1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
4UY8O 1VQMN 1QVGM 5GAHP 3J7ZO 2ZJRL 5H1SQ 4IOAL 3CCUN 1KD1O 3CC4N 3G4SN 5GAEP 1Q7YO 4U67L 1VQ5N 5GADP 1VQNN 3CCSN 1YHQN 3CF5L 3CC2N 1YJ9N 3CCRN 1N8RO 1ILYA 3CCJN 3CCLN 5JVHL 1NJIO 3PIOL 2ZJPL 3CD6N 4IOCL 1K73O 4WCEL 3G71N 1VQ7N 5HL7L 1JJ2M 1VQ4N 1M1KO 2OTJN 1Q81O 3CMEN 3I55N 1VQ6N 1YJWN 5DM6L 1KQSM 3PIPL 2QEXN 1QVFM 3CCEN 2OTLN 1M90O 1K8AO 5JVGL 3CXCM 5DM7L 1YJNN 2ZJQL 1VQ9N 4IO9L 2QA4N 3CMAN 3G6EN 1VQ8N 4WF9L 5GAGP 3I56N 3CCQN 1Q82O 4WFAL 1Q86O 3CPWM 1K9MO 1S72N 4WFNL 1W2BM 3DLLL 3CC7N 4WFBL 1OVYA 1YI2N 5MLCQ 1KC8O 1VQLN 3CCMN 1YIJN 3OW2M 3CCVN 1VQON 1YITN 1VQPN 1VQKN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSCA 4UY8O 3OYNA 3SPYA 5AQUA 4CHZA 3NHGA 2O8DA 1J54A 1VRTA 1K6YA 3TSUA 1L3VA 4RW8A 1NG9A 2A6AA 3QERA 1RT2A 1IJJA 3EN9A 3G4SN 1XMQK 2X6NA 5M1QA 5AJ3K 1YT3A 4H5RA 3KIOA 1WSFA 4FJMA 2UUBK 1C0MA 3RRHA 1J5OA 4QOZB 5KTQA 3SUQA 3H46O 5JLHA 1CXUA 1YJ9N 2GV9A 4CHYA 2GWKA 1HQUA 1BGXT 2E1YA 5C42A 2G8WA 5LJVA 4LH4A 4Z0UA 3CCLN 1QSLA 2YNHA 1U45A 4M3YA 4CHOA 1HX1A 3MK6A 1X9SA 4CK2A 3A0IX 3CJAA 1HJRA 1LWCA 1OH7A 3THWB 1RCHA 4AHVA 4BRPA 4PHTX 1M1KO 4BRKA 3QNOA 1D5AA 1FXXA 3CFPA 1YTUA 4B9VA 3ZYYX 1CZBA 2D0OA 2P9KA 3QB0A 4WQ4C 1NGAA 3OS2A 2IOCA 4MO4A 4FW1A 4M7XA 3P39A 5BR9A 3LZIA 1JLEA 1MA9B 3BUZB 4GKJK 1ZBUA 4IG3A 3PO5A 1CLQA 1GLDG 1RBRA 2HHUA 1SL0A 2P9UA 2ZJQL 2W41A 3SBTA 3RMBA 1HQEA 3UIQA 4FK4A 4DHYA 4Q0BA 1WOQA 4DV3K 4E89A 4CZIA 3JXUA 4W5NA 2AP1A 1K9MO 2OPSA 2P9PA 2V52B 2G8IA 3J7AP 3AVMA 3L0QA 1W2BM 3S3NA 4WFBL 3EZ5A 3SI6A 3WUHA 3LP3A 4KTWA 1JCEA 3HK2A 5MLCQ 3CCMN 2GWJA 3VEZA 3OW2M 1LAVA 5AQGA 4JLHA 1EX4A 5AQSA 3IMXA 3KD5E 4CESA 5DMRA 3PX6A 3VF4A 1RTIA 4FZXC 4DU4A 2HBMA 4DSIA 4QCLA 3SQ2A 1NGCA 5CHIA 1ITGA 3TANA 4H0OA 2Q1NA 3QINA 4FOEA 3VQ5A 2KFNA 4DFJA 3MN5A 2JWKA 1ZBFA 4KKOA 1E4GT 4FJ8A 3C6UA 4FPAA 1YHQN 4Y1DA 1ZBIA 3QBWA 1KAZA 3A5NC 4DU3A 3CI5A 4FWRA 2CGKA 3FLCO 3QEWA 1QSYA 4BRQA 4KB1A 4LF9K 1IKXA 3O9QA 4PL7A 1KFDA 4FL9A 5M1KA 4LD0A 3VQQA 4CECA 3QNNA 3VQ6A 2WFBA 3EZWA 3U4LA 2Q31A 3K9JA 1NU0A 4CJ5A 1SAZA 4JHDA 4CZEA 4F9OA 2PZSA 4CFAA 3V6DA 4DV4K 5J2PA 4NCBA 1NJXA 4IFEA 3VEYA 3AVFA 4QS7A 1IV0A 4PKGA 3HOTA 3RR7A 3LANA 5C24A 5AQHA 4JI2K 3SK3A 1HNVA 3FZKA 1S6QA 3L4IA 5KPTA 3HVRA 1S1TA 1DLOA 4CJKA 3AGKA 2G8UA 4E1MA 5FROA 4NYNA 2P51A 5BRFA 2YV0X 1VRUA 2ITMA 3MCAB 3VN5A 1ATRA 2HBLA 3WNGA 1CXQA 3VENA 3V9XA 2FBXA 4BRDA 4ID5A 1TV6A 4CEAA 3KWIA 4DR5K 2F8TA 1A5XA 2O8BB 1KC8O 3QFUA 1ZBHA 5M1PA 4OKJA 1L5UA 2GUIA 3CJ7A 1JKHA 1Y97A 5GAHP 3SZ2A 3T3FA 3ZSRA 3ULEB 3WNEA 4B9UA 4CGHA 1W9HA 3ZSQA 1D4XA 4CJLA 4H5VA 5J2NA 1JXEA 1QHAA 1N33K 2FSNA 3NGYA 4H03B 3O4NA 2HF4A 2YNGA 4XH1A 3D2FA 3VQAA 1RGIA 2F9WA 2GX9A 3AY9A 4Z4GA 4RG8A 4CF2A 3NF9A 3D2EA 1BA1A 5JVHL 3BZKA 1MWMA 2P9SA 4B9MA 2KTQA 4BY9C 3THXB 1HKCA 3DAWA 3NGIA 4F4KA 4FJ9A 2FLOA 3HSTB 3SLCA 4BDPA 4BQZA 5KGXA 1SZ2A 4CGGA 3ZT3A 3KLFA 4AHUA 3SV4A 4JK9A 5AQRA 1XC3A 1T7PA 3SBGA 2V51B 3PIPL 4DTUA 3DWLA 5GIPA 1B92A 1L3TA 1EO1A 4DG1A 4JNEA 3HJFA 3NGZA 4F2RA 1X9MA 4BE2A 1YJNN 3TSPA 3OYKA 3F9KA 1NK4A 1IBKK 3FZFA 1KFSA 4KTQA 3EO3A 3NF6A 4KH4A 4O0JA 1W7AA 1WSHA 3QESA 2Z1GA 2OZSA 4ELVA 2IC3A 2BUPA 3O4WA 1B9DA 4YORA 4ICLA 4J2EA 3BF1A 1S1WA 4DSLA 3WNFA 3CC7N 4X65K 3SNNA 3EY1A 2Z1JA 3VQPA 1YAGA 1E4FT 1NGDA 4B8AB 3SQ4A 1RBTA 3A5OC 4GV6A 2HOEA 4IG0A 4O55A 1TL3A 1S6PA 1Z6RA 3WXMB 1BU6O 3A5LC 4WQ5A 2VWKA 1SV5A 1TVRA 5I42A 3O4QA 3VQDA 4KHWA 2IS3A 4YY3K 1I39A 4MLHA 2X6SA 2VQEK 3KK7A 1E3MA 2G8VA 4CEBA 2AA4A 4CERA 4MDAA 4B9TA 5HRPA 2ATQA 4B3RK 5ADXH 3TAMA 4FVMA 3AVGA 3C95A 4PKIA 1ZXOA 2Q0RA 5B8HA 5AQWA 3QIPA 2BDPA 2E8AA 3LPUA 3PIOL 4EP4A 2YJFA 4E7HA 3AV9A 4FJJA 2IIRA 4DV1K 4AQYK 3TI0A 1XMOK 1GLCG 2P5OA 4B1ZA 3AO2A 1K8KA 3E01A 1KLNA 1N5YA 3AO1A 5AQJA 4EHUA 3IG1A 3PSFA 4BRGA 3O3FA 4M42A 4KFBA 5DM7L 3CERA 3I0RA 4CGJA 3B6PA 3M6GA 4YNQA 2NRHA 2QWMA 2XY8A 4Y1CA 5E41A 3NVKA 1N6QA 3LP1A 4YOVA 5F2RA 3LALA 3KZBA 5E26A 4BE1A 2UUCK 1X1PA 4DKWA 1YVNA 1TAUA 4Z4CA 1BDGA 1TK5A 3WNHA 2P9IB 4AH9A 5JICA 2NRZA 5AQQA 2O4GA 1KVBA 3MWTA 2UXCK 3WEEA 3AO4A 4ELTA 4LF4K 4HTLA 4IEIA 4BR5A 1RILA 1OVYA 5HLFA 3QEXA 2FF6A 1X3MA 3P1GA 1FW6A 3TSQA 2HNYA 1JL2A 2E6LA 1YIJN 1RDAA 4W5QA 4FWLA 4PWDA 3UKRB 3NFAA 4YDUA 5C2FA 3UB5A 3LP0A 5CY4A 4N76A 1WSGA 1U4BA 1QE1A 3S3OA 4PUOA 4CHQA 3ZSZA 1T8EA 4ID1A 3LDNA 5JS2A 3CFRA 1BQNA 2QK9A 3DRPA 4C1NK 5GAEP 4EHTA 4ILGB 1L3SA 4DR6K 4KHYA 3VQ9A 5GADP 1T05A 1GOBA 1T3VA 3A8YA 1S5JA 4IDKA 4B8CA 3QETA 4KTZA 3OJSA 4O0IA 4OLAA 3ITHA 4HUEA 3ZT2A 1NKEA 1OVQA 3THYB 3H45C 3THWA 1RDBA 1EP4A 1JLBA 3C94A 3J81O 4FWSA 2PYLA 3NE6A 4AHTA 4A2AA 2NRWA 5JS1A 3H3OB 1Q9YA 1C1BA 1BOTO 3FFIA 4BACA 4DTMA 3S41A 3J8AA 1HNIA 1BI4B 2QKBA 1EETA 4FLWA 3CQ8A 1Q81O 4BRIA 3L3VA 4DQPA 2ZWHA 5KQDA 3HT3A 2HHSA 3QEVA 1GLAG 5AFUH 4I9LA 4JKEA 1SKSA 1HRHA 1K8AO 4BVOA 3WXLA 2OZMA 4C1NI 2KHOA 3E9OA 1LW0A 1QHTA 2QWQA 3HL8A 3S9HA 4H0PA 1BHLA 1BCOA 1C0GA 1YF5L 1R0AA 4CBWA 1NJYA 1VSJA 4JD2B 4JKHA 3TWHA 3TR8A 4LY7A 2B4JA 3MX2A 3GG4A 3T7ZA 3AVHA 5BR8K 5AZIB 4DV6K 3D0PA 1OH6A 2ZGYA 1KVCA 3AVLA 4CHPA 5BREA 2KLAA 3VPZA 4KHPK 4JS4A 3NH1A 4MDBA 3KWGA 4FJGA 3RMCA 3GBTA 3O3HA 3VTHA 4BREA 1LV5A 5JMVA 2RPIA 3ENBA 1BWFO 1VAZA 2ZD1A 4DSJA 1VQMN 4ILJA 4MQ3A 4OPAA 4I6MB 3HPHA 4FWNA 2X78A 1RDCA 4OJRA 3SJHA 3T1AA 4BRCA 5AQTA 1S9EA 2ZF5O 3HXMA 4OX9K 3LZJA 1SKRA 1X9JA 1BQMA 4GV3A 3BF3A 4CVNE 1S3XA 4PA1A 1XI1A 1TK0A 4DR4K 3BY5A 1WBDA 2OPQA 3NF7A 3PO4A 1BIUA 3IUCA 4DQRA 3O08A 5FPDA 3AA5X 2Z1IA 1ATSA 3G71N 2NRTA 3CHWA 3U9ZA 3OYHA 4LSLA 5HL7L 3MN7A 2F7TA 3EE9A 4I2QA 4KV8A 1O13A 4K43A 4LF6K 4XIUA 3IRXA 1LWFA 3CMEN 3IKMA 3DLGA 4DS4A 1C1CA 1UAXA 1VQ6N 3JAMO 4NLCA 2DPNA 4LF8K 2OA8A 5HOOA 3FZHA 4JK8A 2ZM6K 1FKOA 1D9DA 1Z25A 4F2SA 3AVBA 2W6LA 2XO7A 4BDZA 4M45A 1NJWA 1QQCA 2E1ZA 3MXIA 3ZSVA 3K5NA 3HBTA 3VQEA 4CJVA 3ZSYA 5LMNK 2O8CB 2QM1A 4RWTA 4BRNA 2IVPA 3CJCA 4W5TA 3E66A 3G6EN 4HUGA 4JKDA 4A61A 4EP5A 4RW6A 4B3SK 4CFCA 1H1VA 3AGRA 2YI1A 4DLEA 3MX5A 5C12A 2O8BA 1TKDA 1RFQA 4H0TB 2NRRA 3MXMA 4LSNA 2I5JA 1HKBA 5C2DA 2Q3SA 4JAXA 2ZE2A 3HM8A 1DGKN 4CBXA 2Y1JA 3A2FA 3K5OA 3ULEA 2P5GA 1NOZA 4XH5A 1YITN 1VQKN 2FF3B 3CPEA 1T44A 2WONA 3LDPA 4E7JA 4CK3A 3T69A 3K59A 1HLUA 3D6RA 2W42A 1D8YA 4DV2K 3KK2A 1Q7YO 4KHQA 2E88A 2VG6A 1TYQB 4KRFA 4BROA 4GVMA 5CZ1A 5I9EB 3ID6A 1TGOA 1ATNA 1HPZA 1DKGD 5M1OA 1N8RO 3QLHA 4X64K 4ZTFA 3E9LA 1ILYA 1U2VB 3THXA 1X3NA 4JI5K 4A5AA 1G15A 1ZYQA 2IDOA 2P9LB 3CCJN 3ULDA 3C0BA 2QWNA 4CF9A 2E2PA 3QIOA 4M3RA 3D7EO 1NGIA 3TAEA 3MAQA 1VSKA 4JKAA 1VSEA 4FM2A 4OVLA 1WNSA 3NBPA 3O1BA 4FLUA 2DFHA 5LY3A 4JI7K 2A42A 2HMPA 3UE5A 1XWLA 2OTLN 4NLBA 5BPLA 4O5BA 4DWIA 1WSJA 3HP6A 5LL6Z 3OBWA 2ASOA 2BE2A 3AO3A 3ZCMA 4KHNA 1U47A 3QMLA 1IKYA 2OPPA 5FPMA 4IO9L 3GDQA 2D0PA 4CJSA 1C0FA 1VQ8N 1FJGK 5AQKA 3H3NO 4X62K 3MWPA 1C1AA 1D9FA 5GINA 3CIPA 2GBZA 3SAHA 3HYFA 1JCFA 5AFUA 4FSVA 3GOIA 3NVMA 2X74A 4M3TA 3VTIA 4Z94A 1RBUA 4I7FA 3LWLA 3CCVN 4J2AA 3NCIA 4DB3A 1REVA 1N32K 1KTQA 3LDOA 4ISGA 5KI6A 3PUFA 3P31A 4CZGA 1BCMA 4OPHA 5SZTA 3KTQA 4CZMA 3VQCA 3AVCA 4DFMA 5HP1A 1SS6A 3DLBA 2DFEA 4E7LA 4B3OA 2G8FA 4FOIA 2RF2A 1T6DA 3O9SA 4DR2K 1HNWK 1WB9A 2F8SA 4FPBA 5M1FA 1KVAA 3LM9A 3CF5L 1GLEG 3LDLA 4O8UA 4FJIA 4CJFA 1IH7A 3L8BA 2FBTA 4CD3A 1NGHA 3O9UA 2NLXA 2VWJA 1KAYA 3MXJA 3HRGA 4IJAA 3H6EA 2HBJA 3QICA 1G99A 3HVTA 3NH0A 4LFCK 3RR8A 3MDQA 2O8FB 3EL2A 4JK7A 1NK7A 2UXBK 4DTSA 4BGBA 1OH8A 2PFUA 4O5FA 2QXLA 3KLGA 1ZBLA 4JKFA 2O8EB 4CEOA 1OKJA 3B6OA 1U48A 5AQLA 4V19S 4B9NA 3WXIA 5DK5A 1GLJO 1NOYA 2P9IA 4WQ5C 3DOKA 1RT3A 4FWQA 5CE3A 4K41A 2QA4N 4JI3K 4CEEA 3SMSA 3RSEB 3CCQN 1Q82O 2UUAK 4LF7K 2W40A 3L4QA 1KAXA 1KLMA 5AZJB 3OYFA 4DUYK 4R5PA 3ATUA 4KI4A 4OGCA 5JLFA 3DYAA 1XUPO 3UKRA 3RMDA 1VHXA 4OGEA 3G0ZA 3OY9A 5KRTA 3J80O 2PBDA 4FJ7A 4Z4IA 4JN4A 2ZJRL 2YCHA 4XH4A 1VK0A 3O3GA 2RE2A 4N41A 2YHXA 5H1SQ 4IOAL 4DTXA 4K42A 3M1FA 1ASWA 4CD1A 1KD1O 1UOCA 1N34K 3E1YA 3CETA 4I9QA 1QQMA 4HCBA 2FC0A 4QAGA 3V81A 3OYBA 1SL2A 4K8XA 4KREA 1VSIA 1NM1A 4NCAA 4OKKA 4OPKA 3THYA 1P8ZA 3CM5A 1EWRA 1S22A 3CCRN 4MFBA 1FKPA 1TL1A 4IKFA 4IOCL 1BI4A 1SQKA 1VSLA 3C7NB 3SAFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UY8 O;  1VQM N;  1QVG M;  5GAH P;  3J7Z O;  2ZJR L;  5H1S Q;  4IOA L;  3CCU N;  1KD1 O;  3CC4 N;  3G4S N;  5GAE P;  1Q7Y O;  4U67 L;  1VQ5 N;  5GAD P;  1VQN N;  3CCS N;  1YHQ N;  3CF5 L;  3CC2 N;  1YJ9 N;  3CCR N;  1N8R O;  1ILY A;  3CCJ N;  3CCL N;  5JVH L;  1NJI O;  3PIO L;  2ZJP L;  3CD6 N;  4IOC L;  1K73 O;  4WCE L;  3G71 N;  1VQ7 N;  5HL7 L;  1JJ2 M;  1VQ4 N;  1M1K O;  2OTJ N;  1Q81 O;  3CME N;  3I55 N;  1VQ6 N;  1YJW N;  5DM6 L;  1KQS M;  3PIP L;  2QEX N;  1QVF M;  3CCE N;  2OTL N;  1M90 O;  1K8A O;  5JVG L;  3CXC M;  5DM7 L;  1YJN N;  2ZJQ L;  1VQ9 N;  4IO9 L;  2QA4 N;  3CMA N;  3G6E N;  1VQ8 N;  4WF9 L;  5GAG P;  3I56 N;  3CCQ N;  1Q82 O;  4WFA L;  1Q86 O;  3CPW M;  1K9M O;  1S72 N;  4WFN L;  1W2B M;  3DLL L;  3CC7 N;  4WFB L;  1OVY A;  1YI2 N;  5MLC Q;  1KC8 O;  1VQL N;  3CCM N;  1YIJ N;  3OW2 M;  3CCV N;  1VQO N;  1YIT N;  1VQP N;  1VQK N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HSC A;  4UY8 O;  3OYN A;  3SPY A;  5AQU A;  4CHZ A;  3NHG A;  2O8D A;  1J54 A;  1VRT A;  1K6Y A;  3TSU A;  1L3V A;  4RW8 A;  1NG9 A;  2A6A A;  3QER A;  1RT2 A;  1IJJ A;  3EN9 A;  3G4S N;  1XMQ K;  2X6N A;  5M1Q A;  5AJ3 K;  1YT3 A;  4H5R A;  3KIO A;  1WSF A;  4FJM A;  2UUB K;  1C0M A;  3RRH A;  1J5O A;  4QOZ B;  5KTQ A;  3SUQ A;  3H46 O;  5JLH A;  1CXU A;  1YJ9 N;  2GV9 A;  4CHY A;  2GWK A;  1HQU A;  1BGX T;  2E1Y A;  5C42 A;  2G8W A;  5LJV A;  4LH4 A;  4Z0U A;  3CCL N;  1QSL A;  2YNH A;  1U45 A;  4M3Y A;  4CHO A;  1HX1 A;  3MK6 A;  1X9S A;  4CK2 A;  3A0I X;  3CJA A;  1HJR A;  1LWC A;  1OH7 A;  3THW B;  1RCH A;  4AHV A;  4BRP A;  4PHT X;  1M1K O;  4BRK A;  3QNO A;  1D5A A;  1FXX A;  3CFP A;  1YTU A;  4B9V A;  3ZYY X;  1CZB A;  2D0O A;  2P9K A;  3QB0 A;  4WQ4 C;  1NGA A;  3OS2 A;  2IOC A;  4MO4 A;  4FW1 A;  4M7X A;  3P39 A;  5BR9 A;  3LZI A;  1JLE A;  1MA9 B;  3BUZ B;  4GKJ K;  1ZBU A;  4IG3 A;  3PO5 A;  1CLQ A;  1GLD G;  1RBR A;  2HHU A;  1SL0 A;  2P9U A;  2ZJQ L;  2W41 A;  3SBT A;  3RMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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