZ2A 3OS2A 4F2RA 4LY7A 4JRQA 4CHNA 2XO7A 3PO4A 1TKXA 3KIOA 1HQUA 2XY8A 4RG8A 2DFHA 3BGRA 3OYAA 3K5LA 4CJTA 3DOLA 4MFBA 4CGJA 5T7BA 3EY1A 2ZQBA 3PX4A 4PA1A 3ZSWA 4RW4A 3QEWA 3SUPA 3AA2A 3I8DA 1HRHA 3OS0A 4B9MA 4DTNA 2HVHA 3NGYA 3PUFA 4AHSA 3TABA 1NKBA 4KHNA 1JL1A 5FRMA 4CF8A 4IBNA 1NKEA 3NF6A 1ZBLA 1RTJA 3S3MA 3BDPA 1Z25A 2RN2A 3LAKA 2OZSA 4BDYA 1NOYA 3NH2A 1ASVA 2GBZA 1S9EA 2IGIA 4Q5VA 4DTJA 4RW8A 3DRSA 3L2RA 2D0CA 4LD0A 4FK2A 2X6SA 3DYAA 1S6QA 1L5UA 1NKCA 1ASUA 2YNFA 2HB5A 3P83D 4Z0UA 5SZTA 4C8LA 4KHYA 2IDOA 2G8VA 1VSMA 2GUIA 3O4NA 4H4OA 1EX4A 3QLHA 4CIEA 4Q0BA 2G8WA 3CFPA 4DTUA 1RCHA 2HMIA 4NCBA 3L3UA 1SV5A 1SL0A 2B4JA 1I3AA 4CJRA 3HXMA 1FKOA 1NK7A 1RDBA 4B9LA 3LPTA 4IKFA 3AA3A 4BACA 3L2VA 1TL3A 3OVNA 3EZ5A 1RBVA 1S1XA 2HW3A 1WNSA 3PO5A 4UQGA 1NJZA 1ZBIA 1UWBA 1GOBA 2PYJA 4DSIA 4FJMA 3DOKA 3S3OA 3AVLA 1TKZA 5E41A 4FJHA 2HNZA 3AVJA 4DS5A 1RBRA 4E7KA 1CLQA 1F21A 5EU7A 4M41A 2HHTA 5CYQA 2A1RA 4I7FA 3TAEA 4CHZA 3U3GA 4CHYA 3HP6A 1NJWA 1RT6A 1C0TA 4E7JA 4HCCA 1DTTA 4FLTA 3K5OA 3OJSA 2F8TA 3AVAA 4NYFA 4HUGA 3VQDA 4KHWA 4RW7A 3HP9A 4O0IA 3B6PA 4KAZA 1GOCA 4J2AA 3SI6A 3HK2A 4FLXA 1KSPA 4FLZA 3NF9A 1RT1A 1EP4A 1NK5A 2XY7A 1J9AA 1TVRA 4BE0A 4DQQA 1C0UA 3V6DA 1VSJA 4H8KA 3C6TA 1EKEA 4DF4A 3RTVA 1HPZA 4FZZA 2Y1JA 3ZSOA 4B9SA 4B3OA 2I5JA 2ZD1A 4GW6A 1LV5A 1IH7A 4CK3A 3NGZA 1XI1A 2YHAA 1RBUA 3MXIA 3KTQA 4M3TA 2BE2A 1JLFA 3PX6A 4KRFA 4QAGA 1WLJA 5HRPA 1B9DA 2OA8A 3NBPA 1RDCA 4JS5A 3KD1E 1HNVA 3SCXA 4FM0A 1S6PA 1TKTA 4NCGA 2YNIA 2DY4A 3HPHA 3HSTB 1WSFA 4CJPA 3OS1A 1UA1A 1D8YA 4DS4A 1S1UA 4CJQA 3SYZA 4ELUA 4N41A 3NE6A 3VQ8A 2Q3SA 4KPYA 3DLBA 3OYNA 1U45A 4FJLA 4G1QA 2BDPA 4DU3A 1HMVA 3WNHA 4IG0A 3KK3A 1RT7A 2X74A 3HM9A 1SL1A 1QSLA 4HTUA 3V9XA 3OY9A 4KREA 1QQCA 4AHVA 2G8FA 3E01A 4OKEA 1S1WA 1YTAA 2BANA 4B8AB 3OYGA 2KZMA 4ICLA 1D9DA 4PQUA 1IG9A 3QIPA 5SWMA 4KKOA 4J2DA 1QS4A 1VSDA 3ULDA 3CYMA 4CEEA 3S9HA 2YHBA 1RT2A 4CK2A 4O0JA 1U48A 4M45A 4IFYA 1CXUA 1LWCA 2YV0X 1XHZA 4PUOA 4FJ5A 3AVMA 1BQMA 1JLEA 2G8UA 2P1JA 3OYDA 3LWMA 4FLUA 4C8NA 3U3YA 1WSIA 1S9GA 2XY6A 4IFVA 3AV9A 3WNFA 3HT3A 2ATQA 1NK9A 5C24A 2X6NA 3VQQA 4W5RA 2Z1HA 2EX3A 4ZTFA 1BI4A 3VQBA 3HPOA 1VSKA 1VSIA 3EYZA 1RT4A 1T7PA 1IKVA 4HVJA 3KK2A 4OLAA 1BIZA 2DFEA 4DFMA 5JS2A 4ID5A 3V1OA 4DG1A 3RR8A 4FLYA 4RW9A 3LANA 3V1QA 1TK8A 3NF7A 4CK1A 3MECA 4DSFA 1KVCA 3VN5A 4CHOA 1BIUA 2HNYA 4W5NA 4BDZA 3B6OA 2IC3A 3SPYA 4CJFA 4BE1A 1DTQA 3S3NA 1HYSA 4DTXA 1HQEA 2VWKA 4E3SA 3KLGA 4AHTA 1BISA 4AILC 1ZBHA 4FK4A 1B92A 4I2QA 2OPPA 1LW2A 4E19A 3QEIA 4FJ7A 4GMJB 2O4GA 1X1PA 2FBXA 2P51A 5J2NA 1SUQA 4KTZA 4HHTA 3AVIA 2LSNA 2NUBA 2YKMA 4OLBA 4CJSA 4NYNA 3VQCA 3WNEA 1C1CA 1U49A 3PX0A 4E1MA 4B08A 1JLAA 3OYMA 2F96A 1SKSA 4L8RB 2VG7A 3ZCMA 3DI6A 4O44A 4CJEA 1U4BA 4QOZB 5JS1A 3HYFA 3LP3A 3K5NA 3ZSYA 1T8EA 4DSKA 1KTQA 3QINA 3VQEA 4E1NA 3DLKA 4CGIA 4XIUA 4CEDA 1BGXT 5KRTA 4K8ZA 4F4KA 2G8IA 2HVIA 1L3SA 1RDDA 3V9SA 3A2FA 4F8RA 5HP1A 4CIFA 3NHGA 4Z4FA 4CEFA 4KHSA 5DK5A 1CZ9A 5K14A 1RBTA 4E7LA 1FK9A 3ASMA 4O4GA 3OYKA 3G10A 3LP2A 2ETJA 4RW6A 2G8KA 1RNHA 1ITGA 2WOMA 3KD5E 2AJQA 5HRRA 1KFSA 2KFZA 1LW0A 1RBSA 2DTUA 1RTHA 4DQIA 3AVNA 3CG7A 1IO2A 3NF8A 5CZ1A 1WAFA 3TR8A 3SQ1A 3DRPA 3WNGA 1JLCA 2IS3A 1O1WA 2Z1IA 3P1GA 3SJJA 3D45A 2EHGA 4J2EA 1JKHA 4O55A 2Y1IA 2D5RA 4FK0A 1FXXA 2YNGA 1JXEA 5HBMA 2GV9A 5FROA 3QIOA 3ISNC 4CJLA 3V4IA 1ZYQA 1C6VA 3CFRA 1JLBA 3DLEA 3LP1A 4CHPA 4DFKA 4KI6A 1BCMA 4CF2A 3SNNA 3AO3A 2O4IA 3QO9A 1KVAA 5I3UA 4IDKA 3ZSVA 4FJ9A 3AVCA 1N6QA 1HNIA 2B5JA 4F2SA 2HHSA 3K57A 4CGDA 4FXDA 5J1EA 4N56A 3IAYA 3SPZA 5HRSA 1CZBA 4EP4A 4DFJA 1NK6A 4C8KA 4ELTA 4CF9A 2QKBA 1TAUA 4C8OA 3QNOA 3QEVA 3VQAA 3SQ2A 2DFFA 4CEAA 3AA4A 3DLHA 2HHUA 4KV8A 4DU4A 3VQ4A 1J53A 1NOZA 1VSLA 4KFBA 3CM6A 5KRSA 2R7YA 4BE2A 3ZSQA 3DLGA 4BWJA 1U47A 1R0AA 5CYMA 3TAMA 5KGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P5GA 4Z4FA 5FLXO 3RRHA 1WSJA 1QSSA 4N47A 4CJ7A 1YF5L 4FW2A 4YOVA 4CFCA 4YOWA 4N76A 4JK8A 2QWMA 4JI8K 4Y1DA 1RDAA 1RT5A 1N5YA 3EE8A 2ASPA 1QQMA 2W40A 3VGMA 5FRNA 2ITMA 3V9WA 4DR5K 3OYHA 2W42A 5FPDA 1RT3A 4CEZA 4M3XA 4EP5A 3HBTA 4IOXA 3A5MC 4EAHD 3VQ6A 1G15A 2Z1GA 2RKIA 1Q18A 3LDSA 3MEGA 4DR2K 1YTUA 2WONA 1N34K 4CJ5A 2OPRA 2PZSA 5C15A 2GX9A 4Z4GA 2ZGZA 1MA9B 4KHQA 3SUQA 3T1AA 4E89A 2GELA 3I0RA 5B8HA 3KK1A 1WSEA 4J2BA 3NAEA 1MWMA 4FJ8A 2KHOA 5AQOA 1FKPA 4CE9A 1HR0K 3O3HA 4JK9A 2FC0A 3AO2A 3OJUA 1YVNA 1VK0A 4PL7A 1GLBG 4ISGA 3V1RA 1T05A 3WT0A 4BWMA 1YHQN 4H5NA 3MXJA 3KLIA 4YNQA 4EFHA 3AARA 3WXJA 3EO3A 3SAGA 4GV3A 1TUYA 2FBTA 3R9PA 1D9FA 3OBWA 4LF9K 3QETA 2OCEA 1XWLA 3KLEA 3F73A 4DTPA 3VQ7A 1NGGA 4JRPA 4DF8A 5AFUA 1HPMA 3SQ4A 4OJRA 1QTMA 3QNNA 3H46O 2XRIA 2PYLA 4BC3A 2HHXA 1JXBA 4YOTA 3ULEB 3SAFA 2VQFK 3ZT0A 4MO4A 4CCHA 2NNWA 1NGJA 2IVPA 4FJGA 3VQPA 3ZT3A 3TAFA 4DSEA 3HTVA 4LSNA 2HF4A 5HROA 3C94A 4ISFA 4PWDA 4ID1A 4LSLA 4FJIA 5LY3A 3TI0A 2NRXA 1T03A 1MDUB 3VQ5A 4FLWA 3HO1A 1ILYA 2E2OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HPZ A;  3QFU A;  2I5J A;  3VOV A;  1M90 O;  1IH7 A;  4M3T A;  3CCS N;  4WQ4 C;  3M6G A;  4JS5 A;  4A62 A;  2UXC K;  3AGR A;  1GLA G;  4IEE A;  4JI7 K;  1D8Y A;  3OS1 A;  3FZK A;  3B8A X;  3SYZ A;  4MDB A;  3NE6 A;  3VQ8 A;  2Q3S A;  3DLB A;  4FJL A;  2WBN A;  1HKB A;  5DM7 L;  3KK3 A;  2O8C B;  3KK7 A;  3MX5 A;  4HTU A;  3V9X A;  4CZM A;  4CZF A;  1QQC A;  2G8F A;  3E01 A;  2KZM A;  1D9D A;  1IG9 A;  3QIP A;  2O8F A;  5MLC Q;  4J2D A;  1VSD A;  5M1P A;  4XEI A;  4DR3 K;  4CEE A;  2YHB A;  1ZXO A;  4O0J A;  5LJV A;  4WCE L;  4M45 A;  3MCA B;  2JWK A;  3BF3 A;  1JLE A;  2G8U A;  5EXW A;  3T7Z A;  1WSI A;  3MN7 A;  3AGK A;  2ATQ A;  3HT3 A;  1NK9 A;  4W5R A;  3HPO A;  3VEV A;  1RT4 A;  3FZF A;  4BC5 A;  1T7P A;  4HVJ A;  4BRE A;  3KK2 A;  2P9S B;  4DFM A;  3M1F A;  4IOA L;  5JS2 A;  4DG1 A;  3ZET A;  2VGN A;  4FLY A;  1W7A A;  4RW9 A;  3LAN A;  3JS6 A;  3O1B A;  4CBU A;  4ILH A;  3B6O A;  4BE1 A;  2UXB K;  4CZI A;  4AHT A;  4AIL C;  4BRH A;  4I2Q A;  4FJ7 A;  3CHW A;  4M63 C;  2P51 A;  2QM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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