1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
5DM6L 4WF9L 1VQ5N 1QVFM 3CMAN 3CCQN 3CCSN 5HL7L 3OW2M 1OVYA 1VQNN 4IO9L 3CPWM 1VQPN 1K9MO 3CCRN 1YJNN 3CCJN 1VQMN 1M90O 1VQLN 4WFBL 1VQ7N 3CCEN 2ZJQL 2QEXN 3CF5L 1ILYA 3CC7N 1YJWN 1M1KO 3CCVN 4IOCL 2ZJPL 3G6EN 2QA4N 1N8RO 1Q7YO 1VQON 1VQ8N 3PIPL 5GAGP 2OTJN 1YI2N 4WFNL 5DM7L 4WFAL 3J7ZO 1KQSM 4WCEL 3I55N 2ZJRL 1VQ4N 5GAEP 3CMEN 5JVGL 4UY8O 5GADP 2OTLN 1VQKN 3G71N 3G4SN 3CCMN 3CC4N 1YITN 3I56N 1VQ6N 5MLCQ 1S72N 3CCUN 1Q81O 1Q82O 1K8AO 3CXCM 1KC8O 3CC2N 1KD1O 3CD6N 1JJ2M 1K73O 3PIOL 3DLLL 4IOAL 4U67L 1YJ9N 3CCLN 1W2BM 1QVGM 1YIJN 1Q86O 1YHQN 1VQ9N 1NJIO 5GAHP 5H1SQ 5JVHL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS2A 4CHPA 4U7BA 1MWMA 3LDSA 4B1VA 3TAPA 4CFAA 4DV0K 1TKZA 3CJCA 2E1YA 5BRHA 3ZSWA 4BDZA 1TK5A 5CZ2A 1S1VA 1RT1A 5FPNA 1YTUA 3WXLA 2A1RA 3V9XA 3FFKB 2B4JA 4BR7A 2NRRA 4CJ4A 4DU4A 4EIAA 3SJJA 1N32K 4BRKA 3HI0A 4DSEA 3AVIA 3ALYA 2RPIA 3THYA 4CZKA 1QQOA 1GLDG 5HLFA 4IOXA 1WNSA 2VWKA 4CW7B 4B9NA 3ZT3A 4LC9B 1EQYA 4PKHA 4CEEA 3KD5E 2NRZA 1JL1A 4YDUC 4YOWA 5JS1A 4ILJA 3O9UA 4BR0A 4KI4A 3V4IA 4WFNL 1BU6O 1BI4B 3I33A 4QS9A 5HRPA 3LDNA 1C6VA 3NCIA 1KCFA 4DSLA 4CF2A 3OYAA 1J53A 2PBDA 3O80A 4O55A 4BE2A 3A5OC 2W40A 3CMEN 4JI0K 2CGLA 2O8EA 3HPGA 1C0GA 1NOZA 3IG1A 1NK9A 3J7AP 4RW4A 2YCHA 3AVHA 4JI1K 3QBXA 1KFSA 1Q9YA 2P5GA 1U49A 1U04A 4JEPA 3T19A 3ZLJA 2JGUA 3NHGA 5HP1A 4O5FA 1IKWA 3H1QA 4YHHK 3K0SA 3WNHA 2QXFA 4CF8A 5EX5A 3TTCA 4RWTA 2V51B 2HHUA 5AQQA 4BQLA 4M42A 4B9TA 2D1KA 3OJSA 4FLZA 3KLHA 1UAXA 1YJ9N 1JLFA 3ZSVA 1S6PA 2FSKA 4FWSA 1E4FT 1TYQA 3VGMA 3CQXA 3L2VA 4FPAA 1IKXA 1NKEA 5EXWA 2FF3B 1YVNA 4M7YA 3OYDA 3V1RA 4EZ9A 1Z05A 4DR6K 4HVJA 1CZBA 3CCQN 3OYIA 3RMAA 4GKKK 4KREA 5ADXA 4C1NK 3QETA 3TAGA 4LF6K 1JCFA 1T44A 4BE1A 1U48A 3M3ZA 2OYQA 5TKYA 3RRHA 1W97L 4CEAA 2NRTA 2VG5A 3HPHA 3L4IA 3O08A 4LSLA 4Z4FA 4CJPA 3OJUA 4OJRA 4DV5K 3ZSOA 3CC7N 4NCBA 4WQ5A 4YOYA 3T1AA 4KHPK 5KPZA 3GL1A 3ZX3A 3WNGA 4CEBA 2ZJPL 2HF3A 1JLGA 1SQKA 4H0OA 2YNFA 2OTJN 4CK1A 4MO4A 4CBXA 1WAJA 1SL2A 3KK1A 1ZYQA 1NK4A 1QHAA 3MN7A 3QB0A 4FJIA 3HL8A 2FF6A 3AVAA 3DOKA 4FJKA 3L4QA 4BE0A 3O4NA 2PYJA 1RT4A 3C7NB 4ICLA 4LF5K 4PQUA 5AQIA 4F3TA 3CC4N 4A2AA 1NKBA 4KV8A 1NGFA 3O3GA 3VA0A 1CXQA 1Y64A 2ITMA 1ZC6A 2JLEA 1D8YA 2Y1IA 5AQKA 4CJWA 4Z4GA 3BUZB 4JRPA 4JN4A 2FSJA 4BRNA 4CD3A 1X9SA 4M41A 4DQ8A 4M3ZA 3RVCA 3ZETA 1BIUA 2P9SB 2QWOA 4CF0A 4H5RA 2P9KB 1W9HA 4CHQA 4DQQA 2E6LA 4V19S 3NBPA 1ESVA 1EKEA 3CJBA 1Q9XA 3BF1A 3DRSA 2FC0A 3SAHA 2XY7A 1DTTA 4X66K 2X78A 3D45A 2QI2A 4JYAK 1K9MO 3CIPA 3C6UA 3SK3A 3AO5A 1VQLN 4CJ5A 3T1HK 1B9DA 4DHYA 1S1XA 2OA8A 2P9IA 3O4QA 4G9ZA 4CFDA 2HHXA 2WOMA 3CFRA 1DTQA 1RDAA 1XNQK 1VSHA 4JKDA 1S6QA 1TKTA 3OYGA 3P83D 1RFQA 3ZEUB 1XC3A 3R1XA 3SV3A 5LL6Z 1JL2A 1VQ8N 4H03B 3O8MA 3CJ9A 3HT3A 2RKIA 5JLHA 2HHQA 4DV2K 1TKDA 1HPMA 4QAGA 3LDPA 3J7ZO 1NJZA 4F9OA 3IMXA 4MLHA 1VQ4N 3HM8A 4RW8A 5AQZA 2ATQA 2HHHK 4DUYK 4DUZK 2WONA 2OTLN 1A5WA 3FFIA 3J8AA 1GLAG 3VERA 4N41A 1FK9A 2E5LK 3VEWA 3SBTA 2WTUA 3LP2A 3H6EA 2XY8A 4E19A 5LMUK 4BREA 2G8WA 4B1ZA 1EX4A 3A8YA 3E9LA 1LW2A 4M45A 3KWIA 4JK7A 3MN9A 2YNGA 1NOYA 4PL8A 2B5JA 4H5VA 4FW1A 4I9QA 2QM1A 3H1VX 4KHQA 2ZWHA 4Z4IA 4AQYK 3UKUB 4FJLA 3W0LA 3QIPA 4E7IA 1FKPA 1S3XA 4J2AA 1KSPA 4AM7A 1YHQN 1VQ9N 3AY9A 1XNRK 1RILA 1NK6A 2WBNA 4BRPA 3DXKB 5HRRA 2UUBK 1IKYA 2E2OA 5A2QO 1SKRA 3IUCA 5AQTA 5E26A 4JAXA 4AM6A 1OVYA 2FXUA 4W5RA 4BR2A 1SS6A 2IVPA 1VHXA 3ULEB 2AP1A 4AHUA 3VF6A 5KI6A 2IDOA 2Z1JA 5AQMA 3JS6A 2A42A 3HYFA 5I3UA 3OVNA 4OKKA 4PY5A 5AQWA 4GKJK 2W6LA 4FSVA 1OH6A 4CJFA 1JLCA 1HQUA 2OPSA 1KRPA 3TAMA 4A61A 1HX1A 3C6TA 4BDPA 3VQ9A 1UA1A 1HNIA 4FK0A 1WBDA 5C25A 3SCXA 2QA4N 3ZYYX 3O5BA 5M1QA 1L3SA 4JI7K 3SMSA 3F2KA 4DV7K 3BP8A 3NGZA 5AZIB 3ZSRA 4YY3K 3VQAA 4CK3A 4WCEL 3V1OA 2GV9A 4FLTA 2KHOA 1A5VA 4DTOA 2GUPA 1NG9A 1BA1A 1TUUA 1TAQA 1T05A 3T3FA 4DLEA 1IBMK 4CIEA 3THXA 4A2BA 4K0KK 1RBUA 2E20A 3I0SA 3VQ5A 1QTMA 3U6FA 4KTZA 3DXMB 3GBTA 3VMFB 3V1QA 2OPRA 5CYMA 4CJVA 4N76A 2X6NA 2P1JA 5EY4A 3THVA 2A40A 3ULDA 2D0PA 2YI1A 1S5JA 4K42A 5FPMA 1KC8O 3HOTA 4CJ3A 3V9SA 4RW7A 5AQNA 3QFPA 4WYBA 4Q5VA 1HKBA 4LFBK 1JLBA 4M3UA 2RF2A 4CK2A 4CZIA 4M3RA 4HUGA 3FZLA 2G8FA 3DLEA 1S1TA 1XHXA 4AILC 2I7NA 1Q86O 1IG9A 1MU2A 1VSKA 3VA3A 2DY4A 4IJAA 4DU1A 1BISA 1HUXA 3ZX2A 4H0XB 2E8AA 4DQRA 2KKZA 1QVFM 3KLFA 4J8FA 3E9OA 4X62K 4PUOA 1WSHA 3NE6A 1ASVA 2FBTA 4FWQA 4AHSA 5CY4A 4Y1DA 2YJEA 3H46O 3EZWA 1VK0A 3V6DA 4FXDA 1XQSC 3OYCA 2Q3SA 1N36K 1YF5L 3VQDA 3QFUA 3QNNA 4EZ6A 3CJ7A 5AQFA 4WFBL 5FRMA 3C95A 1VRUA 3QEIA 1MDUB 3WEEB 5I42A 5FROA 4JS5A 4C8OA 1JXEA 4KB0A 3LP0A 1NK5A 1YXQA 5FLXO 2GELA 3A0IX 4KRFA 4DFPA 4LF8K 1N8RO 1DEJA 1NK7A 2VWJA 2J4RA 2VWBA 3VEZA 5DM7L 4FLXA 4RG8A 1KXPA 1J5EK 2YHWA 1EWRA 3ASMA 4IFYA 1NLVA 5EU7A 4IKFA 4CBUA 1XUPO 3IRXA 4O8KA 3VQCA 2O8DB 3K5MA 4AH9A 4OGCA 3VQ6A 2YHBA 4JKEA 3D2EB 3ISNC 1JCGA 3MXMA 1T6DA 3AO2A 2O8BB 3S3MA 2HSTA 4C8LA 4L3QA 5GIPA 3C65A 4CZEA 4ISEA 3HVTA 1LCUA 4XH5A 1RDUA 4DR3K 1X3MA 4I6MA 2P5OA 1K73O 3PIOL 5DMRA 5LJWA 2VGMA 3QLHA 3I8DA 2G8KA 4B9UA 2HBJA 1QVGM 3KTQA 5BRFA 2G8HA 4O0JA 3NH1A 5K14A 4FWOA 4DQPA 2D0OA 4BRFA 5AQGA 3IFRA 4F3OA 2B6AA 5JVHL 2VQEK 4DTXA 2IAJA 3QDKA 4CEQA 1RGIA 4B1YB 3TARA 2F9TA 4BC3A 4YORA 1VQNN 1YVUA 4JNEA 1QHTA 2HBMA 5AQUA 3RR7A 4YOUA 1RT3A 4DFJA 3M8PA 3EKUA 3NVMA 1VSJA 4WQ4A 3SYZA 3NGIA 4E7LA 3CG7A 2RE2A 2OZMA 3ZSZA 1BOTO 4W5TA 2QEXN 3C0BA 2IVOA 2QWQA 4IWVA 4PHTX 1WSJA 2YHYA 3QBWA 3AVCA 2VQFK 1M1KO 4FVMA 4DLGA 4FWNA 3RR8A 3SUOA 4FJMA 5C12A 3LZJA 4BC2A 5IT9O 4FJXA 4QS7A 3VTIA 3HO1A 3U3YA 1Z6RA 5FDLA 4B1XB 5C42A 5KGXA 5C2FA 3QESA 1YAGA 4NCAA 2ITGA 2DTUA 1NNEA 4FOIA 5HROA 2UUCK 4CIGA 3WXJA 3CHWA 1O13A 4WE1A 1RT7A 1KVBA 4CZFA 2ZD1A 2Q0UA 1X9WA 1NGGA 1YT3A 5AFUA 1CLQA 4JK9A 3QIOA 3THWA 2P9LA 1O1WA 2F9WA 5JMVA 3DLLL 3Q7CA 4Q0BA 2Z1GA 1V4TA 3S3OA 4KH6A 2HNDA 4JKGB 1YTAA 3VPZA 4HTLA 3ZETB 4BRIA 5AFUH 3QEXA 4EAHD 4M3WA 3TAFA 2ETJA 1I94K 4CESA 4YOVA 3E9PA 5CR4A 4Z4HA 4DV4K 3QEWA 3J81O 3DMJA 1EO1A 4KAZA 3P39A 2HNZA 4OPAA 4DV1K 3ENHA 1VSLA 3M8QA 1RDCA 3ENOA 5J2MA 1LW0A 2P9NA 4IFVA 4YNQA 2P9IB 4BGBA 2P9UA 1GLLO 2GX9A 3A5MC 4Z94A 4EFHA 3LAKA 4DQSA 4L8RB 3MEGA 3K5NA 3TR8A 3CCEN 3AO1A 4PKGA 2YHAA 4FZZA 4IG3A 1HPZA 4NYNA 1CZ9A 4IOCL 4B9SA 2P9PA 3VQPA 3KJVA 3MXJA 4FL9A 3L2QA 5GAGP 4E3SA 3AO3A 3KLIA 1U47A 3HXMA 1D9DA 3CFPA 2ZF5O 3CJAA 5D3GA 2P51A 1A5XA 4CIFA 3SI6A 1LWCA 3KLGA 4O4GA 2D4WA 3WT0A 3AAPA 3AVFA 2OZSA 3VF4A 3EYZA 3HK2A 3ZCMA 2JWKA 3KK2A 5E84A 5ADXH 3OYEA 2G8VA 4BC4A 4CJUA 1L3TA 2F4VK 3LWLA 1K8KB 4BR9A 1UWBA 3ZT1A 2BTFA 1SL0A 3E01A 4JI4K 4DS4A 3CQ8A 5C0YA 3VQQA 5MLCQ 3ZSQA 1RNHA 2XHBA 2HW3A 1HNVA 1BQMA 2KFZA 1C0TA 4KTQA 2O8FA 1LWEA 3CC2N 3SLCA 2A6AA 4E1MA 4WQ5C 5AQPA 3CD6N 3BF3A 3FZHA 5JICA 1EWQA 2D0BA 3TU5A 2ZQBA 4EHTA 3MWTA 1DKGD 5C24A 1HYZA 1ZBUA 3CCLN 2HHWA 1YIJN 4BGAA 1IJJA 4E89A 3K9JA 2F8TA 2UYTA 1NGHA 4BVPA 1QSYA 4LH4A 2GBZA 2KZZA 3QERA 2VGNA 5AQYA 4CJRA 4A5BA 4BRHA 2JWLA 4HCCA 3CMAN 3SQ1A 4DTUA 2QW9A 2XY6A 1S1WA 4OGEA 4FLWA 3RSEB 1IH7A 2OANA 1WSIA 1QSSA 2O8CA 4CECA 4KO0A 3MECA 1ITGA 4UQGA 2ASMA 3MN5A 3CETA 2WFBA 3NF9A 1BI4A 4CEOA 2V7ZA 4W5OA 3OHRA 4IO8A 2HHTA 1BO5O 3MCPA 3CCVN 1GLEG 1BGXT 4BRCA 3L6QA 4NO7A 3PIPL 4MLEA 4QCLA 4NYFA 2OPQA 1GOAA 4CI6A 3EZ5A 2HVIA 1S22A 4KI6A 2OPPA 1IO2A 1BDGA 4B9VA 4JHDB 5KPRA 4XEIA 4BWMA 3OYBA 1SZ2A 3VF2A 4X65K 1FW6A 2E1ZA 4XH1A 2GUIA 5KGWA 3KKRA 3O3FA 1Z26A 1TUYA 3LP1A 4CGFA 1X1PA 2ASOA 3C6AA 5AJ3K 1L5UA 2UXDK 4A57A 2BUPA 4CVNE 3I56N 3EY1A 1CXUA 4E1NA 3WUHA 3MCAB 1K8AO 4DR1K 1GLJO 1REVA 3L3VA 1U6ZA 4B08A 3QNOA 1IV0A 4GV3A 1N34K 1QQMA 4CJTA 4FPBA 1HJRA 4IOAL 4KB1A 3D7EO 2KW4A 4CJSA 4U67L 4FLUA 4DR2K 4DTSA 4Z4CA 1RTHA 1W2BM 2XY5A 5BR9A 3H08A 1LAVA 1XWLA 1VSEA 3H3OB 4LSNA 4JD2A 4OO1J 1RT6A 2A3ZA 5DM6L 1BQNA 1TL1A 2YNIA 1NGCA 1QS4A 3J80O 4LF4K 1VQ5N 4FM1A 3L2WA 4DFMA 3AO4A 3MX2A 3NF6A 1RTIA 1HJOA 4FJ8A 4A5AA 3V9WA 5CE3A 4KH4A 4NXMK 3D2FB 1T3VA 4DR7K 4LD0A 3IS9A 1BCOA 2NNWA 1ASUA 1QE1A 2I5JA 3LDOA 1RDWX 2IGIA 4BRQA 4IJNA 1VQ7N 2Q1NA 1RBTA 5C2DA 2G8UA 4FVUA 4W5QA 4GW6A 1ILYA 3CQYA 2X6SA 3TAEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM6 L;  4WF9 L;  1VQ5 N;  1QVF M;  3CMA N;  3CCQ N;  3CCS N;  5HL7 L;  3OW2 M;  1OVY A;  1VQN N;  4IO9 L;  3CPW M;  1VQP N;  1K9M O;  3CCR N;  1YJN N;  3CCJ N;  1VQM N;  1M90 O;  1VQL N;  4WFB L;  1VQ7 N;  3CCE N;  2ZJQ L;  2QEX N;  3CF5 L;  1ILY A;  3CC7 N;  1YJW N;  1M1K O;  3CCV N;  4IOC L;  2ZJP L;  3G6E N;  2QA4 N;  1N8R O;  1Q7Y O;  1VQO N;  1VQ8 N;  3PIP L;  5GAG P;  2OTJ N;  1YI2 N;  4WFN L;  5DM7 L;  4WFA L;  3J7Z O;  1KQS M;  4WCE L;  3I55 N;  2ZJR L;  1VQ4 N;  5GAE P;  3CME N;  5JVG L;  4UY8 O;  5GAD P;  2OTL N;  1VQK N;  3G71 N;  3G4S N;  3CCM N;  3CC4 N;  1YIT N;  3I56 N;  1VQ6 N;  5MLC Q;  1S72 N;  3CCU N;  1Q81 O;  1Q82 O;  1K8A O;  3CXC M;  1KC8 O;  3CC2 N;  1KD1 O;  3CD6 N;  1JJ2 M;  1K73 O;  3PIO L;  3DLL L;  4IOA L;  4U67 L;  1YJ9 N;  3CCL N;  1W2B M;  1QVG M;  1YIJ N;  1Q86 O;  1YHQ N;  1VQ9 N;  1NJI O;  5GAH P;  5H1S Q;  5JVH L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5JS2 A;  4CHP A;  4U7B A;  1MWM A;  3LDS A;  4B1V A;  3TAP A;  4CFA A;  4DV0 K;  1TKZ A;  3CJC A;  2E1Y A;  5BRH A;  3ZSW A;  4BDZ A;  1TK5 A;  5CZ2 A;  1S1V A;  1RT1 A;  5FPN A;  1YTU A;  3WXL A;  2A1R A;  3V9X A;  3FFK B;  2B4J A;  4BR7 A;  2NRR A;  4CJ4 A;  4DU4 A;  4EIA A;  3SJJ A;  1N32 K;  4BRK A;  3HI0 A;  4DSE A;  3AVI A;  3ALY A;  2RPI A;  3THY A;  4CZK A;  1QQO A;  1GLD G;  5HLF A;  4IOX A;  1WNS A;  2VWK A;  4CW7 B;  4B9N A;  3ZT3 A;  4LC9 B;  1EQY A;  4PKH A;  4CEE A;  3KD5 E;  2NRZ A;  1JL1 A;  4YDU C;  4YOW A;  5JS1 A;  4ILJ A;  3O9U A;  4BR0 A;  4KI4 A;  3V4I A;  4WFN L;  1BU6 O;  1BI4 B;  3I33 A;  4QS9 A;  5HRP A;  3LDN A;  1C6V A;  3NCI A;  1KCF A;  4DSL A;  4CF2 A;  3OYA A;  1J53 A;  2PBD A;  3O80 A;  4O55 A;  4BE2 A;  3A5O C;  2W40 A;  3CME N;  4JI0 K;  2CGL A;  2O8E A;  3HPG A;  1C0G A;  1NOZ A;  3IG1 A;  1NK9 A;  3J7A P;  4RW4 A;  2YCH A;  3AVH A;  4JI1 K;  3QBX A;  1KFS A;  1Q9Y A;  2P5G A;  1U49 A;  1U04 A;  4JEP A;  3T19 A;  3ZLJ A;  2JGU A;  3NHG A;  5HP1 A;  4O5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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