4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
2ITGA 4W5NA 1G15A 5HRNA 3KLHA 1D9FA 4ELVA 4B3OA 3IG1A 4CK3A 4KHSA 4ICLA 3AA4A 3NH2A 4JS4A 1CZBA 3KTQA 4FJLA 3DLGA 4B8AB 1LWCA 1XC9A 4KRFA 3LZJA 3ZSRA 4E7KA 2DFEA 3AVBA 1ASVA 4Q5VA 3PO4A 4J2BA 2DFFA 3SZ2A 4FZZA 5E41A 3QEWA 4KHQA 3OYNA 3KLFA 1NK5A 3PO5A 3WNEA 3V6DA 4HCCA 4CEEA 2YNHA 4OLAA 4DLEA 3TAFA 3HYFA 1N6QA 4BE0A 2IAJA 1U04A 4KI6A 1WAJA 3KK1A 4E3SA 4PWDA 4KREA 4PY5A 3OYKA 3ZT0A 3KK3A 5HP1A 1RT7A 2OYQA 3MAQA 3SUQA 4NCBA 1CZ9A 1TGOA 2X78A 4DSJA 1KLMA 3KKSA 2G8UA 1A5XA 1VSMA 1VSFA 3S3MA 4C8OA 4KFBA 3DYAA 4JRPA 3PY8A 4KTQA 2OZMA 3VA0A 3AO3A 3I0RA 1JLQA 4FCYA 5EU7A 1QSYA 5JS2A 3QETA 1RDCA 2YHBA 3AA3A 2Z1GA 1W9HA 3C6UA 4O4GA 3TAEA 1NK4A 2G8FA 3NHGA 1CXQA 1FKPA 3DOKA 3RMAA 1J9AA 4CJUA 1T7PA 4BDYA 4MQ3A 3OYHA 4CFAA 2KTQA 4FLTA 5FDLA 3AO4A 4CHQA 1Q8IA 1HQUA 4N41A 4Y1DA 1BCOA 3V9WA 1IKXA 1ZBUA 4FW1A 1WNSA 4DTNA 4B9NA 3ZT4A 4B9VA 3SI6A 1I3AA 1T03A 1A5WA 1UA1A 1JXEA 4DQQA 4CJQA 1C6VA 4F8RA 4RG8A 3TABA 4FJ5A 1JKHA 4NCGA 4CJKA 4HTUA 3OVNA 3SYZA 4DU3A 4C8LA 2FBTA 4NCAA 1EP4A 2HW3A 3U6FA 4FJGA 3ULDA 1ITGA 2ATQA 4J2AA 1YT3A 3LDSA 4CESA 1VSKA 4C8MA 2IGIA 1TVRA 4CE9A 3OS0A 4DTUA 4DTJA 3SQ4A 4DU1A 2G8WA 4CHZA 1TAQA 3BGRA 3NBPA 3O3FA 1EKEA 4CJ3A 3S3NA 2P5OA 4M3ZA 3EZ5A 3FFIA 1RT4A 1ZYQA 1QHTA 1SKRA 1NKCA 1HPZA 1HNVA 1KVBA 4CEQA 1JLFA 4FM0A 3PX6A 3RR7A 4FJHA 3P83D 4H8KA 3V81A 5JS1A 1ASUA 1XWLA 2D0BA 3AO1A 5KGXA 3LZIA 1RCHA 4GW6A 2X6SA 2Y1JA 1LWFA 3PX0A 2YV0X 4M3XA 3NF6A 4CIFA 3L2QA 1WSEA 4FJJA 3V9XA 4O5BA 4QOZB 1WSHA 2Q3SA 5K14A 4BWMA 5CZ2A 1A5VA 3OYEA 3LPTA 4CJFA 2XY8A 3HPGA 1W0HA 4DMNA 1NOYA 4GVMA 5HLFA 4UQGA 2E6LA 1JLGA 3PX4A 1UOCA 1YVUA 4RW6A 3D0PA 4FVMA 4KB0A 1TK8A 3VQ6A 1WSIA 3VQ8A 4B9UA 4OKEA 4IDKA 3ZSQA 4FZYA 1DTQA 3QIOA 3V9ZA 2G8KA 4K8ZA 3VQAA 2ETJA 2I5JA 4AHVA 3DI6A 3OYGA 3NGIA 3RMCA 2HMIA 4E0DA 4JS5A 1QS4A 5C24A 2IC3A 4KHUA 3TARA 4FLWA 3NE6A 2KZZA 3HP6A 2YHAA 3VQ9A 3V9UA 1RDDA 2OPQA 4AHUA 3S3OA 4OKJA 4CJ5A 3QEXA 1ZBHA 3TI0A 1XHZA 1NJYA 1S1XA 4F2SA 4CJSA 4M42A 1RTDA 3TAQA 3HPHA 2VG7A 4CFBA 1HJRA 4DS5A 4DTSA 1GOBA 1S6QA 3MEEA 3WNFA 5KTQA 3QO9A 1YTAA 1WSGA 3KLIA 3OJSA 5J2PA 4EZ9A 3O4QA 5I3UA 2HHQA 3L2UA 4I9LA 1J5OA 2OZSA 3UIQA 4IKFA 2ZE2A 5C25A 4LSNA 3OYIA 1HNIA 3NCIA 5SZTA 1JLEA 4BWJA 4HUFA 4I7FA 1NKBA 4FJKA 4Z4HA 2GBZA 4CHNA 2A1RA 1TK0A 4IG0A 3VQ5A 3WNGA 4DLGA 1RTIA 1DTTA 3SJJA 3NF7A 1B9DA 3AVJA 4M3UA 2O4GA 4BACA 1L5UA 4KV8A 2OA8A 4CF0A 3ZSXA 2X74A 2F8TA 4FJMA 2P1JA 1RBUA 3KD5E 5KRTA 1REVA 3OJUA 4DQSA 3SPZA 3OS1A 3NH0A 1BGXT 1FK9A 3KIOA 3ZT1A 1RT2A 4EZ6A 2QKKA 3BDPA 1FKOA 5KRSA 1UAXA 3LANA 4ID5A 4FLVA 4DWIA 1ZBFA 4J2DA 1SL2A 2B5JA 2P51A 3VQCA 4B9MA 4KKOA 1NK6A 1TAUA 4EP5A 3V1OA 3V4IA 2O4IA 1WLJA 3SQ2A 3LWLA 4CJLA 1DLOA 1U48A 3LAMA 3NGYA 4NYNA 2XY6A 4CGHA 1IG9A 3L3VA 1L3VA 4C8KA 4KHNA 2LSNA 1TKXA 3I8DA 3TANA 3TAPA 2KZMA 1S1UA 1BL3A 4DFPA 3MEDA 1EETA 4AHSA 3B6OA 3RRGA 4KTZA 2G8IA 2BDPA 3SUPA 3HPOA 1KCFA 3T1AA 4H4OA 4CF1A 1KLNA 3M8SA 4DSKA 2OPPA 3MEGA 3VQEA 1JLBA 1TL3A 1D8YA 2G8VA 4FZXC 3ZSZA 2FBVA 4FYDA 2DTUA 3EY1A 1I39A 4F2RA 4DFKA 4CHOA 4DSFA 1VK0A 1Y97A 2HB5A 2A1SA 3ITHA 2FC0A 1NKEA 3KKRA 4OPJA 1RDBA 3VN5A 1IKVA 4ZTFA 1X9MA 2PYJA 4ID1A 3AVNA 3ISNC 4W5OA 2KQ2A 3OYJA 1O1WA 3OYFA 2NUBA 4CJWA 1RNHA 2BANA 2IS3A 2R7YA 2HNZA 1SL0A 3EYZA 1R0AA 5KI6A 4CCHA 4OKKA 1WSFA 1S6PA 4TSXA 4CECA 3NH1A 1KVAA 3OYBA 3DLBA 1X1PA 2DFHA 3MECA 1SKSA 5DK5A 4C8NA 3QNNA 4FLZA 4ZHRA 3TAMA 2HVHA 4CGJA 1KFSA 1Q9XA 2X6NA 3M8RA 1VRTA 3ASMA 3SUOA 1U47A 1LV5A 3OY9A 4KPYA 4WE1A 4FJ9A 4CIEA 1U49A 1WN7A 2G8HA 1BIZA 3IAYA 1YTUA 2XY7A 4IFVA 3P1GA 2RF2A 3TWHA 4KHYA 3LALA 4OGEA 3VQDA 5DMRA 3AVAA 4KB1A 3SV4A 1T05A 3NGZA 1BI4B 4LD0A 3OYLA 1QSLA 3VQBA 4AHRA 1VSEA 1WAFA 1Z26A 4CGFA 3CFRA 3SPYA 4E7IA 3LP3A 3K5MA 3SQ0A 3QEIA 1L3UA 4Z4FA 4BE1A 4M3TA 2FBXA 1TL1A 2RPIA 4F3TA 3DRRA 3LP2A 2HVIA 2QXFA 2Z1JA 4Z0UA 3OYDA 3MXMA 1XI1A 1C0MA 4LH5A 4I9QA 1RBRA 4CGIA 3LWMA 4KI4A 3O3HA 1MU2A 5SWMA 4CJEA 3CFPA 3RTVA 1F21A 3THVA 2HHSA 1JL1A 1CXUA 4M41A 3O4NA 4N47A 1HMVA 1D5AA 3ZSYA 5HROA 3OYAA 3DLHA 3KD1E 4AHTA 5J2MA 2VG6A 5FRNA 4FLYA 3HP9A 3LAKA 3AVLA 3P5JA 1ZBLA 1NJXA 3F9KA 4N76A 3K5LA 2HHWA 4KTWA 2ZD1A 1CLQA 3SNNA 5CZ1A 4FW2A 2HNYA 4W5TA 4FK2A 3NDKA 3D45A 3NAEA 4DQIA 2WOMA 4CJTA 2YKNA 4KHWA 4G1QA 4OGCA 1RT3A 1NK8A 3LPUA 4O44A 4OJRA 4DQRA 4RW4A 4RW9A 4B9TA 1RDAA 1S1TA 2W42A 1U45A 1BIUA 4FJXA 4JRQA 1S1WA 3HL8A 3AA2A 2D0AA 4CGDA 3T19A 3SQ1A 4E7LA 4GMJB 4HUGA 4DFMA 3DLKA 4O0JA 4E1NA 1IO2A 1Q9YA 3DM2A 4N56A 4E7JA 4CHYA 3VQ4A 2VG5A 3AA5X 4DG1A 1X9WA 2XRIA 4I2QA 3RMDA 3NFAA 4DQPA 4M3WA 3QEVA 4FM2A 3L2WA 2D5RA 2YNFA 4PUOA 1GOCA 4H4MA 1RILA 3M8QA 4AH9A 3V1RA 3DLRA 3KK2A 5CYQA 2BE2A 1IKWA 3VQQA 1TKZA 4ELUA 4E7HA 4DSEA 3ZT2A 3JYTA 1S1VA 1VSIA 3QESA 1VSLA 1KFDA 4HHTA 3RMBA 2VWKA 1QTMA 3K5OA 4CERA 4CEZA 4B9LA 3A2FA 1RT6A 4YFUA 4CEFA 4BDZA 2PYLA 3L8BA 3B6PA 2YNGA 1SV5A 4DTXA 3HJFA 4CEBA 3C6TA 1BHLA 4CK2A 4AILC 1LW0A 3M8PA 4ZTJA 3NF9A 1RTJA 4OVLA 4CJRA 1KTQA 4BE2A 2HHUA 4EP4A 3MXIA 1JL2A 4KO0A 4CHPA 4CIGA 2HHTA 1LAWA 2KW4A 3CM6A 1RBVA 1JXBA 4M3RA 3DOLA 5FROA 4N5SA 3V9SA 3NF8A 4DTMA 3DRPA 1N5YA 3HK2A 1BQMA 3K58A 1L3TA 2IDOA 3U3GA 1HYZA 3DRSA 3ZCMA 3L2VA 1C0TA 4AHCA 1RBTA 1UA0A 3CFOA 3HVRA 1VSDA 4RW8A 3E01A 3CYMA 3AO5A 4DTPA 2KFZA 3IS9A 4CGGA 4FLUA 4IG3A 1C0UA 4W5QA 3KJVA 5HBMA 3JSMA 4I2PA 3HO1A 1LAVA 2E6MA 4R5PA 1GOAA 2DY4A 3OYCA 1J54A 1C1BA 2XO7A 3MXJA 4CEOA 3U3YA 2AJQA 1LWEA 3L2RA 3QINA 1JLAA 2OPSA 3RRHA 2HHVA 4FJ8A 1KSPA 3RWUA 4FJIA 4FM1A 4DS4A 2ZQBA 3ALYA 4O0IA 4LSLA 4LY7A 3LP0A 3CQ8A 3PV8A 3SUNA 5FRMA 1RTHA 1B9FA 3I0SA 4Y1CA 4CF9A 1K6YA 3L3UA 4J2EA 2JGUA 1WSJA 2YKMA 3F73A 5T7BA 4HUEA 1TV6A 3AVCA 1BISA 4CFDA 4E89A 3AVKA 1XHXA 4FLXA 1NK7A 1C1CA 1RBSA 4PA1A 5D3GA 3AO2A 3S9HA 4ELTA 3AVGA 1HQEA 4CJ4A 1RT1A 2YNIA 1JLCA 1T8EA 4YNQA 4B9SA 3SCXA 4CK1A 4OLBA 5C42A 3HM9A 2QK9A 3T3FA 1SL1A 4CEAA 3C95A 3O3GA 1RT5A 4CFCA 5HRRA 3HXMA 4DF4A 3QNOA 4XIUA 1ASWA 2QKBA 4FK4A 2XY5A 4MFBA 3AVHA 4M3YA 4PQUA 1NOZA 2F96A 4RW7A 5KGWA 5J2NA 4QCLA 1BCMA 2B4JA 3QERA 4DFJA 1UWBA 3HVTA 4DTRA 1BI4A 1C1AA 3DLEA 4B8CA 4DSIA 3ZSOA 4B08A 1U4BA 2FBYA 1NK9A 2WONA 5I42A 1SKWA 3ZT3A 3RR8A 4Z4IA 3SV3A 4CJVA 3HSTB 1KRPA 5HRSA 2BGGA 1TKTA 1EXQA 3CM5A 1LW2A 1NK0A 4Z4GA 5J1EA 1HYSA 3DMJA 4F4KA 1VSHA 2Z1HA 1TKDA 4FJ7A 3AVMA 3G0ZA 4CF2A 2KFNA 2XHBA 1D9DA 4OPKA 3AVFA 2B6AA 4IBNA 2GV9A 2GUIA 4M45A 4E19A 2VWJA 4DF8A 3V1QA 3KLGA 2IOCA 1ZBIA 2PY5A 2D0CA 3LP1A 3AVIA 4E1MA 4JLHA 2EHGA 2Z1IA 1L3SA 3QIPA 4QAGA 4Z4CA 1TK5A 1IKYA 2OPRA 2EX3A 3AV9A 3G10A 4LH4A 1S9GA 2Y1IA 1IH7A 2RKIA 3WNHA 4HCBA 3CG7A 1QQCA 1S5JA 1S9EA 4K8XA 4Q0BA 5CY4A 1J53A 4Z4EA 2P5GA 4FJNA 3IRXA 4NYFA 2HNDA 4CJPA 1VSJA 1Z25A 4DTOA 3QEPA 2F8SA 2JLEA 3TR8A 1VRUA 5CYMA 3ZSVA 4CF8A 5HRPA 3K2PA 4FXDA 2HHXA 4L8RB 1NJZA 3OS2A 4W5RA 1B92A 3ZSWA 3C94A 4IFYA 3K5NA 3TAGA 1X9SA 1NJWA 1BQNA 3VA3A 4DSLA 4O55A 3PUFA 1EX4A 2RN2A 1HYVA 1QE1A 3HT3A 2PZSA 3QLHA 1KVCA 4DU4A 3OYMA 5J2QA 1HRHA 4HVJA 3H08A 3VQPA 4CEDA 4FK0A 2E4LA 3K59A 3K57A 4F3OA 1FXXA 1QSSA 1SUQA 3VQ7A 4BDPA 4KAZA 3KLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G25A 3KTQA 3DLGA 4B8AB 4KRFA 2AP1A 3LZJA 3J8AA 4QS9A 4J2BA 2FF3B 3SZ2A 2O8DB 4KHQA 1M90O 1NGIA 3A5LC 3V6DA 3KVGA 2YNHA 1U04A 1OVYA 1WAJA 4E3SA 4KREA 3SMSA 5HP1A 1GLCG 4DR4K 2OYQA 2GUPA 3SUQA 4IZ9A 1KLMA 5E84A 3DYAA 1QZ5A 3PY8A 4PKIA 1JLQA 5EU7A 5LY3A 3QETA 1RDCA 2YHBA 1NK4A 2IIRA 4YHHK 1BA0A 1T7PA 4U67L 4BDYA 2HBLA 1ESVA 4CFAA 5E26A 5FDLA 4FLTA 4CHQA 1VQ9N 1HQUA 2QWRA 3V9WA 4FW1A 3GDQA 4DTNA 2A3ZA 4B9NA 3SI6A 1N33K 1OVQA 1UA1A 4FJ5A 4C8LA 4HTUA 1T6DA 2FBTA 3G4SN 5IWAK 1ITGA 3LDSA 4H0PA 2IGIA 2UXBK 4DV2K 1U6ZA 4DU1A 4CHZA 4BR5A 2P5OA 1YXQA 3ATVA 2P9SA 1HPZA 3PX6A 1W2BM 3RR7A 2UXDK 1ASUA 3LZIA 4GW6A 4ISFA 3WXKA 3TSQA 2Y1JA 1LWFA 3PX0A 2BH1A 3FZMA 4M3XA 3NF6A 1WSEA 4FJJA 4CZGA 3PSFA 4BREA 5K14A 5CZ2A 3SLCA 3H46O 3E9OA 2ZJQL 4DMNA 1NOYA 4GVMA 1UOCA 1YVUA 2VWBA 5MLCQ 4KB0A 3VQ6A 4XH5A 3DAWA 1WSIA 2CGKA 4OKEA 1DTQA 4K8ZA 3ZEUB 2G8KA 4I6MA 1QS4A 3TARA 2KZZA 3V9UA 2YHAA 3R1XA 3VQ9A 1XNRK 1RDDA 1X3NA 3TTFA 4AHUA 3S3OA 3TI0A 1XHZA 4A59A 4JI0K 3TAQA 4CFBA 3WNFA 5KTQA 1WSGA 1IBKK 3OJSA 4EZ9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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