The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
137
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structure length |
137
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Chain Sequence |
MPLPIPSLLIAGIGSRRGCSAEHLRALLERTLGEHGRSLAELDALASIDGKRDEPGLRQLATLLERPVHFLAPAVLHDYEPRLLSPSAVALRETGCSSVAEAAALALAERLGGGRADLLGAKRSDDRASIALARLLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| publication title |
The Crystal Structure at 1.7 A Resolution of Cobe, a Protein from the Cobalamin (Vitamin B12) Biosynthetic Pathway
rcsb |
| molecule keywords |
COBE
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| total genus |
41
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| structure length |
137
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| sequence length |
137
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01890 | CbiG_C | Cobalamin synthesis G C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | CobE/GbiG C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EEQ A; 2W6L A; 3BY5 A; 2W6K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CEC A; 2DPN A; 3E9L A; 3T1H K; 1RT5 A; 1DKG D; 4WE1 A; 1IKV A; 1B9F A; 3MXI A; 3BUZ B; 3KD5 E; 3K5O A; 5IWA K; 3T1Y K; 2FBV A; 1NGE A; 4YOU A; 4DV3 K; 1RBV A; 3L0Q A; 3ATU A; 5BR9 A; 3T19 A; 5JVG L; 3MXJ A; 2RPI A; 3QEP A; 5HRP A; 1RDA A; 1VRT A; 4LFB K; 2YNH A; 3FGU A; 1RT6 A; 2IOC A; 1NGJ A; 1DGK N; 4FJ5 A; 4RW4 A; 1U49 A; 1YXQ A; 3AVA A; 2VWB A; 1HR0 K; 4JRP A; 1X1P A; 1WB9 A; 3AO4 A; 4EHU A; 3C6A A; 1IKY A; 5DMR A; 1QVG M; 3MX5 A; 4NO7 A; 3LAK A; 4BRL A; 3DAW A; 1RDW X; 4L8R B; 1U6Z A; 2NNW A; 3C6H A; 3VER A; 1KAZ A; 2NRX A; 4WQ5 A; 1BIU A; 3RMC A; 4ILJ A; 4AM7 A; 2XY7 A; 1XUP O; 3MED A; 1VQ5 N; 1VQ8 N; 3WNH A; 2OZM A; 4YNQ A; 2G8W A; 4CF8 A; 4Y1C A; 3CM5 A; 4A2B A; 4AF1 A; 2O8B A; 4DWI A; 2P9U B; 4AHV A; 3EKS A; 3H3N O; 1NLV A; 3AA5 X; 3TWH A; 1E4F T; 5AQP A; 4FJ8 A; 1BDG A; 1QHA A; 4AH9 A; 1VQO N; 4DTM A; 1TKX A; 2GWJ A; 3CPW M; 5EXW A; 1CZ9 A; 5CZ2 A; 1KLN A; 5EOY A; 1HKB A; 1VSI A; 3VQ4 A; 4DFJ A; 4B08 A; 1RDB A; 3KK2 A; 2H3G X; 3ZSO A; 1KLM A; 4CJQ A; 2AP1 A; 3I33 A; 3BEX A; 4MDB A; 4CJ4 A; 1K8K B; 4CZG A; 2O8D A; 3DLH A; 3H1V X; 3HPG A; 3LZI A; 4KB0 A; 1RNH A; 4DV7 K; 1YIT N; 1ASW A; 3THY B; 5C2F A; 3MCP A; 5FRN A; 5H1S Q; 4B1U B; 3H1Q A; 4C8M A; 4AHT A; 3SYZ A; 2Q0U A; 3ZT3 A; 1VHX A; 3FZM A; 4CJT A; 1U47 A; 1KVC A; 2YHW A; 5E84 A; 3ULD A; 4JI0 K; 3LL3 A; 4KHN A; 1WLJ A; 4QAG A; 1JL2 A; 2LSN A; 1RCH A; 2ZE2 A; 3CET A; 1YTU A; 3SMS A; 1T44 A; 1Q18 A; 5M1K A; 2FSJ A; 4KV8 A; 1I3A A; 1Q81 O; 3WEE B; 3GDQ A; 1TL1 A; 2W41 A; 1IO2 A; 3K9J A; 4CHZ A; 1WNS A; 3LDN A; 3F9K A; 3NGZ A; 3CHW A; 3QDK A; 5C0Y A; 4EFH A; 4YOY A; 4C1N K; 1ESV A; 2E2O A; 1LAV A; 3BGR A; 1VQ7 N; 4HCB A; 1Q8I A; 4JI7 K; 3KK7 A; 3U9Z A; 1FKO A; 3VEY A; 1ATN A; 1WN7 A; 4O55 A; 4E1N A; 2QWM A; 4DQR A; 2OZS A; 4E7L A; 3G6E N; 2Q0R A; 1H1V A; 1QZ6 A; 3LDP A; 1D5A A; 3CQX A; 4FWN A; 3EKU A; 1ZBU A; 3SV4 A; 2BTF A; 3KVG A; 3MN6 A; 3AVL A; 1LV5 A; 3JS6 A; 3ULE A; 2B6A A; 3UIQ A; 1VSL A; 2J4R A; 3AO1 A; 2HBL A; 5EVZ A; 4E1M A; 4KHQ A; 2QM1 A; 2R7Y A; 4NCG A; 4KAZ A; 3G71 N; 2HHQ A; 4GVM A; 2KZZ A; 4B3S K; 3WQU A; 4DB3 A; 1WAF A; 1S1X A; 1NGB A; 1OH6 A; 4JD2 B; 1NGG A; 5AQU A; 1U04 A; 1D8Y A; 1GOC A; 3L2Q A; 3DLE A; 5HRN A; 3OYG A; 3ZX3 A; 3L2U A; 3CIP A; 3T1A A; 3W3D A; 3PO5 A; 2CH6 A; 3P31 A; 5AQL A; 5AFU H; 4X62 K; 2RKI A; 3FZL A; 4LSN A; 3SQ4 A; 4BR7 A; 2O4G A; 3J7Y P; 2E2Q A; 4LF8 K; 3LDL A; 1ZXO A; 4B9U A; 2RF2 A; 4CES A; 3QES A; 2P5O A; 1C1A A; 3OVN A; 4BDZ A; 2OCE A; 4RWT A; 1TKZ A; 2IVO A; 1P90 A; 3QBW A; 1VAZ A; 3A5M C; 1O1W A; 4OPK A; 4CVN E; 4E19 A; 5M1N A; 4XEI A; 4BC4 A; 2QI2 A; 2KFZ A; 2VGM A; 3VQB A; 4DSL A; 5AQR A; 4CGI A; 2G8K A; 1JXE A; 4CIE A; 3SLC A; 4DR4 K; 3C7N A; 4I6M B; 3IRX A; 4DFM A; 2A41 A; 2HNY A; 4M3Z A; 4CBX A; 1NGC A; 3S41 A; 4KHY A; 4CJ3 A; 4J8F A; 2HVH A; 1VRU A; 2ZGY A; 1TAU A; 3MEG A; 3O4W A; 2NZT A; 5BRD A; 1QE1 A; 3AVF A; 4KTW A; 1EXQ A; 1VSH A; 3LDS A; 4DV6 K; 2BDP A; 3UKU A; 1RTJ A; 2CGL A; 5AQF A; 2NRH A; 4B8C A; 1S9G A; 3QO9 A; 2CGK A; 3M5R A; 3SJH A; 2HBK A; 2QTD A; 3OYC A; 1DTQ A; 4I2Q A; 1YJW N; 4B1Y B; 1EX4 A; 4I2P A; 2XY8 A; 4B9L A; 3NGY A; 2HHH K; 3B6O A; 3VA3 A; 1S1U A; 1CXQ A; 5B8H A; 5AR0 A; 2GBZ A; 4IEE A; 1HJO A; 5HOO A; 1SUQ A; 1YUW A; 4ELT A; 5JLF A; 1TK5 A; 3I0R A; 3HYF A; 1OKJ A; 1L5U A; 3WQT A; 2HHU A; 1D9F A; 4C1N I; 4PKI A; 3ZSY A; 1LOT B; 1FKP A; 1YAG A; 2Z1I A; 2HHX A; 3S9H A; 5BPM A; 4DFP A; 1RT4 A; 3JAM O; 2E20 A; 3UE5 A; 2Z1H A; 1BI4 A; 4DS4 A; 1EO1 A; 3RMD A; 4R5P A; 3TAP A; 2Q97 A; 4M3Y A; 4DHY A; 4F3T A; 4Y1D A; 1YJN N; 2KKZ A; 4GV9 A; 5ADX H; 3WXK A; 3O4N A; 3HO1 A; 2O8B B; 2I5J A; 3FR0 A; 2RE2 A; 3ID6 A; 3ZSR A; 5AFU A; 3OS2 A; 4G1Q A; 4M3R A; 4CF2 A; 4JHD B; 1BA1 A; 2F96 A; 2Q2R A; 4OKE A; 4BRC A; 2UXD K; 2IAJ A; 4M42 A; 3B6P A; 4FWR A; 4DKW A; 1KAY A; 1JLE A; 4JKB A; 4FSV A; 5AQY A; 3VGL A; 2QWN A; 1TGO A; 4KHU A; 4C23 A; 3RSE B; 4QS9 A; 4GNI A; 4B9Q A; 5EY4 A; 5HP1 A; 1OVQ A; 3LP1 A; 1X9M A; 4DQS A; 3O3F A; 4BG9 A; 4K8X A; 3VQ6 A; 4YFU A; 4DV0 K; 3AGK A; 1N33 K; 1M90 O; 2QEX N; 3FZH A; 2E88 A; 3CFP A; 1WAJ A; 1RT1 A; 4PL8 A; 1EKE A; 4ELU A; 1MDU B; 2UUA K; 3SCX A; 3K0S A; 3OJU A; 4LH4 A; 4H03 B; 2DY4 A; 4FL9 A; 3AO3 A; 4RW6 A; 1IV0 A; 3Q7C A; 4IG0 A; 1NM1 A; 5BR8 K; 3ALY A; 1NKC A; 4DQI A; 3THX A; 4MDA A; 4FCY A; 3OTO K; 4CZH A; 4EP5 A; 4FLU A; 1W7A A; 3D2F A; 4FJK A; 3CME N; 3BY5 A; 3OYE A; 2KZM A; 4DSK A; 1BCO A; 4YY3 K; 3JYT A; 1S1V A; 2QKB A; 3HSC A; 3CER A; 2KQ2 A; 2QW9 A; 1BCM A; 1FK9 A; 4M7Y A; 4KRE A; 1L3S A; 1D4X A; 3D2E A; 4M3T A; 3TU5 A; 2P5G A; 1DTT A; 3QML A; 5TKW A; 2P9I A; 3BZC A; 4KTZ A; 4HTU A; 4CJW A; 4M3X A; 4JS4 A; 4FLT A; 4YOR A; 2P9S B; 4EP4 A; 1OVY A; 4CER A; 5GIO A; 3K5N A; 2D0C A; 1RDD A; 4QCL A; 4JS5 A; 1YVN A; 4O0J A; 3KWI A; 4IWV A; 4FLX A; 2D0O A; 1QQN A; 4WFB L; 1Z26 A; 5KI6 A; 4A5B A; 1T7P A; 5I42 A; 2DFF A; 3ULE B; 4DTS A; 1NGD A; 4WCE L; 2VYP A; 1ZBS A; 5HL7 L; 4DQP A; 4FK2 A; 2HVI A; 3TAG A; 5HBM A; 5ADX A; 4PHT X; 2JWK A; 4BR5 A; 1IBM K; 4M3U A; 4DF4 A; 2OYQ A; 2HHV A; 1NJX A; 3VOV A; 3AVI A; 3TPQ A; 3L4Q A; 3NVM A; 3QFU A; 1VQM N; 4BRM A; 4B3O A; 1TYQ A; 3WXI A; 3AA3 A; 4MO5 A; 3SUO A; 3QIO A; 5KPT A; 3DXM B; 4WQ4 C; 5I3U A; 4FZX C; 3VES A; 4BQL A; 1NK4 A; 3CXC M; 1ZBI A; 2YKN A; 1UAX A; 2W6K A; 3VQD A; 3SNN A; 1X3N A; 5FLX O; 4YOV A; 3NH2 A; 3L6Q A; 4DU4 A; 4FJ9 A; 5ELZ A; 2P9P A; 3O1B A; 4KBO A; 1LW0 A; 3O8M A; 2P9N B; 1HNX K; 3RR7 A; 1MU2 A; 4JD2 A; 4AQY K; 1OH7 A; 3AO5 A; 3C7N B; 4NXN K; 4RTF D; 1LWF A; 3O3H A; 4MFB A; 1O13 A; 4BE2 A; 3U4L A; 4CZL A; 3MAQ A; 3MCA B; 2G8U A; 5GIN A; 2Y1J A; 3OYI A; 3ZT0 A; 3VQ7 A; 3KKR A; 4K8Z A; 1RT3 A; 3K2P A; 1NGA A; 5C42 A; 4B3R K; 3OW2 M; 1ZBL A; 2PZS A; 4ELV A; 5KRT A; 4ZTF A; 2O8C B; 3C95 A; 4FM1 A; 1XNR K; 4CI6 A; 1T8E A; 2QKK A; 2A40 A; 3CFR A; 1KC8 O; 2WC9 A; 4YOX A; 1YIJ N; 3AVH A; 1U45 A; 2NRT A; 2IVP A; 3CQY A; 4DMN A; 1QQO A; 2B4J A; 3O1W A; 3P4I A; 5AQH A; 5TKY A; 4FZY A; 3CCV N; 3LP0 A; 4C8K A; 1BU6 O; 4DU1 A; 3SUP A; 3F2K A; 4IDH A; 4M3W A; 1UA1 A; 4I6M A; 4PA1 A; 2PYL A; 4DTR A; 4W5O A; 4BRF A; 3LWM A; 4DR2 K; 2Q36 A; 4FYD A; 1ZC6 A; 3MEE A; 3VTI A; 4O5B A; 3SUN A; 1R59 O; 3LM9 A; 4K41 A; 1BI4 B; 4W5N A; 4B9N A; 1XHZ A; 4BY9 C; 1CLQ A; 4U67 L; 1LW2 A; 5CYQ A; 2Y1I A; 4KHW A; 4FJJ A; 4CBW A; 2HND A; 5HRS A; 2OTJ N; 1KTQ A; 4CHP A; 4ZHR A; 1HRH A; 4BC2 A; 1OH8 A; 3QER A; 4FXD A; 1K9M O; 1HNI A; 4CW7 B; 5BPN A; 4HUE A; 3CCU N; 4Z94 A; 2ASM A; 1N6Q A; 1RIL A; 2Z1G A; 1XC9 A; 2F8S A; 1N34 K; 2E2N A; 4BE0 A; 5BRE A; 2VCP A; 1R0A A; 1VSM A; 3QNN A; 3K5L A; 1EWQ A; 2HW3 A; 2IVN A; 4CHN A; 3KLE A; 3CD6 N; 1YF5 L; 1BA0 A; 1GLD G; 3IFR A; 3CC7 N; 4FWL A; 2FSN A; 4B9V A; 3OYN A; 4F2S A; 3F9M A; 3ZT1 A; 4CFA A; 2QK9 A; 3AVJ A; 1A5V A; 4C8L A; 3KK3 A; 4JRQ A; 4WYB A; 1MWK A; 2D1K A; 3IS9 A; 3WT0 A; 5DM7 L; 4BGB A; 4FJX A; 1LWE A; 2YNG A; 5GIP A; 3MK6 A; 3OY9 A; 1GOB A; 3FZK A; 3V1O A; 3VGK A; 2XO7 A; 3MMV A; 3OA9 A; 3WNE A; 2IDO A; 3I8D A; 3CJA A; 4DUY K; 3HJF A; 1BGX T; 3AVG A; 4BG8 A; 4IZ9 A; 4OPA A; 3DLL L; 1BIZ A; 3O5B A; 2VQF K; 3THX B; 3HM8 A; 4JHD A; 5DK5 A; 4DSI A; 3D2F B; 2X74 A; 4MQ3 A; 3C65 A; 1E3M A; 4BR4 A; 4DUZ K; 4HWI A; 2HBM A; 3RSE A; 4IXC A; 1I94 K; 1SS6 A; 1FW6 A; 1HUX A; 4OLA A; 1JLC A; 3SAG A; 3ENB A; 2NLX A; 3O6W A; 1VSE A; 3CCE N; 4MLE A; 1C0F A; 3D2E B; 1WBB A; 1BG3 A; 2A42 A; 3OBW A; 2P9I B; 4H4M A; 2FC0 A; 3O4Q A; 4JV5 K; 5C15 A; 1BL3 A; 1QS4 A; 4HCC A; 4MO4 A; 3N4P A; 3O08 A; 1NJW A; 5AQI A; 4CEZ A; 1T03 A; 4C8O A; 2BE2 A; 4Z4I A; 5BN9 A; 3HRG A; 2FBT A; 3LAL A; 1HPZ A; 3C6T A; 3N4Q A; 4N41 A; 4KFB A; 1WSH A; 4X64 K; 4LC9 B; 4BRI A; 1FJG K; 3S3N A; 4B9S A; 3EZW A; 4A5A A; 4F3O A; 4FWK A; 3T7Z A; 1TL3 A; 3KIO A; 1SKR A; 2NRR A; 4CGF A; 3M3Z A; 1JJ2 M; 3ZT2 A; 2F4V K; 3CG7 A; 3VEX A; 3KWG A; 1TYQ B; 2P9S A; 1QTM A; 3IAY A; 3E66 A; 1NNE A; 1IKX A; 4IOA L; 3RR8 A; 4NLC A; 1J5E K; 5JIC A; 1KQS M; 3PLA A; 1RBR A; 4CEF A; 2FSK A; 2Q1N A; 1IG8 A; 3M8P A; 3OYH A; 3GBT A; 3D7E O; 2PBD A; 4E7J A; 1TVR A; 1X9S A; 1TKD A; 1G99 A; 4BAC A; 3P38 A; 1HQE A; 5CYM A; 1IH7 A; 3L3V A; 1NOZ A; 3DXK A; 1N5Y A; 2P9P B; 3IKM A; 4RW7 A; 2CGJ A; 4IDK A; 3TAF A; 4CZF A; 4I9Q A; 1REV A; 3CJ1 A; 3UB5 A; 2F9W A; 4GV3 A; 4XH4 A; 4JI3 K; 3MN7 A; 5FPN A; 4BR9 A; 2UXC K; 4BVO A; 4CJP A; 3QEX A; 1ASU A; 3CCJ N; 2OPS A; 1WSG A; 4LSL A; 1TK8 A; 4X66 K; 4CK2 A; 4N76 A; 3BDP A; 2V51 B; 2KLA A; 3EZ5 A; 5KPZ A; 3KTQ A; 5BN8 A; 1N36 K; 4A61 A; 3CC4 N; 3DXM A; 5CY4 A; 1QVF M; 2A1R A; 3JXU A; 4YHH K; 3HL8 A; 4ISF A; 4CGD A; 4LF4 K; 4JAX A; 1HYZ A; 1C0G A; 2HB5 A; 3NMU A; 3BP8 A; 1T3V A; 1BQN A; 4EZ6 A; 4I7F A; 1NK8 A; 4BRP A; 4Z4E A; 3SZ2 A; 4A2A A; 4IFV A; 4YDU C; 4JI2 K; 4BQZ A; 4CFC A; 3VQQ A; 4FWM A; 4XIU A; 2YHB A; 3LZJ A; 2JWL A; 2P9N A; 3I55 N; 3L8B A; 1KAX A; 3MN5 A; 2I7P A; 3DRS A; 3HK2 A; 3MWT A; 3DWL A; 3QB0 A; 2ZJP L; 4KKO A; 1NGF A; 2HMP A; 4H5R A; 3U6F A; 1XC3 A; 2P9L A; 4OVL A; 3KLH A; 2D0A A; 4EIA A; 2UUC K; 2OPP A; 4FW2 A; 1T05 A; 2B5J A; 4B1W B; 3EO3 A; 1SZ2 A; 2QWQ A; 3LAM A; 4FO0 A; 3TSQ A; 3O9U A; 2QWL A; 2O8C A; 4JKF A; 5KPR A; 4Z4G A; 3QNO A; 2QWP A; 2ZQB A; 2HHT A; 3P39 A; 3A5O C; 1HNZ K; 2X6N A; 1HYV A; 4FJL A; 5AQV A; 1SL2 A; 3DLB A; 1Z6R A; 1JCG A; 3L2R A; 3HPH A; 4CGJ A; 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