1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
1YJNN 2OTLN 3I55N 1M90O 1YI2N 1YJ9N 2OTJN 3CC2N 1K8AO 3G71N 1ILYA 1VQ8N 1QVGM 4IOAL 4IOCL 3CXCM 4WFAL 1YHQN 3CD6N 3G6EN 1VQNN 5MLCQ 4WCEL 1VQ4N 1VQKN 5DM7L 4WFNL 1VQLN 1OVYA 1Q81O 1VQPN 1VQ5N 3CMAN 1VQ7N 3G4SN 1NJIO 1KC8O 3CCVN 1K73O 1VQ6N 3CCLN 1N8RO 1KD1O 1Q82O 2ZJPL 4IO9L 3CCSN 1Q86O 1YJWN 3CCRN 2ZJRL 4WF9L 1VQ9N 2QEXN 3DLLL 1S72N 3J7ZO 1QVFM 3CCEN 3CC7N 3CF5L 4UY8O 5GAGP 1M1KO 5GADP 3CC4N 1YITN 4U67L 1KQSM 3CCQN 1W2BM 3CCJN 1YIJN 1Q7YO 3PIPL 5GAEP 5GAHP 2ZJQL 5JVGL 3OW2M 3I56N 3CMEN 5HL7L 5JVHL 5H1SQ 3PIOL 1JJ2M 4WFBL 1VQMN 1VQON 1K9MO 5DM6L 3CPWM 3CCMN 3CCUN 2QA4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QS4A 1M90O 5FPDA 2NRHA 4XH4A 3CFPA 1NKBA 4FLTA 2OTJN 4CJWA 4DQPA 4OJRA 3AO4A 1KFDA 5HRRA 3ZX0A 2OA8A 2HVIA 1WAJA 3KLFA 4FVUA 2G8FA 4OLAA 2P5OA 2R7YA 1TVRA 2FF3B 4M3RA 2I7NA 1L3TA 3LDPA 1RDCA 1F21A 3QETA 4TSXA 1E3MA 5EXWA 1K8KB 4H0YB 4FJLA 5AFUH 3OYEA 4NYFA 4FJXA 3HP9A 1J5EK 4BRIA 2KLAA 3AA2A 4FJGA 4DLEA 3TAEA 5EU7A 3VGMA 4PHTX 2CGKA 1JLAA 4ISEA 4K0KK 4JI0K 4H5VA 4ILGB 2O8FA 3VQDA 3F5TA 3A8YA 4Z4IA 3KIOA 2JGUA 4BC5A 5CE3A 1L3SA 3FE1A 3N4QA 4CI6A 4CZEA 3GDQA 3LP1A 3QEPA 3CHWA 1UOCA 2W6KA 1U6ZA 4DQSA 3L2RA 3VEYA 3KKSA 4EHTA 3VN5A 4O0JA 1NNEA 1K6YA 3OYFA 3BGRA 3HOTA 4V19S 2QWLA 3OYIA 1HR0K 3J7AP 1U4BA 3NF9A 1X3MA 2E2QA 2UUBK 1CZ9A 3MWTA 3WQTA 4JI3K 3SPYA 1DKGD 4IG3A 3MN5A 4O8KA 3NGYA 5KI6A 2FSKA 3OS0A 4DV4K 4E3SA 3L8BA 4GNIA 1TKZA 1DEJA 5BRFA 1NOYA 3K0SA 1NM1A 3OW2M 4NXNK 1RDDA 5KRTA 4DTMA 3LDSA 3QICA 4ISGA 2V51B 5DK5A 2BUPA 1GLBG 4NCGA 4DLGA 1RTJA 3MEEA 3TAQA 4CEFA 1YJNN 3M8RA 3OYMA 3CI5A 1BUPA 1TV6A 1P90A 3FGUA 4IFEA 3MDQA 1RT4A 1ILYA 4N47A 4DTJA 1DGKN 4H8KA 3JXUA 4CGGA 3ZLJA 2P9NB 4FLVA 5AQQA 4FPAA 1NGCA 3S3OA 4OO1J 1BI4A 1L3UA 2I7PA 1QSYA 3VQCA 5AQUA 4B1XB 1V4TA 3M8QA 3SMSA 4MLEA 2VG5A 3SLCA 1QQCA 3CMAN 1NK9A 1XNRK 1BIZA 1VQ7N 3D0PA 4DSFA 4QOZB 4WQ4C 4H0OA 1TGOA 3PX0A 3V9ZA 3TAPA 2XY5A 3H6EA 4ID5A 3O9QA 3ASMA 4X62K 5HRPA 5AQHA 2HBMA 2W42A 1IH7A 1VQ6N 4N41A 3F9KA 4AILC 5AQYA 4C8MA 1EXQA 4BRFA 3HVTA 3U3GA 4F9OA 4M3XA 4JD2A 4PL8A 1BOTO 3HBTA 5AZIA 1S1VA 4CF0A 3O3FA 1HKGA 3BY5A 5FROA 1HNIA 2HOEA 4DR6K 4LF7K 4GMJB 4FZXC 1A5VA 2HF4A 3LALA 3DLLL 4CHPA 3C7NA 4RW6A 3HOSA 4GVEA 4J2AA 4J2DA 4CEEA 4ILJA 2Q2RA 1KTQA 4O44A 3UIQA 2Z1HA 3C0BA 3IMXA 4BRGA 4WYBA 2VWJA 1VSFA 4GV3A 1BWFO 3DJCA 4Z4HA 5BR8K 4W5NA 2P9LA 1NGEA 3PIPL 4R79A 5HRSA 1T03A 2E8AA 5KPRA 1K8KA 2UXDK 4M3YA 2Z1JA 3QFPA 3CJ1A 4LFCK 1ESVA 5H1SQ 3GOIA 3HYFA 4AHUA 4E7LA 3B6PA 5IT9O 4Z4GA 4CJRA 3MXIA 5AFUA 2KW4A 3BZKA 4FWSA 1TUYA 3TAMA 3V1QA 4HTUA 4FOIA 2ZQBA 3O4WA 4IG0A 4KHSA 2GUIA 4F2SA 1Y97A 4IOCL 3M8SA 3D7EO 3VGLA 3ID8A 5FRMA 3OS2A 2YI1A 1VAZA 3CQYA 5DM7L 4CZFA 4JKDA 4CK1A 1G15A 1VSKA 4K8ZA 5I42A 5J2NA 4EIAA 2YJFA 4H5WA 3P39A 3QLHA 2HNDA 4E1JA 4Z4FA 3GL1A 2E1ZA 2CGJA 4KI6A 4RTFD 4AQYK 1BCMA 1JLGA 4DU1A 4DTPA 3RSEB 3THVA 4CEDA 3MEDA 2ETJA 2QI2A 4BDPA 1BA0A 3HP6A 2KFNA 3DLRA 3TABA 5B8HA 2ZGYA 1YTAA 3OYGA 3NGZA 2VCPA 5AQMA 1NOZA 4FJNA 3F2KA 4B8AB 1ITGA 3JS6A 4O5BA 4F4KA 4JHDB 2D4WA 2G8VA 2EHGA 4DTNA 4W5RA 4DR3K 4DQQA 4JKFA 3L2WA 3AO1A 4MLHA 5GADP 4DQIA 3ZT0A 3VQ6A 4JN4A 3LL3A 5J1EA 2P9NA 3E01A 4NCBA 2V7ZA 4WQ4A 3S3MA 4AM7A 3NMUA 5GAHP 4ELVA 4OPAA 2IC3A 4CHYA 1B9DA 3DRRA 2E1YA 3TAGA 1YF5L 1L5UA 1EETA 1JLFA 4LF6K 3TTCA 5CHIA 3I0RA 3CJ9A 1VQON 3DLHA 3OVNA 4BG9A 4IEEA 1C0FA 3O3HA 1XI1A 1NGGA 3WEEA 1J54A 3VEZA 2OTLN 2RN2A 3T1HK 5EVZA 5F1XA 4B9MA 3MN6A 4YHHK 4GVMA 4JYAK 1JXEA 4OKKA 5K14A 4DV3K 2NUBA 1UAXA 3ENOA 3ZX3A 4B3MK 4CW7B 4BRHA 3O5BA 3KLGA 3FLCO 4BRNA 5LL6Z 2PYJA 4DS4A 3LM2A 1OVYA 4L3QA 1C0GA 1NMDA 3FFKB 4BRDA 1WN7A 3DLBA 3DRPA 1I3AA 3C6UA 1WNSA 1X9SA 1YVNA 4W5OA 3T7ZA 5FDLA 3A5OC 2HF3A 3J7YP 2WC9A 5C15A 3J8AA 3UKUB 1YXQA 4FJ5A 4FPBA 2G8KA 1Q82O 4DSEA 2RPIA 3L3VA 4M3TA 2X6NA 3HPHA 5CR4A 4CEBA 1VSMA 3AO5A 4H4OA 1KLNA 3LANA 3VF2A 3AVJA 3IS9A 4CCHA 4M3UA 3SQ2A 1N33K 2D0PA 3V1OA 5BREA 2FXUA 1C0UA 1A5WA 1RDUA 1NGHA 3S41A 5A2QO 3EEQA 3K5LA 2B6AA 4A5BA 4DR2K 1LW0A 4MO5A 3DOLA 3I8DA 3CCJN 3NE6A 2P9KB 2O8EB 2YNHA 1XMOK 1S3XA 1YUWA 4CESA 2OZSA 3RMCA 2VGNA 4CF2A 4MQ3A 3NFAA 3NF8A 4C8NA 3THWB 4M41A 3AA3A 3KVGA 1DTTA 5I3UA 4PKIA 1ATNA 5CZ1A 4CEQA 2VG6A 1QQMA 3RVCA 3T3FA 4OPKA 3M1FA 4LF5K 4R5PA 5GIOA 1I94K 3RSEA 1BA1A 3SUPA 2KFZA 1VQ8N 4LH5A 3U6FA 1Q8IA 3D45A 4KTWA 1T6DA 2FLOA 1BQMA 1V4SA 3AVCA 3DM2A 1LAVA 5MLCQ 2Q0UA 3NH0A 2GTDA 2Q1NA 3PO5A 2Y1JA 3SMPA 4JHDA 4WFNL 3CJBA 4IXCA 1L3VA 5BRDA 1Q81O 1RBTA 5C25A 4DSKA 3IFRA 1MDUB 2A3ZA 5C2DA 2NRWA 2HHSA 3G10A 3VF6A 1C1BA 4CGHA 2E88A 3DRSA 2YV0X 3H45C 4JK9A 3ITHA 2B4JA 4YORA 1HQUA 1HQEA 3LAKA 1SZ2A 3KLHA 4OKEA 4AHSA 3BZCA 3SV3A 2D0CA 2VQFK 3KWGA 3T19A 4E1NA 4LF4K 2H3GX 1NGFA 1NK7A 4OGEA 1J9AA 2HMPA 3QO9A 1WSGA 4FLXA 5AQNA 4B08A 1FKPA 3PO4A 1NK4A 2V7YA 3KJVA 1N32K 1BQNA 4C1NI 3V9WA 1BHLA 4NXMK 3CC4N 5ADXA 4O8UA 4B1VA 1KXPA 2QWPA 5EX5A 1D5AA 1U47A 5T7BA 4CHQA 1VSIA 3P5JA 5E26A 4CHOA 1NGAA 2HNZA 4PY5A 1HJRA 4JK7A 1OH7A 1WAFA 1HUXA 2E2OA 4GV6A 4BRQA 4B9QA 4O0IA 3ZSXA 4B1UB 2F96A 3HM9A 2HHQA 3K5MA 3VTIA 4DB3A 1T44A 3CJAA 2WUSA 4HWIA 5BN8A 3CM6A 2GV9A 3E1YA 3UKUA 3CETA 2KZZA 3O4NA 3O6WA 3TU5A 4IOAL 2D5RA 2F8SA 1GOCA 2YKMA 1YHQN 3CD6N 4M7XA 3P4IA 1NGIA 4JI8K 4KH5A 1ZC6A 3CPEA 3L6QA 1VQLN 3EL2A 1Z25A 4FWLA 1T05A 5TKWA 5LJVA 3THXB 1D9FA 1T7PA 4Z0UA 1WOQA 2ZF5O 3DLEA 1TKTA 4BR9A 5HRNA 4BE1A 3O9SA 3HK2A 4Y1DA 3H46O 2P5GA 1VSJA 3O3GA 2HHXA 3U9ZA 3DLGA 2OYQA 2P9LB 2P9KA 3H1VX 2O8EA 1VRUA 1FJGK 1T3VA 3THWA 3PV8A 3ISNC 1NJZA 2ZJRL 5GIPA 4FWPA 3VESA 3EZWA 3J7ZO 3OYBA 4A2BA 3VEVA 3NCIA 3CC7N 2A5XA 3MXJA 3BF3A 2G8WA 3UE5A 2GWKA 2PYLA 1RNHA 2P9IB 4DV6K 4ZHRA 4RCHA 3P38A 2UUAK 3L3UA 3H3NO 2EX3A 4KFBA 4CJ7A 3GBTA 2A40A 4C8LA 3PX6A 4M7YA 1R59O 4FOEA 4HCBA 2V52B 3LP3A 3SZ2A 5JLHA 1HNZK 4E7JA 5C10A 3U8XA 4CF9A 1GLAG 2WONA 2NRXA 4YOYA 3DMJA 4PL7A 1WSHA 5JS2A 1TK5A 2HSTA 3QINA 2JWLA 1KFSA 1TAQA 4H0VB 2QKBA 2DTUA 1HMVA 4KHNA 4FVMA 2Q3SA 4RG8A 2HHVA 3L2UA 2NNWA 5AZJB 4EP4A 3FR0A 2FBXA 2GWJA 1QVGM 3QBWA 1WSJA 3MN9A 2QM1A 2YX6A 1HYSA 3IG1A 5C0YA 4EZ9A 4HVJA 4G9ZA 4F2RA 2AA4A 3KLEA 1XC3A 4FJ8A 1NK6A 2W6LA 3CG7A 4DSJA 4BE2A 3KD5E 1A5XA 4H03B 2Z1IA 2HHTA 1RT3A 1FW6A 3NAEA 4FLWA 4I7FA 1JKHA 1QE1A 4CF1A 4KH4A 4B3TK 1REVA 1NJIO 3AV9A 3MX2A 4BRPA 3ENBA 3RWUA 4BR0A 3EKUA 3TSUA 4CGFA 1QHAA 4BC2A 3VQ5A 1IBKK 3OYDA 3D6RA 1VSHA 3LDLA 4HUFA 4RW9A 1Q86O 2QXLA 4CGDA 4IJAA 4CZIA 4EFHA 3E9PA 4C8KA 4CJQA 2IDOA 2RKIA 4HUGA 3AVBA 1S72N 5BPLA 3C65A 3WEEB 2XY6A 1WSFA 4FJMA 1LWCA 4FO0A 5KPTA 3KKRA 3U4LA 4YOTA 4JKEA 5AQVA 1X9MA 2A41A 3AO2A 2JLEA 4FW1A 5SWMA 1RGIA 4JS5A 3LAMA 3WNGA 1YT3A 3AAQA 3ZSVA 1YAGA 1VK0A 4Z4CA 2QWOA 3V6DA 1QSLA 4E7IA 3ZT2A 4JKHA 4BRLA 4CD3A 1C1AA 4DFPA 4ZTFA 1NWKA 1I39A 3THXA 3EYZA 4AHTA 3M6GA 1E4GT 1KRPA 5TKYA 1CZBA 3M3ZA 3MEGA 3CFRA 3CCMN 3EE8A 3O1BA 3FZKA 3AGKA 3IRXA 4MDBA 5SZTA 2Z1GA 3OYJA 3O8MA 3HM8A 3P1GA 4FWMA 3VQQA 1J5OA 2NZTA 1FXXA 3O9TA 4YOVA 4DQRA 3OYLA 2WOMA 1N36K 3BEXA 4CBUA 1JLBA 2X78A 3D2EB 1T8EA 5CYQA 3O9RA 3I8BA 3ATUA 1VQKN 2GBZA 1JL1A 1CZAN 4KV8A 4O5FA 3IDHA 3ALYA 1S22A 4BR4A 3E9LA 3P83D 4IDKA 2QKKA 5AQOA 1VQ5N 2P9IA 2O8BB 3QEIA 3VQ9A 1GOAA 5BPMA 2E20A 5EOYA 1NG9A 3CQXA 3OJSA 2BANA 1BO5O 4CZLA 3P31A 5C12A 4CVNE 2QXFA 3RRGA 3UB5A 5JLFA 4IEIA 3EE9A 1YJWN 4BDZA 2ASOA 4CFAA 1U48A 4WE1A 1NU0A 4I2QA 2HBLA 3WNFA 3V9XA 1WBDA 3TWHA 2D0AA 5AZJA 4UY8O 2D1KA 4FYDA 4A59A 2X74A 2JWKA 1Z05A 2CH6A 3EY1A 3KZBA 4H4MA 4IFVA 2ZGZA 2GEMA 3GE1A 1IKVA 4LH4A 1LAWA 4OVLA 4FM0A 2KTQA 3HSTB 3OJUA 4KHWA 4FJ7A 3DXKB 4Z94A 3PIOL 4N56A 4IWVA 4RW8A 4YOUA 3LPTA 2FBVA 3RMDA 1EWQA 4AHRA 5DMRA 4ID1A 2FBYA 2B5JA 4CIGA 3HXMA 3UKRB 1RT6A 4CD1A 4KHPK 3WXIA 1GLJO 2VGMA 3MN7A 4CIFA 5KTQA 3V81A 3QMLA 3SQ0A 4QS8A 2F8TA 4RWTA 4FJ9A 1VHXA 4MO4A 4IBNA 3WUHA 4CZKA 4DSIA 2BH1A 1D9DA 1CLQA 1XUPO 1O1WA 2FBTA 4GY2B 4MDAA 5AQGA 1OH5A 3BUZB 2G8UA 2BGGA 5J2PA 3ZT1A 2YCHA 5ADXH 4YOXA 1VSEA 2A1SA 3QNOA 3PLAA 3C6TA 3L2VA 4ZTJA 1QHTA 3HPGA 1SUQA 5AQPA 3ZCMA 4BGBA 3MCPA 3O1WA 2OPQA 5M1PA 2Q36A 3ENHA 3SQ4A 3DYAA 4KO0A 1HX1A 1K73O 4H5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJN N;  2OTL N;  3I55 N;  1M90 O;  1YI2 N;  1YJ9 N;  2OTJ N;  3CC2 N;  1K8A O;  3G71 N;  1ILY A;  1VQ8 N;  1QVG M;  4IOA L;  4IOC L;  3CXC M;  4WFA L;  1YHQ N;  3CD6 N;  3G6E N;  1VQN N;  5MLC Q;  4WCE L;  1VQ4 N;  1VQK N;  5DM7 L;  4WFN L;  1VQL N;  1OVY A;  1Q81 O;  1VQP N;  1VQ5 N;  3CMA N;  1VQ7 N;  3G4S N;  1NJI O;  1KC8 O;  3CCV N;  1K73 O;  1VQ6 N;  3CCL N;  1N8R O;  1KD1 O;  1Q82 O;  2ZJP L;  4IO9 L;  3CCS N;  1Q86 O;  1YJW N;  3CCR N;  2ZJR L;  4WF9 L;  1VQ9 N;  2QEX N;  3DLL L;  1S72 N;  3J7Z O;  1QVF M;  3CCE N;  3CC7 N;  3CF5 L;  4UY8 O;  5GAG P;  1M1K O;  5GAD P;  3CC4 N;  1YIT N;  4U67 L;  1KQS M;  3CCQ N;  1W2B M;  3CCJ N;  1YIJ N;  1Q7Y O;  3PIP L;  5GAE P;  5GAH P;  2ZJQ L;  5JVG L;  3OW2 M;  3I56 N;  3CME N;  5HL7 L;  5JVH L;  5H1S Q;  3PIO L;  1JJ2 M;  4WFB L;  1VQM N;  1VQO N;  1K9M O;  5DM6 L;  3CPW M;  3CCM N;  3CCU N;  2QA4 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QS4 A;  1M90 O;  5FPD A;  2NRH A;  4XH4 A;  3CFP A;  1NKB A;  4FLT A;  2OTJ N;  4CJW A;  4DQP A;  4OJR A;  3AO4 A;  1KFD A;  5HRR A;  3ZX0 A;  2OA8 A;  2HVI A;  1WAJ A;  3KLF A;  4FVU A;  2G8F A;  4OLA A;  2P5O A;  2R7Y A;  1TVR A;  2FF3 B;  4M3R A;  2I7N A;  1L3T A;  3LDP A;  1RDC A;  1F21 A;  3QET A;  4TSX A;  1E3M A;  5EXW A;  1K8K B;  4H0Y B;  4FJL A;  5AFU H;  3OYE A;  4NYF A;  4FJX A;  3HP9 A;  1J5E K;  4BRI A;  2KLA A;  3AA2 A;  4FJG A;  4DLE A;  3TAE A;  5EU7 A;  3VGM A;  4PHT X;  2CGK A;  1JLA A;  4ISE A;  4K0K K;  4JI0 K;  4H5V A;  4ILG B;  2O8F A;  3VQD A;  3F5T A;  3A8Y A;  4Z4I A;  3KIO A;  2JGU A;  4BC5 A;  5CE3 A;  1L3S A;  3FE1 A;  3N4Q A;  4CI6 A;  4CZE A;  3GDQ A;  3LP1 A;  3QEP A;  3CHW A;  1UOC A;  2W6K A;  1U6Z A;  4DQS A;  3L2R A;  3VEY A;  3KKS A;  4EHT A;  3VN5 A;  4O0J A;  1NNE A;  1K6Y A;  3OYF A;  3BGR A;  3HOT A;  4V19 S;  2QWL A;  3OYI A;  1HR0 K;  3J7A P;  1U4B A;  3NF9 A;  1X3M A;  2E2Q A;  2UUB K;  1CZ9 A;  3MWT A;  3WQT A;  4JI3 K;  3SPY A;  1DKG D;  4IG3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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