The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 5AJ3 K; 1HNX K; 2VQF K; 5FLX O; 1HNW K; 4B3T K; 4LF8 K; 4DV4 K; 2F4V K; 4JI6 K; 4LF4 K; 4B3M K; 1IBM K; 1N33 K; 4DV2 K; 3T1Y K; 1I94 K; 4B3S K; 5A2Q O; 4JI2 K; 4LF6 K; 4DR5 K; 4YHH K; 2UXD K; 4DR7 K; 4V19 S; 1FJG K; 2VQE K; 4K0K K; 4JYA K; 4JI4 K; 4NXM K; 5LL6 Z; 4DV1 K; 4OX9 K; 4JI8 K; 5BR8 K; 4JI3 K; 4DR3 K; 1XNR K; 4X66 K; 1IBK K; 1XNQ K; 4YY3 K; 4DV0 K; 5LMU K; 4JI1 K; 1IBL K; 4KHP K; 4LFA K; 2HHH K; 4X65 K; 4B3R K; 2UU9 K; 2E5L K; 3J81 O; 1N36 K; 4LFB K; 2UUA K; 2ZM6 K; 4CVN E; 5LMN K; 2UUC K; 1N34 K; 4AQY K; 4DR4 K; 1J5E K; 4LF5 K; 4JI0 K; 4DV3 K; 3J7A P; 3JAM O; 4LFC K; 4GKJ K; 4LF7 K; 4X62 K; 3J80 O; 4LF9 K; 2UXB K; 4DR2 K; 5IT9 O; 1XMO K; 4JI7 K; 4CW7 B; 4DR6 K; 1N32 K; 4DV7 K; 4DUZ K; 4JI5 K; 1XMQ K; 4DV6 K; 4DR1 K; 4DV5 K; 2UUB K; 3T1H K; 4NXN K; 3J7Y P; 1HR0 K; 2UXC K; 1HNZ K; 4JV5 K; 4DUY K; 4GKK K; 4X64 K; 3OTO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UQG A; 3H1V X; 2P9L A; 3SQ0 A; 2DFH A; 1SAZ A; 3MN7 A; 1BL3 A; 4DV4 K; 2F4V K; 3NAE A; 3KK2 A; 3M6G A; 3CJA A; 5J1E A; 4IG3 A; 3FZK A; 4G9Z A; 1VHX A; 5E26 A; 3UKR B; 1Z6R A; 4MDB A; 4Y0W A; 3PO4 A; 4M7Y A; 4WF9 L; 4H8K A; 4QCL A; 3A5L C; 4CGF A; 3OVN A; 3CM6 A; 4HHT A; 4RG8 A; 1YI2 N; 2GUP A; 3OBY A; 2UXD K; 3SUP A; 4BE2 A; 3ZSY A; 2BAN A; 2D4W A; 4JYA K; 4JI4 K; 3LP3 A; 4H03 B; 1LCU A; 3P5J A; 4CED A; 3VGK A; 4CBW A; 4J8F A; 2Q2R A; 1U45 A; 2P9L B; 5AQV A; 3DRS A; 3M1F A; 4CJW A; 3LM9 A; 1HRH A; 2Z1H A; 1S72 N; 1XHX A; 2RKI A; 2QW9 A; 2QWQ A; 4H0O A; 2A41 A; 1C0M A; 3TU5 A; 3ZCM A; 1YVN A; 2E4L A; 2JWK A; 1UAX A; 4BAC A; 4NO7 A; 4DTU A; 4IXC A; 2RF2 A; 3VEW A; 5AQZ A; 4FVM A; 4CFB A; 3MED A; 1K8A O; 4DG1 A; 1WOQ A; 1Z05 A; 4DSJ A; 4JI0 K; 3O9S A; 4NCG A; 4JKA A; 4F3O A; 1KFS A; 3AGR A; 4J2A A; 3IDH A; 3ID8 A; 2Z1J A; 4E0D A; 4Z4E A; 3PO5 A; 4O5B A; 3HRG A; 2P5G A; 1DLO A; 3ULE B; 1BQN A; 4B3O A; 4DUZ K; 2YV0 X; 4RWT A; 4DB3 A; 2HBM A; 4DV6 K; 4WYB A; 4BY9 C; 3HST B; 1NKB A; 4CEO A; 3T1H K; 4F2S A; 2WBN A; 2OYQ A; 4LSL A; 1HR0 K; 3CFR A; 1ZBI A; 1NK9 A; 4YOT A; 3EKS A; 1BQM A; 1WLJ A; 4FK0 A; 1JL1 A; 3DYA A; 4H5W A; 1OH5 A; 1C1B A; 5E84 A; 2PYJ A; 3MN9 A; 1RT7 A; 2O4G A; 1TKX A; 1SQK A; 3PX6 A; 1RDC A; 2RHK A; 3IKM A; 5AR0 A; 3KLF A; 1NGE A; 1MA9 B; 2HHS A; 1SZ2 A; 3CCQ N; 1HMV A; 3L2U A; 1QTM A; 1RNH A; 5BRD A; 4CFD A; 1CZA N; 4ID1 A; 1VSE A; 4TSX A; 3BY5 A; 1H1V A; 5GAH P; 5BPM A; 1RT3 A; 4BR9 A; 4CK2 A; 3LZJ A; 3V4I A; 3I56 N; 1GLE G; 3O1W A; 3SMS A; 4DU1 A; 4YHH K; 1NM1 A; 4BVP A; 2KQ2 A; 3D6R A; 3QIC A; 3RVC A; 2F8T A; 3O4N A; 3TAB A; 4W5Q A; 4K43 A; 1WBB A; 4DTN A; 4FWN A; 4C8K A; 3P31 A; 4OX9 K; 3O3G A; 2DY4 A; 1BWF O; 1B9D A; 3P4I A; 2HST A; 2P51 A; 1M1K O; 1U6Z A; 4DSK A; 3E9P A; 1KXP A; 4FZY A; 1DEJ A; 1NK0 A; 4KHP K; 1S6Q A; 3K59 A; 2E5L K; 4PWD A; 5C2F A; 5FRM A; 5AQK A; 4A57 A; 1LAW A; 5JIC A; 5HBM A; 3ZX0 A; 1SKR A; 4KI6 A; 1NOY A; 5AQY A; 4FWP A; 2H3G X; 3AGK A; 3FLC O; 4JN4 A; 4ISE A; 3CCJ N; 3WXL A; 1RBV A; 3ZSV A; 1I3A A; 1GLC G; 4LF9 K; 1WSI A; 4N56 A; 3TAP A; 4JKG A; 1A5V A; 1OKJ A; 4JI5 K; 3KK7 A; 5F0X A; 2ASM A; 4CHO A; 5ADX H; 3CFP A; 3DLK A; 3D0P A; 1GLD G; 3HSC A; 3CC7 N; 1NLV A; 4CHN A; 1JKH A; 1HYS A; 1NGA A; 1VQN N; 3TAR A; 1LV5 A; 2HHW A; 3FZL A; 4JKB A; 2KZM A; 4DQR A; 1ATS A; 4RTF D; 4ELU A; 5JLF A; 4AHS A; 1YUW A; 2CGJ A; 3IRX A; 3G71 N; 2O8E B; 1YHQ N; 4FJX A; 4DS5 A; 4E19 A; 3CME N; 3AA4 A; 1IKX A; 3NF9 A; 3T1Y K; 2A6A A; 2Q36 A; 4JKG B; 4OLA A; 4B3S K; 2QKB A; 3F9M A; 3R9P A; 2I5J A; 3THX A; 4PA1 A; 2F7T A; 3RWU A; 4CJ4 A; 1L5U A; 5J2P A; 1RDB A; 3LDQ A; 3DWL A; 4K0K K; 2X6N A; 3SCX A; 1SL1 A; 3QER A; 4Y1D A; 2I7N A; 3OJU A; 1YJ9 N; 3VEY A; 1HYZ A; 1NWK A; 5FRO A; 5EX5 A; 3SJH A; 2YNG A; 3U9D A; 5GIN A; 1BG3 A; 1S1V A; 3O8M A; 5AQW A; 4A5A A; 5LMU K; 1JLQ A; 4M3X A; 4ISF A; 4FWM A; 3KD5 E; 4O5F A; 5KI6 A; 2AP1 A; 4GV3 A; 2QWO A; 1J54 A; 2VG5 A; 3AAQ A; 4MLE A; 4AF1 A; 3K5N A; 5HRN A; 1HKC A; 4GW6 A; 4BRN A; 2QM1 A; 4JKH A; 3WT0 A; 4LFB K; 3SMP A; 5HLF A; 2ITG A; 5LMN K; 1QSS A; 4JKE A; 3PSI A; 4FJH A; 4K8X A; 1A5W A; 3OJS A; 3LP0 A; 2V52 B; 3CPW M; 3DAW A; 5AQX A; 3WNH A; 4BDP A; 3CFO A; 5GAD P; 3NE6 A; 1KVB A; 4B9T A; 4KH5 A; 4B08 A; 2NRZ A; 3CCL N; 4H0T B; 5EY4 A; 3KLG A; 3M8P A; 1ASV A; 4J2D A; 3BDP A; 4BDZ A; 1U49 A; 1RBR A; 4I6M A; 3MX2 A; 4IDH A; 3MDQ A; 4H0P A; 4IFE A; 1HNZ K; 3HI0 A; 4AM7 A; 3OYK A; 2DFE A; 2QWR A; 4CFA A; 4CEB A; 2P9N A; 3H45 C; 3C6A A; 1QQC A; 3PX0 A; 3K9J A; 4JD2 A; 1C0T A; 2V7Z A; 3CJC A; 3H1Q A; 5JS2 A; 1ITG A; 5AQS A; 5FLX O; 4CJV A; 1DGK N; 3MK6 A; 2A40 A; 2YJF A; 2Z1I A; 4KV8 A; 2D5R A; 3IUC A; 4AHU A; 1SL0 A; 4I9Q A; 3VQE A; 2CGK A; 3JS6 A; 4O4G A; 4DTP A; 2CH6 A; 4BGA A; 2IAJ A; 3WNG A; 1UWB A; 1NGG A; 4I6M B; 3L2R A; 5C12 A; 4CHY A; 4I7F A; 2OZS A; 2QWP A; 3VF6 A; 2EX3 A; 2IOC A; 1OH6 A; 3SAF A; 3BEX A; 2P9N B; 4YFU A; 3NCI A; 1YJN N; 3CJ7 A; 4FWR A; 2QKK A; 2BTF A; 4JD2 B; 3CCV N; 1T6C A; 2WUS A; 4BR0 A; 5BR8 K; 5FDL A; 1C0F A; 1GLA G; 2D0B A; 2GBZ A; 4MQ3 A; 2KZZ A; 4CEE A; 1WN7 A; 1XNQ K; 2BH1 A; 4EHT A; 3L4Q A; 4WCE L; 4OPJ A; 4CZK A; 4FLW A; 4WFN L; 2YNF A; 1D8Y A; 3J81 O; 1TYQ A; 3FE1 A; 4IG0 A; 3KK3 A; 3CI5 A; 4BRI A; 3RRH A; 1NK7 A; 4DTJ A; 4M3Z A; 5CE3 A; 1G99 A; 4FWO A; 2B6A A; 1B92 A; 3EE9 A; 3CER A; 4DFM A; 4XH4 A; 4GKJ K; 4FK4 A; 4BR2 A; 3TAQ A; 3OYD A; 5BR9 A; 4MFB A; 3AVC A; 3QNN A; 3LWM A; 1JXB A; 2ETJ A; 1NOZ A; 1TL3 A; 5AZI A; 2KFZ A; 1NK8 A; 3ZSZ A; 1KTQ A; 2UUB K; 3NH2 A; 1ZBH A; 2QXL A; 3AO3 A; 3E01 A; 1YXQ A; 1RBU A; 1XUP O; 2UXC K; 2A42 A; 2WOM A; 4CGH A; 3ISN C; 1KVC A; 3LL3 A; 1HYV A; 1TYQ B; 3THY A; 2BDP A; 1BIU A; 4CJR A; 1ZBL A; 4BWJ A; 3V1Q A; 3TAM A; 2O8C A; 4KTW A; 1DKG D; 3L6Q A; 4DFP A; 4FJM A; 4M7X A; 1BUP A; 1X9W A; 4DU3 A; 4XIU A; 3H3N O; 2WTU A; 1HNX K; 4U7B A; 3VQQ A; 1QSY A; 2HB5 A; 2HHQ A; 2ZGY A; 3ZLJ A; 3FZH A; 1HKB A; 1KSP A; 3TAG A; 4FCY A; 4DSE A; 1T8E A; 3DLB A; 3QML A; 5BN8 A; 3O3F A; 2GEM A; 5AZI B; 2IVO A; 1R59 O; 3OYL A; 3WNE A; 1RTD A; 3HOT A; 4ZTJ A; 3BF3 A; 4LF6 K; 4FJI A; 3NGZ A; 2ATQ A; 1KLN A; 3NMU A; 4FM1 A; 2D0P A; 4DQP A; 1EQY A; 4CEZ A; 1WBD A; 2O4I A; 5K14 A; 3E1Y A; 4A2A A; 1BI4 A; 1OVY A; 3VQB A; 4KHQ A; 3THY B; 2IDO A; 3B8A X; 2O8C B; 4C23 A; 3AO1 A; 4DSF A; 1FXX A; 3HYF A; 3J7Z O; 1T44 A; 4IO8 A; 1F21 A; 2GV9 A; 4ELV A; 5AQU A; 4AM6 A; 2AA4 A; 3TAF A; 4LFA K; 1T03 A; 4HWI A; 3MCP A; 3W0L A; 3EE8 A; 5FPN A; 3VF2 A; 4DWI A; 5TKY A; 3OYN A; 3O3H A; 1EWR A; 3ALY A; 3KLH A; 3VMF B; 2QXF A; 3U3G A; 1BI4 B; 1RTJ A; 1YVU A; 4KB0 A; 1X9J A; 2HHX A; 1VSD A; 2JLE A; 4BQL A; 5AQT A; 1LW2 A; 2WON A; 1TUU A; 2AJQ A; 4DQS A; 2KLA A; 2VWJ A; 3SUO A; 1S6P A; 3HTV A; 5M1O A; 5GAE P; 1YIJ N; 4IEE A; 3VQ7 A; 1U47 A; 1IV0 A; 1LWE A; 4CZJ A; 4IFV A; 4B9S A; 1FK9 A; 4CES A; 4YOX A; 1UA0 A; 3K9K A; 1NK6 A; 3HL8 A; 1FW6 A; 4IZ9 A; 3RMA A; 1NKE A; 4JKC A; 3P1G A; 3U9Z A; 2XO7 A; 4DUY K; 1HLU A; 4GKK K; 5AQM A; 3QNO A; 3QIP A; 5FPM A; 2HBL A; 1YIT N; 1LWC A; 2GUI A; 4CF9 A; 4DTS A; 4CZH A; 5BPN A; 4CIE A; 3M8R A; 3NBP A; 4ELT A; 4MO4 A; 2E20 A; 1BOT O; 3HZ6 A; 1IBM K; 3CC2 N; 2E2N A; 3V9X A; 1VQ7 N; 5EOY A; 1BCO A; 3PX4 A; 4LC9 B; 4FJK A; 3SI6 A; 4M42 A; 4CK3 A; 4DU4 A; 3KKR A; 1C0U A; 3FR0 A; 3AVN A; 5LJV A; 5AQG A; 1VK0 A; 2YI1 A; 1VQM N; 1HPM A; 3MMV A; 4CGI A; 1KQS M; 4FZX C; 3IFR A; 5CYQ A; 4QS9 A; 3W3D A; 5C0Y A; 3MWT A; 1TKZ A; 3M8Q A; 3SUN A; 4CJP A; 4B1W B; 2I7P A; 4EHU A; 4DSI A; 2OPP A; 4YOY A; 3S3M A; 3RR8 A; 3VQD A; 4BRM A; 3J8A A; 1JCG A; 3NVM A; 2D0A A; 5HRS A; 1HJO A; 3HJF A; 1VQO N; 5LJW A; 3K58 A; 4M3T A; 4OGE A; 1S1T A; 3SBG A; 3JAM O; 1O1W A; 2YHW A; 4BC3 A; 3EEQ A; 3THV A; 3CET A; 4AHT A; 2G8H A; 3VQC A; 4ICL A; 3OYF A; 2PZS A; 1YT3 A; 4DR6 K; 3CM5 A; 1ASU A; 3WUH A; 1HQU A; 1S22 A; 1X3N A; 3C7N A; 1VQ8 N; 1VSM A; 3S3O A; 1Q82 O; 1K73 O; 1CZB A; 2FBT A; 4FO0 A; 3DLE A; 1GOA A; 4CEQ A; 2F96 A; 4AHV A; 3O5B A; 3O9T A; 2O8F A; 4FJ5 A; 1VAZ A; 1NJI O; 1TAQ A; 2OTL N; 5HRR A; 3EY1 A; 2VQF K; 4BG9 A; 1TVR A; 1X9M A; 4B3T K; 4JLH A; 1QZ6 A; 1RGI A; 4KPY A; 3UB5 A; 1N33 K; 2KFN A; 3IS9 A; 3O6W A; 4BRG A; 4DV2 K; 2YCH A; 4FLT A; 2BUP A; 1WAF A; 1JLG A; 4B1U B; 4DFK A; 2CH5 A; 3FFI A; 2HMP A; 3C7N B; 2HMI A; 3HBT A; 4JI2 K; 1QZ5 A; 4XEI A; 4FLV A; 3TAN A; 5KPT A; 3CC4 N; 2QTD A; 2Y1I A; 2YHX A; 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1GOC A; 3LAL A; 3OS1 A; 2VQE K; 5M1K A; 1WAJ A; 2JWL A; 3B6O A; 1SV5 A; 2Y1J A; 4C1N I; 2YHA A; 4DLE A; 3K5O A; 1T7P A; 2OPR A; 3O9U A; 4JI8 K; 1EP4 A; 1QHT A; 3OBW A; 3OS2 A; 4BC2 A; 4CJ3 A; 2OPQ A; 2VCP A; 4KHY A; 4KBO A; 4OKJ A; 1IBL K; 4PY5 A; 4LH4 A; 3ZET B; 3CQ8 A; 5SZT A; 2HW3 A; 1VSK A; 5C25 A; 5EU7 A; 4B9L A; 5HRO A; 1QE1 A; 3V1O A; 2FSN A; 3L2Q A; 5CZ1 A; 2A5X A; 2ZJQ L; 1J5E K; 3VEV A; 2EHG A; 3ZT1 A; 4LFC K; 3H3O B; 2VGM A; 4Z0U A; 5CHI A; 1NGI A; 1NU0 A; 4KRE A; 5C2D A; 4FWL A; 4BVO A; 3S9H A; 4B8C A; 4B9N A; 4B9V A; 2G8U A; 3BZK A; 1Q18 A; 4JAX A; 3K0S A; 3AVK A; 4C8O A; 1BO5 O; 3THX B; 2NRT A; 2ZJR L; 2NRH A; 3R3L A; 4O0J A; 1YJW N; 5C15 A; 4KO0 A; 3BP8 A; 3I55 N; 3I33 A; 4C1N K; 2YNH A; 4FK2 A; 4XH5 A; 4X64 K; 1W7A A; 4YOR A; 1EKE A; 3VET A; 4CK1 A; 3CCE N; 1BA1 A; 5AJ3 K; 3QEX A; 2F9W A; 4F3T A; 2YKM A; 2V51 B; 3AVM A; 1HNW K; 2P9K A; 3IMX A; 2F9T A; 1S1W A; 4CHZ A; 4GY2 B; 1WUA A; 4BRO A; 4K41 A; 3CG7 A; 4U67 L; 3SPZ A; 5F1X A; 4H0X B; 4BRC A; 3THW A; 1LAV A; 4N41 A; 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