1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
1M1KO 5JVGL 1VQ9N 1YJ9N 3CPWM 3CC7N 5JVHL 3G4SN 4WF9L 3CCUN 4IO9L 5H1SQ 1Q81O 1Q86O 1KQSM 1VQ4N 1QVGM 4UY8O 3CCRN 1VQ6N 1VQ7N 1QVFM 4WFNL 1K73O 2ZJRL 2QEXN 3I56N 1S72N 2OTLN 3CD6N 3CC2N 1ILYA 1YJWN 5GAGP 2OTJN 3CMEN 1VQPN 5GAHP 3OW2M 4WFAL 3J7ZO 1Q7YO 4WFBL 3G71N 1W2BM 1YJNN 1K8AO 1KD1O 1YHQN 5HL7L 1YITN 1NJIO 3CCEN 3PIPL 1VQMN 2ZJPL 3CC4N 4IOAL 1YIJN 5MLCQ 1K9MO 3CCLN 2QA4N 1Q82O 2ZJQL 3CCSN 3CCJN 3CF5L 5GADP 1VQLN 1M90O 1JJ2M 3G6EN 1KC8O 1YI2N 1OVYA 3CCVN 3I55N 3DLLL 5DM7L 3PIOL 1VQ8N 3CCMN 3CXCM 1N8RO 1VQNN 4WCEL 3CMAN 5DM6L 5GAEP 1VQKN 4U67L 1VQON 1VQ5N 3CCQN 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKKA 4DS4A 1A5XA 1BA0A 2G8UA 4DG1A 4M3ZA 3A5NC 4ICLA 3OYNA 3L6QA 2A3ZA 1IG8A 4CE9A 4CERA 5SWMA 3AAQA 3KWIA 4EFHA 3MDQA 5EY4A 3VQAA 1XMOK 3K57A 2Q31A 2F8TA 3D45A 3DLEA 4A5BA 4OPKA 4GVMA 4OPAA 3LPTA 2V52B 4DV6K 1K73O 4YHHK 2KQ2A 1IV0A 3NH2A 1FK9A 1L3VA 3THYB 1IBLK 3SQ1A 3KVGA 1NJXA 3M8QA 3MAQA 1IBKK 3BUZB 1ASUA 1BGXT 5AZJB 5GAGP 4RG8A 3ZSZA 3ZEUA 4CW7B 2D4WA 4FWSA 4CI6A 1ZBFA 3QEIA 1WAFA 2XY6A 2F9WA 3AY9A 5HL7L 5AQGA 3H1QA 1KAXA 1RCHA 4DR5K 5KGXA 1C0TA 4A59A 4LSNA 4RW4A 4DV2K 2Z1IA 5AFUH 1REVA 3JXUA 3LWLA 2NRVA 3WUHA 3CCLN 4AH9A 1NGGA 2GELA 2H3GX 4NXMK 2ZGZA 3F9MA 4DUYK 1KLNA 3SCXA 4FJKA 1IJJA 4AM6A 4BRCA 3EZ5A 3HM8A 4E7IA 2RE2A 1HX1A 3D2EB 4JD2A 4FZYA 5AQYA 4AHSA 1C0GA 2HBLA 4OLBA 1Z25A 1VSJA 3TTDA 3TAEA 1Y64A 2FSJA 1TVRA 4AM7A 3QNNA 1D8YA 3K5OA 2Z1GA 4JKGB 3TARA 4H4OA 1ATRA 3T3FA 3DI6A 2WTUA 1BQNA 2GWKA 3EZWA 3TAQA 1FKOA 3LP2A 1QTMA 1RTJA 1A5WA 3SAFA 1CZAN 3AVJA 4BR7A 1YJ9N 4KHWA 2I7PA 2VG7A 3THWA 4XEIA 4BG8A 4JI5K 3IMXA 4CK1A 5JMVA 1J9AA 4M3TA 4JKFA 1TUUA 4NCAA 2QWLA 3RTVA 3ENBA 3WT0A 4FWLA 2P1JA 3GE1A 4J2BA 2VGMA 5E26A 4NYNA 4FWQA 3TPQA 3WNGA 3AVNA 1K8KA 3QINA 2Z1JA 2QEXN 4BRFA 3E9LA 1UAXA 4ZTJA 5AFUA 3BF1A 3CC2N 3MEGA 1LCUA 2GUPA 4BC4A 3FFKB 1NNEA 4A61A 1TKZA 1HMVA 5CHIA 4LC9B 4QCLA 3RMDA 5GIOA 5JLHA 1S1VA 1JL1A 3ALYA 3SJHA 2QK9A 1KRPA 4BR0A 2ATQA 3AARA 4F2RA 4C1NI 2F4VK 4RW6A 1DGKN 1NK8A 3L3VA 1C1AA 3CJBA 3KHYA 3CC4N 4QAGA 4OX9K 3SUNA 4CIFA 2P9KB 4FM2A 3SAHA 5ELZA 2KHOA 2VWKA 1SKSA 5M1OA 5AQXA 3LP3A 4C8OA 1VSEA 2YHXA 3QLHA 5LMNK 4HCBA 1LAVA 5HRSA 3WNHA 4ZHRA 3L0QA 3SUQA 4MDBA 4B9VA 4EZ9A 3ZSOA 1HR0K 4DV5K 3L2UA 1SQKA 4DV1K 5C15A 1L5UA 3L3UA 4JI2K 1VAZA 2QKKA 4CZLA 3VF2A 3C6TA 2QW9A 3CHWA 5I3UA 3DOKA 1N34K 3QEXA 1NKBA 2V51B 2HBMA 3HVRA 2OYQA 3HSTB 2VQFK 2A6AA 2W40A 1YVNA 4CJEA 1WUAA 2CH5A 3D2EA 1NJWA 3PX4A 3ASMA 1BDGA 4GV9A 1GLFO 2PFUA 1X9JA 4M63C 4OGCA 2DFFA 4G1QA 3OS2A 3SUOA 3DLHA 3U9ZA 3IAYA 4JI3K 5JVHL 1KLMA 4CHOA 3CCUN 2YI1A 3DRPA 3HPOA 3KD1E 1KQSM 3AGKA 4CJTA 1YAGA 4Q0BA 1TL1A 1Q18A 5E84A 2D0AA 3CYMA 3VGLA 4TSXA 3ID8A 2KFZA 1BCOA 5AQJA 5JLFA 5GINA 1WSHA 4LF4K 4YOYA 1EXQA 3GBTA 4IDHA 1W97L 3OYJA 2NZTA 5BN8A 3O9QA 3ZT1A 4Z4FA 2ITGA 4CJ7A 2VWJA 1RT3A 2FC0A 1BOTO 3H6EA 5KRTA 3TR8A 5HLFA 2V7YA 3I0RA 2HF4A 4LSLA 3MX2A 4O5BA 4H4MA 3A5MC 1EKEA 3R9PA 4JV5K 3FGUA 3SBGA 4JI4K 1QQCA 5M1QA 4CEQA 1S6QA 4G9ZA 4JKAA 2ZGYA 1BA1A 5HROA 1FW6A 1FXXA 3V1OA 1T7PA 2NRWA 1HNXK 4FJ8A 3SNNA 2W6KA 2D1KA 3ZT3A 4JS4A 4B9LA 1QQMA 4DMNA 2G8IA 3QMLA 3H3OB 2O4IA 3KLIA 3J8AA 4IEIA 1ZC6A 4PL8A 2DPNA 4BACA 3RR8A 3QFPA 4X64K 4C8KA 4B08A 4FLYA 4JI0K 4BREA 5C2FA 1BI4B 2YNHA 5AQFA 1DTQA 4F8RA 2HHVA 2P9KA 1NK9A 4CESA 4C8MA 3CFRA 4CZGA 1NM1A 1WOQA 2P9UA 2YNFA 3CQXA 3AVBA 3CQYA 4CF8A 1QZ6A 3HBTA 1KAZA 5J2MA 3RMBA 3L2RA 2W41A 2YKMA 3N4PA 3I33A 1WSGA 1QS4A 3ZSWA 3SLCA 4OO1J 3TABA 4IG3A 1RT7A 2FF3B 2CGLA 5LY3A 2QM1A 1YUWA 4JEPA 1NKEA 1VQ9N 2JWLA 4FJNA 3ULDA 3VQCA 3WEEB 4B1WB 1S1UA 1T03A 2HMPA 2E4LA 4GV3A 1VQ4N 4I9LA 3PSFA 1GLDG 4EHTA 2E8AA 2KKZA 4M3YA 1LAWA 3CCRN 3DJCA 3ZSRA 1XC9A 4V19S 2RN2A 3CFPA 4BRDA 4QS7A 4JKEA 4BVOA 4ILGB 5AQKA 3C65A 1S72N 4JAXA 1IKXA 2YNIA 3HTVA 1GLCG 3NH0A 1KAYA 5KGWA 2OCEA 5BRFA 1ILYA 2FF6A 4B1XB 4BGAA 3ZSXA 3C7NB 4JK9A 3VEVA 4J2DA 4FOIA 4YFUA 3L4QA 5AQOA 2HVHA 1EWQA 3ZX2A 3TSPA 1XHXA 1YJNN 4BRLA 1KXPA 4CD1A 4DQSA 1RT5A 3HM9A 2R7YA 4BR2A 2BGGA 5J2PA 3T1YK 4DSFA 5DK5A 4MFBA 1ASVA 5D3GA 1U04A 1OH8A 3DLBA 4KH5A 2NRRA 4XH1A 1H1VA 3VA0A 3K9KA 3ULEA 2PZSA 1RBSA 1M90O 3DXKB 1JLCA 1SL2A 5BPLA 1X3NA 4Z4GA 3KJVA 4CECA 2P9SA 1EX4A 3BF3A 3E9OA 3TAFA 4CJVA 4IG0A 1N6QA 4OLAA 5HBMA 2YHBA 3ZCMA 3LANA 2GWJA 4X66K 2IDOA 4JKHA 3E66A 1BI4A 1BHLA 5DM6L 2WONA 4DFMA 4LH4A 1VQ5N 1HKCA 4FM0A 1NMDA 3AVKA 4YNQA 3VETA 4DTSA 1JKHA 1X3MA 5E41A 2DTUA 2VGNA 1IKWA 4B9QA 4CEZA 1T3VA 5KPRA 5CZ1A 3AO5A 2E6LA 2WUSA 3RSEB 4E7JA 2NRXA 1WBDA 4X65K 2X6NA 4JKDA 2F7TA 3IKMA 4H0XB 3VF6A 4CHYA 5AQLA 3I8BA 4MLEA 3WEEA 4NXNK 4J2EA 1WSFA 4CK3A 4HUGA 5AQNA 3MX5A 4DSJA 4IJAA 4FK4A 3HRGA 2PY5A 4MQ3A 1XC3A 1JCGA 4FLVA 2CGJA 2Q2RA 4CJ3A 4L8RB 1TUYA 2D0CA 4DTRA 3TTFA 4FOEA 1MWKA 3LZJA 3LZIA 4E3SA 2F8SA 2FBYA 4CHQA 1W2BM 2Y1JA 3ZEUB 4B3TK 4FYDA 1QE1A 3E01A 3QETA 3E9PA 1BQMA 4HVJA 3RMCA 1A5VA 2YKNA 4BRHA 1MA9B 4N76A 1WSJA 2VG6A 1N32K 1E4FT 2ASOA 5AQHA 2PYLA 1LV5A 3QO9A 1BIUA 2EWSA 2XY5A 5I42A 4K8ZA 1XWLA 1NU0A 3QEPA 4AHVA 1RT2A 3L2WA 1VRUA 3VQ8A 2FXUA 2JLEA 3U4LA 1C0MA 3UKRA 5EOYA 1Z26A 4HTLA 3VENA 4IWVA 5A2QO 3VEYA 3R3LA 1IKYA 5IWAK 3V9UA 4BDZA 4FW1A 4DQQA 1VSHA 1VSDA 3IUCA 4FJ5A 3T19A 3LDNA 4YOVA 3NAEA 3AO4A 1N8RO 3G10A 5BRDA 3OYMA 1C6VA 3ID6A 1N33K 1ITGA 3AGRA 1VQKN 5AQUA 4U67L 5GIPA 4K25A 1RTDA 3ATUA 3AVHA 2UU9K 3V9SA 3LM2A 3SPZA 1QZ5A 4B9TA 4WYBA 2HVIA 3OY9A 3LDOA 3VQ4A 3MWTA 4OGEA 2XY8A 2XY7A 3OYCA 4KI6A 2YNGA 3THWB 4BQZA 1X9MA 2W6LA 5IT9O 4FPAA 3KKSA 4FZXC 4FJJA 4CGHA 3VEXA 1VQ6N 4NLCA 1SL0A 3GL1A 1NJYA 3CQ8A 3HJFA 4PUOA 1KCFA 1TGOA 4BRIA 1K8KB 1RBUA 2DY4A 3CD6N 2Q3SA 2RHKA 3ISNC 4B3OA 3SZ2A 3VTIA 3AO3A 3HVTA 3I0SA 3RSEA 3J81O 3HK2A 1RGIA 3U9DA 3DOLA 4W5TA 3VESA 3CMEN 4H03B 4DR1K 3PX6A 4DV3K 2I5JA 3FZHA 1S9GA 1C0UA 4EAHD 1NOZA 2YHWA 2BTFA 3LWMA 4CGJA 1VSMA 1L3TA 1L3SA 3MN9A 1N5YA 3PIPL 3CJCA 3O9RA 2E2QA 1P90A 4E19A 2ZJPL 3A8YA 4M45A 1E3MA 4PKIA 4ID1A 4CZMA 4CFAA 1RT1A 4W5RA 3NF7A 3M3ZA 5AQTA 3UE5A 4O44A 5LJWA 4KB0A 4R5PA 1T05A 2FLOA 1U48A 4ELTA 2HNZA 4LH5A 1ZBUA 1SAZA 4CIGA 2O8CA 3LDSA 1RILA 4M7YA 2AA4A 1J6ZA 2UUBK 5TKWA 3ZT4A 1BUPA 4LY7A 1TK0A 3SMPA 3MMVA 3ZSVA 1YTAA 1E4GT 2HBJA 5DM7L 3O9SA 3A5LC 1ASWA 1D5AA 4XH4A 3CXCM 1RDDA 3GDQA 5ADXH 5M1NA 4CEBA 5HRRA 3ZSQA 4M42A 1XHZA 4CFBA 4B3RK 2KZMA 5JVGL 2X78A 2QXLA 5FDLA 4CF2A 4YOXA 1Z05A 1RBRA 3NVKA 2FSNA 5C10A 1NBWA 1JLFA 1LWFA 3DRRA 4A5AA 4IO9L 1DKGD 2FBXA 1I3AA 4BROA 4I9QA 3FZMA 4BE0A 1YXQA 3W0LA 2YJEA 4XH5A 3OYHA 3EY1A 3TANA 2A1RA 3LAMA 4PA1A 2YV0X 2AP1A 4BR9A 2DFHA 1Z6RA 2UUCK 3CJ1A 4E1MA 3AO2A 3VQ9A 5JICA 3UKUA 3O3GA 4QS8A 4M3XA 1O13A 3DYAA 3O9TA 3HOTA 5FPEA 4JKCA 2GTDA 3OW2M 4WFAL 3GOIA 5LJVA 4WFBL 1OH5A 3AO1A 2EX3A 3VQDA 2QXFA 4LFCK 1NGFA 2CGKA 4DQIA 5BPNA 4FVMA 3SBTA 3CCEN 1NK5A 3TWHA 4FWOA 2B6AA 3D6RA 1U47A 3KKRA 2BE2A 4B3SK 3K58A 1YIJN 5CYQA 3QDKA 4K8XA 1O1WA 3K5LA 2X6SA 1Q82O 3ATVA 3CCSN 4GVEA 4AHCA 3V4IA 5AJ3K 4FJMA 1VQLN 3PV8A 1JXBA 1R0AA 2ZE2A 3IDHA 4WE1A 1IBMK 3PY8A 1Q9XA 4N56A 2RPIA 1OKJA 2B4JA 4CZHA 4KHUA 3WXLA 4DFPA 1IH7A 3V81A 3AA2A 3SI6A 2QWPA 4M41A 4BDYA 2P9UB 3MN6A 3P31A 3VTHA 3DAWA 4Z0UA 4KTWA 2QKBA 1S1TA 1NGAA 5BPMA 3CERA 4LF5K 3A2FA 2YHYA 1CXUA 4DTOA 4Z4EA 1S22A 2OZMA 2CH6A 3ITHA 3TAGA 3AVAA 1X9WA 2FBVA 3C6AA 4CD3A 1HNZK 4DTUA 3QBWA 2E20A 4CGIA 4IBNA 3RMAA 3AA3A 4CEOA 3VMFB 4GMJB 3MN5A 3RVCA 4CJSA 2OPSA 4C8LA 3WXKA 3FZLA 4X62K 1JLGA 1L3UA 1Q8IA 3NDKA 2OA8A 2ASPA 1TKDA 2WOMA 1Q7YO 3OBWA 4DTNA 1C1CA 3H08A 2E1YA 3VOVA 3HP6A 1GLEG 1YHQN 3LALA 3VQEA 1YITN 4CZFA 1LW2A 1GOBA 4K42A 1EQYA 4L3QA 2QWQA 5BRHA 3F9KA 5AQRA 5C24A 4CFDA 1NWKA 4RW8A 1WLJA 3N4QA 4IOAL 5AQVA 3NH1A 4YOWA 3LDPA 2P9NA 5AQZA 3S3OA 3WXJA 3QFUA 3V9WA 3S3NA 3R6MA 5CR4A 4F2SA 4HTUA 4DFKA 4CF0A 4I7FA 4PL7A 4DKWA 4CJLA 3CM6A 3O4WA 4W5QA 1EWRA 1K6YA 3BZKA 4UQGA 3O1BA 4BC5A 3ULEB 3M8PA 1RT6A 4DQ8A 1JJ2M 4DS5A 2P9LA 1JLAA 2YHAA 1N36K 1HRHA 2A41A 4H0TB 4JI6K 4KBOA 4FPBA 4CZKA 1XI1A 4GY2B 4FXDA 2P9SB 1T6DA 4JI8K 3ZX0A 3FLCO 4M3RA 4BRPA 4E7LA 4BY9C 4H5RA 1HPMA 3LDLA 1IO2A 1ESVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OKK A;  4DS4 A;  1A5X A;  1BA0 A;  2G8U A;  4DG1 A;  4M3Z A;  3A5N C;  4ICL A;  3OYN A;  3L6Q A;  2A3Z A;  1IG8 A;  4CE9 A;  4CER A;  5SWM A;  3AAQ A;  3KWI A;  4EFH A;  3MDQ A;  5EY4 A;  3VQA A;  1XMO K;  3K57 A;  2Q31 A;  2F8T A;  3D45 A;  3DLE A;  4A5B A;  4OPK A;  4GVM A;  4OPA A;  3LPT A;  2V52 B;  4DV6 K;  1K73 O;  4YHH K;  2KQ2 A;  1IV0 A;  3NH2 A;  1FK9 A;  1L3V A;  3THY B;  1IBL K;  3SQ1 A;  3KVG A;  1NJX A;  3M8Q A;  3MAQ A;  1IBK K;  3BUZ B;  1ASU A;  1BGX T;  5AZJ B;  5GAG P;  4RG8 A;  3ZSZ A;  3ZEU A;  4CW7 B;  2D4W A;  4FWS A;  4CI6 A;  1ZBF A;  3QEI A;  1WAF A;  2XY6 A;  2F9W A;  3AY9 A;  5HL7 L;  5AQG A;  3H1Q A;  1KAX A;  1RCH A;  4DR5 K;  5KGX A;  1C0T A;  4A59 A;  4LSN A;  4RW4 A;  4DV2 K;  2Z1I A;  5AFU H;  1REV A;  3JXU A;  3LWL A;  2NRV A;  3WUH A;  3CCL N;  4AH9 A;  1NGG A;  2GEL A;  2H3G X;  4NXM K;  2ZGZ A;  3F9M A;  4DUY K;  1KLN A;  3SCX A;  4FJK A;  1IJJ A;  4AM6 A;  4BRC A;  3EZ5 A;  3HM8 A;  4E7I A;  2RE2 A;  1HX1 A;  3D2E B;  4JD2 A;  4FZY A;  5AQY A;  4AHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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