4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
1W0HA 3PV8A 1T8EA 4FJHA 4M3UA 4CF2A 4CK1A 1DLOA 2B5JA 3AVKA 4CJQA 3TAPA 2ETJA 1RILA 4BDZA 2HHXA 3DYAA 1VRTA 4I7FA 4C8NA 3HL8A 3ZT0A 3OYAA 3C6UA 4RW6A 1TKXA 4M42A 4F3TA 3QEWA 4OGCA 4F8RA 4E7JA 5CYQA 1JL2A 4AHUA 4FLTA 3ZT1A 2F96A 4FVMA 3SJJA 3PX4A 3O3FA 3TAQA 1IG9A 4FJ8A 1F21A 1RBRA 4KHWA 5CZ2A 1S6PA 4JS5A 3HK2A 3SQ0A 3EY1A 1KFDA 4FJLA 4HCBA 5KRSA 1KTQA 1HMVA 3DLRA 4FCYA 4DQSA 4CEBA 5I3UA 4ELTA 4HTUA 1D9FA 4O5BA 1VSFA 4O55A 4BE0A 2QKKA 1R0AA 3KIOA 3SQ2A 1J9AA 5DK5A 3SQ1A 2F8TA 1FKOA 1HYSA 3LAMA 2RF2A 1RDDA 4LY7A 3VQ6A 4W5NA 3CFRA 1VK0A 1U04A 3FFIA 3NGYA 4FLZA 3QINA 1TV6A 2OYQA 3KK2A 3D0PA 1VRUA 2YHAA 4FM2A 1JL1A 1RDCA 3AO1A 2VG5A 4OKKA 3OS0A 3TR8A 3I8DA 2W42A 2LSNA 3IRXA 4YNQA 1VSHA 4I9LA 1RT7A 2DFEA 4B8AB 1NK8A 2HHSA 3U3YA 1VSMA 2D0BA 2GBZA 3BGRA 3OY9A 3AVNA 4AHTA 3C95A 3PO4A 4QOZB 3L2RA 3MAQA 1QSSA 2PYLA 3VQPA 4KHNA 4FJIA 4BE2A 4LSLA 3SUPA 3PO5A 3SUOA 2NUBA 4CGGA 4DQIA 3HYFA 1UA1A 4FK2A 5J2PA 1NJYA 2P51A 4RW4A 4CJEA 1I39A 1HRHA 1WSGA 1G15A 3ZT3A 1N5YA 5K14A 1KLNA 2FBTA 3OJUA 4H4MA 4ZTFA 1RTIA 1GOAA 3HSTB 4CEEA 4QAGA 1IKWA 1CZ9A 4CEOA 1HNIA 2OZSA 3ZSVA 1JLGA 3CYMA 2D5RA 3AVAA 2YHBA 4CEFA 3SV4A 1NK4A 4CGJA 3RMCA 4CHYA 4CF8A 1NJZA 4BWJA 2DTUA 1J54A 4AHRA 4CJKA 1IO2A 3OYBA 3PX6A 1LW0A 1S9GA 1SL0A 3KJVA 4CJLA 4B9NA 3NF8A 2XY7A 5CZ1A 1FXXA 4KHUA 4KO0A 4FZYA 2VG6A 2G8UA 2RN2A 4JS4A 4N47A 4K8ZA 5KGXA 3L3UA 1IKVA 3NH2A 1A5WA 3OYLA 2OPRA 1HQEA 1BCMA 1RTJA 1NK6A 3RRGA 4KB1A 3VQQA 3OYNA 2IAJA 3VQ4A 2HB5A 1W9HA 3O4QA 2PYJA 1RBUA 4W5RA 1YVUA 3ZSXA 3VQEA 4O44A 4Y1CA 4CEZA 3QLHA 5HBMA 4FZZA 4CFAA 1QTMA 1LAVA 2VWKA 4FLWA 3TANA 4BWMA 2ITGA 1GOCA 3QETA 3VQ5A 1NOYA 2IGIA 4DFKA 1U4BA 3RR7A 3LAKA 4DWIA 1K6YA 1S1XA 1U49A 4DTNA 4W5OA 4FJNA 2OA8A 4MQ3A 1L3SA 1WN7A 1BIZA 3MECA 3L2QA 4FW1A 1RCHA 3MXMA 4CGHA 4FJ9A 2HVIA 3TABA 1TL1A 4KTZA 4PY5A 1NK5A 2IOCA 5J2NA 4M41A 1RT5A 1S1TA 4E3SA 2VWJA 1N6QA 1QS4A 4KB0A 1VSEA 3OYGA 4EZ9A 3QIOA 4J2BA 1DTTA 2X74A 1BQMA 1TKTA 1JLEA 3KKSA 1U45A 1KVBA 3SUQA 1FK9A 1ZBUA 4CECA 2KFZA 4CJ4A 4L8RB 4E7IA 4FLVA 1KRPA 4KKOA 1TAUA 4FYDA 1NKCA 3VA3A 3HJFA 3KD1E 4KHQA 3OYFA 4Q0BA 3TWHA 1JXBA 1U48A 2IS3A 1GOBA 4KRFA 1RT1A 2X78A 4PQUA 3QNNA 2KTQA 3JYTA 3DRRA 4M3ZA 3HVTA 4FLXA 1QE1A 3V9SA 2QXFA 4LSNA 3M8QA 1KVAA 3RMAA 4DLGA 3S3NA 2I5JA 4C8OA 4AH9A 4KPYA 1RBSA 3SCXA 3LP2A 4B9VA 4RW8A 3AA2A 3DI6A 3DLEA 3IG1A 4CJWA 3OYKA 3LANA 4M3RA 3V4IA 3M8PA 2XRIA 3V1OA 4FLUA 2OPQA 5FDLA 1WSIA 4Z0UA 4E1MA 3QO9A 4QCLA 1XHXA 5C24A 3B6PA 1BI4A 3KLFA 5HRPA 3ITHA 1TK5A 1RTHA 4CGDA 4B3OA 2JGUA 4FW2A 3AVFA 1C1AA 4DTUA 5HP1A 3WNFA 3QEXA 1RT6A 3DRSA 4NCAA 3NHGA 1IKXA 3NDKA 1RBVA 5FROA 3QESA 3AA5X 3K5LA 4HCCA 1RBTA 1RDBA 2ZE2A 4RG8A 1RT4A 3TAGA 4KTQA 4DQPA 3CM6A 3HPGA 2Z1GA 3C94A 4LH5A 4PA1A 3LP1A 4DG1A 3QIPA 4FJ5A 1SUQA 2HHVA 5I42A 1LW2A 1XI1A 3QEIA 5HRRA 3WNEA 3KKRA 4Z4EA 4CJ3A 2HHUA 2KFNA 3SUNA 2DFHA 5T7BA 3MXJA 2BANA 4DMNA 1C6VA 4PUOA 4CHPA 1CLQA 1Y97A 4DFMA 4KI4A 3SV3A 1VSJA 3V9XA 4B8CA 3L2WA 1Q9XA 3RR8A 4OJRA 1S1UA 4IBNA 3AVLA 2HNDA 4CJSA 4Q5VA 1LWCA 4KREA 3PUFA 3AVJA 4BE1A 2R7YA 3RWUA 1Q8IA 1S6QA 3NGZA 5J2QA 4F3OA 3V9UA 3A2FA 1C0TA 4DTSA 3HPHA 1EX4A 4RW9A 3TI0A 3AO2A 4FK4A 1VSKA 1CZBA 4CEAA 1D5AA 4KHYA 3AO5A 2G8KA 1VSDA 1O1WA 2YKMA 3ISNC 3ZSOA 1A5XA 4R5PA 4OVLA 4N76A 1YT3A 1B9DA 1S9EA 5KTQA 3CFOA 1UA0A 1LAWA 5JS2A 1TGOA 4FJMA 2HW3A 4ZTJA 4YFUA 3OS1A 3KTQA 3V1RA 1HQUA 3HPOA 1UAXA 3NBPA 2YNHA 2DFFA 2HNYA 3P5JA 4NYFA 1LWEA 5CYMA 3V9ZA 4DU3A 2ZD1A 4GVMA 5KGWA 1IKYA 1WLJA 3IS9A 3LDSA 4CFCA 3CFPA 3OYMA 3VQBA 3LZJA 4F4KA 1SKWA 3KLGA 4CERA 1ZBFA 1J5OA 1S1VA 2D0AA 3DM2A 4J2AA 3MEEA 4FJXA 4FXDA 1T03A 5KI6A 3ZT2A 4GMJB 4CHOA 3VQAA 4Z4CA 3ASMA 3CM5A 1D9DA 4G1QA 3RRHA 2HNZA 3AVCA 4IG0A 4CESA 2XY5A 3O3GA 1DTQA 4JLHA 1MU2A 1BI4B 3ZSRA 1ITGA 4DQQA 4DU1A 2YV0X 2DY4A 3NF7A 3SYZA 4OGEA 4F2RA 3HVRA 4TSXA 1SKRA 3HP9A 2P1JA 1WSEA 3G10A 3LP3A 2ZQBA 4IFYA 1ZBHA 3QEVA 2Y1JA 1WSJA 3AVGA 1RTDA 4UQGA 2G8VA 2OZMA 3VN5A 3EZ5A 4CGFA 2D0CA 2HMIA 4FJ7A 3LP0A 3HT3A 4KFBA 4I2PA 4EP5A 4DSIA 4IG3A 5CY4A 3K5MA 4HUFA 5HRSA 2G8WA 1ZYQA 5JS1A 1A5VA 1NKEA 3DLKA 2BE2A 3WNHA 1VSIA 1TK8A 3IAYA 4KI6A 4NCBA 4CHQA 5D3GA 1I3AA 1KVCA 4I9QA 2E6MA 2Z1JA 4KHSA 4H4OA 4E7LA 4ID1A 4HUEA 5HROA 3KD5E 3ZSYA 3VQDA 3AA4A 4FLYA 4Z4GA 2HHTA 2YNFA 4KAZA 3DOKA 3VQ7A 4CJTA 2HHWA 3NH1A 3NAEA 4CF0A 3ZCMA 4JRQA 3TARA 3LPTA 3AV9A 4FM1A 4E7KA 1BQNA 4N5SA 2A1SA 2X6SA 2XHBA 3DLGA 2Z1IA 4BDPA 4DFPA 4ELUA 4F2SA 1JLBA 1QSYA 3QERA 4ELVA 4M3WA 4K8XA 3MXIA 3F73A 3K5NA 3V6DA 3L3VA 2YNGA 4DQRA 1JLCA 4DTPA 4M3YA 2Y1IA 4XIUA 3ZSWA 1TAQA 3HP6A 1QSLA 1KCFA 4BDYA 1ZBLA 1JLAA 3PX0A 4IDKA 5SWMA 4DTRA 1U47A 3U6FA 1FKPA 1X1PA 4DTMA 4J2DA 4Z4IA 4E1NA 3DOLA 4NCGA 1S5JA 2FC0A 3ALYA 1QQCA 4PWDA 1L3TA 3HO1A 3NH0A 2IDOA 3UIQA 3DLBA 4DF4A 3T3FA 4DTOA 1SL2A 4B08A 4MFBA 4DU4A 3PY8A 2FBXA 3S9HA 4CJRA 3OYEA 3NCIA 1UOCA 3I0SA 4AHCA 4CIEA 4OPKA 1NK0A 5FRNA 3L2UA 1HYZA 1WSHA 3HXMA 3L8BA 4DLEA 3P1GA 4W5QA 1XC9A 2XY8A 4KV8A 4CK2A 1C1BA 3M8SA 4FZXC 4Z4HA 1C1CA 1LWFA 1L3UA 4DSFA 3T1AA 2KZZA 5HLFA 1WSFA 4EZ6A 3VQ8A 1NK7A 2BGGA 2G8IA 5DMRA 3M8RA 1RDAA 3ZSZA 3AO3A 3LWLA 3TAEA 2IC3A 4CJFA 4CIFA 5J2MA 2KQ2A 3LZIA 4CHNA 4NYNA 3SI6A 4OLAA 3VQ9A 1T7PA 1J53A 3KLEA 4C8KA 2E6LA 4CEQA 4FK0A 3QEPA 3SZ2A 1EP4A 4CHZA 4HHTA 2P5GA 1TK0A 4M3XA 1Q9YA 1SV5A 1VSLA 3AA3A 1HYVA 3SPYA 4O4GA 1EETA 4ICLA 1ASVA 1BL3A 3RMDA 3AVBA 5EU7A 2GUIA 2O4IA 4J2EA 1CXQA 4DSEA 1X9WA 1ZBIA 4DS5A 2PY5A 1B92A 4RW7A 2E4LA 1B9FA 4CJUA 1SL1A 4I2QA 1QHTA 3K5OA 4B9LA 1KSPA 3SPZA 3OS2A 4CJPA 2P5OA 3K59A 1BHLA 3LPUA 1HPZA 5J1EA 2KZMA 2WOMA 1XHZA 1L3VA 1WNSA 2FBYA 4FJJA 1JLFA 3KLIA 1WAFA 1L5UA 1HJRA 1C0UA 4O0JA 2Q3SA 4OPJA 4HUGA 4LD0A 1KLMA 4DTXA 3OVNA 3CG7A 1ASWA 1NOZA 4W5TA 2PZSA 4E7HA 3AVMA 4E89A 3O3HA 1JLQA 3I0RA 3ZT4A 1CXUA 4WE1A 3MEDA 1TKZA 2QKBA 3NF6A 2VG7A 4N56A 3C6TA 3NGIA 1C0MA 3E01A 4DF8A 3ULDA 3S3MA 3K2PA 1NK9A 1JXEA 4M45A 4DSKA 3OJSA 4CEDA 4AHSA 4M3TA 3NF9A 3LWMA 3K57A 1TL3A 1YTAA 2XY6A 3T19A 1TKDA 2A1RA 1NKBA 4CIGA 4HVJA 4AHVA 1BGXT 4B9TA 3OYDA 4DSJA 2QK9A 3EYZA 4OKJA 4CJ5A 3H08A 4CJVA 3VA0A 3SNNA 3O4NA 1BCOA 3G0ZA 2HVHA 2HHQA 1IH7A 4CF9A 3V81A 1NJWA 3BDPA 1BIUA 5E41A 2G8HA 4FJGA 4C8MA 4N41A 1Z25A 3P83D 5SZTA 3QNOA 1XWLA 2G8FA 3B6OA 3TAMA 4CCHA 1BISA 3AO4A 3DRPA 1HNVA 1TVRA 3NFAA 2RKIA 4KTWA 4CFBA 1NJXA 2ATQA 5C42A 1EKEA 1S1WA 3AVIA 3U3GA 4DFJA 4B9SA 3L2VA 3RMBA 1LV5A 4B9UA 3KK1A 3OYHA 1UWBA 2BDPA 3F9KA 2YKNA 3KK3A 2OPPA 2EX3A 1X9MA 4DSLA 4E0DA 5KRTA 2F8SA 3RTVA 4IFVA 2GV9A 1D8YA 2B4JA 3D45A 3AVHA 4LH4A 3ZSQA 3OYCA 1SKSA 2WONA 2XO7A 4FJKA 4CGIA 4CF1A 3JSMA 1YTUA 3THVA 4E19A 3MEGA 3K58A 2JLEA 2Z1HA 4DS4A 3WNGA 4FM0A 4OKEA 5FRMA 4DTJA 1WAJA 2OPSA 4O0IA 4JRPA 1KFSA 4CK3A 4OLBA 1JKHA 3V9WA 1RNHA 3SQ4A 3NE6A 5C25A 4ID5A 4Y1DA 4CE9A 1T05A 2FBVA 3OYJA 2YNIA 3DLHA 4ZHRA 4B9MA 4IKFA 1RT3A 1Z26A 2B6AA 2RPIA 4CFDA 1ASUA 3S3OA 4Z4FA 3VQCA 4EP4A 3HM9A 2O4GA 4BACA 1REVA 2EHGA 4H8KA 3DMJA 3V1QA 3KLHA 5HRNA 3CQ8A 1EXQA 2KW4A 4AILC 1X9SA 4GW6A 4C8LA 1RT2A 2AJQA 3LALA 3TAFA 3OYIA 2X6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVOA 2ZJPL 4FJHA 4M3UA 4J8FA 4CBUA 1GLLO 1HLUA 3N4QA 3DYAA 3QMLA 2CGJA 4F8RA 2V7ZA 5CYQA 4MDAA 4E7JA 2KHOA 4BY9C 4WYBA 2F96A 1E3MA 2QM1A 3G71N 4KHWA 4JK8A 3TU5A 4FJLA 1HMVA 5E26A 1VSFA 2QKKA 3HTVA 1LCUA 5EXWA 2YHWA 1FKOA 5KQDA 1QQMA 4LY7A 4W5NA 5F2RA 1VK0A 3FFIA 5HOOA 4LF5K 1VRUA 4DV2K 1Q82O 3AO1A 2W42A 3I8DA 2LSNA 2UXCK 1VSHA 1NK8A 1RT7A 2DFEA 1JCEA 1QQOA 2FF6A 4JHDB 3VF2A 2GBZA 3BGRA 1KAXA 3L2RA 3ATVA 4FJIA 4BE2A 4LSLA 3SUOA 4OX9K 3QICA 1NJYA 2P51A 1KQSM 4KBOA 4IOXA 4BQLA 4H4MA 4ZTFA 4CEEA 1BDGA 3R6MA 4O8UA 4QAGA 3UE5A 1HNIA 4G9ZA 2OZSA 3ZSVA 2UXBK 3DXMA 4IZ9A 3MCPA 4CEFA 3SV4A 1NJZA 2DTUA 4DQ8A 3VEWA 3PSIA 5BRFA 1LW0A 1S9GA 4FPBA 3ZEUB 4C1NK 4KO0A 4KH6A 3SAHA 4K43A 5GIPA 4WQ4C 5LMUK 1A5WA 1HQEA 3CJCA 2VGNA 1NGDA 2O8DB 2IAJA 1DT9A 2HB5A 2PYJA 1RBUA 4W5RA 4FWRA 2OANA 4JKHA 1NOYA 3CJ9A 1S1XA 4PKIA 4W5OA 4DR3K 1WN7A 1BIZA 3MECA 4BQZA 4FJ9A 3QFUA 4YHHK 2HVIA 3BP8A 2IIRA 2IOCA 4IJNA 5C10A 5M1NA 3THYA 1QS4A 4DKWA 5LL6Z 4IOCL 4J2BA 3DXKA 2E88A 1BQMA 3KKSA 4A2AA 1KVBA 3TSQA 3MK6A 4EHTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XHZ A;  1QZ6 A;  3RVC A;  1JLF A;  3G6E N;  2ZWH A;  3CG7 A;  1ASW A;  2PZS A;  4E7H A;  4BRO A;  4FWS A;  3MN5 A;  4IOA L;  2HMP A;  1TKZ A;  2QKB A;  2Q36 A;  3C6T A;  3NGI A;  3CIP A;  3H3N O;  4PKG A;  2Q2R A;  3OJS A;  5FPE A;  4M3T A;  3LWM A;  3K57 A;  1YTA A;  1HNW K;  2A1R A;  1SS6 A;  4EIA A;  4B3M K;  1NGH A;  3VA0 A;  3SNN A;  3O4N A;  3R8E A;  3FZL A;  3O08 A;  2G8H A;  4H0O A;  4FPA A;  3B6O A;  3TAM A;  4CCH A;  4BR5 A;  3DRP A;  2RKI A;  4DUY K;  1D4X A;  3L2V A;  3KK3 A;  2OPP A;  1X9M A;  5KRT A;  2F8S A;  3RTV A;  4H5V A;  2GV9 A;  1WOQ A;  3O1W A;  3OHR A;  3ZSQ A;  2XO7 A;  3T7Z A;  4FWN A;  4DR2 K;  4DS4 A;  3EZW A;  1WAJ A;  4O0I A;  4JRP A;  1HNX K;  3V9W A;  4Y1D A;  1T05 A;  3DLH A;  1RT3 A;  3S3O A;  3VQC A;  2O4G A;  4YOV A;  1REV A;  2EWS A;  4H8K A;  5E84 A;  3KLH A;  5IT9 O;  3CME N;  2VYP A;  1EXQ A;  5BN9 A;  3LAL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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